Pojem biokemije : Biokemija-veda, ki s kemijskimi metodami prouuje ivljenjske pojave; interdisciplinarna veda Prouuje molekularne spremembe snovi, energetske

ke pretvorbe in porabo razpololjive energije Dinamina-prouuje substance, ki sestavljajo celico, snovne pretvorbe snovi Bioenergetika-prouuje spremembe v energiji Molekularna biologija-preuuje DNA Nastanek in razvoj ivljenja: Vesolje je nastalo 15-20 milijardami let v velikem poku Osnovni elementi : - leptoni (lahki delci, elektroni, muoni, nevtrini) - kvarki - barioni (teki delci, protoni, nevtroni) - mezoni (srednje teki delci) vesolje je iz kvarkov in leptonov 4 sile : gravitacija, elektromagnetizem, mona in ibka jedrska sila Gluoni : nosilci jedrske mone sile Fotoni: nosilci jedrske ibke sile Principi biokeminih procesov: Znailnosti ivih bitij: Visoka, kompleksna organizacija Vsaka sestavina ima tono doloeno funkcijo Zmonost pridobivanja, pretvarjanja in porabe E Zmonost natannega podvojevanja Molekulska logika ivljenja: principi, po katerih med seboj integrirajo molekule v ivih bitjih iva bitja ohranjajo svojo zgradbo na raun proste E iz okolja iva bitja delujejo izotermno in izobarino, so samoregulacijski kemini stroji, naravnani na najbolj ekonomino delovanje

Molekulski temelji: Bioelementi: C,H,N,O,P,S sestavljajo 99,8% ivega Na, K, Mg, Ca,Cl : najpomembneji ioni Fe, Cu, Zn, Mn, Co, I : elementi v sledeh V neivih snoveh prevladuje O, Si, Al, Fe Kovalentna vez: mona, atoma si delita elektron, usmerjena Ionska vez: mona, en atom da elektron drugemu, ni usmerjena Vodikova vez, hidrofobne interakcije so ibke vezi 3D struktura molekul je prostorska razdelitev skeleta in funkcionalnih skupin, prouujemo jo s kristalografijo (X-arki) ali doloanjem v raztopini konfiguracija: prostorska razporeditev atomov in skupin zaradi prisotnosti dvojnih vezi ali kiralnih centrov. Prehod med njimi je mogo le s prekinitvijo kovalentne vezi stereoizomere: molekule z vsaj enim kiralnim centrom v razlinih oblikah enentiomere: zrcalna slika stereoizomer

anomere: 2 optino razlini obliki (alfa in beta), razlika samo po konfiguraciji na anomernem C atomu Konformacija: prostorska razporeditve atomov in atomskih skupin, ki se lahko prosto gibljejo okoli enojnih vezi. Glavni bioelementi (vrste, vloga, izvor): - OGLJIK: izvor v CO2, je gradnik organskih skeletov - KISIK: del vode, tvori razline funkcionalne skupine, pomemben pri medmolekulskih povezavah (H-vez, naboj, polarnost...) - VODIK: del vode, tvori H-vez in ima pomembno vlogo pri strukturi organskih spojin - DUIK: izvor v zraku in nitratih, je pomembna strukturna enota (oblikuje skupine NH2, H-vez) - VEPLO: pomemben pri dihanju - FOSFOR: ioni pomembni pri tvorbi kosti

Voda: medij, kjer potekajo reakcije v ivih sistemih struktura: Kisikov atom hibridiziran z sp3, povezan z dvema H atomoma, ostane en nevezni par, zato je kot 104 lastnosti: vodikova vez (med skupino (donor), v kateri je H kovalentno vezan na mono elektronegativen atom, in drugo skupino z elektronegativnim atomom (akceptor), ki omogoa polarizacijo naboja. Tako nastane v tevilnih biomolekulah (proteinih, nukleinskih kislinah, sladkorjih,...) in jih stabilizira), visoko zmrzie in vrelie, visoka izparilna toplota, neobiajna odvisnost gostote od T (anomalija vode) hidratacija: obdajanje ionov z molekulami vode; raztapljanje je odvisno od topnostnega produkta (koncentracija snovi, pri kateri je e topna v vodi) hidrofobne interakcije: molekule vode tvorijo vodikove vezi med seboj in tako prisilijo hidrofobne molekule, da se naberejo skupaj Raztopine: iz ene same, homogene faze dveh ali ve topljencev Koncentracija: pove relativno koliino topila in topljenca Hentryjev zakon: koliina raztopljenega plina je odvisna od parcialnega tlaka med povrino. Za raztapljanje sta pomembni e T in povrina med plinsko in tekoo fazo Absorbcijski koeficient: koliina plina v litrih, ki pri standardnih pogojih nasiti 1L tekoine pri parcialnem tlaku 1atm MOLSKI ULOMEK: X1 = n1 / (n1+n2) in X2 = n2 / (n1+n2); X1 + X2 = 1 n1 ... t.mol topila, n2 ...t.mol topljenca - MOLARNA KONC. [M]: t.mol topljenca v 1L raztopine - MOLALNA KONC. [m]: t.mol topljenca v 1kg topila - PROCENTNA KONC.: utena p.k. g topljenca na 100g raztopine; volumska p.k. mL topljenca na 100mL raztopine Koligativne lastnosti raztopin: Znianje zmrzia, zvianje vrelia, osmozni tlak, zvianje parnega tlaka Osmozni tlak: tlak, ki ga moramo izvajati nad raztopino, da jo drimo v ravnoteju s istim topilom na drugi strani polprepustne membrane, skozi katero lahko prehaja samo topilo in nekateri topljenci.

Toninost: posledica tistih delcev v raztopini, ki ne prehajajo skozi membrano Donnanovo ravnoteje imamo delce, ki lahko prehajajo preko membrane in delce, ki ne morejo, vsi pa so nabiti. Razporedijo se neenakomerno, glede na elektrostatski privlak.

Kislinsko bazne lastnosti raztopin: Ionski produkt vode: koncentracija enih in drugih ionov, ki ionizirajo Disociacijska konstanta: pove, koliko je snov disocirala v topilu-mone kisline imajo veliko, ibke pa majhno Ka Kisline so snovi, ki protone oddajajo, baze pa jih sprejemajo Kisline v vodni raztopini so disocirajo vodikove atome, baze pa hidroksilne ione Kisline so akceptorji, baze pa donorji elektronskega para Henderson-Hasselbachova enaba: pH = pKa + log [A-] / [AH] Nevtralizacija: doloeni koliini kisline dodajajnje ekvivalenta baze pH indikatorji so ibke kisline ali baze, ki ob protonaciji spremenijo barvo. To se zgodi v ekvivalentni toki Bioenergetika: Osnove termodinamike: Sistem: del celote, ki ga obravnavamo (popiemo ga s T, p, V, koliino snovi, pri konstantnih vrednostih teh spremenljivk je sistem v doloenem stanju.); Sistemi so izolirani (ne izmenjujejo E in snovi z okoljem), zaprti (izmenjujeje se le E) odprti (izmenjujeta se E in snov) Pri prehodih sistema iz enega v drugo stanje, gre za spremembe makroskopskih koliin, ki so posledica dogajanj v svetu atomov in molekul Notranja E sistema: sestavljena iz kinetinih stanj atomov (translacije, rotacije in vibracije) ter E vezi med atomi 1. zakon termodinamike : celotna E sistema je konstantna Enatlpija: notranja E v kemijskih vezeh; sprememba entalpije (H) je toplota, ki jo zaprt izotermalni (T=konst) sistem sprejme (H>0, endotermen proces) ali odda (H<0, eksotermen proces), e se pri spremembi stanja sistema opravi le delo, povezano s spremembo volumna: H=E + p V (H=Q, e ni volumskega dela); enota za entalpijo je J/mol. V praksi je to seigna toplota oz. kalorina vrednost hrane. 2. zakon termodinamike: uvaja entropijo kot kriterij, s katerim lahko ovrednotimo verjetnost s katero bo nek proces potekal v doloeno smer. Entropija je kriterij, s katerim lahko ovrednotimo vrednost, s katero bo nek proces potekal v doloeno smer. Entropija naraa s poveevanjem nereda ali z naraanjem temperature. e je sistem sposoben absorbirati vso dovedeno toploto (izoliran) je proces popolnoma reverzibilen, sicer ne(odprt). Za reverzibilnost odprtega sistema je potrebno dovajati energijo-v biolokih sistemih entropija vedno le naraa oz pada na raun okolice; okolica pa je del sistema. Toplota ireverzibilno prehaja v eno smer in se pri tem enakomerno porazdeljuje, kar povzroa neurejenost. eksergonska reakcija: Gibbsova prosta entalpija je manja od 0: spontan proces endergonska reakcija: G >0, nespontan proces 3.zakon termodinamike: urejenost idealnega kristala je pri absolutni nili popolna; entropija je takrat ni Hessov zakon: sprememba entalpije v neki reakciji je odvisna le od zaetnega in konnega stanja ne glede na t.vmesnih stopenj.

