Biomass, Biofuels, Biochemicals: Advances in Enzyme Catalysis and Technologies 1st Edition Sudhir P. Singh (Editor)

Biomass, Biofuels, Biochemicals:
Advances in Enzyme Catalysis and

Technologies 1st Edition Sudhir P.
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Biomass, Biofuels,
Biochemicals
Technologies
Series Editor
Ashok Pandey
Centre for Innovation and Translational Research,
CSIR-Indian Institute of Toxicology Research,
Lucknow, India
Biomass, Biofuels,
Biochemicals
Technologies
Edited by
Sudhir P. Singh
Center of Innovative and Applied Bioprocessing, Mohali, India
Ashok Pandey
Centre for Innovation and Translational Research,
CSIR-Indian Institute of Toxicology Research, Lucknow, India
Reeta Rani Singhania

Center for Energy and Environmental Sustainability-India, Lucknow, India
Christian Larroche
Chemical and Biochemical Engineering Laboratory, Institute Pascal,
University Clermont Auvergne, Clermont Ferrand, France
Zhi Li
Department of Chemical & Biomolecular Engineering,
National University of Singapore, Singapore
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Publisher: Susan Dennis

Acquisitions Editor: Ki Kostas Marinakis
Editorial Project Manager: Andrea Dulberger
Production Project Manager: R. Vijay Bharath
Cover Designer: Greg Harris
Typeset by MPS Limited, Chennai, India

Contents
List of contributors .............................................................................................................................. xv

Preface ................................................................................................................................................ xxi
SECTION 1 FUNDAMENTAL ASPECTS OF ENZYMES

CHAPTER 1 An introduction to enzyme structure dynamics and enzyme
catalysis ................................................................................................ 3
Jitesh Kumar, Ashok Pandey and Sudhir P. Singh
1.1 Introduction ................................................................................................................ 3
1.2 Why do some proteins work as enzyme? .................................................................. 3
1.2.1 Role of the active site in enzyme functioning ................................................ 4
1.2.2 Cofactor, a necessity of enzyme...................................................................... 4
1.3 What is enzyme catalysis? ......................................................................................... 4
1.3.1 Basics of enzyme catalysis .............................................................................. 4
1.3.2 Historical overview of enzyme catalysis theory ............................................. 5
1.3.3 Mechanistic view of enzyme catalysis ............................................................ 5
1.4 Structural dynamics of enzymes ................................................................................ 6
1.5 Ribozymes as a nonprotein catalyst........................................................................... 7
1.6 Conclusions and perspective ...................................................................................... 8
References................................................................................................................... 8
CHAPTER 2 Classification of enzymes and catalytic properties .......................... 11

Luciana Porto de Souza Vandenberghe, Susan Grace Karp, Maria Giovana
Binder Pagnoncelli, Matheus von Linsingen Tavares, Nelson Libardi Junior,
Kim Valladares Diestra, Jéssica Aparecida Viesser and Carlos Ricardo Soccol
2.1 Introduction .............................................................................................................. 11
2.1.1 Enzyme nomenclature and classification ...................................................... 11
2.1.2 Enzyme databases .......................................................................................... 12
2.1.3 Catalytic properties ........................................................................................ 12
2.2 Enzymes classes and properties ............................................................................... 14
2.2.1 Oxidoreductases ............................................................................................. 15
2.2.2 Transferases.................................................................................................... 16
2.2.3 Hydrolases ...................................................................................................... 17
2.2.4 Lyases............................................................................................................. 21
2.2.5 Isomerases ...................................................................................................... 22
2.2.6 Ligases............................................................................................................ 23
2.2.7 Translocases ................................................................................................... 24
v
vi Contents
2.3 Conclusions and perspectives .................................................................................. 25

References................................................................................................................. 25
Further reading ......................................................................................................... 30
CHAPTER 3 Enzymes and their production strategies .......................................... 31
Himanshu Sharma and Santosh Kumar Upadhyay
3.1 Introduction .............................................................................................................. 31
3.2 Enzymes and their classifications ............................................................................ 32
3.3 Enzyme production .................................................................................................. 33
3.3.1 Microbial enzyme production........................................................................ 34
3.3.2 Enzyme production from plants and animals................................................ 40
3.4 Applications.............................................................................................................. 41
Acknowledgments .................................................................................................... 43
References................................................................................................................. 43
CHAPTER 4 Robust enzymes designing for efficient biocatalysis ....................... 49
Roberto Parra-Saldivar, Ricardo A. Ramirez-Mendoza,
Ashutosh Sharma, Goldie Oza, Ricardo Zavala-Yoe and Hafiz M.N. Iqbal
4.1 Introduction .............................................................................................................. 49
4.2 Biocatalysis engineering—a driving force .............................................................. 50
4.3 Recent advances in protein engineering .................................................................. 51
4.3.1 Enzyme immobilization—a drive toward optimum performance ................ 51
4.3.2 Substrate engineering—a toolkit to harness the enzymatic
promiscuity..................................................................................................... 55
4.3.3 Structure-assisted protein engineering........................................................... 56
4.3.4 Advanced computational modeling ............................................................... 58
4.3.5 Protein engineering via directed evolution and rational design ................... 58
4.5 Acknowledgments .................................................................................................... 60
4.6 Conflict of interest ................................................................................................... 60
References................................................................................................................. 61
SECTION 2 ENZYME ENGINEERING FOR EFFICIENT

BIOCATALYTIC REACTIONS
CHAPTER 5 Enzyme engineering strategies to confer thermostability ................ 67
Zhe Xu, Ya-Ping Xue, Shu-Ping Zou and Yu-Guo Zheng
5.1 Introduction .............................................................................................................. 67
5.2 Enzyme engineering strategies for thermostabilization .......................................... 68
5.2.1 Directed evolution.......................................................................................... 69
Contents vii
5.2.2 Rational/semi-rational design ........................................................................ 72

5.2.3 De novo design............................................................................................... 78
5.2.4 Comprehensive computational approaches ................................................... 79
Abbreviations............................................................................................................ 83
References................................................................................................................. 83
CHAPTER 6 Enzyme engineering strategies for catalytic activity

in wide pH range................................................................................. 91
Jitesh Kumar, Girija Kaushal and Sudhir P. Singh
6.1 Introduction .............................................................................................................. 91
6.2 Bioprospecting of extreme ecological niche for pH stable enzymes...................... 92
6.2.1 Molecular mechanism of enzyme stability in the
wide pH range ................................................................................................ 92
6.2.2 Directed evolution of enzyme ....................................................................... 93
6.2.3 Screening strategies for evolved enzymes .................................................... 95
6.3 A computational approach for enzyme improvement ............................................. 96
6.3.1 Rational design method ................................................................................. 96
6.3.2 De novo design method ................................................................................. 98
6.4 Conclusions and perspective .................................................................................... 98
6.5 Acknowledgments .................................................................................................... 99
References................................................................................................................. 99
CHAPTER 7 Protein engineering approaches for enhanced

catalytic efficiency ........................................................................... 103
Guoqiang Zhang, Yukun Chen and Guocheng Du
7.1 Introduction ............................................................................................................ 103
7.2 Approaches in protein engineering ........................................................................ 104
7.2.1 Rational design............................................................................................. 104
7.2.2 Directed evolution........................................................................................ 106
7.2.3 Semi-rational design .................................................................................... 108
7.2.4 De novo protein design ................................................................................ 109
7.3 Advanced technologies assisting protein engineering........................................... 109
7.3.1 Spatial organization ..................................................................................... 109
7.3.2 Surface displaying system ........................................................................... 111
7.3.3 Cell-free translation systems........................................................................ 111
7.3.4 High-throughput screening methods............................................................ 111
7.3.5 Cryogenic electron microscopy ................................................................... 112
7.4 Conclusions and perspectives ................................................................................ 112
References............................................................................................................... 113
viii Contents
CHAPTER 8 Chimeric enzyme designing for the synthesis of multifunctional

biocatalysts ....................................................................................... 119
Jyoti Singh Jadaun, Lokesh Kumar Narnoliya,
Archana Srivastava and Sudhir P. Singh
8.1 Introduction ............................................................................................................ 119
8.1.1 Natural chimeric proteins ............................................................................ 119
8.1.2 Artificial or synthesized or recombinant chimeric proteins........................ 120
8.2 Methods for generating chimeric/fusion proteins.................................................. 122
8.2.1 End-to-end fusion......................................................................................... 122
8.2.2 Domain insertion.......................................................................................... 129
8.2.3 Posttranslational conjugation ....................................................................... 132
8.3 Applications of chimeric or fusion proteins .......................................................... 133
8.3.1 Use of multifunctional enzymes for biomass degradation.......................... 133
8.3.2 Fusion protein-based biopesticides (antimicrobial peptides) ...................... 134
8.3.3 Fusion protein as biopharmaceutical ........................................................... 135
8.3.4 Fusion protein-based biosensor (protein switching) ................................... 136
8.3.5 Other applications ........................................................................................ 137
References............................................................................................................... 137
CHAPTER 9 Enzyme engineering for enantioselective

