Stochastic Processes in Cell Biology

Volume I 2nd Edition Paul C Bressloff

Visit to download the full and correct content document:
https://ebookmeta.com/product/stochastic-processes-in-cell-biology-volume-i-2nd-edit
ion-paul-c-bressloff/
More products digital (pdf, epub, mobi) instant
download maybe you interests ...

Stochastic Processes in Cell Biology Volume I 2nd

Edition Paul C. Bressloff

https://ebookmeta.com/product/stochastic-processes-in-cell-
biology-volume-i-2nd-edition-paul-c-bressloff-2/

Stochastic Processes in Cell Biology Volume II 2nd

Edition Paul C Bressloff

https://ebookmeta.com/product/stochastic-processes-in-cell-
biology-volume-ii-2nd-edition-paul-c-bressloff/

Cell Biology Genetics and Molecular Biology 2nd Edition

Dipak Kumar Kar

https://ebookmeta.com/product/cell-biology-genetics-and-
molecular-biology-2nd-edition-dipak-kumar-kar/

Stochastic Calculus of Variations For Jump Processes

2nd Edition Yasushi Ishikawa

https://ebookmeta.com/product/stochastic-calculus-of-variations-
for-jump-processes-2nd-edition-yasushi-ishikawa/
Bioreactors in Stem Cell Biology Kursad Turksen

https://ebookmeta.com/product/bioreactors-in-stem-cell-biology-
kursad-turksen/

Current Progress in iPSC Disease Modeling (Volume 14)

(Advances in Stem Cell Biology, Volume 14) 1st Edition
Alexander Birbrair (Editor)

https://ebookmeta.com/product/current-progress-in-ipsc-disease-
modeling-volume-14-advances-in-stem-cell-biology-volume-14-1st-
edition-alexander-birbrair-editor/

Correlative Light and Electron Microscopy IV (Volume

162) (Methods in Cell Biology, Volume 162) 1st Edition
Thomas Muller-Reichert (Editor)

https://ebookmeta.com/product/correlative-light-and-electron-
microscopy-iv-volume-162-methods-in-cell-biology-volume-162-1st-
edition-thomas-muller-reichert-editor/

Stochastic Processes Harmonizable Theory 1st Edition

M.M. Rao

https://ebookmeta.com/product/stochastic-processes-harmonizable-
theory-1st-edition-m-m-rao/

Diffusion Processes, Jump Processes, and Stochastic

Differential Equations First Edition Wojbor A.
Woyczy■ski

https://ebookmeta.com/product/diffusion-processes-jump-processes-
and-stochastic-differential-equations-first-edition-wojbor-a-
woyczynski/
Interdisciplinary Applied Mathematics

Volume 41

Series Editors
Anthony Bloch, University of Michigan, Ann Arbor, MI, USA
Charles L. Epstein, University of Pennsylvania, Philadelphia, PA, USA
Alain Goriely, University of Oxford, Oxford, UK
Leslie Greengard, New York University, New York, USA

Advisory Editors
L. Glass, McGill University, Montreal, QC, Canada
R. Kohn, New York University, New York, NY, USA
P. S. Krishnaprasad, University of Maryland, College Park, MD, USA
Andrew Fowler, University of Oxford, Oxford, UK
C. Peskin, New York University, New York, NY, USA
S. S. Sastry, University of California, Berkeley, CA, USA
J. Sneyd, University of Auckland, Auckland, New Zealand
Rick Durrett, Duke University, Durham, NC, USA
Problems in engineering, computational science, and the physical and biological
sciences are using increasingly sophisticated mathematical techniques. Thus, the
bridge between the mathematical sciences and other disciplines is heavily traveled.
The correspondingly increased dialog between the disciplines has led to the
establishment of the series: Interdisciplinary Applied Mathematics.
The purpose of this series is to meet the current and future needs for the
interaction between various science and technology areas on the one hand and
mathematics on the other. This is done, firstly, by encouraging the ways that
mathematics may be applied in traditional areas, as well as point towards new and
innovative areas of applications; and secondly, by encouraging other scientific
disciplines to engage in a dialog with mathematicians outlining their problems to
both access new methods as well as to suggest innovative developments within
mathematics itself.
The series will consist of monographs and high-level texts from researchers
working on the interplay between mathematics and other fields of science and
technology.

More information about this series at https://link.springer.com/bookseries/1390

Paul C. Bressloff

Stochastic Processes in Cell

Biology
Volume I

Second Edition

123
Paul C. Bressloff
Department of Mathematics
University of Utah
Salt Lake City, UT, USA

ISSN 0939-6047 ISSN 2196-9973 (electronic)

Interdisciplinary Applied Mathematics
ISBN 978-3-030-72514-3 ISBN 978-3-030-72515-0 (eBook)
https://doi.org/10.1007/978-3-030-72515-0
Mathematics Subject Classification: 35K57, 35Q84, 35Q92, 35B25, 60G07, 60J10, 60J60, 60J65,
60K20, 60K37, 82B05, 82B31, 82C03, 82C31, 82C26, 82D60, 92C05, 92C10, 92C37, 92C40, 92C45,
92C15

1st edition: © Springer International Publishing Switzerland 2014

2nd edition: © Springer Nature Switzerland AG 2021
This work is subject to copyright. All rights are reserved by the Publisher, whether the whole or part
of the material is concerned, specifically the rights of translation, reprinting, reuse of illustrations,
recitation, broadcasting, reproduction on microfilms or in any other physical way, and transmission
or information storage and retrieval, electronic adaptation, computer software, or by similar or dissimilar
methodology now known or hereafter developed.
The use of general descriptive names, registered names, trademarks, service marks, etc. in this
publication does not imply, even in the absence of a specific statement, that such names are exempt from
the relevant protective laws and regulations and therefore free for general use.
The publisher, the authors and the editors are safe to assume that the advice and information in this
book are believed to be true and accurate at the date of publication. Neither the publisher nor the
authors or the editors give a warranty, expressed or implied, with respect to the material contained
herein or for any errors or omissions that may have been made. The publisher remains neutral with regard
to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.

This Springer imprint is published by the registered company Springer Nature Switzerland AG
The registered company address is: Gewerbestrasse 11, 6330 Cham, Switzerland
To Alessandra and Luca
Preface to 2nd edition

This is an extensively updated and expanded version of the first edition. I have
continued with the joint pedagogical goals of (i) using cell biology as an illustrative
framework for developing the theory of stochastic and nonequilibrium processes,
and (ii) providing an introduction to theoretical cell biology. However, given the
amount of additional material, the book has been divided into two volumes, with

First Edition Second Edition I First Edition Second Edition II

2: Random 2: Random
5: Sensing the environment 10: Sensing the environment
walks and diffusion walks and diffusion

3: Stochastic ion 3: Protein receptors and 11.Intracellular pattern

9: Self organization: reaction
channels ion channels formation and RD processes
-diffusion

4: Polymers and 12. Statistical mechanics and

4: Molecular motors dynamics of polymers and
molecular motors
membranes

6: Stochastic gene 5: Stochastic gene 13. Self-organization and self

expression expression assembly of cellular structures

6: Diffusive transport
7: Stochastic 8: Self organization: active 14. Dynamics and regulation
models of transport processes of cytoskeletal structures
7: Active transport

10: The WKB method, path 8: The WKB method, path 15: Bacterial population
integrals and large deviations integrals and large deviations growth/collective behavior

11: Probability theory and 9: Probability theory and

16: Stochastic RD processes
martingales martingales

Mapping from the 1st to the 2nd edition

vii
viii Preface to 2nd edition

Volume I mainly covering molecular processes and Volume II focusing on cellular

processes. The latter also includes significantly expanded material on nonequilib-
rium systems: intracellular pattern formation and reaction–diffusion processes,
statistical physics, and the dynamics/self-organization of cellular structures.
The mapping from the first to the second edition is shown in the diagram. In
Volume I, the chapter on intracellular transport processes has been split into two
chapters, covering diffusive and active processes, respectively. There are four com-
pletely new chapters in Volume II: statistical mechanics of polymers and mem-
branes; self-organization and assembly of cellular structures; bacterial population
growth and collective behavior; stochastic reaction–diffusion processes. The other
three chapters have been significantly expanded.
Major new topics include the following: theory of continuous-time Markov chains
(Chapter 3); first passage time problems with (nucleating) sticky boundaries
(Chapter 4); genetic oscillators, the repressilator, the degrade-and-fire model, delay
differential equations, theory of chemical reaction networks, promoter dynamics,
transcriptional bursting and queuing theory, epigenetics, gene expression, and
morphogen gradients (Chapter 5); molecular crowding and homogenization theory,
percolation theory, narrow capture problems, extreme statistics, diffusion in ran-
domly switching environments, and stochastically gated gap junctions (Chapter 6);
reversible vesicular transport in axons, distribution of resources across multiple
targets and queuing theory, and stochastic resetting (Chapter 7); metastability in
gene networks, Brownian functionals, large deviation theory, generalized central
limit theorems, and Levy stable distributions (Chapter 8); phosphorylation–de-
phosphorylation cycles and ultrasensitivity, Goldbeter–Koshland model, photore-
ceptors and phototransduction, Poisson shot noise, linear response theory,
eukaryotic gradient sensing, the local excitation/global inhibition (LEGI) model of
adaptation in gradient sensing, and maximum likelihood estimation (Chapter 10);
robustness and accumulation times of protein gradients, non-classical mechanisms
for protein gradient formation, pattern formation in mass conserving systems, cou-
pled PDE-ODE systems, cell polarization in fission yeast, pattern formation in
hybrid reaction-transport systems, pattern formation on growing domains, synapto-
genesis in C. elegans, protein clustering in bacteria, multispike solutions far from
pattern onset, reaction–diffusion models of intracellular traveling waves, pulled and
pushed fronts (Chapter 11); elastic rod model of flexible polymers, worm-like chains,
curvature and torsion, stress and strain tensors, membrane fluctuations and curva-
ture, polymer networks, viscoelasticity and reptation, nuclear organization, and
Rouse model of DNA dynamics (Chapter 12); classical theories of phase separation,
spinodal decomposition and Ostwald ripening, phase separation of biological con-
densates, Becker–Döring model of molecular aggregation, self-assembly of phos-
pholipids, and active membranes (Chapter 13); doubly stochastic Poisson model of
flagellar length control, diffusion–secretion model of filament length control, cell
adhesion, motor-clutch model of crawling cells, growth of focal adhesions, varia-
tional method for free energy minimization, and cytoneme-based morphogen gra-
dients (Chapter 14); age-structured models of population growth and cell size
Preface to 2nd edition ix

regulation, bacterial persistence and phenotypic switching, stochastic models of

population extinction, bacterial quorum sensing, synchronization of genetic oscil-
lators, and biofilms (Chapter 15); stochastic reaction diffusion processes, stochastic
Turing patterns, non-normality and noise-induced pattern amplification, statistical
field theory, diagrammatic expansions and the renormalization group, and stochastic
traveling waves (Chapter 16).
Meaning no disrespect to vegetarians, I do not explicitly cover plant cells.
However, many of the mechanisms and concepts developed in this book would still
apply. Chapter 15 on bacterial population growth suggests another natural extension
of the current book, namely, stochastic and nonequilibrium processes at the multi-
cellular and tissue levels, including biological neural networks, immunology, col-
lective cell migration, cell development, wound healing, and cancer. This would
involve additional topics such as cell-to-cell signaling, the propagation of intercellular
signals, nonlocal differential and integral equations, physical properties of the
extracellular matrix, and network theory. Clearly ripe themes for a possible third
volume!

Acknowledgements

There are many applied mathematicians, physical scientists, and life scientists upon
whose sturdy shoulders I have stood during the writing of this book, and whose work
is featured extensively in the following pages. I apologize in advance if I have
excluded anyone or didn't do proper justice to their contributions. It should also be
noted that the relatively large number of self-citations is not a reflection of the
significance of my own work in the field, but a consequence of the fact that I am
most familiar with my own work! Finally, I would like to thank my wife Alessandra
and son Luca (the Shmu) for their continuing love and support.