Kemijski potencial: dele proste entalpije sistema, ki odpade le na eno komponento. Je parcialna molarna koliina, odvisna od koncentracije komponente. Je parcialna molarna koliina in je zato odvisna od koncentracijske komponente V ravnoteju je vsota kemijskih potencialov enaka ni Prosta entalpija sistema: vsota kemijskih potencialov vseh komponent, tudi e niso v standardnem stanju Kemijsko ravnoteje: pri doloenih zunanjih pogojih se bo vzpostavilo ravnoteje, v katerem bo razmerje med produkti in reaktanti vedno konstantno Ravnotena konstata: razmerje koncentracij produktov in reaktantov Pri vekratni vezavi se E setevajo, konstante pa mnoijo, zato je tudi afiniteta bolja Sklopljene reakcije: teejo v istem kompartmentu, produkti ene so reaktanti druge, potreben je skupni intermediat, skupna sprememba proste entalpije mora biti negativna

Kemijska kinetika: Hitrost reakcije: sprememba koncentracije reaktanta ali produkta v asovni enoti. Odvisna je od konstante in koncentracije reaktantov Zaetna hitrost: vedno najhitreja in poteka v eno smer Red reakcije : je parameter, ki pove kako je hitrost odvisna od koncentracije. Delni red reakcije je eksponent koncentracije reaktanta od katere je odvisna hitrost reakcije. Celokupni red reakcije je vsota eksponentov koncentracij reaktantov oz. produktov v reakciji. Hitrostna konstanta: odseva intrinzine lastnosti posamezne reakcije pod doloenimi pogoji Mehanizem reakcije: natanno poznavanje vseh stopenj, reaktantov, intermediatov in produktov, hitrosti vseh pretvorb na molekulskem nivoju Molekularnost reakcije: vsota molekul, ki sodelujejo v elementarni reakciji Teorije o hitrosti keminih reakcij: - Arrheniusova teorija: molekule se morajo nahajati v aktivnem stanju, da trijo in pride do reakcije. Pri viji T je ve molekul aktivnih lnk=lnA-E/RT - Teorija trkov: hitrost je proporcionalna tevilu trkov in koncentracijam reaktantov. Uspeni trki so tisti, kjer molekule trijo z dovolj veliko E - Teorija o aktiviranih kompleksih: molekule se pribliujejo, prvotne vezi se zrahljajo, nove se delno vzpostavijo. To je aktiviran kompleks, ki je energijsko labilno stanje-lahko razpade na reaktante ali produkte Vpliv: - pH: ioni so lahko katalizatorji ali pa encime uniijo - ionska mo: reakcija potee, e poveamo naboje - T: vpliva na konstanto, pospei reakcijo - Koncentracija reaktantov: vija kot je, ve monosti je za trk Temeljne biomolekule Skupne znailnosti: - organske spojine, preteno iz ogljika - njihove kemine lastnosti doloajo funkcionalne skupine - upotevajo naelo ekonominosti konfiguracija in konformacija omogoata povezovanje, funkcioniranje Sladkorji:

prepoznavanje

in

- Monosaharidi polihidroksi ketoze in aldoze pri cikliziranju ketoz nastajajo furanoze, pri cikliziranju aldoz pa piranoze Anomerna hidroksilna skupina: nastane pri ciklizaciji, sladkorji s to skupino imajo redukcijske lastnosti Oblika: stol je energijsko bolj ugodna in stabilneja 3D oblika ciklinih monosaharidov kot oblika kadi Mutarotacija: prehajanje -D oblike preko acikline v -D obliko Derivati heksoz: glukozamin, N-acetilglukozamin, muramin, N-acetilmuramin Kisli monosaharidi so sestavine glikoproteinov vezivnega tkiva pri vijih organizmih (zobje, kosti, koa) Monosaharidi se uporabljajo kot energetski viri (glukoza), gradniki oligo in polisaharidov in kot gradniki nukleozidov (riboza in dezoksiriboza) Anomeri: v dveh optinih oblikah in Epimeri: razlika v porazdelitvi okoli enega asimetrinega C atoma Enantiomeri: zrcalni sliki dveh stereoizomer - Oligosaharidi Delitev na disaharide in polimere s do 10 enotami (homoglikani in heteroglikani) Trehalozni tip disaharida: nastane 1-1 glikozidna vez, pri tem tipu vezave disaharidi izgubijo redukcijske sposobnosti in mutarotacijo Maltozni tip disaharida: nastane 1-x glikozidna vez CELOBIOZA = -glukoza + -glukoza (1,4- vez) TREHALOZA = -glukoza + -glukoza (1,1- vez) - najdemo jo pri insektih - zaloga energije v krvi MALTOZA = -glukoza + -glukoza (1,4- vez) - razgradni produkt kroba in glikogena SAHAROZA = -glukoza + -fruktoza (1,2-,vez) - ni prostih reducirajoih koncev (trehalozni tip) - pesni sladkor LAKTOZA = -galaktoza + -glukoza (1,4- vez) - mleni sladkor Oligosaharidi so sestavine glikoproteinov in glikolipidov; ne sodelujejo z encimi pri njihovem katalitskem delovanju zaradi enolinih funkcionalnih skupin Funkcije: beljakovinsko zviujanje, itijo beljakovine pred pH, toploto, sodelujejo pri povezovanju z drugimi strukturami Pentasaharid: strukturna osnova antigenov pri krvnih skupinah, nanj sta lahko vezana e en ali dva monosaharida Dedovanje krvnih skupin: specifino dedovanje zapisa za transferaze, ki katalizirajo pripenjanje enega ali obeh monosaharidov na pentasaharid Biokemine funkcije: antigenska (loevanje lastnega od tujega), signalna (izloanje, oznaevanje starosti), zaitna (pri G- bakterijah, ki nimajo kompleksne celine stene) Lipidi: Netopni v vodi, razlini po strukturi in funkciji Funkcije: rezervni (masti in olja), strukturni (sfingolipidi, glicerofosfolipidi, steroli), lipidi s specifinimi funkcijami (steroidni hormoni, lipidotopni vitamini, kinoni, doliholi)

