Professional Documents
Culture Documents
فصل چهار بیوشیمی
فصل چهار بیوشیمی
برای ساخت پروتئینها ابتدا اسیدهای آمینه به عنوان سازندهی پروتئینها هستند.
پیوندهاي پپتیدي
اولین پیوندی که اسیدهای آمینه تشکیل میدهند ،در ساده ترین حالت
ترکیب دو اسید آمینه و ایجاد پیوند پپتیدی است.
این پیوند پپتیدی بین دو اسیدآمینه مختلف تشکیل میشود ،معمولا اگر
یک اسید آمینه در تشکیل پیوند پپتیدی اسید آمینهی دیگری شرکت
کرد ،به هرکدام از اینها به جای اسید آمینه ریشه یا رزیدو گفته
میشود.
تشکیل اسیدهای آمینه یک واکنشی است که به آن سنتز یا آبدهی گفته میشود؛ در سنتز یا آبدهی دو اسید آمینه که دو بیومولکول هستند از طریق
گروههای عاملی خود باهمدیگر ترکیب شده و پیوند آمیدي یا پپتیدي ایجاد میکنند.
پیوندی که تشکیل میشود نیاز به مصرف انرژی دارد ،این پیوند انرژيخواه است و معمولا در بدن انسان بیوسنتز زنجیرههای پلی پپتیدی در داخل اندامکی
به نام ریبوزوم انجام میشود.
از طرفی شکستن پیوند پپتیدی برآیندی است که انرژيزا است و دلتا جی این واکنش منفی است.
)1برای نامگذاری یک زنجیرهی پلی پپتیدی معمولا از سمت آمین شروع میکنیم ،در یک
پیوند پپتیدی معمولا بارها مربوط به زنجیرهی جانبی است .برای محاسبه بار یک پلی پپتید
باید بار زنجیرهی جانبی را بدانیم .اینکه این اسیدآمینه در زنجیرهی جانبی خود باردار است یا خیر؟
تعداد زیادی گروه های آلفا آمین و آلفا کربوکسیل در تشکیل پیوندهای پپتیدی شرکت می کنند ،اگر یک آلفا آمین با یک آلفا کربوکسیل پیوند
پپتیدی را تشکیل دهد دیگر هیچگونه باری ندارد .اگر جدا باشند گروه کربوکسیل بار منفی و گروه آمین بار مثبت دارد .ولی وقتی در تشکیل پیوند
پپتیدی شرکت می کنند هیچ باری ندارند .بارها در آمین ابتدایی و کربوکسیل انتهایی میماند که همدیگر را خنثی میکنند ،پس فقط بار زنجیرهی
جانبی باقی میماند.
)2برای خواندن یک زنجیرهی پلی پپتیدی معمولا از انتهای آمینی آزاد استفاده میکنند NT ،مینال یعنی انتهای آمینی و انتهای کربوکسیل را با CT
یعنی کربوکسیل ترمینال نامیده میشود .از انتهای آمینی شروع به خواندن میکنیم و میدانیم که زنجیرههای جانبیمان چه هستند و با نوع اسید
آمینه زنجیرهی جانبی را شناسایی میکنیم.
در شکل اولین زنجیرهی جانبی برای سرین است میگوییم سریل ، NTتیروزیل ،الانیل ،ولی آخری را خودش را میخوانیم ایزولوسین( .همه را به
ایل ختم می کنیم فقط آخری را با اسم درست خودش میخوانیم.
پلیمر اسیدهاي آمینه
اگر بخواهیم اسیدهای آمینه را از نظر تعداد کلی طبقه بندی کنیم ،پروتئین یا یک گلویکوپپتید را بخواهیم تقسیمبندی کنیم ،اگر ده اسید آمینه یا کمتر،
زنجیرهی پلی پپتیدی را تشکیل دهد به آن اولیگوپپتید گفته میشود .در اولیگوپپتید معمولا دیپپتیدها و تریپپتیدها قرا میگیرند .اما گاهی اگر اولیگوپپتید
از دو اسید آمینه ساخته شده باشد ،لفظ دیپپتید یا سه تا باشد تریپپتیدی را به کار میبریم.
اگر تا پنجاه اسید آمینه (بین 11تا )01داشته باشد ،پپتید گفته میشود و اگر بیشتر از پنجاه اسید آمینه باشد ،پلیپپتید و پروتئین گفته میشود.
هر کدام از اسیدهای آمینه یک وزن مولکولی دارند ،سبکترین آنها گلایسین و سنگینترین تریپتوفان است .وقتی ما میخواهیم وزن کلی یک زنجیرهی
پلی پپتیدی را بررسی کنیم ،وزن کلی همه را در یک پلیپپتید حدود 111دالکون در نظر میگیریم ،برای اینکار یک میانگینی بین همهی اینها در نظر
گرفته و حدود 111میشود؛ مثلا اگر پنج اسید آمینه بود آنرا ضربدر 111میکنیم .وزن مولکولی پروتئینها و پلی پپتیدها از 0011دالکون یا 0/0کیلو
دالکون بیشتر است.
فرق بین پروتئین و پلیپپتید :از یک پروتئینی که فقط تا ساختار سوم یک زنجیره را دارد و از یک زنجیرهی پلی پپتیدی ساخته شده است ،نتیجه
می گیریم که پروتئین همان پلی پپتید است .میوگلوبین یک پروتئینی است که از یک زنجیرهی پلی پپتیدی ساخته شده است.
