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Bioinformatics 5th Edition

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CONTENTS

Preface to the fifth edition xv

Plan of the book xxi
Introduction to bioinformatics on the web xxii
Acknowledgements xxiii

1 Introduction 1
Life in space and time 4
Phenotype = genotype + environment + life history + epigenetics 4
Evolution is the change over time in the world of living things 5
Biological classification and nomenclature 6
Dogmas: central and peripheral 9
The structure of DNA 9
Transcription and translation 12
The structures of proteins 12
Statics and dynamics 17
Systems biology 17
The human genome 19
Variation in human genome sequences 20
The human genome and medicine 21
Databases in molecular biology 28
Observables and data archives 29
A database without effective modes of access is merely a data graveyard 29
Information flow in bioinformatics 31
Curation, annotation, and quality control 32
The World Wide Web 33
Electronic publication 34
Computers and computer science 34
Programming 35
Après moi, le déluge? Sorry—too late! 38
How much sequencing power is there in the world? 41
How does the amount of data in bioinformatics compare with other large scientific
information archives? 41
Recommended reading 42
Exercises and Problems 43

2 From genetics to genomes 48

The classical genetics background 49
DNA embodies genes 50
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi

viii Contents

Maps and tour guides 51

Linkage maps 51
Linkage 51
Chromosome banding 53
High-resolution maps, based directly on DNA sequences 55
Restriction maps 56
DNA sequencing 57
Frederick Sanger and the development of DNA sequencing 57
DNA sequencing by termination of chain replication 58
Automation of DNA sequencing 60
Next-generation sequencing 61
Paired-end reads 66
Life in the fast lane 67
Assembly—computational aspects 68
Pattern matching 68
Suffix trees 68
Fragment assembly 70
Genomics in personal identification 73
DNA ‘fingerprinting’ 74
Personal identification by amplification of specific regions has superseded
the RFLP approach 75
Mitochondrial DNA 76
Analysis of non-human DNA sequences 77
Parentage testing 78
Ethical, legal, and social issues 80
Databases containing human DNA sequence information 80
Use of DNA sequencing in research on human subjects 82
Recommended reading 83
Exercises and Problems 84

3 The panorama of life 88

Genomes, transcriptomes, and proteomes 89
Genes 89
Proteomics and transcriptomics 91
Eavesdropping on the transmission of genetic information 93
Genome-sequencing projects 93
Genomes of prokaryotes 94
The genome of the bacterium Escherichia coli 95
The genome of the archaeon Methanocaldococcus jannaschii 97
The genome of one of the simplest organisms: Mycoplasma genitalium 98
Metagenomics: the collection of genomes in a coherent environmental sample 99
The human microbiome 101
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Contents ix

Genomes of eukarya 102

Gene families 103
The genome of Saccharomyces cerevisiae (Baker’s yeast) 103
The genome of Caenorhabditis elegans 105
The genome of Drosophila melanogaster 105
The genome of Arabidopsis thaliana 107
The genome of Homo sapiens (the human genome) 108
Protein-coding genes 109
Repeat sequences 109
RNA 110
Single-nucleotide polymorphisms and haplotypes 110
Systematic measurements and collections of single-nucleotide
polymorphisms 113
Genetic diversity in anthropology 114
DNA sequences and languages 116
Evolution of genomes 116
Please pass the genes: horizontal gene transfer 118
Comparative genomics of eukarya 119
Recommended reading 120
Exercises and Problems 121

4 Alignments and phylogenetic trees 123

Introduction to sequence alignment 124
Dotplots and sequence alignments 130
Measures of sequence similarity 132
Scoring schemes 132
Derivation of substitution matrices: PAM matrices 133
Computing the alignment of two sequences 135
Variations and generalizations 135
Approximate methods for quick screening of databases 135
The dynamic programming algorithm for optimal pairwise sequence
alignment 137
Significance of alignments 141
Multiple sequence alignment 143
Applications of multiple sequence alignments to database searching 143
Profiles 146
PSI-BLAST 147
Complete pairwise sequence alignment of human PAX-6 protein and Drosophila
melanogaster eyeless 151
Hidden Markov Models 152
Phylogeny 154
Determination of taxonomic relationships from molecular properties 155
Use of sequences to determine phylogenetic relationships 159
Use of SINES and LINES to derive phylogenetic relationships 161
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x Contents

Phylogenetic trees 162

Clustering methods 164
The maximum-likelihood method 165
Reconstruction of ancestral sequences 165
Pyruvate decarboxylase: synthesis, activity, and crystal structure of predicted ancestor 167
The problem of varying rates of evolution 168
Bayesian methods 169
Are trees the correct way to present phylogenetic relationships? 169
Computational considerations 170
Putting it all together 171
Recommended reading 171
Exercises and Problems 172

5 Structural bioinformatics and drug discovery 177

Introduction 178
Protein stability and folding 180
The Sasisekharan–Ramakrishnan–Ramachandran plot
describes allowed mainchain conformations 180
The sidechains 181
Protein stability and denaturation 183
Protein folding as a process 185
Applications of hydrophobicity 187
Coiled-coiled proteins 187
Description of the variety of protein structures 190
Superposition of structures, and structural alignments 192
Evolution of protein structures 197
Classifications of protein structures 199
SCOP 199
Protein structure prediction and modelling 201
A priori and empirical methods 202
Critical Assessment of Structure Prediction 203
Secondary structure prediction 204
Homology modelling 205
Fold recognition 205
Conformational energy calculations and molecular dynamics 207
ROSETTA 209
Protein structure prediction from contact maps derived from correlated mutations
in multiple sequence alignments 210
Design of novel proteins 213
Drug discovery and development 215
The lead compound 216
Improving on the lead compound: quantitative structure–activity relationships 217
Bioinformatics in drug discovery and development 218
Molecular modelling in drug discovery 219
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Contents xi

Recommended reading 225

Exercises and Problems 228

6 Scientific publications and archives: media, content, access,

and presentation 233
The scientific literature 234
Access to scholarly publications 235
Open access 236
The Public Library of Science 237
Traditional and digital libraries 237
How to populate a digital library 238
The information explosion 239
The web: higher dimensions 239
New media: video, sound 240
Searching the scientific literature 240
Bibliography management 241
Databases 242
Database contents 242
Database quality control 243
The literature as a database 244
Database organization 244
Annotation 246
Markup languages 248
Database access 250
Links 250
Database interoperability 251
Data mining 251
Programming languages and tools for database construction and access 255
Traditional programming languages 255
Scripting languages 256
Program libraries specialized for molecular biology 256
Java—computing over the web 256
Natural language processing 257
Natural language processing in mining the biomedical literature 258
Biomedical applications of text mining 260
Hypothesis generation 264
A glaucoma-related network derived by text mining 265
Recommended reading 268
Exercises and Problems 269

7 Artificial intelligence and machine learning 271

What are artificial intelligence and machine learning? 272
Classification and clustering 273
Binary classifier 276
Receiver Operating Characteristic (ROC) curves 277
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xii Contents

Artificial neural networks 279

Self-organizing maps 281
Decision trees 281
Support vector machines (SVMs) 286
Kernel methods 286
Clustering 287
Clustering by graph spectral theory 291
Recommended reading 293
Exercises and Problems 293

8 Introduction to systems biology 296

Introduction 297
Networks and graphs 298
Connectivity in networks 299
Dynamics, stability, and robustness 301
Some sources of ideas for systems biology 302
Complexity of sequences 302
Shannon’s definition of entropy 303
Complexity of sequences 304
The relationship between complexity, randomness, and compressibility 305
The Burrows-Wheeler Transform 305
Inverting the Burrows-Wheeler Transform 306
The Burrows-Wheeler Transform brings repeats together, facilitating compression 306
Use of the Burrows-Wheeler transform for searching for patterns in strings 306
Complexity of other types of biological data 308
Static and dynamic complexity 308
Predictability and chaos 309
Analysis and comparison of networks 310
Analysis of graphs by matrix algebra 311
Graph isomorphism 312
Recommended reading 314
Exercises and Problems 314

9 Metabolic pathways 317

Introduction 318
Classification of protein function 320
The Enzyme Commission 320
The Gene OntologyTM Consortium protein function classification 320
Prediction of protein function 321
Catalysis by enzymes 324
Active sites 325
Cofactors 325
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Contents xiii

Protein–ligand binding equilibria 326

Enzyme kinetics 327
Measures of effectiveness of enzymes 328
How do enzymes evolve new functions? 329
Control over enzyme activity 329
Structural mechanisms of evolution of altered or novel protein functions 329
Pathways and limits in the divergence of sequence, structure,
and function 334
Evolution by gene duplication 335
Databases of metabolic pathways 337
The Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) 339
Evolution and phylogeny of metabolic pathways 341
Pathway comparison 341
Alignment of metabolic pathways 343
Comparing linear metabolic pathways 343
Comparing non-linear metabolic pathways: The pentose phosphate pathway
and the Calvin-Benson cycle 346
Dynamics of metabolic networks 347
Robustness of metabolic networks 347
Dynamic modelling of metabolism 347
Simulation of metabolic pathways in Plasmodium falciparum 351
The Human Metabolome Database supports clinical applications to the study
of inborn errors of metabolism, and to cancer 352
Recommended reading 353
Exercises and Problems 353

10 Control of organization and organization of control 355

Transcriptomics 356
The ENCODE Project 357
Determination of RNA sequences 358
RNAseq v. microarrays 358
DNA microarrays 359
RNAseq 363
The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project 366
Expression patterns in different physiological states 367
Variation of expression patterns during the life cycle of Drosophila
melanogaster 368
Different life stages make different demands on different genes 370
Protein complexes and aggregates 373
Properties of protein–protein complexes 373
Protein interaction networks 375
Components of the primosome assembly in Bacillus subtilis 378
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xiv Contents

Regulatory networks 380

Signal transduction and transcriptional control 380
Structural biology of regulatory networks 382
Examples of relatively simple regulatory control networks 383
Regulation of the lactose operon in E. coli 383
The genetic switch of bacteriophage λ 385
The diauxic shift in Saccharomyces cerevisiae 389
Logical structure of regulatory networks 391
The transcriptional regulatory network of E. coli 391
The transcriptional regulatory network of Saccharomyces cerevisiae 392
Adaptability of the yeast regulatory network 393
Recommended reading 396
Exercises and Problems 396