Rezervni lipidi: Nasieni (ni dvojnih vezi, pri sobni T so v trdnem stanju masti; palmitinska in stearinska kislina) Nenasieni : (pri sobni T so v tekoem stanju olje; ve dvojnih vezi nija TT + veja fluidnost; dvojne vezi so v konfiguraciji cis );oelinska, linolna, linolenska, arahidonska kislina Velika stopnja reduciranosti lipidov je izvor koristne rezervne energije Triagliceroli: estri glicerola in ene od treh vijih maobnih kislin Umiljenje acilglicerolov: kuhanje v alkalnem mediju Mikroorganizmi: eno od OH skupin glicerola lahko zamenja etersko vezan viji alkohol, ki povzroi rezistentnost proti lipazam Voski: estri vijih maobnih kislin in vijih alkoholov, njihova vloga je zaloga E, zaita pred vdorom vode, pred izhlapevanjem, so gradbeni material Strukturni lipidi: Glicerofosfolipidi: glicerol, dve maobni kilsini, fosforna kislina in alkohol Sfingolipidi: ceramid-amino alkohol sfingozin z amidno vezjo povezan z vijo maobno kislino; na ceramid je lahko vezan fosfoholin, galaktoza, glukoza, kompleksni oligosaharidi Steroidi: tri 6-lenski in en 5-lenski obro; holesterol je prekurzor drugih steroidov s specifinimi funkcijami Lipidi s posebno vlogo: Loimo: - KORTIKOSTEROIDE (hormoni nadledvine leze): glukokortikoidi, mineralokortikoidi; Funkcija: vpliv na metabolizem OH in proteinov, zmanjujejo imunski odziv ter vnetne in alergijske reakcije; vpliv na krvni tlak, zadrevanje vode v ledvicah. - SPOLNE HORMONE: - androgeni: testosteron (glavni moki hormon, nastaja v testisih) androstendion Struktura: O na C3, OH na C17, dvojna vez na C4 Funkcija: uravnavajo razvoj mokih sek.spolnih znakov, anabolno delovanje - estrogeni: estradiol (glavni enski hormon, nastaja v jajnikih) estron Struktura: OH na C3, C17 ter aromatski A obro Funkcija: uravnavajo razvoj enskih sek.spolnih znakov - progestageni: progesteron (vsebujejo ga kontracepcijske tablete) Struktura: O na C3, COCH3 na C17, dvojna vez na C4 Steroidni hormoni: C21 skupina (progesteron, kortekson, kortizol), C19 (testosteron, estrogeni), C18 (estradiol) Fosfatidilinozitol in derivati: intracelularni obveevalci, zasidrani na notranji strani membrane, pod vplivom zunanjih signalov se sprostijo v celico; delujejo na sproanje kalcija in aktivacijo proteinskih kinaz C Eikozanoidi: sproajo jih tkiva za lokalno signalizacijo, proizvajajo jih iz arahidonske kisline, ki je vskladiena v membranskih fosfolipidih (prostaglandini, tromboksani, leukotrieni) Glavni fizioloki uinki tkivnih hormonov: krenje gladke muskulature, vpliv na termoregulacijo, boleino, vnetje, strjevanje krvi, aktivno transport in na regulacijo krvnega tlaka

Cikel vitamina A: iz retinola nastane cis-retinal, ki se povee z opsinom v rodopsin, nastane trans-vez, impulz za depolarizacijo epka, svetlobni signal se pretvori v elektrinega, encim spremeni trans-retinal nazaj v cis-retinal Hormon D: pospeuje absorbcijo kalcija v revesju in spodbuja osteoklaste pri sproanju kalcija iz kosti Vitamin E: antioksidant, prepreuje sponatno oksidacijo mono nenasienih spojin tako, da tvori perokside v moneje nenasienih maobnih kislinah v lipidih membran Ubikinon: iz 10 izoprenskih enot, lipidotopen prenaalec redukcijskih ekvivalentov, sodeluje v dihalnih verihah ivalskih celic Plastokinon: 4 izoprenske enote, lipidotopen prenaalec, sodeluje pri fotosintezi Doliholi: polimeri 9-22 izoprenskih enot, s svojo OH skupino sodelujejo kot aktivatorji mono in oligosaharidnih enot pri njihovem prenosu na proteine; sodelujejo pri prepoznavanju pravih beljakovin, tvorijo vezi (energijski prispevek)

Aminokisline: Pomen karboksilne in amino sk. Znailne reakcije AK, ki potekajo na funkcionalne skupine: pomembne za COOH skupino: nastanek peptidne vezi, amidacija karboksilne kisline (CONH2), dekarboksidacija (izguba COOH skupine, nastane biogeni amin) pomembne za NH2 strukturo: peptidna vez, ninhidrinska reakcija funkcionalne skupine v R: ksantoproteinska reakcija (poteka na R fenilalanin in tirozin duikova kislina nitrira obro, rumena barva dokae prisotnost aromatskega obroa). Hidrofobne, hidrofilne, aromatske (fenilalanin, tirozin, triptofan), polarne (serin, treonin, cistein, asparagin, glutamin), nepolarne (glicin, alanin, valin, leucin, metionin, izoleucin, prolin), s pozitivnim (lizin, arginin, histidin) ali negativnim nabojem (asparaginska in glutaminska kislina), atipine (hidroksiuilin, hidroksiprolin) Kislinsko bazne lastnosti: - izoelektrina toka: pH, pri katerem AK ne potuje ve v elektrinem polju; doloimo jo s pomojo izoionskega fokusiranja - izoionska toka: pH, pri katerem AK v vodi nima neto naboja; doloimo z raztapljanjem v vodi - AK loujemo s separacijskimi metodami (papirna kromatografija, ionskoizmenjevalna kromatografija, izoelektrino fokusiranje) - Specifine reakcije: ninhidrinska reakcija (dokaz -amino AK, vijolino obarvanje), ksantoproteinska (dokaz aromatskih AK-z HNO3, rumena barva), biuretska (dokaz peptidne vezi, dodatek CuSO4, modro obarvanje) Peptidi: Aminokislinski polimer z do 50 enotami, ki v vodni raztopini nimajo stalne 3D strukture Nastanejo z razgradnjo beljakovin ali kot samostojne aktivne substance Peptidna vez ali splona amidna vez povezujeta dve aminokislini Peptidi s posebnimi funkcijami: bradikinin, vasopresin, oksitocin, tireotropni hormon, garamicin, amanitin, substanca P, aktinomicin D Biogeni amini: - derivati AK, ki nastajajo z dekarboksilacijo, vasih pa e z dodatnimi modifikacijami

imajo hormonski ali nevrotransmiterski uinek serotonin: derivat triptofana, kri ile histamin: derivat histidina, iri ile, sproa se pri alergijskih reakcijah depamin, adrenalin, noradrenalin: derivati fenilalanina oz. tirozina; centralni nevrotransmiterji tiroksin, trijodtrionin: itnina hormona iz tirozina sinteza itninih hormonov: tireoglobulin vsebuje tirozinske ostanke, ki se jodirajo (jodidni ioni pridejo iz krvi in se oksidirajo). Skelet tvori posebno obliko, nastane esterska vez prek semikinonskih radikalov iz dveh tirozinskih ostankov. S signalom se protein cepi, hormon pa se sprosti v krvni obtok

