K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
17.12.4 Rigid docking by shape
complementarity
The first problem with any docking program
is how to position the ligand within the
binding site. If you or I were handed real
models of the target and the ligand, we
would consider the space available in the
binding site, eye up the ligand, and judge
how we could place it into the binding site
before we actually do it. In other words,
humans have a spatial awareness, which
includes the ability to assess the shape of an
empty space. This does not come naturally
to computers, and the empty space of a
binding site has to be defined in a way that a
computer program can understand before
ligands can be inserted.
The DOCK program was one of the
earliest programs to tackle this problem. The
Connolly surface is first defined, then the
empty space of the binding site is defined by
identifying a collection of differently sized
spheres which will fill up the space available
and give a ‘negative image’ of the binding
site (Fig. 17.31). This is achieved as follows.
For each dot representing the molecular
surface, spheres are constructed that touch
that dot plus one other dot on the molecular
surface. Therefore, if there are n dots
representing the molecular surface, n–1
spheres will be created at each of the dots.
This represents a massive number of spheres
and so it is necessary to whittle these down.
The number of spheres can be reduced
significantly as follows:
 for each dot on the molecular
surface, the sphere of smallest radius
touching it is chosen. This ensures
17.12.4 Lắp ghép cố định bằng sự bổ sung
hình dạng.
Vấn đề đầu tiên với bất kỳ chương trình lắp
ghép nào là làm thế nào để định vị phối tử
trong vị trí liên kết. Nếu bạn hoặc tôi được
giao cho các mô hình thực sự của mục tiêu
và phối tử, chúng ta sẽ xem xét không gian
có sẵn trong vị trí liên kết, xem xét phối tử
và đánh giá cách chúng ta có thể đặt nó vào
vị trí liên kết trước khi thực sự làm điều đó.
Nói cách khác, con người có nhận thức về
không gian, bao gồm khả năng đánh giá
hình dạng của một không gian trống rỗng.
Điều này không xảy ra một cách tự nhiên
với máy tính, và không gian trống của vị trí
liên kết phải được xác định theo cách mà
chương trình máy tính có thể hiểu được
trước khi có thể chèn các phối tử.
Chương trình DOCK là một trong những
chương trình sớm nhất giải quyết vấn đề
này. Bề mặt Connolly trước tiên được xác
định, sau đó khoảng trống của vị trí gắn kết
được xác định bằng cách xác định một tập
hợp các quả cầu có kích thước khác nhau sẽ
lấp đầy khoảng trống có có sẵn và tạo ra
‘hình ảnh âm bản’ của vị trí gắn kết (Hình
17.31). Điều này đạt được như sau
Hình 17.31 Chương trình DOCK
Đối với mỗi dấu chấm đại diện cho bề mặt
phân tử, các hình cầu được tạo ra để tiếp xúc
với dấu chấm có cộng với một dấu chấm
khác trên bề mặt phân tử. Do đó, nếu có n
chấm biểu thị bề mặt phân tử thì sẽ tạo ra n
– 1 hệ thống hình cầu tại mỗi dấu chấm,
Điều này thể hiện một số lượng lớn các hình
cầu và do đó cần phải giảm bớt chúng. Số
lượng quả cầu có thể giảm đáng kể như sau:
 đối với mỗi dấu chấm trên bề mặt
phân tử, hình cầu có bán kính nhỏ
nhất chạm vào nó sẽ được chọn.
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
that none of the spheres chosen
intersects the molecular surface;
 there are several dots associated with
the surface of a particular atom and
each of these now has one sphere
associated with it. The next filtering
process is to select the sphere with
the largest radius. Once this has been
completed, the number of spheres
left is the same as the number of
atoms lining the binding site.
Spheres are allowed to overlap and
the centre of each sphere accurately
defines a unique position of 3D
space within the binding site.
Each sphere representing the binding site
can be considered as a pseudoatom and so
it is now possible to carry out an overlay
operation as described in section 17.9,
where ligand atoms are matched with
pseudoatoms then overlaid. However, how
does the programme decide which ligand
atom and pseudoatom should be matched?
One could try out every possible
combination, but this would take up far too
much computer time. Instead, a systematic
matching operation takes place called
distance matching or clique searching.
Firstly, the distances between each of the
ligand atoms are measured. This is repeated
for all of the pseudoatoms. These distances
are then used to identify which ligand atoms
and pseudoatoms can be matched up. The
operation takes place as follows. A graph is
prepared where each ligand atom (1, 2, 3,
…) is matched to each of the receptor
spheres (A, B, C, …) to give a list of paired
atom/pseudoatoms (1A, 1B, 1C…, 2A, 2B,
2C….3A, 3B, 3C…, etc.). The next stage is
to identify whether two of these pairs are
compatible, for example is the pairing 1A
possible at the same time as the pairing 2C?
This is done by comparing the distance
between the ligand atoms 1 and 2, with the
distance between the receptor spheres A and
C. If the distances are similar, then they are
compatible. This process is now repeated for
further pairings to see if they are compatible
with those already identified. The minimum
number of pairings required for an
acceptable docking is four. The whole
Điều này đảm bảo rằng không có quả
cầu nào được chọn giao nhau vơi bề
mặt phân tử;
 có một số dấu chấm liên kết với bề
mặt của một nguyên tử cụ thể và mỗi
dấu chấm này hiện có một hình cầu
có bán kính lớn nhất. Sau khi hoàn
thành việc này, số lượng quả cầu còn
lại bằng số lượng nguyên tử xếp dọc
vị trí liên kết. Các quả cầu được
phép chồng lên nhau và tâm của mỗi
quả cầu xác định chính xác một vị trí
duy nhất của không gian 3D trong vị
trí liên kết.
Một hình cầu đại diện cho vị trí liên kết có
thể được coi là một nguyên tử giả và do đó
hiện nay có thể thực hiện thao tác xếp chồng
như được mô tả trong phần 17.9, trong đó
các nguyên tử phối tử được so khớp với các
nguyên tử giả sau đó được phủ lên. Tuy
nhiên, làm thế nào để chương trình quyết
định nguyên tử phối tử và nguyên tử giả nào
sẽ phù hợp?
Người ta có thể thử mọi sự kết hợp có thể,
nhưng việc này sẽ chiếm quá nhiều quá
nhiều thời gian trên máy tính. Thay vào đó,
một hoạt động so khớp khoảng cách hoặc
tìm kiếm theo cụm. Đầu tiên, đo khoảng
cách giữa các nguyên tử phối tử. Lặp lại
những điều này cho tất cả các nguyên tử giả.
Những khoảng cách này sau đó được sử
dụng để xác định những nguyên tử phối tử
và nguyên tử giả nào có thể khớp với nhau.
Hoạt động diễn ra như sau. Một biểu đồ
được chuẩn bị trong đó mỗi nguyên tử phối
tử (1, 2, 3, …) được khớp với từng quả cầu
thụ thể (A, B, C, …) để đưa ra danh sách
các nguyên tử/nguyên tử giả được ghép (1A,
1B, 1C…, 2A, 2B, 2C…3A, 3B, 3C…, v.v).
Giai đoạn tiếp theo là xác định xem hai
trong số các cặp này có tương thích hay
không, ví dụ việc ghép đôi 1A có thể xảy ra
cùng lúc với việc ghép đôi 2C không? Điều
này được hiện bằng cách so sánh khoảng
cách giữa các nguyên tử phối tử 1 và 2, với
khoảng cách giữa các quả cầu thụ thể A và
C. Nếu khoảng cách tương tự nhau thì chúng
tương thích. Quá trình này hiện được lặp lại
cho các cặp tiếp theo để xem liệu chúng có
tương thích với những cặp đã được xác định
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
procedure is repeated systematically for
each ligand atom to find a variety of
matches which will eventually lead to
different docking modes.
As an example, consider a ligand
represented by atoms 1–10 and a binding
site represented by pseudoatoms A–G
(Fig. 17.32)
The atom/pseudoatom pairs 1A, 6F, 7G, and
10E would be identified as compatible for
the docking operation as the distances
between the specified ligand atoms match
the distances between the specified
pseudoatoms.
Once this procedure has been carried out,
the actual docking process can take place.
Docking then involves an overlay where
ligand atoms are fitted onto their paired
pseudoatoms, as described in section 17.9.
For example, in Fig. 17.33, ligand atoms 1,
6, 7, and 10 are matched to pseudoatoms A,
F, G, and E respectively (Fig. 17.33). This
process is repeated for all the other possible
matches to give a number of docking or
binding modes.
hay không. Số lượng cặp đôi tốithiểu cần có
để lắp ghép được chấp nhận là bốn. Toàn bộ
quy trình được lăp lại một cách có hệ thống
để mỗi nguyên tử phối tử tìm ra nhiều loại
khớp khác nhau, cuối cùng sẽ dẫn đến các
chế độ lắp ghép khác nhau.
Ví dụ, hãy xem xét một phối tử được biểu
thị bằng các nguyên tử 1-10 và vị trí liên kết
được biểu thị bằng các nguyên tử giả A-G
(Hình 17.32)
Hình 17.32 So sánh khoảng cách giữa các
nguyên tử phối tử và khoảng cách giữa các
giả nguyên tử.
Các cặp nguyên tử/nguyên tử giả 1A, 6F, 7G
và 10E sẽ được xác định là tương thích với
hoạt động lắp ghép vì không khoảng cách
giữa các nguyên tử phối tử xác định khớp
với khoảng cách giữa các nguyên tử giả
được chỉ định.
Khi quy trình này đã được thực hiện, quá
trình lắp ghép thực tế có thể diễn ra. Việc
lắp ghép sau đó bao gồm một lớp phủ trong
đó có các nguyên tử phối tử được gắn vào
các nguyên tử giả ghép đôi của chúng, như
được mô tả trong phần 17.9. Ví dụ, trong
Hình 17.33, các nguyên tử phối tử 1, 6, 7 và
10 tương ứng với các nguyên tử giả A, F, G
và E (Hình 17.33). Quá trình này được lặp
lại cho tất cả các kết quả phù hợp khác có
thể có để đưa ra một số chế độ lắp ghép
hoặc liên kết.
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
Note that this docking procedure is carried
out purely in terms of steric
complementarity (i.e. whether selected
ligand atoms can match up with selected
pseudoatoms). It takes no account of
possible binding interactions, either
favourable or unfavourable. Moreover, as
selected ligand atoms are matched up with
selected pseudoatoms, it is perfectly
possibly that some of the binding modes
obtained are impossible. For example, a
ligand atom not used in the matching
operation might be placed in the same space
as an atom lining the binding site (Fig.
17.34). Therefore, a filtering process has to
be included in the program to remove any
such unacceptable binding modes
If the binding mode is acceptable, an
optimization process is carried out which
‘fine tunes’ the position of the ligand in the
binding site. This minimizes unfavourable
steric interactions and optimizes
intermolecular interactions between the
ligand and the binding site. The binding
energy of the ligand is now measured and a
score is given for that binding mode.
This is repeated for all the possible matches
and binding modes. The binding modes with
the highest scores are then stored so that
they can be analysed further by the operator.
In the original version of DOCK, this
scoring operation took into account only
steric interactions and hydrogen bond
interactions, but many other factors have an