biotransformations ............................................................................ 145
Kaiyuan Tian, Balaji Sundara Sekar, Joel Ping Syong Choo and Zhi Li
9.1 Introduction ............................................................................................................ 145
9.1.1 Enantioselective biotransformations............................................................ 145
9.1.2 Enzymes and chirality: the relationship between structure
and function.................................................................................................. 147
9.1.3 Tools for modifying the enantioselectivity of enzymes.............................. 148
9.2 Directed evolution: a Darwinian approach for tailoring the
enantioselectivity of enzymes ................................................................................ 148
9.2.1 Mutant library construction ......................................................................... 149
9.2.2 High-throughput screening of enantioselective enzymes............................ 152
9.3 Enzyme engineering: examples in enantioselective biocatalysis.......................... 155
9.3.1 Enhancing enantioselectivity of P450pyr monooxygenase
for the hydroxylation of nonactivated carbon atoms .................................. 156
9.3.2 Inverting the enantioselectivity of P450pyr monooxygenase ..................... 158
9.3.3 Engineering amine dehydrogenase for asymmetric reductive
amination...................................................................................................... 159
References............................................................................................................... 161
Contents ix
SECTION 3 ENZYME IMMOBILIZATION AND BIOPROCESS

ENGINEERING
CHAPTER 10 Nanobiocatalyst designing strategies and their
applications in food industry............................................................ 171
Madan L. Verma, Reinu E. Abraham and Munish Puri
10.1 Introduction ............................................................................................................ 171
10.2 Design of nanobiocatalyst through nano-immobilization ..................................... 172
10.2.1 Adsorption binding of enzymes................................................................. 175
10.2.2 Covalent binding of enzymes .................................................................... 176
10.2.3 Entrapment or encapsulation of enzymes.................................................. 176
10.2.4 Cross-linking of enzymes .......................................................................... 177
10.3 Nanobiocatalyst role in food processing with reference
to omega-3 oil processing ...................................................................................... 178
10.4 Application of nanobiocatalyst in other food processing applications ................. 179
References............................................................................................................... 181
Further Reading ...................................................................................................... 189
CHAPTER 11 Enzyme entrapment approaches and their applications ................. 191

Manisha Sharma and Sudhir P. Singh
11.1 Introduction ............................................................................................................ 191
11.2 Immobilization of enzymes.................................................................................... 192
11.3 History of enzyme immobilization ........................................................................ 192
11.4 Advantages of enzyme immobilization ................................................................. 192
11.5 Support systems for enzyme conjugation .............................................................. 193
11.5.1 Organic support materials.......................................................................... 193
11.5.2 Biopolymers ............................................................................................... 194
11.5.3 Hydrogels ................................................................................................... 196
11.5.4 Inorganic support materials ....................................................................... 196
11.5.5 Protein-coated microcrystals technique..................................................... 197
11.5.6 Smart polymers .......................................................................................... 198
11.5.7 Conducting polymers ................................................................................. 198
11.6 Types of immobilization techniques...................................................................... 198
11.6.1 Support matrix system ............................................................................... 198
11.6.2 Entrapment system..................................................................................... 199
11.6.3 Cross-linking system.................................................................................. 199
11.7 Methods of enzyme immobilization ...................................................................... 199
11.7.1 Physical methods........................................................................................ 200
11.7.2 Chemical methods...................................................................................... 202
11.8 Applications of immobilized enzymes .................................................................. 203
x Contents
11.8.1 Food industry ............................................................................................. 203

11.8.2 Pharmaceutical industry............................................................................. 203
11.8.3 Brewing industry........................................................................................ 204
11.8.4 Detergent industry...................................................................................... 205
11.8.5 Pulp and paper industry ............................................................................. 205
11.8.6 Textile industry .......................................................................................... 206
11.8.7 Biomedical applications............................................................................. 206
Acknowledgments .................................................................................................. 207
References............................................................................................................... 207
CHAPTER 12 Enzyme immobilization strategies and bioprocessing

applications....................................................................................... 217
Emmanuel M. Papamichael and Panagiota-Yiolanda Stergiou
12.1 Introduction ............................................................................................................ 217
12.2 Enzymes as industrial biocatalysts ........................................................................ 219
12.2.1 Requirements, advantages, and limitations for the industrial
enzymes ...................................................................................................... 219
12.3 Enzyme immobilization ......................................................................................... 223
12.3.1 Changes induced by enzyme immobilization: positive and negative....... 224
12.3.2 Strategies, steps, and factors affecting the enzyme immobilization......... 225
12.3.3 Selected methods of enzyme immobilization ........................................... 226
12.4 Applications of immobilized enzymes in various bioprocesses ........................... 230
12.4.1 Food, dairies, juices, cosmetics, pharmaceuticals, and others.................. 230
12.4.2 Medical applications of immobilized enzymes and biosensors................ 232
12.4.3 Bioremediation methods and wastewater treatment ................................. 233
12.4.4 Valorization of food processing wastes—objectives and prospects ......... 234
12.4.5 Immobilized enzymes in textile industry .................................................. 234
12.4.6 Immobilized enzymes in the production and process of cosmetics ......... 235
12.4.7 Bioprocessing through nanobiocatalysis ................................................... 235
References............................................................................................................... 236
SECTION 4 ENZYMATIC TECHNOLOGIES, CASE STUDIES,

AND FUTURE PERSPECTIVES
CHAPTER 13 Promising enzymes for biomass processing ................................... 245
Anil Kumar Patel, Pooja Dixit, Ashok Pandey and Reeta Rani Singhania
13.1 Introduction ............................................................................................................ 245
13.1.1 Biomass ...................................................................................................... 246
Contents xi
13.1.2 Pretreatment ............................................................................................... 247

13.1.3 Biomass-processing enzymes .................................................................... 247
13.1.4 Cellulases for bioconversion...................................................................... 249
13.2 Strain improvement via mutation .......................................................................... 250
13.2.1 Random mutagenesis ................................................................................. 251
13.2.2 Site-directed mutagenesis .......................................................................... 252
13.2.3 Genetic engineering ................................................................................... 252
13.3 Cellulase accessory and auxiliary enzymes........................................................... 256
13.3.1 β-Glucosidase ............................................................................................. 256
13.3.2 Xylanase ..................................................................................................... 257
13.3.3 Laccase ....................................................................................................... 260
13.3.4 Auxiliary enzymes ..................................................................................... 261
13.3.5 Market scenario.......................................................................................... 262
13.4 Conclusion and perspectives.................................................................................. 263
References............................................................................................................... 264
CHAPTER 14 Enzyme systems for high-value biomolecule

production ......................................................................................... 273
Rupinder Kaur and Parmjit S. Panesar
14.1 Introduction ............................................................................................................ 273
14.2 Enzymes involved in production of prebiotics...................................................... 274
14.2.1 β-Galactosidase .......................................................................................... 274
14.2.2 β-Glucosidase ............................................................................................. 275
14.2.3 β-Glycosidase ............................................................................................. 275
14.2.4 Fructosyltransferase ................................................................................... 275
14.2.5 β-D-Fructofuranoside.................................................................................. 275
14.2.6 Inulinases.................................................................................................... 276
14.2.7 Glycoside hydrolases ................................................................................. 276
14.3 Production of prebiotics ......................................................................................... 276
14.3.1 Galactooligiosaccharides............................................................................ 276
14.3.2 Lactulose .................................................................................................... 286
14.3.3 Tagatose ..................................................................................................... 287
14.3.4 Lactosucrose............................................................................................... 288
14.3.5 Fructooligosaccharides............................................................................... 289
14.3.6 Isomaltooligosaccharides ........................................................................... 290
14.4 Downstream processing of prebiotics.................................................................... 292
14.5 Global status of prebiotics ..................................................................................... 294
References............................................................................................................... 296
Further reading ....................................................................................................... 306
xii Contents
CHAPTER 15 Role of enzymatic bioprocesses for the production of functional

