KHÁI QUÁT TRAO ĐỔI CHẤT VÀ

NĂNG LƯỢNG SINH HỌC

TS. Lê Thụy Bình Phương
 Nội dung
• Trao đổi chất: Qúa trình đồng hóa và dị hóa
• Khái niệm về năng lượng sinh học: các hợp
chất cao năng thường gặp
• Phosphoryl hóa oxi hóa
 Overview of metabolism (2)
• Metabolism takes place within the cell
• Anabolism and catabolism: contradictory but support
uniformity in metabolism.
• Catabolic reactions:
break complex
molecules down into
simpler molecules
and release energy
when bonds are
broken (exogenic)
• Anabolic reactions:
build up complex
molecules from
simpler ones by
using energy to
construct new bonds
(endergonic)
 Quá trình dị hóa
Gđ1: (Tiêu hóa và
thủy phân) phân
tử lớn phân tử
nhỏ hơn máu
Gđ 2: (sự thoái biến)
Các phân tử tiếp
tục bị phân cắt
nhỏ hơn và oxi hóa
thành các hợp chất
có 2-3 carbon.
Gđ3: (oxi hóa) bị oxi
hóa trong chu
trình acid citric và
phosphoryl hóa để
cung NL ATP
 The primary
organs of
Core of
metabolism metabolism
(1) Leptin and
insulin regulation
to long-term
control
homeostasis ?

Source: Jeremy M. Berg John L. Tymoczko Lubert Stryer with Gregory J. Gatto, Jr.. Biochemistry. Seven Edition. W. H. Freeman
and Company ,New York. ISBN 13: 9781429229364 ISBN 10: 1429229365
 Các hợp chất cao năng thường gặp
trong mô bào ĐV
• ATP/ADP
• Creatine phosphate/creatine
• Các Coenzyme vận chuyển điện tử (NAD+ ,
NADP+ FAD+ ,FMN+ )
 Các hợp chất cao năng

• Hệ thống ATP/ADP: hợp chất cao năng quan trọng nhất, dùng
chuyển tải năng lượng từ p/ư giải phóng NL p/ư thu NL
• ATP có ở mọi mô bào của giới SV dưới dạng liên kết với Mg2+
 Các hợp chất cao năng

• Hệ thống creatinine phosphate/creatine: giữ vai trò thứ cấp

trong tích trữ ~P
• Khi NL phóng thích nhiều, hệ ATP/ADP không tích trữ hết, NL
sẽ tích trữ trong creatine creatine phosphate (CP). Khi
cần năng lượng, CP sẽ nhả NL để ADP ATP
Các Coenzyme vận chuyển điện tử (NAD+ , NADP+
FAD+ ,FMN+ )
• Where’re coenzymes from? by-product of sugar
metabolism
• 02 type of coenzyme: reduced coenzyme(donate
electron) and oxidative coenzyme(received electron)

• Role of coenzyme: transferring electron to electron

transport chain to oxidative phosphorylation (cell
respiration) to create energy as ATP
Source: R A Leng, Lecture 2. Applied Biochemistry course, organized at Ha Noi, November 2011
 Summary of aerobic respiration
C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O + ATP

Source: https://en.wikipedia.org/wiki/Glycolysis
 Quá trình phosphoryl hóa oxi hóa (1)(oxidative
phosphorylation)
• Quá trình bắt đầu với tham gia của các electron
vào chuỗi hô hấp mô bào (Quá trình vận chuyển
điện tử)
• Các coenzyme vận chuyển điện tử không thể vượt
qua màng ty thể nhưng các electron có thể
được vận chuyển gián tiếp thông qua chất mang
điện tử
 Quá trình phosphoryl hóa oxi hóa (2)

• Electron được vận chuyển qua một loạt các chất

mang điện tử (chủ yếu là protein) được hoạt động
một cách tuần tự theo thế năng oxi hóa khử từ
thấp đến cao (như kiểu “dòng nước chảy xuôi”)
• CoQ vận chuyển các electron từ các phức hợp I và
II đến phức hợp III. Cytochrome c vận chuyển các
electron giữa các phức hợp III và IV. Cytochrome a
tới oxy
Các electron di chuyển từ các chất mang với thế
khử âm hơn tới các chất mang với thế khử
dương hơn, cuối cùng kết hợp với O2 và H+ tạo
thành nước
 Quá trình phosphoryl hóa oxi hóa (3)
• Các chất mang điện tử này sẽ chuyển các
electron đến oxy và đi kèm theo nó là dòng
proton H+ từ matrix (là khoảng không gian
bên trong màng của ty lạp thể)
• Kết quả: Sự khác biệt về nồng độ hóa chất
và phân bố điện tích bên trong và bên ngoài
màng không đều tạo ra một động lực proton
(proton motive force; PMF)
Động lực proton (proton motive force)
 Quá trình phosphoryl hóa oxi hóa (4)
• Động lực proton sẽ đẩy proton trở lại matrix
thông qua một kênh nằm trong phức hợp
protein, nơi sẽ tổng hợp ATP [FO-F1-ATPase]
Khi dòng proton làm quay phần đầu của phức
hợp (vặn vẹo), enzyme ATP synthease xúc tác sự
thành lập ATP từ ADP
Note: Phần đầu này của phức hợp protein giống
như như một bánh xe, phần ATP synthease
không gắn chặt vào phần đầu. Nhưng khi phần
đầu xoay nó sẽ kích hoạt ATP synthase thành lập
ATP
Video: Electron transport chain

