PS I ir PS II reakcijos centrų struktūra.
Kiekviena jų turi po duplikacijos; kad kiekveinas polipeptidas turi 5
reakcijos centrą ir po anteninį kompleksą. Bakterijos
atveju tas reakcijos centras yra sudarytas iš dvijeų pgr
polipeptidų M ir L. Kiekvienas baltymo monomeras yra
linkęs dimerizuotis ir kievienas toks dimerizuotos
polipeptidas iš dviejų turi savo sudėtyje prijungtą
bakteriochlorofilo molekulę. Ir tos bakteriochlorofolo
molekulės, esančios centre, jos yra vadinamos specialąja
pora. Kuo ypatingos? Jie yra vieninteliai chlorofilai
apskritai fotosistemos komplekse, kurie gali atiduoti
elektroną į el pernašos grandinę. Kuo skirasi chlorofilai,
kurie yra antenoje ir tie, kurie yra RC, tai tie chlorofilai,
kurie yra antenoje, jie gali tik susižadinti ir sužadinimą
perduoti kitam, bet negali oksiduotis – negali atiduoti
elektrono; tik tas chlorofilas, kurie yra arčiausiai RC iš
anteninio komplekso, jie gali sužadinti vieną iš dviejų
spec chlorofilų, esančių M ir L polipeptiduose ir jie jau
tik po sužadinimo gali oksiduotis, gali atiduoti
eketroną. Tai specialioji chlorofilų pora, yra tokie
chlorofilo variantai, tokie erdviniai izomerai, kurie gali
gavę šviesos sužadinimo energiją oksiduotis. Chlorofilai
turi skirtingus suerties taškus- bangos ilgius. Spec
chlorofilų pora turi savo sugerties bangą – 865nm –
ilgabangė raudonoji šviesa ir tks chlorofilas yra
vadinamas P865. Tiek augaluose tiek bakterijose PS I ir
PS II yra labai panašios struktūros (nes visgi chloroplastai
yra bakterinės kilmės). PS II turime D1 ir D2 polipeptidą;
PS I – A ir B polipeptidus. Abu jie turi po specialąją
chlorofilų porą. D1 ir D2 yra specialiosios chlorofilo
molekulės pigmento P680 – raudoną šviesą sugeriantis
pigmentas, o reakcijos centre PS I (kuri skirta redukuoti
NADP ir gali pati generuotis el, o turi gauti juos iš PS II)
tai jos abu polipeptidai RC turi spec chlorofilų porą ir tai
yra pigmentas P700 (jei sužadintų tiesiogiai).
Tie polipeptidai, tiek D1, D2 ir A ir B, turi po 5
transmembranines alfa spirales – foto kairėj kampe –
penkios žalios spiralės ir penkios violetinės. Apačioje –
matosi kur išsidėsčiusi specialioji chlorofilų pora. Ji šiaip
būna tilakoido liumeminėje pusėje. Visos penkios
spiralės turi transmembraninį domeną, kitaip tariant
perveria po vieną kartą tilakoido membraną. I ir II
polipeptidai yra išsidėstę pseudosimetriniu būdu – yra
ašis aplink kurią jie dėliojasi. Patys polipeptidai yra savos
truktūra panašūs (A ir B bei D1 ir D2), bet yra šie tiek
skirtingi savo dydžiu. Manoma, dimerizacija yra įvykusi
labai seniai, dar bakteriniame protėvyje. Realiai RC
funkcionuoja tik po vieną polipeptidą – yra vienas
kelias aktyvus, o kitas – nebeveikiantis (tiek
bakterijose, tiek augaluose). Antrojo peptido funkcija
lieka neaiški; nebent kaip nešiklis. Atsiminti – RC tiek
bakteriniai, tiek augalų yra dimeriniai, atsiradę dėl genų
transmembranines spirales ir veikiaiš tikro tik vienas
kelias.
PS I fotosistemos RC koduoja polipeptidai, kurie yra
žymimi psa reide (a nes I); o antrosios fotosistemos RC
koduoja psb genai. Tie įvairūs komponentai yra
koduojami arba plastidėje arba branduolyje. Reikia
prisiminti žymėjimą. Geriausiai iširta yra PS II, ji yra
skirta vandeniui skaidyti, ir jos struktūra yra gerokai
sudėtingesnė nei PS I.
