Professional Documents
Culture Documents
Biokemija Usmeni
Biokemija Usmeni
Općenito je CLK usporen kada ima energije u stanici i važna je opskrba s NAD+ i FAD i iako
kisik ne sudjeluje direktno, može se odvijati samo u aerobnim uvijetima.
ANAPLEROTSKE REAKCIJE: reakcije koje održavaju konstantnu količinu međuprodukata CLK
koji su utrošeni u biosintezi. Izravno povezuju CLK sa metabolizmom UH, AK i masti. Primjeri
anaplerotskih reakcija: pretvorba piruvata u oksaloacetat(sinteza MK), PEP u oksaloacetat,
piruvat u malat, L-metilmalonil CoA u sukcinil CoA(iz propionil CoA iz razgradnja neparnih
MK), razgradnja arginosukcinata u fumarat i arginin(urea ciklus)
Građa i sinteza kolagena: osnovna gradivna jedinica kolagena je tropokolagen koji se sastoji od 3
polipeptidna lanca u heliksnoj strukturi. Tri uzvojnice lijeve ruke čine desni heliks. Zbog velike količine
glicina unutrašnjost uzvojnice je jako zbijena, a stabilizirana je steričkim odbijanjem pirolidinskih
prstena Pro i Hyp te vodikovim vezama među lancima koje su okomite na os štapa. Dodatno je
stabilizirana vodikom vezama koje Hyp tvori s H20 s vanjske strane uzvojnice. Nakon sinteze prolazi
modifikacije kao što su hidroksilacija prolina na C4 i lizina na C5 pomoću enzima prolil/lizil-
hidroksilaza za čiju je aktivnost potrebam Fe2+ i vitamin C i alfaketoglutarat. Hidroksilizin se dalje
može glikozilirati. Tek se onda spajaju u tropokolagen. Termička stabilnost (s time i Tm)
tropokolagenske strukture ovisi o sadržaju iminokiselina, poprečnih vodikovih i WDV interakcija i
hidroksilaciji prolina. Toplinsko djelovanje denaturira uzvojnicu kolagena (kooperativno) i pretvara ju
u želatinu. Sinteza započinje transkpripcijom gena na mRNA za 3 pro-alfa polipeptidna lanca koji se
zatim translatiraju na hrapavom endoplazmatskom retikulumu u preprokolagen. Zatim se sa N kraja
uklanja signalni slijed i dobiva se propeptid. On prolazi proces hidroksilacije na lizinu na C5 i prolinu
na C4 uz enzime lizil/prolil-hidroksilaze (treba Fe2+, vitamin C i alfa-ketoglutarat), a poslije dolazi i do
glikolazacije na hidroksilizinu gdje se dodaje glukoza ili galaktoza. Od takvog propeptida se sastavlja
se trostuka uzvojnica koja je kompaktna u sredini, a na C i N krajevima ima drukčiji slijed AK i
disulfidne veze, odnosno dolazi do stvaranja prokolagena. Odlazi u GA na daljnu obradu i izlučuje se u
izvanstanični matriks. Kolagen peptidaze u matriksu režu C i N krajeve i stvara se tropokolagen.
Tropokolagen se povezuje na specifičan način tako da dolazi do djelomičnih preklapanja 2 lanca što
ostavlja mjesto za djelovanje lizil-oksidaze (metaloprotein, treba Cu2+). Ona na područjima krajeva
Lys stvara kovelntne veze između 2 tropokolagena i time učvršćuje kolagenska vlakna. To mogu biti i
veze unutar istog vlakna tropokolagena. Nastaje aldolna veza između alizina kojima može biti dodan i
histidin. Unakrsne veze su aldolna veza i lizinorleucin. Razgradnja kolagena je bitna zbog
remodeliranja ISM. Kidaju ga kolagenaze koji su metaloproteini i kida se fragmente različitih duljina
na ¼ i ¾ koje dalje stanične proteaze kidaju na određene aminokiseline.
Zašto neko želi uzimat nitrofenol? Myb jer djeluje kao antifungicid.
