TRƯỜNG ĐẠI HỌC BÁCH KHOA HÀ NỘI

VIỆN CÔNG NGHỆ SINH HỌC VÀ CÔNG NGHỆ THỰC PHẨM

*************

BÁO CÁO THÍ NGHIỆM TIN SINH

Đề tài : Tách dòng gen SOS 1 - gen có khả năng chịu mặn ở cây cải xoăn biển

GVHD: GS. Nguyễn Văn Cách

 Phần I : Tìm hiểu về các cơ sở dữ liệu
I. Giới thiệu về NCBI
1. NCBI là gì
NCBI là viết tắt của cụm từ National Center for Biotechnology Information (Trung
tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia Hoa Kỳ), là một đơn vị trực thuộc
Thư viện Y học Quốc gia Hoa Kỳ, trực thuộc Viện Y tế Quốc gia Hoa Kỳ. NCBI
có trụ sở tại Bethesda, Maryland và được thành lập năm 1988 thông qua bảo trợ
pháp lý của thượng nghị sĩ Claude Pepper.

NCBI là nơi lưu trữ nguồn tài nguyên liên quan tới công nghệ sinh học và y học,
các cơ sở dữ liệu chính của NCBI bao gồm Genbank (thông tin về các trình tự
ADN), PubMed (cơ sở dữ liệu trích dẫn các tài liệu về sinh và y học). Các dữ liệu
về sinh học bao gồm: gen, protein, các biến dị, ngoài ra còn có các hợp chất hóa
học nữa.

2. Giao diện của NCBI

Khi đi tới trang chủ của NCBI ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ ), màn hình chính
sẽ hiện lên như sau:
Khung search và All database giúp Bạn tìm kiếm nguồn dữ liệu theo từ khóa
mong muốn.
Phần Resource List và Popular Resource là các danh mục tài nguyên của trang
này, nằm ở cột bên trái và phải.
Nếu Bạn chỉ là người tìm hiểu và nghiên cứu thì không cần quá chú trọng vào mục
Submit (mục này giúp Bạn đăng tải tài nguyên lên), Develop (phần này là nơi để
kết nối với 1 ứng dụng thứ 3 thông qua cổng API.

Ở dưới cùng bên phải có mục NCBI News & Blog cung cấp những thông tin mới
nhất

II. EMBL – EBI

1. EMBL – EBI là gì ?
 Viện Tin học Sinh học Châu Âu (EMBL-EBI) là một Tổ chức Liên Chính phủ
(IGO) và là một phần của Phòng thí nghiệm Sinh học Phân tử Châu Âu (EMBL),
tập trung vào nghiên cứu và dịch vụ trong tin sinh học. Nó nằm trong Cơ sở nghiên
cứu gen Wellcome (WGC) ở Hinxton gần Cambridge. Viện được điều hành bởi
các tiến sĩ sinh học Rolf Apweiler, Alex Bateman, Ewan Birney và Guy Cochrane.

2. Giao diện của EMBL-EBI

Phần tìm kiếm với các tag khác nhau để dễ dàng tìm kiếm thông tin ở các lĩnh vực
khác nhau như bộ gen, trình tự protein, cấu trúc phân tử, các loại bệnh, các phản
ứng hóa sinh,...

Tiếp theo là các thanh công cụ

1. Find data resources: Sử dụng để tìm kiếm các công cụ, các cơ sở dữ liệu phù
hợp cho mục đích học tập, nghiên cứu,...
2. Submit data: Sử dụng để đăng bài ở các chuyên mục phù hợp
3. Explore our resources: Giới thiệu vầ các nghiên cứu, thành tựu của EBI
4. Train with us: Giới thiệu một số khóa học và đào tạo về lĩnh vực sinh học
của EBI
 Tiếp đến là phần lastest news thể hiện các tin tức, nghiên cứu mới nhất liên
quan đến lĩnh vực sinh học.

Các phần tiếp theo được thể hiện ở dưới là giới thiệu về các hoạt động, công
việc, thông tin liên quan về EBI.

Phần II : Xây dựng phương án tách dòng gen

I. Lý do chọn đề tài
- Biến đổi khí hậu đang là vấn đề của toàn thế giới. Sự nóng lên toàn cầu dẫn
tới mực nước biển tăng.
- Với đường bờ biển dài thì Việt Nam cũng không tránh khỏi hệ quả của việc
biến đổi khí hậu trên. Và kéo theo việc nước biển dâng là hiện tượng xâm
nhập mặn cũng đang trở thành mối lo mới ảnh hưởng lớn tới an ninh lương
thực của nước ta cũng như nhiều nước khác.
- Vì vậy, đề tài này em muốn tìm kiếm được một đoạn mồi thích hợp cho việc
tách dòng cũng như khuếch đại gen chịu mặn SOS 1 nhằm mục địch nghiên
cứu tăng khả năng chịu mặn cho các giống rau màu.
II. Quy trình và phương pháp
1. Tìm kiếm thông tin bằng cơ sở dữ liệu NCBI

Truy cập đường link: National Center for Biotechnology Information (nih.gov)

Chọn mục Plants

Tìm kiếm trên thanh công cụ: SOS 1
- SOS 1: Salt overly sensitive 1 – gen chịu mặn
- SOS 1 là một gen đóng vai trò quan trọng mã hóa protein SOS 1 có vai trò
chủ yếu trong vận chuyển trong và ngoài tế bào cụ thể là vận chuyển .
- Đối tượng tách dòng gen SOS 1 lựa chọn là giống cây cải xoăn biển
(Crambe maritima). Giống cây này không mọc ở vùng ngập mặn mà chỉ mọc
ở những vùng ven biển. Tuy vậy, qua sự tiến hóa không ngừng thì nó cũng
có thể thích nghi khá tốt và có khả năng chịu mặn tốt. Nếu đem so sánh khả
năng chịu mặn của nó với các cây trong họ cải thì nó vượt trội hoàn toàn.
Còn nếu so sánh với các cây rau màu khác thì nó cũng thuộc top những cây
chịu mặn tốt.
2. Tìm các trình tự mã hóa tính trạng
Ta sẽ lựa chọn ít nhất 3 bài báo để có thể tiến hành chạy Clustal Omega.Để
tìm những bài báo phù hợp thì ta sẽ click vào phần taxonomy như hình để
xem dòng dõi của cây được đề cập trong bài báo. Ưu tiên cây thuộc họ cải
(Brassicaceae)
Bài báo 1 : Arabidopsis thaliana putative Na+/H+ antiporter SOS1 (SOS1) gene, comp - Nucleotide -
NCBI (nih.gov) ( 13 )