influence on receptor–ligand binding, such
Hình 17.33 Lắp ghép bằng cách phủ lên các
cặp nguyên tử-nguyển tử giả 1A, 6F, 7G và
10E
Lưu ý rằng quy trình lắp ghép này được thực
hiện hoàn toàn về mặt bổ sung không gian
(tức là liệu các nguyên tử phối tử được chọn
có thể khớp với các nguyển tử giả đã chọn
hay không). Nó không tính đến các tương
tác liên kết có thể có, dù thuận lợi hay bất
lợi. Hơn nữa, vì các nguyên tử phối tử được
chọn phù hợp với các nguyên tử giả đã
chọn, nên hoàn toàn có khả năng một số chế
độ liên kết thu được là không thể thực hiện
được. Ví dụ, một nguyên tử phối tử không
được sử dụng trong thao tác so khớp có thể
được đặt trong cùng một không gian với một
nguyên tử xếp dọc vị trí liên kết (Hình
17.34). Do đó, một quy trình lọc phải được
đưa vào chương trình để loại bỏ mọi chế độ
liên kết không được chấp nhận như thế.
Hình 17.34 Một chế độ liên kết không được
chấp nhận do xung đột không gian
Nếu chế độ liên kết được chấp nhận thì một
quy trình tối ưu hóa sẽ được thực hiện để
‘tinh chỉnh’ vị trí của phối tử trong vị trí liên
kết. Điều này giảm thiểu các tương tác
không gian không thuận lợi và tối ưu hóa
các tương tác giữa phân tử phối tử và vị trí
liên kết. Năng lượng liên kết của phối tử
hiện được đo và được cho điểm cho chế độ
liên kết đó.
Điều này được lặp lại cho tất cả các kết quả
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
as other types of intermolecular interactions,
phù hợp và chế độ liên kết có thể có. Các
desolvation, the difference in energy chế độ liên kết có điểm cao nhất sau đó sẽ
between a ligand's different conformations, được lưu trữ để người vận hành có thể phân
and the decrease in entropy resulting from a tích thêm. Trong phiên bản gốc của DOCK,
flexible molecule being bound in a fixed hoạt động tính điểm này chỉ tính đến tương
conformation. Later versions of DOCK have tác không gian và tương tác liên kết hydro,
tackled these issues, as have other docking nhưng nhiều yếu tố khác có ảnh hưởng đến
programs. liên kết thụ thể - phối tử, chẳng hạn như các
loại tương tác giữa các phân tử khác, sự khử
17.12.5 The use of grids in docking hòa tan, sự khác biệt về năng lượng giữa các
programs cấu hình khác nhau của phối tử và sự giảm
A major step forward in the development of entropy do phân tử linh hoạt liên kết trong
docking programs was the use of grids to một cấu hình cố định. Các phiên bản sau của
pre-calculate the binding interactions at DOCK đã giải quyết được những vấn đề này
different positions within the binding site cũng như các chương trình lắp ghép khác.
(section 17.7.5).
These values are stored in look-up tables
and accessed automatically for each atom of 17.12.5 Việc sử dụng lưới trong lắp ghép
the ligand based on its particular position chương trình
within the grid. This means that binding Một bước tiến lớn trong sự phát triển của lắp
energies can be obtained speedily by adding ghép chương trình là việc sử dụng lưới để
up the relevant table entries, rather than tính toán trước các tương tác liên kết ở các
measuring the interaction between each điểm khác nhau trong các vị trí liên kết
ligand and the binding site—a process (phần 17.7.5).
which would take far longer. The first Các giá trị này được lưu trữ trong bảng tra
docking programs to implement the use of cứu và tự động xác nhận cho từng nguyên tử
grids in this way were AutoDock and a của phối tử dựa trên vị trí cụ thể của nó
revised version of DOCK, and they are now trong lưới. Điều này có nghĩa là năng lượng
commonly used in many other programs. liên kết có thể thu được nhanh chóng bằng
cách cộng các mục trong bảng có liên quan,
17.12.6 Rigid docking by matching thay vì đó sự tương tác giữa mỗi phối tử và
hydrogen bonding groups vùng liên kết—một quá trình sẽ mất nhiều
The docking process described in section thời gian hơn. Các chương trình lắp ghép
17.12.4 is based on whether a ligand has the đầu tiên triển khai việc sử dụng lưới theo
right shape to fit into the binding site and cách này là AutoDock và phiên bản sửa đổi
takes no account of possible binding của DOCK và, hiện nay chúng được sử dụng
interactions. This is ideal for ligands that phổ biến ở nhiều nơi khác các chương trình.
take up most of the space available in the
binding site, but is less satisfactory for 17.12.6 Lắp ghép bền vững bằng cách kết
ligands which are small in comparison with hợp các nhóm liên kết hydro
the size of the binding site. Quá trình lắp ghép được mô tả trong phần
An alternative method of docking is to use 17.12.4 dựa trên việc liệu phối tử có hình
the same ‘clique technique’ described in dạng phù hợp để vừa với vị trí liên kết hay
section 17.12.4, but this time to match up không và không tính đến các tương tác liên
hydrogen bonding groups in the binding site kết có thể xảy ra. Điều này là lí tưởng cho
with complementary hydrogen bonding các phối tử chiếm phần lớn không gian có
groups present on the ligand. There are two sẵn trong vị trí liên kết, nhưng lại kém thỏa
important factors to take into account. đáng hơn đối với các phối tử nhỏ so với kích
Firstly, a hydrogen bonding group on the thước của vị trí liên kết.
ligand must be the correct distance from a Một phương pháp lắp ghép khác là sử dụng
hydrogen bonding group in the binding site. ‘kĩ thuật nhóm’ tương tự được mô tả trong
Secondly, the two groups concerned must phần 17.12.4, nhưng lần này để ghép các
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
have the correct orientation with respect to
each other (section 1.3.2). It is, therefore,
necessary to identify positions in space
within the binding site where ligand atoms
can be positioned to satisfy these criteria.
These positions are defined by interaction
points as follows.
Firstly, a sphere is created around each
hydrogen bonding group in the binding site
(Fig. 17.35).
The surface of the sphere represents the
optimum distance at which a complementary
group on the ligand should be placed in
order to form a good hydrogen bond. A
series of uniformly spaced points is placed
over the surface of the sphere to define the
surface. These are the interaction points onto
which complementary binding groups on the
ligand will be positioned during the docking
process. However, not all of the points are
feasible positions for a good hydrogen
bonding interaction and so a filtering
process takes place which:
 removes the points that are not
accessible in the binding site;
 removes the points which would not
allow a bonding angle (α) greater
than 90°.
The interaction points that survive this
filtering procedure are now used as ‘targets’
for the matching operation with suitable
ligand atoms.
This method is used in the Directed Dock
algorithm alongside the matching algorithm
based on shape complementarity. This
means that it is possible to carry out a
docking which takes into account both
hydrogen bonding interactions and shape
complementarity.
17.12.7 Rigid docking of flexible ligands:
the FLOG program.
nhóm liên kết hydro ở vị trí liên kết với các
nhóm liên kết hydro bổ sung có trên phối tử.
Có hai yếu tố quan trọng cần tính đến. Thứ
nhất, nhóm liên kết hydro trên phối tử phải
có khoảng cách chính xác với nhóm liên kết
hydro ở vị trí liên kết. Thứ hai, hai nhóm
liên quan phải có định hướng đúng đắn đối
với nhau (mục 1.3.2). Do đó, cần xác định
các vị trí trong không gian bên trong vị trí
liên kết nơi các nguyên tử phối tử có thể
được định vị để đáp ứng các tiêu chí này.
Các vị trí này được xác định bởi các điểm
tương tác như sau.
Đầu tiên, một quả cầu được tạo ra xung
quanh mỗi nhóm liên kết hydro ở vị trí liên
kết (Hình 17.35).
Hình 17.35 Xác định vị trí tương tác của các
nhóm liên kết hydro trong vị trí liên kết.
Bề mặt của quả cầu thể hiện khoảng cách tối
ưu mà tại đó một nhóm bổ sung trên phối tử
phải được đặt để tạo thành liên kết hydro tốt.
Một loạt các điểm cách đều nhau được đặt
trên bề mặt của hình cầu để xác định bề mặt.
Đây là các điểm tương tác mà trên đó các
nhóm liên kết bổ sung trên phối tử sẽ được
định vị trong quá trình lắp ghép. Tuy nhiên,
không phải tất cả các điểm đều là vị trí khả
thi để có tương tác liên kết hydro tốt và do
đó quá trình lọc diễn ra:
 loại bỏ những điểm không thể truy
cập được trong trang liên kết;
 loại bỏ các điểm không cho phép góc
liên kết (α) lớn hơn 90°.
Các điểm tương tác tồn tại trong quy trình
lọc này hiện được sử dụng làm 'mục tiêu'
cho hoạt động so khớp với các nguyên tử
phối tử phù hợp.
Phương pháp này được sử dụng trong thuật
toán Directed Dock cùng với thuật toán so
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
One of the major drawbacks of rigid khớp dựa trên sự bổ sung hình dạng. Điều
docking experiments is that they may fail to này có nghĩa là có thể thực hiện việc lắp
give a satisfactory answer for flexible ghép có tính đến cả tương tác liên kết hydro
ligands. Such ligands can form a variety of và sự bổ sung hình dạng.
different conformations and, unless one
knows the active conformation, it is a matter
of chance whether the conformation chosen 17.12.7 Lắp ghép cứng các phối tử linh hoạt:
for the docking experiment is the ideal chương trình FLOG
conformation for docking or not. One way Một trong những nhược điểm chính của các
round this is to dock as many different thí nghiệm lắp ghép cứng là chúng có thể
conformations of the ligand as possible in không đưa ra câu trả lời thỏa đáng cho các
order to get the best result. phối tử linh hoạt. Các phối tử như vậy có thể
tạo thành nhiều dạng cấu hình khác nhau và
Flexible Ligands Orientated on Grid trừ khi người ta biết cấu hình hoạt động đó,
(FLOG) is a docking program that generates việc liệu cấu hình được chọn cho thí nghiệm
conformational libraries called Flexibases, lắp ghép có phải là cấu hình lý tưởng để lắp
which contain 10–20 conformations for each ghép hay không là vấn đề ngẫu nhiên. Một
ligand studied. However, there is still a cách để giải quyết vấn đề này là gắn càng
chance that the correct conformation will nhiều dạng cấu hình khác nhau của phối tử
not be tested, especially for very flexible càng tốt để có được kết quả tốt nhất. Phối tử
ligands. The more flexible the ligand, the linh hoạt.
more conformations that are possible, which Định hướng trên lưới (FLOG) là một
can lead to a conformational explosion. In chương trình lắp ghép tạo ra các thư viện
other words, the number of possible cấu hình được gọi là Flexibase, chứa 10–20
conformations increases exponentially with cấu hình cho mỗi phối tử được nghiên cứu.
the number of rotatable bonds present. Tuy nhiên, vẫn có khả năng cấu hình chính
xác sẽ không được kiểm tra, đặc biệt đối với
các phối tử rất linh hoạt. Phối tử càng linh
hoạt thì càng có thể có nhiều cấu hình, điều
này có thể dẫn đến sự bùng nổ về cấu hình.
Nói cách khác, số lượng cấu hình có thể
tăng theo cấp số nhân với số lượng liên kết
có thể xoay được

