Machine Translated by Google

JMRC/V3/I1/2023/ISSN 2349-9257

Biến thể di truyền trong quần thể tự nhiên của Mystus gulio

Rajkumar Guchhait1 * Sukhendu Maity2 , Atanu Meyta1 , Subhamoy Das1

1Khoa Động vật học, Đại học Mahishadal Raj, Purba Medinipur, WB
2
Đơn vị Nghiên cứu Sinh học Tích hợp, Khoa Khoa học Đời sống,

Đại học Tổng thống, Kolkata

*E-mail: r.guchhait001@gmail.com

Tóm tắt: Cá da trơn râu dài, Mystus gulio là một trong những loài cá quan trọng ở vùng cửa sông
cũng như nước ngọt. Nó đã được phân phối khu vực địa lý rộng lớn. Do hương vị thơm ngon, nó rất
phổ biến ở miền đông Ấn Độ và Bangladesh. Biến thể di truyền được ước tính trong số 29 trình tự
của ba quần thể Mystus gulio ie, Tamilnadu (n = 15), Bangladesh (n = 13) và Tây Bengal (n = 2) sử
dụng giải trình tự gen COI. Ở quần thể 1, tổng chiều dài liên kết là 696 cặp cơ sở (bao gồm cả
các vị trí có khoảng trống/thiếu dữ liệu ) chứa 577 vị trí đơn hình và 45 vị trí đa hình với tám
kiểu đơn bội. Trong quần thể 2, tổng độ dài căn chỉnh của trình tự COI là 846 cặp cơ sở (bao gồm
các vị trí có khoảng trống/dữ liệu bị thiếu) chứa 487 vị trí đơn hình và 21 vị trí đa hình với 9
haplotypes. Đa dạng haplotype (Hd) và đa dạng nucleotide (π) của quần thể 1 là 0,8901± lần lượt
là 0,063 và 0,02043 ± 0,0062. Độ đa dạng haplotype (Hd) và độ đa dạng nucleotide (π) của quần thể
2 lần lượt là 0,8718±0,052 và 0,01023±0,0025. Khoảng cách di truyền giữa ba quần thể thay đổi từ
0,00 đến 7,3%. Kết quả của các mạng haplotype có thể giúp đưa ra các quyết định bảo tồn và quản lý
nghề cá của loài này.

Từ khóa: Mystus gulio, COI, cấu trúc quần thể, đa dạng di truyền

1. Giới thiệu:

Mystus gulio còn được gọi là cá trê râu dài. Có thông tin cho rằng loài cá này sống

chủ yếu ở nước lợ nhưng cũng có thể được tìm thấy ở nước ngọt (Talwar và Jhingran,

1991). Có tài liệu cho rằng chúng cũng được tìm thấy ở beels, haors, kênh rạch, hồ oxbow,

sông và cửa sông của Bangladesh (Shafi và Quddus, 2001). Nó đã được báo cáo rằng điều này

cá phân bố ở Ấn Độ, Sri Lanka, Indonesia, Bangladesh, Java, Pakistan, Nepal,

Myanmar và Malaysia (Day, 1878; Talwar và Jhingran, 1991; Roberts, 1993; Jhingran,

1997; Kottelat, 2001; Senarathne và Pathiratne, 2007; Weber và de Beaufort, 1913). Bởi vì

hương vị thơm ngon của nó, nó rất phổ biến ở miền đông Ấn Độ và Bangladesh (Tripathi, 1996; Sarker

và cộng sự, 2002). Loài cá này cũng được báo cáo là một loài cá cảnh (Ng, 2010; Gupta và Banerjee,

2014).

Phân tích sự biến đổi di truyền đã giúp ích cho việc quản lý và bảo tồn thích hợp

của bất kỳ dân số tự nhiên nào (Mukhopadhyay và Bhattarcharjee, 2014). Sự đo lường của

33
Machine Translated by Google

JMRC/V3/I1/2023/ISSN 2349-9257

cấu trúc quần thể và sự biến đổi di truyền có thể được phân tích bằng các chỉ thị phân tử (Deepak

và Harikrishnan, 2016). Cytochrom c oxidase I (COI), một gen ty thể hoạt động như một

dấu hiệu phân tử quan trọng để xác định các sinh vật và liên quan chặt chẽ của chúng

loài (Abbas et. al., 2018). Đây là một phương pháp quan trọng để quản lý nghề cá

(Shen và cộng sự, 2016).