Conclusions 399
Index 400
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PREFACE TO THE FIFTH EDITION
On June 26, 2000, the sciences of biology and
medicine changed forever. Prime Minister of the
United Kingdom Tony Blair and President of
the United States Bill Clinton held a joint press
conference, linked via satellite, to announce the
completion of the draft of the Human Genome. The
New York Times ran a banner headline: ‘Genetic
Code of Human Life is Cracked by Scientists’. The
sequence of 3 billion bases was the culmination of
over a decade of work, during which the goal was
always clearly in sight and the only questions were
how fast the technology could progress and how
generously the funding would flow. The Table shows
some of the landmarks along the way.
Next to the politicians stood the scientists. The
late John Sulston (later Sir John, CH, FRS), Direc-
tor of the Wellcome Trust Sanger Institute in the
UK, had been a key player since the beginning of
high-throughput sequencing methods. He had grown
with the project from the earliest ‘one man and a
dog’ stages to the large international consortium.
In the US, appearing with President Clinton were
Francis Collins, director of the US National Human
Genome Research Institute, representing the US pub-
licly funded efforts; and J. Craig Venter, President
and Chief Scientific Officer of Celera Genomics Cor-
poration, representing the commercial sector. It is
difficult to introduce these two without thinking, ‘In
this corner . . . and in this corner . . . ’. Although never
actually coming to blows, there was certainly intense
competition, in the later stages a race.
The race was more than an effort to finish first and
to receive scientific credit for priority. It was a race
after which the contestants would be tested not for
whether they had taken drugs, but whether they and
others could discover them. Clinical applications
were a prime motive for support of the Human
Genome Project. Once the courts had held that
gene sequences were patentable—with enormous
potential payoffs for drugs and diagnostic tools based
on them—the commercial sector rushed to submit
patents on sets of sequences that they determined,
and the academic groups rushed to place each bit of
sequence that they determined into the public domain
to prevent Celera—or anyone else—from applying
for patents.
The academic groups lined up against Celera were
a collaborating group of laboratories based primar-
ily but not exclusively in the UK and USA. These
included the Wellcome Trust Sanger Institute in Eng-
land; Washington University in St. Louis, Missouri;
the Whitehead Institute at the Massachusetts Institute
of Technology in Cambridge, Massachusetts; Baylor
College of Medicine in Houston, Texas; the Joint
Genome Institute at Lawrence Livermore National
Laboratory in Livermore, California; and the RIKEN
Genomic Sciences Center, now in Yokahama, Japan.
Both sides could dip into deep pockets. Celera had
its original venture capitalists; its current parent com-
pany, the PE Corporation; and, after going public,
anyone who cared to take a flutter. The UK Medical
Research Council and The Wellcome Trust supported
the Sanger Institute. The US National Institutes of
Health and Department of Energy supported the US
academic labs.
On June 26, 2000 the contestants agreed to declare
the race a tie, or at least a carefully out-of-focus
photo finish.
The sequencing of the human genome ranks
with the Manhattan project that produced atomic
weapons during the Second World War, and the
space program that sent people to the moon, as one
of the great bursts of technological achievement of
the last century. These projects share a grounding in
fundamental science, and large-scale and expensive
engineering development and support. For biology,
neither the attitudes nor the budgets will ever be
the same. Soon a ‘one man and a dog project’ will
refer only to an afternoon’s undergraduate practical
experiment in sequencing and comparison of two
mammalian genomes.
The human genome is only one of the many
complete genome sequences known. Taken together,
genome sequences from organisms distributed widely
among the branches of the tree of life give us a
sense, only hinted at before, of the very great unity
in detail of all life on Earth. These results have
changed our perceptions, much as the first pictures
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi

xvi Preface to the fifth edition

Landmarks in the Human Genome Project

1953 Watson–Crick structure of DNA published.
1975 F. Sanger, and independently A. Maxam and W. Gilbert, develop methods for sequencing DNA.
1977 Bacteriophage ϕX-174 sequenced: first ‘complete genome’.
1980 US Supreme Court holds that genetically modified bacteria are patentable. This decision was the basis for
patenting of genes.
1981 Human mitochondrial DNA sequenced: 16 568 base pairs.
1984 Epstein–Barr virus genome sequenced: 172 281 base pairs
1990 International Human Genome Project launched: target horizon 15 years.
1991 J. Craig Venter and colleagues identify active genes via expressed sequence tags, sequences of initial
portions of DNA complementary to messenger RNA.
1992 Complete low-resolution linkage map of the human genome.
1992 Beginning of the Caenorhabditis elegans sequencing project.
1992 Wellcome Trust and UK Medical Research Council establish the Sanger Centre for large-scale genomic
sequencing, directed by J. Sulston.
1992 J. Craig Venter forms The Institute for Genome Research (TIGR), associated with plans to exploit sequencing
commercially through gene identification and drug discovery.
1995 First complete sequence of a bacterial genome, Haemophilus influenzae, by TIGR.
1996 High-resolution map of human genome: markers spaced by ∼600 000 base pairs.
1996 Completion of yeast genome, first eukaryotic genome sequence.
May 1998 Celera claims to be able to finish human genome by 2001. Wellcome responds by increasing funding to
Sanger Centre.
1998 Caenorhabditis elegans sequence published.
September 1, 1999 Drosophila melanogaster genome sequence announced, by Celera Genomics; released Spring 2000.
1999 Human Genome Project states goal: working draft of human genome by 2001 (90% of genes sequenced to
>95% accuracy).
December 1, 1999 Sequence of first complete human chromosome published.
June 26, 2000 Joint announcement of complete draft sequence of human genome.
2003 Fiftieth anniversary of discovery of the structure of DNA. Announcement of completion of human genome
sequence.

