Professional Documents
Culture Documents
Tüm Makro Ögeler Detaylı Özetlenmiş
Tüm Makro Ögeler Detaylı Özetlenmiş
BİYOKİMYA - II
DERS NOTLARI
SAMSUN –2018
i
ÖNSÖZ ..........................................................................................................................1
8. BÖLÜM: VİTAMİNLER ..........................................................................................2
8.1. SUDA ÇÖZÜNEN VİTAMİNLER...........................................................................3
8.1.1. Tiamin (B1Vitamini) ..............................................................................................3
8.1.2. Riboflavin (B2 vitamini) ..........................................................................................4
8.1.3. Nikotinamid (B3 vitamini) ......................................................................................6
8.1.4. Pantotenik Asit (B5 vitamini) .................................................................................9
8.1.5. Piridoksin (B6 vitamini) ....................................................................................... 11
8.1.6. Biyotin ................................................................................................................. 13
8.1.7. Folik asit .............................................................................................................. 15
8.1.8. Lipoik Asit ........................................................................................................... 17
8.1.9. Kobalamin (B12 vitamini) ..................................................................................... 19
8.1.10. C vitamini (Askorbik asit) .................................................................................. 22
8.2. YAĞDA ÇÖZÜNEN VİTAMİNLER ..................................................................... 24
8.2.1. A vitamini ............................................................................................................ 24
8.2.2. D vitamini ............................................................................................................ 27
8.2.3. E vitamini ............................................................................................................ 30
8.2.4. K vitamini ............................................................................................................ 31
9. BÖLÜM: METABOLİZMA VE BİYOENERJETİK ............................................ 33
9.1. HÜCRELERİN KARBON VE ENERJİ KAYNAKLARI ....................................... 34
9.2. KARBON VE AZOT DEVRİ ................................................................................. 35
9.3. BİYOENERJETİĞİN İLKELERİ ........................................................................... 38
9.3.1. Biyoenerjetikler ve Termodinamik ....................................................................... 39
9.4. ATP (ADENOZİN TRİFOSFAT) ........................................................................... 44
9.4.1. ATP Aktif Taşıma ve Kas Kasılmasında Enerji Sağlar ......................................... 46
9.4.2. ATP Hidrolizinin Reaksiyon Dengesine Etkisi ..................................................... 52
9.5. METABOLİZMADAKİ ELEKTRON TAŞIYICILARI.......................................... 53
9.6. KATABOLİZMA VE ANABOLİZMA .................................................................. 55
9.7. METABOLİK YOLLARIN HÜCRE İÇİ KONTROLÜ .......................................... 58
10. BÖLÜM: KARBOHİDRAT METABOLİZMASI ............................................... 61
10.1. KARBOHİDRATLARIN SİNDİRİMİ VE EMİLİMİ ........................................... 61
10.2. GLİKOLİZ ........................................................................................................... 66
10.2.1. Glikoliz Reaksiyonları........................................................................................ 70
10.2.2. Glikoliz Yolunun Enerji Bilançosu ..................................................................... 75
10.2.3. Glikoliz MetabolikYolunun Kontrol Mekanizması ............................................. 76
10.2.4. Glukoz Dışındaki Diğer Monosakkaritlerin Glikolize Girişi ............................... 78
10.2.5. Pirüvatın Etanol, Laktat ve Asetil CoA’ ya Çevrilmesi ....................................... 82
10.2.6. 2,3–Bisfosfogliseratın (2,3–BPG) O2 Taşımasındaki Rolü .................................. 84
10.3. SİTRİK ASİT (TCA) ÇEVRİMİ ........................................................................... 86
10.3.1. TCA Çevrimi Reaksiyonları ............................................................................... 88
10.3.2. Sitrik Asit Çevriminin Düzenlenmesi ................................................................. 95
10.3.3. Pirüvatın Dehidrogenaz Kompleksinin Kontrolü ................................................ 96
10.3.4. Sitrik Asit Çevriminin Kontrolü ......................................................................... 98
10.3.5. TCA Çevrimi Ara Bileşiklerinin Biyosentetik Önemi ......................................... 99
ii
10.4. GLİOKSİLAT ÇEVRİMİ ................................................................................... 100
10.5. OKSİDATİF FOSFORİLASYON ....................................................................... 102
10.5.1. İndirgenme Potansiyelleri ve Serbest Enerji Değişimleri .................................. 103
10.6. ELEKTRON TAŞIMA ZİNCİRİ (SOLUNUM ZİNCİRİ) ................................... 107
10.6.1. Oksijenin Eksik İndirgenmesinden Doğan Zararların Giderilmesi .................... 111
10.6.2. Karışık İşlevli Oksidazlar, Oksigenazlar ve Sitokrom P–450 ............................ 112
10.6.3. Fosforilasyon ve Kemiozmotik Teori ............................................................... 114
10.6.4. Glikolizde Oluşan NADH’ ın Solunum Zincirine Girişi ................................... 117
10.6.5. Glukoz Oksidasyonunun ATP Bilançosu .......................................................... 119
10.7. PENTOZ FOSFAT YOLUYLA GLUKOZ OKSİDASYONU ............................ 120
10.7.1. Pentoz Fosfat Yolu Hızının Kontrolü ............................................................... 124
10.7.2. Pentoz fosfat Yolunun Bazı Doku ve Hücrelerdeki Önemi ............................... 125
10.8. GLUKONEOGENEZ ......................................................................................... 126
10.8.1. Glukoneogenezin Reaksiyonları ....................................................................... 129
10.8.2. Glukoneogenezin Enerji Bilançosu................................................................... 132
10.8.3.Pirüvat Karboksilaz Enziminin Allosterik Özellikleri ve Biyotinin Etki
Mekanizması .................................................................................................. 133
10.9. GLİKOJEN METABOLİZMASI ........................................................................ 134
10.9.1. Glikojenin Yıkımı (Glikojenoliz) ..................................................................... 135
10.9.2. Glikojen Biyosentezi (Glikojenez) ................................................................... 137
10.9.3. Glikojen Metabolizmasının Kontrolü ve Düzenlenmesi .................................... 140
10.10. FOTOSENTEZ VE FOTOSENTETİK KARBOHİDRAT SENTEZİ .............. 143
10.10.1. Fotofosforilasyonun Genel Özellikleri .......................................................... 144
10.10.2. Yüksek Bitkilerdeki Fotosentez ...................................................................... 144
10.10.3. Işık Kloroplastlarda Elektron Akışını Sağlar................................................... 145
10.10.4. Klorofil Tutulan Enerjiyi Reaksiyon Merkezlerine, Uyarım Transferiyle Aktarır . 146
10.10.5. Yüksek Bitkilerde İki Reaksiyon Merkezi Ardarda Çalışır ........................... 147
10.10.6. Fotofosforilasyonla ATP Sentezi .................................................................... 151
10.10.7. Çevrimsel (Döngüsel) Elektron Akışı ATP Üretir, NADPH veya O2 Üretmez 152
10.10.8. Kloroplastın ATP Sentazı Mitokondridekine Benzer ...................................... 153
10.11. FOTOSENTETİK KARBOHİDRAT SENTEZİ ............................................... 154
10.11.1. Karbondioksit Asimilasyonu (Karbon-Özümlemesi) Üç Safhada Oluşur ........ 155
11.BÖLÜM: LİPİD METABOLİZMASI ................................................................. 162
11.1. YAĞLARIN SİNDİRİMİ VE TAŞINMASI........................................................ 162
11.2. YAĞ ASİTLERİNİN YIKIMI ............................................................................ 167
11.2.1. Yağ Asitlerinin Aktifleştirilmesi ve Mitokondri Matriksine Taşınmaları .......... 168
11.2.2. Doymuş Yağ Asitlerinin β–Oksidasyonu .......................................................... 171
11.2.3. Doymamış Yağ Asitlerinin β–Oksidasyonu ...................................................... 174
11.2.4. Tek Karbon Sayılı Yağ Asitlerinin Oksidasyonu .............................................. 177
11.2.5. Karaciğerde Oluşan Keton Cisimleri Diğer Organlara Taşınır .......................... 178
11.3. LİPİD BİYOSENTEZİ........................................................................................ 180
11.3.1. Yağ Asitlerinin Biyosentezi ........................................................................... 181
11.3.1.1.Malonil CoA, Asetil CoA ve Bikarbonattan Oluşur ........................................ 181
11.3.1.2.Yağ Asitleri Tekrarlayan Reaksiyon Dizileri Şeklinde Sentezlenir ................. 182
iii
11.3.1.3. Yağ Asidi Sentaz Kompleksi Yedi Farklı Aktif Bölgeye Sahiptir .................. 182
11.3.1.4.Yağ Asidi Sentaz Asetil ve Malonil Gruplarını Alır........................................ 184
11.3.1.5.Yağ Asidi Sentaz Reaksiyonları Palmitat Oluşturmak Üzere Tekrarlanır ........ 186
11.3.1.6.Yağ Asidi Sentezi Birçok Organizmanın Sitozolünde Fakat Bitkilerin............ 188
Kloroplastlarında Oluşur .............................................................................................. 188
11.3.1.7. Asetat Mitokondrinin Dışına Sitrat Olarak Çıkar ........................................... 189
11.3.1.8. Yağ Asidi Biyosentezi Kuvvetlice Düzenlenir ............................................... 190
11.3.1.9. Uzun Zincirli Doymuş Yağ Asitleri Palmitattan Sentezlenir .......................... 192
11.3.1.10. Bazı Yağ Asitleri Doymamıştır ................................................................... 193
11.4.TRİAÇİLGLİSEROLLERİN BİYOSENTEZİ ..................................................... 193
11.4.1.Triaçilgliseroller ve Gliserofosfolipitler Aynı Öncüllerden Sentezlenir .............. 194
11.4.2.Hayvansal Organizmalarda Triaçilgliserol Biyosentezi Hormonlarla Düzenlenir .... 196
12.BÖLÜM: PROTEİN VE AMİNOASİT METABOLİZMASI ............................ 198
12.1. PROTEİNLERİN SİNDİRİMİ ............................................................................ 198
12.2. AMİNOASİTLERİN YIKIMI VE ÜRE ÇEVRİMİ ............................................. 201
12.2.1. α–Amino Grubunun Uzaklaştırılması ............................................................... 203
12.2.2. Üre Çevrimi ..................................................................................................... 205
12.2.2.1. Aminoasitlerin Karbon İskeletlerinin Yıkım Yolları ...................................... 210
12.2.2.2. Aminoasit Yıkımında Birkaç Enzim Kofaktörü Önemli Rol Oynar................ 211
12.2.2.3. On Aminoasit Asetil CoA’ ya Yıkılır ............................................................ 212
12.2.2.4. Beş Aminoasit α–Ketoglutarata Dönüştürülür ............................................... 217
12.2.2.5. Dört Aminoasit Süksinil CoA’ ya Dönüştürülür ............................................ 219
12.2.2.6. Dallı Yan Zincirli Aminoasitler Karaciğerde Yıkılmaz .................................. 221
12.2.2.7. Asparagin ve Aspartat Okzalasetata Yıkılır ................................................... 222
12.2.2.8. Bazı Aminoasitler Glukoza Diğerleri Keton Cisimlerine Dönüştürülebilir ..... 223
13. BÖLÜM: NÜKLEOPROTEİN ve NÜKLEİK ASİT METABOLİZMASI ....... 224
13.1. NÜKLEOTİT KATABOLİZMASI ..................................................................... 225
13.1.1. Pürinlerin Katabolizması .................................................................................. 226
13.1.2. Pirimidinlerin Katabolizması ............................................................................ 231
13.2. NÜKLEOTİD BİYOSENTEZİ ........................................................................... 232
13.2.1. De Novo (yeni baştan sentez) Pürin Ribonükleotidlerin Sentezi ........................ 233
13.2.1.1. Pürin Biyoentezi............................................................................................ 233
13.2.1.2. Pürin Nükleotid Biyosentezinin Regülasyonu ................................................ 239
13.2.1.3. Pürin Nükleotidlerinin Salvaj (kurtarma) Yolu ile Sentezi ............................. 240
13.2.1.4. De Novo Pirimidin Ribonükleotidlerin Sentezi .............................................. 241
13.2.1.5. De Novo Pirimidin Nükleotid Biyosentezinin Regülasyonu ........................... 244
13.2.1.6. Salvaj Yolu ile Pirimidin Nükleotidlerinin Sentezi ........................................ 247
13.3. NÜKLEOTİD METABOLİZMASINDAKİ KALITSAL BOZUKLUKLAR ...... 247
13.3.1. Pürin Metabolizmasındaki Kalıtsal Bozukluklar ............................................... 247
13.3.2. Pirimidin Metabolizmasındaki Kalıtsal Bozukluklar ......................................... 248
13.4. PÜRİN VE PİRİMİDİN NÜKLEOTİDLERİNİN SENTEZİNİN EKZOJEN
MADDELERLE İNHİBİSYONU .................................................................. 248
13.5. DEOKSİRİBONÜKLEOTİDLERİN SENTEZİ .................................................. 250
13.5.1. Deoksiribonükleotid Sentezinin Düzenlenmesi................................................. 251
iv
14.BÖLÜM: METABOLİZMANIN ENTEGRASYONU ve DÜZENLENMESİ ... 254
14.1. DOKUYA ÖZGÜ METABOLİZMA: İŞ BÖLÜMÜ........................................... 255
14.1.1. Karaciğer Besinleri İşler ve Dağıtır .................................................................. 255
14.1.2. Adipoz Doku Yağ Asitlerini Alır ve Depolar .................................................. 261
14.1.3. Kas Mekanik İş İçin ATP Kullanır .................................................................. 262
14.1.4. Beyin Elektriksel Uyarıları İletmek İçin Enerji Kullanır ................................. 265
14.1.5. Kan; Oksijeni, Metabolitleri ve Hormonları Taşır ........................................... 267
14.2. Yakıt Metabolizmasının Hormonal Düzenlenmesi ............................................. 269
14.2.1. Epinefrin Yaklaşan Aktiviteyi Haber Verir ..................................................... 269
14.2.2. Glukagon Düşük Kan Glukozunun Habercisidir ............................................. 270
14.2.3. Açlık ve Uzamış Açlık Süresince Beyine Enerji Sağlamak İçin ...................... 272
Metabolizma Değişir ................................................................................................... 272
14.2.4. İnsülin Yüksek Kan Glukozunun Habercisidir ................................................ 275
14.2.5. Kortizol Düşük Kan Glukozuna Bağlı Stresin Habercisidir ............................ 276
14.2.6. Diyabet İnsülin Üretimi ya da Etkisindeki bir Hatanın Sonucudur .................. 277
13.3. HORMONLAR: FARKLI İŞLEVLER İÇİN FARKLI YAPILAR ..................... 278
14.3.1. Hormonlar Spesifik Hücresel Reseptörler Aracılığıyla Etki Gösterir .............. 279
14.3.2. Hormonlar Kimyasal Olarak Farklıdır ............................................................. 281
14.4. VÜCUT AĞIRLIĞININ UZUN SÜRELİ DÜZENLENMESİ ........................... 287
14.5.KAHVERENGİ YAĞDAKİ EŞLEŞMEMİŞ MİTOKONDRİ ISI ÜRETİR ....... 288
KAYNAKLAR........................................................................................................... 289
v
ÖNSÖZ
Biyokimya, canlı organizmaların en küçük yapısal birimi olan hücrenin kimyasal
yapısını ve hayatın devamı boyunca hücrede, moleküler düzeyde meydana gelen kimyasal
olayları inceleyen bir bilim dalıdır. Biyokimya, biyolojik olayları kimyasal ilkeler
çerçevesinde inceler ve analiz eder. Biyoloji ve kimya temel bilimlerinin bir çalışma alanı
olan biyokimya, günümüzde başta tıp olmak üzere tarım, beslenme ve endüstride de
uygulama alanı bulan bir bilim dalı haline gelmiştir. Netice olarak biyokimya bilimi, canlının
meydana gelişindeki, canlılığın devamındaki ve nihayet yok oluşundaki kimyasal
mekanizmaları inceleyen bir bilimdir.
Biyokimya–II notlarında, kimya öğrencileri için gerekli biyolojik açıklamalarla
birlikte, biyoloji ve sağlık bilimleri eğitimi görenler için de gerekli kimyasal açıklamalar
yapılmıştır. Bu notlar, hepsi ayrı olarak ele alınmış 7 bölümden oluşmaktadır ve her bölüm
kendi konularıyla sınırlıdır. Biyokimya–II notlarında, metabolizma ve biyoenerjetik temel
bilgileri verildikten sonra; karbohidrat, lipid ve aminoasit metabolizmaları, nükleoprotein ve
nükleik asit metabolizması, metabolizmanın entegrasyonu ve düzenlenmesi açıklanmıştır. Son
bölüm geniş metabolik ilişkileri kapsamaktadır. Bu yaklaşımın öğrencinin biyokimya
bilgisinin temelini oluşturacağını düşünmekteyiz.
Biyokimyada, kimya öğrencilerine ayrı bir tat, çeşni sunmaya çalışacağız. Canlılığın
yani yaşamın temelde, hücrede cereyan eden bir takım kimyasal olayların bir sonucu
olduğunu anlayabilirsek amacımıza ulaşmış olacağız.
Bu notlar uzun, zorlu ve sabır dolu bir sürecin sonunda ellerinize ulaştı. Bu notlarımızı
biyokimya ve ilgili disiplinlerde lisans ve lisansüstü öğrencilerinin kullanımına sunuyoruz.
Notlarımızın geliştirilmesi, eksikliklerinin ve kusurlarının giderilmesinde
meslektaşlarımızın değerli eleştiri ve katkılarını bekliyoruz.
Bu notların yazılmasında büyük emeği olan Dr. Aytaç GÜDER’e katkılarından dolayı
teşekkür etmeyi bir borç biliyoruz.
Öğrencilerimize ve meslektaşlarımıza yararlı olması dileklerimizle.
1
8. BÖLÜM: VİTAMİNLER
Hücrenin yapısını oluşturan proteinler, nükleik asitler, karbohidratlar ve lipidlerin
yanında eser miktarda mevcut vitamin adı verilen belirli organik maddeler vardır. Vitaminin
kelime anlamı hayat aminidir. Bugün vitamin sınıfına giren maddelerin birçoğunun amin
yapısında olmadığı bilinmektedir. Vitaminler insan ve hayvanların gelişmesi ve canlılıklarını
sürdürmesi için gerekli olan, küçük miktarlarda etkilerini gösteren organik maddelerdir.
Vitaminler diğer organik besin maddelerinden farklı olarak doku yapısına girmezler ve
organizmaya enerji sağlamazlar. Fakat vitaminler enerji değişimi ve metabolizmanın
düzenlenmesinde hayati öneme sahiptirler. Vitaminler bazı organizmalar tarafından
sentezlenemez, dışarıdan diyetle alınması gereken esansiyel maddelerdir.
Vitaminler suda çözünenler ve yağda çözünenler olarak iki büyük sınıfa ayrılır
(Tablo 8.1). Suda çözünen vitaminler; B grubu vitaminler ve C vitaminidir. C vitamini hariç
bütün suda çözünen vitaminlerin koenzim fonksiyonları vardır. Yağda çözünen vitaminler ise
A, D, E ve K vitaminleridir. Bu vitaminleri hayvansal organizmalar dışarıdan diyetle
almalıdır; bitkiler ve mikroorganizmalar için esansiyel rolleri belirlenememiştir. Yağda
çözünen vitaminler, koenzimlerin bileşeni değildir ve bazı metabolik olaylara eser miktarda
katılması gereken bileşiklerdir.
Tablo 8.1. Vitaminler ve fonksiyonları
VİTAMİNİN TİPİ VE ADI KOENZİM VEYA AKTİF FONKSİYONU
FORMU
Suda Çözünenler
Tiamin (B1 vitamini) Tiaminpirofosfat (TPP) Aldehid grubu taşınması
Riboflavin (B2 vitamini) Flavinmononükleotid Hidrojen atomu (elektron) taşınması
(FMN)
Flavin adenin dinükleotid Hidrojen atomu (elektron) taşınması
(FAD)
Nikotinamid (B3 vitamini) Nikotinamid adenin dinükleotid Hidrojen atomu (elektron) taşınması
(NAD+)
Nikotinamid adenin dinükleotid Hidrojen atomu (elektron) taşınması
fosfat (NADP+)
Pantotenik asit (B5 vitamini) Koenzim A (Co A) Açil grubu taşınması
Pridoksin (B6 vitamini) Pridoksal fosfat Amino grubu taşınması
Biyotin (H vitamini veya koenzim R) Biyositin Karboksil grubu taşınması
Folik asit (B10 veya B11 vitamini) Tetrahidrofolat C1- gruplarının taşınması
Kobalamin (Vitamin B12) Koenzim B12 Hidrojen atomlarının 1,2-kayması
Lipoik asit Lipoillisin Hidrojen atomu ve açil grubu taşınması
Askorbik asit −− Hidroksilasyonlarda kofaktör
Yağda Çözünenler
A vitamini 11-cis-Retinal Görme siklüsü
D vitamini 1,25-Dihidroksikolekalsiferol Kalsiyum ve fosfat metabolizması
E vitamini −− Antioksidan
K vitamini −− Protrombin biyosentezi
2
Bu bölümde vitaminlerin kimyasal yapısı ve var ise koenzim rolleri örnekleriyle
anlatılacaktır.
O P O
O
H H
NH2 NH2
O P O
C S C S
C C 2
2 O
C CH2 N OH N C CH2 N
N
Tiamin Tiaminpirofosfat
Şekil 8.1. Tiamin ve tiaminpirofosfatın kimyasal yapıları: Substitüe tiyazol molekülün aktif kısmıdır.
C O C O
Pirüvat dekarboksilaz (Mg+2)
CH3 CH3
Pirüvat Asetaldehid
3
H
C S
2
N
C C
CH3
TPP' in tiyazol halkasI
H3C C COOH
O
Pirüvik asit
OH
H3C C H
O
H 3C C COOH H
H3C CH OH Asetaldehid
CO2
C S
C2 S 2
C2 S
N
N N
C C
C C C C
CH3
CH3 CH3 TPP' in tiyazol halkasI
-2-Hidroksietil türevi
Şekil 8.2. Pirüvatın, pirüvat dekarboksilaz enzimiyle dekarboksilasyonunda tiaminpirofosfat (TPP)
etkisinin basamakları.
Tiamin en çok bira mayasında ve buğday, pirinç gibi tahılların kabuğunda bulunur.
Bundan başka fasulye, bezelye, ceviz vb. gibi besinlerde yeterli miktarda bulunmaktadır.
Tiamin (B1 vitamini) eksikliğinde gözlenen belirtiler;
1. İştah azalması, yorgunluk, baş dönmesi ve sindirim sitemi bozuklukları,
2. Sinir sistemi bozuklukları şeklinde gözlenen beriberi hastalığında eklemlerde
şişmeler, refleks hareketlerinin durması ve denge kaybı görülür.
4
O
H
C N C
H3C C NH
H3C C 10 C O
C N N
H
HC
1 OH
2
HC OH
3
HC OH
4
HC OH
5
CH2OH
H3C C C O H3C C C O
C N N C N N
H H
HC OH HC OH
Riboflavin
HC OH HC OH
HC OH HC OH
HC OH HC OH
CH2OPO3-2 CH2
FMN O
HO P O
NH2
HO P O
N C
O N
HC
Adenilat (AMP) CH
CH2
N N
O
H H
H H
OH OH
FAD
5
Flavin nükleotidler (FMN ve FAD), flavoproteinler veya flavoenzimler olarak bilinen
indirgeme–yükseltgeme (dehidrogenaz) enzimlerinin prostetik gruplarıdırlar. Bu enzimler
pirüvatın, yağ asitlerinin, amino asitlerin oksidatif yıkımına ve elektron taşınma olayına
katılırlar. Koenzimi oldukları enzimin katalitik etkisi sırasında, FMN ve FAD’ nin
izoalloksazin halkası dönüşümlü olarak indirgenir. Bu nükleotidlerin indirgenmiş halleri
FMNH2 ve FADH2 şeklinde gösterilir:
O H O
H +
2H + 2e - H
C N C C N C
H3C C NH H3C C NH
H3C C C O H3C C C O
C N N 2H+ + 2e- C N N
H H
R R H
6
Bitkiler ve çoğu hayvanlar nikotinik asidi, değişik yollarla özellikle triptofandan
sentezleyebilirler. Hayvanlar, triptofan bakımından zengin proteinlerle beslenirse nikotinik
asit eksikliği görülmez.
COOH CONH2
N N
H H
H H
OH OH
O
NH2
C
N
N
CH
HC
N
N
-
O P O CH2
5
O O
4 1
H H
H 2 H
3
OH OR
Şekil 8.5. Nikotinamid adenin dinükleotid (NAD+)’ in yapısı. (R grubu –H ise NAD+; -PO3-2 ise
NADP+ olur.)
7
NAD+ ve NADP+, piridine bağımlı dehidrogenaz enzimlerinin koenzimi olarak
fonksiyon görür.
Substrat moleküllerinden hidrojen atomlarının uzaklaştırılması (yükseltgenme)
sırasında elektron alıcısı rolünü oynarlar. Bu reaksiyonlarda substrat üzerindeki hidrojen
atomlarının birisi, doğrudan NAD+ ve NADP+’ nin nikotinin halkasına aktarılırken, diğeri de
H+ iyonu halinde çözeltiye geçer (Şekil 8.6).
H H
2H+ + 2e-
CONH2 CONH2
+ H+
N 2H+ + 2e- N
R R
COO R
COO R
+
Malat NAD+ Okzalasetat NADH + H
Şekil 8.6. Malat dehidrogenazın katalizlediği reaksiyonda hidrojen ve elektron alışverişi; bunlardan
biri pridinin 4 pozisyonuna hidrid iyonu olarak taşınır, diğeri ortama H+ iyonu olarak
salınır.
8
piridin nükleotide bağımlı enzimlerin katalizlediği reaksiyonların gerçekleşme derecesini
takip etmede yararlanılır. Enzim katalizli reaksiyon süresince NADH oluşumunun 340 nm’
deki absorbansı izlenir.
B3 vitamini en çok et ve özellikle karaciğerde bulunur. Bunlardan başka bira mayası,
yeşil sebzeler, ceviz, fındık, çay, kahve, buğday, baklagillerde bu vitamin için iyi bir
kaynaktır.
B3 vitamini, karbohidrat, yağ ve protein metabolizması için gereklidir.
Yetersizliğindeki hastalık ve belirtiler şunlardır:
1. Sinir sistemi bozuklukları, hal ve hareketlerde anormallikler,
2. Sindirim sistemi bozuklukları,
3. Deride simetrik yaralar. Bu belirtileri olan hastalık pelegradır.
CH3
O
H
HO CH2 C C C NH CH2 CH2 COOH
CH3 OH
İnsan ve hayvan organizmasında pantotenik asidin önemi, koenzim A (Co A)’ nın
bileşeni olmasından ileri gelir. Koenzim A başlıca üç birimden oluşmuştur: β–
merkaptoetilamin, pantotenik asit ve riboz şekerinin 3'–hidroksil grubu fosforillenmiş ADP
(Şekil 8.7).
9
NH2
Reaktif tiyol grubu
N C
N Adenin
H H H CH3
O O HC
CH
HS CH2 CH2 N C CH2 CH2 N C C C CH2 O P O P O CH2
N N
O
O O OH CH3 O O
H H
-merkaptoetilamin
H H
O P O
3-Fosfoadenozin difosfat
Şekil 8.7. Koenzim A (Co A). Pantotenik asidin hidroksil grubu fosfat ester bağıyla modifiye ADP
parçasına bağlanır ve bunun karboksil grubu amid bağıyla β–merkaptoetile bağlanır. ADP
parçasında 3'–hidroksil grubu, ADP’ nin kendinde bulunmayan bir fosforil grubuna
sahiptir.
Koenzim A’ nın aktif kısmı uçtaki sülfidril (–SH) grubudur. Koenzim A, açil grubu
taşıyıcısı olarak; yağ asitlerinin oksidasyonu, yağ asitlerinin sentezi, pirüvatın oksidasyonu ve
enzimatik biyolojik açilleme reaksiyonlarına iştirak eder. Co A’ ya açil grubu olarak en fazla
bağlanan asetil grubudur.
O O
Bir başka deyişle, asetil CoA’ nın asetil grubu transfer potansiyeli yüksektir. ATP’ nin
aktifleşmiş fosfat grubu taşıyıcısı olması gibi, CoA’ da aktifleşmiş açil ve asetil grupları
taşıyıcısıdır. Açilleme ve asetilleme reaksiyonlarında gerekli olan enerji tiyoester bağının
hidrolizi ile sağlanır.
Pantotenik asit; karaciğer, böbrek, yumurta, bira mayası, bezelye, kuru fasulye, süzme
bal, karnabahar ve lahanada çok miktarda bulunmaktadır. Hayvansal ve bitkisel besinlerde
yeterince bulunur. Karbohidrat, yağ ve protein metabolizması için gereklidir. Eksikliğinde
deride yaralar, saç dökülmesi ve sinir sistemi bozuklukları görülür.
10
8.1.5. Piridoksin (B6 vitamini)
Bir piridin türevi olan piridoksin (piridoksol), biyolojik olarak pridoksal ve
piridoksamine dönüşebilir. B6 vitamininin aktif koenzimleri de pridoksal fosfat (PLP) ve
piridoksamin fosfattır (Şekil 8.8).
CH2OH
HO CH2OH
H3C
N
Piridoksin
CHO CHO
O
HO CH2OH HO CH2 O P O
O
H3C H3C
N N
Piridoksal Piridoksal fosfat
CH2NH2 CH2NH2
O
HO CH2OH HO CH2 O P O
O
H3C H3C
N N
NH3 O O NH3
Transaminaz
H C COO + C COO C COO + H C COO
PLP
R1 R2 R1 R2
11
H H
-H2O
H2 N C COOH + O C E R1 C N CH E R1 C N CH2 E
+H2O
R1 H COOH COOH
+H2O
H2 N CH2 E + R C COOH
Meydana gelen enzime bağlı pridoksamin fosfat, bu reaksiyon dönüşümüyle bir başka
α–keto asitle reaksiyona girer. Sonuçta yeni bir aminoasit ve piridoksal fosfat–enzim
kompleksi oluşur.
O H
12
8.1.6. Biyotin
Biyotin birbiriyle kondanse olmuş bir imidazol halkası ile tiyofen halkası ve tiyofen
halkasına bağlı bir valerik asitten ibarettir (Şekil 8.9).
O
COO N C
CH
H3N C H H
CH2
CH2
CH2
CH2
Enzimin lizin kalIntIsI CH2
CH2
CH2
CH2
NH
NH
C O
COOH C O
Şekil 8.9. Biyotin ve bir enzim-lizin kalıntısının biyotinil türevinin karboksillenmiş şekli.
Biyotin CO2’ nin enzimatik taşınmasında rol alır. Mesela biyotin, propiyonil CoA
karboksilaz enziminin yapısındaki spesifik bir lizinin yan zincirindeki ε-amino grubuna amid
bağıyla bağlanır. Bu bileşik biyotin lizin veya biyositin olarak adlandırılır. Propiyonil CoA
karboksilaz, pirüvat karboksilaz ve asetil CoA karboksilaz gibi belirli karboksilleyici
enzimlerde biyotin, karboksi biyotinil lizin halinde CO2’ nin taşıyıcısı rolünü oynar (Şekil
8.10). Karboksilaz enzimlerinin substratı HCO3 - anyonudur.
Böyle bir karboksilasyon reaksiyonu aşağıdaki reaksiyonların toplamı olan eşitliğe
göre gerçekleşir.
ATP + HCO3- + Biyotin - enzim ADP + Pi + Karboksibiyotin-enzim
Karboksibiyotin-enzim + Substrat Biyotin-enzim + Karboksillenmis. substrat
13
Memeli karaciğer ve böbreğindeki en önemli telafi edici reaksiyon, pirüvat
karboksilazla katalizlenen ve pirüvatın CO2 ile tersinir karboksillenmesi sonucu okzalasetattın
oluşumudur.
Pirüvat karboksilaz
Pirüvat + HCO3- + ATP Okzalasetat + ADP + Pi
Pirüvat karboksilazın reaksiyonu için, enzimin prostetik grubu (koenzimi) olan biyotin
gerekir (Şekil 8.10).
Şekil 8.10. Biyotinin pirüvat
O O O
karboksilaz reaksiyonundaki
O P O P O P O Riboz Adenin ATP
rolü. Biyotin, biyotinil-enzim
O O O
kompleksini oluşturmak için,
..
HN NH
O O O
C C CH2 C +
O
O O
Okzalasetat (CH2)4 C
S NH
Biyotinil-enzim E
14
Biyotin en çok yumurta sarısında, karaciğerde, sütte, böbrekte ve mayada bulunur.
Yiyeceklerde yeteri kadar bulunur. Çiğ yumurta yendiği zaman yumurta beyazında bulunan
avidin adı verilen glikoprotein, biyotinle birleşerek sindirilemeyen bir kompleks meydana
getirir ve dışkı ile atılır. Pişmiş yumurtada avidin denatüre olur ve biyotini bağlayamaz.
Biyotin üre sentezi, yağ asitleri ve aminoasitlerin metabolizması için gereklidir.
C N O
H
N C CH2 NH C NH C CH2 CH2 COOH
COOH
H2N C CH
N N
Folik asit
OH H
C N H O
6 9 10 H
N 4 5 C CH2 NH C NH C CH2 CH2 COOH
3
H COOH
H2N C C
2 N N8 7 H
1
H
Tetrahidrofolik asit (THF)
Şekil 8.11. Folik asit ve tetrahidrofolik asidin yapısı. N5– ve N10 azot atomları C1– grubunun
taşınmasında görev alır.
Tetrahidrofolat tarafından taşınan bir karbonlu birimler, 5 veya 10 nolu azot atomu
veya her ikisine birden bağlanırlar. Bu bir karbonlu birimler üç yükseltgenme basamağında
olabilirler (Tablo 8.2). En çok yükseltgenmiş bir karbon birimi olan CO2 ’ in ise biyotin
tarafından taşındığı daha önce anlatılmıştı.
15
Tablo 8.2. THF tarafından taşınan bir karbonlu birimler.
Oksidasyon Derecesi Grup
En çok indirgenmiş –CH3, metil
Az indirgenmiş –CH2–, metilen
En çok yükseltgenmiş –CHO, formil
–CH=NH, formimino
–CH=, metenil
Metabolizma olaylarında en önde gelen bir karbonlu birim kaynağı serin olup, bu
birimi glisine dönüşürken verir. Tetrahidrofolatın çoğu formları birbirine dönüşebilir,
metabolik reaksiyonların bir kısmında tetrahidrofolat tek karbon vericisidir. Tetrahidrofolat
için tek karbon biriminin ana kaynağı, serin-glisin dönüşümünden alınan karbondur ve
N5,N10–metilen THF oluşur ve bu da N5–metil tetrahidrofolata indirgenebilir. Tetrahidrofolat
türevlerinin katıldığı reaksiyonlara örnek olarak homosisteinden metiyonin oluşum
reaksiyonunu verebiliriz. Serinin hidroksimetil grubu N5–metil türevine dönüşür ve metil
grubu homosisteine aktarılarak metiyonin oluşur (Şekil 8.12). N5–metil tetrahidrofolat
karaciğerde metiyonin sentezinde rol alır. Metiyonin bir esansiyel aminoasit olmasına karşın
insanlarca sadece homosistein kısmı sentezlenemez.
16
H H
H
H3N C COO H3 N C COO N
H
N CH2
CH2OH H
CH2 H
H Serin Glisin
H2 O 5
5 N CH2
N
CH2 H2C N
H PLP 10
HN
10 Transferaz N5,N10-metilentetrahidrofolat
COO-
Tetrahidrofolat
NADH + H+
(aktif kIsIm) H3N C H
CH2 Redüktaz
CH2
H NAD+
N
CH2 SH
COO- Homosistein H
H N
H3 N C H CH2
5
+ N H
CH2 CH2 Metiyonin sentaz
H 5
CH2 N CH2
HN
H3 C S 10
CH3 HN
Metiyonin Tetrahidrofolat 10
(aktif kIsIm)
N5-metiltetrahidrofolat
Şekil 8.12. Tetrahidrofolat üzerindeki tek karbonlu birimlerin dönüşümü ve metiyonin sentezi.
N5,N10–metilen tetrahidrofolatın N5–metil tetrahidrofolata dönüşümü etkin olarak
dönüşümsüzdür. Bazı organizmalarda metiyonin sentezinde metil grubu vericisi metil
kobalamindir.
Folik asit; en çok yeşil yapraklarda, karaciğer, et, yumurta ve sütte bulunur. Folik asit,
aminoasit metabolizması ve kan hücrelerinin yapımı ve olgunlaşması için gereklidir.
Eksikliğinde üreme zayıflığı, anemi ve deride yaralar görülür. Günde 400–800 mg folik asit
almak belleği koruma bakımından önemli bir yarar sağlayabilir.
17
H2 H2
C C
S S Yükseltgenmis. form indirgenmis. form
H2C H2C H2 H2C SH
S S C
CH CH S CH2
H2C
CH2 CH2 S HC SH
CH
CH2 CH2 CH2
CH2
CH2 CH2 Lipoik asit
CH2
CH2 CH2
CH2
COOH C O
Lipoik asit CH2
NH
C O
H2C SH CH2
NH
H2C CH2
CH2
CH SH CH2
CH2
CH2 CH2 Enzimin lizin kalIntIsI
CH2
CH2 CHNH2
CH2
CH2 COOH
CH
CH2 N-Lipoillisin N C
(Lipoamid) H
COOH O
18
H
H3C C OH
H2
C HC S H2C SH
C S S
H 2C + CH2
+ N
N
S
CH HC S C CH3
C C
C C
CH3 O
CH3
Şekil 8.14. Tiaminpirofosfatın hidroksietil türevinden bir asetil grubunun ve hidrojen atomlarının
lipoik asit üzerine taşınması.
19
koenzim B12 1 2
1 2
C C C C
H X X H
20
OH OH
H
H
H H
O
5'-Deoksi
N N
adenozin
N
N
CH2 NH2
NH2
C O
-CN R
CH2
CH2
O H3C H
CH2 NH2
H2 N C C
CH2
O
H H3C
CH3 CH3 Korin
halka
N sistemi
H2C N
+3
Co H
H2C
O N C NH2
N CH2
C H3C
H3C H O
H2N H
H3C
CH2
CH3
CH2 CH2
H2C C O
O
NH
C
H2 N
CH2
Amino izopropanol
HC CH3
H3C
N O
O P O
Dimetilbenzimidazol H3C N O
ribonükleotid O H
OH
H CH2OH
H H
21
8.1.10. C vitamini (Askorbik asit)
Yapı itibariyle en basit vitaminlerden biri olan C vitamini bir şeker asidinin
laktonudur. Birçok hayvansal organizma ve bitki askorbik asidi glukozdan ve diğer basit ön
basamaklardan sentezleyebilir. C vitamini insan dahil bazı omurgalılar için esansiyeldir. Bazı
hayvan türleri örneğin maymun, bazı kuşlar ve bazı balıklar glukonolakton oksidaz enzimine
sahip olmadıkları için askorbik asit sentezi yapamazlar ve diyetle almak zorundadırlar.
L–Askorbik asit, kolayca hidrojen atomu veren ve L–dehidroaskorbik aside dönüşen
kuvvetli bir indirgen yani antioksidanttır. L–Dehidroaskorbik asit de C vitamini etkisine
sahiptir. Bu aktivite dehidroaskorbik asidin lakton halkasının diketogulonik aside
hidroliziyle kaybolur (Şekil 8.16).
O C O C COOH
+
2H + 2e - H2O
HO C O C O C
O O
HO C O C O C
H C H C H C OH
HO C H HO C H HO C H
22
Tablo 8.3. Bazı gıdaların C vitamini içeriği
Besin maddesi Askorbik asit (mg/100g)
Kuşburnu 200
Portakal 50
Limon 50
Ispanak 60
Domates 24
Marul 15
Patates (çiğ) 30
Elma 20
Havuç 6
Süt 2.4
23
8.2. YAĞDA ÇÖZÜNEN VİTAMİNLER
Yağda çözünen A, D, E ve K vitaminlerinin hepsi de izopren birimlerinden meydana
gelmişlerdir. Yağda çözünen vitaminlerin spesifik biyolojik fonksiyonları hakkında suda
çözünen vitaminlere göre daha az şey bilinmektedir. Şimdiye kadar yağda çözünen
vitaminlerin hiçbirisi için spesifik bir koenzim fonksiyonu bulunamamıştır. Bu vitaminlerden
sadece A ve D vitaminleri etkisinin moleküler mekanizması tanımlanabilmiştir.
8.2.1. A vitamini
A vitamini doğada iki yaygın şekliyle mevcuttur. Memeli dokularında ve deniz suyu
balıklarında A1 vitamini(retinol); tatlı su balıklarında A2 vitamini(retinol2) şeklinde bulunur
(Şekil 8.17). Her iki A vitamini de, altı üyeli bir karbon halkası ve 11 karbonlu bir yan
zincirden oluşur.
H2 H
C C
H2C 4 4
5 3CH2 H2C
5 3CH
H3C H3C
C6 2 CH3 C6 2 CH3
1 1
H3C C H3C C
CH CH
CH CH
C CH3 C CH3
CH CH
CH CH
CH CH
C CH3 C CH3
CH CH
CH2OH CH2OH
A1 vitamini A2 vitamini
Şekil 8.17. A1 vitamini (retinol), A2 vitamini (retinol2). A2 vitamini 3'– ve 4'– nolu karbonlar arasında
ek bir çift bağ içermektedir.
Havuç, patates ve diğer sebzelerin karakteristik rengini veren β–karoten adlı pigment,
omurgalılarda enzimatik olarak A vitaminine dönüşebilir. Simetrik bir yapıya sahip olan α-,
β–, ve γ-karotenler, bağırsak zarında ve karaciğerdeki enzimatik reaksiyonlarla ortadan ikiye
bölünür ve iki molekül A1 vitamini (retinol) meydana gelir (Şekil 8.18).
24
CH3
Aldehidin Epitel hücrelere
aside Retinoik asit
hormonal sinyal
CH3 oksidasyonu (d)
H3C
CH3 CH3 CH3
2
CH3
6 CH3 CH3 CH3
H3C
CH OH C
15 2 C
H O
A1 vitamini (Retinol) H O
11-cis-Retinal tüm-trans-Retinal
(b) (görme pigmenti)
H3C (e)
(c)
CH3
CH3
H3C
-karoten
(a)
Şekil 8.18. (a) β–karoten, A vitamininin öncülüdür. (b) β-karotenin parçalanması iki molekül A1
(retinol) ortaya çıkarır. (c) C–15’ deki oksidasyon retinolü, retinale dönüştürür. (d) Daha
ileri oksidasyon sonucunda, derideki gen ifadelenmesini düzenleyen bir hormon olan
retinoik asit üretilir. Retinal, opsin proteini ile birleşerek, doğada birçok canlı tarafından
görme pigmenti olarak kullanılan rodopsini oluşturur. Karanlıkta, rodopsinin retinali 11–
cis–retinal(c) şeklindedir. Rodopsin molekülü, görünür ışık tarafından uyarıldığında, 11–
cis–retinal bir seri fotokimyasal reaksiyonla tüm trans-retinale (e) çevrilerek, bütün
rodopsin molekülünün şeklinde bir değişikliğin oluşmasına sebep olur. Omurgalı
retinasının rod (çubuk) hücresindeki bu değişim, beyine görsel iletimin temeli olan bir
elektriksel sinyal gönderir.
Retinol, memeli hayvan dokularında bulunur ve kanda uzun zincirli yağ asidiyle ester
oluşturarak taşınır. A vitamini (retinol)’ nin çeşitli şekilleri, hormon olarak ve omurgalıların
görme pigmentleri (Şekil 8.18) olarak görev yapar. Hücre çekirdeğindeki reseptör proteinler
aracılığıyla etki eden A vitamini türevi retinoik asit, deriyi de içeren epitelyum dokuların
gelişmesindeki gen ifadelenmesini düzenler. Retinoik asit, şiddetli akne ve buruşuk cilt
25
tedavisinde kullanılan ilacın (Retin–A) aktif maddesidir. A vitamini türevi olan retinal,
retinadaki çubuk (rod) ve tıpa (kon) hücrelerinin ışığa tepkilerini başlatan ve beyine giden
sinir uyarısı oluşturan pigmenttir.
A vitamininin genel biyolojik fonksiyonunun belirlenmemesine karşılık, omurgalıların
görme olayındaki rolü hakkında sağlam bilgiler vardır. A vitamininin omurgalıların görme
olayındaki rolü şöyle açıklanabilir:
1. Retinada (Ağ tabaka) fotoreseptör hücrelerin bir pigmenti vasıtasıyla ışık enerjisi
absorplanır, bu sırada bir fotokimyasal ürün meydana gelir,
2. Bu fotokimyasal ürün vasıtasıyla bir sinir impulsu ortaya çıkar,
3. Görme renk maddesi ışığa hassas şekline tekrar döner (Şekil 8.19).
Is.Ik enerjisi
Rodopsin
(glikoprotein)
Opsin
(Protein)
11-cis-Retinal tüm-trans-Retinal
NADH+ H+ NADH+ H+
Retinol redüktaz Retinol redüktaz
NAD+ NAD+
11-cis-Retinol tüm-trans-Retinol
Retinol izomeraz
Şekil 8.19. Çubuk hücrelerde görme siklüsü (çevrimi).
Diğer memeli hayvanlarda olduğu gibi insan gözü ağ tabakasında ışığa hassas iki
farklı fotoreseptör hücre bulunur. Çubuk(rod) lar zayıf ışık şiddetini algılayacak yapıda olup,
hiçbir rengi ayırt edemezler. Bu hücreler gece görmekten sorumludur ve A vitamini
eksikliğinden etkilenirler. Buna karşılık tıpa şeklinde olanlar (koniler) rengi algılarlar ve
kuvvetli ışığa uyum sağlarlar.
Ağ tabakanın çubuk hücreleri birbiri üzerine kümelenmiş membran vezikülleri
şeklinde, retinanın ışığa hassas yüzeyinde paralel sıralanmışlardır. Bu veziküllerin membran
proteinlerinin yaklaşık yarısı, ışık absorplayan rodopsin proteininden (M.A. 28000) ibarettir.
Çubuk hücrelerde en önemli ışık reseptörü olan rodopsin, opsin proteini ve ona çok sıkı bağlı
11–cis–retinalden meydana gelmiştir.
26
Rodopsinin opsin ve tüm–trans–retinalden rejenere edilmesi için, tüm–trans–retinol,
11–cis–retinal izomerine dönüştürülmelidir. Böylece oluşan 11–cis–retinal tekrar opsinle
birleşerek rodopsini meydana getirir.
Görme olayının son kısmında, ağ tabakada rodopsin molekülünün beyazlamasıyla sinir
impulsu oluşur ve bu da beyinde özel ışık olarak algılanır.
