Katedra Biochemii i Biologii Komórki

Elementy biofizyki
01
Wykład dla I roku biotechnologii UR
Rzeszów 2010

Grzegorz Bartosz
 Zaliczenie

(Skrótowy zapi od: Zaliczę? Nie!)

50 bardzo prostych pytań testowych

 S. Przestalski:
Elementy fizyki,
biofizyki i
agrofizyki.
Wydawnictwo
Uniwersytetu
Wrocławskiego,
Wrocław 2005.
K. Dołowy: Fizyka dla przyrodników. Wydawnictwo SGGW,
Warszawa 1995 (t. I), 1996 (t. II).
F. Jaroszyk (red.): Biofizyka. Podręcznik dla studentów. PZWL,
Warszawa 2001.
M. Siemiński: Fizyka zagrożeń środowiska. PWN, Warszawa 1994.
J.M. Berg, J.T. Tymoczko, L. Stryer: Biochemia, PWN, Warszawa 2005.
A. Zgirski, R. Gondko: Obliczenia biochemiczne. PWN,
Warszawa 1998
R. Glaser: Biophysics. Springer, Berlin. 1999.
G. Rontó, I. Tarjan (Ed.): An introduction to biophysics with
medical orientation. Akademiai Kiadó, Budapest 1999
M. Bryszewska, W. Leyko (red.): Biofizyka dla biologów. PWN,
Warszawa 1997.
Z. Jóźwiak, G. Bartosz (red.): Biofizyka. Wybrane zagadnienia wraz
z ćwiczeniami. PWN, Warszawa 2005
Ćwiczenia, red. T. Biliński, G. Bartosz, Wydawnictwo UR, 2006
 2004

2008

2008
 Biofizyka
opisuje zjawiska fizyczne przebiegające w
organizmach żywych
Wartości wielkości fizycznych typowe dla
obiektów biologicznych

Promień przeciętnego białka 2 nm

Objętość przeciętnego białka 25 nm3
Masa przeciętnego aminokwasu 100 Da
Masa przeciętnego białka 30 kDa
Stężenie białka w cytoplazmie 300 mg/mL
Grubość dwuwarstwy lipidowej 5 nm
Powierzchnia cząsteczki lipidu w błonie 0,5 nm2
Masa cząsteczki lipidu 800 Da
1 Da ≈ 1,6 *10-24 g
Masa przeciętnego białka 4,8*10-20 g ≈ 5*10-20g
Wartości wielkości fizycznych typowe dla
obiektów biologicznych
Escherichia coli
V ≈ 1µm 3 = 10 −18 m 3 = 1 fL
S ≈ 6 µm 2

d ≈1 kg dm-3 = 1 g cm-3 = 1 g
(m-2)-3 = 1 g m-6 = 10-12 g/m-18
= 1 pg/fL

d = m /V
m = 1 pg
m = m•d
 Komórka E. coli w liczbach

Sucha masa komórki E. coli – 30% masy; z tego połowa to

masa białek: 0,15 pg. Połowa suchej masy to masa atomów C –
0,15 pg
1,5*10-13 g /1,6*10-24 g ≈ 1011 atomów C/komórkę

Liczba cząsteczek białka w komórce E. coli:

N = 15*10-14 g/ 5*10-20g = 3*106

Około 1/3 białek to białka błonowe  około 106 cząsteczek

białek błonowych
 Komórka E. coli w liczbach
Ile jest rybosomów w komórce E. coli?
Około 20% białek to białka rybosomalne
Masa rybosomu: 2,5 Mda
Około 1/3 masy rybosomu: białko, około 2/3: RNA
Liczba rybosomów w komórce:
N = 0,2*(0,15*10-24 g ) / (830 000 * 1,6*10-24 g) ≈ 20 000
Średnica rybosomu: około 20 nm
Objętość rybosomu:
V = 4 πr 3 = 4 π (10nm) 3 = 5,52 • 103 nm 3
3 3
Objętość rybosomów w komórce: ≈ 5 500 nm3 * 20 000 ≈ 108 nm3
= 0,1 fL
Objętość rybosomów ≈ 10% objętości komórki
 Komórka E. coli w liczbach
Ile jest cząsteczek lipidów w komórce E. coli?
N = 4 * 0,5 * 6 µm2 /0,5 nm2

Połowa powierzchni
Dwie dwuwarstwy – błona błony zajęta przez
wewnętrzna i wewnętrzna białka, połowa przez
lipidy

N = 4 * 0,5 * 6 * 106 nm2 /0,5 nm2

N ≈ 2*107
 Komórka E. coli w liczbach

Około 70% masy komórki – woda 0,7 pg

Ile cząsteczek wody w komórce?