PS II sužadina įprasta raudonbangė šviesa (matoma). Kai
RC II oksiduojasi P680 (atiduoda elektroną pernašos
sitemai), tai ji ne pati oksiduojasi, o oksiduojasi jos vienas
iš dviejų specialių chlorofilų ir toks chlorofilas tampa
teigiamo krūvio. Ir jei chlorofilas yyra oksiduotas, jis
tampa labai stipriu oksidatoriumi. Ir tai reiškia, kad jis
tada stengiasi atplėšti elektroną iš artimiausios
aplinkos molekulių ir tai yra vandens molekulės, kurios
netiesiogiai, o per nešiklius (koncervatyvi tirozino
liekana), nuolatos tiekia elektronus tam „alkanam“
oksiduotam chlorofilui. Jei nepatenkinamas to chlorofilo
poreikis per vandens fotolizę, tada jis gali oksiduoti bet
kokią baltymo molekulę – tai dažniausiai yra D1 ir D2
baltymai. PS II funkcijos yra kaip trapininko – darinys,
kuris elektronus paima iš vandes ir perkelia ant judraus
nešiklio plastochinono molekulės; ir tada jis jau keliauja
per citochromų B6 kompleksą ir perduoda tą elektroną
link PS I.
Viena vandens molekulė gali atiduoti 2e. vandenį
skaldančiame komplekse (deguonį išskiriantis
kompleksas), jis yra aocijuotas prie PS II reakcijos centro,
prie tų D1 ir D2 poipeptidų, tai ten yra skaldoma po
vieną vandens molekulę, bet prijungiamos iš karto dvi.
Kaip atrodo sudėtis įvairių nešiklių fotosistemos II RC. Čia
šnekame apie tą vietą, kuri gali teisiogiai oksiduotis dėl
šviesos teisiogiai ir netiesiogiai (per antenas). Pav
apačioje – turime spec chlorofilą ir būtent chlorofilas
P680 yra būtent ta molekulė, kuri gali atiduoti po
sužadinimo atiduoti elektroną. Tada yra reiklaingas
didžiulis kiekis nešiklių, tam, kad jis neatiduotų energijos
šilumo pavidalu. Ir tas tarpininkavimas mažina tą
energijos išsisklaidymą. Elektronui atskilus artimiausioj
aplikoj jis sutinka feofitiną (poros pavidalu; vienas yra
D1 polipeptide, kitas – D2, o aktyvus tik D1). Feofitinas
yra iš esmės tas pats chlorofilas, bet jis neturi magnio
jono centre (tetraporolinis junginys ir hidrofobinė
uodega – todėl gerai laikosi membranoje). Kitas dalykas
– feofitinas negali elektrono laikyti ilgai (yra laikinas
akceptorius), todėl turi jį kažkam atiduoti. Tai atiduoda
plastochinono molekulei (jis yra ir nešiklis iš PS II į
citochromo B6f kompleksą). Plastochinomas A (kuris
perima elektroną) yra ne D1 aktyviame kelyje, o D2
kelyje (VIENINTELIS NEŠIKLIS PANAUDOJAMAS IŠ D2
KELIO). Kuo ypatingas tas Qa? Tuo, kad jis yra
kovalentiškai prijungtas prie D2 kelio, todėl
plastochinonas gali saugoti elektronus ilgą laiką
(priešingai nei feofitinas). Plius plastochinonas darsaugo
ir vandenilį, kad išlygintų krūvius. Bet kadangi jis
kovalentiškai prijungtas yra, tai jis išnešti to elelktrono iš
RC negali. Tame centre taip pat yra laisvas ne hemo
sudėties geležies atomas (pereinamasis metalas – gali
prisijungti / atiduoti elektroną). Tai vieno jono pavidalu
esanti geležis yra tarpininkas ir perima el iš
kovalentiškai prijungto plastochinono A D2 baltyme
esančio ir perneša iki kovalentiškai neprijungtą
plastochinoną B D1 baltyme esantį. Ir jis jau gali išnešti
el į kitas oks-reduk reakcijas arba į citochromo B6f
kompleksą.