Link: https://www.youtube.com/watch?v=LQmTKxI4Wn4
 ATP tạo ra từ matrix được thoát ra tế
bào chất như thế nào??(tham khảo)
• ADP và ATP không chỉ đơn giản là khuếch
tán qua màng trong ty thể không thấm nước.
• ADP đi vào matrix của ti thể là cùng với sự
thoát ra tế bào chất của ATP bởi sự hoán vị
ATP-ADP.
• Đây là một protein vận chuyển (antiporter)
• Năng lượng đến từ thế năng xuyên màng.
• Sử dụng khoảng 25% tiềm năng năng lượng.
Sự khác nhau trong thế khử giữa oxy và NADH là lớn,
khoảng 1,14V giúp cho việc giải phóng một lượng lớn
năng lượng
 Hiệu quả năng lượng ATP được tạo ra
từ chuỗi vân chuyển điện tử (tham khảo)
• Đối với electron di chuyển từ NADH đến O2
(-0.32 to +0.82 volts), E0/ = 1.14 volts
tạo ra 3 ATP
• Năng lượng tự do:
G/0 = - n . F. E0/
- 2 x (96.5 kJ/volt.mole) x (1.14 v)
= - 221 kJ/mole NADH bị oxi hóa khử
Nhưng 3 ATP = 3 x 31 = 93 kJ được bảo toàn
Hiệu quả = 93/221 = 42% được nắm giữ
(Tham khảo) hệ thống hô hấp
hiếu khí của VK E. Coli
• Chuỗi vận chuyển điện tử
có sự phân nhánh
• Cytochrome d: ái lực rất cao
đối với oxy, không bơm
proton
• Cytochrome o: ái lực trung
bình với oxy, bơm proton
• Chuỗi vận chuyển điện tử
ngắn (P/O thấp) nên năng
lượng từ hô hấp hiếu khí
thấp. Điều này phụ thuộc
môi trường của E. coli
 Significance of respiration chain
• Releasing stored energy in a high-energy
electronics.
• Oxidative coenzyme drop electron off to
return reductive form neatly, and continue
electron receiving continued metabolism
• Năng lượng tỏa ra không ồ ạt, thích hợp cho
cơ thể sử dụng đồng thời việc khai thác năng
lượng triệt để hơn
 F0F1-ATPase (tham khảo)

- Vị trí: chất nền (matrix) của màng

bên trong ti thể.
- Tổng hợp ATP, sử dụng năng
lượng được lưu trữ trong pH màng
và gradient tiềm tàng.
- Nhóm đầu F1 có ba nucleotide liên
kết ở ba vị trí trên F1, và chứa
enzyme thực hiện một chu trình xúc
tác.
- ADP và phosphate liên kết với
một trung tâm hoạt động, xúc tác sự
hình thành các ATP
- Năng lượng từ động lực proton
như đòn bẩy đẩy ATP ra khỏi trung
tâm hoạt động.
 F0F1-ATPase (tham khảo)
Hãy tưởng tượng hoạt động của F0F1-ATPase như hoạt
động của các bánh xe quay quanh trục cam
- Năng lượng được truyền tới các tiểu đơn vị xúc tác
trong ATP synthase (phần đầu F1) bởi vòng quay của
trục cam.
- Các "cam" bóp méo các tiểu đơn vị protein để liên kết
ATP.
- Các năng lượng đầu vào được sử dụng để điều khiển
sự phóng thích ATP không cho hình thành các liên kết
- Phải mất ít nhất 9-12 proton để “lái” một vòng quay
của trục cam và sản xuất ra 3ATP
Toàn bộ phức hợp có thể đảo ngược và F0 đóng vai trò
như chiếc chìa khóa
ATP synthase (tham khảo)
ATP synthase có 2 domain chức
năng F0 và F1

Enzym này xúc tác lặp đi lặp lại

quá trình ATP-ADP-ATP ADP và
được đi kèm với một dòng chảy
của proton từ P sang bên N

ATP chỉ được phóng thích bởi các

gradient proton. Các gradient
proton này gây việc quay trục
trung tâm và cũng quyết định
phóng thích ra các phân tử ATP là
nhiều hơn hay ít hơn vì cấu tạo
của các tiểu đơn vị được thay đổi
bởi các chuyển động quay
 Các loại phản ứng thường gặp
1. Chuyển nhóm chức năng:
VD: chuyển nhóm phosphate cao năng của ATP
2. Phản ứng oxi hóa khử: trao đổi điện tử
VD: glucose 6-phosphate thành phosphogluconic acid
3. Sắp xếp lại cấu trúc: thay đổi cấu trúc liên kết của một
phân tử
VD: glucose 6-phosphate thành fructose 6-phosphate
4.Phân tách: phân cắt liên kết C-C
VD: fructose 1,6-phosphate thành dihydroxyacetone
phosphate và glyceraldehyde phosphate
5.Ngưng tụ: sự kết hợp của hai hay nhiều phân tử và loại
đi phân tử H2O
VD: thành lập nối peptide giữa các amino acid tạo
polypeptide
Biến dưỡng carbohydrate
Hầu hết các carbohydrate (glucid) đều được chuyển
thành glucose trong quá trình biến dưỡng
Tiêu hóa carbohydrate
 Sự vận chuyển carbohydrate (tham khảo)

