Titel:DNA fingerprinting

Doel van de activiteit:

1. Kennis maken met de opleidingen ‘Biologie en Medisch laboratorium onderzoek en

Bioinformatica” van de Hogeschool Arnhem en Nijmegen (Instituut Applied Sciences).
2. Oefenen met basistechnieken die gebruikt worden bij het DNA onderzoek in
biochemische laboratoria (b.v. om daders van misdrijven op te sporen)
3. Kennismaken met methoden die in de Bioinformatica worden gebruikt in het kader
van DNA-onderzoek.

Opzet:
* Introductie over DNA (door VO-docent).
Het is belangrijk dat de leerlingen goed voorbereid beginnen aan de praktijkles op de
HAN. Het practicum kan voorbereid worden door op school de lesbrief te behandelen
(zie bijlage). In de lesbrief komen veel onderwerpen aan de orde die nadere uitleg
behoeven. Dit gebeurt met behulp van de docent op school, binnen de lesuren van
NL&T en/of biologie. Hiervoor zijn minstens 4 lesuren nodig en 4 uren studietijd. Bij
de lesbrief zitten vragen/opdrachten die in de les en/of als huiswerk kunnen worden
gemaakt.

* Bezoek HAN, afdeling Applied Sciences (HLO en Bioinformatica) – dagdeel (4 uur)

1. Korte inleiding waarin het programma wordt uitgelegd; groepjes van 4 leerlingen
gevormd worden, de student-coaches worden voorgesteld en de regels in het
laboratorium worden toegelicht. Deze inleiding en de praktijk die er op volgt wordt
verzorgd door docent André Engels.

2. Praktijkles “DNA fingerprinting” (de dader van een misdrijf wordt via DNA sporen
geïdentificeerd) dit duurt verder het hele dagdeel.
Elk groepje van 4 leerlingen wordt begeleid door een studentcoach. Er zijn twee
processen, de digestie van het DNA en de electroforese. Tussen de handelingen
moet er gewacht worden. In deze ‘wachttijd’ krijgen de leerlingen 2
opdrachten: één opdracht Bioinformatica en één opdracht pipetteren.

Opdracht Bioinformatica; docent Martijn van der Bruggen.

Studenten krijgen de opdracht om de “dader van een misdrijf” via
databestanden in computers op te sporen.
 * Afrondende activiteiten
Elk groepje krijgt de opdracht om een (visueel) verslag te schrijven van de praktijkles.
Tijdens de les kunnen ze bijvoorbeeld foto’s maken. De verslagen kunnen
bijvoorbeeld op de website van de school gezet worden.

Inpassing onderwijsprogramma VO:

“DNA fingerprinting” kan ingepast worden in het vak NL&T ‘forensisch onderzoek’. De
opdracht Bioinformatica sluit aan bij opdracht H3.4 en het DNA onderzoek kan uitstekend de
opdrachten van Hoofdstuk 6 (leerlingenmateriaal) vervangen.

Tijdsinvestering: op school 4 lesuren, 4 uur zelfstudie; op de HAN 4 uren praktijk en 2 uur

verslaglegging.

Doelgroep: 4 en 5 HAVO, profielen N&T en N&G.

Max. groepsgrootte: 20 leerlingen

Kosten:
De HAN betaalt de kosten voor de practica (onderdeel Sprint-programma)
De school betaalt eventueel het vervoer naar de HAN, indien gewenst zorgt de school
voor digitale camera’s

Docent HAN: André Engels (Andre.Engels@han.nl)

Contactpersoon HAN-Faculteit Techniek: Hanny Kuiper (Hanny.Kuiper@han.nl) .

Lesbrief CSI: Wie is de dader?
Instructie voor leerlingen uit het voortgezet onderwijs voor een werkbezoek aan het instituut
Applied Sciences ( Hogere Laboratorium Opleidingen (HLO) en Bioinformatica) van de
Hogeschool van Arnhem en Nijmegen (HAN)

Inleiding
Op de afgesproken datum breng je met je docent en je klas een werkbezoek aan het instituut
Applied Sciences (HLO, Bioinformatica) in Nijmegen. In het laboratorium ga je daar proefjes
doen met DNA. Wij zorgen voor interessante en unieke proeven. Van jou verwachten we dat
je je vooraf goed hebt voorbereid. Anders is het zonde van jouw en onze tijd en van het
kostbare materiaal. Natuurlijk helpen wij en onze studenten je tijdens de proeven op het
laboratorium. Als je vragen hebt, kun je terecht bij je docent. En zit je echt in de knoop:
aarzel dan niet om ons te mailen!

