HƯỚNG DẪN THỰC HÀNH HỌC PHẦN CÔNG NGHỆ SINH HỌC PHÂN

TỬ
BÀI 1. Làm quen các công cụ tin sinh học
A. Lý Thuyết:
Các cơ sở lý thuyết cho thực hành (nguyên lý)
Để làm quen với các cơ sở dữ liệu và phần mềm sinh học như NCBI, Phytozome,
BioEDIT, MEGA, ClustalX, ExpasyProtparam, GSDS, và PlantCARE, cần hiểu rõ vai trò và
ứng dụng của từng công cụ trong nghiên cứu sinh học và công nghệ sinh học. Dưới đây là cơ sở
lý thuyết cho từng công cụ:
1. NCBI (National Center for Biotechnology Information): NCBI là một nguồn tài nguyên phong
phú cung cấp các cơ sở dữ liệu sinh học công cộng, bao gồm:
GenBank: Cơ sở dữ liệu chuỗi nucleotide và protein.
PubMed: Cơ sở dữ liệu các bài báo khoa học.
BLAST: Công cụ so sánh trình tự nucleotide hoặc protein.
RefSeq: Cơ sở dữ liệu về các bộ gen đã được chú thích và chuẩn hóa.
2. Phytozome: Phytozome là một cơ sở dữ liệu chuyên biệt về thông tin gen của các loài thực
vật. Nó cung cấp:
Dữ liệu về trình tự gen và protein của các loài thực vật khác nhau.
Công cụ tìm kiếm và so sánh các gen liên quan đến quá trình sinh trưởng và phát triển của thực
vật.
Hỗ trợ các nghiên cứu về di truyền và tiến hóa của thực vật.
3. BioEDIT: BioEDIT là phần mềm miễn phí dùng để chỉnh sửa và phân tích chuỗi DNA và
protein. Các tính năng chính bao gồm:
Chỉnh sửa và căn chỉnh trình tự.
Dự đoán cấu trúc thứ cấp RNA.
Hỗ trợ các định dạng tệp sinh học khác nhau.
4. MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis): MEGA là một phần mềm mạnh mẽ dùng
để phân tích tiến hóa phân tử và thống kê di truyền. Các tính năng chính:
Phân tích cây phát sinh loài.
Ước tính khoảng cách tiến hóa.
Phân tích đa hình nucleotide đơn (SNPs).
5. ClustalX: ClustalX là một giao diện đồ họa cho phần mềm căn chỉnh trình tự ClustalW. Nó
cung cấp:
Căn chỉnh trình tự nhiều chuỗi (MSA).
Xây dựng cây phát sinh loài từ kết quả căn chỉnh.
Đánh giá và hiển thị độ tin cậy của các căn chỉnh.
6. ExpasyProtparam: ExpasyProtparam là một công cụ trực tuyến của Expasy dùng để phân tích
các tham số lý hóa của protein, bao gồm:
Tính khối lượng phân tử.
Điểm đẳng điện (pI).
Thành phần amino acid.
Dự đoán độ ổn định của protein.
7. GSDS (Gene Structure Display Server): GSDS là một công cụ trực tuyến dùng để hiển thị và
phân tích cấu trúc gen, bao gồm:
Vẽ sơ đồ cấu trúc exon-intron.
So sánh cấu trúc gen giữa các loài khác nhau.
Dự đoán các phần tử điều hòa trong vùng promoter.
8. PlantCARE: PlantCARE (Plant Cis-Acting Regulatory Elements) là một cơ sở dữ liệu trực
tuyến chứa thông tin về các phần tử điều hòa cis-acting trong vùng promoter của gen thực vật.
Các tính năng chính:
Dự đoán và phân tích các phần tử điều hòa cis-acting.
So sánh và hiển thị các phần tử điều hòa trong vùng promoter của các gen.
Hỗ trợ các nghiên cứu về biểu hiện gen và điều hòa gen ở thực vật.
Hiểu rõ và làm quen với các cơ sở dữ liệu và phần mềm này sẽ giúp dễ dàng hơn trong việc thu
thập, phân tích và diễn giải dữ liệu sinh học, hỗ trợ cho các nghiên cứu và ứng dụng trong công
nghệ sinh học và nông nghiệp.
B. Thực hành
I. Phần mềm
- ENDNOTE
- BioEDIT, MEGA, ClustalX
II. Thực hiện
1. Nội dung thực hành 1 - ENDNOTE
EndNote là một phần mềm quản lý tài liệu tham khảo được sử dụng rộng rãi trong nghiên cứu
khoa học và học thuật. Nó giúp bạn tổ chức, lưu trữ, và trích dẫn các nguồn tài liệu một cách
hiệu quả. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết cách sử dụng EndNote.
