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因為開發案，物理學家湯川到了玻璃浦，先在火車上遇到了要去親戚家過暑假
的恭平，接著又在說明會遇到了成實，本片最受保護的兩位主角，以此揭開序
幕。

湯川下榻的民宿由一家人經營，成實是這間民宿老闆的女兒，剛好本案死者塚
原警官也下榻此處。調查塚原警官命案時，牽扯出多年前的命案，民宿一家隱
藏多年的秘密也意外被揭發。

多年前三宅伸子命案，兇手仙波已入獄服刑完畢，湯川在調查的過程中發現兇
手其實不是仙波，他自首是因為有更重要的人需要保護。這起命案的起因是三
宅知道成實並不是節子跟重治的女兒，而是節子跟仙波的。三宅想拿這件事情
威脅敲詐節子，但剛好家中只有成實在家，兩人談話後激起了成實的情緒，鑄
下大錯。仙波為了保護親生女兒，自願自首讓女兒可以忘掉這件事，有更好的
人生，節子一家也因為這件事搬到仙波的家鄉玻璃浦，只為了掩蓋這個過去，
讓成實重新開始。

塚員警官命案的兇手是重治，害怕塚原來調查三宅命案，會發現甚麼新線索而
策劃了謀殺事件，其中還讓不知情的節子跟恭平幫忙。重治這麼做也是為了女
兒，雖然他知道成實不是自己的親生女兒，但還是給予滿滿的愛，遇到任何問
題都願意為他承擔，只希望他的生活可以重新開始。最親密的家人，未必知道
的最多，為了保護彼此，很多事情不說破，只讓對方知道好的事情，這是他表
達愛的方式。

片尾，成實對於仙波跟重治兩位父親因為愛，為自己做的所有事，有著滿滿的
愧疚，在海底拿掉呼吸管，代表著道別一切，重新開始。成實在說明會中激動
地表達意見，是因為對生父的愧疚，希望守護玻璃浦的海，仙波家鄉的海不被
破壞，就是他對生父的愛。而重治希望成實能好好保護恭平，畢竟他請恭平做
的事間接造成塚原的死，他希望當恭平意識到這件事情時，成實能在恭平身邊
好好守護他。確實恭平在片尾想起了他做的事，再聯想到湯川教導他的理論，
而開始自責自己也是兇手，害塚原警官身亡。在車站跟湯川道別前，恭平提出
了自己的疑問，湯川不正面回應而是用理論開導他。每個問題的答案，我們可
能沒辦法馬上推導出來，但經過時間慢慢找尋，一定可以找出答案。你不是一
個人，我會在旁邊陪你一起尋找。這股堅定的力量讓恭平比較釋懷，安心地跟
爸爸坐上火車回家，路上回憶起這幾天湯川用生活上的東西帶出理論指導他，
還看了海底世界，是很多美好回憶的暑假。