SYLABUS

BIOLOGIA MOLEKULARNA 2021/2022

SEMINARIUM 1 – Molekularna organizacja informacji molekularnej oraz metody analizy.

Skład chemiczny oraz budowa kwasów nukleinowych:

Doświadczenie Griffitha (1928r.), doświadczenie Avery’ego (1943r.), doświadczenie Alfreda
Harshey i Martha Chase (1952r.). Reguła Chargaffa
definicje pojęć: kwas deoksyrybonukleinowy, kwas rybonukleinowy, ryboza, deoksyryboza,
zasady azotowe;
właściwości zasad azotowych:
- pirymidynowe: cytozyna, uracyl, tymina;
- purynowe: adenina i guanina;
rodzaje wiązań chemicznych: wiązanie fosfodiestrowe, wiązanie β-N-glikozydowe, wiązania
wodorowe, wiązanie Hoogsteena;
koniec 3’, koniec 5’ nici kwasu nukleinowego,
nukleozyd (nukeozydy DNA, nukleozydy RNA, C-nukleozydy), nukleotyd,
budowa helisy DNA,
komplementarność zasad;
rodzaje struktur DNA: B-DNA, A-DNA, Z-DNA (średnica helisy, kierunek skrętu, ilość par
na skręt, długość skrętu, proporcje większego i mniejszego rowka), forma trójniciowa
(wiązania typu Watsona-Cricka, wiązania typu Hoogsteena), forma czteroniciowa (miejsce
występowania),
rodzaje RNA, konformacje RNA (dupleksy, regiony z pojedynczą nicią, struktura szpilki do
włosów, wybrzuszenia, pętle wewnętrzne – niesparowane, symetryczna pętla, niesymetryczna
pętla; pętle zamknięte – potrójne, poczwórne).

Enzymy restrykcyjne – zastosowanie enzymów restrykcyjnych, cechy enzymów

restrykcyjnych, właściwości enzymów restrykcyjnych

Metody oczyszczania kwasów nukleinowych: izolacja DNA i RNA , izolacja z

zastosowanie fenol chloroform, elektroforeza w żelu agarozowym.

Metody analizy jakościowej i ilościowej DNA: Enzymy restrykcyjne;

Amplifikacja DNA metodą PCR (łańcuchowej reakcji polimerazy); Wizualizacja produktów
PCR poprzez rozdział elektroforetyczny: PCR-RFLP (Restriction Fragment Lenght
Polymorphism - analiza polimorfizmu długości fragmentów restrykcyjnych);.

Metody analizy ilościowej i jakościowej RNA: RT-PCR (reverse transcription-PCR = PCR

z użyciem odwrotnej transkryptazy); RT-qPCR (Real-Time-PCR = PCR w czasie
rzeczywistym= quantitative-PCR = qPCR);

Skład chemiczny oraz budowa białek:

wzór ogólny aminokwasu, wiązanie peptydowe (tworzenie wiązania peptydowego,
charakterystyka wiązania peptydowego), aminokwasy egzogenne, aminokwasy endogenne,
aminokwasy obojętne, aminokwasy kwasowe, aminokwasy zasadowe, aminokwasy
glikogenne, aminokwasy ketogenne, aminokwasy glikogenne i ketogenne, hydrofobowe
aminokwasy alifatyczne, hydrofobowe aminokwasy aromatyczne, polarne aminokwasy
obdarzone ładunkiem, polarne aminokwasy pozbawione ładunku, struktura białka: I-rzędowa,
II-rzędowa, III-rzędowa, IV-rzędowa, funkcje białek.

1
 SYLABUS
BIOLOGIA MOLEKULARNA 2021/2022
SEMINARIUM 1 – Molekularna organizacja informacji molekularnej oraz metody analizy.

Struktury przestrzenne łańcuchów polipeptydowych: model szkieletowy, wstęgowy,

model szkieletowy z łańcuchami bocznymi, model czaszowy
Metody oczyszczania białek:; wirowanie różnicowe, wirowanie w gradiencie gęstości;
sedymentacja szybkościowa, równowagowa; frakcjonowanie;

Metody izolacji białek: homogenizacja tkanek, wsalanie, wysalanie (precypitacja białek z

użyciem soli jonowych, soli niejonowych i związków organicznych).

Metody analizy ilościowej i jakościowej białek: elektroforeza w żelu poliakrylamidowym,

Budowa i funkcje jądra komórkowego: jąderko (ośrodki włókniste, gęsty składnik

włóknisty, składnik ziarnisty, wakuole jąderkowe), chromatyna związana z jąderkiem
(chromatyna okołojąderkowa i śródjąderkowa), macierz jądrowa (białka macierzy jądrowej:
białka niehistonowe, laminy, polipeptydy nielaminowe, białka zgrupowane z RNA), otoczka
jądrowa (błona zewnętrzna, błona wewnętrzna, przestrzeń perynuklearna, kompleksy
porowe), chromatyna (heterochromatyna konstytutywna i heterochromatyna fakultatywna,
euchromatyna), kariolimfa; składniki strukturalne jąderka
Genom, genom jądrowy, genom mitochondrialny, transkryptom, proteom.
Sekwencje w genomie człowieka: sekwencje kodujące, sekwencje niekodujące, sekwencje
powtarzające się: tandemowe (satelitarne, minisatelitarne, mikrosatelitarne) i rozproszone
(SINE-short interspersed nuclear elements, LINE-long interspersed nuclear elements), VNTR
(variable number tandem repeats), elementy genomu człowieka (pseudogeny, fragmenty
genów).
RNA komórki: RNA kodujący (hnRNA, mRNA), RNA funkcjonalny (snRNA, snoRNA,
miRNA, siRNA, rRNA, tRNA).
Poziomy organizacji chromatyny: helisa DNA, nukleosom, solenoid (=włókno 30nm;
modele włókna chromatynowego: solenoidowy i skręconej wstęgi), model pętli,
skondensowana chromatyna, chromosom metafazowy.
Histony: H1, H2A, H2B, H3, H4; protaminy; białka niehistonowe (enzymy, białka
regulatorowe, białka strukturalne); białka niehistonowe (rodzina HMGB).
Wpływ zmiany konformacji chromatyny na procesy zachodzące w komórce (usunięcie genu
kodującego histon H1, usunięcie/wyciszenie genu HMGB1).
Bloki dinukleotydowe
Budowa chromosomu metafazowego, kinetochor, centromery (przewężenie pierwotne),
NOR (organizator jąderkowy, przewężenie wtórne), białka CENP-A (centromer protein A),
telomery (białko TRF1 i TRF2), chromatydy siostrzane, satelita, ramię długie, ramię krótkie,
podział chromosomów ze względu na położenie centromerów (metacentryczne,
submetacentryczne, akrocentryczne, telocentryczne), podział chromosomów ze względu na
ich wielkość (grupy A-G).
Minichromosomy, chromosomy B, chromosomy holocentryczne