Loài này phân bố ở những khu vực địa lý rộng lớn. Vì vậy, chúng tôi cho rằng nên có

sự hiện diện của các phân nhóm khác nhau. Nghiên cứu này nhằm mô tả cơ cấu dân số và

đa dạng di truyền của M. gulio bằng cách sử dụng cytochrom c oxidase I (COI) từ ba loại khác nhau

các vị trí địa lý. Nghiên cứu này sẽ cung cấp thông tin cơ bản về việc ra quyết định cho

chiến lược quản lý và bảo tồn nghề cá đối với loài này.

2. Phương pháp:

Đối với nghiên cứu này, chúng tôi đã chọn gen cytochrom c oxidase I (COI). Tổng cộng có 29 gen COI

trình tự của Mystus gulio đã được lấy từ cơ sở dữ liệu của Ngân hàng Gene (Bảng 1). Ngoài 30

trình tự gen, 15 là từ Tamil Nadu, 13 là từ Bangladesh, và 2 là từ

dân số Bengal Mystusgulio . Căn chỉnh nhiều trình tự được thực hiện bởi Clustal X2

phần mềm (Thompson và cộng sự, 1997). Các chỉ số đa dạng di truyền (số haplotype, haplotype

đa dạng và đa dạng nucleotide) đã được phân tích bởi DnaSP6 (Librado & Rozas, 2009; Jose et

al., 2021) phần mềm. Cấu trúc dân số (mạng haplotype) được phân tích bởi PopArt.

Phân tích khả năng tối đa (ML) với MEGA 11 đã được sử dụng để ước tính khả năng phát sinh loài

mối quan hệ giữa haplotypes và 1000 giả giả bootstrap đã được thực hiện để

xác định các giá trị hỗ trợ nút cho phát sinh loài kết quả (Kumar, Stecher, & Tamura,

2016). Độ phân kỳ giữa các loài cụ thể được đo bằng ma trận khoảng cách K2P (Jose et al., 2021)

Bảng 1. Số lần gia nhập trình tự gen COI của Mystusgulio lấy từ NCBI(Gene

Ngân hàng).

Khu vực số gia nhập

tamilnadu MK902732, MK902728, KF824815, KC595988, KF824814, KF824813,

KF574791, KF574789, FJ384684, KF574790, KF574792, KP316241,

MK681762, MK359910

34
Machine Translated by Google

JMRC/V3/I1/2023/ISSN 2349-9257

Băng-la-đét MN458398, MF611594, MK572350, MK572346, MK572348,

MK572347, MK572345, MK572349, KX455905, MN083111,

MK995086, MF611595, KX455898

Tây Bengal KF511564, KJ959643

3. Kết quả:

Mười kiểu đơn bội mtDNA đã được tìm thấy trong 29 mẫu từ Tamilnadu, Tây Bengal và

Bangladesh (hình 2). Haplotype 1 đã được chia sẻ trong cả ba khu vực địa lý như

Tamilnadu, Tây Bengal và Bangladesh. Haplotype 4 được tìm thấy ở Tamilnadu và

dân số Bangladesh. Haplotypes 7, 8, 9 và 10 là những haplotypes duy nhất chỉ được tìm thấy

Dân số Băng-la-đét. Haplotypes 2, 3, 5 và 6 cũng là những haplotypes duy nhất chỉ được tìm thấy ở

dân số thần bí Tamil Nadu.

Hình 1. Mạng liên kết trung bình của các kiểu đơn bội ty thể được lấy mẫu từ Mystus gulio ở

Tamilnadu (TN), Tây Bengal (WB) và Bangladesh (BD). Các haplotypes có màu sắc–

được mã hóa bằng dân số lấy mẫu, với kích thước tỷ lệ thuận với số lượng cá thể

35
Machine Translated by Google

JMRC/V3/I1/2023/ISSN 2349-9257

được lấy mẫu với haplotype đó. Mỗi dấu nở hoặc vòng tròn màu đen giữa các haplotypes

tương ứng với sự thay thế nucleotit.