N =( 0,7 * 10-12 g / 18 g mol-1) * 6,02*1023 cząsteczek mol-1

≈ 2,3*1010 cząsteczek ≈ 2*1010 cząsteczek

Ile jonów K+ w komórce?

[K+] ≈ 100 mM

N = 100 * 10-3 mol L-1 * 10-15 L * 6,02*1023 jonów mol-1

N ≈ 6 * 107 jonów
 Komórka E. coli w liczbach

Liczba cząsteczek w komórce a stężenie

1 cząsteczka/komórkę = 1 cząsteczka/10-15 L = 1015 cząsteczek / L

6,02 * 1023 cząsteczek /L = 1 mol /L

10-15 cząsteczek / L ≈ 2 nmol /L

Stężenie 2 µmol L-1  1000 cząsteczek/komórkę

Komórka E. coli w liczbach
Komórka E. coli w liczbach
 Komórka E. coli w liczbach
Średnia odległość między cząsteczkami w komórce:

d ≈ 3
c
Komórka Saccharomyces cerevisiae w
liczbach

d ≈ 5 µm, r ≈ 2,5 µm V ≈ 60 µm3 , A ≈ 80 µm2

Jądro: d ≈ 2 µm, r ≈ 1 µm V ≈ 4 µm3
Genom: 1,2*107 pz, 16 chromosomów
DNA w nukleosomach: 150 pz + 50 pz spacer

Liczba nukleosomów:
N ≈ 12 * 106 pz /200 pz = 60 000
 Komórka Saccharomyces cerevisiae w
liczbach

Objętość 1 pz: około 1 nm3.

Objętość DNA/ objętość komórki ≈ (1,2*107 pz)*(1
nm3/pz)/(4*109 nm3) ≈ 3*10-3 = 0,3%

Jeśli stężenie białek podobne w komórkach E. coli i S. cerevisiae, to

liczba cząsteczek białek w komórce S. cerevisiae:

NbSc ≈ NbEc * 60 ≈ 2*108 Pomiary: ok. 50*106

Liczba cząsteczek lipidów w błonie plazmatycznej S. cerevisiae:

N = (2 * 0,5 * Asc)/Ali ≈ (2 * 0,5 * 80*106 nm2) / 0,5 nm2 ≈ 2*108

Komórka Saccharomyces cerevisiae w
liczbach
Komórka Saccharomyces cerevisiae w
liczbach

Mitochondria: około 40 w komórce;

typowy rozmiar: ok. ¾ µm

Objętość mitochondriów w komórce

V ≈ 40 * 4/3 π * (3/8)3 µm3 ≈ 9 µm3

(ok. 15% objętości komórki)
Komórka ssaka: fibroblast
Komórka ssaka: siateczka
śródplazmatyczna
 Komórka ssaka: siateczka
śródplazmatyczna
Objętość i powierzchnia pęcherzyków siateczki
śródplazmatycznej
Vss = ∑ Ai d
i

4π 3 4π 3
Vss = R z− R j
3 3

Acała = 2∑ Ai d
i

8π 8π
Ass = (R z − R j ) ≈
3 3
(10 µm)3 − (5µm) 3 ≈ 15 • 10 4 µm 2
3 • 0,05µm 3d
Wirusy
Wirus HIV

d ≈ 130 nm r ≈ 65 nm
Zewnętrzne 5 nm – dwuwarstwa
lipidowa
Wewnątrz dwuwarstwy lipidowej: r
≈ 60 nm
Pole powierzchni wewnętrznej
strony dwuwarstwy lipidowej:

