Tartalmi összefoglaló „a génexpresszió szabályozása” témakörből készült tételekhez:

C-12. A DNS szerkezete, a kromatin szerkezete, eukromatin, heterokromatin, transzkripció

szabályozása, enhancer, silencer, a prokariota és eukariota génkifejeződés különbsége.
A DNS szerkezete: az "elsődleges szerkezet" a nukleotidok sorrendje, amely információt kódolhat. A
nukleotid purin v. pirimidin bázisból, dezoxiribózból és foszfát-csoportból áll. A dezoxiribóz kovalansen
kapcsolodó foszfát-csoporttal alkotja a molekula cukor-foszfát gerincét. A két szál között hidrogénhidak
alakulnak ki, kettő az adenin és timin bázisok között, három a guanin és citozin között. A két szál dupla
helixet alakít ki, melyen u.n. nagy árok (angolul major groove) és kis árok (minor gr.) különböztethető meg. A
transzkripciós faktorok többnyire a nagy árokba kötődnek, mert onnan megkülönböztethető a G C és a C G
kapcsolat, ill. az A:T és T:A kapcsolat, anélkül, hogy a két DNS szálat el kellene választani a specifikus
szekvenciát felismerés érdekében.
A kromatin szerkezete: a nukleoszómák az elemi egységek, amelyekben a DNS kettős spirál a histon
oktamerek köré tekerődik (2x H2A,H2B,H3,H4). A nukleoszómákat az ötödikféle hiszton fehérje (H1)
kapcsolja össze. Mindez mintegy 40x kondenzálja hosszában a genomikus DNS-t. A DNS kettős spirál 100-
1000x rövidül a kromatinban és 10.000x a metafázisos kromoszómákban. (A haploid humán genom 180 cm
hosszú, a metafázisos kromoszómák hossza összesen 180 µm.) Az eukromatin, a kevésbé kondenzált és
gyakrabban RNS-sé átíródó kromatin szakasz mint a heterokromatin (az inaktív, kondenzáltabb régió).
A transzkripció szabályozása: Az RNS polimeráz DNS-hez kötődését számos fehérje segíti v. gátolja. Ezek a
transzkripciós faktorok, melyek gyakran helix-loop-helix, Zn-finger v. Leucin cipzár motívumot tartalmaznak.
A Leu-zipper molekularészlet a fehérjék kapcsolódásában játszik szerepet. A transzkripciós faktorok lehetnek
egyben hormon receptorok vagy tumorszupresszorok is.
Az enhancer olyan DNS szakasz amely transzkripciós aktívátor fehérjét köt. A silencer olyan DNS
szekvencia, amely a transzkripció represszorát köti.
A prokarióta gén kifejeződés (transzkripció) térben nem különül el a transzlációtól és ezért az RNS első
szakasza már transzlálódhat miközben a többi rész transzkripciója be sem fejeződött. A prokariótákban a
splicing jóval kisebb mértékű és ritkább, mint az eukariótákban.
C-13. Histonok és funkcióik, nem hiszton fehérjék, a replikáció szabályozása az eukarióta sejtben:
kijutás a G0 fázisból, protoonkogének, ciklinek, tumor szupresszor gének.
A hisztonok segítik a DNS kromatinná történő kondenzációját. 2-2 molekula H2A, H2B, H3 és H4 hiszton
oktamerré kapcsolódik. A dupla szálú DNS a hiszton oktamer köré csavarodik, s ez a nukleoszoma, a
kromatin alapeleme. A nukleoszómákat H1 fehérjék kapcsolják össze. A H1 foszforillált állapotban
összekapcsolja a nukleoszómákat, defoszforiláltan viszont nem köti őket. A H1 foszforilációja szabályozható
a G2/M fázisok határán a sejtciklusban. A ciclin B és a ciklin dependens kináz 1 komplexe (CDK1)
foszforillálja a H1-et, s ezáltal a mitotikus kromoszómák kialakulásához vezető kromatin-kondenzációt
elindítja a mitozis kezdetén.