Purinske in pirimidinske baze: bazine hidrofobne molekule, ki sestavljajo nukleotide in nukleinske kisline konjugirane dvojne vezi v obroih povzroajo planarnost molekul, absorbcijo UV svetlobe in hipokromni efekt (duikove baze se premeajo in absorbirajo pri viji valovni dolini) tavtomerija: odvisna od pH, pomembna za interakcije baz s sladkorjem nukleotid: ester nukleozida in fosforne kisline; na njem so lahko do tri fosforne kisline, druga in tretja sta vezani anhidridno nukleotidi so prenaalci E (ATP, GTP), sestavine koencimov (NAD+, FAD) in sekundarni obveevalci (cAMP, cGMP)

Hormoni: sintetizirajo se v lezah z notranjim izloanjem, delujejo na tarne celice, ki imajo posebne receptorje razdelitev: peptidni (ACTH, insulin, glukagon), derivati AK (adrenalin), steroidni hormoni in hormonom podobne snovi vodotopni hormoni: imajo membranske receptorje, prenos signala poteka kaskadno, uporabljajo se G-proteini, proteinske fosforilaze ali vasopresin lipidotopni: plazemski beljakovinski prenaalci, citosolni receptorji, skupaj z receptorji se poveejo z DNA, temu sledi represija ali derepresija gena fosfodiesteraza: hidrolizira 3' estersko vez v ciklinih nukleotidih in s tem deaktivira kaskadno reakcijo Steroidni hormoni: skorja nadledvine leze (glukokortikoidi, mineralokortikoidi), sploni hormoni Hormonska hierhija: sprostitveni hormoni iz hipotalamusa povzroijo sproanje tropnih hormonov iz hipofize, ti pa izloanje konnih hormonov iz ostalih endokrinih lez Hormoni uelk: ekdisoni Hormoni rastlin: auksini, citokinini, giberelinska kislina Mikroorganizmi: nimajo hormonov, le rastne faktorje

Vitamini: MO in rastline izdelujejo vitamine, ki to za njih niso Male organske molekule, ki jih organizem potrebuje v majhnih koliinah Vodotopni: niacin, tiamin, riboflavin, lipoina kislina, CoA, biotin, folijska kislina, vitamin B12, vitamin C

Lipidotopni: vitamini D, E, K, A

Bioloke makromolekule: Rezerva energije, strukturne in informacijske molekule ali zelo pomembne funkcionalne molekule Polisaharidi: - polimeri monosaharidnih enot z molekulsko maso milijon in ve - rezervni polisaharidi: (glikogen, krob), strukturni polisharidi - razvejanost omogoa hotreje sproanje monosaharidnih enot in pozna princip cepljenja - krob: rastlinska rezervna snov, ki ga lahko razvejimo na amilozo (1,4--glikozidna vez med glukoznimi ostanki) in amilopektin ( na glavno verigo so pritrjene e stranske, povezane z 1,6--glikozidno vezjo); je teko prebavljiv - glikogen: rezervna snov v jetrih, miicah, zelo podoben amilopektinu, e moneje razvejan - celuloza: vlaknasti glukozni polimer z 1,4--glikozidno vezjo v verigi in hodikovimi vezmi med verigami; slabo topna - hitin: oporno tkivo ivali; homoglikan iz N-acetil-glukozamina, njegova 3D struktura je podobna celulozni - heteroglikani: glukozaminoglikani, hialuronska kislina, hondroitin sulfat, keratan sulfat - glukozaminoglikani so sestavine ekstracelularnega matriksa - heteroglikan je iz N-acetil-glukozamina in N-acetil-muraminske kisline in je sestavina bakterijske celine stene Nukleinske kisline: - polimeri nukleotidov dveh tipov: DNA in 3 vrste RNA - dva nukleotida povezuje fosfodiesterska vez - podaljevanje verige poteka na 3' koncu, pri tem se hidrolizirata dve fosfatni vezi, saj se prihajajoi nukleozid trifosfat pirofosfatno razcepi in hkrati esterificira - DNA molekule so temeljne informacijske molekule v ivem svetu, ki iz roda v rod ohranjajo identinost vrst - DNA je dvojna, komplementarna antiparalelna desnosuna vijanica, kjer so baze v notranjosti, sladkorji in fosfati pa na povrini - 3D strukturo molekule omogoajo vodikove vezi med ustreznimi pari baz sosednjih verig, hidrofobne interakcije med sosednjimi bazami iste verige in povrinski elektrostatski odboji disociiranih fosfatnih skupin, zato je DNA rigidna, v raztopini pa viskozna - zaradi naela komplementarnosti se DNA podvojuje semikonzervativno-dvojna vijanica se razpre, ob vsaki verigi nastane nova - Talie: temperatura pri kateri se absorbnost raztopine DNA pri 260nm povia na polovico maksimalne (hiperkromni efekt). Odvisno je od vsebnosti baznih parov G-C - Denaturacija: raztopina DNA je izpostavljena ekstremnemu pH in temperaturi nad 80 stopinj, viskoznost pade, pride do fizikalnih

sprememb, razbitje vodikovih vezi, razpad na dve enojni verigi (popolnoma ali delno), kovalentne vezi se ne pretrgajo Renaturacija: hiter enostopenjski proces, dokler je delna denaturacija. e sta vijanici popolnoma loeni, poteka v dveh stopnjah: 1 (poasna) vijanici se s sluajnim sreanjem najdeta in tvorita kratek segment komplementarnega dvojnega heliksa; 2 (hitra) ustvarijo se pari med bazami, vijanici se do konca zdruita RNA so enoverine molekule, ki se prostorsko zvijajo v najstabilneje konformacije rRNA sestavljajo ogrodje ribosomov (60%), kamor se veejo beljakovinske molekule mRNA je enoverini prepis DNA, ki nosi direkten zapis za zaporedje AK v beljakovinski molekuli. So zaitene z beljakovinami ali polisomi tRNA je adapterska molekula, ki prinaa AK na ribosom; ima 3D strukturo v obliki rke L in zato ve zank, s katerimi tvori interakcije, ki ji omogoajo opravljanje prevajalne funkcije. V zankah so atipine baze, zato da ne pride do parjenja. AK se vee na 3' konec tRNA v aktivirani obliki vloga zank: zgornji del ACC- gor se vee AK, antikodonski pecelj/zanka komplementarna mRNA kodonu, D zanka-aminoacil RNA sintetaza jo prepozna, L zanka-pripne se na ribosom. AK se vee v aktivirani obliki (ak-AMP) na 3` OH konec specifine tRNA. prevajanje je odraz zaporedja nukleotidov v zaporedje aminokislin genetski kod: ki je univerzalen za ivi svet. Obstaja 61 razlinih tRNA molekul z razlinimi tripleti za 20 razlinih AK. To izvira iz tevila kombinacij, ki so mone z menjavanjem 4 razlinih nukleotidov v kodonu 3h zaporednih (64). Za preostale 3 kodone ni tRNA molekul; to so STOP kodoni. Veje tevilo kodonov kot AK pomeni degeneracijo. Le ta se kae v pomenu posameznih nikleotidov v tripletu, ki pada od prvega do tretjega. Poleg specifine tRNA obstajajo specifini encimi, ki katalizirajo povezavo doloene AK na doloeno tRNA.Gre za princip prepoznavanja tripleta baz; polimerizacija aminokislin: poteka na ribosomu med prosto amino skupino prihajajoe AK, s prenosom polipeptidne verige iz estrske vezi na 3' koncu prvega adenozina Na ribosomu so hkrati vezane 3 tRNA molekule: tista, ki nosi novo AK, druga z obstojeo polipeptidno verigo in odhajajoa brez vsega. Ribosom ima GTPazno aktivnost, ki mu omogoa spremembo konformacije za pomik po mRNA