Salt Lake City, UT, USA Paul C. Bressloff

Preface to 1st edition

In recent years there has been an explosion of interest in the effects of noise in cell
biology. This has partly been driven by rapid advances in experimental techniques,
including high-resolution imaging and molecular-level probes. However, it is also
driven by fundamental questions raised by the ubiquity of noise. For example, how
does noise at the molecular and cellular levels translate into reliable or robust
behavior at the macroscopic level? How do microscopic organisms detect weak
environmental signals in the presence of noise? Have single-cell and more complex
organisms evolved to exploit noise to enhance performance? In light of the above,
there is a growing need for mathematical biologists and other applied mathemati-
cians interested in biological problems to have some background in applied proba-
bility theory and stochastic processes. Traditional mathematical courses and
textbooks in cell biology and cell physiology tend to focus on deterministic models
based on differential equations such as the Hodgkin-Huxley and FitzHugh-Nagumo
equations, chemical kinetic equations, and reaction-diffusion equations. Although
there are a number of well-known textbooks on applied stochastic processes, they are
written primarily for physicists and chemists or for population biologists. There are
also several excellent books on cell biology written from a biophysics perspective.
However, these assume some background in statistical physics and a certain level of
physical intuition. Therefore, I felt that it was timely to write a textbook for applied
mathematicians interested in learning stochastic processes within the context of cell
biology, which could also serve as an introduction to mathematical cell biology for
statistical physicists and applied probabilists.
I started my interest in stochastic cell biology, as distinct from my work in
mathematical neuroscience, around eight years ago when I volunteered to teach a
course in biophysics for the mathematical biology graduate program at Utah. I was
immediately fascinated by the molecular processes underlying the operation of a cell,
particularly the mechanisms for transporting proteins and other macromolecules to
the correct subcellular targets at the correct times. Such an issue is particularly acute
for neurons, which are amongst the largest and most complex cells in biology. In
healthy cells, the regulation of protein trafficking within a neuron provides an

xi
xii Preface to 1st edition

important mechanism for modifying the strength of synaptic connections between

neurons, and synaptic plasticity is generally believed to be the cellular substrate of
learning and memory. On the other hand, various types of dysfunction in protein
trafficking appear to be a major contributory factor to a number of neurodegener-
ative diseases associated with memory loss including Alzheimer’s disease.
In writing this book, I have gone back to my roots in theoretical physics, but
refracted through the lens formed by many years working in applied mathematics.
Hence, the book provides extensive coverage of analytical methods such as initial
boundary value problems for partial differential equations, singular perturbation
theory, slow/fast analysis and quasi-steady-state approximations, Green’s functions,
WKB methods and Hamilton-Jacobi equations, homogenization theory and
multi-scale analysis, the method of characteristics and shocks, and reaction-diffusion
equations. I have also endeavored to minimize the use of statistical mechanics,
which is not usually part of a mathematician’s tool-kit and requires a certain level of
physical intuition. It is not possible to avoid this topic completely, since many
experimental and theoretical papers in cell biology assume some familiarity with
terms such as entropy, free energy and chemical potential. The reason is that
microscopic systems often operate close to thermodynamic equilibrium or asymp-
totically approach thermodynamic equilibrium in the long-time limit. This then
imposes constraints on any model of the underlying stochastic process. In most
cases, one can understand these constraints by considering the Boltzmann-Gibbs
distribution of a macromolecule in thermodynamic equilibrium, which is the
approach I take in this book.
There are two complementary approaches to modeling biological systems. One
involves a high level of biological detail and computational complexity, which means
that it is usually less amenable to mathematical analysis than simpler reduced models.
The focus tends to be on issues such as parameter searches and data fitting, sensitivity
analysis, model reductions, numerical convergence, and computational efficiency.
This is exemplified by the rapidly growing field of systems biology. The other
approach is based on relatively simple conceptual or “toy” models, which are ana-
lytically tractable and, hopefully, capture essential features of the phenomena of
interest. In this book I focus on the latter for pedagogical reasons and because of my
own personal tastes. In the introductory chapter, I summarize some of the basic
concepts in stochastic processes and non-equilibrium systems that are used
throughout the book, describe various experimental methods for probing noise at the
molecular and cellular levels, give a brief review of basic probability theory and
statistical mechanics, and then highlight the structure of the book. In brief, the book
is divided into two parts: Part I (Foundations) and Part II (Advanced Topics). Part I
provides the basic foundations of both discrete and continuous stochastic processes
in cell biology. It's five chapters deal with diffusion, random walks and the
Fokker-Planck equation (chapter 2), discrete Markov processes and chemical reac-
tion networks (chapter 3), polymers and molecular motors (chapter 4), gene
expression and regulatory networks (chapter 5), and biochemical signaling and
adaptation (chapter 6). Part II covers more advanced topics that build upon the ideas
and techniques from part I. Topics include transport processes in cells (chapter 7),
Preface to 1st edition xiii

self-organization in reaction-diffusion models (chapter 8), self-organization of the

cytoskeleton (chapter 9), WKB methods for escape problems (chapter 10), and some
more advanced topics in probability theory (chapter 11). The chapters are supple-
mented by additional background material highlighted in gray boxes, and numerous
exercises that reinforce the analytical methods and models introduced in the main
body of the text. I have attempted to make the book as self-contained as possible.
However, some introductory background in partial differential equations, integral
transforms, and applied probability theory would be advantageous.
Finally, this book should come with a “government health warning.” That is,
throughout most of the book, I review the simplest mechanistic models that have
been constructed in order to investigate a particular biological phenomenon or
illustrate a particular mathematical method. Although I try to make clear the
assumptions underlying each model, I do not carry out a comparative study of
different models in terms of the degree of quantitative agreement with experimental
data. Therefore, the reader should be cautioned that the models are far from the last
word on a given phenomenon, and the real biological system is usually way more
complicated than stated. However, it is hoped that the range of modeling and
analytical techniques presented in this book, when combined with efficient numer-
ical methods, provide the foundations for developing more realistic, quantitative
models in stochastic cell biology.

Salt Lake City, UT, USA Paul C. Bressloff

Organization of volumes I and II

Volume I: Molecular processes

The first volume begins with a short introduction to probability theory and statistical
mechanics (Chapter 1). Chapter 2 presents two microscopic theories of diffusion in
cells, one based on random walks and the other on overdamped Brownian motion.
The latter leads to the theory of continuous Markov processes. Two complementary
approaches to formulating continuous Markov process are developed, one in terms
of the sample paths generated by a stochastic differential equation (SDE) or
Langevin equation, and the other in terms of the Fokker–Planck (FP) equation
describing the evolution of the probability density of possible paths. In the former
case, a basic introduction to stochastic calculus is given, focusing on the rules for
integrating an SDE in order to obtain an expression that can be used to generate
moments of the stochastic process. The distinction between Ito and Stratonovich
interpretations of multiplicative noise is explained in some detail. It is also shown
how, in the case of linear SDEs, Fourier methods can be used to determine the
power spectrum, which is important in quantifying the linear response properties of
a noisy system. The FP equation, which is a deterministic partial differential equa-
tion (PDE) that generalizes the diffusion equation, is then analyzed using standard
methods in the theory of linear PDEs: separation of variables, transform methods,
Green's functions, and eigenfunction expansions. Many quantities measured by
experimentalists can be interpreted mathematically in terms of the solution to a first
passage time (FPT) problem. Using the fact that the distribution of first passage
times satisfies a backward FP equation, the mean FPT is shown to satisfy a boundary
value problem. This is then used to derive the classical Kramer’s rate formula for
escape across a potential barrier. Noise-induced changes in the effective potential
(quasi-potential) in the presence of multiplicative noise are also discussed. Finally,
some numerical methods for solving SDEs are reviewed.
Chapter 3 covers some of the main molecular players in cell signaling and trans-
duction, namely, receptors and ion channels. After briefly summarizing the most
common types of receptors, some simple kinetic models of cooperative binding are

xv
xvi Organization of volumes I and II

introduced, including the Monod-Wyman-Changeaux model and the Ising model.

These provide one mechanism for a cell to amplify signals from the extracellular
environment. Following a description of various single ion channel models, the
stochastic dynamics of an ensemble of independent ion channels is formulated in
terms of a birth–death process. The latter is an example of a discrete Markov process
or Markov chain. It is shown how the probability distribution for the number of
open ion channels evolves according to a corresponding birth–death master equa-
tion. Two models of stochastic ion channels are then explored, a conductance-based
model of spontaneous action potential generation in a neuron, which is driven by the
random opening and closing of voltage-gated ion channels, and the spontaneous
release of calcium puffs and sparks by ligand-gated ion channels. In both cases, the
occurrence of spontaneous events can be analyzed in terms of a FPT problem.
Finally, the general theory of continuous-time Markov chains is reviewed, including a
discussion of the Perron–Frobenius theorem and an introduction to Poisson pro-
cesses. There are a number of systems considered in subsequent chapters where the
signal received by a biochemical sensor involves a sequence of discrete events that
can be modeled as a Poisson process. Examples include the arrival of photons at
photoreceptors of the retina, and the arrival of action potentials (spikes) at the
synapse of a neuron. Another type of event is the random arrival of customers at
some service station, resulting in the formation of a queue. However, these processes
are typically non-Markovian.
Chapter 4 describes how random walks and SDEs are used to model polymerization
and molecular motor dynamics. Polymerization plays a major role in the
self-organization of cytoskeletal structures, whereas molecular motors “walking”
along polymer filaments constitute a major active component of intracellular
transport. The analysis of polymerization focuses on the Dogterom–Leibler model of
microtubule catastrophes, which takes the form of a two-state velocity-jump process
for the length of a microtubule. The effects of nucleation and constrained growth are
taken into account, and FPT problems with “sticky” boundaries are analyzed using
the theory of conditional expectations, stopping times, and strong Markov processes.
The FP equation for a Brownian particle moving in a periodic ratchet (asymmetric)
potential is then analyzed. It is shown that the mean velocity of the Brownian
particle is zero, which implies that the periodicity of the potential must be broken for
a molecular motor to perform useful work against an applied load. One such
mechanism is to rectify the motion, as exemplified by polymerization and translo-
cation ratchets. A qualitative model of processive molecular motors is then intro-
duced, based on a flashing Brownian ratchet. It is shown how useful work can be
generated if the motor switches between different conformational states (and cor-
responding potentials) at rates that do not satisfy detailed balance; this is achieved
via the hydrolysis of adenosine triphosphate (ATP). The theory of molecular motors
is further developed by considering two examples of the collective motion of an
ensemble of molecular motors: (i) the tug-of-war model of bidirectional vesicular
transport by opposing groups of processive motors; (ii) a model of interacting
motors attached to a rigid cytoskeletal backbone.
Organization of volumes I and II xvii

Chapter 5 covers the basics of stochastic gene expression and chemical reaction
networks. First, various deterministic rate models of gene regulatory networks are
described, including autoregulatory networks, the toggle switch, the lac operon, the
repressilator, NK-bB oscillators, and the circadian clock. Brief reviews of linear
stability analysis, Hopf bifurcation theory, and oscillations in delay differential
equations are also given. The analysis of molecular noise associated with low copy
numbers is then developed, based on the chemical master equation. Since chemical
master equations are difficult to analyze directly, a system-size expansion is used to
approximate the chemical master equation by an FP equation and its associated
chemical Langevin equation. Gillespie’s stochastic simulation algorithm for gener-
ating exact sample paths of a continuous-time Markov chain is also summarized.
Various affects of molecular noise on gene expression are then explored, including
translational bursting, noise-induced switching, and noise-induced oscillations. One
of the assumptions of many stochastic models of gene networks is that the
binding/unbinding of transcription factors at promoter sites is faster than the rates
of synthesis and degradation. If this assumption is relaxed, then there exists another
source of intrinsic noise known as promoter noise. The latter is modeled in terms of
a stochastic hybrid system, also known as a piecewise deterministic Markov process.
This involves the coupling between a continuous-time Markov chain and a contin-
uous process that may be deterministic or stochastic. The evolution of the system is
now described by a differential Chapman–Kolmogorov (CK) equation, which is a
mixture of a master equation and an FP equation. In the limit of fast switching, a
quasi-steady-state approximation is used to reduce the CK equation to an effective
FP equation. This is analogous to the system-size expansion of chemical master
equations. Various examples of networks with promoter noise are presented,
including a stochastic version of the toggle switch. It is shown how one of the major
effects of promoter noise, namely transcriptional bursting, can be analyzed using
queuing theory. Some time-limiting steps in gene regulation are then described,
including kinetic proofreading based on enzymatic reactions, and DNA transcrip-
tion times. The penultimate section consists of a brief introduction to epigenetics.
This concerns phenotypic states that are not encoded as genes, but as inherited
patterns of gene expression originating from environmental factors, and maintained
over multiple cell generations when the original environmental stimuli have been
removed. A number of epigenetic mechanisms are discussed, including the infection
of E. coli by the k phage DNA virus, and local mechanisms such as DNA methy-
lation and gene silencing by nucleosome modifications. Finally, the role of gene
expression in interpreting morphogen gradients during early development is
discussed.
Chapters 6 and 7 consider various aspects of intracellular transport, focusing on
diffusive and active transport, respectively. Chapter 6 begins by describing the
anomalous effects of molecular crowding and trapping, where the differences in
diffusive behavior at multiple time scales are highlighted. The classical
Smoluchowski theory of diffusion-limited reactions is then developed, with appli-
cations to chemoreception and to facilitated diffusion, which occurs when a protein
xviii Organization of volumes I and II