اما اگر پروتئین ساختار چهار داشته باشد ،به عبارتی پروتئین از بیش از یک زنجیرهی پلی پپتیدی ساخته شده باشد ،میگوییم چهار زنجیرهی پلیپپتیدی
یک پروتئین ساخته شده است.
نکته :پیوند پپتیدي زمانی طبیعی است که بین آلفاآمین یکی با آلفا کربوکسیل دیگر تشکیل شده باشد.
اگر آلفا آمین یکی با گروه کربوکسیل زنجیرهی جانبی دیگری پیوند پپتیدی تشکیل دهد ،پیوند پپتیدي تغییر یافته است.
سوال :کدام یک از این پروتئین ها از نظر اسیدهای آمینه ،دارای اسیدآمینه تغییر یافته است؟ هورمون آزادکننده تیروتروپین ()TRH
در Prolyamideهم به زنجیرهی جانبی پرولین یک آمین اضافه شده است. -
هورمون آزادکننده تیروتروپین ( )TRHاز غدهی هیپوتالاموس آزاد میشود ،از طریق مسیر مویرگی به سلولهای هیپوفیز پیشین میرسد. -
سلولهای هیپوفیز پیشین را تحت عنوان تیروتروپ میگوییم که هورمون تیروتروپین را آزاد میکنند. -
تیروتروپ یعنی سلول و تیروتروپین یعنی هورمون آن. -
پس TRHآزاد شده و بر تیروتروپ اثر میگذارند و هورمون تیروتروپین ( )TSHرا ازاد میکنند TSH ،بر روی غدهی تیروئید تاثیر گذاشته و باعث -
آزاد شدن T3و T4میشود.
هورمون گلوتاتیون ( )GSHیک مادهی کوآنزیم دارای آنزیم های اکسیداسیون احیا است ،که دارای پیوند تغییر یافته است. -
تکمیلی :این ماده بهطور طبیعی در کبد انسان بر اثر ترکیب این سه اسید آمینه به وجود میآید .گلوتاتیون یک آنتیاکسیدان قوی است و باعث
محافظت اجزای مهم سلولی در برابر واکنش با گروههای عاملی اکسیژن دار مانند رادیکال های آزاد و پراکسیدها میشود .ترکیبات سمی دارای رادیکال
آزاد ،معمولاً با گلوتاتیون ترکیب شده و از بدن خارج میشوند.
گاما از گلوتامت است و گفته میشود ،گاما-گلوتامیلسیستئین-گلیسین ،در اینجا پیوند پپتیدی پیوند بین آلفا آمین از یک ناحیه با کربوکسیل -
زنجیره ی جانبی دیگری است .این پیوند پپتیدی تغییر یافته دارد ولی مورد قبل اسیدآمینهی تغییر یافته داشت.
گلوتاتیون ،یک تری پپتیدی است که به عنوان آنزیمهایی عمل میکند که در اکسیداسیون و احیا نقش دارد. -
در بعضی از بیماریها مادهای به نام NADPHتولید نمیشود NADPH .کوآنزیم آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز است. -
گلوتاتیون دو شکل دارد :گلوتاتیون اکسید و گلوتاتیون احیا -
قسمت فعال گلوتاتین اسید آمینهی سیستئین هست ،زنجیرهی جانبی اسید آمینه سیستئین ،سولفیدریک یا تیور است. -
گلوتاتیون احیا :اگر سولفیدریک یا تیور در گلوتاتیون با یک گلوتاتیون دیگر پیوند دیسولفید تشکیل ندهد و به صورت SHباقی بماند ،گلوتاتیون -
احیا نامیده میشود.
گلوتاتیون اکسید :اگر یک مولکول گلوتاتیون از طریق SHبا SHیک گلوتاتیون دیگر پیوند دیسولفید تشکیل دهند ،گلوتاتیون اکسید نامیده -
میشود.
گلوتاتیون احیا آنزیم بعدی را فعال میکند .میتواند در جایگاه فعال آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز نشسته و آن را فعال میکنند. -
آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز آب اکسیژنه یا هر پراکسید هیدروژن دیگری را از بین میبرد و آب اکسیژنه را به آب تبدیل میکند. -
هیدروپراکسید ( )ROOHیعنی دو تا اکسیژن داشته باشد .که یک ماده ی سمی است و آب اکسیژنه یکی از هیدروپراکسیدها است که اگر در بدن -
زیاد شود ،غشای گلبول قرمز را پاره کرده و آن را از بین میبرد.
با از بین رفتن غشای تعداد زیادی از گلبولهای قرمز ،همولیز شده و از فعالیت آنها کاسته خواهد شد و آنمی همولیتیک ایجاد میشود. -
آنمی همولیتیک :همولیتیک به معنای شکسته شدن است و زمانی که گلبول قرمز همولیز میشود( .همولیز یعنی ریختن هموگلوبین از داخل
گلبول قرمز به بیرون به دلیل پاره شدن غشای آن)
اگر NADPHوجود نداشته باشد؛ آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز فعال نخواهد شد و در نتیجه گلوتاتیون اکسید به گلوتاتیون احیا تبدیل نخواهد شد. -
تبدیل گلوتاتیون اکسید به گلوتاتیون احیا توسط آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز صورت میگیرد ،اگر گلوتاتیون احیا نباشد ،آنزیم گلوتاتیون پراکسیداز -
فعال نخواهد شد و غلظت آب اکسیژنه در سلول بالا رفته و آنمی همولیتیک اتفاق خواهد افتاد.
