CHƯƠNG 2:

CÁC ĐẠI PHÂN TỬ SINH HỌC

Acid nucleic và Protein

D ng thông tin di truyền trong tế bào

5’ 3’

3’ 5’

Function
 Acid nucleic mang thông tin di truyền
• Thông tin di truyền được mã hóa bởi các phân tử
DNA và RNA.

• DNA là vật chất di truyền của vi khuẩn

• DNA là vật chất di truyền của virus, một số loại virus
có bản chất RNA thì thông tin di truyền được mã

hóa bởi các phân tử RNA.

Acid nucleic mang thông tin di truyền

• Thí nghiệm chứng minh acid nucleic mang

thông tin di truyền
– 1928, Griffith – thí nghiệm biến nạp
 – 1944, Avery et al. – tác nhân biến nạp là DNA
– 1952, Hershey –Chase – thí nghiệm thực
khuẩn thể xâm nhiễm E.coli
• Từ 3 thí nghiệm trên chứng minh acid
nucleic là vật chất mang thông tin di truyền
1928, Thí nghiệm Griffith
Phế cầu khuẩn Streptococcus Pneumoniae
Chủng S: Độc, tế bào có vỏ polysaccharide, khuẩn lạc trơn (smooth)
Chủng R: chủng lành, tế bào không có vỏ polysaccharide, khuẩn lạc nhăn (Rough
Hai loại nucleic acid DNA và RNA

• D
N
A
:

Deoxy
RiboN
ucleic

Acid
 • RNA:

• RiboNucleic Acid

Acid deoxyribonucleic - DNA

DNA là phân tử trùng phân, mạch thẳng được hình thành từ các
đơn phân là nucleotide

Nucleotide bao gồm 3 thành phần:

• Gốc phosphate: PO43-

• Đường (deoxyribose): C5H10O4

• Bazơ nitơ (nitrogenous bases):
 A (Adenine) T(Thymine),
G (Guamine) C (Cytosine)
I. THÀNH PHẦN HÓA HỌC CỦA DNA
• Nhóm phosphat và
phân tử đường hình
thành nên “bộ
 khung” (backbone)
của phân tử DNA,
base ni tơ liên kết với phân tử đường tạo
nhánh phía ngoài của chuỗi DNA.
Cấu trúc phân tử DNA
 Sợi kép (Double strand DNA)
P
5’ OH 3’
3’
5’
3’ P
B 3’ ase
3’
Base
P
5’
P
P
3’
5’ 3’ Base
Base5’
 5’ Base Base 5’
’
3 OH P 5’
Thành phần đường của RNA và DNA

• Thành phần đường của RNA là ribose

• Thành phần đường của DNA là
deoxyribose

Bazo Nito –
Purine

• Purine gồm
– Adenin (A)
 – Guanine (G) Pyrimidine

Pyrimidine
– Uracil (U)
– Thymine (T)
– Cytosine (C)
Dạng biểu diễn của nucleotide (RNA & DNA)

Molecular Biology Understanding the Genetic Revolution

 CẤU TẠO HÓA HỌC CỦA DNA

Nucleoside: Là liên kết giữa một base nito và một phân tử

đường • Nucleoside = base + sugar

Nucleotide : Là liên kết giữa một nucleoside và một nhóm

phosphat • Nucleotide = base + sugar + phosphate

Các nucleotid th ường được gọi theo tên của các base nito
và viết tắt là A, G, C, T, U, đôi khi viết tắt bằng ade, gua…
Chữ N được sử dụng làm đại diện cho tất cả các base nito
nucleotide
Nucleoside
O

O P
O O
O- CH2
Base

H H H
H
O H

16
 O

O P
O O
O- CH2
Base

H H H
H
O H

Phosphate group
of next nucleotide

17
Mô hình xoắn kép của Watson-Crick
- 2 mạch đơn xoắn quanh 1 trục
- Chiều xoắn: phải
- Chiều 2 mạch đơn: 5’ – 3’,
ngược nhau
- 1 chu kỳ xoắn gồm 10 cặp
nucleotide, cao 34Ao
- Đường kính v ng xoắn: 20 Ao