A nem-hiszton fehérjék specifikus szekvenciákhoz kötődnek a nukleoszómák között (pl. kondenzinek), több
közülük feltehetően a DNS és RNS szintézisében illetve a génkifejeződés szabályozásában is szerepet játszik.
A sejt ciklus interfázisból (G1,S,G2) és mitotikus fázisból (M) áll. A DNS az S fázisban replikálódik. A G1-
ből S fázisba jutást az úgynevezett tumor szuppresszor gének (pl. a Rb protein génje, a p53 fehérje génje)
szabályozzák. A nem foszforillált Rb protein az S fázist beindításában központi szerepet játszó E2F
transzkripciós faktorhoz kötődése révén gátolja a replikáció megindulását. Ha az Rb hiperfoszforillálódik
(CDK2 és CDK4 által) vagy mutáció által inaktíválódik, akkor nem tudja késleltetni a replikációt és az azt
követő sejtosztódást. Az Rb gén mutációját az utódsejtek öröklik, és nagy valószínűséggel tumorosak lesznek,
mivel a sejtciklusuk nem kontrollált. A heterozigóta hordozók valószínűbb, hogy tumorosak lesznek, mint a
normális homozigóták, mert az egy normális gén mutációja valószínűbb, mint kettőé, továbbá lehet, hogy a
gén egy kópiában nem képes olyan magas szinten kifejeződni, mint kettőben. A p53 fehérje egy transzkripciós
faktor, amely a repair-ben szerepet játszó géneket indukál. A p53 arra is "vigyáz", hogy a replikáció kezdete
előtt a repair befejeződjön. Ezt a p21 fehérje indukálásával éri el, amely a ciclinD-CDK2 komplex
kialakulását gátolja. Ha a p53 fehérje sokáig fejeződik ki végül apoptózist serkentő géneket stimulál és az a
sejt ezúton történő halálához vezet. A G0 fázisban levő sejtek latensek vagy nyugalmi állapotúak, de
növekedési faktorok hatására kijuthatnak a G1 fázisból. Némelyik növekedést stimuláló fehérje génje
protoonkogén, amely funkciónövelő mutáció hatására onkogénné alakulhat. Az ilyen gének egyik alléljának
mutációja is előidézheti a rosszindulatú sejtosztódást, ezért dominánsak/funkció nyeréses mutációk lehetnek.
Számos protoonkogén (pl. Scr, Ras, Raf) résztvesz a szignáltranszdukciós folyamatokban, mások
transzkripciós faktorok, mint a Fos, Jun, Myc fehérjék.
C-14. Repair mechanizmusok, tumoros sejtosztódás, apoptózis, a p53 gén knock out mutánsainak
tumor érzékenysége.
Némely DNS polimeráznak van hibajavító aktivitása: ha nem megfelelő nukleotidot köt be akkor az vagy
ledisszociál vagy az enzim 5’-3’ exonukleáz aktivitásával kimetszi azt.
A DNS hibajavítása (repair) működhet bázis kimetszéssel, nukleotid kimetszéssel és dupla szálú törés
javításával. Az utóbbi lehet homológ és nem-homológ rekombináció is.
A bázis kimetszéssel kezdődő repair megy végbe, ha a kémiai mutagének a citidint dezaminálják és uracillá
alakítják. Az U idegen nukleotid a DNS-ben, s ezért a glükozidázok lehidrolizálják a bázist, a láncban marad a
ribóz és a foszfát, amelyet endonukleáz hasít ki. A DNS polimeráz CMP-t rak a szabad 3'OH végre, a ligáz
pedig összekapcsolja a szabad 3'OH és P-5' végeket.
A nukleotid kimetszésses repair (NER) példája, amikor a szomszédos timin bázisok UV fény hatására
kovalens kötéssel dimerizálódnak, s ez torzítja a DNS szerkezetét. A timin bázisok közötti kettős kötéseket a
repair első tagja, egy fotoliáz elvágja, majd a mutált nukleotidot specifikus nukleázok eltávolítják. a NER
enzimei gyakran 24-32 nukleotidnyi szakaszt is kimetszenek. Végül, ha érkezik az Euk. DNS polimeráz és a
ligáz kijavítja a DNS-t. Ha két bázis nem jól illeszkedik, az ún. mismatch repair működik, melynek során
fontos az eredeti, nem mutált szál megkülönböztetése a régi és új hisztonok poszttranszlációs módosulásai és
a DNS . Hasonlóképpen az adenin dezaminálása IMP-t majd depurináló repairt eredményez. A depurináló
repair végzi a guanin eltávolítást is, ha az aflatoxinnal kapcsolódó aduktot képez (lsd. biotranszformáció).