17.12.8 Docking of flexible ligands: anchor

and grow programs.
Various programs have been written to allow
the generation of different ligand
conformations as part of the docking
process. A popular method is to fragment the
ligand, identify a rigid anchor fragment
which can be docked, then reconstruct or
grow the molecule back onto the anchor.
The following are examples of such
programs.
17.12.8.1 Directed Dock and Dock 4.0
Directed Dock and Dock 4.0 use a method
where the algorithm identifies the rotatable
bonds that are present in a ligand, allowing
HÌNH 17.35 Xác định vị trí tương tác của
các nhóm liên kết hydro trong vùng liên kết
17.12.8 Lắp ghép các phối tử linh hoạt:
chương trình neo và phát triển
Nhiều chương trình khác nhau đã được viết
để cho phép tạo ra các dạng phối tử khác
nhau như một phần của quá trình lắp ghép.
Một phương pháp phổ biến là phân mảnh
phối tử, xác định mảnh neo cứng có thể
được gắn vào, sau đó tái tạo lại hoặc phát
triển phân tử trở lại mỏ neo.
Sau đây là ví dụ về các chương trình như
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
the identification of rigid and flexible
regions. The molecule is then split into
molecular components or fragments
(Fig.17.36). The most rigid fragment is
defined as the anchor and is docked by
shape complementarity (section 17.12.4).
The segments representing the flexible parts
of the molecule are then added sequentially
to the anchor. As each segment is added,
torsion angles are varied in a systematic
fashion and this inevitably increases the
number of partially built structures
(constructs). The number of constructs
would go through the roof if this was to
continue and so once each segment is added
there is a pruning process which selects a
limited number of constructs based on how
well they bind and also on how different
they are in structure. The segments are
added in ‘layers’ working outwards. Thus,
all the segments in layer 1 are added
sequentially before the segments in layer 2
(Fig.17.36).
FIGURE 17.36 Anchoring algorithm and
development. (a) Identify rotatable links. (b)
Identify and anchor a rigid anchor. (c) Add
molecular fragments in the layer.
At each stage of the process, energy
minimization of the construct is carried out
to relieve any strain arising from the
construction process.
17.12.8.2 FlexX
FlexX is a software progam that also uses
the anchor and grow method, but, here, the
anchor is docked according to chemical
complementarity—in other words docking is
determined by the intermolecular
interactions that can be formed between the
anchor and the binding site. Docking the
anchor by chemical complementarity rather
then steric complementarity has the
advantage that it cuts down the number of
possible binding orientations for the anchor.
vậy.
17.12.8.1 Dock được định hướng và Dock
4.0
Dock được định hướng và Dock 4.0 sử dụng
phương pháp trong đó thuật toán xác định
các liên kết xoay có trong phối tử, cho phép
xác định các vùng cứng và linh hoạt. Phân
tử này sau đó được chia thành các thành
phần hoặc mảnh phân tử (Hình 17.36).
Mảnh cứng nhất được xác định là mỏ neo và
được gắn bằng hình dạng bổ sung
(phần17.12.4). Sau đó, các đoạn đại diện
cho phần linh hoạt của phân tử được thêm
tuần tự vào mỏ neo. Khi mỗi đoạn được
thêm vào, các góc xoắn thay đổi một cách
có hệ thống và điều này chắc chắn sẽ làm
tăng số lượng các cấu trúc được xây dựng
một phần (các công trình). Số lượng cấu trúc
sẽ tăng cao nếu điều này tiếp tục và do đó,
khi mỗi phân đoạn được thêm vào, sẽ có
một quy trình cắt tỉa chọn ra một số lượng
cấu trúc giới hạn dựa trên mức độ chúng liên
kết tốt cũng như mức độ khác nhau của
chúng trong cấu trúc Các phân đoạn này
được thêm vào trong các 'lớp' hướng ra
ngoài. Do đó, tất cả các phân đoạn ở lớp 1
được thêm tuần tự trước các phân đoạn ở
lớp 2 (Hình 17.36).
Hình 17.36 Thuật toán neo và phát triển. (a)
Xác định các liên kết có thể xoay được. (b)
Xác định và neo một mỏ neo cứng. (c) Thêm
mảnh phân tử trong lớp.
Ở mỗi giai đoạn của quá trình, việc giảm
thiểu năng lượng của công trình được thực
hiện để giảm bớt mọi sức căng phát sinh từ
quá trình xây dựng.
17.12.8.2 FlexX
FlexX là một chương trình phần mềm cũng
sử dụng phương pháp neo và phát triển, tuy
nhiên, ở đây, mỏ neo được neo theo sự bổ
sung hóa học—nói cách khác, việc lắp ghép
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
An interaction surface consisting of
interaction points is built around each
potential binding group in the binding site
(Fig 17.37) (see also section 17.12.6).
A matching process now takes place which
matches atoms on the anchor to interaction
points in the binding site. The distances
between atoms on the anchor must match
the distance between interaction points in
the binding site. This is the same procedure
that is carried out in section 17.12.4, but
there is the added requirement that the
anchor atom and the corresponding
interaction point must have binding
compatibility. Docking requires the
identification of three matched pairs of
anchor atoms/ interaction points. This
corresponds to identifying complementary
pharmacophore triangles for the anchor and
the binding site.
FIGURE 17.37 Docking based on the
matching up of complementary
pharmacophoric triangles for the anchor and
the binding site (HBD = hydrogen bond
donor; HBA = hydrogen bond acceptor)
The matching process is thus brought down
to a comparison of the ligand’s
pharmacophore triangles with the
pharmacophore triangles present in the
binding site. For a match to occur, a triangle
for the ligand must have roughly the same
dimensions as a triangle in the binding site.
Moreover, the corners of the triangles must
have binding compatibility. The docking is
now carried out such that anchor atoms are
overlaid with their matched interaction point
in the binding site (Fig. 17.38).
được xác định bởi các tương tác giữa các
phân tử có thể được hình thành giữa mỏ neo
và vùng liên kết. Việc gắn neo bằng sự bổ
sung hóa học thay vì sự bổ sung không gian
có ưu điểm là nó cắt giảm số lượng các
hướng liên kết có thể có cho mỏ neo.
Một bề mặt tương tác bao gồm các điểm
tương tác được xây dựng xung quanh mỗi
nhóm liên kết tiềm năng trong vị trí liên kết
(Hình 17.37). (xem thêm phần 17.12.6).
Hiện tại, một quy trình khớp đang diễn ra để
khớp các nguyên tử trên mỏ neo với các
điểm tương tác trong vị trí liên kết. Khoảng
cách giữa các nguyên tử trên mỏ neo phải
khớp với khoảng cách giữa các điểm tương
tác trong vị trí liên kết. Đây là quy trình
tương tự được thực hiện trong phần 17.12.4,
nhưng có thêm yêu cầu là nguyên tử neo và
điểm tương tác tương ứng phải có khả năng
tương thích liên kết. Việc lắp ghép yêu cầu
xác định ba cặp nguyên tử neo/điểm tương
tác phù hợp. Điều này tương ứng với việc
xác định các tam giác dược điển bổ sung
cho điểm neo và vị trí gắn kết.
HÌNH 17.37 Việc lắp ghép dựa trên sự kết
hợp của các tam giác dược điển bổ sung cho
mỏ neo và vị trí liên kết (HBD = chất cho
liên kết hydro; HBA = chất nhận liên kết
hydro).
Do đó, quá trình so sánh được đưa xuống
mức so sánh giữa các tam giác dược điển
của phối tử với các tam giác dược điển có
trong vị trí liên kết. Để xảy ra sự trùng khớp,
hình tam giác của phối tử phải có kích thước
gần giống với hình tam giác ở vị trí liên kết.
Hơn nữa, các góc của hình tam giác phải có
tính tương thích liên kết. Việc lắp ghép bây
giờ được thực hiện sao cho các nguyên tử
neo được phủ các điểm tương tác khớp của
chúng trong vị trí liên kết (Hình 17.38).
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
FIGURE 17.38 Anchor installation (HBD =
hydrogen bond donor; HBA = hydrogen
bond acceptor).
The procedure ensures that the angle
requirements for hydrogen bonding are fine
with respect to the interaction points in the
binding site, but angles with respect to the
anchor atoms now have to be checked. This
is possible as the program builds a set of
interaction points round the anchor atoms
prior to docking. For example, consider the
case where docking matches up an N–H
group on the anchor with a carbonyl group
in the binding site (Fig. 17.39).
FIGURE 17.39 Assessing whether groups
are at the correct distance and orientation
with respect to each other for a good
hydrogen bond interaction.
The docking procedure fits the hydrogen of
the N–H group onto an interaction point
round the carbonyl group, and so the
hydrogen is at the correct orientation and
distance with respect to the oxygen. The
program now checks to see whether the
oxygen is placed on an interaction point
round the hydrogen. If so, the oxygen is at
the correct distance and orientation with
respect to the hydrogen and a good
interaction exists. There will be several
docking solutions for the anchor. These are
‘clustered’and a representative binding
orientation is taken from each cluster. The
remainder of the molecule is than added.
Fragments are attached to the anchor by re-
HÌNH 17.38 Lắp neo (HBD = chất cho liên
kết hydro; HBA = chất nhận liên kết hydro).
Quy trình này đảm bảo rằng các yêu cầu về
góc của liên kết hydro là ổn đối với các
điểm tương tác ở vị trí liên kết, nhưng giờ
đây các góc đối với các nguyên tử neo phải
được kiểm tra. Điều này có thể thực hiện
được khi chương trình xây dựng một tập
hợp các điểm tương tác xung quanh các
nguyên tử neo trước khi lắp ghép. Ví dụ, hãy
xem xét trường hợp việc lắp ghép khớp
nhóm N–H trên mỏ neo với nhóm carbonyl
ở vị trí liên kết (Hình 17.39).
HÌNH 17.39 Đánh giá xem các nhóm có ở
khoảng cách và định hướng chính xác với
nhau hay không để có tương tác liên kết
hydro tốt.
Quy trình lắp ghép hydro của nhóm N–H
vào một điểm tương tác xung quanh nhóm
carbonyl, và do đó hydro ở đúng hướng và
khoảng cách so với oxy. Bây giờ chương
trình sẽ kiểm tra xem liệu oxy có được đặt
trên điểm tương tác xung quanh hydro hay
không. Nếu vậy, oxy ở khoảng cách và
hướng chính xác so với hydro và tồn tại
tương tác tốt. Sẽ có một số giải pháp lắp
ghép cho mỏ neo.
Đây là những 'nhóm' và hướng liên kết đại
diện được lấy từ mỗi cụm. Phần còn lại của
phân tử được thêm vào nhiều hơn. Các
mảnh được gắn vào mỏ neo bằng cách nối
lại các bộ liên kết ở một tập hợp các góc
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
joining the linkers at a discrete set of torsion
angles. One problem associated with the
program is that the anchor has to be chosen
manually and this becomes an issue if one
wants to do the automatic docking of a
series of structures in a database. Another
problem is the vast number of different
pharmacophore triangles that could be
constructed to represent the binding site.
One has to remember that each binding
group has an interaction surface represented
by numerous interaction points and so the
number of triangles that could be built is
enormous. There are ways in which the
docking algorithm can store the equivalent
information in a more efficient manner, but
the details of that are beyond the scope of
this text.
17.12.8.3 The Hammerhead program
The Hammerhead program is another anchor
and grow procedure which was designed to
carry out docking studies on a large number
of compounds. For example, it has been
used to study databases of 10,000–100,000
small molecules in a few days. Probes are
placed into the binding site in order to
identify the optimum locations for particular
binding interactions (Fig. 17.40). The probes
used are hydrogen atoms, as well as C=O
and N–H fragments. Each of the probes can
be scored as high-or low-scoring based on
the number of hydrogen bonds it can form
or on favourable hydrophobic ring face
contacts. Once the probes have been
positioned, they act as the targets for the
docking procedure. The same kind of
matching operations described previously
are carried out to match atoms of a
molecular fragment with probes, and there is
a requirement that docking must involve at
least one of the high-scoring probes. Both
steric and chemical complementarity is used
in the matching process and, once the
matches have been identified, the docking
operation is carried out.
xoắn riêng biệt. Một vấn đề liên quan đến
chương trình là điểm neo phải được chọn
theo cách thủ công và điều này sẽ trở thành
một vấn đề nếu người ta muốn thực hiện
việc ghép nối tự động một loạt cấu trúc
trong cơ sở dữ liệu. Một vấn đề khác là có
rất nhiều tam giác dược điển khác nhau có
thể được xây dựng để thể hiện vùng liên kết.
Người ta phải nhớ rằng mỗi nhóm liên kết
có một bề mặt tương tác được biểu thị bằng
nhiều điểm tương tác và do đó số lượng hình
tam giác có thể được tạo ra là rất lớn. Có
nhiều cách mà thuật toán gắn đế có thể lưu
trữ thông tin tương đương theo cách hiệu
quả hơn, nhưng chi tiết về điều đó nằm
ngoài phạm vi của văn bản này.
17.12.8.3 Chương trình Hammerhead
Chương trình Hammerhead là một quy trình
mỏ neo và phát triển khác được thiết kế để
thực hiện các nghiên cứu lắp ghép trên một
số lượng lớn các hợp chất. Ví dụ, nó đã
được sử dụng để nghiên cứu cơ sở dữ liệu
của 10.000–100.000 phân tử nhỏ trong vài
ngày. Đầu dò được đặt vào vùng liên kết để
xác định vị trí tối ưu cho các tương tác liên
kết cụ thể (Hình 17.40). Các đầu dò được sử
dụng là các nguyên tử hydro, cũng như các
mảnh C=O và N–H. Mỗi đầu dò có thể được
cho là đạt điểm cao hoặc thấp dựa trên số
lượng liên kết hydro mà nó có thể hình
thành hoặc trên các tiếp xúc mặt vòng kỵ
nước thuận lợi. Khi các đầu dò đã được định
vị, chúng sẽ đóng vai trò là mục tiêu cho
quy trình lắp ghép. Loại hoạt động so khớp
tương tự được mô tả trước đây được thực
hiện để ghép các nguyên tử của mảnh phân
tử với các đầu dò và có một yêu cầu là việc
lắp ghép phải có ít nhất một trong các đầu
dò đạt điểm cao. Cả sự bổ sung không gian
và hóa học đều được sử dụng trong quá trình
đối sánh và khi các kết quả trùng khớp đã
được xác định, hoạt động lắp ghép sẽ được
thực hiện.
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
Hình 17.40. Định vị đầu dò vào vùng liên
kết để xác định tương tác liên kết

