‫فصل چهارم‪ :‬پروتئینها‪ :‬ساختمان‬

‫برای ساخت پروتئینها ابتدا اسیدهای آمینه به عنوان سازندهی پروتئینها هستند‪.‬‬

‫قسمت اول‪ :‬اسیدهاي آمینه به عنوان بلوكهاي ساختمانی‬

‫پیوندهاي پپتیدي‬

‫اولین پیوندی که اسیدهای آمینه تشکیل میدهند‪ ،‬در ساده ترین حالت‬
‫ترکیب دو اسید آمینه و ایجاد پیوند پپتیدی است‪.‬‬

‫این پیوند پپتیدی بین دو اسیدآمینه مختلف تشکیل میشود‪ ،‬معمولا اگر‬
‫یک اسید آمینه در تشکیل پیوند پپتیدی اسید آمینهی دیگری شرکت‬
‫کرد‪ ،‬به هرکدام از اینها به جای اسید آمینه ریشه یا رزیدو گفته‬
‫میشود‪.‬‬

‫تشکیل اسیدهای آمینه یک واکنشی است که به آن سنتز یا آبدهی گفته میشود؛ در سنتز یا آبدهی دو اسید آمینه که دو بیومولکول هستند از طریق‬
‫گروههای عاملی خود باهمدیگر ترکیب شده و پیوند آمیدي یا پپتیدي ایجاد میکنند‪.‬‬

‫پیوند آمیدی یا پپتیدی یک پیوند کووالانس است و یکسری ویژگیها دارد‪.‬‬

‫پیوندی که تشکیل میشود نیاز به مصرف انرژی دارد‪ ،‬این پیوند انرژيخواه است و معمولا در بدن انسان بیوسنتز زنجیرههای پلی پپتیدی در داخل اندامکی‬
‫به نام ریبوزوم انجام میشود‪.‬‬

‫از طرفی شکستن پیوند پپتیدی برآیندی است که انرژيزا است و دلتا جی این واکنش منفی است‪.‬‬

‫نحوه نمایش ساختمان پپتیدي‬

‫برای نامگذاری یک زنجیرهی پلیپپتیدی باید دو نکته را در نظر بگیریم‪:‬‬

‫‪ )1‬برای نامگذاری یک زنجیرهی پلی پپتیدی معمولا از سمت آمین شروع میکنیم‪ ،‬در یک‬
‫پیوند پپتیدی معمولا بارها مربوط به زنجیرهی جانبی است‪ .‬برای محاسبه بار یک پلی پپتید‬
‫باید بار زنجیرهی جانبی را بدانیم‪ .‬اینکه این اسیدآمینه در زنجیرهی جانبی خود باردار است یا خیر؟‬
‫تعداد زیادی گروه های آلفا آمین و آلفا کربوکسیل در تشکیل پیوندهای پپتیدی شرکت می کنند‪ ،‬اگر یک آلفا آمین با یک آلفا کربوکسیل پیوند‬
‫پپتیدی را تشکیل دهد دیگر هیچگونه باری ندارد‪ .‬اگر جدا باشند گروه کربوکسیل بار منفی و گروه آمین بار مثبت دارد‪ .‬ولی وقتی در تشکیل پیوند‬
‫پپتیدی شرکت می کنند هیچ باری ندارند‪ .‬بارها در آمین ابتدایی و کربوکسیل انتهایی میماند که همدیگر را خنثی میکنند‪ ،‬پس فقط بار زنجیرهی‬
‫جانبی باقی میماند‪.‬‬
‫‪ )2‬برای خواندن یک زنجیرهی پلی پپتیدی معمولا از انتهای آمینی آزاد استفاده میکنند‪ NT ،‬مینال یعنی انتهای آمینی و انتهای کربوکسیل را با ‪CT‬‬
‫یعنی کربوکسیل ترمینال نامیده میشود‪ .‬از انتهای آمینی شروع به خواندن میکنیم و میدانیم که زنجیرههای جانبیمان چه هستند و با نوع اسید‬
‫آمینه زنجیرهی جانبی را شناسایی میکنیم‪.‬‬
‫در شکل اولین زنجیرهی جانبی برای سرین است میگوییم سریل ‪ ، NT‬تیروزیل‪ ،‬الانیل‪ ،‬ولی آخری را خودش را میخوانیم ایزولوسین‪( .‬همه را به‬
‫ایل ختم می کنیم فقط آخری را با اسم درست خودش میخوانیم‪.‬‬
 ‫پلیمر اسیدهاي آمینه‬

‫اولیگوپپتید ≤ ‪ 11‬اسید آمینه‬ ‫‪‬‬

‫پپتید ≤ ‪ 01‬اسید آمینه‬ ‫‪‬‬
‫پلی پپتید و پروتئین > ‪ 01‬اسید آمینه‬ ‫‪‬‬

‫اگر بخواهیم اسیدهای آمینه را از نظر تعداد کلی طبقه بندی کنیم‪ ،‬پروتئین یا یک گلویکوپپتید را بخواهیم تقسیمبندی کنیم‪ ،‬اگر ده اسید آمینه یا کمتر‪،‬‬
‫زنجیرهی پلی پپتیدی را تشکیل دهد به آن اولیگوپپتید گفته میشود‪ .‬در اولیگوپپتید معمولا دیپپتیدها و تریپپتیدها قرا میگیرند‪ .‬اما گاهی اگر اولیگوپپتید‬
‫از دو اسید آمینه ساخته شده باشد‪ ،‬لفظ دیپپتید یا سه تا باشد تریپپتیدی را به کار میبریم‪.‬‬

‫اگر تا پنجاه اسید آمینه (بین ‪ 11‬تا ‪ )01‬داشته باشد‪ ،‬پپتید گفته میشود و اگر بیشتر از پنجاه اسید آمینه باشد‪ ،‬پلیپپتید و پروتئین گفته میشود‪.‬‬

‫هر کدام از اسیدهای آمینه یک وزن مولکولی دارند‪ ،‬سبکترین آنها گلایسین و سنگینترین تریپتوفان است‪ .‬وقتی ما میخواهیم وزن کلی یک زنجیرهی‬
‫پلی پپتیدی را بررسی کنیم‪ ،‬وزن کلی همه را در یک پلیپپتید حدود ‪ 111‬دالکون در نظر میگیریم‪ ،‬برای اینکار یک میانگینی بین همهی اینها در نظر‬
‫گرفته و حدود ‪ 111‬میشود؛ مثلا اگر پنج اسید آمینه بود آنرا ضربدر ‪ 111‬میکنیم‪ .‬وزن مولکولی پروتئینها و پلی پپتیدها از ‪ 0011‬دالکون یا ‪ 0/0‬کیلو‬
‫دالکون بیشتر است‪.‬‬

‫فرق بین پروتئین و پلیپپتید‪ :‬از یک پروتئینی که فقط تا ساختار سوم یک زنجیره را دارد و از یک زنجیرهی پلی پپتیدی ساخته شده است‪ ،‬نتیجه‬
‫می گیریم که پروتئین همان پلی پپتید است‪ .‬میوگلوبین یک پروتئینی است که از یک زنجیرهی پلی پپتیدی ساخته شده است‪.‬‬

‫اما اگر پروتئین ساختار چهار داشته باشد‪ ،‬به عبارتی پروتئین از بیش از یک زنجیرهی پلی پپتیدی ساخته شده باشد‪ ،‬میگوییم چهار زنجیرهی پلیپپتیدی‬
‫یک پروتئین ساخته شده است‪.‬‬

‫هورمون آزادکننده تیروتروپین (‪)TRH‬‬

‫به علت اینکه سادهترین پروتئین است بررسی کردهایم‪.‬‬ ‫‪-‬‬

‫از سه اسید آمینه ساخته شده است‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫یک تری پپتید یا هلیگوپپتید است‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫در این ساختار یکی از اسیدهاي آمینه تغییر ساختار‬ ‫‪-‬‬
‫داده است‪ :‬گلوتامات معمولا داراي زنجیرهي جانبی‬
‫خطی است‪ ،‬اینجا حالت پیروگلوتامات دارد‪.‬‬
‫پیوند پپتیدی به صورت طبیعی است‪.‬‬ ‫‪-‬‬

‫نکته‪ :‬پیوند پپتیدي زمانی طبیعی است که بین آلفاآمین یکی با آلفا کربوکسیل دیگر تشکیل شده باشد‪.‬‬

‫اگر آلفا آمین یکی با گروه کربوکسیل زنجیرهی جانبی دیگری پیوند پپتیدی تشکیل دهد‪ ،‬پیوند پپتیدي تغییر یافته است‪.‬‬