Beljakovine: Splone lastnosti: - Encimi (proteinski katalizatorji za procese v celici; znotrajcelini: DNA polimeraza, glikogenska fosforilaza, alkoh. Dehidrogenaza; zunajcelini (po sintezi v celici gredo ven): amilaza) - Transportni proteini (v krvi veejo molekule ali ione in jih prenaajo po telesu; plazemski: hemoglobin; membranski

(omogoajo prehod snovi skozi membrano); intracelularni (prenaajo molekule v celici od organela do organela) - Hranilni in skladini proteini: (celica jih kopii in nato lahko izrablja): ovalbumin, azin, foritin - kontraktilni proteini: (omogoajo spremembo oblike celice (krenje) in gibanje po okolic): aktin, miozin, mikrotubuli - strukturni proteini: kolagen (hrustanec), elastin, keratin (ve vrst; nohti, lasje,...), -fibrin (svila) - obrambni proteini: imunoglobulini oz. protitelesa (ustvarjajo jih limfociti), fibrinogen, trombin (strjevanje krvi), strupi - regulatorni proteini: - hormoni: insulin, rastni hormon; G-proteini (prenos signala); DNA-vezavni proteini - So polimeri ve kot 50 AK, molekulska masa od 5000 preko 106 - Aminokislinski ostanki nastanejo zato, ker je pri polimerizaciji izstopila voda - Nekatere beljakovine za svoje delovanje potrebujejo prostetine skupine - Celine frakcije: jedro, mitohondriji, mikrosomi, citosol - Pri homogenizaciji tkiva dobimo izvleek, ki ga centrifugiramo, precipitiramo in kromatografiramo - Beljakovine loujemo po topnosti, velikosti in naboju - Molekulsko maso ocenimo s pomojo mikrocentrifugiranja, SDS elektroforeze ali z doloanjem amino-kislinskega zaporedja - Lokalizacija in kvantifikacija beljakovin: reakcija za antigenprotitelo - Epitop: podroje na povrini tuje molekule, ki je komplementarno povrini protitelesa. Na eni beljakovini je lahko ve epitopov; proti vsakemu epitopu se naredi monoklonsko protitelo Struktura beljakovin: - med seboj se beljakovine loijo po tevilu in zaporedju aminokislinskih ostankov - AK zaporedje se v vodnem mediju zvije v enolino 3D strukturo, ki doloa vlogo in funkcijo vsake posamezne beljakovine - Polimorfizem: posledica spremenjenega zaporedja AK v populaciji; ne privede do bolezni, 30-40% beljakovin je polimorfnih - Primarna struktura beljakovin - Predstavlja jo kovalentna zgradba-zaporedje AK, povezanih s peptidno vezjo in poloaj disulfidnih mostikov - Amidna vez v beljakovinah je peptidna vez, ki ima znaaj dvojne vezi, v kateri so C, O, N, H koplanarni - Kovalentna peptidna vez se nespecifino cepi z mono kislo raztopino, specifino pa s cianogen-bromidom ali encimsko - Torzijski kot iz atomov v peptidni vezi je skoraj vedno 180 - trans vez - AK zaporedje se doloa v treh stopnjah: doloitev sestave AK, oznaitev in doloitev n-terminalnega ostanka in doloitev celotnega zaporedja z Edmanovo degradacijo - Edmanova degradacija:temelji na oznaitvi n terminalne AK s fenil-isocianatom, ki istoasno povroi destabilizacijo pripadajoe peptidne vezi, ki se zato cepi e v blago kislem mediju; ED je

mogoe izvajati z avtomatskim sekvenatorjem, a le na fragmentih do 50 oz. najve do 200 AK ostankov. Peptidno verigo je treba pred sekveniranjem razrezati na manje polipeptide s keminimi ali encimskimi metodami. Doloa se zaporedje fragmentov, s prekrivanjem razreujemo pravilno zaporedje fragmentov. - Aminokislinsko zaporedje nakazuje 3D strukturo, funkcijo, celino lokalizacijo in evolucijo (s primerjanjem z znanimi zaporedji) - Homologne beljakovine: 25-30% identinih aminokislin, strukturna in funkcijska povezanost med takimi beljakovinami - Domene: doloeni predeli, ki jih lahko zajema podobnost med beljakovinami; so za funkcijo pomembni predeli, saj so lahko enake pri zelo razlinih beljakovinah Sekundarna struktura beljakovin - fibrilarne sekundarne strukture (ena sama vrsta) in globularne (iz razlinih vrst) - -heliks: posledica nastanka vodikovih vezi med atomi iz peptidnih vezi prve in etrte aminokisline v zaporedju; skelet se vijaasto zvije okrok vzdolne osi, radikali trlijo navzven; vse AK morajo imeti isto absolutno konfiguracijo (L- ali D-) - za nastanek je pomembna velikost molekule, koliina nabojev, velikost stranskih verig, ujemanje AK z dipolom in elektrostatske interakcije med radikali - 5 faktorjev, ki vplivajo na nastanek heline strukture: radikala ne smeta imeti enakega naboja, pomembna je velikost molekule (e so velike se ne bodo zvijale), e je veliko + ali nabojev skupaj se odbijajo, AK radikali z veliko stransko verigo se tudi motijo, ujemanje z naravnim dipolom heliksa. - -struktura: iz paralelnih in antiparalelnih cik-cak polipeptidnih verig, ki so med seboj povezane z vodikovimi vezmi, prav tako med atomi, ki tvorijo peptidne vezi; antiparalelne strukture so stabilneje, ker so vodikove vezi ravne in zato moneje - ve vzporednih -struktur tvori naguban list - -obrat: nastopa najvekrat na koncu -strukture, ko se polipeptidna veriga v globularnih beljakovinah obrne za 180; sestavljajo ga 4 AK, med prvo in etrto je vodikova vez, druga in tretja pa sta na povrini - neurejena struktura: predeli verige v globularnih beljakovinah, ki so identini pri vseh molekulah iste vrste, ne moremo pa jih uvrstiti v prejnje 3 strukture - -struktura in -heliks sta izredno obstojni zaradi minimalnih sterinih odbojev in najugodnejih poloajev vodikovih vezi - Ramachandrov diagram kae fi in psi vrednosti kotov aminokislin v beljakovinski molekuli; 90% kotov se nahaja na teh dveh podrojih Fibrilarne beljakovine - keratin: dimer desnih alfa heliksov (Cys-Cys), ki sta levosuno navita drug okrog drugega (coiled coil), je sestavina las, peres, nohtov, krempljev, rogov, elvjih oklepov, koe - kolagen: tropokolagen je iz 3h levih helinih vijanic, ki so ovite v desni smeri; vsebujejo Gly-X-Pro motiv, vmes do hidroksilirane AK in sestavljajo kite, hrustanevino, elatino

