1.

Inleiding tot de Biochemie

Biochemie is de chemie van de levende materie. Het is dus een combinatie van biologie, de wetenschap
van het leven, en scheikunde, de wetenschap van de moleculen. Biochemie is dus de moleculaire basis
van het leven. Alles wat mensen in leven houdt, is te danken aan biologische moleculen en hun
interacties.
Vandaag de dag ligt het zwaartepunt van de zuivere biochemie bij het begrijpen hoe biologische
moleculen aanleiding geven tot de processen die zich in levende cellen afspelen, wat op zijn beurt weer
veel te maken heeft met het bestuderen en begrijpen van hele organismen.
Een groot deel van de biochemie houdt zich bezig met de structuren, functies en interacties van
biologische macromoleculen, zoals eiwitten, nucleïnezuren, koolhydraten en lipiden, die de structuur
van cellen vormen en veel van de functies vervullen die met het leven te maken hebben. De chemie
van de cel hangt ook af van de reacties van kleinere moleculen en ionen. Deze kunnen anorganisch
zijn, bijvoorbeeld water en metaalionen, of organisch, bijvoorbeeld de aminozuren die worden gebruikt
voor de synthese van eiwitten.
De mechanismen waarmee cellen via chemische reacties energie uit hun omgeving halen, staan bekend
als metabolisme. De bevindingen van de biochemie worden vooral toegepast in de geneeskunde, de
voeding en de landbouw. In de geneeskunde onderzoeken biochemici de oorzaken en genezing van
ziekten. In de voedingsleer bestuderen zij hoe de gezondheid kan worden gehandhaafd en wat de
gevolgen zijn van voedingstekorten. In de landbouw doen biochemici onderzoek naar de bodem en
meststoffen en proberen zij manieren te vinden om de teelt van gewassen, de opslag van gewassen en
de bestrijding van plagen te verbeteren..

1.1 Biochemie: een jonge wetenschap

Biochemie is een relatief jonge wetenschap. Biologie en chemie bestaan al sinds de tijd van de oude
Grieken en Egyptenaren. Maar het idee om ze te combineren is veel recenter ontstaan: zo’n 100 - 200
jaar geleden. Toch heeft de biochemie de chemische paden en processen die in cellen plaatsgrijpen en
die ons maken tot wie we zijn, ontrafeld.
In de 19 de eeuw slaagde Friedrich Wöhler erin een verbinding te maken die nu bekend is als ureum.
Deze bleek identiek te zijn aan een kristal dat ontstond wanneer hij urine droogde. Dit experiment
maakte voor het eerst duidelijk dat gewone chemie mogelijk moest zijn binnenin de cellen of nog, dat
levende en niet-levende materie niet te onderscheiden zijn.
Naarmate de eerste onderzoekers de cel uit elkaar begonnen te halen, begonnen zij steeds meer de
relatie met de traditionele scheikunde te ontdekken. Twee ontdekkingen op ongeveer hetzelfde moment
in de jaren 1860 waren erfelijkheid en het bestaan van DNA. Maar het belang van deze ontdekkingen
bleef decennia lang onopgemerkt.
Later kon Eduard Buchner (Nobelprijs 1907) aantonen dat fermentatieprocessen (brouwen) niet
noodzakelijk door levende gistcellen dienden uitgevoerd te worden maar dat de reacties ook optreden
met celextracten. In het begin van de 20ste eeuw ontdekte men dat enzymes de reacties in de cellen
katalyseren: ze maken het mogelijk dat deze onder milde omstandigheden kunnen plaatsvinden. De
verschillende metabole reacties en processen werden in die periode bestudeerd.
De beroemde natuurkundige Erwin Schrödinger schreef een baanbrekend boek voor leken, getiteld
‘What Is Life?’ gebaseerd op lezingen die hij in Dublin had gegeven. Dit boek vormde het theoretische
kader voor wat wij nu als vanzelfsprekend beschouwen - dat alles wat wij met leven associëren, zijn
oorsprong heeft in moleculen. Watson en Crick wezen in 1953 op het boek van Schrödinger als inspiratie
voor hun zoektocht naar de structuur van DNA.
Niet lang daarna werd bewezen dat DNA verantwoordelijk is voor de erfelijke eigenschappen is. Hierna
volgden de ontwikkelingen elkaar in snel tempo op met de ontrafeling van de erfelijke code, de
opheldering van het mechanisme van de vertaling van DNA in eiwitten, de ontdekking van de structuur
van genen en de vondst van de methoden voor genetische manipulatie.