‫سوال‪ :‬کدام یک از این پروتئین ها از نظر اسیدهای آمینه‪ ،‬دارای اسیدآمینه تغییر یافته است؟ هورمون آزادکننده تیروتروپین (‪)TRH‬‬

‫در ‪ Prolyamide‬هم به زنجیرهی جانبی پرولین یک آمین اضافه شده است‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫هورمون آزادکننده تیروتروپین (‪ )TRH‬از غدهی هیپوتالاموس آزاد میشود‪ ،‬از طریق مسیر مویرگی به سلولهای هیپوفیز پیشین میرسد‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫سلولهای هیپوفیز پیشین را تحت عنوان تیروتروپ میگوییم که هورمون تیروتروپین را آزاد میکنند‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫تیروتروپ یعنی سلول و تیروتروپین یعنی هورمون آن‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫پس ‪ TRH‬آزاد شده و بر تیروتروپ اثر میگذارند و هورمون تیروتروپین (‪ )TSH‬را ازاد میکنند‪ TSH ،‬بر روی غدهی تیروئید تاثیر گذاشته و باعث‬ ‫‪-‬‬
‫آزاد شدن ‪ T3‬و ‪ T4‬میشود‪.‬‬
‫هورمون گلوتاتیون (‪ )GSH‬یک مادهی کوآنزیم دارای آنزیم های اکسیداسیون احیا است‪ ،‬که دارای پیوند تغییر یافته است‪.‬‬ ‫‪-‬‬

‫تکمیلی‪ :‬این ماده بهطور طبیعی در کبد انسان بر اثر ترکیب این سه اسید آمینه به وجود میآید‪ .‬گلوتاتیون یک آنتیاکسیدان قوی است و باعث‬
‫محافظت اجزای مهم سلولی در برابر واکنش با گروههای عاملی اکسیژن دار مانند رادیکال های آزاد و پراکسیدها میشود‪ .‬ترکیبات سمی دارای رادیکال‬
‫آزاد‪ ،‬معمولاً با گلوتاتیون ترکیب شده و از بدن خارج میشوند‪.‬‬

‫گاما از گلوتامت است و گفته میشود‪ ،‬گاما‪-‬گلوتامیلسیستئین‪-‬گلیسین ‪ ،‬در اینجا پیوند پپتیدی پیوند بین آلفا آمین از یک ناحیه با کربوکسیل‬ ‫‪-‬‬
‫زنجیره ی جانبی دیگری است‪ .‬این پیوند پپتیدی تغییر یافته دارد ولی مورد قبل اسیدآمینهی تغییر یافته داشت‪.‬‬
‫گلوتاتیون‪ ،‬یک تری پپتیدی است که به عنوان آنزیمهایی عمل میکند که در اکسیداسیون و احیا نقش دارد‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫در بعضی از بیماریها مادهای به نام ‪ NADPH‬تولید نمیشود‪ NADPH .‬کوآنزیم آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز است‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫گلوتاتیون دو شکل دارد‪ :‬گلوتاتیون اکسید و گلوتاتیون احیا‬ ‫‪-‬‬

‫قسمت فعال گلوتاتین اسید آمینهی سیستئین هست‪ ،‬زنجیرهی جانبی اسید آمینه سیستئین‪ ،‬سولفیدریک یا تیور است‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫گلوتاتیون احیا‪ :‬اگر سولفیدریک یا تیور در گلوتاتیون با یک گلوتاتیون دیگر پیوند دیسولفید تشکیل ندهد و به صورت ‪ SH‬باقی بماند‪ ،‬گلوتاتیون‬ ‫‪-‬‬
‫احیا نامیده میشود‪.‬‬
‫گلوتاتیون اکسید‪ :‬اگر یک مولکول گلوتاتیون از طریق ‪ SH‬با ‪ SH‬یک گلوتاتیون دیگر پیوند دیسولفید تشکیل دهند‪ ،‬گلوتاتیون اکسید نامیده‬ ‫‪-‬‬
‫میشود‪.‬‬
‫گلوتاتیون احیا آنزیم بعدی را فعال میکند‪ .‬میتواند در جایگاه فعال آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز نشسته و آن را فعال میکنند‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز آب اکسیژنه یا هر پراکسید هیدروژن دیگری را از بین میبرد و آب اکسیژنه را به آب تبدیل میکند‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫هیدروپراکسید (‪ )ROOH‬یعنی دو تا اکسیژن داشته باشد‪ .‬که یک ماده ی سمی است و آب اکسیژنه یکی از هیدروپراکسیدها است که اگر در بدن‬ ‫‪-‬‬
‫زیاد شود‪ ،‬غشای گلبول قرمز را پاره کرده و آن را از بین میبرد‪.‬‬
‫با از بین رفتن غشای تعداد زیادی از گلبولهای قرمز‪ ،‬همولیز شده و از فعالیت آنها کاسته خواهد شد و آنمی همولیتیک ایجاد میشود‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫آنمی همولیتیک‪ :‬همولیتیک به معنای شکسته شدن است و زمانی که گلبول قرمز همولیز میشود‪( .‬همولیز یعنی ریختن هموگلوبین از داخل‬
‫گلبول قرمز به بیرون به دلیل پاره شدن غشای آن)‬
‫اگر ‪ NADPH‬وجود نداشته باشد؛ آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز فعال نخواهد شد و در نتیجه گلوتاتیون اکسید به گلوتاتیون احیا تبدیل نخواهد شد‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫تبدیل گلوتاتیون اکسید به گلوتاتیون احیا توسط آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز صورت میگیرد‪ ،‬اگر گلوتاتیون احیا نباشد‪ ،‬آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز‬ ‫‪-‬‬
‫فعال نخواهد شد و غلظت آب اکسیژنه در سلول بالا رفته و آنمی همولیتیک اتفاق خواهد افتاد‪.‬‬
‫توضیحات اضافی‪ :‬فرم اکسید شده گلوتاتیون توسط گلوتاتیون ردوکتاز و کوآنزیم ‪ NADPH‬به گلوتاتیون احیاء تبدیل می شود‪.‬گلوتاتیون احیاء یکی‬
‫از مهم ترین آنتی اکسیدان های بدن است و حضور گلوتاتیون احیاء به دلیل دارا بودن عوامل سولفوردار در ساختارش به عنوان یک عامل پایدار کننده‬
‫غشای سلولی است ‪ .‬حذف آن منجر به تجمع رادیکال های آزاد و آسیب های بیوشیمیایی از طریق تشکیل پیوند کووالان بین درشت مولکول ها و‬
‫پراکسیدسیون لیپیدها خواهد شد‪.‬‬

‫‪ FAD‬و ‪ NADP‬به عنوان کوآنزیمهای آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز و ‪( Se‬سلنیوم) به عنوان کوآنزیم گلوتاتیون پراکسیداز محسوب میشوند‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫کوفاکتور‪ :‬شامل همهی موارد بالا به صورت کلی میشود‪ .‬به دو صورت معدنی (مانند سلنیوم که از جنس یونهای فلزی دو ظرفیتی یا سه‬ ‫‪-‬‬
‫ظرفیتی‪ ،‬مثل سدیم‪ ،‬پتاسیم‪ ،‬منیزیم‪ ،‬کلسیم هستند) و آلی (مشتقی از سه دستهی پروتئینی‪ ،‬متابولیتی یا ویتامینی هستند مثل ‪ )NADPH‬وجود‬
‫دارد؛ که به کوفاکتورهای آلی کوآنزیم گفته میشود‪.‬‬

‫پلی پپتیدها و پروتئین ها‬

‫معمولاً ‪ 01‬تا ‪ 2111‬اسید آمینه‬ ‫‪‬‬

‫‪ -‬البته استثناهایی هم وجود دارد‪.‬‬
‫انسولین کوچکترین با ‪ 01‬اسید آمینه‬ ‫‪‬‬
‫‪ -‬دو زنجیرهی پلی پپتیدی دارد‪( .‬زنجیرهی ‪ A‬با ‪ 21‬اسید آمینه و زنجیرهی ‪ B‬با ‪ 01‬اسید آمینه)‬
‫‪ -‬این دو زنجیره از طریق پیوند دیسولفید به هم متصل میشوند‪.‬‬
‫‪ -‬پیوند دیسولفید بین اسیدهای آمینهی سیستئین ایجاد میشوند چون ‪ SH‬آزاد دارد‪.‬‬
‫‪ -‬کار انسولین‪ ،‬کاهش قند خون است و زمانی ترشح میشود که قند خون از مقدار حالت ناشتا (‪ 01‬به بالا تا صد) باشد‪.‬‬
‫‪ -‬حالت ناشتا‪ :‬حالتی که هیچ ماده ی غذایی از روده به داخل خون جذب نشود‪ ،‬ناشتا اگر به طول بیانجامد باعث گرسنگی خواهد شد و‬
‫گرسنگی (از ‪ 01‬کمتر) هایپوگلایسمی نامیده میشود‪.‬‬
‫‪ -‬بیماری دیابت زمانی ایجاد میشود که قند خون بعد از دو ساعت از خوردن غذا بالاتر از ‪ 121‬باشد‪.‬‬
‫تیتین بزرگترین پروتئین شناخته شده با ‪ 20111‬اسید آمینه‬ ‫‪‬‬
‫‪ -‬این پروتئین دورتادور ماهیچههای اسکلتی را گرفته و مانع از کشش بیش از اندازهی ماهیچهها میشود‪.‬‬