A ≈ 4πr2 ≈ 4π (60 nm)2 ≈ 45 000

nm2
 Czas
zjawisk
istotnych
dla biologii
 Podział komórki E. coli

Czas generacji: około 3 000 s

Szybkość biosyntezy białek: trzeba zsyntetyzować 3
miliony białek w ciągu 3 000 s  ok. 1000 białek/s
Trzeba zsyntetyzować 5*107 cząsteczek lipidów/3 000 s
 ok. 20 000 cząsteczek lipidów/s
Transport wody: potrzeba pobrać 2*1010 cząsteczek
wody w ciągu 3 000 s  7*106 cząsteczek/s
Powierzchnia błony: 6*106 nm2  ≈ 1 cząsteczka
wody/(nm2 s)
 Podstawowe siły (oddziaływania) w
przyrodzie:

-Silne (zasięg: ok. 10-15 m) 1

-Elektromagnetyczne 10-2
-Słabe (zasięg: ok. 10-15 m) 10-5
-Grawitacyjne 10-40

Chemia, biologia  oddziaływania elektromagnetyczne

 Oddziaływania
międzycząsteczkowe
Występowanie faz skondensowanych,
lepkość, napięcie powierzchniowe,
zjawiska kapilarne, osobliwe
właściwości wody, tworzenie struktur
nadmolekularnych, właściwości
sprężyste ciał, katalityczne działanie
enzymów…
To wszystko są skutki
oddziaływań międzycząsteczkowych
Typy wiązań międzycząsteczkowych

 Niespecyficzne
 Wiązania jonowe
 Wiązania van der Waalsa

 Specyficzne
 Wiązania wodorowe
 Wiązania w kompleksach z przeniesieniem ładunku
(charge transfer)
Oddziaływania międzycząsteczkowe
 Oddziaływanie pomiędzy ładunkami
elektrycznymi
 Oddziaływanie ładunek-dipol
 Oddziaływanie ładunek-dipol indukowany
 Oddziaływanie dipol-dipol
 Oddziaływanie dipol-dipol indukowany
 Oddziaływanie dipol indukowany-dipol
indukowany
Oddziaływanie pomiędzy ładunkami
elektrycznymi („mostki solne”)
•-COO-...........+H3N-
1 q1q2 r
Fj−j = • 2 •
4 πεε o r r

1 q1q2
U j −j =
4πεε o r
 Oddziaływanie ładunek-dipol (stały)

Moment dipolowy

H+
p
U j −d =−
-H3N+ O
- 4πεε o r 2

R Stała Boltzmanna Temperatura

 Oddziaływanie ładunek-dipol
(swobodny)
Moment dipolowy

H+ 2 2
q p
U j −d =−
-H3N+ O
- 6kT (4πεε o ) r
2 4

H+ Stała Boltzmanna Temperatura

 Oddziaływanie ładunek-dipol
indukowany

Polaryzowalność

p i = αεε o E
qα2
U j − di =
2(4πεε o )2r 4 Moment dipolowy
indukowany przez
zewnętrzne pole elektryczne
o natężeniu E
 Oddziaływanie dipol-dipol

2 2
2p p
U d −d =− 1 2
3kT (4πεε o ) r
2 6
Oddziaływanie dipol-dipol
indukowany

pα2
U d − di =−
6(4πεε o ) r
2 6
Oddziaływanie dipol indukowany-
dipol indukowany

3 I1 I 2 α1α 2
U di − di =−
2 I1 + I 2 (4πεε o )2r 6

Energie jonizacji cząsteczek

Oddziaływania międzycząsteczkowe

 Oddziaływanie pomiędzy ładunkami elektrycznymi

U∝r-1
 Oddziaływanie ładunek-dipol swobodny U∝r-4
 Oddziaływanie ładunek-dipol indukowany U∝r-4
 Oddziaływanie dipol-dipol U∝r-6
 Oddziaływanie dipol-dipol indukowany U∝r-6
 Oddziaływanie dipol indukowany-dipol indukowany
U∝r-6
 Wiązania jonowe

 Wynikające z oddziaływań jon-jon, jon-dipol,

jon-dipol indukowany.
 Bardzo silne w środowiskach o małej stałej
dielektrycznej; w kryształach soli ich energia
porównywalna z energią wiązań kowalencyjnych;
słabsze w środowisku o wysokiej wartości ε
Wokół jonu dipole wody tworzą
otoczkę hydratacyjną
 Wiązania van der Waalsa