توضیحات اضافی :فرم اکسید شده گلوتاتیون توسط گلوتاتیون ردوکتاز و کوآنزیم NADPHبه گلوتاتیون احیاء تبدیل می شود.گلوتاتیون احیاء یکی
از مهم ترین آنتی اکسیدان های بدن است و حضور گلوتاتیون احیاء به دلیل دارا بودن عوامل سولفوردار در ساختارش به عنوان یک عامل پایدار کننده
غشای سلولی است .حذف آن منجر به تجمع رادیکال های آزاد و آسیب های بیوشیمیایی از طریق تشکیل پیوند کووالان بین درشت مولکول ها و
پراکسیدسیون لیپیدها خواهد شد.
FADو NADPبه عنوان کوآنزیمهای آنزیم گلوتاتیون ردوکتاز و ( Seسلنیوم) به عنوان کوآنزیم گلوتاتیون پراکسیداز محسوب میشوند. -
کوفاکتور :شامل همهی موارد بالا به صورت کلی میشود .به دو صورت معدنی (مانند سلنیوم که از جنس یونهای فلزی دو ظرفیتی یا سه -
ظرفیتی ،مثل سدیم ،پتاسیم ،منیزیم ،کلسیم هستند) و آلی (مشتقی از سه دستهی پروتئینی ،متابولیتی یا ویتامینی هستند مثل )NADPHوجود
دارد؛ که به کوفاکتورهای آلی کوآنزیم گفته میشود.
پیوند پپتیدی بین کربن کربوکسیل و قسمت آمینی تشکیل شده است .و 0ویژگی دارد: -
)1حدفاصل بین پیوندهای یگانه C-Nبرابر 1/49انگستروم و پیوندهای دوگانه C=Nبرابر 1/27انگستروم است .در اینجا طول پیوند C-N
از پیوند دوگانه بزرگتر و از پیوند یگانه کوچکتر است؛ نتیجه گرفتند که این پیوند خاصیت شبه مضاعف دارد و بعضی مواقع مانند پیوند
دوگانه و گاهی به صورت پیوند یگانه عمل میکند.
رزونانس پیوند پپتیدي انگستروم (به انگلیسی ) Angstrom :یک «یکای» طول برابر با 11به توان -11متر است.
خاصیت پیوند دوگانه ایجاد ایزومر هندسی است .یعنی خاصیت سیس و ترانس دارد.
ایزومر هندسی :ترکیبات وقتی ایزومرهای فضایی یکدیگرند که در فضای کوئوردیناسیون خود لیگاندها یا گروههای
یکسان داشته باشند ولی نحوه آرایش آنها در فضا متفاوت باشد .یک نوع این ایزومر فضایی ،ایزومری هندسی یا
ایزومری سیس -ترانس ،است.
در اینجا پیوند گاهی به صورت پیوند ساده و گاهی پیوند دوگانه است.
اگر پیوند دوگانه داشته باشد میتواند حالت ترانس داشته باشد؛ ترانس
حالتی است که وقتی زنجیرههای جانبی مربوط به دو اسید آمینه دو
طرف پیوند Cو Nباشند.
اگر زنجیرههای جانبی یکطرف پیوند دوگانه قرار بگیرند میشوند سیس.
اکثر اسیدهای آمینه که در زنجیرهی پلی پپتیدی قرار میگیرند حالت
ترانس دارند .اگر سیس باشند و دو زنجیرهی جانبی یکطرف پیوند
دوگانه باشد ،به دلیل حجیم بودن زنجیره ها محدودیت و ممانعت فضایی ایجاد خواهد کرد که از نظر ترمودینامیکی مطلوب نیست.
تنها یک اسیدآمینه پرولین وجود دارد که اول حالت ترانس دارد و سپس به حالت سیس تبدیل میشود.
)2پیوند بین کربن آلفا با گروه کربوکسیل و کربن آلفا با گروه آمین از نوع ساده یا تکی است .هر پیوندی که تکی باشد میتواند آزاد بوده و
چرخش داشته باشد.
خود پیوند می تواند حول کربن آلفا چرخش داشته باشد و به راحتی در فضا حرکت کند یعنی از -181تا +181میتواند در فضا چرخش
داشته باشد.
011درجه باعث ممانعت فضایی میشود ،بیشتر از 181درجه نمیچرخد.
زوایایی که این پیوندها تشکیل میدهند ،سای( )ψو فی( )φنامیده میشود.
سای( )ψزاویهی پیوندی کربن آلفا و نیتروژن عامل آمین را نشان میدهد( .در کتاب برعکس این حالت گفته شده است)
فی( )φزاویه ی پیوندی کربن آلفا و کربن گروه کربوکسیل را نشان میدهد( .در کتاب برعکس این حالت گفته شده است)
زاویه ی سای مربوط به پیوند پپتیدی نیست چون پیوند پپتیدی هیچ چرخشی در فضا ندارد .پیوند پپتیدی بخاطر خاصیت شبه مضاعفی که
دارد ،یک پیوند صفحهای و محکم است.
تمام کربنهای تشکیل دهندهی پیوند پپتیدی ( Oاکسیژن گروه کربنی و Nنیتروژن گروه آمین و هیدروژن آن) همهی اینها در یک صفحه
قرار میگیرند.
