GEN, GENOM

DZIEDZICZENIE MITOCHONDRIALNE
CYKL KOMÓRKOWY - podstawy

P. Niemiec
na dobry początek…

SŁOWNIK POJĘĆ
PODSTAWOWYCH

P. Niemiec
GENOM U ZWIERZĄT

- To całkowity DNA komórki, wszystkie geny jak i odcinki międzygenowe jądra

komórkowego i mitochondriów;

http://remf.dartmouth.edu/images/
P. Niemiec
GENOM

- Genom jądrowy człowieka podzielony jest na 46 lub 23 liniowych

cząsteczek DNA, z których każda zawiera się w innym chromosomie
Kariogram przedstawiający kompletny kariotyp (zestaw
chromosomów) mężczyzny

https://pl.wikipedia.org/wiki/Kariotyp

P. Niemiec
DNA JEST NOŚNIKIEM INFORMACJI GENETYCZNEJ

DNA zawiera informację o wszystkich typach RNA, w tym mRNA, na

matrycy którego powstają białka

P. Niemiec
BUDOWA DNA
Kwas deoksyrybonukleino-
wy (DNA) przyjmuje postać
dwuniciowej α helisy.

Łańcuch DNA tworzony jest

przez naprzemiennie
występujące reszty fosfo-
ranowe i cukrowe (deoksy-
rybozy), połączone ze sobą
wiązaniem 5′-3′ fosfodi-
estrowym.

Rdzeń cząsteczki tworzą

pary nukleotydów puryna
(adenina, guanina):piry-
midyna (tymina, cytozyna).
Adenina paruje się z tyminą
dwoma wiązaniami a
guanina z cytozyną trzema
wiązaniami wodorowymi.
Każdy z nukleotydów
tworzy wiązanie z węclem
C1 deoksyrybozy.

Łańcuchy jednej nici DNA

leżą antyrównolegle, czyli
koniec 5′ jednej nici leży
naprzeciw końca 3′ drugiej
Na podstawie: nici.

P. Niemiec
ORGANIZACJA DNA
Chromosom interfazowy
w stanie zdekondensowanym
(rozproszonym) w jakim występuje w
interfazie cyklu komórkowego, gdy DNA jest
dostępny transkrypcyjnie
Euchromatyna - podczas interfazy jest luźna
i aktywna transkrypcyjnie
Heterochromatyna - region chromosomu,
który podczas interfazy pozostaje niezwykle
skondensowany i nieaktywny transkrypcyjnie
Chromosom mitotyczny - najbardziej
skondensowana forma chromatyny

1. heterochromatyna
okołojąderkowa
2. jąderko
3. euchromatyna
4. heterochromatyna

P. Niemiec
GEN

określa funkcje biologiczne dzięki informacji zakodowanej w sekwencji nukleotydów

Gen jest odcinkiem genomu przepisywanym na RNA

- jeśli RNA jest transkryptem genu kodującego białko jest to mRNA

Schematyczna budowa eukariotycznego genu kodującego białko

P. Niemiec
GEN
Otwarta ramka odczytu (ORF) - część genu, ulegająca translacji na białko
- w ORF każda trójka nukleotydów jest kodonem określającym
aminokwas zgodnie z zasadami kodu genetycznego,
- ORF zaczyna się kodonem inicjującym (AUG) a kończy terminacyjnym
(UAA, UAG, UGA).
Schematyczna budowa eukariotycznego genu kodującego białko

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE

LOCUS

Miejsce genu na chromosomie,

np. 16q24 dla genu CYBA
Legenda:
16 – nr chromosomu
q – ramię chromosomu
p - ramię krótkie chromosomu
q - ramię długie chromosomu
24 – 2 - nr regionu, 4 – nr prążka liczony od
centromeru

https://pl.wikipedia.org/wiki/Kariotyp
Na podstawie: https://www.ncbi.nlm.nih.gov

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE

GENOTYP
- zespół genów danej komórki/ organizmu/ osobnika
- układ alleli w danym locus

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE

ALLEL
Jedna z dwóch lub więcej form (sekwencji) genu zajmującego określone locus

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE
ALLELE WIELOKROTNE
Różne formy (sekwencje) tego samego genu, mającego więcej niż dwa allele w puli
genowej populacji.
Przykłady:
- układy grupowe krwi u zwierząt IA, IB, i0
- polimorfizm białek surowicy krwi np. genu APOE (e2, e3, e4)

Na podstawie https://commons.wikimedia.org/wiki/File:ABO_blood_type.svg

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE

Allel dominujący – ulega ekspresji fenotypowej w heterozygocie

Allel recesywny – nie ulega ekspresji fenotypowej w heterozygocie a tylko w
układzie homozygotycznym
Homozygota – oba allele w danym locus są identyczne
- h. dominująca – oba allele są dominujące (np. AA)
- h. recesywna – oba allele są recesywne (np. aa)

Heterozygota – allele w danym locus posiadają odmienną sekwencję (np. Aa)

- kodominacja – oba allele ujawniają się w fenotypie. Brak
recesywności i dominacji. Przykład > grupy krwi.

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE

HEMIZYGOTYCZNOŚĆ
obecność genu w postaci pojedynczej kopii, dotyczy chromosomu X u mężczyzn.

♂ ♀

Na podstawie: https://www.ncbi.nlm.nih.gov

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE

FENOTYP
Obraz danej cechy wynikający z ekspresji genu/ grupy genów, przy współudziale
czynników środowiskowych

geny

fenotyp

środowisko

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE

Cechy ilościowe - zmienne w sposób ciągły, wyrażane liczbowo

- pigmentacja skóry, oczu, włosów
- wzrost
- masa ciała
- podatność na choroby zakaźne
- ciśnienie tętnicze krwi http://science.nationalgeographic.com/science/wallpaper/skin-colors.html
- IQ
- stężenie cholesterolu, enzymów

Patologie
- nadciśnienie tętnicze
- otyłość
- hipercholesterolemia heterogenna

P. Niemiec
CECHY UWARUNKOWANE WIELOCZYNNIKOWO

Cechy jakościowe - określone fenotypem (1-jest/0-brak)

Najczęstsza przyczyna wad wrodzonych i niektórych chorób przewlekłych.