15. Koja svojstva Hb određuju transport kisika i CO2?(pH, pCO2, bohrov efekt, 2,3-bpg), objasnit
grafove, kooperativnost, kako se šta veže na Hb.
Kisik se za Hb veže na 6. koordinativno mjesto i takav oblik se naziva oksihemoglobin.
Vezanje prve molekule potiče vezanje druge molekule i tako dalje…to ukazuje na
kooperativnost i krivulja zasićenosti hemoglobina kisikom u ovisnosti i parcijalnom tlaku
kisika je sigmoidalna. Vezanjem kisika Hb se iz tense state prebacuje u relax state. Zbog
kooperativnosti procesa dolazi do prijenosa promjene konfomacije između podjedinica, ne
samo na 1 dimeru. Konformacija se događa jer se vezanjem kisika kidaju elektrostatske
veze koje drže deoksiHb u napetom stanju. T oblik ima 300x manji afinitet za kisik od R
oblika. Kooperativnost procesa vrijedi i za otpuštanje kisika. Kooperativnim vezanjem
kisikom se povećava prijenos kisika. Na vezanje kisika utječe nekoliko faktora.
a) pH i koncentracija H+: snižen pH, odnosno povećana koncentracija H+ označava da se
tijelo nalazi u stanju acidoze i da mora doći do povećane isporuke kisika. Zato se
smanjuje afinitet za kisik i dolazi do lakše isporuke. Krivulja se pomiče udesno
hemoglobin djeluje kao pufer jer prima višak H+ na sebe (na His, Cys i terminalnu
amino-skupinu) što uzrokuje prelazak u T stanje (koje ima manji afinitet za kisik).
Ukrućivanje je posljedica protoniranja histidina koji stvara H vezu a Asp u beta lancu.
b) CO2: veže se na terminalne amino skupine Hb, što smanjuje afinitet Hb za kisik(nastaje
karbaminohemoglobin). Može se vezati za deoksiHb velikim, ili oksiHb malim
afinitetom. CO2 se prenosi u obliku karbamata. U toj pretvorbi se oslobodi H+ koji se
opet pomoću Hb puferski uklanja. Krivulja se pomiče udesno.
c) BPG: veže se za beta podjedinice deoksiHb i time ukrućuje njegovu strukturu, dolazi do
smanjenja afiniteta za kisik. Jako je negativan i veže se za pozitivna mjesta kao npr. Lys,
Hys i NH4+. fetalni hemoglobin nema beta lance pa slabije veže 2,3-BPG. Takoder
pomiče krivulju udesno.
Utjecaj BPG na pH: ako ima malo 2,3-BPG u eritrocitima dolazi do acidoze, ako ima
puno javlja se alkaloza.
d) Fetalni Hb ima visok afinitet za O2 i dolazi do prijenosa O2 s majke na dijete. Krivulja se
pomiče ulijevo
e) Hb ima veći afinitet za CO nego O2 što znači jače veže CO. On se veže ukoso zbog
steričkih smetnji distalnog His. kaboksiHb ne može otpustiti O2 tkivima, krivulja se
pomiče ulijevo.
Veći afinitiet je na krivulji iskazan tako da je pri istom zasićenju parcijalni tlak kisika veći.
16. Kako smanjena aktivnost piruvat kinaze i heksokinaze djeluju na afinitet hemoglobina za
kisik (2,3-bpg ključan)?
Smanjena aktivnost piruvat kinaze onemogućuje posljednji korak glikolize (pretvorba PEP-a
u piruvat). Dolazi do gomilanja međuprodukata do tog koraka, među njima je i 2,3_BPG.
Povećanja konc 2,3-BPG smanjuje afinitet Hb za kisik. Smanjena aktivnost heksokinaze
smanjuje mogućnost zadržavanje glukoze u stanici i procesa glikolize. Smanjuju se
međuprodukti i među njima je 2,3-BPG, pa se time povećava afinitet za O2.
Sinteza: Glikogen služi kao spremište glukoze u jetri ili mišićima. Kada glukoza uđe u stanicu
bude fosforilirana na C6. pomoću enzima fosfoglukomutaze bude pretvorena u G1P, ali je
energija esterske veze premala da bi išla i daljnje reakcije. Mora se aktivirati pomoću UTPa.