searches for specific DNA binding sites. Extensions of the classical theory to
stochastically gated diffusion-limited reactions and ligand rebinding in enzymatic
reactions are also considered. Next it is shown how Green’s functions and singular
perturbation theory can be used to analyze narrow escape and narrow capture
problems. The former concerns the escape of a particle from a bounded domain
through small openings in the boundary of the domain, whereas the latter refers to a
diffusion–trapping problem in which the interior traps are much smaller than the
size of the domain. An alternative measure of the time scale for diffusive search
processes is then introduced, based on the FPT of the fastest particle to find a target
among a large population of independent Brownian particles, which is an example of
an extreme statistic. This leads to the so-called “redundancy principle,” which pro-
vides a possible explanation for the apparent redundancy in the number of molecules
involved in various cellular processes, namely, that it accelerates search processes. In
certain examples of diffusive search, regions of a boundary may randomly switch
between open and closed states, which requires the analysis of PDEs in randomly
switching environments. In particular, it is shown how a common switching envi-
ronment can induce statistical correlations between noninteracting particles. The
analysis of randomly switching environments is then extended to the case of
molecular diffusion between cells that are coupled by stochastically gated gap
junctions. Finally, diffusive transport through narrow membrane pores and channels
is analyzed using the Fick–Jacobs equation and models of single-file diffusion.
Applications to transport through the nuclear pore complex are considered.
Chapter 7 begins by considering population models of axonal transport in neurons.
The stochastic dynamics of a single motor complex is then modeled in terms of a
velocity-jump process, which focuses on the transitions between different types of
motions (e.g., anterograde vs. retrograde active transport and diffusion vs. active
transport) rather than the microscopic details of how a motor performs a single step.
Transport on a 1D track and on higher-dimensional cytoskeletal networks are con-
sidered, including a model of virus trafficking. Next, the efficiency of transport pro-
cesses in delivering vesicular cargo to a particular subcellular domain is analyzed in
terms of the theory of random search-and-capture processes. The latter describe a
particle that randomly switches between a slow search phase (e.g., diffusion) and a
faster non-search phase (e.g., ballistic transport). In certain cases it can be shown that
there exists an optimal search strategy, in the sense that the mean time to find a target
can be minimized by varying the rates of switching between the different phases. The
case of multiple search-and-capture events, whereby targets accumulate resources, is
then analyzed using queuing theory. Another example of a random search process is
then introduced, in which the position of a particle (searcher) is reset randomly in
time at a constant rate. One finds that the MFPT to find a target is finite and has an
optimal value as a function of the resetting rate. Stochastic resetting also arises in
models of cell adhesion and morphogen gradient formation. Finally, it is shown how
the effects of molecular crowding of motors on a filament track can be modeled in
terms of asymmetric exclusion processes. In the mean-field limit, molecular crowding
can be treated in terms of quasi-linear PDEs that support shock waves.
Organization of volumes I and II xix

Chapters 8 and 9 cover more advanced topics. Chapter 8 focuses on methods for
analyzing noise-induced transitions in multistable systems, such as Wentzel–
Kramers–Brillouin (WKB) methods, path integrals, and large deviation theory. First,
WKB theory and asymptotic methods are used to the analyze noise-induced escape
in an SDE with weak noise. It is shown how the most likely paths of escape can be
interpreted in terms of least action paths of a path integral representation of the
SDE. An analogous set of analyses are also carried out for birth–death processes and
stochastic hybrid systems, which are illustrated using the examples of an autoregu-
latory gene network and a conductance-based neuron model. The path integral
representation of an SDE is then used to derive the Feynman–Kac formula for
Brownian functionals. The latter are random variables defined by some integral
measure of a Brownian path. Chapter 8 ends with a brief introduction to large
deviation theory, as well as a discussion of generalized central limit theorems and
Lévy stable distributions. Finally, Chapter 9 briefly reviews the theory of martingales
and applications to branching processes and counting processes.

Volume II: Cellular processes

Chapter 10 explores the general problem of detecting weak signals in noisy envi-
ronments. Illustrative examples include photoreceptors and shot noise, inner hair
cells and active mechano-transduction, and cellular chemotaxis. Various mecha-
nisms for signal amplification and adaption are described, such as phosphorylation–
dephosphorylation cycles, ultrasensitivity, and receptor clustering. The basic prin-
ciples of linear response theory are also introduced. The fundamental physical limits
of cell signaling are developed in some detail, covering the classical Berg–Purcell
analysis of temporal signal integration, and more recent developments based on
linear response theory, and maximum likelihood estimation. One of the useful fea-
tures of the latter approach is that it can be extended to take into account temporal
concentration changes, such as those that arise during bacterial chemotaxis. Bacteria
are too small to detect differences in concentrations across their cell bodies, so they
proceed by measuring and comparing concentrations over time along their swim-
ming trajectories. Some simple PDE models of bacterial chemotaxis, based on
velocity-jump processes, are also considered. In contrast to bacterial cells, eukaryotic
cells such as the social amoeba Dictyostelium discoideum are sufficiently large so
that they can measure the concentration differences across their cell bodies without
temporal integration. Various models of spatial gradient sensing in eukaryotes are
investigated, including the local excitation, global inhibition (LEGI) model, which
takes into account the fact that cells adapt to background concentrations.
Chapter 11 explores intracellular pattern formation based on reaction–diffusion
processes. First, various mechanisms for the formation of intracellular protein
concentration gradients are considered, and the issue of robustness is discussed.
Next, after reviewing the general theory of Turing pattern formation, two particular
xx Organization of volumes I and II

aspects are highlighted that are specific to intracellular pattern formation: (i) mass
conservation and (ii) the dynamical exchange of proteins between the cytoplasm and
plasma membrane. Various examples of mass-conserving reaction–diffusion models
of cell polarization and division are then described, including Min protein oscilla-
tions in E. coli, cell polarization in budding and fission yeast, and cell polarization in
motile eukaryotic cells. An alternative mechanism for intracellular pattern formation
is then introduced, based on a hybrid transport model where one chemical species
diffuses and the other undergoes active transport. Evolving the model on a slowly
growing domain leads to a spatial pattern that is consistent with the distribution of
synaptic puncta during the development of C. elegans. Next, asymptotic methods
are used to study the existence and stability of multispike solutions far from pattern
onset; the latter consist of strongly localized regions of high concentration of a
slowly diffusing activator. The theory is also applied to a model of the
self-positioning of structural maintenance of chromosome (SMC)-protein complexes
in E. coli, which are required for correct chromosome condensation, organization,
and segregation. Finally, various examples of intracellular traveling waves are ana-
lyzed, including polarization fronts in motile eukaryotic cells, mitotic waves, and
CaMKII translocation waves in dendrites. An introduction to the theory of bistable
and unstable waves is also given.
Chapter 12 presents an introduction to the statistical mechanics and dynamics of
polymers, membranes, and polymer networks such as the cytoskeleton. First, the
statistical mechanics of single polymers is considered, covering random walk models
such as the freely jointed chain, and elastic rod models (worm-like chains). The latter
type of model treats a polymer as a continuous curve, whose free energy contribu-
tions arise from the stretching, bending, and twisting of the polymer. The continuum
mechanics of elastic rods is briefly reviewed in terms of curvature and torsion in the
Frenet–Serret frame. A generalized worm-like chain model is used to account for
experimentally obtained force–displacement curves for DNA. The statistical
mechanics of membranes is then developed along analogous lines to flexible poly-
mers, by treating membranes as thin elastic sheets. In order to construct the bending
energy of the membrane, some basic results from membrane elasticity are reviewed,
including stress and strain tensors, bending/compression moduli, and the theory of
curved surfaces. The corresponding partition function is used to estimate the size
of thermally driven membrane fluctuations. Since the membrane is modeled as an
infinite-dimensional continuum, the partition function takes the form of a
path integral whose associated free energy is a functional. The analysis of statistical
properties thus requires the use of functional calculus. The next topic is the statistical
dynamics of systems at or close to equilibrium. This is developed by generalizing the
theory of Brownian motion to more complex structures with many internal degrees
of freedom. Various results and concepts from classical nonequilibrium statistical
physics are introduced, including Onsager’s reciprocal relations, nonequilibrium
forces, time correlations and susceptibilities, and a general version of the fluctua-
tion–dissipation theorem. The theory is illustrated by deriving Langevin equations
for fluctuating polymers and membranes. The chapter then turns to polymer network
Organization of volumes I and II xxi

models, which are used extensively by biophysicists to understand the rheological

properties of the cytoskeleton. Only the simplest classical models are considered: the
rubber elasticity of a cross-linked polymer network, swelling of a polymer gel, and
the macroscopic theory of viscoelasticity in uncross-linked polymer fluids. Reptation
theory, which is used to model the dynamics of entangled polymers, is also briefly
discussed. Finally, the dynamics of DNA within the nucleus is considered. After
describing some of the key features of nuclear organization, a classical stochastic
model of a Gaussian polymer chain (the Rouse model) is introduced. The latter is
used to model the subdiffusive motion of chromosomal loci, and to explore mech-
anisms for spontaneous DNA loop formation. The mean time to form a loop
requires solving an FP equation with nontrivial absorbing boundary condition. The
Wilemski–Fixman theory of diffusion-controlled reactions is used to solve the
problem by replacing the boundary condition with a sink term in the FP equation.
Chapter 13 considers the self-organization and assembly of a number of distinct
cellular structures. First, there is a detailed discussion of the theory of liquid–liquid
phase separation and the formation of biological condensates. This introduces var-
ious classical concepts in nonequilibrium systems, such as coexistence curves,
spinodal decomposition, nucleation and coarsening, Ostwald ripening, and
Onsager's principle. Recent developments that are specific to biological condensates
are also described, including the effects of nonequilibrium chemical reactions and
protein concentration gradients. The chapter then turns to the Becker and Döring
model of molecular aggregation and fragmentation, which provides a framework for
investigating the processes of nucleation and coarsening. An application of the
model to the self-assembly of phospholipids in the plasma membrane is also inclu-
ded. Finally, a model for the cooperative transport of proteins between cellular
organelles is introduced, which represents a self-organizing mechanism for orga-
nelles to maintain their distinct identities while constantly exchanging material.
Chapter 14 considers various models for the dynamics and regulation of the
cytoskeleton. First, several mechanisms for filament length regulation are presented,
including molecular motor-based control, protein concentration gradients, and
diffusion-based secretion in bacterial flagella. The role of intraflagellar transport
(IFT) in the length control of eukaryotic flagella is analyzed in terms of a doubly
stochastic Poisson process. The dynamics of the mitotic spindle during various
stages of cell mitosis is then described, including the search-and-capture model of
microtubule–chromosome interactions and force-balance equations underlying
chromosomal oscillations. Next, various models of biophysical mechanisms under-
lying cell motility are considered. These include the tethered ratchet model of cell
protrusion and the motor-clutch mechanism for crawling cells. The latter describes
the dynamical interplay between retrograde flow of the actin cytoskeleton and the
assembly and disassembly of focal adhesions. The resulting dynamics exhibits a
number of behaviors that are characteristic of physical systems involving friction at
moving interfaces, including biphasic force–velocity curves and stick-slip motion.
A mean-field analysis is used to show how these features can be captured by a
relatively simple stochastic model of focal adhesions. In addition, a detailed model
xxii Organization of volumes I and II

of the force-induced growth of focal adhesions is analyzed using a variational

method for free energy minimization. Finally, a detailed account of cytoneme-based
morphogensis is given. Cytonemes are thin, actin-rich filaments that can dynamically
extend up to several hundred microns to form direct cell-to-cell contacts. There is
increasing experimental evidence that these direct contacts allow the active transport
of morphogen to embryonic cells during development. Two distinct models of active
transport are considered. The first involves active motor-driven transport of mor-
phogen along static cytonemes with fixed contacts between a source cell and a target
cell. The second is based on nucleating cytonemes from a source cell that dynam-
ically grow and shrink until making temporary contact with a target cell and deliv-
ering a burst of morphogen. The delivery of a single burst is modeled in terms of a
FPT problem for a search process with stochastic resetting, while the accumulation
of morphogen following multiple rounds of cytoneme search-and-capture and
degradation is analyzed using queuing theory.
Chapter 15 presents various topics related to bacterial population growth and col-
lective behavior. First, a continuum model of bacterial population growth is devel-
oped using an age-structured evolution equation. Such an equation supplements the
continuously varying observational time by a second time variable that specifies the
age of an individual cell since the last division. Whenever a cell divides, the age
of the daughter cells is reset to zero. Although the total number of cells grows
exponentially with time, the normalized age distribution approaches a steady state.
The latter determines the effective population growth rate via a self-consistency
condition. The age-structured model is then extended in order to keep track of both
the age and volume distribution of cells. This is used to explore various forms of cell
length regulation, including timer, sizer, and adder mechanisms. Further aspects of
cell size regulation are analyzed in terms of a discrete-time stochastic map that tracks
changes across cell generations. The chapter then turns to another important issue,
namely, to what extent single-cell molecular variation plays a role in population-level
function. This is explored within the context of phenotypic switching in switching
environments, which is thought to be an important factor in the phenomenon of
persistent bacterial infections following treatment with antibiotics. At the population
level, phenotypic switching is modeled in terms of a stochastic hybrid system. The
chapter then turns to a discussion of bacterial quorum sensing (QS). This is a form
of collective cell behavior that is triggered by the population density reaching a
critical threshold, which requires that individual cells sense their local environment.
The next topic is an analysis of synchronization in a population of synthetic gene
oscillators that are dynamically coupled to an external medium via a QS mechanism.
In particular a continuity equation for the distribution of oscillator phases is con-
structed in the thermodynamic limit, and various methods of analysis are presented,
including the Ott–Antonsen dimensional reduction ansatz. The chapter ends with a
review of some mathematical models of bacterial biofilms.
Chapter 16 discusses various analytical methods for studying stochastic reaction–
diffusion processes. First, the effects of intrinsic noise on intracellular pattern for-
mation are investigated using the notion of a reaction–diffusion master equation. The
Organization of volumes I and II xxiii

latter is obtained by discretizing space and treating spatially discrete diffusion as a

hopping reaction. Carrying out a linear noise approximation of the master equation
leads to an effective Langevin equation, whose power spectrum provides a means of
extending the def inition of a Turing instability to stochastic systems, namely, in terms
of the existence of a peak in the power spectrum at a nonzero spatial frequency. It is
also shown how the interplay between intrinsic noise and transient growth of per-
turbations can amplify the weakly fluctuating patterns. The source of transient growth
is the presence of a non-normal matrix in the linear evolution operator.
Next, using the canonical example of pair annihilation with diffusion, various
well-known techniques from statistical field theory are used to capture the
dimension-dependent asymptotic decay of the system. These include moment
generating functionals, diagrammatic perturbation expansions (Feynman diagrams),
and the renormalization group. Finally, a formal perturbation method is used to
analyze bistable front solutions of a stochastic reaction–diffusion equation, which
exploits a separation of time scales between fast fluctuations of the front profile and
a slowly diffusing phase shift in the mean location of the front.