A vitamini eksikliğinde sadece retina değil memeli organizmanın bütün dokuları
etkilenir. A vitamininin Ca+2 iyonlarının belirli membranlar arasından taşınmasında önemli rol
oynadığı düşünülmektedir. A vitamini eksikliği genç hayvanlarda; büyüme geriliğine, kemik
ve sinir sisteminin doğru gelişmemesine sebep olur. Deri kurur ve kalınlaşır, böbrekler ve
değişik bezler dejenerasyona uğrar ve kısırlık görülür. İnsanlarda, A vitamini eksikliğinin çok
çeşitli belirtileri vardır. Bunlar deride, gözlerde ve mukozada kuruluk, gelişme ve büyüme
geriliği ve genellikle A vitamini eksikliğinin tanısında kullanılan erken bir belirti olan gece
körlüğüdür. A vitamini eksikliğinden en fazla etkilenen gözlerdir. İnsanlar daha basit öncül
maddelerden retinal oluşturamazlar, bu nedenle retinali diyetle A vitamini şeklinde almaları
gerekir.
A vitamini, ilk kez balıkların karaciğer yağından izole edilmiştir. Karaciğer, yumurta,
süt ve tereyağı iyi birer A vitamini kaynağıdır. İnsanın günlük A vitamini ihtiyacı 1 mg’ ın
altındadır. Bu ihtiyaç büyük ölçüde salata, ıspanak, patates gibi karotence zengin yeşil ve sarı
bitkisel besinlerden karşılanır. A vitamininin fazla alınması toksiktir; karaciğerde depolanarak
hasara ve çocuklarda kolay kırılan kemiklere sebep olur.
8.2.2. D vitamini
D vitamini etkisi gösteren on kadar farklı bileşik bilinmektedir. D vitaminlerine
kalsiferoller de denir. En önemli olanları D2 vitamini (ergokalsiferol) ve D3 vitamini
(kolekalsiferol)’ dür. Bu bileşikler B–halkası açılmış steroidler olarak düşünülebilir. D2
vitamininin ön maddesi (provitamini) maya ve bitkilerde bulunan ergosterol ve D3
vitamininin provitamini ise kolesterol sentezi ara bileşiği olan 7–dehidrokolesteroldür. Bu
provitaminler UV ışınlarının etkisiyle B–halkasının açılması sonucu vitamin türevlerine
dönüşür (Şekil 8.20).
27
21 CH3 CH3 CH3 CH3
CH CH CH CH CH CH CH CH
20 22 23 24
18 CH3 CH3
H3C CH H3 C CH
12 17 27 25
11 13 16
19 CH3 C D 26CH3 CH2 CH3
14 15 UV
1 9
2 10 8
A B
3 5 7
4 6
HO HO
Ergosterol D2 vitamini
(ergokalsiferol)
(a)
CH3
CH3
HC CH2 CH2 CH2
CH CH2 CH2 CH2
CH3
H3C CH CH3
H 3C CH
HO HO D3 vitamini
7-Dehidrokolesterol
(Kolekalsiferol)
-
Karacigerde 1 basamak
Böbrekte 1 basamak
CH3
HO
(b) 1,25-Dihidroksikolekalsiferol
Şekil 8.20. (a) D2 vitamininin provitamininden oluşumu, (b) D3vitamininin provitamininden oluşumu
ve metabolizması. Kolekalsiferol (D3vitamini), deride 7–dehidrokalsiferolün UV ışınına
maruz kalmasıyla üretilir. Karaciğerde, C–25’ e bir hidroksil grubu eklenir. Böbrekte de
C–1’ deki ikinci bir hidroksillenme; aktif bir hormon olan 1,25–dihidrokolekalsiferolü
üretir. Bu hormon, böbreklerdeki, barsak ve kemiklerdeki kalsiyum metabolizmasını
düzenler.
28
Yetişkin bir insanın D vitamini ihtiyacı günlük 20 µg’ dır. D vitamini, karaciğerde
depolanır ve haftalarca kullanılabilir. D vitamini eksikliği hatalı kemik oluşumuna yol açar. A
vitaminin de olduğu gibi, D vitamininin aşırı alınması da kemik iskeletinin kırılabilirliğini
artırır. Bu gözlemler her iki vitaminin kalsiyumun biyolojik taşınması ve depolanmasında rol
oynadığını göstermektedir.
D vitaminleri, kalsiyum ve fosfat iyonlarının ince bağrsaktan emilmesini hızlandırırlar.
D3 vitamininin kendisi biyolojik olarak etkin değildir. Fakat karaciğerde ve böbreklerdeki
enzimler tarafından bağırsaktaki kalsiyum emilimini, kemikler ve böbreklerdeki kalsiyum
seviyelerini düzenleyen bir hormon olan 1,25–dihidrokolekalsiferole çevrilir (Şekil 8.20).
Daha sonra bu hormon kan yoluyla geldiği barsak mukozası hücrelerine etki ederek kalsiyum
iyonlarının emilmesini kolaylaştırır. Bu sırada fosfat iyonlarının emilmesi de
elektronötrallikten dolayı kendiliğinden artar.
D vitamini metabolizması ürünü olan 1,25–dihidrokolekalsiferol; steroid hormonları
gibi gen ifadelenmesini düzenler. Örneğin, Ca+2 bağlayan bir protein sentezini harekete
geçirir. Ca+2 iyonlarının emilmesi, bağırsak mukozasında sentezlenen taşıyıcı bir protein
tarafından kolaylaştırılır.
1,25–dihidrokolekalsiferolün rolü parathormon etkisiyle sınırlıdır. Ca+2konsantrasyonu
normalin altına düşerse; paratiroid bezinden parathormon salgılanır. Bu hormon böbreğe etki
ederek 1,25–dihidrokolekalsiferol oluşumunu uyarır. Organizmaya yeteri kadar kalsiyum
alınmazsa, 1,25–dihidrokolekalsiferolün kemiklerden kalsiyum ve fosfat iyonlarının
mobilizasyonunu hızlandırma etkisi de görülür.
Plazma kalsiyum düzeyi 9–10 mg/100mL arasında tutulmalıdır. Bu düzeyin altında
tüm kaslarda (solunum kasları da dahil) tetanik kasılmalar, kramplar görülür, ölüm oluşur.
Ca+2 iyonları, kalsiyum tuzları, 3Ca3(PO4)2.Ca(OH)2 şeklinde kemiklerde tespit edilir,
dolayısıyla büyümeyi yani iskelet sisteminin normal gelişmesini sağlar. Raşitizmde, bilhassa
uzayan kemikler de çarpıklıklar, normal gelişememe ve eklemlerde şişlikler görülür. Güneşle
temas edenlerde raşitizm daha az görülür.
D2 vitamini (ergokalsiferol), mayada bulunan ergosterolün UV ışığına maruz
tutulmasıyla oluşturulan ticari bir üründür. D2 vitamini D3 vitaminine benzer, sterol halkasına
bağlı zincirde ufak değişiklikler vardır. D2 vitamini genelde besinsel destekleyici olarak süte
ve tereyağına eklenir.
D vitaminleri en çok balıkların karaciğer yağlarında, bundan başka az miktarda
yumurta sarısı, süt ve tereyağında bulunur. D2 provitamini olan ergosterol mantar ve
mayalarda, D3 provitamini olan 7–dehidrokolesterol ise deri altındaki yağda bulunmaktadır.
29
8.2.3. E vitamini
E vitamini etkisi gösteren α–, β–, γ–, δ– vb. tokoferoller olarak adlandırılan sekiz
bileşik bilinmektedir. Bütün tokoferoller tokol türevleridir. Tokoferoller bir kroman halka
sistemi ve izoprenoid bir yan zincir içerir. Kroman halka sistemi, bir benzen halkası ile bir
piran halkasının kondenzasyonundan meydana gelir. Tokoferoller içinde en bol bulunan ve en
aktif olan α–tokoferoldür (Şekil 8.21).
Kroman halka sistemi izoprenoid
HO
5 4
6 3 H3C
7 2 CH2 CH2 CH2 CH CH2 H
8 1
O 3
CH3
Tokol
CH3
HO
H3C
HO HO
H3C H3C
30
doymamış yağların hiçbir oksidasyon ürünü görülmez. Ancak E vitamini eksikliğinde bu
durum yağ depo yerlerinde görülebilir.
Tokoferollerin biyolojik fonksiyonları henüz tam olarak aydınlatılamamıştır.
Diyetlerinde, az miktarda E vitamini verilen laboratuvar hayvanlarında; deride pul pul
dökülme, kaslarda güçsüzlük ve yıkım ve kısırlık görülür. E vitamini eksikliğinin insanda
kısırlığa sebep olup olmadığı bilinmemektedir. E vitamini eksikliği insanlarda oldukça
nadirdir. Başlıca belirtisi, eritrositlerin parçalanmaya yatkın olmasıdır.
Tokoferoller en çok yumurta ve bitkisel sıvı yağlarda (mısır özü, soya yağı) özellikle
buğday tohumunda, cevizde boldur. Süt ve süt ürünlerinde, yeşil yapraklı bitkilerde bulunur.
Et ve meyvede çok az vardır.
8.2.4. K vitamini
Naftokinon halkası ihtiva eden K vitamininin etkisini gösteren doğal ve sentetik birçok
bileşik vardır. K1 ve K2 vitamini şeklinde gösterilen iki doğal K vitamini bilinmektedir. K2
vitamini aktif şekil olarak görünmektedir. Sentetik K vitamini olan K3 vitamini (diğer adıyla
menadion) uzun yan zincire sahip değildir (Şekil 8.22).
O
O K1 vitamini
O O
(CH2 CH C CH2)nH
O O
CH2
O O
O O
(a)
O O
H
C
OH
H2C C CH3
O
(b)
Şekil 8.23. (a) K vitamininin antagonisti olan dikumarol (K vitamininin tersi etkiye sahip), (b) Bir kan
antikoagulanı olan Warfarin.
32
9. BÖLÜM: METABOLİZMA VE BİYOENERJETİK
Geçen bölümlerde, canlı organizmalarda bulunan biyomoleküllerin yapı, çeşit ve
özellikleri anlatılmıştı. Şimdi sıra biyokimyanın en önemli iki sorusunun cevaplandırılmasına
gelmiştir.
1. Hücreler çevrelerinden enerji ve indirgeyici gücü nasıl elde ederler?
2. Hücreler kendi makromoleküllerinin yapı taşlarını nasıl sentezlerler?
İşte bu iki sorunun cevabını teşkil eden son derece karmaşık kimyasal reaksiyonların
tümüne birden metabolizma adı verilir. Metabolizma, çoklu enzim sistemlerinin (metabolik
yollar) görev yaptığı çok düzenli hücresel bir aktivite olup; şu dört işlevi yerine getirmektedir:
1. Güneş enerjisinden veya çevredeki yüksek enerjili besinleri parçalayarak kimyasal
enerji elde etmek,
2. Besin moleküllerini, makromoleküllerin öncül bileşikleri de dahil olmak üzere
hücrenin kendi karakteristik moleküllerine dönüştürmek,
3. Monomerik öncül bileşiklerin makromoleküllere polimerizasyonu sonucunda
proteinler, nükleik asitler ve polisakkaritleri oluşturmak,
4. Özel hücresel işlevler için membran lipidleri, hücre içi haberciler, pigmentler gibi
biyomoleküllerin sentezi ve yıkımını sağlamak.
Canlı organizmada meydana gelen kimyasal olayların tümü metabolizmayı oluşturur.
Metabolizmada değişik enzimlerle katalizlenen yüzlerde reaksiyon bulunmakla birlikte, bizim
ilgi odağımız canlının tüm formlarında önemli ölçüde benzerlik gösteren ve az sayıda olan
merkezi metabolik yollar olacaktır.
E. coli gibi basit bir organizmada bile bin kadar kimyasal reaksiyon olmaktadır.
Yüksek canlı yapılarını göz önüne aldığımızda biyokimyasal reaksiyonların sayısı büyük
rakamlara ulaşır. Bununla birlikte, bu reaksiyon çokluğunun yanı sıra reaksiyon çeşitlerinin o
kadar çok olmadığı görülür. Bu reaksiyonların mekanizmaları da oldukça basittir. Örneğin bir
çift bağ genellikle dehidratasyon yoluyla oluşur. Bütün canlı çeşitlerinde yalnız 100 kadar
molekül anahtar rol oynar. Metabolik yollar ortak tarzda düzenlenirler.
Bu bölümde, metabolizmanın genel prensipleri ve motifleri biyoenerjetik adı verilen
ve canlı organizmadaki enerji dönüşümlerini kapsayan temel ilkelerle beraber ele alınacaktır.
Önce hücre hayatı için gerekli olan karbon ve enerji kaynakları ile ilgili bir sınıflandırma
yapılıp; daha sonra karbon ve azot devirleri (çevrimleri) açıklanacaktır.
33
9.1. HÜCRELERİN KARBON VE ENERJİ KAYNAKLARI
Canlı organizmalar çevreden aldıkları karbon atomunun kimyasal şekline bağlı olarak
iki büyük gruba ayrılırlar: Ototroflar ve heterotroflar. Ototroflar (fotosentetik bakteri ve
yüksek bitkiler gibi) karbon kaynağı olarak yalnız atmosferdeki karbondioksiti kullanarak
karbon içeren biyomolekülleri oluştururlar (Şekil 9.1.). Siyanobakteriler (mavi–yeşil algler)
gibi bazı ototrof organizmalar, atmosferik azotu da kullanarak tüm azotlu bileşikleri
sentezlerler (Şekil 9.3). Heterotroflar, atmosferik karbondioksiti kullanamadıkları için
karbonu, çevrelerinden glukoz gibi daha kompleks organik moleküllerden sağlarlar. Yüksek
hayvan hücreleri ve mikroorganizmaların çoğu heterotroftur. Ototrof hücreler ve
organizmalar, kendi kendilerine yeterken; heterotrof hücreler ve organizmalar karbonu daha
karmaşık yapılardan alabildikleri için diğer hücrelerin ürünleriyle beslenmek zorundadırlar.
Hücreler enerji kaynaklarına göre de sınıflandırılabilir. Enerji kaynağı olarak ışığı
kullanan hücrelere fototrof, indirgenme-yükseltgenme reaksiyonunu kullananlara da
kemotrof hücreler adı verilir. Kemotroflar, enerji elde etmek için yükseltgedikleri elektron
vericilerinin doğasına göre de ikiye ayrılırlar: Elektron vericisi olarak glukoz gibi kompleks
organik bileşiklere ihtiyaç duyan kemotroflara kemoorganotroflar; H2O, H2S, NH3 ve S gibi
basit inorganik elektron vericileri kullananlara da kemolitotroflar denilir. Benzer sınıflama
fototrof hücreler için de söz konusudur. Tablo 9.1’ de bütün hücrelerin enerji ve karbon
kaynaklarına göre; fotolitotrof, fotoorganotrof, kemolitotrof ve kemoorganotrof grupları
altında sınıflandırılması yapılmıştır.
Organizmaların büyük çoğunluğu fotolitotrof veya kemoorganotroftur; diğer iki grupta
nispeten çok az sayıda tür vardır. Fakat kemolitotrof grubundaki organizmalardan moleküler
azotun fiksasyonunu ve amonyağın nitratlara oksitlenmesini sağlayan toprak
mikroorganizmalarının canlı kürede çok önemli rolleri vardır. Bu arada yeryüzündeki
canlıların hemen hemen yarısının mikroorganizmalardan ibaret olduğunu ve bunların büyük
bir çoğunluğunun toprak ve denizlerde yaşadığını hatırlatmakta fayda vardır.
34
Tablo 9.1. Organizmaların karbon ve enerji kaynaklarına göre sınıflandırılması.
Organizma Tipi Karbon Enerji Elektron Örnek
Kaynağı Kaynağı Vericisi
Fotolitotroflar CO2 Işık İnorganik Yüksek bitkilerin hücreleri,
Fototroflar
35
organizmalar arasında güneş enerjisinin de eşliğinde sabit devir oluştururlar. Böylece ister
ototrof isterse fototrof olsun, bütün organizmalar için nihai enerji kaynağı güneş enerjisidir.
Glukoz
Güneş
enerjisi O2
Fotosentetik Heterotroflar
ENERJİ
ototroflar
H2O
Isı, entropi
(kullanılmayan enerji)
CO2
Canlılarda enerji dönüşümlerinde iki yapı önem kazanır: Yeşil bitkilerde kloroplastlar,
hem bitki hem de hayvan hücrelerinde mitokondriler.
Canlı sistemlerde enerji dönüşümleri:
1. Güneş enerjisi, fotosentezle kimyasal enerjiye dönüşür,
2. Karbohidrat ve diğer moleküllerin kimyasal enerjisi, solunumla ATP’ de fosfat bağı
enerjisine dönüşür,
3. Fosfat bağı kimyasal enerjisi, canlıların kullandığı serbest enerjiye dönüşür.
36
Güneş enerjisi
Fotosentez
Kimyasal enerji
(ATP, NADPH, glukoz)
Kullanılmayan enerji
(Isı, entropi)
Şekil 9.2. Biyosferdeki enerji akımı. Enerji, biyosferde bir devir oluşturmaz daha ziyade bir yöne
doğru akar.
37
Kendi kendine en yeterli hücreler azot fiksasyonu yapabilen ve toprak, temiz su veya
okyanusta bulunan siyanobakteriler (mavi–yeşil algler) dir. Bu organizmalar enerjilerini
güneşten, karbonlarını CO2’ den ve CO2 ’ nin indirgenmesi için elektronları da sudan alırlar.
İlk oksijen üreten fotosentetik organizmalar olan siyanobakteriler ortaya çıkıncaya kadar,
atmosferde oksijen çok azdı veya hiç yoktu. Denitrifikasyon bakterileri anaerobik şartlarda
(toprağın alt tabakalarında) yaşarlar ve nitratı (NO3-) , azot (N2) ve amonyağa dönüştürler.
Amonyak
Bitkiler
Şekil 9.3. Biyosferdeki azot devri. Atmosferik azot (N2) dünya atmosferinin yaklaşık % 80’ nini
oluşturmaktadır.
38
Enerji çevriminin kimyasal mekanizmasının açıklanması asırlarca biyologların ilgi
odağı olmuştur. Biyolojik enerji çevrimleri, tüm doğal olayları idare eden bazı fizik yasalarına
göre gerçekleşir. Bir biyokimya öğrencisi için esas olan bu yasaları anlamak ve evrendeki
enerji akışına nasıl uygulandıklarını öğrenmektir. Bu bölümde ilk olarak termodinamiğin
yasalarıyla; serbest enerji, entalpi ve entropi arasındaki nicel ilişkiyi inceleyeceğiz. Daha
sonra biyolojik enerji değişimlerinde ATP’ nin özel rolünü tanımlayacağız. Son olarak, canlı
hücrelerde yükseltgenme-indirgenme reaksiyonlarının önemini, elektron transfer
reaksiyonlarının enerjetiklerini ve reaksiyonları katalizleyen enzimlerin kofaktörleri olan
elektron taşıyıcılarını inceleyeceğiz.
39
Sistemlerdeki değişimin mesela, bir kimyasal reaksiyonun yönünü, iki eğilim belirler:
1) Enerjisini en aza indirme, 2) Maksimum düzensizliği kazanma. Termodinamiğin birinci
kanunu ile bir reaksiyonun kendiliğinden olup olmayacağı tahmin edilemez.
Entropi (S), olayın olma eğilimi bu işte faydalanılacak fonksiyonlardan birisidir ve bir
sistemin düzensizlik derecesinin bir ölçüsü olarak tanımlanır. Bir sistem daha düzensiz ve
dağınık bir hale geçtiğinde entropi artar ve ∆S pozitif (∆S > 0) olur. Termodinamiğin ikinci
kanununa göre bir olay, ancak ve ancak sistem ve çevre entropilerinin toplamı arttığı zaman,
kendiliğinden cereyan eder (Şekil 9.4). Kendiliğinden yürüyen (istemli) bir olay için daima
∆Ssis+∆Sçev.> 0, yani ∆Sevren > 0’ dır. Burada dikkat edilecek nokta, kendiliğinden yürüyen bir
olayda sistemin entropisi azalabilir fakat bu durumda çevrenin entropisi ∆Ssis+∆Sçev.>0 olacak
kadar artmalıdır. Canlı organizmalar kendilerini oluşturan çevredeki maddelerden çok daha
düzenli hale gelmiş molekülleri içerirler. Organizmalar bir düzenlilik oluşturur ve bunu
korurlar. Bu durum termodinamiğin ikinci yasasına uymuyor gibi görünmektedir. Son derece
teşkilatlı bir yapıya sahip bulunan canlılarda, atomların ve yapı taşı moleküllerin bir araya
gelmesiyle ortaya çıkan düzenli yapıdan dolayı sistemin entropisi azalmaktadır fakat
çevredeki entropi artışı bu azalmadan daha fazla olduğu için toplamları pozitif olmaktadır.
Organizmalar en düşük enerji düzeyine inme eğilimine karşı sürekli enerji harcamak
zorundadır.
60 oC 20 oC 1 M NaCl H2O
(1) (2)
Şekil 9.4. Sistemin entropisinin artışıyla yürüyen olaylara iki örnek: 1) Isı difüzyonu, 2) Çözünen
difüzyonu.
40
olup, burada ∆G, değişime maruz kalan sistemin sabit basınç (P) ve sıcaklıktaki (T) serbest
enerji değişimini, ∆S’ de sistemin entropisindeki değişimdir. Görüldüğü gibi bu denklemde
çevrenin özellikleri yer almamaktadır. Entalpi değişimi,
∆H = ∆E + P∆V
ile verilir. Entalpi bir hal fonksiyonu olup, sistemlerin ısı içeriğini yansıtır. ∆H, sabit basınçta
sistemin ısı alışverişine eşittir. Kimyasal reaksiyonlar ve canlılar sabit basınç altında açık
sistemler olduğundan ve özellikle, biyokimyasal reaksiyonların hepsinde hacim değişimi (∆V)
çok küçük olacağından, ∆H ≈ ∆E alınırsa; ∆H canlı sistemin toplam enerjisindeki değişimi
tam olarak yansıtmayabilir. Yani,
∆H = ∆E + P∆V ve canlılarda ∆V=0 olduğundan W= 0 olur ve ∆H ≈ ∆E’ dir.
∆G = ∆H – T∆S eşitliğinden ∆G = ∆E – T∆S olur.
yazılabilir. Sonuç olarak, bir reaksiyonun ∆G değeri sistemin iç enerjisi ve entropisindeki
değişime bağlıdır. Hücreler için ısı önemli bir enerji kaynağı değildir. Isı, hücre için sadece
optimum yaşama sıcaklığı sağlar. Hücreler tarafından kullanılan serbest enerji sabit sıcaklık
ve basınçta iş yapmaktadır. Hücreler, sabit sıcaklık ve basınçta iş yapan makineye benzer.
Bir reaksiyonun serbest enerjisindeki değişme (∆G), sistemdeki değişimle ilgili iki
eğilimi de (minimum enerji ve maksimum düzensizlik) ∆H ve ∆S şeklinde içinde
bulundurduğundan, bir reaksiyonun kendiliğinden yürüyüp yürümeyeceğinin önemli bir
kriteri olarak kullanılabilir. Buna göre bir reaksiyonda;
1. ∆G < 0 ise, reaksiyon belirtilen yönde kendiliğinden gerçekleşir,
2. ∆G = 0 ise, reaksiyon dengede olup, bileşenlerin konsantrasyonunda hiçbir net
değişme olmaz,
3. ∆G > 0 ise, reaksiyon belirtilen yönde kendiliğinden gerçekleşmez. Bu reaksiyonun
belirtilen yönde yürütülmesi için dışarıdan serbest enerji verilmesi gerekir.
Yukarıdaki kriterleri canlı sistemler için yorumlarsak, canlılardaki tüm olaylarda ∆G <
0’ dır. Canlı sistemler çevreleriyle hiç dengeye ulaşmazlar. Canlılarda denge hali yani ∆G = 0,
canlının ölümü manasını taşır.
Bir reaksiyonun ∆G değeri, ürünlerin toplam serbest enerjileri ile (son hal),
reaktantların toplam serbest enerjilerinin (ilk hal) arasındaki farka eşittir ve değişimin izlediği
yola bağımlı değildir. Reaksiyon mekanizmasının ∆G üzerine hiçbir etkisi yoktur. Mesela
glukozun CO2 ve H2O’ ya oksidasyonunda glukoz ister in vitro (hücre dışı) olarak yakılsın,
ister in vivo (hücre içi) olarak enzimli reaksiyonlarla yükseltgensin; ortaya çıkan ∆G aynıdır.
∆G reaksiyon hızı hakkında da hiçbir bilgi vermez, yalnızca olabilirliğini ifade eder.
41
∆G ve Denge Sabiti
A + B C + D
denge reaksiyonunun serbest enerji değişimi,
ifadesiyle verilir. Burada ∆Go, standart serbest enerji değişimi, R gaz sabiti, T mutlak
sıcaklıktır. ∆Go, standart şartlardaki serbest enerji değişimi olup, 25 oC’ de ve A, B, C ve D’
nin konsantrasyonları 1.0 M iken ölçülür. Özet olarak, bir reaksiyonun serbest enerji değişimi,
reaksiyona katılanların özelliğine ve konsantrasyonlarına bağlı bir değerdir.
Biyokimyasal reaksiyonlardaki serbest enerji hesaplamalarını basitleştirmek üzere bazı
kabuller yapılmıştır. Standart halde pH’ nın 7.0 olduğu, bu pH’ daki H+ ve H2O aktivitesinin
1.0 olarak alınması kabul edilmiştir. Biyokimyasal reaksiyonlar pH = 7.0’ de meydana geldiği
için ∆Go yerine ∆G′o yazılır. Ancak, biz bu farklılığı unutmayacağız ve ∆Go kullanmaya
devam edeceğiz.
Denge durumunda ∆G = 0 olacağından,
ifadesinden ∆Go = –RT lnK yazılır. Çünkü denge durumunda konsantrasyonlar denge
konsantrasyonu olacağından,
ifadesi gerçekleşir.
∆Go = –RT lnK denkleminin logaritmasının 10 tabanına göre alınmasıyla ∆Go = –2.303
RT logK şeklinde yazılabilir. Buda düzenlenirse,
ifadesi çıkar ve burada R=1.98 x 10-3 kcal/ mol x K ve T=298 K değerleri yerine konulursa,
bulunur. Görüldüğü gibi standart serbest enerji değişimi ile denge sabiti arasında basit bir
ilişki vardır. Denge sabiti büyüdükçe, reaksiyona giren moleküllerin ürüne dönüşüm eğilimi
artar, yani ∆Go daha negatif değer alır. Mesela K = 10 iken 25 oC’ de ∆Go = –1,36 kcal/mol;
K=100 ise ∆Go= –2,72 kcal/mol’ dür.
Bir reaksiyonun kendiliğinden oluşma kriteri, ∆Go değil, ∆G değeridir. Şimdi
dihidroksiaseton fosfatın, gliseraldehid–3–fosfat izomerine dönüştüğü reaksiyonun ∆Go ve ∆G
değerini hesaplayalım.
42
H O
CH2OH C
izomeraz
C O H C OH
CH2OPO3-2 CH2OPO3-2
A B + C Go= + 5 kcal/mol
B D Go= -8 kcal/mol
A C + D Go= -3 kcal/mol
43
Standart şartlarda A; B ve C’ ye kendiliğinden dönüştürülemez çünkü ∆Go pozitiftir.
Bununla birlikte aynı şartlarda B; D’ ye dönüştürülebilir (∆Go= –8,0 kcal/mol’ dür). Serbest
enerji değişimleri toplanabilir olduğundan, A’ nın C ve D’ ye dönüşmesinin ∆Go değeri -3
kcal/mol çıkar ve bu da söz konusu reaksiyonun standart şartlarda kendiliğinden
gerçekleşebileceğini göstermektedir. Bundan da anlaşılmaktadır ki, termodinamik yönden
mümkün olmayan reaksiyonlar; termodinamik yönden kolayca gerçekleşebilen bir başka
reaksiyonun beraberliğinde olabilmektedir. Metabolizmada bu tip enerji bağlantılarına sıkça
rastlanılmaktadır. Mesela 6 mol CO2 ve 6 mol H2O’ dan 1 mol glukoz oluşumunun ∆Go değeri
+686 kcal’ dir. Yani, standart şartlarda bu reaksiyon gerçekleşmez. Fakat bu serbest enerjiyi
karşılayacak bir mekanizma beraberliğinde kısacası fotosentez mekanizmasıyla güneş
enerjisinden elde edilen kimyasal enerji ile söz konusu glukoz sentezi yapılır.
Oksidasyon
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O Go= 686kcal/mol
Fotosentez
44
NH2
N
Yüksek enerjili N
- I
fosfoanhidrit baglar
N
N
O O O
O P O P O P O CH2
O
O O O
H H
H H
OH OH
Şekil 9.5. Adenozin trifosfat (ATP). (pH=7.0’ de)
ATP’ nin aktif şekli Mg+2 veya Mn+2 iyonları ile kompleks teşkil eden yapısıdır (Şekil
9.6). ATP’ nin enerji taşıyıcısı özelliğinde en önemli rolü trifosfat birimi oynamaktadır.
Çünkü molekül bu kısmından hidrolizlendiği zaman yüksek oranda serbest enerjinin açığa
çıktığı iki adet fosfoanhidrit bağı mevcuttur. ATP, adenozin difosfat (ADP) ve fosfata (Pi)
hidrolizlendiği gibi; adenozin monofosfat (AMP) ve pirofosfata (PPi) da parçalanabilir. Bu
reaksiyonlar için ∆Go değeri, ortamın iyonik şiddetine ve Mg+2, Ca+2 konsantrasyonlarına
bağlıdır. Biz ∆Go= –7,3 kcal/mol alacağız.
O O O
O P O P O P O Riboz Adenin
O O O
Mg+2
Mg ATP-2
O O
O P O P O Riboz Adenin
O O
Mg+2
Mg ADP-
Şekil 9.6. Mg+2 ve ATP. Mg+2 ile kompleks oluşması; negatif yükleri kısmen korumakta, ATP ve ADP
gibi nükleotidlerdeki fosfat gruplarının konformasyonunu etkilemektedir.
45
ATP + H2O ADP + Pi + H+ Go= -7.3kcal/mol
ATP + H2O AMP + PPi + H+ Go= -7.3kcal/mol
Pirofosfatın (PPi) oluştuğu reaksiyonların gerçekleşmesi için, bir ATP’ nin hidroliziyle
elde edilenden daha fazla enerjiye ihtiyaç gösteren reaksiyonlardır. Oluşan PPi daha sonra,
hücrede bulunan pirofosfataz enzimi katalizörlüğünde hidrolizlenir.
Pirofosfataz
PPi + H2O 2Pi Go= -7.3kcal/mol
46
saat içinde 40 kg ATP kullanır. Eksersiz halinde ise dakikada 0.5 kg kadar ATP harcar. Söz
konusu ATP sarfiyatının 1/3’ ünü Na+/K+ pompasında olmaktadır. Bir iyon veya molekülün
zardan, derişimlerin daha yüksek olduğu sıvı ortama geçebilmesi için gerekli enerji ATP’ den
sağlanır. Aktif taşıma olayları, enerjinin harcandığı başlıca yerlerdir. Örneğin, insan böbrek ve
beyninde istirahat halinde harcanan enerjinin 2/3’ ü Na+K+ATPaz aracılığıyla zarın bir
tarafından diğer tarafına Na+ ve K+ pompalanmasında kullanılır. Taşıma olayının her bir
devrinde ATP, ADP ve Pi’ ye dönüşmekte, protein konformasyonunda çevrimsel değişiklik
oluşturan ATP hidrolizinin serbest enerji değişikliği de, Na+ ve K+’ un pompalanmasını
sağlamaktadır. Burada ATP substratla değil, fosforil grubu transferiyle enzimle kovalent
olarak etkileşir.
İskelet kası hücrelerinin kontraktil (kasılabilen) sisteminde, miyozin ve aktin ATP’ nin
kimyasal enerjisini harekete dönüştürmek üzere özelleşmiştir. ATP, kovalent olmayan bir
şekilde miyozinin bir konformasyonuna bağlanarak proteini bu konformasyonda tutar.
Miyozine bağlı ATP’ nin hidrolizinde ADP ve Pi proteinden ayrılır. Bu durumda bir sonraki
ATP molekülü bağlanıncaya kadar ikinci bir konformasyonun hakimiyetiyle kas gevşer. ATP’
nin bağlanması ve bunu izleyen hidrolizden sağlanan enerji ile miyozin moleküllerindeki
konformasyonel değişiklik, miyozin fibrillerinin aktin flamentleri boyunca kaymasına neden
olur. Bu kayma sonucunda kas lifinde makroskopik düzeyde kasılma gözlenir. Canlılardaki
hareket, aktif taşıma, sinyal kuvvetlendirilmesi ve biyosentez ancak ve ancak ATP’ nin
sürekli olarak üretilmesiyle mümkündür (Şekil 9.7). Fototroflar ATP’ yi ışık enerjisini
yakalayarak, kemotroflar da besin maddelerini oksitleyerek üretirler.
O2 CO2
YakIt oksidasyonu
YAKIT veya H2 O
(Organik bilesik)
. katabolizma
ATP
ADP + Pi
Mekanik is.
Aktif tas. Ima
Biyosentez
Sinyal kuvvetlendirme
47
Acaba ATP’ nin fosfat grubunun transferiyle yani hidroliziyle niçin yüksek bir serbest
enerji açığa çıkmaktadır? ATP hidrolizinin nispeten büyük ve negatif olan standart serbest
enerji değişikliğinin kimyasal temeli Şekil 9.8’ de özetlenmektedir. ATP molekülündeki uç
(terminal) fosfoanhidrit bağının hidrolitik kopması, negatif yüklü üç fosfat grubundan birinin
ayrılmasını sağlar. Bu şekilde ATP içinde bazı elektrostatik itmeler meydana gelir. Salınan Pi
(HPO4-2), ATP içinde mümkün olmayan bazı rezonans formlarıyla kararlılık kazanır.
Hidrolizin diğer ürünü olan ADP-2 hemen iyonize olarak, düşük [H+] (~10-7 M) derişimli
ortama H+ iyonu salar.
ATP hidrolizinin standart serbest enerjisi yüksek oranda egzergonik (negatif) ise de
(∆G′o=–7.3 kcal/mol), ATP hidrolizinin aktifleşme enerjisi nispeten yüksek olduğu için,
molekül pH=7.0’ da kinetik olarak kararlıdır. Fosfoanhidrit bağının hızlı hidrolizi, reaksiyon
ancak bir enzimle katalizlendiğinde gerçekleşir.
O O O
: O O O
H O
O O O
O O O
Pi
iyonizasyon
Rezonans kararlIlIg- I
-3
O O O
O P O H + +
H + O P O P O Riboz Adenin ADP-3
O
O O
Şekil 9.8. ATP hidroliziyle birleşmiş büyük serbest enerji değişikliğinin kimyasal temeli. İlk olarak yük
ayrılmasının neden olduğu hidrolizde, ATP üzerindeki dört negatif yük arasında elektrostatik
itmeler meydana gelir. İkinci aşamada, hidrolizle açığa çıkan inorganik fosfat (Pi) yapısındaki
dört P–O bağının her birinin aynı derecede çift bağ karakteri ve oksijenlerinden herhangi birinin
hidrojenle kalıcı bağ yapmayan bir rezonans hibrit oluşumuyla kararlı hale gelir. Anhidrit veya
ester bağlarına katılan fosfatlarda da belli bir derecede rezonans kararlılığı oluşur. Ancak
rezonans formları Pi’ ye göre çok azdır. Üçüncü aşamada hidrolizle oluşan ADP-2, iyonize
olarak düşük [H+]’ ya sahip ortama (pH=7.0) bir proton salar. ATP hidrolizine yardımcı olan
dördüncü faktör (şekilde gösterilmemiştir), ADP ve Pi ürünlerinin ATP’ ye göre yüksek olan
hidrasyon derecesidir.
48
ATP’ nin hidroliziyle yüksek bir serbest enerji açığa çıkmasının sebebini ortaya
koymak için ATP’ nin yapısını incelememiz gerekmektedir. Bu konuda üç faktörün etkili
olduğu görülür: 1) Elektrostatik itme, 2) Rezonans kararlılığı, 3) Entropi artışı.
pH=7.0’ de ATP’ nin trifosfat birimi, dört tane negatif yük taşımaktadır. Bunlar
birbirlerine yakın olduklarından aralarında kuvvetli bir itme meydana gelir. ATP’ nin yüksek
grup transferi potansiyeline sebep olan ikinci faktör de, ADP ve Pi’ nin ATP’ ye göre daha
yüksek bir rezonans kararlılığına sahip olmasıdır. Mesela fosfatın (Pi) aynı enerjide dört
rezonans şekli varken (Şekil 9.9), ATP’ deki her bir fosfat grubu daha az sayıda rezonans hali
gösterir. ATP’ nin uç fosfat gruplarının her biri daha az sayıda rezonans şekillerine sahip
olmasının nedeni, oksijen üzerindeki elektron çifti için iki fosforun yarışmaya girmesinin
mümkün olmamasıdır.
O O O O
HO P O HO P O HO P O HO P O
O O O O
ATP hidroliz ∆Go değerinin çok negatif olmasını sağlayan üçüncü faktör de ürün veya
iyon sayısının daha fazla olmasıyla ortaya çıkan entropi artışıdır.
ATP -4 + H2O ADP -3 + Pi -2 + H+
ATP hidrolizine, ADP ve Pi ürünlerinin ATP’ ye göre hidrasyon derecesinin yüksek
olması da yardımcı olur.
Biyokimyacıların kullandığı yüksek enerjili bağ terimi, bağ enerjisinin yüksek
olmasıyla karıştırılmamalıdır. Çünkü bağ enerjisi, bir bağı parçalamak için ihtiyaç duyulan
yani dışarıdan verilmesi gereken enerji olup; yüksek enerjili bir bağ ise, bu bağın
hidrolizlenmesi olayının ∆Go değerinin çok negatif olması demektir.
Fosfat bileşiklerinin hidroliziyle salınan serbest enerji, kırılan özgül P–O bağından
gelmez; reaksiyon sonucu oluşan ürünlerin, reaksiyona girenlere göre daha küçük serbest
enerjili olmalarından kaynaklanır. Biz kolaylık olması açısından negatif hidroliz standart
enerjili ATP veya diğer fosfat bileşiklerini yüksek enerjili fosfat bileşiği olarak tanımlıyoruz.
Canlı organizmalarda bulunan fosfat bileşikleri, hidrolizin serbest enerjisine bağlı
olarak kendi aralarında iki gruba ayrılır (Şekil 9.10). Yüksek enerjili bileşiklerin hidroliz
∆G′o değeri –25 kJ/mol’ den daha negatiftir (5.98 kcal/mol≈6 kcal/mol). Bu kriter temel
alındığında ATP –30.5 kJ/mol (–7.3 kcal/mol) olan hidroliz ∆G′o değeri ile yüksek enerjili;
49
glukoz–6–fosfat ise, –13.8 kJ/mol (–3.3 kcal/mol) olan ∆G′o değeriyle düşük enerjili bir
bileşiktir.
COO-
-70 C O P
O CH2
O P
-60 Fosfoenolpirüvat
C Kreatin
P
H C OH Fosfokreatin
-50
H2C O P
Yüksek enerjili
-40 1,3-Bisfosfogliserat bilesikler
.
Hidrolizin
-
Go degeri Adenin Riboz P P ATP
P
(kj/mol) -30
-20
Pi
0
Şekil 9.10. Biyolojik fosfat bileşiklerinin hidroliz standart serbest enerjilerine göre sıralanması. Burada
P ile gösterilen fosfat gruplarının yüksek enerjili fosfat vericilerinden ATP yoluyla düşük
enerjili fosfat türevlerini oluşturmak üzere alıcı moleküllere (glukoz ve gliserol vb.) akışı
gösterilmektedir. Bu fosfat grubu akışı kinazlar adı verilen enzimler ile katalizlenmekte ve
hücre koşulları altında bir serbest enerji kaybına eşlik etmektedir. Düşük enerjili fosfat
bileşiklerinin hidrolizi, düşük fosfat grup transfer potansiyeline sahip Pi’ yi serbestleştirir.
Kreatin fosfat (fosfokreatin), yüksek enerjili fosfat grubunun iskelet kasında geçici
depolama şeklidir. Kas dokusu hücrelerinde fosfokreatin, ATP’ den 5 kat fazladır. Kreatin
fosfat, ADP’ den ATP’ nin hızlı sentezi için hazır fosforil grubu kaynağı olarak görev yapar.
Fosfokreatin molekülünde (Şekil 9.11), P–N bağı serbest kreatin ve Pi oluşturmak üzere
hidrolizlenebilir. Pi’ nin salınması ve kreatinin rezonans kararlılığı reaksiyonu ileriye doğru
hızlandırır.
50
COO- COO- COO-
51
Tablo 9.2. Biyolojik önemi olan bazı fosforilli moleküllerin hidroliz standart serbest enerjileri.
Bileşik ∆G0 (kcal/mol)
Fosfoenolpirüvat –14.8
Karbomoil fosfat –12.3
Asetil fosfat –10.3
Kreatin fosfat (Fosfokreatin) –10.3
Pirofosfat –8.0
ATP (ADP’ ye dönüşümü) –7.3
Glukoz–1–fosfat –5.0
Glukoz–6–fosfat –3.3
Gliserol–3–fosfat –2.2
olarak bulunur. Bu da [B]/[A] oranının 1.15 x 10-3’ e eşit veya daha küçük değerlerinde A’
nın B’ ye kendiliğinden dönüştürülmeyeceğini göstermektedir. Fakat bu reaksiyon ATP
hidroliziyle beraber gerçekleştiği zaman [B]/[A] oranı 1.15 x 10-3’ den küçük bile olsa A’ nın
B’ ye çevrilmesi gerçekleşebilir. Böyle bir reaksiyon denklemini aşağıdaki şekilde yazılabilir.
A B GO = +4.0 kcal/mol
ATP + H2O ADP + Pi + H+ Go=-7.3 kcal/mol
A + ATP + H2O B + ADP + Pi + H+ Go= -3.3 kcal/mol
Bu reaksiyonun denge sabiti K’ yı yazarsak,
bulunur.
ifadesini de yazabiliriz.
ATP üreten hücrelerde [ATP]/[ADP][Pi] oranı 500 civarındadır. Bu değeri ve K’ yı
yerine koyduğumuz zaman,
52
bulunur. Bu da ATP’ nin hidrolizi sayesinde, [B]/[A] oranı 1.34 x 105 değerine ulaşıncaya
kadar A’ nın B’ ye çevrilmesinin kendiliğinden gerçekleşeceğini göstermektedir. Diğer bir
deyimle ATP hidrolizi [B]/[A] denge oranını 108 defa artırmış olmaktadır.
Yukarıdaki örnekte bir ATP hidroliziyle reaksiyon dengesinin 108 defa ürünler lehine
kaydığını gördük. Eğer n molekül ATP hidrolizlense, denge sabiti 108 defa büyüyecektir. 3
ATP’ nin hidrolizlendiği bir reaksiyonun dengesi 1024 oranında değişecektir. Verilen
örnekteki A ve B’ yi genelleştirirsek, bunlar bir proteinin iki farklı konformasyonunu temsil
edebilir. Mesela, kas proteini göz önüne alındığında, kasın gevşek az enerjili hali A, gerilmiş
çok enerjili hali de B olabilir. Bir iyon veya molekülün hücre içindeki ve dışındaki
konsantrasyonu da aynen besin maddelerinin aktif transportunda olduğu gibi, verilen
örnekteki A ve B tarafından temsil edilebilir. Kompleks organik bileşiklerin basit başlangıç
maddelerinden sentezinde de, A ve B bu molekülleri gösterebilir.
ATP canlılarda acil enerji kaynağı rolünün yanı sıra bir başka fonksiyon daha görür.
Hemen hemen tüm fosforilasyon olaylarında fosforil grubu vericisi ATP’ dir. Bu rolü hem ara
metabolizmada hem de metabolik regülasyonda oldukça önemlidir.
53
H
Dehidrogenaz
NAD+ + R1 C R2 NADH + R1 C R2 + H+
OH O
CONH2 CONH2
+ 2H+ + 2e- + H+
N N
R R
NAD+ (yüks.) NADH + H+ (ind.)
FAD + R1 C C R2 FADH2 + R1 C C R2
H H H H
FAD’ nın reaktif kısmı izoalloksazin halkasıdır. FAD, NAD+ gibi iki elektron
taşıyıcısıdır fakat substratın iki hidrojen atomunu da kabul eder. FAD’ nın indirgenmiş ve
yükseltgenmiş şekilleri aşağıda gösterilmiştir.
H
O
O H
H C N C
C N C
2H++2e- H3C C NH
H 3C C NH
H3 C C C O
H3C C C O C N N
C N N H
H
R H
R
FAD (yük.) FADH2 (ind.)
54
İndirgeyici biyosentez olaylarının çoğunda elektron vericisi, nikotinamid adenin
dinükleotid fosfat (NADPH)’ dır. NADPH’ da NADH’ dan farklı olarak riboz biriminin 2'–
hidroksil grubu, fosfat ile ester yapmış haldedir (Şekil 8.5). NADPH aynen NADH gibi
elektron taşır. Bununla beraber NADPH, tamamen indirgeyici biyosentez olaylarında
kullanılırken; NADH, elektronlarını solunum zincirine aktararak ATP sentezinde görev alır.
NADPH üzerindeki fosfat grubu, bu molekülün indirgemeyi katalizleyen enzimler tarafından
tanınmasını sağlar.
Burada NADH, NADPH ve FADH2’ nin katalizörlerin yani enzimlerin yokluğunda O2
ile çok yavaş reaksiyona girdiklerini belirtmeliyiz. Aynı şekilde ATP de enzimsiz çok yavaş
bir hızda hidrolizlenir. Bu moleküllerin, reaksiyon vermeleri termodinamik yönden çok kolay
olduğu halde, kinetik yönden kararlılıkları yüksektir. Spesifik enzimlerin yokluğunda
gözlenen bu kararlılık, bunların biyolojik fonksiyonları için son derece önemlidir. Çünkü bu
yolla serbest enerji ve indirgeyici güç akışının enzimler tarafından kontrol edilmeleri mümkün
olur.
55
reaksiyonlarla; laktik asit, asetik asit, CO2, H2O, amonyak veya üre gibi bir seri daha küçük
moleküllere parçalanması olayıdır. Katabolik yollardan elde edilen enerjinin bir kısmı ATP ve
indirgenmiş elektron taşıyıcılarının (NADH, NADPH ve FADH2) oluşumu için harcanırken,
diğer kısmı ısı olarak çevreye salınır.