Uz enzim UDP-glukoza pirofosforilaza se sa UTPa prebacuje uridinmonofosfat i stvara se
UDP-glukoza koja sada ima visoku energiju esterske veze. Pri tome se oslobađa PPi i upravo
njegova hidroliza je ono što preteže ravnotežu u smjeru stvaranja UDP-glukoze. Hidrolizira se
pomoću anorganske pirofosfataze. Za sintezu glikogena je potrebna klica koju stvara
glikogenin jer ima svojstvo samoglukozilacije.
UDP-glukoza donira glukozu koja se veže za glikogenin. Dodana glukoza se na reducirajućem
kraju svojim C1 atomom povezuje s OH skupinom tirozinskog ostatka u svakoj od dvije
podjedinice glikogenina (C1-O Tyr). Dalje se iduća glukoza povezuje preko svog C1 atoma na
reducirajućem kraju s C4 atomom na nereducirajućem kraju prvog glukoznog ostatka koji je
povezan za glikogenin . Na taj način se formira oligosaharidni lanac s 8-10 glukoznih ostataka
povezanih α-1,4-vezom u linearni lanac koji predstavlja supstrat za enzim glikogen-sintazu (to je
klica!) .Tek nakon formiranja klice, tj. polisaharidnog lanca od barem 8 glukoznih ostataka koji
predstavlja supstrat za glikogen-sintazu, dolazi do reakcije koju katalizira glikogen-sintaza, a radi
se upravo o prijenosu glukoze s UDP-glukoze na tu klicu (na nereducirajući kraj) uz stvaranje α-
1,4-veze čime se glikogenski linearni lanac produžuje za jedan glukozni ostatak.
premješta se skupina od 6-8 glukoznih ostataka koja mora sadržavati nereducirajući kraj i mora
potjecati od glikogenskog linearnog lanca dugog bar 11 glukoznih ostataka . skupina od 6-8
glukoznih ostataka se premješta na drugi linearni lanac uz stvaranje α-1,6-veze čime nastaje
novo mjesto grananja. Novonastalo mjesto grananja mora biti bar 4 glukozna ostatka udaljeno
od nekog drugog mjesta grananja (između 2 mjesta grananja trebaju biti 3 glukozna ostatka.
Kako bi regenerirali UTP koji je potreban za aktivaciju glukoze koristimo ATP i nastali UDP uz enzim
nukleozid difosfat kinazu.
Glikogen je kao spremište energije jako efektivan zbog mogućnosti fosforolitičkog kidanja
glukoze pri čemu se ne mora trošiti ATP da ju se zadrži u stanici. Uspješnost skladištenja je
97% zbog toga što se ATP troši samo na mjestima grananja, a to je na svakih 10 mol Glc.
Ako iz jedne Glc dobijemo 36 ATPa, a utrošak je 1/10 ATPa po glukozi.
Može se i reducirati u acetaldehid i onda u glicerol ili pretvorit u laktat u anaerobnoj glikolizi. Može se
pretvorit u oksaloacetat za GNG.
H2O2 KATALAZA
→
O2 + H2O
33. Glavni izvor E spermija, reakcija nastajanja fruktoze, u kojim još tkivima imamo
metabolizam fruktoze i razlike?
Fruktoza se u organizam unosi kao monosaharid ili u obliku disaharida saharoze kojeg
enzim saharaza cijepa na glukozu i fruktozu. U mišićima i masnom tkivu se pomoću
heksokinaze pretvara u fruktozu-6-P i dalje uključuje u metabolizam glukoze. U jetri i
bubrezima fruktoza koja uđe u stanicu se fosforilira u F1P pomoću fruktokinaze koji ima
visoki afinitet za fruktozu. Zatim se uz enzim fruktoza-1-fosfat aldolazu B cijepa na DHAP i
gliceraldehid koji se trioza kinazom fosforilira u G3P. zatim G3P i DHAP idu u glikolizu. Ovim
načinom preko frukotza-1-P aldolaze B i trioza kinaze se zaobilazi reakcija koja uključuje
FFK1, a pošto je to regulatorni enzim preskakajne ovog koraka ubrzava reakciju.
