ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC KHOA HỌC TỰ NHIÊN

KHOA HÓA HỌC

*****************************

BÀI TIỂU LUẬN

Học phần: Thống kê và Toán tin ứng dụng trong hóa học
(CHE6000)

Họ và tên Học viên: Nguyễn Cẩm Tú

Mã học viên: 23007829
Khóa: K34
Giảng viên hướng dẫn: TS. Nguyễn Họa Mi
 Hà Nội – 2024

MỤC LỤC
I. KẾT QUẢ DOCKING...................................................................................3
1. Mô hình docking ligand 6325460 và ligand 12303662 với protein trên
cùng 1 tâm O_THR94........................................................................................3
1.1. Cơ chất ligand 6325460.......................................................................3
1.2. Cơ chất ligand 12303662.....................................................................5
1.3. Biện luận..............................................................................................7
2. Mô hình docking hai ligand 460 và ligand 662 với protein trên cùng 1 tâm
O_THR94...........................................................................................................8
2.1. Cơ chất ligand 460...............................................................................8
2.2. Cơ chất ligand 662.............................................................................10
2.3. Biện luận............................................................................................12
II. SO SÁNH KẾT QUẢ CỦA 2 BỘ SỐ LIỆU............................................13
III. KẾT LUẬN...............................................................................................14

2
I. KẾT QUẢ DOCKING
1. Mô hình docking ligand 6325460 và ligand 12303662 với protein trên
cùng 1 tâm O_THR94
1.1.Cơ chất ligand 6325460

Hình 1: Hình ảnh phân tử trước docking

Hình 2: Hình ảnh phân tử sau docking

- Kết quả năng lượng
Kết quả tính toán năng lượng kết dính của protein với ligand 6325460 sau
3
25 vòng lặp thu được 25 model được trình bày trong bảng RMSD dưới đây:
Bảng 1: Bảng 25 model mô phỏng mô hình docking 6325460 với protein
___________________________________________________________________________
Rank | Sub- | Run | Binding | Cluster | Reference | Grep
| Rank | | Energy | RMSD | RMSD | Pattern
_____|______|______|___________|_________|_________________|________
1 1 25 -4.52 0.00 48.72 RANKING
1 2 2 -3.92 1.60 48.60 RANKING
2 1 13 -3.74 0.00 48.23 RANKING
3 1 8 -3.19 0.00 47.86 RANKING
4 1 10 -3.08 0.00 48.34 RANKING
5 1 21 -2.88 0.00 46.96 RANKING
5 2 11 -2.17 1.35 47.54 RANKING
6 1 4 -2.86 0.00 48.12 RANKING
7 1 3 -2.85 0.00 49.17 RANKING
8 1 22 -2.19 0.00 48.53 RANKING
9 1 15 -2.09 0.00 48.16 RANKING
10 1 17 -2.08 0.00 49.50 RANKING
11 1 7 -1.85 0.00 48.53 RANKING
12 1 12 -1.76 0.00 47.76 RANKING
13 1 19 -1.62 0.00 49.17 RANKING
14 1 9 -1.56 0.00 47.30 RANKING
15 1 14 -1.28 0.00 48.63 RANKING
16 1 16 -1.08 0.00 48.96 RANKING
17 1 24 -0.90 0.00 49.50 RANKING
18 1 5 -0.69 0.00 49.44 RANKING
19 1 18 -0.66 0.00 48.95 RANKING
19 2 20 -0.03 1.71 48.91 RANKING
20 1 23 -0.29 0.00 47.98 RANKING
21 1 1 -0.04 0.00 48.32 RANKING
22 1 6 +0.28 0.00 49.47 RANKING
_______________________________________________________________________

Kết quả cho thấy tương ứng với model 25 (rank 1) cho kết quả năng lượng
gắn kết thấp nhất -4.52 kcal/mol, đây là model có năng lượng thấp nhất do đó là
model phù hợp nhất.
- Kết quả tính khoảng cách
Kết quả khoảng cách được thu được dựa trên phần mềm Chimera được
trình
bày trong hình dưới đây:

4
 Hình 3: Hình ảnh ligand 6325460 sau docking vào tâm O_THR94
Kết quả tính toán thu được khoảng cách giữa phân tử protein và ligand sau
docking là: 4.967 Å
1.2.Cơ chất ligand 12303662