1.2 Cellen, de bouwstenen van leven

Biochemie vindt plaats binnen organismen. De basiseenheid van elk levend organisme is de cel. Cellen
groeien, vermenigvuldigen zich en staan in wisselwerking met hun omgeving. Levende organismen
kunnen zo eenvoudig zijn als één enkele cel of zo complex als een menselijk lichaam, dat uit ongeveer
100 biljoen cellen bestaat. Elke cel is omgeven door een membraan dat het binnenste van de cel scheidt
van zijn omgeving.
Er zijn twee types cellen: eukaryote cellen en prokaryote cellen (zie figuur slides). Het belangrijkste
verschil tussen de twee is het voorkomen van organellen, compartimenten omgeven door een
membraan, bij eukaryoten en de afwezigheid van een kern en dergelijke compartimenten bij
prokaryoten.
De verschillende structuren werden in de les biologie besproken en hun belangrijkste functie is gekend.

1.3 Biomoleculen en mineralen

Alle vormen van leven zijn opgebouwd uit dezelfde chemische elementen, die op hun beurt dezelfde
soorten moleculen vormen. De 4 belangrijkste groepen van biomoleculen zijn: eiwitten, koolhydraten,
suikers en nucleïnezuren.
Een opmerkelijke vaststelling is dat van alle elementen van het periodiek systeem, slechts vier -
zuurstof, waterstof, koolstof en stikstof een groot percentage (96%) innemen in biomoleculen. ui Het
voorkomen van deze elementen verschilt sterk van hun voorkomen in de aardkorst:

Een van de redenen waarom zuurstof en waterstof zo’n grote fractie innemen, is de belangrijke
hoeveelheid water, aanwezig in organismen. Water wordt ook wel "de matrix van het leven", genoemd;
het maakt leven op aarde mogelijk. Men is er zelfs van overtuigd dat alle leven water nodig heeft, en
daarom heeft men de laatste decennia zoveel moeite gedaan om vast te stellen of Mars in het verleden
water aanwezig was en of dat nog steeds zo is. Het belang van water voor het leven is zo groot dat de
aanwezigheid van water gelijkstaat met de aanwezigheid van leven.
Na zuurstof en waterstof is koolstof het meest voorkomende element in levende organismen. De meeste
grote biomoleculen zijn opgebouwd uit koolstof. Om te zien waarom koolstof bij uitstek geschikt is voor
het leven, kunnen we het vergelijken met silicium, de naaste verwant van dit element. Silicium is veel
overvloediger aanwezig in de aardkorst (Tabel 1), en, zoals koolstof, kan het vier covalente bindingen
vormen - een eigenschap essentieel voor de bouw van grote molecules. Maar koolstof-koolstof-
verbindingen zijn sterker dan silicium-siliciumverbindingen. Dit verschil in bindingssterkte heeft twee
belangrijke gevolgen. Ten eerste kunnen grote moleculen worden opgebouwd met behulp van koolstof-
koolstofbindingen als ruggengraat, vanwege de stabiliteit van deze bindingen.Ten tweede komt er meer
energie vrij bij de verbranding van koolstof-koolstofverbindingendan wanneer silicium met zuurstof
reageert. Moleculen op basis van koolstof zijn dus sterkere bouwmaterialen en zijn betere brandstoffen
dan moleculen op basis van silicium. Koolstof heeft een bijkomend voordeel ten opzichte van silicium.
Na verbranding wordt koolstofdioxide gevormd, wat gemakkelijk oplost in water en ook als gas kan
bestaan. Het blijft zo in de biochemische circulatie. Silicium daarentegen is in wezen onoplosbaar na
reactie met zuurstof. Nadat het met zuurstof is gecombineerd, is het voorgoed uit de circulatie.
De meest voorkomende elementen, na O, H, C en N zijn P, S, Ca, K, S Cl, Na en Mg. Deze elementen
zijn essentieel voor alle levensvormen; zonder kunnen organiscmen niet overleven.
Naast deze elf elementen zijn nog een reeks spoorelementen, die slechts in minimale hoeveelheden
voorkomen in levende organiscmen, maar die wel van belang zijn voor een normaal functioneren.
Sommige van deze elementen worden in alle levende wezens aangetroffen (Mn, Fe, Co, Cu en Zn)
terwij andere slechts voorkomen in een aantal organismen (B, Al, Si, V, Mo en I).