food and nutraceuticals.................................................................... 309
Rounak Chourasia, Loreni C. Phukon, Sudhir P. Singh,
Amit Kumar Rai and Dinabandhu Sahoo
15.1 Introduction ............................................................................................................ 309
15.2 Role of enzymes in production of functional foods.............................................. 310
15.2.1 Proteases..................................................................................................... 310
15.2.2 Carbohydrate-modifying enzymes............................................................. 312
15.2.3 L-Asparaginase ........................................................................................... 317
15.2.4 Lipases........................................................................................................ 318
15.2.5 Tannase....................................................................................................... 320
15.2.6 Phytase ....................................................................................................... 320
15.3 Production of functional foods using specific enzyme-producing starters........... 321
15.4 Genetically modified enzymes in development of functional foods .................... 322
References............................................................................................................... 324
CHAPTER 16 Biotransformations with crude enzymes and whole cells .............. 335
Haiquan Yang, Fengyu Qin, Zilong Wang, Xianzhong Chen
and Guocheng Du
16.1 Introduction ............................................................................................................ 335
16.2 Biotransformations in the pharmaceutical industry............................................... 336
16.2.1 Chiral carboxylic acids .............................................................................. 336
16.2.2 Chiral alcohols ........................................................................................... 337
16.2.3 Chiral amines and amino acids.................................................................. 340
16.2.4 Biosynthesis of natural products................................................................ 343
16.3 Biotransformations in food processing .................................................................. 343
16.3.1 Hydrolysis of naturally occurring large molecules
into smaller molecules ............................................................................... 345
16.3.2 Biotransformation of chemicals................................................................. 346
16.4 Biotransformations in the biofuels industry .......................................................... 348
16.4.1 Classification and biotransformation of biofuels ...................................... 349
16.4.2 Important examples of biofuels ................................................................. 351
References............................................................................................................... 353
CHAPTER 17 Enzymes in the third generation biorefinery for

macroalgae biomass......................................................................... 363
Abraham Lara, Rosa M. Rodrı´guez-Jasso, Araceli Loredo-Treviño,
Cristóbal N. Aguilar, Anne S. Meyer and Héctor A. Ruiz
17.1 Introduction ............................................................................................................ 363
Contents xiii
17.2 Biorefinery and biorefining.................................................................................... 363

17.2.1 First and second generation biorefineries.................................................. 364
17.2.2 Third generation biorefinery...................................................................... 365
17.3 Macroalgae as a source of high-value products .................................................... 365
17.4 Enzyme production ................................................................................................ 366
17.4.1 Solid-state fermentation and semi-solid-state fermentation
for enzyme production ............................................................................... 367
17.4.2 Green algae as source for enzyme production .......................................... 369
17.5 Enzymes for biofuels ............................................................................................. 372
17.5.1 Enzymes in the bioethanol production ...................................................... 372
17.5.2 Enzymatic saccharification of green macroalgae...................................... 373
17.5.3 Saccharification by enzymatic complexes, cocktails, and
simultaneous fermentation ......................................................................... 382
17.5.4 Biobutanol and acetone, butanol, and ethanol
fermentation ............................................................................................... 383
17.5.5 Enzymes in biogas production................................................................... 384
17.6 Enzymatic extraction of high valued products ...................................................... 385
17.6.1 Extraction of hydrocolloids ....................................................................... 385
17.6.2 Extraction of pigments............................................................................... 386
Acknowledgment .................................................................................................... 387
References............................................................................................................... 388
CHAPTER 18 Enzymatic systems for the development of juice clarification
strategies........................................................................................... 397
Lokesh Kumar Narnoliya, Jyoti Singh Jadaun,
Manisha Chownk and Sudhir P. Singh
18.1 Introduction ............................................................................................................ 397
18.2 Why juice clarification? ......................................................................................... 399
18.3 Juice clarification strategies................................................................................... 400
18.3.1 Mechanical process .................................................................................... 400
18.3.2 Chemical process ....................................................................................... 401
18.3.3 Enzymatic process ..................................................................................... 401
18.4 Enzymes used for juice clarification ..................................................................... 401
18.4.1 Pectic enzymes........................................................................................... 402
18.4.2 Cellulase ..................................................................................................... 403
18.4.3 Laccase ....................................................................................................... 403
18.4.4 Amylase...................................................................................................... 405
18.4.5 Others ......................................................................................................... 407
References............................................................................................................... 408
xiv Contents
CHAPTER 19 Biocatalyst systems for xylooligosaccharides production from

lignocellulosic biomass and their uses........................................... 413
Michele Michelin and José A. Teixeira
19.1 Introduction ............................................................................................................ 413
19.2 Xylan: sources and structures ................................................................................ 413
19.3 Xylooligosaccharides ............................................................................................. 414
19.4 Production of xylooligosaccharides ....................................................................... 414
19.4.1 Xylanolytic enzymes.................................................................................. 417
19.4.2 Purification of xylooligosaccharides ......................................................... 417
19.5 Biological properties of xylooligosaccharides....................................................... 418
19.6 Xylooligosaccharides applications......................................................................... 419
19.7 Market and safety aspects of xylooligosaccharides .............................................. 420
19.8 Conclusion and perspectives.................................................................................. 420
References............................................................................................................... 421
CHAPTER 20 Biocatalysis for cascade reactions to produce
high-value chemicals ....................................................................... 427
Ji Liu, Kaiyuan Tian and Zhi Li
20.1 Introduction ............................................................................................................ 427
20.1.1 What is a cascade reaction?....................................................................... 427
20.1.2 Advantages of cascade biocatalysis........................................................... 427
20.1.3 Production of high-value chemicals via cascade biocatalysis .................. 428
20.2 Designs of biocatalytic cascade reactions ............................................................. 428
20.2.1 Topology of cascade .................................................................................. 428
20.2.2 Pathway design and reaction engineering ................................................. 430
20.3 Biocatalysts............................................................................................................. 431
20.3.1 Enzymes ..................................................................................................... 431
20.3.2 Whole-cell .................................................................................................. 431
20.3.3 Fused enzymes ........................................................................................... 432
20.3.4 Immobilized enzymes ................................................................................ 432
20.4 Examples of cascade biocatalysis for the production of valuable
chemicals ................................................................................................................ 432
20.4.1 Cascade biocatalysis from styrenes ........................................................... 433
20.4.2 Cascade biocatalysis from L-phenylalanine............................................... 435
20.4.3 Cascade biocatalysis for the synthesis of amines ..................................... 436
20.4.4 Cascade biocatalysis for the synthesis of lactones.................................... 440
References............................................................................................................... 443
Further reading ....................................................................................................... 447
Index .................................................................................................................................................. 449

List of contributors
Reinu E. Abraham
Centre for Marine Bioproducts Development, College of Medicine and Public Health, Flinders
University, Adelaide, SA, Australia
Cristóbal N. Aguilar
Biorefinery Group, Food Research Department, Faculty of Chemistry Sciences, Autonomous
University of Coahuila, Saltillo, Coahuila, Mexico
Xianzhong Chen
Key Laboratory of Carbohydrate Chemistry & Biotechnology, Ministry of Education, School of
Biotechnology, Jiangnan University, Wuxi, P.R. China
Yukun Chen
National Engineering Laboratory for Cereal Fermentation Technology, Jiangnan University, Wuxi,
P.R. China; School of Biotechnology, Jiangnan University, Wuxi, P.R. China
Joel Ping Syong Choo
Department of Chemical & Biomolecular Engineering, National University of Singapore,
Singapore
Rounak Chourasia
Institute of Bioresources and Sustainable Development, Sikkim Centre, Tadong, India
Manisha Chownk
Center of Innovative and Applied Bioprocessing (CIAB), Mohali, Punjab, India
Luciana Porto de Souza Vandenberghe
Department of Bioprocess Engineering and Biotechnology, Federal University of Paraná
(UFPR), Curitiba, Brazil
Kim Valladares Diestra
Department of Bioprocess Engineering and Biotechnology, Federal University of Paraná
(UFPR), Curitiba, Brazil
Pooja Dixit
DBT-IOC Centre for Advanced Bioenergy Research, Indian Oil Corporation R&D Centre,
Faridabad, India
Guocheng Du
School of Biotechnology, Jiangnan University, The Key Laboratory of Carbohydrate Chemistry
and Biotechnology, Wuxi, P.R. China
Hafiz M.N. Iqbal
Tecnologico de Monterrey, School of Engineering and Sciences, Campus Monterrey, Monterrey,
Mexico
Jyoti Singh Jadaun
Botany Department, Dayanand Girls Postgraduate College, Kanpur, Uttar Pradesh, India
xv
1.5 RIBOZYMES AS A NONPROTEIN CATALYST 7
and solvent dynamics has been inferred in the case of gas binding to heme protein in aqueous
solution, which is inversely proportional to viscosity [30]. The studies based on a combination of
terahertz spectroscopy, X-ray absorption, and MD illustrate the existence of fast-to-slow water-
enzyme motion, correlated with the rearrangements of the active site of a zinc-dependent human
metalloproteinase [32]. The importance of small-amplitude rapid vibrations or large-amplitude slow
conformational motions is decided by the nature of enzymatic reactions. Substantial conformational
changes (microsecond to second timescales) are typically linked with substrate/cofactor binding
and product release or the achievement of a specific chemical reaction [25]. Many studies pertain-
ing to protein dynamics have been explained above, but the role of internal motion in accelerating
the catalysis rate of the enzyme is challenging and yet to be determined appropriately.
1.5 RIBOZYMES AS A NONPROTEIN CATALYST

