BİYOFİLM YAPISININ TANIMI

• Antonie van Leeuwenhoek’un, mikroorganizmaları kendi yaptığı ilkel ışık mikroskobunda

keşfinden beri çıplak gözle görülemeyen bu yaşam formları hep merak konusu olmuştu.
Zamanın ilerlemesiyle gelen teknolojik avantajlar mikroorganizmalara daha farklı açılardan
bakmamızı sağlamış ve gelişen teknoloji bize canlıların farklı ortamlarda, farklı formlarda
bulunduğunu göstermiştir.
• Claude E. Zobell 1933’de yaptığı bir çalışmada, bakterilerin besin ortamındaki planktonik
formdan çok, yüzeye tutunmuş halde bulunduklarını kanıtlamıştır. 1970’lerin erken
dönemlerinde Characklis, endüstriyel su sistemlerinde yaptığı çalışmalarda
mikroorganizmaların yüzeye sadece sıkıca tutunmadığını, aynı zamanda yüzeye tutunan
formların klora da oldukça dirençli olduğunu göstermiştir. Bu çalışmalardan itibaren, halk
sağlığını ve gıda endüstrisini olumsuz yönde etkileyen bu durum, yakından takip edilmiş ve
birçok çalışmaya konu olmuştur.
• Bugün biyofilm adı verilen mikroorganizma topluluklarının; katı yüzeylere, kendi ürettikleri hücre
dışı polimerik matriks aracılıyla geri dönüşümlü veya dönüşümsüz olarak bağlanarak yeni bir
yaşam formu oluşturduklarını biliyoruz. Biyofilm yapısı içerisinde mikroorganizmalar EPS
sayesinde antibiyotiklere, dezenfektanlara, metalik katyonlara, ultraviyole ışınlarına ve konak
immün yanıtına karşı korunmuş durumdadırlar (5). Biyofilmler canlı dokular üzerinde, dental
plaklar, üriner kataterler gibi kalıcı medikal ürünler üzerinde, endüstriyel ve temiz su boru
yüzeylerinde veya doğal sucul sistemlerde bulunabilirler.
• Biyofilm yapıları, yüzeye ve çevresel faktörlere bağlı olarak değişiklik gösterebilir. Örnek olarak
içme suyu sistemlerinde oluşan biyofilmler oldukça karmaşık yapıya sahip olup, filamentöz
bakteriler ve temiz su diatomları içerir ve oluşan biyofilm yapısı sistemin korozyonuna sebep olur.
Bununla birlikte medikal ürünler üzerinde oluşan biyofilmler ise, bir ya da birden fazla bakteri
gruplarının EPS ile yüzeye tutunmasıyla oluşur ve çeşitli durumlarda konak organizma için
patojen olabilirler.
• Biyofilm yapılarına uygulanan standart dezenfeksiyon prosedürleri işlevsel
değildir. Çünkü uygulanan yöntemler genellikle bakterilerin planktonik
formları esas alınarak belirlenmektedir. Konağa uygulanan konveksiyonel
antibiyotik tedavileri genellikle başarısızlıkla sonuçlanmaktadır. Bu nedenle,
biyofilm yapıları ile mücadelede son zamanlarda yoğunlaşılan konulardan biri
de kullanılacak dezenfektanlar ve kullanım konsantrasyonlarıdır.
• Mikroorganizmalar doğada ayrı ayrı hücrelerin saf kültürleri halinde
bulunmazlar.
• Çoğunlukla, yüzeylerde ya da ara yüzeylerde akümüle olarak film, mat, flok,
silaj ya da biyofilm gibi polimikrobiyal agregatlar oluştururlar.
• Biyofilm içerisinde mikroorganizmalar %10’dan daha az bir kütleye karşılık
gelirken, matriks bileşenleri bu yapının yaklaşık % 90’ını oluşturur.
• Hücrelerin gömülü olduğu hücre dışı matriks materyalleri çoğunlukla
biyofilmi oluşturan hücreler tarafından üretilir.
• Matriks hücre dışı polimerik bileşenler olarak bilinen farklı tipteki biyopolimerlerin
birikimiyle oluşmaktadır.
