Graa DNK

1952. 1953.
Bakterijska genetika

BAKTERIJSKI GENOM

PROMENLJIVOST BAKTERIJA

PRENOS GENETSKOG MATERIJALA

Bakterijski genom

* Graa
hromozomska DNK
ekstrahromozomska DNK
mobilne sekvencije DNK

Specifinosti!
samo 1 hromozom (haploidan genom)
nema histona
Bakterijski genom

Specifinosti!
samo 1 hromozom (haploidan genom)
nema histona (dostupan ceo genom)
nemaju introne i ekstrone (kolinearnost
polipeptidni produkata i genoma)
imaju pridruen genetski materijal
(plazmidi)
horizontalni prenos genetskog
materijala!
Struktura DNK
Hromozom bakterija

jedan kontinuirani molekul DNK u

prstenastoj formi
1-10 x 106 bp
izuvijan i dodatno izuvijan
genetski kod triplet baza
replikacija i transkripcija
Hromozom bakterija
Replikacija

proces sinteze novog lanca DNK

semikonzervativno
DNK polimeraza I, II i III
odvajanje lanaca origin
replikaciona viljuka
Replikaciona viljuka
Replikacija

istovremeno na oba lanca i na obe strane

prstena:
kontinuirano u 5'-3' smjeru
diskontinuirano u 3'-5' Okazaki fragmenti
uvijanje i odvajanje terminus
kontrola: DNK polimeraza i endonukleaze
 Transkripcija
proces sinteze RNK prepisivanjem redosleda
nukleotida sa odgovarajueg segmenta DNK
 Transkripcija
RNK polimeraza
promotor poetna pozicija na DNK lancu
vezivanje ribonukleotida (TU) i nastanak
komplementarnog lanca RNK
zavrni kod terminacija transkripcije
dorada primarnog transkripta - RNaze
Transkripcija
Plazmidi

DNK molekule odvojene od hromozoma

(ekstrahromozomska DNK) koje se samostalno
replikuju (autonomni replikoni)
1 do preko 400 Kb
dvolanana, helikoidna, prstenasta DNK
geni za sopstvenu replikaciju (origin
sekvencija, par sekvencija, sekvencija za
kontrolu intenziteta replikacije)
Plazmidi
 Plazmidi

Klasifikacija na osnovu funkcije:

F (fertility) plazmidi konjugativni

R (resistance) plazmidi rezistencija
Virulentni plazmidi enterotoksini E. coli
metaboliki geni lac-plazmid Yersinia
enterocolitica
 Plazmidi - replikacija
autonomno
koriste enzimski aparat elije domaina (DNK
polimeraza III)
gen za kontrolu:
plazmidi sa 1-4 kopije po eliji
plazmidi sa 15-20 kopija po eliji
 Plazmidi

Klasifikacija na osnovu kompatibilnosti:

kompatibilni
inkopatibilni

Klasifikacija na osnovu veliine

Transpozibilni genetski elementi
To su DNK segmenti koji mogu da se premetaju sa
jednog na drugo mesto u bakterijskom
hromozomu, ili sa hromozomske na plazmidsku
DNK i obrnuto

Tri klase:
insercione sekvence
transpozoni
transpozoni udrueni sa bakteriofagom
Transpozibilni genetski elementi
Insercione sekvence
veliine 150 do 2.000 bp
s obe strane invertovani segmenti -
lepljivi krajevi, a u sredini
informacija za sopstveni transfer
transpozaza
integracija i sa hromozomom i sa
plazmidom i sa DNK bakteriofaga
Transpozibilni genetski elementi

Transpozoni 5.000 bp
kompozitni transpozoni
centralni region ogranien sa 2 IS
TnA transpozoni centralna 3
gena ograniena sa kratkim
ponavljajuim sekvencama (30-
40 bp)
Transpozibilni genetski elementi