Bước 1: Cài đặt EndNote
Tải xuống EndNote: Truy cập trang web chính thức của EndNote và tải xuống phiên bản phù
hợp với hệ điều hành của bạn.
Cài đặt EndNote: Thực hiện cài đặt theo hướng dẫn của trình cài đặt. Bạn sẽ cần nhập mã bản
quyền nếu được yêu cầu.
Bước 2: Tạo thư viện mới
Mở EndNote: Khởi động phần mềm EndNote.
Tạo thư viện mới:
Chọn “File” > “New”.
Đặt tên và chọn vị trí lưu trữ cho thư viện của bạn.
Nhấn “Save” để tạo thư viện mới.
Bước 3: Nhập tài liệu tham khảo
Nhập thủ công:
Chọn “References” > “New Reference”.
Chọn loại tài liệu tham khảo từ danh sách (sách, bài báo, báo cáo, v.v.).
Nhập thông tin chi tiết về tài liệu tham khảo (tác giả, tiêu đề, năm, tạp chí, v.v.).
Nhấn “Save” để lưu tài liệu tham khảo.
Nhập từ cơ sở dữ liệu trực tuyến:
Sử dụng chức năng tìm kiếm trực tuyến của EndNote để tìm tài liệu tham khảo từ các cơ sở dữ
liệu như PubMed, Google Scholar, Web of Science, v.v.
Chọn tài liệu cần nhập và nhấn “Import” để thêm vào thư viện của bạn.
Nhập từ tệp:
Nếu bạn có tệp tham khảo (định dạng .ris, .enw, .bib, v.v.), chọn “File” > “Import”.
Chọn tệp và định dạng tương ứng.
Nhấn “Import” để thêm tài liệu tham khảo vào thư viện.
Bước 4: Tổ chức thư viện
Tạo nhóm:
Chọn “Groups” > “Create Group”.
Đặt tên cho nhóm và nhấn “OK”.
Kéo và thả các tài liệu tham khảo vào nhóm để tổ chức.
Sắp xếp và tìm kiếm:
Sử dụng các công cụ tìm kiếm và sắp xếp của EndNote để quản lý tài liệu tham khảo theo tác
giả, năm, tiêu đề, v.v.
Bước 5: Sử dụng EndNote với Microsoft Word
Cài đặt EndNote plug-in: Nếu chưa cài đặt, bạn có thể cài đặt plug-in EndNote cho Microsoft
Word thông qua trình cài đặt của EndNote.
Mở Microsoft Word: Khởi động Microsoft Word.
Chèn trích dẫn:
Chọn tab “EndNote” trên thanh công cụ của Word.
Đặt con trỏ vào vị trí cần chèn trích dẫn trong văn bản.
Nhấn “Insert Citation” và tìm kiếm tài liệu tham khảo trong thư viện EndNote của bạn.
Chọn tài liệu tham khảo và nhấn “Insert” để chèn trích dẫn vào văn bản.
Tạo danh sách tài liệu tham khảo:
Sau khi chèn các trích dẫn vào văn bản, chọn “Update Citations and Bibliography” để tạo danh
sách tài liệu tham khảo tự động ở cuối tài liệu.
Chọn kiểu trích dẫn và định dạng danh sách tài liệu tham khảo theo yêu cầu (APA, MLA,
Chicago, v.v.).
Bước 6: Đồng bộ hóa và sao lưu thư viện
Đồng bộ hóa thư viện:
Chọn “Edit” > “Preferences” > “Sync”.
Đăng nhập vào tài khoản EndNote Web hoặc tạo tài khoản mới.
Nhấn “Sync” để đồng bộ hóa thư viện của bạn với tài khoản trực tuyến, giúp bảo vệ dữ liệu và
truy cập từ nhiều thiết bị.
Sao lưu thư viện:
Định kỳ sao lưu thư viện bằng cách chọn “File” > “Save a Copy” hoặc “File” > “Compressed
Library (.enlx)”.
2. Nội dung thực hành 2 - Phân tích gene
Để xác định gene trên NCBI, phân tích exon/intron trên GSDS, và phân tích đặc tính trên
BioEDIT, có thể làm theo các bước chi tiết sau:
Bước 1: Xác định gene trên NCBI
Truy cập NCBI: Mở trang web NCBI.
Tìm kiếm gene: Sử dụng thanh tìm kiếm trên trang chủ để nhập tên gene hoặc mã số truy cập (ví
dụ: "OsMADS1" cho một gene cụ thể ở lúa).
Chọn mục tiêu phù hợp: Từ danh sách kết quả, chọn mục tiêu phù hợp nhất, thường là trang
Gene hoặc Nucleotide.