We have mentioned in the above section that ribozyme is an exception of the non-protein enzyme,
that cleaves the ribonucleic acid. Although the enzyme dominates in the living world, the discovery
of catalytic RNAs (ribozymes), endorsed the hypothesis that nucleic acid is a vital origin of the bio-
catalyst, as RNA is a central molecule in the step of protein synthesis in a cellular system.
According to the RNA world hypothesis, RNA would have played a dual role of genetic material
and biocatalyst in the primitive living cells [33]. As the metabolic functions evolved, RNA-based
catalyst might have emerged with a protein-based catalyst. Ribozymes and enzymes of the protein
origin have a very different composition. Still, the final goal is catalysis. Like the protein-based
enzymes, ribozymes have adopted the primary mechanism of catalysis, involving stabilization of
the transition state relative to the ground state at the cost of entropy loss [34,35].
The naturally available ribozymes are of five classes that perform cleavage of phosphodiester
bonds in the substrate, RNA. These five classes can be grouped on the basis of their functions—
cleavage, splicing, and peptide bond formation. It is interesting that self-cleaving ribozymes have a
broad catalytic potential like proteinaceous enzymes [33]. The hammerhead hepatitis δ virus
(HDV) and hairpin ribozymes are of B40120 nucleotide RNAs. These ribozymes perform site-
specific cleavage to yield 20 ,30 -cyclic phosphates and 50 -hydroxyl termini. They are very specific
for their target RNAs and use base pairing with the target RNA to bring closer to the active site in
comparison to their analogous protein nucleases. The natural hammerhead ribozymes contain addi-
tional non-conserved sequences that help in the stabilization at optimum magnesium ion concentra-
tion [36,37]. Other ribozymes such as HDV and the hairpin ribozyme catalyze the same reaction by
forming an enclosed cleft in which cleavage takes place [38,39]. HDV follows acidbase catalysis,
in which ribonucleotides directly contribute to catalysis by donating or accepting proton as dis-
cussed above for protein enzymes.
Another class of ribozymes performs a two-step reaction, that is, splicing and ligation. The
splicing removes the sequence between two exons, that is, introns, and at the same time executes
ligation of two exons to produce a mature mRNA transcript. The spliceosome is a dynamic
RNAprotein complex that cleaves intervening intronic sequences. Two different classes (group I
and II) of self-cleavable autocatalytic spliceosomes are present in protozoan nuclei, fungal mito-
chondria, algal chloroplasts, bacteria, and bacteriophages. Group I spliceosomes comprise nine
8 CHAPTER 1 AN INTRODUCTION TO ENZYME STRUCTURE DYNAMICS
base-paired elements and perform splicing in two steps of trans-esterification reactions, activated
by external guanosine nucleoside or nucleotide [33]. The 30 end of the attached guanosine substrate
attacks the 50 splice site phosphate and attaches to the 50 end of the intron. In a further step, 30 OH
of the 50 exon targets the phosphate at the 30 -splice junction to join the exons and remove the
intron. Group II spliceosomes have a large secondary structure and a different splicing mechanism.
The 20 OH group of internal adenosine within the intron serves as the nucleophile, which cleaves
the 50 -splice site phosphodiester bond and forms a 20 -50 linkage with the ends of the intron. Further,
the 30 OH of the 50 exon attacks the 30 -splice junction phosphate, ligating the exons and discarding
the intron.
1.6 CONCLUSIONS AND PERSPECTIVE

The difference between protein and enzymes can be very clearly distinguishable, mainly at the
functional level. The specificity of the substrate and mechanism used by enzyme makes them able
to process multistep reactions without the formation of any by-product that generally occurs in a
chemical reaction. As the catalytic residues are found to be conserved in enzymes, they form the
basis of novel enzyme identification. Acidbase catalyst is the standard mechanism of the enzyme,
which is because every enzymatic reaction involves transfer/acceptance of proton. The role of
enzyme dynamics play an essential role in the catalysis of the reaction and is needed in order to
tune up the catalysis processes in a different solvent. Ribozymes are the unique class of non-
protein enzyme that play a dual role of genetic material and the catalyst of specific biochemical
reactions in the cell. Their role in regulating gene expression in bacteria and eukaryotes highlights
their importance in modern biology.
REFERENCES
[1] O. Kirk, T.V. Borchert, C.C. Fuglsang, Industrial enzyme applications, Curr. Opin. Biotechnol. 13 (4)
(2002) 345351.
[2] S.J. Benkovic, S. Hammes-Schiffer, A perspective on enzyme catalysis, Science 301 (5637) (2003)
11961202.
[3] K.J. Laidler, M.C. King, Development of transition-state theory, J. Phys. Chem. 87 (15) (1983)
26572664.
[4] D.E. Koshland Jr., The keylock theory and the induced fit theory, Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 33
(2324) (1995) 23752378.
[5] P.K. Robinson, Enzymes: principles and biotechnological applications, Essays Biochem. 59 (2015) 141.
[6] D. Petrović, et al., Conformational dynamics and enzyme evolution, J. R. Soc. Interface 15 (144) (2018)
20180330.
[7] U. Uzuner, et al., Enzyme structure dynamics of xylanase I from Trichoderma longibrachiatum, BMC
Bioinform. 11 (2010) S12.
[8] T.J. Wilson, Y. Liu, D.M. Lilley, Ribozymes and the mechanisms that underlie RNA catalysis, Front.
Chem. Sci. Eng. 10 (2) (2016) 178185.
[9] G.M. Cooper, The Central Role of Enzymes as Biological Catalysts, Sinauer Associates, 2000.
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enumerare, Diotima la cui saviezza fu encomiata da questo grande
filosofo, Erpilli che passò la sua vita con Aristotile ed alla quale ei
legò la casa de’ suoi padri, e Aspasia, che bella e filosofa, maestra
prima di retorica a Socrate, amica di Alcibiade e Fidia, fu poi
amatissima da Pericle, in guisa che l’avesse a sposare, e cui la
Grecia andò debitrice di progresso e incivilimento.
Tanto era costei considerata in Atene, che la sua casa divenisse il
convegno de’ più dotti e celebrati uomini d’allora, come i filosofi
Anassagora e Socrate, Sofocle ed Euripide i due sommi tragici,
Iclino l’architetto del Partenone e Fidia lo scultore degli Dei, e gli si
assegnasse tanta dottrina, che per molti si tenne che i discorsi che
Pericle pronunciava nello Pnice, e alla cui eloquenza nulla resisteva,
fossero composti da Aspasia, come il discorso in commemorazione
dei morti ne’ primi anni della guerra del Peloponneso e riferito da
Tucidide. L’aristocrazia, nemica di Pericle, così ne temeva l’influenza
e il consiglio, che a perderla facesse accusare Aspasia di empietà
da Ermippo, poeta comico, e tratta avanti agli Eliasti, avrebbe corso
gravissimo pericolo d’esserne condannata a morte, se per lei non
avesse perorato Pericle stesso, il qual fu visto piangere per la prima
volta.
È strano il vedere codeste eterie amare e darsi ad uomini
unicamente per le virtù di essi, come la Teodota di Socrate e la Laide
dello schifoso Diogene: la loro storia sarà però sempre più poetica e
simpatica che non quella delle cortigiane di altri paesi. E più strano
parrà che Aspasia venga raffigurata nei dialoghi di Platone come
propugnatrice della più pura morale e, in capo d’ogni altra cosa,
della morale della famiglia.
E così savii infatti ne erano gli ammonimenti, che le più rispettabili
matrone vedevansi condurre a lei le proprie figliuole; onde non
saprebbesi poi comprendere come colla retorica si facesse altresì
maestra d’amore a Socrate, come taluni scrissero di lei, che si
scostasse della virtù, e meno ancora che servisse mezzana agli
impudici ardori di lui per il bello Alcibiade. Molto di lei si favoleggiò, si
scrisse contrariamente a verità e si calunniò, massime da Aristofane
nelle sue commedie-libelli e credo rimanga ancor molto a studiarsi
per rivendicarla interamente dalle brutte accuse, motivate
unicamente forse da ire di parte.
Nè le altre classi della greca prostituzione mancarono di nomi celebri
e basti il ricordare Boa auletride, che fu madre di Filetario re di
Pergamo e Abrotone ditteriade tassata un obolo, che in onta a ciò, fu
madre di Temistocle.
Prima di congedarmi dalla prostituzione greca, dovrò far cenno della
poetessa Saffo, che nacque da distinta famiglia di Lesbo e ricca e la
quale, se non prostituivasi a denaro, teneva tuttavia scuola di
prostituzione la più dannosa, predicando l’amor delle donne, detto
perciò l’amor lesbio. Platone la disse bella; Massimo di Tiro, seguito
pure da Ovidio, nera e piccola: vi fu chi avrebbe voluto riabilitarne la
dottrina e i costumi; ma Dionisio Longino, avendoci conservata l’ode
di lei, capolavoro di passione isterica, tolse ogni attendibilità alla
difesa [148].
L’Egitto, la Fenicia, la Grecia, colonizzando l’Italia, vi importarono coi
costumi anche la religione e il culto di Venere vi attecchì primo fra
tutti. La prostituzione ospitale regnava tra’ monti e nelle foreste, la
sacra nelle città. I dipinti e vasi etruschi che si rinvennero, sono
altrettanti monumenti che attestano in Etruria la prostituzione.
Altrettanto nei primordi di Roma. Romolo e Remo allattati da una
lupa, Aurelio Vittore e Aulio Gellio spiegano che la lupa non fosse
che una meretrice, Acca Laurenta denominata, amante del pastore
Faustolo. In memoria di questa lupa o meretrice, si istituirono le feste
Lupercali, che per rispetto si attribuirono al Dio Pane. Giustino e
Servio con più ragione pretendono che Romolo altro non abbia fatto
se non che dar forma più decente e regolare alle grossolane
istituzioni di Evandro. Tuttavia non modificaronsi di molto le indecenti
azioni de’ Luperci, ovveramente arguir si deve che ben fossero
scandalose ed oscene, se rimasero, sebben modificate, rozze e
invereconde cose e che Cicerone medesimo trattasse il corpo de’
Luperci come agresta società anteriore a qualunque civiltà. In queste
feste lupercali alcuni giovani e i sacerdoti preposti al culto di Pane,
correvano per le vie affatto ignudi tenendo da una mano i coltelli di
cui si eran serviti per immolare le capre e dall’altra delle sferze, colle
quali percuotevano tutti coloro che incontravano. L’opinione che si
aveva che quelle percosse contribuissero a render feconde le donne
o rendessero felice il parto, faceva sì che lungi dall’evitarne
l’incontro, esse si avvicinassero loro per ricevere de’ colpi, a’ quali
attribuivano una sì grande virtù.
Feste e riti congeneri reclamava in Roma anche il culto del Dio
Bacco, epperò designaronsi col nome di Baccanalia, come in Grecia,
da cui vennero, chiamavansi Dionysia. Si appellarono eziandio
Orgiæ ad indicare lo strepito o baccano che si soleva fare ne’ tre
giorni di loro durata. Non altrimenti che in Grecia, anche in Italia
venivano accompagnate dalle più sfrenate dissolutezze.
Dapprincipio si celebravano tre volte all’anno; quindi quasi
mancassero le occasioni alle baldorie ed alle lascivie, si ripetevano
più spesso. Seguendo le tradizioni greche, ed anche egizie, Erodoto
e Diodoro Siculo vogliono che le feste dionisiache procedessero
dalle sacre terre fecondate dal Nilo, non erano che le donne
chiamate in Roma a celebrarne i misteri: poscia, bandito ogni
ritegno, si mescolarono i due sessi, e orribili disordini ne
conseguitarono, tal che il Senato nell’anno 568 di Roma, emise
decreto che tali orgie proscrisse in tutta Italia. L’abolizione dei
Baccanali formò soggetto ad una tragedia di Giovanni Pindemonti, al
suo prodursi applaudita.
Come pratichiamo noi pure di presente nelle feste cristiane di
Madonne e Santi, nelle quali si portano i sacri simulacri
processionalmente, nelle feste di Bacco recavasi la statua del nume
in processione seguita da canefore o portatrici di panieri, coperte di
pampini e da saltanti Tiadi o sacerdotesse con cimbali e trombe, e
da Baccanti con tirsi, dette pur Menadi o furibonde, come si
argomenta dal seguente brano onde si chiude il Carme XVIII del Lib.
1. delle Odi di Orazio:
.... Non ego te, candide Bassareu,