Transpozoni udrueni sa bakteriofagom

transpozibilni fagi (Mu, D108)
koji koriste transpoziciju kao
fizioloki put reprodukcije
Transpozibilni genetski elementi -
replikacija
uvek u zoni odreenih ciljnih sekvencija
2 naina:
konzervativna transpozicija
transpozicija kojoj prethodi
duplikacija transpozibilnog
elementa (TnA)
Konzervativna transpozicija
Promenljivost bakterija

fenotipske promene
genotipske promene
 Fenotipske promene
adaptacija bakterija na izmenjene uslove
sredine bez promena u genomu
reverzibilne
SR varijacije
znaaj:
ometanje dejstva antibiotika (L
forme)
oteana identifikacija
(Streptococcus pneumoniae)
 Genotipske promene
mutacije nasledne (stabilne) promene
redosleda baza u lancu DNK
Podela:
vidljive ili skrivene
prirodne ili indukovane
mikrolezije (takaste mutacije) ili
makrolezije
Indukovane mutacije
hemijski mutageni
analozi baza (5-bromouracil)
insercija/delecija baza (akridinski derivati)
izmena strukture baza (azotasta kiselina)
fiziki mutageni: toplota, UV i jonizujui zraci
bioloki mutageni: fagi, plazmidi, transpozoni
Prema veliini segmenta DNK koji je
promenjen:
mikrolezije jedan (ree nekoliko) par baza
makrolezije zahvataju velik broj parova baza
mehanizam nastanka makrolezija:
delecija
duplikacija
inverzija
insercija
Mikrolezije takaste mutacije
Delecija
Inverzija
Insercija
Mehanizmi ispravljanja greaka
direktni mehanizam
mehanizam ekscizije
postreplikacioni mehanizam
SOS sistem
 Prenos genetskog materijala
donorska elija
recipijentna elija
sudbina prenetog fragmenta:
uniten (endonukleaze)
opstaje (inkorporiran u hromozom
recipijentne elije ili kao plazmid)
Prenos genetskog materijala
transformacija

transdukcija

konjugacija
 Transformacija
prihvatanje slobodne DNK iz spoljanje sredine i
transport u unutranjost elije

Frederick Griffith, 1928. ispitivanje

karakteristika kapsule i njenog uticaja na
virulenciju Streptococcus pneumoniae
Griffithovi eksperimenti
Transformacija
prirodna
vetaka (arteficijelna)
4 faze:
razvoj kompetencije
vezivanje DNK za receptorsko mesto
vezivanje transportera i transport
rekombinacija
Transformacija
Transformacija
Transformacija
Transdukcija
prenos genetskog
materijala iz
donorske u
recipijentnu eliju
posredstvom
bakteriofaga
bakteriofagi virusi
koji parazitiraju u
bakterijskoj eliji
 Transdukcija
Prema nainu razmnoavanja razlikuju se:

virulentni fagi (litini)

umjereni fagi
 Virulentni fagi
tokom litinog ciklusa fragment bakterijske
DNK upakuje se u kapsid faga
transdukujui fagi (vektori bakterijske DNK iz
donorske u recipijentnu eliju)

generalizovana transdukcija
Generalizovana transdukcija
Umereni fagi
Sposobnost inkorporacije u DNK
bakterije profag lizogena bakterijska
elija

Oslobaanje profaga - hibridni fragment

Restriktivna transdukcija
Restriktivna transdukcija
Restriktivna transdukcija
Restriktivna transdukcija
Restriktivna transdukcija
Restriktivna transdukcija
Restriktivna transdukcija
 Konjugacija
Prenos segmenta DNK koji se obavlja direktnim
kontaktom dve bakterijske elije (donorske i
recipijentne)
Lederberg i Tatum, 1946. eksperiment sa
dva soja E. coli K12 razliitih metabolikih
karakteristika (F+ i F- sojevi!)
konjugativni plazmidi
Konjugacija
4 faze procesa:
Kontakt F+ i F- elije (seks-pili)
Citoplazmatski most, prenos 1
lanca DNK plazmida iz donorske
(F+) u recipijentnu eliju(F-)
Replikacija preostalog lanca DNK
plazmida u donorskoj eliji
Sinteza komplementarnog lanca u
recipijentnoj eliji
Konjugacija
Konjugacija
Konjugacija
Konjugacija
Hfr konjugacija
neki plazmidi imaju sposobnost
reverzibilne integracije u bakterijski
hromozom
otvaranje prstena na oriT poziciji
Hfr rekombinacija varijanta
konjugativnog transfera zapaena po
estim rekombinacijama u toj zoni DNK
Hfr konjugacija
Hfr konjugacija
Hfr konjugacija
Hfr konjugacija
Hfr konjugacija