Nucleic acid

1. Vai trò

2. Thành phần hóa học

3. Cấu tạo của ADN

4. Cấu tạo của ARN

5. Sinh tổng hợp ADN (sự tái bản ADN, DNA replication)

6. Sinh tổng hợp ARN (sự phiên mã - Transcription)

7. Phân giải nucleic acid

 1. Khái niệm và vai trò
Khái niệm:

Acid nucleic là polynucleotide được tạo thành từ các mononucleotide liên

kết với nhau bằng các liên kết phosphodiester.

Phân tử acid nucleic có thể được cấu tạo từ hai chuỗi polynucleotide (ADN
– Acid DeoxyriboNucleic) hoặc từ một chuỗi (ARN - Acid RiboNucleic).

Vai trò:

Lưu giữ và truyền thông tin di truyền

Dưới dạng nucleotid đóng vai trò CoE (FAD, NAD+) của một số enzyme
quan trọng trong quá trình trao đổi chất và năng lượng
 2. Thành phần hóa học

Sơ đồ phân giải acid nucleic

Đường 5C
 Base nitơ

Base nitơ hiếm = dẫn xuất của các base nitơ

Tỷ lệ base nitơ hiếm trong ADN 0.1-1%,
trong ARN 8-10%
Nucleoside và nucleotide
Các loại nucleotide
Các hợp chất cao năng NTP (nucleoside triphosphate)
 Caùc loaïi nucleoside

Base Ribonucleoside Deoxyribonucleoside

Adenine Adenosine Deoxyadenosine

Guanine Guanosine Deoxyguanosine
Uracil Uridine
Cytosine Cytidine Deoxycythidine
Thimine Deoxythymidine
 Nucleotide
„ Phosphate ester cuûa nucleoside
„ Caùc nucleosid monophosphat:

Base Ribo‟nucleoside 5’P Deoxyribo‟nucleoside 5’ùP

Adenine AMP d AMP

Guanine GMP d GMP

Cytosine CMP d CMP

Uracil UMP

Thimine d TMP
Các nucleosit và nucleotit
 Cách gọi tên
BASES NUCLEOSIDES NUCLEOTIDES
Adenine (A) Adenosine Adenosine 5’-triphosphate (ATP)
Deoxyadenosine Deoxyadenosine 5’-triphosphate (dATP)
Guanine (G) Guanosine Guanosine 5’-triphosphate (GTP)
Deoxyguanosine Deoxy-guanosine 5’-triphosphate
(dGTP)
Cytosine (C) Cytidine Cytidine 5’-triphosphate (CTP)
Deoxycytidine Deoxy-cytidine 5’-triphosphate (dCTP)
Uracil (U) Uridine Uridine 5’-triphosphate (UTP)

Thymine (T) Thymidine/ Thymidine/deoxythymidie

Deoxythymidie 5’-triphosphate (dTTP)
 Các liên kết
NH2

N
9
1
HO CH2 N O
O
1´
glycosidic bond

OH OH

Purine N-9 or pyrimidine N-1

nối với pentose (or
deoxypentose) C-1’ nhờ liên
kết glycosidic.
Các liên kết trong phân tử DNA, RNA

Glycosidic bond

Các nucleotit được

nối với nhau bằng
liên kết
phosphodiester ở
đầu 5’- P04 và 3’- OH

5’-phosphate 3’ - OH
 Cấu trúc của acid
nucleic
Nguyên tắc của Erwin Chargaff (1950)

• A=T; G=C
• A+G = T+C
• A/T = G/C = 1
• Tỷ lệ G+C/A+T là đặc trưng cho loài, thay đổi ở
các loài khác nhau.
 Cấu trúc 1
mạch DNA

Polymer of nucleotides
• Base
• 2’ deoxyribose sugar
• Phosphate

Copyright © 2005 Pearson Education, Inc., publishing as Benjamin Cummings

 Mô hình Watson & Crick
(1953)
– Xoắn kép theo chiều tay
phải
– Các chuỗi dạng đối song
– Các bazơ nằm phẳng,
vuông góc với trục của
chuỗi
– Bazơ bắt cặp bằng liên kết
H, A=T; C=G (bổ sung)
– Có 10 bases/ vòng xoắn
(34 angstroms)
• Now known to be 10.4 or
34.6 degrees turn per bp)
– Có rẵnh lớn và rẵnh nhỏ
– Có đường kính 20
angstroms
Cấu trúc
DNA sợi kép
Chuổi xoắn kép của ADN
DNA & RNA có cấu trúc tương tự
 DNA & RNA
Phaân bieät RNA vaø DNA