Ở dân số Tamil Nadu, Bangladesh và Tây Bengal, trình tự 14, 13 và 2 COI

đại diện cho các quần thể 1, 2 và 3 tương ứng. Trong quần thể 1, tổng chiều dài căn chỉnh

là 696 cặp cơ sở (bao gồm cả các trang web có khoảng trống/thiếu dữ liệu) chứa 577 đơn hình

và 45 vị trí đa hình với tám haplotypes. Haplotype 1 chứa 3 cá thể

(MK572350, MK572346 và MK572349). Bốn cá nhân (KF574792, KF574790,

KF574789 và KF574791) được tìm thấy ở haplotype 2. Haplotype 3 chứa hai

cá nhân (MK572347 và MK572348). Haplotypes 4, 5, 6, 7 và 8 được đại diện bởi

một cá nhân của mỗi (MK572345, KF214302, KF824813, KX455905 và MN458398)

tương ứng. Đa dạng haplotype (Hd) và đa dạng nucleotide (π) của quần thể 1 là

lần lượt là 0,8901±0,063 và 0,02043±0,0062. Trong quần thể 2, tổng số trình tự COI

độ dài căn chỉnh là 846 cặp cơ sở (bao gồm cả các trang web có khoảng trống/thiếu dữ liệu) chứa 487

đơn hình và 21 vị trí đa hình với chín haplotypes. Haplotype 3 chứa năm

cá nhân (MK359910, KX455898, MK995086, MK902728 và MK902732). haplotypes

1, 2, 4, 5, 6, 7, 8 và 9 được đại diện bởi một cá nhân của mỗi người (MN083111, MK681762,

KC595988, KF824815, FJ384684, KF824814, MF611594 và KJ959643) tương ứng.

Đa dạng haplotype (Hd) và đa dạng nucleotide (π) của quần thể 2 là 0,8718±0,052 và

0,01023 ± 0,0025 tương ứng (Bảng 2). Trong quần thể 3, một haplotype đã được tìm thấy với hai

cá nhân (KP316241 và KF511564). Do thiếu mẫu nên chưa phân tích chi tiết

thực hiện ở quần thể 3 .

đơn vị phân loại

Mystus gulio

Tamil Nadu (Dân số 1) Bangladesh (Dân số 2)

Số trình tự 14 13

chiều dài căn chỉnh 696 846

Số lượng các trang web đơn hình 577 487

Số lượng các trang web đa hình 45 21

Số lượng haplotypes (h) số 8 9

Đa dạng haplotype (Hd) 0,8901 ± 0,063 0,8718±0,052

Đa dạng nucleotide (π) 0,02043±0,0062 0,01023±0,0025

36
Machine Translated by Google

JMRC/V3/I1/2023/ISSN 2349-9257

Bảng 2. Đặc điểm di truyền của quần thể Mystus gulio được tìm thấy ở Tamil Nadu, Tây

Bengal và Bangladesh được suy ra từ các chuỗi COI.

Hình 2 Phylogram nội cụ thể dựa trên sự tham gia hàng xóm của Mystus gulio ở Tamil Nadu,

Dân số Tây Bengal và Bangladesh. Các hình dạng và biểu tượng màu sắc khác nhau cho biết

haplotype khác nhau.

Cây phát sinh gen nội cụ thể được tạo bằng phương pháp NJ trong tổng số 29 mẫu không

cho thấy bất kỳ mối quan hệ rõ ràng nào giữa các haplotypes khác nhau. Vì vậy, nội cụ thể

sự khác biệt giữa các quần thể khác nhau là rất phức tạp. Tất cả các cá nhân trong

haplotype 4 là đơn ngành nhưng ở haplotype 1, tất cả các cá thể được thể hiện trong

quan hệ đa ngành. Các cá thể trong haplotypes 5 và 8 & 6 và 10 là đơn thể (Hình.

2).

37
Machine Translated by Google

JMRC/V3/I1/2023/ISSN 2349-9257

4. Thảo luận:

Đa dạng di truyền quy định vai trò sống còn đối với khả năng thích nghi của quần thể trước

của các điều kiện môi trường luôn biến động (Markert et al., 2010). Khoảng cách di truyền là

được tính bằng cách sử dụng khoảng cách theo cặp với mô hình Thông số Kimura 2. Khoảng cách di truyền

thay đổi từ 0,00 đến 5,4% ở các cá thể của quần thể 1 và 2 riêng biệt. Nhưng trong dân số

1, hơn 2% khoảng cách di truyền thường xuyên hơn so với quần thể 2. Di truyền

khoảng cách giữa ba quần thể (quần thể 1, 2 và 3) thay đổi từ 0,00 đến

7,3%. Thông tin này tiết lộ rằng dân số và giữa các dân số chứa

các nhóm nhỏ khác nhau của dân số. Quần thể C. travancoricus từ hai loài khác nhau

vị trí địa lý khác nhau giữa các haplotypes (Jose et al., 2021). nghiên cứu này có

báo cáo rằng sự khác biệt di truyền trong và giữa quần thể tự nhiên sống tự nhiên

M. gulio có mặt. Số lượng haplotypes cao cho thấy M. gulio có thể thích nghi

theo sự thay đổi của môi trường (Ciftci và Okumus, 2002; Jose và cộng sự, 2021).