Tiek feofitinas, tiek specialusis ir plastochinomas A yra
baltymų D1 ir D2 prostetinės grupės (tai yra toks darinys
atomas/molekulė, kuri yra kovalentiškai prijungta prie
baltymo). Tai viskas, išskyrus geležį ir plastochinoną B
(jie yra KOFAKTORIAI) yra kovalentiškai prijungti.
Apačioje prie Rcyra asocijuotas vandenį skaldantis
kompleksas (deguonį išskiriantis kompleksas). Pav rausva
spalva- chloroplasto stroma; žalias – tilakoido liumenas.
Tai vandenį skaldantis kompleksas yra išsidėstęs
tilakoido maišelio viduje. Susidaręs deguonis paskui
pakanakamai lengvai difunduoja iš tilakoido liumeno į
stromą, citozolį. Tai tas deguonis liumene jau palieka
laisvų vandenilio jonų – rūgštėja tilakoido vidus vien
nuo vandens skaldymo. Taip pat jis rūgštėja ir antru
keliu – pernešant elektroną citochromo B6f kompleksu.
Kuri dalis labiausiai kenčia nuo oksidacinio streso RC II,
tai būtent baltymas D1, nes tai yra ta funkcionuojanti
atšaka,kur chlorofilas šviesos pagalba yra (ne)tiesiogiai
nuolatos oksiduojamas ir nulatos papildomas
elektronais. Patys baltymai nėra reparuojami, jie yratsg
keičiami. Į RC įeina ir kitų baltymų, kurių funkcija yra
įvairi. Ir visatai yra skirta suformuoti RC. Pav dešinėje –
realus modelis. Baltymas D1 – mėlyna splava; D2 –
oranžinė. Tie esantys chlorofilai (jų daug) yra priskiriami
kaip ir anteniniam kompleksui (nors čia pavaizduotas tik
RC), tam kad kelias neužsidarytų ir vyktų perdavimas
sėkmingas (bet tos chlorofilo molek irgi negali oksiduotis,
o tik perduoti E). apačioje – turime vandenį skaldantį
kompleksą bei mangano turintį baltymą, nes vandenns
skaldymui yra reikalingas manganas. Ta specialioji
chlorifilų pora yra tarp vandenį skladančio komplekso ir
tarp feofitino. Labai svarbus yra ir beta-karotenas (viena
karotenoido molek dviem chlorofilams) – antioksidacinis
komponentas (tinka ir ksnatofilai). Ir jų funkcija yra
dvejopa – absorbuoti bangos ilgius, kurie chlorofilui yra
ne taip gerai absorbuojami ir fotoprotekcija, kai
chlorofilas neranda kam perduoti energijos sužadinimo
arba kai RC jau yra įsotintas. Viršuje – plastochinonai,
vienas iš jų yra kov prijungtas (D2). Tie kitipolipeptidai
(Cp43 ir pilkos spiralės) jie net sudaro didesnę RC dalį,
bet yra skirti tik struktūrizavimui ir tarnauti kaip
nedidelis antenos kompleksas.
Lšviesą sugaudančio komplekso I-II struktūra. Vėlgi,
žymėjimo taisyklė yra tokia pati: Lhca ir Lhcb. Lentelėje –
pateikti LHC I ir II komplekso sudėtinių dalių sąrašas.
Chlorofilai a yra tai, kas aptinkami visur (ir vandens ir
sausimos augaluose), o chlorofilas b (modernesnis) – tik
sausumos augaluose yra ir charose. Tai RC sėdi
chlorofilas a dėl savo seno istorinio buvimo (nes pirma ir
atsirado). Augalo streso sąlygomis chlorofilas a gali būti
gaminamas iš chlorofilo b, todėl jo visada ir būna mažiau.
Tai šiuo atveju chlorofilas a yra svarbesnis, nes jis sėdi
kaip vyraujanti chlorofilo rūšis apskritai. ATSIMINTI: kad
fotosistemoje I jos šviesą sugaudantis kompleksas
žymimas a raide, todėl turime genus lhca ir tas pats su
lhcb; ir polipeptidų atžvilgiu PS II savo šviesą
sugaudančiame komplekse yra turtingensė nei I-oji PS ir
jame yra mažesnė įvairovė polipeptidų (I).
