2024

PROTEIN-PROTEIN
INTERACTIONS (PPIS)

1
 2024

EX. MYOSIN AND ACTIN

https://www.youtube.com/watch?v=zopoN2i7ALQ&t=8s

• 1. ATP binding to “head” myosin → myosin releases actin

• 2. ATPase action: ATP → ADP + PO4- + dG (energy)
• The myosin to high energy conformation
• 3. PO4- released from myosin and “push on actin”
• 4. ADP released from head of myosin
Recycle

Chemical energy of ATP hydrolysis → mechanical energy of pushing actin

Definitions
Protein-protein interactions (PPIs): physical and selective contacts that
happen between pairs of proteins, in certain molecular regions and in a
defined biological context.

Interactome: the totality of PPIs that happen in a cell / in an organism / in a

specific biological context...

Protein-protein interaction network: Graphical representation of a group

of PPIs in which proteins are represented as nodes and interactions as edges.

2
 2024

5
TYPES OF PROTEIN
INTERACTIONS
A) Direct (physical) interaction via the formation of
interaction complex, more or less stable
depending of the affinity of the interaction.
B) Indirect ( just functional ) interaction via a
variety of genetic dependencies, transcriptional
regulation mechanisms.

Why protein-protein interactions?

Gene level Protein level

DNA RNA

1 protein
=
1 protein
n functions
= WRONG!
=
n1networks!
function

1. To predict a protein biological function

• “guilt by association”
• proteins with similar functions should cluster together

2. To improve characterization of protein complexes and pathways

• interaction networks work as a draft map that brings detail to
biological processes and pathways

3
 2024

Characterization of protein complexes

and pathways

Hook, B. and Schagat, T. [Internet] 2011.

Available from: Glaab et al., BMC Bioinformatics, PMID: 21144022.
www.promega.com/resources/articles/pubh
ub/functional-proteomics-techniques-to-
isolate-and-characterize-the-human-
proteasome/

Protein-protein interaction detection methods

Yeast-two hybrid (Y2H) Tandem affinity purification+
mass spectrometry (TAP-MS)
High-throughput

No single method can accurately reproduce a true binary interaction

observed under physiological conditions – every interaction detected
experimentally is fundamentally artefactual.

X-ray diffraction studies

throughput
Low-

4
 2024

Types of protein-protein interactions

• Binary interactions – Two participants

• Co-localization – Two or more participants closely located

• N-ary ints. (associations) – Complex purification

• Functional / direct ints. – E. g. enzymatic interactions

Binary interactions 10

5
 2024

BINARY 11

INTERACTIONS

Colocalization 12

6
 2024

N-ary interactions (association)

Schleiff et al., Nat Rev Mol Cell Biol. 2011.

PMID: 211396380

Direct / functional interactions

• Usually in vitro assays
• Participants IDs are known in advance (predetermined)
• Examples – enzymatic assays, SPR (surface plasmon resonance), crystallography,
methods using purified protein…

Images from Wikipedia:

http://en.wikipedia.org/wiki/X-ray_crystallography
http://en.wikipedia.org/wiki/Surface_plasmon_resonance
http://en.wikipedia.org/wiki/Protein_adsorption_in_the_food_industry

7
 2024

Representing PPIs: interaction domains

interaction domains

Overlap in sequence ranges:

Representing PPIs:
The problem with complexes
• Some experimental methods generate complex data: E. g.
Tandem affinity purification (TAP)

• There are two algorithms to transform this information into

binary data:

8
 2024

Interactions databases: types

De Las Rivas & Fontanillo, PLoS Computational biology, PMID: 20589078.

Databases: curation levels

SHALLOW
CURATION
http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_biogrid_s.png http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_innatedb_s.png

http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_mpidb_s.png

http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_mconnections_s.png

http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_matrixdb_s.png http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_dip_s.png http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_intact_s.png http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_mint_s.png http://www.imexconsortium.org/sites/imexconsortium.org/themes/inove/images/imex_mpact_s.png

DEEP CURATION

9
 2024

Databases: curation levels

Shallow curation
BioGRID – active curation, limited number of model organisms
HPRD – active curation, human focus, predicted interactions
MPIDB – curation stopped, data re-located to IntAct, interactions in micro-
organisms
InnateDB – active curation, interactions related with innate immunity

Deep curation
IntAct – active curation, wide species coverage, all types of molecules
MINT – active curation, wide species coverage, PPIs only
DIP – active curation, wide species coverage, PPIs only
MPACT – curation currently stopped, limited species coverage, PPIs only
MatrixDB – active curation, extracellular matrix molecules only
BIND – curation stopped in 2006/7, wide species coverage, all types of molecules –
information getting outdated
I2D – active curation, PPIs involved in cancer

Primary databases: coverage

Human PPIs
coverage in the
main public
primary
databases
(Dec 2009)

De Las Rivas & Fontanillo, PLoS Computational biology, PMID: 20589078.