of Earth from space engendered a unified view of
our planet.
Molecular biology has seen four major break-
throughs since the previous edition of this book
appeared:
• Explosive growth in next-generation genome
sequencing
• Consistent successful prediction of protein struc-
ture from amino acid sequence
• Achievement of atomic resolution in cryo-electron
microscopy
• CRISPR for genome editing.
Computing is an essential component of the first
three of these; CRISPR is spawning bioinformatics
support.
Where will this lead? We can study the present as
thoroughly as we wish, and the past as extensively as
we can. What of the future? Molecular biologists used
to be like astronomers, in that we could observe our
subjects but not affect them. This is no longer true:
we now have the ability, and the challenge, of direct
control over living things, including but not limited
to ourselves.
A gratifying consequence of this progress is its con-
tributions to medicine, agriculture, and technology.
A better understanding of life processes empowers us
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi
to deal with them when they go wrong, and even to
improve them when they do not.
The human genome is fundamentally about
information, and computers were essential both
for the determination of the sequence and for the
applications to biology and medicine that are flowing
from it. Computing contributed not only the raw
capacity for processing and storage of data, but also
the mathematically sophisticated methods required
to achieve the results. The marriage of biology and
computer science has created a new field called
bioinformatics.
Today bioinformatics is an applied science.
Computers have been an essential component of
the projects that determine sequence, structure, and
other types of data. We use computer programs to
make inferences from the data archives of molecular
biology and medicine, to make connections among
them, and to derive useful and interesting predictions.
This book is aimed at students and practising
scientists who need to know how to access the
data archives, including but not limited to those of
genomes and proteins, how to use the tools that
have been developed to work with these archives,
and the kinds of questions that these data and tools
can answer. In fact, there are a lot of sources of this
information. Sites treating topics in bioinformatics
sprawl out all over the Web. Our challenge is to select
an essential core of this material and to describe it,
together with the necessary biological background,
clearly and coherently, at an introductory level.
It is assumed that the reader already has some
knowledge of modern molecular biology, and some
facility at using a computer. The purpose of this book
is to build on and develop this background. It is
suitable as a textbook for advanced undergraduates
or beginning postgraduate students. Many worked-
out examples are integrated into the text, and refer-
ences to useful websites and recommended reading
are provided. A useful list of biomedical courses on-
line appears at https://www.science.co.il/biomedical/
Courses.php.
Problems test and consolidate understanding, pro-
vide opportunities to practise skills, and explore addi-
tional topics. Three types of problems supplement the
texts of the chapters. Exercises are short and straight-
forward applications. Problems also require no
information not contained in the text, but require
Preface to the fifth edition xvii
lengthier answers or in some cases calculations. The
third category, ‘weblems,’ require access to the World
Wide Web. Weblems are designed to give readers
practice with the tools required for further study and
research in the field.
Examples and problems appear in the text.
Weblems are on the Online Resource Centre, a
website companion to the book.
Some computing, based on the widely available
language PERL, is introduced in this book. PERL
is a relatively simple but extremely effective
programming language. It is one of the languages
popular in the bioinformatics community. Similar
PERL, PYTHON, and RUBY
As languages, PERL, PYTHON, and RUBY have roughly
equivalent ranges of expression. However, applica-
tions of bioinformatics have begun to coalesce around
PYTHON: PYTHON arguably has a richer literature,
both in training material and in available program mod-
ules (see, for example, http://rosalind.info/problems/
locations/).
Nevertheless sample programs in the text are in PERL.
There are two reasons for this. The main one is that PERL
programs are more self-contained. PYTHON programs
tend to invoke external ‘black boxes’ and are therefore
less perspicuous. It is also true that PYTHON is divided
between PYTHON 2 and PYTHON 3—which to choose?
Unfortunately they are not fully compatible. It is likely
that PYTHON 3 will eventually take over, but a large
amount of legacy software exerts a viscous drag. Also,
presenting PERL programs in the book has the advantage
that readers can be asked to provide PYTHON or RUBY
versions as exercises!1
PERL, PYTHON, and RUBY each has an extensive
repertoire of available components utilizable as ‘stand-
alone’ modules, or for combination into novel programs:
https://bioperl.org, https://biopython.org and https://
bioruby.org, and ‘Cookbooks’: Christiansen, T. & Tork-
ington, N. (2009). Perl cookbook 2nd edn; Beazley, D.
& Jones, B.K. (2013). Python cookbook 3rd edn; and
Carlson, L. & Richardson, L. (2015). Ruby cookbook 2nd
edn; all published by O’Reilly Media, Sebastopol, CA.
1 For a comment about PERL to PYTHON conversion see
http://code.activestate.com/lists/python-list/292576/
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi
xviii Preface to the fifth edition
languages include PYTHON and RUBY (see Box on
previous page); each of these has its adherents.
Examples of simple programs appear in the context
of biological problems. Many simple programming
tasks are assigned as exercises, problems, or weblems
at the ends of the chapters.
Bioinformatics has grown, explosively, since the
first edition of this book appeared. Underlying this
surge are the multiplication and growth of data
streams. In addition to genomics, these include, but
are not limited to, transcriptomics, metabolomics,
and regulatory networks. The human genome,
available in draft form when the first edition
appeared, is now complete. Large-scale human
genome sequencing projects are underway. Joining
these results are the complete genomes of hundreds
of other eukaryote species, very large numbers of
prokaryotes, and many other organelle and viral
sequences. The extension to metagenomics—the
survey of distributions of sequences in a region of
the land or ocean, or the human body—is a recent
development but a copious producer of data. These
data illuminate one another. One story that they tell
is about unsuspected underlying unities of all living
things, despite the obvious and profound differences
in morphology and lifestyle.
These genome data are the harvest of new and
more powerful DNA sequencing methods. Of course
particular attention is focused on human genomes:
several hundred thousand individual genomes are
known. The goal of the US$1000 human genome has
been achieved. This enterprise continues to grow: it
is likely that during the lifetimes of many readers,
human genome sequencing will be nearly universal
in many countries.
Genomic sequences are supplemented by other
data streams. Patterns of gene expression, and
networks of regulatory interactions, show how cells
and organisms implement the information in the
DNA. The potential for the life of an organism is
contained in its genome, but it would be impossible
to deduce a biography from it. Genomes are not
formulae or scripts. It is in the RNAs and proteins,
and their interactions amongst themselves and
with DNA, that we must seek the set of life’s
activities, tragic and comic, contingent on and
responsive to developmental programmes and/or the
environment.
The most striking change in attitude has been
a refocus on integration; that is, of trying to see
life processes as unified systems. As I wrote at the
end of Introduction to Protein Science: Architecture,
Function and Genomics, ‘During the last century,
molecular biologists have been taking living things
apart. Our task now is to understand how to put
them back together.’ We have large amounts of data.
Now we want to see how they interrelate. At the heart
of life processes are complicated patterns of interac-
tion among the components, in space and in time.
To understand these patterns, the field has moved
towards combining information into networks, and
analysing their structures and dynamics. Many tools
are now available for storing, visualizing, analysing,
and comparing networks. Contemporary bioinfor-
matics could not do without them.
Research and applications require that the data be
available in useful form. It is not enough to make the
data public. The information must be subjected to
quality control, annotation, and a logical structure
must be imposed on it to make information retrieval
possible. For this we are indebted to the institutions
that archive, curate, organize, and distribute the data.
A trend has seen mergers of these groups into col-
laborative projects spanning the continents. In accord
with the need to integrate the study of different types
of data, we are moving in the direction of a large-
scale unified biological data archive and repository.
Conversely, individual scientists will be able to define
‘virtual databanks’ tailoring access to the information
to suit particular needs and interests.
Major changes in information distribution involve
the transition from paper to electronic libraries. The
implications for scientific research are only a part
of the great social revolution that has flowed from
the development of the Web; comparable to, if not
exceeding, the one impelled by the printing press
500 years ago. Only connect.
The natural habitat of bioinformatics is the Web.
To achieve their scientific goals most projects begin by
identifying the relevant data on one or more websites;
analysing them, usually applying tools available on
the Web; and reaching robustly justified conclusions;
ultimately leading to a publication also distributed on
the Web. However, a serious problem with the Web
is its volatility. Sites come and go, leaving trails of
dead links in their wake. Databases proliferate. Many
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi
new databases represent different ways of ‘slicing and
dicing’ information from other resources. Changes
in a source database may trickle down slowly—or
not at all—to derived resources. The resulting lack
of consistency is a serious problem.
It is necessary to try to find a few gateways that
are stable: not only continuing to exist but also kept
up-to-date in both their contents and links. I have
suggested some such sites, but many others are just
as good. The problem is not to create a long list
of useful sites—this has been done many times, and
is relatively easy—but to create a short one—this
is much harder! The site https://www.science.co.il/
biomedical/databases/ is comprehensive but useful.
All research in contemporary biology and medicine
depends on data, and on programs to retrieve and
analyse them. There is consensus that all biomedical
scientists must achieve a minimum of programming
skills, but there is vigorous debate over what this