HAN-docenten.
Martijn van der Bruggen martijn.vanderbruggen@han.nl
Andre Engels andre.engels@han.nl

Het werkbezoek ziet er als volgt uit:

Ontvangst en inleiding 30 minuten
Restrictie enzym toevoegen aan de DNA-monsters 30 minuten
Bioinformatica opdracht 60 minuten
Ondertussen digesteren de DNA-monsters
Opbrengen van DNA-monsters op agarose gel 30 minuten
Electroforese van de DNA monsters 30 minuten
Resultaten bekijken 30 minuten

Je ziet het: het hele programma duurt 31/2 uur. Niemand kan eerder weg.
We moeten immers weten wie de dader is.

Voor het hele traject gebruiken we een stappenplan. Onze studenten werken ook vaak met
een stappenplan. Zo kun je alvast ervaren, hoe het toegaat in het Hoger Beroeps Onderwijs
(HBO).

Lees eerst het hele stappenplan door!

Stap 1: informatie vooraf
Wat je moet weten en moet doen voordat je bij ons komt. Het gaat over DNA.

1.1 Situatie
Er is een lichaam gevonden van een persoon die vermoedelijk door een misdaad om het
leven is gekomen. Er zijn vijf vermoedelijke daders die geen van allen een alibi hebben. De
rechercheurs zijn vastgelopen in het onderzoek. Daarom is het forensisch instituut gevraagd
om onderzoek te doen. Het slachtoffer heeft vuil onder de nagels. Mogelijk heeft het
slachtoffer de dader gekrabd.

1.2 DNA
Als je jezelf krabt, dan zitten er cellen van jou onder je nagels. In iedere cel zit DNA. Dit DNA
is de drager van al jouw erfelijke eigenschappen. Jouw DNA is uniek, tenzij je een eeneiige
tweelingbroer of -zus hebt.
Als je jezelf krabt, zitten er onder jouw nagels duizenden cellen die allemaal weer jouw
erfelijke eigenschappen bevatten. Als je iemand anders krabt, zitten er onder je nagels cellen
met de eigenschappen van die andere persoon.
Je DNA is net zo uniek als je vingerafdruk. Op basis van het DNA uit cellen kunnen we vast-
stellen van wie die cellen zijn.

In een laboratorium zijn we in staat om DNA van verschillende personen met elkaar te
vergelijken. Eerst moeten we daarvoor het DNA uit cellen isoleren. Daarna wordt het met
restrictie enzymen geknipt en dan met ander DNA vergeleken. Het vergelijken doen we met
behulp van gel-electroforese. Dit is waarschijnlijk een onbekend woord voor je. Lees
verder, want het wordt uitgelegd.

Met behulp van DNA gel-electroforese verkrijgen we een

uniek patroon van iemands DNA. We kunnen er echter geen
enkele erfelijke eigenschap mee bepalen. Het is net als de
vingerafdruk van een persoon. Deze behoort toe aan één
persoon, maar zegt niets over de eigenschappen van die
persoon. Zie de afbeelding van een gel hiernaast.
Aan de bovenkant zie je 4 “slotjes”, daar is het DNA monster
ingebracht.

1.3 Gel-electroforese
Voorafgaand aan de electroforese wordt het DNA door een
restrictie enzym geknipt; dit knipt specifiek bij een bepaalde
basenvolgorde. Hierdoor ontstaan kleine stukjes DNA.
Zo’n monster van geknipt DNA wordt in een “slotje” op de gel
gebracht. Dan wordt er een electrische stroom door de gel
gestuurd waarbij de DNA stukjes naar beneden bewegen.
Kleinere stukjes gaan sneller dan grote stukken. De kleinste
stukjes belanden onderin in de gel. Omdat bij ieder mens de knipplaatsen op een andere
plek zitten (en ook het aantal knipplaatsen verschilt), ontstaat er voor iedere mens een apart
patroon. Zo heb je eigenlijk een vingerafdruk van je DNA.

We gaan in het laboratorium van het instituut Applied Sciences (HLO/Bioinformatica)

het DNA van 5 verdachte personen vergelijken met de cellen die onder de nagels van
het slachtoffer zijn gevonden.

1.4 Beantwoord voor je voorbereiding de volgende vragen:

1. Wat is DNA? Zoek uit wat het is en waartoe het dient.
2. Waarin is DNA terug te vinden?
3. Zoek uit wat restrictie enzymen zijn.
4. Vaak wordt de grootte van DNA aangegeven in bp: basenparen.
Wat zijn basenparen?
5. Bij moleculaire biologie, biochemie en bio-informatica vormt DNA een van de centrale
onderzoeksobjecten. Wat bedoelen we met:
-moleculaire biologie
-biochemie
-bio-informatica?
6. Wat is een relationele database?
7. Wat is SQL?
8. Wat is een ERD?
9. Wat is een genoom?
10. Wat is digestie?
1.5 Wat je moet weten om te snappen hoe het werkt. Wat je niet weet zoek je op!!!!

