Bài 3. Sinh học phân tử

Vật chất di truyền
ĐẠI CƯƠNG
q Năm 1955, F.Crick đề xuất giả thuyết trung tâm (central dogma):
DNA → RNA → Protein
q Năm 1970, giả thuyết trung tâm được công nhận là học thuyết khoa học.
q Nội dung học thuyết:
v Phản ánh hai dòng truyền thông tin di truyền: phiên mã và dịch mã
v Quá trình phiên mã ngược tổng hợp DNA trên khuôn mẫu RNA nhờ enzyme
reverse transcriptase
v Quá trình sao chép RNA trên khuôn mẫu RNA cũng được chứng minh ở nhiều
loại virus.
v Thông tin từ protein cũng có thể truyền sang protein (VD: prion của bệnh bò
điên).
v Mô hình học thuyết hiện nay được bổ sung và thể hiện đầy đủ hơn:
Phiên mã
Sao chép
DNA RNA Protein
Phiên mã ngược
VẬT CHẤT DI TRUYỀN
q Năm 1869, Friedrich Miescher (Thụy Điển) phân lập được một chất có tính chất hóa
học không giống với các loại protein thuông thường (chứa hàm lượng phospho cao,
kháng với sự phân giải protein) từ nhân của bạch cầu - gọi là nuclein → nhận thấy
chất này có tính acid – gọi là nucleic acid.
q Acid nucleic có 2 loại là
v Desoxyribonucleic (DNA)
v Pibonucleic (RNA)
A. Desoxyribonucleic (DNA)
q Cấu hình chuẩn của DNA là hai mạch có chiều đối nghịch, song song, xoắn quanh nhau và liên kết
bổ sung với nhau
q Mỗi mạch là một polymer mạch thẳng dược tạo nên bởi 4 loại đơn phân nucleotide: A, T, G và C.
q Mỗi nucleotide chứa một bazơ nitơ gắn với
đường ribose và một nhóm phosphat.
q Có 4 loại bazơ nitơ tương ứng với 4 loại
nucleotite: bazo nhân purin: Ademin (A) và
Guanine (G); bazơ nhân pyrimidin:
Thymine (T) và Cytosine (C).
q Các nucleotide liền kề nối với nhau bằng
liên kết phosphodieste.
q Liên kết này được hình thành giữa gốc-OH
ở vị trí C3' của nucleotide liền trước với gốc
phosphat ở vị trí C5' của nucleotide liền sau
tạo thành mạch đơn.
q Tính định hướng này cùng với việc tổng hợp mạch diễn ra chiều 5’ → 3’ (trái sang
phải)
q Trình tự mạch thẳng tạo thành từ liên kết phosphodieste giữa các nucleotide là cấu
trúc bậc một của nucleic acid
q DNA chuẩn mang hai mạch polynucleotide ngược chiều
xoắn vào nhau tạo thành cấu trúc xoắn kép (cấu trúc
bậc 2 của DNA).
v Mạch có chiều 3' → 5' là mạch gốc, mạch có chiều
5' → 3' là mạch bổ sung
v Trong các cấu trúc xoắn kép, khung phosphat-
đường xếp ở mặt ngoài và bazơ nitơ hướng vào
bên trong.
v Các bazơ nitơ của 2 mạch đơn hình thành liên kết
bổ sung: A bắt cặp với T theo hai liên kết hydro, G
bắt cặp với C theo ba liên kết hidro.
v Tương tác kị nước và van der Waals giữa các cặp
bazơ liền kề cũng làm bền hơn câu trúc Xoắn kép
q Hầu hết DNA trong tế bào có cấu hình xoắn phải. Mỗi
vòng xoắn dài 3,4 nm (tức 34 Ă) chứa 10 cặp nucleotide
→ DNA dạng B
q Ngoài cấu trúc chuẩn, DNA cũng có các dạng
đặc biệt.
v Trong điều kiện phòng thí nghiệm, khi loại
bỏ hầu hết khỏi DNA, cấu trúc tinh thể
của DNA có dạng A – rộng và ngắn hơn
DNA chuẩn
v Trong tế bào và in vitro, cấu trúc xoắn
kép RNA- DNA và RNA-RNA có cấu hình
dạng A
v Guanin có thể liên kết hydro Với Thymine,
thậm chí là giữa Cytosine và Thymine,
gây ra các biến hình nhỏ trong cấu trúc
xoắn kép của DNA.
v DNA có bộ khung zigzag và đóng xoắn
theo chiều trái, gọi là DNA xoắn trái hay
DNA Z, trên mỗi vòng xoắn có tới 12 cặp
bazơ
q DNA có thể ở dạng vòng (DNA nhiễm sắc thể và plasmid của vi khuẩn) hoặc dạng thẳng.
q DNA cũng có thể cuộn, uốn cong tạo cấu hình siêu xoắn (DNA supercoiling) có dạng các vòng
xoắn số 8.
q Trong tế bào, enzyme topoisomerase có vai trò giảm áp lực xoắn của DNA.
v Enzym này bằng cách cắt đứt một sợi đơn (topoisomerase I) hoặc cả hai sợi (topoisomerase
II) → triệt tiêu vòng xoắn và nối lại mạch hồi phục cấu trúc DNA
q Đối với DNA, trong nhân của tế bào Eukaryote, cứ
mỗi đoạn DNA dài 146 bp quấn 2 vòng quanh 8
phân tử histone (H2A, H2B, H3,H4) tạo thành cấu
trúc nucleosome.
q Sau đó, DNA tiếp tục cuộn xoắn ốc với mỗi vòng
chứa 6 nucleosome, các nucleosome kế nhau
được nối qua 1 phân tử histone trung gian H1.
q Các nucleosome tiếp tục cuộn xoắn tạo thành sợi
chromatin dày 30 nm, cuộn xoắn nhiều lần để tạo
thành nhiễm sắc thể.
q Việc cuộn xoắn nhiều lần giúp thu nhỏ kích thước
DNA vừa với kích thước của nhân, đảm bảo quá
trình sao chép, phân chia khi phân bào.
q Tế bào của mỗi loài sinh vật khác nhau có
bộ nhiễm sắc thể khác nhau, đặc trưng về
số lượng và hình dạng.
v Tế bào sinh dưỡng của người chứa 23
cặp nhiễm sắc thể (22 cặp nhiễm sắc
thể thường, tương đồng với kích thước,
hình dạng,vị trí và số lượng gene và
một cặp nhiễm sắc thể giới tính ( XX ở
nữ và XY ở nam)
v Mỗi cặp gồm một nhiễm sắc thể từ mẹ
và một nhiễm sắc thể từ bố.
v Nhiễm sắc thể có chiều dài từ 0,5 - 50
µm, đường kính từ 0,2 - 2 µm
q Vai trò chính của DNA là lưu giữ thông tin di truyền.
q Hidro ở vị trí C2’ trong desoxyribonucleic của DNA bền hơn so với RNA.
q Các nhóm 2’-OH trong RNA tham gia thủy phân chậm liên kết phosphodieste,
khiến RNA kém bền hơn.
q DNA truyền đạt thông tin di truyền qua các thế hệ thông qua việc sao chép và
phân ly DNA cho tế bào con khi phân bào.
q DNA cũng là khuôn mẫu để tổng hợp RNA.
q Nhân của sinh vật nhân thật chứa DNA mạch thẳng
q DNA ở ti thể và lục lạp có dạng vòng, có thể gặp DNA lục lạp dạng thẳng.
q DNA bộ gene và plasmid của vi khuẩn có dạng vòng.
q DNA virus là các phân tử mạch vòng, một số phage có DNA mạch thẳng, có thể là
mạch đơn hoặc mạch kép
B. Ribonucleic acid (RNA)
q Cấu trúc bậc một của
RNA cơ bản giống với
DNA
v Đơn phân gọi là
ribonucleotide với
phân tử đường 5
carbon là ribose
v Có gốc –OH ở vị trí
C2
v Bazo nito Uracil thay
thế cho Thymine
q Hầu hết RNA của tế bào
có dạng mạch đơn và
mang cấu trúc khác nhau.
q Những khác biệt trong kích thước và cấu hình của nhiều loại RNA cho phép chúng
mang các chức năng đặc biệt trong tế bào.
q Một số RNA có cấu trúc
bậc 2 tạo “kẹp tóc”, “vòng-
cuống” do hình thành các
phân đoạn bổ sung trên
phân tử RNA
q Cấu trúc bậc 3 tạo thành
“nút giả” hình thành từ
tương tác giữa các vòng
bậc 2.
q RNA còn tạo phân tử lai
với DNA
q RNA chia thành 2 nhóm chính:
v RNA mã hóa (mRNA, RNA của virus)
v RNA không mã hóa (tRNA, rRNA, miRNA, snRNA, snoRNA...).
q Ở tế bào nhân thật, RNA chức năng phần lớn được biến đổi từ các dạng pre-
RNA
q Trong tế bào động vật có vú, 80% là rRNA, 15% là tRNA, 5% còn lại cái gồm
mRNA cùng các loại RNA khác
q mRNA (messenger RNA), RNA thông tin: có cấu trúc mạch đơn thẳng
v Chức năng truyền đạt thông tin di truyền từ mạch khuôn trên DNA đến phân tử
protein.
v Thông tin di truyền được lưu giữ và truyền đạt dưới dạng mã bộ ba (codon).
v Để thực hiện chức năng này, mRNA cơ bản phải chứa codon mở đầu (AUG), các
codon mã hóa acid amin và codon kết thúc (UGA, USA, UAG).
q mRNA còn chứa các trình tự không mã hóa gồm
v mũ 5' và đuôi poly-A 3' ở tế bào nhân thật
v Trình tự Shine-Dalgarno ở tế bào nhân nguyên thủy (trình tự trên mRNA mà
ribosome bám vào, thường ở vị trí khoảng 8 base ngược dòng trước codon khởi
đầu)
q mRNA (messenger RNA), RNA thông tin: có cấu trúc mạch đơn thẳng
q tRNA (Transfer RNA) là RNA vận
chuyển
v Có dạng hình lá chẻ ba chứa khoảng
75 nucleotide với cấu trúc sợi đơn và
một số phân đoạn mạch kép.
v Mang bộ ba đối mã (anticodon) bổ
sung với codon trên mRNA
v Trình tự 3’ CCA là vị trí gắn acid
amin tương ứng
v Vòng D (loop D) là vị trí gắn enzym
aminoacyl-tRNA synthetase và vòng
T (loop T) gắn ribosom
q rRNA (ribosomal RNA) là RNA ribosom
v Liên kết với protein tạo nên ribosom
của tế bào
v rRNA có cấu trúc mạch đơn nhưng
cuộn xoắn phức tạp hình thành các
vùng xoắn kép
v Là loại RNA nhiều nhất trong tế bào
và khối lượng phân tử lớn nhất trong
các loại RNA
v Trong ribosom tế bào nhân thật có
chứa rRNA 5S - 5,8S - 28S và 18S
v Tế bào nhân nguyên thủy có rRNA
5S – 23S và 16S
q Còn có rất nhiều loại RNA không mã hóa:
v hnRNA (heterogenous nuclear RNA) tham gia gia công pre-mRNA, vận
chuyển mRNA qua lỗ nhân ra tế bào chất
v RNA nhân nhỏ (snRNA – small nuclear RNA) tham gia xử lý pre-mRNA, tổng
hợp protein, điều hòa enzym...
v snoRNA (small nucleolar RNA) tham gia biến đổi pre-rRNA, miRNA (micro
RNA), scRNA (small cytoplasmic RNA - RNA tế bào chất nhỏ)
v Các RNA này thường có kích thước nhỏ gồm vài chục đến vài trăm
ribonucleotid và thường liên kết với protein tạo phức hợp ribonucleoprotein
(RNP)
q Các RNA có hoạt tính xúc tác tương tự enzym được gọi là ribozyme (ribonucleic acid
enzyme).
v Có vai trò trong quá trình cắt nối gia công các pre-RNA, tổng hợp tARN, sao chép
thông tin di truyền ở virus, điều hòa sự ôn định của mRNA...
ü RNase P là ribozyme có hoạt tính ribonuclease tham gia quá trình xử lý pre-
tRNA thành tRNA
ü Ribozyme “kẹp tóc” (hairspin ribozyme) tham gia xử lý RNA trong quá trình sao
chép ở virus
ü Ribozyme “đầu búa” (hammerhead ribozyme) có hoạt tính tự cắt nối
ü Các ribozyme đóng vai trò của aminotransferase
q RNA còn đóng vai trò lưu giữ thông tin di truyền ở một số virus, là khuôn mẫu tổng hợp
protein, cũng có thể là khuôn mẫu để phiên mã ngược thành DNA.
q RNA virus có thể ở dạng sợi kép (dsRNA) hoặc sợi đơn (ssRNA)
C. Gene
q Cuối những năm 1970, việc phát hiện ra gene gián đoạn ở sinh vật eukaryote
cho thấy có những đoạn RNA không mã hóa cho các axit amin trên phân tử
protein
→ Khái niệm gene: gene là một đoạn DNA đảm bảo cho việc tạo ra một
polypeptide:
v Vùng 5’ không dịch mã (5’ untranslation, 5’ UTR, vùng ngược hướng

