‫מטלה ‪ – 1‬ביוכימיה – החוג לביוטכנולוגיה ‪2024 -‬‬

‫לתלמידים שלום‪,‬‬

‫מצורפת מטלה ‪ 1‬שערכה ‪ 15%‬מהציון הסופי‪ .‬בהמשך הקורס תנתן עבודה נוספת למעוניינים לשפר את‬
‫הציון‪ .‬במידה ותוגש העבודה הנוספת‪ ,‬יבחר הציון הגבוה מבין השת יים‪ .‬חובה להגיש לפחות אחת מבין‬
‫שתי העבודות‪.‬‬

‫שימו לב‪:‬‬
‫א‪ .‬יש להגיש את העבודה במערכת ה‪ Moodle-‬בלבד‪.‬‬
‫ב‪ .‬חובה להגיש את העבודה על טופס ה‪ Word-‬המצורף כשהתשובות מוקלדות ולא צילומי תשובות בכתב‬
‫יד או כל אמצעי אחר‪.‬‬
‫ג‪ .‬מומלץ מאוד להגיש את העבודה גם כקובץ ‪ PDF‬כגיבוי במידה ויחולו תזוזות בקובץ הוורד‪.‬‬
‫ג‪ .‬אין למחוק את השאלות‪ .‬יש לכתוב תשובות אחרי כל שאלה‪.‬‬
‫ד‪ .‬אנא המנעו מהעתקות ושמרו על טוהר העבודות והבחינות‪ .‬במקרה של העתקה‪ ,‬ינתן ציון אפס לעבודה‬
‫שיחשב בשקלול הסופי ולא תנתן אפשרות להגיש את העבודה השניה‪.‬‬

‫בהצלחה‬

‫שם התלמיד‪ :‬רואא ראביה‬

‫‪1‬‬
 ‫שאלה ‪ – 1‬שימו לב‪ ,‬המשך השאלה בעמוד הבא‬

‫נתון‪ :‬שלוש תמיסות של שלוש חומצות האמינו ואלין‪ ,‬ליזין וטירוזין המהוות אבני בניין בחלבונים‪( .‬שימו לב‪,‬‬
‫קבוצת ה‪ OH-‬הפולרית בקבוצה הצדדית של טירוזין יכולה לשחרר פרוטון ולהתיינן ‪).0-‬‬

‫נקודת ‪pKR‬‬ ‫נקודת ‪pK2‬‬ ‫נקודת ‪pI‬‬ ‫נקודת ‪pK1‬‬

‫‪9.62‬‬ ‫‪5.97‬‬ ‫‪2.32‬‬ ‫ואלין‬
‫‪9.60‬‬ ‫‪2.77‬‬ ‫‪1.88‬‬ ‫חומצה אספרטית (אספרטת)‬
‫‪10.07‬‬ ‫‪9.11‬‬ ‫‪5.66‬‬ ‫‪2.2‬‬ ‫טירוזין‬

‫א‪ .‬חשבו את נקודת ה‪ pKR-‬של חומצה אספרטית‪ .‬הראו את דרך החישוב (‪)3‬‬

‫‪Pkr = 2× PI - Pk1‬‬
‫‪= 2 × 2.77 - 1.88‬‬
‫‪= 3.66‬‬

‫ב‪ .‬מה יהיה המטען נטו של רב חומצות האמינו חומצה אספרטית ב‪___?pH=11-‬שלילי____ (‪)2‬‬
‫מה המטען נטו? ‪-1‬‬

‫ג‪ .‬השלימו‪ :‬ב‪ _____ 100%__ ,pH=2.77-‬מהקבוצות הצדדיות של חומצות האמינו חומצה אספרתית יהיו‬
‫קשורות לפרוטון‪)3( .‬‬
‫(‪ ,50%‬יותר מ‪ ,50%-‬פחות מ‪)0% ,100% ,50%-‬‬

‫‪2‬‬
 ‫ד‪ .‬האם ניתן לחשב נקודת ‪ pKR‬לחומצת האמינו ואלין? נמקו את תשובתכם‪)2( .‬‬
‫לא ניתן לחשב נקודת ‪ pKR‬לחומצת האמינו ואלין ( אין לו נקודת ‪) pKR‬‬
‫הסבר ‪ :‬הקבוצה הצדדית שלו לא מתייננת מכיוון שמאוד קשה להפריד בין המימנים שקשורים לאטום פחמן‬