Biyosentez olarak adlandırılan anabolizma ise; küçük, basit öncül bileşiklerden
polisakkaritler, nükleik asitler, lipidler ve proteinler gibi hücrenin bileşenlerini oluşturan
büyük kompleks moleküllerin sentezlenmesi olayıdır. Anabolik olaylar, genel olarak ATP’
deki fosforil grup transfer potansiyeli ve NADH, NADPH ve FADH2’ nin indirgeme gücü
şeklinde bir enerjiye ihtiyaç gösterir (Şekil 9.12). Biyosentez olayı yapının daha büyümesi ve
daha da kompleks bir düzene girmesiyle sonuçlandığından, bir entropi azalması söz
konusudur. Canlı organizma en düşük enerji düzeyine inme eğilimine karşı sürekli enerji
harcamak zorundadır. Bu entropi azalışı da ATP’ nin hidroliziyle ortaya çıkan serbest enerji
tarafından karşılanır. Canlı organizmalar; çok düzenli, gelişigüzel hiçbir yapı içermeyen, bilgi
yönünden zengin ve entropi açısından fakir oluşumlardır. Sentezlenen bileşikler başlangıç
maddelerine oranla daha indirgenmiş olduklarından, gerekli elektron ve hidrojenler
indirgeyici güç kaynağı olan NADPH tarafından sağlanır. Katabolizma ve anabolizma hücre
içinde beraberce meydana gelir.
ADP + Pi ATP
NAD+ NADH Kimyasal
NADP+ NADPH enerji
FAD FADH2
Şekil 9.12. Katabolik ve anabolik yollar arasındaki enerji ilişkisi. Katabolik yollar kimyasal enerjiyi
ATP, NADH, NADPH ve FADH2 şeklinde verir. Bu enerji taşıyıcıları, küçük öncül
moleküllerin hücre makromoleküllerine dönüştürüldüğü anabolik (yapım) yollarda
kullanılır.
56
Şimdi ileride ayrıntılı şekilde inceleyeceğimiz metabolizma olaylarını genel olarak ele
alacağız. Hans Krebs, besin maddelerinin oksidasyonundan enerji üretiminin, yani
katabolizmanın üç safhada gerçekleştiğini ileri sürmüştür. Birinci safhada besin
maddelerindeki büyük moleküller daha küçük birimlere parçalanır. Proteinler yirmi çeşit
aminoasitlere, polisakkaritler glukoz gibi basit şekerlere ve yağlar da gliserol ve yağ asitlerine
hidrolizlenirler. Bu olaylar sindirim sisteminde olduğu gibi, hücre içinde de gerçekleşir. Bu
safhada iş görecek enerji üretilmez. İkinci safhada, bu çok sayıdaki küçük moleküller,
metabolizmada merkezi rolleri olan birkaç basit bileşiğe dönüştürülür. Gerçekten şekerler,
yağ asitleri, gliserol ve bazı aminoasitler asetil CoA’ nın asetil grubuna çevrilir. Bu basamakta
substrat seviyesinde birkaç ATP sentezlenir fakat asetil CoA’ nın tümünün oksidasyonundan
elde edilecek ATP miktarının yanında çok az kalır. Üçüncü safha, sitrik asit (TCA) çevrimi
ve oksidatif fosforilasyondan ibarettir ve yakıt moleküllerinin yıkımındaki son ortak yolu
oluşturur. Bu çevrime, asetil CoA şekline getirilen asetil birimleri, tamamen CO2 ’ ye
yükseltgenir ve bu arada her bir asetil grubu başına dört çift elektron, 3 adet NAD+ ve 1 adet
de FAD’ ye transfer edilir. Daha sonra da bu elektronların NADH ve FADH2 ’ dan solunum
zinciri vasıtasıyla O2 ’ ye kadar akışı sonucu, oksidatif fosforilasyon adı verilen olayla ATP
sentezlenir. Besin maddelerinin yakılmasıyla meydana gelen ATP’ nin büyük bir bölümü bu
üçüncü safhada oluşur. Şekil 9.13’ de söz konusu katabolizma safhaları şematize edilmiştir.
57
Anabolizma da katabolizmanın üçüncü safhadaki küçük yapı taşlarından başlayarak üç
safhada gerçekleşir. Mesela protein sentezi, sitrik asit devrinde yer alan α-keto asitlerinin
ikinci safhadaki aminasyonu ile meydana gelen α–amino asitlerden birinci safhada
gerçekleşir. İlerideki bölümlerde anlatacağımız gibi üçüncü safha hem katabolizma hem de
anabolizmanın ortak basamağıdır.
Katabolik ve anabolik olayların en önemli özelliklerinden birisi de aynı reaksiyon
basamaklarına sahip olmamalarıdır. Mesela glikojenin laktik aside çevrilmesi çok iyi bilinen
12 enzimatik basamakla gerçekleşmektedir. Fakat laktik asitten glikojen sentezinde, katabolik
12 enzimatik basamaktan 9’ u kullanılmakta ve 4 tane değişik enzim de görev almaktadır.
Aynı şekilde proteinler ve aminoasitler, yağ asitleri ve asetil CoA arasındaki katabolik ve
anabolik yollar da birbirinden farklıdır. Katabolizma için ayrı, anabolizma için ayrı iki
metabolik yol israf gibi görünmesine rağmen; katabolizma yolu enerji noktasından
anabolizma için uygun olmadığından farklı yollar mutlak bir ihtiyaçtan doğmaktadır. Çünkü
katabolizma enerji yönünden yokuş aşağı bir durum arzederken; sentez olayları yokuş yukarı
çıkmaya benzemektedir. Yokuştan aşağı itilen bir kaya parçası en kestirme yoldan dikine
inerken; aynı taşı yukarı çıkarırken takip edilecek ve en az enerji sarfedilecek yol mutlaka
farklı olacaktır.
Özellikle ökaryotik hücrelerde katabolizma ve anabolizma yolları, hücre içi yerleşim
noktalarında da farklılık gösterir. Mesela yağ asitlerinin asetil CoA’ ya kadar parçalanmasını
katalizleyen enzimler mitokondri matriksinde yer alırken; yağ asitlerinin asetil CoA’ dan
sentezi sitoplazmada bulunan enzimlerle gerçekleşir. Birbirine paralel katabolik ve anabolik
yolların hücrenin ayrı bölümlerinde yer alması, bu iki olayın birbirinden bağımsız olarak aynı
zamanda gerçekleşmesini sağlar.
Metabolizmanın hemen hemen bütün reaksiyonları bir diğerine bağlantılıdır çünkü bir
enzimatik reaksiyonun ürünü, bir sonraki reaksiyon serisinin substratı olur. Böyle reaksiyon
serileri metabolik moleküllerin spesifik fonksiyonel gruplarının enzimatik reaksiyonlarla
uzaklaştırılıp; alıcı moleküllere transferiyle mümkün olmaktadır. Ara metabolizmanın birçok
reaksiyonları amino, asetil, fosforil, metil, formil, karboksil gruplarının veya hidrojen
atomlarının basamak basamak transferlerini içermektedir.
58
enerji yükü ile uyarılır. Kısacası, hücreler fonksiyonlarını yerine getirmek için gereken
enerjiyi üretecek miktarda yakıt yani besin maddesi kullanırlar. Aynı şekilde hücre
bileşenlerinin biyosentez hızı acil ihtiyaçlarına göre ayarlanır. Mesela, hücrelerdeki aminoasit
sentezi, protein sentezi için gerekli olan minimum seviyede aminoasit sağlayacak hızda
gerçekleşir. Özetle, hücredeki metabolizma olaylarında hiçbir besin maddesi israf edilmez,
ihtiyaç duyulan kadarı kullanılır, gerektiği kadar sentez yapılır. Kısacası, hücre maksimum
ekonomi prensiplerine uygun çalışan bir sistemdir.
Metabolik yolların düzenlenmesi çeşitli seviyelerde olur. Bunları komplekslik sırasına
göre ele alacağız.
1. En basit düzenleme tipi, enzimatik reaksiyon hızına etki eden parametreleri kapsar.
Multienzim serisindeki her bir enzimin karakteristik bir optimum pH’ sı, substratları, ürünleri
ve hatta koenzim veya metal iyonlarına özel ilgisi vardır. Hücrede böyle bir multienzim
sistemi reaksiyonlarının net hızı, her bir enzim konsantrasyonunun, hücre içi pH’ sının, her bir
ara bileşiğin ve aktivite için gerekli olan metal iyonu veya koenzimlerin konsantrasyonlarının
fonksiyonudur. Belirli bir metabolik yolun hızı da hücre içi pH’ yı değiştirebilen herhangi bir
hücre içi proses tarafından etkilenebilir. Aynı şekilde her bir metabolik ara bileşiğin hücre
içindeki konsantrasyonu, onun oluşum ve kullanılma hızlarının bileşkesidir. Bu da incelenen
enzim sisteminin aktivitesinin yanı sıra, bu ara bileşiği sentezleyen ve kullanan diğer
enzimatik reaksiyon hızlarına bağlıdır.
2. İkinci düzenleme mekanizması, enzimler konusunda incelediğimiz allosterik
enzimler tarafından gerçekleştirilir. Bu enzimlerin çoğu son ürün tarafından inhibe edilir
(feed–back inhibisyonu).
L-treonin deaminaz E2 E3 E4 E5
L-treonin B C D E L-izolösin
59
bazılarının konsantrasyonu da belirli substratların varlığına bağlıdır. Bu enzimlerin sentezi ile
ilgili bilgileri taşıyan genler bir baskı altındadırlar ve bu baskı bazı bileşikler vasıtasıyla
ortadan kaldırılabilir. Hatta bir multienzim sistemindeki enzimlerin tamamının sentezi
beraberce baskılanabilir veya uyarılabilir. Çünkü bunların sentezi, DNA üzerindeki operon
adı verilen, birbirlerini takip eden genler tarafından şifrelenir. Bunlarda beraberce baskılanır
veya uyarılır. Özellikle bakterilerde bu mekanizma daha önemlidir. Kısacası metabolik yolun
hızı, genetik denetim altında bulunan enzim sentez hızı ile ilgilidir. Operonlar; bakterilerde
çok sayıda genlerin kümelendiği ve bu genlerin regülasyonunu da sağlayan dizilişleri taşıyan
gen bölgeleridir.
4. En kompleks seviyede metabolik kontrol, endokrin sistemi tarafından
gerçekleştirilir. Endokrin sisteminden, hedef doku ve organlardaki metabolik aktiviteleri
uyaran veya inhibe eden; hormon adı verilen kimyasal haberciler salgılanır. Mesela pankreas
tarafından salgılanan insülindeki yetersizlik, glukozun hücre içine girişini azaltır ve bunun
sonucu olarak keton cisimleri artar, yağ asitlerinin biyosentezi azalır. Az miktarda insülin
enjeksiyonu durumu düzeltir. Bugün birçok hormunun etki mekanizmaları bilinmektedir.
Bazıları hücre membranı yüzeyine bağlanır ve sinyaller oluşturarak hücre içi metabolizma
olaylarını ve DNA’ yı etkiler. Bazıları da hücre içine girerek, sitoplazma veya nükleusta
bulunan reseptör proteinlerine bağlanır. Oluşan kompleks DNA’ nın belirli bölgelerine
yapışarak, transkripsiyonu düzenlemektedir. Bölüm 14’ de hormonlar ve etki mekanizmaları
hakkında detaylı bilgi verilecektir.
60
10. BÖLÜM: KARBOHİDRAT METABOLİZMASI
Bu bölümde, daha önce yapıları incelenen biyomoleküllerin metabolizması yani canlı
organizmada karşılaştıkları dönüşüm ve değişmeler karbohidratlardan başlanarak
anlatılacaktır.
Karbohidrat metabolizması sözü hemen hemen glukoz metabolizmasıyla eşdeğerdir.
Çünkü heterotroflar karbohidratların tamamına yakınını glukoz şeklinde alırlar. Diğer şeker
türleri (fruktoz, galaktoz, mannoz ve pentozlar) organizmada ya önce glukoza çevrilir ya da
glukoz metabolizmasına bir ara basamakta dahil olur.
Metabolizma olayları incelenirken, bunların insan biyokimyası ile ilgili bazı yönleri de
verilecektir. Bundan dolayı, bu bölüme karbohidratların sindirimi ile başlayıp; daha sonra
sırasıyla glukoz ve glikojenin pirüvat ve laktata kadar anaerobik oksidasyonu (anaerobik
glikoliz), sitrik asit (TCA) çevrimi ve glioksilat devirleri, oksidatif fosforilasyon, pentoz
fosfat yolu ve glukozun karbohidrat yapısında olmayan bileşiklerden sentezi
(glukoneogenez), glikojen yıkım ve sentez mekanizması açıklanacaktır. Ayrıca fotosentez
ve fotosentetik karbohidrat sentezi de anlatılacaktır.
61
amilazına benzer parçalayıcı özelliklere sahiptir. Pankreatik amilaz; başlıca maltoz, dekstrin
denilen oligosakkaritleri ve α(1→6) dallanma noktaları içeren amilopektin (limit dekstrin)
parçacıklarını açığa çıkarır.
3) Besinsel ve α–amilazların etkisiyle oluşan disakkaritler ve dekstrinlerin sindirimi
ince bağırsakta tamamlanır. İnce bağırsak epitel hücreleri mukozasının fırçamsı yüzeyince
salgılanan ve burada tutunmuş olarak fonksiyon gören maltaz, sükraz, laktaz ve α(1→6)
glikozidaz gibi oligosakkaridazlar sırası ile; maltoz, sükroz, laktoz disakkaritlerini ve limit
dekstrin yapısındaki α(1→6) glikozid bağlarını hidrolizler. Sonuçta, polisakkaritler ve
disakkaritler; glukoz, fruktoz ve galaktoza kadar hidrolizlenirler. Böylece oluşan
monosakkaritler epitel hücreleri içine taşınır; sonra kana geçerek dokulara aktarılır.
Şekil 10.1. Sindirim kanalı ve karbohidratların sindirimi. Sindirim kanalı duvarlarını döşeyen kasların
dalga şeklindeki kasılmaları, yiyeceklerin ve bunların sindirim ürünlerinin kanal boyunca
hareketini sağlar.
62
Bağırsaktan yalnız monosakkaritler emilebilir ve hücreler tarafından kullanılabilir.
Disakkaritler ve bazı polisakkaritler kana enjekte edildiği zaman hiçbir değişikliğe uğramadan
vücuttan atılırlar. Monosakkaritler farklı hızlarda emilirler. D–glukozun emilme hızını 100
alırsak; D–galaktoz 110, D–fruktoz 43, D–mannoz 19, D–ksiloz 15 ve D–arabinoz 9’ luk bir
hızla bağırsak duvarını aşarlar. Bunlardan glukoz ve galaktoz kan dolaşımındaki daha yüksek
bir konsantrasyona karşı serbest enerji kullanılmasıyla aktif olarak emilirken, diğerleri
kolaylaştırılmış difüzyonla geçer. Hayvan hücrelerinde glukozun hücre membranlarından
aktif olarak taşınmasını glukoz taşıyıcı (GLUT) adı verilen bir integral membran protein
ailesi gerçekleştirir. Bu taşıyıcı protein ailesinin farklı hücrelerde fonksiyon gören ve
GLUT1’ den 5’ e kadar isimlendirilen 5 üyesi vardır. Bunlar yapısal olarak benzerlik
göstermelerine rağmen, glukoza karşı afiniteleri ve insülin hormonuna karşı davranışları farklı
farklıdır. Mesela, GLUT1 ve GLUT3 hemen hemen bütün memeli hücrelerinde bulunur ve
bazal glukoz alımından sorumludur. GLUT2 karaciğer, böbrek, ince bağırsak ve pankreas
beta hücrelerinde bulunur. Glukozun hızlı alınması ve salınımında rol alır. GLUT5 ise,
bağırsak epitelyum hücresinin hem absorpsiyon yapan hem de kana glukoz aktaran
bölgelerinde yer alır ve Na+ iyonu gradientinin enerjisinden yararlanarak, glukozu Na+ iyonu
beraberliğinde taşır (Şekil 10.2). Böbrekte de GLUT5 benzer iş görür. GLUT4’ ün hücre
membranı üzerindeki sayısı insüline bağımlı olup, glukoz girişinin bu hormonca çok
arttırıldığı kas, yağ ve kalp hücrelerinde yer alır. Karaciğer ve pankreas hücrelerinde de
(glukoz için KM değeri yüksek olan), GLUT4 bulunur ve ancak yemek sonrası kanda glukoz
seviyesi çok yükseldiğinde devreye girer.
63
Şekil 19.2. Bağırsak epitelyum hücrelerinde glukozun aktif taşınması.
64
Aminoasitler
Besin
GLUKOZ glukoz, fruktoz, diğer Propiyonat
KAYNAKLARI karbohidratların sindirimi
Diğer glukogenik
Glukoz, fruktoz v.b. bileşikler
(karaciğerde)
Kas glikojeni
Laktik asit
Adipoz doku
Gliserol
Karaciğerde
glukoneogenez
Karaciğerde
glikojenin yıkımı
KAN GLUKOZU
Normal düzey: Karbohidratlı besinlerin emilmesinden sonra:
65–110 mg/100mL 120–130 mg/100mL
Kan glukoz düzeyi 170–180 mg/100mL aştığında glukozuri ortaya çıkar.
Glikojen oluşumu
65
10.2. GLİKOLİZ
Glikoliz, bütün canlı hücre çeşitlerinde glukozun pirüvata çevrilmesi ve bir miktar ATP
üretimini gerçekleştiren reaksiyon serisine verilen isimdir. Glikolizde bir molekül glukoz bir
seri enzimatik reaksiyon ile iki molekül üç karbonlu bileşik olan pirüvata yıkılır. Bütün canlı
hücre çeşitlerinde glikoliz hemen hemen evrensel bir merkezi yoldur. Glikolizin birbirini
izleyen reaksiyonları sırasında, glukozun serbest enerjisinin bir kısmı ATP ve NADH şekline
dönüştürülür.
Glikoliz bazı memeli doku ve hücre tiplerinde örneğin eritrositler, beyin ve sperm
hücrelerinde tek metabolik enerji kaynağıdır. Nişastayı depolamak üzere özelleşen bazı bitki
dokuları (patates yumruları gibi) enerjilerinin büyük bir kısmını glikolizden sağlar. Birçok
anaerobik organizma tamamen glikolize bağımlıdır.
66
Şekil 10.4. Glikolizin iki fazı. a) Hazırlık fazı, b) Hizmet fazı.
67
Glikoliz için toplam reaksiyon aşağıdaki şekildedir.
Glukoz + 2NAD+ 2Pirüvat + 2NADH + 2H+ Go= -146 kj/mol
2ADP + Pi 2ATP + 2H2O Go= 2(+30.5kj/mol)
Glukoz + 2NAD+ + 2ADP + Pi 2Pirüvat + 2NADH + 2H+ + 2ATP + 2H2O Go= -85 kj/mol
Go -20kcal/mol
Glikoliz, hücre içinde ve standart şartlar altında enerjide net bir azalma ile sürdürülerek
tamamlanan aslında dönüşümsüz bir işlemdir. Glikolizde bir glukoz molekülü için 2 ATP
oluşur. Enerjinin büyük kısmı pirüvatta kalır. Glikoliz, glukoz molekülünün toplam
enerjisinin küçük bir kısmını açığa çıkarır. Glukoz, CO2 ve H2O’ ya tam yükseltgendiği
(oksitlendiği) zaman standart serbest enerji değişimi –2840 kJ/mol’ dür. Bu nedenle, glukozun
iki pirüvat molekülüne glikolitik yıkımı (ΔGo= –146 kJ/mol), glukozun tam oksidasyonuyla
elde edilecek olan toplam enerjinin sadece (146 / 2840) x 100 = % 5.2’ sini açığa çıkarır.
Pirüvatın enerjisinin büyük kısmı sitrik asit çevrimi ve oksidatif fosforilasyon ile ATP’
nin serbest enerjisine dönüştürülür.
Glikoliz ile oluşan pirüvat üç yıkım yolundan biriyle daha ileri metabolize edilir.
Glikoliz aerobik organizmalar ve dokularda aerobik şartlarda glukozun tam oksidasyonunda
sadece ilk aşamadır (Şekil 10.5).
Glukoz
2 mol Piruvat
Anaerobik şartlarda Anaerobik şartlarda
68
Aerobik şartlarda yani yeterli oksijen bulunması durumunda pirüvat, mitokondriye
girer ve oksidatif dekarboksilasyonu ile asetil CoA’ nın asetil grubunu oluşturur. Asetil grubu
daha sonra sitrik asit (TCA) çevrimi ve oksidatif fosforilasyon ile tamamen CO2 ve H2O’ ya
yükseltgenir. Bu yükseltgenmede açığa çıkan elektronlar asetil birimi başına 3 NADH ve 1
FADH2 tarafından H2O oluşturmak üzere mitokondride bir dizi taşıyıcı aracılığıyla solunum
zincirinde O2’ ye aktarılır. Elektron transfer reaksiyonlarından açığa çıkan enerji
mitokondride ATP sentezini sürdürür.
Eğer O2 yetersiz ise (yoğun kas faaliyeti ve mitokondrisi bulunmayan eritrositlerde)
pirüvat, laktata indirgenir. Glikojenin kaslardaki yıkımı sonucu oluşan laktat, kan dolaşımı ile
karaciğere taşınarak tekrar glikojene çevrilir. Karaciğer glikojeninden kan glukozuna, kas
glikojenine, laktata ve buradan tekrar karaciğer glikojenine kadar olan bu dönüşüme Cori
çevrimi adı verilir. Kasta glukozun laktata ve karaciğerde laktatın glukoza çevrildiği
reaksiyonların yer aldığı Cori çevrimi aşağıda şematik olarak gösterilmiştir (Şekil 10.6).
Pirüvat A Pirüvat
Laktat Laktat
-
Karaciger Kas Dokusu
Şekil 10.6. Cori çevrimi
69
10.2.1. Glikoliz Reaksiyonları
Glikolizin hazırlık fazında iki molekül ATP harcanır ve heksoz zinciri iki trioz fosfata
bölünür. Glikoliz yolu reaksiyonları hücre stoplazmasında meydana gelmektedir. Glukozun,
fruktoz–1,6–bisfosfata dönüşmesinden ibaret olan ilk safhası bir fosforilasyon, bir
izomerleşme ve ikinci bir fosforilasyon reaksiyonlarını kapsamaktadır. Glikolizdeki bu
başlangıç reaksiyonlarının hedefi, fosforillenmiş üç karbon birimlerine parçalanacak yapıda
bir bileşik oluşturmaktadır. Daha sonra bu üç karbonlu birimlerden kullanılabilecek kimyasal
enerji çıkarılmaktadır.
CH2OH
H O H CH2OPO3-2 CH2OPO3-2
O
H
H H OH
OH
OH OH H OH
H OH OH H
Glukoz Fruktoz-1,6-bisfosfat
1. Glukozun Fosforillenmesi
Glukoz hücrelere, daha önce anlatılan taşıyıcı proteinler aracılığıyla aktif taşıma sistemi
ile girer. Hücreye dahil olan glukoz ATP tarafından fosforillenerek glukoz–6–fosfota (G–6–P)
çevrilir. Bu şekilde glukozun hücre dışına çıkışı engellenmiş ve hücre içi konsantrasyonu da
azaltılarak, ekstrasellüler ortamdan pasif taşıma glukoz girişi kolaylaştırılmış olur. ATP’ den
fosforil grubunun glukozun 6 no’ lu karbonuna transfer reaksiyonu hekzokinaz enzimi
tarafından katalizlenir.
CH2OH CH2OPO3-2
H O H H O H
H H
H + ATP Hekzokinaz H + ADP + H+ Go= -16.7 kj/mol
OH OH
Mg+2
OH OH OH OH
H OH H OH
Glukoz Glukoz-6-fosfat
Fosforil grubu transferi biyokimyada temel bir reaksiyondur. ATP’ den bir alıcı bileşiğe
fosforil grubu transferini gerçekleştiren enzimlere kinaz adı verilir. Kinazlar, transferazların
bir alt grubudur. Hekzokinaz, glukozun yanı sıra diğer bazı heksozlara (D–fruktoz,
70
D–mannoz) da fosforil grubu transfer edebilen bir enzimdir. Diğer kinazlarda olduğu gibi,
hekzokinaz da aktivitesi için Mg+2 gibi iki değerlikli metal iyonlarına ihtiyaç duyar. D-glukoz
ve ATP’ den glukoz-6-fosfat sentezini katalizleyen bir diğer enzim glikokinazdır. Bu enzim
glukoza özgüdür. Glukokinaz karaciğerde bulunur ve glukoz düzeyi yükselince aktivite
gösterir. Glikokinazın görevi: 1) Glikojen sentezi, 2) Pentoz fosfat yolu için glukoz–6–fosfat
sağlamaktır. Hekzokinaz ve glikokinaz aktiviteleri farklı şekilde düzenlenir ve metabolizmada
farklı rolleri vardır.
H CH2OPO3-2 CH2OH
O H
O
H Fosfoglukoz izomeraz Go= +1.7 kj/mol
H H OH
OH
OH OH H OH
H OH OH H
Glukoz-6-fosfat Fruktoz-6-fosfat
H OH H OH
OH H OH H
Fruktoz-6-fosfat Fruktoz-1,6-bisfosfat
71
2,6–bisfosfata çeviren fosfofruktokinaz–2 enziminden farklıdır. Fosfofruktokinaz–I, hücrede
oluşan fruktoz-6-fosfatların tamamına yakınını fosforiller.
4. Fruktoz–1,6–bisfosfatın Bölünmesi
Glikolizin ikinci safhası dört basamakta gerçekleşir. İlk reaksiyonla fruktoz–1,6–
bisfosfat aldolaz enzimi katalizörlüğünde gliseraldehid–3–fosfat (GA–3–P) ve
dihidroksiaseton fosfata (DHAP) parçalanır. Glikolizin bundan sonraki basamakları üç
karbonlu bileşiklerle devam eder. Aldolaz enzimi ismini, aşağıdaki reaksiyonun tersine
yürümesi aldol kondenzasyonu olmasından almaktadır.
CH2OPO3-2
C O H O
CH2OPO3 -2
HO C H
C
Aldolaz
C O + H C OH Go= +23.8 kj/mol
H C OH
CH2OH
CH2OPO3-2
H C OH
CH2OPO3-2 C
Trioz fosfat
izomeraz
C O H C OH
Go= +7.5 kj/mol
CH2OH CH2OPO3-2
72
Böylece, bir glukoz molekülünden iki molekül gliseraldehid–3–fosfat meydana gelmiş
olur. Buraya kadar ki reaksiyonlarda henüz hiçbir enerji elde edilmemiştir. Aksine, 2 molekül
ATP harcanmıştır.
Glikolizin hizmet fazı ATP ve NADH üretir. Glikolizin hizmet fazı (Şekil 10.4.b),
glukoz molekülünde ATP şeklinde saklanan serbest enerjinin bir kısmını içeren enerji
saklayan fosforillenme basamaklarını içerir. İki molekül gliseraldehid–3–fosfatın iki molekül
pirüvata çevrilmesi, ADP’ den dört molekül ATP oluşumuyla birlikte gider. Fakat parçalanan
her glukoz molekülü başına ATP’ nin net verimi sadece ikidir. Çünkü iki ATP glikolizin
hazırlık fazında glukoz molekülünün iki ucunu fosforillemek için kullanılmıştır.
H O O OPO3-2
C C
Gliseraldehid-3-fosfat
dehidrogenaz
H C OH + NAD+ + Pi H C OH + NADH + H+ Go= +6.3 kj/mol
CH2OPO3-2 CH2OPO3-2
Gliseraldehid-3-fosfat 1,3-Bisfosfogliserat
Buradaki redoks reaksiyonu sonucunda yüksek enerjili bir fosfat bağı meydana
gelmektedir. Aldehid→karboksilik asit yükseltgenmesiyle elektronlar NAD+’ e verilirken,
açığa çıkan enerji de fosforilasyonda kullanılmaktadır.
73
O OPO3-2 O O-
C C
Fosfogliserat kinaz
H C OH + ADP H C OH + ATP Go= -18.5 kj/mol
CH2OPO3-2 CH2OPO3-2
1,3-Bisfosfogliserat 3-Fosfogliserat
C C
Fosfogliseromutaz
H C OH H C OPO3-2 Go= +4.4 kj/mol
CH2OPO3-2 CH2OH
3-Fosfogliserat 2-Fosfogliserat
74
O O- O O-
H2 O
C C
CH2OH CH2
2-Fosfogliserat Fosfoenolpirüvat
Normal bir alkol fosfat esterinin hidrolizlenme ΔGo değeri –12.6kJ/mol iken,
fosfoenolpirüvatınki ise –61.9 kJ/mol civarındadır. Bu artışın sebebi, fosforil grubunun
aktarılmasıyla beraber enolün bir ketona yani pirüvata dönüşmesidir.
O O-
C COO-
Pirüvat kinaz
C OPO3-2 + ADP + H+ C O + ATP Go= -31.4 kj/mol
CH2 CH3
Fosfoenolpirüvat Pirüvat
75
Tablo 10.1. Glikoliz yolunda ATP’ nin harcandığı ve sentezlendiği reaksiyonlar
76
allosterik olarak inhibe edilir ve enzimin fruktoz–6–fosfata afinitesi azalır. Yüksek bir ATP
konsantrasyonu, enzimin fruktoz–6–fosfata ilgisini azaltır ve hiperbolik karakterde olan
bağlanma eğrisini sigmoid şekle dönüştürür (Şekil 10.7). Bu allosterik etki katalitik bölgenin
uzağında yer alan oldukça spesifik bir düzenleyici bölgeye bağlanmakla gerçekleştirilir. ATP’
nin inhibisyon etkisi AMP tarafından önlenir ve enzim aktivitesi ATP/AMP oranının
düşmesiyle tekrar artar. Diğer bir deyişle glikoliz, hücrenin enerji yükü azaldığında yeniden
uyarılır.
77
fosfat grubunu kaybeder ve F–2,6-BP seviyesi artar, onu takıben glikoliz hızlanır. Kas dokusu
glukagon hormonu reseptörleri taşımadığından bu inhibisyona maruz kalmaz.
Pirüvat kinaz da glikoliz hızını düzenleyen bir enzimdir. Kas ve karaciğerde pirüvat
kinaz, ATP tarafından allosterik olarak inhibe edilir ve böylece yüksek enerji yükü
durumunda fosfoenolpirüvatın pirüvata çevrilmesi bloke edilir. Ayrıca karaciğer pirüvat
kinazı, glukagon ve epinefrinin etkisiyle cAMP aracılığıyla fosforillenir ve inhibe olur. Aynı
etki kas pirüvat kinazında görülmez. Bir canlıda aynı reaksiyonu katalizleyen ve farklı
kimyasal yapıya sahip olan enzimlere izoenzim adı verilir. İzoenzimlerin aktiviteleri, substrat,
kofaktör ve inhibitörlere ilgileri farklıdır. Pirüvatın aminasyon (–NH2 grubu takılması) ürünü
olan alanin de bu enzimi inhibe eder. Çünkü alanin çokluğu pirüvat çokluğuna işaret eder.
Hekzokinaz da, glukoz–6–fosfat tarafından allosterik olarak inhibe edilir.
Fosfofruktokinaz inhibe edildiği zaman, hücrede glukoz–6–fosfat konsantrasyonu yükselir ve
hekzokinaz otomatikman inhibe edilir. Fakat karaciğerde yüksek glukoz–6–fosfat
seviyelerinde de glukoz fosforillenerek glukoz–6–fosfata çevrilir. Bu işi hekzokinazın bir
izoenzimi olan glukokinaz enzimi gerçekleştirir. Bu enzimin glukoz için KM değeri diğer
hekzokinazdan daha büyüktür ve glukoz düzeyi yükselince aktivite gösterir. Bu yüzden
glukokinaz yüksek glukoz konsantrasyonunda etkili olabilir. Bu enzimin hücre içi miktarı
karbohidratça zengin diyet ve insülin tarafından artırılır. Aynı zamanda glukokinaz,
hekzokinazdan farklı olarak kendi ürünü olan glukoz–6–fosfat tarafından inhibe edilmez. Bu
enzimin görevi glukozun depolanma şekli olan glikojen sentezi ve pentoz fosfat yolu için
glukoz–6–fosfat sağlamaktır.
Fosfofruktokinaz glikoliz hızını belirlemekte niçin hekzokinazdan daha etkilidir? Bu
sorunun cevabı, glukoz–6–fosfatın yalnız glikoliz ara bileşiği olarak değil de, glikojen sentezi
ve pentoz fosfat yolu için de gerekli olmasının altında yatmaktadır.
78
Mg+2
Fruktoz + ATP Fruktoz-1-fosfat + ADP + H +
Fruktokinaz
Meydana gelen fruktoz–1–fosfat, daha sonra fruktoz–1–fosfat aldolaz enzimi
tarafından D-gliseraldehid ve dihidroksiaseton fosfata parçalanır.
CH2OPO3-2
C O H O
CH2OPO3-2
C
HO C H
Fruktoz-1-fosfat aldolaz
C O + H C OH
H C OH
CH2OH
CH2OH
H C OH
79
Glukoz + NADPH + H+ Sorbitol + NADP+
dönüşümünü sağlar. Aldoz redüktaz enzimi; eritrosit, böbrek, göz lensi, retinada bulunur ve
şeker hastalarında hücre içi glukoz miktarı çok yükseldiğinden, özellikle lenste ve retinada bol
miktarda sorbitol yığılması ve sonucunda ozmotik basınç artışı meydana gelerek görme
kusurlarına yol açabilir. Sorbitol bazı hücrelerde sorbitol dehidrogenaz enzimi aracılığıyla
fruktoza dönüştürülür:
Sorbitol+ NAD+ Fruktoz + NADH + H+
Sperm hücreleri gibi beslenmesinde fruktoza bağımlı olan hücreler için glukozdan
fruktoz sentezi bu iki enzim tarafından gerçekleştirilir.
Bir monosakkarit olan galaktoz, süt şekeri olan laktozun hidroliziyle meydana gelir.
Galaktoz, 4 basamakta enzimatik reaksiyonla glukoz–6–fosfata dönüşür (Şekil 10.8). İlk
basamakta galaktoz, galaktokinaz vasıtasıyla galaktoz–1–fosfata fosforillenir:
Mg+2
Galaktoz + ATP Galaktoz-1-fosfat + ADP + H+
Galaktokinaz
Bu enzim, başta karaciğer olmak üzere birçok dokuda bulunur. İkinci basamakta
galaktoz–1–fosfat, üridil transferaz tarafından katalizlenen aşağıdaki reaksiyonla UDP–
galaktoz meydana gelir. Bu enzimin eksikliğinde galaktozemi adı verilen genetik hastalık
meydana gelir.
Üridil
Galaktoz-1-fosfat + UDP-Glukoz transferaz UDP-Galaktoz + Glukoz-1-fosfat
80
Şekil 10.8. Galaktozun, glukoz–1–fosfata dönüştürülmesi. Dönüşüm bir şeker–nükleotid türevi olan
UDP–glukozdan; galaktoz–1–fosfatın glukoz–1–fosfatla yer değiştirmesi sonucunda
oluşan, UDP–galaktoz aracılığıyla olur. UDP–galaktoz daha sonra UDP–glukoz–
epimerazla UDP–glukoza dönüştürülür. UDP–glukoz diğer tur için çevrime girer.
81
Böylece 2. basamakta kullanılan UDP–glukoz tekrar kazanılmış olur. Son basamakta
glukoz–1–fosfat fosfoglukomutaz vasıtasıyla glukoz–6–fosfata dönüşür ve bu da glikolize
girer.
Fosfoglukomutaz
Glukoz-1-fosfat Glukoz-6-fosfat
82
NAD+
CO2 NADH + H +
COO- H+
O H H
C O H C OH
C
Pirüvat dekarboksilaz Alkol dehidrogenaz
CH3 TPP CH3
CH3
Pirüvat Asetaldehid Etanol
CH3 CH3
Pirüvat Laktat
Aynen alkolik fermentasyonda olduğu gibi net bir redoks olayı yani herhangi bir
elektron alış verişi yoktur. Gliseraldehid–3–fosfatın yükseltgenmesiyle ortaya çıkan NADH,
pirüvatın indirgenmesinde kullanılmıştır. Bu indirgenme sonucu ortaya çıkan NAD+, yine
anaerobik şartlarda glikolizin devamını sağlar. Eğer NAD+ rejenere edilmezse, glikoliz olayı
gliseraldehid–3–fosfattan ileri yürüyemez ve ATP sentezlenemez. Bir bakıma pirüvatın
laktata çevrilmesiyle organizma zaman kazanır.
83
Glukoz
2NAD+
2NADH
2Pirüvat 2Laktat
Oluşan laktat, karaciğerde glukoneogenez ile tekrar glukoz ve glikojene çevrilir. Bir
anlamda da kas yükünün bir bölümünü karaciğere devredilmiş olur.
3. Laktat veya etanole çevrilme esnasında glukozdaki kimyasal enerjinin yalnız küçük
bir bölümü açığa çıkar. Sitrik asit çevrimi ve elektron transport zinciri vasıtasıyla aerobik
olarak daha fazla enerji elde edilebilir. Bu oksidatif yola giriş asetil CoA ile olur. Asetil CoA,
pirüvatın mitokondri matriksinde oksidatif dekarboksilasyonu ile oluşur:
Hemoglobin, derişimin yüksek olduğu akciğerde O2(g) bağlar ve periferal dokulara taşır.
Eritrositlerdeki proteinin % 95’ i hemoglobindir. Eritrositlerde yüksek oranda 2,3–BPG
bulunur ve hemoglobinin O2’ e ilgisini azaltır.
84
hemoglobinin oksijene ilgisini azaltır, taşınabilen oksijenin yaklaşık % 40’ ı tekrar dokulara
bırakılabilir.
Glikolizin 6. reaksiyon basamağında alternatif bir reaksiyon 2,3–bisfosfogliserat
oluşturur. 1,3–bisfosfogliserat, eritrositlerde hemoglobinin oksijen taşımasında önemli bir rol
oynayan 2,3–BPG’ a izomerleştirilir.
2,3–BPG’ nin sentez ve yıkımı glikoliz dışında bazı yan reaksiyonlar vasıtasıyla
gerçekleştirilir.
Gliseraldehid-3-fosfat
1,3-Bisfosfogliserat
Mutaz
2,3-Bisfosfogliserat (2,3-BPG)
Fosfataz
3-Fosfogliserat H2O
Pi
2-Fosfogliserat
Bisfosfogliserat mutaz, 1,3–BPG’ yi 2,3–BPG’ ye çevirir. 2,3–BPG’ de 3–
fosfogliserata 2,3–bisfosfogliserat fosfataz enzimi katalizörlüğünde hidrolizlenir.
Eritrositlerde glikoliz yolu ve oksijen taşınması birbirine 2,3–BPG ile bağlantılıdır. Bu
yüzden glikoliz yolundaki bir arıza oksijen taşınmasını etkileyecektir. Gerçekten kırmızı kan
hücrelerinde kalıtsal glikoliz yolu bozukluğu olan bazı hastalara ait kan oksijen ayrışma
eğrilerinde bazı değişmelere rastlanmıştır (Şekil 10.9).
Şekil 10.9. Normal (ortadaki eğri), hekzokinaz ve pirüvat kinaz yetersizliğine sahip kırmızı kan
hücrelerinin oksijen ayrışma eğrileri.
85
Hekzokinaz yetersizliğinde glikoliz ara ürünlerinin konsantrasyonu düşük bulunur.
Çünkü ilk reaksiyon basamağı olan glukoz fosforillenmesi bozulmuştur. Bunun sonucu düşük
2,3–BPG seviyesi hemoglobinin anormal yükseklikte oksijen afinitesine ve dokulara bırakılan
O2’ nin azalmasına sebep olur. Bu olayın tam tersi pirüvat kinaz yetersizliğinde görülür. Son
basamağın inhibisyonu yüzünden 2,3–BPG’ nin konsantrasyonu normalin yaklaşık iki misline
çıkar. Bu da düşük oksijen afinitesine ve dokulara bırakılan O2 ’ nin artmasına yol açar.
C O + CoASH + NAD+
PDC
H3C C S CoA + CO2 + NADH + H+ Go= -33.4 kj/mol
Glikoliz ürünü olan pirüvatın asetil CoA’ ya dönüşümsüz olarak çevrilmesini sağlayan
bu reaksiyonun pirüvat dehidrogenaz enzim kompleksi (PDC) tarafından katalizlendiğini
daha önceden belirtmiştik. Bu enzim kompleksi üç çeşit enzimin organize bir topluluğudur
(Tablo 10.2). Bu reaksiyon, stokiyometrisinde görüldüğünden çok daha karmaşıktır. CoA ve
NAD+ gibi denklemde yer alan kofaktörlerin yanı sıra, prostetik grup olarak tiamin pirofosfat
(TPP), lipoamid ve FAD koenzimlerini de ihtiva eder.
86
Pirüvatın asetil CoA’ ya çevrilmesi dört basamakta gerçekleştirilir. Önce pirüvat TPP ile
birleşerek dekarboksile olur. Bu reaksiyon, multienzim kompleksinin pirüvat dehidrogenaz
bileşeni tarafından kataliz edilir.
Pirüvat dehidrogenaz bileseni
. (E1)
Pirüvat + TPP Hidroksietil-TPP + CO2
İkinci basamak reaksiyonda, TPP’ ye bağlı hidroksietil oksitlenerek asetil grubu halinde
lipoamide aktarılır. Bu reaksiyon multienzim kompleksinin bir kısmı olan dihidrolipoil
transasetilaz enzimi tarafından katalizlenir ve asetillipoamid oluşur.
Dihidrolipoil transasetilaz (E2)
Hidroksietil-TPP + Yükselgenmis. lipoamid Asetil lipoamid + TPP
Üçüncü basamakta, asetil grubu CoA’ ya aktarılarak asetil CoA oluşur. Bu reaksiyon da
dihidrolipoil transasetilaz tarafından katalizlenir.
Asetil lipoamid + CoASH Dihidrolipoil transasetilaz (E2) Asetil CoA + indirgenmis. lipoamid
87
O
O TPP
H3C C S L SH CoA-SH
H3C C COO- (E1)
(E2)
OH S SH O
FADH2 FAD
(E3)
NAD+ NADH + H+
C6 (Sitrat)
NADH
CO2
C4 (Okzalasetat) C5 (-ketoglutarat)
NADH
NADH
FADH2
CO2
GTP
C4 (Süksinat)
TCA çevriminin ilk reaksiyonunda dört karbonlu bir bileşik (okzalasetat) ile iki
karbonlu bir asetil birimi kondanse olarak, altı karbonlu bir trikarboksilik asit (sitrat) meydana
getirirler. Sitrat da dekarboksile olarak, beş karbonlu bir bileşik (α–ketoglutarat) oluşur ve
bunun da oksidatif dekarboksilasyonu ile dört karbonlu dikarboksilik asit (süksinat) meydana
gelir. Daha sonra süksinat çeşitli oksidasyon basamaklarından geçerek tekrar okzalasetata
88
çevrilerek çevrim tamamlanır. Bu suretle asetil birimi halinde çevrime giren iki karbon, iki
adet CO2 halinde çevrimden ayrılır. Bu olayda asetil birimi başına dışarı verilmiş olan 8
elektron, metabolizmadaki elektron taşıyıcıları tarafından alınacaktır. Gerçekten 6 elektron üç
tane NAD+’ ya transfer olurken, iki elektron da FAD’ ye aktarılır. Burada oluşan 3NADH ve
1FADH2 elektron transport zincirinde O2 tarafından oksitlenirken 11 molekül ATP meydana
getirirler. Bunun yanı sıra bir çevrimde, yüksek enerjili fosfat bağına sahip bir de GTP
sentezlenir. Böylece, asetil birimi başına 12 ATP sentezlenmiş olur.
Sitrik asit çevriminin sekiz basamağı vardır. Sitrik asit çevriminin sekiz ardışık
reaksiyonunun incelenmesinde, asetil CoA ve okzalasetatdan sitratın oluşmasına ve CO2
oluşturmak için sitratın oksitlenmesine ve bu oksidasyon enerjisinin NADH ve FADH2 ’ de
korunmasında yer alan dönüşümlere özel önem verilecektir.
Şimdi sitrik asit çevriminin ardışık reaksiyonlarını enzimleriyle beraber tek tek
inceleyelim:
1. Sitrat Oluşumu
Çevrim; okzalasetatın, asetil CoA’ nın asetil grubuyla birleşme reaksiyonu ile başlar. Bu
reaksiyonun bir basamağı bir hidroliz reaksiyonu olduğundan bir H2O molekülü de kullanılır.
H2C COO-
O
HO C COO-
-
O C COO C CH3
+ Sitrat sentaz CH2 + HS CoA
+ H2O
-
H2C COO S CoA
COO- Go=-32.2 kj/mol
Okzalasetat Asetil CoA Sitrat
Bir aldol kondenzasyonunu hidrolizin takip ettiği bu reaksiyon, sitrat sentaz enzimi
tarafından katalizlenir. Önce okzalasetat, asetil CoA ile kondanse olarak sitroil CoA oluşturur,
bu da sitrat ve CoA’ ya hidroliz olur.
H2C C S CoA
HO C COO-
CH2
COO-
Sitroil CoA
89
2. cis–Akonitat Üzerinden İzositrat Oluşumu
İkinci reaksiyon, sitratın önce bir dehidrasyon, daha sonra da bir hidrasyon olayı ile
izositrata dönüştürülmesidir. Bunun sonucu olarak, molekül karbon atomları arasında H ve
OH değişimi görülür. Her iki basamağı da katalizleyen enzime, ara bileşik cis–akonitatdan
dolayı akonitaz adı verilir.
COO-
- -
OOC C OH -
OOC C OOC C H
Go= +13.3 kj/mol
CH2 Akonitaz CH2 Akonitaz CH2
H C OH C O H+ CO2 C O
-
-
OOC C H CH2 Go= -20.9 kj/mol
OOC C H
izositrat dehidrogenaz CH2
CH2 CH2
COO- COO-
COO-
Okzalosüksinat -Ketoglutarat
izositrat
α-ketoglutaratın oluşum hızı ileride ayrıntılı olarak anlatacağımız gibi, çevrimin toplam
hızını belirlemede önemli bir role sahiptir. Hücrelerde iki çeşit izositrat dehidrogenaz enzimi
vardır. Bunlardan birisi NAD+’ yı, diğeri de NADP+’ yı koenzim olarak kullanır. Sitrik asit
çevriminde önemli olan NAD+’ lı enzim mitokondride yer alırken, NADP+ bağımlı enzim
hem mitokondri hem de sitozolde bulunur ve farklı bir metabolik role sahiptir.
90
COO- NAD+ NADH + H+ O
C O C S CoA
Bu reaksiyon, üç çeşit enzimin yer aldığı organize bir yapıya sahip α-ketoglutarat
dehidrogenaz multienzim kompleksi tarafından katalizlenir. Bu reaksiyon mekanizması,
pirüvatın asetil CoA’ ya çevrilmesine çok benzemektedir. Aynı kofaktörler (NAD+, CoA,
TPP, lipoamid ve FAD) kullanılır. Gerçekten pirüvat dehidrogenaz ve α–ketoglutarat
dehidrogenaz multienzim komplekslerin birçok ortak yapısal özellikleri vardır.