Cecha ujawnia się po przekroczeniu pewnej wartości progowej

Wady
- rozszczep wargi i/lub podniebienia
- wrodzone wady serca
- wrodzone wady cewy nerwowej

Choroby
- schizofrenia
- cukrzyca
- padaczka
- liczne typy nowotworów
http://pl.wikipedia.org
- choroba niedokrwienna serca
- psychoza afektywna dwubiegunowa

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE

Cecha (choroba) jednogenowa – warunkowana przez pojedynczy gen

Cecha (choroba) wielogenowa – warunkowana przez kilka genów
Cecha (choroba) wieloczynnikowa – warunkowana działaniem czynników
genetycznych i pozagenetycznych

geny

fenotyp

środowisko

P. Niemiec
PODSTAWOWE POJĘCIA GENETYCZNE
Heterogenność genetyczna
a) wspólny fenotyp wynikający z obecności odmiennych alleli w różnych loci lub
ich kombinacji
b) występowanie w danym locus licznych alleli przy braku zróżnicowania
fenotypowego

A Loci chromosomowe,
których mutacje
predysponują do
wystąpienia raka
piersi

B Mutacje w genie BRCA1

predysponujące do
wystąpienia raka
piersi

Cell, 2010, 141 (2), 210–217

P. Niemiec
STRUKTURA LUDZKIEGO
GENOMU
SEKWENCJE NIEKODUJĄCE

P. Niemiec
GENOM
- białka są kodowane przez 2-5% genomu
- 95-98% genomu ulega replikacji ale nie transkrypcji

- introny
- sekwencje regulatorowe
- rupieciowy DNA

Większość pozostałej części informacji genetycznej (sekwencje

międzygenowe) określa, kiedy i w jakich ilościach powinno być
wytwarzane białko/RNA, kodowane przez poszczególne geny

kodujący DNA
niekodujący DNA

96

P. Niemiec
SEKWENCJE REPETYTYWNE

Wysoce repetytywne powtórzenia tandemowe (satelitarne DNA)

- np. ACAAACT – stanowi 5-10% genomu człowieka

- mikrosatelity – 1-5 pz, np. (CA)n, (CG)n, (GT)n, (AT)n, (GATA)n
- minisatelity – 14-100 pz

Umiarkowanie repetytywne powtórzenia rozproszone (elementy ruchome -

transpozony)
4
- SINE – krótkie fragmenty kodujący DNA

wtrącone (14% genomu, w 15

satelitarny DNA
tym sekwencje Alu) 36

- LINE – długie fragmenty 10

Alu

wtrącone, w tym sekwencje LINE

L1 i KpnI inne sekwencje

powtarzalne
20 sekwencje
15 niepowtarzalne

P. Niemiec
RUPIECIOWE DNA a CHOROBY

Przyczyną chorób za które odpowiedzialne jest rupieciowe DNA jest zwykle

mutageneza insercyjna

Choroby związane z przerwaniem genów przez sekwencję L1 (LINE)

- hemofilia A i B – przerwanie genów dla czynników VIII i IX -
zwyrodnienie barwnikowe siatkówki - przerwanie genu dla
rodopsyny
- B-talasemia – przerwany gen B globuliny
- hipercholesterolemia rodzinna – przerwany gen dla receptora LDL
- rak jelita grubego – przerwany gen APC
- dystrofia mięśniowa Duchenne’a – przerwany gen dystrofiny

Choroby związane z przerwaniem genów przez sekwencję Alu (SINE)

- nadciśnienie – wywołane brakiem sekwencji Alu w obrębie intronu genu ACE –
kodującego konwertazę angiotensyny I
- choroba Huntingtona – przerwany gen huntingtyny

P. Niemiec
INTRONY

Przeciętny gen składa się z:

- egzonów, średnio 2 kpz (0.5-20 kpz)
- intronów, średnio 28 kpz (0.5-2480 kpz)

Niektóre geny są większe:

-dla czynnika VIII (mutacje prowadzą do hemofilii typu A), długość 186 kpz
(w tym 177 kpz stanowi 25 intronów)

- dla dystrofiny (mutacje prowadzą do dystrofii mięśniowej Duchenne’a,

DM Beckera), długość 2Mpz, zawiera 100 egzonów.

Wielkość tych genów chorobowych wpływa na zwiększenie szansy

wyniknięcia błędów podczas replikacji, rekombinacji i ekspresji informacji
genetycznej.

Niektóre ludzkie geny nie posiadają intronów (np. gen dla interferonu β1)

P. Niemiec
INTRONY
INTRONY
- powstały na bazie podjednostek genów, które utraciły swe pierwotne funkcje
- umożliwiły powstanie genów rozszczepionych
- umożliwiły komórkom powstawanie nowych genów i w konsekwencji bialek na
drodze „mieszaj i dopasuj” → patrz alternatywny splicing

Na podstawie: https://commons.wikimedia.org/wiki/File:DNA_alternative_splicing.gif

P. Niemiec
INTRONY
SPOSOBY POSTRZEGANIA INTRONÓW I EGZONÓW

1) Egzony – sekwencje podlegające pełnej ekspresji,

Introny – sekwencje nie podlegające pełnej ekspresji

2) Egzony – mikrogeny
Introny – systemy ułatwiające rekombinację wewnątrzgenową
jednostek mikrogenowych, promujące ich przestawianie.
Prowadzą do powstawania nowych wielodomenowych białek.

FUNKCJE INTRONÓW
- mogą zawierać regulatorowe sekwencje DNA
- mogą w swojej sekwencji zawierać ukryte geny funkcjonalne
- mogą regulować ekspresję informacji genetycznej w sposób jeszcze nieznany
- zmutowane introny mogą być przyczyną chorób:
- neurofibromatoza – intron genu NF1
- oponiak – intron genu SIS
- homologiczne geny u różnych gatunków zawierają zwykle introny w tych samych
pozycjach, choć ich rozmiary się różnią.

P. Niemiec
INTRONY

UKŁAD MODUŁÓW

Całość egzonów kodująca wszystkie polipeptydy może się składać z zaledwie 1000
podstawowych motywów DNA, z których każdy wyznacza sekwencję o długości
około 40 reszt aminokwasowych.

