Organel İntronları

Organel genomu 3 tip intron taşır:

1. I. Grup

2. II Grup (nuklear mRNA/spliceosomal

intronların evolüsyoner öncüleri)

3. III Grup (Grup II intronları ile ilişkilidir,

Euglenoid’lerde ortaktır.)
 Grup I intronların dağılımı geniş fakat
düzensizdir

1. Bitkilerin ve protistlerin mitokondri ve plastid

genomlarındabulunurlar (rRNA, tRNA ve
mRNA genlerinde).
2. Bazı protistlerin, mantarların ve likenlerin
nuklear (rRNA genlerinde).
3. Eubacteria (tRNA genleri) ve fajlarda.
4. Metazoan’da - sadece mitokondrial genlerde
ve birkaç anthozoan’da (örnek, deniz
anemone’si).
 Grup II intronların dağılımı daha az
kısıtlayıcıdır

1. Bitkilerin ve protistlerin mitokondriyal ve

plastid genomları (rRNA, tRNA ve mRNA
genlerinde)
2. Eubacteria (mRNA, çoğunlukla genler
arasında)
3. Archae

Nuklear veya viral genlerde bulunmazlar.

 Bu intronlarda horizontal transferin
delilleri:

• İlgili bazı genlerde aynı yerde farklı intronlar bulunur.

• İlişkili olmayan genler ve organizmalarda ayni

intronlar bulunur.

• Filogenetik analizler (veya yapılanmalar) kayıplar ve

kazanımlara rastlanır.
Chlamydomonas reinhardtii psbA geni 4 adet I grup
intron taşır bunlar vertikal ve horizontal kökenlidir

Intron 4 Chlamydomonas spp. lerde bulunur ve vertikal

olarak kazanılmıştır.
Intron 3 intron bacteriofaj T4 inronunun tamamen benzeridir
ve horizontal olarak kazanılmıştır.
(Holloway et al. 1999)
Intron 3 (psbA) degenere bir formu cpDNA’nin petA
ve petD genleri arasındadır.

Muhtemelen intron 3 2 gen arasına insert olmuştur, ve

sonra zaman içersinde dejenere olmuştur kırpılma
gerekli değildir.
 Bu intronlar (I ve II grup) horizontal gen
transferi ve integrasyon mu yapmışlardır?
 “Intron Homing”
• Has been demonstrated experimentally for both
Grup I ve grup II intronlar:

• İntron-minus allelin bir intron-plus allel ile

değişimi.
– intron-minus allel intron-plus allele dönüşür.

• Protein kodunda bir mobil intron ile oluşur.

 Grup I “intron homing”

intron-plus intron-
minus

Enaz ORF kesilme

Homing Enaz
Rekombinasyon

intron-plus
Enase - endonukleaz
In DSBR Modeli
Grup I
“Intron Homing”

In+

bir tip homolog

rekombinasyon.

From Lambowitz and Belfort

(1993).
 homing endonukleazlar’ın 4 ailesi
( “conserved catalytic motif” varlığına göre):

1. LAGLIDADG
2. GIY-YIG
3. H-N-H
4. His-Cys

- Uzun DNA dizilerini 20-40 bp tanır (büyük genomları nadiren

keser)
- Tanıma noktalarında mutasyonlara toleraslıdır
- İntronların dışında varlığını sürdürür (ve mobil elmentlerdir).
Grup I ve Grup II intronların yapısı ve
kırpılması:

1. Farklı, fakat korunmuş yapılar taşırlar

– grup I ve II intronların çoğu alt ailesi
2. Farklı mekanizmalarla kırpılırlar
3. Çoğu kendi kırpılma yeteneğine
sahiptirler. (örn. protein gerekmez, RNA
kendisi katalitik, bir "ribozyme")
4. Proteinler in vivo kırpılmayı kolaylaştırırlar.
 Cr.LSU intron: grup I intron sekonder yapısı

Klasik çizim Yeni çizim

Exon dizisi. Kutu içersine alınmış

Kırpılma bölgeleri bir araya
gelirler “internal rehber dizi”.