- Bộ khung của liên kết đường ribo

– gốc photphat
- Cấu trúc 2 mạch xoắn kép song
song tạo nên do liên kết hidro
giữa các nucleotide bổ xung
Tại sao 1 purine lại liên kết với 1 pyrimidine?
CÁC LOẠI LIÊN KẾT CỦA DNA

• Loại liên kết nào nối các nucleotid với

nhau?
Liên kết giữa các
 nucleotide

• Liên kết giữa P ở đầu

5’ và O ở đầu 3.
• Đọc trình tự của base từ
5’ đến 3’’

Molecular Biology Understanding the Genetic Revolution

• Liên kết giữa các
nucleotid trong sợi DNA
là liên kết giữa 5’-P và
O-3’ làm cho sợi DNA
có một gốc Phosphat tự
do ở đầu 5’ và một gốc
hydroxyl ở đầu 3’ là
nguyên nhân dẫn đến
việc phân cực của
DNA.
 Điện tích của DNA? Nguyên nhân dẫn
đến việc tích điện của DNA?
Liên kết Hydro giữa các base

A liên kết T bằng

2H.

G liên kết C bằng

 Quy tắc Chargaff

• Chargaff’s rule: Tổng số A+G = Tổng sốC+T.

• Cặp base chứa một purine và một pyrimidine.

• A-T; G-C.

Guanine Cytosine
 Essential Biochemistry 3rd Ed John Wiley & Sons, Inc.
25

DNA mạch
DNA kép DNA xoắn đơn, v ng
không xoắn kép mạch
DNA mạch
đơn, thẳng

v ng
II. CẤU TRÚC CỦA DNA

Hai sợi DNA liên kết

bổ sung với nhau hình
thành nên cấu trúc
xoắn kép – the Double
Helix

Dạng thẳng Dạng xoắn kép

Liên kết bổ sung giữa 2 mạch đơn
Cấu trúc hóa học của DNA
• DNA là một chuỗi xoắn kép gồm 2 sợi polynucleotid
kết hợp với nhau theo nguyên tắc bổ sung
(complementation)
– A=T
– G=C
• Trong phân tử DNA sợi kép, các base nito trên mỗi
mạch hướng vào phía trung tâm chuỗi xoắn kép và
bắt cặp với các base của sợi kia bằng các liên kết
hydro. Hai mạch DNA gọi là hai mạch đối song song
• Mỗi cặp liên kết gồm 1 base nito lớn là purin liên kết
với base nhỏ hơn là pyrimydine nên tất cả các cặp
base ghép đôi có cùng chiều rộng.
 CÁC DẠNG CẤU TRÚC CHUỖI XOẮN
KÉP DNA
• Chuỗi DNA được tồn tại dưới 3
dạng chủ yếu tương đối khác nhau
A, B, Z
• Dạng B là dạng phổ biến nhất
trong tế bào – được mô tả bởi
Watson và Crick
– Rộng 2nm
– Dài 3,4nm/10Nu
– Xoắn 3600 cho mỗi 10,6
Nu / Bước xoắn 10,6
Nu
• Chuỗi xoắn kép được làm bền bởi các liên kết hydro
và các v ng thơm của bazo nito chồng lên nhau ở
tâm của chuỗi double helix.

• Các dạng xoắn được chia làm xoắn phải hoặc xoắn
trái

• Chuỗi xoắn phải là các sợi xoắn cùng chiều kim

đồng hồ so với trục xoắn.