UKŁAD MODUŁÓW n

A, T (U), G, C 4

Kodony 64

Motywy egzonowe 1 000

Geny 20 000-25 000

Białka 30 000-50 000 (120 000)

P. Niemiec
INTRONY

UKŁAD MODUŁÓW

Homologiczne sekwencje DNA spotyka się w genach kodujących białka, których

domeny spełniają podobna funkcję.

Domeny białkowe (F, C, L,

A, E i inne z ryciny obok)
receptorów dla cytokin
posiadają bardzo podobną
strukturę na poziomie
białka i są kodowane przez
moduły DNA o homolo-
gicznej sekwencji
nukleotydowej

Na podstawie: Int. J. Mol. Sci. 2014, 15(4), 6517-6526.

P. Niemiec
SEKWENCJE HOMOLOGICZNE

podobieństwo sekwencji kodujących a ewolucja

Fragment sekwencji aminokwasowej cytochromu C u organizmów zwierzęcych z różnych grup

systematycznych
na podstawie: http://members.cox.net/ardipithecus/evol/seq.html

P. Niemiec
SEKWENCJE HOMOLOGICZNE

PODOBIEŃSTWO SEKWENCJI KODUJĄCYCH

Fragment sekwencji aminokwasowej białka EF1 (elongacja translacji) u organizmów żywych z

różnych grup systematycznych

P. Niemiec
GENOM MITOCHONDRIALNY

P. Niemiec
GENOM MITOCHONDRIALNY

- Genom mitochondrialny człowieka to koliste cząsteczki DNA (mtDNA), które

znajdują się w matriks mitochondrialnej w wielu kopiach

Na podstawie:
https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mitochondrial_electron_transport_chain%E2%80%94Etc4.svg

P. Niemiec
mtDNA - CECHY

- koliste
- 2-12 cząsteczek/ mitochondrium, 10-1000 mitochondriów/ komórkę
Heteroplazmia – w tej samej komórce mogą współwystępować.prawidłowe i zmutowane mtDNA
- pochodzi w 99,9999 od matki (plemnik dostarcza statystycznie 1/10 000 części mtDNA)
- koduje składniki łańcucha oddechowego, mitochondrialne rRNA oraz tRNA
- pozostałe białka niezbędne do funkcjonowania mitochondriów syntetyzowane są przez genom
jądrowy
- synteza składników łańcucha oddechowego w mitochondriach związana jest z silną
hydrofobowością tych białek, które nie mogłyby pokonać bariery błonowej i wejść do
mitochondriów

http://remf.dartmouth.edu/images/mammalianLungTEM/source/8.html
P. Niemiec
GENOM MITOCHONDRIALNY Homo sapiens

CECHA n
Liczba wszystkich genów 37

Geny kodujące białka 13

- kompleksu oddechowego 13

- rybosomów -

- transportowe -

- polimerazy RNA -

- czynniki translacyjne -

Geny dla mt rRNA 2

Geny dla mt tRNA 22

Geny dla innych mt RNA -

Liczba intronów -

Wielkość w pz 16 569
https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Mitochondrialne_DNA_pl.svg

P. Niemiec
mtDNA - podobieństwa do genomów bakteryjnych

- koliste
- nie posiadają rusztowania białkowego
- nie są przerywane (brak intronów)
- w większości przypadków brak obróbki posttranskrypcyjnej → czapeczki ….końca 5’, ogona
poli A.końca 3’
- niektóre kodony reprezentują inne aminokwasy niż ma to miejsce w genomowym DNA
- 5 ramek odczytu nie ma kodonu terminacyjnego, w trzech przypadkach.jądrowe kodony dla
argininy (AGA, AGG) są terminacyjnymi
- nadpisanie – ostatnia zasada jednego genu jest pierwszą kolejnego
- brak rupieciowego DNA (tylko 87 pz nie można przypisać funkcji)
- wyjątkowo krótkie geny kodujące rRNA

mitochondria prokariota eukariota

duża podjednostka 16 S 23 S, 5 S 28 S, 5.8 S, 5 S
mała podjednostka 12 S 16 S 18 S

P. Niemiec
KOD GENETYCZNY

ODSTĘPSTWA OD UNIWERSALNOŚCI kodu genetycznego

CECHA jądrowy DNA mitochondrialny DNA

kodon UGA terminacja (kodon stop) tryptofan

kodon AUA izoleucyna metionina

AGA/ AGG arginina terminacja (kodon stop)

P. Niemiec
TEORIA ENDOSYMBIOTYCZNA

- zakłada, że mitochondria to relikty niegdyś żyjących bakterii, które weszły ..w symbiozę z
przodkiem komórki eukariotycznej
- założenie wynika z podobieństwa mtDNA do genomów bakteryjnych

Współcześnie żyjące Riketsje są blisko spokrewnione z organizmem, który dał początek

mitochondriom.
- w toku ewolucji doszło do przeniesienia genów z.organellum do jądra
- to przeniesienie wciąż ..zachodzi, ponieważ chromosomy ssaków ..zawierają sekwencje
..mtDNA ..(sekwencje chimeryczne)

http://remf.dartmouth.edu/images/mammalianLungTEM/source/8.html

P. Niemiec
TEORIA ENDOSYMBIOTYCZNA
W 1966 roku mikrobiolog Kwang Jeon badał populację ameby w warunkach laboratoryjnych (I),
jednak niespodziewanie pierwotniaki zaczęły obumierać.

W cytoplazmie każdego osobnika zauważył tysiące drobnych kropek. Okazało się, że to infekcja
bakteryjna. Większość ameb osłabiła się i umarła, ale bardzo mały odsetek wyzdrowiał i wydawało
się, że wraca do normy (II).

Profesor założył, że ten nieliczny odsetek

ma odporność na bakterie. Podczas badania
Jeon stwierdził jednak, że każda zdrowa
ameba, która przetrwała epidemię nadal
zawiera ponad 40 000 bakterii żyjących
wewnątrz (III).