‫پیوندهاي موجود در اسکلت پپتیدي‬

‫پیوند )‪phi (φ‬‬ ‫‪‬‬

‫پیوند )‪psi (ψ‬‬ ‫‪‬‬
‫پیوند پپتیدی‬ ‫‪‬‬

‫پیوند پپتیدی بین کربن کربوکسیل و قسمت آمینی تشکیل شده است‪ .‬و ‪ 0‬ویژگی دارد‪:‬‬ ‫‪-‬‬
‫‪ )1‬حدفاصل بین پیوندهای یگانه ‪ C-N‬برابر ‪ 1/49‬انگستروم و پیوندهای دوگانه ‪ C=N‬برابر ‪ 1/27‬انگستروم است‪ .‬در اینجا طول پیوند ‪C-N‬‬
‫از پیوند دوگانه بزرگتر و از پیوند یگانه کوچکتر است؛ نتیجه گرفتند که این پیوند خاصیت شبه مضاعف دارد و بعضی مواقع مانند پیوند‬
‫دوگانه و گاهی به صورت پیوند یگانه عمل میکند‪.‬‬

‫رزونانس پیوند پپتیدي‬ ‫انگستروم (به انگلیسی‪ ) Angstrom :‬یک «یکای» طول برابر با ‪ 11‬به توان‪ -11‬متر است‪.‬‬

‫خاصیت پیوند دوگانه ایجاد ایزومر هندسی است‪ .‬یعنی خاصیت سیس و ترانس دارد‪.‬‬
 ‫ایزومر هندسی‪ :‬ترکیبات وقتی ایزومرهای فضایی یکدیگرند که در فضای کوئوردیناسیون خود لیگاندها یا گروههای‬
‫یکسان داشته باشند ولی نحوه آرایش آنها در فضا متفاوت باشد‪ .‬یک نوع این ایزومر فضایی‪ ،‬ایزومری هندسی یا‬
‫ایزومری سیس‪ -‬ترانس‪ ،‬است‪.‬‬

‫در اینجا پیوند گاهی به صورت پیوند ساده و گاهی پیوند دوگانه است‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫اگر پیوند دوگانه داشته باشد میتواند حالت ترانس داشته باشد؛ ترانس‬ ‫‪‬‬
‫حالتی است که وقتی زنجیرههای جانبی مربوط به دو اسید آمینه دو‬
‫طرف پیوند ‪ C‬و ‪ N‬باشند‪.‬‬
‫اگر زنجیرههای جانبی یکطرف پیوند دوگانه قرار بگیرند میشوند سیس‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫اکثر اسیدهای آمینه که در زنجیرهی پلی پپتیدی قرار میگیرند حالت‬ ‫‪‬‬
‫ترانس دارند‪ .‬اگر سیس باشند و دو زنجیرهی جانبی یکطرف پیوند‬
‫دوگانه باشد‪ ،‬به دلیل حجیم بودن زنجیره ها محدودیت و ممانعت فضایی ایجاد خواهد کرد که از نظر ترمودینامیکی مطلوب نیست‪.‬‬
‫تنها یک اسیدآمینه پرولین وجود دارد که اول حالت ترانس دارد و سپس به حالت سیس تبدیل میشود‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫‪ )2‬پیوند بین کربن آلفا با گروه کربوکسیل و کربن آلفا با گروه آمین از نوع ساده یا تکی است‪ .‬هر پیوندی که تکی باشد میتواند آزاد بوده و‬
‫چرخش داشته باشد‪.‬‬
‫خود پیوند می تواند حول کربن آلفا چرخش داشته باشد و به راحتی در فضا حرکت کند یعنی از ‪ -181‬تا ‪ +181‬میتواند در فضا چرخش‬
‫داشته باشد‪.‬‬
‫‪ 011‬درجه باعث ممانعت فضایی میشود‪ ،‬بیشتر از ‪ 181‬درجه نمیچرخد‪.‬‬
‫زوایایی که این پیوندها تشکیل میدهند‪ ،‬سای(‪ )ψ‬و فی(‪ )φ‬نامیده میشود‪.‬‬
‫سای(‪ )ψ‬زاویهی پیوندی کربن آلفا و نیتروژن عامل آمین را نشان میدهد‪( .‬در کتاب برعکس این حالت گفته شده است)‬
‫فی(‪ )φ‬زاویه ی پیوندی کربن آلفا و کربن گروه کربوکسیل را نشان میدهد‪( .‬در کتاب برعکس این حالت گفته شده است)‬
‫زاویه ی سای مربوط به پیوند پپتیدی نیست چون پیوند پپتیدی هیچ چرخشی در فضا ندارد‪ .‬پیوند پپتیدی بخاطر خاصیت شبه مضاعفی که‬
‫دارد‪ ،‬یک پیوند صفحهای و محکم است‪.‬‬
‫تمام کربنهای تشکیل دهندهی پیوند پپتیدی (‪ O‬اکسیژن گروه کربنی و ‪ N‬نیتروژن گروه آمین و هیدروژن آن) همهی اینها در یک صفحه‬
‫قرار میگیرند‪.‬‬

‫کونفیگوراسیون پیوند پپتیدي‬

‫هر زنجیرهی پلی پپتیدی که ساخته میشود‪ ،‬به محض ساخته شدن در فضا‬
‫دچار تاخوردگی حول یک پیوند پپتیدی میشود و یک شکل فضایی خاصی‬
‫را به خود میگیرد‪ .‬این شکل فضایی خاص باعث می شود که پروتئین و‬
‫زنجیرهی پلی پپتیدی دارای فعالیت باشد‪.‬‬

‫اگر زنجیرهی پلی پپتیدی از بین تعداد زیادی شکل فضایی که میتواند بگیرد‪ ،‬فقط یک شکل فضایی خاص را به خود بگیرد‪ ،‬آن شکل فضایی خاص را‬
‫کنفورماسیون بومی (‪ )Native Conformation‬گویند که باعث میشود این پروتئین دارای فعالیت باشد‪ .‬اگر این شکل فضایی را نگیرد هیچگونه فعالیتی‬
‫نخواهد داشت‪( .‬شکل فضایی که در حین یا بعد از ساخت پروتئین در فضا پیچ و تاپ خورده و شکل فضایی خاص به خود را میگیرد)‪ .‬برخی از پزوتئینها‬
‫دو شکل فضایی بومی دارند‪ .‬بعد از گرفتن این شکل های فضایی بومی‪ ،‬میتوانند از یک شکل فضایی به شکل فضایی دیگر تبدیل شوند که هر کدام از این‬
‫شکلهای فضایی وظایف خاص خود را دارند‪.‬‬
‫کنفورماسیون (‪ :)Conformation‬اگر در تبدیل یک شکل فضایی به شکل فضایی دیگر فقط پیوندهاي ضعیف و کووالان شکسته شوند‪ ،‬به هرکدام از‬
‫این شکلهای فضایی یک کنفورماسیون گفته میشود‪ .‬مثال‪ :‬هموگلوبین در ساختار چهارم خود ‪ 2‬شکل فضایی (‪ R‬و ‪ )T‬دارد که هر کدام یک خاصیتی دارد‪.‬‬
‫در تبدیل هر یک از این شکلها به دیگری پیوندهاي یونی یا هیدروژنی شکسته یا تشکیل میشود‪.‬‬