minimum level should be. In the preface to the fourth
edition I wrote: ‘The point of view expressed in this
book is that molecular biologists based primarily
in a “wet” lab must dip no more than their toes
into the stream; those based primarily at a computer
must wade in up to their waist perhaps; but only
those specializing in computer science and software
development must undergo total immersion.’ Today,
this appears as a gross understatement, given that:
1. The growth in the amounts, and kinds, of
data. Traditional input streams, such as DNA
sequences; and novel ones, such as tissue-
dependent inventories of RNAs (transcriptomics),
produce torrential output. There is danger in
adopting too-casual an attitude.
2. A revolution in approach to data has been the
recognition that the structure of data is as impor-
tant as the values (it would be going a bit too far
to say more important).
3. Different ways to recombine data provide novel
approaches. An example would be to combine
genome sequences with signatures of protein func-
tion to assign roles to gene products.
4. The data have elicited new sets of tools for
analysis and application. The breadth of the
software literature is so encompassing that
research applications tend to involve the selecting
Preface to the fifth edition xix
available tools rather than creating new ones.
Many programs are freely available. As with
the data, the challenges are often to recombine
available programs. Constructing a cart requires
not reinventing wheels, but assembling them.
Practitioners of bioinformatics must assimilate these
attitudes and reflect them in their training.
Accordingly, there is somewhat more mention of
topics from computer science in this edition than in
the previous ones. This is in part because of critical
comments received, but also because it is easier to use
these tools than before. Instead of needing to write a
sophisticated program, it is often possible to find an
available distributed one, or even a web server.
Indeed, one of the arguments for the suggestion
that sophisticated programming skills are not gener-
ally required is the great panoply of freely available
programs, written by acknowledged professionals.
What is essential is developing skill in using these
programs, and in intelligent interpretion of the results
that they produce.
This is the goal of the problems and projects in the
the text and in the Online Resource Centre. Many of
them are ‘weblems’ based on data and facilities on the
web. Some are programming exercises. Some of these
involve modifying programs. Such challenges can be
more focused than writing programs from scratch.
Moreover, such exercises better exemplify situations
that arise in actual research.
Some of the exercises, problems, and weblems,
although not requiring any programming, can be
solved more easily by writing short programs. Read-
ers are encouraged to try this approach whenever
appropriate.
The minimal computing skills essential for a
biomedical scientist would also include facility
with using social media for communication (it is
assumed that readers are familiar with Facebook and
YouTube, but there are others that are in use for
communication among scientists), and the ability to
create a website. Studying from this book and the
Online Resource Centre affords an opportunity to
practise these skills. You might, for instance, ‘turn in’
the answers to homework assignments by gathering
them into a Web page. Questions about statements
that you and the other students found unclear in
your instructor’s lectures—or, conceivably, even in
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi
xx Preface to the fifth edition
this book—could be shared and discussed in a blog.
Indeed, there is now a trend to integrating websites
and social media. However, there are security issues.
Your instructor might be unhappy if everyone copied
the answers to the exercises from the first student
to post them. A class taught from this book would
afford a fine opportunity to explore the possibilities
and challenges.
There are many different possible points of
view from which to present molecular biology.
Bioinformatics is one of them. I have also written
about genomics, and about proteins, in companion
volumes also published by Oxford University
Press: Introduction to Protein Science: Architecture,
Function, and Genomics and Introduction to
Genomics. As a result, this book is focused more
tightly on the applied science of bioinformatics.
Readers are urged to put the books together
for a more rounded appreciation of the pageant
of life.
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi
PLAN OF THE BOOK
• Chapter 1 sets the stage and introduces all of the
major players: DNA and protein sequences and
structures, genomes and proteomes, databases and
information retrieval, the World Wide Web, and
computer programming. Before developing indi-
vidual topics in detail it is important to see the
framework of their interactions.
• Chapter 2 presents the background of genetics
and genomes, and the development of DNA
sequencing.
• Chapter 3 contains a survey and some important
examples of genome sequencing.
• Chapter 4 treats the analysis of relationships among
sequences: alignments and phylogenetic trees.
These methods underlie some of the major compu-
tational challenges of bioinformatics: detecting
distant relatives, understanding relationships
among genomes of different organisms, and tracing
the course of evolution at the species and molecular
levels.
• Chapter 5 moves into three dimensions, treating
protein structure and folding. Sequence and struc-
ture must be seen as full partners, with bioinfor-
matics developing methods for moving back and
forth between them as fluently as possible. Under-
standing protein structures in detail is essential
for determining their functions and mechanisms
of action, and for clinical and pharmacological
applications.
• Chapter 6 describes the current state of the
scientific literature as it makes the transition from
paper to electronic form. This transition has many
consequences, both intellectual and practical. It
has had profound effects on research in bio-
informatics.
• Chapter 7 treats the topics of artificial intelligence
and machine learning. Few activities, even outside
science, have escaped applications of these meth-
ods. They are playing a role of growing importance
in molecular biology.
• Chapter 8 introduces systems biology. The key idea
of systems biology is integration: how do all the
pieces fit together? How do they interact? How
do the individual molecules and processes together
create a whole that so far transcends the pieces in
self-sufficiency?
• Chapter 9 describes metabolic pathways. The
activities of individual enzymes are the subject
matter of classical biochemistry. Understanding
their controls has been a goal of molecular biology,
revealing a variety of mechanisms at the levels
of transcription, translation, post-translational
modifications, and the interaction of inhibitors
and allosteric effectors with enzymes themselves.
The integration of these controls is a development
of systems biology, as a continuation of Chapter 8.
• Chapter 10 deals with more general control
mechanisms, including gene expression. Control
of gene expression is involved in responses to
stimuli and changes in the cell’s environment,
and governs short- and long-term developmental
processes.
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi
INTRODUCTION TO BIOINFORMATICS ON THE WEB
Bioinformatics is intimately bound up with the World
Wide Web. This book is closely coordinated with
its own website: http://www.oxfordtextbooks.co.uk/
orc/leskbioinf5e/.
This site contains:
1. References to all sites mentioned in the book,
in context, so that the reader can link to them
directly instead of needing to type their locations.
2. In previous editions, the weblems appeared in
the text. These are now in the Online Resource
Centre. They have been developed and now fea-
ture challenges with a range of difficulties, from
relatively straightforward exercises to extended
projects.
3. Animations of structural diagrams.
4. World Wide Web resources, to supplement treat-
ments of specific topics. Some of these sites imple-
ment methods, such as sequence alignment, or
homology modelling of protein structures. Others
provide curated lists of links to other websites spe-
cialized to particular subjects, such as expression
databases.
5. In general, all material from the book that the
reader would find useful to have in computer-
readable form, including data for exercises and
problems, and all programs, now appears in the
Online Resource Centre.
 OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi
ACKNOWLEDGEMENTS
I am grateful to many colleagues for discussions and
advice during the preparation of this book, and to the
universities of Uppsala, Umeå, Rome ‘Tor Vergata’,
Bologna, and Cambridge for the opportunity to try
out this material.
I thank S. Adhya, D.J. Abraham, S. Aparicio,
M.M. Babu, T. Baglin, D. Baker, S. Balaji, M.
Bashton, A. Bateman, A. Bench, J.M. Bollinger, V.
Bonazzi, M. Brand, A. Brazma, A. Buckle, C. Cantor,
R.W. Carrell, S. Chavali, C. Chothia, D. Crowther,
T. Dafforn, A. P. Diz, I. Dodd, R.B. Eckhardt,
J.G. Ferry, R. Foley, A. Friday, M. Galperin,
M.B. Gerstein, T. Gibson, J. Gough, J. Irving, B.
Jorden, J. Karn, K. Karplus, P. Klappa, A.S. Kon-
agurthu, E.V. Koonin, M. Krichevsky, P. Lawrence,
E.L. Lesk, M.E. Lesk, V.E. Lesk, V.I. Lesk, A. Lister,
L. Lo Conte, D.A. Lomas, A.D. MacKerell Jr,
T. Madden, J. Magré, M. McFall-Ngai, J. McInerney,
P. Miller, C. Mitchell, J. Moult, E. Nacheva, C.
Notredame, C. Ouzounis, A.P. Pandurangan, H.
Parfrey, D. Parkinson, A. Pastore, M. Peitsch,
D. Penny, J. Pettitt, C.A. Praul, C. Ravarani, S.
Reikine, F.W. Roberts, G.D. Rose, P.B. Rosenthal,
B. Rost, B. Santhanam, E.J. Simon, M. Segal,
O. Skovegaard, G. Slodkowicz, E.L. Sonnham-
mer, R. Srinivasan, R. Staden, J. Sulston, I.
Tickle, A. Tramontano, A.A. Travers, A.R. Venki-
taraman, G. Vriend, P. Welsch, J.C. Whisstock,
M. Wildersten, A.S. Wilkins, S.H. White,
V.E. Womble, and E.B. Ziff for advice and critical
reading.
A.M.L.
Cambridge, July 2018
OUP CORRECTED PROOF – FINAL, 23/4/2019, SPi
Another random document with
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magistrature, plus importante par son ancien éclat Amm. l. 22, c. 7,
que par ses fonctions actuelles, recouvra son et ibi Vales.
premier lustre. Mamertinus et Névitta, désignés Idat. chron.
consuls depuis deux mois, n'étaient peut-être pas les Mamert. pan. c.
plus dignes de cet honneur, mais du moins ils n'en 15, 17, 19, 28,
furent redevables qu'au choix de leur maître. Julien 29 et 30.
toujours excessif compromit sa propre dignité pour
honorer celles des consuls. Le jour que ces magistrats entraient en
charge, le prince avait coutume de les accompagner au sénat. Le
premier de janvier, au point du jour, Mamertinus et Névitta se
rendirent au palais pour prévenir l'empereur. Dès qu'il les aperçut, il
courut fort loin au-devant d'eux: il les salua, les embrassa, fit entrer
leur litière jusque dans ses appartements, leur demanda l'ordre pour
partir; et comme ils refusaient de s'asseoir sur leurs chaises curules
pendant que l'empereur restait debout, il les y plaça de ses propres
mains, et marcha devant eux à pied et confondu dans la foule du