At the end of each chapter there is a set of exercises that further develop the
mathematical models and analysis introduced within the body of the text.
Additional comments and background material are scattered throughout the
text in the form of framed boxes.
Chapters 1–5 can be used to teach a one-semester advanced undergraduate or
graduate course on “Stochastic processes in cell biology.” Subsequent chapters
develop more advanced material on intracellular transport (Chaps. 6 and 7),
noise-induced transitions (Chap. 8), chemical sensing (Chap. 10), cellular
self-organization and pattern formation (Chaps. 11–14 and 16), and bacterial
population dynamics (Chap. 15).
xxiv
15. Bacterial population growth
and collective behavior
• age-structured models • cell size control
• bacterial persistence/phenotypic switching
• extinction in bacterial populations
• bacterial quorum sensing • biofilms
• synchronization of genetic oscillators
14. Regulation of the cytoskeleton
• filament length control
• intraflagellar transport
• doubly stochastic poisson processes
• cell mitosis • cell motility • cell adhesion
• cytoneme-based morphogenesis
13. Self-organization and assembly
of cellular structures
• phase separation/biological condensates
• active membranes
• nucleation and growth of molecular clusters
• self-assembly of micelles
10. Sensing the environment
• phosphorylation and ultrasensitivity
• photoreceptors and shot noise
• linear response theory
• hair cell mechanotransduction
• bacterial chemotaxis
• physical limits of chemical sensing
• spatial gradient sensing
9. Probability theory and martingales
• filtrations, martingales and stopping times
• branching processes
• counting process and biochemical networks
5. Stochastic gene expression
• genetic switches and oscillators
• molecular noise and master equations
• system-size expansion • translational bursting
• noise-induced switching and oscillations
• promoter noise/stochastic hybrid systems
• transcriptional bursting and queuing theory
• time limiting steps in DNA transcription
• epigenetics
• morphogen gradients/gene expression
3. Protein receptors and ion
channels
• receptor-ligand binding and cooperativity
• stochastic ion channels
• Markov chains and single channel kinetics
• birth-death process for channel ensembles
• voltage-gated ion channels
• calcium sparks in myocytes
• Poisson processes
2. Random walks and Brownian
motion
• random walks and diffusion
• Wiener process and Ito stochastic calculus
• Langevin and Fokker-Planck equations
• first passage times
• Kramers escape rate
• multiplicative noise
Organization of volumes I and II
Volume II: Cellular
16. Stochastic RD processes
• RD master equation
• stochastic Turing patterns
• path integral of RD master equation
• statistical field theory
• diagramatic expansions
• renormalization theory and scaling
• stochastic traveling waves
12. Statistical mechanics/dynamics
of polymers and membranes
• random walk models of polymers
• elastic rod models of polymers
• stress/strain tensors, membrane curvature
• elastic plate model of flluid membranes
• fluctuation-dissipation theorem for Brownian
particles, Onsager relations, susceptibilities
• polymer networks, viscoelsticity, reptation
• DNA dynamics in the nucleus
11. Intracellular pattern formation
and reaction-diffusion processes
• intracellular protein gradients
• Turing pattern formation
• mass-conserving systems
• coupled PDE/ODE systems
• cell polarization and division
• hybrid reaction-transport models
• intracellular traveling waves
Volume I: Molecular
8. WKB method, path integrals,...
• WKB method for noise-induced escape
• path integral for SDEs
• Doi-Peliti path integral of a birth death
process
• path integral for hybrid systems
• local and occupation times
• large deviation theory
7. Active motor transport
• axonal transport
• PDE models of active transport
• transport on microtubular networks
• virus trafficking
• random intermittent search
• stochastic resetting
• exclusion processes
6. Diffusive transport
• anomalous diffusion
• diffusion-limited reactions
• narrow capture and escape problems
• protein search for DNA target sites
• extreme statistics
• diffusion in switching environments
• gap junctions
• diffusion in channels and pores
• nuclear transport • diffusion on trees
4. Molecular motors
• polymerization
• microtubular catastrophes
• Brownian ratchets
• tethered ratchet and cell motility
• processive molecular motors
• collective motor transport
Contents

1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1
1.1 Stochastic processes in living cells . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 2
1.2 A brief introduction to probability theory . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.2.1 Random variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
1.2.2 Conditional expectations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
1.2.3 Adding and transforming random variables . . . . . . . . . . . 11
1.2.4 Moments and cumulants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
1.3 Equilibrium systems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
1.3.1 Boltzmann–Gibbs distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
1.3.2 Free energy and entropy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
1.3.3 Chemical potential. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
1.3.4 Law of mass action and chemical kinetics . . . . . . . . . . . . 20
1.3.5 Michaelis–Menten kinetics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
1.4 Exercises . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25

2 Random walks and Brownian motion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31

2.1 Random walks and diffusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
2.1.1 Discrete-time random walks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
2.1.2 Diffusion as the continuum limit of a random walk . . . . . . 40
2.2 Stochastic differential equations and Ito calculus . . . . . . . . . . . . . 44
2.2.1 Wiener process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
2.2.2 Continuous Markov processes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
2.2.3 Stochastic integrals and Ito calculus . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
2.2.4 Ornstein–Uhlenbeck process (OU) . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
2.3 The Fokker–Planck equation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
2.3.1 1D Fokker–Planck equation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
2.3.2 Higher dimensions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
2.3.3 Boundary value problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68

xxv
xxvi Contents

2.3.4 FP equation and symmetrization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 75

2.3.5 Multiplicative noise: Ito versus Stratonovich . . . . . . . . . . . 76
2.4 First passage time problems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
2.4.1 Mean first passage time on an interval . . . . . . . . . . . . . . . 82
2.4.2 Noise-induced transitions in bistable systems . . . . . . . . . . 86
2.4.3 Multiplicative noise and the quasi-potential . . . . . . . . . . . . 89
2.5 Simulation of stochastic differential equations . . . . . . . . . . . . . . . 91
2.6 Exercises . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 96

3 Protein receptors and ion channels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111

3.1 Types of receptors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
3.2 Cooperative binding . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 115
3.2.1 Monod-Wyman-Changeux (MWC) model . . . . . . . . . . . . . 117
3.2.2 Ising model of cooperative binding . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
3.3 Markov chain models of ion channel kinetics . . . . . . . . . . . . . . . 121
3.3.1 Single ion channel models . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
3.3.2 Birth–death master equation for an ensemble of ion
channels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 125
3.3.3 First passage times for a birth-death process . . . . . . . . . . . 131
3.4 Voltage-gated ion channels . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 133
3.4.1 Conductance-based model of a neuron . . . . . . . . . . . . . . . 133
3.4.2 Stochastic Morris–Lecar model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 135
3.5 Stochastic models of Ca2 þ release . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
3.5.1 Stochastic model of Ca2 þ puffs in a cluster
of IP3 Rs . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 144
3.5.2 Stochastic model of Ca2 þ sparks in cardiac
myocytes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
3.6 Markov chains . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
3.6.1 Master equation of a continuous-time Markov chain . . . . . 152
3.6.2 Poisson processes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 159
3.7 Exercises . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 163

4 Molecular motors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 173

4.1 Simple model of actin polymerization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 178
4.2 Microtubule catastrophes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
4.2.1 Dogterom–Leibler model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 182
4.2.2 First passage times . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 187
4.2.3 Model of hydrolysis and caps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 193
4.3 Brownian motion in a periodic potential . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 199
4.3.1 Polymerization ratchet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 202
4.3.2 Translocation ratchet . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 204
4.4 Brownian ratchet model of a processive molecular motor . . . . . . . 206
4.5 Collective effects of multiple molecular motors . . . . . . . . . . . . . . 212
Contents xxvii

4.5.1 Cooperative cargo transport by multiple motors . . . . . . . . 212

4.5.2 Tug-of-war model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 217
4.5.3 Rigidly linked molecular motors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 221
4.6 Exercises . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 225

5 Stochastic gene expression and regulatory networks . . . . . . . . . . . . . . . . 233

5.1 Gene regulatory networks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 234
5.1.1 Autoregulatory gene network . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 238
5.1.2 Mutual repressor model (toggle switch) . . . . . . . . . . . . . . 242
5.1.3 Repressilator and degrade-and-fire models of a genetic
oscillator . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 247
5.1.4 Activator-repressor relaxation oscillator . . . . . . . . . . . . . . 261
5.2 Molecular noise and the chemical master equation . . . . . . . . . . . 265
5.2.1 Master equation for chemical reaction networks . . . . . . . . 267
5.2.2 System-size expansion of chemical master equation . . . . . . 272
5.2.3 The stochastic simulation algorithm (SSA) . . . . . . . . . . . . 275
5.2.4 Translational protein bursting . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 278
5.2.5 Noise-induced switching . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 283
5.2.6 Noise-induced oscillations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 284
5.3 Promoter noise and stochastic hybrid systems . . . . . . . . . . . . . . . 286
5.3.1 Two-state gene network with promoter
and protein noise . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 286
5.3.2 Two-state gene network as a stochastic hybrid
system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 289
5.3.3 Noisy mutual repressor model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 301
5.4 Transcriptional bursting and queuing theory . . . . . . . . . . . . . . . . 303
5.5 Time-limiting steps in gene regulation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 313
5.5.1 Kinetic proofreading in protein synthesis . . . . . . . . . . . . . 313
5.5.2 Fluctuations in DNA elongation times . . . . . . . . . . . . . . . 316
5.6 Epigenetics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 324
5.6.1 Regulatory network of k phage lysogeny . . . . . . . . . . . . . . 327
5.6.2 Two-state epigenetic model of nucleosome
modification . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 329
5.7 Morphogen gradients and gene expression . . . . . . . . . . . . . . . . . 332
5.8 Exercises . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 340

6 Diffusive transport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 357

6.1 Anomalous diffusion. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 361
6.1.1 Molecular crowding, diffusion–trapping, and long-time
correlations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 362
6.1.2 Continuous-time random walks . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 365
6.1.3 Molecular crowding and homogenization theory . . . . . . . . 369
6.1.4 Diffusion in the plasma membrane . . . . . . . . . . . . . . . . . 378
xxviii Contents

6.2 Diffusion–trapping model of protein receptor trafficking

in dendrites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 380
6.2.1 One-dimensional cable model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 383
6.2.2 Steady-state solution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 385
6.2.3 Accumulation time. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 389
6.3 Diffusion-limited reactions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391
6.3.1 Smoluchowski reaction rate theory . . . . . . . . . . . . . . . . . . 391
6.3.2 Facilitated diffusion and protein search for DNA
binding sites . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 396
6.3.3 Stochastically gated diffusion-limited reactions . . . . . . . . . 403
6.3.4 Enzymatic reactions with multiple binding sites . . . . . . . . 407
6.4 Narrow capture and escape problems, small traps, and singular
perturbation methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 413
6.4.1 Diffusion in a bounded domain with small interior
traps . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 414
6.4.2 Diffusion-limited reaction for a small target . . . . . . . . . . . 427
6.4.3 Narrow escape problem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 430
6.5 Extreme statistics and the fastest escape time. . . . . . . . . . . . . . . . 434
6.6 Diffusion in randomly switching environments . . . . . . . . . . . . . . 439
6.6.1 Stochastic gating model of confinement . . . . . . . . . . . . . . 440
6.6.2 1D diffusion with a switching boundary . . . . . . . . . . . . . . 442
6.6.3 Stochastically gated Brownian motion . . . . . . . . . . . . . . . 450
6.6.4 Brownian motion with dichotomous fluctuating
diffusivity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 453
6.6.5 Diffusion over a fluctuating barrier . . . . . . . . . . . . . . . . . 456
6.7 Stochastically gated gap junctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 458
6.7.1 Effective diffusion coefficient for a deterministic 1D
model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 460
6.7.2 Effective permeability for cells coupled by stochastically
gated gap junctions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 461
6.7.3 Splitting probabilities and MFPT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 466
6.8 Diffusive transport through nanopores and channels . . . . . . . . . . 471
6.8.1 Confined diffusion and the Fick–Jacobs equation . . . . . . . 473
6.8.2 Single-file diffusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 476
6.8.3 Nuclear transport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 479
6.9 Diffusive transport on a Cayley tree . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 490
6.10 Exercises . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 495

