Utilitzant l’ADN per explorar la filogènia

dels Hominoidea
En aquesta activitat, estudiareu les relacions evolutives entre diverses espècies
d’Hominoidea: goril·les (dues espècies), ximpanzés (dues espècies), orangutans,
gibons (dues espècies), papions i humans (dues espècies?), i d’un primat no
hominoideu, el papió, com a espècie que ens permeti construir l’arrel del nostre
arbre filogenètic o evolutiu.

En primer lloc, buscarem una imatge de les espècies següents espècies i

construirem una taula amb el nom científic i la fotografia obtinguda. En segon
lloc, buscarem seqüències d’ADN d’aquestes espècies obtingudes a partir del seu
ADN mitocondrial per tal d’elaborar un arbre filogenètic que mostri les
relacions evolutives reals entre elles. Aquestes seqüències es troben on line en el
portal de genbank, una enorme base de dades que recull tots els estudis de
seqüenciació que es realitzen. Concretament, farem servir un gen mitocondrial
anomenat COX 1. Les seqüències d’aquests gens es troben en un arxiu anomenat
sequences que tenim al nostre abast al moodle de la matèria.

Espècies seleccionades
Ésser humà actual, home de neandertal, goril·la de les terres baixes de l’est,
goril·la occidental, ximpanzé, bonobo, orangutà de Borneo, gibó comú, gibó agil
i papió sagrat.

Conceptes clau

❖ La comparació de seqüències d’ADN entre espècies i poblacions diferents

permet determinar el grau de relació entre elles.

Generant un arbre filogenètic a partir de les seqüències d’ADN

● Treballarem amb un arxiu de text que conté seqüències d’ADN de les 10

espècies que utilitzarem en el nostre estudi. Es tracta del gen COX 1
(trobareu informació detallada d’aquest gen a
https://es.wikipedia.org/wiki/Ciclooxigenasa). Aquests gens estan molt
conservats en els animals i es poden comparar entre dues espècies per
veure el total de variants en la seqüència de nucleòtids. Quantes menys
diferències hi hagi, més relacionades estaran aquestes espècies
(compartiran un avantpassat comú més recent en el temps). Quantes més
diferències, menys ho estaran (compartiran un avantpassat comú més
antic en el temps). Aquests gens s’utilitzen com a empremtes digitals de
les espècies. A més de les 9 espècies d’Hominoidea també s’inclou una
 altra espècie de primat, el papió, no tan estretament relacionada amb
elles, que s’utilitza com a grup extern. Aquesta espècie servirà com a
“arrel” de l’arbre filogenètic, per afegir un nus distant al representant
ancestral del conjunt d’Hominoidea a partir del qual es produí la radiació
d’espècies.

● Anem a l’aplicació que genera arbres filogenètics: http://

www.phylogeny.fr
Es tracta d’una eina fàcil d’utilitzar per alineament de seqüències i
generació d’arbres filogenètics.
Aquesta és la pàgina inicial de l’aplicació.

Seleccionar “One Click”

Ara, podem carregar l’arxiu amb les

seqüències prement sobre “Choose
File” i seguir les instruccions o
podem obrir les seqüències amb
l’editor de text, copiar-lo i
enganxar-lo en el lloc indicat.
Prémer “Submit”

● L’aplicació realitza primer el que hom anomena alineament de les

seqüències, és a dir, que totes comencin pel mateix lloc. Podeu observar
com el programa fa l’alineament prement sobre la pestanya corresponent.
A continuació, gràcies a un mètode estadístic, generarà un arbre filogenètic
que pot ser guardat en diversos formats. Degut a la naturalesa estadística
del mètode què es fa servir, cada grup d’estudiants pot obtenir un arbre
lleugerament diferent, però el patró general serà el mateix.
Els números vermells el grau de confiança del patró mostrat. El valor 1
indica la màxima confiança i el 0 indica manca de confiança. Els valors
inferiors a 0’5 es consideren normalment com a incerts. A partir de 0’7 es
considera que l’agrupació mostrada per l’arbre està ben suportada pels
resultats estadístics del programa.

● Descarregueu-vos el vostre arbre filogenètic dels homínids i elaboreu una

taula de valors del grau de confiança en els diversos grups que apareixen.
● Traieu les conclusions que se’n deriven de l’arbre. Quina espècie és més
propera als éssers humans? Quina la més allunyada? ...