BÁO CÁO NGHIÊN CỨU KHOA HỌC Y HỌC

Nhóm 7 – Lớp chiều thứ 5

ĐỀ TÀI: Bội nhiễm đóng một vai trò quan trọng trong việc lây nhiễm
Plasmodium falciparum phức tạp ở muỗi cái Anopheles. (Bản dịch)

Tóm tắt
Các nghiên cứu về nhiễm trùng sốt rét ở người với nhiều loại ký sinh trùng khác
nhau về mặt di truyền đã làm sáng tỏ các cơ chế truyền bệnh sốt rét. Tuy nhiên, một số
nghiên cứu đã sử dụng sự đa dạng di truyền trong các bệnh nhiễm trùng do muỗi để
hiểu sự kéo dài nhiễm trùng là như thế nào . Chúng tôi đã xác định được các nguồn lây
nhiễm muỗi có khả năng xảy ra ở người từ một nhóm người ở Tây Kenya (là một
nhóm đối tượng cùng trải qua một thời gian nhất định và có chung một số đặc điểm
nhất định) dựa trên sự giống nhau về mặt di truyền giữa ký sinh trùng và thời điểm lây
nhiễm. Chúng tôi nhận thấy rằng một số ca lây nhiễm ở người cần phải phục hồi lại
từng giai đoạn lây nhiễm do muỗi và nhiều dòng ký sinh trùng có khả năng truyền từ
người bị nhiễm bệnh sang muỗi trong mỗi vết đốt, cho thấy rằng bội nhiễm và đồng
lây truyền xảy ra đồng thời và là cơ chế quan trọng của quá trình lây truyền. Chúng tôi
đã nghiên cứu thêm về vấn đề này bằng cách sử dụng mô hình mô phỏng muỗi và
người riêng lẻ và nhận thấy rằng chỉ riêng việc đồng truyền bệnh không có khả năng
tái tạo mức độ phức tạp của các ca lây nhiễm do muỗi. Chúng tôi kết luận rằng sự bội
nhiễm của muỗi có thể đóng một vai trò quan trọng, nhưng chưa được nghiên cứu,
trong việc duy trì sự lan truyền bệnh sốt rét từ trung bình đến cao.

1. Giới thiệu
Sau nhiều thập kỷ tiến bộ trong việc giảm gánh nặng sốt rét, các ca sốt rét toàn cầu
đã tăng từ năm 2019 lên 2020. Đảo ngược xu hướng này và tiếp tục giảm lan truyền
bệnh sốt rét đòi hỏi phải tăng cường các nỗ lực kiểm soát hiện tại và mở rộng các biện
pháp kiểm soát hiện có. Những phương pháp hiện có, chẳng hạn như phun xịt thuốc
trong nhà và xây dựng thói quen ngủ màng, nhằm mục đích giảm lây truyền bằng cách
giảm tiếp xúc giữa người và muỗi. Tuy nhiên, các loại biện pháp kiểm soát này để
giảm lây truyền bệnh sốt rét một cách hiệu quả đòi hỏi phải hiểu rõ chi tiết (sự
việc)nào dẫn đến các sự kiện lây truyền Plasmodium falciparum giữa người và muỗi,
đặc biệt là trong môi trường tự nhiên.
Một đặc điểm quan trọng của lan truyền bệnh sốt rét là sự lây nhiễm P. falciparum,
thường phức tạp, trong đó có nhiều hơn một loại ký sinh trùng khác biệt về mặt di
truyền tạo thành một bệnh nhiễm trùng. Tương tự như con người, muỗi có thể nhiễm
các bệnh nhiễm trùng phức tạp này từ con người bằng hai cơ chế có thể xảy ra:
1. Đồng lây truyền (co-transmission): khi một nười bị một con muỗi mang
hai loại haplotypes cắn
2. Bội nhiễm (superinfection): một người bị hai hay nhiều muỗi mà mỗi con
mang 1 loại haplotypes cắn
 3. Trong các bệnh nhiễm trùng ở người, một nghiên cứu về các bệnh nhiễm
trùng phức tạp ở Malawi phân tích trình tự bộ gen đơn bào cho thấy cơ chế đồng lây
truyền là một cơ chế phổ biến hơn so với bội nhiễm. Tuy nhiên, tuổi thọ ngắn của
muỗi Anopheles cái chỉ từ một đến hai tuần trong môi trường tự nhiên, hạn chế số lần
hút máu của mỗi con muỗi, cho thấy rằng đồng lây truyền cũng có thể là một cơ chế
phổ biến hơn khiến muỗi mắc các bệnh nhiễm trùng phức tạp. Tuy nhiên, các nghiên
cứu về nguồn thức ăn (hút máu) của muỗi trong môi trường tự nhiên thường bao gồm
nhiều nguồn khác nhau của con người, cho thấy rằng sự bội nhiễm cũng đóng một
vai trò quan trọng.
Việc đo lường mức độ tương đối của hai cơ chế này trong quá trình lây truyền P.
falciparum giữa các loài muỗi bị hạn chế do những khó khăn liên quan đến việc quan
sát các sự kiện lây truyền tự nhiên từ người sang muỗi. Về mặt thực nghiệm, các thử
nghiệm mồi nhử hoặc thử nghiệm cho muỗi ăn cung cấp một số biện pháp thông tin
nhất về các sự kiện truyền từ người sang muỗi và đã xác định được các yếu tố con
người liên quan đến khả năng lây nhiễm cũng như tính không đồng nhất trong các kiểu
đốt của muỗi. Tuy nhiên, cả hai phương pháp thử nghiệm đều không tái tạo được sự
lây truyền tự nhiên. Các nghiên cứu cho thấy tỷ lệ lây nhiễm từ người sang muỗi trong
các thử nghiệm cho ăn bằng màng lọc thấp hơn so với các thử nghiệm cho ăn trực tiếp
qua da. Mặc dù các thử nghiệm ăn trực tiếp qua da và mồi nhử của con người cung cấp
một bản sao truyền truyền tự nhiên thực tế hơn, nhưng kết quả thu được từ các thí
nghiệm này về hành vi đốt của muỗi có thể bị sai lệch do sự khác biệt của con người
về mức độ hấp dẫn đối với muỗi. Hơn nữa, những nghiên cứu này thường được thiết
kế để làm sáng tỏ các yếu tố liên quan đến khả năng lây nhiễm của con người hoặc sự
hấp dẫn đối với muỗi và do đó có thể không phù hợp để xác định hành vi đốt của muỗi
có khả năng dẫn đến sự lây truyền bệnh sốt rét từ người sang muỗi. Để khắc phục
những khó khăn trong việc thu thập dữ liệu về đặc tính sinh học của muỗi và vai trò
của nó trong việc truyền bệnh sốt rét, các phương pháp lập mô hình đã được sử dụng,
nhưng những mô hình này hiếm khi điều tra các kiểu cắn cho phép muỗi nhiễm bệnh
và do đó không phân biệt được vai trò của muỗi bội nhiễm và đồng truyền trong việc
duy trì truyền bệnh sốt rét trở đi.
Ký sinh trùng P. falciparum có kiểu gen từ người bị nhiễm bệnh và muỗi hoang dã
được cho ăn từ cùng một khu vực và khung thời gian cung cấp nguồn dữ liệu phong
phú để xác định các sự kiện lây truyền từ người sang muỗi có khả năng xảy ra. Trước
đây, những nghiên cứu này chủ yếu tập trung vào các đặc điểm của người bị nhiễm
bệnh có khả năng phù hợp với muỗi bị nhiễm bệnh bằng cách chia sẻ các dòng vô tính
của P. falciparum. Nghiên cứu trước đây về những dữ liệu này cho thấy mức độ lây
nhiễm phức tạp hơn ở muỗi (trung bình có 6 kiểu đơn bội riêng biệt trên mỗi con
muỗi) so với con người (trung bình có 3 kiểu đơn bội riêng biệt trên mỗi lần lây
nhiễm). Thông tin di truyền phong phú có trong sự đa dạng của vật chủ ở cả cấp độ
muỗi và người, cho phép chúng tôi khám phá các cơ chế hợp lý mà muỗi nhiễm bệnh.
Chúng tôi đã sử dụng một thuật toán để khôi phục dữ liệu về các bệnh nhiễm trùng
phức tạp được quan sát thấy trong bụng muỗi bằng cách sử dụng ký sinh trùng có kiểu
gen chung được tìm thấy trong các bệnh nhiễm trùng ở người từ tập hợp người (quần
thể) theo chiều dọc ở khu vực lây truyền cao ở phía tây Kenya. Sau đó, chúng tôi đã
mô phỏng các mô hình muỗi ăn bằng mô hình lây truyền của muỗi và người dựa trên
từng cá nhân để xác định các cơ chế lây truyền có khả năng dẫn đến nhiễm trùng muỗi
rất phức tạp được quan sát thấy trong các dữ liệu này. Bằng cách sử dụng các mô hình
cung cấp thông tin dữ liệu này, chúng tôi đã chứng minh rằng sự đồng truyền đơn lẻ
không có khả năng tạo ra các ca nhiễm muỗi phức tạp như những gì được quan sát
thấy trong hệ thống tự nhiên này cho thấy rằng sự bội nhiễm của muỗi đóng vai trò
quan trọng trong việc duy trì sự lây truyền ở các vùng có gánh nặng từ trung bình đến
cao.