Cây Arabidopsis thaliana ( thuộc họ Cải )

>AF256224.1 Arabidopsis thaliana putative Na+/H+ antiporter SOS1 (SOS1) gene,
complete cds
ATGACGACTGTAATCGACGCGACGATGGCGTATAGATTTCTGGAGGAAGCGACCGATTCGTCTTCTTCTT
CTTCTTCTTCCAAACTAGAATCTAGCCCTGTCGACGCCGTTCTCTTCGTCGGAATGTCTCTGGTACTCGG
TATTGCTTCTAGGCACTTGCTTCGTGGAACTAGGGTTCCTTACACTGTCGCTCTTCTCGTTATCGGAATT
GCTCTTGGATCTCTCGGTTCGATTTCGTTCCATGGAATTTCTGATTTCTTCATCTGTTTTAATCCTTGAA
GTCAACGTAATCATGCTTAATTGCTAATTCATGTTGTTTGGTGTTTCAGAATATGGAGCTAAACATAACC
TTGGAAAGATCGGCCATGGAATTCGTATCTGTAAGTTTTTAGTTTCGAATTTTTCTTCTCTTCCATGGCT
GGCTTTGTAAGAACTATAGAATCAATGTTATTGTGCAGGGAATGAGATCGATCCAGAACTTCTTTTAGCT
GTTTTTCTTCCGGCTCTTCTTTTCGAGAGTTCGTTTTCAATGGAAGTTCACCAAATTAAGGTTTATTCCT
CTGGCTCTAATTCCTAGTTAAGCTTAAAGGTTAAGAGAAATAGGTACTGAATACTTGCATGATTCTTTAG
AGGTGTCTGGGACAAATGGTGTTACTTGCTGTCCCTGGAGTTCTTATTTCAACAGCTTGTCTTGGATCGC
TTGTGAAGGTATGAATTAGCCTGGTTGGTATTAAGTAGCTGTCCTGAAAACAAAGAAAGACAAATCGATT
ATTATGTTATGAAACTATACTTGCTATATGCAGGTCACGTTTCCGTATGAATGGGACTGGAAAACGTCCT
TGTTGCTTGGGGGACTTTTAAGTGCTACTGATCCGGTTGCTGTTGTTGCTTTGCTAAAGGAGCTTGGTGC
TAGTAAGAAGCTAAGCACCATAATTGAAGGGGAATCCCTGATGAATGATGGGTAAATGACGTTATCTTCT
GTCATGGTTTGGTTAGTTTTGACATTTATGCTCACTCTTCATGATTTTTAACAACAATTCCAGGACGGCG
ATTGTTGTTTTCCAGTTATTCTTAAAGATGGCTATGGGGCAAAACTCTGACTGGAGTTCTATAATCAAAT
TTCTGCTTAAAGTCGCACTTGGAGCGTATGTCTTGATCTTTTTTCATCTGTTGTTAGTGATATCAAGTTG
CTGCTGTGTTCTTATCAGTCCAACGTGTTCTTCTGTCTATTTAGTGTAGGCATTGGTCTGGCGTTTGGCA
TTGCATCAGTTATTTGGCTCAAGTTCATATTCAATGACACTGTAATAGAGATTACTCTTACAATTGCAGT
GAGCTATTTCGCATACTACACTGTACGTCTTTCTGTAGACCTTGAATTCCTGTGCTAAGATATTCTCTTT
GTAGTAAAACTGAGAGTTTATTGTGTGACAGGCTCAAGAGTGGGCTGGGGCTTCTGGTGTTTTGACGGTC
ATGACTTTGGGCATGTAAATTTCAGTGATCTCGTTATTTTTTTTTTCCCTTTCTTTTGTTATCATTTAAG
AAGTCTCTTCTCATAAAATAACTGTAACAGGTTTTATGCTGCATTTGCAAGGACAGCCTTTAAAGGTGAC
AGTCAAAAAAGCTTGCATCACTTCTGGTATTTCCAGAACTTGTGGAATTTGGACTTGTTTTTTTATATTG
TAACTCTATGTAAAAGGTTGATCTGTGTGATATAAATTTTCCCGGTAACTTGTGCAGGGAAATGGTTGCA
TATATTGCAAACACTTTGATATTTATCCTCAGGTAAGGGTAAATTTTATAGACTCATATCATGCTTGTGC
TTGCCAACCCTAAAATAGAAGCTCATGGGTAGAAAAAAGAGCTATTTTACTGCAGTCTACTCTTTAGCCT
GGTGTTGCAATATTGACTGTGTTTCTCGTTTTATGTTTGCAGTGGTGTTGTCATTGCTGAAGGCATTCTC
GACAGTGATAAGATTGCCTACCAAGGTGCCATTATTTAATGTTGATAGTGTACAGTATTTTTTTCCTAGC
TAAAGTAAATTTTGTGAACATAGTTTTGTCTGCATTTTCGACAGTTCACTGTTAATTGAAGATGAGATCT
AAGTCATTACATAGGACTCCCACCTGTTATCATAGTTTTCTGTCGTTGTTAACACACCTTACTGTTCATG
GTCTTTGGTTCTCGAAGGATCACTAATTCCATAACGTGAATCAGTTACAAGAATAAGAAAAAAACTGGCA
TTATTGGTTACGAAATATTGAGCGAAAGTTACCACTGTGCTAGGACTGAGACAATTGTATTCTTTCACCA
GTCTGTTATTATTATTAAGTACCTGTTAGAGATGTACTGTCTTGGAACCATATATTTTTTCTCTGGAACC
ATATCTGCATAAGGCACATGATATACTTAACTTTAACTATTTTTTATATTTTGGATCTAACAACTCTTCA
CGACCCAAATTTCTTACAGGGAATTCATGGCGATTTCTTTTTCTGCTATACGTTTACATCCAACTATCGC
GTGTTGTTGTTGTTGGAGTTCTATATCCACTTTTATGTCGTTTTGGCTATGGTTTGGATTGGAAAGAATC
CATTATACTCGTATGGTCTGGTTTGAGGGGCGCAGTGGCTCTTGCACTTTCTTTATCCGTGAAGGTTAAT
TTTAAGAACATCTGTTAAAGTTGTTCTTCTCTCTTAAATTTCTGCACAATGTTTTTTTCCAGCCACATTG
ATTCTGTGCTGACTTACTCGCACTCATTTGATTCAGCAATCAAGCGGAAATTCACATATCAGCAAGGAGA
CTGGAACATTGGTAAGTTAGTCTAAAGATGTTATTGACAACTTAAAATGATTATGCAAATTATTGTTTTG
TCTCTTCATATTCTCAGTTCTTTTGCAGTTTCTTTTCTTCACGGGTGGAATTGTGTTCCTAACTCTGATA
GTTAATGGATCCACTACCCAATTTGTTCTACGCCTTCTTCGCATGGATATTTTACCAGCCCCCAAGGTCA