 Oddziaływanie dipol-dipol U∝r-6

 Oddziaływanie dipol-dipol indukowany U∝
r-6
 Oddziaływanie dipol indukowany-dipol
indukowany U∝r-6
 Potencjał Lenarda-Jonesa

A B
U vdW = − 6 + 12
r r
Wiązania van der Waalsa
 Wiązania wodorowe
-X-H….:Y
 Wiązania powstające w wyniku oddziaływania między
kowalencyjnie związanym atomem wodoru a innym
atomem elektroujemnym tej samej czy innej cząsteczki.
Energia wiązań wodorowych jest większa od energii
oddziaływań dipol-dipol, a długość wiązania mniejsza.
 Sieć wiązań wodorowych odpowiada za nietypowe
właściwości wody, wiązania te stabilizują strukturę
drugorzędową białek
Wiązania wodorowe
Struktura lodu
Wiązania wodorowe
w α-helisie białka:
między atomem O grupy
karbonylowej
aminokwasu n i atomem
N wiązania
peptydowego wiązania
peptydowego
aminokwasu n+4  stąd
3,6 reszty
aminokwasowej na skręt
helisy
Struktury drugorzędowe: struktura beta

Wiązania wodorowe
 Wiązania w wyniku przeniesienia
ładunku

 Gdy ładunek (=elektron) ulega przeniesieniu a

jednej cząsteczki (donora) do innej (akceptora)
 Energia wiązań kowalencyjnych i
oddziaływań międzycząsteczkowych
Typ wiązania Energia wiązania [kJ mol-1]

Kowalencyjne: C-C 360

C-O 340
C-H 430
N-O 200
O-H 460
Jonowe w wodzie 10-20
Wodorowe 12-35
van der Waalsa Około 4
Z przeniesieniem ładunku 2-50
Energia ruchów cieplnych (298 K) 2,5
 Efekt hydrofobowy

Korzystniejsze energetycznie jest skupianie się cząsteczek

hydrofobowych w roztworze wodnym, głównie dlatego, że
zwiększa to wzajemne kontakty miedzy cząsteczkami wody
Oddziaływania międzycząsteczowe
przejawiaja się m. in. w takich siłach
makroskopowych jak

 Siły sprężystości
 Siły tarcia
 Siła napięcia powierzchniowego
 Siły kohezji i adhezji
 Efekt hydrofobowy jest efektem
entropowym

Zachodzi, ponieważ zwiększa entropię

układu
 Entropia cząsteczek wody

Możliwe orientacje cząsteczki wody w

Każda cząsteczka sieci czworościennej . Wiązania
wody ma 4 wodorowe mogą być tworzone w
sąsiednie kierunkach wierzchołków , które nie są
cząsteczki zajęte przez wiązania wodorowe
 Jeśli cząsteczka hydrofobowa pozbawia cząsteczkę wody
możliwości tworzenia połowy wiązań wodorowych (czyli trzech
mikrostanów), entropia cząsteczki wody zmniejsza się:

Cząsteczka hydrofobowa pozbawia możliwości

tworzenia wiązań wodorowych n cząsteczek wody, więc

∆S hydrophobic (n) = −nk B ln 2

Oddziaływania międzycząsteczowe
przejawiaja się m. in. w takich siłach
makroskopowych jak

 Siły sprężystości
 Siły tarcia
 Siła napięcia powierzchniowego
 Siły kohezji i adhezji
 Siły sprężyste
są konsekwencją istnienia sił międzycząsteczkowych
Sprężystość: ta właściwość ciała dzięki której uwalnia się ono
od odkształcenia, jeśli zostaną usunięte siły zewnętrzne, które
wywołały odkształcenie

Prawo Hooke’a (prawo sprężystości):

dla dostatecznie małych i powoli zachodzących
odkształceń, jeśli nie zostanie przekroczona granica
sprężystości, odkształcenie jest wprost proporcjonalne do
siły odkształcającej

Siła sprężysta materiału Fs = −kx

(przeciwdziałająca odkształceniu)