2. Phương pháp
2.1. Thu thập mẫu và xét nghiệm phân tử:
Chọn 38 hộ gia đình ở Bungoma, Kenya, khu vực có tỷ lệ lây truyền bệnh sốt rét
cao đã được theo dõi từ tháng 6 năm 2017 đến tháng 7 năm 2018. Tất cả các thành
viên trong gia đình từ 1 tuổi trở lên đều đủ điều kiện tham gia với tổng số 268 người
trong quần thể. Các đốm máu khô (DBS), đối tượng và hành vi được thu thập hàng
tháng. Ngoài việc theo dõi tích cực, thường xuyên hàng tháng, các cuộc thăm khám
triệu chứng đã được tiến hành với những người tham gia tại thời điểm các triệu chứng
được báo cáo phù hợp với nhiễm sốt rét, bao gồm xét nghiệm chẩn đoán và thu thập
DBS. Tổng số 902 ca nhiễm không triệu chứng (bằng PCR) đã được xác định qua
2312 lần khám hàng tháng và tổng số 137 ca nhiễm có triệu chứng (cũng bằng PCR)
được xác định qua 501 lần khám có triệu chứng (xem Hình S1). Muỗi nhà được thu
thập từ các hộ gia đình tham gia bằng cách hút chân không hàng tuần. Muỗi Anopheles
cái đã được xác định về mặt hình thái được cắt ngang để tách phần bụng ra khỏi phần
đầu và phần ngực. Các quy trình lấy mẫu và phòng thí nghiệm đã công bố trước đây
được sử dụng cho những dữ liệu này. Sau khi trích xuất DNA bộ gen, cả DBS và các
bộ phận của muỗi đều kiểm tra P. falciparum bằng xét nghiệm real-time PCR nhắm
vào mô-đun Pfr364 của P. falciparum.
Ký sinh trùng P. falciparum được xác định bằng real-time PCR đã được giải trình tự
trên các phân đoạn khác nhau của gen mã hóa kháng nguyên màng -1 (Pfama1) và
protein circumsporozoite (Pfcsp) bằng cách sử dụng nền tảng Illumina MiSeq. Thông
tin chi tiết khác về PCR, bộ đọc và haplotype, có thể tìm thấy trong Sumner et al.
(2019) và chi tiết về các lần chạy trình tự có thể được tìm thấy trong Hình S2. Tổng
cộng, trong số 1039 ca lây nhiễm ở người, 937 ca được xác định kiểu gen thành công
tại locus Pfcsp và 818 tại locus Pfama1. Trong số các ổ bụng muỗi Anopheles cái được
thu thập, 203 trường hợp dương tính với P. falciparum và tổng số 185 trường hợp
nhiễm bệnh được tìm thấy trong bụng muỗi đã được xác định kiểu gen thành công tại
locus Pfcsp và 177 trường hợp tại locus Pfama1. Ngoài ra, 123 trường hợp nhiễm bệnh
đã được xác định thành công kiểu gen Pfcsp ở đầu muỗi và 121 trường hợp nhiễm
bệnh ở locus Pfama1, mặc dù trọng tâm của phân tích là nhiễm trùng vùng bụng. Sau
khi xử lý tin sinh học, tổng cộng có 209 haplotypes Pfama1 duy nhất đã được quan sát
thấy trong các trường hợp lây nhiễm ở người, 233 ổ bụng muỗi và 79 ở cả hai quần thể
và 155 haplotypes Pfcsp duy nhất đã được quan sát thấy ở các bệnh lây nhiễm ở người,
142 ổ bụng muỗi và 44 ở cả hai quần thể.
2.2. Đặc điểm của nhiễm trùng theo trình tự
Đối với mỗi lần lây nhiễm, bội số lây nhiễm (MOI) được tính toán độc lập cho từng
locus được giải trình tự dưới dạng tổng số các kiểu haplotype Pfcsp hoặc Pfama1 riêng
biệt. Sumner et al. (2019) đã báo cáo phân phối MOI ở người thấp hơn bụng muỗi
(xem Hình S3); 32% ca nhiễm ở người là đơn dòng (locus Pfcsp) so với chỉ 8% ca
nhiễm ở bụng muỗi. Các kết quả nhìn chung là phù hợp đối với Pfama1 (xem Hình
S4) và giữa đầu muỗi và bệnh nhiễm trùng ở người (xem Hình S5). Các phân tích độ
nhạy đã được thực hiện trên các tập hợp con khác nhau của haplotypes, một phần giải
thích cho các hiệu ứng kỹ thuật tiềm ẩn trong các lần chạy trình tự có thể ảnh hưởng
đến việc phát hiện haplotype và MOI (xem Hình S2).
2.3. Tái tổ hợp muỗi lây nhiễm từ người
Để xác định sự lây truyền từ người sang muỗi có thể xảy ra, các haplotypes của ký
sinh trùng được quan sát thấy trong bụng của mỗi con muỗi (185 con muỗi) đã được
tái tổ hợp với các haplotypes được quan sát thấy trong các ca nhiễm bệnh ở người. Các
trường hợp lây nhiễm ở người được coi là đủ điều kiện để xác định muỗi là trung gian
truyền bệnh là những trường hợp được phát hiện trong vòng một tháng trước hoặc sau
khi muỗi được thu thập và có ít nhất một haplotype Pfcsp hoặc Pfama1 tương tự với
muỗi. Trong số đó, những trường hợp được coi là có mối tương quan với muỗi là
những trường hợp tái tạo càng nhiều haplotypes Pfcsp và Pfama1 của muỗi càng tốt
theo cách tối giản nhất, nghĩa là ít trường hợp lây nhiễm nhất. Không phải lúc nào
cũng có thể tái tổ hợp tất cả các haplotypes trong quá trình lây nhiễm muỗi và trong
trường hợp này, cần cân nhắc những phương án kỹ lưỡng nhất.
Sơ đồ giả thuyết được thể hiện trong Hình 1. Ở đây, một ca nhiễm muỗi bao gồm
các haplotypes A, B và C (có thể là sự kết hợp của các haplotypes Pfcsp và Pfama1với
3 ca nhiễm bệnh đủ điều kiện ở người ( dựa trên mỗi người có ít nhất một trong A, B
và C haplotypes cũng như trong vòng một tháng kể từ điểm lấy mẫu muỗi). Những ca
lây nhiễm ở người này có thể bao gồm các haplotype chồng chéo và không chồng chéo
với muỗi truyền bệnh (tức là Người 1 bị nhiễm haplotype A và E mặc dù E không
được tìm thấy trong muỗi truyền bệnh). So sánh dựa trên việc tìm ra tập hợp các bệnh
nhiễm trùng phức tạp ở người để tái tổ hợp với các bệnh nhiễm trùng do muỗi. Trong
ví dụ này, đó sẽ là cả hai: Tùy chọn M3 – con người 2 và 3 hoặc tùy chọn M4 – con
người 1 và 3. Đây là những cách tiết kiệm như nhau và tái tạo đầy đủ tất cả các
haplotypes của muỗi (A, B và C). Trong trường hợp này, chúng tôi sẽ chọn ngẫu nhiên
giữa hai tùy chọn này (M3 và M4). Và không chọn trường hợp khác vì liên quan đến
nhiều người hơn, như trong tùy chọn M2 hoặc không tái lập số lượng haplotypes lớn
nhất trong quá trình lây nhiễm của muỗi, như trong tùy chọn M1 trong đó haplotype C
của muỗi không phù hợp với sự lây nhiễm ở người.