Invitum qualiam: nec variis obsita frondibus.
Sub divum rapiam: sæva tene cum Berecynthio
Cornu tympana, quæ subsequitur cœcus amor sui,
Et tollens vacuum plus nimio gloria vorticem,
Arcanique Fides prodiga, perlucidior vitro [149].
Sopra molte pitture in Pompei ed Ercolano si riconobbero

rappresentati Baccanali e Baccanti, soggetto del resto usitatissimo in
bassorilievi antichi e su vasi greci.
Il nome di Baccanti, per le oscene loro opere, diventò presto
sinonimo di femmine rotte ad ogni dissolutezza.
Nè questi erano i soli nomi, che valevano di pretesto alla sacra
prostituzione.
La cortigiana Flora, sotto Anco Marzio, morta ricchissima, avendo
lasciato erede di sua fortuna il Popolo Romano, questi in
riconoscenza ne celebrò la memoria coi giuochi Florali,
confondendoli con quelli istituiti in onore della Dea dei fiori. Quanto
fossero lascivi ed infami, sì che gli attori dei medesimi ne
vergognassero alla presenza dell’austero Catone, ho già in questa
mia opera narrato, nè ho quindi bisogno ritornarvi sopra.
Venere ebbe in Roma molti templi sotto tutti i nomi, di libertina, di
salace, di volupia, di verticordia, ecc., secondo le diverse forme di
lascivia che la fantasia intendeva di divinizzare, e tutti cotali templi
erano ridotti di dissolutezza. Venere Mirtea, così nomata dai
boschetti di mirto che ne circondavano il delubro, era un convegno
alle maggiori lubricità e le veglie che vi si facevano nell’aprile, a’
banchetti, balli e canti si mescevano le oscenità della più sfrenata
prostituzione.
Già nel Capitolo ottavo di quest’opera, il quale tratta dei Templi, io
dissi di queste vigilie che si facevano in onore di Venere,
celebrandosene le feste al primo d’aprile, che per ciò appellavasi il
mese di Venere; narrai come le donzelle vegliassero pel corso di tre
notti consecutive, si dividessero in parecchie schiere e in ognuna di
queste si formassero parecchi cori, aggiungendo come tutto un tal
tempo si impiegasse nel danzare ed inneggiare alla Dea e citai un
brano di un ritmo antico che ne aveva lasciato memoria. Esso non
era che il Pervigilium Veneris, intorno al quale si stancarono gli
eruditi per ricercarne l’Autore. Aldo Manuzio ed Erasmo il dissero di
Catullo, l’amante di Lesbia, ma è troppo casto per esser suo; Giusto
Lipsio l’attribuiva a penna del secolo d’Augusto; Scaligero lo
vorrebbe assegnare ad altro Catullo dei dintorni di Roma, e del quale
parlano Giovenale e Marziale; Boullier, riconoscendovi i segni della
decadenza del gusto, non senza ragione, il credette di Anneo Floro,
del tempo di Adriano, e con lui lo opinò Wernsdorf, ritrovandovi il
metro eguale ad altro poema attribuito allo stesso Autore e intitolato
De Qualitate Vitæ. Vossio finalmente vorrebbe che questo Floro
fosse il medesimo Lucio Anneo Floro, che dettò il Compendio della
Storia Romana, e che io ho pur qualche volta citato in quest’opera.
In ogni modo, se questo Pervigilium Veneris accusa la decadenza,
se non ne è sempre squisita la latinità, reputo opportuno farne luogo
alla traduzione che ne ho condotta, perchè porge i dati acconci a
darne l’idea delle feste di Venere, che si celebravano in Roma e
nelle Colonie, e prima che altrove in Pompei, dove la città stessa
chiamavasi Colonia Veneria e vi aveva culto ed altare. Non è poi fuor
di luogo osservare come, malgrado il libertinaggio più sfrontato che
presiedeva a cotali feste, pure il Pervigilium Veneris si riduca ad
essere un Canto sulla Primavera, senza che vi sia concetto od
immagine, che offender possano il pudore.
PERVIGILIUM VENERIS [150].
Cras amet, qui nunquam amavit,

Quique amavit, cras amet.
Ver novum, ver jam canendum:

Vere natus est orbis.
Vere concordant Amores,

Vere nubunt alites,
Et nemus comam resolvit

Ex maritis imbribus.
Cras Amorum copulatrix,

Inter umbras arborum,
Implicat casus virentes,

Et flagella myrtea;
Cras Dione jura dicit,

Fulta sublimi toro.
Cras amet, qui nunquam amavit;

Quique amavit, eras amet.
Tum cruore de superno, ac

Spumeo pontus globo,
Cærulas inter catervas,

Inter et bipedes equos,
Fudit undantem Dionen

In paternis fluctibus.

Ipsa gemmeis purpurantem

Pingit annum floribus;
Ipsa turgentes mamillas

E Favoni spiritu
Mulget in toros tepentes;

Ipsa roris lucidi,
Noctis aura quem relinquit,

Spargit humentes aquas.
Lacrymæ micant trementes
A caduco pondere:
Gutta præceps orbe parvo

Sustinet casus suos.
Hinc pudorem florulentæ.