• Bu birikim üç boyutlu yapının iskeletini oluşturur.
• Bu iskelet, yüzey adezyonundan ve kohezyondan sorumludur.
• Biyofilm oluşumu, bütünüyle planktonik fazdan farklı bir yaşam biçimidir (Karatan ve
Watnik, 2009).
• EPS’nin çeşitli fonksiyonları biyofilm yaşam biçimine geniş ölçekte katkı sağlamaktadır.
• EPS biyofilm hücrelerini immobilize eder ve bu hücreler birbirlerine olabildiğince yakın
durur.
• Fiziksel yakınlık hücre-hücre iletişimini ve sinerjistik mikrokonsorsiyum gibi
etkileşimleri beraberinde getirir.
• Hücre dışı enzimlerin immobilize edilmesi çok yönlü bir dış sindirim sistemi
meydana getirir ve bu sistem çözünmüş ve partikül yapıdaki bileşenlerin sulu fazdan
alınmasına ve besin-enerji kaynakları olarak kullanılmasına imkan tanır (Das vd.,
2013).
• Matriks aynı zamanda lize edilen hücrelerin bileşenlerini tuttuğu için geri dönüşüm
merkezi olarak da işlev görür. Bu bileşenlerin başında yatay gen transferleri için
kaynak teşkil eden DNA gelmektedir.
• Bazı bileşenleri çok güç metabolize olmasına karşın; EPS, aynı zamanda besinsel bir
kaynak olarak da işlev görür.
• Matriks bileşenlerinin bütünüyle metabolize edilebilmesi için çok çeşitli bir enzim
sistemi gerekmektedir.
• Matriks organizmaları kurumaya, oksidasyona ya da yüklü biyositlere, bazı
antibiyotiklere ve metalik katyonlara, UV radyasyona, birçok protozoon saldırısına
ve konakçının immün savunmasına karşı korur.
• Ekolojik olarak, EPS’deki boşluklara hapsolmuş rekabet ve korporasyon
populasyonların stabil adaptasyonuna olanak sağlar.
• EPS, yapısında birçok polimer içerdiğinden yapısal analizinin tam anlamı ile
yapılması çok güçtür (Flemming vd., 2007).
• EPS biyofilm sistemleri içerisinde mikroorganizmaların tipine, mevcut akış
kuvvetlerine, sıcaklığa ve besinsel bileşenlerin varlığına göre çok geniş bir
çeşitlilik sergilemektedir.
• Flagella, pilus ve fimbriya gibi hücre dışı bakteriyal yapılar matriksin
stabilizasyonuna yardımcı olur (Zogaj vd., 2001).
• Bu yapı ayrıca, Gram negatif bakterilerin dış membranlarından köken alan
membran vezikülleri çeşitli enzimleri ve DNA’yı ihtiva etmektedir.
• Bu bileşenler bazı durumlarda, yok edici veziküllerin rekabetçi biyofilm
organizmalarını hedeflemesi gibi, matriksin niteliklerini değiştirebilmektedir
(Schooling ve Beveridge, 2006).
Biyofilm Yapısının
Oluşum Aşamaları
• Bakteriler doğal ortamlarında planktonik form olarak adlandırılan formda,
herhangi bir yüzeye bağlı olmadan serbest halde yaşarlar. Oksijen, besin
ihtiyacı, radyasyon gibi çevresel koşullardaki değişiklikler bakterilerin
canlılıklarını devam ettirebilmeleri ve bu zorlu koşullara karşı kendilerini
koruyabilmeleri amacıyla biyofilm yapısı oluşturmalarına neden olabilir.
Şartlar uygun olduğunda bakteriler bulundukları biyotik ya da abiyotik
yüzeylere tutunarak bu yapıyı oluşturma eğilimine girerler. Biyofilm yapısının
oluşumu dört ana aşamada incelenebilir. Bu aşamalar;
• 1) Mikrobiyal tutunma,
• 2) Bakteri hücrelerinin EPS üreterek yüzeye bağlanması,
• 3) Koloni oluşturma ve biyofilm yapısının olgunlaşması ve
• 4) Olgun biyofilmdeki hücrelerin göçü basamaklarından oluşmaktadır.
 Mikrobiyal Tutunma