Đối với phối tử, nó được chia thành các

mảnh khác nhau, mỗi mảnh sẽ có một số
lượng liên kết có khả năng xoay được giới
hạn. Tất cả các mảnh được hình thành đều
chứa nguyên tử hoặc liên kết được chia sẻ
với,mảnh khác (Hình 17.41).

As far as the ligand is concerned, it is split

into different fragments, each of which will
have a limited number of rotatable bonds.
All the fragments that are formed contain an
atom or bond that is shared with another
fragment (Fig. 17.41).

Hình 17.42 Hợp nhất các mảnh bằng liên kết

chung

Hình 17.43 Hợp nhất các mảnh bằng nguyên

tử chung

Phương pháp này có ưu điểm vượt trội hơn

so với các thủ tục chọn thủ công một neo
duy nhất. Các điểm neo được chọn tự động
mà không có bất kỳ sự thiên vị nào từ bộ
máy vận hành. Hơn nữa, có thể có một số
mỏ neo khác nhau, tất cả đều có thể được
nghiên cứu. Điều này rất quan trọng vì mỏ
This method has advantages over procedures neo đạt điểm liên kết cao nhất không nhất
that manually choose a single anchor. thiết tạo ra chế độ lắp ghép tốt nhất cho phối
Anchors are chosen automatically without tử cuối cùng.
any bias from the operator. Moreover,
several different anchors are possible, all of 17.12.9 Lắp ghép các phối tử linh hoạt: mô
which can be investigated. This is important phỏng quá trình ủ và thuật toán di truyền
as the anchor with the highest binding score Một số chương trình lắp ghép sử dụng thuật
does not necessarily produce the best toán mô phỏng hoặc thuật toán di truyền kết
docking mode for the final ligand. hợp tìm kiếm hình dạng như một phần của
quá trình lắp ghép. Những phương pháp này
khả thi cho việc ghép các phối tử linh hoạt,
17.12.9 Docking of flexible ligands: nhưng so với các phương pháp trước đây,
simulated annealing and genetic algorithms chúng chậm hơn và đắt hơn về mặt tính
A number of docking programs use toán. Phương pháp Metropolis (hoặc mô
simulated annealing or genetic algorithms phỏng quá trình ủ) liên quan đến việc sử
which incorporate a conformational search dụng thuật toán Monte Carlo và được mô tả
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
as part of the docking process. These
methods are viable for the docking of
flexible ligands, but, compared with
previous methods, they are slower and
computationally more expensive. The
Metropolis method (or simulated annealing)
involves the use of Monte Carlo algorithms
and was described in section 17.8.4 as a
method of conformational analysis. The
same principles are involved in docking
studies. The intact ligand is placed randomly
in the space close to the binding site. Monte
Carlo algorithms are then used to generate
different conformations, as described in
section 17.8.4, but the whole molecule is
also translated and rotated such that it
‘tumbles’ within the binding site. Different
conformations are therefore generated at
different positions and orientations within
the binding site. The binding energy of each
structure is measured as it is formed and
compared with the previous structure.
Simulated annealing is carried out in order
to identify the best binding modes. The
principles of simulated annealing were
explained in section 17.8.4 and hold true
here—the only difference being that it is the
binding energy of different binding modes
which is measured, rather than the steric
energy of different conformations. One of
the reasons that the procedure is slower and
more computationally expensive is the need
to measure binding energies for each
structure and binding mode as it is formed.
This can be speeded up by using ‘look-up
tables’, which are prepared initially by the
grid and probe method (section 17.7.5). A
variety of docking programs use Monte
Carlo algorithms for docking, including
AutoDock, MCDOCK, Prodock, and PRO-
LEADS. A disadvantage of this approach is
that the quality of results often depends on
how the initial structure is placed in the
binding site. Some research groups have
used a combination of programs to address
this problem. For example, DOCK can be
used to identify binding modes for a specific
ligand conformation based on a rigid fit and
steric complementarity. Each of the binding
modes identified can then be used as the
starting structure for a Monte Carlo-based
docking program which generates different
trong phần 17.8.4 như một phương pháp
phân tích hình dạng. Các nguyên tắc tương
tự có liên quan đến nghiên cứu lắp ghép.
Phối tử nguyên vẹn được đặt ngẫu nhiên
trong không gian gần với vùng liên kết. Sau
đó, thuật toán Monte Carlo được sử dụng để
tạo ra các dạng phù hợp khác nhau, như
được mô tả trong phần 17.8.4, nhưng toàn
bộ phân tử cũng được dịch chuyển và xoay
sao cho nó 'nhào lộn' trong vùng liên kết. Do
đó, các cấu hình khác nhau được tạo ra ở các
vị trí và hướng khác nhau trong vùng liên
kết. Năng lượng liên kết của mỗi cấu trúc
được đo khi nó được hình thành và so sánh
với cấu trúc trước đó. Quá trình mô phỏng ủ
được thực hiện để xác định các chế độ liên
kết tốt nhất. Các nguyên tắc ủ mô phỏng đã
được giải thích trong phần 17.8.4 và đúng ở
đây—sự khác biệt duy nhất là năng lượng
liên kết của các chế độ liên kết khác nhau
được đo, chứ không phải năng lượng không
gian của các dạng phù hợp khác nhau. Một
trong những lý do khiến quy trình này chậm
hơn và tốn kém hơn về mặt tính toán là do
nhu cầu đo năng lượng liên kết cho từng cấu
trúc và chế độ liên kết khi nó được hình
thành. Điều này có thể được tăng tốc bằng
cách sử dụng 'bảng tra cứu', được chuẩn bị
ban đầu bằng phương pháp lưới và thăm dò
(phần 17.7.5). Nhiều chương trình lắp ghép
khác nhau sử dụng thuật toán Monte Carlo
để lắp ghép, bao gồm AutoDock,
MCDOCK, Prodock và PRO-LEADS.
Nhược điểm của phương pháp này là chất
lượng của kết quả thường phụ thuộc vào
cách đặt cấu trúc ban đầu vào vùng liên kết.
Một số nhóm nghiên cứu đã sử dụng kết hợp
các chương trình để giải quyết vấn đề này.
Ví dụ: DOCK có thể được sử dụng để xác
định các chế độ liên kết cho một cấu hình
phối tử cụ thể dựa trên cấu hình cứng chắc
và tính bổ sung không gian. Sau đó, mỗi chế
độ liên kết được xác định có thể được sử
dụng làm cấu trúc khởi đầu cho chương
trình lắp ghép tại Monte Carlo, chương trình
này tạo ra các cấu hình và định hướng khác
nhau trong khu vực đó của vùng liên kết.
Các chương trình sử dụng thuật toán tiến
hóa và di truyền cũng đã được sử dụng trong
các nghiên cứu lắp ghép. Nguyên tắc của
các chương trình này đã được mô tả trước
đó trong phần 17.8.4 như một phương pháp
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
conformations and orientations in that area
of the binding site. Programs using
evolutionary and genetic algorithms have
also been used in docking studies. The
principles of these programs were described
earlier in section 17.8.4 as a method of
generating different conformations. The
same principles hold for docking. However,
chromosomes are set up which not only
determine the conformation of a molecule,
but also its position and orientation within
the binding site. Mutations and cross-over
procedures change the molecule’s
conformation and orientation through
translation and/or rotation of the whole
molecule. Selection of the best docking
modes is based on how well each molecule
interacts with the binding site. Examples of
programs that use genetic algorithms include
AutoDock, GOLD, and later versions of
DOCK.
17.13 Automated screening of databases
for lead compounds
The automated docking procedures
described in section 17.12.2 can be used to
screen a variety of different 3D structures to
see whether they fi t the binding site of a
particular target (electronic screening or
database mining). This is useful for a
pharmaceutical company wishing to screen
its own or other chemical stocks (libraries)
for suitable lead compounds. Screening of
databases can also be done purely by
searching for suitable pharmacophores. The
process is speeded up by a quick filter which
eliminates any structure that does not
contain the necessary binding centres. The
operator has the ability to vary the
tolerances involved in the search in order to được cấu trúc của protein mục tiêu và vùng
find pharmacophores which nearly match
the desired pharmacophores.
17.14 Protein mapping
Drug design is made easier if the structure
of the target protein and its binding site are như thế này, protein mô hình và vùng gắn
known. The best way of obtaining this
information is from X-ray crystallography of thiết kế thuốc.
protein crystals, preferably with a ligand
tạo ra các cấu khác nhau. Các nguyên tắc
tương tự cũng áp dụng cho việc lắp ghép.
Tuy nhiên, nhiễm sắc thể được thiết lập
không chỉ xác định cấu trúc của phân tử mà
còn cả vị trí và hướng của nó trong vùng
liên kết. Các đột biến và quá trình trao đổi
chéo làm thay đổi cấu hình và định hướng
của phân tử thông qua sự dịch mã và/hoặc
chuyển động quay của toàn bộ phân tử. Việc
lựa chọn các chế độ lắp ghép tốt nhất dựa
trên mức độ tương tác của từng phân tử với
vùng liên kết. Ví dụ về các chương trình sử
dụng thuật toán di truyền bao gồm
AutoDock, GOLD và các phiên bản DOCK
mới hơn.
17.13 Tự động sàng lọc cơ sở dữ liệu về
các hợp chất chì
Quy trình lắp ghép tự động được mô tả trong
phần 17.12.2 có thể được sử dụng để sàng
lọc nhiều cấu trúc 3D khác nhau để xem liệu
chúng có phù hợp với vùng liên kết của một
mục tiêu cụ thể hay không (sàng lọc điện tử
hoặc khai thác cơ sở dữ liệu). Điều này rất
hữu ích cho một công ty dược phẩm muốn
sàng lọc kho hóa chất (thư viện) của chính
họ hoặc của công ty khác để tìm hợp chất
chì phù hợp. Việc sàng lọc cơ sở dữ liệu
cũng có thể được thực hiện hoàn toàn bằng
cách tìm kiếm dược điển phù hợp. Quá trình
này được tăng tốc nhờ bộ lọc nhanh giúp
loại bỏ bất kỳ cấu trúc nào không chứa các
trung tâm liên kết cần thiết. Người vận hành
có khả năng thay đổi dung sai liên quan đến
việc tìm kiếm để tìm ra các dược chất gần
giống với dược điển mong muốn.
17.14 Bản đồ protein
Việc thiết kế thuốc sẽ dễ dàng hơn nếu biết
gắn kết của nó. Cách tốt nhất để thu được
thông tin này là từ tinh thể học tia X của tinh
thể protein, tốt nhất là có phối tử liên kết với
vùng liên kết. Thật không may, không phải
tất cả các protein đều dễ dàng kết tinh (ví
dụ: màng protein). Trong những trường hợp
kết có thể được xây dựng để hỗ trợ quá trình
17.14.1 Tạo dựng protein mẫu: mô hình
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
bound to the binding site. Unfortunately, not
all proteins are easily crystallized (e.g.
membrane proteins). In cases like these,
model proteins and binding sites may be
constructed to aid the drug design process.
17.14.1 Constructing a model protein:
homology modelling.
A model of a protein can be created using
molecular modelling if the primary amino
acid sequence is known and the X-ray
structure of a related protein has been
determined. Of historical interest in this
respect is the protein bacteriorhodopsin,
which has been crystallized and its structure
determined by X-ray crystallography (Fig.
17.44).
Bacteriorhodopsin is structurally similar to
G-protein-coupled receptors which contain
seven transmembrane helices (section 4.7).
Many of the important receptors in
medicinal chemistry belong to this family of
proteins and so the structure of
bacteriorhodopsin was used as a template to
construct what is termed as homology
models of these membrane-bound receptors.
By identifying the primary amino acid
sequence of the target receptor and looking
for suitable stretches of hydrophobic amino
tương đồng.
Một mô hình protein có thể được tạo ra bằng
cách lập mô hình phân tử khi biết trình tự
axit amin chính và cấu trúc tia X của một
protein liên quan đã được xác định. Mối
quan tâm bấy lâu nay về mặt này là protein
bacteriorhodopsin đã được kết tinh và cấu
trúc của nó được xác định bằng phương
pháp tinh thể học tia X (Hình 17.44).
Hình 17.44 Bacteriorhodopsin có viền võng
mạc.
Bacteriorhodopsin có cấu trúc tương tự
tới các thụ thể bắt cặp với G-protein chứa
bảy xoắn ốc xuyên màng (phần 4.7). Nhiều
thụ thể quan trọng trong hóa dược thuộc họ
protein này và do đó cấu trúc của
bacteriorhodopsin được sử dụng làm khuôn
mẫu để xây dựng cái được gọi là mô hình
tương đồng của các thụ thể gắn màng này.
Bằng cách xác định trình tự axit amin chính
của thụ thể đích và tìm kiếm các đoạn axit
amin kỵ nước thích hợp, có thể xác định
được bảy chuỗi xoắn xuyên màng và sau đó
sử dụng bacteriorhodopsin làm khuôn để
xây dựng các chuỗi xoắn trong cơ thể. vị trí
tương tự so với nhau.
Sau đó, các vòng liên kết có thể được mô
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
acids, it is possible to identify the seven hình hóa để tạo ra cấu trúc 3D tổng thể. Tuy
transmembrane helices, and then to use nhiên, bacteriorhodopsin không phải là thụ
bacteriorhodopsin as a template in order to thể kết hợp với G-protein và do đó nó không
construct the helices in a similar position phải là khuôn mẫu lý tưởng để xây dựng các
relative to each other. thụ thể mẫu này. Năm 2000, cấu trúc tinh
thể của rhodopsin thụ thể từ bò đã được xác
The linking loops can then be modelled in to định thành công bằng phương pháp tinh thể
give the total 3D structure. Unfortunately, học tia X. Đây là một thụ thể kết hợp với G-
bacteriorhodopsin is not a G-protein coupled protein và cung cấp một khuôn mẫu tốt hơn
receptor and so it is not the ideal template để xây dựng các mô hình thụ thể chính xác
for constructing these model receptors. In hơn. Gần đây hơn, vào năm 2007, thụ thể β2
2000, the crystal structure of the bovine –adrenoceptor ở người được kết tinh trong
receptor rhodopsin was successfully môi trường lipid với chất chủ vận nghịch
determined by X-ray crystallography. This is đảo liên kết với vị trí gắn kết. Một mảnh
a G-protein-coupled receptor and provides a kháng thể được liên kết với một trong các
better template for the construction of more vòng nội bào để ổn định cấu trúc. Cấu trúc
accurate receptor models. More recently, in tinh thể tia X cho thấy cấu trúc của các vòng
2007, human β2 –adrenoceptor was xoắn xuyên màng và các vùng nội bào,
crystallized in a lipid environment with an nhưng cấu trúc của các vùng ngoại bào và vị
inverse agonist bound to the binding site. An trí liên kết phối tử vẫn chưa được xác định
antibody fragment was bound to one of the đầy đủ.
intracellular loops in order to stabilize the
structure. The X-ray crystal structure Nếu một loại protein mới được phát hiện thì
revealed the structure of the transmembrane vai trò cơ bản của nó cấu trúc đầu tiên được
helices and the intracellular regions, but the xác định. Phần mềm phù hợp được sử dụng
structure of the extracellular regions and the để so sánh trình tự chính của nó với trình tự
ligand binding site are still to be fully chính của các protein khác để tìm ra một
determined. cách chặt chẽ protein liên quan. Điều này
liên quan đến việc so sánh trình tự đối với
If a new protein has been discovered, its các axit amin được giữ lại, kỵ nước vùng và
primary structure is first determined. cấu trúc thứ cấp. Sau khi xác định được
Suitable software is then used to compare its protein tham chiếu có cấu trúc tương tự, nó
primary sequence with the primary sẽ được sử dụng làm khuôn mẫu để xây
sequences of other proteins in order to find a dựng xương sống peptide của protein mới.
closely related protein. This involves Trước hết, các vùng giống nhau về cả
comparing the sequences with respect to protein mới và protein mẫu cần được xác
conserved amino acids, hydrophobic regions định. Xương sống của protein mới được xây
and secondary structure. Once a reference dựng để phù hợp với vùng tương ứng trong
protein of similar structure has been protein mẫu. Điều này bỏ lại các vùng kết
identified, it is used as a template in order to nối có cấu trúc không thể được xác định từ
build the peptide backbone of the new mẫu.
protein. First of all, regions which are
similar in both the new protein and the
template protein are identified. The Cấu hình thích hợp cho các trình tự xen kẽ
backbone for the new protein is constructed này có thể được tìm thấy bằng cách tìm
to match the corresponding region in the kiếm cơ sở dữ liệu protein để tìm trình tự
template protein. This leaves connecting tương tự ở protein khác. Ngoài ra, một vòng
regions whose structure cannot be lặp có thể được tạo ra để kết nối hai vùng đã
determined from the template. biết.

A suitable conformation for these Khi khung chính đã được xây dựng xong,
intervening sequences might be found by các chuỗi phụ sẽ được thêm vào theo những
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
searching the protein databases for a similar hình dạng thuận lợi về mặt năng lượng. Việc
sequence in another protein. Alternatively, a giảm thiểu năng lượng được thực hiện và
loop may be generated to connect two cấu trúc được tinh chỉnh bằng động lực phân
known regions. tử trong trường hợp có và không có mặt
phối tử. Sau khi mô hình được xây dựng, nó
Once the backbone has been constructed, the sẽ được thử nghiệm bằng thực nghiệm. Ví
side chains are added in energetically dụ, mô hình sẽ chỉ ra rằng một số axit amin
favourable conformations. Energy nhất định có thể quan trọng ở vị trí gắn kết.
minimization is carried out and the structure Sau đó, chúng có thể được biến đổi để xem
is refined with molecular dynamics in the liệu điều này có ảnh hưởng đến liên kết phối
absence and presence of ligand. Once the tử hay không.
model has been constructed, it is tested
experimentally. For example, the model Những nghiên cứu như thế này đã xác định
would indicate that certain amino acids được các axit amin rất quan trọng trong việc
might be important in the binding site. These liên kết các chất dẫn truyền thần kinh trong
could then be mutated to see if this has an một phạm vi của các thụ thể kết hợp G-
effect on ligand binding. protein (Hình 17.45)

Studies such as these have identified amino

acids which are important in binding
neurotransmitters in a range of G-protein-
coupled receptors (Fig. 17.45)

Hình 17.45 Các axit amin quan trọng ở các

vị trí liên kết khác nhau (việc đánh số cho
biết vị trí của từng axit amin trên bảy vòng
xoắn có thể có của một thụ thể kết hợp với
G-protein, ví dụ: 311 chỉ vị trí 11 trên chuỗi
xoắn 3).