Geno produktai – Lhcb nuo 1 iki 6. Kalbant apie LHC, tai
jo baltymai yra antri pagal gausumą augaluose – pirmi –
rubisco baltymai, kurie atlieka CO2 fiksaciją ir prijungimą
į organinius junginius iš oro. LHCtiek baltymų parodo jų
svarbumą ir reikiamumą. Polipeptidai 1, 2, 3 (apibraukti),
jie turi labai panašią molek masę, ir jie yra linkę
trimerizuotis. Ir jie gali būti įvairiausiai: vieno vienas, kito
du, visi vienodi ir tt betyra homoar heterotrimerai. Likę
peptidai yra reikalingi to viso komplekso kordinavimui
tarpusavy. Kadangi tai yra anteninis baltymas (tas
trimeras a pav) tai jie turi turėti prisijungę didelį kiekį
pigmentų – chlorofilų ir karotenoidų (chlorofilas a –
mėlyna, chlorofilas b – žalia spalva vaizduoja). Šiaip
visame tame fotosintezės aparate yra dviem chlorofilo
molek skirta viena karotenoido molek, bet antenoje
būtent (kur nevyksta oks-red reakcijos) tai tų
karotenoidų yra mažiau nei bendruoju atveju. LHC II
chlorofilai čia yra prijungti nekovalentiškai (joninės,
kovalentinės ir koordinacinės sąveikos), tai kažkas juos
turi koordinuoti. Pats chlorofilas yra baisiai hidrofobinis
dėl prijungto alkoholio-fitolio grandinės, todėl jis labai
gerai sąveikauja su hidrofobinėmis kitomis molekulėmis
– amino rūgštys (histidinas, glutamas, glutaminas,
asparginas).
Alfa spiralės yra tas komponentas, kuris priklausomai
nuo amino r sąstato, labai gerai tinka lipofilinei aplinkai,
kokia ir yra membrana. Air B spiralės yra esminės ir jos
sudaro kryžiaus pavidalo struktūrą, kurias dar sutvirtina
pervėrę ksnatofilų molekulės (karotenoidai).
Išsidėstymas kryžiumi yra ypatingas tuo, kad patys
karotenoidai turi daug dvigubų-viengubų jungčių
pakaitomis einančių ir būtent dėl tos priežasties
karotenoidai gali turėti cis-trans izomerizaciją. Vykstant
cis-trans karotenoidų izomerizacijai, tos spiralės kartu su
chlorofilais esančiais įsiterpusiais į jas per
koordinuojančias amino r, tai tie karotenoidai gavę
šviesos, jis cis-trans izomerizuojasi į vieną kitą pusę ir tai
sukelia arba tų spiralių suartinimą visų arba atitolinimą.
Ir ta karotenoidų izomerizacija dėl šviesos yra vadinama
fotoizomerizacija ir ji galima tiek į vieną, tiek į kitą pusę.
Kaip atrodo izomerizacija baltymų požiūriu? Pav šone –
turime silpną apšvietimą, karotenoidai vienokios
konfigūracijos, labai stiprus apšvietmas – labai
suartinamos molekulės tarpusavy ir padaro taip, kad
chlorofilų molekulės, kurios buvo toliau kartu su baltymų
molekulėmis, yra sutraukiami į vieną tašką. Ir dėl
karotenoidų atsiranda trys pasėkmės: sutrumpėja
chlorofilų fluorescencijos laikas, nes toks suartinimas
reiškia, kad vieno eksitacija gali būti laisvai
perduodama kitam – leidžia laisvai tekėti sužadinimo
energijai. Tada sumažėja tikimybė energiją perduoti
arba šilumos ar fluorescencijos būdu. Antras dalykas –
jei turime šviesos įsisotinimo tašką (kai fotosintezė
vyskta max greičiu); tada įvyksta taip, kad anteninis
kompleksas vis priima šviesos sužadinimą, o RC jo
priimti negali, tai tada chlorofilas gali savo E atiduoti
tarkim deguoniui, tai karotenoidai arti būdami gali iš
karto tą E priimti ir taip nebesukurti laisvų raidikalų.
Kitas dalykas – jei tos Eyra daug iš visur kur, tai
karotenoidai tada dalyvauja kaip šildytuvas,
fotosintezės aparatas kaista, bet tada yra tai
sureguliuojama transpiracijos pagalba. Beje,
skirtinguose baltymuosi chlorofilo a santykis su chlorofilu
b yra gerokai didesnis.