Lấy thông tin gene: Trong trang thông tin gene, sẽ thấy các thông tin chi tiết về gene, bao gồm
trình tự nucleotide, vị trí exon/intron, và các thông tin chức năng khác.
Tải xuống trình tự: có thể tải xuống trình tự DNA hoặc RNA của gene bằng cách nhấp vào liên
kết tải xuống (Download) và chọn định dạng phù hợp (FASTA, GenBank, v.v.).
Bước 2: Phân tích exon/intron trên GSDS
Truy cập GSDS: Mở trang web GSDS.
Đăng ký và đăng nhập (nếu cần): Một số công cụ yêu cầu đăng ký và đăng nhập để sử dụng.
Nhập dữ liệu gene:
Dán hoặc tải lên trình tự DNA của gene mà đã lấy từ NCBI.
Nếu có tệp GFF hoặc GenBank chứa thông tin exon/intron, tải lên các tệp này để GSDS có thể
phân tích.
Cấu hình tham số phân tích:
Chọn các tham số phù hợp như định dạng tệp đầu vào, cách hiển thị exon/intron, v.v.
Thực hiện phân tích: Nhấn nút “Submit” để thực hiện phân tích.
Xem kết quả: GSDS sẽ hiển thị cấu trúc gene với các exon và intron được đánh dấu rõ ràng. có
thể tải xuống sơ đồ cấu trúc gene để sử dụng trong các báo cáo hoặc bài nghiên cứu.
Bước 3: Phân tích đặc tính gene trên BioEDIT
Tải và cài đặt BioEDIT: Nếu chưa có BioEDIT, tải xuống và cài đặt phần mềm từ trang web
chính thức hoặc các nguồn đáng tin cậy.
Mở BioEDIT: Khởi động phần mềm BioEDIT.
Nhập trình tự gene:
Mở trình tự gene đã tải xuống từ NCBI trong BioEDIT bằng cách chọn “File” > “Open” và chọn
tệp trình tự của .
Phân tích trình tự:
Chỉnh sửa trình tự: Sử dụng các công cụ chỉnh sửa của BioEDIT để điều chỉnh và căn chỉnh trình
tự nếu cần.
Phân tích đặc tính: BioEDIT cung cấp nhiều công cụ phân tích như dự đoán cấu trúc thứ cấp
RNA, tính toán thành phần nucleotide, dự đoán vùng mã hóa, và nhiều phân tích khác.
Lưu và xuất dữ liệu: Sau khi phân tích, có thể lưu các kết quả và xuất chúng ra các định dạng
tệp khác nhau để sử dụng cho các mục đích nghiên cứu hoặc trình bày.
3. Nội dung thực hành 3 - Thiết kế mồi
Để thiết kế primer cho cây lúa gạo bằng cách sử dụng cơ sở dữ liệu Gramene Oryza và công cụ
Primer3, có thể làm theo các bước sau:
Bước 1: Thu thập thông tin trình tự từ cơ sở dữ liệu Gramene Oryza
Truy cập Gramene Oryza: Mở trang web Gramene Oryza.
Tìm kiếm gen quan tâm: Sử dụng công cụ tìm kiếm để tìm gen quan tâm bằng cách nhập tên gen
hoặc mã số truy cập.
Lấy trình tự gen: Sau khi tìm được gen, có thể tải xuống trình tự DNA của gen đó. Đảm bảo
rằng có trình tự đầy đủ bao gồm cả các vùng exon và intron nếu cần.
Bước 2: Sử dụng Primer3 để thiết kế primer
Primer3 là một công cụ trực tuyến mạnh mẽ dùng để thiết kế các primer cho PCR. có thể truy
cập công cụ này tại Primer3.
Chuẩn bị trình tự: Sao chép trình tự gen từ Gramene Oryza mà đã thu thập được.
Truy cập Primer3: Mở trang web Primer3.
Nhập trình tự:
Dán trình tự DNA vào hộp văn bản “SEQUENCE”.
Đặt tiêu đề cho trình tự của , ví dụ: ">Oryza_gene_sequence".
Cấu hình tham số thiết kế:
Primer size (Kích thước primer): Chọn kích thước primer phù hợp, thường là từ 18-25
nucleotide.
Primer Tm (Nhiệt độ nóng chảy): Đặt khoảng nhiệt độ nóng chảy tối ưu, thường là từ 55-65°C.
Primer GC content: Đảm bảo tỷ lệ GC content từ 40-60% để có hiệu quả tốt.
Product size (Kích thước sản phẩm): Chọn kích thước sản phẩm PCR mong muốn, ví dụ: 100-
500 bp.
Thiết kế primer:
Nhấn nút "Pick Primers" để Primer3 tạo ra các primer phù hợp với các tham số đã thiết lập.