(upstream)) và vùng 3’ không dịch mã (3’ untranslation, 3’ UTR, vùng cùng
hướng (downstream)) của vùng mã hóa cho protein
v Những đoạn không mã hóa (intron) xen giữa các đoạn mã hóa (exon)
C. Gene
qVào đầu thế kỷ 21, định nghĩa gen được thống nhất một cách tổng
quát:
vGene là đơn vị chức năng cơ sở của bộ máy di truyền chiếm một
locus nhất định trên nhiễm sắc thể và xác định một tính trạng
nhất định
vCác gene là những đoạn vật chất di truyền mã hóa cho những
sản phẩm riêng lẻ
ü Các mRNA được sử dụng trực tiếp cho tổng hợp các enzyme
ü Các protein cấu trúc hay các chuỗi polypeptide cuộn gấp tạo
ra protein có hoạt tính sinh học
C. Gene
q Gene – đơn vị cơ bản của di truyền - là một đoạn
phân tử DNA mang thông tin mã hóa một sản phẩm
xác định (protein hay RNA)
v Gene hemoglobin alpha là gen mã hóa chuỗi
polypeptide alpha của cấu trúc hemoglobin trong
hồng cầu người
v Gen tRNA mã hóa phân tử RNA vận chuyển
q DNA của virus thường chỉ chứa một vài gene
q DNA nhiễm sắc thể của tế bào thực vật và động vật
bậc cao chứa vài ngàn đến vài triệu gen.
C. Gene
qCác gene được sắp xếp theo trình tự xác định dọc theo DNA của
NST.
qMỗi nhiễm sắc thể có nhiều gene.
qMỗi gen gồm một chuỗi DNA đặc trưng, có một vị trí cụ thể (locus)
trên một nhiễm sắc thể và thường cùng vị trí trên cặp NST tương
đồng
qHai gene nằm trên cùng một locus của mỗi cặp NST (1 được thừa
kế từ mẹ và 1 từ bố) được gọi là allele.
qNếu hai allen có thể có trình tự DNA giống hệt nhau gọi là đồng hợp
tử; hai alen khác nhau gọi là dị hợp tử
C. Gene
qTùy theo sản phẩm, gene được chia thành 2 loại chính
vGen cấu trúc: là gene có sản phẩm tham gia cấu trúc hoặc thực
hiện chức năng của tế bào
vGen điều hòa: là gene có sản phẩm tham gia kiểm soát hoạt
động của các gene khác như protein ức chế, protein hoạt hóa...
C. Gene
q Cấu trúc chung của một gen gồm vùng khởi đầu, vùng mã hóa và vùng kết thúc.
v Vùng khởi đầu: nằm ở đầu 3’, có trình tự đặc biệt mang tín hiệu khởi đầu quá trình
phiên mã
v Vùng mã hóa: chứa thông tin mã hóa sản phẩm.
C. Gene
ü Ở vi khuẩn
o Vùng mã hóa thường gồm một đoạn
exon liên tục mang thông tin mã hóa.
o Thường gặp là các gen mã hóa cho
các loại protein nối tiếp nhau thành
một cụm – gọi là operon – sử dụng
chung một vùng khởi đầu phiên mã.
o Khi phiên mã tạo ra một mRNA đa
cistron rồi dịch mã tạo thành nhiều
loại protein.
§ Operon tri gồm 5 gen mã
hóa cho 5 loại enzym
tham gia quá trình tổng
hợp acid amin tryptophan
ở E.coli.
C. Gene
C. Gene
v Vùng mã hóa: chứa thông tin mã hóa sản phẩm.
ü Ở sinh vật nhân thật,
o Gene tồn tại dưới dạng các đoạn mang thông tin mã hóa (exon) xen lẫn các
đoạn không mã hóa (intron).
o Các gen mang thông tin mã hóa các phân tử protein của cùng một quá trình
có thể nằm trên các nhiễm sắc thể khác nhau
o Hầu hết mRNA của tế bào nhân thật đều là đơn cistron, phải được tạo thành
mRNA chức năng rồi dịch mã thành một protein duy nhất.
ü Các đoạn intron rất hiếm xuất hiện ở vi khuẩn và cổ khuẩn, và không phổ biến
ở sinh vật đơn bào nhân thực như nấm men.
ü Tuy nhiên intron lại xuất hiện trong DNA virus có khả năng xâm nhập tế bào
eukaryote
v Vùng kết thúc: nằm ở đầu 5’, mang tín hiệu kết thúc quá trình phiên mã
C. Gene
C. Hệ gene (Genome)
qLà toàn bộ gene của sinh vật
vHệ gene của sinh vật nhân nguyên thủy và các sinh vật nhân thật
bậc thấp chứa ít trình tự không chức năng.
vCác vùng mã hóa của chúng nằm sát nhau dọc theo DNA hệ gen.
vHệ gene của động vật có xương sống và thực vật bậc cao chứa
nhiều trình tự không mã hóa hoặc không mang bất kỳ chức năng
nào.
vCác DNA không chức năng là do trình tự lặp tạo thành.
vỞ người chỉ khoảng 1,5% DNA mã hóa cho protein hoặc RNA.
v Hệ gene của sinh vật nhân thật: Gene mã hóa protein và RNA chức năng, DNA lặp
(gồm DNA trình tự đơn giản và các yêu tô DNA di động) và các DNA đệm không thể
phân loại
ü Khoảng 25 – 75% gene mã hóa protein thường là gene đơn nhất, chỉ xuất hiện một
lần trong bộ gen đơn bội (Gene mã hóa lysozyme)
ü Gene mã hóa protein có thể là gene lặp (duplicated gene) gồm tập hợp các gen
trình tự giống nhau nhưng không đồng nhất (họ gene) mã hóa cho các protein chứa
nhiều thành viên có cấu trúc tương đồng (họ protein)
o Protein kinase, Globulin miễn dịch… là các họ protein chứa nhiều thành viên có
cấu trúc tinh dầu nhưng không giống hệt nhau
ü Gen mã hóa rRNA và các RNA không mã hóa khác tồn tại dưới các dãy lặp liên tiếp
để đáp ứng nhu cầu sử dụng của tế bào.
ü Các bản sao của gen mã hóa tRNA, protein histone lại thường tồn tại thành cụm
thay vì dạng chuỗi liên tiếp
q DNA lặp trình tự đơn giản (Simple sequence repeat – SSR) là các đoạn DNA chứa 1 -
500 cặp bazơ.
v Nếu đoạn lặp có chiều dài 1- 13 cặp bazơ thì thường được gọi là các DNA vi vệ
tinh (Microsatellite DNA) (có chiều dài 1 - 4 cặp bazơ và số lần lặp khoảng 150 lần).
v Chúng được hình thành do sự trượt lùi của chuỗi con so với mạch khuôn trong quá
trình nhân đôi DNA → có một trình tự ngắn nào đó được sao chép nhiều lần tạo
thành đoạn lặp hoặc do sự trao đổi chéo không cân bằng trong quá trình giảm phân.
v Các trình tự lặp này có thể nằm trong hoặc ngoài đơn vị phiên mã của tế bào tạo
thành các protein bất thường, gây nhiều quá trình gia công RNA... biểu hiện thành
các dạng bệnh lý (bệnh liệt rung Parkinson, loạn dưỡng trương lực cơ tuýp 1)
q Các yếu tố DNA di động (gene nhảy) là các đoạn lặp phân tán.
v Các trình tự này được nhân bản và gắn vào vị trí mới trên gen
thông qua quá trình chuyển vị.
v Khoảng 98,5% DNA người không bị lão hóa nên quá trình
chuyển vị Đa phần là vô hại
v Trong một số ít trường hợp, quá trình này có thể gây đột biến tế bào sinh dưỡng, bất
hoạt gen kìm hãm khối u
v Quá trình chuyển vị góp phần quan trọng trong tiến hóa của sinh vật bậc cao nhờ tạo
nên họ gen mới do nhân đôi GEN, tạo gen xáo trộn exon sẵn có và hình thành các
vùng điều hòa phức tạp hơn.
v Yếu tố DNA di động gồm DNA transposon và retrotransposon.
v Yếu tố DNA di động cũng được tìm thấy ở tế bào sinh vật nhân nguyên thủy - gây ra
sự lây lan nhanh tình trạng kháng thuốc ở vi khuẩn do các transposon kháng thuốc
q Các yếu tố DNA di động (gene
nhảy) là các đoạn lặp phân
tán.
q DNA đệm không thể phân loại chiếm khoảng 25% DNA người, nằm giữa các đơn vị
phiên mã và không lặp lại, hầu như chưa rõ chức năng
q Ngoài ra, thông tin di truyền còn chứa trong ti thể (mtDNA) và lục lạp.
v mtDNA mã hóa các protein tham gia tổng hợp ATP và thực hiện quá trình truyền
điện tử, rRNA, tRNA cho các hoạt động của ti thể
v Các sản phẩm mtDNA thường không tiết ra ngoài ti thể.
v Ở thực vật, mtDNA và DNA lục lạp tuân theo mã di truyền chuẩn và thường dài hơn
mtDNA của sinh vật nhân chuẩn khác vì chúng chứa nhiều trình tự không mã hóa
và trình tự lặp đơn.
v Đột biến mtDNA ở người gây nhiều bệnh di truyền ở người như thoái hóa thần kinh
thị giác Leber, hội chứng KearnsSayre, các hội chứng rối loạn thần kinh cơ...
SAO CHÉP DNA (DNA REPLICATION)
A. Thí nghiệm Meselson - Stahl
q Có 3 giả thiết được nêu ra về quá trình sao chép
DNA.
v Giả thiết bán bảo toàn: phân tử DNA tách
thành 2 sợi đơn, mỗi sợi đơn trở thành khuôn
mẫu để tổng hợp sợi đơn mới theo nguyên tắc
bổ sung. Kết quả tạo thành hai phân tử DNA
con giống nhau, mỗi phân tử Con gồm 1 sợi
đơn gốc và 1 sợi đơn mới được tổng hợp - tức
theo nguyên tắc bán bảo toàn
v Giả thiết bảo toàn: Hai phân tử DNA con gồm 1
phân tử gốc gồm 2 sợi cũ và 1 phân tử con
mới hoàn toàn
v Giả thiết phân tán: Quá trình tổng hợp DNA
theo các đoạn ngắn xen kẽ tạo thành DNA còn
chứa các đoạn DNA gốc xen kẽ các đoạn DNA
mới
q Năm 1958, Matthew Meselson và
Franklin Stahl chứng minh được quá
trình sao chép DNA tuân theo nguyên
tắc bán bảo toàn
v Thử nghiệm được thực hiện bằng
cách nuôi vi khuẩn E.coli trên các
môi trường chứa nguồn nitơ gồm
đồng vị nặng N15 và đồng vị nhẹ
N14.
v Đầu tiên, E coli được nuôi cấy trên
môi trường có nguồn nitơ đồng vị
nặng N15 qua một vài thế hệ.
v Sau đó, tách lấy các tế bào chỉ có
N15 trong DNA và chuyển sang môi
trường chỉ chứa Nitơ đồng vị nhẹ
N14.
v Mẫu các tế bào được lấy ra theo
những khoảng thời gian đều đặn
để chiết tách DNA và Phân tích
mẫu bằng phương pháp ly tâm
gradient tỷ trọng cân bằng CsCl
v Phương pháp này giúp phân
tách các đại phân tử theo tỉ
trọng; tách các loại dna trong
mẫu thành 3 băng riêng biệt
tương ứng với DNA sợi nặng
N15, DNA sợi nhẹ N14 và DNA
sợi lai (gồm mmột sợi chứa N15
và một sợi chứa N14).
v Kết quả thử nghiệm cho thấy
DNA thế hệ 0 chỉ chứa N15
nhưng sau một lần sao chép
DNA thế hệ 1 có tỷ trọng tương
ứng là DNA sợi lai.
v Tiếp đó, DNA thế hệ 2 cho kết
quả 50% là DNA sợi lai và 50%
DNA sợi nhẹ N14.
v Thử nghiệm này khẳng định giả
thuyết của Watson và Crick
B. Sao chép DNA ở tế bào Prokaryote
q Mô hình sao chép DNA được nghiên cứu trên NST của vi khuẩn E.coli có chứa DNA
sợi kép, dạng vòng
v Quá trình tái bản DNA bắt đầu khi protein B đặc hiệu nhận biết và gắn vào điểm
khởi đầu sao chép Ori.
ü Vị trí khởi đầu là một trình tự nucleotide giàu A,T và khác nhau tùy theo loài.
ü Vi khuẩn E.coli chỉ có một điểm Ori nên cả phân tử DNA tạo thành một đơn vị
sao chép thống nhất được gọi là replicon.
ü Bộ gene của tế bào nhân nguyên thủy thường chỉ có một replicon
B. Sao chép DNA ở tế bào
Prokaryote
v Enzym gyrase làm giảm tình
trạng xoắn của sợi DNA để
chuẩn bị quá trình sao chép.
ü Một vấn đề ở các DNA
dạng vòng là khi một vị trí
giảm xoắn sẽ giảm tình
trạng siêu xoắn ở các vị trí
khác.
ü Các enzym topoisomerase
trong tế bào có vai trò
giảm áp lực xoắn, tránh
đứt gãy sợi DNA
v Từ điểm Ori, enzyme helicase tiến hành
tách sợi kép DNA thành 2 sợi đơn tạo
thành chẻ ba sao chép (replication fork)
bằng cách sử dụng năng lượng thủy
phân ATP làm đứt các liên kết hiđrô giữa
các bazơ bổ sung.
ü Các protein làm căng mạch (single-
strand binding protein – SSB) gắn
vào sợi đơn DNA giúp chúng ổn định
trong quá trình sao chép
ü Enzym primase tạo mồi (primer) gắn
bổ sung vào mạch khuôn. Mồi
thường có bản chất là RNA nơi chứa
5 - 10 nucleotide
Prokaryote
v Sau đó, enzym DNA polymerase
gắn deoxynucleotide tự do vào
nhóm OH tự do ở đầu 3' của mồi rồi
tiếp tục quá trình tổng hợp kéo dài
sợi đơn DNA theo chiều từ 5’→3’.
ü Cần lưu ý DNA polymerase
không thể tự khởi đầu quá trình
tổng hợp chuỗi mà cần phải có
mồi vì DNA có tính chất đối
song song và DNA polymerase
chỉ có thể tổng hợp sợi DNA
mới theo chiều từ 5’ → 3’ nên
các sao chép dna trên hai sợi
khuôn diễn ra khác nhau.
v Một sợi con được gọi là sợi sớm (leading strand) được enzyme DNA polymerase III
tổng hợp liên tục từ một mồi duy nhất theo chiều 5' → 3’
v Sợi còn lại là sợi muộn