1. Vận chuyển chủ động (xảy ra trên thành ruột-sự hấp thu)
• Protein tải di động có tên là sodium dependant glucose transporter
( gọi tắt là SGL T-1). SGL T-1 vận chuyển glucose vào bên trong
tế bào bằng cách sử dụng năng lượng có nguồn gốc từ việc
bơm natri-kali (đọc thêm tài liệu p 2)
• SGL T-1 có 2 vị trí: một cho natri và một cho glucose. Sau khi
phóng thích glucose và Na vào trong tế bào chất, SGL T-1 đi ra khỏi
tế bào để tiếp tục vận chuyển thêm glucose và Na
2. Vận chuyển thụ động :
• Chất vận chuyển GLUT (independent transporter )
• Đi từ nơi có nồng độ gradient cao xuống thấp
• Không cần năng lượng
Quá trình biến dưỡng carbohydrate xảy ra ở các cơ
quan

Gan
Cơ
Tế bào mỡ
Glycolysis EMP (Emden-Meyerhof-Parnas)

This pathway was discovered by Gustav Embden, Otto

Meyerhof and Jakub Karol Parnas

Tế bào hồng cầu (thiếu ty lạp thể): hoàn toàn phụ thuộc
vào glucose là nhiên liệu trao đổi chất, và chuyển
hóa bằng đường phân kỵ khí
• Occuring in cytosol
• Mục đích: Tạo năng lượng ATP
 Đường phân EM

Glycolysis
Source: https://www.khanacademy.org/science/biology/cellular-
respiration-and-fermentation/glycolysis/a/glycolysis
 Final products of glycolysis EMP

Aerobic setting
2 phân tử Pyruvate
2 NADH + H+
2 ATP

Anaerobic condition -→ final products ???

 Đường phân EMP (glycolysis)
• Ý nghĩa:
Cung cấp cho cơ thể khoảng 2-3% ATP
Mở đầu cho quá trình hô hấp
Làm biến đổi căn bản về mặt cấu trúc của cơ
chất hô hấp (glucose)
Xúc tiến các giai đoạn tiếp theo ở giai đoạn hiếu
khí dễ dàng hơn
 Các hợp chất sinh học quan trọng trong
glycolysis
1. Tạo oxy cho mô bào
1,3- bisphosphoglycerate, làm giảm ái lực của
Hemoglobin với O2, tăng khả năng nhận oxy của mô
bào. VD: khả năng của bào thai nhận oxy từ mẹ
2. Cung cấp các chất trung gian quan trọng:
a) phosphate dihydroxyacetone: chuyển thành
glycerol-3phosphate, sử dụng để tổng hợp triacylglycerol
và phospholipid (lipogenesis).
b) 3- phosphoglycerate: sử dụng để tổng hợp amino
acid serine.
c) Pyruvate: sử dụng trong tổng hợp amino acid
alanine.
pyruvate acetyl CoA chu trình TCA
(Kreb)
Synthesis and degradation of 2,3-BPG in erythrocyte
(ref.)
Gal. Metabolism Hexose Metabolism
Galactose metabolism (cont. Hexose
Metabolism)
 Fate of pyruvate

Source: lecture3a, RA Leng, applied biochemistry training course, Ha Noi November 2011
 Fermentation
- Lên men là quá trình chuyển hóa trong điều kiện
thiếu oxy
VD: hoạt động quá sức của các cơ bắp
- Hệ thống lên men thường được tìm thấy trong tự
nhiên trong đầm lầy, và trong bùn dưới lúa nước,
trong bãi rác bị phủ kín
- Lên men trong phương pháp làm rượu vang và bia.
 The formation of ethanol by yeast (1)

Source:lecture3a, RA Leng, applied biochemistry training course, Ha Noi, November 2011

NADH phải được trở lại thành NAD + hoặc chuỗi phản ứng của quá trình
lên men sẽ dừng lại
 Yeast energy metabolism

Glucose

Souce: Pfeiffer, Thomas & Morley, Annabel. (2014). An Evolutionary Perspective on the Crabtree Effect. Frontiers in Molecular Biosciences. 1.
10.3389/fmolb.2014.00017
The formation of ethanol (2)
 Cori Cycle

Gluconeogenesis

Lactate is converted to pyruvate in hepatocyte. Excessive activity

of muscle, insufficient oxygen to supply to pyruvate
transformation for CO2, H2O, and ATP
 Oxidation of coenzyme in anaerobic
condition
NADH NAD+ by production of lactate from
pyruvate
 Significance of Cori Cycle
• Eliminated lactate out of muscle → prevents
lactic acidosis (excessive accumulation of
lactate).
• Provide ATP for muscle activity, as muscle get
deprived of energy due to insufficient glucose

Question: what is final products of glycolysis in

anaerobic condition (absence O2)?
Microbes and protozoa produce volatile fatty acid
(VFA) in anaerobic condition

Source:lecture3a, RA Leng, applied biochemistry training course, Ha Noi, November 2011

A little energy of glucose is as ATP but most of energy
is generated information of VFA and is synthesized by
microorganism
 Electron donor
Ho in [H] come
from cofactor
(NADH) or H2 or
formate or
lactate

Source:lecture3a, RA Leng, applied

biochemistry training course, Ha Noi,
November 2011

[H] is used when NADH is oxidized in synthesis of propionate.