7 Active transport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 511

7.1 Vesicular transport in axons and dendrites . . . . . . . . . . . . . . . . . 512
7.1.1 Slow axonal transport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 514
7.1.2 Reversible vesicular transport and synaptic
democracy . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 515
Contents xxix

7.2 Intracellular motor transport as a velocity-jump process . . . . . . . . 519

7.2.1 Active transport along a 1D track . . . . . . . . . . . . . . . . . . 519
7.2.2 Quasi-steady-state reduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 522
7.2.3 Active transport on microtubular networks . . . . . . . . . . . . 526
7.2.4 Virus trafficking . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 531
7.3 Intracellular transport as a random search-and-capture
process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 535
7.3.1 Optimal unbiased transport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 537
7.3.2 Biased cargo transport . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 540
7.3.3 Effects of local chemical signaling . . . . . . . . . . . . . . . . . . 543
7.3.4 Directed search along an array of synaptic targets . . . . . . 547
7.4 Multiple search-and-capture events and queuing theory . . . . . . . . 551
7.4.1 Analysis in terms of a G=M=1 queue . . . . . . . . . . . . . . . 553
7.4.2 Multiple packets and searchers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 559
7.5 Search processes with stochastic resetting . . . . . . . . . . . . . . . . . . 563
7.5.1 Brownian particle with Poissonian resetting . . . . . . . . . . . 564
7.5.2 Single search-and-capture event and renewal theory . . . . . . 568
7.5.3 Finite return times and refractory periods . . . . . . . . . . . . . 572
7.5.4 Splitting probabilities and conditional MFPTs for
multiple targets . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 576
7.6 Exclusion processes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 581
7.6.1 Asymmetric exclusion process and the hydrodynamic
limit . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 581
7.6.2 Steady-state analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 583
7.6.3 Method of characteristics and shocks . . . . . . . . . . . . . . . . 585
7.7 Exercises . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 590

8 The WKB method, path integrals, and large deviations . . . . . . . . . . . . . 601

8.1 Metastability analysis of SDEs with weak noise . . . . . . . . . . . . . . 603
8.1.1 The WKB method for one-dimensional SDEs . . . . . . . . . . 603
8.1.2 Higher-dimensional SDEs. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 613
8.1.3 Path integral representation of an SDE . . . . . . . . . . . . . . 615
8.2 Metastability analysis of birth–death processes . . . . . . . . . . . . . . 619
8.2.1 The WKB method for a birth–death process . . . . . . . . . . . 619
8.2.2 Path integral representation of a birth–death process . . . . 624
8.3 Metastability analysis of stochastic hybrid systems . . . . . . . . . . . . 631
8.3.1 The WKB method for a stochastic hybrid system . . . . . . . 631
8.3.2 Path integral representation of a stochastic hybrid
system . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 635
8.3.3 Finite discrete systems and the Perron-Frobenius
theorem . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 642
8.4 Noise-induced transitions in an autoregulatory gene network . . . . 646
xxx Contents

8.5 Noise-induced transitions in the stochastic Morris-Lecar

model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 650
8.5.1 Bistability in a reduced Morris-Lecar model . . . . . . . . . . . 650
8.5.2 Excitability in the full stochastic Morris-Lecar
model . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 654
8.6 Brownian functionals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 655
8.7 Large deviation theory . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 662
8.7.1 Sums of random variables and generalized central
limit theorems . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 662
8.7.2 Large deviation principle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 666
8.7.3 Large deviation principle for Brownian functionals . . . . . . 669
8.8 Exercises . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 671

9 Probability theory and martingales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 681

9.1 Probability spaces, random variables and conditional
expectations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 681
9.2 Discrete-time stochastic processes and martingales . . . . . . . . . . . . 683
9.2.1 Filtrations and martingales . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 683
9.2.2 Stopping times . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 685
9.3 The Galton–Watson branching process . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 688
9.3.1 Generating functions and basic properties . . . . . . . . . . . . 689
9.3.2 Extinction and criticality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 691
9.3.3 Asymptotic properties . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 692
9.3.4 Application to gene amplification . . . . . . . . . . . . . . . . . . 694
9.4 Modeling chemical reaction networks as counting processes . . . . . 695
9.4.1 Poisson processes and counting processes . . . . . . . . . . . . 695
9.4.2 Chemical reactions and counting processes . . . . . . . . . . . 700
References . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 705

Index . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 741
Boxes

2A Transform methods
2B Dirac delta function
2C Method of characteristics
2D Linear differential operators
2E Fredholm alternative theorem
3A Discrete-time Markov chains and the Perron–Frobenius theorem
3B Counting and renewal processes
4A Stopping times and the strong Markov property
4B Hypergeometric series
5A Linear stability analysis and Hopf bifurcations
5B Delay differential equations
5C Weak reversibility and deficiency zero
5D Stochastic hybrid systems
5E Queuing theory
5F Renewal theory
5G First passage times for master equations
6A Tauberian theorems
6B Percolation theory
6C Constructing one-dimensional Green’s functions
6D The 2D and 3D Green function for Laplace’s equation
6E Moment equations for stochastic diffusion equation

xxxi
Another random document with
no related content on Scribd:
nauroi silloinkin, kun ei kukaan muu nauranut, ja lopuksi heidän
täytyi luoda synkkiä katseita häneen päin.

Ja sitten he kaikki alkoivat kertoa kuuluisasta retkestä, jonka he

olivat tehneet Eurooppaan. Ja se oli ollut ihmeellisen
mielenkiintoista, sillä kaikkialla, mihin he tulivat, istuskelivat he
hotellissa, pelaten näppäriä pelejä ja kertoillen muistelmia
Algonquinista. Ja minusta on ihmeellistä, että ihmisellä on niin paljon
sisällisiä lähteitä, ettei koskaan tarvitse vaivautua itsensä
ulkopuolelle mitään katsomaan.

Sitten herra Boyd avasi suunsa ja kysyi: "Mitä te kirjailijatoverit

siellä ulkomaanmatkallanne tapasitte?" Tarkoitan, ettei herra Boyd
tunne keskustelun etukeppiä, vaan teki alati kysymyksiä, joihin hyvin
vähän vastattiin.

Mutta sitten kävi ilmi, että yhdellä heistä oli ollut suosituskirje
kirjailijalle, jonka nimi oli James Joyce, muttei hän ollut viitsinyt
vaivautua sitä esittämäänkään, sillä hän sanoi, ettei James Joyce
sittenkään tiennyt, ken hän oli, ja miksi vaivautua tapaamaan
jotakuta, joka tiesi niin vähän "Algonquinista", että hän luultavasti
luulisi sitä joksikin sivistymättömäksi intiaaniheimoksi? Mutta herra
Boyd jatkoi yhä ja kysyi: "Miksette sentään kaiken varalta mennyt
häntä tapaamaan? Hänellä olisi voinut olla jotakin sanottavaa."

Mutta sitten he selittivät herra Boydille, että joka kerta, kun he

tapasivat jonkun uuden henkilön, täytyi heidän pysähtyä selittämään
kaikki mieskohtaiset mielikuvittelunsa ennenkuin heidän
sukkeluuksilleen naurettiin, ja se vain kulutti jokaisen aikaa. Enkä
minä tosiaan käsitä, miksi Algonquinin nerot vaivautuisivatkaan
hankkimaan tietoja Euroopan asioista enempää kuin Eurooppa viitsii
välittää heistä. Ja he tulisivat takaisin jälleen, koska he sittenkin
pitävät enimmin Algonquinista. Mikä minusta on merkillistä, koska
vanha sananlasku kertoo profeetasta, jota ei kukaan kunnioittanut
omalla maalla. Mutta näiden laita on ihan päinvastoin.

No, Dorothy oli vihdoinkin lopettanut kananpoikaviilokkinsa ja

avasi suunsa ja sanoi, että hän oli tarpeeksi kuunnellut älykästä
keskustelua yhdeksi päiväksi, minkävuoksi hän menisi etsimään
erästä herrastuttavaansa, joka puhuu itsestään ainoastaan silloin,
kun hänellä on hammassärkyä.

Ja minä olin tosiaan mielissäni, että hän lähti. Sillä sitten tapahtui
jotakin, mikä tosiaan oli häkellyttävää, mutta lopuksi koitti yhdeksi
elämäni värisyttävimmistä hetkistä. Tarkoitan, että herra Boyd vilkaisi
taakseen ja huomasi minut, joten minun tietenkin täytyi hänelle
hymyillä. Ja sitten hän kääntyi puhumaan koko pyöreän pöydän
seurueelle ja sanoi: "Hyvät herrat, te keksitte aina Dusen tai Saphon
tai Kleopatran joka viikko, ja nyt on luullakseni minun vuoroni. Sillä
minä olen keksinyt nuoren naisen, jossa ne kaikki kolme ovat
kierretyt yhteen. Saanko luvan tuoda rouva Lorelei Lee Spoffardin
pöytäämme?" No, vaikka he tosiaan kiinnittivät perin vähän
huomiota herra Boydin puheisiin, sanoivat he, että kyllä heidän
puolestaan. Niin hän saattoi minut heidän pöytäänsä ja esitteli minut,
ja melkein jokainen heistä nyökkäsi minulle, vieläpä joku puhuikin. Ja
he sallivat minun istua siellä koko puolisen ajan.

No niin, herra Hood huomasi minun kunnioitukseni kaikkea

kohtaan, mitä he haastelivat, ja lopuksi hän sanoi minulle, että hän
havaitsi minussa olevan jotakin enemmän kuin miltä päältä näytin, ja
niin hän kutsui minut tulemaan sinne puolista syömään joka päivä.
Enkä minä hänen menettelynsä jälkeen tosiaan ihmettelisi, vaikka
minä lopuksi olisin se seuraava, joka joutuisi sielunanalyysiin herra
Hoodin kanssa. Ja kun minä siitä kerroin Dorothylle, niin Dorothy
sanoi, että se tekisi sille miehelle mahdottoman hyvää, koska minä
tietäisin, kuinka sellaisessa tapauksessa oli meneteltävä, ja hän
vihdoinkin pääsisi urallaan johonkin. Voi siis vielä käydä niin, että,
minä tulen niiden historjan suurten innoitusten kaltaiseksi, jotka ovat
kaikki nerot innoittaneet.

No, seuraava, mikä minun oli tehtävä, oli liittyä Lucy Stonen
liittoon voidakseni säilyttää oman tyttönimeni avioliiton jälkeen. Sillä
tytön nimen tulisi olla pyhä, ja kun hän käyttää miehensä nimeä,
vajottaa se vain hänen yksilöllisyyttään. Ja kun tyttö aina vimmatusti
pitää kiinni omasta tyttönimestään, niin ihmiset ymmärtävät, että
hänen täytyy olla tärkeä yhdessä tai toisessa. Ja erittäin sopiva
paikka tiukata vihkimätöntä nimeänsä on silloin, kun menee
vieraaseen hotelliin aviomiehensä seurassa. Sillä kun
huonekirjanpitäjä huomaa, että tyttö-niminen tyttö asuu samassa
huoneessa herrasmiehen kanssa, tuottaa se jonkun verran
selittelyjä, ja silloin tyttö tuntee olevansa varsin huomattava henkilö
jokaisen mielestä seurustelusalissa.

Mutta Dorothy sanoi, että minun olisi parempi olla varovainen.

Tarkoitan, että hän sanoo, että useimmat Luce-Stonelaiset eivät
todella vaivaa huonekirjanpitäjää, koska he yleensä ovat sellaisia,
jotka tuodaan hotelleihin vain avioliiton vuoksi. Mutta Dorothy sanoi,
että kun Henry ja minä valssaisimme sisälle ja pyytäisimme huonetta
minun tyttönimelläni, niin kirjanpitäjä luultavasti loisi minuun pitkän
silmäyksen ja toimittaisi Henrylle huoneen paikallisessa vankilassa
Mann-säännöksen rikkomisesta.