• Dạng B là dạng xoắn phải

 DNA dạng A và Z

• DNA dạng A và Z khác so với dạng B ở hình dạng và

kích thước. Dạng A thường xuất hiện trong các DNA mất
nước
(dùng trong các thí nghiệm tinh thể hóa) hay ở dạng lai
DNA – RNA

• Dạng Z thường là DNA được mythyl hóa

Mô hình các dạng DNA
 Dạng A Dạng B Dạng Z
MỘT SỐ ĐẶC TÍNH CÁC DẠNG DNA
Dạng hình học Dạng A Dạng B Dạng Z
Chiều xoắn phải phải trái
Đơn vị lặp lại 1 bp 1 bp 2 bp
Góc quay/bp 33,6° 35,9° 60°/2
Số bp trung
10,7 10,0 12
bình/v ng xoay
Độ nghiêng của
bp so với trục +19° -1.2° -9°

Độ dài dốc/bp
0,23 nm 0.332 nm 0,38 nm
dọc theo trục
Bước/v ng xoay
2,46 nm 3,32 nm 4,56 nm

Mean propeller
+18° +16° 0°
twist
 Đường kính 2,6 nm 2,0 nm 1,8 nm
DNA là vật chất mang thông tin di truyền chủ yếu dưới
dạng mã bộ 3

Axit amin trong chuỗi polypeptit của protein

 Đặc điểm DNA

- DNA nằm chủ yếu trong nhân tế bào (98 -

99%), ngoài ra c n nằm ở ty thể, lạp thể, virut,
viroid gây bệnh
- DNA của SV nhân thật có cấu tạo dạng thẳng,
SV tiền nhân có cấu tạo dạng v ng (vi khuẩn,
virus) cuộn chặt thành cấu trúc NST.
- DNA thường có kích thước rất lớn (người: sợi
DNA có thể dài 1mm) cuộn chặt với Histon nucleosome
(100Ao) solenoid (300Ao)
nhiễm sắc thể.
III. TÍNH CHẤT CỦA DNA
1. Biến tính và hồi tính bởi nhiệt độ
– Hai mạch đơn của phân tử AND gắn với nhau nhờ
các liên kết hydro.Khi đun nóng DNA từ từ,
khoảng 80- 950 C, các liên kết hydro giữa 2 mạch
bị đứt và chúng tách rời nhau. Trước tiên các mối
liên kết A-T, khi nhiệt độ > 90oC các liên kết G C
bị đứt.
– Nhiệt độ mà ở đó 2 sợi DNA tách rời nhau (50%
số liên kết hydro bị phá hủy) gọi là nhiệt độ nóng
chảy (Tm). Tm đặc trưng cho từng loại DNA của
các sinh vật khác nhau
– Đoạn DNA có nhiều liên kết GC có Tm cao hơn
III. TÍNH CHẤT CỦA DNA
– Khi hạ nhiệt độ từ từ, ở 60o -700C các
nucleotide sẽ gắn lại với nhau để tạo nên
DNA mạch kép, hiện tượng này gọi là hồi tính.
• Có thể biến tính DNA bằng các tác nhân
kiềm hoặc formamide ở 400C.
• Có thể nhận biết DNA biến tính dựa vào
sự gia tăng độ hấp thụ đối với tia cực tím.
DNA biến tính và hồi tính
 Cooling to 20–25 ˚C
High heat below Tm
(melting) (renaturation)

Rewarming to
Rapid cooling to temperature 20–25 ˚C
much lower than Tm below Tm
(improper base pairing) (renaturation)

Essential Biochemistry rd
3 Ed John Wiley & Sons, Inc.
39
- Đặc tính biến tính: sợi kép DNA trong điều kiện nhiệt độ cao
gần điểm sôi có thể sẽ tách rời thành 2 sợi đơn, nếu nhiệt độ
giảm xuống thì lại liên kết thành sợi kép ban đầu.