1.4 Water
Biomoleculen zijn, zoals aangegeven koolstofverbindingen. Ze zijn stabiel omdat ze opgebouwd zijn uit
sterke covalente interacties, waarbij elektronen gedeeld worden tussen de deelnemende atomen. De
structuur en functie van deze moleculen worden echter bepaald door niet-covalente interacties. Deze
zijn veel zwakker dan covalente bindingen, maar ze zijn zeer talrijk, met als gevolg dat ze de structuur
stabiliseren. Het voordeel van deze zwakkere bindingen is dat ze tijdelijke interacties mogelijk maken.
Een hormoon kan zich bv. binden aan zijn receptor en dan loskomen van de receptor nadat het signaal
is ontvangen.
Water is het oplosmiddel van leven en heeft een grote invloed op niet-covalente bindingen: sommige
worden verzwakt, andere versterkt.

1.4.1 Water
Water is het oplosmiddel van het leven. Mensen bestaan voor 65% uit water, tomaten bestaan voor
90% uit water, en een doorsnee cel bestaat voor ongeveer 70% uit water.
Water, H2O is een eenvoudig molecule. De belangrijke eigenschappen van water zijn een gevolg van
zijn polair karakter water: O is partieel negatief geladen (δ-), de en de waterstofatomen zijn lichtjes
positief geladen (δ+). (zie algemene chemie). Naburige watermoleculen hebben de neiging om te
interageren met elkaar. De gedeeltelijk positief geladen waterstofatomen van één watermolecule
interageren met een vrije elektronenpaar van de partieel negatief geladen zuurstofatomen van een
ander watermolecuul. Deze interactie wordt een waterstofbrug fo een waterstofbinding genoemd.
Door het polaire karakter van water is het een geschikt solvent voor geladen of polaire moleculen. Veel
van de organische biomoleculen, aanwezig in cellen, zijn polair en lossen dus op in water. In wezen laat
water toe dat ze bewegen, het maakt ze mobiel. Apolaire stoffen of hydrofobe (watervrezend) moleculen
lossen niet op. Ze keren zich af van het water, en dit proces wordt het hydrofoob effect genoemd.
Oplosbaarheid
1.4.2 Niet-covalente bindingen in biomoleculen
Heel wat verbindingen vormen waterstofbruggen wanneer ze zich in een waterige omgeving bevinden.
Waterstofbruggen worden gevormd bij moleculen die een vrij elektronenpaar op een O of N atoom
hebben en een waterstofatoom gebonden aan een O of N in een tweede molecule.
Waterstofbindingen vormen de basis van interacties tussen complementaire base in DNA en RNA en
ze zijn belangrijk bij het vormen van structuur-elementen in eiwitten (zie later).
Naast de waterstofbinding zijn er in biomoleculen nog andere types niet-covalente interacties:
elektrostatische interacties (ionaire bindingen en dipool-dipoolinteracties), Van der Waalsinteracties en
hydrofobe interacties. Het geheel van niet-covalente bindingen is bepalend voor de ruimtelijke structuur
van biomoleculen.
Elektrostatische interacties treden op tussen tegengesteld geladen groepen/ atomen. Heel vaak gaat
het om groepen die een werkelijke lading dragen, zoals bv. tussen een carboxylaatgroep (COO-) en een
aminogroep (NH3+). In dat geval spreekt men ook van een ionaire binding of zoutbrug. Deze liggen wat
betreft hun sterkte tussen een covalente binding en een waterstofbrug.
Dipool-dipool interacties
Elektrostatische interacties tussen polaire moleculen of groepen die een partiële lading dragen, geen
werkelijke lading.
Van der Waalsinteracties
Veel belangrijke biomoleculen zijn noch polair, noch geladen. Dergelijke moleculen kunnen toch
elektrostatisch met elkaar reageren door een Van der Waalsinteractie. De basis van een Van der Waals
interactie is dat de verdeling van elektronen rond een atoom en binnen een molecule verandert met de
tijd. Op elk moment is de ladingsverdeling binnen een molecule dus niet perfect symmetrisch: er zullen
gebieden zijn met gedeeltelijk positieve lading en gedeeltelijk negatieve lading zijn. Deze tijdelijke
asymmetrie in de elektronische lading wekt via elektrostatische interacties een complementaire
asymmetrie in de elektronenverdeling rond de naburige atomen.
De resulterende aantrekkingskracht tussen twee atomen neemt toe naarmate zij dichter bij elkaar
komen tot ze gescheiden zijn door de van der Waals contactafstand, die overeenkomt met overeenkomt
met 3 tot 4 Å, afhankelijk van de deelnemende atomen (figuur 2.6). Bij een kortere afstand worden zeer
sterke afstotende krachten dominant omdat de buitenste elektronenwolken elkaar overlappen. De
energieën geassocieerd met van der Waals interacties zijn vrij klein; typische interacties dragen bij van
2 tot 4 kJ mol-1 (van 0,5 tot 1.0 kcal mol-1) per atoompaar. Echter, wanneer de oppervlakken van twee
grote moleculen met complementaire vormen bij elkaar komen, treden een groot aantal Van de
Waalsinteracties op die elkaar versterken.
Een opmerkelijk voorbeeld van de kracht van van der Waals wisselwerkingen wordt gegeven door
gekko's (figuur 2.7). Deze dieren kunnen tegen muren en over plafonds lopen, Deze dieren kunnen
tegen muren en over plafonds lopen, (tegen de zwaartekracht in) vanwege de van der Waals
wisselwerkingen tussen hun voeten en het oppervlak van de muur of het plafond.