(lagging strand). Quá
trình sao chép trên
khuôn mẫu sợi muộn
diễn ra khi vùng tháo
xoắn và tách mạch của
sợi DNA đủ lớn.
Prokaryote
ü Tế bào tổng hợp mồi và
quá trình kéo dài cũng diễn
ra từ 5’→ 3' tạo thành các
đoạn rời rạc chứa 1000 –
2000 nucleotide, được gọi
là đoạn Okazaki.
ü Quá trình tổng hợp các
đoạn Okazaki được tiến
hành nhiều lần như vậy
trên sợi muộn. Mồi của mỗi
đoạn Okazaki được
enzyme DNA polymerase I
loại bỏ và được lấp đầy.
ü Sau cùng, enzym ligase nối các đoạn Okazaki bằng các liên kết phosphodieste tạo
thành đoạn DNA liền mạch.
ü Quá trình tổng hợp sợi muộn

gọi là không liên tục. Cứ 10
bazơ được sao chép thì sợi
kép DNA con mới hình thành
sẽ vặn xoắn lại 1 vòng đến
khi giáp vòng tạo thành hai
DNA con lồng vào nhau.
Enzym topoisomerase tạo
điểm cắt, tách rời hai DNA
con và phục hồi cấu trúc vòng
q Quá trình sao chép DNA vòng có thể theo 1 hướng tức chỉ có 1 chạc ba sao chép tạo
cấu trúc chữ D (thường gặp ở DNA ti thế, lạp thể) hoặc theo 2 hướng tức có 2 chạc ba
sao chép tạo thành cấu trúc theta (E.coli).
q Quá trình sao chép DNA vòng có thể theo 1 hướng tức chỉ có 1 chạc ba sao chép tạo
cấu trúc chữ D (thường gặp ở DNA ti thế, lạp thể) hoặc theo 2 hướng tức có 2 chạc ba
sao chép tạo thành cấu trúc theta (E.coli).
q Hầu hết DNA tái bản theo 2 hướng.
q Prokaryote có 5 loại DNA polymerase khác nhau, kí hiệu là Pol I, Pol II, Pol III, Pol IV
và Pol V.
v Enzym Pol III giữ vai trò chính trong quá trình sao chép DNA
v Pol I có hoạt tính exonuclease 5’→3’ và polymerase có vai trò loại bỏ mồi RNA và
lấp đầy chỗ trống
v Pol II có vai trò không rõ ràng.
v Cả 3 loại Pol I, Pol II và Pol III đều có có hoạt tính exonuclease 3’ → 5’ thực hiện
chức năng phát hiện và cắt bỏ các nucleotide lắp ráp sai trong quá trình tổng hợp
DNA.
v Pol IV và Pol V là enzyme sao chép DNA bỏ qua các tổn thương
C. Sao chép DNA ở tế bào Eukaryote
q Quá trình sao chép DNA ở eukaryote cũng có cơ chế tương tự như prokaryote; nhưng
phức tạp hơn
v Ở tế bào nhân thật, NST nhiều hơn, dài hơn và cuộn xoắn phức tạp hơn nên tốc độ
di chuyển của DNA polymerase chậm hơn.
v Tuy nhiên, DNA của eukaryote có nhiều replicon giúp tăng tốc quá trình sao chép.
v Quá trình sao chép cũng bắt đầu từ điểm Ori rồi lan về 2 phía.
v Tế bào có cơ chế kiểm soát nghiêm ngặt quá trình sao chép, điểm Ori nào đã sao
chép qua một lần rồi thì không lặp lại trước khi toàn bộ DNA được sao chép hoàn
toàn.
v Đoạn Okazaki chỉ chứa 40 – 300 nucleotide
q Eukaryote có 5 loại DNA polymerase được ký hiệu là Pol α, Pol β, Pol γ, Pol δ và Pol ε.
v Các loại DNA polymerase này không đồng nhất về phân tử lượng và một số đặc
tính hóa học.
v Pol γ phân bố trong ti thể và tham gia tái bản DNA ở ti thể, các DNA polymerase
còn lại ở trong nhân.
v Sau khi mồi được gắn vào sợi khuôn, Pol α kéo dài đoạn mồi tạo một đoạn DNA
ngắn khoảng 20 nucleotide
v Sau đó, được thay thế bởi Pol δ và Pol ε để tiếp tục tiến hành tổng hợp sợi muộn
và sợi nhanh.
v Pol β đóng vai trò chính trong sửa sai.
v Cả Pol δ, Pol ε và Pol β đều có hoạt tính sửa sai
v Enzym Pol γ tiến hành sao chép mtDNA của ti thể
D. Sao chép DNA ở virus và phage
q Các virus chứa DNA sợi kép (dsDNA) có thể tiến hành sao chép kiểu theta hoặc theo
kiểu lăn vòng.
v Khi sao chép lăn vòng, một sợi đơn của dsDNA bị cắt và đầu 3' được mở ra, DNA
polymerase tổng hợp sợi nhanh từ đầu 3' trên sợi còn nguyên.
v Vòng DNA sẽ lăn tròn để tách và kéo dài đầu 5’ ra.
v Trên sợi khuôn bị tách ra, quá trình tổng hợp sợi muộn bằng các đoạn Okazaki
được tiến hành.
v Quá trình tổng hợp này cần có mồi → tạo thành một DNA con dạng vòng và một
DNA dạng thẳng, sau đó được đóng vòng.
v Quá trình sao chép lăn vòng có thể lặp đi lặp lại nhiều lần tạo thành sợi dài gồm
nhiều bản sao DNA nói với nhau.
v Enzyme endonuclease cắt tại các điểm khác nhau trên 2 sợi đơn DNA để tạo thành
các “đầu dính” và các “đầu dính” bắt cặp với nhau để tạo thành DNA vòng
q Ở phage T7 và phage λ có bộ gen dsDNA dạng thẳng và enzyme DNA polymerase cần
sử dụng mồi để khởi động quá trình sao chép.
v Từ vị trí Ori, tạo thành 2 chạc ba sao chép, gắn mồi và DNA polymerase tổng hợp
sợi mới theo chiều 5’ → 3’.
v Sau sao chép, mồi bị loại bỏ.
v Ở hai đầu DNA của phage T7 hình thành các trình tự lặp giống nhau, đoạn hụt sau
sao chép trở thành các phức nối để gắn 2 phân tử DNA con với nhau.
v Sau đó, DNA polymerase I tiến hành lấp đầy chỗ trống theo chiều từ 5’→ 3' và nối
bằng enzyme ligase.
v Cuối cùng, tiến hành cắt tại các vị trí đặc hiệu để tạo thành phân tử DNA con hoàn
chỉnh, giống hệt DNA gốc ban đầu
v Trong khi đó, phage λ tiến hành vòng hóa bộ gen nhờ vào trình tự COS (sợi đơn ở
2 đầu DNA có khả năng bắt cặp bổ sung với nhau), tiến hành sao chép lăn vòng
PHIÊN MÃ (TRANSCRIPTION)
q Phiên mã là quá trình tổng hợp RNA từ khuôn mẫu DNA.
q Do những khác biệt về cấu trúc, vị trí gene và hệ enzyme nên sự phiên mã ở tế
bào prokaryote và eukaryote có những khác biệt nhất định nhưng về cơ bản
đều tuân theo một số đặc điểm chung.
v Trong quá trình phiên mã, chỉ có một mạch DNA đóng vai trò là sợi khuôn,
xác định trình tự ribonucleotide trên phân tử RNA.
v Các bazơ trên mạch khuôn DNA bắt cặp bổ sung với ribonucleotide tự do,
sau đó, RNA polymerase xúc tác phản ứng polymer hóa nối các đơn phân
ribonucleotide để tạo thành chuỗi RNA.
v Sợi RNA tổng hợp theo chiều từ 5’→3’, ngược chiều với sợi khuôn DNA 3’
→ 5.
q RNA polymerase không cần mồi như DNA polymerase để khởi động phiên mã
nhưng cần sự tham gia của các yếu tố khởi đầu (transcriptional factor) để gắn
vào vùng khởi động phiên mã (promoter) và các yếu tố kéo dài trong quá trình
polymer hóa tạo RNA.
q Vị trí trên DNA mà tại đó RNA polymerase bắt đầu phiên mã được đánh số +1.
q Xuôi dòng chỉ chiều phiên mã của mạch khuôn DNA, vị trí các nucleotide trong
trình tự xuôi dòng được ký hiệu dương (+).
q Ngược dòng chỉ chiều phiên mã của mạch khuôn DNA, vị trí các nucleotide
trong trình tự ngược dòng được ký hiệu âm (-)
q Quá trình phiên mã chỉ xảy ra ở một số vùng của genome chứ không phải toàn
bộ genome như trong sao chép.
q Các vùng phiên mã sẽ chứa các trình tự khởi đầu và trình tự kết thúc phiên mã.
q Quá trình phiên mã trong tế bào diễn ra rất mạnh mẽ tạo một số lượng lớn bản
sao RNA nhằm đáp ứng các nhu cầu của tế bào.
q Tần số sai sót của phiên mã là 10-4 tương đối cao so với sao chép là 10-7
nhưng có thể chấp nhận được vì RNA không được sao chép lại nên không ảnh
hưởng đến việc truyền thông tin cho thế hệ sau, số lượng bản sao RNA thường
nhiều và dư thừa...
q Quá trình phiên mã được phân thành 3 giai đoạn gồm khởi động, kéo dài và kết
thúc.
v Ở giai đoạn khởi đầu,
ü RNA polymerase gắn vào trình tự DNA tạo phức hợp đóng.
ü Sau đó, cùng với các yếu tố khởi đầu, RNA polymerase biến tính một
vùng DNA (12 - 14 bp) gần với vị trí khởi đầu tạo thành bong bóng phiên
mã – tức phức hợp mở.
ü Bước khởi đầu kết thúc khi RNA polymerase xúc tác tạo liên kết
phosphodiester giữa 2 ribonucleotide đầu tiên.
q Quá trình phiên mã được phân thành 3 giai đoạn gồm khởi động, kéo dài và kết
thúc.
v Giai đoạn kéo dài,
ü RNA polymerase tiếp tục di chuyển trên mạch khuôn 3’→5’, tách mạch
DNA và lần lượt gắn các ribonucleotide khác vào kéo dài mạch RNA.
ü Phức hợp RNA polymerase – DNA khuôn – RNA rất bền.
ü Khi RNA dài 12 bazơ, đầu 5’ của RNA bắt đầu tách khỏi sợi khuôn DNA
và sợi kép DNA được phục hồi.
ü Trong khi đó, vùng biến tính của DNA được duy trì ở chiều dài khoảng
14bp.
v Giai đoạn kết thúc,
ü Khi gặp tín hiệu kết thúc, phân tử RNA được giải phóng khỏi RNA
polymerase và tách khỏi mạch khuôn DNA.
A. Đơn vị phiên mã
q Operon là đơn vị phiên mã của prokaryote, chứa ít nhất 1 promoter (trình tự
DNA ở vị trí khởi động phiên mã) và các gene cấu trúc mã hóa các loại protein
cùng tham gia một quá trình nào đó của tế bào.
q Ngoài ra, operon còn chứa một hoặc nhiều vùng đóng vai trò điều hòa biểu
hiện gene như operator.
q Trình tự promoter thường nằm trước vị trí khởi đầu phiên mã. Trình tự lý tưởng
gồm trình tự -35 (có trình tự chung là TTGACA) và trình tự -10 (còn gọi là hộp
Pribnow hay hộp TATA, có trình tự chung là TATAAT).
q Ngoài ra, một số promoter còn có yếu tố UP, thiếu vùng -35 và được thay bằng
trình tự -10 mở rộng
Vị trí bắt đầu phiên mã
+1
Operator TTGACA Operator TATA Box Operator Gene 1 Gene 2 Gene 3 Terminator
-35 -10
Operator
Promoter Vùng chứa gene cấu trúc

q Hầu hết gene của sinh vật eukaryote được biểu hiện từ những đơn vị phiên mã
riêng biệt.
q Mỗi đơn vị phiên mã ở eukaryote chứa promoter, các trình tự intron và exon
xen kẽ nhau.
q Promoter của eukaryote có thể dài vài trăm đến vài nghìn bp, có trình tự khá đa
dạng tùy vào loại gene và loại RNA tạo thành.
v Sự phiên mã của RNA polymerase I:
ü Promoter gồm 2 vùng là promoter chính nằm ở vị trí -45 đến +20, giàu
GC, chứa một vùng ngắn giàu AT (Initiator - Inr) và vùng UPE (Upstream
promoter element) nằm trước promoter chính ở vị trí -180 đến -107, giàu
GC giúp tăng cường phiên mã.
ü Yếu tố phiên mã gồm yếu tố gắn lõi tham gia khởi động phiên mã và yếu
tố UBF có cấu trúc polypeptide, gắn vào vùng UPE giúp khởi động và
tăng cường phiên mã.
v Sự phiên mã của RNA

polymerase I:
v Sự phiên mã của RNA polymerase II:
ü Promoter thường chứa các trình tự DNA khác nhau tùy theo loại gene
và loại tế bào.
ü Ba trình tự promoter chính là hộp TATA, trình tự khởi động Inr và hộp
GC.
ü Hộp TATA nằm ở vị trí -32 đến -26 là trình tự phổ biến nhất, thường tồn
tại ở các gene có hoạt tính phiên mã cao.
ü Promoter chứa trình tự Inr (vị trí từ -2 đến +4, trình tự chung rất biến
động, hầu hết chứa C ở -1 và A +1) và hộp GC (vị trí không cố định) là
đặc trưng của các gene có tốc độ phiên mã chậm.
→ Promoter của eukaryote gồm 3 phần: promoter lõi (core promoter
elements), vùng cận promoter (proximal) và ngoại biên promoter (distal).
v Sự phiên mã của RNA polymerase II:
Vị trí bắt đầu phiên mã
-200 -50 +1 +40

Exon 1 Exon 2 Exon 3
NRE GC box CAAT box TATA Box Inr
-100 -80 đến -75 -31 đến -26 -2

đến
Đầu 5’ Intron Intron Đuôi 3’
+4
không không
mã hoá mã hoá
Vùng cận promoter Vùng cận promoter Promoter lõi
Promoter Vùng chứa intron + exon

q Promoter lõi có vai trò chính trong việc gắn RNA polymerase II và các yếu tố
phiên mã chung TFII để tạo nên phức hợp khởi động phiên mã.
q Các gene khác nhau sẽ có các kiểu promoter lõi khác nhau đặc trưng.
q Ngoài hộp TATA và trình tự Inr, các trình tự lõi đặc hiệu khác nằm ở vị trí từ -50
đến +40 có ảnh hưởng đến độ mạnh của promoter. Thường gặp như:
v BRE (TFIIB Recognition Element): trình tự nhận biết TFIIB, gồm trình tự -37
đến -32 và -23 đến -17
v MTE (Motif Ten Element): ở vị trí +18 đến +29.
v DPE (Downstream Promoter Element): trình tự lõi promoter xuôi dòng, ở vị
trí +27 đến +33
v DCE (Downstream Core Element): gồm 3 trình tự con +6 đến +11, +16 đến
+21 và +30 đến +34.
v Các cầu nối (Bridge): ở vị trí +18 đến +22 hoặc +30 đến +33
+1
-8/9 đến +2
XCPE 1/2
-50 -37 đến -32 -31 đến -26 -23 đến -17 -2 đến +4 +18 đến +29 +40
BREu TATA Box BREu Inr MTE
GGG A AA G
A
CCA CGCC TATA T TG CC A A CCC
A
+27 đến +33
TT C T TTT
T DPE
G
A AC A
G
G TT
C
+18 đến +22 +30 đến +33
Bridge Bridge
+6 đến +11 +16 đến +21 +30 đến +34