Hình 1: Một ví dụ về khả năng con người có thể bị muỗi đốt. Sử dụng phương pháp
được đề xuất của chúng tôi để tái hiện sự lây truyền từ người sang muỗi. Đối với một
ca nhiễm muỗi đơn lẻ (bị nhiễm haplotypes A, B và C), bốn khả năng lây nhiễm ở
người có thể xảy ra được thể hiện dưới dạng trường hợp M 1-4. Ví dụ: chúng tôi sẽ
chọn trường hợp M3 hoặc M4 vì các trường hợp này tối ưu hóa số lượng haplotypes
được tái tạo trong muỗi đồng thời giảm thiểu số lượng ca nhiễm bệnh ở người.
 Việc so sánh được mô tả khi xem xét cả hai locus cùng nhau, tuy nhiên, chúng tôi
cũng đã tái hiện sự lây nhiễm của muỗi từ sự lây nhiễm của con người bằng cách xem
xét riêng từng locus với kết quả tương tự. Hơn nữa, để giải thích cho việc phát hiện
các haplotypes có khả năng tiềm ẩn dưới hoặc quá mức trên các mẫu có mật độ ký sinh
trùng khác nhau, chúng tôi đã thực hiện các phân tích độ nhạy khi xem xét chung các
haplotypes Pfcsp và Pfama1. Chúng tôi cũng đã xem xét các haplotypes Pfcsp và
Pfama1 chưa được lọc cùng nhau. Hơn nữa, để giải thích cho thực tế rằng việc so sánh
cẩn thận có thể đánh giá sơ bộ tỷ lệ bội nhiễm của cả muỗi và người, vẫn ở trong cùng
khoảng thời gian nhưng yêu cầu phải truyền ít nhất 2 hoặc 3 haplotypes với muỗi.
Chúng tôi đã triển khai thêm kiểu so sánh này dựa trên 2 hoặc 3 haplotypes tách rời
với Pfcsp và Pfama1.
Để xác định yếu tố nào có liên quan đến việc lây nhiễm ở người nằm trong những
trường hợp tối ưu nhất, chúng tôi đã sử dụng mô hình hồi quy logistic đa thức. Biến số
là một ca nhiễm bệnh ở người được lấy mẫu liệu có nằm trong tập hợp các trường hợp
phù hợp hay không. Chúng tôi đã tính đến sự tương quan giữa người và mức độ lây
nhiễm, đó là: người đó có ngủ trong màn vào thời điểm lấy mẫu lây nhiễm hay không,
lây nhiễm có triệu chứng không, lây nhiễm diễn ra vào mùa mưa hay mùa khô, người
này đã đi du lịch trong thời gian thử nghiệm hay không, thời gian nghiên cứu, người bị
nhiễm sốt rét có triệu chứng trong thời gian nghiên cứu, tổng số tháng người đó bị
nhiễm không có triệu chứng trong thời gian nghiên cứu, MOI (mức độ nhạy cảm của
khả năng nhiễm bệnh) trung bình của một người nhiễm trùng, và tuổi tác của họ.
2.4. Mô phỏng lan truyền bệnh sốt rét
Một mô hình đã được phát triển để điều tra các điều kiện sinh học thực tế dẫn đến
sự lây nhiễm phức tạp của muỗi và được thông báo bởi hệ thống phân tích dữ liệu.
Một mô hình dựa trên con người (n=200) và từng cá thể muỗi Anopheles cái (30.000
con) đã được xây dựng để mô phỏng sự lan truyền bệnh sốt rét trong quần thể nghiên
cứu. Để tóm tắt lại, chúng tôi đã mô phỏng rõ ràng các trường hợp lây nhiễm ở cấp độ
haplotype riêng lẻ trong một năm (365 ngày), tương đương với thời lượng của giai
đoạn theo dõi phân tích. Chúng tôi đã nghiên cứu mức độ nhạy cảm của khả năng lây
nhiễm (MOI) ở người và muỗi và tỷ lệ lây nhiễm côn trùng (EIR) (được đo bằng số
lượng vết cắn truyền nhiễm trong 365 ngày) với các thông số sinh học khác nhau có
ảnh hưởng đến quá trình lây truyền, bao gồm cả kiểu đốt của muỗi.
Điều kiện ban đầu
Ban đầu, con người được chỉ định ngẫu nhiên là bị nhiễm bệnh với xác suất xấp xỉ
bằng tỷ lệ dương tính với PCR quan sát được tại những lần thăm hàng tháng không
bao gồm thăm ốm (pr=0,3). Nếu bị nhiễm, số lượng haplotypes riêng biệt trong trường
hợp người nhiễm (bội nhiễm, MOI) được rút ra từ phân phối Poisson bị cắt ngắn phù
hợp với dữ liệu chỉ dành cho locus Pfcsp (trung bình = 2, tối đa = 16), dữ liệu cho
Pfama1 không được sử dụng để hiệu chuẩn. Các điều kiện ban đầu MOI đối với tình
trạng lây nhiễm của một cá nhân cụ thể, các haplotypes bao gồm trường hợp bội nhiễm
rút ra từ danh sách các haplotypes Pfcsp được quan sát với xác suất bằng với tần suất
quần thể quan sát được đối với các haplotypes Pfcsp. Cuối cùng, thời gian kể từ khi
một người ban đầu bị nhiễm mỗi haplotype có trong tình trạng nhiễm bệnh của họ
được rút ra độc lập với phân phối Poisson với giá trị trung bình là 20. Điều này cho
phép có nhiều khoảng thời gian lây nhiễm ở người có thể xảy ra và các lần rút thăm
độc lập từng haplotype gây khả năng bội nhiễm ở người.
 Phân bố theo độ tuổi của quần thể ban đầu gồm 30.000 muỗi Anopheles cái trưởng
thành rút ra từ phân bố Poisson bị rút ngắn (trung bình = 4, tối đa = 14 ngày) dựa trên
tỷ lệ sống sót hàng ngày của muỗi cái Anopheles trong tự nhiên. Độ tuổi của muỗi
cũng có mối liên hệ với tình trạng nhiễm bệnh: muỗi già có nhiều khả năng bị nhiễm
bệnh hơn và tình trạng nhiễm cũng phức tạp hơn. Tương tự như ở người, MOI tổng thể
phù hợp với sự phân bố được tìm thấy trong bụng muỗi đối với Pfcsp, số ngày kể từ
khi muỗi bị nhiễm mỗi haplotype trong quá trình lây nhiễm của chúng được rút ra độc
lập với sự phân bố đồng nhất riêng biệt giữa 1 và tuổi của muỗi.
Động lực truyền: Mô hình được tăng dần hàng ngày trong tổng số 722 ngày (357
ngày sử dụng thử và 365 ngày lấy mẫu), trong đó các quá trình chuyển đổi sau có thể
xảy ra (Hình 2):
1. Hành vi đốt của muỗi: Việc một con muỗi có hút máu người hay không được
xác định bởi lần cuối cùng chúng hút máu. Nếu chúng hút máu lần cuối là ba ngày
trước, thì đây được coi là “ngày nghỉ” và khả năng chúng hút máu người sẽ thấp hơn
so với ngày hút hiện tại. Xác suất chính xác của việc hút máu vào ngày “hút” hoặc
“nghỉ” thay đổi theo các tình huống được mô phỏng khác nhau (xem Bảng 1). Mô
phòng này thừa nhận, với xác suất tương đối thấp, muỗi đốt người nhiều ngày liên tiếp
để hoàn thành một lần hút máu. Điều này được chứng minh bởi việc muỗi Anopheles
cái hấp thụ nhiều máu trong mỗi chu kỳ sinh sản. Đồng thời cũng thừa nhận khả năng
muỗi có thể không đốt người, nghĩa là muỗi đốt các động vật khác hoặc không tìm
thấy vật chủ. Mặc dù vậy, trong hầu hết các trường hợp, mô hình giả định rằng một
con muỗi sẽ đốt người ít nhất một lần trong đời, điều này được chứng minh bởi việc
xác định 73% số muỗi được thu thập là An. gambiae hoặc An. funestus, cả hai loài đều
ưa nhân tính cao. Sau khi xác định được người bị hút máu, xác suất phân bố rời rạc
được sử dụng để xác định số lượng cá thể muỗi sẽ hút máu trong khoảng thời gian 24
giờ (xem Bảng 2). Tất cả con người đều có khả năng bị hút máu như nhau.
2. Vết chích truyền nhiễm: Nếu một con muỗi đốt người thì người, muỗi hoặc cả
hai đều có khả năng lây nhiễm, thì sự lây truyền có thể xảy ra. Chúng tôi xem xét tình
huống có thể xảy ra (xem Bảng 1) để điều tra xem haplotypes nào sẽ được truyền đi.
Haplotype đủ điều kiện để truyền từ người sang muỗi nếu chúng đã ở trong cơ thể
người ít nhất 14 ngày và ngược lại nếu chúng đã ở trong muỗi ít nhất 9 ngày. Việc mỗi
haplotype đủ điều kiện có được truyền trong một vết cắn truyền nhiễm từ người sang
muỗi hay ngược lại hay không được xác định bởi các lần rút độc lập từ phân phối
Bernoulli. Chúng tôi quan sát tất cẩ các tình huống và nhạn thấy những giá trị này áp
dụng cho tất cả các haplotypes.
3. Sạch ký sinh trùng mà không cần điều trị : Trong hệ thống, chúng tôi quan sát
thấy nhiều trường hợp người tham gia bị nhiễm trùng không triệu chứng là những
người PCR âm tính tại thời điểm tiếp theo mà không cần điều trị (xem Hình S14A).
Ngoài ra, chúng tôi cũng quan sát các trường hợp khi các haplotypes riêng lẻ xuất hiện
trong một lần khám không có triệu chứng và biến mất ở lần tiếp theo, trong khi người
đó vẫn bị nhiễm bệnh không có triệu chứng (xem Hình S14B). Dựa trên những quan
sát này, chúng tôi thừa nhận các haplotypes riêng lẻ được xóa trong thời gian kể từ khi
lây nhiễm là 30 ngày hoặc lâu hơn.
4. Nhiễm trùng có triệu chứng và cách điều trị : Bất kỳ bệnh nhiễm trùng nào
chứa ít nhất một kiểu haplotype được đưa vào cơ thể người từ 7 ngày trở lên, đều có
thể trở thành triệu chứng với xác suất dao động quanh các giá trị gần bằng 0,1, tỷ lệ
quan sát được giữa nhiễm trùng có triệu chứng và không có triệu chứng ở hệ thống
(xem Bảng 1). Chúng tôi cho rằng các bệnh nhiễm trùng có triệu chứng được lấy mẫu
và điều trị ngay lập tức bằng tất cả haplotypes trong bệnh nhiễm trùng này đã được
loại bỏ tại thời điểm điều trị và việc điều trị đó giúp bảo vệ khỏi tái nhiễm trong 14
ngày.
5. Nhân khẩu học của muỗi: đối với mỗi con muỗi, xác suất sống sót của muỗi
vào bất kỳ ngày nào có tương quan nghịch với độ tuổi. Mối quan hệ này đã được chọn
để tạo ra quần thể muỗi có cấu trúc tuổi ổn định với thời gian sống sót tối đa là 2 tuần.
Khi muỗi chết, chúng được thay thế bằng những con cái trưởng thành mới xuất hiện để
duy trì quy mô dân số ổn định.
2.5. Lấy mẫu
Sau khoảng thời gian thử nghiệm (357 ngày), mô hình của chúng tôi ghi lại các
trường hợp lây nhiễm ở người và muỗi được lấy mẫu với cùng tần suất trong hệ thống.
Muỗi được lấy mẫu ngẫu nhiên, hàng tuần với quần thể luôn được làm mới (con cái
trưởng thành mới xuất hiện). Tất cả 200 người được lấy mẫu hàng tháng và các triệu
chứng nhiễm trùng của họ đều được lấy mẫu tương tự như cách thức lấy mẫu của
chúng tôi trong nghiên cứu.
2.6. Giá trị tham số
Để kiểm tra mức độ ảnh hưởng của một số tham số nhất định đối với tốc độ lây
nhiễm côn trùng và tính đa dạng của bệnh đối với người và muỗi, chúng tôi đã thực
hiện phân tích độ nhạy thay đổi một tham số tại một thời điểm trong 50 lần lặp lại.
Bảng 1 cho thấy các giá trị được kiểm tra đối với các tham số được điều tra (xác suất
nhiễm trùng có triệu chứng; xác suất loại bỏ haplotype mà không cần điều trị; ngày hút
và ngày nghỉ; xác suất haplotype được truyền từ người sang muỗi và ngược lại). Các
giá trị tham số cơ sở trong quá trình phân tích độ nhạy của các tham số khác được trình
bày trong Bảng 1 và được chọn là những giá trị tạo ra sự trùng lặp cao nhất với các giá
trị EIR và MOI được quan sát và công bố trên tất cả các mô hình trên (Hình 6, S17,
S18 và S19). Chúng tôi cũng đã đánh giá tính ngẫu nhiên giữa các mô hình cho các
phân tích độ nhạy này, nó thường thấp (xem Hình S15).
Chúng tôi tiếp tục điều tra sự phức tạp trong hành vi đốt của muỗi. Nếu một con
muỗi đang kiếm ăn trong khoảng thời gian 24 giờ, số lượng người mà nó sẽ hút máu
trong thời gian này được xác định dựa trên năm tình huống dưới đây (xem Bảng 2).
Chúng tôi đã xem xét các mức độ chích hút nhiều (A) và các trường hợp chích hút
thấp trong đó mức thấp nhất (E) chỉ cho phép một vật chủ là người trong mỗi chu kỳ
24 giờ. Các kịch bản đốt nhiều hơn (Kịch bản A đến B) khiến muỗi có khả năng bị bội
nhiễm cao trong khi các kịch bản đốt thấp (Kịch bản D và E) khiến khả năng đồng lây
truyền cao hơn.
Cuối cùng, để giải thích cho khả năng thu hút không đồng nhất của người đối với
muỗi và sự phân bố không đồng đều của vết đốt ngay trên những người trong cùng
một hộ gia đình, chúng tôi đã thực hiện một số mô hình trong đó 20% dân số được xác
định là có nhiều khả năng bị muỗi đốt hơn.
Có thể tìm thấy mã cho các nghiên cứu mô hình và phép so sánh sánh trên kho lưu
trữ GitHub sau:
https://github.com/sberube3/mozzie_sim_manuscript/blob/main/
 Hình 2: Biểu diễn về các bước diễn ra trong một lần gia tăng (một ngày) của mô
phỏng. Mô tả đầy đủ của từng giai đoạn (1-5) được trình bày chi tiết trong Phần 2.4.