Gliceraldehid nastao u jetri se ne mora pretvoriti u G3P. može se i reducirati u glicerol uz
alkoholnu DH ili oksidirati u glicerat uz aldehid DH.
Bolesti u metabolizmu fruktoze: ako je prekomjerna brzina razgradnje fruktoze jer nema
regulatornog enzima FFK1 razvija se acidoza. Deficit aldolaze B označava nepodnošljivost
prema fruktozi. Zbog povećanja F1P se aktivira GK u jetri i pojačana je glikoliza koja razvija
acidozu i koja troši Pi i dolazi do poremećaja u metabolizmu ATPa (smanji se konc). Ako je
deficit fruktokinaze javlja se esencijalna fruktozorija jer fruktozu nije moguće zadržati u
stanici.
Glavni izvor energije za spermije je fruktoza, ona nastaje iz glukoze u sjemenim
mjehurićima. Ali na membrani spermija se nalazi GLUT5 koji je prvenstveno prijenosnik za
fruktozu i oni ju mogu metabolizirati do CO2 i 36ATPa. Metabolizam se razlikuje od onog u
jetri i naziva se sorbitolni put. Prvo uz aldoza reduktazu glukoza prelazi u sorbitol, zatim uz
sorbitol DH u fruktozu. Neka tkiva kao npr. Leća i mrežnica oka ili živčane stanice nemaju
sorbitol DH i dolazi do nakupljanja sorbitola koji zbog promjenje osmotskih uvijeta navlači
H2O i uzrokuje kataraktu i druge problemešećerna bolest.(aldolza reduktaza ima mali
afinitet za glukozu)
35. Glukoneogeneza.
Kada razina Glc u krvi padne održavanje normoglikemije ovisi o procesu de novo sinteze
Glc iz ne UH izvora koji se zove glukoneogeneza. To je tkivno specifičan proces koji se
najviše odvija u jetri, ali i u korteksu bubrega i tankom crijevu. Najvažniji izvori za sintezu
glukoze su laktat, glicerol, fruktoza, većina AK (osm Lys i Leu)propionil CoA, a glavne ulazne
točke su piruvat, oksaloacetat, DHAP. To nije izravni obrat glikolize što je logično jer se ne
mogu istodobno odvijati 2 procesa u stanici. One reakcije koje su u glikolizi ireverzibilne su
zamijenjene. Obrat reakcije katalizirane piruvat kinazom se odvija u 2 koraka. Prvo je
karboksilacija piruvata u oksaloacetat uz enzim piruvat karboksilaza koja kao prostetsku
skupinu ima biotin. Karboksibiotin djeluje kao aktivni prijenosnik CO2. zatim slijedi
simultana dekarboksilacija i fosforilacija koju katalizira enzim fosfoenolpiruvat-
karboskikinaza i dobije se PEP. Energiju za sintezu osigurava GTP. Ovo je mjesto gdje se
GNG koja je započeta u mth nastavlja u citosolu. Imamo 3 moguće opcije za prijenos
oksaloacetata preko membrane mth. Najčešći je u obliku malata. U matriksu se uz enzim
NADP-vezana malat DH pretvori u malat, prijeđe kroz membranu i u citolu se malat uz
enzin NAD+ vezani malat DH vrati u oksaloacetat. Može se aminirati u aspartat koji ima
svoj prijenosnik u membrani, a te promjene se odvijaju uz aspartat amiotransferazu.
Zadnja opcija prijelaza je da se pretvori u PEP u matriksu jer PEP jer
fosfoenolpiruvat.karboksikinaza postoji i u citosolu i u mth i PEP prolazi kroz membranu
pomoću svojih prijenosnika. Obrat reakcije katalizirane FFK1 se odvija djelovanjem
fruktoza-1,6-bisfosfataze koja hidrolitički skida Pi. Obrat reakcije koju katalizira
heksokinaza je takoder u hidrolitički enzim glukoza-6-fosfataza koja oslobađa glukozu i Pi.