Nghiên cứu này cho thấy những điểm tương

This study shows interesting similarities and
differences between the four receptors
studied. For example, all four binding sites
interact with ligands having a charged
nitrogen group, and contain a hydrophobic
pocket lined with aromatic residues to
receive it. There are several conserved
aromatic residues in this pocket at positions
311 is also present in all cases and is capable
of forming an ionic interaction with the
charged nitrogen on the ligand.
đồng và khác biệt thú vị giữa bốn thụ thể
được nghiên cứu. Ví dụ, tất cả bốn vị trí liên
kết đều tương tác với các phối tử có nhóm
nitơ tích điện và chứa một túi kỵ nước được
lót bằng các gốc thơm để nhận nó. Có một
số dư lượng thơm được bảo tồn trong túi này
ở vị trí 311 cũng có mặt trong mọi trường
hợp và có khả năng hình thành tương tác ion
với nitơ tích điện trên phối tử.
Ngoài ra còn có sự khác biệt đáng kể giữa
các vị trí liên kết dẫn đến độ chọn lọc phối
tử khác nhau. Ví dụ, các axit amin ở vị trí
505 và 508 trong thụ thể catecholamine là
serine, trong khi các axit amin tương ứng
trong các thụ thể cholinergic là alanine. Axit
amin ở vị trí 617 trong thụ thể
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
There are also significant differences
between the binding sites which account for
the different ligand selectivities. For
example, the amino acids at positions 505
and 508 in the catecholamine receptors are
serine, whereas the corresponding amino
acids in the cholinergic receptors are
alanine. The amino acid at position 617 in
the catecholamine receptors is
phenylalanine, which allows an interaction
with the aromatic portion of the
catecholamines, whereas in the cholinergic
receptor this amino acid is asparagine,
which allows a hydrogen bonding
interaction with the ester group of
acetylcholine.
17.14.2 Constructing a binding site:
hypothetical pseudoreceptors
Rather than construct a complete model
protein, it is possible to use molecular
modelling to design a model binding site
based on the structures of the compounds
which bind to it. In order to do this
effectively, a range of structurally different
compounds with a range of activities is
chosen. The active conformations are
identified as far as possible and a 3D
pharmacophore is identified as described
previously. The molecules are then aligned
with each other such that their
pharmacophores are matched. Each
molecule is then placed in a potential energy
grid and different probes are placed at each
grid point in turn to measure interaction
energies between the molecule and the probe
atom (see section 17.7.5). An aromatic CH
probe is used to measure hydrophobic
interactions, and an aliphatic OH probe is
used to measure polar interactions. The
interactions are then displayed by isoenergy
contours (typically −6.0 kJ mol −1 for
hydrophobic interactions and −17.0 kJ mol
−1 for polar interactions).
The molecules in the study can then be
compared to identify common fields. Once
these have been identified, suitable amino
acids can be positioned to allow the required
interaction. For example, an aspartate
residue could be used to allow an ionic
interaction, and amino acids such as
phenylalanine, tryptophan, isoleucine,
catecholamine là phenylalanine, cho phép
tương tác với phần thơm của catecholamine,
trong khi ở thụ thể cholinergic, axit amin
này là asparagine, cho phép tương tác liên
kết hydro với nhóm este của acetylcholine.
17.14.2 Xây dựng vùng liên kết: giả thụ thể
Thay vì xây dựng một protein mô hình hoàn
chỉnh, có thể sử dụng tạo hình phân tử để
thiết kế vị trí liên kết mô hình dựa trên cấu
trúc của các hợp chất liên kết với nó. Để
thực hiện điều này một cách hiệu quả, một
loạt các hợp chất có cấu trúc khác nhau với
nhiều hoạt động khác nhau sẽ được chọn.
Cấu hình hoạt động được xác định càng
nhiều càng tốt và dược điển 3D được xác
định như được mô tả trước đây. Sau đó, các
phân tử được liên kết với nhau sao cho dược
điển của chúng khớp với nhau. Sau đó, mỗi
phân tử được đặt trong một lưới năng lượng
tiềm năng và các đầu dò khác nhau lần lượt
được đặt tại mỗi điểm lưới để đo năng lượng
tương tác giữa phân tử và nguyên tử thăm
dò (xem phần 17.7.5). Đầu dò CH thơm
được sử dụng để đo tương tác kỵ nước và
đầu dò OH béo được sử dụng để đo tương
tác phân cực. Sau đó, các tương tác này
được hiển thị bằng các đường đẳng năng
(thường là −6,0 kJ mol −1 đối với tương tác
kỵ nước và −17,0 kJ mol −1 đối với tương
tác phân cực).
Các phân tử trong nghiên cứu sau đó có thể
được so sánh với xác định các trường chung
Một khi những điều này đã được xác định,
các axit amin thích hợp có thể được định vị
để cho phép tương tác cần thiết. Ví dụ, gốc
aspartate có thể được sử dụng để cho phép
tương tác ion và các axit amin như
phenylalanine, tryptophan, isoleucine,
leucine hoặc valine có thể được sử dụng cho
tương tác kỵ nước (xem thêm Hộp 17.5).
HỘP 17.5 Xây dựng bản đồ thụ thể
Một loạt các cấu trúc, bao gồm altanserin
và ketanserin, được sử dụng để xây dựng vị
trí liên kết với thụ thể mẫu cho thụ thể 5-HT
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
leucine, or valine could be used for a
hydrophobic interaction (see also Box 17.5).
BOX 17.5 Constructing a receptor map.
A range of structures, including altanserin
and ketanserin, were used to construct a
model receptor binding site for the 5-HT 2a
receptor. Taking ketanserin as the
representative structure for these
compounds, various potential hydrogen
bonding, ionic bonding, and hydrophobic
bonding interactions were identified.
Structure–activity relationships (SAR) were
then used to identify whether any of these
proposed interactions were important or not.
In this case, SAR indicated that the two
carbonyl groups were not important, and so
the hydrogen bonding regions derived from
these groups probably do not exist in the
receptor binding site. Suitable amino acids
can now be placed in the relevant positions.
The choice of which amino acids should be
used is helped by knowing the amino acid
sequence of the target protein, along with
the structure of a comparable protein. The 5-
HT 2a receptor belongs to a superfamily of
proteins that includes bacteriorhodopsin,
whose structure is known. Allying this
information with the primary amino acid
sequence of the receptor led to the choice of
amino acids shown in Fig. 1.
Once built, known compounds can be
docked to the model receptor binding site,
the complex minimized, and binding
energies calculated. These can then be
compared with experimental binding
affinities to see how well the model agrees
with experiment. If the results make sense,
the model can then be used for the design
and synthesis of new agents.
The procedures described above are an
example of a process known as 3D QSAR,
which is described in section 18.10.
Examples of specific software programs that
generate hypothetical pseudoreceptors are
given in section 18.10.5.
2a. Lấy ketanserin làm cấu trúc đại diện cho
các hợp chất này, các tương tác liên kết
hydro, liên kết ion và liên kết kỵ nước tiềm
năng khác nhau đã được xác định. Sau đó,
mối quan hệ cấu trúc-hoạt động (SAR) được
sử dụng để xác định xem liệu bất kỳ tương
tác nào được đề xuất này có quan trọng hay
không. Trong trường hợp này, SAR chỉ ra
rằng hai nhóm carbonyl không quan trọng
và do đó các vùng liên kết hydro có nguồn
gốc từ các nhóm này có thể không tồn tại ở
vị trí liên kết với thụ thể. Các axit amin
thích hợp bây giờ có thể được đặt ở các vị trí
thích hợp. Việc lựa chọn nên sử dụng axit
amin nào sẽ được hỗ trợ bằng cách biết trình
tự axit amin của protein mục tiêu, cùng với
cấu trúc của protein có thể so sánh được.
Thụ thể 5-HT 2a thuộc về một siêu họ
protein bao gồm bacteriorhodopsin, có cấu
trúc đã được biết đến. Việc liên kết thông tin
này với trình tự axit amin chính của thụ thể
dẫn đến việc lựa chọn các axit amin như
trong Hình 1.
Sau khi được tạo ra, các hợp chất đã biết có
thể được gắn vào vị trí liên kết với thụ thể
mô hình, ít phức tạp, và năng lượng liên kết
được tính toán. Sau đó, những điều này có
thể được so sánh với các mối quan hệ ràng
buộc thử nghiệm để xem mô hình phù hợp
với thử nghiệm đến mức nào. Nếu kết quả
có ý nghĩa thì mô hình này có thể được sử
dụng để thiết kế và tổng hợp các tác nhân
mới.
Các quy trình được mô tả ở trên là ví dụ về
quy trình được gọi là QSAR 3D, được mô tả
trong phần 18.10. Ví dụ về các chương trình
phần mềm cụ thể tạo ra các thụ thể giả giả
định được đưa ra trong phần 18.10.5.
NHỮNG ĐIỂM CHÍNH
• Cấu trúc hoạt động và dược động học của
một phân tử có thể được xác định từ cấu trúc
tia X của phức hợp giữa nó và protein mục
tiêu. Ngoài ra, cấu trúc hoạt động và dược
động học có thể được xác định từ cấu trúc
năng động, cứng nhắc. Nếu không có sẵn
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
KEY POINTS
• The active conformation and
pharmacophore of a molecule can be
identified from the X-ray structure of a
complex between it and its target protein.
Alternatively, the active conformation and
pharmacophore can be identified from an
active, rigid structure. If no such rigid
structures are available, the various
conformations of different active
compounds can be compared to identify
areas of space occupied by binding groups
which are shared by all the active structures.
• Docking involves the fitting of a molecule
into a binding site. Docking can be carried
out on the basis of steric complementarity
and/or chemical complementarity.
• Docking is most easily carried out with a
rigid ligand and a rigid binding site. It is
also possible to carry out docking with a
flexible ligand and a rigid binding site.
• The docking of flexible ligands involves
programs that use a fragmentation approach
followed by the docking of a rigid anchor
and reconstruction of the ligand.
Alternatively, simulated annealing or
genetic/evolutionary algorithms can be used