Mạng haplotype là một phương pháp được sử dụng rộng rãi để phân tích và trực quan hóa các mối quan hệ

giữa các trình tự DNA trong quần thể. Kích thước vòng tròn haplotype tỷ lệ thuận với

số lượng cá thể được lấy mẫu với haplotype đó và độ dài của các dòng tỷ lệ thuận

đến số lượng đột biến (Paradis, 2018). Tần số cao hơn của haplotypes cũ hơn và

nó hiện diện ở phía bên trong của mạng và các haplotypes mới hơn là ngoại vi. Lớn hơn

haplotypes cho thấy sự phân bố địa lý rộng rãi bởi vì các nhà cung cấp dịch vụ của họ đã có một thời gian dài

để giải tán. Haplotypes chỉ có một kết nối được kết nối với haplotypes từ cùng một

dân số vì chúng mới tiến hóa và vật mang mầm bệnh của chúng không có thời gian để phân tán.

Mạng haplotype có thể giúp đưa ra các quyết định bảo tồn (Wilson et al., 2015). Kết quả của chúng tôi cho thấy

haplotype 1 bao gồm 16 mẫu từ cả ba vị trí địa lý và là một

haplotype cũ hơn. Haplotype 4 chứa năm mẫu riêng lẻ từ quần thể 1 và 2.

Haplotypes 3, 5, 4, 6, 7 và 9 là ngoại vi và chúng mới được phát triển gần đây (Hình 1).

Người giới thiệu:

1. Abbas, EM, Megahed, ET, Hemeda, SA, & ElNahas, AF, 2018. Mã vạch DNA và phân tử

cấu trúc quần thể của hai loài thuộc chi Diplodus dựa trên gen COI ở Ai Cập

Biển Địa Trung Hải. Tạp chí Quốc tế về Nghề cá và Nghiên cứu Thủy sản, 6(1), 1–8.

38
Machine Translated by Google

JMRC/V3/I1/2023/ISSN 2349-9257

2. Çiftci, Y., & Okumuş, İ., 2002. Di truyền quần thể cá và ứng dụng của chỉ thị phân tử để

đánh bắt và nuôi trồng thủy sản: I-Nguyên tắc cơ bản của di truyền quần thể cá. Tạp chí Thủy sản Thổ Nhĩ Kỳ

và Khoa học dưới nước, 2(2), 145–155.

3. Ngày F., 1878. Các loài cá của Ấn Độ; là một lịch sử tự nhiên của các loài cá được biết là sống ở biển và

nước ngọt của Ấn Độ, Miến Điện và Ceylon. William Dowson và các con, Luân Đôn. 778 tr.

4. Deepak, J., & Harikrishnan, M., 2016. Vùng mã vạch COI không tương đồng: Mối quan tâm nghiêm trọng trong

phân loại phân tử decapod. DNA ti thể Phần A, 28(4), 482–492. https://doi.

org/10.3109/19401736.2015.1137902

5. Gupta, S., Banerjee S., 2014. Thương mại cá cảnh bản địa của Tây Bengal. Nhà xuất bản Narendra

Nhà, New Delhi. Trang 63.

6. Jhingran VG, 1997. Cá và nghề cá của Ấn Độ. Tập đoàn xuất bản Hindustan, Delhi, Ấn Độ. xxiii,

727 tr.

7. Jose, D., Mahadevan, H. & Kalathil Mukundan, A., 2021. Các biến thể hình thái và di truyền trong

quần thể Carinotetraodon travancoricus tự nhiên. Tạp chí Ngư học ứng dụng, 37(2), tr.246-

257.

8. Kottelat M., 2001. Cá nước ngọt miền Bắc Việt Nam. Một danh sách kiểm tra sơ bộ của các loài cá được biết đến

hoặc dự kiến xảy ra ở miền Bắc Việt Nam với các nhận xét về hệ thống và danh pháp. Thế giới

Ngân hàng, Ban Môi trường và Phát triển xã hội, khu vực Đông Á và Thái Bình Dương, Washington DC 123

9. Kumar, S., Stecher, G., & Tamura, K., 2016. MEGA7: Phân tích di truyền tiến hóa phân tử

phiên bản 7.0 cho bộ dữ liệu lớn hơn. Sinh học phân tử và sự tiến hóa, 33, 1870–1874.