Mutta minä en kuuntele mitään kirjallisuutta koskevia neuvoja

Dorothyn kaltaiselta tytöltä. Ja minä yhdyin siihen liittoon. Ja nyt
minä voin kyhätä kirjani, henkilöllisyyteni vaipumatta siitä, että
aviomiehen nimi olisi minua masentamassa.

Kolmas luku

No, kun minä lopuksi antauduin kirjallisuuden alalle, niin päätin,

ettei minusta tulisi sellainen kirjaltajatar, jonka jälkeen maailma ei jää
yhtään paremmaksi kuin se oli sitä ennen, vaan alasrepimisen
asemesta minä yrittäisin aina saavuttaa opetuksen, jolla sitä
kohottaisinkin. Ja paras aihe, minkä olen koskaan tavannut, on
tyttöystäväni Dorothyn elämä. Niinpä päätinkin kirjoittaa siitä.
Dorothyn elämä vain ei niin paljoa sopisi tytöille esikuvaksi kuin
vihjaukseksi siitä, mitä heidän olisi jätettävä tekemättä.

Tarkoitan, että Dorothy ensiksikin syntyi varsin alhaisessa

ympäristössä. Ja alhainen ympäristö on kyllä varsin älykästä
elokuvissa, sillä Mary Pickford voidaan kaivaa esille
tuhkahinkastakin ja kuitenkin lopulta käydä varsin virkistäväksi
menemällä naimisiin jonkun varakkaan miljoonamiehen kanssa.
Mutta vaikka Dorothy on kohottanut ympäristönsä varsin alhaisesta
asemasta Ritzin hotellin tasolle, niin ei Ritzissäkään oleskelu ole
kehittänyt Dorothyn ihanteita, sillä hän ei muuta tee kuin rakastua
tupsahtelee silmittömästi sellaisiin herrasmiehiin, jotka syntyivät
pennittöminä eivätkä sittemminkään ole rahoja hankkineet.

No, sitten kun minä sanoin Henrylle, että minä aioin kirjoittaa
Dorothyn elämäkerran, pelkään, että meille sattui pikkuisen kinaakin.
Sillä Henry näkyi ajattelevan, että maailmalle olisi paljoa parempi,
että se ei tuntisi Dorothyn kaltaisen tytön elämää. Tarkoitan, että
Henry on kovin laajasydäminen, niinkuin kaikkien suurten
maailmanparantajain täytyy olla voidakseen katsella samaa asiaa
molemmilta puolilta samalla kertaa. Eikä hän tosiaan välitä siitä, mitä
tyttö on kokenut, kunhan hän vain ei riemuitse loppuun asti. Mutta
Henry sanoi, että kun Dorothyn kaltaiset tytöt eivät koskaan saa
mitään maksaa, niin kuinkas kaikki siveelliset henkilöt voisivat saada
tyydytystä heidän kärsimystensä katselemisesta? Ja kuinka sitten
kävisi kristinuskon?

Mutta lopuksi minä taivutin Henryn sallimaan, että minä sen

kirjoitan, sillä minä sanoin, että hän voisi lukea sen ihan lävitse ja
antaa sille hyväksymisensä ennenkuin se joutuisi yleisön käsiin. Jos
se siis joutuu yleisön käsiin, merkitsee se sitä, että tytöt voivat jo
ennen lukemistaan varmasti tietää, että he saavat oppia jotakin,
mistä heille on hyötyä.

No niin, ensimmäinen asia, minkä Dorothy muistaa elämästään,

on se, että hän pienenä lapsena ollessaan kuului niin nimitettyyn
"Isompaan Tyynenmeren markkina- ja karnevaalikiertueeseen"
Tyynenmeren rannikolla. Sillä milloin Pithiaan ritarit tai liettualainen
kirkko jossakin pienikokoisessa kaupungissa haluavat pitää
karnevaalin jonkun asian hyväksi, kuuluvat he aina käyttävän jonkun
seurueen palvelusta, jonka ainoana ammattina on kulkea ympärinsä
karnevaaleja pitämässä. Ja näiden seurueiden otaksutaan
ainoastaan järjestävän karusellit, kujeet ja hyppynuket, mutta minä
luulen, että niiden varsinaisena toimena on yleisön petkuttaminen.
Sillä Dorothy sanoo, että kun hyväntekeväisyyshomma oli ohi, niin
Pithiaan ritarit tai liettualainen kirkko olivat niin raihnaiset rahallisesti,
etteivät ne kyenneet pitämään uutta karnevaalia vuosikausiin.
 Ja näyttää siltä, että jokaisessa karnevaaliseurassa on
herrasmies, joka tekee jotakin ilmaiseksi yleisön ratoksi tai
opetukseksi, esimerkiksi käyttää vaaleanpunaisia paljeteilla
koristettuja sukkahousuja ja hyppää postitoimiston katolta vedellä
täytettyyn tiinuun. Ja se, joka heidän karnevaaliseurueessaan teki
moisia temppuja, ei ollut mikään vähäisempi mies kuin Dorothyn isä
herra Shaw. Niinpä minä kysyin Dorothylta, eikö hänen isänsä
koskaan satuttanut itseään sellaisessa hommassa? Ja kerran häntä
tosiaan kuuluu kohdanneen pieni tapaturma, koska hän oli aina
kroonillisesti humalassa ja erehtyi tunnista, hypäten postitoimiston
katolta ennenkuin tiinu vielä oli täytetty. Mutta Dorothy sanoo, ettei
hän pahaa kolhua saanut, koska tässä tapauksessa vain "tynnyri
putosi ammeeseen" hänen isänsä kun oli kylliksi täysi korvatakseen
sen toisen astian tyhjyyden.

Ja sillä välin kun Dorothyn isä hypiskeli katoilta, kulutti Dorothyn

äiti aikaansa varsin kalliissa huoneustossa San Franciscossa. Mutta
hän oli niin epätaloudellinen, että hän ei juuri voinut sietää mitään
aviomiestä, vaikka hän silloin tällöin joka aika välillä tuli äkkiä aivan
äidilliseksi ja pyysi saada Dorothyn luokseen. Sitten Dorothyn isä vei
tytön San Franciscoon menevään junaan, antaen hänet jonkun
junailijan hoivaan.

Ja Dorothyn äidin oli tapana tulla asemalle häntä vastaan erään

varakkaan herrastuttavansa kanssa, joka näkyi olevan erottamaton.
Ja he olivat kovin haltioituneita Dorothysta, ostelivat hänelle siroja
vaatteita, veivät hänet kilpa-ajoihin ja kyytitaloihin, näyttelivät häntä
jokaiselle ja joivat hänen "maljansa" samppanjassa. Mutta keskellä
jotakin juhlaa Dorothyn äiti ja tämä herrastuttava alkoivat vähitellen
menettää kaikki äidilliset vaistonsa, ja silloin he lopuksi lähettivät
Dorothyn takaisin huoneustoon asiapojan hoivissa. Ja sitten
Dorothyn äiti tavallisesti laiminlöi tulla itse kotiin, ja Dorothy jätettiin
päiväkausiksi asuntoon yksikseen kiinalaisen kokin seuraan. Se
mies ei muuta tehnyt kuin merkitsi kiinalaisia arpajaislippuja, jotka
pienelle lapselle Dorothyn iällä olisivat yhtä hyvin voineet olla
kreikkalaisia. Siksipä Dorothy oli enemmän kuin riemuissaan, kun
hänen äitinsä lopuksi muisti tulla kotiin ja lähetti hänet takaisin
karnevaaliseuraan.

Kun Dorothy oli noin kaksitoistavuotias, sai hänen isänsä

sähkösanoman, että hänen äitinsä oli äkkiä muuttanut manan
majoille suuren katsojalavan luhistuessa Tia Wannan kilpa-
ajoradalla. Dorothy sanoo, että ainoa veto, jonka hänen isänsä
koskaan voitti kilpa-ajoissa, oli se, kun hän löi vetoa, että muuan
tunnettu miljoonamies San Franciscosta myöskin oli kuolleiden
joukossa. Sillä se osoittautui todeksi, että hän oli, ja se oli Dorothyn
äidin loppu. Mutta minä en luule, että Dorothyn äiti oli oikein niinkuin
hänen olisi pitänyt olla, sillä muuten hän ei olisi sallinut
keittiöapulaisensa niin kovin harrastaa arpajaisia.

No, kun Dorothy oli nelitoistavuotias, kykeni hän liikkumaan

ympärinsä siellä täällä markkinapaikoilla ja antaa apua. Sillä heillä oli
niinsanottuja "kilpailulupia", mikä merkitsee, että ihmiset esimerkiksi
heittelevät renkailla veitsiin, ja joka todella niihin osaa, voittaa
veitsen. Niinpä Dorothy sekaantui väkijoukkoon, ja juuri hän voitti
veitsen. Ja sitten hän kiersi pois väkijoukon taakse ja antoi veitsen
takaisin herrasmiehelle, joka piti kilpailuja. Sillä Dorothy sanoo, että
veitset kumminkin maksoivat lähes kaksi dollaria grossi, niin mitä
hyötyä oli niiden tuhlaamisesta? Mutta kun minä sanoin Dorothylle,
että minä nimittäisin sitä yleisön petkuttamiseksi, niin Dorothy sanoi,
ettei se juuri mitään petkuttamistakaan ollut, koska veitsen terät
olivat kumminkin tehdyt vain ohuesta läkkipellistä eikä niistä olisi
ollut mitään hyötyä kellekään, joka harrasti veistelemistä.

Ja vihdoin, kun Dorothy tuli noin viisitoistavuotiaaksi, koitui hänen

isälleen ikävyyksiä. Tarkoitan, että herra Shawin täytyi mennä uusiin
naimisiin. Ja kuului sattuneen varsin mielenkiintoinen juttu, koska
karnevaaliseuran päävetovoimana oli numero, jota nimitettiin
"Rakastavan hyppäykseksi".

No, tämä rakastavan hyppäys oli sellainen, että oli iso

silmukkarata, jota pitkin pieni automobiili kiiti. Ja kun automobiili oli
kiertänyt silmukan, teki se pitkän loikkauksen ilmassa ja putosi
korkealle alustalle aika pitkän matkan päähän. Mutta se, mikä
yleisöä todella kiinnosti, oli vaaleaverinen tyttö palttinaisessa
päällysviitassa, joka siinä istui. Sillä tämän tytön oletettiin tekevän
harppauksensa kohdatakseen "rakastajansa". Eikä hänen
"rakastajansa" ollut kukaan muu kuin herra Shaw vaaleanpunaisissa
paljeteilla koristetuissa sukkahousuissaan, joka odotti
asianomaisessa asennossa sillakkeella ja saattoi hänet kohteliaasti
portaita alas yleisön taputtaessa käsiään niin, että korvia huumasi.
Mutta Dorothy sanoi, ettei hän koskaan voinut saada selville
taputtivatko he käsiään tytön suorittamalle "rakastavan
hyppäykselle" vai sillekö, että Dorothyn isä noissa tamineissaan
pääsi portaiden alapäähän.

Mutta saadakseen vaaleaverisiä tyttöjä suorittamaan rakastavan

hyppäystä käytti karnevaaliseura tavallisesti jotakuta näyttelyhaluista
tarjoilijatarta, jolle laitettiin vaalea tekotukka. Mutta heidän oli varsin
vaikea saada tarjoilijattaria tässä ammatissa pysymään, koska
muutamien rakastavan hyppäysten jälkeen heidän selkärankansa
alkoi luhistua. Siksi kävi karnevaaliseuran johtajalle välttämättömäksi
tehdä tuttavuutta yhä uusien tarjoilijattarien kanssa valitakseen
toisen tilalle.

No, lopuksi johtaja tapasi Modesto-nimisen kaupungin hotellista

tarjoilijattaren, joka ei ilmoittanut hänelle, että hänen äitinsä oli
hotellin omistajatar. Sillä tämä tarjoilijatar kuului pelänneen, että
johtaja ei pestäisi häntä, jos tietäisi, että hänellä oli tuima äiti, joka oli
uraa vastaan. Niinpä tämä tarjoilijatar, jonka nimi oli Hazel, karkasi
seurueen kanssa, mainitsematta mitään äidilleen. Ja asia mutkistui
vielä pahemmin sen johdosta, että jotkut karnevaaliseuran
henkilöistä lähtivät hotellista mainitsematta mitään kirjurille ja
pyytämättä häntä kirjoittamaan heidän laskujansa.

No, hotellin omistajatar esiintyi näyttämölle seuraavassa

kaupungissa, ja Dorothy sanoo, että hänen tullessaan hänen
silmänsä vetistivät. Mutta kohtalo järjesti niin, että hän ehti
pääkadulle juuri kun Dorothyn isä hyppäsi vapaamuurarien
temppelin katolta vaaleanpunaisissa paljettitrikoissaan. Ja vaikkei
hotellin emäntä ollut laisinkaan kiinnittänyt herra Shawiin mitään
huomiota hänen asuessaan hänen omassa hotellissaan sivilistin
vaatteissa, näkyi hän sinä hetkenä, kun näki hänen
sukkahousuissaan heittäytyvän katolta, häneen silmittömästi
rakastuneen.