Mikrobiolog potraktował hodowlę

antybiotykiem, który zabił nie tylko bakterie
ale również ich żywicieli – ameby (IV).

Wystarczyło 18 miesięcy (200 generacji

komórek), żeby komórki ameby uzależniły
swój metabolizm od niedawnych
najeźdźców i niedoszłych pasożytów. https://commons.wikimedia.org/wiki/File:DIAGRAM_JEON_EXPERIMENT-
_Endosymbiotic_Theory_Evidence.svg

P. Niemiec
CHOROBY MITOCHONDRIALNE

- dziedziczone po matce, zapadalność u obu płci jednakowa

Jeśli chora jest matka, choroba

ujawnia się u jej wszystkich
dzieci, niezależnie od płci (A).
Natężenie objawów może być
zmienne osobniczo.

Jeżeli na chorobę
mitochondrialną cierpi ojciec,
choroba nie przenosi się
międzypokoleniowo (B).

- zwykle związane ze spadkiem wydajności oddychania komórkowego,.prowadzącego do

niewydolności organów; serca, mięśni szkieletowych, OUN, nerek.

P. Niemiec
CHOROBY MITOCHONDRIALNE

Przyczyną chorób mitochondrialnych są mutacje w genach:

- kodujących
- mt tRNA
- somatycznych, jądrowych, kodujących białka zaangażowane
w pracę mitochondriów

MUTACJE GENÓW KODUJĄCYCH

- zespół nietolerancji wysiłkowej – mutacje w genie cytochromu C

- optyczna neuropatia Lebera (LHON) – mutacje zmiany sensu w genie dehydrogenazy NADH lub
genach cytochromów

P. Niemiec
CHOROBY MITOCHONDRIALNE

MUTACJE GENÓW dla mtDNA

- MERRF – epilepsja miokloniczna, spowodowana mutacją punktową nukleotydu 8344 G-

A w genie.kodującym tRNA lizyny w mtDNA (80-90% przypadków) > padaczka,
progresywna ataksja, osłabienie mięśni i/lub zwyrodnienie, głuchota, demencja.

- MELAS – encefalopatia mitochondrialna i zespoły udaropodobne, w 80 - 90%

przypadków przyczyną choroby jest mutacja punktowa nukleotydu 243 w obrębie genu
tRNA leucyny w mtDNA

- MMC – miopatia i kardiomiopatia przerostowa

P. Niemiec
FILOGENETYKA MOLEKULARNA
- mtDNA nie posiada systemów naprawczych, gromadząc substytucje ..(polimorfizmy, mutacje)
10 x szybciej niż DNA jądrowy

- jest dobrym narzędziem filogenetyki molekularnej w badaniach.prehistorii człowieka

- mitochondrialna Ewa żyła w Afryce a wszystkie współczesne formy mitochondrialnego DNA

wywodzą się ze wzoru, który powstał 130 000-170 000 lat temu

P. Niemiec
 REPLIKACJA
PODZIAŁY KOMÓRKOWE
podstawowe pojęcia

P. Niemiec
REPLIKACJA/ PODZIAŁY KOMÓRKOWE – podstawowe pojęcia

Replikacja zachodzi w fazie S (syntezy) cyklu komórkowego

P. Niemiec
REPLIKACJA/ PODZIAŁY KOMÓRKOWE – podstawowe pojęcia
Replikację (faza S) poprzedza kontrola kompletności i poprawności materiału genetycznego.
W razie stwierdzenia nieprawidłowości dochodzi do naprawy DNA lub, jeśli uszkodzenia
DNA okażą się zbyt rozległe, uśmiercenia komórki na drodze apoptozy. Podobne procesy
poprzedzają podział komórkowy (faza M). Są to tzw. punkty kontrolne cyklu komórkowego
(G1/S i G2/M), zapobiegające powielaniu zmutowanego, nieprawidłowego materiału
genetycznego.
PUNKT
KONTROLNY
G1/S

PUNKT
KONTROLNY
G2/M

P. Niemiec
REPLIKACJA

- jest procesem syntezy DNA

- zachodzi w czasie każdego cyklu komórkowego
- jest semikonserwatywna
- wymaga obecności określonych enzymów i białek:
Polimeraz, prymazy, helikazy, topoizomeraz, ligaz
- Wymaga obecności aktywnych substratów: dATP, cCTP,
dGTP i dTTP
- tylko jedna nić jest kopiowana w sposób ciągły (wiodąca)
druga w sposób nieciągły (opóźniona), w postaci krótkich
fragmentów, tzw. f. Okazaki
- synteza DNA wymaga obecności starterów RNA
- zakończenie liniowych cząsteczek DNA wymaga
zabezpieczeń przed skracaniem cząsteczek DNA w czasie
każdej rundy replikacyjnej – rolę tę spełniają telomery

P. Niemiec
REPLIKACJA – polimerazy DNA bakterii i eukariotów

Bakteryjne : Funkcja
Polimeraza DNA I replikacja i naprawa
Polimeraza DNA II naprawa DNA
Polimeraza DNA III główny enzym replikacyjny

Eukariotyczne: Funkcja
Polimeraza DNA α prymaza, synteza starterów
Polimeraza DNA β naprawa DNA
Polimeraza DNA γ replikacja mtDNA
Polimeraza DNA δ główny enzym replikacyjny
Polimeraza DNA ε replikacja DNA, podjednostka
pomocnicza

P. Niemiec
REPLIKACJA – enzymy pomocnicze

Prymaza - polimeraza RNA

uczestniczy w syntezie startera, który następnie jest
usuwany z cząsteczki i wymieniony przez DNA

Helikaza - likwiduje wiązania wodorowe w podwójnej

helisie DNA

Topoizomerazy - usuwają napięcia torsyjne - skręty z podwójnej

helisy DNA podczas replikacji

Ligaza DNA - syntetyzuje wiązanie fosfodiestrowe podczas

replikacji, naprawy i rekombinacji DNA

P. Niemiec
REPLIKACJA – nić wiodąca i opóźniająca
kierunek przesuwania się widełek
- ułożenie nici jest antyrównoległe
- łańcuchy są syntetyzowane zawsze w kierunku 5’→3’
- nić wiodąca zaczyna się końcem 3’, na niej synteza jest ciągła
- nić opóźniona – synteza nieciągła w postaci fragmentów Okazaki