C S CoA COO-
COO- COO-
Süksinil CoA Süksinat
Süksinil CoA’ daki tiyoester bağı enerjice zengin bir bağdır ve hidroliz ΔGo değeri
-8.0kcal/mol’ dür. Bu tiyoester bağının parçalanması guanozin difosfat (GDP) ın
fosforillenmesiyle beraber yürür. GTP’ deki fosforil grubu kolayca ADP’ ye aktarılarak ATP
sentezlenir. ATP ve GTP enerji yönünden eşdeğerdir.
Nükleosit difosfat kinaz
GTP + ADP GDP + ATP Go= 0 kj/mol
91
COO- FAD FADH2 COO-
CH2 C H
Go= 0 kj/mol
CH2 Süksinat dehidrogenaz H C
COO- COO-
Süksinat Fumarat
Burada hidrojen alıcısı NAD+ yerine FAD’ dır. Çünkü bu reaksiyonun serbest enerjisi
NAD+’ yi indirgemeye yeterli değildir. Bu tip reaksiyonlarda elektron alıcısı olarak genellikle
FAD rol alır. Süksinat dehidrogenaz enziminde bir histidin yan grubu, FAD’ nın izoalloksazin
halkasıyla kovalent bağlandığında enzim E–FAD şeklinde gösterilebilir.
Süksinat dehidrogenaz FAD’ nin yanı sıra dört adet Fe ve dört adet de inorganik sülfür
(S) ihtiva eder. Bu tipteki bir protein, demir-sülfür (Fe–S) proteini adını alır. Bu proteinler
mitokondri ve kloroplastların elektron taşıyıcı sistemlerinde önemli bir rol oynarlar. Süksinat
dehidrogenaz, birisi bir FAD ve iki Fe–S kümesi; diğeri de tek bir Fe–S kümesi taşıyan iki alt
birimden ibarettir. Bu enzim, iç mitokondri zarının bir integral proteini olarak da TCA
çevriminin diğer enzimlerinden ayrılır. Gerçekten süksinat dehidrogenaz elektron transport
sistemine (ETS) direkt bağlıdır. FADH2 oluştuğu zaman NADH gibi enzimden ayrılmaz ve
yapısındaki iki elektronu doğrudan enzimdeki Fe+3 atomlarına ve oradan da ETS’ deki CoQ’
ya aktarır.
COO- COO-
Fumarat L-Malat
92
NAD+ NADH + H+
COO- COO-
HO C H O C
Go= 29.7 kj/mol
CH2 L-Malat dehidrogenaz CH2
COO- COO-
L-Malat Okzalasetat
93
Şekil 10.10. Sitrik asit çevriminin reaksiyonları. Kutu içindeki karbon atomları döngünün ilk turunda
asetil CoA’ nın asetatından türetilmiş olanlardır. Bunlar ilk turda CO2 olarak ayrılan
karbonlar değildir. Her bir reaksiyon basamağının yanındaki numara, metinde geçen
numaraya karşılıktır. İnce oklar, FADH2 ve NADH + H+ oluşturmak için elektronun FAD
veya NAD+’ ya transferiyle enerjinin nerede depolanacağını göstermektedir. Basamak 1,
3 ve 4 hücrede esas olarak tersinmezdir; diğer tüm basamaklar tersinirdir. Basamak 5’ in
ürünü; katalizörün hangi süksinil CoA sentaz izozimi olduğuna bağımlı olarak, ya ATP
yada GTP’ dir.
94
Sitrik asit çevrimindeki oksidasyonların enerjisi verimli bir şekilde depolanır.
Buraya kadar sitrik asit çevriminin tam bir turunu gözden geçirdik (Şekil 10.11). Bir
tane iki karbonlu asetil grubu, okzalasetatla birleşerek çevrime girdi. İki karbon atomu;
izositrat ve α–ketoglutaratın oksidasyonu ile iki molekül CO2 olarak açığa çıktı. Bu
oksidasyonla açığa çıkan enerji, üç NAD+ ve bir FAD’ nin indirgenmesinde ve bir GTP veya
ATP’ nin oluşumunda korundu. Çevrimin sonunda bir molekül okzalasetat yeniden elde
edilir.
Şekil 10.11. Sitrik asit çevriminin bir turunun ürünleri. Üç NADH, bir FADH2, bir GTP (veya ATP)
ve iki CO2 oksidatif dekarboksilasyon reaksiyonlarında salınır. Burada ve gelecek
şekillerin bir kısmında, döngü (çevrim) reaksiyonlarının hepsi tek yönde gösterilmiştir.
Şekil 10.10’ da görüldüğü gibi, reaksiyonların çoğunun tersinir olduğunu unutmayınız.
95
Metabolik yollardaki anahtar enzimlerin allosterik etkenlerle ve kovalent
modifikasyonla düzenlenmesi, hücrenin kararlı denge durumunda kalmasını sağlayacak
gerekli oranlardaki ara maddelerin ve ürünlerin meydana getirilmesini, savurganlığın
önlenmesini sağlar. Karbon atomlarının, sitrik asit çevrimi boyunca pirüvattan akışı iki
düzeyde sıkı düzenlenme altındadır: sitrik asitin başlangıç maddesi olan pirüvatın asetil CoA’
ya dönüşümü (pirüvat dehidrogenaz kompleksi reaksiyonu) ve asetil CoA’ nın çevrime
girişi (sitrat sentaz reaksiyonu). Pirüvat, asetil CoA’ nın tek kaynağı değildir ve birçok
hücrede yağ asitlerinin ve belirli aminoasitlerin oksidasyonundan da elde edilir. Ara
maddelerin diğer yollarla sağlanması, pirüvatın oksidasyonu ve sitrik asit çevriminin
düzenlenmesinde de önemlidir. Ayrıca çevrim, izositrat dehidrogenaz ve α–ketoglutarat
dehidrogenaz enzim kopleksi reaksiyonlarıyla da düzenlenir.
96
edilir. Enzim kompleksi fosforil grubunun spesifik bir fosfataz enzimi tarafından
hidrolizlenmesi sonucu tekrar aktif hale geçer. Buradaki fosforilasyon hormona bağımlı ve
AMP aracılı değildir.
Şekil 10.12. Sitrik asit çevrimi boyunca pirüvattan metabolit akışının düzenlenmesi. Pirüvat
dehidrogenaz kompleksi, yeterli metabolik enerji durumunun göstergesi olan yüksek
[ATP]/[ADP] ve [NADH]/[NAD+] ve [asetil CoA]/[CoA] oranlarıyla allosterik olarak
inhibe edilir. Bu oranların azalması, pirüvat oksidasyonunun allosterik aktivasyonuna
yol açar. Çevrimin akış hızı, okzalasetat ve asetil CoA gibi sitrat sentaz substratlarının
veya üç NAD+’ ya bağımlı oksidasyon basamağını yavaşlatan NAD+ (NADH’ ye
dönüşümü) ile sınırlandırılabilir. Ayrıca süksinil CoA, sitrat ve ATP ile olan geri
beslemeli (feed–back) inhibisyon; ilk basamakları inhibe ederek çevrimi yavaşlatır. Kas
dokusunda Ca+2, kasılmayla harcanan ATP’ nin yerine konması için enerji üreten
metabolizmayı uyarır.
97
10.3.4. Sitrik Asit Çevriminin Kontrolü
Sitrik asit çevrimindeki metabolitlerin akışı sıkı kontrol altındadır. TCA çevrimindeki
akışı üç faktör yönetir: Substrat varlığı, ürünlerin birikimiyle inhibisyon ve çevrimin ilk
basamaklarını katalizleyen enzimlerin allosterik geri–beslemeli (feed–back) inhibisyonu.
TCA çevrimindeki kuvvetli ekzotermik dönüşümsüz basamaklardan sitrat sentaz,
izositrat dehidrogenaz ve α-ketoglutarat dehidrogenazla katalizlenen her biri (Şekil 10.10 ve
Şekil 10.12.) bazı şartlar altında çevrimin hızını kontrol edebilir.
Okzalasetat ve asetil CoA’ dan sitratın sentezlendiği reaksiyon, çevrimdeki önemli bir
kontrol noktasıdır. ATP, sitrat sentazın allosterik bir inhibitörüdür ve enzimin asetil CoA’ ya
karşı KM değerini artırır. Bunun sonucu olarak; ATP seviyesi yükseldikçe, daha az enzim
asetil CoA ile doyacağından daha az sitrat oluşacaktır.
TCA çevriminin en önemli kontrol noktası izositrat dehidrogenazdır. Bu enzim
allosterik olarak ADP tarafından uyarılarak substratlarına afinitesi artırılır. İzositratın NAD+,
Mg+2 ve ADP’ ye bağlanması kooperatif bir olaydır. NADH ise doğrudan NAD+’nın yerini
alarak enzimi inhibe eder.
TCA çevriminin üçüncü kontrol noktası, α-ketoglutarat dehidrogenaz enzimidir. Bu
enzim kompleksinin kontrolü, pirüvat dehidrogenaz kompleksindeki duruma çok
benzemektedir. Ürünleri olan NADH ile süksinil CoA ve yüksek enerji yükü tarafından inhibe
edilir.
Omurgalı kasında, kasılmanın sinyali olan Ca+2 ve aynı zamanda ATP ihtiyacının artmış
olması, izositrat dehidrogenaz, α-ketoglutarat dehidrogenazın her ikisini de ve pirüvat
dehidrogenaz kompleksini de aktifleştirir. Kısaca bu metabolik yoldaki akış hızı, çevrimdeki
substrat ve ara maddelerin derişimi, ATP ve NADH’ nın optimal derişimini sağlayacak
şekilde ayarlanır.
Normal koşullar altında, glikoliz ve sitrik asit çevriminin hızı, sitrik asit çevriminin
kendi yakıtı olan asetil CoA’ nın asetil gruplarını sağlamak için gerekli olan yeterli glukozun
pirüvata metabolize edilmesi için entegre edilmiştir.
Pirüvat, laktat ve asetil CoA normalde sabit denge derişiminde tutulur. Glikolizin
hızının sitrik asit çevriminin hızıyla uyuşması, sadece ATP ve NADH’ nın yüksek
düzeylerinin inhibisyonu ile olmaz, aynı zamanda sitrat derişimiyle de olur. Sitrik asit
çevriminin ilk ürünü olan sitrat, glikolitik yoldaki fosfofruktokinaz–I enziminin önemli bir
inhibitörüdür.
98
10.3.5. TCA Çevrimi Ara Bileşiklerinin Biyosentetik Önemi
TCA çevriminin aynı zamanda biyosentez olaylarında kullanılmak üzere birtakım ara
bileşikleri sağladığını da belirtmiştik. Mesela, porfirinlerdeki karbon atomlarının çoğu
süksinil CoA’ dan gelmektedir. Aminoasitlerin birçoğu α–ketoglutarattan ve okzalasetattan
aminasyonla türetilir (Şekil 10.13). Aminoasit metabolizmasında bunu daha ayrıntılı olarak
ele alacağız.
Pirüvat
Asetil CoA
Şekil 10.13. Sitrik asit çevriminin biyosentetik rolleri. Biyosentez için harcanan ara bileşikler,
pirüvattan okzalasetatın oluşumu ile telafi edilirler.
Burada önemli bir nokta da, sitrik asit çevriminin biyosentez olaylarında kullanılan ara
bileşikleri telafi edebilmesidir. Mesela, okzalasetat protein sentezinde kullanılmak üzere
aminoasitlere çevrildiği zaman, eğer yeniden okzalasetat üretilmezse TCA çevrimi durur.
Memelilerde asetil CoA’ dan okzalasetat ve diğer TCA çevrimi ara bileşiklerini sentezleyecek
enzimler yoktur. Bunun yerine pirüvat, koenzimi biyotin olan pirüvat karboksilaz enzimi
katalizörlüğü ile okzalasetata çevrilir (Şekil 8.10). Burada, bütün karboksilaz tipi enzimlerin
substrat olarak bikarbonat iyonunu (HCO3-) kullandığının bilinmesinde fayda vardır.
Pirüvat karboksilaz
Pirüvat + HCO3- + ATP Okzalasetat + ADP + Pi + 2H+
Pirüvatın karboksilasyonu TCA çevrimi ara bileşiklerinin telafi edildiği bir reaksiyon
olmanın yanı sıra, pirüvattan glukozun sentezlendiği glukoneogenez yolunun önemli bir
basamağıdır.
99
10.4. GLİOKSİLAT ÇEVRİMİ
Pirüvat dehidrogenaz multienzim kompleksi tarafından katalizlenen pirüvatın asetil
CoA’ ya dönüştürülmesi reaksiyonu dönüşümsüz olduğundan, hayvansal organizmalarda
asetil CoA’ dan karbohidratların sentezi mümkün değildir. İleride yağ asitlerinin
metabolizmasında göreceğimiz gibi, yağ asitlerinin oksidasyonunda da asetil CoA birimleri
oluşur. Bu yüzden hayvansal organizmalarda lipidlerden şekerlerin sentez yolu kapalıdır.
Fakat yüksek bitkilerde, E.coli gibi mikroorganizmalarda ve alglerde bulunan iki farklı enzim;
bu organizmalarda lipidlerden şekerlerin ve diğer biyosentetik ara bileşiklerin oluşumuna
fırsat verir. Bu enzimler, glioksilat çevrimi adı verilen ve TCA çevriminin modifiye şekli
olan bir metabolik yolda yer alırlar. TCA çevriminde yer alan izositrattan malata kadar
reaksiyon serisinin yerini, izositrat liyaz ve malat sentazın katalizlediği iki reaksiyon alır. Bu
çevrimde önce bir asetil CoA, sitrat oluşturmak üzere okzalasetatla kondanse olur. Daha sonra
sitrat izositrata dönüştürülür. Bu noktada ilk farklı enzim olan izositrat liyaz katalizörlüğünde
bir aldol parçalanmasıyla izositrat, süksinat ve glioksilata ayrılır:
H COO-
CH2 CHO
HO C COO-
izositrat liyaz +
H C COO- CH2 COO-
COO- Glioksilat
H2C COO-
Süksinat
izositrat
Meydana gelen glioksilat, ikinci farklı enzim malat sentaz katalizörlüğünde ikinci bir
asetil CoA ile kondanse olarak malat oluşturur:
CH3 H2C COO-
CHO
Malat sentaz
C O + + H2O H C OH + CoA-SH
-
COO
S CoA COO-
Asetil CoA Glioksilat Malat Koenzim A
Malat daha sonra bir başka asetil CoA ile kondanse olabilecek okzalasetata oksitlenir
(Şekil 10.14). Glioksilatın her devrinde iki asetil CoA girer ve biyosentetik yolda (özellikle
glukoneogenezde ön bileşik olarak) kullanılacak bir süksinat ve elektron taşıyıcı bir NADH
meydana gelir.
2Asetil CoA + NAD+ + 2H2O Süksinat + 2CoA + NADH + H+
100
Şekil 10.14. Glioksilat çevrimi. Sitrat sentaz, akonitaz ve malat dehidrogenaz, sitrik asit çevrimi
enzimlerinin izozimleridir. İzositrat liyaz ve malat sentaz glioksilat devrine özgüdür. İki
asetil grubunun çevrime girdiğine ve dört karbonun süksinat olarak ayrıldığına dikkat
ediniz.
Bu çevrim hücreye hem enerji hem de dört karbonlu bir biyosentetik ara bileşiği
(süksinat) sağlar. Bu çevrime hayvansal organizmalarda rastlanılmaz, yüksek bitki
tohumlarında çok bulunur. Bu tohumlarda trigliserid depolarındaki yağ asitlerinden türetilen
asetil birimleri, süksinat yoluyla karbohidratlara çevrilir. Glioksilat çevrimiyle oluşan
süksinat, mitokondriye gönderilir ve TCA çevrimi enzimleriyle malata dönüştürülür. Malat
dehidrogenazın sitozolik izoenzimi, malatı glukoneogenez öncülü olan okzalasetata oksitler.
Böylece filizlenen tohumlar depo lipidlerinin karbonlarını glukoza dönüştürebilir.
Yüksek bitkilerde TCA çevrimi reaksiyonları mitokondrilerde meydana gelmesine
rağmen; glioksilat devri (çevrimi), özellikle izositrat liyaz ve malat sentaz enzimleri başka
101
sitoplazmik organellerde yani glioksizomlarda bulunur. Glioksizomlar, bazı bitki dokularında
bulunan özelleşmiş peroksizomlardır. Glioksizomlar tüm bitki dokularında her zaman
bulunmaz. Gelişme öncesi dönemde bitkiler fotosentezle glikoz üretme yeteneğini
kazanmadan, çok yağlı tohumlarda filizlenme sırasında glioksizomlar meydana gelirler.
Böylece, filizlenen tohumlar depo lipidlerinin karbonlarını glukoza dönüştürebilir.
102
mitokondri matriksine geri akışı esnasında da ATP sentezlenir. Yani oksidasyon ve
fosforilasyon olayları, iç mitokondri membranı üzerindeki, bir proton gradienti ile
bağlantılıdır. Solunum zinciri enzimleri, iç mitokondri membranının integral proteinleridir.
Dış membran birçok küçük molekül ve iyonlara karşı geçirgen olmasına karşılık; mitokondri
iç membranı hemen hemen bütün iyonları ve yüksüz moleküllerin çoğunu geçirmez. ADP ve
uzun zincirli yağ asitleri gibi bazı molekül ve iyonların matrikse taşınması, iç mitokondri
membranında bulunan spesifik protein yapısında taşıyıcılar aracılığıyla gerçekleşir.
103
indirgeyici, 1M yükseltgeyici, 1M H+ ve 1 atm H2 durumunda geçerlidir. Nitekim kuvvetli bir
indirgeyici (NADH gibi) negatif redoks potansiyeline, kuvvetli bir yükseltgeyici de (O2 gibi)
pozitif redoks potansiyeline sahiptir.
Tablo 10.4.’ de biyolojik öneme sahip bazı redoks çiftlerinin redoks potansiyelleri
verilmiştir.
Tablo 10.4. Biyolojik yönden önemli bazı yarı-reaksiyonların 25 oC ve pH=7’ de standart indirgenme
potansiyelleri (Eo)
Yarı reaksiyon Eo (V)
Ferredoksin (Fe+3) + e- → ferredoksin (Fe+2) –0,432
2H+ + 2e- → H2 (pH=7’ de) –0,414
+ + -
NADP + H + 2e → NADPH –0,324
+ + -
NAD + H + 2e → NADH –0,320
Lipoik asit + 2H+ + 2e- → dihidrolipoik asit –0,290
Glutatyon + 2H+ + 2e- → 2 indirgenmiş glutatyon –0,230
FAD + 2H+ + 2e- → FADH2 –0,219*
Asetaldehid + 2H+ + 2e- → etanol –0,197
104
Pirüvat- + 2H+ + 2e- → laktat- –0,185
Okzalasetat-2 + 2H+ + 2e- → malat-2 –0,166
2H+ + 2e- → H2 (standart koşullarda, pH=0) 0,000
Fumarat-2 + 2H+ + 2e- → süksinat-2 0,031
+ -
Ubikinon + 2H + 2e → Ubikinol + H2 0,045
+3 - +2
Sitokrom b (Fe ) + e → Sitokrom b (Fe ) 0,077
Sitokrom c1 (Fe+3) + e- → Sitokrom c1 (Fe+2) 0,220
Sitokrom c (Fe+3) + e- → Sitokrom c (Fe+2) 0,254
+3 - +2
Sitokrom a (Fe ) + e → Sitokrom a (Fe ) 0,290
+ -
O2 + 2H + 2e → H2O2 0,295
Sitokrom a3 (Fe+3) + e- → Sitokrom a3 (Fe+2) 0,350
NO3- + 2H+ + 2e- → NO2- + H2O 0,421
+3 - +2
Fe + e → Fe 0,771
+ -
½ O2 + 2H + 2e → H2O 0,816
*Bu serbest FAD değeridir. FAD farklı, Eo’ a sahip özgül bir flavoproteine bağlanır (örneğin, süksinat
dehidrogenaza bağlı ise E–FAD + 2H+ + 2e- → E–FADH2 Eo= –0,181 V olur.).
105
enerji (indirgenme–yükseltgenme reaksiyonunun standart serbest enerji değişikliği) ΔEo ile
orantılıdır.
ΔGo= –nFΔEo
Yarı hücrenin indirgenme potansiyeli, yalnız bulunan kimyasal türlere değil,
derişimlerden kaynaklanan aktivitelerine de bağlıdır. W. Nernst, standart indirgenme
potansiyelini (Eo), hücredeki indirgen ve yükseltgen türlerin herhangi bir derişimdeki
indirgenme potansiyeli (E) ile ilişkilendiren bir eşitlik bulmuştur. 25oC’ de eşitlik aşağıdaki
şekli almaktadır.
İlk önce her iki hücrenin E değerleri hesaplanır ve ΔE değeri bulunur. ΔE, ΔG’ nin
hesaplanmasında kullanılır.
ΔG= –nFΔE
Bu şekilde redoks çiftinin herhangi bir derişimde, herhangi bir biyolojik redoks
reaksiyonunun serbest enerji değişikliği hesaplanabilir.
Bir indirgenme-yükseltgenme reaksiyonunun serbest enerji değişimi (ΔGo),
reaktantların redoks potansiyellerinden faydalanılarak bulunabilir. Mesela pirüvatın NADH
tarafından indirgenme reaksiyonunu ele alalım:
Pirüvat + NADH + H+ Laktat + NAD+
NAD+/ NADH çiftinin redoks potansiyeli –0,32V, pirüvat / laktat çiftinin ise –0,19 V’
dur. Yukarıdaki reaksiyon yönüne göre yarı pil reaksiyonlarını yazdığımızda, ikinci reaksiyon
(NADH → NAD+) Tablo 10.4’deki Eo değerlerinin verildiği yönün tersine cereyan ettiğinden;
indirgenme potansiyelinin işareti değişir.
Pirüvat + 2H+ + 2e- Laktat Eo = - 0.19 V
NADH NAD + H + 2e-
+ +
Eo = + 0.32 V
Pirüvat + NADH + H+ Laktat + NAD+ Eo = + 0.13 V
106
ΔGo= –2 x 96,5kJ V-1 mol-1 x 0,13 V
= –25,1 kJ/mol çıkar.
Pozitif bir Eo değeri, standart şartlarda reaksiyonun ekzergonik yani gösterilen yönde
kendiliğinden gerçekleşebilir olduğunu gösterir.
Şimdi aynı hesaplamayı NADH’ nın O2 tarafından yükseltgenmesi reaksiyonu için
yapalım. Önce yarı reaksiyonları yazarak toplayalım:
1/2 O2 + 2H+ + 2e- H2O Eo= +0.82 V
NADH NAD + H + 2e-
+ +
Eo= +0.32 V
1/2 O2 + NADH + H+ H2O + NAD+ Eo= +1.14 V
Bu reaksiyonun serbest enerji değişimi de
ΔGo= –2 x 96,5kJ V-1 mol-1 x 1,14 V
= –220 kJ/mol olarak bulunur.
Bu enerji 3 ATP sentezi için yeterlidir.
ADP + Pi + H+ ATP + H2O Go= +30.5 kj/mol
Daha sonra elektronlar FMNH2 ’ den NADH dehidrogenaz kompleksinin bir başka
prostetik grubunu teşkil eden bir seri Fe–S protein komplekslerine aktarılır. Burada demir
atomları hem grubuna ait değildir.
107
Şekil 10.16. Solunum zincirlerinde yer alan elektron taşıyıcıları. Protonlar çerçeve içine alınmış üç
kompleks tarafından pompalanır.*Demir-sülfür proteinleri.
Koenzim Q (CoQ) uzun bir izopren zinciri takılı bir kinon türevi olup; ubikinon adı
verilir. İzopren birimlerinin sayısı türden türe değişir. Memelilerde en bol bulunanı 10 izopren
birimine sahiptir ve CoQ10 olarak gösterilir:
O
C
H3CO C CH3
CH3
108
İzopren zinciri CoQ’ yu oldukça apolar yapar ve iç mitokondri membranında kolayca
difüze olmasını sağlar. CoQ solunum zincirinde bir proteinin prostetik grubu olmayan tek
elektron taşıyıcısıdır ve zincirin flavoproteinleri ile sitokromları arasında oldukça hareketli bir
taşıyıcılık görevi yapabilmesine yol açar.
Sitrik asit çevriminde süksinat dehidrogenaz enzimi tarafından, süksinatın fumarata
yükseltgenmesiyle, FADH2 ’ nin oluştuğunu biliyoruz. Bu enzim süksinat–CoQ redüktaz
enzim kompleksinin bir bileşeni olup, diğer bileşeni de bir Fe–S proteinidir. Bu kompleks de
NADH dehidrogenaz gibi mitokondri iç membranının integral proteinidir. FADH2’ deki
yüksek potansiyele sahip elektronlar kompleksdeki bir flavoprotein ve çeşitli Fe–S merkezleri
üzerinden solunum zincirinde CoQ’ ya aktarılır. Aynı şekilde ileride göreceğimiz glikoliz
olayında meydana gelen NADH elektronlarını mitokondri içine taşıyan gliserol fosfat
dehidrogenaz ve yağ asitlerinin oksidasyonunda görev alan yağ açil CoA dehidrogenaz
enzimleri de, FADH2 prostetik gruplarındaki elektronlarını farklı yollarla CoQ’ ya aktararak
CoQH2’ yi oluştururlar.
CoQH2 ile O2 arasındaki elektron taşıyıcılarının bir tane Fe-S proteinin dışında, hepsi
sitokromlardır. Sitokromlar prostetik grup olarak hem grubu ihtiva eden elektron taşıyıcı
proteinlerdir. Sitokromlardaki Fe atomları, indirgenmiş Fe+2 hali ile, yükseltgenmiş Fe+3 hali
arasında mekik dokur. Hem grubu bir Fe–S merkezi gibi tek elektron taşıyabilir. Fakat
NADH, flavinler ve CoQ iki elektron transfer edebilir. CoQH2 molekülü yüksek potansiyelli
iki elektronunu solunum zincirinin daha sonraki üyesi olan iki adet sitokrom b’ ye aktarır.
CoQH2 ile O2 arasında beş çeşit sitokrom vardır. Sitokrom b, ve c1, bir tane Fe–S
proteini ile beraber CoQH2–Sit c redüktaz multienzim kompleksinin bileşenleridir.
Sitokrom c, elektronları bu kompleksten bileşen olarak sitokrom a ve a3 ihtiva eden, sitokrom
oksidaz (veya Sit c oksidaz) kompleksine transfer ederler. Bu sitokromlar artan indirgenme
potansiyellerine göre sıralanmıştır.
CoQH2 → Sit b → Fe-S → Sit c1 → Sit c → Sit a → Sit a3 → O2
Bu sitokromların yapıları, birbirinden farklı özelliklere sahiptir. Sitokrom b, c1 ve c’ de
prostetik grup hem adı verilen bir demir–protoporfirin IX’ dur. Bu, hemoglobin ve
miyoglobindeki hem grubuyla aynıdır. Sitokrom b’ de hem, proteine kovalent
bağlanmamıştır. Sitokrom c ve c1 ’ de hem, proteine tiyoeter bağlarıyla bağlanmıştır. Bu
bağlar, protein yapısında bulunan iki sisteinin –SH gruplarının hem grubunun vinil gruplarına
katılmasıyla oluşmuştur (Şekil 10.17).
109
H3C
CH3 CH S CH2
P
r
o
HC CH
t
H3C
N
CH3
e
i
N Fe N n
-
OOC CH2 CH2 N CH S CH2
HC CH H3C
H2C CH3
CH2
COO-
110
CH3
CH3 CH OH
HC CH
O
N
C CH3
H
N Fe N
-
OOC CH2 CH2 N CH CH2
HC CH
CH2 CH3
CH2
COO-
hidrojen peroksittir (H2O2). Her ikisi de oldukça reaktif olup; birçok biyomoleküllerin
dönüşümsüz zarar görmesine yol açarlar. Özellikle membran lipidlerinin doymamış yağ asit
bileşenlerinin peroksidasyonu ile membran yapısını bozarlar. Reaktif oksijen türleri DNA
hasarına yol açabilir.
111
I.Fridovich ve arkadaşlarının araştırmaları sonucunda, aerobik hücrelerde bulunan
süperoksit dismutaz enziminin süperoksit radikalini hidrojen peroksit ve moleküler oksijene
dönüştürebileceğini göstermişlerdir.
.- Süperoksit dismutaz
2O2 + 2H+ H2O2 + O2
112
molekülüne girmesini katalizler. Oksijen transferazlar olarak da adlandırılan dioksigenazlar
aşağıdaki tipten reaksiyonları katalizlerler:
AH2 + O2 → A(OH)2
Bu reaksiyona göre substrat molekülü dihidroksi formuna dönüşmektedir.
Daha yaygın olan ve etki mekanizması daha karmaşık olan monooksigenazlar O2’ nin
iki oksijen atomundan yalnız birinin organik substrata girmesini katalizler, diğer oksijen H2O’
ya indirgenir. Monooksigenazlar, O2’ nin iki oksijen atomunun indirgeyicisi olarak görev
yapan iki substrata gereksinim duyar. Esas substrat iki oksijen atomundan birini alır ve
yardımcı substrat diğer oksijen atomunu H2O’ ya indirgemek için hidrojen atomlarını sağlar.
Monooksigenazlar için genel reaksiyon eşitliği şöyledir:
AH + BH2 + O–O → A–OH + B + H2O
AH, esas substrat ve BH2 yardımcı substrattır. Esas substratın hidroksillenmesini
katalizleyen birçok monooksigenaz, hidroksilaz olarak da adlandırılır. İki farklı substratı eş
zamanlı olarak oksitlediğini belirtmek için, bunlar bazen karışık–işlevli oksidazlar ya da
karışık–işlevli oksigenazlar olarak adlandırılır. Fenilalaninin fenil halkasını, hidroksilleyerek
tirozin oluşturan enzim (fenilalanin hidroksilaz) bir monooksigenazdır ve yardımcı substrat
tetrahidrobiopteridindir. İnsan genetik hastalığı olan fenilketonürideki (PKU) hatalı enzim
budur.
En karmaşık monooksigenaz reaksiyonları sitokrom P–450 denilen hem protein tipinin
katılımıyla olanıdır. Bu tip sitokrom, genellikle mitokondriden çok düz endoplazmik
retikulumda bulunur. Mitokondri sitokrom oksidazı gibi, sitokrom P–450’ de O2 ile
reaksiyona girebilir ve karbon monoksit bağlar.
Sitokrom P–450, O2’ nin bir oksijen atomunun RH organik substratına sokulmasıyla R–
OH’ a hidroksillendiği hidroksilasyon reaksiyonlarını katalizler. Diğer oksijen atomu, NADH
veya NADPH tarafından H2O’ ya indirgenir. Fakat genellikle bir Fe–S proteini tarafından
sitokrom P–450’ ye geçirilir.
O2
P-450 sitokrom Sitokrom P-450
redüktaz (FeS)
H2O
113
Sitokrom P–450, birbirine çok benzeyen gerçek bir protein ailesidir. Örneğin, özgül bir
sitokrom P–450 adrenal kortekste steroid (adrenokortikal) hormonları üretmek için
steroidlerin hidroksillenmesine katılır.
114
Şekil 10.19. Elektron transportu sonucu, iç mitokondri membranında oluşan proton gradienti ve
membran potansiyeli.
115
membranının matriks yüzünde bulunur, F0 ise membran içine gömülmüş halde bulunur ve
proton geçişi için bir kanal görevi yapmaktadır. ATPaz kompleksinin şekli genel olarak bir
elma şekerini andırmakta olup; ATP sentezi Şekil 10.20’ deki gibi şematize edilebilir.
Mitokondriye ADP girişi ve ATP çıkışı: ATP, ADP ve fosfat (Pi) iç mitokondri
zarından serbestçe difüze olamazlar. Bu çok yüklü bileşikler özel taşıyıcı proteinler tarafından
taşınır. ATP-ADP taşıyıcısı matrikse bir ADP molekülünü geçirirken aynı zamanda da bir
ATP molekülünü dışarı çıkarır. Bu olay ATP–ADP translokaz (adenin nükleotid taşıyıcısı da
denir) tarafından yürütülür. Bu protein mitokondri iç zarında bol miktarda bulunur, toplam
proteinlerin yaklaşık % 14’ ünü oluşturur. Aynı şekilde, Pi’ de ATP-ADP translokazla uyumlu
çalışan bir fosfat taşıyıcısı tarafından OH- karşılığında matrikse geçirilir. Mitokondri iç
membranında, çok sayıda molekül ve iyonların takas ve taşınmasını gerçekleştiren
116
translokazlar ve taşıyıcı proteinler vardır. Mesela, trikarboksilat ve pirüvat taşıyıcılarıyla, yağ
asitlerinin matrikse taşınmalarını gerçekleştiren karnitin-açil karnitin translokaz önemli
olanlarıdır.
117
Glikoliz
NADH + H+ NAD+
CH2OH CH2OH
C O HO C H
Gliserol-3-fosfat
CH2OPO3-2 dehidrogenaz CH2OPO3-2
Sitozolde
Dihidroksiaseton fosfat Gliserol-3-fosfat
E-FADH2 E-FAD
CH2OH CH2OH
C O HO C H
Gliserol-3-fosfat
CH2OPO3-2
dehidrogenaz CH2OPO3-2
Mitokondride
(iç membranIn dIs. yüzeyinde)
Şekil 10.21. Gliserol–3–fosfat mekiği. İndirgeyici eşdeğerliklerin, iskelet kası ve beyinde sitozolden
mitokondri matriksine taşınması.
118
NADH + H+ NAD+
Okzalasetat Malat
Sitoplazmik malat dehidrogenaz
Glutamat
Sitoplazmik
aspartat
transaminaz
-ketoglutarat
Aspartat
Sitoplazma
Aspartat-glutamat -Ketoglutarat-malat
tas. IyIcI tas. IyIcI iç membran
Aspartat -ketoglutarat
NAD+ Malat
Mitokondri matriksi
+
Mitokondrial NADH + H
Mitokondrial
aspartat Glutamat malat
transaminaz dehidrogenaz
Okzalasetat
Gliserol fosfat mekiği tek yönlü işleyen bir mekanizma iken; malat-aspartat mekiği
dönüşümlü bir olaydır. Mitokondri içine NADH’ ın taşınması NADH/NAD+ oranı yüksek
iken gerçekleştirilir. Burada ATP kaybı yoktur ve bir mol sitoplazmik NADH başına üç mol
ATP sentezlenir.
119
Tablo 10.5. Glukozun tam oksidasyonundan elde edilen ATP.
Oksidasyon safhası Glukoz başına ATP verimi
Malat-aspartat Gliserol fosfat
mekiği mekiği
Glikoliz
Substrat seviyesinde 2 2
2NADH (sitoplazmik) 6 4
Pirüvatın asetil CoA’ ya çevrilmesi
2NADH 6 6
TCA çevrimi
Substrat seviyesinde 2 2
6NADH 18 18
2FADH2 4 4
TOPLAM 38 36
120
şeklinde taşır ve çoğunlukla anabolik yollarda bir indirgen olarak kullanılır. Memelilerde
NADPH’ ın rolü ve böylece pentoz fosfat yolunun aktivitesi özellikle aktif olarak yağ asidi ve
steroid sentezleyen meme dokusu, adrenal korteks, karaciğer ve yağ dokusu gibi dokularda
baskındır. Bu dokular NADPH’ ı biyosentetik işlemlerdeki ara maddelerin çift bağlarını ve
karbonil gruplarını indirgemek için kullanır. Yağ asitlerini sentezlemede iskelet kası gibi daha
az aktif olan dokular, pentoz fosfat yolundan hemen hemen yoksundur.
Pentoz fosfat yolunun ikinci işlevi, nükleik asit biyosentezi için gerekli olan, özellikle
D–riboz gibi pentozları üretmektir. Nükleik asit biyosentezi büyüyen ve yenilenen dokularda
ve tümörlerde yüksek hızla gerçekleşir.
Pentoz fosfat yolundaki ilk tepkime glukoz–6–fosfatın, glukoz–6–fosfat dehidrogenaz
enzimiyle bir molekül içi ester olan 6–fosfoglukono–δ–lakton’ a dehidrojenlenmesidir (Şekil
10.23). NADP+ elektron alıcısıdır ve tüm denge NADPH üretimi yönündedir.
Lakton, özgül bir laktonazla 6–fosfoglukonata hidrolizlenir. Daha sonra 6–
fosfoglukonat, 6–fosfoglukonat dehidrogenazla ketopentoz olan D–ribuloz–5–fosfatı
oluşturmak üzere oksidatif dekarboksillenmeye uğrar. Bu tepkime ikinci NADPH’ ı üretir.
Fosfopentoz izomeraz, ribuloz–5–fosfatı bunun bir aldoz izomeri olan riboz–5–fosfata
çevirir. Bazı dokularda pentoz fosfat yolu bu noktada biter ve tüm tepkime şöyledir:
Glukoz–6–fosfat + 2NADP+ + H2O → Riboz–5–fosfat + CO2 + 2NADPH + 2H+
Bu net denklemi veren 4 tepkime basamağına pentoz fosfat yolunun oksidatif reaksiyonları
adı verilir. Net sonuç biyosentetik reaksiyonlarda kullanılan indirgen olan NADPH ve
nükleotid sentezinde kullanılan bir öncül olan riboz–5–fosfatın üretimidir. Bu reaksiyonların
tamamı sitoplazmada cereyan eder.
Öncelikli olarak riboz–5–fosfatın daha çok NADPH gereksinimi olan dokularda
pentoz fosfatlar, bir seri tepkimeyle glukoz–6–fosfata dönüştürülür. İlk önce, riboz–5–fosfat,
ksiluloz–5–fosfata epimerleştirilir. Daha sonra karbon iskeletlerinin bir seri yeniden
düzenlendiği bir seride altı tane beş karbonlu şeker fosfat, beş tane altı karbonlu şeker fosfat
çevrimi tamamlayarak ve glukoz–6–fosfatın NADPH üretmek üzere sürekli yükseltgenmesine
izin vererek dönüştürülür. Eritrositlerde bu yolla üretilen NADPH, hücreyi oksidatif hasardan
korumak için zorunludur. Bu indirgen, hücreyi H2O2 ve süperoksit anyon radikalinin
hasarından korur. Glukoz–6–fosfat dehidrogenazdaki genetik hatanın ciddi sonuçları olabilir.
121
Şekil 10.23. Pentoz fosfat yolunun oksidatif reaksiyonları.
Pentoz fosfat yolunun oksidatif olmayan bölümünde (Şekil 10.24.a) TPP–bağımlı bir
enzim olan transketolaz, yedi karbonlu bir ürün olan sedoheptuloz–7–fosfatı oluşturmak
üzere, ksiluloz-5-fosfatın iki karbonlu parçasının, (C–1 ve C–2) riboz–5–fosfata transferini
katalizler. Ksilulozun geride kalan üç karbonlu parçası gliseraldehid–3–fosfattır. Transaldolaz
daha sonra glikolizdeki aldolaz reaksiyonuna benzer bir reaksiyonu katalizler; sedoheptuloz–
7–fosfattan üç karbonlu bir parça ayrılır ve fruktoz–6–fosfatı oluşturmak üzere gliseraldehid–
3–fosfatla birleşir. Sedoheptulozun geride kalan dört karbonlu parçası, eritroz–4–fosfattır.
Şimdi transketolaz yeniden rol alır ve eritroz–4–fosfat ve ksiluloz–5–fosfattan; fruktoz–6–
fosfatı ve gliseraldehid–3–fosfatı oluşturur. Tekrarlayan iki tepkimeyle iki molekül
gliseraldehid–3–fosfat bir molekül fruktoz–1,6–bisfosfata çevrilir (Şekil 10.24.b.). Çevrim
daha sonra tamamlanır: altı adet pentoz fosfat, beş adet heksoz fosfata çevrilmiş olur.
Pentoz fosfatın oksidatif olmayan bölümündeki bütün reaksiyonlar tersinirdir ve
böylece heksoz fosfatların da pentoz fosfatlara çevrilmesini sağlar. Bitkilerde pentoz fosfat
yolunun bir bölümü, fotosentez olayı ile CO2 ’ den glukozun sentezlenmesinde rol alır.
122
Şekil 10.24.a. Pentoz fosfat yolunun oksidatif olmayan reaksiyonları. Bu tepkimeler pentoz fosfatları;
oksidatif reaksiyonların (Şekil 10.23) devamına izin vererek heksozfosfatlara çevirir.
Transketolaz ve transaldolaz enzimleri, bu yola özgüldür. Diğer enzimler ise glikolitik
veya glukoneojetik yollarda da hizmet görür.
123
Şekil 10.24. b. Beş karbonlu (5C) pentozlardan, altı karbonlu (6C) heksozlara giden yolları gösteren
şematik bir çizelge. Bunun Şekil 10.24. a’ da gösterilen iki seri dönüşümü içerdiğine
dikkat ediniz. Burada gösterilen her reaksiyon tersinirdir. Tek yönlü oklar glukoz–6–
fosfatın sürekli oksidasyonu sırasındaki reaksiyonların yönünü açıklamak için
kullanılmıştır. Fotosentezin ışığa bağımlı reaksiyonlarında bu reaksiyonların yönü
terstir.
124
faktördür. NADPH, NADP+ ile ATP de glukoz–6–fosfatla enzime bağlanmak için yarış
halindedirler. Pentoz fosfat yolunun oksidatif reaksiyonları üzerindeki NADP+ seviyesinin
etkisi, indirgeyici biyosentez olaylarında kullanılan NADPH’ ın üretimini böylece düzenlemiş
olur. Glukoz–6–fosfat dehidrogenaz klinik yönden de çok önemli bir enzimdir. Eksikliğinde
eritrositlerin hemoliz olduğu bir genetik anemi hastalığı görülür.
N H
O C
Cys H C CH2 SH
N H
O C
CH2
CH2
+
H3N C H
C
O O-
125
reaksiyona girerek antioksidant etki sergiler. Bu enzim aktif bölgelerinde Se (selenyum)
içerir.
2GSH + R–O–OH → GSSG + H2O + ROH
Glutatyon peroksidaz
GSH + H2O2 GSSG + H2O
Yükseltgenmiş glutatyon (GSSG) da, bir FAD’ li enzim olan ve NADPH’ ı kullanan
glutatyon redüktaz aracılığıyla tekrar glutatyona (GSH) indirgenir.
-Glu-Cys-Gly
Glutatyon
S
redüktaz
+ NADPH + H+ -Glu-Cys-Gly + NADP+
S
SH
-Glu-Cys-Gly
Antioksidant enzimler olarak bilinen bu iki enzim ve glutatyon, söz konusu etki ve
özellikleriyle karaciğerde de önemlidir. Karaciğerde ayrıca ksenobiyotiklerin (vücuttan
atılması gereken ilaç, kimyasal kirleticiler ve suda çözünmeyen metabolizma atıkları)
detoksifikasyonunda NADPH’ a ihtiyaç vardır. Çünkü detoksifikasyonun ilk basamağı
hidroksilasyon ile 1) çözünürlük artırılmış ve 2) sülfat ve glukuronat ile konjugasyona hazır
bir grup oluşturulmuş olur. Bunun sonucu olarak da böbreklerden veya başka yollarla
atılmaları kolaylaşır. Normal eritrosit hücre yapısının devamı ve hemoglobinin Fe+2 halinde
korunması için GSH zorunludur.
10.8. GLUKONEOGENEZ
Glukoneogenez, karbohidrat yapısında olmayan ön maddelerden glukozun
sentezlenmesi olayıdır. Bu metabolik yol, yakıt olarak en çok glukoz kullanan beyin gibi bazı
dokular için çok önemlidir. Yetişkin bir kişide beyin, tek başına günlük olarak 120 gram
glukoza ihtiyaç duyar. Bu günlük 160 gram olan ihtiyacın, önemli bir bölümünü
oluşturmaktadır. Vücut sıvılarındaki glukoz 20 gram ve glikojenden kolayca sağlanabilecek
glukoz da 190 gram civarındadır. Bu glukoz depoları vücudun bir günlük ihtiyacı için
yeterlidir. Daha uzun bir açlık döneminde glukozun karbohidrat olmayan kaynaklardan
sentezlenmesi gerekmektedir. Glukoneogenez yoğun eksersiz süresinde de önemlidir.
126
Glukoneogenezin önde gelen çıkış maddeleri; laktat, glukogenik aminoasitler ve
gliseroldür. Laktat; mitokondrisi olmayan eritrositlerde, glikoliz hızının sitrik asit çevriminin
ve solunum zincirinin metabolik hızlarını aştığı çok aktif kaslarda meydana gelir. Bu
dokulardan kana difüze olan laktat, kalp ve karaciğer tarafından alınır ve laktat dehidrogenaz
katalizörlüğünde
L-Laktat + NAD+ Pirüvat + NADH + H+
reaksiyonuyla pirüvata çevrilir. Pirüvat; kalp hücreleri tarafından yakıt olarak kullanılırken,
karaciğerde, glukoneogenezle Şekil 10.25.’ de verilen reaksiyon dizisiyle glukoza çevrilir.
Aminoasitler diyette bulunan proteinlerden ve açlık durumunda kas proteinlerinin
parçalanmasıyla ortaya çıkar. Bunlardan glukogenik olanları (Bölüm 12) pirüvat ile TCA
çevrimi ara bileşikleri olan α–ketoglutarat, süksinil CoA, fumarat ve okzalasetata dönüşür
(Şekil 10.13) ve hepsi de okzalasetat üzerinden glukoneogenez yoluna dahil olur.
127
Laktat Pirüvat Bazı aminoasitler
* Pirüvat karboksilaz
* PEP karboksikinaz
Fosfoenolpirüvat
2–Fosfogliserat
3–Fosfogliserat
1,3–Bisfosfogliserat
Fruktoz–1,6–bisfosfat
* F–1,6–bisfosfataz
Fruktoz–6–fosfat
Glukoz–6–fosfat
* Glukoz–6–fosfataz
Glukoz
Şekil 10.25. Glukoneogenez yolu. Bu yolun glikolizden farklı reaksiyonlarının okları üzerinde *
işareti vardır. Diğer reaksiyon basamakları glikolizle aynıdır.
128
Gliserol ise, triaçilgliserollerin lipazlar tarafından yağ asitleri ve gliserole hidroliziyle
oluşur ve kan vasıtasıyla başlıca karaciğere gider. Burada gliserol, gliserol kinaz enzimi
katalizörlüğünde fosforillenir ve daha önce bir mekik enzimi olarak tanıdığımız sitoplazmik
gliserol fosfat dehidrogenaz aracılığıyla dihidroksiaseton fosfata yükseltgenir. Daha sonra,
gliseraldehid-3-fosfata izomerize edilir. Bu bileşik hem glikoliz, hem de glukoneogenez ara
maddesidir ve bu enzimlerin bulunduğu karaciğerde pirüvat veya glukoza dönüştürülür.