Hình 4: Hình ảnh phân tử trước docking

5
 Hình 5: Hình ảnh phân tử sau khi doking
- Kết quả năng lượng
Kết quả tính toán năng lượng kết dính của protein với ligand 12303662
sau 25 vòng lặp thu được 25 model được trình bày trong bảng RMSD dưới đây:
Bảng 2: Bảng 25 model mô phỏng mô hình docking 12303662 với protein
_____________________________________________________________________
| | | | | |
Rank | Sub- | Run | Binding | Cluster | Reference | Grep
| Rank | | Energy | RMSD | RMSD | Pattern
_____|______|______|___________|_________|_________________|________
1 1 14 -5.47 0.00 47.60 RANKING
1 2 17 -5.36 0.64 47.35 RANKING
1 3 1 -5.27 0.42 47.69 RANKING
1 4 7 -5.06 0.53 47.62 RANKING
1 5 8 -4.87 1.94 47.09 RANKING
1 6 22 -4.79 1.53 47.00 RANKING
1 7 16 -4.58 1.65 46.87 RANKING
1 8 23 -4.51 1.94 46.83 RANKING
1 9 2 -4.45 1.86 47.10 RANKING
2 1 5 -5.13 0.00 47.36 RANKING
2 2 3 -5.02 0.44 47.28 RANKING
2 3 25 -4.96 0.97 47.27 RANKING
2 4 11 -4.95 0.79 47.17 RANKING
2 5 20 -4.67 1.51 47.13 RANKING
2 6 21 -4.66 1.63 47.24 RANKING
3 1 18 -4.93 0.00 47.10 RANKING
3 2 12 -4.86 0.86 47.10 RANKING
3 3 10 -4.82 0.89 46.95 RANKING

6
 3 4 9 -4.61 1.25 47.34 RANKING
4 1 6 -4.83 0.00 46.62 RANKING
4 2 19 -4.71 1.59 46.34 RANKING
4 3 4 -4.43 1.73 46.68 RANKING
4 4 15 -4.31 1.57 46.82 RANKING
4 5 13 -4.21 1.45 46.45 RANKING
5 1 24 -4.33 0.00 49.01 RANKING
____________________________________________________________________

Kết quả cho thấy tương ứng với model 14 (rank 1) cho kết quả năng lượng
gắn kết thấp nhất -5.47 kcal/mol, đây là model có năng lượng thấp nhất do đó là
model phù hợp nhất.
- Kết quả tính khoảng cách
Kết quả khoảng cách được thu được dựa trên phần mềm Chimera được
trình
bày trong hình dưới đây:

Hình 6: Hình ảnh ligand 12303662 sau docking vào tâm O_THR94
Kết quả tính toán thu được khoảng cách giữa phân tử protein và ligand sau
docking là: 4.064 Å
1.3.Biện luận
Kết quả docking trên cho thấy, khi dock 2 ligand vào cùng 1 vị trí
O_THR94
cho hai kết quả năng lượng và khoảng cách khác nhau. Đối với ligand 6325460
sau khi dock có mức năng lượng kết dính -4.52 kcal/mol và khoảng cách giữa

7
ligand và protein thu được 4.967 Å. Trong khi đó ligand 12303662 sau khi dock
có mức năng lượng thấp hơn -5.47 kcal/mol và khoảng cách giữa ligand cũng
gần hơn là 4.064 Å. Điều này chứng tỏ ligand 12303662 có khả năng dock vào
tâm O_THR94 tốt hơn so với ligand 6325460.
2. Mô hình docking hai ligand 460 và ligand 662 với protein trên cùng 1
tâm O_TYR94
2.1.Cơ chất ligand 460