AAAACTTCTCTCATACGAATAACTTTCCGAGTTTTAAGTAATCAAATATATGTGTAAACAGAGATTTTTT
TGCTTATGCTTTGTATTCATGTGTAAGTGACCGTGTTAGCCTGAGTCTGAGCCTTTAAGCTGTATAGTTC
AATAGGGTCTGTATGTTCTAGTCAGTAATGTATTCGAAGAACCTTATTAGAAACCACTTTCCTTTTGACA
GAAACGAATATTGGAATATACAAAGTACGAAATGTTGAATAAGGCCTTACGAGCGTTTCAAGATCTAGGA
GACGATGAGGAGCTAGGACCTGCTGACTGGCCTACAGTTGAAAGTTATATTTCAAGCCTAAAAGGTTCAG
AAGGGGAACTAGTTCATCATCCTCACAATGGCTCTAAAATTGGAAGTCTTGACCCTAAAAGTTTAAAGGA
CATACGTATGCGGTTCTTAAATGGTAGTTATGATCATGTACCCTCCAATATACTATTTTACCTGGTAGAT
TATTGACACTTTGAAAATTGGTTGTGTCAGGTGTGCAAGCAACTTACTGGGAGATGCTTGATGAGGGCAG
AATATCTGAAGTTACTGCTAATATTTTGATGCAGTCAGTGGATGAGGCGCTTGATCAGGTTTCTACAACT
TTATGTGATTGGAGAGGTCTAAAACCACATGTCAATTTCCCAAATTACTACAACTTTCTTCATTCTAAAG
TTGTCCCACGCAAGTTGGTCACATACTTTGCTGTCGAAAGACTAGAATCTGCTTGCTACATTTCTGCTGC
GTTTCTTCGCGCACATACAATTGCACGACAGCAATTGTATGATTTTCTAGGTATGTACAATCCATACTCT
GCAGTCTGCATCACACTTTGAAAACAATGACTAAGAATAAAACTTGTACCGTATCATCATTAATTGTCAG
AGTTTTTGTTTGCAAGTATCTCAACTTAGTAAGAACAATACATTAACCCAACCCTAGTTTTGTCTCATAC
TTATCTATCTTCTCTACACAGGGGAGAGTAATATTGGTTCCATTGTAATCAATGAAAGTGAAAAGGAAGG
AGAGGAAGCAAAAAAGTTCTTGGAAAAAGTCCGATCTTCATTTCCTCAGGTTGAGAGTCTTGTCATTTCT
TTCGGGTGACTTATCTTTCTTGCGGTGAGGCACATATAATCTTTGATTAACATTGGTTTCAGGTTCTCCG
TGTTGTGAAAACAAAACAAGTAACATATTCAGTGTTGAATCATTTACTCGGTTACATTGAAAACCTCGAG
AAGGTTGGCTTGTTGGAGGAAAAAGAAATCGCTCATCTTCATGATGCTGTCCAGGTACCAAATTAAAGAA
TCTCATTCCTTCAACTATAGTCTTGTCTCTTTTGTCTTATGCTTTTGGTCAAATCTATCTCTGCAGACCG
GCTTGAAAAAGCTTTTGAGAAACCCTCCAATAGTTAAACTTCCAAAATTGAGCGACATGATCACCTCACA
TCCGTTATCGGTTGCTCTTCCTCCTGCATTTTGTGAACCTTTAAAACACTCGAAAAAAGAACCAATGAAA
CTGCGTGGTGTCACGCTTTATAAAGAAGGTTCAAAGCCAACTGGAGTCTGGCTTATTTTTGATGGCATCG
TTAAGGTAACCCAAAACTTATCTTTTACTTTTAACTCGTAAGTCTGTATGATCTATTACCTTCATAACTG
AATGTTATAACAATCCTACAGTGGAAAAGTAAGATCTTAAGCAACAATCACTCGCTGCATCCAACTTTTT
CTCACGGTAGTACATTGGGACTCTACGAAGTCCTCACTGGGAAGCCATATCTGTGCGACTTGATTACAGA
TTCTATGGTTCTTTGCTTTTTCATTGATAGCGAGAAAATTCTATCACTACAATCAGATTCTACCATCGAT
GATTTCCTTTGGCAGGTACGTCTCTATTAGAATCCATTTTAGAGAGACTCATTTCTTGATTGTTAAGTTG
CTTCAACTTTTTTCGGTTTTTTTTGTTTGCAGGAAAGTGCATTGGTTCTTCTCAAACTCTTGCGTCCTCA
GATATTTGAAAGTGTGGCAATGCAAGAATTACGAGCCCTTGTTTCAACTGAAAGCTCGAAACTTACAACA
TATGTGACGGGAGAATCAATCGAAATCGACTGCAACAGCATTGGTTTATTATTAGAAGGATTCGTAAAAC
CGGTTGGTATCAAAGAAGAGCTTATATCATCTCCCGCCGCATTATCACCTTCTAACGGGAATCAAAGCTT
CCATAATTCATCAGAAGCTTCAGGTAATTAATTGCACAGTACAGCAGGATCAAACCTTTTTAAATGTCAG
CGAATGATATAAATCGAATTAAATCAAAAATGTGTTTTGTTTTTTTGACCACAGGTATCATGAGAGTCAG
TTTCTCACAACAAGCAACACAGTATATTGTTGAGACGAGAGCAAGAGCAATCATCTTCAACATTGGAGCA
TTTGGAGCTGATAGGACTCTACATCGAAGACCATCTTCGTTAACACCACCACGTAGCTCAAGCTCTGATC
AGCTTCAGAGATCATTTCGTAAAGAACACAGAGGTCTCATGAGCTGGCCTGAAAATATTTACGCCAAACA
ACAACAAGAGATCAATAAAACGACATTAAGTTTATCTGAACGAGCAATGCAACTCAGCATTTTCGGCAGC
ATGGTAAAAAAGATCTCAATGTTGATTCTTTTAAAGGTTGTTATCGATGAACTTCTCGACTAACCTGAAG
GTTTTTATCTTCTGATATTCTCGAATATAGGTTAATGTGTACAGAAGGAGTGTAAGTTTCGGTGGGATCT
ATAATAACAAGTTACAAGATAACTTGTTGTACAAAAAACTTCCACTAAACCCAGCTCAAGGTCTCGTTTC
AGCCAAATCAGAAAGTTCAATTGTGACCAAGAAGCAGCTTGAAACCCGTAAACATGCGTGTCAGCTTCCT
CTGAAAGGGGAAAGCAGCACAAGGCAAAATACGATGGTTGAATCAAGCGATGAAGAAGATGAAGATGAAG
GAATCGTTGTGAGAATCGATTCTCCGAGTAAAATCGTTTTCAGGAACGATCTATGA
Bài báo thứ 2: Thellungiella halophila salt-overly-sensitive 1 (SOS1) mRNA, complete - Nucleotide -
NCBI (nih.gov)