- DNA mang điện tích âm + protein histon mang điện tích

dương  NST trung h a về điện.
III. TÍNH CHẤT CỦA DNA
Hấp thụ ánh sáng
 Phân tử DNA hấp thụ ánh sáng mạnh ở
bước sóng 260 nm.
 Dựa trên cơ sở này có thể định lượng và
đánh giá độ sạch của DNA thông qua việc
đánh giá tỉ lệ OD260/OD280
 Khả năng hấp thụ ánh sáng của DNA

• Native state

• Denatured state

• Abs = 260 nm

• Tm = melting
temperature
 TÍNH CHẤT CỦA DNA
2. Lai acid nucleic
– Sử dụng đặc tính biến tính rồi hồi tính có thể tiến
hành lai DNA với DNA, DNA với RNA, RNA
với RNA.

– Nguyên tắc: lấy DNA A làm biến tính thành

mạch đơn, trộn với DNA B cũng bị biến tính
thành mạch đơn. Dung dịch được hạ nhiệt độ từ
từ để xảy ra hồi tính. Đây là kiểu lai lỏng hay lai
trong dung dịch.
 o Hiện nay c n sử dụng phương pháp lai

trên pha rắn, được sử dụng rộng nhất o

Phương pháp Southern blot, dùng cho DNA o

Phương pháp Northern blot dùng cho RNA o

Các dạng microarray

Acid ribonucleic – RNA

RNA là phân tử trùng phân, mạch thẳng được hình thành từ
các đơn phân là ribonucleotide

RiboNucleotide bao gồm 3 thành phần:

• Gốc phosphate: PO43-
• Đường (ribose): C5H10O5
• Bazơ nitơ (nitrogenous bases):
A (Adenine) U(Uracine) thay vì T ở DNA
G (Guamine) C (Cytosine)

Có 3 loại RNA chính là: mRNA (RNA thông tin)

tRNA (RNA vận chuyển)
rRNA (RNA Ribosome)
RNA (Ribonucleic Acid)

• Phân tử RNA có cấu trúc tương tự DNA

với 3 điểm khác biệt
– Phân tử RNA thường là chuỗi mạch đơn

– Pentose của RNA là ribose

– Thymin được thay thế bằng Uracil
Cấu trúc hóa học RiboNucleotide Cấu trúc không gian của RNA

Liên kết
photphodieste
Các loại RNA
• mRNA
• tRNA
• rRNA
• sn RNA hay U-RNA (small nucleic RNA)
• miRNA (microRNA)
• siRNA (small interfering RNA)
• piRNA (Piwi-interacting RNA)
 mRNA
• Là bản sao của những trình tự nhất định
trên phân tử DNA
• Đóng vai tr trung gian chuyển thông tin
mã hóa trên DNA đến ribosom để dịch mã
thành protein
• Có cấu trúc đa dạng, kích thước nhỏ so
với DNA vì chỉ chứa thông tin mã hóa cho
một hoặc vài protein
• Chiếm 2-5% tổng số RNA của tế bào
mRNA
 Section 12-3

- Các mRNA có cấu trúc đa dạng thường ngắn hơn đoạn

gen DNA mà nó được mã hóa, - mRNA sinh vật nhân
thật: sau khi được phiên mã từ DNA được đính mũ 7
methyl-Gppp vào đầu 5 ’ và đuôi 3’ là polyA.
Quá trình phiên mã DNA
tRNA
• Là các RNA vận chuyển các amino acid cần
thiết đến bộ máy dịch mã từ các mRNA
 tương ứng
• Có cấu trúc “cỏ ba lá” được ổn định nhờ các
liên kết bổ sung
• Có 2 vị trí không có liên kết bổ sung thực
hiện chức năng của tRNA
– Trình tự anticodon gồm 3 nucleotid bổ sung với
trình tự codon trên mRNA
– Trình tự CAA có khả năng liên kết cộng hóa trị
với một amino acid đặc trưng
tRNA
 rRNA
• Chiếm 80% RNA của tế bào
• rRNA kết hợp với các protein
chuyên biệt tạo thành
ribosome
• Tùy theo hệ số lắng rRNA chia
làm nhiều loại
– Eukaryote: 28S, 18S, 5,8S,
5S
– Prokaryote: 23S, 16S, 5S