NAD+ NADH + H+
ATP ADP CH2OH
CH2OH CH2OH
HO C H HO C H O C
Gliserol Gliserol fosfat
CH2OH kinaz H2C OPO3-2 dehidrogenaz H2C OPO3-2
129
Hekzokinaz
1. Glukoz + ATP Glukoz-6-fosfat + ADP + H+
Fosfofruktokinaz-I
2. Fruktoz-6-fosfat + ATP Fruktoz-1,6-bisfosfat + ADP + H+
Pirüvat kinaz
3. Fosfoenolpirüvat + ADP + H+ Pirüvat + ATP
Hücre içi koşullarda, iki yüksek enerjili fosfat bağının hidroliziyle açığa çıkan enerji;
pirüvatın fosforillenmesiyle PEP sentezinde harcanır. Pirüvat kinaz tarafından aynı
130
reaksiyonun katalizlenmesinin ΔGo değeri +30.5kJ/mol olduğu göz önüne alınırsa, bu
basamağın yüksek enerjili bağın (GTP) kullanılmasıyla termodinamik yönden uygun hale
geldiği görülür.
Pirüvatın PEP’ e dönüşümündeki iki basamaklı yolda ∆Go = 0.9kJ/mol olsa da, gerçek
hücre içinde hesaplanan serbest enerji değişimi (∆G) çok daha negatiftir (–25kJ/mol). Bu
karboksilasyon-dekarboksilasyon dizisi pirüvatı aktifleştirerek, PEP oluşumunu kolaylaştırır.
131
2. Fruktoz–1,6–bisfosfatın hidrolizlenerek fruktoz–6–fosfata dönüştürülmesi:
Bu ekzergonik hidroliz reaksiyonu sitozolde fruktoz–1,6–bisfosfataz enzimi tarafından
katalizlenir.
F-1,6-bisfosfataz
Fruktoz-1,6-bisfosfat + H2O Fruktoz-6-fosfat + Pi
132
bisfosfat, glukozun yıkımı veya sentezini belirleme de önemli bir rol oynar. Pirüvat kinaz ve
pirüvat karboksilaz enzimlerinin katalizledikleri reaksiyonlar da birbirine zıt etkilerle
düzenlenirler. Fruktoz–1,6–bisfosfat, pirüvat kinazı uyarırken, ATP inhibe eder. Glukagon ve
insülin hormonlarının protein kinazlar ve protein fosfatazlar aracılığıyla sebep oldukları
fosforilasyon ve defosforilasyon mekanizmasıyla düzenlemenin yanı sıra, bazı glikoliz ve
glukoneogenez enzimlerinin sentezlerini transkripsiyon seviyesinde baskılama veya uyarma
şeklinde de kontrol edici etkileri vardır. Mesela, insülin glukokinazı uyarırken,
fosfoenolpirüvat karboksikinazı baskılar.
133
Okzalasetat, mitokondride malat dehidrogenaz enzimi reaksiyonuyla malata
dönüştürülerek stoplazmaya taşınır ve tekrar okzalasetata yükseltgenerek fosfoenolpirüvat
kinazın substratı olur.
+
NADH + H+ NAD
Okzalasetat Malat
Malat dehidrogenaz
134
çıkan hastalıkların (glikojen depo hastalıkları) iç yüzü anlaşılmıştır. Bunlardan bazıları çocuk
yaşlarda çok tehlikeli olup; bazıları da tedavi ile düzeltilebilmektedir.
Koenzimi piridoksal fosfat olan glikojen fosforilaz, glikojendeki iki glukozu birleştiren
α(1→4) glikozidik bağına inorganik fosfatın katılmasını sağlayan reaksiyonu katalizler.
İndirgen olmayan uçtaki glukoz, α–D–glukoz–1–fosfat olarak uzaklaştırılır (Şekil 10.27.). Bu
fosforilaz tepkimesi bağırsakta glikojen ve nişastanın glikozidik bağlarının amilazla
hidrolizlenmesinden farklıdır. Fosforilizde, glikozidik bağ enerjisinin bir kısmı fosfat esteri
olan glukoz–1–fosfat oluşumuyla saklanır.
Glikojenin fosforilitik parçalanması, ayrılan glukozun fosforillenmiş olmasından dolayı
enerji yönünden avantajlı bir reaksiyondur. Çünkü glukoz, hem glikoliz hem de pentoz fosfat
yoluna glukoz–6–fosfat şeklinde girerken bir ATP harcanarak fosforillenmesi gerekmektedir.
Fosforilli bir ürünün kas hücreleri için bir diğer avantajı da, glukozdan farklı olarak glukoz–
1–fosfatın hücre dışına difüzyonla çıkamamasıdır.
Şekil 10.27. Glikojen
zincirinin indirgen
olmayan ucundan bir
uç glukoz kalıntısının
glikojen fosforilazla
uzaklaştırılması. Bu
tekrarlayan bir işlem
olup; enzim, ardışık
glukoz birimlerini, bir
dallanma noktasına
dört birim glukoz
kalana kadar
uzaklaştırır.
135
Fosforilaz enzimi katalizörlüğünde, glikojen sınırlı olarak parçalanabilir. Çünkü
dallanma noktalarındaki α(1→6) glikozid bağları bu enzimin substratı değildir. Dallanma
noktasına dört birim kala fosforilaz parçalanmayı durdurur. Şekil 10.28’de glikojen yıkımı
basamak basamak gösterilmiştir.
Burada önce bir daldaki beş ve diğer daldaki üç α(1→4) glikozid bağı, fosforilaz
tarafından parçalanır. Parçalanma bu noktada durur. Glikojen fosforilaz, glikojenin indirgen
olmayan ucundan bir α(1→6) dallanma noktasına dört glukoz birimi kalana kadar, defalarca
etki eder. Bu safhada yeni bir enzim gerekmektedir. Dış daldaki üç birimi diğerine transfer
etme görevini yerine getirecek bu dal kırıcı enzim bir transferazdır. Bu transfer sonucunda
dallanma noktasında tek kalan α(1→6) bağlı glukoz, dal kırıcı enzimin α(1→6) glikozidaz
aktivitesiyle serbest glukoz şeklinde kopartılır ve salınır. Böylece transferaz ve α(1→6)
glikozidaz enzimlerinin etkisi sonucu lineer bir yapı ortaya çıkar ve bu da 1 birime kadar
136
defalarca fosforilaz tarafından parçalanır. Transferaz ve α(1→6) glikozidaz iki ayrı enzim
olmayıp; tek bir polipeptid zinciri (dal kırıcı enzim) üzerinde yer alan katalitik bölgeler
tarafından yerine getirilir.
Glikojen fosforilaz reaksiyonunun son ürünü olan glukoz–1–fosfat, fosfoglukomutaz
enzimi katalizörlüğünde glukoz–6–fosfata çevrilir. Denge karışımının % 95’ i glukoz–6–
fosfattır.
Fosfoglukomutaz
Glukoz-1-fosfat Glukoz-6-fosfat
Karaciğerin başlıca fonksiyonu kanda nispeten sabit bir glukoz seviyesi sağlamaktır. Bu
amaçla kas faaliyeti esnasında ve yemek aralarında kana glukoz salıverir. Daha önceden,
fosforilli glukozun hücre dışına glukoz gibi difüze olamayacağını, bundan dolayı fosforil
grubunun hidrolizlenmesi gerektiğini belirtmiştik. Bu hidroliz reaksiyonu, glukoneogenez için
de gerekli olan glukoz-6-fosfat, glukoz–6–fosfataz enzimi tarafından katalizlenir.
Glukoz-6-fosfataz
Glukoz-6-fosfat + H2O Glukoz + Pi
137
Glukozun glikojene, UDP–glukoz’ un parçalanması sonucu takıldığı gösterilmiştir.
Glikojen sentezi, yıkımının dönüşümü değildir.
Sentez: Glikojen (n birim) + UDP-Glukoz Glikojen (n+1 birim) + UDP
YIkIm: Glikojen (n birim) + Pi Glikojen (n-1 birim) + Glukoz-1-fosfat
Hücre içinde bu reaksiyon UDP–glukozun oluşumu yönünde çalışır çünkü pirofosfat (PPi)
inorganik pirofosfataz tarafından hızla inorganik fosfata (Pi) hidrolizlenir (ΔGo= –25 kJ/mol).
Glukoz-1-fosfat + UTP UDP-Glukoz + PPi
PPi + H2O 2Pi
138
duyar. Bu durumda başka sentazların oluşturduğu primer adı verilen bir glikojen zinciri
gerekmektedir.
Şekil 10.29. Glikojen sentezi. Bir glikojen zinciri, glikojen sentazla uzatılır. Enzim (glikojen sentaz)
UDP–glukozun glukozunu, glikojenin bir dalındaki indirgen olmayan uca taşır ve yeni bir
α(1→4) bağı yapar.
139
sentazın ve glikojen fosforilazın bağlanma yerlerinin sayısını artırır. Bu enzimlerin her ikisi
de sadece indirgen olmayan uçlarda etkindir.
Şekil 10.30. Glikojen dalının sentezi. Glikojen sentezi sırasında glikojen dallandırıcı enzim,
glikozil(4→6) transferaz, yeni dallanma noktaları oluşturur.
Toplam: Glukoz-6-fosfat + ATP + Glikojen (n birim) + H2O Glikojen (n+1 birim) + ADP + 2Pi
Sonuç olarak, glukoz–6–fosfatın glikojene dahil edilmesi olayında bir adet yüksek
enerjili fosfat bağı kullanılır. Glikojen yıkımından elde edilen enerji verimi çok yüksektir.
Glukoz birimlerinin yaklaşık % 90’ı fosforilitik olarak glukoz–1–fosfata parçalanır ve bu da
hiçbir enerji maliyeti olmaksızın glukoz–6–fosfata çevrilir. Geride kalan % 10’u ise, dallanma
noktasında tek kalan glukoz olup; glukoz birimlerine hidrolizlendikleri için, her biri bir ATP
kullanarak glukoz–6–fosfata dönüşebilir.
140
sentez ve yıkımının ayrı ayrı yollarla gerçekleşmesi, bu olayların kolay kontrol edilmelerini
sağlar. Eğer, her iki yolun enzimleri aynı anda aktif olsa, çok miktarda ATP boş yere
hidrolizlenecektir. Gerçekten, glikojen sentaz ve fosforilaz enzimlerinden birisi tam aktif iken,
diğeri inaktif olmaktadır.
Glikojen sentaz, fosforillenmiş ve fosforillenmemiş olarak iki forumda bulunur (Şekil
10.31.). Fosforillenmemiş formu olan glikojen sentaz a, aktif olan halidir. Özgül protein
kinazlarla çok sayıda serin –OH grubundan fosforillendiğinden, daha az aktif olan glikojen
sentaz b formuna çevrilir. Serin kalıntılarınından fosfatları, hidrolizle uzaklaştıran
fosfoprotein fosfataz enzimiyle b formu, aktif a formuna geri dönüşür.
Glikojen fosforilaz enziminin aktif formu olan glikojen fosforilaz a; daha az aktif olan
glikojen fosforilaz b formunun, fosforilaz b kinaz ile serin –OH grubundan
fosforillenmesiyle oluşmuştur. Fosforilaz a fosfataz, fosfat grubunu hidrolizleyerek, daha az
aktif olan fosforilaz b formunu oluşturur. Daha az aktif olan fosforilaz b, allosterik
modülatörü olan AMP’ yle uyarılır. Glikojen fosforilaz ve glikojen sentaz
fosforillenme/defosforillenme devriyle ters düzenlenir. Enzimlerden biri aktif iken, diğerinin
aktivitesi azalmış olur (Şekil 10.31).
Bu iki metabolik yolun hormonal kontrolü; normal şartlarda insülin ve glukagon, stres
ve aşırı aktivite gerektiren durumlarda ise epinefrin (adrenalin) tarafından sağlanmaktadır.
Burada, önce glukagonun karaciğer glikojen metabolizması üzerine olan etkisi özetle
anlatılacaktır. Konuya glukagon etkisiyle artan cAMP’ nin aktifleştirdiği protein kinaz ile
başlayalım:
Protein kinaz, bazı enzim ve proteinleri serin ve treonin –OH grupları üzerinden
fosforiller ve onların fizyolojik ve metabolik özelliklerinde değişim meydana getirir.
Protein kinaz glikojen metabolizmasıyla ilgili (1) glikojen sentaz a ve (2) fosforilaz b
kinaz enzimlerini de fosforiller. Birincisinin inhibisyonuna ve ikincisinin aktivasyonuna
sebep olur.
Glikojen fosforilaz, karaciğerde glukagon hormonuyla ve allosterik mekanizmalarla
düzenlenir. Kan glukoz düzeyi çok düşük olduğunda glukagon, fosforilaz b kinazı
aktifleştirir. Fosforilaz b kinaz, glikojen fosforilaz b’ yi fosforilasyonla aktif fosforilaz a
haline getirir.
Sonuçta, glikojen sentezi aktivitesini kaybederken; glikojen yıkımı hızlanır ve kana
glukoz verilmeye başlanır. Kan glukozu normale döndüğü zaman, glukoz hepatositlere girer
ve fosforilaz a’ nın allosterik bölgesine bağlanır. Bu yapısal değişiklik, fosforilaz a’ nın
fosforil gruplarını fosforilaz a fosfatazla uzaklaştırır ve fosforilaz a inhibe olur. Epinefrin
141
(adrenalin), glukagon benzeri etki gösterir. Ancak bunun hedefi öncelikle kas dokusu
hücreleridir. Oysa glukagonun birinci hedefi karaciğer üzerinedir.
İnsülin, yukarıda özetlenen glukagon etkisini iki enzimi aktifleştirerek tersine çevirir.
(1) cAMP’ i yıkan fosfodiesteraz ve (2) serin ve treonin üzerinden fosforillenmiş proteinleri
defosforile eden protein fosfataz. Bu iki enzimin allosterik düzenlenmesi de tamamen
birbirine zıt şekilde gerçekleşmektedir. Kas ve karaciğer farklılaşması da söz konusudur.
Glukoz–6–fosfat, ATP ile beraber her iki dokunun fosforilazını da inhibe ederken; glikojen
sentazları aktifleştirir. Glukoz bizzat karaciğerde fosforilazı inhibe eder. Kasta ise Ca+2 ve
AMP’ nin, glikojen yıkımını artırıcı etkisi vardır. Kas kasılması için bir sinyal olan Ca+2,
fosforilaz b kinaza bağlanır ve aktifleştirir. İnaktif fosforilaz b’ nin aktif a şekline çevrilmesini
sağlar. ATP düzeyi uygun olduğu zaman fosforilaz a inaktifleşir.
142
10.10. FOTOSENTEZ VE FOTOSENTETİK KARBOHİDRAT SENTEZİ
Fotosentetik organizmalar tarafından güneş enerjisinin yakalanıp, organik
bileşiklerde kimyasal enerjiye dönüşümü neredeyse tüm biyolojik enerjilerin en büyük
kaynağıdır. Fotosentetik ve heterotrofik organizmalar yeryüzünde bir dengede yaşarlar
(Şekil 10.32). Fotosentetik organizmalar güneş enerjisini ATP ve NADPH şeklinde yakalar,
bunu CO2 ve H2 O’ dan karbohidratları ve diğer organik bileşikleri yapmak için enerji
kaynağı olarak kullanırken, aynı zamanda atmosfere de O2 verirler. Aerobik heterotroflar
(örneğin insanlar) yüksek enerjili organik bileşikleri O2 ile yakıp kendisi için ATP
oluştururken sonuçta fotosentezin kullandığı CO2 ve H2O’yu verir. Heterotroflarda
solunumla oluşan CO2 atmosfere döner ve fotosentetik organizmalarca tekrar kullanılır.
Güneş enerjisi yeryüzünde CO2 ve O2 döngüsünün sürekliliğini ve fotosentetik olmayan
organizmaların kullandığı indirgenmiş substratları (yakıtları) örneğin glukozu sağlar.
Fotosentez yüksek bitkilerde olduğu gibi tek hücreli ökaryotlarda (su yosunları) ve
bir grup bakteride (siyanobakteri) de gözlenir. İşlev, bu organizmalarda ayrıntıda farklı
olmamasına karşın, temel mekanizma oldukça benzerdir ve yüksek bitkilerde fotosentezi
açıklamak için yapılan çalışmaların çoğu basit organizmalardan elde edilmiştir. Yüksek
bitkilerde CO2 ’nin karbohidrata (CH2 O) indirgenmesi için, H2 O’ nun elektron vericisi
(hidrojen olarak) olduğu bir yükseltgenme-indirgenme reaksiyonu olarak tanımlanan
fotosentezin tüm dengesi şu şekilde yazılabilir:
Işık
CO2 + H2 O O2 + (CH2O)
143
10.10.1. Fotofosforilasyonun Genel Özellikleri
Yüksek bitkilerdeki fotosentez iki işlemle donatılmıştır: (1) Işığa bağlı reaksiyonlar
veya ışık reaksiyonları, bunlar sadece bitki ışık aldığında oluşur, (2) karbon-özümleme
veya karbon-fiksasyon (tespit) reaksiyonları, bazen hatalı olarak karanlık reaksiyonları
denir, bunlar ışık reaksiyonlarından gelen ürünleri kullanır (Şekil 10.33). Işık
reaksiyonlarında fotosentetik hücrelerin klorofil ve diğer pigmentleri ışık enerjisini alıp onu
ATP ve NADPH halinde tutarken, O2 üretir. Karbon-özümleme reaksiyonlarında ise CO2 ’yi
trioz fosfat, nişasta, sükroz ve bunlardan türeyen diğer ürünlere dönüştürmek için ATP ve
NADPH kullanılır.
Şekil 10.33. Güneş enerjisinin harcandığı fotosentezin ışık
reaksiyonları, enerji bakımından zengin NADPH ve ATP
oluşturur. Bu ürünler karbon-özümleme reaksiyonlarında
kullanılır, karanlıkta veya ışıkta oluşabilen bu reaksiyonlarla
CO2 triozlara ve triozlardan türeyen daha karmaşık bileşiklere
(glukoz gibi) dönüştürülür.
Işık
2H2O + 2A 2AH2 +O2
Klorofiller fotosentez için ışık enerjisini tutar. Işık enerjisini tutan en önemli
pigmentler tilakoit membranlardaki klorofillerdir, polisiklik, düzlemsel yapıdaki bu yeşil
pigmentler hemoglobinin protoporfirinine benzer ancak bunlarda merkezde Fe+2 yerine Mg+2
bulunur (Şekil 10.35). Bütün klorofillerin uzun bir fitol yan zinciri vardır, bu IV. halkadaki bir
karboksil grubuyla esterleşmiştir. Klorofilin içe doğru yönelen dört azot atomu Mg+2’ a
bağlanmıştır.
Yüksek bitki kloroplastları klorofil a ve klorofil b içerir (Şekil 10.35.a). Her ikisi de
yeşil olmasına karşın absorbsiyon spektrumları, görünür bölgede ışık absorbsiyon sınırlarıyla
birbirinden ayırt edilecek kadar farklıdır. Su yosunları ve fotosentetik bakterilerin
pigmentlerinden çok az fark göstermektedir.
145
Şekil 10.35. Birincil ve ikincil fotopigmentler. (a) klorofil a ve b ışık enerjisinin birincil
toplayıcılarıdır. (b) β-Karoten (bir karotenoit) ve (c) Lutein (ksantofil de denir)
bitkilerdeki aksesuar pigmentlerdir.
146
pigment molekülleri ışık-toplayan veya anten moleküller olarak adlandırılır. Bunlar ışık
enerjisini tutar, hızla ve verimli olarak reaksiyon merkezine geçirir (Şekil 10.36).
147
taşıyıcısı olan çözünür protein plastosiyanin aracılığıyla taşınmaktadır. Siyanobakteriler ve
bitkiler, elektronlar PSII’ den PSI’ e ve NADP+ akarken, H2O’ u yükseltgeyerek (yeşil sülfür
bakterilerin H2S oksidasyonu gibi) O2 oluşturur (Şekil 10.37. sol alt). Bu işleme oksijenik
fotosentez denir ve bu şekilde yeşil sülfür ve mor bakterilerin anoksijenik fotosentezinden
ayrılır. Bütün O2 oluşturan fotosentetik hücreler (yüksek bitkiler, suyosunları ve
siyanobakteriler) hem PSI hem de PSII içerir; sadece bir fotosistem bulunduran organizmalar
O2 üretemezler. İki fotosistem arasındaki elektron akış yollarını ve ışık reaksiyonlarının enerji
ilişkilerini tümüyle kapsadığı için Z şeması elektronların H2O’ dan NADP+’ ye aşağıdaki
eşitlik doğrultusunda akışının tüm yolunu tanımlar;
2 H2O + 2NADP+ + 8foton → O2 + 2NADPH + 2H+
Absorblanan her iki foton için (her bir fotosistem tarafından) bir elektron H2O’ dan
NADP ’ ye aktarılır. Bir molekül O2 oluşumu için, iki H2O’ dan iki NADP+’ ye dört
+
elektronun transferi, her bir fotosistem tarafından dörder olmak üzere toplam sekiz fotonun
tutulması gerekir.
P680 (PSII’ de)’ in uyarımı P680* oluşturur, bu mükemmel bir elektron vericisidir
pikosaniyeler içinde bir elektronu feofitine aktararak onu negatif yükler (Feo-) (Şekil 10.37.,
sol yan). Kendi elektronlarının kaybı P680*’ i radikal bir katyona dönüştürür (P680+). Feo-
gelen fazla elektronları hızla protein bağlı plastokinon (PQA)’ a verir, bu da ardından
elektronunu daha gevşek bağlı plastokinon (PQB)’ a aktarır. PQB, bu şekilde PQA’ dan iki
elektron ve sıvı ortam sudan iki proton kazanınca, tam olarak indirgenmiş kinon (PQBH2)
formuna döner. Neticede PQBH2 ’ deki elektronlar sitokrom b6f kompleksine doğru geçer.
PSII’ deki ışık ile başlatılan tüm reaksiyon şöyledir;
4P680 + 4H+ + 2PQB + 4foton → 4P680+ + 2PQBH2
PSI’ in (P700 reaksiyon merkezinde) uyarımı ile gelişen fotokimyasal olaylar şeklen
PSII’ de gelişene benzer. Uyarılmış reaksiyon merkezi (P700*) bir elektronunu bir alıcıya
(Ao, klorofilin özel bir formu olduğuna inanılır ve işlevsel olarak PSII’ nin feofitinine
benzerdir) verir ve Ao– ile P700+ oluşur (Şekil 10.37., sağ yan). P700+, kuvvetli yükseltgendir,
Cu-içeren elektron taşıyıcı çözünür bir protein olan plastosiyaninden kolayca bir elektron
alır. Ao–, elektronunu zincir taşıyıcıları üzerinden NADP+’ e ileten kuvvetli bir indirgeyicidir.
Önce, filokinon (A1) bir elektron alır ve onu bir demir-sülfür proteine (PSI’ deki üç Fe-S
merkez üzerinden) aktarır. Buradan elektronlar, tilakoit membranla gevşek bağlı bir diğer
demir-sülfür protein olan ferrodoksin (Fd)’ e geçer. Zincirde bulunan dört elektron taşıyıcı
flavoprotein ferrodoksin: NADP oksidoredüktaz, bu elektronları redükte ferrodoksinden
+
(Fdred) NADP ’ ye aktarır:
148
2Fdred + 2H+ + NADP+ → 2Fdoks + NADPH + H+
Şekil 10.37. Kloroplastlarda fotosistem I ve II’ nin bütünleşmesi. Bu “Z şeması” çevrimsel olmayan
fotosentezde H2O’ dan (sol aşağıda) NADP+’ ye (sağ uçta) elektron transferi yolunu
göstermektedir. Her elektron taşıyıcısının düşey eksene göre pozisyonu kendi standart
indirgenme potansiyeline karşılık gelir. H2O’ dan gelen elektron enerjisinin, NADP+’ yi
NADPH’ a indirgeyebilecek enerji düzeyine çıkarılması için, her bir elektronun PSI ve
PSII’ de tutulan fotonlarca iki kez (kalın oklar) “yüksek enerji düzeyine uyarılması”
gerekmektedir. Her bir fotosistemde elektron başına bir foton gerekir. Uyarım
sonrasında yüksek enerjili elektronların zincir taşıyıcıları boyunca “düşük enerji
düzeyine inişleri” görülmektedir. Protonlar su-yıkım reaksiyonu ve sitokrom b6f
kompleksinden elektron transferi boyunca tilakoit membrandan geçer ve temel olarak
ATP oluşumu için proton gradyanı oluşturur. Kesikli ok sadece PSI’ de bulunan
çevrimsel elektron transfer yolunu gösterir (metinde ileride anlatılmıştır); elektronlar
NADP+’ yi NADPH’ a indirgemeden çevrimsel yolla PSI’ e geri döner.
PSI (P700) uyarımı için gereken enerji PSII (P680) uyarımı için gerekenden daha
azdır. PSI ve PSII fiziksel olarak bitişik olsaydı, uyarılar PSII’ nin anten sisteminden başlayıp
PSI’ in reaksiyon merkezine ulaşacak, PSII sürekli olarak uyarım altında ve iki reaksiyon
sisteminin işleviyle ilişkili kalacaktı. Bu şekildeki bir uyarım kaçağı PSI ve PSII’ nin tilakoit
149
membranda ayrı ayrı yerleşmeleri sayesinde önlenmiştir (Şekil 10.38). PSII her zaman için
tilakoit grananın (granal lamel) kümelenmiş, membran (zar) kısmında sıkıca tutunmuş ve ışık-
toplayan kompleksle sıkı sıkıya bitişik konumda bulunur. PSI ve ATP sentaz kompleksi her
zaman için kümelenmemiş tilakoit membranlarda (stromal lamel) bulunur, her ikisi de ADP
ve NADP+ gibi stroma içeriğinde yer alan bileşiklerle ilişkilidir. Sitokrom b6f kompleksi ise
tilakoit membran boyunca mevcuttur.
Şekil 10.38. Tilakoit membranda PSI ve PSII’ nin yerleşimi. Işık toplayan kompleks ve ATP sentaz
tilakoit membranın hem kümelenmiş hem de kümelenmemiş bölgesinde yer alır ve
stromada kullanımlarına hazır ADP ve NADP+ bulunmaktadır. PSII stromada her zaman
bol olarak kümelenmiş bölgede PSI’ de her zaman kümelenmemiş bölgede yer alır.
150
PQBH2’ den sitokrom b6’ ya geçer. Protonlar bu çevrimle membrandan pompalanır;
kloroplastta proton hareketinin yönü stromal kısımdan tilakoit lümene doğrudur ve her
elektron çifti için dört proton geçer. Tilakoit membranda meydana gelen bu proton farkının
sonucu olarak elektronlar PSII’ den PSI’ e geçer. Böylece sitokrom b6f kompleksi fotosistem
II ve I’ i bağlar.
Bitki (oksijenik) fotosentezinde NADP+’ a geçen elektronların en büyük kaynağı
sudur. Feofitine bir elektronun gelişiyle, P680+ (PSII’ deki)’ in kendi temel durumuna
dönmek için mutlaka bir elektron kazanması gerekir ki bir diğer protonu yakalayabilmek için
hazır olsun. Gereken elektron ilke olarak, herhangi bir organik veya inorganik bileşikten
alınabilir. Yaklaşık üç milyar yıl önce ilkel fotosentetik bakterilerin (modern
siyanobakterilerin ataları) evrimi, elektronları her zaman var olan bir vericiden yani sudan
alabilecek bir fotosistem oluşturmuştur. Su, oksijen üreten bir kompleks tarafından parçalanır.
Bu işlemde iki su molekülü parçalanırken, dört elektron, dört proton ve moleküler oksijen
oluşur:
2H2O → 4H+ + 4e- + O2
Görünür ışığın tek bir fotonu, sudaki bağları kırmak için yeterli enerjiye sahip değildir;
bu fotolitik ayırma reaksiyonu için dört foton gerekir.
151
PSII ve PSI’ i bağlayan taşıyıcılar zincirinde elektron taşıyan moleküller, tilakoit
membranda asimetrik dizilmiştir; böylece ışığın neden olduğu elektron akışı, protonların
stromal taraftan tilakoit lümene doğru membrandan geçişine neden olur (Şekil 10.39).
Şekil 10.39. Tilakoitlerdeki proton ve elektron çevrimi. H2O’ dan alınan elektronlar PSII üzerinden,
zincir taşıyıcıların ara ürünlerine ve sonuçta NADP+’ ye kadar hareket eder. Protonlar
PSII ve PSI arasındaki zincir taşıyıcıları boyunca akarken tilakoit lümene pompalanır ve
ATP sentazın Fo kısmı (kloroplasttaki enzimde CFo olarak belirtilir) tarafından
oluşturulan proton kanallarından tekrar stromaya girer. F1 alt birimi (CF1) ATP sentezini
katalizler.
10.10.7. Çevrimsel (Döngüsel) Elektron Akışı ATP Üretir, NADPH veya O2 Üretmez
Işıkla oluşan elektron akışının bir diğer yolu, kloroplastın ışıkta farklı oranda NADPH
ve ATP oluşturmasına imkan sağlar; çevrimsel elektron akışı denilen bu yol, normalde tek
yönlü veya çevrimsel olmayan elektron akışından farklıdır. Çevrimsel elektron akışı (Şekil
10.37) sadece PSI’ i kapsar. Elektronlar P700’ den ferrodoksine geçer, NADP+’ e devam
152
etmez; buradan sitokrom b6f kompleksi yoluyla plastosiyanine geri döner. Plastosiyanin
elektronları P700’ e verir ve ışık altında onları ferrodoksine aktarır. Böylece aydınlıkta PSI
elektronların, PSI’ in reaksiyon merkezi dışına çıkarak ve geri içine girerek sürekli olarak
dönebilmelerine neden olur, her bir elektron bir fotonun tutulmasıyla elde edilen enerjiyle
döngüye katılır. Çevrimsel elektron akışında net bir NADPH oluşumu veya O2 açığa çıkışı
olmaz. Ancak bu, sitokrom b6f kompleksiyle proton pompalar ve ADP’ yi ATP’ ye fosforiller,
bundan dolayı çevrimsel (döngüsel) fotofosforilasyon denir. Çevrimsel elektron akışı ve
fosforillenmenin tüm denklemi basitçe şöyledir;
Işık
ADP + Pi ATP + H2O
153
Şekil 10.40. Mitokondri, kloroplast ve E. coli bakteri membranlarında ATP sentezinin ve proton
hareketinin karşılaştırmalı yerleşimi. Proton gradyanının ATP sentaza göre yerleşimi
her üç durumda da aynıdır.
154
öncülüdür. Karbondioksit, anahtar ara ürünlerin sürekli yenilendiği bir çevrimde sabitlenir. Bu
çevrim M. Calvin ve arkadaşları tarafından bulunduğundan (1950) Calvin Çevrimi olarak
adlandırılır.
155
Şekil 10.41. Fotosentetik organizmalarda CO2 asimilasyonunun üç safhası. Şekilde görüldüğü gibi üç
adet CO2 molekülünden, bir molekül gliseraldehit-3-fosfat sentezlenmiştir. Bu çevrim fo-
tosentetik karbon indirgenme çevrimi veya Calvin çevrimi olarak adlandırılır.
156
Şekil 10.42. CO2 asimilasyonunun birinci safhası. CO2 sabitlenmesi ribuloz-1,5-bisfosfat karboksilazla
(rubisko) gerçekleştirilir. Karboksillenmiş altı-karbonlu ara ürün olduğu düşünülen ve
burada gösterilen β-ketoasit enzime bağlı bulunur. Enzim yüzeyinden hidrolizle ayrılınca,
biri CO2’ den gelen karbon atomunu (kutu içerisinde) taşıyan iki adet üç karbonlu benzer
ürün meydana gelir.
157
bitkinin gelişmekte olan bölgelerine yollanmak üzere sükroza çevrilir. Gelişmekte olan
yapraklarda, trioz fosfatın büyük bir miktarı, büyümeye ek enerji sağlamak üzere glikolizle
yıkılır (Şekil 10.43).
Şekil 10.44. CO2 asimilasyonunun üçüncü safhası. Bu şematik diyagram, trioz fosfatlarla (3C’ lu
bileşikler) pentoz fosfatların (5C’ lu bileşikler) birbirine çevrilmesini gösterir. Başlangıç
maddeleri gliseraldehit-3-fosfat ve dihidroksiaseton fosfattır. Bunlar transaldolaz (1) ve
(4) ve transketolaz (3) ve (6) reaksiyonlarıyla ribuloz-1,5-bisfosfata dönüşen pentoz
fosfatları (riboz-5-fosfat) riboz-5-fosfat izomerazla (7) ve ksiluloz-5-fosfatı, ribuloz-5-
fosfat epimerazla (8) oluşturur. Basamak (9)’ da ribuloz-5-fosfat fosforillenerek ribuloz-
1,5-bisfosfat oluşturulur.
159
Basamak (1) ve (4) glikolizdeki gibi, gliseraldehit-3-fosfat ve dihidroksiaseton fosfatın
(basamak (1)) ve eritroz-4-fosfatın dihidroksiaseton fosfatla, yedi karbonlu sedoheptuloz-1,7-
bisfosfat oluşturan (basamak (4)) geri dönüşümlü kondenzasyonunu katalizleyen
transaldolazla gerçekleşir. Basamak (3) ve (6) Mg+2’ a gereksinen ve tiaminpirofosfat (TPP)
prostetik grubu olan transketolazla gerçekleşir. Transketolaz bir ketoz fosfat vericisi olan
basamak (3)’ teki fruktoz-6-fosfattan, bir aldoz fosfat alıcısı olan gliseraldehit-3-fosfata bir
ketol (CH2OH-CO-) grubunun transferini gerçekleştirir (Şekil 10.45.a ve b). Aynı temel
reaksiyon sedoheptuloz-7-fosfatı ve gliseraldehit-3-fosfatı, basamak (6)’ daki iki adet pentoz
fosfata dönüştürür.
160
Transketolaz reaksiyonlarında oluşan pentoz fosfatlar (riboz-5-fosfat ve ksiluloz-5-
fosfat) ribuloz-5-fosfata dönüşür (basamak (7) ve (8)). Çevrimin son reaksiyonunda,
(basamak (9)) riboz-5-fosfat, ribuloz-5-fosfat kinazla fosforillenerek ribuloz-1,5-bisfosfata
çevrilir (Şekil 10.46). Bu Calvin çevriminin üçüncü çok yüksek egzergonik reaksiyonudur.
Şekil 10.46. Ribuloz-1,5-bisfosfatın yenilenmesi. Calvin çevriminin başlangıç maddesi olan ribuloz-
1,5-bisfosfat, çevrim sırasında oluşturulan iki pentoz fosfattan yeniden oluşturulur. Bu yol
bir izomeraz ve bir epimerazın etkinliğini daha sonra bir kinazla fosforillenmeyi içerir
(Şekil 10.44. basamak (7), (8) ve (9)).
161
11.BÖLÜM: LİPİD METABOLİZMASI
Bu bölümde lipidlerin sindirimi ile yağ asitlerinin yıkımı ve sentezi anlatılacaktır.
Yetişkin bir insan besin maddeleri vasıtasıyla günde yaklaşık 60–150 g arasında lipid alır.
Bunların % 90’ından fazlasını triaçilgliseroller teşkil eder. Bunun yanı sıra fosfolipidler,
kolesterol veya kolesterol esterleri, serbest yağ asitleri ile yağda çözünen A, D, E ve K
vitaminleri de alınan diyette bulunur.
Daha önceden açıklandığı gibi, nötral yağlar bitki ve hayvanlarda yağların depo şekli
olup; yağ asitlerinin gliserolle yapmış oldukları mono–, di– veya triaçilgliserol esterleridir.
Triaçilgliseroller (trigliseridler, nötral yağlar) metabolik enerjinin en verimli ve konsantre
depolanma şeklidir. 1 gram karbohidrat ve protein 4 kcal’lik bir enerji sağlarken; 1 gram
yağın oksidasyonu ile 9 kcal’ lik enerji açığa çıkar. Çünkü yağlar, karbohidratlar ve
proteinlere göre daha indirgenmişlerdir. Bunun yanı sıra yağlar, çok apolar olduklarından
susuz depolanırlar. Fakat proteinler ve karbohidratlar, polar yapılarından dolayı hidratlanmış
şekilde depo edilirler. Mesela 1 gram glikojen, 2 gram su bağlar. Bunun sonucu olarak, 1
gram susuz yağ, hidratlanmış 1 gram glikojenden 6 kat daha fazla metabolik enerji
depolayabilir. Bu da enerjinin glikojen yerine triaçilgliseroller halinde depolanmasını daha
avantajlı kılmaktadır. 70 kg ağırlığında bir yetişkinin, metabolik enerji kaynaklarının yaklaşık
136.000 kcal’si triaçilgliseroller; 25.000 kcal’si çoğunluğu kaslarda olmak üzere proteinler;
1600 kcal’si glikojen ve 60 kcal’ si glukoz halindedir. Toplam vücut ağırlığının yaklaşık 11
kg’ı triaçilgliseroldür. Eğer bu miktar enerji, glikojen halinde depolansaydı; vücut ağırlığı 55
kg daha fazla olurdu.
Memelilerde triaçilgliserollerin depolandığı doku, adipoz doku yani yağ dokusudur. Bu
doku hücrelerinin büyük bölümünü triaçilgliserol kütleleri oluşturmaktadır. Bu hücreler,
triaçilgliserollerin sentez, depolanma ve mobilizasyonu için özelleşmiştir.
162
hidrofobik olan kısa zincirli yağ asitli triaçilgliseroller üzerinde etkili olabilirler. Bu yağ
asitlerinin bir kısmı, mide mukoza hücrelerine ve oradan da kana geçerek karaciğere ulaşır.
Sonuç olarak, midede önemli ölçüde bir yağ sindirimi söz konusu değildir.
Diyet lipidlerin sindirimi ve emilimi ince bağırsakta olur (Şekil 11.1). Diyetle alınan
yağlar, ince bağırsağın üst kısmından girdiği zaman, kolesistokinin hormonu salgılanarak
kana karışır ve bu da safra kesesinden bağırsağa safra sıvısının salgılanmasını uyarır. Safra
sıvısının önemli bir bölümünü oluşturan kolesterolün, polar türevleri olan safra asitleri etkili
deterjan özelliği gösterirler. Safra asitleri karaciğerde sentezlenir, safra kesesinde
depolanırlar. Safra asitleri suda çözünmeyen lipidleri dağıtarak emülsiyon oluştururlar.
Böylece lipidlerin lipaz enzimleri tarafından hidrolizi için uygun fiziksel ortam hazırlanır.
Safra asitleri miseller oluşturarak, lipidlerin absorpsiyonuna katkıda bulunurlar.
Ayrıca yağlar, on iki parmak bağırsağından (duodenum) geçerken, sekretin
hormonunun salgılanmasını uyarır. Bu hormon da, HCO3- bakımından zengin ve mideden
gelen karışımın pH’ sını nötralize eden pankreas sıvısının bağırsaklara salgılanmasını sağlar.
Pankreas salgısı, yağların sindirimi ile ilgili 1) pankreas lipazı, 2) kolesterol esteraz ve 3)
fosfolipaz A2 (PLA2) enzimleriyle; lipazın etkinliği için gerekli olan kolipaz proteini içerir.
Kolipaz, lipazın bu kompleksi içinde adsorpsiyonunu kolaylaştırır. Bu şekilde
triaçilgliserollerin hidrolizini de aktive etmiş olur. Bunlardan fosfolipaz A2 ve kolipaz
zimojen halde salgılanır ve tripsin tarafından aktifleştirilir.
Safra asitlerinin oluşturduğu lipid emülsiyonu–sulu ortam ara yüzeyinde kolipazla 1:1
oranında teşkil edilen kompleks halinde iş görebilen pankreas lipazı, triaçilgliserol
omurgasındaki 1 ve 3 no’lu karbonlardaki ester bağlarını hidrolizler. Ürün olarak, iki yağ
asidi ve 2–monoaçilgliserol oluşur:
O
H2 C O C R1 H2C OH
O O
R1 COOH
Pankreas LipazI
R2 C O CH + 2 H2O R2 C O CH + +
O R3 COOH
H2 C O C R3 H2C OH
163
Şekil 11.1. Omurgalılarda diyet lipidlerin işlenmesi. Diyet lipidlerin sindirimi ve emilimleri ince
bağırsaklarda olur ve triaçilgliserollerden salınan yağ asitleri, kas ve adipoz dokuya salınır
ve depolanır. Burada sekiz basamak tartışılacaktır. 1-Safra asitleri, ince bağırsaklarda
diyet yağlarını emülsifiye eder ve karışık miselleri oluşturur. 2-İnce bağırsak lipazları
triaçil gliserolleri parçalar. 3-Yağ asitleri ve diğer yıkım ürünleri, ince bağırsak mukozası
tarafından alınır ve triaçilgliserollere çevrilir. 4-Triaçilgliseroller, kolesterol ve
apolipoproteinlerle birleşerek şilomikronları oluşturur. 5-Şilomikronlar, lenf sistemi ve
kan dolaşımı aracılığıyla dokulara taşınır. 6-Kapilerde, ApO-C-II ile aktifleştirilen
lipoprotein lipaz; yağ asitleri ve gliserol salınımını sağlar. 7-Yağ asitleri hücreye girer. 8-
Yağ asitleri, yakıt olarak oksitlenir veya yeniden esterleştirilerek depo edilir.
164
Kolesterol esteraz ise, kolesterol esterlerini serbest kolesterol ve yağ asidine parçalar.
Fosfolipaz A2, bağırsakta tripsin tarafından aktifleştirildikten sonra, fosfogliseridlerin 2 no’ lu
karbonundaki yağ asidini uzaklaştırarak lizofosfogliseridleri oluşturur:
O O
H2C O C R1 H2C O C R1
O
PLA2
R2 C O CH + H2O HO CH + R2 COOH
O CH3 O CH3
H2C O P O (CH2)2 N CH3 H2C O P O (CH2)2 N CH3
O O CH3
CH3
Fosfatidil kolin 1-Açil lizofosfogliserid
165
gliserolün ATP ile fosforilasyonunu katalizleyen gliserol kinaz enzimi bulunmadığı için
gliserolü kullanamazlar.
Kolesterol, triaçilgliseroller ve diğer lipidler, vücut sıvılarında artan yoğunluklarına
göre sınıflandırılan bir seri lipoproteinler tarafından taşınır. Yukarıda sözü edilen
şilomikronlar, bunların bir çeşididir. Diğerleri ise, çok düşük dansiteli lipoproteinler
(VLDL), düşük dansiteli lipoproteinler (LDL), yüksek dansiteli lipoproteinler (HDL) dir
(Tablo 11.1). Bu lipoproteinler, aynen şilomikronlarda anlatıldığı gibi; polar lipidler
tarafından sarılmış bir hidrofobik lipid çekirdeğinden ve bunun etrafında da
apolipoproteinlerden ibaret bir kabuktan oluşmuştur. A’dan H’ ye kadar birçok apolipoprotein
sınıfı ve apo A–I veya apo C–II gibi alt sınıfları belirlenmiştir. Bu kompleksler son derece
hidrofobik lipidleri çözünebilir hale getirir. Ayrıca apolipoproteinler, lipoproteinlerin
metabolizma ve fonksiyonlarını da düzenlerler. Mesela şilomikronlar ve VLDL yapısındaki
apo C–II proteini lipoprotein lipaz enzimine bağlanarak onu aktifleştirir. Hepsinin spesifik
fonksiyonları henüz aydınlatılamamıştır.
166
kalan kısım, HDL’ye apo A–II ve apo E vererek kolesterol esterlerince zengin olan düşük
dansiteli lipoproteinlere (LDL) dönüştürülür. LDL’nin görevi karaciğerden kolesterolü
periferal dokulara taşımak ve buralarda yeniden kolesterol sentezini düzenlemektir. LDL
kolesterolü arter duvarlarına taşıdığı için, yüksek plazma LDL veya apo B düzeyleri
arteroskleroz için artmış riskin en iyi göstergesidir. Bu hücrelerde LDL; spesifik reseptörlere
bağlanarak, endositozla hücre içine alınır ve lizozomlarda yıkılır. Bu reseptörlerden yoksun
kişilerin kanında yüksek kolesterol görülür. Yüksek dansiteli lipoproteinlerin (HDL) görevi
ise, periferal dokulardan kolesterolü karaciğere taşımak ve diğer lipoproteinlerin
fonksiyonlarını yönlendirmektir.
Herhangi bir andaki plazma lipid seviyeleri, lipid metabolizmasının ve diyet depo
yağlarının kullanım dengesinin genel durumu hakkında bilgi verir. Tablo 11.2’de normal bir
yetişkin plazmasındaki başlıca lipidlerin açlık seviyeleri yaklaşık olarak sıralanmıştır.
Lipazların hidrolizi ile oluşan gliserol, kan vasıtasıyla karaciğere gider ve metabolize
olur (Bölüm 10. Glukoneogenez). Yağ asitleri ise kana verilir ancak kanda serbest halde değil
de, albümin proteinlerine bağlanarak taşınır.
167
Franz Knoop (1904), yağ asidi oksidasyonu mekanizmasını aydınlatmada büyük
katkıları olan bir seri deneyler yapmıştır. Köpeklere, ω–karbon atomuna fenil takılmış düz
zincirli yağ asitleri vermiştir. Knoop, fenil bütiratla beslenen köpeklerin idrarında, bir fenil
asetik asit türevi; fenil propiyonatla beslenenlerin idrarında ise, bir benzoik asit türevi tespit
etti. Gerçekten çift karbon sayılı yağ asitleri verildiği zaman fenil asetik asit; tek karbon sayılı
yağ asitleri verildiği zaman da benzoik asit oluşmaktaydı. Knoop, bu buluşlarından sonra yağ
asitlerinin β–karbonu üzerinden oksitlenerek; iki karbonlu birimler halinde yıkıldığı sonucuna
varmıştır (Şekil 11.2).
Tek karbon sayılı yağ asidi Çift karbon sayılı yağ asidi
O O
CH2 CH2 C CH2 CH2 CH2 C
O- O-
Fenil propiyonat Fenil bütirat
O
O
CH2 C
C
O-
O-
Fenil asetat
Benzoat
Şekil 11.2. Knoop’ un yağ asitlerinin ikişer karbon birimi uzaklaştırılmasıyla yıkıldığını gösteren
deneyi.
168
sülfhidril grubu, enzime sıkıca bağlanmış olan açil adenilatla reaksiyona girerek; açil CoA ve
AMP’ yi meydana getirir.
O O
+ ATP R C + PPi
R C
O- O AMP
Yag- asidi Açil adenilat
O
O
R C + AMP
R C + HS CoA
S CoA
O AMP
Açil adenilat Yag- açil CoA
Şekil 11.3. Yağ asidinin yağ açili–CoA’ ya dönüşümü. Dönüşüm yağ açili–CoA sentetaz ve inorganik
pirofosfataz ile katalizlenir. Yağ açili–CoA türevleri yoluyla yağ asidi aktifleşmesi, iki
basamakta olur. Birincisinde, karboksil iyonu ATP’ nin iki dış fosfatıyla (β ve γ) yer
değiştirerek; yağ açili adenilatı oluşturur. Diğer ürün olan PPi, anında 2 Pi’ ye
hidrolizlenerek; tepkimenin devamını sağlayan bir gruptur. CoA’ nın tiyol grubu, enzime
bağlı açil adenilata atak yapar; AMP ayrılır ve tiyoester yağ açili–CoA oluşur. Toplu
tepkime yüksek oranda ekzergoniktir.