Prodiderunt purpuræ.
Humor ille, quem serenis

Astra rorant noctibus,
Mane virgines papillas

Solvit hærenti peplo:
Ipsa jussit, mane ut udæ

Virgines nubant rosæ
Facta Cypridis cruore,

Atque Amoris osculo,
Facta gemmis, atque flammis,

Atque cotte purpura,
Cras ruborem, qui latebat

Veste tectus, igneum
Invido, marita, nodo

Non pudebit solvere

Ipsa nymphas Diva luco

Jussit ire myrteo.
It puer comes puellis;

Nec tamen credi potest
Esse Amorem feriatum,
Si sagittas gesserit:
Ite, Nymphæ; ponit arma,

Feriatus est Amor.
Jussus est inermis ire,

Nudus ire jussus est,
Ne quid arcu, neu sagitta,

Ne quid igne læderet.
Sed tamen, Nimphæ, cavete,

Quod Cupido pulcher est:
Totus est, inermis, idem,

Quando nudus est Amor.
Cras amet, qui nunquam amavit.

Compari Venus pudore

Mittit ad te virgines;
Una res est, quam rogamus;

Cede, virgo Delia,
Ut nemus sit incruentum

A ferinis stragibus
Ipsa vellet te rogare,

Si pudicam flecteret;
Ipsa vellet ut venires,

Si deceret virginem.
Jam tribus choros videres

Feriatos noctibus
Congreges inter catervas
Ire per saltus tuos,
Floreas inter coronas,

Myrteas inter casas.
Nec Ceres, nec Bacchus absunt

Nec poetarum Deus.
Te sinente, tota nox est

Pervigilanda canticis.
Regnet in sylvis Dione:

Cede, virgo Delia.

Jussit Hyblæis tribunal

Stare Diva floribus.
Præses ipsa jura dicet:

Adsidebunt Gratiæ.
Hybla, cunctos mitte flores,

Quidquid annus attulit;
Hybla, florum rumpe vestem,

Quantus Ennæ campus est.
Ruris hic erunt puellæ,

Et puellæ montium,
Quæque sylvas, quæque lucos,

Quæque fontes incolunt.
Jussit omnes adsidere

Mater alitis Dei,
Jussit et nudo puellas
Nil Amori credere.

Cras recentibus Venustas

Ridet ipsa floribus;
Cras et is, qui primus Æther

Copulavit nuptias,
Ut paternis recrearet
Vernus annum nubibus,
In sinum, maritus imber;

Fusus almæ conjugis,
Inde vitam mixtus ardet

Ferre magno corpore.
Ipsa, venas atque mentem

Permeante spiritu,
Intus occultis gubernat

Procreatrix viribus;
Perque cœlum, perque terras

Perque pontum subditum,
Pervium sibi tenorem

Seminali tramite
Imbuit, jussitque mundum

Nosse nascendi vias.
Cras amet, qui nunquam amavit

Ipsa Trojanos penates
In Latinos transtulit;
Ipsa Laurentem puellam

Conjugem nato dedit,
Moxque Marti dat pudicam

E sacello virginem.
Romuleas ipsa fecit

Cum Sabinis nuptias;
Unde Rhamnes, et Quirites,

Proque gente postera
Romuli, Patres crearet,

Ac nepotem Cesarem.

Rura fæcundat voluptas;

Rura Venerem sentiunt:
Ipse Amor, puer Diones,

Rure natus dicitur.
Hunc ager, quum parturiret

Illa, suscepit sinu,
Atque florum delicatis

Educavit osculis.

Quisque cœtus continetur

Conjugali fœdere:
Ecce jam super genistas
Explicant tauri latus:
Propter undas cum maritis

Ecce balantum gregem
Et canoras non tacere

Diva jussit alites:
Jam loquaces ore rauco

Stagna cycni perstrepunt.
Adsonat Terei puella

Subter umbram populi;
Ut putes motus amoris

Voce dici musica,
Et neges queri sororem

De marito barbaro.
Illa cantat; nec tacerem,

Quando ver venit meum,
Quando feci et ut Chelidon,

Meque Phœbus respicit.
Perderem Musam tacendo;

Ni tacere desinam:
Sic Amyclas, dum silebant,

Perdidit silentium.

Ovidio, nel quarto libro dei Fasti, forse prima dell’autor del
Pervigilium, aveva splendidamente descritte le feste e le veglie di
Venere, e data la ragione dell’essersi scelta la primavera a
celebrarle. E narra in tal libro come, fra l’altre cerimonie, madri e
spose latine traessero al mirteto di Venere, dove sorgeva il simulacro
della Dea e quivi sciogliessero dal di lei candido collo il monile d’oro
e le gemme e la lavassero interamente, e prosciugata poi di loro
mano la riornassero di quelle preziosità e fregiassero di corone; poi
dovessero esse medesime lavarsi pure, in memoria di quando la
bella Iddia uscita dal mare e ignuda, tergendo gli umidi crini,
sorpresa da impura frotta di satiri, ebbe a riparare appunto sotto un
bosco di mortella. E il lavacro che tutte le vedeva denudate era
presso il tempio della Fortuna Virile, quasi a dire ch’esse le dovesse
proteggere dagli sguardi degli uomini e intanto, pur in memoria di
quel che Venere bevve, quando fu condotta al marito, bevessero
esse bianco latte con pesto papavero e miele; e tutte queste
supplicazioni e cerimonie compissero, a renderla propizia, perchè
reputassero procedere dalla Dea, bellezza, costume e buon nome:
Supplicibus verbis illa placate; sub illa

Et forma et mores, et bona fama manent [157].
Nè erano le peggiori inverecondie quelle che si commettevano in