P. Niemiec
REPLIKACJA – miejsca startu u prokariota i eukariota

- u prokariota jedno miejsce inicjacji replikacji (ORI), bogate w AT

- u eukariota wiele miejsc inicjacji replikacji konieczne do szybkiej syntezy dużych
genomów
- ponad 6000 widełek replikacyjnych na największy chromosom Drosophila,
- rzeczywisty czas replikacji - 3 minuty,
- gdyby istniał pojedynczy punkt inicjacji replikacja trwałaby ponad 16 dni

prokaryota eukaryota

P. Niemiec
REPLIKACJA – telomery

- telomery – końcowe odcinki chromosomów, chronią je przed uszkodzeniem

- są to sekwencje (TTAGGG)n, długości około 4 000 pz
- nie są replikowane z resztą genomu, ale dobudowywane enzymatycznie
(telomeraza) po każdym podziale komórkowym
- telomery skracają się o kilkadziesiąt pz po każdym podziale
- po kilkudziesięciu podziałach telomery zanikają, pozbawione ich chromosomy
ulegają rozpadowi a komórki giną
- nowotwory – silna aktywność telomerazy, telomery nie ulegają skracaniu

Na podstawie: http://barleyworld.org/css430_09/lecture%207-09/figure-07-25.JPG

P. Niemiec
EKSPRESJA INFORMACJI
GENETYCZNEJ

P. Niemiec
EKSPRESJA INFORMACJI GENETYCZNEJ

TRADYCYJNE SPOJRZENIE
- transkrypcja
- translacja

PRZEBIEG U EUCARYOTA
- transkrypcja
- dojrzewanie RNA
- synteza capu (5’)
- synteza ogona poli A (3’)
- splicing
-transport do cytoplazmy
- degradacja transkryptu lub
translacja
- obróbka posttranslacyjna

P. Niemiec
KOD GENETYCZNY

Sekwencja nukleotydów w mRNA determinuje sekwencję aminokwasów w białku

(I-rzędowa struktura białka)

Kod genetyczny określa relację między 4 zasadami w kwasach nukleinowych a sekwencją 20

aminokwasów w białkach. Kod genetyczny jest:

- trójkowy – 3 nukleotydy mRNA (kodony) kodują jeden aminokwas

- niezachodzący – kodony są odczytywane kolejno (u eukaryota jest to reguła, u prokaryota

rzadkość)

- bezprzecinkowy
- zdegenerowany (wieloznaczny) - ten sam aminokwas kodowany jest przez wiele kodonów,
istnieją 64 kombinacje dla 20 aminokwasów
tzw. kodony synonimowe (18 z 20 aminokwasów.jest kodowanych przez więcej niż 1 kodon,
tylko metionina i tryptofan mają po 1 kodonie)

- jednoznaczny – uniwersalny (z wyjątkami, patrz wyżej genom mitochondrialny)

P. Niemiec
KOD GENETYCZNY

Składnikiem kodonu najsilniej determinującym jego właściwości jest druga zasada, najmniej
ważnym zwykle jest trzecia

- 8 aminokwasów kodowanych jest tylko pierwszymi dwoma zasadami np. treonina

przez AC (ACA, ACC, ACG, ACU)

- A w pozycji II → hydrofilny charakter aminokwasu (aminokwas prezentowany na zewnątrz

cząsteczki białka)
- T w pozycji II → hydrofobowy charakter aminokwasu (aminokwas prezentowany w rdzeniu
cząsteczki białka)

GAA, GAG GUA, GUG

P. Niemiec
sekwencje cis i trans

SEKWENCJE WPŁYWAJĄCE NA FUNKCJĘ GENÓW

- działające w układzie cis – promotory i wzmacniacze
- działające w układzie trans – kodujące informacje o transaktywatorach
(białkach regulatorowych – czynnikach transkrypcyjnych)

Regulatorowy czynnik transkrypcyjny

(aktywuje specyficzne geny)

(wspólne dla
licznych genów)

P. Niemiec
sekwencje cis i trans

SEKWENCJE cis zmieniają ekspresję sąsiednich genów na tym samym chromosomie

- promotory - zapewniają miejsca wiązania czynników transkrypcyjnych podstawowych
(niespecyficznych, wspólnych dla wielu genów)
- wzmacniacze - wiążą trans-aktywatory regulatorowe, specyficzne genowo.

P. Niemiec
sekwencje cis i trans

KONSTYTUTYWNE SEKWENCJE REGULATOROWE PROMOTORÓW

Są nieswoiste, występują w większości promotorów, wiążąc podstawowe czynniki
transkrypcyjne
- GGGCGG (-100) – wiąże Sp1, monomeryczny główny czynnik transkrypcyjny
- CAAT (-75) – wiąże główny czynnik transkrypcyjny Nf1
- TATA (-25) – wiąże białko TBP (TATA binding protein), które jest zasocjowane z
8-12-toma dodatkowymi białkami tworząc konserwatywny transaktywujący
czynnik transkrypcyjny TFIID

P. Niemiec
sekwencje cis i trans

- TBP wiąże trans-aktywujące białko X wirusa zapalenia wątroby typu B (HBV),

co jest wymagane podczas replikacji wirusa, prowadzącej do zapalenia wątroby i
kancerogenezy

P. Niemiec
sekwencje cis i trans

WZMACNIACZE

- nie są konieczne do inicjacji transkrypcji

- są to tzw. miejsca odpowiedzi, np. na czynnik transkrypcyjny, hormon
- ułatwiają związanie polimerazy RNA w kompleksie preinicjacyjnym
- występują w znacznej odległości od miejsca startu transkrypcji, zwykle powyżej
promotora (w kierunku 5’)
- mogą znajdować się także w kierunku 3’
- wewnątrz intronów
- w eksonach (np. w genach immunoglobulinowych)
- za ORF
Czynnik transkrypcyjny Miejsce odpowiedzi funkcja
Jun, Fos AP1 mitogeneza, odpowiedź na stres
oksydacyjny
CREB CRE – cAMP response element bodźce węchowe, rytmy dobowe