Bảng 1: Các giá trị cho các tham số được điều tra để phân tích độ nhạy qua các mô
hình. Giá trị cơ bản là giá trị được gán cho một tham số khi tham số đó không trải qua
quá trình phân tích độ nhạy.

Bảng 2: Các kiểu đốt của muỗi được điều tra trong mô hình. Chúng tôi đã xem xét
một loạt các kiểu đốt trong đó muỗi sẽ chích hút 1-7 cá thể trong vòng một ngày. Năm
kiểu đốt muỗi (AE) được hiển thị với xác suất cắn số lượng cá thể (cột). Các mẫu này
phản ánh rộng rãi các tình huống chích hút cao (A/B), trung bình (C/D) và thấp (E).
Trường hợp A và B cho phép khả năng bội nhiễm cao trong khoảng thời gian 24 giờ
với nhiều hơn hai cá thể, trường hợp C và D cho phép xác suất bội nhiễm vừa phải
trong khoảng thời gian 24 giờ với ít cá thể hơn và trường hợp E chỉ cho phép đồng lây
truyền trong khoảng thời gian 24 giờ.
 Hình 3: Số vết cắn và vết cắn gây nhiễm của tất cả 30.000 con muỗi trong 50 mô
hình trong mỗi tình huống trong số năm tình huống cắn. Các vết cắn được tính trên
toàn bộ vòng đời của một loài muỗi cụ thể và trên mỗi chu kỳ sinh dưỡng, kéo dài 3
ngày. Một vết cắn gây nhiễm là khi có ít nhất một haplotype được truyền giữa người
và muỗi. Trong trường hợp E, tình trạng bội nhiễm không được quan sát thấy trong 50
trường hợp trong mô phỏng, mỗi trường hợp được quan sát trong trong 365 ngày. Tuy
nhiên, về mặt lý thuyết có thể cho rằng tổng số vết cắn trên mỗi chu kỳ sinh dưỡng và
thời gian tồn tại của muỗi trong trường hợp E có thể lớn hơn 1.