Ribosome của mọi tế bào đều gồm một tiểu đơn vị

nhỏ và một tiểu đơn vị lớn. Mỗi tiểu đơn vị mang
 nhiều protein và rRNA có kích thước khác nhau.
RIBOSOME
- Ribosome tự do có mặt ở trong mọi tế bào, và c n ở trong ty thể và lục lạp ở
trong tế bào eukaryote. Nhiều ribosome tự do có thể bám vào một mARN để tạo
thành polyribosome (hay polysome).
- Gồm 2 tiểu phần lớn và nhỏ: chỉ ghép lại với nhau khi tham gia dịch mã
- Chúng đảm nhiệm chức năng thực hiện quá trình sinh tổng hợp protein

của tế bào.
Các loại RNA
Các loại RNA
Các loại RNA
Protein Structure
 Mỗi loại amino acid khác
nhau ở nhóm chức R
Proteins là Có 20 loại amino acid
những chuỗi
amino acid.
Cấu trúc một amino acid

60
rd
Essential Biochemistry 3 Ed John Wiley & Sons, Inc.
Phân loại và cách đặt tên
20 amino acids khác nhau tính chất hoá học ở
nhóm chức R

• Hydrophobic amino acids có nhóm chức R không

phân cực.
• Hydrophilic amino acids có nhóm chức R phân
cực.

Không phân Phân cực nhóm chức R cực R

74
rd
Essential Biochemistry 3 Ed John Wiley & Sons, Inc.
 G, A, V, P, L, Không tích điện Tích điện
I, M, and F N, Q, C, T, S D, E, R, K, H

Essential Biochemistry 3rd Ed John Wiley & Sons, Inc.

63

Hydrophobic amino acids

Glycine (Gly, G) Alanine (Ala, A) Valine (Val, V)

Leucine (Leu, L) Isoleucine (Ile, I) Phenyl alanine (Phe, F)

Tryptophan (Trp, W) Methionine (Met, M) Proline (pro, P)

76
rd
Essential Biochemistry 3 Ed John Wiley & Sons, Inc.
 Amino acids phân cực

Serine (Ser, S) Threonine (Thr, T) Tyrosine (Tyr, Y)

Cysteine (Cys, C) Asparagine (Asn, N) Glutamine (Gln, Q)

Histidine (His, H)

77
rd
Essential Biochemistry 3 Ed John Wiley & Sons, Inc.
 Amino acids tích điện

Aspartate (Asp, D) Glutamate (Glu, E)

Lysine (Lys, K) Arginine (Arg, R)

78
rd
Essential Biochemistry 3 Ed John Wiley & Sons, Inc.
Amino Acid không thay thế
 80
rd
Essential Biochemistry 3 Ed John Wiley & Sons, Inc.
Amino Acid không thay thế
Amino acids liên kết cộng hoá trị

H2O

Peptide bond

69
rd
Essential Biochemistry 3 Ed John Wiley & Sons, Inc.
Chuỗi polypeptide tạo bởi các amino acids
liên kết với nhau bằng lk peptide

N-terminus C-terminus
Residue 1 Residue 2 Residue 3 Residue 4

Essential Biochemistry 3rd Ed John Wiley & Sons, Inc.

70
 4 Cấu trúc protein

© 2014 John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved.

Cấu trúc bậc 1 Cấu trúc bậc 2 Cấu trúc bậc
3

α β
Cấu trúc bậc 1: chuỗi polypeptide

73
Cấu trúc bậc 2
• α helix là một cấu trúc xoắn trong đó
các liên kết polypeptide xoắc chặt
chẽ quanh một trục tưởng tượng.
• Nhóm chức R của các amino acid
quay ra ngoài.