onore di Venere: i misteri d’Iside ho già detto altrove quanto fossero
peggiori ed orribili, e come avessero, per le loro infami oscenità, a
provocare ben dieci volte il bando da Roma il culto dell’egizia Dea;
nè qui pertanto mi farò a ripetere le stesse cose, rinviando il lettore a
quelle pagine [158].
Oltre le feste di Flora e di Pane, di Bacco, di Iside e di Venere, tutte
invereconde, celebravansi eziandio le Priapee in onore di Priapo. Sa
già il lettore come in Egitto si portasse in processione il phallus, suo
primo attributo e distintivo, e i mitologi anzi affermano che Oro colà
fosse quanto in Grecia e in Italia Priapo. Se tale l’origine, il suo culto
passò quindi in Grecia, dove naturalizzando il dio, lo fecero nativo di
Lampsaco, frutto degli adulteri amori di Venere e di Bacco. Grecia ne
fe’ dono all’Italia ed ebbe tempio in Roma sul colle Esquilino. Come
in Grecia, anche in Roma, gli impotenti mariti faceangli offerte e
sagrifici e le donne dissolute tributavangli un particolare culto, nel
quale la licenza era spinta all’ultimo eccesso.
Poscia crebbe in venerazione, perchè a questo nume si assegnò la
speciale protezione e custodia degli orti e inalberavasi a spauracchio
degli uccelli voraci, onde Virgilio il chiamasse custos furum ed
avium [159] e fu ben anco tenuto come scongiuro contro le male
influenze e detto perciò Fascinus, come già m’avvenne di dire, e
così gli emblemi itifallici portati perfin da fanciulli e da donzelle al
collo, come farebbesi ora del più innocente gingillo, e publicamente
esposti su’ fondaci e botteghe. Si sa inoltre che le nuove spose
fossero dal rito obbligate disporsi a cavalcione d’un priapo, di che è
memoria in una piccola statua che si conserva in Roma, e forse vi
accenna quel grande fallo di bronzo rivestito di lamina d’argento,
rinvenuto in Pompei e che si conserva nel gabinetto degli oggetti
riservati al Museo Nazionale di Napoli, e il quale è in forma di
quadrupede itifallico, avente le sole gambe posteriori, e la coda di
cui termina pure in fallo. Esso è cavalcato da una donna. Pendono
dalle zampe, affidati a piccole catene, due tintinnabuli quadrati, ed è
sospeso ad una catena con anello [160].
Le feste Priapee celebravansi dalle donne soltanto. Un basso rilievo
fatto incidere da Boissart, che riproduce la cerimonia, rappresenta la
sacerdotessa che asperge la statua del Dio, mentre le altre donne gli
presentano canestri di frutta ed anfore di vino. Altre ancora sono in
atto di danzare suonando uno strumento molto somigliante ad un
cerchio: due suonano la tibia, una tiene il sistro, in che manifesta
l’origine egizia; un’altra vestita da Baccante porta sulle sue spalle un
fanciullo; altre quattro sono occupate al sagrificio dell’asino che
veniagli offerto, questo essendo l’animale appunto odioso al Dio, per
avergli co’ suoi ragli più volte turbati i suoi impudici tentativi sulla
ninfa Lotide dormiente e sulla Dea Vesta egualmente addormentata.
E priapee dicevansi pure certe oscene composizioni fatte in onore
del Dio di Lampsaco, che s’appendevano alle statue di lui, per lo più
in esse rappresentato sotto la forma di Erme con corna di becco,
orecchie di capra e con corona di foglie di vite o d’albero, e collocate
ne’ giardini ne’ boschetti e presso le fontane.
Ma se in Roma aveva l’impuro nume culto ed altare, maggiore
venerazione otteneva nella Campania. Ercolano e Pompei ne
fornirono irrecusabili prove. Io pure ho qualche segno itifallico di quei
luoghi: l’opera mia ha già di tali prove più d’una volta tenuto conto al
lettore.
Odasi Winkelmann che ne dica:
«Gli amatori e gli intelligenti dell’arte distinguono a Portici (nel
Museo), nel numero delle figure, un Priapo che è veramente degno
di tutta l’attenzione. Non è egli più lungo di un dito, ma è desso
eseguito con tant’arte che si potrebbe riguardarlo come uno studio di
notomia, tanto preciso che Michelangelo, per quanto fosse egli gran
notomista, nulla di meglio avrebbe potuto eseguire. Sembra che
questo Priapo faccia una specie di gesto comune agli italiani, ma
affatto ignoto agli stranieri, quindi difficilmente potrò far loro
intendere la descrizione che m’accingo a farne. Questa figura tira al
basso l’inferiore palpebra coll’indice della destra mano appoggiato
all’osso della gota, mentre la testa verso la stessa è inclinata.
Convien credere che un tal gesto fosse usato dagli antichi pantomimi
e che avesse diversi espressivi significati. Quello che lo faceva stava
in silenzio e parea che mediante quel muto linguaggio volesse dire:
non fidarti di lui; egli è scaltro e ne sa più di te; oppure: ei crede di
prendermi per giuoco: io l’ho colto: o finalmente: tu t’incammini bene!
Tu hai trovato pane pei tuoi denti. Colla mano sinistra, la figura
medesima fa quello cui gli italiani appellano far castagne, gesto il
quale consiste nel collocare il pollice fra l’indice e il dito di mezzo,
per far allusione alla fessura che si fa alla scorza delle castagne,
prima di arrostirle.
«Nello stesso gabinetto, si vede un Priapo di bronzo, attaccato con
una piccola mano facendo il medesimo gesto. Tal sorta di mani
frequentemente s’incontrano ne’ gabinetti, e tutti sanno che presso
gli antichi tenean luogo di amuleti, oppure, lo che è lo stesso, si
portavano siccome preservativi contro gli incantesimi e le cattive
occhiate. Per quanto ridicola fosse quella superstiziosa pratica,
nulladimeno si è essa conservata sino a’ nostri giorni nel basso
popolo del regno di Napoli. Io ho vedute parecchie di queste mani,
che alcuni hanno la semplicità di portare appesa al braccio o al
petto. Il più di sovente si attaccan eglino al braccio una mezzaluna
d’argento chiamata nel loro vernacolo la luna pezziara, vale a dire la
luna puntata, e che essi riguardano come un preservativo contro
l’epilessia; ma è d’uopo che quella luna sia stata fabbricata
coll’elemosina raccolta da quella persona stessa che dee farne uso;
e che poscia venga portata a un sacerdote affin ch’egli la benedica.
Potrebbe darsi che il gran numero di mezze lune, le quali trovansi
nel gabinetto di Portici servissero allo stesso oggetto di
superstizione. Gli Ateniesi le portavano al cuojo del tallone della loro
calzatura sotto la cavicchia del piede.
«Nel gran numero dei Priapi, alcuni se ne veggono con ali e con
campanelli appesi a catene intrecciate, e spesse volte la parte
superiore in una groppa di un lione, il quale si gratta colla sinistra
zampa, come fanno i piccioni sotto le loro ali, quando sono in amore,
e per eccitarsi, da quanto dicasi, al piacere. I campanelli sono di
metallo, legati in argento; il loro suono doveva produrre
probabilmente un effetto a un di presso somigliante a quello de’
campanelli che veniano posti sugli scudi degli antichi; questi erano
per ispirare terrore; quelli avevano per iscopo di allontanare i cattivi
geni. I campanelli facean parte eziandio del vestimento di coloro che
ai misteri di Bacco erano iniziati.»
Ora, visitando il Museo Nazionale in Napoli, dove tutti gli oggetti più
importanti degli scavi, sì d’Ercolano che di Pompei, sono stati
diligentemente radunati e si vanno illustrando sotto la direzione
dell’illustre Fiorelli, si può visitare il gabinetto dove furono rinchiusi
tutti gli oggetti d’arte pornografici, come pitture erotiche, statuette
lubriche, emblemi itifallici ed altre congeneri curiosità, ed anzi dagli
studiosi, che pur da tutto argomentano per la storia del costume
antico, può essere acquistata separatamente presso l’Economo
della Amministrazione la Raccolta Pornografica, che forma una
sezione del Catalogo del Museo Nazionale.
Mette conto di qui far cenno delle sorti subite dalla Raccolta
Pornografica, epperò lascerò che parli il Fiorelli nello speciale
proemio mandato innanzi da lui al Catalogo summentovato di essa.
— La Raccolta Pornografica, scrive egli, fondandosi anche su
quanto ne scrisse il suo predecessore Marchese Arditi, venne
costituita nell’anno 1819, a richiesta di Francesco I, Duca di
Calabria, il quale nel visitare il Museo osservò che sarebbe stata
cosa ben fatta di chiudere tutti gli oggetti osceni, di qualunque
materia essi fossero, in una stanza, alla quale avessero unicamente
ingresso le persone di matura età e di conosciuta morale [161]. Essa
fu composta di 102 oggetti, ed ebbe nome di Gabinetto degli oggetti
osceni, che il 28 agosto 1823 mutò in quello degli oggetti riservati,
con l’assoluta inibizione di mostrarsi a chichessia, senza averne
prima ottenuto il permesso dal Re. Durò in tal guisa più o meno
visibile sino al 1849, quando la ipocrita religiosità degli agenti del
Governo provocò ordini severi, onde fossero chiuse e ribadite le
porte di quella Raccolta, e tolte dalla vista dei curiosi tutte le Veneri
ed altre figure ignude dipinte o scolpite, qualunque ne fosse l’autore.
E questo sacro fervore andò tant’oltre, che nel 1852 il Direttore del
Museo, dopo aver trasportati in un antro tutti i monumenti che già
avevano formata quella collezione e murata la porta di esso,
chiedeva che si distruggesse qualunque esterno indizio della funesta
esistenza di quel Gabinetto e se ne disperdesse, per quanto era
possibile, la memoria. Nè contento di ciò, nel marzo 1856 espulse
dalla Pinacoteca e rinchiuse con triplice e diversa chiave in luogo
umido ed oscuro la Danae del Tiziano, la Venere che piange Adone
di Paolo Veronese, il cartone di Michelangelo con Venere ed Adone,
le Virtù di Annibale Caracci ed altri 29 dipinti, insieme a 22 statue di
marmo, giudicate corrompitrici della morale, tra cui la Nereide sul
pistrice, che sarebbe stata distrutta, se lo scultore Antonio Calì non
si fosse ricusato più volte ad occultare con restauri di marmo le
nudità della figura.
Finalmente, il giorno 11 settembre 1860, per ordine del Dittatore, gli
oggetti riservati rividero la luce, e si procedette al riscontro dell’antico
inventario nel 19 dicembre dello stesso anno. Fu allora che molti se
ne rinvennero non descritti, perchè trovati in Pompei posteriormente
alla chiusura di quelle sale, e furono aggiunti all’antica collezione,
che venne più opportunamente denominata Raccolta Pornografica.
Un accurato esame di tali oggetti avendo dimostrato che non tutti
erano veramente osceni, e che molti di essi avrebbero potuto
ritornare alle rispettive collezioni senza offendere per nulla il pudore
de’ riguardanti, alcuni di questi furono restituiti alle varie classi, onde
per tal ragione non fanno più parte del Catalogo pornografico.
Il quale enumera 206 oggetti, divisi in due classi principali: la prima
de’ Monumenti greci ed etruschi; la seconda de’ Monumenti romani;
suddivisa quest’ultima in varie sezioni: a, dipinture e musaici; b,
sculture; c, amuleti; d, utensili: e di tutti questi oggetti descritti dal
Fiorelli, ben centocinque furono raccolti dagli scavi di Ercolano e di
Pompei. Io mi dispenso dallo scenderne a maggiori particolari e il
discreto lettore ne comprenderà di leggieri la ragione.
Faccio ora ritorno al più concreto argomento della prostituzione
sacra, per compiere il quale, finalmente debbo dire della festa che si
celebrava in onore della Buona Dea, i cui misteri già narrai come
fossero stati violati da Publio Clodio introducendovisi sotto spoglie
femminili, quando essi celebravansi nell’anno di Roma 678, nella
casa sul Palatino di Giulio Cesare pretore. Forse codesta dea
rappresentava la terra, la dea Tellure, e quantunque il suo tempio
veramente sorgesse tra Aricia e Bovilla, secondo si raccoglie
dall’orazione di Cicerone pro Tito Annio Milone, la sua festa
avveniva in Roma prima nel dicembre, e dopo la riforma del
calendario fatta dallo stesso Giulio Cesare, nel primo di maggio. Si
celebrava essa al chiaror delle torce, nella casa de’ primi magistrati,
come consoli, pretori, o del primo Pontefice. Non si ammettevano
che donne, intervenivano anche le Vestali. Perfino si escludevano gli
animali maschi e la cautela d’escluderne il sesso giugneva a tale da
velare statue o quadri che avessero alcun maschio rappresentato.
La superstizione insinuava che un uomo che avesse assistito a
questi misteri, anche senza intenzione di sorta, sarebbe rimasto
cieco; quegli che vi fosse studiosamente penetrato, se patrizio,
voleva la legge fosse multato di un quinquennio di carcere
mamertino e quindi di perpetuo esiglio; se plebeo, di morte. Clodio
provò il contrario rispetto alla cecità, e alla pena seppe sottrarsene
per corruttela di giudici.
La narrazione di questo curioso episodio è splendidamente
pennelleggiata da quel robusto ed originale ingegno ed amicissimo
mio che è Giuseppe Rovani, nella sua dotta, amena e squisitissima
opera La Giovinezza di Giulio Cesare, testè uscita per le stampe alla
luce a soddisfare la universale legittima aspettazione, e vi rimando il
lettore che amasse gustarvi la leggiadria di tutto quanto il racconto:
io credo far cosa grata al lettore collo spiccarvi qui almeno quelle
eleganti pagine le quali forniscono la descrizione della festa:
«Varcato il pronao e un ampio spazio che divideva l’antico palagio
dal nuovo, un lucente vestibolo biancheggiava delle conteste ossa di
elefanti indiani; cinque porte rivestite di ebano davano accesso
all’aula magna, e su quelle erano intarsiati i dorsi di testuggini eoe,
dagli occhi delle quali usciva la verde luce degli smeraldi. Il procinto
vi si aggirava dentro un cerchio; a quello facevan corona binate
colonne a capitelli d’oro, sulle quali rispianava un dorato architrave
che sosteneva tre colonne riproducenti in aria il giro delle sottoposte.
Le pareti interne erano di serpentino con intrecci d’armi. Gli onici e le
sarde lastricavano il pavimento, nel mezzo del quale sfolgorava un
mosaico d’Eraclito, che Cesare aveva fatto trasportar là dai giardini
di Servilio. Non v’eran lacunari, ma l’azzurro del cielo e le stelle e la
luna mandavano i loro raggi là dentro a mettere gara tra il cielo e la
terra.
«Le vestali, siccome voleva il rito, agli ornati architettonici avevano
aggiunti a profusione quelli della più fragrante flora romana, con frutti
e fiori d’ogni albero, escluso il mirto, siccome quello che pareva
interdire i pensieri della castità, chè le donne si preparavano alla
festa colle più rigorose astinenze; così almeno era creduto. Le mogli
per una settimana s’involavano agli amplessi maritali. Le fidanzate e
le fanciulle dovevano affannarsi a liberare la testa e il cuore dai
desiderj tentatori.
«Il simulacro della dea sorgeva nel mezzo del recinto. Una ghirlanda
di pampini ne cingeva la testa; un serpente era attortigliato intorno a’
suoi piedi. Innanzi alla base del simulacro stava un gran vaso colmo
di vino. Quel vino significava la religiosa tradizione, che ricordava
essersi la dea ubbriacata, mentre dimorava ancora in terra; onde
Fauno l’uccise con un bastone di mirto, facendola degna in così
strano modo dei doni immortali della divinità.
«Pure quel vino, che poscia veniva bevuto senza ritegno,
chiamavasi latte, a conciliare l’idea dell’astinenza coi protervi effetti
che produceva, e Mellario il vaso che lo conteneva, onde è a
sospettare che quelle donne stessero innanzi alla dea, velate di
devota incontinenza, preparando così la frase al poeta futuro.
«Quando la vestale damiatrice s’inginocchiò davanti al simulacro,
tutte le vestali, candide come cigni depurati dal rio,
s’inginocchiarono, e con esse quante matrone e spose e fidanzate e
fanciulle eran là convenute. Più presso al semigiro delle vergini
sacre stava l’insigne Aurelia, la madre di Cesare, venerata in Roma
per l’alto senno e le virtù volute e le consuetudini sante. Aveva
raggiunto il nono lustro: pure il freddo raggio lunare, turbato dalla
calda luce delle resinose faci, così beneficamente la vestiva, che
due lustri parevano scomparsi dal suo nobile volto. Accanto a lei
stava genuflessa Pompea, la moglie di Cesare, non amante della
suocera, che non amava lei. La beltà tramontante di Aurelia,
dall’occhio espanso, lento e solenne, e dai contorni che Tullio
chiamò scientifici, e li dicea segnati dal geometra Euclide, faceva
contrasto colla diversa severità della olimpica Pompea, severità
ostentata per dissimulare le intime accensioni.
«Non lungi da Pompea, vestita come una regina asiatica, coi piropi
al collo, alle braccia, ai brevi orecchi, si vedeva Servilia, la moglie del
penultimo Bruto, la madre dell’estremo. Peccatrice nata, pure il
peccato ella rendea perdonabile coll’intensità dell’affetto concesso
ad un uomo solo. Accanto a lei, volgevasi alla dea una giovinetta