1. Wat is DNA. Formules kennen is niet persé noodzakelijk.

DNA bestaat uit miljoenen nucleotiden die aan elkaar gekoppeld zijn.

2. Wat zijn nucleotiden. (er zijn er vier die als A, T, C en G afgekort worden)

3. Waaruit bestaat een nucleotide: uit een fosfaatgroep, een suikergroep (deoxyribose)
en een base. Het verschil tussen de 4 nucleotiden zit in de base.

4. Inzien dat de structuur er als volgt uitziet:

A T A, T, C en G zijn de basen
l l P is de fosfaatgroep
één nucleotide : P – S nog een : P – S S is de suikergroep (deoxyribose)
De base is aan de suiker gebonden

een stukje DNA van 12 nucleotiden:

A T G A G C G G C C A A
l l l l l l l l l l l l
P–S–P–S–P–S–P–S–P–S–P–S–P–S–P–S–P–S–P–S–P–S–P–S

De ruggengraat van het DNA wordt dus gevormd door de fosfaat -suiker-fosfaat-suiker-etc
bindingen; dit is in al het DNA hetzelfde.
De volgorde (sequentie) van de basen bevat de genetische code.

5. Weten dat de volgorde van drie basen coderend is voor een aminozuur. Daarom wordt
zo’n stukje DNA dan meestal als volgt aangegeven:

ATG AGC GGC CAA dit is coderend voor (te vinden in tabel):

methionine – serine – glycine - glutamine

6. Weten dat…
Het DNA in onze chromosomen is in werkelijkheid dubbelstrengs. De twee strengen zijn in
een spiraal om elkaar heen gedraaid: de DNA dubbele helix. Zie figuren in studieboeken of
op internet. Zoek die figuren op!

In de dubbelspiraal zit tegenover een A altijd een T en tegenover een C altijd een G.
Eén van de twee strengen is de coderende (ook wel sense genoemd).
De andere wordt de template streng (of nonsense of non coding) genoemd.
Vaak, zoals bij nr. 4, wordt maar één streng getekend.
Dat is dan altijd de coderende streng. In werkelijkheid is dat dubbelstrengs, dus:

ATG AGC GGC CAA sense

TAC TCG CCG GTT template

De lengte van chromosomen of DNA stukken wordt uitgedrukt in basenparen (bp).

Het stukje bij nr. 4 heeft een lengte van 12 bp.
7. Weten wat restrictie enzymen zijn.
Een ander woord hiervoor is restrictie endonuclease.
Het zijn enzymen (er zijn er een kleine honderd van bekend) die op specifieke
plaatsen de DNA streng doorknippen.
Een zogenaamde 6 knipper is EcoRI. Die knipt als de volgende sequentie aanwezig is bij
het sterretje, dus tussen G en A : G * A A T T C
Een zogenaamde 4 knipper is HaeIII. Die knipt als de volgende sequentie aanwezig is bij
het sterretje, dus tussen G en C: G G* C C

Ga na, of bij de sequentie van nr. 4 een knipplaats zit !

Dit knippen van DNA met restrictie enzymen heet digestie.

Van elke persoon wordt het DNA in een apart buisje (epje) gedaan en daarna wordt
aan elk epje dezelfde digestie mix (restrictie enzym en enkele hulpstoffen) toegevoegd.

7. Electroforese.
Na digestie wordt de gedigesteerde mix op een agarosegel gebracht.
In elk slotje van de gel wordt de inhoud van één epje gebracht; goed noteren welk epje
(welke persoon) in welk slotje is gebracht.
Vervolgens wordt op de gel electroforese toegepast (door een elektrische spanning worden
de DNA stukjes naar beneden getrokken)
De negatieve DNA stukjes (negatief vanwege de fosfaatgroepen) gaan bewegen.
Hoe kleiner ze zijn, hoe sneller ze bewegen door de gel.
Na 30 minuten wordt de gel bekeken. We zien dan een streepjespatroon dat
voor elke persoon karakteristiek is.
Bij Crime Scene Investigation wordt dan uitgezocht van welke verdachte het
streepjespatroon identiek is aan dat van Crime Scene.
Zoek op (internet): duidelijke afbeeldingen van gelen en electroforeses.
Bekijk ze goed.