Cây Thellungiella halophila thuộc họ cải

>EF207775.1 Thellungiella halophila salt-overly-sensitive 1 (SOS1) mRNA,

complete cds
ATGGCGACTGTAATCGAAGCGGTGATGCCGTATAGGCTTCTGGAGGACGAGACCGGTTCGCCGGAAGGAG
AATCTAGCCCCGTTGACGCCGTTCTCTTCGTCGGGATGTCTCTGGTGCTCGGTATAGCTTCCGGGCATTT
GCTTCGCGGGACTAGGGTTCCTTACACCGTCGCTCTACTCGTTATCGGGATTGCTCTTGGATCGCTCGAA
TATGGAACCCATCATAACCTTGGGAAGCTCGGCCATGGAATTCGTATCTGGAACGAAATCAACCCTGAAC
TTCTTTTGGCCGTTTTTCTTCCGGCTCTTCTTTTCGAGAGTGCCTTCTCGATGGAAGTTCACCAGATCAA
GAGATGTCTGGGACAAATGGTGCTACTTGCTGGGCCTGGAGTTCTCATTTCAACCTTTTGTCTGGCATCG
CTTGTTAAGCTCACGTTTCCGTATGACTGGGACTGGAAAACGTCGTTGTTGCTTGGGGGACTTTTAAGTG
CTACTGATCCTGTTGCTGTTGTTGCTTTGCTTAAAGAGCTTGGTGCTAGTAAGAAGCTAAGCACAGTCAT
TGAAGGGGAATCCCTGATGAATGATGGGACGGCTATTGTGGTTTTCCAGTTATTCTTAAAGATGGTTATG
GGTCATAGTTCTGGCTGGTCTTCTATAATCACATTTCTGATTAGAGTCGCACTTGGAGCTGTTGGCATTG
GTATCGCTTTTGGCATTGCCTCGGTTCTTTGGCTCAAGTTCATATTCAACGACACAGTAATTGAGATTAC
TCTTACGATTGCAGTGAGCTACTTCGCATATTACACTGCTCAAGAGTGGGCTGGGGCTTCTGGTGTTTTG
ACGGTGATGACTTTGGGCATGTTTTATGCTGCATTTGCAAGAACAGCATTTAAAGGGGACAGTCAAAGAA
GTTTGCATCACTTCTGGGAAATGGTCGCATATATTGCAAATACTTTGATTTTTATCCTCAGTGGTGTTGT
CATTGCTGAAGGCATTCTCGACAGCGATAAGATTGCGTACCAAGGGAGTTCATGGGGATATCTTTTTCTA
CTATACTTATACATCCAACTATCGCGTTGTGTTGTTGTTGGAGTTCTGTATTCATTTTTATGTCGCGTTG
GCTATGGCTTGGATTGGAAAGAAGCCATTATACTCGTATGGTCTGGTTTGAGGGGTGCAGTGGCGCTCTC
ACTTTCTTTATCCGTGAAGCAATCAAGCGGAAATTCATTTCTCAGCACCGAGACAGGAACAATGTTTATT
TTCTTCACTGGTGGAATCGTGTTCCTGACTCTGATAGTTAATGGATCCACTACCCAATTTGCTCTGCGCC
TTCTTCGCATGGACGGTTTACCAGCCTCAAAGATACGAATATTGGATTATACAAAGTATGAAATGCTGAA
TAAGGCCTTACAAGCGTTTGAAGATCTAGGAGACGATGAAGAGTTAGGACCTGCTGACTGGCCTACAGTT
GAGAGTTATATTTCGAGCTTAAAAGATTCAGAAGGGGAACAAGTTCATCCTCATAGTGGCTCTAAGCCTG
GAAATCTTGACCATACGAGTTTAAAGGACATACGTATACGTTTCTTAAATGGTGTTCAGGCAGCTTACTG
GGAGATGCTTGATGAAGGAAGAATATCTGAAAGTACTGCTAATATTTTGATGCGGTCAGTGGATGAGGCG
TTGGATCATATTTCGACGGAGCCTTTATGTGACTGGAGAGGTCTAAAATCGCATGTTAAGTTCCCGGGCT
ACTACAACTTTCTTCATTCTAAGATTATCCCTGGGAAGTTGGTCATATACTTTGCTGTCGATAGACTGGA
ATCTGCTTGCTACATTTCCGCTGCATTTCTTCGCGCACATACAATTGCACGGCAGCAATTGTATGATTTT
CTTGGGGAGAGTAATATCGGTTCTACTGTAATCAAGGAAAGTGAGACCGAAGGAGAGGAGGCGAAAGAGT
TCTTGGAAAAAGTCCGATCTTCACTTCCTCAGGTTCTCCGTGTTGTGAAAACAAAACAAGTAACTTATTC
AGTGCTGAGTCATTTACTCGATTACATTCAAAACCTTGAGAAGATTGGCTTGCTGGAGGAAAAAGAAATC
GCTCATCTTCATGATGCTGTTCAGACTGGCTTGAAGAAGCTTTTGAGAAACCCTCCAATAGTAAAACTTC
CAAAATTAAGCGACCTGATCACCTCGCATCCTTTATCTGGTGCCCTTCCGTCTGCAATATGTGAACCTCT
AAAACACTCGAAAAAAGAAACAATGAAGCTGCGTGGTGTGACGCTTTATAAAGAAGGTTCAAAACCAACT
GGAGTCTGGCTAATTTTCGATGGCATTGTTAAGTGGAAAAGCAAAGGCTTAAGCAACAATCACTCGCTGC
ATCCAACATTTTCTCATGGTAGTACACTGGGACTCTACGAAGTCCTCACTGGGAAGCCATATATGTGCGA
CGTGATTACAGATTCTGTGGTTCTTTGCTTTTTTATCAATAGTGAGAGAATACTATCTTATGTACAATCG
GATTCCACCATTGAAGATTTCCTTTGGAAGGAAAGTGCATTGGTGCTTCTAAAGCTATTGCGTCCTCAAA
CATTTGAAAAAGTGCCAATGCATGAATTAAGGGCCCTTGTTTCCGCTGAAAGCTCGAAACAGACAACATA
TGTATCTGGAGAATCAATTGAAATCGATCACAACAGCGTCGGTTTGTTATTAGAAGGATTCATAAAAGCA
GTTGGTATCCAAGAAGAGCTTCTTATAGCATCTCCTGCTGCATTATTGCATTCTAACGAGAATCAAAGCT
TCCGTAATTCATCAGAAGCTTCGGGTATCCTGAGAGTGAGTTTCTCACGACAAGCAGCACGATACAGTGT
GGAGACAAGAGCAAGAGTAATCATCTTCAACCACGGTGCATTTGGAGCTCATAGGACTCTACAACGAAAA
CCATCGACGTTAGCATCACCACGTGCCACAAGCTCTGACCACCAGCTCAAGAGATCAGCTAGCAAAGAAC
ACAGAGGTCTCATGAGATGGCCTGAGAATATATACAAAGCCGGGCAAGAAGAAGAGATGAATGGAAAGAC
ATTAAACTTGTCTGAACGAGCGATGCAACTTAGCATTTTCGGCAGCACGGAAAATCTGTACAAAAGGAGT
GTAAGTTTCGGTGGGCTGAACAATAACAAGGCACAAGATAACTTATCGTACAAGAAACTCCCATCAACCT
CAGCTCAAGGTCTTTTTTCAGCAAAATCGGAAGGCTCAATGGCAACCACTAAGCAGGTTGAAAGCCGGAA
ATTTGTGTCTCAGCTTCCTCCGTTAGCTGCATCTGCAGAAGGCAGCTCGAGGCGAGAAACGATGGCGGAA
GAATCAAGCGATGATGAAGGTGAAGGAATCATTGTGAGGATCGATTCTCCGAGTACGATCGTTTTCAGGA
ACGATCTATGA

