建模过程

[Packmol]
1、准备 inp 文件和 pdb 文件
Inp 文件如下：

Pdb 文件如下：
2、将 inp 文件、pdb 文件和 packmol.exe 放在一个盘，选中 packmol.exe，然后

在 鼠标右键，点“运行”，输入“cmd”，输入“所在的盘+ :（英文输入模
式下的冒号）”后回车，输入“packmol.exe < *****.inp”小于号两侧都有空格，
*****表示所保存的 inp 文件名，回车后等待程序运行，得到新的 pdb 文件，文
件中缺少键、角等拓扑关系，需通过其他方式补齐。

[VMD]
1、将从 packmol 处得到的 pdb 文件拖入 vmd 界面，随后在 extension 中点开 TK
console 这个控制台，输入“topo writelammpsdata *****.data”，一定要在自
己 vmd 软件默认的安装路径中去找已经转换出来的 data 文件。此时的 data 文件
还只是初据规模，通过以下程序在 matlab 中运行。
2、手动更改所需要的红色框框内的参数，即可得到所需要的 data 文件。

[LAMMPS]
1、lammps 需要 data 文件、in 文件和执行的 lmp_serial 文件。
2、手动补全 data 文件后见下图，后面还有很多信息，不一一展开。
3、手写 in 文件，见下图。

4、点击 lmp.exe 文件，然后在 鼠标右键，点“运行”，输入“cmd”，输入“所

在的盘+:（英文输入模式下的冒号）”后回车，输入“lmp.exe < *****.in”小于号两
侧都有空格，*****表示所写的 in 文件名，回车后等待程序运行。
5、得到 dump.lammpstrj 文件，丢入 vmd 即可可视化。

【超算使用】