Biomass, Biofuels, Biochemicals: Advances in Enzyme Catalysis and Technologies 1st Edition Sudhir P. Singh (Editor)

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Handbook of Algal Technologies and Phytochemicals:

Advances in Waste-to-Energy Technologies 1st Edition

Advances in Solid Biofuels Elias Christoforou

Bioenergy: Biomass to Biofuels and Waste to Energy 2nd

Reeta Rani Singhania

Library of Congress Cataloging-in-Publication Data

For Information on all Elsevier publications

Publisher: Susan Dennis

Typeset by MPS Limited, Chennai, India

List of contributors .............................................................................................................................. xv

SECTION 1 FUNDAMENTAL ASPECTS OF ENZYMES

CHAPTER 2 Classification of enzymes and catalytic properties .......................... 11

2.3 Conclusions and perspectives .................................................................................. 25

SECTION 2 ENZYME ENGINEERING FOR EFFICIENT

5.2.2 Rational/semi-rational design ........................................................................ 72

CHAPTER 6 Enzyme engineering strategies for catalytic activity

CHAPTER 7 Protein engineering approaches for enhanced

CHAPTER 8 Chimeric enzyme designing for the synthesis of multifunctional

CHAPTER 9 Enzyme engineering for enantioselective

SECTION 3 ENZYME IMMOBILIZATION AND BIOPROCESS

CHAPTER 11 Enzyme entrapment approaches and their applications ................. 191

11.8.1 Food industry ............................................................................................. 203

CHAPTER 12 Enzyme immobilization strategies and bioprocessing

SECTION 4 ENZYMATIC TECHNOLOGIES, CASE STUDIES,

13.1.2 Pretreatment ............................................................................................... 247

CHAPTER 14 Enzyme systems for high-value biomolecule

CHAPTER 15 Role of enzymatic bioprocesses for the production of functional

CHAPTER 17 Enzymes in the third generation biorefinery for

17.2 Biorefinery and biorefining.................................................................................... 363

CHAPTER 19 Biocatalyst systems for xylooligosaccharides production from

Index .................................................................................................................................................. 449

1.5 RIBOZYMES AS A NONPROTEIN CATALYST

1.6 CONCLUSIONS AND PERSPECTIVE

.... Non ego te, candide Bassareu,

Sopra molte pitture in Pompei ed Ercolano si riconobbero

PERVIGILIUM VENERIS [150].

Cras amet, qui nunquam amavit,

Ver novum, ver jam canendum:

Vere concordant Amores,

Et nemus comam resolvit

Cras Amorum copulatrix,

Implicat casus virentes,

Cras Dione jura dicit,

Cras amet, qui nunquam amavit;

Tum cruore de superno, ac

Cærulas inter catervas,

Fudit undantem Dionen

Cras amet, qui nunquam amavit;

Ipsa gemmeis purpurantem

Ipsa turgentes mamillas

Mulget in toros tepentes;

Noctis aura quem relinquit,

Gutta præceps orbe parvo

Hinc pudorem florulentæ.

Humor ille, quem serenis

Mane virgines papillas

Ipsa jussit, mane ut udæ