Kiểm tra kết quả: Primer3 sẽ hiển thị các cặp primer được thiết kế cùng với các thông số như vị
trí, kích thước, Tm, và GC content. Chọn các primer phù hợp nhất dựa trên các thông số này.
Bước 3: Kiểm tra và tối ưu hóa primer
Kiểm tra đặc hiệu: Sử dụng công cụ BLAST của NCBI để kiểm tra tính đặc hiệu của các primer
bằng cách so sánh với cơ sở dữ liệu nucleotide để đảm bảo rằng primer chỉ nhắm đến gen mục
tiêu.
Tối ưu hóa: Nếu cần, có thể điều chỉnh các tham số trong Primer3 và thiết kế lại primer cho đến
khi có được các primer tối ưu nhất.
Bước 4: Đặt hàng primer và thử nghiệm
Đặt hàng: Sử dụng các dịch vụ đặt hàng primer trực tuyến để đặt hàng các primer đã thiết kế.
Thử nghiệm PCR: Tiến hành phản ứng PCR với các primer đã đặt hàng để kiểm tra hiệu quả và
tính đặc hiệu của chúng.
Với các bước trên, sẽ có thể thiết kế và tối ưu hóa primer cho cây lúa gạo bằng cách sử dụng cơ
sở dữ liệu Gramene Oryza và công cụ Primer3.
III. Câu hỏi
Câu hỏi về NCBI
NCBI là gì và tại sao nó quan trọng trong nghiên cứu sinh học?
Làm thế nào để tìm và tải xuống trình tự DNA của một gene cụ thể từ NCBI?
Bạn có thể giải thích cách sử dụng công cụ BLAST của NCBI để so sánh trình tự?
RefSeq là gì và tại sao nó hữu ích cho các nhà nghiên cứu?
Câu hỏi về Phytozome
Phytozome cung cấp những loại dữ liệu gì?
Làm thế nào để tìm kiếm và lấy thông tin về gen của một loài thực vật cụ thể trên Phytozome?
Các ứng dụng của Phytozome trong nghiên cứu di truyền thực vật là gì?
Câu hỏi về BioEDIT
BioEDIT là gì và nó được sử dụng như thế nào trong nghiên cứu sinh học?
Làm thế nào để nhập và chỉnh sửa trình tự DNA hoặc protein trong BioEDIT?
Bạn có thể giải thích cách BioEDIT dự đoán cấu trúc thứ cấp RNA không?
Làm thế nào để lưu và xuất các dữ liệu đã chỉnh sửa trong BioEDIT?
Câu hỏi về MEGA
MEGA là gì và nó có những chức năng chính nào?
Làm thế nào để sử dụng MEGA để xây dựng cây phát sinh loài?
Bạn có thể giải thích cách tính khoảng cách tiến hóa trong MEGA không?
Câu hỏi về ClustalX
ClustalX là gì và nó được sử dụng để làm gì?
Làm thế nào để nhập các trình tự vào ClustalX và thực hiện căn chỉnh nhiều chuỗi (MSA)?
Bạn có thể giải thích cách ClustalX xây dựng cây phát sinh loài từ kết quả căn chỉnh không?
Câu hỏi về ExpasyProtparam
ExpasyProtparam là gì và nó cung cấp những thông tin nào về protein?
Làm thế nào để sử dụng ExpasyProtparam để tính khối lượng phân tử và điểm đẳng điện (pI) của
một protein?
ExpasyProtparam có thể dự đoán độ ổn định của protein như thế nào?
Câu hỏi về GSDS
GSDS là gì và nó được sử dụng để làm gì?
Làm thế nào để nhập trình tự và thông tin exon/intron vào GSDS để phân tích?
Bạn có thể giải thích cách GSDS hiển thị và so sánh cấu trúc gen không?
Câu hỏi về PlantCARE
PlantCARE là gì và nó cung cấp thông tin gì về các phần tử điều hòa gen?
Làm thế nào để sử dụng PlantCARE để dự đoán và phân tích các phần tử điều hòa trong vùng
promoter của gen?
Bạn có thể giải thích cách PlantCARE hỗ trợ nghiên cứu về biểu hiện gen ở thực vật không?
Câu hỏi về EndNote
EndNote là gì và tại sao nó quan trọng trong quản lý tài liệu tham khảo?
Làm thế nào để tạo một thư viện mới trong EndNote và nhập tài liệu tham khảo vào đó?
Làm thế nào để sử dụng EndNote để chèn trích dẫn và tạo danh sách tài liệu tham khảo trong
Microsoft Word?
Bạn có thể giải thích cách đồng bộ hóa và sao lưu thư viện EndNote không?