169
Yağ asidi + HS-CoA + ATP → Yağ açil CoA + AMP + 2Pi ∆Go = –34 kJ/mol
Açil CoA’ ların önünde iki yol vardır; ya mitokondriye geçerek yıkılır ya da
triaçilgliserol sentezinde kullanılır.
Yağ asitleri, dış mitokondri membranı üzerinde aktifleştirilirken; mitokondri
matriksinde oksitlenir. Uzun zincirli yağ açil CoA molekülleri, iç mitokondri membranından
geçemezler ve matrikse karnitin adı verilen polar bir bileşiğe bağlanarak açil karnitin
şeklinde taşınırlar. Önce açil grubu, CoA’ nın kükürt atomundan karnitinin hidroksil grubuna
aktarılır ve böylece açil karnitin oluşur. Bu reaksiyon, dış mitokondri membranının sitozol
tarafında lokalize olmuş karnitin açiltransferaz–I tarafından katalizlenir.
O CH3 H O CH3 H O
R C S CoA + H3C N CH2 C CH2 C H3C N CH2 C CH2 C + CoA SH
O- CH3 O-
CH3 OH O
C O
Açil CoA Karnitin
R
Açil karnitin
Daha sonra açil karnitin, iç mitokondri membranından translokaz taşıyıcı proteini
aracılığıyla matrikse aktarılır. Açil grubu, membranın matriks tarafında tekrar CoA’ya
transfer olur. Karnitin açiltransferaz–II tarafından katalizlenen bu reaksiyon, termodinamik
yönden mümkündür. Çünkü karnitindeki O–açil bağı yüksek bir grup transfer potansiyeline
sahiptir. Son olarak karnitin, translokaz tarafından sitozol tarafına geri döner (Şekil 11.4). Bu
sistem sayesinde, mitokondri ve sitoplazma CoA havuzları birbirine karışmamış olur.
Şekil 11.4. Bir translokaz enzimiyle, açil karnitinin mitokondrial matrikse girişi ve karnitinin iç
mitokondri membranının sitozol tarafına geri dönüşü.
170
Kısa ve orta zincirli (4–12 karbonlu) yağ asitleri, sitoplazmada aktifleşmeden ve
karnitine bağlanmadan matrikse geçebilirler. Matrikste aktifleşerek β–oksidasyonla yıkılırlar.
171
Şekil 11.5. β-oksidasyon yolu. a) Dört
basamaklı dizinin her devrinde, bir asetil
kalıntısı (koyu ile gösterilmiştir) yağ açil
zincirinin karboksil ucundan asetil CoA
oluşturularak ayrılır. Örnekte palmitoil–CoA
olarak reaksiyona giren palmitat (C16)
verilmiştir. b) Devrin altı kez daha tekrarıyla,
sonuçta sekiz molekül asetil CoA oluşmuştur.
Yıkımın her devrinde ilk reaksiyon, açil CoA’ nın bir açil CoA dehidrogenaz enzimi
tarafından bir enoil CoA vermek üzere katalizlenen reaksiyondur. C–2 ile C–3 arasındaki çift
bağ transdır.
Açil CoA + E–FAD → trans–Δ2–enoil CoA + E–FADH2
Açil CoA’ nın dehidrogenasyonu, TCA çevriminde süksinatın dehidrogenasyonuna çok
benzemektedir. Gerçekten β–oksidasyonunun ilk üç reaksiyonu, sitrik asit çevrinin son
basamaklarına benzemektedir.
Açil CoA → Enoil CoA → Hidroksiaçil CoA → Ketoaçil CoA
Süksinat → Fumarat → Malat → Okzalasetat
172
Daha sonraki reaksiyon, C–2 ve C–3 arasındaki çift bağın, enoil CoA hidrataz enzimi
katalizörlüğünde hidrasyonudur:
trans-2-Enoil CoA + H2O L-3-Hidroksiaçil CoA
Enoil CoA’ nın hidrasyonu, sitrik asit çevrimindeki fumaratın hidrasyonuna
benzemektedir. Bu enzim tarafından trans–Δ2 çift bağı hidrasyonu ile, L–3–hidroksiaçil CoA
meydana gelir.
Üçüncü reaksiyon ise, C–3 (β) hidroksil grubunun, bir NADH açığa çıkarılmasıyla keto
haline oksidasyonudur. Bu yükseltgenme reaksiyonu, hidroksiaçil substratın L–izomerine
mutlak anlamda spesifik olan L–3–hidroksiaçil CoA dehidrogenaz enzimi tarafından
katalizlenir.
L-3-Hidroksiaçil CoA + NAD+ 3-Ketoaçil CoA + NADH + H+
Son basamak, 3–ketoaçil CoA’ nın ikinci bir CoA molekülü tiyol grubu tarafından
parçalanmasıdır. Bu tiyolitik parçalanma reaksiyonu, β–ketotiyolaz enzimi tarafından
katalizlenir ve ürün olarak bir molekül asetil CoA ve iki karbon kısaltılmış açil CoA meydana
gelir. Böylece bir devir tamamlanmış olur. Kısaltılmış açil CoA, tekrar açil CoA dehidrogenaz
tarafından katalizlenen reaksiyondan başlayarak bir başka oksidasyon devrine girer. Buradaki
β–ketotiyolaz, hidroksil açil CoA dehidrogenaz ve enoil CoA hidrataz enzimleri hemen
hemen her uzunluktaki açil zincirleri için spesifiktir.
Şimdi bir yağ asidinin oksidasyonu sonucu enerji (ATP) verimini hesaplayabiliriz. Her
bir reaksiyon devrinde, yani iki karbon biriminin yağ asidinden asetil CoA olarak
koparılmasıyla bir FADH2 ile bir NADH oluşur.
Cn-Açil CoA + FAD + NAD+ + H2O + CoA Cn-2-Açil CoA + FADH2 + NADH + H+ + Asetil CoA
Yağ asitlerinin β–oksidasyonu sonucu oluşan asetil CoA’ lar, sitrik asit çevrimi ve onu
takip eden solunum zincirinde tamamen CO2 ve H2O’ ya yükseltgenir.
16 karbonlu doymuş bir yağ asidi olan palmitik asidin yıkımı, 7 reaksiyon devriyle
gerçekleşir. Buradan palmitoil CoA’ nın oksidasyon reaksiyonunun stokiyometrik denklemini
şu şekilde yazabiliriz:
Palmitoil CoA + 7FAD + 7NAD+ + 7H2O + 7CoA 8Asetil CoA + 7FADH2 + 7NADH + 7H+
Bir NADH molekülünün oksidatif fosforilasyonla 3 ATP, bir FADH2’ nin de 2 ATP
oluşumuna sebep olduğu göz önüne alınır ve asetil CoA’ nın sitrik asit çevrimi ve oksidatif
fosforilasyonla 12 ATP verdiği hatırlanırsa; bir palmitoil CoA’ nın tam oksidasyonu ile (7x3)
173
+ (7x2) + (8x12) = 131 ATP sentezlendiği görülür. Palmitatın aktifleştirilmesi esnasında,
ATP’ nin AMP’ ye ve 2Pi’ ye parçalanmasıyla iki yüksek enerjili fosfat bağı harcanmaktadır.
Böylece bir palmitat molekülünün tam oksidasyonu ile net olarak 129 ATP oluşmaktadır.
18 9 1C O-
Oleat
9
cis- -Oktadekenoik asit O
18 12 9 1C O-
18 Linoleat
9,12
cis- -Oktadekadienoik asit
Oleat; 18 karbonlu ve C–9 ile C–10 arasında doymamış cis–çift bağı içeren bol bulunan
tekli doymamış bir yağ asididir. Oleat, aynen doymuş yağ asitleri gibi aktifleştirilerek oleil
CoA’ ya çevrilir ve mitokondri membranından oleil–karnitin olarak taşınarak; matrikste
yeniden oleil CoA’ ya çevrilir. Daha sonra oleil CoA, üç tur β–oksidasyonuna girerek üç mol
asetil CoA ve cis–Δ3–dodekenoil CoA’ ya dönüşür (Şekil 11.6).
Bu ürün, sadece trans-çift bağlarını etkiyen enoil CoA hidratazın substratı değildir.
Yardımcı enzim enoil CoA izomeraz; cis–Δ3 –enoil CoA’nın, trans–Δ2–enoil CoA’ ya
izomerleşmesini katalizler. Böylece oluşan bileşik, enoil CoA hidratazın normal susbtratı
olduğundan β–oksidasyonunu beş tur daha geçirerek; altı molekül asetil CoA’ ya dönüşür.
Sonuçta 18 karbonlu oleat molekülünden 9 molekül asetil CoA üretilir. Ancak bu sırada, β–
oksidasyonun dördüncü turunda FAD bağımlı ilk basamağı atlandığı (hidrasyon
basamağından devam edileceği) için FADH2 oluşmaz.
174
Şekil 11.6. Tekli
doymamış yağ asitlerinin
oksidasyonu. Burada oleat,
oleil CoA (Δ9) olarak
örnek verilmiştir. Enoil
CoA izomeraz, çift bağla
yer değiştirterek; cis
izomerini β-oskidasyonun
normal bir ara bileşiği olan
trans izomerine çevirir.
175
Oluşan bu bileşik, enoil CoA hidratazın normal substratı olduğundan, β–oksidasyon bu
safhadan itibaren bir tur daha devam eder. Ancak bu sırada, β–oksidasyonun FAD bağımlı ilk
reaksiyonu atlanır ve dolayısıyla bu basamakta FADH2 oluşmaz.
Şekil 11.7. Çoklu
doymamış yağ asitlerinin
oksidasyonu. Burada
linoleat, linoleil CoA
9,12
(Δ ) olarak örnek
verilmiştir. Oksidasyon,
enoil CoA izomeraza ek
olarak ikinci bir yardımcı
enzimi gerektirir:
NADPH–bağımlı 2,4–
dienoil CoA redüktaz.
Bu iki enzimin birlikte
etkisiyle trans–Δ2, cis–Δ4
dienoil CoA ara bileşiği;
β–oksidasyonda gerekli
2
trans–Δ enoil CoA
substratına dönüşür.
176
enoil CoA izomeraz aracılığıyla trans–Δ2–enoil CoA’ ya dönüşür. Bu enzimler sayesinde,
linoleik asidin 12 ile 13 numaralı karbonları arasındaki çift bağdan dolayı FADH2 sentezinde
eksiklik olmaz. Yani ATP kaybı yoktur. E.coli 2,4–dienoil CoA redüktazı, β–
oksidasyonunun normal bir substratı olan trans–Δ2–enoil CoA oluşturur.
Linoleil CoA’ nın β–oksidasyonunun net denklemi:
Linoleil CoA + 7FAD + 8NAD+ + 8H2O + 8CoA 9Asetil CoA + 7FADH2 + 8NADH + 8H+
18:2 cis-9,12
Buna göre linoleatın (18:2 cis–Δ9,12) CO2 ve H2O’ ya kadar tamamen oksidasyonunun
ATP bilançosunu çıkarırsak; 1 linoleat başına 9 asetil CoA, 8 NADH ve 7 FADH2 oluşur.
Asetil CoA’ ların sitrik asit çevrimine girmesi sonucu oksidatif fosforilasyonla 12 ATP
oluştuğu hatırlanırsa; (9x12) + (7x2) + (8x3) = 146 ATP sentezlenir. Linoleatın aktifleşmesi
esnasında ATP’ nin AMP’ ye hidroliziyle iki yüksek enerjili fosfat bağı harcandığından;
linoleatın tam oksidasyonundan 144 ATP oluşmaktadır.
177
Metilmalonil
KoA Epimeraz
Şekil 11.8. Tek karbon sayılı yağ asitlerinin β–oksidasyonuyla üretilen propiyonil CoA’ nın
oksitlenmesi.
178
hidroksimetilglutaril CoA (HMGCoA) sentetaz (2) enzimi katalizörlüğünde, 3–hidroksi–3–
metilglutaril CoA’ yı meydana getirir. Bu da daha sonra hidroksimetilglutaril CoA
parçalayıcı enzim (HMGCoA liyaz) (3) vasıtasıyla asetil CoA ve asetoasetata ayrılır. D-3–
hidrokibütirat, D–3–hidroksibütirat dehidrogenaz (4) katalizörlüğünde asetoasetatın
mitokondri matriksinde indirgenmesi sonucu oluşur. Asetoasetat, kendiliğinden veya
asetoasetat dekarboksilaz enzimiyle kolayca dekarboksilasyonla asetona çevrilir (Şekil 11.9).
Bu yüzden tedavi edilmeyen diyabetli bireylerin kanlarında, önemli miktarda toksik bir
bileşik olan aseton bulunur. Kanında asetoasetat seviyesi yüksek olan bireylerin nefesleri
aseton kokar.
179
Asetoasetat ve D–3–hidroksibütiratın üretildiği başlıca organ karaciğerdir (matrikste).
Daha sonra karaciğer mitokondrilerinin matriksinden difüze olarak periferal dokulara kan
dolaşımıyla taşınırlar. Asetoasetat ve D–3–hidroksibütirat bazı dokuların normal yakıt
maddeleri şeklinde enerji kaynağı olarak önemli miktarda kullanılmaktadır. Gerçekten kalp
kası ve böbrek korteksi hücreleri, asetoasetatı yakıt olarak glukoza tercih eder. Beyin dokusu
ise, başlıca yakıt kaynağı olarak dengeli beslenme durumunda glukoz kullanır. Bununla
birlikte açlık ve şeker hastalığında asetoasetattan faydalanacak şekle adapte olur. Uzun açlık
döneminde beynin yakıt ihtiyacının % 75’ i asetoasetat tarafından sağlanır.
Kanda D–3–hidroksibütirat olarak taşınan ve girdiği periferal doku hücrelerinde tekrar
asetoasetata yükseltgenen keton cisimleri; spesifik bir CoA transferaz enzimi tarafından
katalizlenen bir reaksiyonla, süksinil CoA’ dan CoA transferi sonucu aktifleştirilir.
Asetoasetil CoA daha sonra iki molekül asetil CoA vermek üzere parçalanır.
Süksinil CoA Süksinat CoA
Asetil CoA’ lar daha sonra enerji (ATP) oluşturmak üzere sitrik asit çevrimine girerler.
Karaciğerde spesifik CoA transferaz enzimi bulunmadığı ve eritrositlerde de mitokondri
olmadığı için keton cisimlerini yakıt olarak kullanamazlar.
Asetoasetat, asetil CoA’ nın suda çözünebilir ve taşınabilir bir şekli olarak
değerlendirilebilir. Yağ asitleri adipoz doku tarafından salıverilir, karaciğer tarafından
asetoasetata çevrilerek diğer dokulara gönderilir. Asetoasetatın düzenleyici bir rolü de vardır.
Kandaki yüksek asetoasetat seviyesi, asetil birimlerinin bolluğuna işarettir ve adipoz dokuda
lipolizin azalmasına yol açar.
180
reaksiyonlar dizisi, diğer biyosentetik yollar gibi endergonik ve indirgeyicidir. Metabolik
enerji kaynağı olarak ATP ve indirgeyici olarak elektron taşıyıcı NADPH kullanılır.
Önce triaçilgliserol ve fosfolipidlerin temel bileşenleri olan yağ asitlerinin biyosentezini
sonra da yağ asitlerinden triaçilgliserollerin biyosentezini açıklayacağız.
181
Şekil 11.10. Asetil CoA karboksilaz reaksiyonu. Asetil CoA karboksilaz üç işlevsel bölgeye sahiptir.
Biyotin taşıyıcı protein; CO2’ i ATP bağımlı bir reaksiyonla biyotin halkasındaki azota
bağlayarak aktifleştiren biyotin; karboksilaz ve biyotinden asetil CoA’ ya aktif CO2
taşıyarak malonil CoA oluşturan transkarboksilaz.
Bikarbonattan (HCO3 -) gelen karboksil grubu ATP bağımlı bir reaksiyonla önce
biyotine taşınır. Biyotinli grup, geçici bir CO2 taşıyıcısı olarak hizmet eder ve karbondioksiti
ikinci adımda, malonil CoA oluşturmak üzere asetil CoA’ ya aktarır.
11.3.1.3. Yağ Asidi Sentaz Kompleksi Yedi Farklı Aktif Bölgeye Sahiptir
E.coli yağ asidi sentazının çekirdeği yedi farklı polipeptitten oluşur ve işlemlerin bazı
bölümlerinde en az üç başka protein görev yapmaktadır (Tablo 11.3). Proteinler birlikte
çalışarak asetil CoA ve malonil CoA’ dan yağ asitlerinin oluşumunu katalizler. Yağ asidi
sentaz sistemi, fonksiyonel iki tiyol (–SH) grubu içermektedir. İşlem boyunca ara ürünler
kompleksin iki tiyol grubundan birine kovalent olarak bağlı kalır. Bağlanmanın birinci noktası
yedi proteinden birindeki sisteinin –SH grubu; diğeri ise yağ asidi sentezi açil ara ürünüyle bir
tiyoester oluşturan açil taşıyıcı proteinin –SH grubudur.
182
Tablo 11.3. E.coli Yağ Asidi Sentaz Kompleksinin Proteinleri
Protein Rolü
1- Açil taşıyıcı protein (ACP) Tiyoester bağlı açil gruplarını taşır
2- Asetil CoA–ACP transasetilaz (AT) Açil grubunu CoA’ dan KS’ nin Cys aminoasidine taşır.
3- 3–Ketoaçil–ACP sentaz (KS) Açil ve malonil gruplarını birleştirir (KS’ nin en az 3 izozimi vardır.)
4- Malonil CoA–ACP transferaz (MT) Malonil grubunu CoA’ dan ACP’ ye taşır.
5- 3–Ketoaçil–ACP redüktaz (KR) 3–keto grubunu 3–hidroksi grubuna indirger
6- 3–Hidroksiaçil–ACP dehidrataz (HD) 3–hidroksiaçil–ACP’ den H2O uzaklaştırarak, çift bağ oluşturur.
7- Enoil–ACP redüktaz (ER) Doymuş açil–ACP oluşturmak üzere çift bağı indirger.
Şekil 11.11. Uzayan yağ açili zincirinin iki karbonla dört basamaklı uzatılma işlemi. Her bir malonil
ve asetil grubu yağ asidi sentaza bağlı bir tiyoester tarafından aktifleştirilir. 1) Birinci
basamak aktif açil grubunun (birinci açil grubu bir asetil grubudur) CO2 kaybeden malonil
CoA’ dan gelen iki karbonla birleşmesidir; net etki açil zincirinin iki karbon uzamasıdır.
Bu birleşmenin β–keto ürünü, hemen hemen β oksidasyon reaksiyonlarına benzeyen fakat
ters sırada olan üç basamakta indirgenir, 2) β–keto grubu bir alkole indirgenir, 3) H2O’
nun uzaklaştırılması bir çift bağ oluşturur ve 4) Çift bağ ilgili doymuş yağ açili grubunu
oluşturmak üzere indirgenir.
E.coli’ nin açil taşıyıcı proteini (ACP) 4'–fosfopantetein prostetik grubu taşıyan küçük
bir proteindir (Mr 8860) (Şekil 11.12), CoA’ nın pantotenik asit ve β–merkaptoetilamin
kısımlarıyla karşılaştırınız.
183
Şekil 11.12. Açil taşıyıcı protein (ACP). 4'–fosfopantetein prostetik grubu ACP’ de bir Ser
aminoasidinin hidroksil grubuna kovalent olarak tutunmuştur. Fosfopantetein CoA
molekülünde de bulunan B vitamini pantotenatı içerir. Bunun –SH grubu yağ asidi
sentezi sırasında malonil gruplarının giriş yeridir.
184
Basamak 2. Karbonil Grubunun İndirgenmesi:Kondenzasyonda oluşan asetoasetil–
ACP, D–3–hidroksibutiril–ACP oluşturmak üzere C–3’ teki karbonil grubu indirgenir. Bu
reaksiyon, 3–ketoaçil–ACP redüktazla katalizlenir ve elektron vericisi NADPH’ tır.
Basamak 3. Dehidrasyon: Üçüncü basamakta su, D–3–hidroksibutiril–ACP’ nin C–2
ve C–3’ ünden trans–Δ2–butenoil–ACP ürününde çift bağ oluşturmak üzere uzaklaştırılır. Bu
dehidrasyonu 3–hidroksiaçil–ACP dehidrataz enzimi katalizler.
Basamak 4. Çift Bağın İndirgenmesi: Son olarak trans–Δ2–butenoil–ACP’ nin çift
bağı, butiril–ACP oluşturmak üzere enoil–ACP redüktazla indirgenir (doyurulur); elektron
vericisi NADPH’ tır.
185
Şekil 11.13. Yağ asidi sentezi sırasındaki olaylar dizisi. Yağ asidi sentaz kompleksi şematik olarak
gösterilmiştir. Diskin her dilimi kompleksin altı enzimatik aktivitesinden birini temsil
etmektedir. Merkezde bir diğer –SH’ la sonlanan fosfopantetein kolu olan açil taşıyıcı
protein (ACP) bulunmaktadır.
Şekil 11.14. Yağ asidi sentezi çevriminin ikinci turunun başlangıcı. Butiril grubu sistein –SH grubu
üzerindedir. Gelen malonil grubu önce fosfopantetein –SH grubuna tutunur. Sonra
kondenzasyon basamağında sistein –SH’ daki butiril grubu bütünüyle malonilin, CO2
olarak kaybedilen karboksil grubuyla yer değiştirir. Bu basamak Şekil 11.13’ teki
basamak 1’ in analoğudur. Ürün, yani altı karbonlu 3–ketoaçil grubu şimdi reaksiyonu
başlatan asetil CoA’ dan iki ve malonil CoA’ dan dört karbon taşımaktadır. Sonra 3–
ketoaçil grubu Şekil 11.13’ teki gibi basamakları 2’ den 4’ e doğru geçer.
187
11.3.1.6. Yağ Asidi Sentezi Birçok Organizmanın Sitozolünde Fakat Bitkilerin
Kloroplastlarında Oluşur
Yüksek ökaryotlarda yağ asidi sentaz kompleksi nükleotitler, aminoasitler ve glukoz
biyosentetik enzimlerin de olduğu gibi, büyük oranda sitozolde bulunur (Şekil 11.15). Bu
yerleşim sentetik işlemleri, birçoğu mitokondri matriksinde yer alan yıkım reaksiyonlarından
ayırır. Anabolizma için elektron taşıyan kofaktörlerin ve katabolizma için olanların birbiriyle
uyumlu bir dağılımı vardır. Genellikle NADPH anabolik reaksiyonlar için elektron
taşıyıcısıdır ve NAD+ katabolik reaksiyonlarda yer alır. Hepatositlerde [NADPH]/[NADP+]
oranı yağ asidi ve diğer biyomoleküllerin biyosentezleri için kuvvetli indirgeyici bir ortam
hazırlamak üzere sitozolde çok yüksektir. Mitokondri içindeki [NADH]/[NAD+] oranı NAD’
ye yağ asitleri, aminoasitler, pirüvat ve asetil CoA oksidasyonundan elektron akışı nedeniyle
sitozoldekinden çok daha yüksektir. Bu yüksek [NADH]/[NAD+] oranı solunum zincirinde
oksijenin indirgenmesini sağlamaktadır.
Şekil 11.15. Lipit metabolizmasının hücre içi yerleşimi. Maya ve omurgalı hayvan hücreleri lipit
metabolizmasının yerleşiminde yüksek bitki hücrelerininkinden farklılık gösterir.
188
Hepatositler ve adipositlerde sitozol NADPH’ı büyük oranda pentoz fosfat yolu ve
malik enzim tarafından üretilmektedir. Hepatositlerde ve emziren hayvanların meme
bezlerinde yağ asidi sentezi için gerekli olan NADPH öncelikle pentoz fosfat yolundan
sağlanır (Şekil 11.16).
Şekil 11.16. NADPH üretimi. NADPH’ a giden a) Malik enzim ve b) Pentoz fosfat yolu tarafından
katalizlenen iki yol.
189
sistemini tamamlamak için tekrar okzalasetata yükseltgenir. Alternatif olarak sitozolde oluşan
malat, malik enzim aktivitesiyle sitozol NADPH’ ını üretmekte kullanılır (Şekil 11.16.a).
Şekil 11.17. Mitokondriden sitozole asetil gruplarını taşıyan mekik. Mitokondri dış membranı bu
bileşiklerin tümüne geçirgendir. Mitokondri matriksinde aminoasit katabolizmasından
yada sitozolde glikolizle glukozdan türetilen pirüvat, matrikste asetil CoA’ ya çevrilir.
Asetil grupları sitrat olarak mitokondri dışına çıkar. Sitozolde yağ asidi sentezi için asetil
CoA olarak dağıtılır. Okzalasetat malata indirgenerek mitokondri matriksine döner ve
okzalasetata çevrilir. Sitozol malatı için alternatif bir yol sitozol NADPH’ ını üretmek
üzere malik enzim tarafından oksidasyondur. Oluşan pirüvat mitokondri matriksine geri
döner.
190
bölgesidir. Omurgalılarda yağ asidi sentezinin başlıca ürünü olan palmitoil CoA, enzimin geri
beslemeli (feed–back) inhibitörü olarak davranır ve sitrat Vmax’ı artıran allosterik bir
aktivatördür (Şekil 11.18). Sitrat, hücre metabolizmasının yönlendirilmesinde metabolik
yakıtın alınmasından (oksidasyon) yağ asidi olarak depolanmasına kadar merkezi bir rol
oynar. Mitokondride ATP ve asetil CoA konsantrasyonu yükseldiği zaman, sitrat mitokondri
dışına taşınarak hem sitozol asetil CoA’ sının öncülü olur hem de asetil CoA karboksilazın
aktifleşmesi için allosterik sinyal oluşturur. Sitrat aynı zamanda glikolize karbon akışını
azaltarak fosfofruktokinaz–I’ in aktivitesini inhibe eder.
Asetil CoA karboksilaz aktivitesi kovalent modifikasyonla da düzenlenir. Glukagon ve
epinefrin hormonları tarafından tetiklenen fosforillenme bunu inaktifleştirerek yağ asidi
sentezinin yavaşlamasına neden olur.
Yağ asidi sentezi ve β–oksidasyonu eş zamanlı gerçekleşseydi iki olay enerjiyi boşa
harcayan, yararsız bir çevrim oluşturacaktı. Daha önce değindiğimiz gibi β–oksidasyon
karnitin asetil transferaz–I’ i inhibe eden, malonil CoA tarafından durdurulmaktadır. Böylece
yağ asidi sentezi sırasında ilk ara ürün olan malonil CoA’ nın oluşumu, β–oksidasyonu
mitokondri iç membranında taşıyıcı sistem düzeyinde kapatır.
Şekil 11.18. Yağ asidi sentezinin düzenlenmesi. Omurgalıların hücrelerinde hem allosterik
düzenlenme hem de hormona bağımlı kovalent modifikasyon öncüllerin malonil CoA’
ya akışını etkiler.
191
11.3.1.9. Uzun Zincirli Doymuş Yağ Asitleri Palmitattan Sentezlenir
Hayvan hücrelerinde yağ asidi sentaz sisteminin başlıca ürünü olan palmitat, diğer uzun
zincirli yağ asitlerinin öncülüdür (Şekil 11.19). Stearat (18:0) veya daha uzun doymuş yağ
asitleri, mitokondri ve düz endoplazmik retikulumda bulunan yağ asidi uzatma sistemlerinin
etkisiyle asetil gruplarının eklenmesi yoluyla uzatılabilir. Endoplazmik retikulumun daha aktif
uzatma sistemi stearoil CoA oluşturmak üzere palmitoil CoA’ nın 16 karbonlu zincirini iki
karbon kadar uzatır. Endoplazmik retikulumdaki uzatma mekanizması farklı enzim
sistemlerinin olaya karışması açil taşıyıcısının ACP’ den daha ziyade koenzim A olması
dışında, malonil CoA’ dan iki karbonun verilmesini, indirgenme, dehidrasyon ve 18 karbonlu
ürün olan stearil CoA’ ya indirgenmesinin izlenmesiyle, palmitat sentezindekiyle aynıdır.
Şekil 11.19. Diğer yağ asitlerinin sentez yolları. Palmitat tekli doymamış asitler olan oleat ve
palmitoleatın yanı sıra, stearat ve daha uzun zincirli doymuş yağ asitlerinin de
öncülüdür. Memeliler oleatı linoleata veya α–linolenata çeviremezler (koyu gölgeli).
Bu nedenle bunlara diyette esansiyel yağ asidi olarak ihtiyaç duyulur. Linoleatın diğer
çoklu doymamış yağ asitlerine ve eikosanoitlere çevrilmesi özetlenmiştir.
192
11.3.1.10. Bazı Yağ Asitleri Doymamıştır
Palmitat ve stearat hayvan dokularının en çok bilinen tekli doymamış iki yağ asidi olan
palmitoleat 16:1(Δ9) ve oleat 18:1(Δ9)’ ın öncülleri olarak hizmet eder (Şekil 11.19). Bu yağ
asitlerinin her biri Δ9 pozisyonunda (C–9 ve C–10 arasında) tek bir cis– çift bağına sahiptir.
Çift bağ, bir karışık işlevli oksidaz olan yağ açili CoA desatüraz (Şekil 11.20) tarafından
katalizlenen oksidatif bir reaksiyonla yağ asidi zincirine sokulur. İki farklı substrat olan yağ
asidi ve NADPH, eş zamanlı olarak iki elektron oksidasyonuna uğrar. Elektron akış yolu bir
sitokrom (sitokrom b5) ve bir flavoproteini (sitokrom b5 redüktaz) içerir. Her ikisi de yağ açili
CoA desatüraz gibi düz endoplazmik retikulumda bulunur.
Şekil 11.20. Omurgalılarda yağ asitlerinin desatürasyonunda elektron taşınması. Koyu oklar,
moleküler oksijen tarafından oksidasyona uğratılan iki farklı substrat (yağ açili CoA ve
NADPH) için elektron akış yönünü göstermektedir. Bu reaksiyonlar düz endoplazmik
retikulumun lümene bakan yüzünde gerçekleşir.
Memeli hepatositleri yağ asitlerinin Δ9 pozisyonuna kolaylıkla çift bağ sokar. Ancak C–
10 ve metil ucu arasına ek bir çift bağı sokamaz. Linoleat 18:2(Δ9,12) ve α–linolenat
18:3(Δ9,12,15) memeliler tarafından sentezlenemez fakat bitkiler her ikisini de sentezleyebilir.
Linoleat ve linolenat diğer ürünlerin sentezi için gerekli öncüller olduklarından,
memeliler için esansiyel yağ asitleridir ve bitkisel kaynaklı besinlerden sağlanmalıdır.
Linoleat bir kez alındıktan sonra, sadece linoleattan yapılabilen diğer bilinen çoklu doymamış
asitlere dönüştürülebilir (Şekil 11.19).
194
Şekil 11.21. Fosfatidik asidin biyosentez yolu. Yağ açili grupları önce yağ açili CoA molekülleri
oluşturarak aktifleştirilir, sonra gösterilen iki yoldan birinde oluşan L–gliserol–3–fosfatla
ester bağı yapmak için taşınır.
195
Şekil 11.22. Lipit biyosentezinde fosfatidik asit. Fosfatidik asit hem triaçilgliserollerin hem de
gliserofosfolipitlerin öncülüdür.
196
Şekil 11.23. Triaçilgliserol sentezinin insülinle düzenlenmesi. İnsülin diyetle alınan karbohidrat ve
proteinlerin lipitlere çevrilmesini uyarır. Tedavi edilmemiş diabetes mellituslu
bireylerde insülin yoktur. Sonuçta karbohidrat ve protein katabolizmasından gelen asetil
CoA azalan yağ asidi sentezi nedeniyle keton cismi sentezine kaydırılır.
197
12.BÖLÜM: PROTEİN VE AMİNOASİT METABOLİZMASI
Proteinlerin diyetle alınmalarındaki amaç, içerdikleri aminoasitlerden vücudun kendi
spesifik proteinlerinin sentezlenmesidir. Sağlıklı kişilerde ve yeterli beslenmede, proteinlerin
yakıt metabolizmasına katkısı % 15–20 arasında değişir. Ayrıca azot içeren porfirinler, pürin
ve pirimidin nükleotidleri, DNA, RNA ve kreatin gibi birçok molekül sentezinde
aminoasitlerin ya kendileri ya da azotları kullanılır.
Bu bölümde önce memeliler tarafından aminoasit kaynağı olarak alınan proteinlerin
sindirimi ve hücre içi yıkımı açıklandıktan sonra aminoasitlerin yıkımı üre çevrimiyle birlikte
anlatılacaktır.
Midede, H+
Pepsinojen Pepsin (321 aa) + Peptidler (42 aa)
Pepsin
Besin Proteinleri Proteazlar + Peptonlar
Pepsin enziminin hidrolitik ürünlerinin çoğu büyük peptidlerdir. Bunların vücut
tarafından kullanılabilmesi için diğer bağırsak proteolitik enzimleri tarafından hidroliz
edilmeleri gerekir.
Midede, pepsin protein moleküllerinin iç kısmındaki Trp, Tyr, Phe aromatik
aminoasitlerin amino ucundaki peptid bağlarını hidrolizleyerek uzun polipeptid zincirlerini
daha küçük peptid karışımlarına parçalar. Pepsinin özgüllük sınırı geniş olup –COOH ucu
peptid bağlarını da parçalayabilir. Pepsinin etkilediği basamak önemlidir ancak gerekli
198
değildir. Midesinin tamamı çıkarılmış bazı hastalar pozitif azot dengesi sağlayabilecek kadar
protein sindirebilir.
Asidik mide içeriği ince bağırsağa girince sekretin hormonu kana salgılanır. Sekretin
-
pankreastan ince bağırsağa bikarbonat (HCO3 ) salınımını uyararak pH’yı aniden 7.0 civarına
yükseltir. Proteinlerin sindirimi ince bağırsakta devam eder. Mideden gelen polipeptid
zincirleri ince bağırsakta bir takım proteolitik enzimlerle karşılaşır. Mideden gelen kısa
peptidler karışımının bağırsağın üst kısmına (duodenum) ulaşması, optimum pH’ sı 7.0–8.0
olan birkaç pankreatik enzimin salınımını uyaran, kolesistokinin hormonunun kana
salınımına neden olur. Tripsin, kimotripsin, karboksipeptidaz A ve B ile elastaz’ ın
zimojenleri olan tripsinojen, kimotripsinojen, prokarboksipeptidaz A ve B ile proelestaz
pankreas hücreleri tarafından sentezlenir ve salgılanır. Tripsinojen aktif formu olan tripsine
bağırsak hücrelerinden salınan proteolitik bir enzim olan enteropeptidaz A tarafından
çevrilir. Tripsin de pankreastan salgılanan tüm zimojenleri aktifleştirir.
Enteropeptidaz A
Tripsinojen Tripsin + Hekzapeptid
Kimotripsinojen Kimotripsin
Tripsin
Prokarboksipeptidaz A ve B Karboksipeptidaz A ve B
Proelestaz Elestaz
N C C N C C
R1 O R2 O
aa1 aa2
Tripsin, aa1: Lys veya Arg
Kimotripsin, aa1: Phe, Trp, Tyr ve çok az Leu ve Met
Pepsin, aa2: Phe, Trp, Tyr.
Karboksipeptidazlar ekzopeptidazlar olup, yalnız karboksil uçlarındaki peptid
bağlarını hidrolizler. Karboksipeptidaz A (Zn+2 içerir) –COOH ucu peptid bağlarını lizin ve
199
arginine veya prolinden bir önceki aminoaside kadar olan ve karboksipeptidaz B’ de yalnız –
COOH ucundaki lizin ve arginin kalıntılarının bağlı bulunduğu peptid bağlarını hidrolizler.
Elestaz nötral aminoasitleri içeren peptid bağlarını parçalayabilirken özellikle elastin
üzerinde etkilidir.
İnce bağırsak mukozası hücrelerinin dış yüzeylerinde bulunan amino peptidaz da bir
ekzopeptidaz olup polipeptid zincirinin –NH2 ucundaki peptid bağlarını hemen hemen hiçbir
aminoasit ayırt etmeksizin hidrolizler. Bağırsak mukozası yüzeyinde dipeptid ve tripeptidleri
parçalayabilecek dipeptidaz ve tripeptidaz enzimleri de tutunmuş olarak bulunur.
Mide ve bağırsakta enzimlerin birlikte etkisi sonucu proteinler tamamen aminoasitlere
hidrolizlenir. Aminoasitler daha sonra kan dolaşımı yoluyla bütün dokulara taşınırlar. Doku
hücrelerine de aktif taşıma ile giren aminoasitler, burada protein sentezinde kullanılırlar veya
yıkıma uğrarlar. Bir hücrede protein sentezinin başlaması için 20 çeşit aminoasidin de
ortamda mevcut olması gerekir.
Vücuttaki proteinler devamlı olarak yenilenme içindedir. Bu yenilenme ve değişimin
süresi, proteinin yarı ömrü şeklinde ifade edilir. Bu süre kan, karaciğer ve diğer iç organ
proteinleri için 2.5–10 gün arasında, toplam kas proteinlerinin 180 gün, kollagenin ise 1000
gündür. Kas proteinlerinin miktarı çok olduğundan birim zamanda yıkılan ve sentezlenen
protein miktarı karaciğerdekine eşittir. Sağlıklı kişilerde protein sentez hızı, yıkılan
proteinlerin yerine yenisi sentezlemek için yeterli olduğundan, vücuttaki toplam protein
miktarı sabit kalır. Protein turnover’ i denilen bu olayla günde ortalama 300–400 g proteinin
yıkım ve sentezi gerçekleşir. Yaşlılarda ve özellikle yetersiz beslenme durumunda yıkım
sentezden fazla olduğu için, dışarıdan alınan azottan (N) daha fazla azot (N) vücuttan idrar,
ter veya dışkı yoluyla atılır. Bu duruma negatif azot dengesi denir. Yeterli beslenen sağlıklı
kişilerde azot dengesi vardır. Büyüme çağında, hastalıktan iyileşme ve hamilelik döneminde
pozitif azot dengesi gözlenir.
İnsan vücudunda 100 g kadar serbest aminoasit vardır. Bunun yaklaşık yarısı
Glu+Gln, % 10’ u da esansiyel (temel) aminoasitlerdir. Glu ve Gln azotlu bileşiklerin
metabolizmasında hem amino grubu vericisi hem de taşıyıcısıdır. Özetle vücudun aminoasit
havuzunu (Şekil 12.1);
1. Diyetle alınan proteinlerin sindirimi,
2. Sindirim enzimleri ve bağırsak epiteli proteinlerinin parçalanması
3. Hücre içinde, özellikle plazma proteinlerinin karaciğerde hidroliz sonucu oluşan
aminoasitlerden ibarettir.
200
Aminoasitler, karbohidrat veya yağlar gibi depolanmazlar. Vücutta sentezlenen her
protein molekülü fonksiyoneldir ve hiçbir zaman aminoasit deposu değildir. Fakat uzun süreli
açlıkta kas proteinleri, aminoasit sağlamak amacıyla değil de, kan glikozunu normal seviyede
tutmak için aminoasitlerden glikozun sentezlenmesi amacıyla yıkılır. Süt ve yumurta
proteinleri istisna olarak aminoasit deposu fonksiyonu görürler.
Aminoasitlerden vücutta ihtiyaç duyulan proteinlerin ve diğer biyomoleküllerin
sentezinden arta kalan kısmı atılamadığı ve depolanamadığına göre, hücre içinde bunların tek
akıbeti yakıt metabolizmasına dahil olmak ve enerji oluşturmaktır (Şekil 12.1).
201
grubunun karbon iskeletten ayrıldığı ve amino grubu metabolizmasının yollarına bağlandığı
bir anahtar basamak içerir (Şekil 12.2).
Hücreiçi protein
Glukoz
(glukoneogenezle sentezlenen)
Şekil 12.2. Memelilerde aminoasitlerin yıkımına genel bakış. Amino grupları ve karbon iskeletleri,
ayrı fakat birbirine ara bağlantılı yollar izler.
202
iskelet kası ve diğer dokuların yakıtı olan glukoza dönüştürülür. Memelilerde aminoasit
yıkımının meydana geldiği en önemli organ karaciğerdir.
Memeli dokularında iki transaminaz enzimi öne çıkar. Bunlardan en önemlisi aspartat
aminotransaminaz (AST) olup aspartat yapısındaki bir amino grubunun α–ketoglutarata
aktarılması reaksiyonu katalizler.
Aspartat + α–Ketoglutarat Okzalaasetat + Glutamat
Memeli dokularında önemli olan bir başka transaminaz enzimi de,
Alanin + α–Ketoglutarat Piruvat + Glutamat
reaksiyonunu katalizleyen alanin aminotransaminaz (ALT)’ dır. Burada oluşan reaksiyon ile
alanin de amino grubunu α–ketoglutarata transfer ederek glutamatı oluşturur. Bu iki
transaminazın katalizlediği reaksiyonlar sonucu α–amino grupları, sonradan oksidatif
deaminasyona uğrayacak olan glutamat moleküllerinde, bir başka deyimle bir “glutamat
havuzunda” toplanmış olur.
Alanin aminotransaminaz (ALT) ve aspartat aminotransaminaz (AST); kalp
ataklarının, ilaç toksisitesinin ve karaciğer hasarlarının tanısında önemlidir. Bir kalp atağından
203
sonra bu aminotransaminazları da içeren bir grup enzim, hasarlı kalp hücrelerinden sızarak
kan dolaşımına geçer.
Bütün transaminaz enzimlerinde koenzim olarak piridoksinin (B6 vitamini) bir türevi
olan piridoksal fosfat (PLP) görev yapar. Transaminasyon reaksiyonunda piridoksal fosfat,
piridoksamin fosfat ara bileşiğine dönüşür (Bölüm 8).
Glutamatın oksidatif deaminasyonu, koenzim olarak hem NAD+ hemde NADP+
kullanan glutamat dehidrogenaz enzimi tarafından gerçekleştirilir. Glutamat dehidrogeneaz
birçok doku mitokondrilerinde belirlenmiş olup karaciğerde çok aktiftir. Glutamat
dehidrogeneazın reaksiyonu dönüşümlü olarak katalizlemesine karşın olayın dengesi glutamat
sentezi yönünedir. Yemek sonrası glutamat seviyesi yükseldiği zaman oksidatif deaminasyon
reaksiyonu gerçekleşir.
NH3 O
CH2 CH2
COO COO
204
Bu enzimlere dehidrataz adı verilmesinin nedeni deaminasyondan önce bir
dehidratasyon olayının meydana gelmesidir. Serinin piruvat ve NH4+’ ya parçalanması
reaksiyonu şöyledir:
H2 O H2 O
COO COO
COO
H2N C H
H2N C C O + NH4+
CH2 CH3
CH2
OH
D– ve L– Aminoasit Oksidazlar
D–aminoasitler bitkilerde ve mikroorganizmaların hücre çeperlerinde mevcut olup,
hayvan proteinlerinde yer almaz. Bununla beraber, yukarıda belirtilen kaynaklardan dolayı
diyette bulunduğundan karaciğer tarafından metabolize edilirler. D–aminoasit oksidaz,
karaciğer ve böbrekte bulunan FAD bağlı bir peroksizom enzimidir ve D–aminoasitlerin
oksidatif deaminasyonunu sağlar. Oluşan α–keto asitler, daha sonra transaminasyonla L–
izomerlerine dönüşürken, H2O2 de katalaz enzimi tarafından parçalanır. D–aminoasit
oksidazın katalizlediği reaksiyonun net denklemi:
D–aminoasit + H2O + O2 α–Keto asitler + H2O2 + NH4+
H2O2 H2O + 1/2O2
Burada oluşan α–keto asitler, L–α–aminoasitlerin transaminasyonuyla oluşan
α-ketoasitlerin girdiği metabolik yollara dahil olur.
L–Aminoasit oksidaz enzimleri de yine karaciğer ve böbrekte aktivite gösteren
peroksizomal moleküllerdir. Yukarıdakine benzer bir reaksiyonla hemen hemen tüm L–
aminoasitleri etkiler. Aminoasitlerin yıkımında bu enzimlerin önemi azdır.
205
2. Pürin ve pirimidin katabolizmasından oluşan NH4+ iyonları da karaciğere taşınarak
üreye dönüştürülmelidir.
Kara omurgalılarında üre yalnız karaciğerde üre çevrimi tarafından sentezlenmektedir.
Üre sentezindeki azotlardan biri amonyaktan (NH4+), diğeri ise aspartattan sağlanır. Karbon
atomu da CO2 ’den gelir. Üre, bir anlamda metabolizmanın atık toksik maddeleri olan CO2 ve
amonyağın beraberce atılma şeklidir. Ornitin aminoasidi üredeki karbon ve azot atomlarının
taşıyıcısı rolünü oynar.
Üre amonyaktan beş enzimatik basamakta sentezlenir. Üre çevrimi karaciğer
mitokondrisi içinde başlar fakat izleyen üç basamak sitozolde gerçekleşir. Böylece çevrim iki
hücresel bölümü kateder (Şekil 12.4).
Üre çevriminin ilk reaksiyonu, CO2 ile glutamatın oksidatif deaminasyonu sonucu
oluşan NH4+’ün reaksiyonudur. 2 mol ATP’ nin harcandığı bu dönüşümsüz reaksiyonla
yüksek enerjili bir bileşik olan karbamoil fosfat oluşur. Bu kompleks reaksiyonu bir
mitokondri enzimi olan karbamoil fosfat sentetaz katalizler.
O O
CO2 + NH4+ + 2ATP + H2O H2N C O P O + 2ADP + Pi
O
Karbamoil fosfat
Karbamoil fosfat, karbamoil grubunu ornitine aktararak sitrulini oluşturur ve fosfat
grubu da serbest hale (Pi) geçer. Bu reaksiyon, ornitin transkarbamoilaz enzimi tarafından
katalizlenir. Oluşan sitrülin bir translokaz proteini vasıtasıyla ornitin karşılığında
sitoplazmaya taşınır.
NH3 O NH3
O
H3N (CH2)3 CH COO- + H2N C O PO3-2 H2N C NH (H2C)3 CH COO- + Pi
Ornitin Karbamoil fosfat Sitrulin
Üçüncü reaksiyonla, üre çevriminin ikinci amino grubu aspartattan devreye girer.
Aspartatın amino grubu da ileride göreceğimiz gibi glutamattan sağlanmaktadır. Sonuç
itibariyle ürenin iki azotu da glutamat havuzundan sağlanmaktadır.