هر زنجیرهی پلی پپتیدی که ساخته میشود ،به محض ساخته شدن در فضا
دچار تاخوردگی حول یک پیوند پپتیدی میشود و یک شکل فضایی خاصی
را به خود میگیرد .این شکل فضایی خاص باعث می شود که پروتئین و
زنجیرهی پلی پپتیدی دارای فعالیت باشد.
اگر زنجیرهی پلی پپتیدی از بین تعداد زیادی شکل فضایی که میتواند بگیرد ،فقط یک شکل فضایی خاص را به خود بگیرد ،آن شکل فضایی خاص را
کنفورماسیون بومی ( )Native Conformationگویند که باعث میشود این پروتئین دارای فعالیت باشد .اگر این شکل فضایی را نگیرد هیچگونه فعالیتی
نخواهد داشت( .شکل فضایی که در حین یا بعد از ساخت پروتئین در فضا پیچ و تاپ خورده و شکل فضایی خاص به خود را میگیرد) .برخی از پزوتئینها
دو شکل فضایی بومی دارند .بعد از گرفتن این شکل های فضایی بومی ،میتوانند از یک شکل فضایی به شکل فضایی دیگر تبدیل شوند که هر کدام از این
شکلهای فضایی وظایف خاص خود را دارند.
کنفورماسیون ( :)Conformationاگر در تبدیل یک شکل فضایی به شکل فضایی دیگر فقط پیوندهاي ضعیف و کووالان شکسته شوند ،به هرکدام از
این شکلهای فضایی یک کنفورماسیون گفته میشود .مثال :هموگلوبین در ساختار چهارم خود 2شکل فضایی ( Rو )Tدارد که هر کدام یک خاصیتی دارد.
در تبدیل هر یک از این شکلها به دیگری پیوندهاي یونی یا هیدروژنی شکسته یا تشکیل میشود.
کنفیگوراسیون ( :)Configurationاگر در تبدیل یک شکل فضایی به شکل فضایی دیگر پیوندهاي کووالانس شکسته یا تشکیل شوند ،به هرکدام از
این شکلهای فضایی یک کنفیگوراسیون گفته میشود .مثال :در تبدیل ایزومر ترانس به ایزومر سیس یا برعکس باید پیوندهای کووالان شکسته شود که به
این کنفیگوراسیون پیوند پپتیدی گفته میشود .مثال :در انانتیومترها (نوعی ایزومر نوری) در مورد قندها یا اسیدهای آمینه Lو ،Dبرای تبدیل قند Lبه D
و یا برعکس باید پیوندهای کووالانس شکسته شود که کنفیگوراسیون Lیا کنفیگوراسیون Dگفته میشود.
سوال :برای تشکیل کنفورماسیون یا کنفیگوراسیون کدام یک از پیوندهای پپتیدی ،تک باند ،جاذبههای آبگریز یا جاذبههای هیدروژنی بیشتر دخیل است؟
جاذبههاي آبگریز بیشتر دخیل هستند .برخی اسیدهای آمینه دارای زنجیره ی جانبی غیرقطبی است (مانند پرولین ،آلانین ،والین ،لوسین ،ایزولوسین و
متیونین) و اگر در زنجیرهی پلی پپتیدی قرار بگیرند و زنجیره در یک محیط قطبی یا آبی باشد طوری زنجیره را تا میدهند که بروند و داخل زنجیره مدفون
شوند( .تمایل گروههای غیرقطبی به ماندن در کنار هم در یک محیط قطبی)
به دنبال بررسی توالی اسیدهای آمینه هستیم ،یعنی اسم اسید آمینه شمارهی یک چیست ،چه تعدادی و به چه ترتیبی است .پس نوع،
ترتیب و تعداد اسیدهای آمینه را در یک زنجیرهی پلی پپتیدی بررسی میکنیم.
در ساختمان اول همچنین ما بیشتر پیوندهای کووالان را بررسی میکنیم .در ساختمان اول دو نوع پیوند کووالان (پپتیدي و دي سولفیدي) داریم .اما
بیشترین تاثیر در ساختار اول پیوند پپتیدي است.
)1اگر در ناحیه ی فعال یا حساس پروتئین نیست تاثیری بر عملکرد آن ندارد .اگر جهش در نواحی غیرحساس پروتئین اتفاق بیفتد باعث ایجاد
چندشکلی (پلی مورفیسم) پروتئین میشود .اکثر پروتئینهای پلاسما دچار پلی مورفیسم هستند و به آنها اشکال پلیمورفیک گفته میشود.
مثال :ترانسفریم که آهن را در خون حل میکند( .این جهش مفید است ،در اینجا عملکرد پروتئین حفظ میشود فقط ممکن است از نظر
خواص فیزیکی یا شیمیایی و یا تحرک الکتروپروزی در میدان الکتروپرز تفاوتهایی داشته باشند)
خاصیت چند شکلی در بدن مانند داشتن کپی از یک سند مهم برای انسان است؛ بدن از یک پروتئین کپیهای متعددی میساز که اگر یک شکل
آن در اثر جهش از بین رفت اشکال دیگر باقی مانده و بدن دچار اختلال نشود.
فرض کنید دو آنزیم داریم ،مثل لاکتات دهیدروژناز که پیروات را به لاکتاز و لاکتاز را به پیروات تبدیل میکند ،اگر دچار جهش شود ولی جهش در
جایگاه فعال آنزیم نباشد ،آنزیم عمل خود را انجام میدهد که حالت پلی مورفیسم پا چندشکلی آن پروتئین در بدن است .همچنین کنفورماسیون
اگر تغییر کند در جایگاه فعال آن نیست .حتی ممکن است تعداد اسیدآمینه در نواحی غیرحساس کم یا زیاد هم بشود ولی عملکرد که مهم است
تغییری نمیکند.