Korunmuş kor

5’ splice site
 Tetrahymena
rRNA
Intronun 3-D
Modeli
Katalitik core iki heliks içerir:

1. P5 – P4 – P6 –P6a (yeşil)

2. P9 – P7 – P3 – P8 (mor)

The “substrat P1 – P10

domain (kırmızı ve siyah), 5’
ve 3’ krıpılma bölgeleri içerir.
group I intronlarda
kırpılma
mekanizması

IVS – intron
GOH - GTP

Son intron
nukleotidi daima G
 Group I Intronların Guanozin
bağlayan bölgesi

1. Başlıca P7 heliksinde G-C çiftinde G

korunmuş bölgede
2. Guanosine (Km ~20 μM) için özgüldür.
3. İlk kırpılma aşamasında serbest GTP’ye
bağlanır.
4. İkinci kırpılma aşamasında intronun 3’-
terminal G sine bağlanır.
Grup I intronları için protein (kırpılmag)
faktörleri

• 2 tiptir:
1. Intron-kodlanan (kendisini kodlayan introndaki
kırpılmayı uyarır)
2. Nuklear- kodlanan (organel intronları için)

• Nuclear- kodlanan örnek işlev:

1. Doğru katlanmayı uyarır intron (örn., CBP2
sitokrom b intronunda katlanmayı uyarır )
2. Katlanmış yapıyı stabilize eder (cyt18 grupI
intronları uyarır)
• Cyt18 mitokondriyal tyrosyl-tRNA sentazda iş
görür.
Grup II
intronların
korunmuş
yapısı
grup II intron ORF

psbA1 ORF Domainleri :

RT - revers transkriptaz
(subdomains 0-7)
X - maturaz
D - DNA-binding
HNH - endonukleaz

Filogenetik analizler
grup IIB2 intron ORFs’da
yer alır

(Odom et al. 2004)

Grup II Intron Homing
(retrohoming yolu)

Kırpılmış intron RNAsı (bağlı

protein ile, “RT”) DNA
hedefinde sense iplikte revers
kırpılmalar

Protein anti-sense ipliği 3’

exon’da keser (exon 2).

Protein RNAintron’u revers

transkripsiyon yaparak RNA.
cDNA oluşturur.

RNAve DNA’da tamir sentezi,

ve DNAların ligasyonu.
www.fp.ucalgary.ca/group2introns/mobility.htm
 TRANS-kırpılma
Bazı cp ve mitokondrial mRNAlar trans-splicing
ile oluşur:
- ayrı RNAlar biraraya gelir
- hala intron-ekson organizasyonundadırlar
- intronlar Group II consensus diziler içerirler
Örnek:
- rps12 Tütün 5' ve 3'-kısımlarında bazı
bölgeler cpDNA’da ayrı bölgelerde kodlanır.
- psaA in Chlamydomonas: 3 ekson, herbiri ayrı
bölgelerde kodlanır, olgunlama 2 ayrı trans-
kırpılma gerektirir.
tscA RNA also required, part of 1st intron

Box 6.7 (Buchanan et al.)

psaA intron
kırpılması 3 RNA
oluşturur.

1) tscA, intron
içersindedir ve D1
parçası, tüm D2 ve
D3, D4 parçası içerir.

TscA ayrı bir gen

tarafından kodlanır
chlN geni ile birlikte
transkripsiyona
uğrar.
 Trans-Splicing için Trans-acting
Faktörler

• Chlamydomonas psaA1 intronlarında Trans-

splicing çok sayıda nuklear gene gereksinim
gösterir (en az 14 adet)
• Bu genlerin 3 tanesi klonlanmıştır;
proteinler (kısmen) büyük bir RNP
(ribonukleoprotein partikülü)oluşturur.
• Grup II intronları ve nuklear mRNA intronları
arasındaki bir evolüsyoner ar kademe gibi
görünürler.