Moreover, H2 is utilized by methanogenesis to form methane
(CH4)
CO2 + 4 H2 CH4 + 2 H2O (- ATP).
Methane production cause certain energy ATP waste from
fermentation
 Receiving
[H]

Simplified scheme of carbohydrates fermentation in the rumen (reference)

Source: Ungerfeld, E. M., 2020. Metabolic Hydrogen Flows in Rumen Fermentation: Principles and Possibilities of Interventions. Frontiers in Microbiology , Volume
11, p 589, ISSN 1664-302X (please read for more information)
Metabolism of volatile fatty acid (VFA) in ruminant (Vansoet 1984)
 Giải pháp oxi hóa khử cho coenzyme trong
glycolysis hiếu khí

Trong glycolysis hiếu khí: NADH đi vào chuỗi vận chuyển

điện tử trong ty lạp thể để thành lập ATP
Tricarboxylic acid (TCA) Cycle
 Citric acid cycle
(Phase 2 of glucose oxidation)
Chu trình Tricarboxylic acid gọi tắt TCA (Kreb,
Citric acid) bao gồm một chuỗi các phản ứng oxi
hóa khử xảy ra trong chất nền ty lạp thể. Kết
quả:
• Sự oxi hóa nhóm chức acetyl giải phóng 2 ptử
CO2
• Khử các coenzyme đã bị oxi hóa thông
qua quá trình phosphoryl hóa oxi hóa để
thành lập ATP
Mối liên hệ của chu
trình TCA trong sự
trao đổi chất
 Chu trình TCA đạt được những gì ?
• Cứ mỗi 2 carbon sẽ được oxy hóa thành 2 ptử CO2 (Acetyl
CoA)
• Bốn phản ứng oxy hóa xảy ra thường tạo ra NADH / FADH2
• Một nối phosphate năng lượng cao được thành lập. (GTP)
• « Chất mang» Oxaloacetate được sử dụng và tái sinh.
Oxaloacetate là chìa khóa trung tâm và quan trọng trong sự
trao đổi chất (là sự khởi đầu của tân sinh đường.
Oxaloacetate có 4 nguyên tử carbon, là một α-keto acid (tiền
chất của amino acid aspartate)
 Năng lượng từ chu trình TCA
• Lưu ý rằng có rất ít cơ chất trực tiếp
sản xuất năng lượng ATP. (chỉ có một phân tử
GTP được thành lập)
• Sự sản xuất tối đa ATP đòi hỏi phải có oxy cho
phản ứng phosphoryl hóa oxi hóa (oxidative
phosphorylation). Nếu mức oxi thấp dẫn đến sự
tích tụ NADH và thiếu hụt NAD+ cho chu trình TCA.
Do đó Chu trình TCA không thể hoạt động khi
không có oxy
• Trong phosphoryl hóa oxy hóa các FADH2 và
NADH bị oxy hóa.
 Chu trình TCA sản xuất được gì?

Tổng thể, các phản ứng trong chu kỳ sản xuất ra
• 3 NADH (= 9 ATP)
• 1 FADH2 (= 2 ATP)
• 1 GTP (= 1 ATP)
• Tổng cộng = 12 ATP cho mỗi phân tử Acetyl CoA

Nhớ rằng: Oxaloacetate hoạt động như một «chất mang»,

không có tổng hợp
 Significance of TCA cycle
• The primary function is releasing energy as ATP
and part of energy is converted to heat to
warm cells.
• Creating oxidative coenzyme (potential ATP), it
is used for reduction of cell (carbonyl, imine…)
• It is amphibolic process- providing carbon
source for catabolism and anabolism.
 Gluconeogenesis
• Herbivores have the diet that is rich in cellulose,
but microbial action in the intestine convert this
carbohydrate to acetate, propionate and butyrate,
of which only propionate can yield glucose by
gluconeogenesis.
• Cellulose is not digestible by humans, and is often
referred to as 'dietary fiber' or 'roughage', acting as
a hydrophilic bulking agent for faeces.
• Carnivores get their essential glucose from
gluconeogenic amino acid.
 Gluconeogenesis (2)
• Liver (90 %) and kidney (10%) are capable of
gluconeogenesis. The greater size of liver make its
contribution predominant.
• Kidney has no store of glycogen, it only synthesis
glucose from non carbohydrate precursors (ex:
glycerol, alanine, lactate, intermediate of Keb’s
cycle), or into which from the newly synthesized
glucose might be incorporated
• Pathway-related gluconeogenesis: Cori cycle,
glycolysis, Kreb’s cycle, glucose-alanine cycle..
Intermediate of gluconeogenesis
Source: https://en.wikipedia.org/wiki/Gluconeogenesis
 Gluconeogenesis from glycerol

http://www.slideshare.net/shurovee/gluconeogenesis-24372292?related=2

Glycerol produced from lipid degradation is one of the

gluconeogenic substrates and accounts for 20% of the
glucose production
Gluconeogenesis from lactate (Cori cycle)
Pentose phosphate pathway
(hexose monophosphate)
 Overview of HMP (1)

Also known as
• Phosphogluconate pathway
• Hexose monophosphate shunt
• Pentose shunt
It takes place in the cytosol
Overview of HMP (2)
 Functions of HMP
Oxidative phase
• Maintain the high of NADPH/NADP ratio which is
provided to fatty acid biosynthesis (in liver,
adipose, lactating mammary gland).
• Most of steps in this phase are thermodynamically
irreversible.
• Produce ribose 5-phosphate for nucleotide
biosynthesis (DNA, RNA, various cofactor:
NAD+….)
Reversible non-oxidative phase
• Occurring when the cell need more NADPH than
nucleotide excess of ribulose 5-phosphate
series reversible reaction is to produce the
compound to enter glycolysis
 HMP is referred to as the shunt