تکمیلی :لاکتات دهیدروژناز (به انگلیسی lactate dehydrogenase :یا به صورت مختصر شده LDHیا ) LDآنزیمی است از گروه اکسیدوردوکتازها
که در گیاهان ،حیوانات و پروکاریوتها یافت میشود.
)2اگر جهش در نواحی حساس پروتئین اتفاق بیفتد ،به طوری که عملکرد پروتئین از بین برود ،جهش را مضر میگویند.
برای بررسی ساختمان اول از دستگاه سکوناتور استفاده میشود ،دستگاهی که میتواند یک اسیدآمینه یک زنجیرهی پلی پپتیدی با چندهزار اسیدآمینه را
در کمتر از چند ثانیه شناسایی کند.
از ساختمان دوم تا چهارم به بررسی ساختار فضایی را بررسی میکنیم( .ساختمان اول بررسی خطی بود)
اگر در یک زنجیرهی پلی پپتیدی قسمتی از یک زنجیره ی پلی پپتیدی با ساختار منظم را بررسی کنیم ،به بررسی ساختار دوم پرداختهایم .در ساختار دوم
چند ساختار منظم داریم ،شامل:
مارپیچ α
نحوه نمایش مارپیچ هاي راست گردان و چپ گردان مارپیچ αدو حالت میتواند داشته باشد :راستگرد و چپگرد.
اکثر مارپیچ αبدن انسان به صورت راستگرد است ،چپگرد فقط در پروتئینی به نام کلاژن وجود دارد.
علتی که به این مارپیج ،آلفا گفته میشود این است که اولین ساختار کشف شده است و دومین ساختمان کشف شده ساختمان
βنامیده شد.
مارپیچ αیک مارپیچ راست گرد است و در هر دور 011درجه آن معمولا یک پیچ نامیده میشود .یک دور مارپیچ 011درجه است.
در اینجا فضایی که هر اسید آمینه اشغال میکند ،طول هر مارپیچ یعنی هر 011درجه حدود
0/54 nmاست.
برای محاسیبه اینکه چند اسید آمینه در هر 011درجه وجود دارد 0/54 ،را بر 0/15تقسیم
میکنیم که حدود 3/6رزیدو یا ریشه وجود دارد .از یک اسیدآمینه در فضای 011درجه ممکن
است قسمتی خارج از 011درجه باشد .به همین علت میانگین 3/6گفته میشود.
عامل اصلی پایدار کننده مارپیچ αپیوندهاي هیدروژنی هست .پیوند هیدروژنی بین اکسیژن
گروه کربوکسیل یک اسید آمینه با گروه هیدروژن عامل آمین سومین یا چهارمین اسید
آمینه قبل از خودش.
پیوند هیدروژنی موازي محور مارپیچ است .اگر از بالا به محور مارپیچ نگاه کنیم ،زنجیره های جانبی بیرون محور مارپیچ (حالت استوانه) قرار گرفتهاند.
مارپیچ ،αمارپیچی است که توسط برخی از اسیدهای آمینه ناپایدار میشود .اسیدآمینههای پرولین و گلایسین.
پرولین :به جای NH3به NH2تبدیل شده است و از تشکیل پیوند هیدروژنی جلوگیری میکند به دلیل اینکه پیوند دارد و یک هیدروژن در تشکیل حلقه
پیرولیدین استفاده میکند ،یک هیدروژن هم در تشکیل پیوند پپتیدی مصرف می کند و دیگر هیدروژنی برای پیوند ندارد ،بنابراین اگر پرولین در وسط
رنجیره قرار داشته باشد به دلیل عدم توانایی در تشکیل پیوند هیدروژنی ،زنجیره پلی پپتیدی را خم میکند و باعث ایجاد پیچ در آن میشود ،و اگر در انتها
قرار بگیرد باعث پایان یافتن زنجیرهی پلی پپتیدی میشود.
گلایسین :زنجیرهی جانبی گلایسین یک هیدروژن و کوچک است که مارپیچ آلفا را ناپایدار میکند .هیدروژنی که در زنجیرهی جانبی وجود دارد معمولا
نمی تواند پیوند هیدروژنی را تشکیل دهد ولی اگر هم تشکیل دهد این هیدروژن نمیتواند پیوند هیدروژنی محکمی داشته باشد .همچنین چون زنجیرهی
جانبی کوچکی دارد ،هرجا قرار بگیرد این زنجیرهی پلی پپتیدی خیلی شل و حالت گردشی دارد.
در همهی پروتئین ها به یک اندازه مارپیچ آلفا نداریم و محتوی آن در همهی پروتئینها فرق دارد .پروتئینهای هموگلوبین و میوگلوبین 00درصد ساختار
فضاییشان را مارپیچ آلفا تشکیل میدهد .مقدار مارپیچ آلفای آنزیم کربوکسی پپتیداز حدود 14درصد ساختار فضاییش است.