elastin: heliks je iz dolgih verig Gly, ki jih loujejo kratki odseki Lys-Ala; predeli, kjer je Lys se kovalentno modificirajo v lysinornorleucin in desmosin, ki se na teh mestih elastino razteguje in kri - fibroin: plasti nagubanih listov, v katerih si sledijo Gly in Ala ostanki; plasti se pravilno zloijo in dajejo svili mehko obstojnost Terciarna struktura beljakovin - prostorska razporeditev vseh atomov v beljakovini, oziroma elementov sekundarne strukture v globularnih beljakovinah - 3D struktura se razreuje s pomojo NMR spektroskopije ali s kristalografijo z Roentgen arki - globularne bveljakovine so sestavljene iz razlinih sekundarnih struktur - za 3D strukturo so pomembni Cys-Cys mostiki - pri vzdrevanju in nastanku terciarne strukture sodelujejo vse vrste ibkih interakcij, predvsem med aminokislinskimi radikali - med atomi v beljakovinah so zunanje ibke interakcije - v notranjosti globularnih beljakovin je malo ujetih vodnih molekul, saj se aminokislinski ostanki pakirajo z veliko gostoto - beljakovinsko zvijanje: samozvijanje vijih beljakovinskih struktur; to vodita maksimizacija notranjih vodikovih vezi in zakopavanje hidrofobnih predelov v notranjost; zvijanje poteka preko vmesnih stopenj, ki zajemajo lokalno nastajanje podroij sekundarnih struktur - zvijanje poteka hierarhino na dva naina: integracija sekundarnih struktur ali pa najprej pride do hidrofobnega kolapsa; oba naina se prepletata, pri razlinih beljakovinah prevladuje eden ali drugi, odvisno od primarne strukture - osnova, okoli katere se dokona zvijanje nativne beljakovine: sodek, sedlasta -struktura, -- zanka, sendvi iz -struktur - nativna konformacija: termodinamsko najstabilneja konformacija beljakovine v fiziolokih pogojih - Mioglobin: relativno majhen O2 vezavni protein (M = 16700g/mol); vsebuje polipeptidno verigo iz 153 AK (na poloaju 93 je proksimalen His), ki vee Hem skupino (monomer). Hidrofobne AK so v notranjosti, hidrofilne pa na povrina in omogoajo topnost v vodi; terciarno strukturo vzdrujejo hidrofobne interakcije; nahaja se v miinih celicah, ki hranijo in prenaajo kisik za mitohondrijske procese (vodni sesalci ga imajo veliko, zato lahko zdrijo pod vodo dolgo asa). Denaturacija beljakovin - proces, pri katerem pride do poruenja vseh vijih struktur razen primarne - Denaturacija je vestopenjski proces. Poteka lahko preko reverzibilnih stopenj in se kona ireverzibilno. Lahko pa je tudi reverzibilna, odvisno od AK sestave. - denaturirana beljakovina zavzame popolnoma nakljuno strukturo, izgubi fizioloko funkcijo - Temperatura: pri segrevanju se cepijo ibke interakcije -

Topljenci: (urea) se vrinejo v hidrofobne predele, pride do razpletanja - pH: sprememba porui nekatere vezi - ionska mo: sprememba cepi vodikove vezi in elektrostatske interakcije - organska topila: povroajo razdrtje S-S mostikov Lastnosti beljakovin v raztopini - izoionska toka: pH, pri katerem beljakovina nima neto naboja - izoelektrina toka: pH, pri katerem beljakovina ne potuje v elektrinem polju - beljakovine se nahajajo in prouujejo v pufrih, kjer ima vsaka beljakovina svojo karakteristino izoelektrino toko - pufri pomagajo pri potovanju beljakovin v vodi, saj dodajo ione nenabitim molekulam, ioni pa vplivajo na disociacijo beljakovin - precipitacija: za loevanje beljakovin, najprej spremenimo ionsko mo, nato se pribliujemo izoelektrini toki in s tem izloimo eleno beljakovino - osmoznost: pojav, kjer molekule prehajajo skozi polprepustne membrane; Isoosmoznost: raztopini imata enak osmotski tlak; hipo- nija konc., hiper - vija koncentracija. (koligativne lastnosti) - toninost: osmozna aktivnost delcev, ki so na eni strani selektivno prepustne membrane in ne morejo prehajati - Donnansko ravnoteje: produkti na obeh straneh selektivne membrane so enaki, pI so lahko razline; tvorci ravnoteja so nabiti delci Kvartarna struktura beljakovin - Razporeditev podenot, protomerov v 3D kompleksu v oligomeru - iz ve loenih polipeptidnih podenot, ki so lahko identine ali razline - oligomerno sestavo stabilizirajo ibke interakcije (S-S mostiki) - nemen oligomerizacije: uravnavanje, uinkovito medsebojno delovanje v fizini bliini, strukturna vloga - prouevanje: NMR spektroskopija, kristalografija z Roentgen arki, elektronska mikroskopija

Supramolekulske strukture zvite v polipeptidne verige se lahko poveejo z ostalimi nebeljakovinskimi makromolekulami in tvorijo bioloke strukture, ki e niso niti organeli bioloke membrane: - lipidni dvosloj (fosfo- in sfingolipidi), integralne-periferne beljakovine, glikolipidi, glikoproteini - fizikalno-kemijske lastnosti: lateralna difuzija (fosfolipidi se v eni ravnini gibljejo neurejeno), flip-flop (fosfolipidi preskoijo iz enega sloja v drugega, energetsko neugodno) - membranske beljakovine: periferne (ibke interakcije), integralne (vkljuene v membrano, monotopni (enkrat prehajajo sloj), bitopni (ez oba sloja), politopni (vekrat skozi dvosloj); so receptorji, kanali, transporterji, encimi lipoproteini:

celine stene: -

prenaalci netopnih maob po telesnih tekoinah do celic iz beljakovinskega (apoproteinskega) dela in razlinih vrst maob, amfibilnih na povrini (fosfolipidi, holesterolni estri) in hidrofobnih v notranjosti (holesterol, triaglicerol) po vsebnosti beljakovinskega in maobnega dela jih loujemo v HDL, LDL, VLDL in hilomikrone beljakovinski del je pomemben za vezavo na zunajceline receptorje, po vezavi se odcepijo razni lipidi Gramm pozitivne: stena je dvoplastna, znotraj je peptidoglikan murein, zunaj pa teihojska kislina Teihojska kislina: poli-fosfo-glicerol ali poli-fosfo-ribitol, na proste OH skupine se veejo razni sladkorji ali AK, ki reagirajo z Grammovim barvilom Murein: zamreena polisaharidna struktura iz NAcGlc in NAcMur, ki se s tetra- in pentapeptidi preno povezuje Pentapeptidi v mureinu vsebujejo D- aminokisline, ki prepreujejo peptidazam razgrajevanje celine stene Penicilin inhibira encime, ki sodelujejo pri zamreenju mureina pri G+ Gramm negativne: stena je debeleja, sestavljena iz najmanj 5 plasti (proteinska, mureinska, proteinska, lipopolisaharidna, lipoproteinska), ni teihojske kisline Okoli stene je lipopolisaharidna kapsula, ki dodatno iti celico, hkrati pa vsebuje mnoge antigene Rastline: trden, pravilno organiziran polisaharid, prepojen z razlinimi solmi, okoli je lahko pluta ali vosek ivali: ekstracelularni matriks, kjer je vedno kolagen kisla DNA je povezana z bazinimi beljakovinami-histoni, ki jih je 5 vrst (H1, H2A, H2B, H3, H4) in nastopajo v parih histoni so evolucijsko zelo ohranjene beljakovine, 8 molekul tvori osnovo, okoli katere se navije dvojna vijanica (1,8x), se pri tem malo zrahlja in se 7x gosteje zloi (nukleosomi) nukleosomi se s pomojo H1 organizirajo v 30nm vlakno, ki se zvijejo v zanke, 6 zank pa se navije okoli nuklearnega ogrodja v rozete bakterijski kromosom se nahaja v podroju nukleoida, skupaj z vrsto histonom podobnih beljakovin, ki tvorijo ogrodje, a mnogo bolj dinamino kot pri evkariontih; na mnogih mestih se pripenja na notranji sloj membrane mehanino kemini stroji, ki zagotavljajo vernost translacije mRNA v beljakovine sestavljeni so iz rRNA, ki tvori ogrodje, vejega tevila ribosomalnih beljakovin; velika in mala podenota tRNA se ustrezno povee z mRNA in to le z enim od treh monih okvirjev na novo privedeno AK prenese obstojea polipeptidna veriga, pri emer se sprosti prazna tRNA