10
 2024

21

EX. MYOSIN AND ACTIN

https://www.youtube.com/watch?v=zopoN2i7ALQ&t=8s

• 1. ATP binding to “head” myosin → myosin releases actin

• 2. ATPase action: ATP → ADP + PO4- + dG (energy)
• The myosin to high energy conformation
• 3. PO4- released from myosin and “push on actin”
• 4. ADP released from head of myosin
Recycle

Chemical energy of ATP hydrolysis → mechanical energy of pushing actin

Bài tập: đánh giá tương tác của kinesin và dynein (trên sợi microtubulin)
bằng 1 số công cụ đã giới thiệu ở trên

22

THE MAIN INTERACTIONS IN PROTEIN SYSTEMS

• Innner protein:

1- Liên kết peptit

Nhóm amin – C (alpha) gắn
Nhóm R – nhóm carboxyl

Isomer L, D đối xứng gương với nhau

(L là sinh tổng hợp).

Mặt phẳng của khung liên kết peptid khá

“cứng”

Lai hóa sp2 tạo thành (góc liên kết ~120o).

11
 2024

23

THE MAIN INTERACTIONS IN PROTEIN SYSTEMS

2 – tương tác không cộng hóa trị

tương tác van der Waals (vdW) biểu diễn bằng
thế Lennard – Jonnes

r0– khoảng cách mà năng lượng vdW đạt cực

tiểu.

Bán kính của khoảng tác động của vdW dao động
từ 1-1.5Ao

24

THE MAIN INTERACTIONS IN PROTEIN SYSTEMS

• Liên kết Hydro

• Liên kết này chủ yếu do tương tác của O và H của nước giây ra. Tuy nhiên không phải do
mỗi nước, chúng luôn được hình thành khi một H tiếp cận với 1 nguyên tử có độ âm điện
cao nào đó trong khi nó đã được liên kết hóa học với 1 nguyên tử có độ âm điện cao khác
(O, N, F …) ví dụ
O – H …O ; N – H …N …

12
 2024

25

THE MAIN INTERACTIONS IN PROTEIN SYSTEMS

• Ở protein thì nhóm C-H không tham gia vào liên kết hydro vì có độ âm điện của C trong C-
H là yếu.

• Donor X ( âm hơn ) – H ( dương hơn) ….. Y ( Acceptor )

• Năng lượng liên kết Hydro khoảng 5kcal/mol ( thăng giáng nhiệt kBT khoảng 0.5-0.6
kcal/mol)

• Đóng góp của tương tác Hydro trong nước là entropy chứ không phải enthalpy

26

THE MAIN INTERACTIONS IN PROTEIN SYSTEMS

• Tương tác kỵ nước

13
 2024

27

THE MAIN INTERACTIONS IN PROTEIN SYSTEMS

• Các phân tử nước gần bề mặt không phân cực gần như sẽ bị “đóng băng” do
chuyên động nhiệt của nó hạn chế.
• “đóng băng” như 1 “tấm áo băng mỏng” ở bề mặt không phân cực.
• “tấm áo băng mỏng” này các phân tử kỵ nước có 1 liên kết kỵ nước ở khoảng
cách gần.
• Do khi hai phân từ này gần nhau “lớp áo” sẽ mỏng lại → giải phóng ( đẩy ) nước
vào phần dung dịch (ưa nước) → tạo 1 tương tác “hút” hiệu dụng giữa 2 phân tử
kỵ nước.
• Hiệu ứng kỵ nước đóng góp khoảng 90% năng lượng tự do cần thiết để hình
thành cấu trúc khối của protein ( Khối đặc )
• Hiệu ứng kỵ nước và liên kết H chỉ đóng góp 10% năng lượng tư do của protein

28

THE MAIN INTERACTIONS IN PROTEIN SYSTEMS

• Tương tác tĩnh điện
• Coulomb's law
• Trong chân không thì ἑ = 1 và đó là
năng lượng
• Còn trong môi trường thì là năng
lượng tự do
• Trong nước thì ἑ = 80 còn trong bản
thân protein thì độ điện thẩm ἑ dao
động 2-4.

Book: Giáo trình Vật lý sinh học của Protein. Nguyễn Thế Toàn, Nguyễn Họa Mi. NXB ĐHQGHN, 2021

14
 2024

THANK
YOU
Ha Do Minh
hadm@hus.edu.vn

15