Ovaj enzim je jako tkivno specifičan i ne nalazi se u mišićima i mozgu nego samo u jetri,
bubrezima i crijevima. Ta reakcija se ne odvija u citoslou nego na membreni ER, a aktivno
mjesto enzima je na luminalnoj strane ER. Sastoji se od više proteina i mehanizam
prijenosa je da SP protein odgovoran za stabilizaciju aktivnosti glukoza-6-fosfataze, a
ovisan je o Ca2+. T1 je prijenosnik za G6P koji ju ubacuje u lumen gdje se ona uz molekulu
vode cijepa, T2 za Pi, a T3 za Glc koji ta 2 produkta vraćaju u citosol. Za GNG i 2 mol
piruvata su potrebna 2ATPa za karboksilaciju piruvata u oksaloacetat, 2GTPa za
fosforilaciju u oksaloacetata u PEP, 2ATPa za fosforilaciju G3P i 1,3-BPG.
Regulacija GNG: ona je recipročna regulaciji glikolize. Piruvat-kinaza je regulirana
alosterički acetilomCoA koji je pri visokoj konc aktivator i signal da je stvaranje
oksaloacetata potrebno. Ovisno o količini ATP-a stvoreni oksaloacetat će ići ili u GNG ako je
puno ATPa ili u CLK ako je malo ATPa. Osim piruvata kinaze alosterički mogu biti regulirana
i F-1,6bisP koju aktiviraju ATP i citrat ili inhibiraju AMP i F-2,6-BP. Intenzitet GNG ovisi o
raspoloživosti supstratima, alosteričkoj aktivaciji ili hormonima. Oni mogu mijenjati
količinu sinteze enzima ili aktivnost enzima. Glukagon općenito potiče GNG jer se izlučuje
kada je konc Glc u krvi niska i potrebno ju je nadomjestiti, a inzulin ju inhibira jer se luči u
stanjima visoke konc Glc u krvi i želi se unijeti u tkiva.
Prokarioti:
Replikacija kod prokariota započinje na specifičnom mjestu(origim of
replication).Djelovanjem DNA helikaze DNA se odmotava do 180 stupnjeva od mjesta
ishodišta(DnA prokariota je kružna) i stavaraju se 2 replikacijske rašlje. Vezanje SSB(ss DNA
vezni proteini) spriječava ponovno spajanje lanaca. Zatim se veže primaza koja sintetizira
RNA klicu duljine oko 8 nukleotida. Glavi enzim replikacije je DNA polimeraza III koja
dodaje nukletide na 3' kraj klice. DNA pol III sadrži protein koji se zove stezaljka i služi za
učvršćivanje kako se nebi nakon dodavanja svakog nukleotida odspojila. Sinteza vodećeg
lanca se odvija kontiunuirano dodavanjem nukleotida u 5'3' smjeru. Zbog
antiparalelnosti lanaca drugi lanac(tromi) se sintetizira diskontinuirano u Okazzakijevim
fragmentima.DNA Ligaza spaja Okazakijeve fragmente(aktivira se NAD+om) Za početak
svakog segmenta se ukloni DNA polimeraza i napravi nova klica pomoću primaze, a to je
otprilike svakih 1000 nukleotida. Na taj način se dodaju nukleotidi u 5'3' smjeru jer je to
jedina polimerazna aktivnosti koju DNA polimeraza III ima. DNA polimeraza I nakon
uklanjanja RNA klica popunjava šupljine, a DNA ligaza spaja krajeve. To je moguće jer
jedino DNA polimeraza I ima 5'3' egzonuklearnu aktivnost (uz 3'5' egzonuklearnu
aktivnost koja služi za popravljanje pogrešaka nastalih tokom replikacija).