206
COO-
NH2
NH C NH CH
NH3
ATP AMP + PPi
NH3
O
(CH2)3 CH2
H2N C NH (H2C)3 CH COO- + -OOC CH2 CH COO-
H3N C COO- COO-
H
Sitrulin Aspartat Argininosüksinat
COO- NH2
NH2
NH C NH CH NH C NH2 H COO-
C
(CH2)3 CH2 (CH2)3 +
C
- -
- H3N C COO OOC H
H3N C COO COO-
H H
Burada oluşan fumarat, sitrik asit çevrimine gider (Şekil 12.4). Aspartatın fumarata
dönüşmesi, aspartatın amino grubu vericisi olduğu reaksiyonlara bir örnektir. Bu reaksiyon
basamakları birçok canlılarda arginin sentezinde kullanılmaktadır.
Karada yaşayan omurgalıların karaciğerinde bulunan arginaz enzimi, arginini ornitin
ve üreye parçalar.
O
Arginaz
Arginin + H2O H2N C NH2 + Ornitin
Böylece ortaya çıkan ornitin, bir başka karbamoil fosfatla reaksiyona girmek üzere
mitokondriye geri dönerek çevrim tamamlanır.
207
Şekil 12.4. Üre çevrimi ve sitrik asit çevrimi arasındaki bağlantılar. Sitrik asit ve üre çevrimlerini
bağlayan çevrim aspartat–arjininosüksinant mekiği olarak da adlandırılır. Bu yollar
aminoasitlerin karbon iskeletleri ve amino gruplarının sonlarıyla etkin olarak ilişkilidir. Bu
ara bağlantılı durum okların gösterdiğinden daha ayrıntılıdır. Sitozolde sentezlenen fumarat
–üre çevrimi, pürin biyosentezi veya diğer süreçlerden herhangi birinde oluşturulursa da
sitozolik malat ve okzaloasetata dönüşerek sitozolde kullanılabilir. Okzaloasetat glukoz ve
bazı aminoasitler için öncüldür. Alternatif olarak, sitozolik malat ve okzaloasetat
mitokondriye taşınabilir, sitrik asit çevriminde kullanılır. Mitokondri içine malat taşınması
şekilde gösterilen malat–aspartat mekiğinin parçasıdır.
208
yükseltgenir. Okzalasetat üç metabolik yolda daha ileri metabolize edilir; (1) aminasyonla
aspartata dönüşür, (2) glukoneogenezle glukoza çevrilebilir, (3) asetil CoA ile kondense
olarak sitrat oluşturabilir (TCA çevrimi).
İnsanlarda yüksek NH4+ seviyeleri, özellikle beyin için toksiktir. Karaciğerdeki üre
sentezi NH4+’ un uzaklaştırılması için en önemli yoldur. Üre çevriminin herhangi bir
basamağının bloke olması hayati tehlike arz eder. Çünkü bu durumda kanda NH4+ seviyesi
artar. Bunun sonucu olarak da glutamat dehidrogenaz enziminin katalizlediği reaksiyonun
dengesi glutamat yönüne kayar ve α–ketoglutarat miktarı azalır. Oluşan glutamat da bir başka
NH4+ ile reaksiyona girerek glutamini oluşturur.
NH4+ NH4+
α–ketoglutarat Glutamat Glutamin
Glutamat Glutamin
dehidrogenaz sentetaz
H3N C H H3N C H
Glutamin sentetaz
+ NH4+ + ATP CH2 + ADP + Pi + H+
CH2
CH2 CH2
COO C O
NH2
Glutamat Glutamin
Sonra glutamin, başta böbrek ve karaciğere ulaştırılmak üzere kan dolaşımına aktarılır.
Her iki dokuda glutamin glutaminaz enziminin katalizlediği bir reaksiyon ile glutamat ve
NH4+’ a hidrolizlenir.
Glutaminaz
Glutamin + H2O Glutamat + NH4+
Böbrekte NH4+ idrarla dışarı atılırken, karaciğerde üreye dönüştürülür. Bu
mekanizmada böbrek karaciğerden daha etkilidir.
210
Şekil 12.5. Standart aminoasitlerin sitrik asit çevrimine giriş noktalarının özeti. Bazı aminoasitlerin
birden fazla son ürünü olduğundan bir kereden fazla listelenmiştir. Bu şekil omurgalı
hayvanların başlıca aminoasit yıkım yollarını göstermektedir fakat omurgalı türler
arasında ufak değişiklikler vardır. Örneğin treonin bazı organizmalarda asetil CoA’ya
pirüvat yoluyla yıkılır.
211
adenozilmetiyonin karbonun en indirgenmiş şekli olan metil gruplarını transfer eder. Son iki
kofaktör özellikle aminoasit ve nükleotid metabolizmasında önemlidir.
Şekil 12.6. Tek karbon transferi reaksiyonlarındaki bazı önemli enzim kofaktörleri. Tetrahidrofolatta
tek karbon gruplarının bağlandığı azot atomları (5 ve 10 nolu) koyu gösterilmiştir.
212
Şekil 12.7. Alanin, glisin, serin, sistein, triptofan ve treonin için yıkım yolları. Triptofanın indol
grubunun sonu Şekil 12.9’ da görülmektedir. Glisinin serine dönüşümünün ayrıntıları ve
glisin için ikinci bir son Şekil 12.8’ da görülmektedir. Treonin insanda farklı bir yolla
yıkılır (Şekil 12.13). Sistein yıkımının birkaç yolu pirüvata gider.
213
Şekil 12.8. Glisinin iki metabolik sonu. a)Serine dönüşümü ve b) CO2 ve NH4+’ a yıkımı. Bu
reaksiyonların her ikisinde de tek karbon birimlerini tetrahidrofolat taşır.
Bakterideki bir ana yolda glisin, bir hidroksimetil grubunun enzimatik olarak
eklenmesiyle serine dönüştürülür (Şekil 12.8.a). Bu reaksiyon serin hidroksimetil transferazla
katalizlenirken ayrıca tetrahidrofolat ve pridoksal fosfat koenzimlerine ihtiyaç duyar.
Hayvanlarda öncelikle baskın olan ikinci yolda glisin, CO2, NH4+ ve bir metilen (–CH2–)
grubu şeklinde oksidatif parçalanmaya uğrar (Şekil 12.8.b). Bu geri dönüşümlü reaksiyon
glisin sentazla katalizlenir ve metilen grubu alıcısı olarak tetrahidrofolata ihtiyaç duyar. Bu
oksidatif yıkım yolunda glisinin iki karbon atomu sitrik asit çevrimine girmez. Bir karbon
CO2 olarak kaybolur ve diğeri bazı biyosentetik yollarda tek–karbon grup vericisi olan
N5,N10–metilen tetrahidrofolatın metilen grubunu oluşturur (Şekil 8.12).
Altı aminoasidin (triptofan, lizin, fenilalanin, tirozin, lösin ve izolösin) karbon
iskeletlerinin kısımları asetil CoA, asetoasetil CoA veya her ikisini oluşturur ve daha sonra
asetil CoA’ ya dönüştürülür (Şekil 12.9). Lösin, lizin ve triptofan için yıkım yollarında son
basamakların bazıları yağ asidi oksidasyonundaki basamaklara benzer. Bu altı aminoasidin
ikisinin yıkım yolu özel bir şekilde değinmeyi gerektirir.
Triptofan yıkımı hayvan dokularındaki aminoasit yıkımının tüm yollarının en
karmaşık olanıdır. Triptofanın kısımları (toplam karbonunun altısı) iki farklı yolla asetil CoA’
ya dönüşür. Bunlardan birisi pirüvat aracılığıyla diğeri asetoasetil CoA aracılığıyla
gerçekleşir. Triptofan katabolizmasının ara ürünlerinin bazıları diğer biyomoleküllerin sentezi
için öncüldür (Şekil 12.10): hayvanlarda NAD+ ve NADP+’ nin bir öncülü olan nikotinat;
omurgalılardaki bir nörotransmitör olan serotonin ve bitkilerdeki bir büyüme faktörü olan
indolasetat.
214
Şekil 12.9. Triptofan, lizin, fenilalanin, tirozin, lösin ve izolösin için yıkım yolları. Bu aminoasitler
bazı karbonlarını (koyu) asetil CoA’ ya verir. Triptofan, fenilalanin, tirozin ve izolösin;
pirüvat veya sitrik asit çevrimi aracılarının karbonlarına katkıda bulunur. Azot
atomlarının sonu bu şemada izlenmemiş olup; çoğu durumda α–ketoglutarata transfer
edilerek glutamat oluşur.
215
Şekil 12.10. Öncül
olarak triptofan.
Triptofanın aromatik
halkaları nikotinat,
indolasetat ve
serotonini verir.
Fenil alaninin yıkımı aşağıda tartışıldığı gibi, bu yoldaki enzimlerin genetik hataları,
çeşitli kalıtsal insan hastalıklarına yol açtığından önemlidir (Şekil 12.9)
216
Şekil 12.11. Fenilalanin ve tirozin için yıkım yolları. Bu aminoasitler insanlarda normalde asetoasetil
CoA ve fumarata dönüştürülür.
217
Şekil 12.12. Arginin, histidin, glutamat, glutamin ve prolin için katabolik yollar. Bu aminoasitler –
ketoglutarata çevrilir. Histidin yolundaki numaralandırılmış basamaklar (1) histidin
amonyak liyaz, (2) ürokonat hidrataz, (3) imidazolpropionaz ve (4) glutamat formimino
transferazla katalizlenir.
218
12.2.2.5. Dört Aminoasit Süksinil CoA’ ya Dönüştürülür
Metiyonin, izolösin, treonin ve valinin karbon iskeletleri sitrik asit çevriminin bir ara
ürünü olan süksinil CoA’ya dönüşerek yıkılır (Şekil 12.13). Metiyonin metil grubunu S–
adenozilmetiyonin yoluyla birkaç olası alıcıdan birine verir. Geriye kalan dört karbon
atomundan üçü süksinil CoA’nın bir öncülü olan propiyonil CoA’ nın propiyonatına çevrilir.
İzolösin transaminasyon geçirir ve bunu izleyen oksidatif dekarboksillenme ile α–keto asit
oluşur. Geri kalan beş karbonlu iskelet asetil CoA ve propiyonil CoA’ya kadar daha ileri bir
yükseltgenme geçirir. Valin transaminasyon ve dekarboksilasyon geçirir. Daha sonra bir geri
yükseltgenme reaksiyonuyla geri kalan dört karbon, propiyonil CoA’ya çevrilir. Valin ve
izolösin bazı kısımlarının yıkım yolları, yağ asidi yıkımının basamaklarıyla birbirine yakındır
(Şekil 11.5). İnsan dokularında treonin propiyonil CoA’ya da dönüşür.
Bu üç aminoasitten çıkan propiyonil CoA Bölüm 11’de tanımlanan bir yolla süksinil
CoA’ya dönüştürülür (Şekil 11.8).
219
Şekil 12.13. Metiyonin, izolösin, treonin ve valin için yıkım yolları. Bu aminoasitler süksinil CoA’ya
dönüştürülür. İzolösin aynı zamanda karbon atomlarından ikisiyle asetil CoA’ ya katkıda
bulunur (Şekil 12.9). Burada insanlardaki treonin yıkımının yolu gösterilmiştir; diğer
organizmalarda bulunan bir yol Şekil 12.7’ de gösterilmektedir.
220
12.2.2.6. Dallı Yan Zincirli Aminoasitler Karaciğerde Yıkılmaz
Aminoasitlerin yıkımının çoğu karaciğerde yer almakla birlikte dallı yan zincirli üç
aminoasit (lösin, izolösin ve valin) birincil olarak kas, adipoz, böbrek ve beyin dokusunda
yakıt olarak yükseltgenebilir. Bu ekstrahepatik dokular karaciğerde olmayan bir
aminotransferaz içerir. Bu enzimin üç dallı yan zincirli aminoasitlere etkisi, karşılık gelen α–
keto asitlerini üretir (Şekil 12.14). Sonra dallı zincirli α–keto asit dehidrogenaz kompleksi
tüm üç α–keto asidin oksidatif dekarboksillenmesini katalizler ve her birinden CO2 olarak
karboksil grubu açığa çıkar ve açil CoA türevleri oluşur. Bu reaksiyon pirüvatın asetil CoA’
ya pirüvat dehidrogenaz kompleksiyle oksidatif dekarboksillenmesine yapısal olarak
benzerdir. Burada beş kofaktöre (tiamin pirofosfat, FAD, NAD+, lipoat ve koenzim A) ihtiyaç
duyulmaktadır.
Şekil 12.14. Üç dallı yan zincirli aminoasit; valin, lösin ve izolösin için yıkım yolları. Ekstrahepatik
dokularda gerçekleşen üç yol ilk iki enzimi paylaşır. Dallı zincirli α–keto asit
dehidrogenaz kompleksi, pirüvat ve α–ketoglutarat dehidrogenaz kompleksleriyle
benzerdir ve beş aynı kofaktöre ihtiyaç duyar. Bu enzim Akçaağaç şurubu idrar hastalığı
olan kişilerde hatalıdır.
221
Üç dallı yan zincirli aminoasidin α–keto asitlerinin kanda biriktiği ve fazlasının idrara
geçtiği göreceli ender genetik bir hastalık vardır. Bu durum α–keto asitlerin idrara verdiği
karakteristik koku nedeniyle akçaağaç şurubu idrar hastalığı olarak adlandırılır ve dallı zincirli
α–keto asit dehidrogenaz kompleksinin bir hatası sonucudur. Bu hastalık tedavi
edilmediğinde, beyinin anormal gelişimi, zihinsel gerilik ve bebeğin erken ölümüyle
sonuçlanır. Tedavi normal büyümeye izin veren en az valin, izolösin ve lösinin sınırlı alımının
diyetle sıkı kontrolünü gerektirir.
Şekil 12.15. Asparagin ve aspartat için yıkım yolu. Her iki aminoasit de okzalasetata dönüşür.
222
12.2.2.8. Bazı Aminoasitler Glukoza Diğerleri Keton Cisimlerine Dönüştürülebilir
Asetoasetil CoA ve/veya asetil CoA’ ya yıkılan altı aminoasit (triptofan, fenilalanin,
tirozin, izolösin, lösin ve lizin) karaciğerde keton cisimlerine dönüşebilir. Asetoasetil CoA,
burada asetoasetat ve β–hidroksibutirata dönüştürülür (Şekil 11.9). Bunlar ketojenik
aminoasitlerdir (Şekil 12.16). Bunların keton cisimlerini oluşturma eğilimleri özellikle tedavi
edilmemiş diabetes mellitusta belirgindir. Bu durumda karaciğer, hem yağ asitlerinden hem de
ketojenik aminoasitlerden çok miktarda keton cisimleri üretir.
Pirüvat, α–ketoglutarat, süksinil CoA, fumarat ve/veya okzalasetata yıkılan
aminoasitler, açlık durumunda glukoz ve glikojene dönüştürülebilir (Bölüm 10.
Glukoneogenez). Bunlar glukojenik aminoasitlerdir. Ketojenik ve glukojenik aminoasitler
arasındaki ayırım kesin değildir. Dört aminoasit (triptofan, fenilalanin, tirozin ve izolösin)
hem ketojenik hem de glukojeniktir. Yirmi α–aminoasitten yalnız lösin ve lizin tamamen
ketogeniktir. Aminoasitlerin yıkımı, hayvanların yüksek proteinli diyette veya açlık sırasında
yaşamlarını sürdürmesinde özellikle kritiktir. Özellikle ketojenik bir aminoasit olan lösin
proteinlerde çok yaygındır. Onun yıkımı açlık durumlarında ketozise önemli bir katkı sağlar.
Şekil 12.16. Glukojenik ve ketojenik aminoasitlerin sitrik asit çevrimine dahil olmaları.
Aminoasitlerden dördünün hem glukojenik hem ketojenik olduğuna dikkat ediniz.
Pirüvata yıkılan beş aminoasit aynı zamanda potansiyel ketojeniktir. Yalnız iki aminoasit
(lösin ve lizin) sadece ketojeniktir.
223
13. BÖLÜM: NÜKLEOPROTEİN ve NÜKLEİK ASİT
METABOLİZMASI
Bilgiyi depolamaları, canlı organizmaların büyüme, gelişme ve çoğalması (kendini
yenilemesi) için gerekli olan tüm genetik bilgiyi içermelerinden dolayı nükleik asitler oldukça
önemli biyolojik moleküllerdir. Nükleik asitlerin birimlerini de oluşturan nükleotidler hemen
hemen tüm biyokimyasal işlemlere katılırlar. Ayrıca nükleotidler;
1. Nükleik asitlerin monomerik birimlerini oluştururlar. Gerçekte, nükleik asitler
nükleotidlerin aktifleştirilmiş şekilleri olan nükleozit trifosfatlardan doğrudan sentez
edilirler.
2. Nükleozid trifosfatlar ve özellikle ATP, pek çok enerji salıveren metabolik yolun enerjice
zengin nihai ürünleridirler ve bu moleküllerin kullanılması ile enerji gerektiren işlemlerin
gerçekleşmesi sağlanır.
3. Metabolik yolların çoğu kısmen de olsa ATP, ADP ve AMP gibi nükleotidlerin
konsantrasyon düzeyleri ile regüle edilir.
4. Adenin nükleotidler NADH, NADPH, FMN, FADH2 ve koenzim A gibi koenzimlerin
yapısal bileşenleridirler.
Besin maddelerinde bulunan nükleoproteinler mide öz suyunun asitliği ile temas
ettiğnde nükleik asit-protein bağı açılır ve protein kısmı, diğer proteinlerde olduğu gibi,
midede kısmen sindirilir. Protein sindirimi ince bağırsaklarda tamamlanırken nükleik asitler
(RNA, DNA) pankreas özsuyunun nükleaz (ribonükleaz ve deoksiribonükleaz) adlı
enzimleri tarafından hidroliz edilirler. Böylece mono- ve oligonükleotidler meydana gelir.
Oligonükleotidler bağırsak mukozasında bulunan ve daha az spesifık olan fosfodiesterazlar
tarafından mononükleotidlere parçalanırlar.
Bağırsak mukozasında ve buradan ayrılan hücreler dolayısıyla bağırsak boşluğunda
bulunan nükleotidazlar (fosforikmonoester hidrolazlar) mononükleotidlerin pentoz-fosfat
bağını nukleozid ve inorganik fosfat meydana getirerek hidroliz ederler. Bu şekilde meydana
gelen nükleozidler emilir ve sindirim bağırsak mukozası hücrelerinde devam eder. Bağırsak
mukozası hücreleri tarafından emilen bu nükleozidler bağırsak mukozası hücrelerinde
bulunan nükleozidaz veya nükleozit fosforilazlar tarafından inorganik fosfat varlığında
serbest pürin veya pirimidin ve pentoz fosfat vermek üzere parçalanırlar. Bununla beraber
nükleozidler kana da karışırlar (Şekil 13.1).
224
Şekil 13.1. Nükleoproteinlerin sindirimi
225
Diğer hücre bileşenlerinde olduğu gibi nükleik asitler de yenilenmek üzere
parçalanırlar.
Nükleik asitlerin sindirim ürünleri ile bağırsak metabolizması ürünleri, vena porta yolu
ile önce karaciğere gelir sonra büyük dolaşıma geçerler. Kana geçen nukleozidler de
karaciğer, böbrek, dalak, kemik iliği vb. dokularda, bu dokularda bulunan nükleozid
fosforilazlar tarafından inorganik fosfat varlığında pürin veya pirimidin ile pentoz fosfata
parçalanırlar. Guanozine bir nukleozid fosforilaz'ın etkisiyle serbest guanin oluşurken,
adenozin adenozin aminohidrolaz in etkisiyle önce inozine ve sonra bir nükleotid fosforilaz'ın
etkisiyle hipoksantine değişir (Şekil 13.2). Gerek kan yolu ile dokulara gelen ve gerekse
dokularda serbest hale geçen pürin ve pirimidinler de yıkılır.
226
Sonuçta bütün pürinlerin dezaminasvonu veya yükseltgenmesi ile ürik asit meydana
gelir (Şekil 13.4). Ürik asit trihidroksipürindir. Ürik asit hem besin maddeleri ile alınan
(eksojen) ve hem organizmanın yaptığı (endojen) pürinlerden meydana gelir. Normal halde
kanda % 2-5 mg kadar ürik asit bulunur. İdrarla günde çıkarılan miktar 0,5-0,85 g kadardır.
Lösemide, böbrek yetersizliğinde kandaki ürik asit miktarı fazlalaşır. Gut (nikris) adı verilen
bir hastalıkta da kandaki ürik asit miktarı artar ve sodyum ürat seklinde kristalleşen ürik asit
eklemlerde, bağ dokusunda toplanarak, özellikle ayak baş parmağında odaklanan şiddetli
ağrılara neden olur. Ürik asit ve suda az çözünen üratların (ürik asit tuzlarının) idrarla
atılmasının çoğaldığı bazı hallerde idrar yollarında ürat taşları oluşabilir. Gut hastalığı ksantin
oksidaz' ın kompetjtif inhibitörü olan allopürinol ile tedavi edilebilir (Şekil 13.4).
Hiperürisemi oluşturarak primer guta yol açan diğer kalıtsal bozukluk, glutatyon
redüktaz aktivitesinin artmasına bağlı olarak NADP+ düzeyinin yükselmesi ile ortaya
çıkmaktadır. NADP+ artışı riboz 5-fosfat sentezini hızlandırır. Buda von Gierke hastalığına
benzer şekilde primer gut oluşumuna yol açar. Ayrıca, lösemi gibi nükleik asit yapım ve
yıkımının arttığı durumlarda, kronik böbrek yetmezliğinde ve ürik asitin atılamamasına yol
açan diğer nedenlerle sekonder gut görülmektedir.
Gut tedavisinde nükleoprotein içeriği bakımından zengin besinler kısıtlanmalıdır.
Ayrıca serum ürat düzeyinin azalmasına yol açan bazı ilaçlar, özellikle ksantin oksidaz
inhibitörü ve hipoksantin analogu olan allopürinol tedavide kullanılır. Allopürinolün ksantin
oksidaz ile hidroksillenmesi alloksantin oluşumuna yol açar. Alloksantin, ksantin oksidazın
inhibitörüdür. Böylece ürik asit oluşumu azalırken serum hipoksantin ve ksantin düzeyleri
artar. Ancak bu bileşiklerin serum düzeylerinin artışı hiperürisemide görülen bozukluklara
yol açmaz. Tedavide ayrıca, idrarla ürat atılımını kolaylaştıran ürikozürik ilaçlar da etkilidir.
Gut ağrılarının azaltılmasında kolşisinden yararlanılmaktadır.
Lesch-Nyhan Sendromu: 2-3 yaşlarında nörolojik belirtilerle ortaya çıkan X' e bağlı
resesif kalıtsal bir bozukluktur. El ve ayak parmakları ile dudaklarını ısırarak kendilerine
zarar veren bu çocuklar başkalarına karşı da saldırgan davranışlar gösterir. Bu hastalarda zekâ
geriliği ve spastik kusurlar görülmektedir. Lesch-Nyhan sendromu, pürin salvaj (kurtarma)
yolunda hipoksantin-guanin fosforibozil transferaz (HGPRT) aktivitesinin düşüklüğü veya
yokluğu sonucunda ortaya çıkmaktadır. Enzim eksikliğinde fosforibozil-1-pirofosfat (PRPP)'
nin pürin salvaj yoluna girmemesi nedeniyle de novo pürin sentezi artar. Guanin ve
hipoksantin katabolizmasının artmasına bağlı olarak ürik asit düzeyi yükselir. Bu enzim
eksikliği ile nörolojik belirtiler arasındaki ilişki henüz tam olarak bilinmemektedir. Normal
şartlarda, beyinde hipoksantin-guanin fosforibozil transferaz düzeyi diğer dokulardan daha
227
fazla, pürinlerin de novo sentezinde görev yapan amidotransferaz düzeyleri ise daha azdır.
Bu sebeple beyin IMP ve GMP sentezi için salvaj yoluna diğer dokulara göre daha
bağımlıdır.
Pürinler insan, maymunlar, kuşlar ve sürüngenlerde ürik asit halinde dışarı atılmakta
ve memeli hayvanlarda pürin metabolizmasının son ürünü allantoindir. Bu hayvanlarda ürik
asit karaciğer ve böbreklerde bulunan ürat oksidaz yardımıyla allantoine çevrilir. Bu
reaksiyon esnasında 6 numaralı C atomu CO2 şeklinde ayrılır, altı üyeli halka kapanır, beşli
olur ve beşli halka açılır.
228
Adenozin monofosfatın (AMP) inozin monofosfata (IMP) deaminasyonu, AMP’ nin
IMP’ tan sentezi ile birleştirildiğinde asparattın fumarata deaminasyonu ile ilişkilidir.
Dolayısıyla pürin nükleotid çevrimi iskelet kasında önemli bir metabolik göreve sahiptir.
Böylece kas dokusu sitrik asit çevrimi ara ürünlerini pürin nükleotid çevriminde üretilen
fumarattan sağlar.
229
Pürin katabolizmasında önemli bir
görev yapan ksantin oksidaz, hipoksantini
ksantine ve ksantini de ürik asite dönüştürür.
Dimerik bir protein olan ksantin oksidaz
birbirinin benzeri ve 130 kDa luk iki altbirim
içerir. Ayrıca prostetik grup olarak bir FAD,
Mo(IV) ile Mo(VI) yükseltgenme
basamaklarına sahip bir molibden kompleksi
ve iki farklı Fe-S kümesi içerir. Bu
bilgilerden de anlaşılacağı gibi bu enzim
küçük bir elektron-transfer proteinidir. Bu
işlemlerde nihai elektron kabul edici molekül
oksijendir ve hücre hasarı yapabilecek bir
türev olan H2O2 'e dönüştürülür ancak
katalazın etkisiyle bu molekül H2O ve O2 'e
parçalanır.
İnsanlarda pürin parçalanmasının
nihai ürünü ürik asittir. Diğer tüm
organizmalarda ise ürik asit daha ileri
işlemlere uğrar ve bir organizmadan diğerine
oluşan nihai ürünler farklılıklar gösterirler.
Bu ürünler allantoin, allantoik asit, üre ve
amonyum iyonu olarak sıralanabilir (Şekil
13.5).
230
13.1.2. Pirimidinlerin Katabolizması
İnsan ve hayvan hücreleri pirimidin nükleotidleri bazlarına parçalarlar. Pürin
nükleotidlerinde olduğu gibi bu reaksiyonlar defosforillenme, deaminasyon ve glikozidik bağ
parçalanması üzerinden gerçekleşir. Oluşan urasil ve timin daha sonra karaciğerde
indirgenme ile parçalanırlar.
Gerek kan yolu ile dokulara gelen ve gerekse dokularda serbest hale geçen pirimidin
bazları karaciğerde yıkılırlar. Pirimidin azotu, amino asit azotu gibi, idrarla üre ve amonyak
halinde çıkarılır. Pirimidin yıkılmasının son ürünleri olan -alanin ve -aminoizobutirik asit
amino asit olduklarından transaminasyon ile yıkılırlar (Şekil 13.6). -Alaninin
transaminasyonu ile maloniksemialdehid ve bunun transaçilasyonu ile malonil-CoA ve
metilmalonil- CoA meydana gelir.
Pirimidin katabolizmasımn nihai ürünleri β-alanin ve β-aminoizobutirattır. Bunlar daha
ileri işlemlerde kullanılmak üzere transaminasyon ve aktivasvon reaksiyonlan ile malonil-
CoA ve metilmalonil-CoA' ya dönüştürülürler.
231
Şekil 13.6. Pirimidinlerin katabolizması ve malonil CoA oluşumu
232
gelen nükleozidler bir seri enzimatik reaksiyonla sentez edilir. Organizma bu maddelerin
sentezi için protein ve karbohidrat metabolizması ürünlerini kullanır.
Hücre metabolizmasındaki önemli görevleri ile nükleotidler hemen hemen tüm
hücreler tarafından baştan sona kadar ve nükleik asitlerin parçalanma ürünlerinden
sentezlenirler.
Karaciğer, bağırsak mukozası ve timus pürin halka sistemini içeren nukleotidleri sentez
edebilir, fakat başlıca kaynak karaciğerdir.
234
GAR’ ın serbest -amino grubu
formilglisinamit ribotit (FGAR) vermek
üzere formillendirilir. Bu reaksiyondaki
formil salıcı grup N10-
formiltetrahidrofolattır. Bu kofaktör serin,
glisin ve format gibi salıcı moleküllerden bir
C lu üniteleri biyosentetik reaksiyonlardaki
alıcı moleküllere transfer eder. İkinci bir
glutaminin amid fonksiyonundaki amino
grubu formilglisinamit ribotit (FGAM)
oluşturmak üzere büyüyen pürin halkasına
transfer edilir. ATP nin hidrolizini gerektiren
bu endergonik reaksiyon FGAM sentetaz ile
katalizlenir. Pürin imidazol halkası yine
ATP-gerektiren bir moleküliçi
kondenzasyon ile kapanır ve 5-
aminoimidazol ribotid (AIR) oluşur (Şekil
13.9).
235
Pürindeki C(6) atomu bir
karboksillenme reaksiyonu ile CO2
'den gelir ve bu reaksiyon
karboksiaminoimidazol ribotit
(KAIR) verir. Bu karboksillenme
reaksiyonu biyotin gerektirmediği gibi
ATP nin hidrolizine de gereksinim
duymaz. Pürin N(l) atomu bir amit
oluşumu reaksiyonuyla aspartattan
sağlanır ve bu kondenzasyon
reaksiyonu 5-aminoimidazol- 4(N’-
süksinilokarboksamit) ribotid
(SAKAIR) oluşturur. SAKAIR 'den
fumarat ayrılmasıyla 5-
aminoimidazol-4-karboksamit ribotid
(AKAR) oluşur (Şekil 13.10).
236
Pürin halkasına katılacak en son
grup formildir ve yine N’-
formiltetrahidrofolat ile sağlanır. Böylece
5-formaminoimidazol-4-karboksamit
ribotit (FAIKAR) oluşturulmuş olur. Bu
biyosentez reaksiyonlanndaki son adım
IMP oluşturmak üzere FAIKAR 'ten su
ayrılmasıyla gerçekleşen bir halka
kapanma reaksiyonudur (Şekil 13.11).
IMP oluştuktan sonra çabucak AMP ve GMP' a dönüştürülür. Her iki üründe IMP den
birbirinden farklı iki ayrı basamakta sentezlenir. AMP nin sentezi adenilosüksinat üzerinden
gerçekleşir. Önce aspartatın amino grubunun IMP' a katılması ile adenilosüksinat oluşturulur
ve daha sonra bu üründen fumaratın ayrılması ile AMP sentezlenmiş olur ki bu reaksiyon
adenilosüksinat liyaz ile katalizlenir.
237
GMP' nin sentezinde ise önce bir yükseltgenme-indirgenme reaksiyonu ile ksantozin
monofosfat (XMP) ve daha sonra da GMP sentaz ile katalizlenen ve ATP hidrolizi gerektiren
bir reaksiyonla glutaminin amid fonksiyonundaki amin grubu XMP' a transfer edilerek GMP
oluşturulur.
238
13.2.1.2. Pürin Nükleotid Biyosentezinin Regülasyonu
Nükleik asit metabolizmasındaki yollar oldukça sıkı bir şekilde regüle edilirler. IMP,
ATP ve GMP sentezleyen yollar pek çok hücrede ayrı ayrı regüle edilirler ve böylece sadece
üretilen pürin nükleotidlerin toplam miktarları kontrol edilmekle kalmaz ayrıca ATP ve GTP
nin bağıl miktarları da koordine edilir.
IMP yolu ilk iki reaksiyonda regüle edilir ki bunlar FRPF ve 5-fosforibozilamin
sentezini sağlayan reaksiyonlardır. İlk reaksiyonu katalizleyen riboz fosfat pirofosfokinaz
hem ADP ve hem de GDP ile inhibe edilir. IMP yolunun hız tayin basamağı olan ikinci
reaksiyonu katalizleyen amidofosforibozil transferaz ise nihai ürünlerle yani ilk reaksiyonları
besleme ile önlenir. Bu enzimin aktivitesi allosterik olarak FRPF tarafından uyarılır (ileriye
doğru besleme ile aktivasyon) (Şekil 13.13).
Bu metabolik yollardaki ikincil düzeyde bir regülasyon IMP den AMP ve GMP’ ye
geçiş noktasında gerçekleşir. Bu aşamada regülasyon bu iki molekül tarafından sağlanır yani
239
kendi sentezleri için birer yarışmalı inhibitör olarak görev yaparlar. Böylece bu ürünlerin
aşırı miktarlarının sentezlenmesi engellenmiş olur. Bu reaksiyonlarla sentezlenen ATP, IMP’
den GMP sentezinin ve GTP de IMP’ den AMP sentezinin gerçekleşmesinde itici birer güç
olarak rol oynayarak kendi sentezlerinden ziyade zıt bir etkiyle birbirlerinin sentezini
sağlayan AMP ve GMP üretimini dengelerler. Böylece, GMP’ nin sentez hızı ATP
konsantrasyonundaki artma ile ve AMP nin sentez hızı da GTP’ nin konsantrasyonundaki
artma ile artar.
240
Şekil 13.14. Pürin nükleotidlerinin salvaj yolu ile sentezi
241
Pürin biyosentezinin aksine
pirimidin halkası sentezlendikten
sonra riboz-5-fosfata katılır. Bu
şekilde, UMP biyosentezinin 6-
basamaklı bir yolla gerçekleştiği
ortaya konmuştur. Pirimidin
biyosentezinin ilk basamağında,
sitozolik bir enzim olan karbamoil
fosfat sentetaz II enzimi
yardımıyla bikarbonat ve
glutaminden karbamoil fosfat
sentezlenir ve böylece bir nevi
aktive edilmiş olur. Aspartat
transkarbomilaz enzminin de
etkisiyle oluşturulan karbamoil
fosfat aspartat ile reaksiyona
girerek karbamoil aspartat oluşur ki
bu basamak UMP sentezinin akışını
sağlar. Takiben karbamoil aspartat
dihidroorotata ve bu molekül de
dihidroorotat dehidrojenaz enzimi
ile dönüşümsüz olarak orotata
yükseltgenir (Şekil 13.16).
242
Oluşturulan orotat, fosforibozilpirofosfat
ile ve orotat fosforibozil transferaz ile
katalizlenen bir işlem yoluyla orotidin-5'-
monofosfata dönüştürülür ve bu bileşiğin
orotidin monofosfat dekarboksilaz enzimi ile
ve bir kofaktör gerektirmeksizin
dekarboksillenmesi sonucu UMP sentezi
tamamlanmış olur (Şekil 13.17).
243
Oluşturulan UMP tan UDP ve UTP’ ların oluşturulmaları nükleozid monofosfat
kinaz ve nükleozit difosfat kinaz enzimleri aracılığıyla gerçekleşir.
Sitidin trifosfat ise CTP sentaz ile katalizlenen bir işlemle UTP nin aminlendirilmesi
sonucu sentezlenir.
244
Şekil 13.18.A. Prokaryotlarda pirimidin biyosentezi Şekil 13.18.B. Ökaryotlarda pirimidin
Biyosentezi
245
Böyle bir indirgenme reaksiyonu ile oluşturulan dNDP moleküllerinin nükleozitdifosfat kinaz
yardımıyla fosforillenmesi ile karşılık gelen deoksiribonükleozid trifosfatlar (dNTP)
sentezlenir.
RNA moleküllerinden farklı olarak DNA molekülleri urasil bazı yerine timin (5-metil
urasil) bazını içerirler. Bu bazı içeren nükleotidin (dTMP) sentezi dUMP nin timidilat sentaz
yardımıyla metillendirilmesi ile sağlanır.
Yaklaşık 70 kDa moleküler ağırlığa sahip olan bu enzim bir metil grubu salıcısı olarak
N5,N10-metilentetrahidrofolat kofaktörünü içerir. Bu enzim, tetrahidrofolatı dihidrofolata
yükseltgemesi yönüyle ilginçtir ve bu olay da biyokimyasal olaylarda az görülen yegane bir
işlem olarak kabul edilir.
DNA ve RNA yapısına katılan bu nükleotitler yanında oldukça önemli biyokimyasal
fonksiyonları ile NADH, NADPH, FMN, FAD ve koenzim A gibi nükleotid birimleri içeren
nükleotid koenzimlerin sentezi, insan ve hayvanlarda çeşitli vitamin ön moleküllerinden
başlanarak gerçekleştirilir. Bu koenzimlerin oluşturulmasında kullanılan nikotin amit,
riboflavin ve pantotenat gibi vitaminler ise bitki ve bakteriler tarafından baştan sona (de novo)
sentezlenirler.
246
13.2.1.6. Salvaj Yolu ile Pirimidin Nükleotidlerinin Sentezi
Salvaj yolu ile pirimidin nükleotidlerinin sentezi diğer yönteme göre daha az enerji
gerektirir. Gelişmiş canlılarda ve insanda önemi az olan bu yolun mikroorganizmalarda aktif
olduğu bilinmektedir. Yıkım yoluna giren pirimidin nükleozid trifosfatlar önce
nükleozidlerine, sonra azotlu bazlarına ayrılır. Atılım ürünlerine dönüşmeden önce azotlu
bazlar veya nükleozidler iki farklı yolla yeniden pirimidin nükleotid sentezinde kullanılır.
Birinci yolda, urasilin FRPF ile birleşmesiyle, ikinci yolda ise üridin, sitidin ve timidin
nükleozidlerinin fosforillenmesiyle sentez tamamlanır. Üridin ve sitidin ribonükleozidleri
üridin-sitidin kinaz ile; dezoksiribonükleozid olan timidin spesifik timidin kinaz ile
nükleotidlerine çevrilir. 2'-deoksisitidin, özgünlüğü zayıf olan ve deoksipürin nükleozidlerini
de fosforilleyen deoksisitidin kinazı kullanır (Şekil 13.19).
247
eksikliğine bağlı olarak hücre içi dATP konsantrasyonu 100 kat artar. Ribonükleotid redük-
tazın her iki düzenleyici bölgesine bağlanan dATP, enzimi kuvvetle inhibe eder. Bu enzimin
inhibisyonuyla T lenfositlerdeki diğer deoksiribonükleozid trifosfatların oluşumu durur ve
dolayısıyla DNA sentezi azalır. Ancak B lenfositlerin hangi yolla etkilendiği açık değildir.
Adenozin deaminaz eksikliği olan kişilerin immün sistem yetersizliği nedeniyle steril
ortamda yaşamaları gerekmektedir.
Pürin nükleozid fosforilaz eksikliği: Bu hastalıkta B lenfositlerin fonksiyonu normal,
T lenfositlerin fonksiyonu bozuktur. Pürin nükleozid fosforilaz eksikliğine bağlı olarak pürin
nükleotid katabolizması azalmıştır. Buna bağlı olarak ürik asit sentezi azalmış, pürin
nükleozidlerinin (guanozin, deoksiguanozin, inozin, deoksiinozin) düzeyleri artmıştır.
Ribonükleotid redüktazı allosterik olarak inhibe eden, böylece hücrede DNA sentezini
engelleyen dGTP ve dATP' nin birikimi sonucunda immün sistemde bozukluklar meydana
gelir.
Hipoürisemiler: Pürin yıkımı sırasında ürik asit oluşumunun azalmasına bağlı olarak
görülmektedir. Ağır karaciğer hasarında veya kalıtsal ksantin oksidaz eksikliğinde gelişen
hipoürisemide hipoksantin ve ksantin oluşumu artar ve bu maddeler idrarla atılır (ksantinüri).
Ağır ksantin oksidaz eksikliğinde böbrekte ksantin taşları oluşur.
248
Kanser tedavisinde kullanılan azaserin ve asivisin, glutamin analogları olarak pürin ve
pirimidin sentezinde glutaminin girdiği reaksiyonları inhibe eder. Aminopterin ve metotreksat
(ametopterin), dihidrofolat redüktaz inhibitörü olarak bir çok kanser türünde tedavi
amacıyla kullanılmaktadır. Tetrahidrofolat yeniden oluşamayınca timidilat sentazın
katalizlediği reaksiyon durur. Bu şekilde DNA ve RNA sentezi önlenerek hücre çoğalması
yavaşlatılabilir.
5-fluoroürasil, timidilat sentaz inhibitörü olarak tedavide kullanılmaktadır (Şekil
13.20). 5-fluoroürasil hücrelerde fluorodeoksiüridin monofosfata (f-dUMP) dönüşür ve
dUMP analogu olarak timidilat sentazı yarışmalı inhibisyona uğratır.
Antikarsinojenik ilaçlar özellikle fetus, kemik iliği, deri, gastrointestinal yollar, saç
folikülleri gibi hızla büyüyen hücrelerle birlikte normal hücreleri de etkilediğinden bu ilâçları
kullanan kişilerde anemi, pullu-kepekli deri, saç dökülmesi görülür.
Şekil 13.20. dUMP' den TMP sentezi ve inhibitörlerin etki ettiği reaksiyonlar.
249
13.5. DEOKSİRİBONÜKLEOTİDLERİN SENTEZİ
DNA' daki şeker deoksiriboz olduğundan DNA sentezinde kullanılacak nükleotidlerde
ribozun 2. karbonundaki hidroksil grubunun indirgenmesi gerekir. Bu reaksiyon, ribonükleotid
redüktaz kataliziyle gerçekleşir (Şekil 13.21). Substrat olarak nükleozid difosfatlann
kullanıldığı bu reaksiyonda ribonükleotid redüktazın yapısındaki -SH grupları
yükseltgenirken nükleozitdeki riboz indirgenir. Böylece ADP, GDP, CDP ve UDP' den
dADP, dGDP, dCDP ve dUDP sentez edilir. dUDP ve dCDP daha sonra timidilat sentezinde
kullanılır.
Oksitlenmiş enzimin tekrar aktif hale geçebilmesi, NADPH' dan hidrojen
aktarılmasıyla yapılır. Bu aktarım, aracı bir proteinin (tiyoredoksin veya glutaredoksin) ve
ikinci bir enzimin (tiyoredoksin redüktaz veya glutaredoksin redüktaz) kullanıldığı bir
sistemle gerçekleştirilir. Aracı protein tiyoredoksinin (glutaredoksinin) iki sülfidril
grubundaki hidrojen atomları, yükseltgenmiş ribonükleotid redüktazın disülfit bağına
aktarılarak enzim rejenerasyonu tamamlanır.
Oksitlenmiş olan tiyoredoksinin (glutaredoksinin) indirgenmesi ise ikinci enzim
tarafından gerçekleştirilir. Bir flavoprotein olan tiyoredoksin redüktaz, NADPH' dan aldığı
indirgeme ekivalanlarını prostetik grubunu oluşturan FAD aracılığıyla tiyoredoksine aktarır.
Glutaredoksin redüktaz ise, glutatyonu oksitlemek suretiyle glutaredoksini indirgemektedir
(Şekil 13.22). Ancak glutatyonun rejenerasyonu, koenzimi NADPH olan glutatyon redüktaz
tarafından yapıldığından indirgeyici son kaynak bu yolda da NADPH' tır.
Kısaca tiyoredoksin (veya glutaredoksin) sisteminde, ribonükleotidlerin yapısındaki
ribozun indirgenmesinde NADPH' dan ribonükleotid redüktaza aktarılan hidrojen atomları
kullanılmaktadır.
250
Şekil 13.22. Ribonükleotidlerin deoksiribonükleotidlere dönüşüm mekanizması.
(1)Ribozun deoksiriboza ribonükleotid redüktazla indirgenmesi; (2) Ribonükleotid redüktazın disülfit
bağının (a) tiyoredoksin ile, (b) glutaredoksin ile indirgenmesi
251
buraya bağlanan düzenleyici substratların (allosterik; effektör) türüne göre etkilenmektedir.
Enzimin gerçek substratları, B1 ve B2 altbirimleri arasındaki boşluğa yerleşir (Şekil 13.23).
Şekil 13.23. Ribonükleotid redüktaz yapısı. Primer düzenleyici bölge ve substrat spesifik bölgeye
allosterik effektörler (dNTP ve NTP ler) bağlanır.
252
Şekil 13.24. NTP ve dNTP’ ler tarafından nükleotid redüktaz aktivitesinin düzenlenmesi
253
14.BÖLÜM: METABOLİZMANIN ENTEGRASYONU ve
DÜZENLENMESİ
Metabolik yolların tüm prokaryotik ve ökaryotik
hücrelerde ortak olduğunu vurgulayarak tek hücre düzeyindeki
metabolizmayı tartışmıştık. Hücrelerdeki metabolik yolların
substrat sağlanabilirliği, allosterik mekanizmalar ve/veya
enzimlerin fosforilenmesi veya diğer kovalent
modifikasyonlarıyla (her bir enzim düzeyinde) nasıl
Bu iki çocuk aynı yaştadır ve aynı
düzenlendiğini gördük.
genetik özelliklere sahiptir.
Her bir metabolik yolun ve bu yolların düzenlenmesinin Sadece soldaki çocuk beslenme
öneminin tam olarak değerlendirilebilmesi için bu yolların davranışını ve metabolik
organizmanın bütünü içinde gözden geçirilmesi gerekir. Çok aktiviteyi düzenleyen bir hormon
(leptin) üretimi genetik olarak
hücreli organizmaların zorunlu bir özelliği, hücre farklılaşması
hatalıdır. Sonuç olarak, hormon
ve iş bölümüdür. Tüm hücrelerde oluşan metabolizmanın enerji
yetersiz çocuk, adipoz dokusunda
oluşturan merkezi yollarına ek olarak, insanlar gibi karmaşık çok fazla miktarda triaçilgliserit
organizmaların organ ve dokuları özelleşmiş işlevlere sahiptir. biriktirir. Bu bölümde sağlıklı
Bunlar kendilerine özgü yakıt gereksinimlerine ve metabolizma yaşamın devamı için
organizmanın çevreye uyum
modellerine sahiptir. Hormonal sinyaller, farklı dokuların
göstererek denge ve düzen içinde
metabolik aktivitelerini entegre ve koordine eder ve her bir
yaşaması halini (homeostazı)
organa yakıt ve öncül sağlanmasını en iyi şekilde düzenler. Bu oluşturan bütün dokuların
bölümde, bazı önemli organ ve dokuların özelleşmiş metabolik aktivitelerini entegre ve
metabolizmalarına ve tüm organizmadaki metabolizmanın koordine eden hormonal
mekanizmaları tartışacağız.
entegrasyonunu (birleştirilmesini) gözden geçireceğiz.
Besinlerin değişik organlara dağılımını (burada merkezi
rol karaciğere aittir) ve bu organlar arasındaki metabolik
işbirliğini inceleyerek başlayacağız. Hormonların bütünleştirici
rolünü anlatmak için kas, karaciğer ve adipoz dokudaki yakıt
metabolizmasının koordinasyonunda epinefrin, glukagon ve
insülinin karşılıklı etkilerini tanımlayacağız. Bundan sonra
diyabetteki metabolik değişikliklerde, metabolizmanın hormonal
düzenlenmesinin önemini göreceğiz. Daha sonra yakıt
metabolizmasından başka süreçlerdeki hormon tipleri ve
hormon etkilerini gözden geçireceğiz. Son olarak, vücuttaki
olayların hormonlarla uzun süreli düzenlenmesini tartışacağız.