بعضی از مارپیچهای آلفا به صورت آمفی پاتیک یعنی دوگانه دوست هستند .اگر چند مارپیچ آلفا در غشای یک سلول قرار بگیرد ،و وسط آنها توخالی
باشد ،بین آنها آب قرار میگیرد؛ بعضی مواقع مارپیچهای آلفا میتوانند کانالهای آبی تشکیل دهند که از کنار آنها مواد (یون ،آب یا هر مواد دیگری) رد
شوند که این نوع مارپیچهای آلفا را آمفی پاتیک یا دوگانه دوست میگویند .سمتی که در غشا به سمت آب قرار گرفته است ،اسیدهای آمینه آب دوست قرار
می گیرند و اسیدهای آمینه آبگریز به سمت غشا قرار میگیرند.
ساختمان β
صفحهی βنیز مانند مارپیچ αیک نوع ساختار دوم است ،هر صفحهی βمثل کاغذی است که خود را با آن باد میزنید .هر صفحهی βاز تعداد زیادی
رشتهی βساخته شده است .خود رشتهی βپایدار نیست و وقتی کنار هم قرار میگیرند باهم پیوند هیدروژنی میسازند .مجموعهی رشتهی βرا صفحهی
βمیگویند.
در ساختار دوم قسمتی از زنجیرهی پلی پپتیدی بررسی میشود .در صفحهی βدو حالت بررسی میگردد:
در صفحههای ،βزنجیرههای جانبی یکی در میان پایین و بالای صفحه هستند.
پیچ β
هر پیچ در محل پیچ معمولا 0اسید آمینه دارد .اگر تعداد اسید آمینه در پیچ از 0بیشتر شد پیچ تبدیل به
قوس میشود.
فرق پیچ و قوس :معمولا در پیچ اسید آمینه اول با چهارم یا پنجم به هم متصل هستند اما در قوس اسید
آمینه اول با اسیدآمینه هفتم یا هشتم یا حتی نهم ممکن است به هم متصل باشند.
در محل پیچ یا قوس دومین اسید آمینه معمولا پرولین است .چون پرولین نمیتواند پیوند هیدروژنی تشکیل دهد و نیز وقتی در محل پیچ ها ساخته میشود
ایزومر هندسی (اول ترانس و سپس تبدیل به سیس) را به خود میگیرد.
ایزومر هندسی پرولین ابتدا به صورت ترانس است ولی وقتی در محل پیچ قرار گرفت توسط آنزیم پپتید پرولیل سیس -ترانس ایزومراز (آنزیم ایزومراز) از
حالت ترانس به حالت سیس تبدیل میشود.
علت تبدیل پرولین از ترانس به سیس :اگر زنجیرهی جانبی حجیم پرولین در زنجیرهی پلیپپتیدی قرار گیرد باعث ایجاد ممانعت فضایی میشود.
پیچ در محلی تشکیل میشود که زنجیرهی پلیپپتیدی از یک جهت حرکت می کند و حالا دنبال تغییر جهت است و با مارپیچ فرق دارد.
عاملی که باعث تضعیف پیوندهای هیدروژنی یا سایر پیوندها میشود ،دور بودن آنها است .پیوندهای ضعیف به شرطی ضعیف میشوند که از هم مقدار دور
باشند.
ساختمان سوم پروتئین
در ساختار سوم ما کل یک زنجیرهي پلی پپتیدي را بررسی میکنیم .ساختار سوم دارای نواحی منظم و نامنظم وجود
دارد.
در ساختار سوم اسیدهای آمینه ای که در ساختار اول از هم دور هستند در اثر خمیدگی و تا خوردن زنجیرهی پلیپپتیدی
مجاور هم قرار میگیرند.
معمولا همهی پروتئین ها ساختار اول ،دوم و سوم را دارند ،عامل اصلی پایداری در ساختمان سوم ،جاذبههاي آبگریز است.
جاذبههاي آبگریز تمایل گروه های غیرقطبی به دور شدن از محیط قطبی است که عامل اصلی در ایجاد ساختار سوم است.
بعد از اینکه جاذبههای آبگریز و پیوندهای تعامل های غیرکووالان ساختار سوم را تشکیل داد ،پیوندهای دیسولفید مانند قفلهای نهایی هستند که باعث
پایداری ساختار سوم میشوند.
دومن :با تشکیل هر ساختار سوم ،در بعضیقسمتها و بعضی از ساختارهای سوم ،مارپیچ αو
صفحهی βو نواحی پیچ و قوس و یا نواحی نامنظم تکرار میشوند که به این نواحی دومن گفته
می شود .دومی قسمتی است که هم نواحی منظم و هم نواحی نامنظم دارد؛ اگر از زنجیرهی
ساختمان چند موتیف متداول پلیپپتیدی جدا شود میتواند کار خودش را انجام دهد.
موتیف :موتیف نیز مانند دومن است منتهی اگر از زنجیرهی پلیپپتیدی اصلی قطع شود دیگر وظایف خودش را نمیتواند انجام دهد.
فرض کنید آنزیم فتی اسید سنتاز ( )Fatty acid synthaseیا سنتاز اسید چرب را داریم ،کار این آنزیم ساخت اسید چرب برای بدن است .این آنزیم 8
دومن دارد که هر کدام از آنها یک وظیفه ی خاص مانند کارخانه مونتاژ ماشین در ساخت اسید چرب دارند .عین همین کار توسط آنزیم اسید سینتاز انجام
میشود و وظایف خاصی را انجام میدهد .در واقع دومنها هرکدام قسمتی از ساخت اسید چرب را انجام میدهند که محصول نهایی اسید چرب است.
همهی پروتئین ها ساختار اول ،دوم و سوم را دارند اما تنها برخی از پروتئینها ساختار چهارم را دارند .پروتئینهایی
که از بیش از یک ساخته شده باشند.