10. Librado, P., & Rozas, J. (2009). DnaSP v5: Phần mềm phân tích DNA toàn diện

dữ liệu đa hình. Tin sinh học, 25(11), 1451–1452. https://doi.org/10.1093/bioin định dạng

tics/btp187

11. Mukhopadhyay, T., & Bhattacharjee, S., 2014. Nghiên cứu đa dạng di truyền của cá cảnh

Badis badis (Hamilton-Buchanan, 1822) ở vùng Terai thuộc cận Himalaya Tây Bengal, Ấn Độ.

Tạp chí đa dạng sinh học quốc tế, 2014, 1. https://doi.org/10.1155/2014/791364

12. Ng HH, 2010. Mystus gulio. Danh sách đỏ các loài bị đe dọa của IUCN. Phiên bản 2014.2.

13. Paradis, E., 2018. Phân tích mạng haplotype: Cây bao trùm tối thiểu ngẫu nhiên

phương pháp. Các phương pháp trong Sinh thái và Tiến hóa, 9(5), tr.1308-1317.

14. Roberts TR, 1993. Các loài cá nước ngọt của Java, theo quan sát của Kuhl và van Hasselt vào năm 1820-1823

Zoologische Verhandelingen, 285(1): 1-94.

15. Sarker, PK, Pal, HK, Rahman, MM, & Rahman, MM, 2002. Quan sát về khả năng sinh sản và

chỉ số tuyến sinh dục-somatic của Mystus gulio ở vùng nước lợ của Bangladesh. Tạp chí Khoa học Sinh học.

2(4): 235-237.

16. Senarathne P., &Pathiratne KAS, 2007. Tích lũy kim loại nặng trong cá làm thức ăn, Mystus gulio

sinh sống ở hồ Bolgoda, Sri Lanka. Tạp chí Khoa học Thủy sinh Sri Lanka, 12: 61-75.

17. Shafi M., & Quddus MMA, 2001. Người Bangladesh Matsho Shampad. Thủy sản của Bangladesh. kabir

Ấn phẩm, Dhaka, Bangladesh. trang: 186-187

39
Machine Translated by Google

JMRC/V3/I1/2023/ISSN 2349-9257

18. Shen, Y., Guan, L., Wang, D., & Gan, X., 2016. Mã vạch DNA và đánh giá đa dạng di truyền ở

Cá Cyprinidae ở trung lưu sông Dương Tử. Sinh thái và Tiến hóa, 6(9), 2702–2713.

https://doi. org/10.1002/ece3.2060

19. Talwar PK, &Jhingran AG, 1991. Các loài cá nội địa của Ấn Độ và các nước lân cận. Tập 1 và Tập 2.

Công ty Xuất bản Oxford và IBH Pvt. Ltd. New Delhi, Bombay và Calcutta. 1063 tr.

20. Thompson, JD, Gibson, TJ, Plewniak, F., Jeanmougin, F., & Higgins, DG (1997). Các

Giao diện cửa sổ CLUSTAL_X: Các chiến lược linh hoạt để căn chỉnh nhiều trình tự được hỗ trợ bởi chất lượng

công cụ phân tích. Nghiên cứu axit nucleic, 25(24), 4876–4882. https://doi.org/10.1093/nar/25.24.4876

21. Tripathi SD, 1996. Hiện trạng lai tạo và nuôi cá da trơn ở Nam Á. Trong: M. Legendre,

JP Proteau (ed.). Sinh học và văn hóa của cá da trơn. Tài nguyên sinh vật dưới nước. 9, Dòng ngựa. trang:

219-228

22. Weber MCW &de Beaufort LF, 1913. Các loài cá ở quần đảo Ấn-Úc. II.

Malacopterygii, Myctophoidea, Ostariophysi: I Siluroidea. Công ty TNHH EJ Brill Leiden. 404 tr.

23. Wilson, AG, Chan, Y., Taylor, SS &Arcese, P., 2015. Sự khác biệt di truyền của một loài gia cầm đặc hữu trên

quần đảo Channel California. PLoS One, 10(8), p.e01344

40