cortége. Le peuple suivait avec de grandes acclamations.
Mamertinus distingué par son éloquence rendit sur-le-champ à la
vanité de l'empereur, ce que l'empereur venait de prêter à la sienne:
il prononça en sa présence son panégyrique. Nous avons encore
cette pièce pleine de flatterie, mais spirituelle et fort élégante. Julien
était bien peu philosophe, si ces éloges outrés se trouvaient être de
son goût; et quelque ressentiment qu'il conservât des injustices de
Constance, les traits satiriques lancés sans ménagement contre ce
prince devaient au moins par leur indécence révolter le successeur.
Deux jours après, Mamertinus donnant les jeux du cirque, on fit venir
plusieurs esclaves qui devaient recevoir la liberté. Julien, peu instruit
de cette coutume, se mettait déja en devoir de les affranchir; mais
averti que cette fonction ne lui appartenait pas en cette occasion, il
se condamna lui-même à une amende de dix livres d'or, pour avoir
entrepris sur la juridiction des consuls.
Pendant six mois qu'il resta à Constantinople, il
assista fréquemment aux assemblées du sénat. xii. Occupations
L'usage de Constance avait été de mander au palais de Julien à
les sénateurs, qui se tenaient debout, tandis qu'il Constantinople.
leur donnait ses ordres en peu de mots. Mais Julien,
jaloux de la réputation d'éloquence, et qui estimait
ses discours autant que ses victoires, passait les Amm. l. 22, c. 7,
nuits à composer des harangues; il allait ensuite les 9 et ibi Vales.
débiter aux sénateurs qu'il faisait asseoir avec lui: Liban. or. 10, t.
c'étaient des éloges, des censures, des 2, p. 298 et 299.
avertissements. Il assistait au jugement des procès. Jul. ep. 11, p.
Un jour pendant qu'il haranguait, on vint l'avertir que 380.
le philosophe Maxime arrivait d'Ionie. Aussitôt Mamert. pan. c.
oubliant et les sénateurs, et ce qu'il était lui-même, il 24.
descend brusquement de son siége, court au-devant Socr. l. 3, c. 1.
de Maxime, l'embrasse avec empressement,
Cod. Th. l. 9, tit.
l'introduit dans l'assemblée; et après avoir raconté 2, leg. 1; L. 11,
avec beaucoup de vivacité quelles obligations il avait tit. 23. leg. 2.
à Maxime, en quel état ce grand homme l'avait
Grut. inscr. p.
trouvé, à quel degré de perfection ses leçons 1102, n. 2.
l'avaient conduit, il sort avec lui, le tenant toujours
par la main. Une scène si bizarre inspirait aux uns
du respect pour Maxime, aux autres du mépris pour Julien; mais
tous se conformaient au caractère et au goût du prince: et comme il
affectait de se nommer sénateur de Byzance, par une sorte
d'échange, les sénateurs prenaient un extérieur philosophique.
Julien augmenta leurs priviléges. Prétextatus[376], un des plus
distingués du sénat de Rome, qui avait été gouverneur de Toscane,
d'Ombrie, de Lusitanie, et que Julien venait de faire proconsul
d'Achaïe, se trouvait alors à Constantinople pour une affaire
particulière. Les auteurs païens s'accordent tous à louer en lui
l'intégrité, la sagesse, et une sévérité de mœurs digne de l'ancienne
république. Son attachement à l'idolâtrie relevait encore aux yeux de
Julien tant de belles qualités. Le prince ne faisait rien sans prendre
ses conseils. Nous aurons plusieurs fois occasion de parler de ce
célèbre personnage, qui ne mourut que sous le règne de Théodose.
[376] Une inscription, de l'an 387, nous apprend qu'il s'appelait
Vettius Agorius Prætextatus, et nous fait connaître toutes les
dignités qu'il avait obtenues.—S.-M.
Le séjour de l'empereur procura plusieurs
embellissements à Constantinople, qu'il aimait, xiii. Il ajoute à
disait-il, comme sa mère[377]. Il fit faire ou plutôt Constantinople
élargir un port sur la Propontide, afin de mettre les de nouveaux
vaisseaux à l'abri du vent du midi. Ce port s'appelait embellissement
auparavant le port d'Hormisdas, à cause du palais s.
de ce prince[378], qui en était voisin; il prit alors le Jul. ep. 58, p.
443.
nom de Julien. Justin le jeune lui donna celui de sa
femme Sophie. On l'appela dans les siècles suivants Zos. l. 3, c. 11.
le Port neuf, le Port du palais, le Bucoléon. Il est Ducange, in
comblé aujourd'hui. En face de ce port, Julien éleva Const. Christ. l.
un portique semi-circulaire, qu'on appela le Sigma, 1, c. 19, et l. 2,
et qui communiqua ce nom à un quartier voisin. Il c. 1 et 3.
avait amassé un grand nombre de livres: il les plaça Banduri, imp. or.
dans une bibliothèque qu'il fit construire sous un t. 2, p. 593, 677,
portique de l'Augustéon. Les libraires vinrent établir 678.
leurs boutiques à l'entour; et comme la salle du Spon, voyag. t.
Sénat était près de là, les plaideurs, les avocats, les 1, p. 137.
praticiens se rassemblaient dans ce lieu, pour y La Bleterie,
traiter de leurs affaires. Les Alexandrins avaient notes sur les
dans leur ville un obélisque couché sur le rivage: on lettres de Julien,
allait y dormir pour se procurer des songes p. 247.
prophétiques, et la débauche se mêlait à la
superstition. Julien, pour sauver au paganisme un ridicule et un sujet
de reproche, exécuta le dessein qu'avait formé Constance, de
transporter cet obélisque à Constantinople. Il n'eut pas le temps de
le mettre en place, s'il est vrai, comme on a lieu de le croire, que ce
soit le même que Théodose fit dresser au milieu du grand
Cirque[379]. Spon l'y vit encore en 1675. Il est de granit, d'une seule
pièce, haut d'environ cinquante pieds: chaque face a six pieds de
largeur vers la base. Julien pour dédommager les Alexandrins leur
permit de dresser dans leur ville une statue colossale qui venait
d'être achevée. C'était, selon l'apparence, la statue de Julien même.
[377] Natus illic, dit Ammien Marcellin (l. 22, c. 9.), diligebat eam
ut genitatem patriam, et colebat.—S.-M.
[378] Frère du roi de Perse qui s'était retiré dans l'empire romain.
Voyez ci-devant, liv. iv, § 1, 2 et 3; t. 1, p. 223 et suiv.—S.-M.
[379] Pour avoir de plus amples détails sur cet obélisque et sur
son érection, voyez les notes qui seront ajoutées ci-après l. xxiv,
 § 42.—S.-M.
Il était occupé de ces soins, lorsqu'il se vit environné
d'une foule importune qui demandait justice. xiv. Requête de
C'étaient des Égyptiens, qui, ayant appris quelle plusieurs
attention le nouveau prince apportait à réformer les Égyptiens
abus du règne précédent, étaient venus en diligence rejetée.
à Constantinople, pour tirer quelque avantage de Amm. l. 22, c. 6.
cette heureuse disposition. Les Égyptiens de ce Liban, pro
temps-là étaient intéressés, chicaneurs, toujours Aristoph. t. 2, p.
mécontents, toujours prêts à accuser les officiers 222 et 223.
publics de rapines et de concussions, soit pour se Cod. Th. l. 2, tit.
dispenser de payer les taxes, soit pour avoir leur 29, leg. 1. Till.
part des confiscations. Ceux-ci attroupés en grand Julien, art. 11.
nombre obsédaient et poursuivaient partout et le
prince et les préfets du prétoire: ils ne cessaient de les fatiguer de
leurs plaintes. Tous ces cris se réunissaient, quoique pour des objets
différents: les uns prétendaient qu'on avait exigé d'eux plus qu'ils ne
devaient, les autres ce qu'ils ne devaient pas; d'autres, qu'on leur
avait vendu bien cher des recommandations pour obtenir des grâces
et des emplois: tous demandaient la restitution de leur argent; et ils
faisaient même remonter leurs prétentions plus haut que la date de
leur naissance. Julien se débarrassa de leurs importunités par une
ruse peu séante à un prince. Il leur commanda par un édit de passer
tous à Chalcédoine, leur promettant de s'y rendre incessamment
pour les entendre et les satisfaire. Dès qu'ils eurent obéi, il défendit
aux patrons des barques employées à ce trajet d'en ramener aucun
à Constantinople. Ils s'ennuyèrent d'attendre, et prirent enfin le parti
de retourner dans leur pays. A cette occasion, l'empereur publia une
loi qui défendait de poursuivre la restitution des sommes données
sous les règnes précédents pour acheter des charges ou des
grâces. Ammien Marcellin applaudit à cette loi; et M. de Tillemont
remarque fort sensément, qu'il aurait eu autant de raison de la louer,
si elle eût ordonné tout le contraire.
Les victoires de Julien dans la Gaule avaient étendu
sa renommée au-delà des bornes de l'empire. La xv. Ambassade
nouvelle de la mort de Constance ne fut pas plutôt des nations
répandue, que les peuples les plus éloignés firent étrangères.
partir leurs ambassadeurs. On en vit arriver à Amm. l. 22, c. 7,
Constantinople, de l'Arménie, des contrées et ibi Vales.
septentrionales au-delà du Tigre[380], des Indes et
de l'île de Ceylan[381], de la Mauritanie voisine du mont Atlas[382],
des bords du Phasis, du Bosphore Cimmérien, et de plusieurs
régions auparavant inconnues[383]. Toutes ces nations redoutant son
courage se hâtèrent de lui envoyer des présents[384]; elles se
soumettaient à un tribut annuel, et ne demandaient d'autre grâce
que la paix et la sûreté[385]. Les Perses furent les seuls qui se
dispensèrent d'envoyer des députés.
[380] Transtigritanis et Armeniis. C'est plutôt des contrées
orientales que septentrionales, qu'il fallait dire au sujet des
régions transtigritaines, à moins que la dernière de ces
expressions ne soit relative à leur position par rapport au cours du
Tigre; ces provinces étaient en effet au nord de ce fleuve, qui les
embrassait en partie du côté du midi.—S.-M.
[381] Inde nationibus Indicis.... abusque Divis et Serendivis.
Voyez ce que j'ai dit au sujet des Dives et des Serendives, liv. 36,
§ vi, t. 1, p. 438, note 7.—S.-M.
[382] Il existait encore à cette époque un grand nombre de tribus
maures ou gétules, qui s'étaient conservées indépendantes de
l'empire, au milieu ou au-delà du mont Atlas.—S.-M.
[383] Ab aquilone et regionibus solis per quas in mare Phasis
accipitur, Bosporanis aliisque antehac ignotis legationes. Amm.
Marc. l. 22, c. 7.—S.-M.
[384] Toutes ces nations étaient dans l'usage d'apporter des
présents. Ammien Marcellin assure que les Indiens vinrent avant
l'époque ordinaire. Indicis certatim cum donis optimates
mittentibus ante tempus.—S.-M.
[385] Ut annua complentes solemnia intra terrarum genitalium
terminos otiosè vivere sinerentur.—S.-M.
Les hommages des peuples étrangers avaient de
quoi satisfaire la vanité d'un souverain. Mais Julien xvi. Julien
plus philosophe qu'empereur, était bien plus flatté de environné de
voir se rassembler autour de lui un essaim de sophistes.
sophistes qui accouraient de toutes les provinces. Il Jul. epist. 4, p.
les attirait, il mendiait, pour ainsi dire, leur amitié par 375, epist. 15,
ses lettres; il les recevait comme députés de ses p. 383 et ep. 38,
p. 414.
Dieux; c'étaient ses plus intimes confidents et ses
ministres; c'est aussi à leurs pernicieux conseils Eunap. in
qu'on doit principalement attribuer les efforts qu'il fit Maxim. t. 1, p.
46-64, et in
pour détruire le christianisme. Nous avons déja Chrysanth. 107-
exposé l'accueil dont il honora le philosophe 120, ed. Boiss.
Maxime, le maître et le chef de toute cette cabale. Suid. in Max. et
Julien avait une si haute opinion de son goût et de Chrysanth.
son savoir, qu'il l'avait choisi pour censeur de ses
Liban. Orib.
ouvrages. Cet imposteur vint à Constantinople sur
les instances réitérées de l'empereur: c'est une Himer.
chose plaisante que le sérieux avec lequel Basil. ep. 39,
Eunapius, le panégyriste de tous ces prétendus 40, 41, t. 3, p.
sages, raconte les hommages qui furent rendus à 122-125.
Maxime sur toute la route par les peuples, par les Greg. Naz. or.
sénateurs, par les magistrats mêmes; et tandis que 4, t. 1, p. 110.