‫کنفیگوراسیون (‪ :)Configuration‬اگر در تبدیل یک شکل فضایی به شکل فضایی دیگر پیوندهاي کووالانس شکسته یا تشکیل شوند‪ ،‬به هرکدام از‬
‫این شکلهای فضایی یک کنفیگوراسیون گفته میشود‪ .‬مثال ‪ :‬در تبدیل ایزومر ترانس به ایزومر سیس یا برعکس باید پیوندهای کووالان شکسته شود که به‬
‫این کنفیگوراسیون پیوند پپتیدی گفته میشود‪ .‬مثال ‪ :‬در انانتیومترها (نوعی ایزومر نوری) در مورد قندها یا اسیدهای آمینه ‪ L‬و ‪ ،D‬برای تبدیل قند ‪ L‬به ‪D‬‬
‫و یا برعکس باید پیوندهای کووالانس شکسته شود که کنفیگوراسیون ‪ L‬یا کنفیگوراسیون ‪ D‬گفته میشود‪.‬‬

‫ساختمان هم صفحه اتمهاي شرکت کننده‬

‫در پیوندهاي پپتیدي‬

‫این تصویر یک پیوند پپتیدی را در یک‬

‫زنجیرهی پلیپپتیدی نشان میدهد‪ ،‬جایی که‬
‫پیوند پپتیدی وجود دارد یک صفحه کشیده‬
‫شده است‪ ،‬جایی که پیوند پپتیدی وجود ندارد (بین کربن آلفا و کربن عامل آمین؛ کربن آلفا و کربن گروه کربوکسیل) به دلیل تک باند بودن و داشتن‬
‫چرخش آزاد (زوایای پیوندی سای و فی) صفحه نکشیده است‪.‬‬

‫سوال‪ :‬برای تشکیل کنفورماسیون یا کنفیگوراسیون کدام یک از پیوندهای پپتیدی‪ ،‬تک باند‪ ،‬جاذبههای آبگریز یا جاذبههای هیدروژنی بیشتر دخیل است؟‬

‫جاذبههاي آبگریز بیشتر دخیل هستند‪ .‬برخی اسیدهای آمینه دارای زنجیره ی جانبی غیرقطبی است (مانند پرولین‪ ،‬آلانین‪ ،‬والین‪ ،‬لوسین‪ ،‬ایزولوسین و‬
‫متیونین) و اگر در زنجیرهی پلی پپتیدی قرار بگیرند و زنجیره در یک محیط قطبی یا آبی باشد طوری زنجیره را تا میدهند که بروند و داخل زنجیره مدفون‬
‫شوند‪( .‬تمایل گروههای غیرقطبی به ماندن در کنار هم در یک محیط قطبی)‬

‫قسمت دوم‪ :‬ساختمانهاي پروتئینی‬

‫ساختمان هاي پروتئینی‬

‫پروتئین ها از نظر توالی اسیدهای آمینه و هم از‬

‫نظر شکل فضایی خیلی متنوع هستند‪ .‬برای‬
‫بررسی ساختمان پروتئینها باید به یک حالت‬
‫طبقهبندی شده آنرا مطالعه کنیم‪.‬‬

‫برای سهولت مطالعهی ساختمان پروتئینها‪،‬‬

‫آنها را در ‪ 4‬سطح یا ساختمان بررسی میکنیم‪.‬‬
 ‫ساختمان اول پروتئین‬

‫تعداد اسیدهای آمینه‬ ‫‪‬‬

‫ترتیب اسیدهای آمینه‬ ‫‪‬‬
‫نوع اسیدهای آمینه‬ ‫‪‬‬
‫پیوندهای کووالان پپتیدی و دی سولفیدی‬ ‫‪‬‬
‫چندشکلی (پلی مورفیسم)‬ ‫‪‬‬

‫به دنبال بررسی توالی اسیدهای آمینه هستیم‪ ،‬یعنی اسم اسید آمینه شمارهی یک چیست‪ ،‬چه تعدادی و به چه ترتیبی است‪ .‬پس نوع‪،‬‬
‫ترتیب و تعداد اسیدهای آمینه را در یک زنجیرهی پلی پپتیدی بررسی میکنیم‪.‬‬

‫ساختمان اول یک ساختار خطی است و فضایی نیست‪.‬‬

‫در ساختمان اول همچنین ما بیشتر پیوندهای کووالان را بررسی میکنیم‪ .‬در ساختمان اول دو نوع پیوند کووالان (پپتیدي و دي سولفیدي) داریم‪ .‬اما‬
‫بیشترین تاثیر در ساختار اول پیوند پپتیدي است‪.‬‬

‫جهش یا موتاسیون باعث ایجاد تغییر در ساختار اول میشود‪.‬‬

‫جهش‪ :‬به هرگونه تغییر پایدار در مادهی ژنتیکی ‪ DNA‬گفته میشود‪.‬‬

‫جهش دو نوع دارد‪:‬‬

‫‪ )1‬اگر در ناحیه ی فعال یا حساس پروتئین نیست تاثیری بر عملکرد آن ندارد‪ .‬اگر جهش در نواحی غیرحساس پروتئین اتفاق بیفتد باعث ایجاد‬
‫چندشکلی (پلی مورفیسم) پروتئین میشود‪ .‬اکثر پروتئینهای پلاسما دچار پلی مورفیسم هستند و به آنها اشکال پلیمورفیک گفته میشود‪.‬‬
‫مثال‪ :‬ترانسفریم که آهن را در خون حل میکند‪( .‬این جهش مفید است‪ ،‬در اینجا عملکرد پروتئین حفظ میشود فقط ممکن است از نظر‬
‫خواص فیزیکی یا شیمیایی و یا تحرک الکتروپروزی در میدان الکتروپرز تفاوتهایی داشته باشند)‬
‫خاصیت چند شکلی در بدن مانند داشتن کپی از یک سند مهم برای انسان است؛ بدن از یک پروتئین کپیهای متعددی میساز که اگر یک شکل‬
‫آن در اثر جهش از بین رفت اشکال دیگر باقی مانده و بدن دچار اختلال نشود‪.‬‬
‫فرض کنید دو آنزیم داریم‪ ،‬مثل لاکتات دهیدروژناز که پیروات را به لاکتاز و لاکتاز را به پیروات تبدیل میکند‪ ،‬اگر دچار جهش شود ولی جهش در‬
‫جایگاه فعال آنزیم نباشد‪ ،‬آنزیم عمل خود را انجام میدهد که حالت پلی مورفیسم پا چندشکلی آن پروتئین در بدن است‪ .‬همچنین کنفورماسیون‬
‫اگر تغییر کند در جایگاه فعال آن نیست‪ .‬حتی ممکن است تعداد اسیدآمینه در نواحی غیرحساس کم یا زیاد هم بشود ولی عملکرد که مهم است‬
‫تغییری نمیکند‪.‬‬

‫تکمیلی‪ :‬لاکتات دهیدروژناز (به انگلیسی‪ lactate dehydrogenase :‬یا به صورت مختصر شده ‪ LDH‬یا ‪ ) LD‬آنزیمی است از گروه اکسیدوردوکتازها‬
‫که در گیاهان‪ ،‬حیوانات و پروکاریوتها یافت میشود‪.‬‬

‫‪ )2‬اگر جهش در نواحی حساس پروتئین اتفاق بیفتد‪ ،‬به طوری که عملکرد پروتئین از بین برود‪ ،‬جهش را مضر میگویند‪.‬‬
 ‫برای بررسی ساختمان اول از دستگاه سکوناتور استفاده میشود‪ ،‬دستگاهی که میتواند یک اسیدآمینه یک زنجیرهی پلی پپتیدی با چندهزار اسیدآمینه را‬
‫در کمتر از چند ثانیه شناسایی کند‪.‬‬

‫ساختمان اسید آمینهي انسولین‬

‫این ساختار اول انسولین است؛ دارای ‪ 01‬اسید‬

‫آمینه (‪ 21‬در زنجیرهی ‪ A‬و ‪ 01‬تا در زنجیرهی ‪)B‬‬
‫است‪.‬‬

‫بین دو زنجیره پیوندهای ديسولفیدي (دو تا بین‬

‫دو زنجیره و یکی در داخل زنجیرهی ‪ )A‬تشکیل‬
‫شده است‪.‬‬

‫ساختمان دوم پروتئین‬

‫از ساختمان دوم تا چهارم به بررسی ساختار فضایی را بررسی میکنیم‪( .‬ساختمان اول بررسی خطی بود)‬

‫اگر در یک زنجیرهی پلی پپتیدی قسمتی از یک زنجیره ی پلی پپتیدی با ساختار منظم را بررسی کنیم‪ ،‬به بررسی ساختار دوم پرداختهایم‪ .‬در ساختار دوم‬
‫چند ساختار منظم داریم‪ ،‬شامل‪:‬‬