در ساختار چهارم به هر یک از زنجیرههای پلیپپتیدی که ساختار چهارم را تشکیل میدهند ،یک منومر یا زیرواحد( )subunitگفته میشود.
معمولا اگر تعداد زیرواحدها کمتر از ده مورد باشد ،اولیگومر گفته میشود و اگر بیشتر از ده مورد باشد ،مولتیمر گفته میشود.
اگر همهی زیرواحدها یکسان باشند ،هُموپلیمر گفته میشود اما اگر زیرواحدها متفاوت باشند ،هتروپلیمر گفته میشود.
معمولا بعضی از پروتئینها دو زیرواحد از دو جنس مختلف به هم متصل شدهاند که می توانیم به عنوان یک زیرواحد در نظر بگیریم ،به عنوان مثال :در
هموگلوبین 4زنجیرهی پلی پپتیدی دارد که دو تا از نوع Aو دو تا از نوع Bاست .اما اگر یک زنجیرهی αبا یک زنجیرهی βبا تعداد زیادی پیوند به هم
متصل شده باشند و یک کار خاصی را هم انجام دهند که در اینجا زیرواحد αو βرا پروتومر میگویند که به عنوان زیرواحد عملکردی هست.
• پایداری بیشتر
اثر تعاونی (همکاری) •
تنظیم آلوستریک •
زیرواحدهای مشابه برای پروتئین های مختلف •
ایجاد جایگاه فعال توسط چند زیرواحد •
کاهش خطای بیان ژن •
پروتئینها را از نظر شکل طبقهبندی میکنند ،که شامل دو نوع پروتئین است :کروي و رشتهاي
پروتئینهاي ساده :مثل آلبومین ،پروتئین هایی هستند که معمولا برای فعالیت نیاز به بخش غیرپروتئینی ندارند. •
پروتئینهاي مرکب :پروتئین هایی هستند که علاوه بر قسمت پروتئینی ،قسمت غیرپروتئینی هم دارند مانند گلیکوپروتئین ،پروتئوگلیکانها. •
پروتئین هاي مرکب کونژوگه
اگر نسبت پروتئین و قند در گلیکوپروتئین برابر باشد به آن موسین یا موکوز گفته میشود .موسینها یا موکوزها دو حالت ترشحی و ساختاري دارند.
لیپوپروتئینها از لیپید و پروتئین ساخته شدهاند ،لیپوپروتئینها گویچههای کوچکی هستند مثل توپکهای کوچک در حد میکروسکوپی در خون و وسط
آنها خالی است که برای انتقال دو دسته چربی تریگلیسرید و استرو کلسترول است که هردو آنها غیرقطبی بوده و در خون حل نمیشوند.
هموپروتئینها پروتئینهایی هستند که دارای هم هستند .مثل هموگلوبین ،میوگلوبین ،سیتوکروم ،کاتالاز.
فلاووپروتیئنها اکثرا شامل نوکلئوتیدهای فلاوینی هستند ،مثل آمینو اسید اکسیداز که همه آنزیم هستند( .هم فلز و هم فلاوین دارد)
متالوپروتئینها پروتئینهایی هستند که دارای فلز در جایگاه فعال خود هستند .مثل کربنیک انیدراز ( )Carbonic anhydraseکه دارای روی است،
الکل دهیدروژناز که دارای روی است و گزانتین اکسیداز که دارای مولیبدن ( )Moو آهن ( )Feهست.
در گیلکوپروتئینها زنجیرهی پلیساکاریدی بسیار کوچک است و به صورت الیگوپروتئین است.
یک زنجیرهی پلیپپتیدی به محض ساخته شدن در فضا شکل فضایی خاصی را پیدا میکند ،که به آن کنفورماسیون بومی گفته میشود و اگر این شکل
فضایی را پیدا کرد فعالیت دارد.
اگر شکل فضایی خاص را پیدا نکند ،در داخل سلول یا مایع خارج سلولی رسوب میکند که به این حالت تجمعات پروتئینی گفته میشود.
تجمعات پروتئینی :زمانی است که پروتئین شکل فضایی خاص خود را پیدا نمیکند.
برای ایجاد شکل فضایی کنفورماسیون بومی معمولا یک حالت حد واسط وج ود دارد ،اگر پروتئین بخواهد به شکل فضایی صحیح خود پیچیده شود ،اول به
حالت یک حد واسطی درمیآید که به آن گلبول گداخته گفته میشود؛ درست مانند فلز وقتی که حالت مذاب پیدا کند.
چاپرونها
پروتئین شوک حرارتی ()hsp
چاپرونینها
پروتئین دی سولفید ایزومراز ()PDI
پپتید پرولیل سیس -ترانس ایزومراز ()PPI
گاهی برای پیدا کردن این شکل فضایی نیاز به یکسری پروتئینهای کمکی دارد ،که به این پروتئینهای کمک کننده به ایجاد شکل فضایی چاپرونها گفته
میشود.
به پروتئینهای چاپرون ،پروتئین شوك حرارتی ( )hspنیز گفته میشود که اکثرا وزن مولکولی پایین دارند و اکثرا در داخل خود یک حفره دارند.
پروتئینی که بخواهد به شکل فضایی صحیح خود پیچیده شود میرود و داخل این حفره قرار می گیرد و به دور از یک محیط آبی (تا زمانی که پروتئین در
محیط آب باشد به دلیل تشکیل پیوند با آب نمی تواند شکل فضایی درست خود را تشکیل دهد) در داخل یک پروتئین شوک حرارتی ،انواع پیوندها را در
خود ایجاد میکند و به شکل فضایی بومی خود در میآید.