Source: Nisson Schechter PhD. Lecture # 7 Pentose Phosphate Pathway. https://slideplayer.com/slide/4984941/

 Oxidative phase

Source: Tracy Fulton, Section 9. Nucleotide metabolism. Page 191

 Non-oxidative phase (2)
• The rearrangement of extensive carbon atom
• Net result of this phase:
3C5 2C6 + C3

Fructose 6P Glyceraldehyde 3 P
 Significance of HMP pathway
• The purpose is to create ATP but un-conventional
(strong growth stage, the ratio of glycolysis and HMP is
2: 1; when the biosynthetic is reduced, this ratio is 10:
1, even 20: 1).
• The most active HMP pathway in requiring NADPH
Mammary glands (Fatty acid synthesis)
Adipose tissue (Fatty acid synthesis
Adrenal glands, testes and ovary (steroid synthesis)
• But It almost absents in muscle tissue.
• It is a common pathway in plants, bacteria and
invertebrates.
 Sự phân giải glycogen
(glycogenolysis)
• Glycogen dự trữ trong gan và cơ
• Glycogen ở bắp cơ là nguồn cung hexose
cho đường phân. Glycogen ở gan duy trì
hàm lượng đường huyết trong máu
• Hormone: epinephrine, glucagon
http://www.slideshare.net/examville/823984-gluconeoglycogenmetabolism?related=2
Biến dưỡng lipid
 Digestion of dietary lipid
Components of dietary lipid:
• 90% triglyceride (neutral fat)
• 10% phospholipid, cholesterol, cholesterol
ester, free fatty acid (FFA) with fat soluble
vitamin
 Emulsification

• Droplet form (increase surface of hydrophobic

lipid): performed by detergent property of bile
acid.
• To prevent them conjugation.

Micelle
Source: https://slideplayer.com/slide/6116834/

Source: https://www.slideshare.net/namarta28/digestion-and-absorption-of-lipids-14603464
• Fatty acid and monoacylglycerol are packaged
into chylomicron (a type of lipoprotein particle)
transport in bloodstream.
Source: Source: https://www.slideshare.net/namarta28/digestion-and-absorption-of-lipids-14603464
 Triacylglycerol metabolism
Triacylglycerol source
• Triacylglycerol has been synthesized in the
liver.
• Triacylglycerol is stored in fat cells.
 Lipolysis of triacylglycerol

Source:
http://www.wiley.com/college/grosvenor/0470197587/animations/Animation_Lipid_Metabolism/Energy/media/content/met/anima/m
et4a/frameset.htm
 Oxidation of FA
• The major oxidation is mitochondrial β-
oxidation and there are only minor oxidation
belong to α- and ω-oxidation
• FAs are oxidized by most of tissue in body but
are not utilized by brain, erythrocyte and
adrenal medulla for energy requirement
 β-oxidation pathway (catabolism of
fatty acid-FA)
• It is in the mitochondrial matrix of hepatocyte
• Beginning with the simple case of a saturated
fatty acyl chain with an even number of
carbons
Purpose:
• Oxidative NADPH for respiration chain ATP
• To provide 2C-acetyl CoA for Kreb’s cycle
carnitine shuttle for FA entry into mitochondria

Facilitated diffusion
through the transporter LCFA-Carnitine
in the inner membrane. SCFA/MCFA- not
require Carnitine
Stages of FA oxidation
 Oxidation of
monounsaturated FA

Two auxiliary enzymes

are needed for oxidation
of the common
unsaturated fatty acids:
an isomerase and a
reductase
 Oxidation of
polyunsaturated FA

• Isomerase
isomerizes the cis-
3 -enoyl-CoA to
the trans-2 -enoyl-
CoA
• Reductase allow
re-entry β-
oxidation
 Complete Oxidation of Odd-Number FA Requires
by some reactions

• Odd-number FA are oxidized in the same

pathway as the even-number acids, beginning at
the carboxyl end of the chain.
• Last pass through the β-oxidation sequence is
acyl–CoA with a 5 carbon FA

Acetyl CoA Propionyl CoA

Kreb’s cycle
 Propionyl CoA metabolism

Source:
https://www.google.com/search?q=carboxylation+of+propionyl+CoA&biw=1366&bih=667&tb
m=isch&tbo=u&source=univ&sa=X&ved=0ahUKEwiKt_uN2_jKAhWlIaYKHRdfDJUQsAQINA#im
grc=MKlx-pyZKOT0LM%3A

Biotin is a cofactor of Propionyl-CoA carboxylase.