Kromosomi: -

ribosomi: -

energijske zahteve beljakovinske sinteze: hidroliza 2 molekul ATP za aktivacijo AK pri vezavi na tRNA, s pomojo specifine aminoacil TRNA sintetaze; hidroliza 1 molekule GTP za konformacijo ribosoma, potrebno za premik po mRNA znotrajcelini paraziti, ki niso sposobni samostojnega razmnoevanja so iz nukleinske kisline in globularnega beljakovinskega plaa v zapisu RNA virusov je gen za reverzno transkriptazo, ki prepisuje RNA v DNA; uporablja se pri genskem manipuliranju celotna struktura virusa je podrejena zaiti nukleinske kisline, njenemu vstopu v gostiteljsko celico in podreditvi biosinteznega stroja za lastno reprodukcijo in izraanje virusna DNA: se vkljui v genom celice in se nato replicira skupaj s celinim dednim materialom virusna RNA: najprej se prepie v DNA, ki se nato vkljui v genom gostiteljice. Tam se premipe v mRNA, ki kodira virusne beljakovine in v celoti kot rRNA. Oboje se samosestavi v nove viruse onkovirusi: RNA virusi, ki povzroajo rakavost

virusi -

Encimi: katalizatorji keminih reakcij v biolokih sistemih pospeujejo reakcije, lahko v njih sodelujejo, se spremenijo, a izstopijo nespremenjeni, se ne porabljajo, delujejo v majhnih koliinah fizioloke koncentracije encimov so najmanj tisokrat, ponavadi pa ve kot milijonkrat nije od koncentracije spojin, ki se pretvarjajo delovanje encimov opazujemo z zasledovanjem njihove aktivnosti substrat je snov, ki se na encimu pretvarja v produkt modulatorji: substance, ki spremenijo encimsko sktivnost (inhibitorji ali aktivatorji) aktivno mesto: povrina encima, kjer poteka reakcija lastnosti: so izredno specifini za svoje substrate, specifini za tip reakcijem delujejo v zelo milih pogojih temperature in pH sodelujejo v metabolinih poteh-organiziranih zaporedjih, kjer se pospeuje mnoica reakcij pomen encimov: pri genetskih boleznih kopienja, diagnostiki, v biotehnologiji, v vsakdanjem ivljenju Luis Pasteur: 1850-pretvorba sladkorja v alkohol pri kvasovkah poteka zaradi prisotnosti fermentov Eduard Buchner-neivi izvleki kvasovk so sposobni fermentirati James Sumner: 1926-izolacija in kristalizacija ureaze; dokazal njen beljakovinski znaaj J.S.B.Haldane: 1930-knjiga Encimi: bistvo razumevanja katalitskih procesov v prisotnosti encimov Kofaktorji: encimi jih potrebujejo, so anorganski ioni (Fe, Mg, Mn) ali pa male organske molekule. Delimo jih na koencime in prostetine skupine. Kofaktorji med katalitskim procesom posodijo encimom funkcionalne skupine Koencimi: organski kofaktorji, ki se selijo iz ene vrste encima, kjer se pretvorijo na drugo vrsto, kjer se regenerirajo (NADH)

 Prostetine skupine: organski kofaktorji, ki se dodajo pri sintezi encima in se sprostijo ele po denaturaciji in razgradnji encima. Pretvarjajo in regenerirajo se na isti molekuli (hem na citokromih) Izhodine snovi za veino organskih kofaktorjev so vitamini KOFAKTORJI: - vitamini: bistveni za ivljenje, a le v minimalnih koliinah. Izdelujejo jih bakterije, nekatere rastline ali celo viji organizmi, ki za njih to niso vitamini - vodotopni vitamini: iz skupine B in C vitamin - skupina B: niacin, riboflavin, tiamin, piridoksin, koencim A, lipoina kislina, biotin, cianokobalamin, folijska kislina, elezoveplovi centri - kofaktorske molekule so velike v primerjavi s skupino, ki sodeluje v encimski reakciji. Toje zaradi natanne orientacije skupine na aktivnem mestu - NAD se uporablja v katabolnih, NADPH pa v anabolnih reakcijah - Piridin nukleotid transhidrogenaza prenese redukcijska ekvivalenta iz NADH na NADP in obratno - Redukcijski ekvivalenti: delci, ki reducirajo akceptorje elektroni, hidridni ioni in vodikovi atomi Razvranje in poimenovanje encimov - razvra se jih po reakcijah, ki jih katalizirajo - oksido-reduktaze: katalizirajo oksidacijsko redukcijske reakcije, prenos vodikovih atomov - transferaze: prenos skupin - hidrolaze: cepijo vez z dodajanjem vode - liaze: odstranijo skupino, nastanek dvojne vezi - izomeraze: medsebojna pretvorba izomerov - ligaze: tvorba vezi - tevilka: razred, podrazred, akceptorska funkcionalna skupina in akceptorska molekula (EC 2.7.1.1.) - ime: nateti substrati, tip reakcije in pripona -aza Delovanje encimov - nudi specifino zelo ugodno okolje, v katerem je potek reakcij izredno pospeen - delovanje v dveh stopnjah: 1-prepoznavanje substrata, ki se vee zelo specifino; 2-substrat se pretvori v produkt - substrat se v produkt pretvori tudi brez encima, vendar poasneje - encim ne spremeni ravnotenega razmerja med substratom in produktom - aktivacijska bariera: odloa, kako hitro bo v reakciji doseeno ravnoteje. Predstavlja energijo, ki je potrebna, da se reaktivne skupine med seboj pravilno orientirajo, pri emer je potrebno premagati morebitne odbojne sile; temu sledi preurejanje vezi - prehodno stanje: najvija toka bariere, kamor se mora dvigniti energijsko stanje ob pretvorbi iz substrata v produkt; je najbolj labilno stanje v poteku reakcije in traja le en vibracijski cikel - G#: aktivacijska prosta entalpija-imenujemo jo bariera : obratno in logaritemsko proporcionalna hitrosti - Encim lahko znia bariero brez spremembe temperature in pritiska