Bài báo thứ 3 : Brassica napus clone 80-SOS-18 putative salt overly sensitive 1 (SOS1) - Nucleotide -
NCBI (nih.gov)

Cây Brassica napus ( thuộc họ cải - chi Brassiceae). Cây cùng chi với đối tượng
cần tách dòng gen SOS1

>EU487184.1 Brassica napus clone 80-SOS-18 putative salt overly sensitive 1

(SOS1) mRNA, complete cds
ATGGCGACTGTAATCGACGCGGCGATGCCGTATAGACTTCTGGAGGAGGCGGCAGGTTCTTCTTCGGAAG
GAGAATCGAGCCCCGTCGACGCCGTTCTCTTCGTCGGGATGTCTCTGGTGCTCGGTATAGCATCGAGGCA
TTTGCTTCGCGGGACGAGAGTTCCGTACACCGTCGCGCTCCTCGTCATCGGGATTGCTCTCGGATCTCTC
GAGTATGGAACTCACCATAATCTTGGGAAGCTTGGGCATGGGATTCGTATATGGAACGAGATTAATCCTG
AACTGCTTTTAGCGGTGTTTCTTCCGGCTCTTCTTTTCGAGAGTGCCTTCTCCATGGAAGTTCACCAGAT
CAAGAGATGTATTGGACAAATGGTGTTACTTGCTGGCCCTGGAGTTCTCATTTCAACCTTTTGTCTCGCT
TCGCTTGTTAAGCTCACGTTTCCGTATAGCTGGGACTGGAAGACGGCGTTGTTGCTTGGTGGACTCTTAA
GTGCCACAGATCCTGTTGCTGTCGTTGCTTTGCTTAAGGAGCTTGGTGCTAGTAAGAAGCTAAGCACTGT
TATTGAAGGGGAGTCCCTGATGAATGATGGGACGGCAATTGTGGTTTTCCAGTTGTTCTTAAAGATGGTT
ATGGGGAATACTTCCGACTGGGGCTCTATTATCACATTTCTGATTAGAGTCGCACTTGGAGCTGTGGGGA
TCGGTCTGGCTTTTGGCATTGTCTCGGTTCTTTGGCTCAAGTTCATATTCAACGACACAGTCATAGAGAT
CACTCTTACGATTGCAGTCAGCTACTTCGCATATTACACTGCTCAAGAGTGGGCTGGGGCTTCTGGTGTT
TTGACGGTGATGACTTTGGGCATGTTTTATGCTGCGTTTGCAAGGACAGCATTTAAAGGTGACAGCCAAA
AAAGTTTGCATCACTTCTGGGAAATGGTCGCATATATTGCAAATACTTTGATTTTTATCCTCAGTGGTGT
TGTCATTGCTGAAGGCATTCTCGACAGCGATAAGATTGCCTACCAAGGGAATTCATGGGGATTTCTTTTT
CTACTATACTTTTACGTCCAAGTATCACGTTGTATTGTTGTTGGAGTTCTATACCCACTGCTATGTCGTG
TTGGCTATGGGTTGGATTGGAAAGAAGGCATTATACTAGTATGGTCTGGTTTGAGGGGTGCAGTGGCGCT
CTCACTTTCTTTATCTGTGAAGCAATCAAGCGGAAATTCATTTCTCAGCAGGGAGACAGGAACATTGTTT
ATTTTCTTCACAGGTGGAATTGTGTTTCTAACTCTGATAGTTAATGGTTCCACTACCCAATTTGCTCTGC
ACCCTCTTCGAATGGACGGTTTACCAGCCACAAAGCTACGAATCTTGGATTATACAAAGTATGAAATGCT
GAATAAGGCCTTACAAGCGTTTGAAGATCTAGGAGACGATGAAGAGCTAGGACCTGCTGACTGGCCTACA
GTTGAAAAATATATTTCAAGCTTAAAAGATTCAGAAGGGGAACAAGTTCATCCTCACAGTGGCTCTAAGA
CTGGAAATCTTGACAGTACGAGTTTAAAGGACATACGTATACGATTCTTAAATGGTGTTCAGGCAGCTTA
CTGGGAGATGCTTGATGAGGGAAGAATATCTGAAAGTACAGCTAATATATTGATGCGGTCAGTGGATGAG
GCCTTGGATCGGGTTTCTACGGAGTCTTTATGTGACTGGAGAGGTCTAAAAGAGCATGTTAAGTTCCCCG
GTTACTACAATTTTCTTCATTCTAAACTTATCCCAGGGAAGTTGGTCATATACTTTGCTGTTGAAAGACT
CGAATCTGCATGCTACATTTCCGCTGCATTTCTTCGCGCACATACAATTGCGAGGCAGCAACTGTATGAT
TTTATAGGGGAGAGTAGTATCGGCTCTACTGTAATCAAGGAGAGTGAAACCGAAGGAGCAGAAGCTAAAG
AGTTTTTGGAAAAAGTTCGATCTTCACTTCCTCAGGTTCTCCGTGTTGTGAAAACGAAACAAGTAACATA
TTCAGTACTGAATCATTTACTCGAATACATTCAAAACCTTGAGAAGATTGGCTTGTTGGAAGAAAAAGAA
ATCGCTCATCTTCATGATGCTGTCCAGACTGGCTTGAAGAAGCTTTTGAGAAACCCTCCAATAGTAAAAC
TTCCAAAGTTAAGCGACCTGATCTCCTCACATCCGTTATCTGGTGCTCTTCCTGCTGCAATATGTGAACC
TCTAAAACACTCGAAGAAAGAAACAATGAAGCTGCGTGGTGTGACGCTTTATAAAGAAGGTTCAAAGCCA
ACTGGAGTCTGGCTTATTTGTGACGGTATTGTTAAGTGGAAATGCAAAAGCTTAGGCAACAATCACTCGC
TGCATCCAACTTTCTCTCATGGTAGTACATTGGGACTCTACGAAGTCCTCACTGGGAAGCCATACATGTG
CGACATGGTTACAGATTCTGTGGTTCTTTGCTTCTTTATCAGTAGTGATAGAATACTAGCTTTTGTACAT
TCGGATTCTACCATTGAAGATTTCCTTTGGAAGGAAAGTGCATTGGTGCTTCTCAAACTCCTGCGTCCTC
AGATATTTGAAAAAGTGGCAATGCATGAACTACGAGCCCTTGTTTCAGCTGAAAGCTCAAAACTGACAAC
ATATGTATCTGGAGAATCAATCGACATCGATTACAACAGCGTCGGTTTGTTATTAGAAGGATTCATAAAA
CCTGTTGGTATCCAAGAAGAGCTTGTACCATCTCCTGCTGCATTGCTACCTTATAACGAGAATCAAAGCT
TCCGTAACGCATCAGAAGCTTCAGGTATCATGAGAGTTAGTTTCTCAAGACAAGCAACACAATACAGTGT
GGAGACAAGAGCAAGAGTAATCAGCTTCAACACTGGAGCATTTGGAGCTCATAGGACTCTACAACGAAAA
CCATCTTCGTTGTCATCGCAAATTGGGACAAGTTCCGAGCACCAGCTCCAGAGATCATCTAGTAAAGAAC
ACAGAGGTCTCATGAGCTGGCCTGAAAGTATTTACAAAACTGAACAACAAGAAGAGATCAATAGAAAGGC
GTTAAACTTATCTGAACAAGCAAGACAACTTAGCATTTTCGGCAGCAAGGTTAATCTGTTCACAAGGAGT
GCAAGTTTCGGAGGGATCATCAACAACAAGCCACAAGATAACGTATTGTACAAGAAACATCCATTAGACG
CAGCGAAATCAGAAAGCTCCATGGCCACCAGGGAGCAGGTTGAGACCAGGAAGTTTGTGTCTCAGCTTCC
TGCACACGTAGCCTCAGGAGAGAGCAGCACAAGAAGGAAACCAATGGCGGAGTCGAGCGATGATGAAGAG
GAAGGAATCATTGTGAGGATCGATTCTCCGAGCACAATCGTTTCAGGAATGATAGAATTCAATCACTAG