DCE SI DCE SII DCE SIII
CTTC CTGT AGC
Các trình tự có thể xuất hiện ở promoter lõi

q Vùng cận promoter nằm ở vị trí -200 đến -50 gồm một số trình tự hỗ trợ quá
trình gắn kết tạo phức hợp khởi động phiên mã và các trình tự điều hòa khởi
động phiên mã.
q Thường gặp là các hộp GC có vị trí không cố định, hộp CAAT có trình tự chung
GGCAATCT ở vị trí -80 đến -75, trình tự enhancer
q Vùng ngoại biên promoter nằm cách xa lõi -200 bp và chứa các trình tự điều
hòa phiên mã, trình tự enhancer
→ Vùng cận promoter, vùng ngoại biên promoter và trình tự enhancer có vai trò
chủ yếu là điều hòa phiên mã ở eukaryote.
q Trình tự enhancer chứa 50 - 200 bp, vị trí thường không cố định, có thể xuôi
dòng hoặc ngược dòng, thường cách promoter hàng trăm đến hàng ngàn base,
thậm chí nằm trong trình tự intron
q Enhancer khá phổ biến ở gene của sinh vật eukaryote nhưng hiếm khi tồn tại ở
hệ gene của vi khuẩn.
v Sự phiên mã của RNA polymerase III
ü Promoter của rRNA 5S và tRNA nằm ở vị trí +55 đến +80 và khởi động
phiên mã ở vị trí khởi đầu phía trước nó.
ü Trong khi, promoter của snRNA lại nằm trước điểm xuất phát.
q Dựa vào số phận của sản phẩm phiên mã bậc một mà phân thành 2 loại: đơn
vị phiên mã đơn giản và phức tạp.
q Đơn vị phiên mã đơn giản tạo sản phẩm phiên mã bậc một chỉ được gia công
thành duy nhất 1 loại mRNA mã hóa 1 loại protein duy nhất (VD: gene mã hóa
B-globulin)
PHIÊN MÃ
(TRANSCRIPTION)
q Sản phẩm bậc một của đơn vị
phiên mã phức tạp có thể được
gia công theo nhiều cách tạo
thành nhiều loại mRNA đơn
cistron khác nhau, từ đó tạo
nhiều loại protein khác nhau(VD:
gene mã hóa fibronectin của
nguyên bào sợi và tế bào gan)
q Ước tính khoảng 90% gene
người chứa đơn vị phiên mã
phức tạp
B. Phiên mã ở tế bào Prokaryote
q Giai đoạn khởi động (initiation)
v Yếu tố ơ nhận biết vị trí khởi động phiên mã (+1) và gắn vào trình tự -35 và
-10 cùng với RNA polymerase.
v Yếu tố σ giúp tách mạch DNA tạo bong bóng phiên mã và đưa RNA
polymerase vào vị trí sao cho quá trình phiên mã bắt đầu đúng vị trí +1.
v Khi RNA dài khoảng 10 bp, yếu tố σ tách ra, giúp đầu 5’ của RNA chui ra
khỏi enzyme và tiếp tục được kéo dài.
v Tế bào prokaryote chỉ có một loại RNA polymerase.
ü Enzyme này được cấu tạo bởi 5 tiểu đơn vị gồm ααββ’ώ. Bên cạnh việc
thực hiện hoạt tính polymer hóa phân tử RNA, enzym RNA polymerase
còn thực hiện chức năng đọc – sửa sai
B. Phiên mã ở tế bào prokaryotes
q Giai đoạn kéo dài (elongation):
v RNA polymerase tiếp tục di chuyển trên sợi khuôn 3’→5' để kéo dài sợi
RNA theo chiều 5 → 3.
v Mỗi nucleotide trên mạch khuôn DNA kết hợp với một ribonucleotide tự do
trong môi trường nội bào theo nguyên tắc bổ sung với U thay cho T.
v Các nucleotide triphosphat (ATP, UTP, CTP, GTP) là nguồn năng lượng cần
cho quá trình phiên mã, đồng thời cũng là đơn vị cấu trúc tạo thành RNA
v Tốc độ phiên mã: 20 - 50 nu/giây.