No, vihdoin kävi johdolle välttämättömäksi pitää neuvotteluja

Hazelin äidin kanssa. Mutta heti alussa kävi pian selville, ettei
mikään muu häntä lepyttäisi kuin avioliitto herra Shawin kanssa. Ja
täytyihän Dorothyn isän siihen suostua pelastaakseen
karnevaaliseuran syytöksestä, että se oli vietellyt tarjoilijattaren
karkaamaan, ja jättänyt hotellilaskut maksamatta. Ja heidät vihki
luterilainen pappi, ja sitten vietettiin ihan erikoiset häät leijonan
häkissä, ja sillä tavoin Dorothy tuli saaneeksi äitipuolen.

No, ensimmäinen, mitä Dorothyn äitipuoli teki, oli toimittaa Hazel

takaisin kotiin hoitamaan hotellia Modestossa, sillä hänestä oli elämä
karnevaaliseurassa liian kovaa Hazelin siveellisyysmoraalille. Mutta
Dorothy sanoo, että Hazelin moraalit olivat jo kyllin kuluneet ja
laahautuneet Modestossakin, jottei siinä, mitä hän
karnevaaliseurassa saattoi oppia, ollut mitään uutuuden viehätystä.

Mutta Dorothyn äitipuoli jäi karnevaaliseuraan ja osoittautui olevan

pelkkä torakurkku ja äkäpussi. Tarkoitan, ettei hän koskaan sallinut
herra Shawin hypätä miltään katolta enää, ja herra Shaw alkoi
menettää kaiken henkilöllisyytensä. Ja lopulta kehittyi asia siihen
mittaan, ettei herra Shaw voinut yleisön huvittamiseksi ja
opettamiseksi muuta tehdä kuin lunastaa naimalupa joka
kaupungissa, johon he tulivat, ja vihittää itsensä paikkakunnan
papilla rouva Shawin kanssa julkisesti, milloin ilmapallossa, milloin
häkissä, joka oli täynnä tiikereitä. Ja Dorothy sanoo, että jos
konsaan kuulen jonkun lörpöttelevän sellaista, ettei hänellä ollut
naimahaluista isää, niin voin niille vakuuttaa, että hänen isällään oli
regordi koko Tyynenmeren rannikolla laillisten vihkimistensä
lukumäärässä.

Mutta asiat kävivät lopulta huonoa pahemmiksi. Sillä vaikka rouva

Shaw oli alati morsiamena, ei hänen menettelynsä sitä osoittanut.
Eikä hän tehnyt muuta kuin oli tyytymätön ylkään ihan alttarin
ääressäkin, niin että häihin kerääntynyt väkijoukko joskus tosissaan
ihmetteli, mitä herra Shaw hänessä näki. Sillä Dorothy sanoo, että
tuskin kukaan haluaa maksaa viisikolmatta senttiä nähdäkseen
jonkun vihittävän nyreään morsiameen, joka lähentelee
viittäkymmentä ikävuotta.

Mutta minä en tosiaan moiti rouva Shawia siitä, että hän kävi
alakuloiseksi, sillä Dorothyn isä ei sittenkään koskaan ollut
ihanteellinen aviomies. Tarkoitan, että hän näkyi pitävän
ansiokkaana tekona juoda itsensä humalaan ennenkuin kieltolaista
vielä uneksittiinkaan. Niinpä rouva Shaw alkoi kovin "kyllästyä"
karnevaaliseuran elämään ja kaivata omaan hotelliinsa, varsinkin
kun hänen korviinsa oli tullut huhuja, että se alkoi olla huonossa
maineessa. Sillä sanottiin, että tuskin kukaan kauppamatkustaja,
joka vähänkin voi kerskua hyvästä ulkonäöstä, koskaan suoritti
Hazelille laskuaan. Ja kun Dorothyn äitipuoli kuuli, että Hazel oli
muuttanut aamiaistunnin puoli seitsemästä kahdeksaan, olivat asiat
hänen mielestään menneet jo kyllin pitkälle. Senvuoksi hän pakotti
herra Shawin jättämään koko uransa, jotta hänet vietäisiin pois ja
pidettäisiin heidän asunnossaan Modestossa.

No niin, Dorothyn äitipuoli tarjoutui ottamaan Dorothyn mukaansa,

mutta Dorothy ajatteli päänsä ympäri ja päätti olla lähtemättä. Sillä
Dorothy sanoo, että hän ehkä olisi voinut sietää Hazelia, äitipuoltaan
ja Modestoa kutakin erikseen, mutta niiden kolmen yhdistelmä oli
inhimillisen kärsimyksen ulkopuolella.

No, nythän Dorothyn siis oli ryhdyttävä itse ansaitsemaan

leipänsä. Niinpä karnevaaliseura keräsi kolehdin ja osti hänelle
nikkeliplootuisen vohvelikoneen, ja johtaja sanoi Dorothylle, ettei
hänen tarvinnut maksaa sen käyttöluvasta ennenkuin ammatti kävi
kannattavaksi.

Ja sitten järjestettiin niin, että Dorothy elelisi herra ja rouva Al Le

Vinon turvissa, jotka omistivat ammattiluvan nimeltä "Taiteen
temppeli"; se oli teltta, missä herra Le Vino lauloi kuvitettuja lauluja ja
heitteli kuvallisia laulunlurituksia vaimonsa päälle, jolla oli valkoiset
sukkahousut ja pitkät hihat kuin perhosella. Herra ja rouva Le Vinon
kotielämä oli ihanteellista, koska he eivät asuneet hotellissa niinkuin
muut karnevaaliseuraan kuuluvat, vaan pitivät taloutta ihan omassa
teltassaan, he kun olivat kotimielisiä. Ja Dorothy sanoo joskus
toivovansa, että jotkut kemut Colonyn ravintolassa olisivat kyllin
herkulliset, jotta hän voisi unohtaa muiston rouva Le Vinon
muhennoksesta. Ainoa vika Le Vinon pariskunnalla oli, että he
seitsentoistavuotisen avioliiton jälkeen puhuttelivat toisiaan kuin
vauvat, mikä tietenkin ennemmin tai myöhemmin kävi Dorothyn
hermoille.

Ja kun Dorothysta nyt oli huolehdittu, sanoivat hän ja hänen

isänsä toisilleen hyvästi, ja isä vietiin pois Modestoon
morkkailtavaksi. Ja siellä hän yhä edelleen elelee rouva Shawin
kanssa hänen majatalossaan, koettaen upottaa tunteitaan niin hyvin
kuin se kieltolain aikana käy päinsä.

Ja hänen suurimpana lohdutuksenaan on Hazelin mies. Sillä

Hazelia onnisti varsin hyvin, ja hän joutui naimisiin, ja Dorothy
sanoo, ettei Hazelissa muuta vikaa ollutkaan kuin että hän oli
aikaansa edellä. Tarkoitan, että nykyisin ovat kaikki muut
kurttiseuraavat tyttöheilakat ehtineet Hazelin tasalle, mikä osoittaa,
ettei hän sittenkään ollut muuta kuin varhaiskypsä uurteenuurtaja. Ja
hän meni naimisiin Modeston parhaan "syötin" kanssa, jolla on
sanomalehtitoimisto. Ja kaikki maanviljelijät maksavat Hazelin
miehelle laskunsa joko rypäleissä tai böömiläisissä humaloissa.
Niinpä herra Shaw ja Hazelin aviomies mielityökseen hääräilevätkin
latomon takahuoneessa puuhaillen ja kokeillen, mitä niistä aineksista
voivat valmistaa. Ja vastikään viime kuussa Dorothy lähetti isälleen
hienoimman vaskisen tislauskoneen, mitä rahalla voi ostaa.

No, kun vohvelikone saapui karnevaaliseuralle, oli siinä pieni

vihkonen sisällä, jossa sanottiin, että "lapsikin voi sitä käyttää". Ja se
antoi Dorothylle aatteen. Hän näet alkoi työntää vohvelikoneen
jollekin saapuville sattuneelle pienikokoiselle kaupunkilaispojalle,
joka siitä aina enemmän kuin ihastui. Mutta seurauksena oli, että
vohvelikone oli tavallisesti vietävä korjattavaksi, tai myöskin, että se
pienikokoinen poika pisti koko liikevoiton poskeensa.

No sitten vihdoin eräässä kaupungissa nimeltä San Diego

karnevaaliseura joutui pinteeseen. Ja se oli kaikki erään jäsenen syy,
jota sanottiin dohtoriksi. Dohtori näet myyskenteli jotakin, mitä
nimitettiin "ihmeelliseksi tahranpuhdistajaksi"; sitä valmistettiin sillä
kurin, että ostettiin kulmapuodista viiden sentin palanen
pesusaippuaa, joka leikeltiin pieniksi liuskaleiksi, ja ne myytiin
yleisölle tinapaperiin käärittyinä kahdellakymmenelläviidellä sentillä
kappaleelta.

Mutta se dohtori näkyi tositeossa aina menetelleen väärin ja

hänen perästään oli jäänyt joukko harmistuneita perheenisiä ihan
läpi koko Kalifornian valtion. Mutta se, mikä lopuksi saattoi hänet
pulaan vihdoinkin, oli se, ettei hän ainoastaan myynyt
sekatavarakauppiaan vaimolle San Diegossa sitä ihmeellistä
tahranpuhdistajaa neljän dollarin edestä, minkä kaiken vastikään oli
ostanut hänen mieheltään nikkelikolikolla, mutta samalla käytti
tilaisuutta hyväkseen ja puhalsi kauppiaan kellon makuuhuoneen
piirongin päältä. Ja kun kello oli seitsemänkymmenenviiden dollarin
arvoinen, niin se sekatavarakauppias suuttui ja ilmoitti dohtorin
viranomaisille.
 No, eräs San Diegon poliisikomisarjus lähti hänen jäljilleen ja
tavoitti karnevaaliseurueen Santa Barbera nimisessä kaupungissa.
Ja näytti siltä, että komisarjus oli erikoisen kuuluisa henkilö, koska
hän ei ainoastaan ollut kotoisin varakkaasta vanhasta perheestä,
vaan myöskin, yhteishyvän vuoksi, kovin kiintynyt nuorten tyttöjen
moraaliin, jotka olivat naisiksi puhkeamassa. Ja hän oli hyvin tärkeä
henkilö naisvankilan johtokunnassa, ja pääsyynä, miksi häntä
kiinnosti sekatavarakauppiaan vaimo, oli se, että tämä oli sieltä
lähtöisin ja että hänen alhainen moraalitasonsa näkyi aina olevan
hänelle arvoitus.

No niin, komisarjus saapui markkinapaikalle Santa Barberaan

aivan varhain aamulla ennenkuin kukaan vielä oli siellä ja huomasi
Dorothyn istumassa Le Vinon teltan etukaistaleen alla katselemassa,
kun rouva Le Vino sovitti päähänsä budoirilakkia. Ja hän saapui
rouva Le Vinon luo tiedustelemaan dohtoria, mutta hänen katseensa
näkyivät etupäässä katselevan Dorothya. Ja siitä hetkestä asti näytti
tosiaankin, että samalla kun hänen virallisena virkanaan lie ollutkin
etsiä dohtori ja haastaa hänet tuomioistuimen eteen, hänen
yksityiskatseensa liikkui enemmän Dorothyssa. Ja ajan oloon hän
tosiaan katsoi dohtoria sormiensa välitse, ja dohtori tuli suorastaan
niin rohkeaksi, että hänestä yhä enemmän tuli naisten ritari, ja hän
kehuskeli tahranpuhdistajaansa oikealle ja vasemmalle. Tällä välin
näkyi komisarjuksen tärkeimpänä ajatuksena olevan saada Dorothy
johonkin nurkkaan ja kertoa hänelle, että hän oli saavuttanut sen
kohdan, jolloin jonkun moraalisen, kuten hänen, oli autettava hänet
tulemaan tytöstä naiseksi.

Ja tosiaan näyttää ihmeellisestä, että Dorothy oli

karnevaaliseurassa saavuttanut kuudentoista vuoden iän "elämän"
kysymyksen tulematta hänen huomioonsa. Sillä kun minä olin
kolmentoista vuoden vanha ja lauloin kirkkokuorossamme, niin
tosiaan jokainen kuoron nuorukainen oli asiasta toki maininnut ja
jotkut olivat tehneet enemmänkin. Mutta näyttää että
karnevaaliseuran ympäristö ei juuri paljoa muistuta kirkkokuoroa.
Sillä karnevaaliseurassa ei mikään ole pyhää, ja ne kaikki riehahtivat
ja laskivat leikkiä lemmestä ihan Dorothyn nenän edessä, niin että
Dorothy nauroi sen pois. Mutta kirkkokuorossa on lempi niin pyhää,
ettei siitä mainitakaan muuta kuin kuiskaamalla, ja silloin se tulee
salaperäisemmäksi. Ja kun joku asia on salaperäinen, niin se on
aina kiehtovampi. Niinpä meidän kirkkokuorossamme tehtiinkin
paljoa enemmän rakkautta kuin Dorothyn karnevaaliseurassa, missä
ei mikään ollut pyhää. Siis Dorothyn koko asento tässä
kysymyksessä oli aivan hatara ajalla, jolloin hänen olisi pitänyt
tutkiskella nuoren tytön arvoituksia, miettiä elämää ja ihmetellä.