• Biyofilm yapısının oluşumunun ilk aşaması olan mikrobiyal tutunma geri dönüşümlü ve geri dönüşümsüz olarak iki aşamada incelenebilir.
•
• Geri Dönüşümlü Tutunma
• Geri dönüşümlü tutunma bakteri hücreleri ile yüzey arasında zayıf etkileşimler kurularak gerçekleştirilen tutunmadır. Bu tutunmada kuvvetler
zayıf olduğu için bakteri hücresi ile yüzey arasındaki bağ çok çabuk bozulabilir. Bu zayıf etkileşimler genellikle hidrofobik etkileşimler,
elektrostatik güçler ve Van der Walls etkileşimleridir. Geri dönüşümlü tutunmada bakteri hücresi ile yüzey arasında tam bir yapışma söz konusu
değildir .
•
• Geri Dönüşümsüz Tutunma
• Bakteri hücreleri uygun yüzey buldukları zaman biyofilm yapısının oluşturmadan önce yüzeyde yaşamlarını devam ettirmelerini sağlayacak besin
maddeleri aramaya başlarlar. Daha sonra geri dönüşümlü tutunmadan farklı olarak Dipol-Dipol etkileşimleri, kovalent bağlar ve hidrojen bağları
gibi güçlü bağlarla yüzeye bağlanarak geri dönüşümsüz olarak yüzeye tutunma gerçekleştirirler. Bir sonraki aşamada ise bakteri hücreleri kendi
salgıladıkları ekstrasellüler polimerik maddeler ve bazı bakterilerdeki flagella ve pili gibi hücre dışı uzantıları ile yapışma gerçekleştirirler. Sadece
EPS üreten bakterilerde değil, EPS üretimi yapmayan bakterilerin de bu tutunmayı gerçekleştirebildiği araştırmacılar tarafından belirtilmiştir.
Bakteri Hücrelerinin EPS Üreterek Yüzeye
Bağlanması
• Biyofilm içerisinde bulunan bakteri hücreleri, kendi ürettikleri hücre dışı
polimerik maddeler ile hem yüzeye tutunurlar hem de kendilerini çevresel
streslerden, ultraviyole ışımalarından, antibiyotiklerden, protozoon
saldırılarından ve konak immünitesinden korurlar.
• EPS, yüzeye tutunmayı kolaylaştırdığı ve hücreler arasındaki kohezyon
kuvvetini arttırdığı için biyofilm yapısı bakımından oldukça önemlidir.
Bakteri Hücrelerinin EPS Üreterek Yüzeye
Bağlanması
(devam)
• EPS, yaygın olarak bilinenin aksine İngilizcede “exopolymeric substances”
kelimesinin değil, “exopolysaccharides” kelimesinin kısaltmasıdır.
• EPS matriksi başlıca polisakkaritlerden, proteinlerden, nükleik asit ve lipitlerden
oluşur.
• EPS, içinde yukarıda belirttiğimiz dört temel organik bileşenin çok farklı formlarını
barındırabilir.
• Biyofilm yapısı içerisinde sürekli olarak devam eden yaşam döngüsü, bakteri
çeşitliliğine de bağlı olarak EPS’nin farklı tiplerde biyopolimerler içermesine neden
olur.
Bakteri Hücrelerinin EPS Üreterek Yüzeye
Bağlanması
(devam)
• Doğada kendi başına oluşan ve büyüyen bu sistem, EPS sayesinde adeta küçük bir
şehir gibi organize olmuştur.
• Hücreler arasında oluşan su kanalları, besinlerin ve atıkların uzaklaştırılması için kan
dolaşım sistemi gibi görev yapar.
• Lize olmuş bakteri hücrelerinden salınmış genetik materyaller yatay gen transferi için
kaynak oluştururken, bu hücrelerin atıkları da EPS içerisinde geri dönüştürülür ve
biyofilm hücreleri tarafından kullanılır.
• Hücre dışına salınan enzimler EPS içerisinde bu atıkların geri dönüşümünde ve suda
çözünmüş halde bulunan besinlerin hücre içerisine alınmasında rol oynar.
 Koloni Oluşumu ve Biyofilm Yapısının
Olgunlaşması