A dupla szálú töréskor, ha az egyszálú homológ végek leemésztődnek, akkor a szekvenciájuk nem pótlódik
(indel mutáció), ilyenkor a nem homológ végeket kapcsoló repair működik nem homológ rekombinációval.
Ha a másik, ép DNS szálról a leemésztett végek másolódnak, akkor homológ rekombinációs repair történik.
A sejten belüli repair mechanizmusokat jelentős mértékben a p53 fehérje regulálja. A p53 a G1 fázisban tartja
a sejtet, amíg a repair befejeződik. Ha túl sok hiba történt a DNS-ben egy kettős törések által indukált kináz a
p53-at foszforillálja és ezáltal stabilizálja, mert olyankor leválik róla az mdm2 nevű proteoszómális
degradáció felé irányító fehérje, s ezáltal több idő marad a repair-re. A p53 a p21 fehérjét indukálja, amely a
ciklin-ciklin dependens kináz komplexek gátlásával G1 fázisban tartja a sejtet. Ha a p53-at mutáció
inaktíválja, akkor nem képes a sejtet a G1 fázisban tartani, amely kontrolltalan sejtosztódáshoz vezet és a
repair befejezetlensége miatt növeli a sejt genetikai instabilitását, tumor alakulhat ki. A mutációk túlzott
felszaporodása következtében a sejtben apoptózis indulhat el. Ezért a p53-at a genom "védelmezőjének",
"molekuláris rendőrnek" is nevezik. A p53 gén knock-out mutánsai, amelyekben az ép gént homológ
rekombináció segítségével mutáns génnel helyettesítették, sokkal érzékenyebbek tumorokra mint a normális
egerek, bennük ugyanis nem működik a tumor kialakulás szupressziója.
C-15. Az eukarióta gén szerkezete, exon, intron, splicing, kódoló és nem kódoló fragmentek, a
genomikus szekvenciák osztályozása ismétlődésük alapján, IRE és UTR.
Az eukarióta genom nagyobb része nem kódol géneket. Az emberi genom több mint 10%-án mintegy 25 ezer
gén található, de ebből csak 1,5%-ról íródik át fehérjét. A 90% nem kódoló régió - kisebb részben
pszeudogének, amelyek mutációk miatt soha nem fejezhetők ki, szabályozó szekvenciák és nagyobb részben
spacerek, amelyek funkcióját nem ismerjük, de lehet, hogy van nekik. A legtöbb eukarióta gén
monocisztronos, azaz egy fehérjét kódol. Az 5' vég előtt szabályozó régiót, majd utána transzkripciós iniciáció
helyét a promotert és a strukturgént tartalmazza. A transzkripció speciális terminációs helyen fejeződik be. A
strukturgén gyakran intronokat és exonokat tartalmaz. Az intronok a splicing során kivágódnak a pre-mRNS-
ből (hnRNS), így az mRNS már csak exonokat tartalmaz. Az exonok protein kódoló régiója a transzlációs
start és stop kodon által határolt nyitott leolvasási keret (open reading frame).
Ismétlődésük alapján a genomikus szekvenciák három csoportba sorolhatóak: 1/ néhányszor, tucatszor
ismétlődők, pl. tRNS és hiszton gének; 2/ pár százszor ismétlődők, pl. rRNS gének, transzkripciós
szabályzásba szerepet játszó szekvenciák; 3/ néhány ezerszer ismétlődők, ezek a kromoszómák
szerveződésében fontosak, pl. a telomerben és centromerben.