Thaønh phaàn RNA DNA

Ñöôøng Ribose Deoxyribose
Base Nitô A, G, C, U A, G, C, T
Caáu taïo 1 chuoãi nucleotid 2 chuoãi nucleotid
 Nguyên tắc bắt cặp bổ sung và sự tạo thành liên kết hydro
giữa các base nitơ

*** Trật tự các nucleotid trên chuỗi polynucleotid chính là yếu tố

mang thông tin di truyền
Các thuộc tính lý-hóa của nucleic acid

• Sự hấp phụ quang (Optical absorption)

• Tính bền nhiệt (Thermal stability)
• Tính acid (Acidity)
• Độ nhớt (Viscosity)
Sự hấp phụ tia UV
 Ứng dụng của OD260
Định lượng DNAs/RNAs
OD260=1.0 tương ứng với
50μg/ml dsDNA
40μg/ml ssDNA (or RNA）
20μg/ml oligonucleotide

Xác định độ tinh sạch của mẫu nucleic acid

pure DNA: OD260/OD280 = 1.8

pure RNA: OD260/OD280 = 2.0
OD= optical density= mật độ quang
Sự chuyển hóa từ dsDNA thành
ssDNA
Độ hấp phụ ở 260nm
của dung dịch DNA
tăng lên khi dsDNA
biến tính thành sợi đơn
. Hiện tượng này gọi là
“hiệu ứng siêu sắc”
(hyperchromicity).

“hieäu öùng sieâu saéc”: Trong phaân töû DNA maïch

ñoâi, caùc base naèm choàng leân nhau treân nhöõng
maët phaúng song song neân che laáp laãn nhau moät
phaàn, khieán chuùng haáp thu aùnh saùng ít hôn
(tính chung) so vôùi ôû DNA maïch ñôn.
 Melting curve of dsDNA

• Melting curve: là đồ thị

mô tả độ hấp phụ của
dsDNA ở 260nm so với
nhiệt độ
• Melting temperature
(Tm): là nhiệt độ tại đó
độ hấp phụ tia UV đặt ½
giá trị cực đại, hoặc 50 %
sợi đôi DNA phân tách
thành sợi đơn
 Tm của dsDNA phụ thuộc vào hàm lượng
G+C

G+C càng cao

 Tm tăng lên

Ñoaïn DNA caøng daøi bao nhieâu thì soá löôïng

lieân keát hydro noái hai maïch caøng lôùn baáy
nhieâu vaø do ñoù “ñieåm chaûy” cuõng caøng Increased ionic strength also increases
cao.
 Sự biến tính của DNA
• Sự phân tách DNA sợi đôi thành sợi
đơn được gọi là sự biến tính.
• Quá trình biến tính có thể diễn ra một
phần hay toàn bộ.
• Bản chất của sự biến tính là sự bẻ gãy
các liên kết H.
• Là quá trình phổ biến và quan trọng.
Biến tính của DNA

pH hoặc nhiệt độ
 Sự tái hồi của DNA

Hai sợi DNA bổ sung riêng rẽ có thể tái hợp

với nhau để hình thành sợi kép khi nhiệt độ
hoặc pH được đưa về giá trị trong ngưỡng
sinh học. Quá trình này gọi là sự tái hồi
(renaturation or annealing).

 ứng dụng: lai DNA

Hybridization
 Ảnh hưởng của Acid

Acid mạnh + nhiệt độ cao : thủy phân hoàn toàn thành

bases, riboses/deoxyrobose, and phosphate

ở pH cao hơn (pH 3–4), các liên kết thủy phân dễ bị

phá vỡ.