Neljäs luku

No niin, minä aina ajattelen, että kun nuori kuusitoistavuotias tyttö

ei ollenkaan mieti, mitä hänelle on tapahtumassa
karnevaaliseurassa, niin hän alkaa kulkea kuilun syrjää kohti.

Ja Dorothy, oli jo kuulemma tehnyt tuttavuutta seuran

käärmeensyöjän kanssa, joka tunnettiin pilkkanimellä Curley. Ja niin
hänen täytyi valita varakkaan komisarjuksen huomaavaisuuden ja
sellaisen miehen seuran välillä, jonka rahallinen asema riippui
syötävillä käärmeillä täytetystä laatikosta, eikä Dorothy hetkeäkään
epäillyt tehdä niinkuin ei olisi pitänyt. Ja lopuksi komisarjus närkästyi
Dorothyyn ja meni Curleyn itsensä luo ja sanoi hänelle, että hänen
pitäisi hävetä alati näyttäytyä nuoren tytön seurassa, joka juuri oli
kukastaan puhkeamassa, koska se herätti huonoja ajatuksia
jokaisen mielessä.

No, Curley punastui kovin paljon ollakseen käärmeensyöjä. Mutta

hän sanoi komisarjukselle, että hän ja Dorothy käyttivät kaiken
aikansa "nauraakseen" yhdessä, joten hän ei koskaan ehtinyt mitään
pahaa ajatella, mutta hän kiitti komisarjusta, että tämä oli hänelle sitä
muistuttanut, ja lupasi vastedes käyttäytyä paremmin. Ja
seurauksena oli, että kun Curley ensi kerralla tapasi Dorothyn, hän
katsoi häneen ja katsoi häneen aivan uudella katseella ja lopuksi
virkkoi: "Jaha, Mug, sinusta näkyy tulleen täysikasvuinen!"

Ja osana Curleyn tehtävistä karnevaaliseurassa kuului olleen

ottaa joukko afiiseja, joissa ilmoitettiin markkinasirkuksen olevan
jokaisen kaupungin äärimmäisellä laidalla, ja siroitella niitä kaikki
torttuvallit täyteen. Ja sinä päivänä sattui olemaan kevät, ja ilma oli
ihana. Mutta kun he saapuivat hallituksen kortteliin, heitti hän kaikki
afiisit tuhkatynnyriin ja kutsui sensijaan Dorothyn kävelylle
maaseudulle.

No, he nousivat onnipussiin ja ajoivat maaseudulle niin pitkälle

kuin linjaa riitti. Ja aurinko paistoi, ja ilma oli täynnä kauniita lintuja,
ja nurmikko oli täynnä kauniita orvokkeja, ja sellainen ympäristö olisi
houkutellut melkein jokaisen ajattelemaan rakkautta, mutta niin ei
tehnyt Dorothyn kaltainen tyttö. Tarkoitan, että hän on täydellinen
vastakohta minun kaltaiselleni tytölle, sillä kun minä olen yksinäni
herrasmiehen kanssa melkein missä ympäristössä tahansa, niin
minä aina ajattelen, että jotakin voisi tapahtua.

No, lopuksi Curley alkoi kysyä Dorothylta ihan suorasukaisesti,

mitä hän ajatteli herra ja rouva Al Le Vinon kotielämästä; sillä Curley
näkyi pitävän sitä ihanteellisena, vaikka se tapahtuikin teltassa.
Mutta Dorothy sanoi sen johtuvan siitä, ettei Curleyn tarvinnut asua
heidän kanssaan siinä teltassa. Sillä hän puolestaan oli jo
saavuttanut kärsivällisyytensä huipun, ja eräänä päivänä, kun herra
Al Le Vino nimitti Helmi Le Vinoa "karitsapiirakaksi"
yhdeksättäkolmatta kertaa samana päivänä, oli Dorothy
heittämäisillään kivenmukulan oikein hurjalla vauhdilla.

Ja sitten Curley koetti selittää Dorothylle, että melkein jokainen

tuntee Le Vinojen tapaan joskus elämässään ja että ainoa eroitus Le
Vinojen ja kaikkien muiden välillä oli se, että Le Vinot olivat oikeassa
tuntiessaan sillä tavalla. Mutta Dorothy sanoi siihen, että jos Curley
koskaan huomasi hänen joutuvan sellaiseen tilaan, niin hän toivoi
Curleyn opettavan jonkun käärmeistään häntä pistämään.

No, sitten piti Curley suunsa kiinni varsin pitkän tovin. Mutta
jonkun ajan kuluttua hän sanoi Dorothylle, että Dorothy oli sittenkin
vielä liian nuori puhuakseen moisista asioista, joten he aivan hyvin
voisivat palata markkinapaikalle.

Mutta koko paluumatkalla Curley näytti olevan aivan alakuloinen,

koskei hän virkkanut sanaakaan. Ja sitten Dorothy ryhtyi
ajattelemaan. Ja sitten Dorothy sanoi ruvenneensa kummeksumaan,
voisiko hän koskaan rakastua kehenkään ja tulla aivan yhtä
inhoittavaksi kuin Le Vinon Helmi.

No, mutta kevätaika oli sittenkin ja metsäorvokit tuoksuivat aika

paljon, ja Dorothy sanoo, että hän lopulta alkoi miettiä, miltä tuntuisi,
kun olisi joku iso miehenmötkäle, joka halata rutistaisi ja suikkaisi
aimo pusun. Mutta moinen sanonta vain todistaa, kuinka
hienostumattomia Dorothyn ajatukset voivat olla silloinkin, kun on
puhe lemmestä.
 Ja Dorothy ajatteli ajattelemistaan, kunnes sanoo vihdoin tulleensa
siihen johtopäätökseen, että oli kuullut niin paljon
"lemmenkuhertelusta", että oli aika hyrrätä ja itse ottaa selville, oliko
sitä liiaksi reklamoitu. Eikä minusta Dorothya todellakaan voi moittia
hänen epäluuloisuutensa vuoksi, koska hän oli viettänyt koko
elämänsä ihmisten parissa, jotka ilmoittivat syövänsä käärmeitä ja
jakelevansa priima veitsiä eivätkä koskaan täyttäneet lupauksiaan.

No, kun Dorothy päätti sen tehdä, sanoo hän, että ainoa, jossa
hän saattoi olettaa olevan mielenkiintoa, oli poliisikomisarjus, sillä
Curley ei koskaan juolahtanut "romaanina" hänen mieleensä. Ja kun
he ehtivät takaisin markkinapaikalle, oli komisarjus siellä, kuten
tavallista, istumassa Le Vinon teltan takakaistaleen alla ja oli
auttavinaan rouva Le Vinoa herneiden silpimisessä, vaikka hän
tositeossa vilkuili joka suunnalle etsien Dorothya. Kun siis Dorothy oli
päättänyt ottaa selvän "asioista", irtausi hän Curleystä ja virkkoi
komisarjukselle ystävällisen sanan ensi kertaa senjälkeen, kun tämä
oli alkanut seurailla karnevaalikiertuetta. Ja lopuksi hän sopi, että
lähtisi sinä iltana kaupungin elokuviin komisarjuksen kanssa.

Illan tullen Dorothy siis jätti vohvelikoneensa, kuten tavallista, ja

meni komisarjuksen kanssa kaupunkiin. Ja se oli todella merkillinen
yhteensattuma, sillä kino oli pelkkää rakkautta ja sähköpiano soitti:
"Suutele minua jälleen", ja Dorothy saavutti vihdoin sen kohdan,
jossa hän päätti sallia komisarjuksen pitää hänen kättänsä. Ja
Dorothy sanoo, että hän antaisi taalan, jos tietäisi, mitä se mies siitä
sai, sillä hän itse puolestaan olisi juuri yhtä kernaasti pidellyt jotakuta
omaa vohveliaan, joka oli jäänyt sateeseen likomaan. Ja Dorothy
toisteli itsekseen: "Kyllä sen täytyy olla hiton paljoa parempaa kuin
tämä tai sitten Le Vinon herrasväki on kuin päättömiä kanoja!"
 Mutta Dorothy päätti välttää liiallista kiirettä, kunnes oli koetta
hyvin koetellut, ja hän teki mielessään päätöksen, että ennenkuin ilta
oli kulutettu hän sallisi komisarjuksen suudella.

No, siihen aikaan, kun he kävelivät takaisin markkinapaikalle, oli

kaikki autiota ja oli aivan pimeä, kuutamoa lukuunottamatta. Sitten
he pysähtyivät Le Vinon teltan edustalle, ja Dorothy sanoo
sallineensa komisarjuksen lörpötellä, kuinka kaunista tyttöys oli,
varsinkin silloin, kun tyttö on kehittymässä naiseksi. Ja kun mies oli
lopettanut jaarittelunsa, kiristi Dorothy hampaitaan ja salli
komisarjuksen suudella. Ja kun se kaikki oli ohi, sanoo Dorothy
tunteneensa samaa kuin pieni poika, joka vastikään on saanut
selville, että joulupukki onkin pyhäkoulun johtaja.

Mutta Curley kuului kaiken aikaa lymyilleen teltan takana

odottamassa, nähdäkseen, pääsikö Dorothy turvallisesti kotiin, ja
kun Dorothy salli komisarjuksen suudella, astui hän esille ja käski
ihan tiuskaamalla Dorothyn mennä nukkumaan. Ja sitten Curley piti
pitkän keskustelun kävellen pimeässä pitkin markkinapaikkaa
komisarjuksen kanssa.

No, kun komisarjus seuraavana päivänä saapui, kertoi hän rouva

Le Vinolle, että hän oli sähköttänyt äidilleen, jotta tämä tulisi
noutamaan Dorothyn ja että hän ja hänen äitinsä veisivät tytön
heidän kotiinsa San Diegoon ja panisivat hänet kouluun, ja kun
Dorothy olisi kyllin kasvatettu, näkisivät he, mitä näkisivät, koska
komisarjuksen silmämääränä oli avioliitto.

No, kun Dorothy kuuli uutisen, käsitti hän, ettei se ollut muuta kuin
Curleyn vehkeitä. Niinpä hän meni etsimään tuota miekkosta ja
tapasi hänet istumassa kanvassilla peitetyssä käärmekuopassaan.
Ja Dorothy sanoo ryhtyneensä antamaan hänelle "mitä kuului"
sentähden, että hän kepposen vuoksi, joka ei ollut edes sukkela,
toimitti komisarjuksen äidin kaltaisen vanhan naisen pitkälle
rautatiematkalle rautatievaunussa, koska Dorothy ei voinut edes
kuvitellakaan lähtevänsä tämän komisarjuksen matkaan.

Ja sitten tuli Curleyn vuoro antaa Dorothylle selitys. Ja hän sanoi,

että vaikkei tyttö ehkä ollutkaan itse sitä huomannut, olivat kaikki
hänen ystävänsä karnevaaliseurassa aika paljon huolissaan hänen
tähtensä. Sillä näytti siltä, että hän oli muuttunut ihan
kysymysmerkiksi. Ja mitä Curleyhin itseensä tuli, oli hän jo ollut
vähällä jättää vastaamatta. Sillä että tyttö saattoi niin viattomasti
keskustella aamulla hänen kanssaan "elämästä" ja sitten juosta tuon
komisarjuksen perästä niinkuin Dorothy juoksi aivan samana iltana
pimeässä, kaikki tuo sai Curleyn melkein uskomaan, ettei hän
ymmärtänyt naisia. Ja Dorothy teki parhaansa keksiäkseen
selityksen, mutta sellaista ei näkynyt löytyvän.

Ja sitten Curley sanoi, että Dorothyn tulisi sentäänkin oppia

moraaleja ja että hän oli huomannut karnevaaliseuran olevan siihen
tarkoitukseen sopimattoman paikan. Sillä tuskin mikään, mitä
karnevaaliseurassa tehtiin, oli rehellistä. Olipa Dorothy itsekin
tottunut vohkimaan liisteriä, jolla ilmoituslippuja kiinnitettiin,
tehdäkseen siitä vohveleita, mikä ei suinkaan ollut sopiva perusta
nuoren tytön luonteelle.

Sitten Curley jatkoi ja sanoi, ettei hänellä ollut suuria ajatuksia

komisarjuksen aivojen älystä, mutta olihan se poliisi sentään
huomattava mies ja varakas ja nuori tyttö olisi hänen käsittääkseen
turvassa komisarjuksen äidin luona, jolleivät Al Le Vinon kuvitetut
laulut olleet antaneet hänen omalle järjelleen takapotkua. Niinpä
Curley sanoikin Dorothylle, että hänen oli osoitettava arvonantoa ja