Mono eksergonske (spontano tee od reaktantov do produktov) in endergonske (spontano tee od produktov do reaktantov) reakcije so lahko hitre ali poasne, to ne vpliva na hitrost, s katero se bo vzpostavilo ravnoteje. Katalitina mo encimov - faktor, za katerega encimi pospeijo reakcijo - energija za znianje bariere se dobi iz nastanka miltiplih ibkih interakcij substrat-encimi, ki specifino stabilizirajo encim-substrat kompleks - vezalna energija: kljuni izvor E, ki ga encimi uporabijo za znianje bariere - hipoteza E. Fischerja: E in S morata biti komplementarna, da se sploh lahko poveeta; interakcija substrata z encimom je enaka interakciji med kljuem in kljuavnico. To so potrdili kristalografski podatki - komplementarnost je najpomembneji pogoj za specifinost in destabilizacijo med katalizo; popolna komplementarnost se dosee le v prehodnem stanju - vezi encim-substrat: hidrofobne, ionske, vodikove in Van der Waalsove - popolna prilagoditev substrata in encima zelo ugodno vpliva na pravilno orientacijo, ne more pa razloiti njune destabilizacije, ki privede do preurejanja vezi - del vezalne energije se pri interakciji E-S porabi za prihod v prehodno stanje; pri tem se substrat moneje destabilizira, saj se lahko tudi pretvori, encimi pa le malo - celokupna hitrost encimske reakcije je odvisna od najpoasnjee stopnje; s spremembo pogojev se lahko zamenja najpoasneja stopnja, kar se uporablja pri prouevanju mehanizma reakcije - specifinost: posledica komplementarnosti; odvisna je od fizioloke vloge encima - destabilizacija: posledica komplementarnosti v prehodnem stanju - Dogodki, ki se morajo zgoditi med katalitinim procesom na encimu: zamrznitev rotacijskih intranslacijskih stopenj prostosti gibanja, dehidracija substrata in aktivne povrine, destabilizacija elektronskega oblaka in konformacije, predvsem substratne molekule, vasih celo nastanek kovalentnega intermediata. Mehanizem encimske katalize - za encime brez kofaktorjev sta kemino pomembni kovalentna in kislinsko-bazna kataliza - kovalentna kataliza: nastane kovalentni intermediat med encimom in substratom, ob nastanku se odcepi del substrata - kovalentni intermediati: estri med alkoholno skupino na encimu in kislinskim delom substrata-gre za nukleofilno substitucijo - kovalentni intermediat nastane, ker je encim bolji nukleofil in bolja leaving group kot naravni substrat-reakcija je hitreja - jodid je bolji nukleofil od vode in bolja leaving group od bromida, zato je dvostopenjska katalizirana reakcija hitreja od enostopenjske nekatalizirane -

hitrost reakcije: lahko odvisna od prisotnosti hidronijevih (H 3O+) ali hidroksilnih (OH-) ionov ali od drugih donorjev/akceptorjev protonov. Prvo je specifina, drugo pa splona kislinsko-bazna kataliza encimska kataliza: navadno homogena kataliza-reaktanti in katalizatorji nastopajo v istem agregatnem stanju encimi brez kofaktorjev imajo v aktivnem centru kisle in bazine skupine na fiksnih mestih, orientiranih proti delom substrata, ki se bodo pretvajali pri zelo uinkovitih encimih pride do kooperacije kislih in bazinih skupin, ki tako predajajo in sprejemajo protone s substrata ali na substrat Ongstonov princip: kompleks se povee, e sta encim in substrat komplementarna na treh mestih; encim se lahko le na 1 nain vee e so komplementarnosti na 3h mestih ( a ne popolne, da se ne povee za vedno), popolna je le v vzbujenem stanju. Specifino lahko deluje e ima prilagoditev E na S v veih mestih.

Encimska kinetika - ukvarja se s prouevanjem hitrosti encimskega delovanja in sprememb tega delovanja kot odgovor na spremembe posameznih parametrov v okolju - kinetino prouevanje: prouevanje delovanja v razmerah, podobnih fiziolokim - hitrost encimske reakcije: poveanje koncentracije produkta ali zmanjanje koncentracije substrata v asovni enoti - progress curve: krivulja asovnega poteka koncentracije - hitrost reakcije v vsakem trenutku je tangenta na krivuljo asa - na zaetno hitrost ne vpliva produkt (ga e ni); koncentracija substrata pa je dodana koncentracija, ki je mnogo veja od koncentracije encima - Michaelis-Mentenov mehanizem: E+S < - > ESE+P je matematina enaba preslikane hiperbole (y=1/x). Hiperbolina odvisnost hitrosti od koncentracije substrata pomeni, da se red reakcije v odvisnosti od koncentracije substrata spreminja od ena proti ni. Pod pogoji merjenja zaetnih hitrosti je red reakcije v odvisnosti od koncentracije encima ena, torej, da pri dvakratni veji koncentraciji encima tee reakcija 2x hitreje. - Z naraanjem koncentracije substrata se hitrost poveuje le do maksimalne hitrosti Doloanje parametrov hitrostne enabe - Michaelis-Mentovo enabo hiperbole je mogoe linearizirati tako, da za obe strani enabe uporabimo obratne (reciprone) izraze (Lineweaver-Burkov diagram). - Matematino modeliranje: analitini postopek, ki pripelje do poljubne enabe, ki ustreza izmerjenim hitrostnim podatkom pod poljubnimi pogoji Sploni vplivi na hitrost encimske reakcije - pri zelo nizkem ali visokem pH se pojavi popolna izguba aktivnosti zaradi denaturacije encimske molekule

irina optimuma pH je odvisna od funkcionalnih skupin v aktivnem centru: disociabilne-ozek, hidrofobne-iri - encimske reakcije teejo hitreje pri viji T zaradi hitrejega gibanja molekul - temperaturni koeficient Q10: pove, kolikokrat hitreje poteka encimska reakcija, e dvignemo temperaturo za 10C; ponavadi je okoli 2 - poveana ionska mo pospei reakcije, kjer nastajajo istoznani naboji in upoasni reakcije, kjer nastajajo raznoznani naboji Encimski inhibitorji: - inhibitorji so reverzibilni ali ireverzibilni in delujejo trenutno ali poasi - ireverzibilni inhibitorji: se na encimu veejo kovalentno in ostanejo vezani na funkcionalne skupine tudi potem, ko se encim denaturira - reverzibilni inhibitorji se veejo na encime s ibkimi interakcijami, a so lahko trdno vezani; encim zapustijo pri denaturaciji - loujemo jih z dializnim poskusom, kromatografijo, razreditvijo - kompetetivni reverzibilni inhibitor: na aktivno mesto se vee ali on ali substrat - nekompetetivni reverzibilni inhibitor: ima dve neodvisni mesti, lahko se veeta oba - ireverzibilna inhibicija: inhibitor se kovalentno vee v aktivno mesto-encim je za vedno neaktiven - helatorji: snovi, ki iz medija odstranijo razline kovinske ione Alosterija pojav, kjer poteka kontrola katalitske funkcije pri regulatornih encimih z efektorji, ki se veejo na encimsko molekulo na mesto, ki je bolj ali manj dale od aktivnega mesta vezavno mesto alosterinega efektorja je obiajno na drugi podenoti encima sistemi, ki so sposobni vplivati sami nase imajo kooperativne pojave kooperativnost: substrat ali efektor v encimu povzroi teke konformacijske spremembe, da l-te vplivajo na aktivno mesto tako, da se spremeni njihova katalitina sposobnost pozitivna kooperativnost: izbolja katalitino sposobnost; negativna jo poslaba homotropina kooperativnost: substrat vpliva na lastno pretvorbo heterotropina kooperativnost: substrat in efektor sta razlini molekuli kooperativni encimi: so takni, kjer se kae delovanje v spremembi vezave substrata ali takni, kjer se spremeni hitrost pretvorbe Kinetino je razlika med MM encimi in alosterinimi encimi v tem: na alosterine encime se vee ve ligandov istoasno, kar povzroi sigmoidno odvisnost encimske aktivnosti od koncentracije liganda sigmoidna kinetika: ena glavnih karakteristik alosterinih encimov pseudokooperativnost: kinetino obnaanje encimov, ki nimajo oligomerne sestave, a vseeno kaejo odstopanja od hiperboline kinetike Hillov koeficient: eksponent v hitrostni enabi alosterinega encima; govori o vrsti in stopnji kooperativnosti; n<1 (negativna), n>1 (pozitivna) in n=1 (hiperbolina odvisnost hitrosti od koncentracije substrata