Egy másik felosztás szerint az egyik csoportot az STR-ek (short tandem repeats) vagy mikroszatelliták,
melyek rövid szekvenciájú (2-4 bp) ismétlődések és VNTR-ek (variable number of tandemrepeats), korábbi
nevükön miniszatelliták (10-100 bp) alkotják. Ezeket lehet használni DNS-ujjlenyomat készítésre, mert
egyénenként változnak. A másik csoportba a transzpozonok tartoznak, amelyek mobilis elemek. A DNS-
transzpozonok kivágódnak és máshová áthelyeződnek (cut and paste), a retrotranszpozonok pedig a helyükön
maradva RNS-é íródnak át és a reverz transzkripcióval elkészült DNS épül be a genomba. A nem kódoló régió
domináló mérete miatt a transzpozon aktivitás nagyobb részének nincs ismert funkcionális jelentősége.
Az iron response element (IRE) egy olyan szekvencia, amely a ferritin mRNS 5’ végén és a transzferrin
receptor 3’ végén található, és fontos szerepet játszik a vas szállítás és felvétel szükséglethez igazodó
szabályozásában. A vas hiánya esetén az IRE akonitáz fehérjét köt (ez egy pleiotrop fehérje, a citrát-izocitrát
átalakúlás enzime is!), ami gátolja a ferritin mRNS transzlációját, tehát a Fe tároláshoz szükséges ferritin
felszaporodását. Az akonitáz 3’ véghez való kötödése viszont növeli a transzferrin receptor mRNS stabilitását,
ami a vas felvételében szerepet játszó fehérje kialakulásának kedvez. A vas fölöslege esetén az akonitáz Fe-t
köt és ledisszociál az IRE-röl. Ilyenkor a ferritin végre transzlálódhat és a transzferrin receptor mRNS pedig
lebomlik, s így nem képződik róla protein.
Az UTR-ek nem transzlálódó régiók a mRNS 3’ végén. Az mRNS élettartamát (stabilitás) határozhatják meg,
valamint információt tartalmazhatnak a sejten belüli elhelyezkedésre vonatkozóan, pl. hogy egy epiteliális sejt
appikális v. bazalis részére kerüljön-e az mRNS.
C-16. RNS típusok, RNS polimerázok, a transzkripció folyamata, az mRNS érése, a splicing
mechanizmusa, szövetspecifikus és fejlődési állapottól függő splicing, thalassemiák, antisense RNS
A sejt teljes RNS tartalmából a riboszómális RNS kb. 70-80%, a transzfer RNS 12%, a mRNA 3-5%. A
fennmaradó rész heteronukleáris RNS (hnRNS) – a splicing előtti mRNS és nagyméretű nem kódoló RNS,
kisméretű interferáló RNS (miRNS). Az mRNS-t az RNS polimeráz II, a riboszómális RNS-t az RNS
polimeráz I, a tRNS-t és az 5s rRNS-t az RNS polimeráz III írja át a DNS-ről.
A transzkripció a promoter régió után kezdődik (van erős és gyenge promoter), az elongációval folytatódik és
a terminációval végződik a termináló, hajtű-konformációt eredményező szekvencia hatására, mely az RNS-en
alakul ki. Az elsődleges RNS (pl. pre-mRNS) érésen megy keresztül; Cap hozzáadása az 5' végen és poliA
farok a 3' végen. A közbeeső szekvenciát a splicing alakítja. A splicing kivágja a intronokat és összekapcsolja
az exonokat. Az exonok tartalmazzák a proteint kódoló szakaszokat. A splicing lehet szövetre és fejlődési
állapotra jellemző, pl. bizonyos exonok az egyik féle sejtben kivágódnak a másikban nem (exon skiping), s ez
növeli az ugyanazon génről átírható RNS-k féleségét. A splicing egyik elterjedt mechanizmusa: az intron
közepén levő A nukleotid 2'OH vége nukleofil támadást intéz a GU szekvencia 1.exon utáni 5' végéhez; UGA
komplex és hajtű szerkezet alakul ki. Az 1.exon 3'OH vége támadás intéz a 2.exon 5' végére az AG szekvencia
után és a két exon összekapcsolódik. A ß-thalassemiak a ß-globin gén deficienciái v. mutációi abnormális,
nem splice-olódott RNS-t eredményeznek (pl., ha az UG v. AG szekvenciák környezetükkel együtt
deletálódnak), ami redukálódott hemoglobin lánchoz és vérszegénységhez vezet. Az mRNS-hez antisense
RNS kötődhet és inaktív RNA:RNA hibrid alakulhat ki, amely nem transzlálódik. Az antisense RNS egy
másik génről is szintetizálódhat (mikro- vagy miRNS) és számos esetben a pretranszláció szintjén szabályozza
a génkifejeződést.