to generate different conformations during
the docking process.
• Electronic screening or database mining
involves the search of structural databases
to identify structures containing a particular
pharmacophore
• The binding sites of a target protein can be
constructed by molecular modelling based
on the X-ray structure of a protein–ligand
complex. Alternatively, a model binding site
can be constructed based on the primary
sequence of the protein and a structural
comparison of known analogous proteins.
Another method is to compare a range of
active compounds to identify where
particular amino acids are likely to be, in
order to allow an interaction.
các cấu trúc cứng như vậy thì có thể so sánh
các dạng phù hợp khác nhau của các hợp
chất hoạt động khác nhau để xác định các
vùng không gian bị chiếm giữ bởi các nhóm
liên kết được chia sẻ bởi tất cả các cấu trúc
hoạt động.
• Việc lắp ghép liên quan đến việc gắn một
phân tử vào vị trí liên kết. Việc lắp ghép có
thể được thực hiện trên cơ sở bổ sung không
gian và/hoặc bổ sung hóa học.
• Việc lắp ghép được thực hiện dễ dàng nhất
với phối tử cứng và vị trí liên kết cứng.
Cũng có thể thực hiện việc lắp ghép với
phối tử linh hoạt và vị trí liên kết cứng.
• Việc lắp ghép các phối tử linh hoạt bao
gồm các chương trình sử dụng phương pháp
phân mảnh, sau đó là lắp ghép một mỏ neo
cứng và tái cấu trúc phối tử. Ngoài ra, các
thuật toán mô phỏng ủ hoặc di truyền/tiến
hóa có thể được sử dụng để tạo ra các sự
phù hợp khác nhau trong quá trình lắp ghép.
• Sàng lọc điện tử hoặc khai thác cơ sở dữ
liệu liên quan đến việc tìm kiếm cơ sở dữ
liệu cấu trúc để xác định các cấu trúc có
chứa dược điển cụ thể.
• Các vị trí liên kết của protein mục tiêu có
thể được xây dựng bằng mô hình phân tử
dựa trên cấu trúc tia X của phức hợp
protein-phối tử. Ngoài ra, vị trí liên kết mô
hình có thể được xây dựng dựa trên trình tự
chính của protein và sự so sánh cấu trúc của
các protein tương tự đã biết. Một phương
pháp khác là so sánh một loạt các hợp chất
hoạt động để xác định vị trí của các axit
amin cụ thể, để cho phép có tương tác.
17.15 Thiết kế thuốc de novo (mới)
17.15.1 Các nguyên tắc chung của thiết kế
thuốc de novo
Thiết kế thuốc De novo bao gồm việc thiết
kế các cấu trúc mới dựa trên cấu trúc của
vùng liên kết mà chúng dự định tương tác.
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
17.15 De novo drug design Cấu trúc của vùng liên kết có thể được xác
định từ nghiên cứu tinh thể học tia X của
17.15.1 General principles of de novo drug protein đích có chứa phối tử liên kết hoặc
design chất ức chế. Vị trí của phối tử xác định vùng
De novo drug design involves the design of liên kết trong protein và cũng xác định bất
novel structures based on the structure of the kỳ khớp cảm ứng nào có thể xảy ra do nó
binding site with which they are meant to liên kết.
interact. The structure of the binding site can
be identified from an X-ray
crystallographic study of the target protein Sau khi cấu trúc của phức hợp protein-phối
containing a bound ligand or inhibitor. The tử đã được tải xuống máy tính, phối tử có
position of the ligand identifies where the thể được loại bỏ để để lại vùng liên kết trống
binding site is in the protein and also và quá trình thiết kế thuốc de novo có thể
identifies any induced fit that might have diễn ra. Bằng cách xác định các axit amin có
occurred as a result of it binding. mặt ở vùng liên kết, có thể xác định được
các tương tác liên kết có thể xảy ra bên
Once the structure of the protein–ligand trong vùng liên kết. Sau đó, một cấu trúc có
complex has been downloaded onto a thể được thiết kế có kích thước và hình dạng
computer, the ligand can be removed to chính xác để phù hợp với không gian sẵn có
leave the empty binding site, and de novo và cũng sẽ có các nhóm chức cần thiết để
drug design can then take place. By tương tác với các vùng liên kết. Người vận
identifying the amino acids that are present hành có thể thực hiện từng thao tác này một
in the binding site, it is possible to identify cách thủ công. Ngoài ra, có một số gói phần
the binding interactions that are possible mềm sẽ thực hiện quy trình này một cách tự
within the site. A structure can then be động.
designed which will have the correct size
and shape to fit the space available, and will
also have the required functional groups to Nghiên cứu thủ công cho phép người vận
interact with the binding regions. The hành có toàn quyền kiểm soát nghiên cứu và
operator can carry out each of these đưa ra ý tưởng của riêng họ khi nào họ
operations manually. Alternatively, there are muốn. Những nghiên cứu như vậy đã thành
several software packages which will carry công trong việc tạo ra các hợp chất hoạt tính
out the process automatically. mới, nhưng chúng cũng gặp phải một số
nhược điểm. Ví dụ, tính mới của các cấu
Manual studies allow operators to have full trúc thu được chắc chắn bị giới hạn ở trí
control over the study and to input their own tưởng tượng và tính độc đáo của chính
ideas as and when they wish. Such studies người vận hành. Nghiêm trọng hơn, thiết kế
have been successful in producing novel thủ công diễn ra chậm và thực sự bị giới hạn
active compounds, but they do suffer several trong việc xác định một cấu trúc mới duy
disadvantages. For example, the novelty of nhất. Thiết kế tự động nhanh hơn nhiều và
the structures obtained is, inevitably, có thể tạo ra số lượng lớn các cấu trúc đa
limited to the operator’s own imagination dạng trong một khoảng thời gian ngắn.
and originality. More seriously, manual Công việc ban đầu về thiết kế thuốc de novo
design is slow and it is really limited to the được thực hiện thủ công và ví dụ về một
identification of a single novel structure. trong những nghiên cứu này được đưa ra
Automatic design is much faster and can trong Nghiên cứu trường hợp 5. Từ những
produce large numbers of diverse structures nghiên cứu này, một số nguyên tắc chung đã
in a short time period. được xác định liên quan đến thiết kế thuốc
de novo thủ công.
The early work on de novo drug design was Đầu tiên, có thể rất hấp dẫn khi thiết kế một
carried out manually and an example of one phân tử lấp đầy hoàn toàn không gian sẵn có
of these studies is given in Case study 5. ở vùng liên kết. Tuy nhiên, đây sẽ không
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
From these studies, a number of general
principles were identified regarding manual
de novo drug design.
Firstly, it may be tempting to design a
molecule which completely fills the space
that is available in the binding site.
However, this would not be a good idea for
the following reasons:
• normally, the structure of the binding site
is identified from X-ray crystallography of
the target protein. The position of atoms in
the crystal structure is accurate only to 0.2–
0.4 Å;
• it is possible that the designed molecule
may not bind to the binding site exactly as
predicted. If the intended fit is too tight, a
slight alteration in the binding mode may
prevent the molecule binding at all. It would
be better to have a loose-fitting structure in
the first instance and to check whether it
binds as intended. If it does not, the loose fit
gives the molecule a chance to bind in an
alternative fashion;
• it is worth leaving scope for variation and
elaboration of the molecule. This allows fine
turning of the molecule's binding affinity
and pharmacokinetics.
Other important points to take into
consideration in de novo design are the
following:
• flexible molecules are better than rigid
molecules because the former are more
likely to find an alternative binding
conformation should they fail to bind as
expected. This allows modifications to be
carried out based on the actual binding
mode. If a rigid molecule
fails to bind as predicted, it may not bind at
all;
• it is pointless designing molecules which
are difficult or impossible to synthesize;
• similarly, it is pointless designing
molecules which need to adopt an unstable
conformation in order to bind;
• consideration of the energy losses involved
in water desolvation should be taken into
account;
• there may be subtle differences in
structure between receptors and enzymes
from different species. This is significant if
the structure of the binding site used for de
phải là một ý tưởng hay vì những lý do sau:
• thông thường, cấu trúc của vùng liên kết
được xác định từ tinh thể học tia X của
protein đích. Vị trí của các nguyên tử trong
cấu trúc tinh thể chỉ chính xác đến 0,2–0,4
Å;
• có thể phân tử được thiết kế không liên kết
với vùng liên kết chính xác như dự đoán.
Nếu khớp dự kiến quá chặt, một sự thay đổi
nhỏ trong chế độ liên kết có thể ngăn chặn
sự liên kết của phân tử. Sẽ tốt hơn nếu có
một cấu trúc lỏng lẻo trong trường hợp đầu
tiên và kiểm tra xem nó có liên kết như dự
kiến hay không. Nếu không, khớp lỏng lẻo
sẽ tạo cơ hội cho phân tử liên kết theo kiểu
thay thế;
• đáng để dành phạm vi cho sự biến đổi và
hình thành của phân tử. Điều này cho phép
tinh chỉnh ái lực liên kết và dược động học
của phân tử.
Những điểm quan trọng khác cần xem xét
trong thiết kế de novo như sau:
• Các phân tử linh hoạt tốt hơn các phân tử
cứng vì các phân tử linh hoạt có nhiều khả
năng tìm được cấu hình liên kết thay thế hơn
nếu chúng không liên kết như mong đợi.
Điều này cho phép thực hiện sửa đổi dựa
trên chế độ liên kết thực tế. Nếu một phân tử
cứng không liên kết được như dự đoán thì
nó có thể không liên kết gì cả;
• việc thiết kế các phân tử khó hoặc không
thể tổng hợp là vô nghĩa;
• tương tự, việc thiết kế các phân tử cần phải
nhận một cấu hình không ổn định để liên kết
là vô nghĩa;
• cần tính đến tổn thất năng lượng liên quan
đến quá trình phân hủy nước;
• có thể có sự khác biệt tinh vi trong cấu trúc
giữa các thụ thể và enzyme từ các loài khác
nhau. Điều này rất quan trọng nếu cấu trúc
của vùng liên kết được sử dụng cho thiết kế
de novo dựa trên một loại protein không có