Bài báo thứ 4: Boechera stricta isolate LTM salt overly sensitive 1 (SOS1) gene, comp - Nucleotide -
NCBI (nih.gov)

Cây Boechera stricta ( họ cải )

>KF671967.1 Boechera stricta isolate LTM salt overly sensitive 1 (SOS1) gene,
complete cds
ATGGCGACTGTAATCGACGCTTCGATTCCGTACAGACTTATGGAGGAGGAGGCCGACTCGTTATCCAAAG
AAAAATCTAGCCCTGTCGATGCTGTTCTCTTCGTCGGAATGTCTCTGGTGCTCGGTATAGCTTCTAGGCA
TTTGCTTCGAGGAACCAGGGTTCCGTACACCGTCGCTCTCCTCGTTATCGGAATTGCTCTTGGATCTATC
GGTTCGATTTCGATGATACTTATGTTTAATTTCAATTTCAGCTGTTATATTTCAGTACTGATGTTTAAAT
GTTTCAGAATACGGAACTCATCATAACCTTGGGAAGGTCGGCCATGGAATTCGTATTTGTAAGTTCTAAG
TTTTAAACAAATATAGCAAGCTTTTGGTTGTTTCAATATGGGATTTTACAATCTTTTTATGTTATTATTG
TGTAGGGAATGATATCGATCCAGAGCTTCTTTTGGCTGTGTTTCTTCCGGCTCTTCTTTTTGAAAGTTCT
TTTTCGATGGAAGTTCACCAGATCAAGGTTTGCTTTTTCTCCAAACTCACTTACACTTTTCAAGATCGTT
GACTTCCTCTGGCTCAACTCCTAGTTAAAGATGATAAATTCTCTGGTCCTTTAGAGGTGTCTGGGACAAA
TGGTGCTACTTGCTGGGCCTGGAGTTCTCATTTCAACCTTTTGTCTCGGATCGCTTGTTAAGGTATGCAG
TAGTCTAGTATTTAGTAGTAGTCGAAAAACAAACTAAGGTAGTTAAAGTATACGATAATGCTATTTGTAG
TTCACGTTTCCATATGACTGGGACTGGAAAACGTCGTTGTTGCTTGGGGGACTTTTAAGTGCTACAGATC
CTGTTGCTGTTGTTGCTTTGCTAAAGGAGCTTGGTGCTAGTAAAAAGCTAAGCACTATTATTGAAGGGGA
ATCCCTGATGAATGATGGGTAATGGTATTAACCTTTTCTAATCTTCTGTCATAATCTGCTTAATTTATGC
TCATAATTTTTTATTTAAAAAATAAAATTCCAGGACTGCAATTGTGGTTTTCCAGTTATTCTTAAAGATG
GTTCTGGGGCATAGTTCTGACTGGAGTTCTATAATCAAATTTCTGGTTAAAGTGGCACTTGGAGCGTATG
TCTTGATCTTTTCCTCTTTTAATGATATTGAGTTGTTGTGTTCTTGGCATCGTAAATTTATAACGTATGA
TTCTGTCTGTTTAGTGTAGGCATTGGTCTGGCTTTTGGCATTGCCTCAGTTCTTTGGCTCAAGTTCATAT
TTAATGACACCATAATAGAGATTACTCTTACAATTGCAGTGAGCTACTTCGCCTATTACACTGTACGTCT
TTTCTGTAGATTTTGAGCTCCTGTGCCAAGATCTTACTTTTGTATACAAATGAGAGTTAGCTACTGTGTG
ACAGGCTCAAGAGTGGGCTGAAGCTTCTGGTGTTTTGACGGTGATGACTTTGGGCATGTAAATTTCAGTG
ATCTCATTATTTTCTTTCTTTTGTTATCATGTAAGAAGCCATTTCTTATAATAAGAACTGTAATAGGTTC
TATGCTGCATTTGCAAGGACAGCATTTAAAGGTGACAGTCAAAAAAGTTTGCATCACTTCTGGTATTTCT
CAAACTTGTGGAATTGGAATTGTTTTGTATAGCTTAACTCTATGAAAAAGGTTGATCTATGTATGACAGT
TTTTTCCGGTAACTTGTGCAGGGAAATGGTCGCATATATTGCAAATACTTTAATTTTTATCCTAAGGTAA
GGGTATAATCATATAGACTCACCCCATGCTTGAGCCATGCCAACCCAAAGAAATAAGCTCATGGGTAGCA
AAAAGCTATTTTATTGCTGTCTACTCTTTAGCCGGTACAACAATAATTAAGTTGCTTCTCATTTTATTTT
TCCAGTGGTGTTGTCATTGCTGAAGGCATTCTCGACAGCGATAAGATTGCCTACCAAGGTGTCATTATTT
GTTTTAAGTTTGCTGAAGTTTTTTCTAGCTATAAGTTATATCTAGTCAGATTATATGAACATGGTTTCCG
CCTAAATTTTCTACAGCCAATTGCTTATTGAATTTGAGTCCCTGGTCATTGCATTTTTCCAGCTATTATG
ATAGCTTGCTATACCGTGAACAGACTTCTGTATTCGTGATATCTGGTTCTCGCCGGGTCAATTGTTCCTT
AGTGTGAATTAGTTAAAAAAAAAAAGCAAAAACCTGGCATCATTGGTTTGAGGAAGTGATGAAATATCCA
CTGTGCTTGGACTGAAATAATGTGTACTTTCTCCAATCAGTTAATTATTAAGTAGCTTCTAGAGATATAC
TGTCCTGGATTTATCTTTTTTTTCTCTGGAACCATACCCGCATAAGGCACACAATATCATTGACCTTACC
TTAATAATATATTGTGGTTTAACAACTCTCGGTGACCCATGTTTTTTACAGGGAATTCATGGGGATTCCT
TTTTCTACTATACTTTTACATCCAACTATCGCGTTGCGTTGTTGTTGGAGTTCTATATCCATTATTATGT
CGTGTTGGCTATGGCTTGGATTGGAAAGAAGCTATTATACTCGTATGGTCTGGTTTGAGGGGTGCAGTGG
CGCTCGCACTTTCTTTATCTGTGAAGGTTAGTTTTCAAGAACATTGTCAATATTGTTCTTTTCTCTCTTG
AATTTATGCACATCGCTTATTCAGCCACATTGATTCAGTGTTGACCTACCTTATTCTCAATCATTTGATT
TAGCAATCAAGCGGAAATTCATTTCTCAGCACGGAGACGGGAACATTGGTAAGTTCTGGAAATAGTATGC
AAGGTGTTATTGACAGCCTAAATGAATTATGGAAGAGTATCATCTCGCTCTCTTGATATTCTCAGTTGTT
TTGCAGTTTATTTTCTTCACAGGTGGAATTGTATTCCTAACTCTGATTGTTAATGGATCCACTACCCAAT