• EPS sayesinde bakteriler ve yüzey arasında bağlantı kararlı hale geldikten

sonra, bakteriler yüzeyde mikrokoloniler oluştururlar.
• Biyofilm yapısında bakterilerin üremesi ve bu mikrokolonilerin sayıca artması,
EPS’nin organizasyonuna bağladır.
• EPS içerisinde mikroorganizmaların yaşamaları için gerekli düzen kılcal
kanallar aracılığı ile sağlanır.
• Besinler bu kılcal borular içerisinde suda çözünmüş olarak dolaşır.
 Koloni Oluşumu ve Biyofilm Yapısının
Olgunlaşması (devam)
• Bakterilerin toksik atıkları da bu kanallara bırakılır.
• Kanallar içerisindeki dolaşım pasif difüzyon ile sağlanırken, dışarıdan besin maddelerinin
alımı kolaylaştırılmış difüzyon ile gerçekleştirilir.
• Ancak difüzyonun belirli limitlerinin olması nedeniyle, olgun biyofilm yapılarında alt
katmanlarda besin ve oksijen alışverişi oldukça azdır.
• Bu durum alt katmanda bulunan bakterilerin metabolizma hızını etkiler.
• Metabolizma hızının düşmesi ekzopolisakkaritlerin üretimini azaltır ve hücreler alt tabakadan
üst tabakaya doğru göç etme eğilimi göstermeye başlar.
• Mikrokolonilerin bu göç eğilimi biyofilm tabakasına mikroskobik mantar formunda sütun
benzeri yapılar oluşmasına neden olur.
 Olgunlaşan Biyofilmdeki Hücrelerin Göçü

• Biyofilm yapısında bulunan bakteriler farklı bölgelerde yeniden kolonize

olmak için yapıdan koparak ayrılabilirler.

• Hücrelerin biyofilmden göçü farklı mekanizmalarla kontrol edilir.