‫مارپیچ ‪α‬‬ ‫‪‬‬

‫ساختمان ‪β‬‬ ‫‪‬‬
‫قوس‬ ‫‪‬‬
‫پیچ‬ ‫‪‬‬

‫مارپیچ ‪α‬‬

‫نحوه نمایش مارپیچ هاي راست گردان و چپ گردان‬ ‫مارپیچ ‪ α‬دو حالت میتواند داشته باشد‪ :‬راستگرد و چپگرد‪.‬‬

‫اکثر مارپیچ ‪ α‬بدن انسان به صورت راستگرد است‪ ،‬چپگرد فقط در پروتئینی به نام کلاژن وجود دارد‪.‬‬

‫علتی که به این مارپیج‪ ،‬آلفا گفته میشود این است که اولین ساختار کشف شده است و دومین ساختمان کشف شده ساختمان‬
‫‪β‬نامیده شد‪.‬‬
 ‫مارپیچ ‪ α‬یک مارپیچ راست گرد است و در هر دور ‪ 011‬درجه آن معمولا یک پیچ نامیده میشود‪ .‬یک دور مارپیچ ‪ 011‬درجه است‪.‬‬

‫در اینجا فضایی که هر اسید آمینه اشغال میکند‪ ،‬طول هر مارپیچ یعنی هر ‪ 011‬درجه حدود‬
‫‪ 0/54 nm‬است‪.‬‬

‫برای محاسیبه اینکه چند اسید آمینه در هر ‪ 011‬درجه وجود دارد‪ 0/54 ،‬را بر ‪ 0/15‬تقسیم‬
‫میکنیم که حدود ‪ 3/6‬رزیدو یا ریشه وجود دارد‪ .‬از یک اسیدآمینه در فضای ‪ 011‬درجه ممکن‬
‫است قسمتی خارج از ‪ 011‬درجه باشد‪ .‬به همین علت میانگین ‪ 3/6‬گفته میشود‪.‬‬

‫عامل اصلی پایدار کننده مارپیچ ‪ α‬پیوندهاي هیدروژنی هست‪ .‬پیوند هیدروژنی بین اکسیژن‬
‫گروه کربوکسیل یک اسید آمینه با گروه هیدروژن عامل آمین سومین یا چهارمین اسید‬
‫آمینه قبل از خودش‪.‬‬

‫پیوند هیدروژنی موازي محور مارپیچ است‪ .‬اگر از بالا به محور مارپیچ نگاه کنیم‪ ،‬زنجیره های جانبی بیرون محور مارپیچ (حالت استوانه) قرار گرفتهاند‪.‬‬

‫مارپیچ ‪ ،α‬مارپیچی است که توسط برخی از اسیدهای آمینه ناپایدار میشود‪ .‬اسیدآمینههای پرولین و گلایسین‪.‬‬

‫پرولین‪ :‬به جای ‪ NH3‬به ‪ NH2‬تبدیل شده است و از تشکیل پیوند هیدروژنی جلوگیری میکند به دلیل اینکه پیوند دارد و یک هیدروژن در تشکیل حلقه‬
‫پیرولیدین استفاده میکند‪ ،‬یک هیدروژن هم در تشکیل پیوند پپتیدی مصرف می کند و دیگر هیدروژنی برای پیوند ندارد‪ ،‬بنابراین اگر پرولین در وسط‬
‫رنجیره قرار داشته باشد به دلیل عدم توانایی در تشکیل پیوند هیدروژنی‪ ،‬زنجیره پلی پپتیدی را خم میکند و باعث ایجاد پیچ در آن میشود‪ ،‬و اگر در انتها‬
‫قرار بگیرد باعث پایان یافتن زنجیرهی پلی پپتیدی میشود‪.‬‬

‫گلایسین‪ :‬زنجیرهی جانبی گلایسین یک هیدروژن و کوچک است که مارپیچ آلفا را ناپایدار میکند‪ .‬هیدروژنی که در زنجیرهی جانبی وجود دارد معمولا‬
‫نمی تواند پیوند هیدروژنی را تشکیل دهد ولی اگر هم تشکیل دهد این هیدروژن نمیتواند پیوند هیدروژنی محکمی داشته باشد‪ .‬همچنین چون زنجیرهی‬
‫جانبی کوچکی دارد‪ ،‬هرجا قرار بگیرد این زنجیرهی پلی پپتیدی خیلی شل و حالت گردشی دارد‪.‬‬

‫در همهی پروتئین ها به یک اندازه مارپیچ آلفا نداریم و محتوی آن در همهی پروتئینها فرق دارد‪ .‬پروتئینهای هموگلوبین و میوگلوبین ‪ 00‬درصد ساختار‬
‫فضاییشان را مارپیچ آلفا تشکیل میدهد‪ .‬مقدار مارپیچ آلفای آنزیم کربوکسی پپتیداز حدود ‪ 14‬درصد ساختار فضاییش است‪.‬‬

‫بعضی از مارپیچهای آلفا به صورت آمفی پاتیک یعنی دوگانه دوست هستند‪ .‬اگر چند مارپیچ آلفا در غشای یک سلول قرار بگیرد‪ ،‬و وسط آنها توخالی‬
‫باشد‪ ،‬بین آنها آب قرار میگیرد؛ بعضی مواقع مارپیچهای آلفا میتوانند کانالهای آبی تشکیل دهند که از کنار آنها مواد (یون‪ ،‬آب یا هر مواد دیگری) رد‬
‫شوند که این نوع مارپیچهای آلفا را آمفی پاتیک یا دوگانه دوست میگویند‪ .‬سمتی که در غشا به سمت آب قرار گرفته است‪ ،‬اسیدهای آمینه آب دوست قرار‬
‫می گیرند و اسیدهای آمینه آبگریز به سمت غشا قرار میگیرند‪.‬‬

‫ساختمان ‪β‬‬

‫صفحهی ‪ β‬نیز مانند مارپیچ ‪ α‬یک نوع ساختار دوم است‪ ،‬هر صفحهی ‪ β‬مثل کاغذی است که خود را با آن باد میزنید‪ .‬هر صفحهی ‪ β‬از تعداد زیادی‬
‫رشتهی ‪ β‬ساخته شده است‪ .‬خود رشتهی ‪ β‬پایدار نیست و وقتی کنار هم قرار میگیرند باهم پیوند هیدروژنی میسازند‪ .‬مجموعهی رشتهی ‪ β‬را صفحهی‬
‫‪ β‬میگویند‪.‬‬
 ‫در ساختار دوم قسمتی از زنجیرهی پلی پپتیدی بررسی میشود‪ .‬در صفحهی ‪ β‬دو حالت بررسی میگردد‪:‬‬

‫ساختمان ‪ : β‬موازي همسو (‪)Parallel β plated sheet‬‬

‫یعنی همهی رشتهها از سمت آمین به سمت کربوکسیل موازی همدیگر‬

‫هستند‪.‬‬

‫ساختمان ‪ : β‬موازي ناهمسو‬

‫یعنی رشتهها یکی از سمت آمین به سمت کربوکسیل و دیگری از سمت‬

‫کربوکسیل به سمت آمین موازی همدیگر هستند‪.‬‬

‫در صفحههای ‪ ،β‬زنجیرههای جانبی یکی در میان پایین و بالای صفحه هستند‪.‬‬

‫بعضی از ساختارهای پروتئینی صفحهی ‪ β‬دارند و برخی مارپیچ ‪ ،α‬بعضیها‬

‫محلول دارند و …‪.‬‬

‫پیچ ‪β‬‬

‫پیچ محلی است که در آن زنجیرهی پلیپپتیدی به دنبال تغییر جهت هستند‪.‬‬

‫اگر در یک زنجیرهی پلیپپتیدی اسیدآمینهی پرولین قرار گرفته باشد باعث‬

‫تغییر جهت مارپیچ ‪ α‬یا صفحهی ‪ β‬یا هر چیز دیگری میشود و زنجیرهی پلیپپتیدی تغییر جهت میدهد‪.‬‬

‫در محل پیچها اسید آمینهي دوم معمولا پرولین است‪.‬‬

‫در محل پیچها اسید آمینهي سوم معمولا گلایسین است‪.‬‬

‫هر پیچ در محل پیچ معمولا ‪ 0‬اسید آمینه دارد‪ .‬اگر تعداد اسید آمینه در پیچ از ‪ 0‬بیشتر شد پیچ تبدیل به‬
‫قوس میشود‪.‬‬

‫فرق پیچ و قوس‪ :‬معمولا در پیچ اسید آمینه اول با چهارم یا پنجم به هم متصل هستند اما در قوس اسید‬
‫آمینه اول با اسیدآمینه هفتم یا هشتم یا حتی نهم ممکن است به هم متصل باشند‪.‬‬