3. Kết quả
3.1. Cần có nhiều ca lây nhiễm ở người phức tạp, không có triệu chứng
với giá trị MOI cao để khôi phục lại từng ca lây nhiễm do muỗi
Để điều tra các động lực lây truyền có thể dẫn đến sự lây nhiễm rất phức tạp giữa
các loài muỗi, chúng tôi đã thực hiện một so sánh trong đó chúng tôi tái lập từng
trường hợp lây nhiễm được quan sát thấy trong bụng mỗi con muỗi với số lượng các
trường hợp lây nhiễm ở người tối thiểu cần thiết để giải thích số lượng haplotypes cao
nhất có thể có của muỗi (xem Phần 2.3 để biết chi tiết). Để giảm bớt sự không chắc
chắn về thời gian lây nhiễm cho muỗi, chúng tôi chỉ tập trung vào vật liệu di truyền
của ký sinh trùng (dựa trên các bộ khuếch đại Pfcsp và Pfama1) được tìm thấy trong
bụng vì chúng được biết là có được gần đây hơn so với vật liệu được tìm thấy trong
phần đầu. Cùng xem xét các bộ khuếch đại, các kết quả đã chứng minh một cách nhất
quán rằng cần phải có nhiều hơn một lần lây nhiễm ở người để tái tạo một lần lây
nhiễm muỗi với trung bình 4 lần lây nhiễm ở người cần thiết cho mỗi lần lây nhiễm
muỗi. Chỉ có 11 (11/167, 5%) trường hợp nhiễm muỗi trong đó cả hai locus được giải
trình tự thành công và không thể so sánh với bất kỳ trường hợp nhiễm bệnh nào ở
người. Trong số các bệnh nhiễm trùng hiếm gặp, 6 trường hợp là nhiễm trùng đơn
dòng và 5 trường hợp còn lại chỉ chứa các haplotypes hiếm gặp. Các kết quả so khớp
nhất quán khi chỉ xem xét các haplotypes phổ biến hoặc dữ liệu chưa được lọc Hơn
nữa, chỉ có 24 (14%) ca nhiễm muỗi có thể được tái hiện bằng một ca nhiễm duy nhất
ở người (Hình 4A). Những kết quả này cùng nhau cho thấy rằng bội nhiễm – quá trình
trong đó một con muỗi đốt nhiều người và bị nhiễm trùng phức tạp – có thể phổ biến
trong môi trường tự nhiên.
Sử dụng sơ đồ kết hợp này, chúng tôi cũng phát hiện được vai trò có thể có của
đồng lây truyền, được định nghĩa là sự lây truyền của nhiều hơn một bản sao ký sinh
trùng khác biệt về mặt di truyền trong một vết cắn truyền nhiễm. Trước tiên, chúng tôi
ước tính tỷ lệ haplotypes được truyền thành công từ người nhiễm sang muỗi đã xác
định qua vết cắn truyền nhiễm. Sự phân bố của tỷ lệ này cũng như số lượng các
haplotypes được truyền cả hai haplotypes Pfcsp và Pfama1. Tỷ lệ trung bình của các
haplotype truyền từ người sang muỗi là 0,35 và con số trung bình là 4, cho thấy rằng,
trong nhiều lần chích hút những người bị nhiễm trùng đa dòng, muỗi có thể thu được
nhiều hơn một haplotype. Các kết quả tương tự khi xem xét riêng từng locus, đối với
các haplotype phổ biến và dữ liệu chưa được lọc.
Chúng tôi quan sát thấy rằng, khi xem xét đồng thời cả hai locus, khả năng lây
nhiễm ở người cao hơn đáng kể so với muỗi truyền bệnh vào mùa mưa (OR hiệu
chỉnh: 1,7; KTC 95%: 1,2-2,4), ở những người bị nhiễm trùng không có triệu chứng
nhiều hơn (OR hiệu chỉnh: 1,5; KTC 95%: 1,4-1,6 ) và ở những người có giá trị MOI
cao hơn (OR đã điều chỉnh: 1,7; KTC 95%: 1,5-1,8). Ngược lại, các trường hợp lây
nhiễm ở người ít do muỗi là những người thường xuyên ngủ trong màn (OR hiệu
chỉnh: 0,6; 95% CI: 0,4-0,9), những người xác nhận đã đi du lịch vào bất kỳ thời điểm
nào trong quá trình nghiên cứu ( OR đã điều chỉnh: 0,3; 95% CI: 0,2-0,5) và từ những
người đã trải qua ít nhất một lần nhiễm trùng có triệu chứng (OR đã điều chỉnh: 0,5;
95% CI: 0,4-0,8) (xem Hình 4C). Các kết quả này thường không thay đổi khi xem xét
riêng từng quỹ tích, và trên các phân tích độ nhạy bằng cách sử dụng các kiểu
haplotype và chưa được lọc (Hình S13C). Tình trạng triệu chứng và giá trị MOI vẫn là
những yếu tố dự đoán quan trọng khi con người có 2 hoặc 3 kiểu haplotypes truyền
cho muỗi được xem là đủ điều kiện để so sánh.
3.2. Muỗi có khả năng chích hút nhiều hơn một cá thể trong vòng 24
giờ giai đoạn chích hút
Dữ liệu được quan sát trực tiếp cho thấy rằng cả bội nhiễm và đồng lây truyền là
những cơ chế quan trọng để duy trì sự lây truyền bệnh sốt rét từ người sang muỗi. Để
nghiên cứu sâu hơn về vai trò của bội nhiễm và đồng lây truyền trong lây nhiễm muỗi,
chúng tôi đã thực hiện một loạt mô phỏng người và muỗi dựa trên từng cá nhân bằng
cách sử dụng mô hình lây truyền đơn giản hóa với các tham số từ tập hợp dữ liệu.
Chúng tôi đã so sánh ảnh hưởng của các kiểu đốt muỗi khác nhau đối với các bản phân
phối EIR và MOI để đánh giá xem số liệu bội nhiễm, đồng truyền hoặc kết hợp cả hai
cơ chế có khả năng tái tạo mức độ phức tạp của nhiễm trùng và cường độ lây truyền
trong dữ liệu. Chúng tôi đã thử nghiệm năm tình huống muỗi đốt khác nhau, mỗi tình
huống thay đổi số lượng người mà muỗi có khả năng hút máu trong khoảng thời gian
24 giờ. Tình huống A, mô phỏng tỷ lệ bội nhiễm cao (tức là một con muỗi hút máu của
nhiều người bị nhiễm bệnh trong khoảng thời gian 24 giờ), trong đó muỗi có khả năng
đốt 4 người trở lên trong khoảng thời gian 24 giờ được so sánh với các tình huống với
khả năng bội nhiễm giảm dần (tình huống B, C và D). Cuối cùng, tình huống E, chỉ
cho phép đồng lây truyền trong khoảng thời gian 24 giờ và được coi là tình huống ít bị
chích hút máu nhất. Trên nhiều giá trị tham số (xem Bảng 1), tình huống A (khả năng
bội nhiễm cao) tạo ra các giá trị MOI cao hơn nhiều so với các giá trị quan sát được
trong dữ liệu và EIR ước tính cao hơn gấp 4 hoặc nhiều lần các giá trị được công bố
khoảng thời gian 24 giờ. Các tình huống khác cho phép xảy ra bội nhiễm vừa phải (B
và D) cũng tạo ra các giá trị MOI và EIR phù hợp với các giá trị quan sát được ,tuy
nhiên, tình huống C có tỷ lệ trùng lặp lớn nhất trong tất cả các giá trị tham số mô
phỏng đã thử nghiệm, khiến nó trở thành tình huống có khả năng xảy ra (xem Hình
S18 và S19).
Để so sánh EIR và MOI trực tiếp hơn trong các tình huống khác nhau, chúng tôi đã
cố định các giá trị của sáu tham số mô phỏng tạo ra sự trùng lặp cao nhất với các giá
trị EIR và MOI được quan sát và công bố trong tất cả năm tình huống (A-E) (xem
Bảng 2). Sử dụng các thông số này, tình huống C tạo ra giá trị MOI và EIR gần giống
nhất với các ước tính đã công bố và những ước tính quan sát được trong dữ liệu (xem
Hình 6). Trong các mô phỏng trong đó 20% trường hợp được xác định là có nhiều khả
năng bị muỗi đốt hơn, tình huống D có vẻ phù hợp hơn với các giá trị EIR và MOI
trong dữ liệu so với C, tuy nhiên, kịch bản E lại gây ra bội nhiễm, thậm chí trong vòng
đời của muỗi, rất khó xảy ra và được cho là không hợp lý (xem Hình S20). Nói chung,
các mô phỏng của chúng tôi phù hợp với một lượng bội nhiễm và đồng lây truyền vừa
phải trong việc tạo ra các bệnh nhiễm trùng muỗi phức tạp và duy trì mức độ lây
truyền trong quần thể.
 Hình 4: Nhiễm trùng ở muỗi được tái tạo từ người bệnh khi xem xét cả Pfcsp và
Pfama1. A) Số ca nhiễm ở người cần thiết để tái tạo từng tường hợp nhiễm trùng khi
xem xét đồng thời cả hai kiểu haplotype Pfcsp và Pfama1. B) Tỷ lệ và số lượng
haplotypes từ mỗi ca nhiễm ở người ở bụng muỗi. C) Kết quả của một hồi quy logistic
đa thức phân tích các yếu tố về con người và mức độ lây nhiễm khiến một bệnh nhiễm
ở người có nhiều khả năng tái tạo lại bệnh nhiễm trùng do muỗi.
 Hình 5: Độ nhạy của tốc độ lây nhiễm côn trùng (EIR), mức độ lây nhiễm ở người
và muỗi (MOI) trong các thông số mô phỏng và tình huống khác nhau. Đối với nhiều
mô phỏng, chúng tôi đã thay đổi các tham số bao gồm (A) xác suất loại bỏ haplotype
sau 30 ngày; (B) xác suất haplotype được truyền từ muỗi sang người trong vết cắn
truyền nhiễm; và (C) xác suất của một kiểu haplotype được truyền từ người sang muỗi
trong vết cắn truyền nhiễm để điều tra tác động của EIR, MOI của con người và các
giá trị MOI của muỗi. Sử dụng ba tình huống: xác suất bội nhiễm cao (A), xác suất bội
nhiễm trung bình (C) và xác suất không có bội nhiễm (E), chúng tôi thấy rằng các tình
huống chích hút nhiều và thấp tạo ra các ước tính không thực tế so với dữ liệu quan sát
được.
 Hình 6: Tốc độ lây nhiễm côn trùng (EIR) và MOI theo các kiểu đốt muỗi khác
nhau. Các ô EIR, MOI của con người hoặc MOI của muỗi qua các mô phỏng các tình
huống sử dụng giá trị cơ sở của tất cả các tham số mô phỏng khác (xác suất loại bỏ
haplotype sau 30 ngày; xác suất haplotype được truyền từ muỗi sang người trong vết
cắn truyền nhiễm; xác suất của một kiểu haplotype được truyền từ người sang muỗi
trong một vết cắn truyền nhiễm; xác suất kiếm ăn trong ngày không thực hiện chích
hút; xác suất kiếm ăn trong ngày chích hút và xác suất nhiễm trùng có triệu chứng) cho
mỗi tình huống. Một tập hợp ngẫu nhiên gồm 1000 điểm từ 50 tình huống mô phỏng
chạy cho mỗi kiểu cắn (A-E) được hiển thị. EIR được tính toán từ dữ liệu bằng cách
đếm số vết cắn truyền nhiễm mà mỗi người nhận được trong thời gian nghiên cứu. Ở
đây, một người được coi là bị muỗi đốt có khả năng lây nhiễm nếu họ được xác định
theo phương pháp được mô tả trong Phần 2.3. Các ước tính đã công bố về EIR cho
phần này nằm trong khoảng từ 16 đến 24.