Receptory h. steroidowych SRE – steroid response element w zależności od hormonu

STAT Elementy GAS sygnały z cytokin, czynników

wzrostu, mitogeneza

P. Niemiec
sekwencje cis i trans

SEKWENCJE trans

- kodują dyfundujące czynniki transkrypcyjne

- ich produkty zmieniają ekspresję odległych genów, również zlokalizowanych na innych
chromosomach
- zwiększają prawdopodobieństwo inicjacji transkrypcji przez przyciąganie polimerazy
RNA

P. Niemiec
EKSPRESJA INFORMACJI GENETYCZNEJ – podstawowe pojęcia

P. Niemiec
EKSPRESJA INFORMACJI GENETYCZNEJ – typy RNA

RODZAJE RNA:
- mRNA (matrycowy RNA),
- tRNA (transportujący RNA),
- rRNA (rybosomalny RNA),
- scRNA – small cytoplasmic RNA,
- snRNA – small nuclear RNA,
- snoRNA – małe jąderkowe RNA
- rRNA – najliczniejsza klasa RNA w komórce
-snRNA – odpowiedzialne za splicing
-snoRNA – odpowiedzialne za modyfikacje chemiczne
(metylacja) rRNA, snRNA, mRNA, cięcie pre-rRNA, udział
w tworzeniu struktury III-rzędowej rRNA
- scRNA różne funkcje, nie wszystkie jeszcze poznane,
między innymi splicing

P. Niemiec
EKSPRESJA INFORMACJI GENETYCZNEJ – etapy ekspresji RNA

Etapy powstawania i dojrzewania RNA

-Transkrypcja - wytworzenie pierwotnego transkryptu hnRNA (heterogenny jądrowy

RNA) zawierającego zarówno eksony, jak i introny, którego głównym składnikiem jest
pre-mRNA

- usuwanie intronów w procesie składania (splicing) pierwotnych transkryptów.

Prowadzą go kompleksy białek enzymatycznych i cząsteczki snRNA (cząsteczki RNA o
właściwościach katalitycznych); snRNA wraz z białkami tworzą spliceosom

- modyfikacja końców 5’ i 3’ dojrzewającego mRNA przy udziale enzymów

- utworzenie kompleksu rybonukleoproteinowego (mRNA + białko) – tzw.

informosomu i transport z jądra do cytoplazmy

- rozpad informosomu, połączenie mRNA z rybosomami i translacja

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

INICJACJA
- wiązanie się białek kompleksu preinicjacyjnego z sekwencjami promotorowymi
- lokalne rozplecenie nici (topnienie) DNA - miejscowa acetylacja histonów
(euchromatynizacja odcinka DNA)
- powstanie bąbla transkrypcyjnego – rozerwanie wiązań wodorowych, wynikające z
naprężeń wywołanych przez kompleks białkowy
- przyłączenie polimerazy RNA

na podstawie commons.wikimedia.org

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

ELONGACJA

- polimeraza RNA odrywa się od kompleksu, przesuwa się w dół (5’→3’) z szybkością 50
nukleotydów na sekundę
- grupa 3’-OH jednego rybonukleotydu reaguje z 5’ fosforanem innego tworząc wiązanie
fosfodiestrowe; nowe rybonukleotydy są dodawane do końca 3’ rosnącego łańcucha
RNA
- hybrydyzacja DNA-RNA zapobiega ponownemu zwinięciu DNA

na podstawie commons.wikimedia.org

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

TERMINACJA

http://www.uic.edu/classes/bios/bios100/summer2002/rna-loop.jpg
- w regionie o określonej sekwencji tworzy się z RNA
struktura spinki do włosów
- RNA jest oddzielany od DNA, ulega obróbce i jest
transportowany do cytoplazmy
- mRNA (koniec 5’ transkryptu) w cytoplazmie, lub
częściej osiągając RER łączy się z rybosomem co
zapoczątkowuje proces translacji.

na podstawie commons.wikimedia.org

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – dojrzewanie RNA

modyfikacje końca 5’
PRZYŁĄCZENIE CZAPECZKI CAP

- na końcu 5' przyłączana jest zmetylowana guanozyna

(7-mG), za co odpowiada enzym guanylotransferaza –
powstaje wiązanie 5’,5’- trifosforanowe
-powstaje kotranskrypcyjnie

FUNKCJE
- zabezpieczenie mRNA przed degradacją przez 5’-
egzonukleazy

- stabilizuje mRNA po przetransportowaniu do

cytoplazmy

- ułatwia utworzenie kompleksu mRNA-rybosom

i inicjację translacji
www.ncbi.nlm.nih.gov/bookshelf/

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – dojrzewanie RNA
modyfikacje końca 3’
TWORZENIE OGONA POLI(A)

- przyłączanie sekwencji reszt adenylowych na końcu 3’

- ok. 200 adenin dodanych po transkrypcji
- wymaga obecności odpowiednich sekwencji sygnałowych – sygnał taki stanowi se-
kwencja poliadenylacji (AAUAA) rozpoznawana przez białko CPSF
- ogon poli(A) syntetyzowany jest przez polimerazę poli(A)

https://commons.wikimedia.org/wiki/File:MRNA_structure.svg

FUNKCJA
- zwiększa stabilność mRNA - zabezpiecza przed 3’-egzonukleazami
- ułatwia transport cząsteczki mRNA z jądra do cytoplazmy
P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – dojrzewanie RNA

usuwanie intronów - SPLICING

- polega na usunięciu z pre-mRNA sekwencji niekodujących – intronów i połączeniu
eksonów
- zachodzi w jądrze komórkowym
- po składaniu dojrzały mRNA jest transportowany do cytoplazmy
Wymaga do przebiegu licznych klas snRNA, scRNA i białek tworząc snRNP i scRNP

https://en.wikipedia.org/wiki/RNA_splicing#/media/File:RNA_splicing_reaction.svg

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

TYPY POLIMERAZ RNA

Polimerazy RNA katalizują tworzenie wiązań fosfodiestrowych pomiędzy

nukleotydami

- u Prokariota występuje tylko jeden rodzaj polimerazy RNA

- u Eukariota transkrypcję katalizują trzy polimerazy:

polimeraza I RNA (60% polimeraz)