Eukarioti: eukariotska replikacija je slična, ali je razlika u tome što postoji više izvorišta
replikacije, tj. oriC. DNA helikaza razdvaja lance DNA i to bidirekcijski dok replikacijske
rašlje ne dođu do kraja kromosoma. DNA polimeraza alfa započinje replikaciju te ima
sposobnost primaze,tj. Sinteze klice. Nakon dodatka tog određenog broja nukleotida,
njezina aktivnost se zaustavlja, a kompleksu se pridružuje klizna stezaljka koja ostvaruje
interakciju s DNA te privlači DNA pol delta koja ima ulogu DNA polimeraze III. No ona
nema sposobnost skidanja klica, to rade ribonukleaze, a zadnju klicu na 5' kraju skine flap
endonukleaza. Šupljine koje nastaju uklanjanjem klice (jedna klica u vodećem i više klica za
svaki Okazakijev fragment u tromom lancu) popunjavaju se polimeraznom aktivnošću DNA-
polimeraze δ. Nakon popunjavanja šupljina u tromom lancu, na red dolazi DNA-ligaza koja
povezuje Okazakijeve fragmente.
58. Transkripcija.
Transkripcija je proces prepisivanja molekule DNA na mRNA.
Prokarioti: potreban je enzim koji se zove RNA polimeraza i on je holoenzim koji je
sastavljen od srži enzima i sigma podjedinice. Sigma podjedinica je odgovorna za
pronalazak i vezanje za promotorske regije DNA, odnosno slijed TATAAT koji se nalazi 10
mjesta nizvodno od početka transkripcije(ili na -35 TTGACA). RNA polimeraza se veže na
lanac DNA koji je kalup lanac i odmotava ga. Taj lanac ide od 3'5' smjeru kako bi se
mRNA mogla sintetizirati po principu komplementa u 5'3' smjeru. Transkript je
istovjetan kodirajućem lancu uz preinaku da se umjesto T nalazi U. početkom dodavanja
nukleotida sigma podjedinica disocira. Započinje elongacija u kojoj RNA polimeraza dodaje
nukletide na 3' kraj lanca. Terminacija se može odviti na 2 načina. Pomoću Rho faktora koji
pretražuje transkripit u 5'3'smjeru tražeći područja bogata sa C i siromašna G i na taj
način istisne RNA polimerazu da 3' kraja i uzrokuje disocijaciju mRNA lanca. Može biti i
samoinicirajuća kada RNA polimeraza naiđe na formaciju DNA ukosnice bogate G-C
područjima iza čega slijed A.T područje.
Eukarioti: sadrže 3 RNA polimeraze. Razlikuju se po vrsti RNA koje sintetiziraju i njihovom
smještaju. U jezgrici je RNA pol I koja sint rRNA(18, 5,8 i 28 S), a RNA pol II (mRNA,snRNA,
mikroRNA) i pol III (tRNA) su u nukleoplazmi. RNA pol II obavlja većinu transkripcije. RNA
polimeraze kod eukariota ne prepoznaju promotorske sljedove (TATA) nego to rade
transkripcijski faktori. TFIID se veže na TATA slijed. Na sebi ima TBP koji pomaže vezanju.
Zatim se veže TFIIB koji zapravo veže RNA polimerazu II. Uz TFIIF i druge faktore se veži i
TFIIH i TFIIE koji ima kinaznu aktivost i fosforiliranje C podjedinice RNA polomeraze počinje
inicijacija. Cijeli ovaj proces zahtijeva ATP. Elongacija se odvija dodavanje
deoksiribonukleotida po principu komplementa na 3' kraj transkripta. Proces se odvija dok
se ne dođe do terminaicijskog slijeda.
59. Aminoacil-tRNA.
Proces translacije mora započeti aktivacijom AK. Enzim koji to omogućuje je aminoacil tRNA
sintetaza. Za točnu translaciju mora biti ispunjena 2 uvijeta, a to je da se ispravna AK pokupi i
bude sparena sa svojom tRNA, i zatim da se točnom kodon-antikodon interakcijom ugradi u
polipeptidni lanac. Jedini odlučujući faktor je kodon-antikodon interakcija, ako se kriva AK
poveže ili se kasnijom mutacijom pretvori u neku drugu AK krivo će se ugraditi. Najprije se AK
poveže sa ATPom pri čemu se oslobađa PPi i nastane aminoacil-adenilat. Vezani su preko
COO- sk AK i posfata na C5 riboze. Zatim dolazi tRNA i veže AK na OH sk. Na 3 crtica kraju(ima
slijed CCA). aatRNA sintetaza čita antikodonski slijed tRNA i zna koja AK treba biti sparena, a
ima editing site koje provjerava tu točnost. Teorija o kolebljivoj bazi: prva 2 para kodon-
antikodon para sparuju po principu komplementarnosti, a treći par je kolebljiv . Za prva 2 para
kodon-antikodon postoji provjera komplementarnosti na ribosomu, a za treci ne.