les hommes le comblaient d'honneurs, les femmes Mamert. pan. c.
faisaient humblement leur cour à la sienne, qui 23, et 26.
portait encore plus haut que son mari l'orgueil de la Joann. Antioch.
profession. La philosophie de Maxime ne tint pas expert. p. 841.
contre l'air contagieux de la cour: les déférences de Socr. l. 3, c. 1.
Julien et les adorations des courtisans altérèrent sa
morale; il donna dans le luxe et devint insolent; ce Till. vie de S.
Basile, art. 28.
qu'il eut pourtant l'adresse de cacher aux yeux de
Julien. Nymphidianus, frère de Maxime, déclamateur Vita Basil. edit.
Benedict. c. 8.
médiocre, fut honoré de l'emploi de secrétaire pour
les lettres grecques; et, selon Eunapius même, il La Bleterie, vie
s'en acquitta assez mal. Priscus d'Épire, Himérius de de Julien, l. 4, p.
218 et suiv.
Bithynie, Libanius d'Antioche, jouèrent aussi un rôle
considérable dans la cour de Julien. Mais personne
n'égalait le crédit du fidèle Oribasius, médecin du prince, très-expert
dans son art, et aussi habile dans la pratique des affaires. Eunapius
prétend même, que Julien lui était redevable de l'empire. Ne
pourrait-on pas sur cette parole d'Eunapius soupçonner Oribasius
d'avoir sous main excité les troupes à donner à Julien le titre
d'Auguste; et cette lettre anonyme, qui fut la première étincelle de la
révolte, ne serait-elle pas de la façon d'Oribasius? Chrysanthus, un
des héros de la cabale, fut plus avisé que son ami Maxime: il le
laissa partir pour la cour après avoir fait quelques efforts pour le
retenir. Pour lui, il résista à toutes les instances de l'empereur, qui
voulut bien s'abaisser jusqu'à écrire de sa propre main à la femme
de ce philosophe. Julien, rempli d'estime pour Chrysanthus, malgré
ses refus, lui conféra à lui et à sa femme[386] la souveraine
sacrificature de la Lydie. Le nouveau pontife fit connaître dans cet
emploi qu'il devinait mieux que ses confrères, qui tous étaient
d'excellents magiciens. Prévoyant que l'orage qui tombait sur les
Chrétiens, ne serait pas de longue durée, il les traita avec amitié; il
n'imita point ses semblables dans leur zèle à ruiner les églises, à
rebâtir les temples des idoles, à tourmenter ceux qui refusaient de
sacrifier: et la Lydie ne se ressentit pas des fureurs de l'idolâtrie. Il
dut à cette modération la tranquillité de sa vieillesse. On dit que
Julien ayant conservé beaucoup d'estime pour saint Basile, dont il
avait connu le mérite dans les écoles d'Athènes, l'invita inutilement à
venir se joindre à une compagnie si mal assortie au caractère de ce
grand et religieux personnage. Mais il est démontré que la lettre de
Julien qui fait le fondement de cette opinion, s'adressait à un autre
Basile. Nous avons encore une lettre menaçante de Julien, écrite à
saint Basile, et une réponse du saint remplie des reproches les plus
hardis. M. de Tillemont n'ose rejeter ces deux pièces: d'autres
critiques les soutiennent fausses et également indignes et du prince
et du saint docteur. Saint Grégoire accuse Julien d'avoir pris plaisir à
se jouer de plusieurs de ceux avec lesquels il avait autrefois
contracté des liaisons dans le cours de ses études: Il les attirait, dit-
il, à la cour par de belles promesses; il les caressait d'abord; il se
familiarisait avec eux, et les renvoyait ensuite avec mépris. Mais ce
trait pourrait bien ne tomber que sur ces amis intéressés dont parle
Libanius, qui accouraient auprès de Julien avec une soif de
richesses que nul bienfait ne pouvait éteindre. D'ailleurs, loin de
blâmer Julien de légèreté dans ses attachements, on lui reproche
plutôt de s'être piqué de constance au point de ne pas retirer son
amitié à ceux mêmes qu'il en reconnaissait indignes.
 [386] Elle se nommait Mélita, et était cousine du sophiste
Eunapius.—S.-M.
Tant de fanatiques sombres et austères, que l'éclat
de la religion chrétienne avait obligés à se tenir long- xvii. Plan de
temps cachés dans l'ombre des écoles, sortant enfin Julien pour
au grand jour, remplis de venin et de rage, se détruire la
préparaient à se venger du silence auquel ils avaient religion
été condamnés: ils ne méditaient que proscriptions chrétienne.
et que supplices. Les chrétiens, de leur côté, Liban. or. 10, t.
craignaient des traitements plus rigoureux que n'en 2. p. 290.
avaient éprouvé leurs pères. En effet Julien les Greg. Naz. or.
haïssait mortellement; il avait beaucoup plus à cœur 3, t. 1, p. 79.
de les détruire que de vaincre les Perses; il regardait Chrysost. de
cet ouvrage comme le chef-d'œuvre de son règne. Sto. Babyla,
Mais plus habile que ces malheureux sophistes qui contra Julianum
ne lui donnaient que des conseils inhumains, il et gentiles, t. 2,
préféra la séduction à la cruauté déclarée: Il pensait, p. 575.
dit Libanius, que ce n'est ni le fer ni le feu qui
changent la croyance des hommes; que le cœur désavoue la main
que la crainte force à sacrifier; et que les supplices ne produisent
que des hypocrites, toujours infidèles pendant leur vie, ou des
martyrs honorés après leur mort. Il faisait encore réflexion que dans
l'état de force et de vigueur où se trouvait alors la religion
chrétienne, c'était risquer d'ébranler tout l'empire, que d'entreprendre
de la déraciner par une violence ouverte. Il dressa donc un plan tout
nouveau, qui eût sans doute été plus heureux que la barbarie de
Dioclétien et de Galérius, si la garde qui veille sur Israël n'eût
renversé ce projet infernal, en détruisant l'auteur même par un
souffle de sa bouche. Julien commença par montrer dans sa
personne un zèle ardent pour le culte des dieux; il gagnait dès ce
premier pas tous ceux dont la religion se conforme toujours à celle
du prince. Il s'attacha à relever et à purifier le paganisme, en
s'efforçant d'y transporter ce qui rendait le christianisme plus
vénérable. Il affecta ensuite de traiter les chrétiens avec douceur, et
de les plaindre plutôt que de les persécuter; mais en même temps il
imagina mille moyens pour les diviser et les armer les uns contre les
autres, pour étouffer le germe de leur foi en leur interdisant
l'instruction publique, pour appesantir leur joug et pour les couvrir de
ridicules et de mépris. Les tyrans qui l'avaient précédé n'avaient sévi
que sur les corps; Julien attaqua les cœurs: il mit en œuvre son
propre exemple, les apparences de bonté, la malice, l'ignorance,
l'intérêt, l'amour-propre, ressorts plus lents mais plus efficaces que
les édits et les supplices. Cependant s'il ne versait pas de ses
propres mains le sang des chrétiens, il le laissait répandre par les
mains des autres; et sa feinte douceur était souvent démentie par
les cruautés qu'il encourageait en ne les punissant pas. Après avoir
affaibli la religion chrétienne, son dessein était de l'écraser par un
dernier coup: il promettait à ses dieux d'exterminer les chrétiens à
son retour de la guerre des Perses. Sans entrer dans le détail de ce
qui appartient proprement à l'histoire de l'église, nous allons suivre la
trace d'une persécution cachée sous tant d'artifices. La comparaison
de ce que firent Constantin et Julien pour établir les deux cultes
opposés, peut faire connaître combien l'esprit de la véritable religion
est éloigné et de la basse malignité et de la fureur sanguinaire de
l'idolâtrie.
Quoique Julien fût dès sa première jeunesse idolâtre
dans le cœur, et qu'il se fût ouvertement déclaré en xviii. Il travaille
Illyrie, il voulut cependant se consacrer à ses dieux à rétablir le
par une abdication formelle du christianisme. Ayant paganisme.
fait assembler en secret les ministres de ses affreux Jul. epist. 63, p.
mystères, il s'imagina effacer le caractère de son 452.
baptême en se baignant dans le sang des victimes. Greg. Naz. or.
Se croyant ainsi régénéré, il fit bâtir de nouveaux 3, t. 1, p. 70, et
temples, et réparer les anciens aux dépens des or. 4, p. 121.
particuliers qui en avaient enlevé les démolitions. Liban, or. 8, t. 2,
Partout on élevait des idoles, on dressait des autels, p. 245, et or. 10,
on égorgeait des victimes; l'air était rempli de la p. 292, et de
fumée des sacrifices. Il avait ajouté à la dignité de vita, p. 41.
souverain pontife attachée à la personne des Eunap. in Max.
empereurs, celle de grand-prêtre d'Éleusis[387]. Il se t. 1, p. 52, ed.
piquait de la plus scrupuleuse exactitude dans la Boiss.
pratique des cérémonies. Confondu avec une troupe Mamert. pan. c.
de sacrificateurs, on le voyait s'empresser de 23.
partager avec eux les dernières fonctions du Prud. in
ministère. C'était dans les entrailles des animaux apotheosi, v.
immolés qu'il prétendait lire la volonté des dieux, et il 456.
ne prenait guère d'autre conseil. Son palais était Amm. l. 25, c. 4.
devenu un temple; ses jardins étaient remplis [Eckhel. Doct.
d'autels: il sacrifiait le matin et le soir; il se relevait num. vet. t. 8, p.
pendant la nuit pour honorer les génies nocturnes. 236-240.]
Cet excès de superstition le rendait ridicule, aux Acta Ruinart. p.
païens mêmes[388], et l'on disait de lui, comme on 664.
l'avait dit autrefois de Marc-Aurèle, que s'il revenait Athan. vit. apud
victorieux, c'en était fait des bœufs et des génisses Phot. cod. 258.
dans tout l'empire[389]. On vit renaître toutes les Soz. l. 5, c. 3 et
folies du paganisme; ces fêtes extravagantes 16.
appelées orgies, portaient l'ivresse et le tumulte Zon. l. 13, t. 2,
dans les campagnes; l'astrologie, dont le prince était p. 24 et 25.
surtout entêté, se remit en honneur; tout se Cedren. t. 1, p.
gouvernait par l'aspect des astres, par les présages. 306.
Julien croyait tout, excepté l'Évangile: il mettait une
confiance aveugle dans les paroles mystérieuses et cabalistiques,
qui sans être entendues, dit-il dans un de ses ouvrages, guérissent
les ames et les corps. Les monnaies prirent l'empreinte de l'idolâtrie.
On y gravait la tête de Julien sous le symbole de Sérapis: on y
joignait la figure d'Isis. Il fit disparaître du Labarum le monogramme
de Christ; et pour faire part à ses dieux des honneurs qu'on rendait à
sa personne, il voulait être représenté dans ses images tantôt avec
Jupiter qui le couronnait, tantôt avec Mercure et Mars qui semblaient
lui inspirer l'éloquence et la science militaire. La mesure, qui servait
à marquer les différents accroissements du Nil, transportée par
Constantin dans la grande église d'Alexandrie, fut reportée dans le
temple de Sérapis.
[387] Lebeau renouvelle ici une erreur de Baronius (an 361, § 5)
déja relevée par Tillemont (Mém. sur l'hist. ecclés. t. vii, Perséc.
de Julien, art. 2). Julien était sans doute trop zélé pour le
rétablissement du paganisme, pour commettre un aussi grand
sacrilége que celui d'usurper la dignité de grand-prêtre d'Éleusis
qui était réservée aux seuls Eumolpides. On voit par Eunapius,
dont le style embrouillé a trompé Baronius et Lebeau, qu'il fit venir
 auprès de lui dans les Gaules, le grand prêtre d'Éleusis, τὸν
ἱεροφάντην μετακαλέσας ἐκ τῆς Ἑλλάδος. Il l'y renvoya après la
mort du tyran Constance; car c'est ainsi qu'Eunapius appelle
l'empereur: ὡς δ'οὖν καθεῖλε τὴν τυραννίδα Κωνσταντίου, καὶ τὸν
ἱεροφάντην ἀπέπεμψεν ἐπὶ τὴν Ἑλλάδα. Il lui donna des présents
dignes d'un roi, βασιλικὰ δῶρα. Eunapius parle avec de grands
éloges de ce pontife, dont il ne lui est point, dit-il, permis de
proférer le nom, τοῦ δὲ ἱεροφάντου, κατ' ἐκεῖνον τὸν χρόνον ὅστις
ἦν, τοὔνομα οὔ μοι θέμις λέγειν, parce qu'il avait été initié par lui
aux saints mystères, ἐτέλει γὰρ τὸν ταῦτα γράφοντα. On voit par