4. Thảo luận
Hiểu biết sâu hơn về sự lan truyền của sốt rét cuối cùng có thể giúp chúng ta cải
thiện cách tiếp cận của mình để phát triển các biện pháp hiệu quả hơn. Bộ gen của ký
sinh trùng cung cấp thêm nguồn dữ liệu với sự nhận biết giống như những sự kiện lây
truyền vì những ký sinh trùng có chung kiểu gen có thể đại diện cho những sự kiện
gần nhất trong các chuỗi truyền bệnh. Cuối cùng, một bức tranh hoàn chỉnh về sự lây
lan bệnh truyền nhiễm trong quần thể con người và muỗi. Ở đây, chúng ta sẽ khám phá
ra bệnh truyền nhiễm từ tất cả quần thể muỗi và dùng số liệu bộ gen của kí sinh trùng
P.falciparum như là một phần của nghiên cứu tập trung tại nơi có mật độ lây truyền
cao ở Tây Kenya. Trước đây, khi đang điều tra về sự lây truyền trong con người và
muỗi trong cùng một bộ gen của kí sinh trùng, Sumner et al đã nhận ra sự lây truyền
của muỗi cao hơn sự lây truyền của người. Những sự lây truyền này có thể là kết quả
của những con muỗi riêng lẻ thu được nhiễm vô số ký sinh trùng đến từ một tế bào
máu (đồng lây nhiễm) hoặc từ vô số tế bào máu lấy từ nhiều người (bội nhiễm) hoặc
cả hai. Việc nhận xét chính xác các nhân tố xây dựng nên sự lây truyền duy trì là điều
cực kỳ khó trong tự nhiên vì nó yêu cầu quan sát thói quen cắn (chích) của loài muỗi
hoang dã. Tuy nhiên việc kết hợp dữ liệu bộ gen kí sinh trùng và mô hình mô phỏng sự
lây truyền mạnh mẽ, chúng ta sẽ khám phá những công nhận sự bội nhiễm và đồng
nhiễm, góp phần nhận ra sự lây truyền phức tạp của muỗi. Trái ngược với nhiều cách
tiếp cận dựa vào việc giải thích nhiễm trùng ở người với những người quan sát thấy ở
muỗi, chúng ta dùng thuật toán để tổ chức lại bệnh truyền nhiễm quan sát được trong
bụng muỗi với những mẫu từ con người dựa trên thời gian thu mẫu và so sánh kiểu
gen đơn bội của loài P.falciparum và P.fama1. Phương pháp hoàn nguyên của chúng
ta đã khám phá được dựa vào giá trị trung bình, vô số nguồn nhân lực, mỗi sự phức tạp
của bệnh truyền nhiễm, được yêu cầu để hoàn nguyên lại sự đa dạng bộ gen đã tìm
thấy trong di truyền ở muỗi. Những phát hiện này cho thấy rằng muỗi bị nhiễm trùng
phức tạp thông qua cả bội nhiễm và đồng truyền.
Để tiến hành điều tra xa hơn từ những kinh nghiệm tìm kiếm trước đó, chúng ta đã
dùng một cách đơn giản là dựa vào mô hình riêng lẻ của người và muỗi để khám phá
khả năng xảy ra các kiểu muỗi đốt khác nhau. Chúng ta so sánh kết quả mình nghiên
cứu để công bố giá trị EIR từ việc thiết lập giống nhau và quan sát sự phân bố của
người và muỗi MOIs trong dữ diệu dịch tể. Chúng ta đã khám phá ra nhiều kịch bản
với đa dạng vết cắn có thể xảy ra trong mỗi chu trình phát triển. Những kịch bản mà
nơi đó muỗi có khả năng cắn 1 đến 3 người nhiễm bệnh trong chu trình sinh dưỡng là
hợp lý nhất với tỷ lệ cao hơn tạo giá trị MOI và EIR của người và muỗi vượt xa giá trị
quan sát được và thấp hơn dẫn đến giá trị MOI Và EIR thấp hơn so với những gì ta
quan sát được. Kết hợp lại với nhau, kết quả của cả thuật toán đối sánh và mô hình lây
truyền đã cho thấy rằng bội nhiễm đóng vai trò quan trọng trong việc mắc các bệnh
nhiễm trùng muỗi phức tạp được quan sát thấy ở khu vực lan truyền cao ở phía tây
Kenya.
Trong khi điều đó chỉ đại diện cho một cách để xác định các bệnh lây truyền từ
người sang muỗi có khả năng xảy ra, kết quả của chúng ta phù hợp với sự phân tích dữ
liệu trước đó là tập trung vào việc phục hồi các bệnh lây nhiễm ở người. Trong khi khu
dịch tễ có thể bị bỏ lỡ và tỷ lệ theo dõi cao, nhưng có thể đúng là những con muỗi
được lấy mẫu đã bị nhiễm bệnh từ những người bị nhiễm bệnh khu dịch tễ hay mặc dù
đã được lấy mẫu lây nhiễm hàng tháng nhưng vẫn có khả năng bị bỏ sót. Mặc dù
P.fcsp và P.fama 1 là các locus rất đa dạng nhưng chúng ta không thể chia các đoạn
này để xây dựng một bức tranh hoàn chỉnh về các ký sinh trùng riêng lẻ lây nhiễm cho
người và muỗi. Các phương pháp tiếp cận kiểu gen bổ sung cho phép tính toán các
phép đo trực tiếp hơn về mức độ liên quan đến ký sinh trùng, chẳng hạn như xác suất
xác định theo dòng dõi, được tính toán có thể giúp hiểu rõ hơn ký sinh trùng nào có
liên quan đến sự lây truyền, tuy nhiên nhiều phương pháp trong số này không phù hợp
lắm với nhiễm trùng đa dòng cao được quan sát thấy trong dịch tể. Hơn nữa, mặc dù
đã lấy mẫu dày đặc nhưng ở một khu vực có khả năng lây nhiễm cao như vậy, không
thể xác định chính xác thời điểm lây nhiễm quan sát được ở cả người và muỗi, do đó
chúng ta không thể phân biệt được các sự kiện đồng truyền và bội nhiễm một cách
chắc chắn.
Sự hiểu biết của chúng ta về sự lây truyền bệnh sốt rét bị giới hạn bởi khả năng
giám sát và nghiên cứu sự lây truyền mạnh của muỗi và thói quen của nó trong tự
nhiên. Mặc dù dữ liệu về bộ gen của kí sinh trùng và chiến lược lấy mẫu chuyên sâu có
thể cung cấp cái nhìn sâu hơn về cơ chế lây nhiễm nhưng những điều này bị hạn chế
do chúng ta lấy mẫu không toàn bộ các đợt lây truyền trong quần thể. Các mô hình mô
phỏng khi được thông báo bằng dữ liệu đoàn hệ chi tiết, có khả năng bổ sung cho hiểu
biết của chúng ta về sinh thái học của muỗi bằng cách điều tra tính hợp lý về mặt sinh
học của các thói quen khác nhau của muỗi.
Đặc biệt, các nghiên cứu giám sát phân tử bệnh sốt rét thường dựa vào sự đa dạng
di truyền và mối liên quan của ký sinh trùng để xác định sự khác biệt về cường độ lan
truyền hoặc để phát hiện ra các động lực lan truyền chẳng hạn như các ổ lan truyền
không gian, nhưng những nghiên cứu này cũng tập trung nhiều vào việc xác định kiểu
gen của ký sinh trùng trong các ca nhiễm bệnh ở người. Nghiên cứu này và các nghiên
cứu khác đã chứng minh rằng muỗi là ổ chứa quan trọng của sự đa dạng di truyền ký
sinh trùng . Ngoài việc mô tả đặc điểm mức độ đa dạng của ký sinh trùng, nghiên cứu
này còn làm sáng tỏ vai trò của sự bội nhiễm của muỗi, nhiễm trùng phức tạp thông
qua việc chích (cắn) hút máu nhiều người nhiễm bệnh, và đồng lây truyền, mắc các
bệnh nhiễm trùng phức tạp bằng cách thu được nhiều hơn một bản sao ký sinh trùng,
khác biệt về mặt di truyền trong một vết. Trong nghiên cứu này, chúng ta đã chỉ ra
rằng các kiểu cắn không đồng nhất và phức tạp liên quan đến mức độ đáng kể của cả
đồng lây truyền và bội nhiễm có thể đóng một vai trò quan trọng trong việc duy trì
mức độ lây truyền bệnh sốt rét cao. Kết luận này chỉ ra sự cần thiết phải tích hợp các
phân tích về sự lây nhiễm của muỗi vào các nghiên cứu giám sát phân tử để giải thích
rõ hơn về vai trò quan trọng của động lực truyền bệnh của muỗi trong việc duy trì sự
lan truyền bệnh sốt rét.