q Giai đoạn kết thúc:
v Khi RNA polymerase dịch chuyển gặp trình tự (terminator) thì quá trình phiên mã
ngừng lại.
v Phức hợp RNA polymer – DNA khuôn - RNA tách rời, giải phóng sản phẩm RNA
v Ở vi khuẩn có hai loại tín hiệu kết thúc
ü Tín hiệu kết thúc không phụ thuộc Rho:
o Là trình tự terminator giàu GC đối xứng có thể liên kết bổ sung với nhau,
theo sau là 5-8 Adenin.
o Đoạn RNA được phiên mã từ trình tự này bắt cặp với nhau tạo thành cấu
trúc kẹp tóc có đuôi 5-8 Uracil làm ngừng RNA polymerase.
o Cuối cùng, RNA polymerase tách khỏi mạch khuôn DNA rời phóng thích
mRNA.
ü Tín hiệu kết thúc không
phụ thuộc Rho:
ü Tín hiệu kết thúc phụ thuộc Rho:
o Yếu tố Rho là một protein gồm 6 tiểu đơn vị giống hệt nhau.
o Yếu tố này bám vào trình tự rut (giàu C, nghèo G) trên mRNA, nhanh chóng
bắt kịp RNA polymerase và sử dụng năng lượng từ sự thủy phân ATP để
tách RNA khỏi sợi khuôn DNA và RNA polymerase, kết thúc phiên mã.
o Ở tế bào prokaryote, khi mRNA được tổng hợp đủ dài thì quá trình dịch mã
sẽ được tiến hành đồng thời với dịch mã để tạo ra sản phẩm cuối cùng là
protein.
ü Tín hiệu kết thúc phụ thuộc Rho:
C. Phiên mã ở tế bào Eukaryotes
q Ở eukaryote, quá trình phiên mã diễn ra trong nhân tế bào, ở kì trung gian giữa hai
lần phân bào khi nhiễm sắc thể giãn xoắn.
q Eukaryote có 3 loại RNA polymerase.
v RNA polymerase I phiên mã các pre-rRNA trừ rRNA 5S
v RNA polymerase II phiên mã tạo mRNA cùng một số RNA nhỏ
v RNA polymerase III tổng hợp các tRNA, rRNA 5S và một số RNA nhỏ
q Giai đoạn khởi động:
v Để khởi động phiên mã, tế bào eukaryote cần nhiều yếu tố khởi đầu
(transcription factor for polymerase II - TFII ) hay còn gọi là yếu tố phiên mã
chung.
v Chúng gắn vào promoter theo thứ tự: TFIID, TFIIA và TFIIB lần lượt gắn vào hộp
TATA, RNA polymerase II liên kết TFIIF, rồi đến TFIIE và TFIIH.
v Yếu tố TFIIH thể hiện hoạt tính helicase, sử dụng năng lượng từ sự thủy phân
ATP để tách mạch DNA, cho phép RNA polymerase di chuyển đến vị trí khởi
đầu phiên mã.
v Khi bắt đầu phiên mã, đuôi C (carboxyl terminal domain - CTD) của RNA
polymerase II còn được TFIIH phosphoryl hóa.
q Giai đoạn khởi động:
v Sự phosphoryl hóa này giúp RNA polymerase II thoát khỏi các yếu tố khởi đầu,
thu hút các protein khác gắn vào đuôi hỗ trợ quá trình kéo dài và biến đổi pre-
RNA sau phiên mã.
v Cuối giai đoạn khởi đầu, RNA polymerase II rời khỏi promoter để di chuyển trên
sợi khuôn nhằm tổng hợp mRNA đồng thời các yếu tố khởi đầu bị loại bỏ.
v RNA polymerase II còn cần đến các yếu tố khác như tác nhân hoạt hóa phiên
mã (trancriptional activator) gắn vào trình tự tăng cường enhancer để tăng
cường hoạt động phiên mã, các phức hợp protein và các loại enzyme để hỗ trợ
bộ máy khởi động phiên mã gắn vào DNA
q Giai đoạn kéo dài:
v mARN được tổng hợp từ mạch khuôn DNA do hoạt động của RNA polymerase
II mang đuôi C phosphoryl hóa và các yếu tố kích thích kéo dài (gồm TFIIS,
hSPT5).
v Diễn biến của quá trình tương tự ở prokaryote.
q Giai đoạn kết thúc:
v Sự kết thúc phiên mã có liên quan đến những cấu trúc dạng "kẹp tóc" tiếp ngay
sau một trình tự giàu GC
D. Quá trình gia công pre-RNA
q Ở Eukaryote
v Sau khi phiên mã bởi RNA polymerase II, các pre-mRNA phải được gia công để
trở thành mRNA chức năng.
v Quá trình gia công gồm việc gắn mũ 7-methylguanylate ở đầu 5’, gắn đuôi 3’
poly A, nối exon và cắt bỏ intron một cách chính xác để trở thành mRNA đơn
cistron
v Mũ 5’ có vai trò đánh dấu giúp các protein và ribosome nhận biết mRNA, đồng
thời có chức năng bảo vệ mRNA khỏi enzym 5’ -exoribonuclease phân hủy RNA.
v Đuôi poly A giúp mRNA trưởng thành kết nối ổn định với các yếu tố của quá
trình dịch mã, bảo vệ mRNA khỏi bị exosome phân hủy.
v Mũ 5’ được gắn vào mRNA mới sinh khi đạt chiều dài khoảng 25 bp khi phiên
mã vẫn đang diễn ra.
v Quá trình gia công pre-mRNA được thực hiện bởi các protein nhân.
q Ở Eukaryote
q Ở Eukaryote
v hnRNP ngăn pre-mRNA tạo cấu trúc bậc 2 giúp quá trình xảy ra dễ dàng
v 5 phân tử snRNP và các protein khác tập hợp thành spliceosome (thể cắt nối).
v Spliceosome xúc tác phản ứng chuyển vị este để nối hai exon và loại bỏ intron.
v Ở sinh vật bậc cao, quá trình nối exon thường diễn ra đồng thời với phiên mã,
quá trình loại bỏ intron và gắn đuôi poly A xảy ra sau phiên mã.
v Các intron bị phân hủy nhờ exosome (protein có hoạt tính exonuclease 3’→5)
v Exosome cũng phân hủy các pre-mRNA bị gia công lỗi.
q Ở Eukaryote
v Một số phân tử RNA có thể tự cắt nối (self-splicing), hoạt tinh này nằm trong các
trình tự intron (gọi là intron nhóm I).
v Sau khi gia công, các protein nhân tiếp tục hỗ trợ đưa mRNA xuyên qua lỗ nhân
ra tế bào chất và hoán đổi với các protein tế bào chất.
→ mRNA không tồn tại tự do trong nhân hay tế bào chất mà chúng luôn liên kết với
protein dưới dạng phức hợp ribonucleoprotein (RNP)
q Ở Eukaryote
v Quá trình tổng hợp và hầu hết quá trình gia công pre-rRNA 45S xảy ra trong
hạch nhân.
ü Pre-rRNA 45S được gia công thành các rRNA trưởng thành 28S, 18S và
5,8S tham gia cấu tạo ribosome.
ü Đơn vị phiên mã pre-rRNA 45S của sinh vật nhân chuẩn chứa vùng mã hóa
theo thứ tự 18S – 5,8S – 28S tính từ 5’→3
ü Giữa các vùng mã hóa là vùng đệm có chiều dài khác nhau khiến tổng chiều
dài đơn vị phiên mã khác nhau tùy sinh vật (VD: đơn vị phiên mã pre-rRNA
45S ở người có chiều dài 13,7 kb; ở ruồi giấm là 7,7 kb và nấm men
S.cerevisiae 6,6 kb)
q Ở Eukaryote
ü Quá trình gia công pre-rRNA 45S gồm:
o Cắt bỏ các vùng đệm: Các endoribonuclease cắt trong trình tự và
exorinuclease cắt ở đầu trình tự để loại bỏ các vùng đệm.
o Các phức hợp snoRNP xúc tác methyl hóa nhóm hydroxyl ở C2 đường
ribose và biến uridine đặc hiệu thành pseudoridine
o Các protein khác xúc tác dimethyl hóa các base
o Các bước biến đổi này giúp gia tăng tính bảo tồn của rRNA.
o rRNA 5S được mã hóa riêng và phiên mã trong dịch nhân - cũng được
gia công để loại bỏ các nucleotide đầu 3’ trước khi đi vào hạch nhân để
tạo thành tiền tiểu đơn vị nhỏ của ribosome
PHIÊN MÃ
(TRANSCRIPTION)
q Ở Eukaryote
ü Quá trình gia công pre-rRNA
45S gồm:
q Ở Eukaryote
ü Tất cả các bước gia công và biến đổi pre-tARN đều xảy ra trong nhân, chủ
yếu là cắt và biến đổi bazơ
o RNase P cắt các trình tự nucleotide dư thừa ở đầu 5’, thay trình tự U ở
đầu 3’ bằng trình tự CCA, methyl hóa nhóm OH ở vị trí 2’ của đường
ribose, methyl hóa và isopentel hóa dị vòng của base purine, một số
uridine đặc hiệu được biến đổi thành dihydrouridine, pseudouridine,
ribothymidine...
o Một số pre-tRNA có chứa trình tự intron nên cần phải thực hiện bước cắt
nối
o Quá trình này được xúc tác bởi protein (không liên kết RNA), hai đầu
intron được cắt cùng một lúc và cần năng lượng từ GTP, ATP để nối hai
đầu sau cắt.
D. Quá trình gia công pre-
RNA
q Ở Eukaryote
ü Tất cả các bước gia
công và biến đổi pre-
tARN đều xảy ra trong
nhân, chủ yếu là cắt
và biến đổi bazơ
q Ở Prokaryote
v Quá trình gia công pre-RNA ở vi khuẩn cũng tương tự như ở eukaryote.
v Điểm khác biệt chính yếu là mRNA của vi khuẩn không trải qua gia công mà
được ribosome tiến hành dịch mã trong khi đang phiên mã
E. Phiên mã ngược ở retrovirus
q Phiên mã ngược là quá trình tổng hợp DNA từ khuôn mẫu RNA.
q Quá trình này cần sự xúc tác của một loại enzyme đặc biệt là enzyme phiên mã
ngược (reverse trancriptase enzyme).
v Enzyme này có trong retrovirus – virus có vật liệu di truyền là hai sợi đơn RNA
giống hệt.
v Sau khi xâm nhập vào tế bào chủ, virus tiến hành phiên mã ngược để tạo ra
DNA sợi kép để tích hợp vào DNA của tế bào chủ tạo thành provirus.
v Khi tế bào chủ tiến hành phiên mã và dịch mã sẽ tạo ra các bản sao vật chất di
truyền RNA và các protein cần thiết của virus để đóng gói tạo thành virus con
phóng thích khỏi tế bào chủ.
v Một số retrovirus gây bệnh ở người như virus ái lympho T (HTLV-T cell
lymphotrophic virus) và virus gây hội chứng suy giảm miễn dịch ở người (HIV-1)
PHIÊN MÃ
(TRANSCRIPTION)
PHIÊN MÃ
(TRANSCRIPTION)
DỊCH MÃ (TRANSLATION)
q Dịch mã là quá trình tổng hợp chuỗi polypeptide trên khuôn mẫu mRNA.
v Trình tự ribonucleotide trên mRNA quy định trình tự của acid amin trên chuỗi
polypeptide.
v DNA lưu giữ thông tin di truyền, mRNA là trung gian truyền thông tin từ DNA và
protein lại là phân tử thể hiện các hoạt tính sinh học xúc tác các phản ứng liên
quan đến hoạt động sống của tế bào
A. Mã di truyền
q Tế bào sử dụng mã di truyền được mã hóa dưới dạng mã bộ ba (gọi là codon) - tức
trình tự 3 ribonucleotide trên mRNA mã hóa thông tin của 1 acid amin trong chuỗi
polypeptide.
q Có tất cả 64 codon gồm:
v Các codon mã hóa cho 21 acid amin.
ü Một acid amin có thể do một hoặc một vài codon mã hóa nhưng một codon
chỉ mã hóa một loại acid amin.
ü Các codon cùng mã hóa cho một acid amin được gọi là các codon đồng
nghĩa (VD: CUA, UUG, CUU, CỤC, CUA và CUG cùng mã hóa cho leucin
nhưng UUA chỉ mã hóa cho leucin chứ không thể mã hóa cho acid amin
khác)
A. Mã di truyền
v Codon AUG là codon khởi đầu phổ biến của hầu hết mRNA - mã hóa cho acid
amin methionine.
ü Ở vi khuẩn, codon khởi đầu AUG mã hóa cho formyl methionine.
ü Trong một số trường hợp hiếm gặp, GUG hoặc CUG lại đóng vai trò codon
khởi đầu, khi đó các codon này cũng mã hóa cho methionine.
ü Methionine chính là acid amin đầu tiên của tất cả các chuỗi polypeptide.
v Có 3 codon kết thúc là UAA, UAG và UGA.
ü Các codon này không mã hóa acid amin nên còn được gọi là codon vô nghĩa
A. Mã di truyền
A. Mã di truyền
q Mã bộ ba là như nhau ở hầu hết sinh vật
q Ở một số động vật nguyên sinh, thực vật đơn bào và trong ti thể, một vài codon có
thể khác biệt
q Mã di truyền là mã bộ ba không chồng lấp và không có vách ngăn cách nên từ 1