Ví dụ liên kết glycosylic gắn purine bases với vòng

ribose bị gãy khi xử lý với formic acid.
 Ảnh hưởng của kiềm
1. pH cao (> 7-8) có ảnh hưởng nhỏ đến cấu trúc DNA
2. pH cao thay đổi trạng thái tautomeric của các bazơ

enolate form
keto form enolate form keto form

Sự bắt cặp các bazơ không còn ổn định do sự thay đổi trạng thái tautomeric của chúng,
dẫn đến sự biến tính của DNA
 Viscosity- độ nhớt
(tính linh động của DNA)

1. Ảnh hưởng đến nồng độ

2. Ảnh hưởng đến tính tập hợp DNA trong dung dịch
 Sự sa lắng và mật độ
(Sedimentation and density
– Tốc độ sa lắng (Svedberg coefficient, S)
• Ly tâm với tốc độ sa lắng (Sedimentation velocity
centrifugation)
• Liên quan đến khối lượng phân tử và hình dạng.
– Mật độ nổi (buoyant density)
• Trong Caesium chloride - (DNA) hoặc CsSO4
(RNA)
• Sedimentation equilibrium centrifugation
 Đơn vị đo DNA
 Đơn vị đo khối lượng tuyệt đối : picogram
 1picogram=10-12 g

 Đơn vị đo thông dụng: bp, kbp, mbp…

 1 pg DNA = 965 Mbp (Bennett and Smith
1976)
 2. Cấu tạo của ADN

Cấu trúc bậc ba của ADN

Tuú theo ®iÒu kiÖn cña m«i trưêng xung

quanh mµ ph©n tö ADN tån t¹i ở c¸c d¹ng cã
sù ph©n bè kh«ng gian kh¸c nhau: d¹ng bã,
d¹ng que bÒn vững, d¹ng sîi…Đ©y chÝnh lµ
cÊu tróc bËc ba cña ADN.
 3. Cấu tạo của ARN

Các mức cấu trúc của ARN

 Cấu trúc bậc một của ARN
 Cấu trúc bậc hai của ARN

Các loại ARN

 ARN thông tin (ARNm)
 ARN vận chuyển (ARNt)
 ARN ribosom
 Cấu trúc của RNA
• Ribose thay cho deoxyribose, uracil thay cho
thymine trong DNA
• RNA có xu hướng tồn tại ở trạng thái mạch
đơn
– Có thể gấp để hình thành cấu trúc bậc 2
– Có thể tồn tại ở dạng sợi đôi ở một số
phage/viruses
• Các nhóm chính gồm
– Ribosomal RNA
– tRNA
– mRNA
– Và nhiều loại khác
 ARN thông tin

Định nghĩa:
Được tổng hợp trên sợi ADN khuôn
trong quá trình phiên mã. Trình tự các
base trong mạch bổ sung với sợi đơn ADN
dùng làm khuôn. Trình tự này mã hóa cho
thứ tự các aminoacid trong chuỗi
polypeptide sau này.

Chức năng: là khuôn trực tiếp để tổng hợp

chuỗi polypeptide, truyền thông tin di
truyền từ phân tử ADN đến phân tử
protein
 ARN thông tin

ĐÆc ®iÓm:
ARN th«ng tin cã trong nh©n, ë tÕ bµo chÊt,
khèi lưîng ph©n tö phô thuéc vµo ph©n tö
protein mµ nã lµm khu«n
Thêi gian sèng cña ARN th«ng tin rÊt ng¾n
2-3 phót ®èi víi tÕ bµo chưa cã nh©n chuÈn vµ
2-4 giê ®èi víi tÕ bµo cã nh©n chuÈn, nã bÞ
ph©n huû khi qu¸ trình dÞch m· kÕt thóc.
ĐiÓm kh¸c nhau giữa ARN cña vi
khuÈn vµ c¸c tÕ bµo cã nh©n chuÈn.
Mçi mét ARNm mang bé m· di truyÒn
cho mét hoÆc nhiÒu ph©n tö protein.
 ARN vận chuyển
ĐÞnh nghÜa:
Lµ những ph©n tö tư¬ng ®èi nhá lµm nhiÖm vô vËn
chuyÓn ®Æc hiÖu c¸c aminoacide trong qu¸ trình tæng hîp
protein.