l'inscription de la grande prêtresse d'Éleusis qui avait initié
Hadrien, qu'il était d'usage de ne pas rappeler le nom des
personnages revêtus d'un sacerdoce supérieur. Cette belle
inscription a été souvent publiée et commentée. Voyez la préface
de l'édition d'Homère, par Villoison, p. 55; Schow, Charta
papyracea Musæi Borgiani, p. 78; Visconti, Museo Pio
Clementino, t. iv, p. 43; Mém. de l'Acad. des Ins. t. 47, p. 330,
etc., etc.—S.-M.
[388] Superstitiosus magis quàm sacrorum legitimus observator,
dit Ammien Marcellin, l. 25. c. 4.—S.-M.
[389] Innumeros sine parcimonia mactans: ut æstimaretur, si
revertisset de Parthis, boves jam defuturos. Ammien Marcellin, l.
25, c. 4, rapporte ensuite la plaisanterie faite contre Marc-Aurèle;
c'est une requête en grec adressée par les bœufs blancs à
l'empereur. Oἱ λευκοὶ βόες Μάρκῳ τῷ Καίσαρι. Ἀν σὺ νικήσῃς,
ἡμεῖς ἀπωλόμεθα.—S.-M.
Dans le temps même qu'il tâchait d'anéantir le
christianisme, il fut forcé de lui rendre le témoignage xix. Il veut imiter
le plus honorable et le moins suspect: Les païens le christianisme.
avaient une morale, dit un auteur sensé et Jul. epist. 49, p.
ingénieux, mais le paganisme n'en avait point. Julien 429 et 56, p.
lui voulut prêter celle de la religion chrétienne. Il n'en 442, et fragm. p.
pouvait copier que l'extérieur; et c'est avec 288-305.
beaucoup de justesse que saint Grégoire de Greg. Naz. or.
Nazianze l'appelle le singe du christianisme. Il forma 3. t. 1, p. 93 et
le dessein de fonder des écoles dans toutes les 94.
villes, d'établir dans les temples des catéchistes, des Soz. l. 5, c. 16.
docteurs, des prédicateurs; de marquer les prières
Theod. l. 2, c. 4.
qui devaient être récitées à certaines heures et en
certains jours; de les faire chanter à deux chœurs, La Bleterie,
usage qui avait depuis peu commencé dans l'église notes sur les
d'Antioche. Il chargea, par une de ses lettres lettres de Julien,
p. 325.
Ecdicius, gouverneur de l'Égypte, de choisir dans
Alexandrie des jeunes gens bien nés, qui eussent la
voix belle: il leur assigna un entretien honnête; il lui ordonna de leur
faire apprendre la musique et de veiller à leurs progrès; il les
destinait au service des dieux; il prétendait que la musique sert à
élever l'ame et à la purifier. Il exigeait dans les lieux consacrés au
culte de la religion beaucoup de silence et de modestie; ne
permettant pas même les acclamations dont on avait coutume
d'honorer l'empereur, quand il y entrait. Il projetait d'imiter la
discipline de l'église dans la correction des pécheurs, et de prescrire
divers degrés de pénitence; de fonder des monastères d'hommes et
de femmes, des maisons de retraite, des hôpitaux pour les
voyageurs et pour les pauvres. Il aurait souhaité faire passer dans le
paganisme l'usage des lettres ecclésiastiques, avec lesquelles les
chrétiens étaient reçus par toute la terre comme des frères et des
amis. En un mot, il était jaloux de cet esprit de lumière, de sagesse
et de charité, qu'il était forcé d'admirer dans l'église chrétienne.
Un pontife supérieur fut établi dans chaque province,
avec une pleine autorité sur tous les prêtres des xx.
villes et des campagnes. Julien exige, comme des
vertus essentielles à cette place, la modération, la Perfection qu'il
exigeait des
douceur, la hardiesse à reprendre, et la vigueur à prêtres païens.
punir. Ses écrits fournissent un modèle d'instruction
pour ceux qui sont honorés du sacerdoce, et une Jul. ep. 49, p.
429, ep. 63, p.
copie fidèle de la sainteté qu'il voyait alors éclater 451, et in fragm.
dans les ministres de l'église. Il attribue la p. 288-305.
décadence de l'idolâtrie aux vices de ceux qui la
professent; il reconnaît que c'est par la régularité dans les mœurs et
par la charité envers les hommes, que le christianisme s'est
accrédité. Il recommande au pontife la vigilance sur les inférieurs:
Privez-les, dit-il, des fonctions du sacerdoce, s'ils ne sont fidèles à
servir les dieux, s'ils n'y obligent leurs domestiques, s'ils mènent une
vie indécente. Il lui conseille de voir rarement les magistrats et les
grands seigneurs, si ce n'est pour l'intérêt de la veuve et de
l'orphelin, et de se contenter de leur écrire. Il veut qu'on reçoive dans
les hôpitaux les pauvres étrangers, de quelque religion qu'ils soient.
Il impose une contribution dans chaque province pour fournir à la
subsistance des indigents. Il défend aux gouverneurs de se faire
suivre de leurs gardes quand ils entrent dans les temples: Dès qu'ils
y mettent le pied, dit-il, ils deviennent simples particuliers; les prêtres
seuls ont droit d'y commander sous les auspices des dieux; les
autres, qui portent leur faste jusqu'au pied des autels, ne sont que
des hommes vains et superbes. Il exige qu'on respecte les prêtres,
lors même qu'ils sont indignes de leur ministère, jusqu'à ce qu'ils en
aient été dépouillés; mais il veut aussi qu'ils se rendent
respectables: Ils sont, dit-il, les interprètes des dieux auprès des
hommes, et les cautions des hommes auprès des dieux. Il leur
prescrit de conserver leurs oreilles chastes aussi-bien que leur
langue; il leur interdit la lecture des poésies trop libres et des
histoires amoureuses, qui allument peu à peu le feu des passions;
ce sont ses termes. Il ne leur permet pas même de lire les ouvrages
d'Épicure et de Pyrrhon, et il rend grâces aux dieux d'avoir fait périr
la plupart des écrits de ces philosophes. Il aurait bien voulu épurer le
théâtre; mais regardant la chose comme impossible, il en défend
l'entrée aux prêtres. Il veut qu'ils prient trois fois le jour; qu'ils se
montrent rarement aux promenades; qu'ils ne se trouvent à des
festins que chez des personnes vertueuses; qu'ils s'abstiennent des
spectacles où assistent les femmes; qu'ils soient magnifiques dans
les cérémonies de religion, simples dans leur habillement ordinaire;
qu'ils prennent sur leur nécessaire de quoi faire l'aumône. Enfin il
demande dans ceux qu'on élève à la prêtrise deux qualités, l'amour
des dieux et celui des hommes: Avec ces deux caractères, ajoute-t-
il, n'importe qu'ils soient riches ou pauvres, illustres ou inconnus.
Ces maximes s'accordent avec la profession solennelle qu'il fait en
cent endroits de ses ouvrages, de croire l'existence des dieux,
l'immortalité de l'ame, les récompenses et les punitions d'une autre
vie. C'est ainsi qu'il s'efforçait de dérober à la religion chrétienne la
sainteté de sa discipline et de sa morale. Il ignorait que c'est une tige
qui meurt dès qu'elle est transplantée, et qu'elle ne peut porter de
fruits mûrs et durables que dans le terrain où elle est née, et où elle
est arrosée de la main de Dieu même. Julien ne vécut pas assez
long-temps pour reconnaître que sa réforme n'était qu'un projet
chimérique.
Selon le plan qu'il avait formé, il défendit de mettre à
mort les Galiléens (c'est ainsi qu'il nommait les xxi. Feinte
chrétiens), ni de leur faire aucun mauvais traitement douceur de
pour cause de religion: Ils sont, disait-il, plus dignes Julien à l'égard
de compassion que de haine; ils ne se punissent des chrétiens.
que trop eux-mêmes; ce sont des aveugles qui Jul. ep. 7, p.
s'égarent sur le point le plus essentiel de la vie, qui 376, ep. 43, p.
abandonnent le culte des dieux immortels, pour 424, et ep. 52,
honorer des restes de cadavres et des ossements p. 435.
de morts. Il désignait ainsi les reliques des martyrs. Il Greg. Naz. or.
blâmait hautement Constance d'avoir employé la 3, t. 1, p. 72, et
rigueur contre ceux qui ne s'accordaient pas avec lui or. 10, p. 167.
en fait de croyance. Il n'ôtait point aux chrétiens Liban. or. 10, t.
l'exercice public de leur religion; mais il leur enlevait 2, p. 290.
sous divers prétextes leurs évêques et leurs prêtres, Chrysost. de
afin de ruiner peu à peu la doctrine et la pratique du Sto. Babyla et in
christianisme, par le défaut d'instruction et de Jul. et Gent. t.
ministres. Pour relever le prix de l'idolâtrie, il déclara 2, p. 574 et in
Juvent. et Max.
que, loin de traîner les Galiléens devant les autels et
p. 579.
de les contraindre à sacrifier, il ne permettait
d'admettre ces impies à la participation des Socr. l. 3, c. 11
et 12.
mystères, qu'après des prières, des expiations, de
longues épreuves capables de purifier leur ame et Soz. l. 5, c. 4 et
leur corps. Il était habile à profiter des imprudences 17.
où tombaient quelquefois les chrétiens, et il ne [Theoph. p. 40.]
manquait pas d'affecter une patience philosophique Cedr. t. 1, p.
dans les occasions où la chaleur d'un zèle 306.
inconsidéré n'attaquait que sa personne. Constantin Zon. l. 13, t. 2,
avait placé à Constantinople une statue de la p. 25.
Fortune de la ville, qui portait une croix gravée sur le Vita Athan.
front. Julien l'ayant fait abattre et enfouir, en fit placer apud Phot. cod.
une autre dans un temple avec les symboles de 258.
l'idolâtrie. Un jour qu'il lui offrait un sacrifice public, Suid. in Μίλιον.
Maris, cet évêque de Chalcédoine si connu par son
attachement à l'Arianisme, aveugle et cassé de
vieillesse, se fit conduire devant l'empereur; et l'insultant en face, il
lui reprocha dans les termes les plus amers son impiété et son
apostasie: Tais-toi, malheureux aveugle, lui répondit Julien, le
Galiléen ton dieu ne te rendra pas la vue. Je lui rends grace, repartit
Maris, de m'avoir épargné la douleur de voir un apostat tel que toi.
Julien ne répliqua pas, et continua le sacrifice. Cette modération
semble ne mériter que des louanges: mais selon les chrétiens de ce
temps-là, qui pénétraient mieux que nous les intentions de Julien, ce
n'était que l'effet d'une maligne politique: il refusait aux chrétiens la
gloire du martyre; il savait que les supplices sont un germe de
prosélytes.
Ce fut encore par la même apparence de douceur,
qu'il rappela indistinctement et les orthodoxes et les xxii. Rappel des
hérétiques, que Constance avait exilés et qu'il leur fit chrétiens exilés.
rendre leurs biens confisqués: sans s'expliquer au
Jul. ep. 26, p.
sujet des évêques, qu'il voulait se réserver la liberté 398, ep. 31, p.
de chasser dans la suite, il les laissa rentrer dans 404 et ep. 52, p.
leurs églises. Les Ariens, qui avaient été les favoris 435.
de Constance, lui étaient par cette raison encore Amm. l. 22, c. 5.
plus odieux que les catholiques. Mais son dessein
était de détruire, les unes par les autres, les diverses [Socr.
38.]
l. 2, c.
communions qui partageaient le christianisme. Sous
prétexte d'apaiser leurs querelles, mais en effet pour Theod. l. 3, c. 4.
les aigrir davantage, il appelait quelquefois devant lui Soz. l. 5, c. 5 et
les chefs des partis contraires; il les mettait aux 15.
prises; et après les avoir échauffés par la dispute, Philost. l. 6, c. 7
prenant le ton de conciliateur, il les exhortait à la et l. 9, c. 4.
paix: Ecoutez-moi, leur disait-il, les Allemands et les [Facund. l. 4, c.
Francs m'ont bien écouté[390]. Il les congédiait 2]
ensuite en leur déclarant qu'il entendait qu'ils Chron. Alex. p.
demeurassent unis ensemble, malgré la contrariété 296.
des dogmes que chaque parti aurait la liberté de Fleury, hist.
soutenir. C'était renfermer comme dans un champ ecclés. l. 15, c.
clos des ennemis armés et irréconciliables. Il avait 4.
été témoin des persécutions suscitées par les Ariens
contre les catholiques: il savait qu'il y a des chrétiens qui ne se
pardonnent pas la diversité de croyance, et que ce motif, qui ne
devrait agir que dans l'ordre surnaturel, suffit seul dans leur esprit
pour rompre tous les liens de l'humanité et de la nature. Il rassembla