mRNA có thể dịch mã ra các loại protein khác nhau do khung đọc khác nhau.
q Phần lớn mRNA chỉ dịch mã theo một khung đọc.
q Ở một số virus, chúng tạo ra 2 khung đọc khác nhau trên cùng một trình tự DNA, từ
đó phiên mã thành 2 loại mRNA khác nhau mã hóa cho 2 loại protein.
q Trong một số trường hợp đặc biệt, xảy ra sự dịch khung đọc do bộ máy dịch mã
đọc 4 nucleotide như 1 codon hoặc lùi lại 1 nucleotide
B. Quá trình dịch mã
q Bộ máy tham gia dịch mã gồm:
v mRNA chứa thông tin mã hóa protein ở dạng codon.
v tRNA mang acid amin đến gắn vào chuỗi polypeptide. Trên tRNA có bộ ba đối
mã (anticodon) bắt cặp đặc hiệu theo nguyên tắc bổ sung với codon trên mRNA.
v Ribosome: trên ribosome có 3 vị trí A (aminoacyl), P (polypeptide) và E (exit).
tRNA sẽ lần lượt di chuyển qua 3 vị trí này trong quá trình dịch mã.
q Quá trình dịch mã được chia ra làm hai giai đoạn.
q Quá trình dịch mã được chia ra làm hai giai đoạn
v Giai đoạn 1: Hoạt hoá acid amin
ü Đầu tiên, các acid amin tự do trong môi trường nội bào được hoạt hoá bằng
năng lượng ATP.
ü Dưới tác dụng của enzym aminoacyl tRNA-synthetase, acid amin đã hoạt
hoá liên kết với tRNA tạo thành phức hợp acid amin – tRNA.
ü Có nhiều loại enzyme aminoacyl tRNA synthetase tương ứng với mỗi loại
acid amin để đảm bảo quá trình aminoacyl hóa tRNA diễn ra chính xác
ü Enzyme này nhận diện đúng loại acid amin dựa vào sự khác nhau về kích
thước, diện tích, cấu dạng và nhóm chức hóa học của acid amin
v Giai đoạn 2: Tổng hợp chuỗi polypeptide
ü Khởi đầu: Các thành phần tham gia khởi động dịch mã gồm 2 tiểu đơn vị của
ribosome, mRNA, tRNA-Met và các yếu tố khởi đầu.
o Tùy theo sinh vật mà các yếu tố này có thứ tự gắn kết khác nhau nhưng
cuối cùng đều tạo thành phức hợp gồm ribosom hoàn chỉnh – mRNA –
tRNA-Met sao cho tRNA-Met và codon khởi đầu trên mRNAnằm đúng vào
vị trí P của ribosom.
o Anticodon của tRNA-Met liên kết bắt cặp bổ sung với codon khởi đầu trên
mRNA.
o Thông thường, tiểu đơn vị nhỏ của ribosom gắn kết với đầu 5’ của mRNA
ở vị trí nhận biết đặc hiệu và di chuyển theo chiều 5→’3’ để tìm đến codon
khởi đầu, còn tiểu đơn vị lớn là thành phần cuối cùng được gắn.
o Ở vi khuẩn, các thành phần của bộ máy khởi đầu dịch mã có thể lần lượt
gắn kết theo 2 cách.
§ Tiểu đơn vị nhỏ của ribosome gắn vào mRNA, tiếp đó là các yếu tố
khởi đầu đi vào các vị trí trên tiểu đơn vị nhỏ rồi hỗ trợ tRNAf-Met gắn
vào vị trí P.
§ Tiểu đơn vị nhỏ của ribosome gắn các yếu tố khởi đầu, tiếp theo là
tRNAf-Met rồi đến mRNA. Cuối cùng là tiểu đơn vị lớn của ribosome.
o Dù theo cách nào, cuối giai đoạn này đều hình thành phức hợp ribosom –
mRNA – tRNAf-Met sao cho tRNAf-Met và codon khởi đầu trên mRNA đều
nằm ở vị trí P của ribosome.
o Các yếu tố khởi đầu lần lượt gắn vào ribosome theo thứ tự: IF3 gắn vào vị
trí E, IF1 gắn vào vị trí A và sau cùng IF2 gắn vào IF1 đồng thời hỗ trợ
tRNAf-Met gắn vào vị trí P
o Ở bào eukaryote, tiểu đơn vị nhỏ của ribosom gắn với tRNAi-Met trước khi
gắn với mRNA.
o Đầu tiên, các yếu tố eIF1A, eIF3, eIF5B và eIF2 giúp tRNAi-Met vào vị trí
P của tiểu đơn vị 40S.
o Các yếu tố eIF4 làm thay đổi cấu trúc bậc 2 của mũ 5’ mRNA, hình thành
liên kết giữa tiểu đơn vị 40S và mRNA, sau đó lại giúp tiểu đơn vị 40S di
chuyển dọc mRNA để tìm ra codon khởi đầu.
o Các yếu tố eIF2 và eIF3 được phóng thích tạo điều kiện cho tiểu đơn vị
lớn 60S đi vào tạo thành ribosome hoàn chỉnh.
o Yếu tố elF5B giúp phóng thích toàn bộ các yếu tố khởi đầu để kết thúc
bước khởi đầu dịch mã.
ü Kéo dài chuỗi polypeptide: Đây là quá trình lặp đi lặp lại theo chu kì. Mỗi chu
kì giải mã một codon – tức là gắn thêm một acid amin vào chuỗi polypeptide.
o Giai đoạn này cần sử hỗ trợ của các yếu tố nối dài EF và năng lượng từ
thủy phân phân tử GTP.
o Ở vi khuẩn, yếu tố EF-Tu-GTP đưa tRNA mang acid amin thứ 2 vào vị trí A
trên ribosome
o Tiểu đơn vị lớn ribosom kích hoạt enzym GTPase để thủy phân GTP tạo
năng lượng cho quá trình gắn kết này.
ü Kéo dài chuỗi polypeptide: Đây là quá trình lặp đi lặp lại theo chu kì. Mỗi chu
kì giải mã một codon – tức là gắn thêm một acid amin vào chuỗi polypeptide.
o Tiếp đó, liên kết peptide giữa methionine và acid amin thứ 2 được hình
thành nhờ xúc tác của enzyme peptidyl transferase.
o Methionine tách khỏi tRNA vận chuyển nó và chuỗi polypeptide chuyên
sang tRNA vị trí A.
o Yếu tố EF-G hỗ trợ chuyển polypeptide-tRNA từ vị trí A chuyển sang vị trí
P và tRNA tự do chuyển từ vị trí P sang vị trí E, ribosom tiếp tục di chuyển
để đưa codon tiếp theo vào vị trí A.
o Quá trình cứ tiếp diễn như vậy cho đến codon kết thúc đi vào vị trí A trên
ribosome.
ü Kết thúc: Khi codon kết thúc đi vào vị trí A trên ribosom, các yếu tố kết thúc
loại I (RFI) nhận diện các codon kết thúc, chuỗi polypeptide được phóng thích.
o Các yếu tố tái sử dụng ribosom (RRF) gắn vào vị trí A đẩy tRNA ra khỏi
ribosom.
o Cuối cùng, hai tiểu đơn vị ribosome tách rời nhau.
q Nguồn năng lượng sử dụng để aminoacyl hóa tRNA là ATP, trong khi GTP là phân tử
năng lượng chủ yếu của giai đoạn tổng hợp chuỗi polypeptide.
q Bước khởi đầu phiên mã ở eukaryote có thể sử dụng năng lượng ATP thay cho GTP.
q Năng lượng từ thủy phân GTP và ATP được tế bào sử dụng để thực hiện các phản
ứng, tháo xoắn mRNA, dịch chuyển ribosome và duy trì hoạt tính cho các yếu tố
phiên mã.
q Sau khi được tổng hợp, chuỗi polypeptide tiếp tục biến đổi để hình thành các cấu
trúc bậc 2, 3, 4 để thực hiện các chức năng sinh học.
q Trong dịch mã, mARN thường không gắn với từng ribosom riêng rẽ mà đồng thời
gắn với một nhóm ribosome (polyribosome hay polysome) giúp tăng hiệu suất tổng
hợp
q Nhìn chung, quá trình dịch mã ở eukaryote diễn ra phức tạp hơn ở prokaryote.
q Ở eukaryote, mRNA được tổng hợp và xử lý ở nhân tế bào, sau đó mới chui qua lỗ
nhân đi đến tế bào chất để thực hiện dịch mã.
q Ở prokaryote, quá trình dịch mã xảy ra đồng thời với phiên mã.
v Khi phiên mã được mRNA đủ dài thì ribosom nhanh chóng liên kết với đầu 5’ của
mRNA để tiến hành dịch mã.
v Vì không có màng nhân nên quá trình phiên mã và dịch mã ở prokaryote đều
diễn ra ở tế bào chất.
q Độ chính xác của dịch mã tùy thuộc vào độ chính xác quá trình aminoacyl hóa tRNA
và tương tác codon- anticodon.
q Dịch mã có thể kết thúc sớm hoặc muộn nếu đột biến tạo ra codon kết thúc, đột biến
anticodon hoặc ribosom không nhận diện được codon kết thúc.
ĐIỀU HOÀ BIỂU HIỆN GENE
q Điều hòa biểu hiện gen có thể xảy ra ở nhiều cấp độ khác nhau.
q Ở hầu hết các sinh vật, quá trình điều hòa gene diễn ra chặt chẽ để đáp ứng với nhu cầu
của tế bào.
q Thông thường nhất là sự điều hòa ở mức độ phiên mã thông qua việc quyết định khởi động
hoặc kết thúc phiên mã cũng như tốc độ phiên mã (suy giảm hoặc tăng cường); từ đó, điều
hòa việc tổng hợp loại protein nào với số lượng và tốc độ tổng hợp như thế nào.
q Khi quá trình phiên mã gene bị kìm hãm, tốc độ tổng hợp RNA và protein tương ứng sẽ
chậm lại hoặc ngưng.
q Ngược lại, khi quá trình phiên mã gene được hoạt hóa, tốc độ tổng hợp RNA và protein
tương ứng sẽ cao hơn.
q Ngoài ra, điều hòa biểu hiện gen còn thể hiện ở mức độ hậu phiên mã, trong dịch mã và hậu
dịch mã, đồng thời chính cấu hình của nhiễm sắc thể cũng ảnh hưởng đến sự biểu hiện của
genE
A. Điều hoà biểu hiện gene ở Prokaryote
q Ở prokaryote, kiểm soát biểu hiện gene ở mức phiên mã chủ yếu là kiểm soát giai đoạn
khởi động phiên mã ở các operon.
q Điều cơ bản nhất để điều hòa phiên mã ở vi khuẩn chính là yếu tố σ RNA polymerase của vi
khuẩn cần phải kết hợp với yếu tố σ để bắt đầu phiên mã.
q Yếu tố σ đóng vai trò cầu nối giữa RNA polymerase và promoter, đồng thời giúp nhận biết vị
trí +1 để khởi động phiên mã.
q Việc kiểm soát biểu hiện gen có thể thông qua các protein điều hòa được mã hóa bởi gene
điều hòa.
q Các protein điều hòa gây kìm hãm hoặc hoạt hóa khởi động phiên mã.
q Tuy cách thức có thể xảy ra bằng các tương tác cụ thể khác nhau nhưng đều dựa trên cơ
chế chung
q Yếu tố kìm hãm đặc hiệu gắn với trình tự operator để ngăn chặn quá trình khởi động phiên
mã của tất cả các gene trên cùng một operon.
v Trình tự operator có thể nằm ngay sau promoter hoặc chồng lấp một phần thậm chí nằm
hoàn toàn trong promoter → Chất kìm hãm gắn vào operator ngăn cản sự di chuyển của
RNA polymerase hoặc ngăn RNA polymerase gắn vào promoter nên phiên mã ngừng lại.
v Operator có thể nằm trước promoter → Chất kìm hãm gắn vào operator gây biến đổi cấu
hình của mRNA cản trở hoặc phong bế vị trí promoter nên RNA polymerase không thể
gắn vào để bắt đầu phiên mã.
v Sự kiểm soát như vậy gọi là kiểm soát âm.
v Yếu tố kìm hãm có thể được gắn thêm một hoặc một vài cấu tử khác để điều khiển khả
năng gắn vào DNA, từ đó quyết định tốc độ phiên mã phù hợp với nhu cầu tế bào
q Yếu tố hoạt hóa đặc hiệu có thể cùng gắn vào promoter với RNA polymerase làm tăng tốc
quá trình khởi động phiên mã hoặc gắn vào trình tự tăng cường enhancer cách vị trí khởi
đầu phiên mã 80 – 160 bp để hoạt hóa yếu tố σ khởi động phiên mã.
v Sự kích thích phiên mã gọi là kiểm soát dương.
v Điển hình là sự điều hòa của operon lac của E.coli
ü Operon lac chứa promoter, operator và 3 gene cấu trúc lần lượt là lacZ, lacY, và lac
A - theo thứ tự mã hóa cho enzyme β-galactosidese (phân giải lactose thành glucose
và galactose, đồng thời biến đổi liên kết β-1,4 thành β-1,6 tức lactose chuyển thành
allolactose), permease (protein vận chuyển lactose qua màng tế bào) và
transacetylase.
ü Khi môi trường giàu lactose, một vài permease còn hoạt động vận chuyển lactose
vào trong tế bào.
ü Enzyme β-galactosidase chuyển lactose thành allolactose.
ü Allolactose gắn vào protein kìm hãm gây biến đổi cấu hình của protein này nên mất
khả năng gắn vào operator.