‫در محل پیچ یا قوس دومین اسید آمینه معمولا پرولین است‪ .‬چون پرولین نمیتواند پیوند هیدروژنی تشکیل دهد و نیز وقتی در محل پیچ ها ساخته میشود‬
‫ایزومر هندسی (اول ترانس و سپس تبدیل به سیس) را به خود میگیرد‪.‬‬

‫ایزومر هندسی پرولین ابتدا به صورت ترانس است ولی وقتی در محل پیچ قرار گرفت توسط آنزیم پپتید پرولیل سیس‪ -‬ترانس ایزومراز (آنزیم ایزومراز) از‬
‫حالت ترانس به حالت سیس تبدیل میشود‪.‬‬

‫علت تبدیل پرولین از ترانس به سیس‪ :‬اگر زنجیرهی جانبی حجیم پرولین در زنجیرهی پلیپپتیدی قرار گیرد باعث ایجاد ممانعت فضایی میشود‪.‬‬

‫پیچ در محلی تشکیل میشود که زنجیرهی پلیپپتیدی از یک جهت حرکت می کند و حالا دنبال تغییر جهت است و با مارپیچ فرق دارد‪.‬‬

‫* ساختارهای دوم نامنظم هم وجود دارد که بررسی نمیشود‪.‬‬

‫عاملی که باعث تضعیف پیوندهای هیدروژنی یا سایر پیوندها میشود‪ ،‬دور بودن آنها است‪ .‬پیوندهای ضعیف به شرطی ضعیف میشوند که از هم مقدار دور‬
‫باشند‪.‬‬
 ‫ساختمان سوم پروتئین‬

‫در ساختار سوم ما کل یک زنجیرهي پلی پپتیدي را بررسی میکنیم‪ .‬ساختار سوم دارای نواحی منظم و نامنظم وجود‬
‫دارد‪.‬‬

‫ساختمان سه بُعدی‬ ‫‪‬‬

‫تعامل های غیرکووالان و گاهی کووالان‬ ‫‪‬‬
‫ترکیبی از موتیف‪ ،‬فولد و دومن‬ ‫‪‬‬

‫در ساختار سوم اسیدهای آمینه ای که در ساختار اول از هم دور هستند در اثر خمیدگی و تا خوردن زنجیرهی پلیپپتیدی‬
‫مجاور هم قرار میگیرند‪.‬‬

‫معمولا همهی پروتئین ها ساختار اول‪ ،‬دوم و سوم را دارند‪ ،‬عامل اصلی پایداری در ساختمان سوم‪ ،‬جاذبههاي آبگریز است‪.‬‬

‫جاذبههاي آبگریز تمایل گروه های غیرقطبی به دور شدن از محیط قطبی است که عامل اصلی در ایجاد ساختار سوم است‪.‬‬

‫تعامل های غیرکووالان مانند یونی‪ ،‬هیدروژنی و واندروالس‪ ،‬پیوند هستند‪.‬‬

‫تعامل کووالان شامل پیوند دیسولفید است‪.‬‬

‫بعد از اینکه جاذبههای آبگریز و پیوندهای تعامل های غیرکووالان ساختار سوم را تشکیل داد‪ ،‬پیوندهای دیسولفید مانند قفلهای نهایی هستند که باعث‬
‫پایداری ساختار سوم میشوند‪.‬‬

‫دومن در ساختار سوم به عنوان واحد عملکردي مجزا است‪.‬‬

‫دومن‪ :‬با تشکیل هر ساختار سوم‪ ،‬در بعضیقسمتها و بعضی از ساختارهای سوم‪ ،‬مارپیچ ‪ α‬و‬
‫صفحهی ‪ β‬و نواحی پیچ و قوس و یا نواحی نامنظم تکرار میشوند که به این نواحی دومن گفته‬
‫می شود‪ .‬دومی قسمتی است که هم نواحی منظم و هم نواحی نامنظم دارد؛ اگر از زنجیرهی‬
‫ساختمان چند موتیف متداول‬ ‫پلیپپتیدی جدا شود میتواند کار خودش را انجام دهد‪.‬‬

‫موتیف‪ :‬موتیف نیز مانند دومن است منتهی اگر از زنجیرهی پلیپپتیدی اصلی قطع شود دیگر وظایف خودش را نمیتواند انجام دهد‪.‬‬

‫فرض کنید آنزیم فتی اسید سنتاز (‪ )Fatty acid synthase‬یا سنتاز اسید چرب را داریم‪ ،‬کار این آنزیم ساخت اسید چرب برای بدن است‪ .‬این آنزیم ‪8‬‬
‫دومن دارد که هر کدام از آنها یک وظیفه ی خاص مانند کارخانه مونتاژ ماشین در ساخت اسید چرب دارند‪ .‬عین همین کار توسط آنزیم اسید سینتاز انجام‬
‫میشود و وظایف خاصی را انجام میدهد‪ .‬در واقع دومنها هرکدام قسمتی از ساخت اسید چرب را انجام میدهند که محصول نهایی اسید چرب است‪.‬‬

‫ساختمان چهارم پروتئین‬

‫همهی پروتئین ها ساختار اول‪ ،‬دوم و سوم را دارند اما تنها برخی از پروتئینها ساختار چهارم را دارند‪ .‬پروتئینهایی‬
‫که از بیش از یک ساخته شده باشند‪.‬‬

‫چند منومر یا زیرواحد‬ ‫‪‬‬

‫اولیگومر یا مولتیمر‬ ‫‪‬‬
‫هُموپلیمر یا هتروپلیمر‬ ‫‪‬‬
‫پروتومر‬ ‫‪‬‬
‫برای مثال‪ ،‬هموگلوبین هتروتترامری از ‪ α2β2‬متشکل از دو پروتومر ‪αβ‬‬
‫در ساختار چهارم ما نحوهی ارتباط و تعامل بین زنجیرههای پلیپپتیدی را باهم بررسی میکنیم‪ .‬برای مثال هموگلوبین از ‪ 0‬زنجیرهی پلیپپتیدی ساخته‬
‫شده است‪ ،‬پس ساختار چهارم را دارد‪ .‬اما میوگلوبین چون از یک زنجیرهی پلی پپتیدی ساخته شده است‪ ،‬ساختار چهارم را ندارد‪.‬‬

‫در ساختار چهارم به هر یک از زنجیرههای پلیپپتیدی که ساختار چهارم را تشکیل میدهند‪ ،‬یک منومر یا زیرواحد(‪ )subunit‬گفته میشود‪.‬‬

‫معمولا اگر تعداد زیرواحدها کمتر از ده مورد باشد‪ ،‬اولیگومر گفته میشود و اگر بیشتر از ده مورد باشد‪ ،‬مولتیمر گفته میشود‪.‬‬

‫اگر همهی زیرواحدها یکسان باشند‪ ،‬هُموپلیمر گفته میشود اما اگر زیرواحدها متفاوت باشند‪ ،‬هتروپلیمر گفته میشود‪.‬‬

‫معمولا بعضی از پروتئینها دو زیرواحد از دو جنس مختلف به هم متصل شدهاند که می توانیم به عنوان یک زیرواحد در نظر بگیریم‪ ،‬به عنوان مثال‪ :‬در‬
‫هموگلوبین ‪ 4‬زنجیرهی پلی پپتیدی دارد که دو تا از نوع ‪ A‬و دو تا از نوع ‪ B‬است‪ .‬اما اگر یک زنجیرهی ‪ α‬با یک زنجیرهی ‪ β‬با تعداد زیادی پیوند به هم‬
‫متصل شده باشند و یک کار خاصی را هم انجام دهند که در اینجا زیرواحد ‪ α‬و ‪ β‬را پروتومر میگویند که به عنوان زیرواحد عملکردی هست‪.‬‬

‫مزایاي ساختمان هاي مولتیمري‬

‫• پایداری بیشتر‬
‫اثر تعاونی (همکاری)‬ ‫•‬
‫تنظیم آلوستریک‬ ‫•‬
‫زیرواحدهای مشابه برای پروتئین های مختلف‬ ‫•‬
‫ایجاد جایگاه فعال توسط چند زیرواحد‬ ‫•‬
‫کاهش خطای بیان ژن‬ ‫•‬

‫طبقه بندي پروتئین ها براساس شکل ظاهري‬

‫پروتئینها را از نظر شکل طبقهبندی میکنند‪ ،‬که شامل دو نوع پروتئین است‪ :‬کروي و رشتهاي‬