8. Weten dat..
Slechts 5% van het menselijk DNA bestaat uit genen, dat wil zeggen uit coderend DNA.
Waar genen zitten, is de codering bij iedereen vrijwel hetzelfde.
De rest is behoorlijk variabel. De basenvolgorde verschilt daar van persoon tot persoon.
Als de basenvolgorde verschilt,dan verschilt dus ook het aantal en de plaats van
de knipplaatsen van restrictie enzymen.
Als je dan het genoom van verschillende mensen met hetzelfde restrictie enzym
knipt, dan krijg je meer of minder stukken van verschillende lengtes.
Hierop berust DNA fingerprinting of DNA identificatie.
 9. Voorbeeld:
Hieronder zie je een stuk van een chromosoom van 30.000 basenparen
(3,0 x 10 4 bp) en daarop aangegeven de knipplaatsen van een restrictie enzym bij
vier verschillende personen.
Bij persoon 1 vind je bijvoorbeeld 5 stukjes van resp. 1, 4, 6, 8 en 11 kb (kilobasen) lang.

1 4 6 8 11
(1) l--l--------l------------l----------------l----------------------l

1 4 3 12 10
(2) l--l--------l------l------------------------l--------------------l

1 4 15 10
(3) l--l--------l------------------------------l--------------------l

2 4 14 10
(4) l----l--------l----------------------------l--------------------l

Opdracht: Teken het bandenpatroon dat ontstaat als de 4 gedigesteerde

chromosoomfragmenten (zie hierboven) op een agarosegel geëlectroforeerd worden.

1.6 Opdracht bio-informatica

Tijdens het werkbezoek voer je de onderstaande opdracht uit.
Lees de opdracht ter voorbereiding goed door.

In het onderzoek is een aantal DNA bandjes naar voren gekomen met een bepaalde massa.
We hebben een scheiding uitgevoerd met gel-electroforese nadat DNA in stukken is geknipt.
Bekijk: http://learn.genetics.utah.edu/units/biotech/gel/

Grootte in (bp)

5000
4000
3000
2000
1600
≈1800 bp
1000
≈1100 bp
500
De bandjes zijn terug te vinden in onderstaande tabel:

Bandje Aantal bp
1 4500
2 3400
3 2000
4 900

Met deze gegevens gaan we de dader opzoeken in een relationele database met behulp van
de vraagtaal SQL.

Start de MySQL Query

Browser en tik het volgende statement in:

use profieldb

show tables

select *
from paptronen

Zie, dat je nu een heleboel gegevens krijgt van patronen van DNA profielen.

De tabellen die gebruikt worden staan vermeld in onderstaande ERD.

Vragen
1. Wat is een ERD?
2. Hoe kun je in SQL het aantal rijen dat je terugkrijgt beperken?
Tip: http://www.nldelphi.com/cgi-bin/articles.exe/ShowArticle?ID=8438
3. Hoe kun je gegevens uit meerdere tabellen aan elkaar koppelen?

Ben je in staat om de puzzel op te lossen met deze gegevens?

Stap 2: groepen maken

Maak groepjes van 3 of 4 leerlingen. Per werkbezoek kunnen er maximaal 24 leerlingen
deelnemen.

Stap 3: bedenk een verhaal

Bedenk een verhaal met de volgende gegevens:
-een moord op iemand
-een slachtoffer
-de plaats van het misdrijf
-vijf mogelijke verdachten (geef ze namen die beginnen met A, B, C, D en E)
-onderzoek op het laboratorium om met behulp van DNA te bepalen wie de dader is. (zie ook
1.1 situatie)
Stap 4: verhaal in beeld
Maak van dat verhaal een videofilm, een fotorapportage, een PowerPoint of een
diapresentatie van minimaal 2 en maximaal 10 minuten. Je mag tekst gebruiken.
Je hebt dus een video, een DVD, Cd-rom of een digitaal bestand.
Verdeel de taken.

Stap 5: Wie is de dader?

Het werkbezoek aan het instituut Applied Sciences (HLO/Bioinformatica). Daar laat de politie
het DNA van vijf mogelijke verdachten onderzoeken. Onder de nagels van het slachtoffer is
DNA gevonden. Jij gaat nu met je groepje onderzoeken van welke verdachte dat DNA is.
Neem video, camera e.d. mee, want je moet kunnen aantonen hoe je aan dat bewijs
komt.

Stap 6: verhaal in beeld afmaken

Maak het verhaal af, nu je weet wie de dader is. Je moet duidelijk aantonen, hoe je aan het
bewijs bent gekomen. Kortom: maak ( videobestand, DVD of Cd-rom) je verhaal compleet.
Lever je opdracht in bij je docent of maak met je docent afspraken over het publiceren op het
web van je school.