- odpowiedzialna za syntezę rRNA (bez 5S rRNA)
polimeraza II RNA (30% polimeraz)
- odpowiedzialna za syntezę mRNA i snRNA
polimeraza III RNA (10% polimeraz)
- odpowiedzialna za syntezę tRNA, 5S rRNA i snRNA

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

polimeraza II RNA
występuje w jądrze, odpowiedzialna za syntezę mRNA i snRNA

Transkrybuje geny kodujące białka

Jej wiązanie z promotorem wymaga obecności czynników transkrypcyjnych
Promotor zawiera zwykle element sekwencji DNA tzw. kasetę TATA (5’
TATA(A/T)A(A/T) 3’ położoną w odległości około -25 pz od miejsca startu
transkrypcji); związanie polimerazy RNA II z kasetą TATA warunkują m. in. czynniki
TFIIA, TFIIB tworzące rodzaj platformy w pobliżu kasety TATA; niektóre wiążą
sekwencje wzmacniające

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

- miejsce startu posiada ok. 25 pz. Po miejscu przyłączenia preinicjacyjnego kompleksu

białek i 25 przed kodonem AUG (wyznaczającym ORF)
- niektóre geny posiadają dodatkowe alternatywne miejsca startu transkrypcji

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

polimeraza I RNA
występuje w jąderku, odpowiedzialna za syntezę rRNA (bez 5S rRNA)

Geny kodujące rRNA tworzą w genomie tandemową, wspólną jednostkę

transkrypcyjną, która powtarza się kilkaset razy (100-5000 x w genomie
haploidalnym, u człowieka około 450 kopii)

Na każdym z takich genów w tym samym czasie pracuje wiele cząsteczek

polimerazy RNA I

Inicjacja transkrypcji zachodzi podobnie jak w przypadku RNA II

Sygnał terminacji stanowi sekwencja zgodna o dł. 18 pz znajdująca się 600 pz

poniżej końca genu

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

polimeraza I RNA
Mechanizm powstawania rRNA

na podstawie http://www.nature.com

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA

polimeraza III RNA

występuje w jądrze, odpowiedzialna za syntezę pre-tRNA i 5S rRNA

- inicjacja transkrypcji zachodzi podobnie jak w przypadku polimeraz RNA II

- sekwencje promotorowe rozpoznawane przez ten enzym występują w obrębie
sekwencji kodującej genów, poniżej miejsca startu transkrypcji, ok. 100 nukleotydów
przed nim
- brak struktury cap w małych RNA, koniec to zatem trifosforan-5’
- ostateczna długość małych RNA otrzymywana jest przez splicing (enzymatyczny lub
autokatalityczny) i działanie egzonukleaz
- tRNA ulega wielu modyfikacjom posttranskrypcyjnym (dotyczą 10% zasad). Zasady
zmodyfikowane w tRNA to: pseudourydyna, inozyna, dihydrourydyna,
rybotymidyna, metyloguanozyna, metyloinozyna

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – czynniki transkrypcyjne

CZYNNIKI TRANSKRYPCYJNE – czynniki trans-aktywujące

(transaktywatory)
Są białkami wiążącymi DNA, bezpośrednio wpływającymi na ekspresję

Zbudowane są z:
- domeny wiążącej swoistą sekwencję DNA (DBD)
- domeny warunkującej dimeryzację (DD)
- domeny trans-aktywującej (TAD)

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – czynniki transkrypcyjne

MOTYWY CZYNNIKÓW TRANSKRYPCYJNYCH

bezpośrednio oddziałujące z DNA, znajdujące się w domenie DBD

- palce cynkowe – receptory hormonów steroidowych, Sp1

- suwak leucynowy – Jun, Fos

- helisa-pętla-helisa – MyoD, miogenina

- helisa-skręt-helisa – białka zawierające domenę

homeotyczną

- bZip – zasadowy Zip – Jun, Myc, Max, Mad

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – motywy czynników transkrypcyjnych

PALCE CYNKOWE

Motywy występujące w receptorach hormonów

steroidowych, Sp1
http://genomebiology.com
- atom Zn otoczony czterema resztami
aminokwasowymi
- dwa typy
- Cys2His2
- Cys4
- w każdej domenie wiążącej DNA (monomer)
przynajmniej 3 motywy, każdy złożony z 30
reszt aminokwasowych
- monomery dimeryzują, wtedy nabierają
zdolności do wiązania liganda
- oddziałują z dużym rowkiem DNA
commons.wikimedia.org

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – motywy czynników transkrypcyjnych

SUWAK LEUCYNOWY

Motyw występujący w:
- Jun, Fos (tworzą AP1)
- CREB – białko wiążące element odpowiedzi
na cAMP

- dwie α-helisy białka zagłębiają się tworząc

dimeryczny klips (superhelisę) wiążący się z DNA

- helisy łączą się za pomocą leucyn (w co 7-mej

pozycji aminokwasowej na przestrzeni 35 reszt
aminokwasowych), zlokalizowanych wewnątrz
superhelisy, stabilizowanych wiązaniami hydro-
fobowymi i oddziaływaniami van der Waalsa

commons.wikimedia.org

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – motywy czynników transkrypcyjnych

HELISA-PĘTLA-HELISA (HLH)

Motyw występujący w:
- myoD – różnicowanie miocytów
- c-myc – kontrola proliferacji
- E12, E47 – białka immunoglobulin wiążące
enhancery
- monomer zbudowany z dwóch krótkich
hydrofobowych helis białka rozdzielonych
wbudowanym odcinkiem pętli (12-28 reszt
aminokwasowych)
- helisy uczestniczą w tworzeniu heterodimerów
białek różnych klas a pętla jest niezbędna do
wiązania DNA
- aktywny w postaci dimeru

commons.wikimedia.org

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – motywy czynników transkrypcyjnych

HELISA-SKRĘT(zwrot)-HELISA (HTH)