Methylmalonyl-CoA mutase requires 5-deoxyadenosylcobalamin
(or coenzyme B12) as its coenzyme
 Overview of α-oxidation and ω-oxidation

• α-oxidation: the presence of a CH3 group at β-

carbon of a fatty acid makes β-oxidation impossible,
and these branched fatty acids are catabolized in
peroxisomes of animal cells by α-oxidation. No
production of ATP
• ω-oxidation: reaction on ω-carbon (carbon most
distance from carboxyl group), this pathway occur in
the endoplasmic reticulum of liver and kidney, and
the preferred substrates are fatty acids of 10 or 12
carbon atoms.
The ω-oxidation of fatty acids
in the endoplasmic reticulum
 A synthetic pathway for the biosynthesis of
adipic acid both in vitro and in vivo

Source: Jia-le yu and Xiao-Xia Xia and Jian-Jiang Zhong and Zhi-Gang Qian, 2014. Direct biosynthesis of adipic acid from a
synthetic pathway in recombinant Escherichia coli. Biotechnology and bioengineering, volume 111 12, pages 2580-6
The oxidation of a
branched-chain fatty acid
(phytanic acid)

3 acetyl CoA + 3propionyl

CoA + 2methyl propionyl
CoA
 Β-oxidation provide the water for
desert animals
• Besides the payout of ATP that comes from
fatty acid oxidation, another benefit is the
generation of H2O that occurs when O2 is
reduced by the final reaction in the electron
transport system, as well as the formation of
H2O in oxidative phosphorylation.
 Ketone bodies

Producing small
quantity and is exhale

Source: https://www.rose-
hulman.edu/~brandt/Chem330/EndocrineNotes/Chapter_6_Diabetes.pdf
Acetoacetate and The brain can adapt to the use of
hydroxybutyrate
acetoacetate or hydroxybutyrate
Blood under starvation conditions,
when glucose is unavailable
acetyl-CoA
(extrahepatic
tissues)

Kreb’s cycle

ATP (skeletal and

heart muscle and the
renal cortex)
 Overproduced Ketone Bodies in diabetes and
starvation
• Deficiency of glucose as direct energy.
• Using stored energy by oxidation accumulation of
acetyl-CoA accelerates the formation of ketone bodies
beyond the capacity of extrahepatic tissues to oxidize
them lower the blood pH acidosis
Sự vận chuyển Acetyl CoA từ gan đến các
cơ quan khác
 Năng lượng từ β-oxi hóa
• 1FADH2
• 1NADH +H+
Một vòng β-oxi hóa có 5ATP tạo thành
Đồng thời tạo một acetyl CoA đi vào chu trình
TCA tạo 12 ATP
Tổng : 5 + 12 = 17ATP cho mỗi vòng β-oxi hóa
Sự oxi hóa glycerol

Glycerol là nguyên liệu

cho qua trình tân sinh
đường (gluconeoge
nesis). Glycerol chuyển
đổi thành
glyceralehyde-3P để
tổng hợp glucose
Hai hormone điều hòa
cho sự oxi hóa glycerol
là cortisol và glucagon
 Brown fat tissue
• Thermogenin is uncoupling tissue (called uncoupling
protein 1 or UCP1) found in mitochondria of adipose
tissue giving it brown color.
• Thyroid-stimulating hormone (TSH) and epinephrine:
trigger thermogenin to become active
• Mitochondria of brown fat generate heat by non-
shivering (thermogenesis)
• Thermogenin expression are regulated in, and makes
a quantitatively important contribution to
countering heat loss in neonates which would
otherwise occur due to the high surface area-volume
ratio.
 Fatty acid (FA) synthesis
• FA biosynthesis: it requires Malonyl-CoA that
is formed from acetyl-CoA. This biosynthesis
happen in cytosol (it is abundant in liver and
adipose)
• Glycerol synthesis: reversible process of
gluconeogenesis from dihydroxyacetone 3-
phosphate (DHAP)
Acetyl CoA
 Shuttle for transfer of acetyl groups from
mitochondria to the cytosol
• The mitochondrial inner membrane is impermeable
to acetyl-CoA

Indirect shuttle transfer Acetyl CoA

Acetyl CoA Citrate (Cytosol)
(matrix) Citrate transporter
(inner membrane)

FA synthesis
(cytosol)
Shuttle for transfer of acetyl groups from mitochondria to
the cytosol

http://www.slideshare.net/leizeldespi/despi-lipogenesis
 Hệ thống citrate-malate
• Acetyl CoA (ty thể) + oxaloacetate citrate (được vận
chuyển qua màng trong ty thể đến tế bào chất nhờ chất vận
chuyển citrate-citrate transporter)
• Trong tế bào chất, citrate bị phản ứng đảo ngược thành lập
lại thành acetyl CoA và oxaloacetate bởi xúc tác của ATP-
citrate lyase
• Acetyl CoA sẽ là nguyên liệu của lipogenosis. Oxaloacetate
chuyển đổi thành malate
• Malate quay trở lại matrix của ty thể thông qua chất tải
malate. Sau đó, malate chuyển thành oxaloacetate.
Oxaloacetate sẽ kết hợp với acetyl CoA khác hình thành
citrate và hệ thống vận chuyển lại bắt đầu
• Acetyl CoA is converted to malonyl CoA
• Acetyl CoA and malonyl CoA is triggered to
transfer acetyl group and malonyl group to SH
group of ACP (acyl carrier protein)
(1) Formation of malonyl CoA from acetyl CoA

(2) Formation of acetyl-ACP and malonyl-ACP

(1) Condensation

(2) Reduction of
carbonyl group

(3) Dehydration

(4)Reduction
of double bond
Repetition
Synthesis of fatty acid -16 carbon
 Long-Chain
Saturated Fatty Acids
Are Synthesized from
Palmitate