Tài liệu tham khảo

Sự đóng góp của tác giả
SB và AW đã hình thành và thực hiện phân tích định lượng, đồng thời viết bài báo.
SB, WPO, SMT và AW giải thích những phát hiện. WPO, SMT, BF, AAO, JKK, JM
và LA đã thiết kế và thực hiện nghiên cứu đoàn hệ. WPO, SMT, BF và ZL đã thực
hiện phân tích di truyền. Tất cả các tác giả đã xem xét và sửa đổi bản thảo.

Tài trợ và Lời cảm ơn

AW được hỗ trợ bởi Giải thưởng Nghề nghiệp tại Giao diện Khoa học từ Quỹ
Burroughs Wellcome, và bởi Viện Dị ứng và Bệnh Truyền nhiễm Quốc gia
(R01AI146849). SB, RA và AW đều được hỗ trợ bởi Giải thưởng Nhà sáng tạo mới
của Giám đốc Viện Y tế Quốc gia, số cấp DP2LM013102-0 và bởi Viện Dị ứng và
Bệnh Truyền nhiễm Quốc gia (1R01A1160780-01). Công việc này được hỗ trợ bởi
NIAID (R21AI126024 tới WPO và R01AI146849 tới WPO và SMT). Chúng tôi xin
cảm ơn các kỹ thuật viên hiện trường ở Webuye vì sự tương tác của họ với những
người tham gia nghiên cứu: I. Khaoya, L. Marango, E. Mukeli, E. Nalianya, J. Namae,
L. Nukewa, E. Wamalwa và A. Wekesa.

Dữ liệu sẵn có và phê duyệt đạo đức

Dữ liệu trình tự được phân tích trong nghiên cứu hiện tại có sẵn từ NCBI
(PRJNA646940). nghiên cứu là được phê duyệt bởi hội đồng đánh giá đạo đức của Đại
học Moi (2017/36), Đại học Duke (Pro00082000) và Đại học Bắc Carolina ở Chapel
Hill (19–1273).

Tham khảo
1. Tác giả: Bhatt, S. và cộng sự.
Hiệu quả của việc kiểm soát bệnh sốt rét đối với Plasmodium falciparum ở Châu
Phi từ năm 2000 đến năm 2015.
Nguồn: Nature 526, 207–211 (2015).

2. Tác giả: Pluess, B., Tanser, F. C., Lengeler, C. & Sharp, B. L.

Phun tồn lưu trong nhà để phòng chống bệnh sốt rét.Hệ thống cơ sở dữ liệu
Cochrane.
Nguồn: Syst. Rev.CD006657 (2010).

3. Tác giả: Pryce, J., Richardson, M. & Lengeler, C.

Màn tẩm thuốc diệt côn trùng để ngăn ngừa bệnh sốt rét. Cochrane. Hệ thống cơ sở
dữ liệu
Nguồn: Rev. 11, CD000363 (2018).

4. Tác giả: Feachem, R. G. A. và cộng sự.

Loại trừ bệnh sốt rét trong vòng một thế hệ: đầy tham vọng, có thể đạt được và cần
thiết.The Lancet vol. 394 1056–1112 Bản in trước tại
https://doi.org/10.1016/s0140-6736(19)31139-0 (2019).

5. Báo cáo sốt rét thế giới 2021.

https://www.who.int/teams/global-malaria-programme/reports/world-malaria-
report-2021.

6. Tác giả: Mathanga, D. P. và cộng sự.

Kiểm soát bệnh sốt rét ở Malawi: hiện trạng và định hướng cho tương lai. Acta
nhiệt đới.
 Nguồn: 121, 212–217 (2012).

7. Tác giả: Ssempiira, J. et al.

Mô hình địa lý dữ liệu khảo sát chỉ số sốt rét để đánh giá tác động của các can thiệp
về phân bố địa lý tỷ lệ mắc sốt rét ở trẻ em dưới 5 tuổi ở Uganda.
Nguồn: PLoS One 12, e0174948 (2017).

8. Tác giả: Rabinovich, R. N. và các cộng sự

Chương trình nghiên cứu cập nhật về loại trừ và thanh toán bệnh sốt rét.
Nguồn: PLoS Med. 14, e1002456 (2017).

9. Chương trình, G. M. Khuôn khổ loại trừ bệnh sốt rét.

Nguồn: https://www.who.int/publications/i/item/9789241511988 (2017).

10. Tác giả: Nwakanma, D. và các cộng sự.

Độ phức tạp giao tử cao và khả năng lây nhiễm của muỗi đối với Plasmodium
falciparum trong Gambia.
Nguồn: Int. J. Parasitol. 38, 219–227 (2008).

11. Tác giả: Arez, A.P. và cộng sự.

Sự truyền hỗn hợp các loài Plasmodium và Kiểu gen Plasmodium falciparum.
Nguồn: Am.J. trop. med. Hyg. 68, 161-168 (2003).

12. Tác giả: Nkhoma, SC cùng đồng nghiệp.

Đồng lây truyền các dòng ký sinh trùng sốt rét có liên quan Hình dạng bên trong ký
sinh trùng ký chủ đa dạng. Máy chủ di động & Vi khuẩn tập. 27 93–103.e4. Bản in
trước tại https://doi.org/10.1016/j.chom.2019.12.001 (2020).

13. CDC-Trung tâm Kiểm soát & Phòng ngừa Dịch bệnh. CDC - Malaria - Giới
thiệu về Sốt rét - Sinh học. (2009).

14. Tác giả: Keven, J. B. và cộng sự.

Lựa chọn không ngẫu nhiên và hút máu nhiều vật chủ của người bởi Anopheles Vật
trung gian: Ý nghĩa đối với sự lan truyền bệnh sốt rét ở Papua New Guinea.
Nguồn: Am. J. Trop. Med. Hyg. 105, 1747–1758 (2021).
 15. Tác giả: Logue,K cùng đồng nghiệp.
Đặc điểm không thiên vị của các bữa ăn hút máu muỗi Anopheles theo mục tiêu
trình tự thông lượng cao.
Nguồn: PLoS Negl. Trop. Dis. 10, e0004512 (2016).

16. Tác giả: Bousema, T. & Drakeley, C

Dịch tễ học và tính lây nhiễm của Plasmodium falciparum và Plasmodium vivax tế
bào giao tử liên quan đến kiểm soát và loại trừ bệnh sốt rét.
Nguồn: Clin. Microbiol. Rev. 24, 377–410 (2011).

17. Tác giả: Stone, W., Gonçalves, B. P., Bousema, T. & Drakeley, C.
Đánh giá nguồn lây nhiễm của falciparum sốt rét: quá khứ và tương lai.
Nguồn: Trends Parasitol. 31, 287–296 (2015).

18. Tác giả: Degefa, T., Githeko, A. K., Lee, M.-C., Yan, G. & Yewhalaw, D.
Các mô hình con người tiếp xúc sớm với buổi tối và muỗi đốt ngoài trời và truyền
bệnh sốt rét còn sót lại ở Ethiopia.
Nguồn: Acta Trop. 216, 105837 (2021)

19. Tác giả: Russell, T. L. và cộng sự.

Tăng tỷ lệ cho ăn ngoài trời trong quần thể véc tơ sốt rét còn sót lại sau khi tăng
cường sử dụng màn tẩm hóa chất diệt côn trùng ở vùng nông thôn Tanzania. Sốt rét
Tạp chí vol. 10 Bản in trước tại
Nguồn: https://doi.org/10.1186/1475-2875-10-80 (2011).

20. Tác giả: Bonnet, S., Gouagna, C., Safeukui, I., Meunier, J. Y. & Boudin, C.
So sánh màng nhân tạo cho ăn bằng cách cho ăn trực tiếp qua da để ước tính khả
năng lây nhiễm của người mang giao tử Plasmodium falciparum đến muỗi.
Nguồn: Trans. R. Soc. Trop. Med. Hyg. 94, 103–106 (2000)

21. Tác giả: Bousema, T. và cộng sự.

Thử nghiệm cho muỗi ăn để xác định khả năng lây nhiễm của muỗi bị nhiễm bệnh
tự nhiên người mang giao tử Plasmodium falciparum.
Nguồn: PLoS One 7, e42821 (2012).

22. Tác giả: Lima, J. B. P., Rosa-Freitas, M. G., Rodovalho, C. M., Santos, F. &
Lourenço-de-Oliveira, R.
 Có dụng cụ hoặc phương pháp thu thập hiệu quả để lấy mẫu Anopheles Darlingi và
các véc tơ sốt rét khác có thể mô tả các thông số thiết yếu ảnh hưởng đến động lực lan
truyền hiệu quả như sự nắm bắt của con người?
Nguồn: A Review. Mem. Inst. Oswaldo Cruz 109, 685–705 (2014)

23. Tác giả: Briët, O. J. T cùng cộng sự.

Các ứng dụng và hạn chế của Trung tâm Kiểm soát và Phòng ngừa Dịch bệnh thu
nhỏ bẫy đèn để đo mật độ vết cắn của quần thể véc tơ sốt rét châu Phi: phân tích tổng
hợp 13 so sánh với sản lượng đánh bắt khi hạ cánh của con người.
Nguồn: malar. J. 14, 247 (2015).