C-17. Transzkripciós faktorok, HLH fehérjék, Zn-finger fehérjék, Leu-cipzár, sejten belüli
hormonreceptorok, fos és jun fehérjék, p53, hox fehérjék, a transzkripció és a kromatinszerkezet
kapcsolata.
Az RNS polimeráz kötődése a promoterhez más proteinek segítségével történik, pl. bazális (alap) faktorok, a
TATA kötő fehérje, koaktívátorok, aktívátorok és represszorok (az aktívátorok az enhancer, a represszorok a
silencer szekvenciákhoz kötődnek). Számos transzkripciós szabályozásban szerepet játszó fehérje helix-loop-
helix motívumot tartalmaz, amely a DNS nagy árkába illeszkedik (lsd. a MyoD, Myf-5, Myogenin, MRF4,
amelyek fontosak az izomdifferenciálódásban, [lsd. az izom bokémiájáról szóló előadásokat], vagy a testtájak
kialakításában pl. a Drosophila Achete-scute génkomplex fehérjéi). A másik gyakori motívum, a Zn-finger
(ujj), amely szintén a nagy árokba illeszkedik. (Zn-finger motívum található a szteroid receptor és az 5S rRNA
transzkripcióját szabályozó TFIIIA molekulákban). A Leu-cipzár két fehérje közötti szoros kapcsolódást
hozhat létre pl. a fos, Jun/Ap1 és myc fehérjék is tartalmaznak ilyen motívumot, ezek a fehérjék tumorok
kialakulásában is szerepet játszó transzkripciós faktorok. A p53 fehérje is fontos transzkripciós faktor, a
sejtciklust szabályozza és tumor szupresszor. A hox fehérjék családja alapvető differenciálódási döntésekben
játszanak szerepet a sejt sorsát illetően (pl. mezodermális vagy nem mezodermális átalakulások),
érdekességük, hogy az embrió elülső és hátulsó része között fejeződnek ki olyan sorrend alapján, ahogy a
kromoszómán génjeik elhelyezkednek.
Néhány transzkripciós faktor szerepe gyanítható a kromatin szabályozásban is. A gének az eukromatinban
jobban, a heterokromatinban kevésbé iródnak át RNS-sé. (Ez a fakultatív heterokromatinra vonatkozik, a
konstitutív heterokromatinban pl. a centromer környékén nincs génkifejeződés.) A DNS metilációja bizonyos
esetekben megváltoztatja a kromatin szerkezetét és az 5' vég hozzáférhetőségét az RNS polimeráz számára.
Ebből a szempontból érdekes a genomikus imprinting is, amely a fragile X szindróma génjének (mentális
retardációt okoz, terméke nem ismert) metiláció okozta aktivitás csökkenésekor figyelhető meg. Kóros
esetekben a tripletekkel (CGG) tarkított szakaszok felszaporodnak, amelyek azután fokozottan
metilálódhatnak. Feltételezik, hogy ilyenkor a DNS polimeráz megcsúszik a DNS másodlagos stuktúráin és
még több tripletet szintetizál. A férfiak hordozhatnak pre-mutációt, amelynek kiterjedése, ha utódaikban a
200-szoros ismétlődést eléri, akkor kóros lesz. Ime egy öröklésmenet: P: XX x X*Y(az X* hordozó férfiak
20-50%-a nem szimptomás, s így házasodhat és gyereke lesz; F1: lehetnek egészséges fiú gyerekek (XY) és
XX* genotípusú lányok, akik csak hordozók, mert van egy egészséges X-ük is; F2: nemcsak a fiúk (X*Y) de
a lányok is max. 50-50 %-ban lehetnek szimptomásak (ennyi az esélye a kóros mutáció manifesztálódásának).