1.4.3 Water als oplosmiddel

Het feit dat water waterstofbruggen vormt en betrokken is bij andere vormen van elektrostatische
interacties vormt de verklaring waarom water een goed oplosmiddel is voor een groot aantal
verbindingen. De polaire aard van watermoleculen laat toe dat ze associëren met ionen, zoals bv Na+
en Cl- van keukenzout De partiële ladingen van het watermolecule richten zich rond de ionen. De
interacties tussen de watermoleculen en de ionen zijn sterker dan deze tussen de ionen. De interacties
tussen de ionen (ionaire interacties) verzwakken. Zouten lossen op.
Eenmaal de ionen omgeven zijn door watermoleculen zijn ze ‘gesolvateerd’.

Biologische moleculen die polaire of ionaire groepen dragen worden op dezelfde manier in oplossing
gebracht. Deze groepen kunnen waterstofbruggen aangaan met watermoleculen. Het zijn hydrofiele
moleculen.

1.4.4 Hydrofoob effect

Verbindingen als alkanen bevatten geen enkele polaire groep en kunnen daardoor geen
waterstofbindingen aangaan. Ze zijn zo goed als onoplosbaar in water; het zijn hydrofobe moleculen (=
angst voor water). Zuivere koolwaterstoffen komen in biologische systemen zelden voor, maar in vele
biomoleculen komen dergelijke apolaire gebieden voor.
Olie-en-azijn salade dressing is een voorbeeld van de eigenschappen van hydrofobe moleculen in de
aanwezigheid van water. Tenzij krachtig geschud, zullen de olie en de azijn, waarbij azijn overwegend
water is, twee verschillende lagen vormen. Zelfs na schudden vormen de lagen zich snel weer.
Wat is de basis van deze organisatie?
Stel je voor dat één enkel apolair molecuul, zoals benzeen, in water gebracht wordt. Er ontstaat een
holte in het water, zonder niet-covalente interacties. Benzeen heeft immers geen mogelijkheden om met
watermoleculen te interageren. De ‘holte’ verstoort tijdelijk en aantal waterstofverbindingen tussen
watermoleculen. De verplaatste watermoleculen heroriënteren zich om het maximum aantal nieuwe
waterstofbruggen te vormen. Er zijn echter veel minder manieren om waterstofbruggen te vormen rond
de benzeen molecuul dan in zuiver water. De watermoleculen rond het benzeen molecuul zijn veel meer
geordend dan elders in de oplossing. De introductie van de apolaire molecule in water zorgt voor een
afname van de entropie van water. Beschouw nu de ordening van twee benzeenmoleculen in water. Zij
bevinden zich niet in afzonderlijke ‘holtes’ maar smelten samen tot een enkele grotere (figuur 2.9B). Op
die manier treedt het minst verstoring op van de waterstofbruggen tussen de watermoleculen rond de
benzeenmoleculen, waardoor de entropie van het systeem toeneemt.
Niet polaire moleculen worden samengedreven in water niet in de eerste plaats omdat ze een hoge
affiniteit voor elkaar hebben, maar omdat, wanneer zij associëren, zij watermoleculen vrijlaten (ze niet
verstoren). Deze associatie wordt het hydrofobe effect genoemd, en de resulterende interacties worden
hydrofobe interacties genoemd.
 de vorming van membranen, alsook het vouwen van proteïnen worden gedreven door het hydrofoob
effect.