‫گلبولی یا کروي‬ ‫•‬

‫پروتئینهای کروی را گلوبولار یا ‪ G‬پروتئین میگویند‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫در پروتئینهای کروی معمولا نسبت بزرگترین بعد به کوچکترین بعد ‪ 0‬یا کمتر از ‪ 0‬است‪ .‬اگر کروی شکل باشند یک و اگر بیضی شکل باشند‬ ‫‪-‬‬
‫حداکثر تا ‪ 0‬باشند‪.‬‬
‫اکثر پروتئینهایی که در بدن ما هستند شامل پروتئین های کروی هستند از آنزیم گرفته تا آنتی بادی و خیلی از پروتئینها‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫در سطح پروتئینهای کروی معمولا اسیدهای آمینه آبدوست قرار گرفته است‪ .‬یعنی حلالیت آن در آب و حلالهای قطبی بیشتر است‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫رشتهای یا فیبری‬ ‫•‬
‫پروتئینهای رشتهای معمولا نقش ساختمانی یا استحکامی دارند‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫در سطح پروتئینهای رشتهای معمولا اسیدهای آمینه آبگریز قرار گرفته است‪ .‬یعنی در آب نامحلول هستند‪.‬‬ ‫‪-‬‬
‫نسبت محوری این پروتئینها ‪ 11‬یا بیشتر از ‪ 11‬است‪ .‬مانند کلاژن‪ ،‬الاستین‪ ،‬کراتین و پروتئینهای ساختاری دیگر‪.‬‬ ‫‪-‬‬

‫* اکتین ابتدا منومر کروی دارد سپس رشتهای میشود‪.‬‬

‫طبقه بندي پروتئینها از نظر محتوا‬

‫پروتئینهاي ساده‪ :‬مثل آلبومین‪ ،‬پروتئین هایی هستند که معمولا برای فعالیت نیاز به بخش غیرپروتئینی ندارند‪.‬‬ ‫•‬
‫پروتئینهاي مرکب‪ :‬پروتئین هایی هستند که علاوه بر قسمت پروتئینی‪ ،‬قسمت غیرپروتئینی هم دارند مانند گلیکوپروتئین‪ ،‬پروتئوگلیکانها‪.‬‬ ‫•‬
 ‫پروتئین هاي مرکب کونژوگه‬

‫و‬ ‫گلیکوپروتئین‬ ‫تفاوت‬

‫پروتئوگلیکانها در مقدار کربوهیدرات‬
‫است‪( .‬کلمه دوم مقدار بیشتری دارد؛‬
‫در گلیکوپروتئین‪ ،‬مقدار پروتئین و در‬
‫پروتئوگلیکانها مقدار قند بیشتر‬
‫است)‬

‫قسمت قندی گلیکوپروتئینها به‬

‫صورت یک زنجیرهی غیرپروتئینی‬
‫هست‪ .‬برخی هورمونها مانند هورمون محرک تیروئیدی‪ ،‬خیلی از آنتیبادیها و کلاژن از گلیکوپروتئینها هستند‪.‬‬

‫اگر نسبت پروتئین و قند در گلیکوپروتئین برابر باشد به آن موسین یا موکوز گفته میشود‪ .‬موسینها یا موکوزها دو حالت ترشحی و ساختاري دارند‪.‬‬

‫قسمت قندی پروتئوگلیکانها را هتروپلیساکارید یا گلیکوزآمینوگیلیکان (‪ )GAG‬میگویند‪.‬‬

‫لیپوپروتئینها از لیپید و پروتئین ساخته شدهاند‪ ،‬لیپوپروتئینها گویچههای کوچکی هستند مثل توپکهای کوچک در حد میکروسکوپی در خون و وسط‬
‫آنها خالی است که برای انتقال دو دسته چربی تریگلیسرید و استرو کلسترول است که هردو آنها غیرقطبی بوده و در خون حل نمیشوند‪.‬‬

‫هموپروتئینها پروتئینهایی هستند که دارای هم هستند‪ .‬مثل هموگلوبین‪ ،‬میوگلوبین‪ ،‬سیتوکروم‪ ،‬کاتالاز‪.‬‬

‫فلاووپروتیئنها اکثرا شامل نوکلئوتیدهای فلاوینی هستند‪ ،‬مثل آمینو اسید اکسیداز که همه آنزیم هستند‪( .‬هم فلز و هم فلاوین دارد)‬

‫متالوپروتئینها پروتئینهایی هستند که دارای فلز در جایگاه فعال خود هستند‪ .‬مثل کربنیک انیدراز (‪ )Carbonic anhydrase‬که دارای روی است‪،‬‬
‫الکل دهیدروژناز که دارای روی است و گزانتین اکسیداز که دارای مولیبدن (‪ )Mo‬و آهن (‪ )Fe‬هست‪.‬‬

‫* هموگلوبین هم متالوپروتئین و هم هموپروتئین است‪.‬‬

‫در گیلکوپروتئینها زنجیرهی پلیساکاریدی بسیار کوچک است و به صورت الیگوپروتئین است‪.‬‬

‫همایشهاي سوپرامولکولی پروتئینها با سایر ترکیبات‬

‫داکسی ریبونوکلئوپروتئین‬ ‫‪‬‬

‫کروماتین و کروموزم‬
‫کروماتینها مجموعهای از رشتههای ‪ DNA‬به علاوه پروتئینهایی به نام هیستون هستند‪ 8 .‬هیستون و ‪ 10‬اکتامر هیستونی نامیده میشوند شامل‬
‫هیستون ‪ H3 ،H2B ،H2A‬و ‪ H4‬هر کدام دوتا که دورشان یک رشتهی ‪ DNA‬به صورت چپ گرد و یک و ‪ 3/4‬دور به دورشان میپیچد و پیوند‬
‫بین هیستون و ‪ DNA‬از نوع یونی است‪ DNA .‬دارای بار منفی و هیستون دارای بار مثبت (به دلیل وجود اسیدهای آمینهی لیزین و آرژنین) است‪.‬‬
‫اینها به همچسبیده و رشتههای ‪ 11‬نانومتری را تشکیل میدهند که نوکلئوزوم گفته میشود‪.‬‬
‫نوکلئوزومها اگر فشردهتر شوند‪ ،‬رشتههایی به نام سلنوئید تشکیل میدهند‪.‬‬
‫اگر کروماتینها فشرده شوند کروموزومها تشکیل میشوند‪ .‬کروماتینها در زمان تقسیم سلولی فشرده میشوند‪.‬‬
‫ریبونوکلئوپروتئین‬ ‫‪‬‬
‫ریبوزوم‬
‫ریبوزومها شامل یک نوع ‪ RNA‬میباشند به نام ‪ rRNA‬یا ‪ RNA‬ریبوزومی‪ ،‬به اضافهی یکسری پروتئینها که در هستک سلول ساخته میشوند و‬
‫بعد در داخل سیتوپلاسم‪ ،‬به شبکهی آندوپلاسمی میچسبند و یا به صورت آزاد هستند‪.‬‬

‫قسمت سوم‪ :‬کونفورماسیونهاي پروتئینی‬

‫کونفورماسیونهای پروتئینی‬ ‫‪‬‬

‫تجمعات پروتئینی‬ ‫‪‬‬
‫کونفورماسیون بومی‬ ‫‪‬‬
‫پویایی مولکولی‬ ‫‪‬‬
‫اتخاذ کونفورماسیون صحیح‬ ‫‪‬‬
‫گلبول گداخته‬

‫یک زنجیرهی پلیپپتیدی به محض ساخته شدن در فضا شکل فضایی خاصی را پیدا میکند‪ ،‬که به آن کنفورماسیون بومی گفته میشود و اگر این شکل‬
‫فضایی را پیدا کرد فعالیت دارد‪.‬‬

‫اگر شکل فضایی خاص را پیدا نکند‪ ،‬در داخل سلول یا مایع خارج سلولی رسوب میکند که به این حالت تجمعات پروتئینی گفته میشود‪.‬‬

‫تجمعات پروتئینی‪ :‬زمانی است که پروتئین شکل فضایی خاص خود را پیدا نمیکند‪.‬‬

‫برای ایجاد شکل فضایی کنفورماسیون بومی معمولا یک حالت حد واسط وج ود دارد‪ ،‬اگر پروتئین بخواهد به شکل فضایی صحیح خود پیچیده شود‪ ،‬اول به‬
‫حالت یک حد واسطی درمیآید که به آن گلبول گداخته گفته میشود؛ درست مانند فلز وقتی که حالت مذاب پیدا کند‪.‬‬