ü Khi đó, operon được “mở”, RNA polymerase tiến vào phiên mã các gene có trong
operon.
ü Kết quả là số lượng permease tăng làm tăng vận chuyển lactose qua màng tế bào
ü β-galactosidase cũng đang trình phân giải lactose tăng khiến nồng độ lactose trong
tế bào giảm.
ü Khi môi trường nghèo lactose, gene điều hòa của operon thường xuyên phiên mã và
dịch mã để tổng hợp protein kìm hãm.
ü Protein kìm hãm đi đến gắn vào operator ngăn cản quá trình phiên mã operon Lac.
ü Operon Lac còn chứa một trình tự CAP nằm trước promoter.
ü Trình tự này có thể gắn với protein CAP – đóng vai trò là protein hoạt hóa dị hóa.
ü Khi glucose nội bào giảm, E.coli tăng tổng hợp AMP vòng (cAMP) → cAMP gắn với
protein CAP gây biến dạng protein này để có thể gắn vào trình tự CAP.
ü Tương tác giữa phức hợp cAMP-CAP và RNA polymerase làm tăng tốc khởi động
phiên mã → operon Lac phiên mã mạnh nhất khi có lactose và không có glucose.
q Biểu hiện gene ở vi khuẩn còn được điều khiển bởi các hệ thống điều hòa hai thành phần
gồm 1 protein cảm thụ và 1 protein điều hòa.
v Protein cảm thụ có vai trò theo dõi hàm lượng sản phẩm của gene.
v Protein điều hòa ra quyết định kích hoạt hoặc kìm hãm quá trình phiên mã của các gene
này
v VD:
o Protein NtrB (yếu tố cảm thụ) và NtrC (yếu tố điều hòa) điều khiển biểu hiện gen
glnA của E.coli.
o Gene glnA mà gene mã hóa enzym glutamine synthetase cần thiết cho quá trình
tổng hợp glutamine ở vi khuẩn E.coli.
o Khi nồng độ glutamine cao, glutamin gắn với NtrB gây biến đổi hình dạng và ức chế
hoạt tính của protein này.
o Do đó, NtrC ở trạng thái “khóa” không thể gắn với trình tự enhancer của gen glnA
nên phiên mã bị kìm hãm.
v VD:
o Ngược lại, khi nồng độ glutamine thấp, glutamine tách khỏi NtrB, protein này biến đổi
cấu hình và truyền tín hiệu thủy phân ATP thủy phân để hoạt hóa protein NtrC.
o Do đó, Ntrc gắn vào enhancer của gen glnA để khởi động phiên mã
q Vi khuẩn còn điều hòa biểu gene thông qua việc điều khiển quá trình kéo dài phiên mã.
q Điều này có thể diễn ra nhờ ribosome gắn với mRNA như trong trường hợp điều hòa operon
trp.
v Operon trp chứa promoter, operator, 5 gen cấu trúc mã hóa 5 loại enzyme tham gia quá
trình tổng hợp tryptophan.
v Operon này còn chứa một trình tự dẫn chứa 140 nucleotide không mã hóa protein nằm
giữa operator và vùng gene cấu trúc.
v Trình tự dẫn được chia thành 4 vùng lần lượt là A, B, C và D, trong đó vùng C có thể tạo
cấu trúc kẹp tóc với vùng B hoặc D.
v Khi phiên mã tạo ra sợi RNA đủ dài, ribosome gắn vào đầu 5’ của mRNA để bắt đầu dịch
mã.
v Ribosom lần lượt di chuyển qua vùng trình tự dẫn trước khi đi đến vùng mã hóa thông
tin.
trp.
v Khi nồng độ tryptophan cao, ribosome bao phủ vùng B, hình thành cấu trúc kẹp tóc C-D
cản trở sự di chuyển của RNA polymerase nên phiên mã ngừng lại.
v Khi nồng độ tryptophan thấp, ribosome bao phủ vùng A, cấu trúc kẹp tóc B-C hình thành
không ảnh hưởng đến sự di chuyển của RNA polymerase nên quá trình phiên mã tiếp
tục.
v Bên cạnh đó, operon trp còn được kiểm soát theo cơ chế ức chế âm.
v Khi đó, tryptophan đóng vai trò chất đông ức chế (tức yếu tố hoạt hóa chất ức chế gốc
để nó gắn vào operator gây ngừng phiên mã) vừa là sản phẩm được tạo ra
trp.
trp.
q Trong một số trường hợp, điều hòa kéo dài phiên mã và điều hòa dịch mã có thể nhờ vào
cấu trúc riboswitch.
v Riboswitch là cấu trúc RNA bậc 3 có thể liên kết với các phối tử (ligand) để hình thành
cấu trúc kẹp tóc để ngừng phiên mã/dịch mã (Off-riboswitch) hoặc tiếp tục phiên mã/dịch
mã (On-riboswitch).
v Điều hòa quá trình dịch mã còn được quyết định bởi hoạt tính của các yếu tố khởi đầu
dịch mã IF.
v Điều hòa hậu dịch mã ở vi khuẩn thường gặp là sự kìm hãm ngược bởi sản phẩm cuối.
ü Kiểm soát hậu dịch mã đối với isoleucin ở E.coli
ü Dước xúc tác của enzyme threonin desaminase, threonin chuyển đổi thành acid α-
ketobutyric
ü Sau đó, acid a-ketobutyric tiếp tục được chuyển hóa qua nhiều bước để tạo thành
isoleucin cho tế bào sử dụng.
ü Khi tế bào dư thừa isoleucin, chính isoleucin sẽ liên kết và gây biến đổi cấu trúc
enzyme threonin desaminase để ngừng quá trình quá trình sản xuất.
q Trong một số trường hợp, điều hòa kéo dài phiên mã và điều hòa dịch mã có thể nhờ vào
cấu trúc riboswitch.
A. Điều hoà biểu hiện gene ở Eukaryote
q Đối với vi khuẩn, điều hòa biểu hiện gene giúp tế bào thích ứng với các biến đổi của môi
trường sống để tế bào phát triển và phân chia tốt nhất.
q Ở sinh vật đa bào eukaryote, mô hình điều hòa gene không phục vụ cho một tế bào riêng lẻ
mà cho nhu cầu của toàn bộ sinh vật.
q Trong quá trình phát triển phôi, quyết định gene nào được hoạt hóa trong tế bào nào vào
thời điểm nào trong chu kì phát triển sẽ giúp biệt hóa tế bào để tạo nên cơ thể sinh vật
q Trong hầu hết các trường hợp, khi một bước phát triển xảy ra trong tế bào thì hầu như
không thể đảo ngược.
q Điểm này hoàn toàn khác biệt với khả năng biểu hiện gen thuận nghịch của vi khuẩn để
phản ứng với môi trường sống.
q Điều hòa biểu hiện gen ở mức độ phiên mã cũng là phương thức chính ở sinh vật eukaryote.
q Khác biệt căn bản của quá trình điều hòa phiên mã vi khuẩn và sinh vật eukaryote chính là
sự khác biệt trong cấu trúc DNA nhiễm sắc thế.
q Tế bào eukaryote lợi dụng cấu trúc nhiễm sắc thể để điều hòa phiên mã, trong khi cơ chế
này không tồn tại ở vi khuẩn.
q Nhiễm sắc chất tại các vùng DNA không phiên mã là dạng kết đặc ngăn cản RNA
polymerase và các yếu tố phiên mã chung TFII tiếp cận
q Nhiễm sắc chất tại các vùng DNA đang phiên mã lại ở dạng lỏng lẻo hơn.
q Các biến đổi của protein histon nhiễm sắc thể (methyl hóa phosphoryl hóa, acetyl hóa và
khử acetyl hóa) gây ảnh hưởng đến cấu trúc và tính kết đặc của nhiễm sắc chất.
v Lysine số 9 của histon H3 bị di- và trimethyl hóa tạo vị trí găn protein HP1 làm nhiễm sắc
chất kết đặc dẫn tới kìm hãm phiên mã.
v Lysine này bị acetyl hóa lại hoạt hóa phiên mã hoặc biến đổi 5-methyl ở Cytosin.
v Methyl hóa Cytosin trình tự CpG của động vật có vú tạo ra vị trí gắn các protein có khả
năng cảm ứng khử acetyl ở histon gây kết đặc nhiễm sắc thể
q Bên cạnh đó, hai đặc trưng kiểm soát gene được phát hiện ở vi khuẩn cũng tồn tại ở tế bào
eukaryote.
v Gene chứa các trình tự điều hòa có khả năng gắn với các protein điều hòa.
v Các protein điều hòa có thể đóng vai trò kìm hãm hoặc hoạt hóa quá trình phiên mã.
v Khi protein hoạt hóa hoặc protein kìm hãm gắn vào trình tự điều hòa thì tương ứng
nhiễm sắc chất tháo xoắn hoặc kết đặc, từ đó, thực hiện hoặc ngừng quá trình phiên mã.
q Trình tự điều hòa ở eukaryote có thể nằm gần hoặc xa cách promoter hàng kb.
q Các vùng điều hòa khác nhau có thể điều hòa phiên mã của một gene ở các loại tế bào
khác nhau.
q Việc kiểm soát phiên mã còn phụ thuộc vào bản chất và hoạt động của mỗi loại RNA
polymerase, promoter và các TFII.
q Quá trình điều hoà phiên mã ở eukaryote diễn ra phức tạp hơn rất nhiều so với prokaryote.
q Kiểm soát mức độ biểu hiện gen hậu phiên mã ở eukaryote bao gồm:
v Điều hòa quá trình gia công pre-RNA:
ü Quá trình gia công một pre-mRNA có thể tạo ra nhiều loại mRNA mã hóa cho nhiều loại
protein khác nhau tùy vào loại tế bào và giai đoạn phát triển của nó.
ü Việc điều hòa cắt nối mRNA được thực hiện bởi các protein điều hòa (hoạt hóa hoặc ức
chế) gắn vào các trình tự đặc hiệu gần vị trí cắt nối.
ü Thông qua quá trình gia công, tế bào cho phép loại mRNA nào đó xuất hiện và cuối cùng
là protein nào được tổng hợp – tức biểu hiện gene như thế nào ở sinh vật.
ü Bên cạnh đó, đầu 5’-UTR và 3’-UTR của mRNA trưởng thành là các trình tự quan trọng
trong quá trình biểu hiện gene:
o Mũ 5’ mang tín hiệu để ribosom nhận biết
o Đuôi poly A giúp ổn định liên kết với các yếu tố elF4 cân cho việc khởi động dịch mã.
ü Các mRNA có đuôi poly A ngắn thường bị ức chế dịch mã do protein kìm hãm gắn vào
vùng điều hòa ở đầu 3’, do đó, việc polyadenyl hóa diễn ra trong tế bào chất để kéo dài
đuôi poly A là cần thiết để tiến hành dịch mã các mRNA này.
v Điều hòa quá trình vận chuyển RNA:
ü Thông thường, các RNA bị gia công lỗi, phiên mã sai hoặc tái cấu trúc bất thường không
được vận chuyển ra ngoài tế bào chất và bị phân hủy.
ü Các pre-mRNA chưa gia công xong – tức là còn gắn với phức hợp spliceosome – được
tế bào nhận diện và ngăn vận chuyển ra khỏi nhân.
ü Tồn tại nhiều cơ chế giúp tế bào tránh vận chuyển và dịch mã các mRNA gia công lỗi.
ü Một số bệnh lý như thiếu máu thalassemia có liên quan đến quá trình cắt nối và vận
chuyển mRNA mã hóa globin:
o Hiệu suất cắt nối giảm, phức hợp spliceosome gắn chặt với pre-mRNA không rời nên
mRNA không thể rời nhận ra tế bào chất để dịch mã → Hàm lượng globin thấp bất
thường gây ra tình trạng bệnh lý.
v Điều hòa tính bền của mRNA:
ü Các mRNA bền có thể được dịch mã trong một thời gian dài sau khi quá trình phiên mã đã bị
ức chế giúp duy trì hàm lượng protein ổn định
ü Một số mRNA có chu kì bán hủy ngắn thì biểu hiện của protein chỉ tập trung tại một thời điểm
khi tế bào có nhu cầu.
ü Hầu hết mRNA có thể bị phân hủy do quá trình khử adenyl cắt ngắn đuôi poly A rồi bị
exosome phân hủy theo chiều 3’→5’ hoặc bị cắt mũ 5’ rồi bị exonuclease cắt theo chiều 5’ →
3’
ü mRNA có thể bị endonuclease cắt nhỏ và cuối cùng bị exosome phân hủy.
ü Các RNA sợi đơn ngắn (~22 nucleotides) là miRNA (microRNA) và siRNA (short interfering
RNA tức RNA can thiệp ngắn) có thể gắn với mRNA đích lần lượt gây ức chế dịch mã và
phân hủy mRNA đích.
ü Cả miRNA và siRNA đều xuất hiện rất nhiều ở tế bào eukaryote, động vật lẫn thực vật.
ü Việc kiểm soát hậu dịch mã điển hình nhất là quá trình biến đổi cấu hình của chuỗi
polypeptide để thể hiện hoạt tính và chức năng của protein trong tế bào