 Olgunlaşan Biyofilmdeki Hücrelerin Göçü
(devam)
• Göçlerin sebepleri dış etkenlere bağlı olabileceği gibi, iç enzimatik bozulmalar
ve yüzeye bağlanmayı sağlayan proteinlerin yapısında meydana gelen
bozulmalara da bağlı olabilir.
• Bu kopmalar biyofilm yapısının sürekli olarak yenilenmesini sağlarken,
hücrelerin farklı yüzeylerde yeniden biyofilm yapısı oluşmasına yol
açacağından biyofilm mücadelesinde istenmeyen sonuçlara da neden olabilir.
Biyofilm Yapılarından
Nasıl Yaralanabiliriz?
 Nasıl Faydalanabiliriz?
• Yüzeye yapışık biyofilm büyümesi doğadaki bakterilerin ve diğer mikroorganizmaların ortak bir özelliğidir.
• Biyofilmler içinde, organizmalar yüksek yoğunlukta bulunurlar ve polisakkaritler ve diğer molekülleri içeren
bir organik matris içinde paketlenirler.
• Biyofilmler içindeki organizmaların yakınlığı, tek tek organizmalar yerine konsorsiyumların katıldığı birçok
metabolik süreç de dahil olmak üzere, mikrobiyal etkileşimleri ve sinyallemeyi kolaylaştırır.
• Biyofilm büyümesi aynı zamanda mikroorganizmaların kimyasal ve biyolojik streslere dayanmasını sağlar.
Burada, atık su arıtımı, mikrobiyal yakıt hücreleri, taş işlerinin biyolojik onarımı (biyokementasyon) ve
Candida albicans enfeksiyonlarına karşı biyofilm koruması örneklerini kullanarak biyofilmlerin temsili faydalı
yönlerini belgeleyen bazı güncel literatürü gözden geçireceğiz. Son olarak, istenen mikrobiyal ardışıklık ve
faydalı biyofilm oluşumunun, kültür koşullarının ve bakteriyel sinyalizasyonun manipülasyonu yoluyla teşvik
edilebileceği bir kimyasal ekoloji stratejisini ele alacağız
 Nasıl Faydalanabiliriz?
• Biyofilm büyümesi aynı zamanda mikroorganizmaların kimyasal ve biyolojik
streslere dayanmasını sağlar.
• Bu ders kapsamında, atık su arıtımı, mikrobiyal yakıt hücreleri, taş işlerinin
biyolojik onarımı (biyokementasyon) ve Candida albicans enfeksiyonlarına karşı
biyofilm koruması örnekleri üzerinden biyofilmlerin faydalı yönlerini
tartışacağız.
 Yararlı Biyofilm Yapısı
• Yararlı biyofilmler, atık su arıtımında sıkça kullanılır.
• Atıksu içindeki süspanse edilen katı madde, ayrışma öncesinde bakteriyel
biyofilmler tarafından hızla kolonize edilir.
• Biyofilm aracılıklı atık ayrışımı, insan atıklarıyla sınırlı değildir. Aynı zamanda
tarımsal hayvan tesisleri ve gıda işleme fabrikalarında atık su arıtımında da
kullanılmaktadır.
 Atık Suların Temizlenmesinde Biyofilm
Yapılarından Faydalanma
• Burada, atık su bir biyofilm topluluğunun geliştiği bir çakıl yatağına
püskürtülür ve biyofilm içerisindeki mikrobik konsorsiyum, atıksuyun
içindeki organik maddeyi parçalamaktadır.
• Biyofilm topluluklarına bağlı olarak, bu gibi biyofilm biyoreaktörleri ile
organik karbon ve/veya azotun uzaklaştırılması sağlanabilir.
 Atık Suların Temizlenmesinde Biyofilm
Yapılarından Faydalanma
• Su ürünleri yetiştiriciliğinde (örneğin kültür balığı) ve büyük ölçekli
akvaryumlarda artan NH4 + seviyeleri nitrojenli hayvan atıklarından
kaynaklanmaktadır.
• Çözünmüş amonyak, birçok su yaşamı formları için oldukça toksik olabilir ve
bu nedenle NH4 + 'yi daha az toksik NO3'e dönüştürmek için nitrifiye
bakterilerin biyofilmlerini (amonyak oksitleyici ve nitrit oksitleyici bakteriler)
içeren biyolojik filtreler geliştirilmiştir.
 Atık Suların Temizlenmesinde Biyofilm
Yapılarından Faydalanma
• Bazı yeni biyo-reaktörlerde, aerobik nitrifikasyon ve anaerobik denitrifikasyon
işlemleri (NO3-N2'ye indirgeme) kombine edilir, böylece fazladan azotun
sistemden uzaklaştırılması sağlanır.
• Atık su filtreleri ile ilgili teknolojideki son gelişmelere, biyofilmleri
desteklemek için kullanılan materyallerdeki inceltmeler, aşılama parametreleri
ve potansiyel bakteri avcılarının kontrolü dahil edilmiştir.
 Atık Suların Temizlenmesinde Biyofilm
Yapılarından Faydalanma
• Birçok biyolojik reaksiyon, mutlaka elektron akışı ile sonuçlanan oksidasyon
ve indirgeme reaksiyonlarını içerir.
• Sonuç olarak, mikrobiyal yakıt hücrelerinde biyofilm elektron akışının istifade
edilmesi konusunda büyük ilgi var. Bir mikrobiyal yakıt hücresinin
tasarımında
 Biyofilmler: Koruyucu Komüniteler
• Mikrobiyal rekabet, biyofilmler de dahil bakteri popülasyonlarında doğal bir
özelliktir.
• Yüksek organizmaların koruyucu filmler vasıtasıyla biyofilm oluşumunu teşvik ettiği
çeşitli durumlar vardır.
• Bu özelliğin bir örneği yeşil macroalga, Ulva lactuca'dır. Bu organizma, Gram negatif
bir deniz bakterisi olan Pseudoalteromonas tunicate tarafından kolonileşmeyi teşvik eder.
• Bu endofitik bakteri, diğer istenmeyen bakteriler tarafından kolonizasyonu inhibe
eden zehirli boya bileşiklerini üretir.
• Biyofilm yapısının koruyucu olduğu bir başka örnek buğdayda karşımıza
çıkmaktadır.
• Pseudomonas chlororaphis (aureofaciens)buğday üzerinde çoğalarak ve biyofilm
yapısı oluşturarak, buğdayı mantar enfeksiyonlarından korur.
 İnsan Vücudunda Faydalı Biyofilm Var mıdır?