‫ה‪ .‬באיזו נקודת ‪ pH‬יהיו ‪ 100%‬ממולקולות החומצה האמינית ואלין מנוטרלות חשמלית (מטען כולל אפס)?‬
‫________‪ _____PI‬באיזו נקודת ‪ pH‬זה קורה? התשובה היא‪)2( 5.97 :‬‬
‫כיצד נקראת צורה זו? ___צוויטריון____ (‪)2‬‬
‫‪ ( 7 = PH‬בין ‪) Pk1 and Pk2‬‬
‫‪-2‬‬
‫ו‪ .‬שרטטו את צורות החומצה האמינית טירוזין ב‪ )6( pH=2.2 -‬ניתן לצרף צילום השרטוט‪ .‬רשמו שם על‬
‫הצילום‪:‬‬

‫ז‪ .‬בחלבונים הקושרים חומצות שומן (מולקולות הידרופוביות שאינן מסיסות במים) ומובילים אותן בדם‪ ,‬איזו‬
‫חומצה ‪ /‬אלו חומצות מבין השלוש תצפה לראות פחות נפוצה ‪ /‬נפוצות בחלק הקושר את חומצות השומן?‬
‫הסבירו ונמקו את תשובתכם‪)8( .‬‬
‫חומצות הידרופיליות ( פולריות ) שהם ‪ Aspartate and Tyrosine‬מכיוון שהחלבונים שמורכבים מכמות‬
‫גדולה מחומר פולרי לא יתקשר בחומצות שומן בצורה יעילה מדוע? ההסבר לא מלא ‪-1‬‬

‫‪3‬‬
 ‫ח‪ .‬בונוס לא חובה‪ ,4( :‬תשובה לא נכונה‪)-3 :‬‬
‫לקבוצה הצדדית של חומצת האמינו טירוזין יכולת לאבד פרוטון ולהפוך לטעונה במטען חשמלי שלילי‬
‫(‪ ,)pKR=10.07‬מדוע‪ ,‬אם כן‪ ,‬לא קיימים במבנה השלישוני של חלבוני התא קשרים יוניים בהשתתפות הקבוצה‬
‫הצדדית של טירוזין? בתשובתכם חובה להתייחס לזיקת הפרוטון‪ ,‬לנקודות ‪ pKR‬של חומצות אמינו היכולות‬
‫ליצור קשר יוני עם טירוזין וכן לתנאים הפיסיולוגיים בתאי הגוף‪.‬‬

‫‪4‬‬
 ‫שאלה ‪:2‬‬
‫האנזים פוספורילאז פועל בתאי שריר ומפרק שרשרת סוכרים‪ .‬באתר הפעיל‬
‫של האנזים (האתר שקושר את שרשרת הסוכר) יש שייר חומצת אמינו‬
‫אספרטית (אספרטת) ושייר חומצה אמינו ליזין‪ .‬האנזים פעיל רק כאשר נוצר‬
‫קשר יוני בין שיירי חומצות אמינו אלו‪ .‬קשר יוני זה מקנה לו את המבנה‬
‫השלישוני הפעיל שלו‪ .‬אם לא נוצר קשר יוני‪ ,‬האנזים מדוכא‪.‬‬

‫נתון‪( :‬השלימו נתונים משאלה ‪)1‬‬

‫נקודת ‪pK2‬‬ ‫נקודת ‪pKr‬‬ ‫נקודת ‪pI‬‬ ‫נקודת ‪pK1‬‬
‫‪9.60‬‬ ‫‪3.66‬‬ ‫‪2.77‬‬ ‫‪1.88‬‬ ‫חומצה אספרטית‬
‫(אספרטת)‬
‫‪8.95‬‬ ‫‪10.53‬‬ ‫‪9.74‬‬ ‫‪2.18‬‬ ‫ליזין‬

‫בכל דרגות ‪ pH‬הבאות רשמו האם האנזים יהיה פעיל או מדוכא‪ .‬בהסברכם‪ ,‬חובה להתייחס לנקודות ה‪pK-‬‬
‫הרלבנטיות של שתי חומצות האמינו‪:‬‬

‫‪ )1‬בדרגת ‪ ,pH=2.1‬רב אנזימי הפוספורילאז יהיו ___ מדוכאים __ (פעילים ‪ /‬מדוכאים) (‪)3‬‬