• α helix và β sheet phổ biến,

• Liên kết
• H trong một α helix tạo bởi giữa
carbonyl oxygen và nhóm amino hydrogen.
Liên kết trong một β Sheet

Đối xứngl Không đối xứng

89
 Essential Biochemistry 3rd Ed John Wiley & Sons, Inc.

Các dạng cấu trúc bậc 2 của protein

α-helical β-protein
protein

α/β Protein
with protein
very little 2°
structure
 © 2014 John Wiley &
Sons, Inc. All rights
reserved.

Cấu trúc bậc 3 và 4: Chuỗi cuộn xoắn

polypeptide gồm một bề mặt ưa nước và
một lõi kỵ nước.

91
 (a) (b)

Essential Biochemistry 3rd Ed John Wiley & Sons, Inc.

Cấu trúc bậc 4

Phân tử Hemoglobin
- Gồm 2 chuỗi polypeptit α và
β
- Liên kết với nhân heme ở Cây tiến hóa của
giữa Hemoglobin

• Những proteins chứa nhiều hơn

một chuỗi polypeptide thì có cấu
trúc bậc 4.

93
 Chức năng protein Bậc I

Bậc II
- Cấu trúc:
Bậc III
- Vận chuyển: protein vận
Bậc IV
chuyển các chất qua
Kết hợp nhiều loại
màng tế bào polypeptit

- Di chuyển, vận động: Đi ề u h a Tín hiệu

Chức
myosine ở cơ Cấu trúc năng Vận chuyển

- Tín hiệu: pheromon Di

Xúc tác
chuyển
- Điều h a : hocmon
- Xúc tác: enzyme
 Proinsulin
C chain

A chain

B chain

Insulin consists of two chains: A and B

The C chain is removed from proinsulin to form
insulin

ENZYME
• Xúc tác cho các phản ứng sinh học
• Có bản chất là protein
• Năng lượng hoạt hoá thấp
• Tăng tốc độ phản ứng
• Mất hoạt tính khi bị biến tính
• Có chứa nhóm co-factors: kim loại hoặc hữa
cơ (vitamins)

ENZYME
Enzyme là một dạng protein có khả năng xúc tác cho những phản
ứng hoá sinh học có tính đặc thù cao, có nghĩa là chúng chỉ xúc tác
cho một số phản ứng đặc hiệu.
- Hoạt tính xúc tác của enzyme phụ thuộc vào cấu trúc bậc 1, 2,
3, 4 và trạng thái tự nhiên của phân tử protein enzyme đó.
- Một số enzyme khi xúc tác cần sự kết hợp với một số ion kim
loại khác như-: Fe+ 2, Mg+2, Mn+2 hoặc nhóm hữu cơ gọi là
(coenzyme). Phần protein của enzyme là apoenzyme.
 - Cách gọi tên Enzyme: phần lớn các enzyme đư-ợc gọi tên
theo quy tắc lấy tên của cơ chất mà nó chịu trách nhiệm xúc tác
cộng với tiếp vị ngữ ase
- Amylase
- DNAase
- Protease

ISOZYME
- Isozyme là những trạng thái khác nhau của một enzyme, các isozyme
đều xúc tác cho cùng một phản ứng
- Các Isozyme chỉ khác nhau ở một số tính chất như- ở pH hoặc nồng
độ cơ chất tại đó chúng xúc tác tốt nhất.
- Isozyme thường là những protein phức gồm nhiều tiểu phần
polypeptide.
- Thí dụ enzyme dehydrogenase khử hydro của axit lactic, là enzyme có
4 cấu tử được tạo thành từ 2 tiểu phần polypeptide là a và b. Do vậy
sẽ có 5 isozyme tồn tại là: aaaa, aaab, aabb, abbb, bbbb.
- Isozyme thường có điểm đẳng điện khác nhau bởi vậy chúng dễ
dàng tách nhau ra được bằng phương pháp điện di đẳng điện.

A B
Enzyme 1 Enzyme 2 Enzyme 3
LIPID
POLYSACCHARIDE