24. Tác giả: Churcher, T. S., Trape, J.-F. & Cohuet, A.

Hiệu suất lây truyền từ người sang muỗi tăng lên khi bệnh sốt rét được kiểm soát.
Nguồn: Nat. Commun. 6, 6054 (2015).

25. Tác giả: Andolina, C. và các cộng sự.

Các nguồn lan truyền sốt rét dai dẳng trong môi trường kiểm soát sốt rét hiệu quả ở
miền đông Uganda: một nghiên cứu đoàn quan sát, theo chiều dọc.
Nguồn: Lancet Infect. Dis. 21, 1568–1578 (2021).

26. Tác giả: Mandal, S., Sarkar, R. R. & Sinha, S.

Các mô hình toán học của bệnh sốt rét--một bài phê bình.
Nguồn: malar. J. 10, 202 (2011).

27. Tác giả: Smith, N. R. và cộng sự.

Các mô hình lây truyền bệnh sốt rét dựa trên tác nhân. tổng quan hệ thống.
Nguồn: malar. J. 17, 299 (2018).

28. Tác giả: Smith, T. và cộng sự.

Hướng tới một mô hình mô phỏng toàn diện về dịch tễ học và kiểm soát bệnh sốt
rét.
Nguồn: Parasitology 135, 1507–1516 (2008).

29. Tác giả: Wu, SL và cộng sự.

Kinh tế sinh học véc tơ và năng lực véc tơ là đặc tính nổi bật của các hành vi và
hoạt động của muỗi sinh thái học.
Nguồn: PLoS Comput. Biol. 16, e1007446 (2020).
 30. Tác giả: Gonçalves, B. P.và cộng sự.
Kiểm tra ổ chứa bệnh sốt rét do Plasmodium falciparum ở người ở người vùng có
cường độ truyền dẫn khác nhau. Truyền thông tự nhiên vol. 8 In trước tại
Nguồn: https://doi.org/10.1038/s41467-017-01270-4 (2017).

31. Tác giả: Sumner, K. M.và cộng sự.

Xác định kiểu gen cùng nguồn gốc Plasmodium falciparum ở người và muỗi để ước
tính tiếp tục lây truyền các bệnh nhiễm trùng không triệu chứng.
Nguồn: PLoS Comput. Biol. 16, e1007446 (2020).

32. Tác giả: Zhou, G. và các cộng sự.

Thay đổi mô hình dịch tễ học bệnh sốt rét giữa năm 2002 và 2010 ở Tây Kenya:
mùa thu và tăng của bệnh sốt rét.
Nguồn: PLoS One 6, e20318 (2011).

33. Tác giả: Kapesa, A. và các cộng sự.

Tỷ lệ mắc và tử vong do sốt rét hiện nay ở các vùng lan truyền khác nhau ở phương
Tây Kê-ni-a.
Nguồn: PLoS One 13, e0202031 (2018).

34. Tác giả: O'Meara, W. P. và các cộng sự.

Phơi nhiễm với muỗi và bệnh sốt rét: Một phân tích vi mô về hộ gia đình quần thể
muỗi và bệnh sốt rét trong một đoàn hệ theo chiều dọc dựa trên dân số ở miền tây
Kenya
Nguồn: J. Infect. Dis. 221, 1176–1184 (2020).

35. Tác giả: Scott, T. W. & Takken, W.

Chiến lược cho muỗi anthropophilic ăn dẫn đến tăng nguy cơ mắc bệnh truyền mầm
bệnh.
Nguồn: Trends Parasitol. 28, 114–121 (2012).

36. Tác giả: Thongsripong, P., Hyman, J. M., Kapan, D. D. & Bennett, S. N.
Tiếp xúc giữa người và muỗi: Một liên kết còn thiếu trong Hiểu biết của chúng ta về
động lực lây truyền bệnh do muỗi truyền.
Nguồn: Ann. Entomol. Soc. Am. 114, 397–414 (2021)
 37. Tác giả: Kabbale, F. G., Akol, A. M., Kaddu, J. B. & Onapa, A. W.
Các kiểu cắn và tính thời vụ của Anopheles gambiae sensu lato và muỗi Anopheles
funestus ở quận Kamuli, Uganda.
Nguồn: Ann. Entomol. Soc. Am. 114, 397–414 (2021)

38. Tác giả: Mbogo, CN và các cộng sự.

Tập tính hút máu của Anopheles gambiae s.l. và Anopheles funestus ở Kilifi Quận
Kenya.
Nguồn: J. Am. Mosq. Control Assoc. 9, 225–227 (1993)

39. Tác giả: Bretscher, M. T. và cộng sự.

Thời gian điều trị dự phòng sốt rét sau khi điều trị bằng artesunate-amodiaquine và
artemether-lumefantrine và tác dụng của pfmdr1 86Y và pfcrt 76T: a phân tích tổng
hợp dữ liệu bệnh nhân cá nhân.
Nguồn: BMC Med. 18, 47 (2020).

40. Tác giả: Guelbéogo, W. M. và các cộng sự.

Sự thay đổi trong phơi nhiễm tự nhiên với muỗi anopheles và ảnh hưởng của nó đối
với bệnh sốt rét quá trình lây truyền.
Nguồn: Elife 7, (2018).

41. Tác giả: Gillies, M. T.

Thời gian của chu kỳ sinh dưỡng ở Anopheles gambiae và Anopheles funestus, với
một lưu ý về hiệu quả của bắt tay.
Nguồn: East Afr. Med. J. 30, 129–135 (1953).

42. Tác giả: Klowden, M. J. & Briegel, H.

Chu kỳ sinh dưỡng của muỗi và khả năng kiếm ăn nhiều lần: sự tương phản giữa
Anopheles và Aedes
Nguồn: (Diptera: Culicidae). J. Med. Entomol. 31, 618–622 (1994).

43. Tác giả: Mala, A. O. và cộng sự.

Thời gian chu kỳ dị dưỡng, khả năng sinh sản và tính chẵn lẻ của phức hợp
Anopheles gambiae muỗi trong thời tiết khô hạn kéo dài ở khu vực bán khô hạn ở Hạt
Baringo, Kenya.
Nguồn: int J Mosq Res 1, 28–34 (2014).
 44. Tác giả: Beier, J. C.
Sự phát triển của ký sinh trùng sốt rét ở muỗi hàng năm.
Nguồn: Annu. Rev. Entomol. 43, 519–543 (1998).

45. Tác giả: Degefa, T.và cộng sự.

Giám sát véc tơ sốt rét trong nhà và ngoài trời ở miền tây Kenya: ý nghĩa tốt hơn sự
hiểu biết về truyền dư.
Nguồn: malar. J. 16, 443 (2017).

46. Tác giả: Ndenga, B.và cộng sự.

Động lực dân số của các véc tơ sốt rét ở vùng cao nguyên phía tây Kenya
Nguồn: J. Med. Entomol.43, 200–206 (2006).

47. Tác giả: Briggs, J. và các cộng sự.

Nhóm các bệnh nhiễm trùng Plasmodium falciparum trong hộ gia đình có liên quan
đến di truyền trong một khu vực lây truyền vừa phải của Uganda.
Nguồn: malar. J. 20, 68 (2021).

48. Tác giả: Griffin, J. T. và cộng sự.

Tiềm năng giảm gánh nặng và loại trừ bệnh sốt rét tại địa phương bằng cách giảm
sự lan truyền bệnh sốt rét do Plasmodium falciparum: một nghiên cứu mô hình toán
học.
Nguồn: Lancet Infect. Dis. 16, 465–472 (2016).

49. Tác giả: Sy, M. và cộng sự.

Giám sát bộ gen của Plasmodium falciparum cho thấy xu hướng không gian và thời
gian, mối liên hệ về khoảng cách di truyền và vật lý, và phân cụm hộ gia đình.
Nguồn: Sci. Rep. 12, 938 (2022)

50. Tác giả: Võ, T. C và cộng sự.

Giám sát phân tử bệnh sốt rét ở Tây Nguyên, Việt Nam.
Nguồn: Parasitol. Int. 83, 102374 (2021)

51. Tác giả: Tusting, L. S., Bousema, T., Smith, D. L. & Drakeley, C.
Chương Ba - Đo lường Thay đổi trong sự lây truyền của Plasmodium falciparum:
Độ đúng, độ chính xác và chi phí đo lường. trong Tạm ứng trong Ký sinh trùng (ed.
Rollinson, D.) tập. 84 151–208 (Academic Press, 2014).
 52. Tác giả: Annan, Z. và các cộng sự.
Cấu trúc di truyền quần thể của Plasmodium falciparum ở hai véc tơ chính ở châu
Phi, Anopheles gambiae và Anopheles funestus.
Nguồn: Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 104, 7987–7992 (2007).