Đặc điểm:
KLPT 23.000 ®Õn 30.000 vµ chøa tõ 75 ®Õn 95 gèc
mononucleotide, tù xo¾n trong kh«ng gian t¹o nªn
hình l¸ chÏ 3 hay cßn gäi lµ hình hoa thËp tù
Chøa nhiÒu base nit¬ hiÕm 7-15 gèc/ph©n tö, tû lÖ
base hiÕm lµ 8-10%.
HÇu như tÊt c¶ c¸c ARNt ®Òu chøa 3 gèc axit
guanilic ë mét ®Çu m¹ch 5’ vµ bé ba C-C-A ë ®Çu 3’
Nhãm - OH 3' cña axit adenilic cuèi cïng lµ chÊt
nhËn axit amin ®Æc hiÖu mµ RNAt chÞu tr¸ch nhiÖm • Mçi mét axit amin trong
vËn chuyÓn. sè 20 axit amin tìm thÊy
Mét phÇn ®Æc trưng cña c¸c RNAt lµ bé ba trong protein cã mét hoÆc
nucleotide (trinucleotide) ®ưîc gäi lµ ®èi mét m· nhiÒu h¬n ARNt tư¬ng
(anticodon). øng.
 ARN ribosom

Ribosomal RNA (ARNr) vµ protein lµ hai thµnh phÇn cÊu t¹o chñ yÕu cña
ribosom, bé m¸y s¶n xuÊt protein cña tÕ bµo sèng. Ribosom cã chøa 90% ARN cña tÕ
bµo vµ kho¶ng 70-80 lo¹i protein. Trong ribosome, ARN ribosome chiÕm ®Õn 60-80%
khèi lưîng.
Chøc năng cña ARNr lµ tham gia qu¸ trình gi¶i m· ARNm thµnh chuçi polypeptid
vµ tư¬ng t¸c víi ARNt trong qu¸ trình dÞch m·.
ARNr cã hai ®·c ®iÓm quan träng ®ưîc nghiªn cøu øng dông trong y häc vµ tiÕn
ho¸:
 ARNr lµ ®Ých cña nhiÒu thö nghiªm l©m sµng cho chÊt kh¸ng sinh
 ARNr lµ acid nucleic rÊt Ýt thay ®æi trong tÕ bµo. ChÝnh do vËy, gen m· ho¸ cho
ARNr (ADNr) ®ưîc sö dông ®Ó ph©n lo¹i nhãm sinh vËt, xem xÐt mèi quan hÖ giữa c¸c
nhãm vµ x¸c ®Þnh tèc ®é ph©n loµi
 5. Sinh tổng hợp ADN (sự tái bản ADN, DNA replication)

ĐÞnh nghÜa
Qu¸ trình t¸i b¶n lµ qu¸ trình sinh tæng hîp ph©n tö ADN dùa trªn mét ph©n
tö ADN khu«n vµ cã sù tham gia cña c¸c ADN-polymerase.
 5. Sinh tổng hợp ADN (sự tái bản ADN, DNA replication)
ĐiÒu kiÖn

 Nguyên liệu: dATP, dGTP, dCTP vµ dTTP.

 DNA-polymerase xóc t¸c. ë E.coli gåm 3 enzyme: ADN-polymerase I, II, III
 Ph¶i cã ADN lµm khu«n.
 Mg2+ xóc t¸c qu¸ trình kÐo dµi sîi ADN
 Primase hay ARN-polymerase xúc tác tổng hợp đoạn mồi (50-100 nu)

Phư¬ng trình tæng qu¸t

n (dATP, dGTP, dTTP, dCTP) → (AMP-GMP-CMP-TMP) + 4nPPi

Cơ chế:
 Giai đoạn mở đầu
 Giai đoạn kéo dài
 Giai đoạn kết thúc

Tèc ®é sao m·: 500-800 nucleotid/gi©y

 5. Sinh tổng hợp ADN (sự tái bản ADN, DNA replication)
Cơ chế:

 Giai đoạn mở đầu

 Helicase lµm nhiÖm vô th¸o xo¾n cña sîi ADN khu«n cÇn sao m·
 C¸c protein b¸m dÝnh (Single Strand binding Protein – SSB) g¾n vµo hai sîi
®¬n ADN, ngăn kh«ng cho chóng xo¾n l¹i víi nhau
 Primase lµm nhiÖm vô sinh tæng hîp ®o¹n måi cho t¸i b¶n.