254
14.1. DOKUYA ÖZGÜ METABOLİZMA: İŞ BÖLÜMÜ
İnsan vücudundaki her bir doku, kendi anatomisini ve metabolik aktivitesini yansıtan
özelleşmiş bir işleve sahiptir. İskelet kası, yönlendirilmiş harekete izin verir; adipoz doku,
vücudun her yerinde yakıt olarak iş gören yağları depolar ve serbestleştirir; beyin, elektriksel
sinyaller üretmek için iyonları pompalar; karaciğer, metabolik işlemlemede ve dağıtımda
merkezi bir rol oynar; tüm diğer organlara ve dokulara kan dolaşımı aracılığıyla uygun besin
bileşimini gönderir. Bundan dolayı memeli karaciğerindeki karbohidratlar, aminoasitler ve
yağların dönüşümleri gözönünde tutularak metabolik iş bölümünün tartışılmasıyla
başlayacağız. Bunu adipoz dokunun, kasın, beyinin ve tüm diğer dokularla bağlantı kuran
kanın başlıca metabolik işlevlerinin kısa tanımlamaları izleyecektir.
255
dönüşümleri hatırlamaya yardım etmek için başlıca metabolik yollar ve bu yollara ait ayrıntılı
süreçler Tablo 14.1’ de verilmiştir.
Tablo 14.1. Daha önce şekillerle gösterilen karbohidrat, aminoasit ve lipid metabolizmasına ait yollar.
Metabolik Yol
Sitrik asit çevrimi: Asetil CoA → 2CO2
Oksidatif fosforilasyon: ATP sentezi
Karbohidrat Katabolizması
Glikojenoliz: Glikojen → Glukoz–1–fosfat → Kan glukozu
Glikolize heksoz girişi: Fruktoz, mannoz, galaktoz → Glukoz–6–fosfat
Glikoliz: Glukoz → Pirüvat
Pirüvat dehidrogenaz reaksiyonu: Pirüvat → Asetil CoA
Laktik asit fermentasyonu: Glikojen → Laktat + 2ATP
Pentoz fosfat yolu: Glukoz–6–fosfat → Pentoz fosfatlar + NADPH
Karbohidrat Anabolizması
Glukoneogenez: Sitrik asit çevrimi ara ürünleri → Glukoz
Glukoz–Alanin çevrimi: Glukoz → Alanin → Glukoz
Glikojen sentezi: Glukoz–6–fosfat → Glukoz–1–fosfat → Glikojen
Aminoasit ve Nükleotid Metabolizması
Aminoasit yıkılımı: Aminoasitler → Asetil CoA, sitrik asit çevrimi ara ürünleri
Aminoasit sentezi:
Üre çevrimi: NH3 → Üre
Glukoz–Alanin çevrimi: Alanin → Glukoz
Nükleotid sentezi: Aminoasitler → Pürinler, pirimidinler
Hormon ve nörotransmitter sentezi:
Lipid Katabolizması
Yağ asitlerinin β–oksidasyonu: Yağ asidi → Asetil CoA
Keton cisimlerinin oksidasyonu: β–hidroksibütirat → Asetil CoA → CO2
Lipid Anabolizması
Yağ asidi sentezi: Asetil CoA → Yağ asitleri
Triaçilgliserol sentezi: Asetil CoA → Yağ asitleri → Triaçilgliseroller
Keton cisimleri oluşumu: Asetil CoA → asetoasetat, β–hidroksibütirat
Kolesterol ve kolesterol esterleri sentezi: Asetil CoA → Kolesterol →Kolesterol esterleri
Fosfolipid sentezi: Yağ asitleri → Fosfolipidler
256
14.1.1.1 Şekerler
Hepatositlerdeki glukoz taşıyıcısı (GlUT2), kan glukoz derişimi kadar hepatosit
içindeki glukoz derişimini de etkiler. Hepatositlere giren glukoz, glukokinazla fosforillenerek
glukoz–6–fosfatı oluşturur. Glukokinazın glukoz için KM değeri, hekzokinazın KM
değerinden daha yüksektir. Hekzokinazın aksine glukokinaz, kendi ürünü olan glukoz–6–
fosfat tarafından inhibe edilmez. Glukoz derişimi hekzokinazın fosforilleyebileceği düzeyin
üzerine çıktığında, glukokinazın varlığı hepatositlerde glukozun fosforilenmesinin devam
etmesi olanağı sağlar. Fruktoz, galaktoz ve mannoz da ince bağırsaktan absorblandıktan sonra
enzimatik yollar aracılığıyla glukoz–6–fosfata dönüştürülür. Glukoz–6–fosfat karaciğerde
karbohidrat metabolizmasının kesişim noktasıdır. Glukoz–6–fosfat, organizmanın o anki
metabolik ihtiyacına bağlı olarak beş ana metabolik yoldan herhangi birine girebilir (Şekil
14.1). Allosterik olarak düzenlenen çeşitli enzimlerin etkisiyle ve enzim sentezinin ve
aktivitesinin hormonal düzenlenmesi aracılığıyla glukoz akışı karaciğerde bu yollardan birine
veya birkaçına doğru yönlendirilir.
Şekil 14.1. Glukoz–6–fosfatın karaciğerdeki metabolik yolları. Burada ve bunu izleyen şekillerde
anabolik yollar yönü yukarı doğru olan oklarla, katabolik yollar yönü aşağı doğru olan
oklarla ve diğer organlara dağılım ise yatay olarak gösterilmiştir.
257
(1) Glukoz–6–fosfat, serbest glukoz oluşturmak üzere glukoz–6–fosfatazla defosforillenir.
Serbest glukoz ise kan glukozunu oluşturmak amacıyla karaciğer dışına taşınır. Karaciğer
dışına, glukoz–6–fosfat sınırlı olduğu zaman seçilen bir yoldur, çünkü kan glukoz derişimi,
beyin ve diğer dokular için gerekli enerjiyi sağlamak için yeterli yüksek düzeyde
korunmalıdır.
(2) Glukoz–6–fosfat, kan glukozunu oluşturmak üzere hemen kullanılmayacaksa karaciğerde
glikojene çevrilir.
(3) Glukoz–6–fosfat, glikoliz, pirüvatın dekarboksillenmesi (pirüvat dehidrogenaz
reaksiyonuyla) ve sitrik asit çevrimi aracılığıyla enerji üretmek için oksitlenebilir. Bunun
sonucunda oluşan elektron transferi ve oksidatif fosforillenme ile ATP üretilir. (Buna karşın,
normalde hepatositlerde enerji üretimi için tercih edilen yakıt yağ asitleridir.)
(4) Glukoz–6–fosfat, kana glukoz sağlamak için veya karaciğerde glikojen oluşturmak için
kullanılmayacaksa glikoliz ve pirüvat dehidrogenaz tepkimesi aracılığıyla lipitlerin sentezi
için öncül olarak iş gören asetil CoA’ ya yıkılır. Bu lipitler, triaçilgliseroller ve fosfolipitlerin
yapısına katılan yağ asitleri ve kolesteroldür. Karaciğerde sentezlenen lipidin pek çoğu kan
lipoproteinleri aracılığıyla diğer dokulara taşınır.
(5) Son olarak glukoz–6–fosfat, hem yağ asitleri ve kolesterol biyosentezi için gerekli olan
indirgeyici eşdeğerleri (NADPH) sağlayan hem de nükleotit biyosentezi için D–riboz–5–
fosfat sağlayan pentoz fosfat yolunun substratıdır.
14.1.1.2 Aminoasitler
Karaciğere giren aminoasitlerin izlediği bir kaç önemli metabolik yol vardır (Şekil
14.2).
(1)Hepatositlerdeki protein sentezi için öncüldür. Karaciğer ortalama yarı ömrü sadece
birkaç günle çok yüksek bir dönüşüm hızına sahip olan kendi proteinlerini sürekli olarak
yeniler. Karaciğer aynı zamanda kanın plazma proteinlerinin pek çoğunun biyosentez
yeridir.
(2) Aminoasitler tercihen doku proteinlerinin sentezinde öncül olarak kullanılmak üzere kan
aracılığıyla karaciğerden diğer dokulara taşınabilir.
(3) Belirli aminoasitler, karaciğer ve diğer dokulardaki nükleotitlerin, hormonların ve diğer
azotlu bileşiklerin biyosentezinde öncüldür.
(4) Aminoasitlere biyosentetik öncül olarak ihtiyaç yoksa aminoasitler asetil CoA ve sitrik
asit çevrimi ara ürünlerini vermek üzere deamine olur ve yıkılırlar. Sitrik asit çevrimi ara
ürünleri, glukoneojenik yol aracılığıyla glukoza ve glikojene dönüştürülebilir (4a). Asetil
258
CoA, ATP şeklinde enerji sağlamak için sitrik asit çevrimi aracılığıyla oksitlenebilir (4b)
veya depolanmak üzere lipitlere dönüştürülebilir (4c). Aminoasitlerin yıkılımıyla salınan
amonyak, atılım ürünü olan üreye dönüştürülür (4d).
Karaciğer aynı zamanda diğer dokulardan aralıklı olarak karaciğere ulaşan
aminoasitleri de metabolize eder. Kan, diyetteki karbohidratların sindirimi ve
absorbsiyonundan hemen sonra veya öğünler arasında karaciğer glikojenini kan glukozuna
çevirerek yeterli glukozu sağlar. Öğünler arasındaki süre eğer uzamışsa bir miktar kas
proteini aminoasitlere yıkılır (5). Bu aminoasitler, kendi amino gruplarını alanin oluşturmak
üzere glikolizin ürünü olan pirüvata (transaminasyonla) verirler, alanin ise karaciğere taşınır
ve deamine olur. Sonuçta oluşan pirüvat, hepatositler tarafından kan glukozuna
(glukoneogenezle) dönüştürülür ve amonyak atılmak üzere üreye çevrilir. Glukoz, kas
glikojen depolarını yeniden doldurmak için iskelet kaslarına döner. Bu glukoz–alanin
devrinin bir yararı, öğünler arasında kan glukoz düzeylerindeki dalgalanmaları düzeltmektir.
Kaslarda oluşan aminoasit açığı, bir sonraki öğünden sonra diyetteki aminoasitlerin girişiyle
kapatılır.
Plazma Doku
proteinleri proteinleri
Kandaki
aminoasitler
259
14.1.1.3. Lipitler
Hepatositlere giren lipitlerin yağ asidi bileşenlerinin de birkaç farklı sonu vardır
(Şekil 14.3). (1) Yağ asitleri karaciğer lipitlerine dönüştürülür. (2) Pek çok durumda yağ
asitleri karaciğerdeki başlıca oksidatif yakıttır. Serbest yağ asitleri, asetil CoA ve NADH
oluşturmak üzere aktifleştirilerek oksitlenebilir. Asetil CoA, oksidatif fosforilenmeyle ATP
oluşturmak üzere sitrik asit çevrimi aracılığıyla daha ileri oksitlenir. (3) Yağ asitlerinin
oksidasyonu sonucu oluşan asetil CoA’ ların fazlası, karaciğer tarafından kullanılmayacaksa
keton cisimlerine dönüştürülür. Keton cisimleri olan asetoasetat ve β–hidroksibütirat,
sitrik asit çevrimi için yakıt olarak kullanılmak üzere kan yolu ile diğer dokulara taşınır.
Keton cisimleri, asetil gruplarının transport formu olarak kabul edilebilir. Karaciğer
dışındaki bazı dokularda enerjinin belirli bir bölümünü karşılarlar. Örneğin, kalpteki
enerjinin üçte birini ve uzamış açlıkta beyindeki enerjinin % 60–% 70 kadarını sağlarlar. (4)
Yağ asitlerinden (ve glukozdan) oluşturulan asetil CoA’ ların bir kısmı, zar biyosentezinde
gerekli olan kolesterol biyosentezi için kullanılır. Kolesterol aynı zamanda, lipitlerin
sindirim ve emiliminde esansiyel olan safra tuzlarının ve tüm steroit hormonların da
öncülüdür. Lipitlerin son iki metabolik yolu, kanda çözünmeyen lipitlerin transportu için
özelleşmiş olan mekanizmalarla ilgilidir. (5) Yağ asitleri, plazma lipoproteinlerinin
triaçilgliserollerine ve fosfolipitlerine çevrilir, plazma lipoproteinleri lipitleri triaçilgliserol
şeklinde depolanmak üzere adipoz dokuya taşır. Kolesterol ve kolesterol esterleri de
lipoproteinler şeklinde taşınır. (6) Serbest yağ asitlerinin bir kısmı serum albuminine
bağlanır ve kan aracılığıyla başlıca enerji kaynağı olarak serbest yağ asitlerini oksitleyen ve
kullanan kalp ve iskelet kaslarına taşınır. Serum albumini, en bol bulunan plazma
proteinidir. Bir molekül serum albumini 10 molekül serbest yağ asidi taşıyabilir, bu yağ
asitleri tüketilecekleri dokuya difüzyonla alınır ve ilgili dokuda serbestleştirilir.
Böylece, karaciğer besinleri diğer organlara doğru oranlarda gönderen, beslenme
aralıklarına bağlı metabolizmada oluşan dalgalanmaları düzelten ve amino gruplarının
fazlasını böbreklerle atılmak üzere üreye ve diğer ürünlere çeviren, vücudun dağıtım
merkezi olarak iş görür. Karaciğer aynı zamanda ilaçlar, katkı maddeleri, koruyucular ve
herhangi bir besin değeri olmayan zararlı maddeler gibi yabancı organik bileşikleri
detoksifiye eder. Detoksifikasyon, göreceli olarak çözünmeyen organik bileşiklerin daha
ileri yıkılımı ve atılımı için yeterince çözünür hale getirildiği sitokrom P–450 bağımlı
hidroksillenmeyle ilgilidir.
260
Şekil 14.3.Yağ asitlerinin karaciğerdeki metabolizması.
261
Enerjiye ihtiyaç olduğu zaman, adipoz dokuda depolanan triaçilgliseroller, yağ
hücreleri içinde lipazlarla hidrolizlenerek serbest yağ asitlerini oluştururlar, daha sonra
serbest yağ asitleri kan dolaşımı aracılığıyla iskelet kaslarına ve kalbe taşınırlar. Yağ
hücrelerinden serbest yağ asitlerinin oluşumu, büyük oranda triaçilgliserol lipazın
aktivasyonunu stimüle eden (uyaran) epinefrin hormonu tarafından artırılır. İnsülin,
triaçilgliserol lipazın aktivitesini azaltarak epinefrinin bu etkisine zıt etki gösterir. İnsanlar
ve diğer pek çok hayvanlar, özellikle kış uykusuna yatan hayvanlar kahverengi yağ olarak
adlandırılan adipoz dokuya sahiptir. Bu doku yağ asitlerinin oksidasyonu sırasında ATP
yerine ısı üretmek üzere özelleşmiştir.
262
salgılanmasıyla büyük oranda artırılır. Epinefrin karaciğer glikojeninden kan glukozunun
oluşmasını ve kas dokusundaki glikojenin yıkılmasını uyarır. İskelet kası glukoz–6–fosfataz
içermez ve glukoz–6–fosfatı diğer dokulara göndermek için serbest glukoza çeviremez.
Sonuç olarak, kas glikojeni tamamıyla, glikoliz aracılığıyla kastaki enerjiyi sağlamak üzere
görevlidir.
Şekil 14.4. Kas kasılması için enerji kaynakları. Ağır ve hafif etkinlik veya dinlenme halinde ATP
sentezi için farklı yakıtlar kullanılır. ATP, çok hızlı bir şekilde fosfokreatinden
sağlanabilir.
263
Şekil 14.5. İskelet kası ve karaciğer arasındaki metabolik etkileşim. Çok yüksek düzeyde aktif olan
kaslar, enerji kaynağı olarak glikojeni kullanır ve glikoliz aracılığıyla laktat üretir. Kas
eski durumuna dönerken laktatın bir kısmı karaciğere taşınır ve glukoneogenez
aracılığıyla glukoz oluşturmak için kullanılır. Bu glukoz kana verilir ve kastaki glikojen
depolarını yeniden oluşturmak için kaslara gönderilir. Yolun tamamı Cori çevrimini
oluşturur (glukoz→laktat→glukoz)
264
O-
-
O P O
NH2 NH
Kreatinkinaz NH2+ + ADP
ATP + C NH2+ C
H3C N H3C N
CH2 CH2
COO- COO-
Kreatin Fosfokreatin
Kalp kası iskelet kasından farklıdır, kalp kası düzenli bir kasılma ve gevşeme
ritminde sürekli olarak aktiftir. İskelet kasının aksine kalp kası, her zaman tümüyle aerobik
metabolizmaya sahiptir. Kalp kasında iskelet kasından çok daha fazla mitokondri vardır,
kalp kasında hücrelerin hacminin yarısını mitokondriler oluşturur. Kalp kası, kanda oluşan
glukoz, serbest yağ asitleri ye keton cisimlerinin karışımını yakıt olarak kullanır. Bu yakıtlar
ATP üretmek için gerekli olan enerjiyi sağlamak üzere sitrik asit çevrimiyle oksitlenirler.
Bu sabit aerobik metabolizma kalp kasının dakikada 6 litre, saatte 350 litre veya 70 yılda
200 milyon litre kan pompalanmasını sağlar. İskelet kasına benzer şekilde kalp kası çok
fazla miktarlarda glikojen ve lipit depolamaz. Küçük miktarlarda rezerv enerji, birkaç
saniyelik kasılmaya yetecek miktarda fosfokreatin şeklinde depolanır. Kalp, normal olarak
aerobik olduğundan ve enerjisini oksidatif fosforilenmeden sağladığından, kan damarları,
lipit plakları (aterosikleroz) veya kan pıhtıları (koroner tromboz) tarafından tıkandığı
zaman kalp kasının bir kısmına O2 ’nin ulaşması zorlaşacağı için kalp kasının bu bölgesinin
ölümüne yol açabilir. Bu süreç, miyokart enfarktüsü olarak adlandırılır ve daha yaygın
şekilde kalp krizi olarak bilinir.
265
Beyin, yakıt olarak kandan gelen lipitleri veya serbest yağ asitlerini doğrudan
kullanamamasına karşın gerektiğinde hepatositlerdeki yağ asitlerinden oluşturulan β–
hidroksibutiratı (bir keton cismi) kullanabilir. Çünkü kanda β–hidroksibutirat olarak taşınır.
Beynin β–hidroksibutiratı asetil CoA aracılığıyla oksitleme kapasitesi, karaciğer glikojeni
tüketildikten sonra açlıkta veya uzamış açlık sırasında önem kazanır. Çünkü β–
hidroksibutirat beynin enerji kaynağı olarak vücut yağını kullanmasına imkan verir. Bu, kas
proteinlerini tüketir, çünkü ağır açlık durumunda kas proteinleri beynin en son glukoz
kaynağını (karaciğerdeki glukoneogenez aracılığıyla) oluşturur.
Şekil 14.6. Beyindeki enerji kaynakları beslenmeyle değişir. Beyin tarafından kullanılan keton cismi
kanda keton cisimlerinin taşıma şekli olan β–hidroksibutirattır.
Glukoz, beyin tarafından kullanılan ATP’ nin pek çoğunu sağlayan glikoliz ve sitrik
asit çevrimi aracılığıyla oksitlenir. Enerji, nöronların plazma zarının karşı yüzünde
elektriksel potansiyel yaratmak ve korumak için gereklidir. Sonuçta oluşan transmembran
potansiyel geçici olarak değişir, bir nöronun ucundan diğerine bir elektriksel sinyal şeklinde
(aksiyon potansiyeli) yayılır. Aksiyon potansiyelleri, sinir sistemindeki bilginin başlıca
transfer mekanizmasıdır.
266
14.1.5. Kan; Oksijeni, Metabolitleri ve Hormonları Taşır
Kan, bütün dokular arasındaki metabolik etkileşimleri yönlendirir. Kan besinleri ince
bağırsaktan karaciğere, karaciğerden ve adipoz dokudan diğer dokulara taşır. Aynı zamanda
atık ürünleri karaciğerden atılmak üzere böbreklere taşır. Oksijen, akciğerlerden dokulara
kan aracılığıyla taşınır ve dokuda solunumla üretilen CO2 kan aracılığıyla atılmak üzere
akciğerlere geri döner. Kan aynı zamanda bir dokudan diğerine hormonal sinyalleri taşır.
Sinyal taşıyıcı rolünde dolaşım sistemi, sinir sistemine benzer; farklı organların
aktivitelerini hem düzenler hem de birleştirir.
Ortalama yetişkin insanda 5–6 litre kan vardır. Bu hacmin yarısını üç tip kan
hücreleri oluşturur (Şekil 14.7). Eritrositler (alyuvar), hemoglobinle yüklüdür ve O2 ve
CO2 taşınması için özelleşmişlerdir. Daha az sayıda bulunan lökositlerin (akyuvar) çeşitli
tipleri vardır, enfeksiyonlara karşı savunmada immün sistemde merkezi rollere sahiptir.
Trombositler, kan pıhtılaşmasının düzenlenmesine yardım ederler. Sıvı kısım kan
plazmasıdır ve % 90’ ı su % 10’ u çözünmüş maddelerden oluşur. Kan plazmasının içinde
çok sayıda protein, lipoprotein, besinler, metabolitler, atık ürünler, inorganik iyonlar ve
hormonlar çözünmüş olarak veya süspansiyon halinde bulunur. Plazmadaki çözünmüş
maddelerin % 70’ i plazma proteinleri (Şekil 14.7) olan, başlıca immünglobulinler
(dolaşımdaki antikorlar), serum albumin, lipitlerin transportunda görevli apolipoproteinler,
transferrin (demir transportu için) fibrinojen ve protrombin gibi kan pıhtılaşması
proteinleridir.
Kan plazmasındaki iyonlar ve düşük molekül ağırlıklı çözünmüş maddeler, sabit
bileşenler değildir, fakat kan ve çeşitli dokular arasında sabit bir akış vardır. İnorganik
iyonların diyetle alımı, genelde idrardaki atılımlarıyla ters ilişkilidir. Kan bileşenlerinin
çoğu için dinamik bir sabit düzey mevcuttur. Sindirim yolu, kan ve idrar arasında sürekli bir
akış oluşmasına rağmen bileşenlerin derişimi az miktarda değişir. Na+, K+ ve Ca+2 ’ un
plazma düzeyleri, sırasıyla 140, 5 ve 2.5 mM’ a yakındır. Beslenme durumu çok küçük
düzey değişikliği oluşturur. Bu değerlerden belirgin bir uzaklaşma ciddi bir hastalık veya
ölümle sonuçlanabilir. Böbrekler esansiyel besinlerin ve iyonların kaybını önleyecek şekilde
iyon fazlalarını ve atılım ürünlerini seçici olarak filtre ederek iyon dengesinin korunmasında
özellikle önemli bir rol oynar.
267
Şekil 14.7. Kanın bileşeni. Tam kan, santrifüjlemeyle kan plazması ve hücrelere ayrılır. Kan
plazmasının % 10’ u çözünür maddelerden oluşur. Bu % 10’ luk çözünür kısmın %
10’ u inorganik tuzlar, % 20’ si küçük organik moleküller ve % 70’ i plazma
proteinleridir. Başlıca çözünmüş bileşenler belirtilmiştir. Kan diğer bileşenlerin pek
çoğunu eser miktarlarda içerir. Bunlar enzimler, hormonlar, vitaminler, eser
elementler, safra tuzları ve diğer metabolitleri içerir. Kan plazmasındaki bileşenlerin
derişimlerinin ölçülmesi, hastalığın tanı ve tedavisinde önemlidir.
Plazmadaki çözünmüş glukoz, derişimi de sıkı bir şekilde kontrol edilir. Beyinin
glukoz ihtiyacı için glukoz derişiminin 60–90 mg/100 mL kan (yaklaşık 4.5 mM) aralığında
korunmasında karaciğerin rolüne değinmiştik. İnsanda kan glukozu 40 mg/100 mL’ ye
(hipoglisemik durum) düştüğü zaman, kişi huzursuz olur ve zihin bulanıklığı gelişir (Şekil
14.8); daha fazla düşerse komaya yol açar ve çok ileri hipoglisemi ölüme yol açar. Bundan
dolayı kanda glukozun normal derişimde korunmasına organizma büyük öncelik verir ve
bunu başarmak için çeşitli düzenleyici mekanizmalar geliştirir. Kan glukozunun en önemli
düzenleyicileri arasında insülin, glukagon ve epinefrin hormonları bulunur.
268
Şekil 14.8. İnsanlardaki düşük kan glukozunun
fizyolojik etkileri. 40 mg/100 mL ve altında kan
glukoz düzeylerinde ağır hipoglisemi gelişir.
269
oksijen ve yakıt girişini artırarak kan basıncını yükseltir ve hormonlar oksijen alımını
kolaylaştırarak solunum yollarını genişletir (Tablo14.2).
Epinefrin başlıca kas, adipoz doku ve karaciğer üzerine etkilidir. Enzimlerin cAMP
bağımlı fosforilenmesiyle glikojen fosforilazı aktifleştirir ve glikojen sentazı inaktifleştirir.
Böylece anaerobik kas işlevi için yakıt sağlamak üzere karaciğer glikojeninin kan
glukozuna çevrilmesini stimüle eder. Epinefrin aynı zamanda iskelet kası glikojeninin
fermentasyonla laktata anaerobik yıkılımını tetikler, böylelikle glikolitik ATP üretimini
stimüle eder.
Şekil 14.9. İnsülin ve glukagonla kan glukozunun düzenlenmesi. Yüksek kan glukozu pankreas
tarafından insülin salınımına, düşük kan glukozu ise metinde belirtildiği gibi glukagon
salınımına yol açar.
271
Glukagon, hedef organı karaciğer olmasına karşın epinefrine benzer şekilde adipoz
dokuyu da etkiler. Glukagon, triaçilgliserol lipazı cAMP bağımlı fosforillenmeyle
aktifleştirerek serbest yağ asitlerini açığa çıkarır, böylelikle oluşan glukoz beyin için
kullanılır. Bundan dolayı, glukagonun net etkisi, glukozun sentezini stimüle ederek
karaciğerden salgılanmasını ve beyin dışındaki dokular tarafından yakıt olarak glukoz
yerine kullanılmak üzere adipoz dokudan yağ asitlerinin mobilizasyonunu sağlamaktır
(Tablo 14.3). Glukagonun bütün etkileri, cAMP bağımlı protein fosforilenmesiyle
yönlendirilir.
Tablo 14.3. Glukagonun kan glukozuna etkileri: Karaciğerde glukozun sentezi ve salınması.
Metabolik Etki Glukoz Metabolizmasına Etkisi Hedef Enzim
↑ Glikojen yıkılımı Glikojen → Glukoz ↑ Glikojen fosforilaz
↓ Glikojen sentezi Daha az glukoz glikojen şeklinde depolanır ↓ Glikojen sentaz
↓ Glikojen Daha az glukoz karaciğerde yakıt olarak kullanılır ↓ Fosfofruktokinaz–1
↑ Glukoneogenez Aminoasitler ↑Fruktoz–1,6–bisfosfataz
Gliserol→Glukoz ↓ Pirüvat kinaz
Okzalasetat
↑ Yağ asidi Daha az glukoz karaciğerde, kasta yakıt olarak kullanılır ↑ Triaçilgliserol lipaz
mobilizasyonu
272
Tablo 14.4. 70 kg’ lık normal bir insan ve 140 kg’ lık şişman bir insanda açlığın başlangıcında
sağlanabilecek metabolik yakıtlar.
Yakıt türü Ağırlık (kg) Kalorik eşdeğer Tahmini açlığa
(1000 kcal (kj)) dayanabilme süresi (ay)*
Normal 70 kg’ lık insan
Triaçilgliserol (adipoz doku) 15 141 (589)
Proteinler (başlıca kas) 6 24 (100)
Glikojen (kas, karaciğer) 0,225 0.90 (3,8)
Dolaşımdaki yakıtlar(glukoz, 0,023 0,10 (0,42)
yağ asitleri, triaçilgliserol vb.)
Toplam: 166 (694) 3
Şişman 140 kg’ lık insan
Triaçilgliserol (adipoz doku) 80 166 (694)
Proteinler (başlıca kas) 8 32 (134)
Glikojen (kas, karaciğer) 0,23 0.92 (3,8)
Dolaşımdaki yakıtlar 0,025 0,11 (0,46)
Toplam: 785 (3280) 14
* Açlığa dayanabilme süresi günlük 1800 kcal bazal enerji sarfiyatı üzerinden hesaplanmıştır.
273
cisimleri düzeyi yükselir, çünkü bu yakıtlar karaciğerden kalbe, iskelet kasına ve beyine
taşınır, beyin glukoz yerine keton cisimlerini kullanır (basamak(8)).
Normal ağırlıktaki bir yetişkinin adipoz dokusunda depolanan triaçilgliseroller
yaklaşık üç ay süresince bazal metabolizma hızını korumaya yetecek kadar yakıt
sağlayabilir. Çok şişman bir yetişkin bir yıldan daha uzun süren açlığa yetecek depo
yakıtına sahiptir (Tablo 14.4). Fakat böylesi bir açlık çok tehlikelidir. Keton cisimlerinin
çok aşırı üretimine (aşağıda değinilecektir) ve belki ölüme yol açabilir. Yağ depoları
tükendiği zaman esansiyel proteinlerin yıkımı başlar; bu kalp ve karaciğer yetmezliğine yol
açar ve sonunda ölüme neden olur. Depo yağları, açlık veya sıkı diyet süresince yeterli
enerji (kalori) sağlayabilir fakat vitaminler ve mineraller mutlaka sağlanmalıdır ve
glukoneogenez için kullanılmak üzere diyetle glukojenik aminoasitlerin alınması gereklidir.
Bu neden diyetle uygulamaları vitaminler, mineraller ve aminoasitler veya proteinlerle
desteklenir.
274
Şekil 14.10. Uzamış açlıkta karaciğerdeki yakıt metabolizması. Depolanmış karbohidratların
tüketilmesinden sonra, proteinler glukoneogenez aracılığıyla glukojenik
aminoasitlerden üretilen önemli bir glukoz kaynağı haline gelir (basamak (1) ve (4)).
Adipoz dokudan taşınan yağ asitleri beyine taşınmak üzere keton cisimlerine çevrilir
(basamak (5) ve (8)). Kesikli çizgiler açlık sırasında indirgen eşdeğerlerin izlediği
yolu gösterir.
Tablo 14.5. Kan glukozu üzerine insülinin etkisi: Glukozun hücreler tarafından alınması ve
triaçilgliserol ve glikojen olarak depolanması.
Metabolik Etki Hedef Enzim
↑ Glikozun alınması (kas) ↑ Glukoz taşıyıcısı
↑ Glikozun alınması (karaciğer) ↑ Glikokinaz
↑ Glikojen sentezi (karaciğer, kas) ↑ Glikojen sentaz
↓ Glikojen yıkılımı (karaciğer, kas) ↓ Glikojen fosforilaz
↑ Glikoliz, asetil CoA üretimi (karaciğer, kas) ↑ Fosfofruktokinaz–1
↑ Pirüvat dehidrogenaz kompleksi
↑ Yağ asidi sentezi (karaciğer) ↑ Asetil CoA karboksilaz
↑Triaçilgliserol sentezi (adipoz doku) ↑ Lipoprotein lipaz
276
triaçilgliserol yıkımından oluşan gliserol ise karaciğerde glukoneogenez için kullanılır.
Kortizol, esansiyel olmayan kas proteinlerinin yıkılımını ve aminoasitlerin glukoneogenez
için öncül olarak iş gördükleri yer olan karaciğere taşınmalarını stimüle eder. Karaciğerde
kortizol, anahtar enzim PEP karboksikinazın sentezini stimüle ederek glukoneogenezi
devam ettirir. Glukagon da bu etkiye sahiptir fakat insülin zıt etkiye sahiptir. Bu yolla
üretilen glukoz, glikojen şeklinde karaciğerde depolanır veya enerji için acil glukoza
gereksinen dokulara taşınır. Bu metabolik değişikliklerin net etkisi kan glukozunu yükseltip
daha sonra normal düzeyine getirmek ve glikojen depolamaktır. Bundan dolayı kortizolün
etkileri insülin etkileriyle karşılıklı dengeli etkileşim içindedir.
277
ve kandaki (ketonemi) ve idrardaki derişiminin çok fazla miktarda artışıyla (ketonüri)
sonuçlanır.
Keton cisimlerini oluşturmak üzere triaçilgliserollerin oksidasyonu iyonlaşabilen
karboksilik asitleri oluşturur. Bu, kontrol altına alınmamış diyabette kanın bikarbonat
tampon sisteminin kapasitesini aşabilir ve kan pH’ sını düşürerek asidoz oluşturur veya
ketosizle birlikte olduğunda ketoasidoz oluşur ki bu yaşamı tehdit eden bir durumdur.
Kan ve idrarda yapılan biyokimyasal ölçümler, metabolizmada çok büyük
değişikliklere sebep olan diyabetin tanı ve tedavisinde esansiyeldir. Duyarlı bir tanı kriteri
glukoztolerans testiyle sağlanır. Bir gecelik açlıktan sonra, hasta test dozu olan 100 g
glukozun suda çözünmüş şeklini içer. Kan glukoz derişimi, test dozu alınmadan önce
ölçülür ve alındıktan sonra birkaç saat boyunca 30 dakika aralıklarla ölçülür. Normal bir
birey glukozu hemen sindirir ve kan glukozu 9 veya 10 mM’ dan daha yükseğe çıkmaz.
İdrarda çok az glukoz görülür veya hiç görülmez. Diyabetik bireyler glukozun test dozunu
zayıf bir şekilde sindirirler. Kan glukoz düzeyleri böbrek eşik değerinin (yaklaşık l0mM)
çok üzerindedir, bu nedenle idrarlarında glukoz belirir.
278
norepinefrin, beyin ve düz kaslarda belli sinapslarda nörotransmitör olarak hareket eder ve
aynı zamanda karaciğer ve kasta yakıt metabolizmasını düzenleyen hormonlar olarak iş
görür.
279
etkiler göstermesine imkan tanır ve yüksek ilgili etkileşim, hücrelerin çok düşük
derişimlerdeki hormonlara yanıt vermesini mümkün kılar.
Hormon ve reseptörün birbiriyle karşılaşma bölgesi, hormon tipine bağlı olarak
hücre dışı, sitozolik veya nüklear olabilir. Hormon–reseptör etkileşiminin hücre içi
sonuçları genel olarak dört çeşittir:(1) bir hormon–kapılı iyon kanalının açılması veya
kapanması sonucu zar potansiyelinde bir değişiklik; (2) bir reseptör–enzim kompleksinin
hücre dışı hormon tarafından aktifleştirilmesi; (3) hücre içinde bazı anahtar enzim veya
enzimlerin allosterik düzenleyicisi olarak davranan cAMP veya inozitol trifosfat gibi bir
ikincil mesajcının üretilmesi; (4) bir nüklear hormon reseptör proteini tarafından
yönlendirilen bazı genlerin ifadelenme düzeyinde bir değişiklik olması.
Suda çözünen peptit ve amin hormonlar (örneğin, insülin ve epinefrin), plazma
zarına tutunan hücre–yüzey reseptörlerine bağlanarak hedef hücrelerin dış yüzünden etkili
olurlar (Şekil 14.12.). Hormon, reseptörün hücre dışı bölümüne bağlandığı zaman reseptör,
bir allosterik enzime bir modülatör molekül bağlandığında oluşan değişikliğe benzer bir
yapısal değişikliğe uğrar. Bu yapısal değişiklik, hormonların etkilerinin başlatılmasını
sağlar.
Bir hormon–reseptör kompleksi oluşurken tek bir hormon molekülü, pek çok ikincil
mesajcı molekülleri üreten bir katalizörü aktifleştirir, böylece reseptör sadece bir sinyal
ileticisi olarak değil, aynı zamanda sinyal büyütücüsü olarak da iş görür. Pek çok hormon,
sinyal kaskatı (oluşum prosesleri) aracılığıyla etki gösterir, bu kaskatın her bir basamağında
bir katalizör bir diğer katalizörü aktifleştirir ve orijinal sinyal çok fazla büyütülmüş olur.
Sinyal kaskatına bir örnek, glikojen sentezi ve yıkımının düzenlenmesinde epinefrin ta-
rafından oluşturulur. Epinefrin, adenilil siklazı (reseptörü aracılığıyla) aktifleştirir, adenilil
siklaz reseptöre bağlı her bir hormon molekülü için pek çok cAMP molekülü oluşturur.
Suda çözünmeyen hormonlar (steroit, retinoit ve tiroit hormonları), çekirdekteki
reseptör proteinlerine ulaşmak için kendi hedef hücrelerinin plazma zarından hemen geçer
(Şekil 14.12). Bu sınıftaki hormonlar, hormon–reseptör kompleksi oluşturarak mesajı
taşırlar; bu kompleks, hücrenin enzimatik içeriğini ve dolayısıyla metabolizmasını
değiştiren spesifik genlerin ifadelenmesini değiştirmek üzere DNA ile etkileşime girer.
280
Şekil 14.12. Hormon etki mekanizmaları.
Peptid ve amin hormonlar, steroit ve tiroid
hormonlardan daha hızlı etki gösterirler.
Plazma zarı reseptörleri aracılığıyla etki gösteren hormonlar, genellikle çok hızlı
oluşan fizyolojik veya biyokimyasal cevapları başlatırlar. Epinefrin, adrenal medulladan
kana salgılandıktan sadece saniyeler sonra, iskelet kası glikojen yıkımını artırarak cevap
verir. Bunun aksine, tiroit hormonları ve cinsiyet (steroit) hormonları hedef dokularda
saatler hatta günler sonra cevap oluşturur. Cevap zamanındaki bu farklılıklar, etki
şekillerinin farklı olmasıyla açıklanır. Genelde, hızlı etki oluşturan hormonlar hücrede daha
önceden var olan bir ya da daha çok enzimin aktivitesinde allosterik mekanizmalar veya
enzimlerin kovalent modifikasyonuyla bir değişikliğe yol açar. Yavaş etki oluşturan
hormonlar genellikle gen ifadelenmesini etkileyerek düzenlenilen protein sentezinde az çok
değişiklik oluşturur.
281
Hormonlar, salgılandıkları noktadan hedef dokulara ulaşma yoluna göre de
sınıflandırılabilir. Endokrin hormonlar, kana salıverilir ve vücut içinde hedef hücrelere
taşınır. Parakrin hormonlar, bir hücreden hücre dışı alana salıverilir ve komşu hedef
hücrelere difüzlenir. Otokrin hormonlar, bir hücreden salıverilir ve kendi yüzey
reseptörlerine bağlanarak aynı hücrede etki gösterir.
Memeliler, hormonal iletim sistemlerine sahip olan yegane canlılardır. Bitkiler de
farklı dokularındaki aktiviteleri düzenlemek için hormonal sinyalleri kullanır. Memeli
hormonlarının yapısal farklılıklığını ve etki düzeylerini göstermek için Tablo 14.6’ da
başlıca sınıflara ait birer örnek verilmiştir.
282
içinde bir ikincil mesajcının (cAMP, Ca+2, ve diğerleri) oluşmasına neden olurlar. İkincil
mesajcılar bazı hücre içi enzimlerin aktivitesini değiştirerek hücrelerin metabolizmasını
etkilerler.
Şekil 14.13. İnsülin. Olgun insülin, daha büyük öncülü preproinsülinden proteolitik süreçle
oluşturulur. Preproinsülinin amino ucundan 23 aminoasidin (sinyal dizisi)
uzaklaştırılması ve üç disülfid bağının oluşumuyla proinsülin meydana gelir. Daha
ileri proteolitik kesim proinsülinden C peptidi çıkarır ve geride A ve B zincirlerinden
oluşan olgun insülin kalır. Şekil 3.14’ de insülinin aminoasit dizisi verilmiştir.
283
Tirozin L-DOPA Dopamin Norepinefrin Epinefrin
Şekil 14.14. Tirozinden epinefrin ve norepinefrin sentezi.
Fosfolipitler
284
ve bir dereceye kadar adrenal kortekste sentezlenirler. Bu hormonların sentezleri aynı
zamanda kolesterolün yan zincirini koparan ve yapıya oksijen atomlarını sokan sitokrom P–
450 enzimlerini içerir. Bu hormonlar, cinsel gelişimi, cinsel davranışı, üremeyle ilgili ve
ilgili olmayan diğer işlevleri etkiler.
Kolesterol
Progesteron
Östradiol
(cinsiyet hormonları)
UV ışığı
D3 vitmini (kolekalsiferol)
25-Hidroksikolekalsiferol
1,25-Hidroksikolekalsiferol
285
karaciğerde A vitamininden sentezlenir (Şekil 14.18) ve pek çok doku retinolü retinoik asit
(RA) hormonuna dönüştürür. Tüm dokular retinoitlerin hedefidir, çünkü hücre tiplerinin
tümü en azından bir nükleer retinoit reseptör formuna sahiptir. Yetişkinlerdeki başlıca
hedefler, kornea, deri, akciğer ve trakeanın epitel hücreleri ve immün sistemdir. RA,
büyüme ve farklılaşma için esansiyel olan proteinlerin sentezini düzenler.
-karoten
A1 vitmini (Retinol)
Retinoik asit
Şekil 14.18. Retinoik asit sentezi.
Tiroglobülin (Tyr)
Şekil 14.19. Tiroit hormonlarının sentezi.
Tiroglobülin (Tyr-I)
[iyotlanmış Tyr kalıntıları]
Proteoliz
Nitrik Oksit (NO): Nitrik oksit, nitrit oksit sentaz tarafından katalizlenen bir
tepkimede argininin guanidino azotu ve moleküler oksijenden sentezlenen göreceli
olarak kararlı bir serbest radikaldir (Şekil 14.20.).
O2 + NADPH NADP+
286
Bu enzim pek çok dokuda ve hücre tipinde bulunur: nöronlar, makrofajlar,
hepatositler, düz kas hücreleri, kan damarlarının endotel hücreleri ve böbreğin epitel
hücreleri. NO, salgılandığı bölgenin yakınında etki gösterir, hedef hücreye girer ve ikincil
mesajcı cGMP’ nin oluşumunu katalizleyen sitozolik enzim guanilil siklazı aktifleştirir.
Kalp kasında cGMP, düşük bir sitozolik Ca2+ konsantrasyonunu sağlayan iyon pompalarını
uyarmak suretiyle daha az güçlü kasılmaya yol açar.
Nitrik oksit dayanıksızdır ve aktivitesi kısa sürelidir. Oluştuktan sonra saniyelerle
ifade edilen sürelerde nitrit veya nitrata yükseltgenir. Nitrogliserin yavaşça NO’ ya
dönüştüğü için, kalp kasının uzun süreli gevşemesine yol açar.
287
14.5. KAHVERENGİ YAĞDAKİ EŞLEŞMEMİŞ MİTOKONDRİ ISI ÜRETİR
Birçok yeni doğan memelide (insanda dahil) kahverengi yağ denilen bir tip yağ
dokusu vardır. Bu doku, yakıt oksidasyonundan ATP elde etmez, ısı oluşturarak yeni doğanı
sıcak tutar. Bu özel yağ dokusu, çok sayıda mitokondri ve sitokrom bulundurduğundan
kahve renklidir.
Kahverengi yağ dokusu mitokondrisi, diğer memeli hücrelerden farklı olarak iç
membranda özgül bir proteine sahiptir. Termojen (ayırıcı protein) denilen bu protein,
protonları F0 F1kompleksinden geçirmeksizin, onların matrikse dönmesi için bir yol sağlar.
Protonların bu kısa turun bir sonucu olarak, oksidasyon enerjisi ATP sentezinde
kullanılamaz ve ısı enerjisi olarak açığa çıkar. Bu ısı da yeni doğanın vücut ısısını korur.
Kış uykusuna yatan hayvanlarda uzun uykuları boyunca ısı oluşturulması da kahverengi yağ
dokularındaki eşleşmemiş mitokondrilere bağlıdır.
288
KAYNAKLAR
1. Bingöl, G., (1983), Biyokimya, Hacettepe –TAŞ Kitapcılık ltd. Şti. Yayını.
2. Champe, P.C., Harvey, R.A., Ferrier, D.R., (2007), Biyokimya (Lippicott’s Illustrated
Reviews Serisinden, Çeviri Editörü: Ulukaya, E.), Istanbul, Nobel Tıp Biyokimya, 3.
Baskı, ISBN: 987-975-420-579-4.
3. Conn, E.E., Stumpf, P.K., (1976), Outlines of Biochemistry, Fourth Edition, John
Willey and Sons, INC, New York, USA.
4. Gözükara, E.M., (1997), Biyokimya (Cilt 1 ve Cilt 2), İstanbul, Nobel Tıp Kitapevi,
Üçüncü Baskı.
5. Güner, S., (2007), Biyokimya, Karadeniz Teknik Üniversitesi Yayınları, Trabzon, No:
224.
6. Gürdöl, F., Ademoğlu, E., (2006), Biyokimya, Nobel Tıp Kitapevleri, İstanbul. ISBN:
975-420-462-4.
7. Keha E., Küfrevioğlu, İ., (2005), Biyokimya, İstanbul, Aktif Yayınevi, 2. Baskı, ISBN:
975-6755-20-02.
8. Montgomery, R., Conway, T.M., Spector, A.A., Chappell, D., (2000), Biyokimya (Olgu
Sunumlu Yaklaşım, Çeviri Editörü: Altan, N.), Palme Yayıncılık, Altıncı Baskıdan
Çeviri, ISBN: 975-7477-67-2.
9. Montgomery, R., Dryer, R.L., Conway, T.W., Spector, A.A., (1977), Biochemistry (A
Case-orientted Approach), Second Edition, Saint Louis, The C. V. Mosby Company,
ISBN 0-8016-3469-5.
10. Murray, R.K., Granner, D.K., Mayes, P.A., Rodwell, V.W., Çeviri: Dikmen, n.,
Özgünen , T., (1998), Adana, Harper’in Biyokimyası, 24. Baskı, barış kitabevi, ISBN:
975-95-331-1-1.
11. Nelson, D.L., Cox, M.M., (2005), Lehninger Biyokimyanın İlkeleri (Çeviri Editörü:
Kılıç, N.), Ankara, Palme Yayıncılık, Üçüncü Baskıdan Çeviri, ISBN:1-57259-931-6.
12. Tekman, Ş., Öner, N., (1981), Ankara, Genel Biykimya, İstanbul Üniversitesi yayınları
No. 2810, Eczacılık Fakültesi No. 30, Üçüncü Baskı. İstanbul.
13. Tüzün, C., (1992), Biyokimya, Ankara, Palme Yayınları, İkinci Baskı, Tıp Serisi: 111.
14. Tüzün, C., (1993), Medikal Biyokimya, Palme Yayınları, Ankara, Tıp Serisi: 112,
ISBN: 975-7477-05-2.
15. Voet, D., Voet, J.G., (1990). Biochemistry, Jhon Willey and Sons, Canada. ISBN:
QP514.2.V64.
289