TTGTTCTACGCCTTCTTCGTATGGATGGTTTACCAGCCACAAAGGTCAAAATCTTTTCACAGACTTCATT
TCCACTTTAGTATGCAAATTCATGAATCATGATACTGTCATTGGGGTACGAGGGAAATCTGTGGTTAAGT
TCGTGTCAGTCAGTAGTAGCTAGATCATGATTGGCTCCAACAGAACCTGCAACTCTTATCTCGAAATGCT
CAACCCCTTAATTTATTTGAAATTCTCCACTTTTCTTGTTGACAGAAACGAATATTGGAATATACAAAGT
ACGAAATGCTGAACAAGGCCTTGAAAGCATTTCAAGATCTAGGAGACGATGAGGAGCTAGGACCTGCTGA
CTGGTCTACAGTTCAAAATTATATTTCAAGCCTAAAAGATTCAGAAGGGGAACTAGTTCATCCTCACAAT
GGTTCTAAAACTGAAAATCTTGACCCTAAGAGTGTAAAGGACATACGTATACGGTTCTTAAATGGTAGTT
ATGATCATGTACCTTCCAATATTCTTTATTAATTGGCAGATTATTGACACTTTGAAAGTTGGATGAATCA
GGTGTCCAGGCAGCTTACTGGGAGATGCTTGATGAGGGCAGGATATCTGAAAATACTGCTAATATTTTGA
TGCAGTCAGTGGATGAGGCGTTGGATCGGGTGTCTACAGAGTCTTTATGTGACTGGAAAGGTCTAAAACC
GCATGTTAAGTTCCCGAGTTACTACAACTTTCTTCATTCTAAAATTATCCCACGCAAGTTGGTCACATAC
TTTGCTGTCGAAAGACTGGAATCTGCTTGCTACATCTCCGCTGCATTTCTTCGCGCACATACAATTGCAC
GGCATCAATTGTATGACTTTTTAGGTATGTGCAATTCAGATTCTGGATCACACTTTGGAAACTATGAATA
GAAGAAAATTATATGATTGGACCATCTTTGTTGATCTATTAGAGTTTTTGTTTGCAAGTACCTCAACTTA
GTAAGAACAATACTTTCATCCAACCCGCTTTTGTCTCTTAGTTATATATTTTCTCTATCCAGGGGAGAGT
AATATTGGTTCCACTGTAATCAATGAAAGTGAAAGGGAAGGAGAGGCAGCAAAAGAGTTCTTGGAAAAAG
TCCGATCTTCACTTCCTCAGGTTAAGAGTCGTGTCACTTCTTTTGGGTGATTTATCTTTCTCGCGATGAA
TCACATATAATCTTTGATTTGGTTTTTAGGTTCTCCGTGTTGTGAAAACAAAACAAGTAACACATTCAGT
GCTGAATCATTTACTCGATTACATTCAAAACCTTGAGAAGATTGGCTTGTTGGAGGAAAAAGAAATCGCT
CATCTTCATGACGCTGTCCAGGTACCAAAGGAATCCAATTCCTTCAACAAATGGTCCTTTCTCTTTCGTC
TAATGTTATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGCAGACTGGCTTGAA
GAAGCTTTTGAGAAACCCTCCGATAATAAAACTTCCAAAATTGAGCGACATGATCGCCTCACATCCGTTA
TCGGTTGCTCTTCCATCTGCAATATATGAAACTCTAAAACACTCGAAAAAAGAACCAATGAAGCTGCGTG
GTGTCACACTTTATAAAGAAGGCTCAAAGCCAAATGGAGTCTGGCTTATTTTCAATGGCATTGTTAAGGT
AACCCAAAACTTAGTTTTACTTTTAAGTCATAACTTTAAAGATCTATTACATTCTTCATCACTGAATGTG
TTATTATAATCCTACAGTGGAAAAGCAAAAGCTTAAGCAACAATCACTCGCTGCATCCAACTTTTTCTCA
TGGTAGTACGTTGGGACTCTACGAAGTCCTCACCGGGAAGCCATATATGTGCGACATGATTACAGATTCT
ATGGTTCTTTGCGTTTTTATCGATAGCGAAAAAATTCTCTCGATTCTACAAACAGATTCTACTATCGAAG
ATTTCCTTTGGCAGGTACGTCTTTATTGGAATCTATCGAAGAAGAGACTACTCTCTTGATTGTTGATAGC
ATCAACTTCTTTCACTTTTTTGCAGGAAAGTGCATTGGTTCTTCTCAAACTCTTGCGTCCTCAGATATTC
GAAAAAGTGGCAATGCAAGAATTACGAGCACTTGTTTCTGCTGAAAGCTCGAAACGGACAACATATGTAT
CGGGAGAATCAATCGAAATAAATTATAACAACATTGGTTTGTTACTAGAAGGATTCATAAAACCAGTTGG
TATCCAAGAAGAGCTTATAGCATCTCCCGCTGCATTATTACCTTCTAACGGGAATCAAAGCTTCCATAAT
TCATCGGAAGCTTCAGGTAATTAATTGCATAGTACAGAAGAATCAAACCCCTTTTAAAAGTCAGCAAATC
ATTATATCGAATTAAATCAAAACTGTGTTTTGGTTTTTTGACCACAGGTATCATGAGAGTGAGTTTCTCA
CAACAAGCAACACAATACAGTGTAGAAACGAGGGCAAGAGCAATCATCTTCAACATTGGAGCATTTGGAG
CTGATAGGACTCTACATCGAAGACCATCTTCGTTAACACCACCACGTAGCTCAAGCTCTGATCAGCTTCA
GAGATCATTTCGTAAAGAACACAAAGGTCTCATGAGCTGGCCTGAAAGTATTTACAAAGCCAAAGAACAA
GAAGAGATCAACAGAACGGCATTAAGTTTATCTGAAAGAGCAATGCAACTCAGCATTTTTGGCAGCATGG
TGAGAAAAAGATCACAGCTTGAGATTCTTGTAAGATTGTTATCGATGACCTTCTAGACTAACCCGAAGCT
GTTCATCTTTGGATATTCTCAATTAGGTCAATCTGTACAGAAGGAGTGCAAGTTTCGGTGGGATCTATAA
TAAGTCACAAGATAACTTATCGTACAAGAAGCTTCCTTTAAACTCAGCTCAAGGTCTCGTTTCAGCCAAA
TCAGAAAGTTCAATTGTGACCAAGAAGCAGCTTGAAACCCGTAAATATCCGTGTCAGCTTCCTCTGAAAG
CGGAAAGCAGCACAAGGCGAACAATGATGGTTGAATCAAGCGATGATGAAGATGAAGGAATCGTTGTGAG
AATCGATTCTCCGAGTAAAATCGTTTTCAGGAACGATCTATAA