• İnsan vücudunda bulunan mikroorganizmalar bizim mikrobiyotamızı

oluşturur ve sayıları insan vücudundaki hücre sayısından on kat fazladır.
• Mikrobiyomda bulunan bakteriler genellikle dokuların üzerinde ya da
mukozanın içinde biyofilm yapısında bulunurlar.
• Mikrobiyom aracılığı ile insanlar çeşitli enfeksiyonlara karşı korunurlar. Buna
verilebilecek en iyi örnek, mikrobiyom aracılığı ile Clostridium difficile den
korunmadır.
 İnsan Vücudunda Faydalı Biyofilm Var mıdır?

• C. difficile aslında normal floranın bir parçasıdır ancak çok az sayıda bulunur.
Klindamisi,n gibi geniş etki spektrumuna sahip bir antibiyotiğin kullanılması
sonucunda, normal floradaki mikroorganizmaların sayısının azalması ile C.
difficile sayısı artmaya başlar.
• C. difficile'ye karşı normal flora korumasının mekanizmaları ile ilgili birçok
teori öne sürülmüştür fakat bağırsak florasının karmaşıklığına bağlı olarak
korunmanın mekanizmasının tam olarak ne olduğu halen bilinmemektedir.
 İnsan Vücudunda Faydalı Biyofilm Var mıdır?

• Koruyucu biyofilmlere bir diğer örnek, ağız boşluğunun ve dişi üreme

sistemin normal florasının patojen bir mantar olan Candida albicans’a karşı
sağladığı korumadır.

• C. difficile'de olduğu gibi normal floranın azalması, C. albicans'ın fazla

büyümesine ve oral veya vajinal kandidiazise neden olabilir.
 Sonuç
• Biyofilm büyüme modu, 1980'lerin ortalarından günümüze kadar artış gösteren
antimikrobiyal direnç ile ilişkilendirilmiştir
• Biyofilm yapısının olumsuz yönleri birçok tıbbi ve endüstriyel bağlamda tanımlanmıştır.
• Bununla birlikte, biyofilmlerin birçok olumlu yanı da vardır.
• Özellikle atık su arıtımında karbon ve azot giderimi sırasında biyofilm yapılarından
faydalanılmaktadır.
• Biyofilmlerin diğer yararlı uygulamaları arasında, mikrobiyal yakıt hücrelerindeki kullanımı ve
yüksek organizmaların istenmeyen mikroorganizmalara karşı korunması bulunmaktadır.
• Gelecekteki araştırmalardaki zorluklardan biri, bu teknolojiyi rafine etmek ve arzu edilen
biyofilmlerin büyümesini ve kalıcılığını teşvik etmek için protokoller geliştirmek olacaktır.