Bendra struktūra šviesą sugaudančių kompleksų PS II. Tai
jau žinome, kad yra heterotrimerai, kuriuos formuoja
1,2, 3 baltymai. Ir PS II yra nustatyta, kad tie anteniniai
kompleksai yra linkę būti ne po vieną ir RC yra irgi linkę
būti ne po vieną. Aukštai šone pav – čia yra RC II-
matome D1, D2 polipeptidus.pats sužadinimas ateina iš
anteninio komplekso – trimero, sudaryto iš lhcb 1, 2, 3
baltymų, kurie gali būti įvairiai susijungę. Bet iš tikro, RC
yra linkę in vivo dimerizuotis D1, D2 ir D1, D2 ir
kiekvienas jų turi turėti LHC savo trimerų pavidalu. Kad
tie trimerai laisvai neplaukiotų membranoje, nes juos
turi kažkas prilaikyti prie RC. Tai tiems trimerams yra
būdinga stripri S sąveika, M arba L sąveikos. Kas juos
asicijuoja prie RC? Tai kiti trys baltymai – Lhcb4, 5, 6.
Stipriai sąveikai yra reikalingas tarpininkas Lhcb5 – jei
toks yra, tai tas trimeras visada stipriai laikysis prie RC.
Jei tas trimeras laikosi vidutiniškai stirpiai, tai tam
naudojami like du baltymai – Lhcb4 ir Lhcb6 – jie didžiąją
dalį būna prisijungę, bet gali atsijungti. Aišku, egzistuoja
trimerai, kurie tarpininkų neturi,jie plaukioja laisvai. Taip
pat, sąveikos gali kisti, gali iš silpnos tapti į stiprią jei
prisijungia kartu tarkim Lhcb5. Tas VIENETAS, kuris
egzistuoja ir gali atlikti fotosintezę yra dimerinio pavidao
ir sudaro vienas RC ir bent po vieną šviesą sugaudantį
kompleksą, kuris yra prisjungęs arba vidutine arba stipria
sąveika.
Kur yra chlorofilo molekulių? Jų yra visuose baltymuose,
ir heterotrimeruose. RC turi spec chlorofilo porą D1,2.
Matome,kad vyraujantis yra chlorofilas A. Tie
tarpininkaujantys baltymai irgi turi chlorofilo molekulių ir
čia labai svarbus yra užtikrintumas, kad chlorofilo
molekulės visą laiką būdamos sužadintos rastų sau
partenrių ir galėtų tą sužadininmą perduoti. Taip pat, tie
chlorofilai ir pigmentai yra taip išdėstyti, kad ta E ne šiaip
suktųsi, o kad greitai judėtu viena kryptimi link RC. E
perduodama tik eksitacijos pavidalu (šiluma dar arba
fluorescencija).
Vandens skaldymas. Fotooksidacija (fotolizė) yra
atliekama spec kompleksu, kuris yra vadinamas deguonį
išskiriančiu kompleksu, kuris yra asocijuotas prie
tilakoido membranos vidinės pusės (vanduo skaldomas
tilakoido liumene). Vanduo yra skaldomas panaudojant
skirtingų savybių metalų ir nemetalų jonus. Privaloma
tvarka eina – bent 4 mangano jonai (pereinamasis
metalas, kuris gali įgyti spektrą kintamų laispnių), 1 Ca
jonas ir 1 Cl jonas. Kaip vyksta tas skaldymas? Tai turime
tuos metalus išsidėsčiusius aktyviajame centre deguonį
išskiriančiame komplekse ir jie yra reiklalingi tam, kad
būtų galima vienu metu koordunuoti dvi vandens
molekules. Egzistuoja specifinis tarpininkas tarp vandenį
skaldančio komplekso ir chlorofilo (P680, oksiduoto ir
laukiančio el iš vand skald kompl). Tai elektronas yra
perduodamas koncervatyvios tirozino liekanos, t.y. D1
polipeptidas, PS II RC aktyvioji šaka. Tirozinas yra
aromatinė amino r. ir jis gali prisijungti el kaip laikina
talpykla prieš atiduodant jį oksiduotam chlorofilui. 2
vandens molek = 4 H jonai, 2 H atomai ir 1 molek
deguonies molis ir 4 elektronai. Skaldymas yra
atliekamas palaipsniui. Pirma viena molek,paskui kita ir
galiausiai yra sujungiami du deguonies atomai, jie
sujungiami ir išsiskiria vienas molis molekulinio
deguonies. Palaipsninis skaldymas yra reikalingas tam,
kad P680 chlorofilui nužemiti, redukuoti yra reikalingas
tik vienas el: vieną praranda ir vieną turi prisijungti. Tai
reiškias tas spec chlorofilas gali 4 kartus po šviesos
sužadinimo oksiduotas ir būti pašertas dviem vandens
molekulėm.