‫הסבר‪ )6( :‬לא מתרחש קשר יוני בין שיירי החומצות מכיוון שהקבוצה הצדדית של חומצה ליזין לפני‬
‫‪( PKr‬קבוצה ‪ ) NH3+‬יש לה מטען חיובי וגם הקבוצה הצדדית של חומצה אספרטת לפני ‪( PK1‬‬
‫קבוצה ‪ )COOH‬יש לה מטען חיובי לא נכון‪ ,‬ניטרלית כלומר שניהם מוסרים פרוטונים ‪ .‬והקשר יוני‬
‫צריך מטענים מנוגדים כלומר שלילי עם חיובי‪.‬‬
‫‪ pK1‬ו‪ pK2-‬לא רלבנטיים כי מדובר בחלבון שלם וכל הקבוצות שקשורות לפחמן אלפא לא קיימות‬
‫בצורה בה הן יכולות להתיינן כי הן יוצרות קשר פפטידי‪ .‬צריך להתייחס רק ל‪ pKR-‬שהוא ‪ pK‬של‬
‫הקבוצה הצדדית‪.‬‬

‫‪-2‬‬

‫‪5‬‬
 ‫‪ )2‬בדרגת ‪ ,pH=7‬רב אנזימי הפוספורילאז יהיו __ פעילים ____ (פעילים ‪ /‬מדוכאים) (‪)3‬‬

‫הסבר‪ )6( :‬יתרחש קשר יוני בין שיירי החומצות מכיוון שהקבוצה הצדדית של חומצה ליזין ב ‪( PI‬‬
‫קבוצה אמין ‪ ) NH2‬חסרת פרוטון לכן היא יכולה לקבל פרוטון ‪ .‬ובקבוצה הצדדית של חומצה אספרטת‬
‫ב ‪ ( PI‬קבוצה חומצת קרבוקסילית ‪ ) COOH‬היא יכולה למסור פרוטון וככה יתרחש קשר יוני ביניהם‬
‫(פעילים ) ‪.‬‬
‫ההסבר חלקי ולא מדויק‪ .‬אין שום קשר ל‪ PI-‬אלא רק ל‪ .pKR-‬כמו כן חסרה הדגשה שלאחר קבלת‬
‫פרוטון ע"י ליזין ומסירת פרוטון ע"י אספרטית‪ ,‬השיירים מתייננים ויכולים ליצור קשר יוני‪.‬‬
‫‪-2‬‬

‫‪ )3‬בדרגת ‪ ,pH=13‬רב אנזימי הפוספורילאז יהיו ___ מדוכאים ____ (פעילים ‪ /‬מדוכאים) (‪)3‬‬

‫הסבר‪ )6( :‬לא מתרחש קשר יוני בין שיירי החומצות מכיוון שהקבוצה הצדדית של חומצה ליזין‬
‫אחרי ‪( PK2‬קבוצה אמין ‪ ) NH2‬יכולה לקבל פרוטון ‪ .‬והקבוצה הצדדית של חומצה אספרטת אחרי‬
‫‪ ( PKr‬קבוצה חומצת קרבוקסילית ‪ ) COO-‬גם היא יכולה לקבל פרוטון ‪.‬‬
‫חסרה התייחסות ל‪ + pKR-‬אין התייחסות למטענים‬
‫‪-2‬‬

‫בכל הסעיפים אין שום התייחסות למצב הטעינה של הקבוצות הצדדיות‬

‫שאלה ‪:3‬‬
‫חוקר סינתז במעבדה הקסה‪-‬פפטיד (פפטיד של שש חומצות אמינו) מלאכותי ברצף הבא‪:‬‬
‫‪N – Serine – Glutamate – Glutamate – Serine – Asparagine – Arginine - C‬‬

‫‪6‬‬
 ‫א‪ .‬נתונות חומצות האמינו מהן בנוי ההקסה‪-‬פפטיד‪ .‬שרטטו את הפפטיד המלאכותי (ניתן לצרף‬
‫צילום‪ ,‬רשמו את שמכם על הצילום)‪)10( :‬‬