Ez úgy lehetséges, hogy F2-ben a lányok X*X* genotípusúak. Az öröklés magyarázata, hogy az F1 generáció
női hordozóiban a törékeny X* kromoszóma hatására az egészséges X is törékeny lesz (X*). A törékeny X-es
egyénekből kimutatható a fokozott metiláció a fragile X gén 5' vége közelében. Ez eltér a mendeli
öröklésmenettől, s lehetséges oka, hogy a metiláció az F1 nemzedék női csíravonalában genomikus imprinting
útján átterjed egyik X kromoszómáról a másikra. Az ilyen anyák már csak törékeny X kromoszómát képesek
átadni az utódoknak, akiknek fele szimptómás lesz a mutáció penetranciája szerint, s ezt az utódokra is
örökítik. A tripletek kiterjedése más neurológiás betegséghez is társíthatók pl. Huntington kór, X-hez kötött
Kennedy betegség.
C-18. A prokarióta transzláció mechanizmusa, az iniciációs komplex, az elongáció három lépése;
termináció, a szignál peptid és a szignál felismerő részecske.
A transzláció fő elemei az mRNS, a riboszóma és az aminoacil-transzfer RNS-k. Az a.s. tRNS-t az aminoacil-
tRNS szintetáz enzimek hozzák létre két lépésben. Az első lépésben az a.s. AMP-hez kapcsolódik (az
aminosav aktiválódik). A második lépésben az AMP hidrolizálódik és az a.s. a transzfer RNS 3' végéhez
kötődik. Mind a 20 féle aminosav másféle transzfer RNS-hez kötődik, egy specifikus as.-tRNS szintetáz
izoforma által. Az enzim felismeri és a megfelelő a.s.-akhoz köti a tRNS-eket, ezáltal kontrollálja a genetikai
kód érvényesülését. Az aminoacyl-tRNA szintetáz a sejt legspecifikusabb enzimei közé tartozik.
Az iniciációs komplexet a formil-metionin-tRNS, a kisebb riboszómális alegység és az iniciációs faktor (IF)
alkotja. Ez a komplex kötődik az mRNS-hez. Az IF ledisszociál amikor a nagy riboszómális alegység is
odakapcsolódik. (Az eukarióta iniciációs faktor müködése foszforilációval gátolható pl. dupla szálú RNS
dependens protein kináz v. hem indukálta prot. kináz révén, vírus infekció hatására, valamint retikulocitákban
a globin szintézis szabályozásakor is ez történik.)
A riboszómán két hely található, egyik a növekvő peptidlánc számára (P hely), a másik az odaérkező
aminosavval töltött tRNS-nek (A hely). A peptidkötés az A helyen levő a.s. és a P helyen levő peptidlánc
között alakul ki a peptidiltranszferáz révén (transzferálja a peptidet az egyik tRNS-ről a másikra, miközben
peptidkötést alakít ki). A növekvő peptidláncot az utolsó a.s.-t kötő tRNS-hez kapcsoltan az EF-2 (elongation
factor 2) áthelyezi az A helyről a P helyre. Ezek a lépések a terminációig ismétlődnek.
A termináció akkor történik, amikor a nonsense kódot a releasing faktor felismeri és ennek hatására a
transzlációs komplex disszociál.
A szignál peptid hidrofób aminosavak polimere az N-terminális végen segíti a fehérje endoplazmatikus
retikulumba történő irányítását. A riboszóma az ER receptor fehérjéjéhez kötődik (lásd durva felszínű ER) és
a szignál peptid bejutatja a szintetizálódó pre-profehérjét az ER lumenbe. Majd egy proteáz lehasítja a szignál
peptidet és a proprotein az ER-ben további posztranlációs módosulásokon mehet keresztül, glikozilálódással,
diszulfid hid kialakulással, acilálódással.
A prokarioták transzlációját számos antibiotikum gátolhatja. Ezek hatással lehetnek a prokariotákéhoz hasonló
mitokondriális transzlációra is.