 Giai đoạn kéo dài

ADN-polymerase III g¾n vµo RNA primase, trưît trªn sîi khu«n xóc t¸c qu¸ trình
g¾n thªm nucleotide vµo ®Çu 3’ cña sîi ®ang hình thµnh. Cã mét sîi ®ưîc tæng hîp mét
c¸ch liªn tôc, sîi nµy gäi lµ sîi nhanh (leading strand) vµ mét sîi kh«ng ®ưîc tæng hîp
mét c¸ch liªn tôc, sîi nµy ®ưîc gäi lµ sîi chËm (lagging strand).
ARN primase ®ưîc t¸ch ra vµ thay thÕ bëi ADN-polymerase I.
Phương trình tổng quát: (DNA)n + dNTP ↔ (DNA)n+1 + PPi
Thủy phân mồi và tổng hợp bù lấp chỗ trống đoạn mồi bằng ADN-polymerase I.
Nối đoạn mới tổng hợp và chuỗi đang hình thành bằng enzyme ADN ligase.

 Giai đoạn kết thúc: khi gặp một chạc ba tái bản khác hoặc protein kết thúc tái bản
Tèc ®é sao m·: 500-800 nucleotid/gi©y
DNA replication
3 possible
models
File:DNA replication editable.svg
From Wikimedia Commons, the free media repository
 6. Sinh tổng hợp ARN (Sự phiên mã - Transcription)

ĐÞnh nghÜa:
Phiªn m· lµ qu¸ trình sao chÐp ADN bëi enzyme ARN-polymerase ®Ó t¹o thµnh
ARN bæ sung hay nãi c¸ch kh¸c, ®©y lµ qu¸ trình th«ng tin di truyÒn ®ưîc chuyÓn tõ
ADN sang ARN.

ĐiÒu kiÖn

- Cã mÆt cña 4 nucleotide-5'-triphosphate: ATP, GTP, CTP vµ UTP.

- Cã ADN lµm khu«n.
- Cã enzim ARN-polimerase phô thuéc ADN xóc t¸c.
- Cã Mg2+ xóc t¸c qu¸ trình kÐo dµi

Cơ chế:
 Giai đoạn mở đầu
 Giai đoạn kéo dài
 Giai đoạn kết thúc
 6. Sinh tổng hợp ARN (Sự phiên mã - Transcription)

Cơ chế:

 Giai đoạn mở đầu

 ARN-polymerase nhËn biÕt vµ g¾n ®Æc hiÖu vµo promoteur cña ADN cÇn phiªn
m·. lóc nµy ADN vÉn ë tr¹ng th¸i xo¾n (hay cßn gäi lµ tr¹ng th¸i ®ãng). Phøc
ARN-polymerase/ADN ®ưîc gäi lµ phøc ®ãng.
 ADN sau ®ã më xo¾n t¹o t¹i vïng phô cËn cña ®iÓm khëi ®Çu phiªn m·. Phøc
ARN-polymerase lóc nµy ®ưîc gäi lµ phøc më.
 ARN-polymerase b¾t ®Çu tæng hîp ARN trªn c¬ së sîi khu«n ADN. Nhưng sau
khi tæng hîp ®ưîc mét ®o¹n kho¶ng 10 nucleotid, ®o¹n nucleotid nµy kh«ng thÓ
t¸ch khái RAN-polymerase do ®ưêng ra bÞ kho¸ bëi yÕu tè .
 YÕu tè  rêi khái ARN-polymerase vµ giai ®o¹n kÐo dµi b¾t ®Çu.
 6. Sinh tổng hợp ARN (Sự phiên mã - Transcription)

Cơ chế:

 Giai đoạn kéo dài

Dưíi sù xóc t¸c cña ARN-polymerase, c¸c nucleotid ®îc nèi vµo sîi ARN theo
nguyªn t¸c b¾t cÆp bæ sung víi sîi khu«n ADN.