de toute la terre dans le sein de l'église comme autant de serpents
les hérétiques les plus dangereux. Il écrivit à Photinus pour le
féliciter de sa constance à nier la divinité de Jésus-Christ; il caressa
surtout Aëtius, qui avait été le confident et le théologien de Gallus:
l'ayant rappelé d'exil par une lettre pleine de bienveillance[391], il lui
fit présent d'une terre près de Mytilène, dans l'île de Lesbos. Il
ordonna, sous peine d'une grosse amende, à Eleusius, évêque de
Cyzique, de rebâtir à ses dépens dans l'espace de deux mois l'église
des Novatiens qu'il avait abattue du vivant de Constance. Quelque
temps après, ce même évêque, étant accusé d'avoir sous le règne
précédent détruit des temples et converti quelques païens, il le
chassa de la ville, lui et tout son clergé, avec défense d'y rentrer, de
crainte, disait-il, qu'ils n'y excitassent quelque sédition.
[390] Audite me, quem Alamanni audierunt et Franci. Amm. Marc.
l. 22, c. 5.—S.-M.
[391] Il lui parle de leur vieille amitié; παλαιᾶς γνώσεώς τε καὶ
συνηθείας μεμνημένος, ep. 31.—S.-M.
Les Donatistes n'osaient lever la tête, depuis que
Constant avait châtié leur insolence. Aussitôt que xxiii. Nouveaux
Julien fut monté sur le trône, ils s'empressèrent de excès des
se concilier la faveur du nouveau prince. Ils lui Donatistes.
députèrent pour demander la restitution de leurs Optat. l. 2, c.
basiliques. Leurs envoyés n'épargnèrent pas la 17, 18, 19, 20 et
flatterie: on leur a reproché dans tous les siècles 21, p. 36-42.
d'avoir dit à Julien qu'il était le seul prince qui sût S. Aug. contra
écouter la justice. Cet éloge fut regardé comme une Petil. l. 2, c. 92,
trahison faite au christianisme; et leur requête devint 97, t. 9, p. 275
si odieuse, que, quarante ans après, Honorius, pour et 286.
les couvrir d'ignominie, ordonna qu'elle serait Idem, contra
publiquement affichée avec le rescrit de Julien, qui Parm. l. 1, c. 12,
les rétablissait dans toutes leurs anciennes t. 9, p. 23.
possessions. Julien se persuadait que cette secte Cod. Th. l. 16,
forcenée serait plus propre que toute autre à ruiner tit. 5, leg. 37, et
le christianisme en Afrique. Rien n'égale en effet la ibi God.
fureur, à laquelle ces fanatiques s'abandonnèrent. Ils Till. hist. des
s'emparaient des églises à main armée, ils en Donat. art. 53,
chassaient les évêques, brisaient les autels et les 54 et 55.
vases sacrés, massacraient les prêtres et les
diacres, violaient les vierges consacrées à Dieu, mettaient les
hommes en pièces, outrageaient les femmes, tuaient les enfants
dans les entrailles de leurs mères, profanaient les saints mystères.
Leurs évêques prétendaient se sanctifier par tant d'horreurs, et les
peuples juraient par le nom de ces prélats sacriléges, comme par
celui de Dieu même.
L'esprit de révolte et de schisme que les hérétiques
rapportaient de leur exil, menaçait l'église des xxiv. Julien
attaques les plus meurtrières. Pour la désarmer, défend aux
Julien imagina un moyen qui pouvait suppléer à la chrétiens
rigueur des persécutions: c'était de réduire les d'enseigner et
chrétiens à l'ignorance, en leur défendant d'étudier les
d'enseigner et d'étudier les lettres. Il savait qu'il est lettres
humaines.
aisé de conduire les hommes à la superstition par le
défaut de connaissances; que de les priver Jul. ep. 42, p.
d'instruction, c'est un moyen sûr pour tyranniser 422.
leurs esprits; que l'ignorance fut la mère du Greg. Naz. or.
paganisme; et que pour le faire renaître, il fallait 3, t. 1, p. 51, 96
ramener les chrétiens à l'état où s'étaient trouvés et 97.
leurs pères à la naissance de l'idolâtrie. Il avait Amm. l. 22, c.
assez de lumières pour sentir que les auteurs 10, et l. 25, c. 4,
païens, réunissant à la fois toutes les forces et et ibi Vales.
toutes les faiblesses de la raison humaine, avec le Chron. Hier.
plus grand art à mettre en œuvre les unes et les Socr. l. 3, c. 16.
autres, fournissaient en même temps et les chimères Theod. l. 3, c. 8.
à combattre et les armes pour les vaincre: il voyait
Soz. l. 5, c. 18.
que les défenseurs les plus formidables que le
christianisme eût alors à lui opposer étaient les Joann. Antioch.
hommes les plus lettrés de l'empire, Athanase, p.842 et ibi
Vales.
Grégoire de Nazianze, Basile de Césarée, Hilaire de
Poitiers, Diodore de Tarse, Apollinaire. Voulant donc Zon. l. 13, t. 2,
enlever aux chrétiens cette puissante ressource, il p. 25.
publia un édit que nous avons encore, par lequel il Cedr. t. 1, p.
les déclare incapables d'enseigner la grammaire, 305.
l'éloquence, la philosophie. Il en apporte pour raison Oros. l. 7, c. 30.
que les livres où l'on puise les principes et les [Theoph. p. 40.]
exemples de ces connaissance, étant l'ouvrage des La Bleterie, vie
adorateurs des Dieux, et remplis des maximes de de Julien l. 4, p.
l'Hellénisme, c'est dans les maîtres chrétiens une 228, et lettres
imposture, et une duplicité honteuse de proposer de Julien, p. 26.
des modèles qu'ils désavouent, et d'enseigner aux
autres ce qu'ils ne croient pas eux-mêmes. Il paraît s'applaudir
beaucoup de ce sophisme. Il ajoute néanmoins qu'en défendant aux
chrétiens de donner des leçons, il ne leur défend pas d'en recevoir,
et qu'il permet aux jeunes gens de fréquenter les écoles sans les
contraindre à quitter leur religion. Ce n'est pas, dit-il, qu'il y eût de
l'injustice à les guérir malgré eux comme des phrénétiques; mais je
permets d'être malades à ceux qui le voudront être: je pense qu'il
faut instruire les ignorants et non les punir. Le témoignage clair et
précis des historiens ecclésiastiques nous apprend que la
permission de s'instruire, accordée aux chrétiens à la fin de cet édit,
fut bientôt révoquée par un édit postérieur qui ne s'est pas conservé
jusqu'à nous. Ammien Marcellin, tout païen qu'il est, blâme cette
défense comme inhumaine, et digne d'être ensevelie dans un oubli
éternel[392].
[392] Illud autem erat inclemens, obruendum perenni silentio,
quòd arcebat docere magistros rhetoricos et grammaticos, ritûs
christiani cultores. Amm. Marc. l. 22, c. 10.—S.-M.
Les professeurs chrétiens étaient encore en petit
nombre. Ecébolus, qui avait été un des maîtres de xxv. Exécution
Julien, et que l'intérêt et la vanité avaient toujours de cet édit.
tenu attaché à la cour, homme de petit génie, Jul. ep. 2, p.
dépourvu de talents, et jaloux de ceux des autres, 373 et ep. 19, p.
sacrifia sans balancer sa religion à sa chaire. Après 386.
la mort de Julien, il revint au christianisme; et Eunap. in
toujours déclamateur jusque dans sa pénitence, Prohæres. t. 1,
couché par terre devant la porte de l'église, il criait p. 92 ed. Boiss.
aux fidèles: Foulez-moi aux pieds; je suis un sel
affadi. Les autres montrèrent plus de fermeté. Chron. Hier.
L'histoire nomme Marius Victorinus qui professait Socr. l. 3, c. 13.
l'éloquence à Rome avec éclat, et le célèbre Aug. confess. l.
Prohérésius, que Constant avait comblé d'honneurs. 8, c. 5, t. 1, p.
Quoiqu'il n'eût paru à Rome qu'en passant, cette 148.
ville lui avait érigé une statue de bronze avec cette Oros. l. 7, c. 30.
inscription: Rome reine du monde au roi de Suid. in
l'éloquence. Étant retourné à Athènes, il soutint la Προαιρέσιος.
réputation du plus habile maître de la Grèce. Julien Till. persec. art.
faisait de lui une haute estime; il voulait même 9, et note 4.
l'engager à écrire son histoire; et par une exemption
qu'il croyait honorable, il lui permit de continuer ses leçons, sans être
obligé de changer de religion. Prohérésius refusa cette distinction
qui aurait pu rendre sa foi suspecte; il renonça généreusement à sa
profession et aux bonnes graces du prince, qui dès ce moment, par
une bizarrerie très-ordinaire, rabattit beaucoup de l'opinion qu'il avait
eue de l'habileté de ce rhéteur.
Cet édit de Julien alarma tous les fidèles. Les livres
saints étaient leur nourriture; mais les lettres xxvi. Douleur
profanes, dit saint Basile, étaient les feuilles qui de l'église.
servaient aux fruits d'ornement et de défense. Aussi
Greg. Naz. or.
ces hommes éclairés, loin d'embrasser avec joie 3, t. 1, p. 51 et
cette ignorance, qu'une fausse politique ou une 99.
singularité bizarre prêchent quelquefois, et qu'une Basil. de libris
pieuse imbécillité canonise, regardèrent cet artifice Gentilium, t. 2,
de Julien, comme l'attentat le plus noir et le plus p. 173.
dangereux qu'il eût formé contre le christianisme: ce Socr. l. 3, c. 16.
sont les termes de saint Grégoire de Nazianze; et de
tous les reproches dont il accable Julien, il n'en est Soz. l. 5, c. 17.
point qui prête à son zèle plus de force et plus de
vivacité. On travailla aussitôt à réparer cette perte. Saint Grégoire et
Apollinaire, tous deux féconds et éloquents, tous deux hommes de
génie, riches de leur propre fonds et enrichis encore par l'étude des
lettres, composèrent en prose et en vers un grand nombre d'écrits.
Ils avaient dessein d'y transporter les beautés des auteurs profanes,
et de les y conserver comme dans un dépôt sacré, en les appliquant
aux matières propres de la religion. Mais quelque habiles que
fussent ces deux illustres écrivains, leurs ouvrages trop hâtés ne
pouvaient remplacer des chefs-d'œuvres de tant de siècles: la mort
de Julien rendit bientôt à l'église le libre usage des trésors dont il
avait voulu la dépouiller.
Pour s'assurer de l'exécution de cet édit, il défendit
par une loi expresse à tout particulier d'entreprendre xxvii. Conduite
de tenir école, de quelque science que ce fût, sans de Julien à
avoir été autorisé par le conseil de la ville et par les l'égard des
suffrages des principaux habitants: il ordonna que le médecins.
décret lui serait envoyé pour l'examiner et le ratifier. Jul. ep. 45, p.
Il témoignait de grands égards aux médecins: il fit 426, et lex de
revivre en faveur de ceux de la cour et des deux medicis, p. 154.
capitales de l'empire, Rome et Constantinople, tous Greg. Naz. or.
les priviléges qui leur avaient été accordés par les 10, t. 1, p. 167
anciens empereurs, et les déclara exempts de toute et 168, et ep.
fonction onéreuse. Rien n'est plus honorable que la 17, p. 779.
lettre par laquelle il rétablit le médecin Zénon, que la Chrysost. in
faction de l'évêque George avait chassé Juvent. et Max.
d'Alexandrie. Mais en même temps il défendit aux t. 2, p. 579.
chrétiens d'enseigner et peut-être même de Cod. Th. l. 13,
pratiquer la médecine. Saint Jean Chrysostôme tit. 3, leg. 4, 5.
comprend cette profession dans le nombre de celles Till. persec. art.
dont les chrétiens furent exclus. Césaire, frère de 9.
saint Grégoire de Nazianze, avait exercé la
médecine auprès de Constance avec une grande réputation. Son
savoir et son désintéressement, qui en rehaussait le prix, lui avaient
mérité l'estime de toute la ville de Constantinople, et les plus
honorables distinctions de la part du prince. Il demeura auprès de
Julien. Le danger auquel il exposait sa foi, fit trembler son frère:
celui-ci s'efforça de le rappeler par une lettre touchante, trempée de
ses larmes et de celles de leur père. Césaire ne se rendit point à ces
instances; mais il ne dégénéra pas de cet esprit de lumière et de
force qui faisait le caractère de sa famille. En vain Julien, qui s'était
fait un point d'honneur de le pervertir, mit en œuvre les caresses et
les menaces. Ce prince entra même en controverse avec lui devant
un grand nombre de témoins, les uns déja séduits, les autres fidèles,
qui, partagés de désirs comme de sentiments, s'intéressaient tous