3. Tìm vùng bảo thủ

Sử dụng chương trình Clustal Omega : Clustal Omega < Multiple Sequence Alignment < EMBL-
EBI

Copy đoạn gen bằng ngôn ngữ FASTA vào chương trình Clustal omega
Ra được kết quả

Kết quả
 4. Thiết kế mồi
Vì mẫu EU487184.1 là mẫu cùng chi với đối tượng cần tách nên ta sẽ chọn mạch
này làm khuôn để thiết kế mỗi
Chọn ra các vùng bảo thủ là các đoạn có nhiều sự tương đồng

Mã hiệu: EU487184.1
Chọn 2 vùng bảo thủ:
+ Vùng bảo thủ đầu từ nucleotit 1 - đến nucleotit 20 :
ATGGCGACTGTAATCGACGC
+ Vùng bảo thủ cuối từ nucleotit 3360 đến nucleotit 3400:
GAAGGAATCATTGTGAGGATCGATTCTCCGAGCACAATCG
Sử dụng phần mềm PRIMER BLAST để thiết kế mồi. Copy trình tự gen FASTA
của EU487184.1 vào khung số vị trí nucleotide của 2 vùng bảo thủ đã chọn. Điều
chỉnh các thông số trong PRIMER BLAST ( kích thước sản phẩm PCR, nhiệt độ,..)
cho phù hợp
Primer designing tool (nih.gov)

Kết quả
 5. Tiến hành PCR và so sánh với cơ sở dữ liệu nhờ chương trình BLAST

6. Sử dụng cae 3 cặp môi đề so sánh

Chạy PCR ảo bằng Sequence Manipulation Suite ở mục PCR Product PCR Test
(bioinformatics.org)

Chọn mồi 1 để chạy PCR ảo cho mạch khuôn là EU487184.1

Mồi xuôi: ATGGCGACTGTAATCGACGC

Mồi ngược: GAATCGATCCTCACAATGATTCCT

Cho kết quả

 7. Xác định các tính trạng của đoạn protein sau khi chạy đoạn PCR ảo

Dùng BLAST để chuyển trình tự nu của sản phẩm PCR sang trình tự protein và so
sánh nó các trình tự trên ngân hàng dữ liệu
BLAST: Basic Local Alignment Search Tool (nih.gov)

Kết quả
Sau khi Blast thấy rằng sản phẩm PCR thu được giống cả đoạn mã hóa SOS1 của
cùng giống cải xoăn hoặc của loài khác. Như vậy, khả năng cao đoạn gen đem tách
dòng mã hóa cho tính trạng chịu mặn, nhưng chưa chắc là SOS 1 từ giống cải xoăn