In animal tissue, palmitate

is a precursor for other
long chain FA by further
addition of acetyl CoA
group, through elongation
system in endoplasmic
reticulum (ER) and in
mitochondria
 Desaturation of Fatty Acids
• The double bond is introduced into FA chain
by an oxidative reaction catalyzed by fatty
acyl–CoA desaturase and mixed-function
oxidase
• Two substrates: precursor FA and NADH (or
NADPH) as electron donor
 Note: Blue arrows show the path of electrons as two substrates: a fatty acyl–CoA and
NADPH

• Oxidase catalyze oxidations in which molecular oxygen is

the electron acceptor, but oxygen atoms do not appear in
the oxidized product
• Mixed-function oxidase: indicate that they oxidize two
different substrates simultaneously (cytochrome-P450)
 Triacylglycerol biosynthesis
• Body has a plentiful food supply but is not
actively growing, it shunts most of its fatty
acids into storage fats.
• Carbohydrate is ingested in excess of capacity
to store glycogen, the excess is converted to
triacylglycerols and stored in adipose tissue
• Precursor for triacylglycerol synthesis: fatty
acyl CoA and glycerol 3-phosphate
1. Biosynthesis of
phosphatidic acid

Transferring two fatty acyl

CoA to glycerol 3phosphate
to form phosphatidic acid
2. Phosphatidic acid as
precursor for both
triacylglycerol and
glycerophospholipid
synthesis
CDP: cytidine
monophosphate

activated by attachment
of cytidine diphosphate
(CDP)

CMP (cytidine
monophosphate)
is displaced by
head group
Metabolism of amino acid (AA) and protein
 Nitrogen (N) balance
N balance = intake N (protein) - excreted N (urea)
• N balance = 0 (intake N = excreted N) anabolic and
catabolic pathway are balanced (Adult animals)
• N balance > 0 (intake N > excreted N): new tissue is
being synthesized by the body such as during the
physiological stages of growth and gestation or the
recovery phase following a prolonged illness.
• N balance < 0 N (intake N < excreted N): losing nitrogen
from tissues more rapidly than it is being replaced (old
animal, prolonged illness- renal failure, gastrointestinal
disease- or injury)
 Polypeptide smaller peptide

By HCO3- Hormone Secretin

(blood)

Cholecystokinin
(blood)
 Overview of AA catabolism
• Oxidative degradation of AA make the
significant contribution to the generation of
metabolic energy
• 90% of energy requirements of carnivores can
be met by amino acid oxidation, whereas it
just may small fraction of herbivores' energy
needs.
• Most microorganisms can scavenge amino
acids from their environment for their fuel
 The circumstances of AA oxidative
degradation
• Some amino acids are released from protein
breakdown and are not needed for new
protein synthesis undergo oxidative
degradation.
• Exceeded dietary protein amino acids
cannot be stored.
• Starvation or uncontrolled diabetes mellitus
Overview of AA
catabolism

Key step:
separating amino
group from C
skeletal

How to remove α-
amino group from
carbon skeletal ?
 How to remove α-
amino group from
carbon skeletal
(1)

(1)

(2)

(3)
Pathways in oxidative degradation of
AA

(1) Transamination
(2) Oxidative deamination
(3) Urea cycle (ornithine cycle)- nitrogen
excretion
 Transamination
• It occurs in cytosol of hepatocyte.
• Collecting amino group of many α-amino acid
in the form of the amino group of L-glutamate
molecules.
• The first step in the catabolism of most L-
amino acids
 Enzyme of transamination
Enzymes called aminotransferases or transaminases
would be released by cytosol of liver
• Glutamic pyruvic transamination: glutamic pyruvic
transaminase (GPT) or alanine transaminase (ALT）
• Glutamic oxaloacetic transamination: glutamic
oxaloacetic transaminase (GOT) or aspartate
transaminase (AST)
The catalyzing aminotransferases are freely reversible,
having an equilibrium constant of about 1.0 (ΔG= 0
kJ/mol).
The prosthetic group of these enzyme is pyridoxal
phosphate (PLP) (precursor as pyridoxine or vitamin B6)
Reaction of transamination

Then function as
amino group donor
for biosynthesis or
excretion pathway
How does PLP catalyze?
(in reading)
 Assay for tissue damage (in reading)
• ALT (GPT) and AST (GOT) are leaked from
injured tissue (heart muscle and liver)
• Measurement of these enzymes associated
with creatine kinase can provide information
of heart damage- SCK test (SGOT, SGPT and
creatine kinase).
• Diagnosis of injured hepatocyte by toxin
 Oxidative deamination

• It occurs in mitochondria of liver

• L-glutamate (collected from transamination) must
next be removed amino group to prepare for
excretion
• Generating α-ketoacid and ammonia as toxic
products (can then be neutralized into urea via
the urea cycle)
• Direct oxidative deamination and trans-deamination
 Direct oxidative deamination

The amino groups of

serine, threonine and
Glutamate glutamate can be directly
dehydrogenase converted to NH4+ by
serine dehydratase,
threonine dehydratase
and glutamate
dehydrogenase

TCA cycle

Oxaloacetate Gluconeogenesis
 Trans-deamination

-ketoglutarate
+
Amino acid NADH + NH4

-keto acid
+
glutamate NAD + H2 O

Transaminase Glutamate
Dehydrogenase

What is the fate of ammonia from oxidative

deamination?
 Role of D-amino acid catabolism in the innate
defense (in reading)

• Mammal use D-serine in neurophysiology and D-

aspartate in neurogenesis and endocrine systems
(Fujii and Saito, 2004; cited by Sasabe Jumpei, Suzuki Masataka, 2018).