60. Ribosomi.
To je mjesto na kojemu se proteini sintetiziraju. Oni su građeni od proteina i rRNA.
Razlikujemo eukariotske od prokariotskih. Ekuariotski zajedno čine 80S od 40S (18rRNA) i 60S
(5rRNA, 5,8 rRNA, 28 rRNA), a prokarioti 70S od 30S (16 rRNA) i 50S (5 rRNA, 23 rRNA). U
posttranskripcijskoj modifikaciji rRNA razlikuje se to što se kod prokariota oni sintetiziraju kao
1 transkripit, zatim oslobode i posebno modificiraju. Kod eukariota se 3 od 4 sintetiziraju
zajedno, preuređuju i postepeno otpuštaju uređeni transkripti.
Imaju speficična mjesta za vezanje trna:
Eukarioti:
Inicijacija faktori 3, 1, i 1A se vežu na 40S. nakon toga se veže mRNA kompleksirana sa svojim
faktorima i Met-tRNA nošena IF2 koji je kompleksiran sa GTPom. Ribosom pretražuje mRNA
kako bi našao AUG za što koristi hidrolizu ATPa kao izvor energije. Od linearne mRNA se
napravi kružna i takvo traženje odnosno klizanje po mRNA je jako energetski zahtjevno. Kada
je AUG identificiran IF5 urokuje hirolizu GTPa i disocijaciju faktora, a 60S se združuje.
Elongacija je ista kao kod prokatiota uz drukčije nazive faktora alfa, betagama i 2. A kod
terminacije je jedina razlika što eRF1 prepoznaje sva tri stop kodona.
R5P> histidin
Služi kao mehanizam kontrole transkripcije gena kod prokariota. On regluira ekspresiju beta
galaktozidaze koji laktozu kida na glukozu i galaktozu. Sadrži kontrolno mjesto se sastoji od
promotorskog i operatorskog mjesta. Promotorsko (inicijacijsko) mjesto prepoznaje σ
podjedinica holoenzima RNA polimeraze, a na operatorsko mjesto se može vezati protein koji
stimulira ili ometa ekspresiju strukturnih gena. Sadrži i strukturne gene za galaktozidazu,
permaeazu(unosi laktozu i jos neke spojeve koje treba detoksiCIRATI) i
transacetilazu(detoksicira spojeve unesene s permeazom). CAP je pozitivni regulator, a
laktoza represor je negativni regulator lac operona. Laktoza represor se mozže vezati za
operatorsko mjesto i inhibirati djelovanje RNA polimeraze i sintezu strukturnih gena. cAMP
se može vezati na CAP ili CRP koji svojom dimerizacijom može aktivirati RNA polimerazu i time
stimulirati transkripciju u odsutnosti represora.
Trp operon koji može biti regluliran na dva načina. Ali poznatiji je ovaj. Trp operon se sastoji
od regulatornih i strukturnih gena. Promotorska regija regulira razinu transkripcije, a 5 strukturnih
gena se transkribira kao jednistvena mRNA. Između promotora i strukturnih gena se nalaze 4
domene koje se mogu složiti u 3 različite petlje. Sparivanje domene 1 i 2 uzrokuje pauzu, 2 i 3
označava antiterminaciju koja dozvoljava transkripciji da se nastavi i 3 i 4 koja zaustavlja
transpkripciju. Pošto su kod prokariota transkripcija i translacija istovremeni procesi, položaj
ribosoma u translaciji je bitan za transkripciju. Nakon transkripcije 1 i 2 stvori se petlja koja zaustavi
daljnu transkripciju i omogućuje ribosomu da ju dostigne. U niskoj razini triptofana ta petlja se ukloni,
ribosom dođe na domenu 1 čija je translacija spora i sada se domena 2 i 3 stvore u petlju koja je
antiterminacijska što znači da se translacija može nastaviti. Ako ima dovoljno triptofana, Trp se može
vezati na Trp represor pa ce mu se konformacija promijeniti pa se moze vezati za operator. onda se
ribosom brzom translacijom prođe domenu 1 jer nema kodona za triptofan, zaustavlja na domeni 2, a
3 i 4 tvore petlju koja je terminacijska i zaustavlja se transkripcija.