Bài 3. Sinh học phân tử

Uploaded by

Document Information

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Bài 3. Sinh học phân tử

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Vật chất di truyền

v Vùng 5’ không dịch mã (5’ untranslation, 5’ UTR, vùng ngược hướng

v Sợi còn lại là sợi muộn

ü Quá trình tổng hợp sợi muộn

v Ở giai đoạn khởi đầu,

Vị trí bắt đầu phiên mã

Promoter Vùng chứa gene cấu trúc

v Sự phiên mã của RNA polymerase I:

v Sự phiên mã của RNA

-200 -50 +1 +40

NRE GC box CAAT box TATA Box Inr

-100 -80 đến -75 -31 đến -26 -2

Promoter Vùng chứa intron + exon

BREu TATA Box BREu Inr MTE

+6 đến +11 +16 đến +21 +30 đến +34

CTTC CTGT AGC

Các trình tự có thể xuất hiện ở promoter lõi

q Giai đoạn kéo dài (elongation):

v Tốc độ phiên mã: 20 - 50 nu/giây.

ü Tín hiệu kết thúc phụ thuộc Rho:

q Eukaryote có 3 loại RNA polymerase.

v RNA polymerase I phiên mã các pre-rRNA trừ rRNA 5S

v RNA polymerase II phiên mã tạo mRNA cùng một số RNA nhỏ

You might also like