nguồn gốc từ con người.
Những nguyên tắc này cũng đúng đối với
thiết kế thuốc de novo tự động và một số
nguyên tắc đặc biệt có vấn đề. Ví dụ, thiết
kế thuốc de novo tự động có xu hướng tạo ra
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
novo design is based on a protein that is not
human in origin.
These principles also hold true for
automated de novo drug design and some
are particularly problematic. For example,
automated de novo drug design is prone to
generating structures which are either
difficult or impossible to synthesize.
Consequently, efforts have been made to
improve the software packages involved,
such that they can identify and filter out
problem structures, or prevent them being
generated in the first place. A second
problem with automated de novo programs
revolves around the scoring functions used
to estimate binding affinities. It would be
useful to rank the generated structures with
respect to their binding strengths, but the
results obtained have often been found to be
unreliable.
Critics of de novo drug design are quick to
point out that no clinically useful drug has
been designed in this manner. This is true,
but it is hard to see how this could be a
realistic expectation. The number and
variety of structures which could be
identified through de novo drug design are
virtually limitless and so the chances of
‘hitting’ the ideal structure are poor.
Moreover, there is far more to drug design
than finding a structure that binds strongly
to its target. De novo drug design does not
identify whether the structures identified
will have favourable pharmacokinetic
properties or acceptable safety profiles. The
real strength in de novo drug design is that it
can stimulate new ideas and identify novel
lead structures which could then be
optimized through structure-based drug
design (see, for example, section 20.7.4.4).
17.15.2 Automated de novo drug design
Several computer software programs have
been written which automatically design
novel structures to fit known binding sites.
The following are some examples.
17.15.2.1 LUDI
One of the best known de novo software
programs is called LUDI, which works by
các cấu trúc khó hoặc không thể tổng hợp
được. Do đó, những nỗ lực đã được thực
hiện để cải thiện các gói phần mềm liên
quan, sao cho chúng có thể xác định và lọc
ra các cấu trúc có vấn đề hoặc ngăn chặn
chúng được tạo ra ngay từ đầu. Vấn đề thứ
hai với các chương trình de novo tự động
xoay quanh các hàm tính điểm được sử dụng
để ước tính ái lực liên kết. Sẽ rất hữu ích
nếu xếp hạng các cấu trúc được tạo ra theo
độ bền liên kết của chúng, nhưng kết quả
thu được thường không đáng tin cậy.
Những người chỉ trích thiết kế thuốc de
novo nhanh chóng chỉ ra rằng chưa có loại
thuốc nào hữu ích về mặt lâm sàng được
thiết kế theo cách này. Điều này đúng,
nhưng thật khó để thấy đây có thể trở thành
một kỳ vọng thực tế như thế nào. Số lượng
và sự đa dạng của các cấu trúc có thể được
xác định thông qua thiết kế thuốc de novo
hầu như vô hạn và do đó cơ hội 'đánh trúng'
cấu trúc lý tưởng là rất ít. Hơn nữa, việc
thiết kế thuốc còn có nhiều điều hơn là tìm
ra một cấu trúc liên kết chặt chẽ với mục
tiêu của nó. Thiết kế thuốc de novo không
chỉ ra liệu các cấu trúc được xác định có đặc
tính dược động học thuận lợi hay mô tả an
toàn có thể chấp nhận được hay không. Sức
mạnh thực sự của thiết kế thuốc de novo là
nó có thể kích thích những ý tưởng mới và
xác định các cấu trúc dẫn đầu mới mà sau đó
có thể được tối ưu hóa thông qua dựa trên
cấu trúc thiết kế thuốc (ví dụ, xem phần
20.7.4.4).
17.15.2 Thiết kế thuốc de novo tự động
Một vài chương trình phần mềm máy tính đã
được viết để tự động thiết kế các cấu trúc
mới phù hợp với các vùng liên kết đã biết.
Sau đây là một số ví dụ.
17.15.2.1 LUDI
Một trong những chương trình phần mềm de
novo nổi tiếng nhất được gọi là LUDI, hoạt
động bằng cách ghép các mảnh phân tử vào
các vùng khác nhau của vùng liên kết, sau
đó liên kết các mảnh lại với nhau (Hình
17.46). Có ba giai đoạn của quá trình này.
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
fitting molecular fragments to different
regions of the binding site, then linking the
fragments together (Fig. 17.46). There are
three stages to the process.
FIGURE 17.46 Stages involved in
automated de novo drug design using LUDI
(H–X = hydrogen bond donor interaction
site; A–Y = hydrogen bond acceptor
interaction site). The dots indicate aromatic
interaction sites.
Stage 1: identification of interaction sites
First of all, the atoms present in the binding
site are analysed to identify those that can
take part in hydrogen bonding interactions,
and those that can take part in van der Waals
interactions. Oxygen atoms and tertiary
nitrogen atoms are identified as hydrogen
bond acceptors. Any hydrogen attached to
oxygen or nitrogen is identified as a
hydrogen bond donor. Aromatic and
aliphatic carbons are identified as such, and
are capable of taking part in van der Waals
interactions.
Interaction sites can then be defined. These
are positions in the binding site that define
where a ligand atom could be placed to
interact with any of the above atoms. For
example, suppose the binding site contains a
methyl group (Fig. 17.47). The program
would identify the carbon of that group as
an aliphatic carbon capable of taking part in
van der Waals interactions. This is a non-
directional interaction, so a sphere is
constructed around the carbon atom with a
radius corresponding to the ideal distance
for such an interaction (4 Å). A number of
points (normally 14) are then placed evenly
over the surface of the sphere to define
aliphatic interaction sites. Regions of the
sphere which overlap or come too close to
the atoms making up the binding site (i.e.
HÌNH 17.46 Các giai đoạn liên quan đến
thiết kế thuốc de novo tự động sử dụng
LUDI (H–X = vùng tương tác cho liên kết
hydro; A–Y = vùng tương tác nhận liên kết
hydro). Các dấu chấm biểu thị các vùng
tương tác thơm.
Giai đoạn 1: Xác định các vị trí tương tác
Trước hết, các nguyên tử có mặt ở vùng liên
kết được phân tích để xác định những
nguyên tử có thể tham gia vào tương tác liên
kết hydro và những nguyên tử có thể tham
gia vào tương tác van der Waals. Các
nguyên tử oxy và nguyên tử nitơ bậc ba
được xác định là chất nhận liên kết hydro.
Bất kỳ hydro nào gắn với oxy hoặc nitơ đều
được xác định là chất cho liên kết hydro.
Các nguyên tử cacbon thơm và béo được
xác định như vậy và có khả năng tham gia
vào các tương tác van der Waals.
Các vùng tương tác sau đó có thể được xác
định. Đây là những vị trí trong vùng liên kết
xác định vị trí có thể đặt nguyên tử phối tử
để tương tác với bất kỳ nguyên tử nào ở
trên. Ví dụ: giả sử vùng liên kết chứa nhóm
metyl (Hình 17.47). Chương trình sẽ xác
định cacbon của nhóm đó là cacbon béo có
khả năng tham gia vào các tương tác van der
Waals. Đây là tương tác không định hướng,
do đó, một quả cầu được tạo ra xung quanh
nguyên tử carbon với bán kính tương ứng
với khoảng cách lý tưởng cho tương tác đó
(4 Å). Sau đó, một số điểm (thường là 14)
được đặt đều trên bề mặt của quả cầu để xác
định các vùng tương tác béo. Các khu vực
của hình cầu chồng lên nhau hoặc đến rất
gần các nguyên tử tạo nên vùng liên kết (tức
là khoảng cách dưới 3Å) đều bị loại bỏ,
cùng với bất kỳ điểm nào trong số 14 điểm
nằm trên phần bề mặt đó. Các điểm còn lại
sau đó được sử dụng làm vùng tương tác
béo. Một quá trình tương tự được thực hiện
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
less than 3 Å separation) are rejected, along
with any of the 14 points that were on that
part of the surface. The remaining points are
then used as the aliphatic interaction sites. A
similar process is involved in identifying
aromatic interaction sites surrounding an
aromatic carbon atom.
Identifying interaction sites for hydrogen
bonds is carried out in a different fashion.
As hydrogen bonds are directional, it is
important to define not only the distance
between the ligand and the binding region,
but also the relevant orientation of the
atoms. This can be done by defining the
hydrogen bond interaction site as a vector
involving two atoms. The position of these
atoms is determined by the ideal bond
lengths and bond angles for a hydrogen
bond. For example, if the binding site has a
carbonyl group present, then there are two
possible hydrogen bond interaction sites (X–
H) which can be determined (Fig. 17.48).
If the binding site has a hydrogen bond
donor present, then interaction sites for a
hydrogen bond acceptor would be
determined in a similar fashion. For
example, Fig. 17.49 shows how the
interaction site for a hydrogen bond acceptor
is determined when the binding site has a
hydroxyl group present.
trong việc xác định các vùng tương tác thơm
xung quanh nguyên tử cacbon thơm.
Hình 17.47 Xác định vùng liên kết béo xung
quanh nhóm metyl (LUDI).
Việc xác định vùng tương tác của liên kết
hydro được thực hiện theo một cách khác.
Vì liên kết hydro có hướng nên điều quan
trọng là phải xác định không chỉ khoảng
cách giữa phối tử và vùng liên kết mà còn cả
hướng liên quan của các nguyên tử. Điều
này có thể được thực hiện bằng cách xác
định vùng tương tác liên kết hydro như một
vectơ liên quan đến hai nguyên tử. Vị trí của
các nguyên tử này được xác định bởi độ dài
liên kết lý tưởng và góc liên kết của liên kết
hydro. Ví dụ: nếu vùng liên kết có nhóm
carbonyl thì có thể xác định được hai vị trí
tương tác liên kết hydro (X–H) (Hình17.48).
Hình 17.48 Các vị trí tương tác cho liên kết
hydro, biểu diễn bởi H-X (LUDI).
Nếu vị trí liên kết có chất cho liên kết hydro
thì vùng tương tác cho chất nhận liên kết
hydro sẽ được xác định theo cách tương tự.
Ví dụ, Hình 17.49 cho thấy vị trí tương tác
của chất nhận liên kết hydro được xác định
như thế nào khi vùng liên kết có nhóm
hydroxyl.
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2