اگر پروتئینهای چاپرون برای فعالیت خود نیاز به هیدرولیز ATPداشته باشند ،پروتئین چاپرونین نامیده میشود.
از پروتئینهای چاپرون که hsp 90و hsp 70گفته میشود که چاپرونینها نوع hsp 60هستند( .ضریب رسوبگذاری است که چاپرونها سنگینترند و
سریعتر رسوبگذاری می کنند و با عدد کوچکتر دیرتر در میدان سانتریفیوژ رسوب میکنند)
دو آنزیم هم وجود دارد که ایجاد شکل فضایی درست کمک میکنند :پروتئین دي سولفید ایزومراز) (PDIو پپتید پرولیل سیس -ترانس ایزومراز
()PPI
پپتید پرولیل سیس -ترانس ایزومراز در محل پیچها ترانس را به سیس تبدیل میکرد.
پروتئین دی سولفید ایزومراز نیز در صورتی که پیوند دی سولفیدی اشتباه پیچیده یا تشکیل شود (باید بین اولی و دومی تشکیل شود که بین اولی با دهمی
تشکیل شده است) ،که این آنزیم باعث شکسته شدن پیوند دی سولفیدی غلط و ایجاد پیوند دی سولفیدی درست میشود.
اگر شرایط محیطی که پروتئین در آن قرار دارد ،دچار تغییر شرایط شیمیایی یا فیزیکی شود مثلا PHمحیط پروتئین ،دما یا غلظت یونها تغییر کند،
شکل فضایی پروتئین (یا همان کنفورماسیون بومی) هم تغییر میکند و آن را از دست میدهد.
دناتوراسیون پروتئین :اگر کنفورماسیون بومی یک پروتئین از بین برود (دچار تغییر شکل فضایی شود) ،فعالیت خود را از دست خواهد داد که به این
پدیده دناتوراسیون گفته میشود .در دناتوراسیون ساختار فضایی دوم ،سوم و چهارم تغییر میکند اما ساختار اول دچار تغییر نمیشود( .ساختار اول فقط
در اثر جهش تغییر میکند)
اکثر پروتئینها دچار دناتوراسیون میشوند که در بعضی پروتئینها باعث می شود فعالیت پروتئین به دلیل تغییر شکل فضایی آن برای همیشه از بین برود.
دناتوراسیون و رناتوراسیون ریبونوکلئاز مثالی از دناتوراسیون غیر قابل برگشت جوشیدن تخممرغ است.
در بعضی از آنزیمها ،دناتوراسیون قابل برگشت است ،یعنی اگر شرایطی که باعث دناتوره شدن شده است،
برداشته شود ،باعث میشود پروتئین دوباره فعالیت خود را بدست بیاورد .مثلا یک آنزیم ریبونوکلئاز وجود
دارد که RNAرا تجزیه میکند ،این آنزیم وقتی به آن اوره (از بین برندهی جاذبههای آبگریز) یا مرکاپتواتانل
(شکنندهی پیوندهای دیسولفید) اضافه شود ،باعث دناتوره شدن پروتئین و خارج شدن آن از شکل فضایی
شود.
اگر شرایط برعکس شود و اوره و مرکاپتواتانل را به شیوهی دیالیز برداشت کنیم ،دوباره پروتئین به شکل
فضایی بومی خود پیچیده میشود و فعالیت خود را بدست میآورد که به این حالت عکس دناتوراسیون،
رناتوراسیون پروتئین گفته میشود.
همهی پروتئینها دناتوره میشوند ولی همهی پروتئینها نمیتوانند رناتوره (فقط برخی که شرایطش را
دارند) شوند.
عواملی که منجر به دناتوراسیون میشود شامل:
با افزایش درجه حرارت اکثر پروتئینها ،پیوندهای ضعیفشان (هیدروژنی ،یونی) یا حتی گاهی جاذبههای آبگریز از بین میرود و دناتوره میشوند و در اکثر
پروتیئنها با سرد شدن به حالت طبیعی خود بازمیگردند و رناتوره میشوند.
درجه حرارتی که نیمی از ساختار پروتئین دناتوره و نیمی دیگر حالت طبیعی را دارد TM ،یا درجه حرارت ذوب (نقطهي ذوب) گفته میشود.
معمولا پروتئینها و آنزیمهای مختلف نقطهی ذوب متفاوتی دارند ،بعضیها در دمای پایینتر و بعضی در دمای بالاتر ذوب میشوند .معمولا سرما باعث رناتوره
میشود اما در بعضی از پروتئینها باعث دناتوره هم میشود.
تغییرات :PHمعمولا وقتی یک پروتئین شکل فضایی طبیعی خود را دارد ،بین گروههایی که اسیدآمینهشان بار مثبت و منفی دارند ،حداکثر پیوندهای یونی
وجود دارد.اما اگر PHمحیط را تغییر دهیم ،بعضی از پیوندهای یونی به طور خودبخود از بین میرود ،یعنی PHمحیط را کم کنیم H+ ،زیاد میشود ،که این
H+میرود روی بارهای منفی سطح پروتئین متصل میشود و باعث میشود نتوانند باهم پبوند یونی ایجاد کنند .در نتیجه تعداد تغییر PHبا تغییر تعداد
پیوند یونی معمولا باعث دناتوره شدن پروتئین میشود.