Motyw występujący w:
- histonie H5
- Myb – kontroluje proliferację
- HNF3 – różnicowanie hepatocytów (synteza
albumin)
- represorach bakteryjnych
- monomer zbudowany z dwóch krótkich
α-helis białka rozdzielonych krótkim odcinkiem
tworzącym zwrot (skręt)
- w skład monomeru wchodzą:
- helisa rozpoznawcza – wiąże DNA (wiązania
wodorowe, elektrostatyczne, van der Waalsa)
- helisa dimeryzująca
- aktywny w postaci dimeru

commons.wikimedia.org

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – motywy czynników transkrypcyjnych

Zdolność do homo- i heterodimeryzacji motywów czynników transkrypcyjnych

rozszerza zakres ich działania regulacyjnego
- homodimery – zaginają DNA umożliwiając aktywację genu, wiązanie
polimerazy RNA i innych białek kompleksu transkrypcyjnego
- heterodimery – zwykle zapobiegają tworzeniu się homodimerów, co prowadzi
do represji transkrypcji, jednak nie zawsze (np. heterodimer Fos/Jun w AP1)

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – czynniki transkrypcyjne

INTERAKCJE SYNERGISTYCZNE (+) i ANTAGONISTYCZNE (-)

są powszechne pomiędzy czynnikami transkrypcyjnymi

Mechanizmy, które znoszą aktywujące działanie trans-aktywatora

1. tłumienie – wiązanie białka represora do domeny funkcjonalnej trans-aktywatora
2. fosforylacja – domena trans-aktywatora ulega deaktywacji bądź aktywacji
3. heterodimeryzacja – osłabienie powinowactwa do DNA lub stabilności dimeru.

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – czynniki transkrypcyjne

WYCISZACZE
- u prokaryota – represory
- u eukaryota
- białka
- z motywem palec typu RING – reagują z receptorami
zawierającymi motyw palca cynkowego. Hamują aktywność
genów i wzrost komórkowy
- BRCA1 – mutacje - dziedziczny rak sutka
- PML – zmiany w strukturze prowadzą do ostrej białaczki
promielocytarnej
- parkina – produkt genu odpowiedzialnego za chorobę
Parkinsona
- trans-aktywatory ulegające modyfikacjom potranskrypcyjnym
(1 gen koduje aktywator i represor)

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – typy regulacji

KONTROLA EKSPRESJI GENU – TYPY REGULACJI

- NA POZIOMIE TRANSKRYPCJI
- układy cis i trans
- alternatywny dobór promotora

- REGULACJA POSTTRANSKRYPCYJNA
- alternatywne składanie (alternatywny splicing)
- redagowanie RNA
- modyfikacje stabilności mRNA
- interferujące RNA typu siRNA
- interferujące RNA typu miRNA

- REGULACJA NA POZIOMIE TRANSLACJI

- modyfikacja ekspresji limitowana podażą koenzymu, kofaktora
- modyfikacje posttranslacyjne

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – typy regulacji – na poziomie transkrypcji

kontrola ekspresji genu przez

ALTERNATYWNY DOBÓR PROMOTORA
- w genach posiadających więcej niż jeden promotor np. α-amylazy i aldolazy A.
- poziom transkrypcji zależy od typu funkcjonującego w danej chwili promotora
- występuje kilka promotorów o różnej aktywności
- dobór promotora jest specyficzny tkankowo i zależy od aktywności
specyficznych czynników regulatorowych
- w konsekwencji powstają różne typy RNA w różnych tkankach

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – typy regulacji - obróbka posttranskrypcyjna
kontrola ekspresji genu przez
ALTERNATYWNE SKŁADANIE (ALTERNATYWNY SPLICING)
- z jednej cząsteczki pre-mRNA powstaje seria różnych mRNA, niosących
informację o spokrewnionych białkach.
- może prowadzić do powstania białek całkiem odmiennych funkcjonalnie.
Przykładem może być gen kodujący kalcytoninę. W tarczycy powstaje prekursor kalcytoniny. W
mózgu ten sam gen koduje informację o białku CGRP (calcitonin gene relative peptide), pełniącym
funkcję neuroprzekaźnika (bodźce bólowe nocyceptorów)

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – typy regulacji - obróbka posttranskrypcyjna

kontrola ekspresji genu przez

REDAGOWANIE RNA
- polega na substytucji, modyfikacji chemicznej (metylacja, deaminacja) lub
delecji/insercji jednego z nukleotydów.
- prowadzi do zamiany kodonu sensownego na kodon terminacyjny
- finalnie powstają dwa typy białek: dłuższe i krótsze
- zachodzi z udziałem enzymów edytujących.
Przykładem może być synteza białek ApoB-100 (powstaje w wątrobie, składnik LDL i VLDL)
i ApoB-48 (powstaje w jelicie, składnik chylomikronów i ich remnantów). Polega na
zamianie kodonu glutaminianu (CAA) na kodon STOP (UAA). Przyczyną jest deaminacja C
do U w pozycji 2153 genu APOB. Enzym katalizujący reakcję to APOBEC1

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – typy regulacji - obróbka posttranskrypcyjna

kontrola ekspresji genu przez

MODYFIKACJĘ STABILNOŚCI mRNA

- czas półtrwania mRNA u bakterii wynosi 2 minuty

- czas półtrwania mRNA u eukaryota wynosi 4-24 h, czasem kilka dni

- onkogeny kodują białka wzmacniające ekspresję innych białek, w tym regu-

lujących podziały komórkowe

- stabilizacja mRNA onkogenów c-myc, c-fos wzmaga ekspresję białek od nich

zależnych

- destabilizację warunkują nieprzepisywane na białko sekwencje na końcu 3’

onkogenów, w c-myc jest to region 51 nukleotydów bogatych w AT

- mutacje w tych regionach często prowadzą do utraty kontroli nad cyklem

komórkowym

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – typy regulacji - obróbka posttranskrypcyjna
kontrola ekspresji genu przez
DEGRADOWANIE TRANSKRYPTÓW Z UŻYCIEM siRNA (small interferring RNA)

P. Niemiec
TRANSKRYPCJA – typy regulacji - obróbka posttranskrypcyjna

kontrola ekspresji genu przez

ZAPOBIEGANIE TRANSLACJI Z UŻYCIEM miRNA

P. Niemiec