Hình 7: Hình ảnh phân tử trước docking

Hình 8: Hình ảnh phân tử sau docking

8
- Kết quả năng lượng
Kết quả tính toán năng lượng kết dính của protein với ligand sau 25 vòng
lặp thu được 25 model được trình bày trong bảng RMSD dưới đây:
Bảng 3: Bảng 25 model mô phỏng mô hình docking 6325460 với protein
_______________________________________________________________________
Rank | Sub- | Run | Binding | Cluster | Reference | Grep
| Rank | | Energy | RMSD | RMSD | Pattern
_____|______|______|___________|_________|_________________|________
1 1 12 -3.85 0.00 49.07 RANKING
1 2 8 -2.42 1.79 49.50 RANKING
2 1 22 -2.81 0.00 48.73 RANKING
2 2 20 -2.26 1.71 48.75 RANKING
2 3 7 -1.64 1.80 48.52 RANKING
2 4 23 -1.45 1.78 48.47 RANKING
3 1 13 -2.71 0.00 46.68 RANKING
4 1 24 -2.26 0.00 47.34 RANKING
5 1 3 -2.25 0.00 48.90 RANKING
6 1 5 -1.74 0.00 49.15 RANKING
7 1 9 -1.54 0.00 49.30 RANKING
7 2 6 -1.37 1.17 49.67 RANKING
8 1 10 -1.39 0.00 47.55 RANKING
9 1 18 -1.30 0.00 48.75 RANKING
9 2 19 -0.99 1.97 48.82 RANKING
9 3 11 -0.83 1.94 48.64 RANKING
10 1 17 -1.29 0.00 49.96 RANKING
10 2 4 -0.89 1.64 49.62 RANKING
11 1 16 -1.17 0.00 48.24 RANKING
12 1 21 -1.13 0.00 47.26 RANKING
13 1 2 -1.02 0.00 48.00 RANKING
14 1 1 -0.87 0.00 49.94 RANKING
15 1 25 -0.65 0.00 48.96 RANKING
16 1 15 -0.28 0.00 48.21 RANKING
17 1 14 +0.67 0.00 49.31 RANKING
____________________________________________________________________
Kết quả cho thấy tương ứng với model 12 (rank 1) cho kết quả năng lượng
gắn kết thấp nhất -3.85 kcal/mol, đây là model có năng lượng thấp nhất do đó là
model phù hợp nhất.
- Kết quả tính khoảng cách
Kết quả khoảng cách được thu được dựa trên phần mềm Chimera được
trình
bày trong hình dưới đây:

9
 Hình 9: Hình ảnh ligand 460 sau docking vào tâm O_THG94
Kết quả tính toán thu được khoảng cách giữa phân tử protein và ligand sau
docking là: 4.967 Å
1.1.Cơ chất ligand 662

Hình 10: Hình ảnh phân tử trước docking

10
Hình 11: Hình ảnh phân tử sau docking
- Kết quả năng lượng
Kết quả tính toán năng lượng kết dính của protein với ligand sau 25 vòng
lặp thu được 25 model được trình bày trong bảng RMSD dưới đây:
Bảng 4: Bảng 25 model mô phỏng mô hình docking 6325460 với protein
_______________________________________________________________________
| | | | | |
Rank | Sub- | Run | Binding | Cluster | Reference | Grep
| Rank | | Energy | RMSD | RMSD | Pattern
_____|______|______|___________|_________|_________________|________
1 1 1 -5.54 0.00 47.57 RANKING
1 2 10 -5.51 0.32 47.50 RANKING
1 3 15 -5.35 0.29 47.49 RANKING
1 4 6 -5.18 1.93 47.03 RANKING
1 5 18 -4.73 1.98 47.03 RANKING
1 6 4 -4.61 1.98 46.91 RANKING
1 7 2 -4.51 1.85 46.71 RANKING
1 8 25 -4.47 1.71 46.90 RANKING
1 9 5 -4.45 1.84 46.81 RANKING
1 10 14 -4.10 1.43 47.11 RANKING
1 11 16 -3.85 1.62 48.05 RANKING
2 1 9 -5.33 0.00 46.83 RANKING
3 1 19 -5.28 0.00 47.30 RANKING
3 2 13 -5.19 0.56 47.41 RANKING
3 3 17 -5.09 0.46 47.29 RANKING
3 4 23 -5.08 0.85 47.04 RANKING
3 5 24 -4.85 0.73 47.19 RANKING
3 6 22 -4.79 0.88 46.85 RANKING
3 7 3 -4.65 1.19 46.72 RANKING

11
 3 8 21 -4.51 1.08 46.72 RANKING
3 9 8 -4.34 0.93 47.17 RANKING
4 1 20 -5.20 0.00 45.66 RANKING
5 1 11 -5.04 0.00 47.38 RANKING
5 2 7 -4.87 0.97 47.04 RANKING
6 1 12 -4.39 0.00 48.79 RANKING
____________________________________________________________________

Kết quả cho thấy tương ứng với model 1 (rank 1) cho kết quả năng lượng
gắn kết thấp nhất -5.54 kcal/mol, đây là model có năng lượng thấp nhất do đó là
model phù hợp nhất.
- Kết quả tính khoảng cách
Kết quả khoảng cách được thu được dựa trên phần mềm Chimera được
trình
bày trong hình dưới đây:

Hình 12: Hình ảnh ligand 662 sau docking vào tâm O_THR94
Kết quả tính toán thu được khoảng cách giữa phân tử protein và ligand sau
docking là: 4.068 Å
1.4.Biện luận
Kết quả docking trên cho thấy, khi dock 2 ligand vào cùng 1 vị trí
O_THR94
cho hai kết quả năng lượng và khoảng cách khác nhau. Đối với ligand 460 sau
khi dock có mức năng lượng kết dính -4.52 kcal/mol và khoảng cách giữa ligand
và protein thu được 4.967 Å. Trong khi đó ligand 662 sau khi dock có mức năng
lượng thấp hơn -5.54 kcal/mol và khoảng cách giữa ligand cũng gần hơn là
4.068 Å. Điều này chứng tỏ ligand 662 có khả năng dock vào tâm O_THR94 tốt

12
hơn so với ligand 460.

II. SO SÁNH KẾT QUẢ CỦA 2 BỘ SỐ LIỆU

+ Mô hình docking hai ligand 6325460 và ligand 12303662 với protein trên
cùng 1 tâm O_THR94
+ Mô hình docking hai ligand 460 với 662 protein trên cùng 1 tâm O_THR94

Khi sử dụng hai ligand khác nhau trong AutoDock sẽ nhận được hai kết
quả khác nhau. Điều này là do mỗi ligand có cấu trúc hóa học, tính chất vật lý,
và khả năng tương tác với protein mục tiêu khác nhau. Các yếu tố sau sẽ ảnh
hưởng đến kết quả:

1. Cấu trúc hóa học: Mỗi ligand có cấu trúc riêng biệt, với các nguyên tử và
liên kết hóa học khác nhau. Điều này ảnh hưởng trực tiếp đến cách mà
ligand tương tác với protein.
2. Tính chất vật lý: Các ligand có thể có các tính chất vật lý khác nhau như
độ kỵ nước (hydrophobicity), điện tích, và khả năng tạo liên kết hydro.
Những tính chất này ảnh hưởng đến sự gắn kết của ligand vào các vùng
khác nhau của protein.
3. Năng lượng gắn kết: AutoDock tính toán năng lượng gắn kết của mỗi
ligand với protein. Vì các ligand khác nhau sẽ có các tương tác khác nhau
với protein, năng lượng gắn kết (binding energy) của chúng cũng sẽ khác
nhau.
4. Vị trí và tư thế gắn kết (binding poses): Các ligand khác nhau có thể gắn
kết vào các vị trí khác nhau trên protein hoặc ở các tư thế khác nhau. Kết
quả này sẽ được thể hiện qua các file kết quả của AutoDock, thường là file
.dlg.
5. Tương tác với protein: Các tương tác cụ thể như liên kết hydro, tương tác
Van der Waals, và tương tác tĩnh điện sẽ khác nhau đối với mỗi ligand.
Điều này có thể dẫn đến sự khác biệt đáng kể trong cấu trúc phức hợp
ligand-protein.
Bảng 5: So sánh các số liệu mô phỏng mô hình docking
Hai ligand 6325460 với Hai ligand 460 với 662
12303662 protein trên protein trên cùng 1 tâm
cùng 1 tâm O_THR94 O_THR94
6325460 12303662 460 662

13
Năng lượng kết
-4.52 -5.47 -4.52 -5.54
dính (kcal/mol)

Khoảng cách (Å) 4.967 4.064 4.967 4.068

III. KẾT LUẬN

1. Hai ligand khác nhau sẽ tạo ra hai kết quả khác nhau trong AutoDock, phản
ánh các tương tác và năng lượng gắn kết đặc trưng của mỗi ligand với protein
mục tiêu.

2. Kết quả docking sau khi chạy 2 bộ số liệu trên cho thấy, khi dock 2 ligand vào
cùng 1 vị trí O_THR94 cho các kết quả năng lượng và khoảng cách khác nhau
Trong đó Lignad 662 có năng lượng là nhỏ nhất -5.54 kcal/mol và khoảng cách
4.068 Å . Từ đây có thể kết luận ligand 662 có khả năng dock vào tâm
O_THR94 tốt nhất so với những ligand còn lại

14