 Giai đoạn kết thúc

Cã hai c¬ chÕ kÕt thóc như sau:
C¬ chÕ 1: intrinsic termination hay c¸ch kÕt thóc kh«ng phô thuéc yÕu tè  - 
independent termination.
C¬ chÕ 2: c¬ chÕ kÕt thóc phô thuéc yÕu tè , -dependent termination
The palindromic DNA sequence
---CCTGCXXXXXXXGCAGG---
 So sánh phiên mã ở tế bào Procaryote và Eucaryote

1. Địa điểm quá trình phiên mã và dịch mã

2. Sản phẩm trực tiếp của quá trình phiên mã

 Chuyển tiền ARN thông tin thành ARN thông tin trưởng thành

1. Splicing: cắt bá c¸c ®o¹n intron lµ c¸c trình tù kh«ng m· ho¸ vµ ghÐp nèi
c¸c trình tù exon, lµ c¸c trình tù m· ho¸.

2. 5’ cap addition: Sau khi qu¸ trình phiªn mã b¾t ®Çu ®ưîc mét thêi gian
ng¾n, 7-methyl-guanosine ®îc g¾n vµo ®Çu 5’ cña RNA th«ng tin. Mò
chôp nµy cã vai trß quan träng trong viÖc ARN th«ng tin nhËn ra vµ g¾n
vµo ribosome. Mò chôp nµy còng rÊt quan träng trong nhiÒu giai ®o¹n
quan träng cña qu¸ trình biÕn ®æi tiÒn ARN th«ng tin như giai ®o¹n c¾t
nối vµ giai ®o¹n vËn chuyÓn ra ngoµi nh©n.

3. Polyadenylation : Sau khi tiÒn ARN th«ng tin ®ưîc tæng hîp, nã rÊt dÔ bÞ
thuû ph©n dưíi t¸c dông cña exonuclease g¾n víi RAN-polymerase. ĐÓ
chèng l¹i sù tÊn c«ng nµy, nhiÒu adenine nucleotid ®îc g¾n vµo ®Çu 3’ cña
ARN th«ng tin t¹o ®u«i poly A (3’ poly(A) tail). ChiÒu dµi cña ®u«i poly A
nµy lµ 80 – 250 adenine nucleotid. Sù g¾n ®u«i poly A ®ưîc x¸c t¸c bëi
polyadenylate polymerase.
Sự ghép nối các đoạn exon của gen ở tế bào Eucaryote

Cắt điểm nối giữa

exon 1 và intron 1

Nối G ở đầu 5’ với A

gần đầu 3’ của intron
tạo nút thòng lọng

Điểm nối intron 1 và

exon 2 bị cắt rời, exon
1 nối với exon 2
Phiên mã và dịch mã ở tế bào Eucaryote
Figure 5.25-3
DNA

1 Synthesis of
mRNA
mRNA

NUCLEUS
CYTOPLASM

mRNA
2 Movement of
mRNA into Ribosome
cytoplasm

3 Synthesis
of protein

Amino
Polypeptide acids
 Nucleotides
Chemical compound composed of three components: (1)
heterocyclic base; (2) sugar (usually a pentose); and (3) one or
more phosphate groups

Glycosidic bond
Base

Phosphate

Pentose sugar

Adenosine monophosphate (AMP)

Energy Currency
The Nitrogenous Bases
In DNA:
Adenine
Guanine
*Thymine*
Cytosine
In RNA:
Adenine
Guanine
*Uracil*
Cytosine
 RNA is sensitive to alkaline degradation

Base Ribonucleoside Ribonucleotide Deoxyribonucleotide

Adenine Adenosine Adenylate Deoxyadenylate

Guanine Guanosine Guanylate Deoxyguanylate

Cytosine Cytidine Cytidylate Deoxycytidylate

Thymine Thymidine Ribothymidylate Thymidylate

Uracil Uridine Uridylate Deoxyuridylate

Hypoxanthine Inosine Inosinate Deoxyinosinate

Xanthine Xanthosine Xanthylate Deoxanthylate

 Mechanism of RNA Hydrolysis

Thủy phân xảy ra bởi sự tấn công nucleophilic của nhóm 2'-
hydroxyl trên phosphate phân cực để tạo ra một trung gian 2'-3
'phosphodiester tuần hoàn (khoanh tròn) sau đó tự thủy phân
thành hỗn hợp 2'và 3-phosphomonoesters
Two Important Points
1. The phosphate groups are
responsible for the net
negative charge associated
with DNA and RNA.
2. The hydroxyl group at the 2’-
position accounts for the
greater ease with which RNA is
degraded by alkali.