‫יפה‬

‫באמצעות הנדסה גנטית*‪ ,‬שילב החוקר את רצף ההקסה‪-‬פפטיד הנ"ל בתוך חלבון ידוע המכיל ‪ 247‬חומצות‬
‫אמינו‪ .‬התקבל חלבון עם ‪ 253‬חומצות אמינו‪ .‬החוקר בדק את תכונות החלבון החדש (‪ 253‬ח"א) בתמיסה‬
‫בעלת ‪ pH‬פיסיולוגי (בסביבות ‪ .)pH=7.4‬לפניכם מספר היגדים הנוגעים לחלבון החדש שהתקבל‪ .‬סמנו כל‬
‫היגד בנכון או לא נכון ונמקו בקצרה את בחירתכם‪ 1( :‬נקודה לכל בחירה‪ 4 ,‬לנימוק)‬

‫‪7‬‬
 ‫נכון ‪ /‬לא נכון‬ ‫ב‪ .‬יתכן ובחלבון יווצרו קשרים יוניים נוספים או שונים‪.‬‬

‫נימוק‪ :‬כי במבנה השלישוני יקרה אינטראקציות בין הקבוצות הצדדיות החופשיות כמו ‪ :‬קשרים‬
‫יוניים ( שני קבוצות מיוננים בסביבה ניראלי ) ויש הרבה קבוצות צדדיות חופשיות כלומר יתכן‬
‫שכל אחד יעשה קשר עם האחר לכן יש הרבה אפשריות שונות‬
‫כללי ‪-1‬‬

‫נכון ‪ /‬לא נכון‬ ‫ג‪ .‬יתכן ותשתנה הנקודה האיזואלקטרית (נקודת ה‪ )pI-‬של החלבון‬

‫נימוק‪ :‬יתכן ותשתנה הנקודה האיזואלקטרית (נקודת ה‪ )pI-‬של החלבון בגלל שתנאי הסביבה‬
‫השתנתה כלומר יכול לשנות את הקשרים ומשפיע על התכונות הכימיות שלו‬
‫ההסבר כללי מידי ולא מתייחס לפוטנציאל היינון של חלק מהשיירים שהוספו לחלבון וכ"כ‪ ,‬מה‬
‫פירוש "תכונות כימיות"? ‪-2‬‬

‫נכון ‪ /‬לא נכון‬ ‫ד‪ .‬יתכן וישתנה המבנה השלישוני של החלבון‪.‬‬

‫נימוק‪ :‬כי יש השפעה על אינטראקציות בין הקבוצות הצדדיות‬

‫נכון ‪ /‬לא נכון‬ ‫ה‪ .‬החלבון יצור קשרי ‪ SS‬נוספים‬

‫נימוק‪ :‬כי הקשר הזה יקרה רק בין שתי קבוצות סולפהידריל ( ‪ ) SH‬של שיירי חומצות אמינו‬
‫ציסטאין ובהקסה‪-‬פפטיד אין ציסטאין‬

‫ו‪ .‬רצף ההקסה‪-‬פפטיד בחלבון ייצור אינטרקציות הידרופוביות עם איזורים הידרופוביים נכון ‪ /‬לא נכון‬

‫נימוק‪ :‬כי כל שיירי החומות האמיניות בהקסה‪-‬פפטיד הן הידרופיליות (פולריות )‬

‫נכון ‪ /‬לא נכון‬ ‫ז‪ .‬תעלה מסיסות החלבון בתמיסה מימית‬

‫נימוק‪ :‬כי מולקולות המים מתקשרים בחלבון ‪.‬ויקרה אינטרקציות עם המים בגלל שהחלבונים חלק‬
‫יש להם תכונות הידרופוביות שבורחים מהמים וחלק הידרופיליות שאוהב המים‬

‫‪8‬‬
 ‫תשובה כללית ואין שום התייחסות להקסה‪-‬פפטיד‪-2 .‬‬

‫נכון ‪ /‬לא נכון‬ ‫ח‪ .‬לחלבון לא תהיה יכולת ליצור קשרים היוצרים מבנים של ‪ α-Helix‬ו‪β-Sheet-‬‬

‫נימוק‪ :‬כי יתכן שיוצר קשר בין קרבוניל לבין אמין בין החומצות‬

‫ט‪ .‬בונוס‪ ,‬לא חובה‪ ,+2( :‬לא נכון‪)-2 :‬‬

‫‪ -‬מה יהיה מטענו החשמלי הכללי של ההקסה‪-‬פפטיד בדרגת ‪__________________?pH=2.0‬‬
‫‪ -‬מה יהיה מטענו החשמלי הכללי של ההקסה‪-‬פפטיד בדרגת ‪__________________ ?pH=13‬‬

‫בהצלחה‬

‫ציון ‪85‬‬
‫אלי‬

‫‪9‬‬