66. BER
Base excision repair, popravak oštećene baze DNA. Započinje na način da se ukloni oštečena
baza. DNA glikozilaze kidaju glikozidnu vezu kojom je oštećena baza vezana na deoksiribozu-
nastaje abazično mjesto (apurinsko ili apirimidinsko, AP) = mjesto bez baze (postoji šećer). AP
mjesta mogu nastati i spontanom hidrolizom glikozidne veze.AP endonukleaza prepoznaje
abazična mjesta i uklanja deoksiribozu te nekoliko okolnih ostataka . Nastala šupljina se
popunjava neoštećenim nukleotidima pomoću DNA polimeraze I (prisutna kod prokariota)
krajeve popunjene šupljine povezuje DNA ligaza
67. NER
Nucleotide excision repair ili popravak oštećenja nukleotida. Kod čovjeka najvažniji
mehanizam popravka oštećenih nukleotida oštećenih UV zračenjem ili dimom duhana.Način
rješavanja timidilat dimera (UV zračenje).Nekoliko proteina prepoznaje oštećeno mjesto i
dolazi do izrezivanja nukleotida na mjestu oštećenja. Kod prokariota (E. coli) ti su proteini UvrA,
UvrB i UvrC . nastala šupljina se popunjava neoštećenim nukleotidima pomoću DNA polimeraze
I. Krajeve popunjene šupljine povezuje DNA ligaza
kseroderma pigmentozum = nasljedna bolest uzrokovana genetski defektnim NER-om
• javlja se nesposobnost kožnih stanica da poprave oštećenja uzrokovana UV zračenjem
osobe su osjetljive na dnevno svjetlo (UV zračenje)
• u djetinjstvu: suha koža, pjegavost i keratoza (vrsta tumora kože)
• kasnije: česta pojava tumora s fatalnim ishodom
68. Mismatch
MMR ispravlja bilo koje pogrešno sparivanje baza nastalo tijekom replikacije. Može popraviti i
oštećenja poput insercije i delecije do četiri nukleotida .Defekti u MMR-u rezultiraju visokom
pojavnošću raka. Kod E. coli MMR uključuje tri proteina: Mut S, MutL i MutH. MutS i MutL su
važni za prepoznavanje pogrešno sparenog nukleotidnog para. MutL se veže na MutS(prvi se
veže na oštećenu bazu) i nastaje kompleks MutS2-MutL2. Kompleks MutS-MutL aktivira protein
MutH (endonukleaza). Protein MutH kida fosfodiestersku vezu u nemetiliranom lancu u kojem
se nalazi pogreška čime se uklanja niz nukleotida prije i nakon mjesta pogreške. Može razlikovati
dva lanca DNA i vršiti popravak na nemetiliranom novosintetiziranom lancu
. Ovo je moguće kod prokariota jer novoreplicirana DNA nije metlirana, a roditeljska je. Kod
eukariota to prepoznavanje nije moguće.
Riboswitch je mjesto na mRNA za koje se aptamer veže jer konformacijski odgovara takvom
metabolitu i kada je ono prazno transkripcija se normalno odvija.
Aptameri su metaboliti koji kada se vežu na mRNA inhibiraju transkripciju vlastitih gena
promjenom konformacije mRNA.
Npr vezanje TPP na mRNA
70. Što znači da je genski kod univerzalan?
Postojanje univerzalnog genetskog koda ukazuje na zajedničko poreklo svih živih bića
na Zemlji. To implicira da su se svi organizmi razvili iz zajedničkog pretka i da je
genetski kod nastao pre mnogo miliona godina kao osnovni mehanizam prenosa
nasleđa. Iako postoje neke varijacije i izuzeci u genetskom kodu, osnovna struktura i
principi ostaju univerzalni za sve organizme.