• Oxidative deamination of D-amino acid require two

flavoenzymes: D-amino acid oxidase (DAO) and D-
aspartate oxidase.
 Role of D-amino acid catabolism in the innate defense
(in reading)
Neutrophils recognize bacterial D-amino acid by G protein-
coupled receptor (GPCR)

Source: Sasabe Jumpei, Suzuki Masataka, 2018. Emerging Role of D-Amino Acid Metabolism in the Innate Defense. Frontiers in Microbiology, Vol. 9, p933.
 Role of D-amino acid catabolism in the
innate defense (in reading)

• DAO activity was found in epithelial surface of small

intestine, tubules in the kidney, hepatocytes,
astrocyte.
• Feeding carps with D-alanine increases intestinal
DAO activity by eightfold (Sarower et al., 2003)
 Ammonia transport
in the form of
glutamine
extrahepatic
Most of free NH3 is tissues
converted to nontoxic in
extrahepatic tissues before it
is transported by blood into
kidney and liver

Urea Liver
NH4+
cycle (mitochondria)
Oxidative
Glutamate deamination
 Glucose-alanine cycle
Alanine transports NH3
from skeletal muscles to
the Liver

• In muscle and certain

other tissues that
degradation of amino
acids is for energy
• The glucose-alanine
cycle is in concert with
the Cori cycle
 Urea cycle (ornithine cycle)
• This pathway was discovered in 1932 by Hans Krebs
and Kurt Henseleit.
• If amino group is not utilized in biosynthesis of new
AA or nitrogenous compound, it would be excreted
to urine as urea form
• This cycle occurs exclusively in liver
The Citric Acid and Urea Cycles can be linked
 Why is high lever ammonia toxic?

• The synthesis of urea in the liver is the major route for

the removal of NH4+
• Hyperammonemia occurs by blockage of carbamoyl
phosphate synthesis or of any of 04 steps of urea cycle.
• NH3 is strong base
• NH4+ may inappropriately activate a sodium-potassium-
chloride cotransporter osmotic imbalance of nerve
cell neurological disorders
Pathways of
α-keto acid
Degradation
Several cofactors play important roles in catabolism
of AA (in reading)

There are 3 kind of common

cofactors

Transfer
CO2

Precursor: acid folic Transfer

Transfer methyl group methyl group
HMP
Overview of amino
acid (AA) biosynthesis
(anabolism)

Glutamine is
considered as main
source of nitrogen
supply
*essential amino acid
† Derived from phenylalanine in mammals.
α-ketoglutarate gives rise to glutamate, glutamine,
proline, and arginine

Insufficient dietary arginine:

ornithine formation arginine
in urea cycle proline
synthesis

via ornithine
in Urea cycle
Serine, glycine, and cysteine are derived from 3-
phosphoglycerate

• Plants and bacteria produce

the reduced sulfur required
for the synthesis of cysteine
from environmental sulfates
• Mammals require S atom
from methionine
Synthesis of tryptophan, phenylalanine, and
tyrosine

Aromatic formation (bacteria, plant, and

fungi) is proceeded by ring closure of a
seven-carbon molecule derived from
erythrose 4-phosphate and
phosphoenolpyruvate
Seven
carbons
molecules

Ring
Key intermediate
closure for tryptophan,
phenylalanine,
and tyrosine

Chorismate
OAA + glutamate -→ aspartate + α-ketoglutarate
Bacteria:
Aspartate + NH4+ + ATP →asparagine +AMP +PPi +H+
Ammonia is generated by hydrolysis of the side chain of
glutamine and directly transferred to activated aspartate,
bound in the active site. An advantage is that the cell is not
directly exposed to ammonium
 Histidine biosynthesis

Histidine requires 3 precursors for synthesis:

• 5-Phosphoribosyl1-pyrophosphate (PRPP)
• ATP
• Glutamine
 ATP

PRPP

Donate 5
carbons Contribute
N and C

Donate nitrogen
 Allosteric regulation of AA synthesis (in reading)

• The purpose of allosteric regulation is to control the

rate of individual AA synthesis correct proportion
in protein synthesis.
• If the end products of this synthesis is over-level, it
would become the allosteric inhibitor for the enzyme
of first reaction in sequence.
Allosteric regulation of isoleucine biosynthesis
PHẦN ĐỌC THÊM
Three
regulatory
enzymes for
glycolysis and
gluconeogenesis
Tại sao phosphofructokinase (PFK), chứ không phải là hexokinase, là điểm
kiểm soát quan trọng của đường phân?

Glucose-6-phosphate không chỉ là một chất trung gian trong đường phân.
Nó cũng được tham gia vào việc tổng hợp glycogen và con đường hexose
mono phosphate.

PFK xúc tác phản ứng một chiều duy nhất và đầu tiên trong đường phân.
The regulatory enzyme (glycolysis and gluocnegenesis)

- Hexokinase bị ức chế bởi nồng độ glucose-6-

phosphate cao (ngăn chặn quá trình phosphoryl
hóa glucose)
- Pyruvate kinase: bị ức chế bởi mức độ cao của
ATP hoặc acetyl CoA.

- Phosphofructokinase: bị ức chế bởi mức độ cao

của ATP và kích hoạt bằng mức độ cao của ADP
và AMP.
http://www.jbc.org/content/276/38/36000/F6.expansion
Source: http://themedicalbiochemistrypage.org/gluconeogenesis.php