HÌNH 17.49 Vị trí tương tác của chất nhận

There are, in fact, four interaction sites that
are normally calculated in this situation. The
other three can be visualized if we take a
viewpoint along the line of atoms O–H–A
and vary the relative position of Y as shown
(Fig. 17.50).
liên kết hydro được biểu thị bằng A–Y
(LUDI). A biểu thị chất nhận liên kết hydro.
Trên thực tế, có bốn vị trí tương tác thường
được tính toán trong tình huống này. Ba cái
còn lại có thể được hình dung nếu chúng ta
nhìn dọc theo đường nguyên tử O–H–A và
thay đổi vị trí tương đối của Y như được
hiển thị (Hình 17.50).

HÌNH 17.50 Bốn vị trí tương tác có thể có

As with the van der Waals interaction sites,
hydrogen bond interaction sites are checked
to ensure that they are no closer than 1.5 Å
from any atom present in the binding site. If
they are, they are rejected.
As with the van der Waals interaction sites,
hydrogen bond interaction sites are checked
to ensure that they are no closer than 1.5 Å
from any atom present in the binding site. If
they are, they are rejected.
cho A–Y (A bị ẩn).
Giống như các vị trí tương tác van der
Waals, các vị trí tương tác liên kết hydro
được kiểm tra để đảm bảo rằng chúng không
gần hơn 1,5 Å so với bất kỳ nguyên tử nào
có trong vùng liên kết. Nếu có, chúng sẽ bị
từ chối.
Giống như các vị trí tương tác van der
Waals, các vị trí tương tác liên kết hydro
được kiểm tra để đảm bảo rằng chúng không
gần hơn 1,5 Å so với bất kỳ nguyên tử nào
có trong vùng liên kết. Nếu có, chúng sẽ bị
từ chối.

NEW WORDS
pseudoatom: nguyên tử giả
fine tunes: tinh chỉnh
pre-calculate: tính toán trước
autodock: là một phần mềm mô phỏng mô hình phân tử
Flexibases: cơ sở linh hoạt
Anchor: neo
complementarity: bổ sung
segments: phân đoạn
Clustered: được nhóm lại
K67-CTTT-CH4510E-GROUP 2
Chaining: xâu chuỗi
Crystallographic: Tinh thể học
Inevitably: Chắc chắn
Originality: Tính độc đáo
Tempting: Hấp dẫn
Pharmacokinetic: Dược động học
Subtle: Tinh vi
Clinically: Mặt lâm sàng