molekulinis deguonis difuzijos būdu. Kai tik manganai yra
laisvi, jie tuij yra įsotinami vandeniu, kurio aplinkoje yra
ir ciklas kartojasi. Mažiausias oksidacijos laipsnis, arba
labiausiai redukuotas kompleksas yra tada, kada
prisijungia vandenį, o labiausiai oksiduotas kompleksas
yra tada, kada iš vandens nebelieka nieko išskyrus
deguonies atomus. Kol RC esantis chlorofilas
nesioksiduoja, tol vanduo nėra skaldomas. Labiausiai
oksiduotas būvis – mangano aukščiausias laipsnis +4.
Genai, koduojantys vandenį skaldantį kompleksą, yra
bent trys ir jie yra branduoly. Svarbu: kiekvienam
elektronui atplėšti yra reikalingas šviesos kvantas,
tiesiogiai arba per anteninį kompleksą. Kalbant apie
cianobakterijas, jos neturi tokių Lhcb baltymų, kurie yra
būdingi augalams, bet pats procesas vykstantis yra
panašus. Homologija yra pakankamai didelė baltymų.

Pats tas kompleksas OEC gali įgyti skitingas oksidacines

būsenas S0 yra žemiausia ir paskui vykstant vandens
skaldymui tos būsenos keičiasi; S4 būsena – tai kai viskas
kompleksas yra labiausiai oksiduotas(atiduodami iš
komplekso elektronai). Tas laipsnio kitimas yra labiausiai
susijęs su mangano laipsnio kitimu. Vandens skaldymo
ciklas – pirmuoju etapu labiausiai redukuota būsena yra
4 mangano jonai skirtingo oks laipsnio ir prijungiamos
vandens molekulės. Ta molekulė, kuri bus skladoma yra
tiesiogiai prijungiama su manganu, o ta kur yra kaip
depozitas – tai ji yra prijungta per kalcį. Šis vandens
skaldymas yra tiesiogiai susijęs su chlorofilo oksidacija,
kitaip tariant tik chlorofilui oksidavusis yra pereinama į
kitą būvį vandens skaldančiame komplekse. Skaldymas –
atimamas vienas e ir jis duodamas koncervatyviai
tirozino liekanai ir perkelia jį ant oksiduoto chlorofilo
P680 ir jo krūvis išsilygina, nulis tampa. Iš vandens
difunduoja ir vienas vandenilio jonas (kad krūvis išlktų
neutralus) ir iš vandens atplėšus vieną el ir vieną H lieka
OH. Tai tada turime šiek tiek didesnį oksidacijos laipsnį,
kadangi vienas el yra iškeliavęs. Jei RC oksiduojasi antra
kartą, tai tada žengiamas kitas etapas. Vėlgi yra
paimamas el, jis per tiroziną atiduodamas oksiduotam
chlorofilui,kartu su juo pasišalina ir H Jonas ir iš
pirmosios vandens molekulės nk nebėra. Tai tada ta
rezervuota vandens molekulė susikeičia vietom su
chloride ir tada ta vandens molekulė tampa perkelta į
reakcijos centrą. Tada vėlgi oksiduotas chlorofilas gauna
el per tiroziną tarpininką ardant vandens molecule
(prarandamas el ir H Jonas) ir lieka tik OH. Galiausiai jei
yra sužadinamas, gali perduoti ir 4-tą kartą į RC. Ir
galiausiai iš vandens molekulių nebelieka nieko ir čia
būsena jau yra S4 – labiausiai oksiduota būsena ir tada
abu deguonys sukimba tarpusavy ir pasišalina vienas