‫عوامل مؤثر در تاشدن صحیح پروتئین ها‬

‫چاپرونها‬ ‫‪‬‬
‫پروتئین شوک حرارتی (‪)hsp‬‬
‫چاپرونینها‬ ‫‪‬‬
‫پروتئین دی سولفید ایزومراز (‪)PDI‬‬ ‫‪‬‬
‫پپتید پرولیل سیس‪ -‬ترانس ایزومراز (‪)PPI‬‬ ‫‪‬‬

‫گاهی برای پیدا کردن این شکل فضایی نیاز به یکسری پروتئینهای کمکی دارد‪ ،‬که به این پروتئینهای کمک کننده به ایجاد شکل فضایی چاپرونها گفته‬
‫میشود‪.‬‬
 ‫به پروتئینهای چاپرون‪ ،‬پروتئین شوك حرارتی (‪ )hsp‬نیز گفته میشود که اکثرا وزن مولکولی پایین دارند و اکثرا در داخل خود یک حفره دارند‪.‬‬

‫پروتئینی که بخواهد به شکل فضایی صحیح خود پیچیده شود میرود و داخل این حفره قرار می گیرد و به دور از یک محیط آبی (تا زمانی که پروتئین در‬
‫محیط آب باشد به دلیل تشکیل پیوند با آب نمی تواند شکل فضایی درست خود را تشکیل دهد) در داخل یک پروتئین شوک حرارتی‪ ،‬انواع پیوندها را در‬
‫خود ایجاد میکند و به شکل فضایی بومی خود در میآید‪.‬‬

‫اگر پروتئینهای چاپرون برای فعالیت خود نیاز به هیدرولیز ‪ ATP‬داشته باشند‪ ،‬پروتئین چاپرونین نامیده میشود‪.‬‬

‫از پروتئینهای چاپرون که ‪ hsp 90‬و ‪ hsp 70‬گفته میشود که چاپرونینها نوع ‪ hsp 60‬هستند‪( .‬ضریب رسوبگذاری است که چاپرونها سنگینترند و‬
‫سریعتر رسوبگذاری می کنند و با عدد کوچکتر دیرتر در میدان سانتریفیوژ رسوب میکنند)‬

‫دو آنزیم هم وجود دارد که ایجاد شکل فضایی درست کمک میکنند‪ :‬پروتئین دي سولفید ایزومراز)‪ (PDI‬و پپتید پرولیل سیس‪ -‬ترانس ایزومراز‬
‫(‪)PPI‬‬

‫پپتید پرولیل سیس‪ -‬ترانس ایزومراز در محل پیچها ترانس را به سیس تبدیل میکرد‪.‬‬

‫پروتئین دی سولفید ایزومراز نیز در صورتی که پیوند دی سولفیدی اشتباه پیچیده یا تشکیل شود (باید بین اولی و دومی تشکیل شود که بین اولی با دهمی‬
‫تشکیل شده است)‪ ،‬که این آنزیم باعث شکسته شدن پیوند دی سولفیدی غلط و ایجاد پیوند دی سولفیدی درست میشود‪.‬‬

‫دناتوراسیون و رناتوراسیون پروتئین‬

‫اگر شرایط محیطی که پروتئین در آن قرار دارد‪ ،‬دچار تغییر شرایط شیمیایی یا فیزیکی شود مثلا ‪ PH‬محیط پروتئین‪ ،‬دما یا غلظت یونها تغییر کند‪،‬‬
‫شکل فضایی پروتئین (یا همان کنفورماسیون بومی) هم تغییر میکند و آن را از دست میدهد‪.‬‬

‫دناتوراسیون پروتئین‪ :‬اگر کنفورماسیون بومی یک پروتئین از بین برود (دچار تغییر شکل فضایی شود)‪ ،‬فعالیت خود را از دست خواهد داد که به این‬
‫پدیده دناتوراسیون گفته میشود‪ .‬در دناتوراسیون ساختار فضایی دوم‪ ،‬سوم و چهارم تغییر میکند اما ساختار اول دچار تغییر نمیشود‪( .‬ساختار اول فقط‬
‫در اثر جهش تغییر میکند)‬

‫اکثر پروتئینها دچار دناتوراسیون میشوند که در بعضی پروتئینها باعث می شود فعالیت پروتئین به دلیل تغییر شکل فضایی آن برای همیشه از بین برود‪.‬‬

‫دناتوراسیون و رناتوراسیون ریبونوکلئاز‬ ‫مثالی از دناتوراسیون غیر قابل برگشت جوشیدن تخممرغ است‪.‬‬

‫در بعضی از آنزیمها‪ ،‬دناتوراسیون قابل برگشت است‪ ،‬یعنی اگر شرایطی که باعث دناتوره شدن شده است‪،‬‬
‫برداشته شود‪ ،‬باعث میشود پروتئین دوباره فعالیت خود را بدست بیاورد‪ .‬مثلا یک آنزیم ریبونوکلئاز وجود‬
‫دارد که ‪ RNA‬را تجزیه میکند‪ ،‬این آنزیم وقتی به آن اوره (از بین برندهی جاذبههای آبگریز) یا مرکاپتواتانل‬
‫(شکنندهی پیوندهای دیسولفید) اضافه شود‪ ،‬باعث دناتوره شدن پروتئین و خارج شدن آن از شکل فضایی‬
‫شود‪.‬‬

‫اگر شرایط برعکس شود و اوره و مرکاپتواتانل را به شیوهی دیالیز برداشت کنیم‪ ،‬دوباره پروتئین به شکل‬
‫فضایی بومی خود پیچیده میشود و فعالیت خود را بدست میآورد که به این حالت عکس دناتوراسیون‪،‬‬
‫رناتوراسیون پروتئین گفته میشود‪.‬‬

‫همهی پروتئینها دناتوره میشوند ولی همهی پروتئینها نمیتوانند رناتوره (فقط برخی که شرایطش را‬
‫دارند) شوند‪.‬‬
 ‫عواملی که منجر به دناتوراسیون میشود شامل‪:‬‬

‫درجه حرارت‬ ‫‪‬‬

‫نقطه ذوب‬
‫تغییر ‪pH‬‬ ‫‪‬‬
‫غلظت املاح‬ ‫‪‬‬
‫حلالیت نمکی‪ ،‬رسوب نمکی‬
‫عوامل شیمیایی‬ ‫‪‬‬
‫اوره‪ ،‬املاح گوانیدینیوم‪2ME ،SDS ،‬‬

‫با افزایش درجه حرارت اکثر پروتئینها‪ ،‬پیوندهای ضعیفشان (هیدروژنی‪ ،‬یونی) یا حتی گاهی جاذبههای آبگریز از بین میرود و دناتوره میشوند و در اکثر‬
‫پروتیئنها با سرد شدن به حالت طبیعی خود بازمیگردند و رناتوره میشوند‪.‬‬

‫درجه حرارتی که نیمی از ساختار پروتئین دناتوره و نیمی دیگر حالت طبیعی را دارد‪ TM ،‬یا درجه حرارت ذوب (نقطهي ذوب) گفته میشود‪.‬‬

‫معمولا پروتئینها و آنزیمهای مختلف نقطهی ذوب متفاوتی دارند‪ ،‬بعضیها در دمای پایینتر و بعضی در دمای بالاتر ذوب میشوند‪ .‬معمولا سرما باعث رناتوره‬
‫میشود اما در بعضی از پروتئینها باعث دناتوره هم میشود‪.‬‬

‫تغییرات ‪ :PH‬معمولا وقتی یک پروتئین شکل فضایی طبیعی خود را دارد‪ ،‬بین گروههایی که اسیدآمینهشان بار مثبت و منفی دارند‪ ،‬حداکثر پیوندهای یونی‬
‫وجود دارد‪.‬اما اگر ‪ PH‬محیط را تغییر دهیم‪ ،‬بعضی از پیوندهای یونی به طور خودبخود از بین میرود‪ ،‬یعنی ‪ PH‬محیط را کم کنیم‪ H+ ،‬زیاد میشود‪ ،‬که این‬
‫‪ H+‬میرود روی بارهای منفی سطح پروتئین متصل میشود و باعث میشود نتوانند باهم پبوند یونی ایجاد کنند‪ .‬در نتیجه تعداد تغییر ‪ PH‬با تغییر تعداد‬
‫پیوند یونی معمولا باعث دناتوره شدن پروتئین میشود‪.‬‬

‫معمولا پروتئینها در ‪ PH‬به نام ‪ PI‬بیشتر حالت غیر محلول را دارند‪.‬‬

‫عوامل شیمیایی دناتوره کننده‬