Regulacija Aktivnosti Gena

Genom i gen
Genom i gen
Genomika oblast mol.biologije koja se bavi

Genom – skup svih nasledih informacija u ćeliji
ispitivanjem strukture i organizacije genoma
Mitohondrijalni genom 0,01%

Jedarni genom 99,99%
37 gena
Molekularna biologija
Genom i gen
 1995. objavljena sekvenca prvog bakterijskog genoma (H. influenzae)
 1996 sekvenciran genom kvasca.
 1997. Sekvencirana E. coli.
 1998. Sekvenciran C. elegans.
 Mart 2000. Celera objavljuje sekvencu D. melanogaster.
 Maj 2000. HGP objavljuje sekvencu hromozoma 21.
 Decembar 2000. Sekvencirana A. thaliana.
Genom i gen
16. februar 2001. Celera

15. februar 2001 HGP publikuje publikuje radni nacrt u
radni nacrt u Nature Science.
Genom i gen
Veličina genoma nije proporcionalna stepenu složenosti organizama
Genomika Komparativni eukariotski genomi

Veličina genoma Godina
Kičmenjaci Broj gena
Mb sekvencioniranja
Homo sapiens 3,200 30,000 2001
Mus musculus 2,600 30,000 2002
Fugu rubripens 365 33,700 2002
Gallus gallus 1,000 20 – 23,000 2004
Genom i gen

Veličina genoma Godina
Beskičmenjaci Broj gena
Mb sekvencioniranja
Drosophila melanogaster 137 13,600 2000
Anopheles gambiae 278 46,000 – 56,000 2002
Gljive
Scbizosaccaromyces pombe 13,8 4,824 2002
Saccharomyces cerevisiae 12,7 5,805 1997
Genom i gen

Godina
Biljke Veličina genoma Mb Broj gena
sekvencioniranja
Arabidopsis thaliana 125 25,498 2000
Oryza sativa 430 41,000 2002
Protisti
Plasmodium falciparum 23 5,300 2002
Genomika
Kvasac Vinska mušica
4% 17%
96% 83%
Sisari
8%
92%
Broj gena koji sadrži introne raste sa

evolutivnom složenošću organizama
Genom i gen
1 Geni koji kodiraju pojedine polipeptide – prepisivanjem nastaje iRNK

- STRUKTURNI GENI
2 Geni čijim prepisivanjem nastaje rRNK i tRNK

- STRUKTURNI GENI
3 NEKODIRAJUĆE SEKVENCE DNK ( ranije smeće DNK)

- REGULATORNE SEKVENCE ( sadrže uputstva za razviće organizama)
- SPARIVANJE HOMOLOGIH HROMOZOMA TOKOM MEJOZE
Genom i gen
GENOM je organizovan tako da u njemu postoje :
1. PONOVLJENE (REPETITIVNE) sekvence koje se ponavljaju više puta u jednom

haploidnom setu hromozoma. Ne postoje kod prokariota. Mogu biti:
1a. MNOGOSTRUKO PONOVLJENE SEKVENCE
1b.SREDNJE (INTERMEDIJARNO) PONOVLJENE SEKVENCE
2. JEDINSTVENE SEKVENCE
Genom i gen
1a.MNOGOSTRUKO PONOVLJENE SEKVENCE javljaju se u hiljadama i milionima puta
 Predstavljaju nekodirajući deo genoma

 Nazivaju se (neopravdano) i ‘’ DNK smeće ‘’
SATELITI
su kratke sekvence od nekoliko nukleotida koje se uzastopno ponavljaju i predstavljaju
visoko ponovljene sekvence
Smatra se da učestvuju u sparivanju homologih hromozoma, kao i održavanju strukture
hromozoma
Genom i gen
1b. SREDNJE (INTERMEDIJARNO) PONOVLJENE SEKVENCE
Predstavljaju sekvence koje su ponovljene umereni broj puta

Rasute su po celom genomu u obliku kraćih ili dužih ponovljenih nizova
Čine ih :
1.UZASTOPNO PONOVLJENI GENI
2.FAMILIJE GENA
3. POKRETNI GENETIČKI ELEMENTI
Genom i gen
UZASTOPNO PONOVLJENI GENI
Geni za rRNK ( 350 kopija )

nalaze se na kratkim kracima svih
akrocentričnih autozoma tj. na
hromozomima 13, 14, 15, 21 i 22
Akrocentrični hromozomi
nose gene za sintezu rRNK.
Geni za tRNK ( 1310 kopija) 3 različita gena u 350 kopija
gena
1310 kopija gena za tRNK
Genom i gen
FAMILIJE GENA
Sastoje se od članova koji imaju sličnu strukturu a koji su nastali duplikacijama

predačkog gena, koje su tokom vremena mutirale na različite načine.
I njihovi produkti odlikuju se sličnom primarnom strukturom i pripadaju familiji
proteina.
POKRETNI GENETIČKI ELEMENTI
su nizovi nukleotida koji menjaju mesto u genomu

Nazivaju se transpozoni (‘’skoči-geni’’)
Genom i gen
2. JEDINSTVENE SEKVENCE
Geni koji su prisutni samo jednom u okviru jednog haploidnog seta

hromozoma
U humanom genomu geni koji kodiraju većinu polipeptida su

jedinstvene sekvence
U genomima višećelijskih organizama, jedinstvene sekvence čine 25

-50% ukupnog broja gena
Genom i gen
Količina DNK u genomu eukariota daleko premašuje zbir gena koji kodiraju sve proteine prisutne u ćelijama.
To znači da deo genoma sadrži nizove nukleotida koji ne nose šifru za sintezu proteina.
Segmenti gena koji sadrže informaciju za sintezu proteina su nazvani EGZONI, a nekodirajući nizovi između
njih su INTRONI
Geni prokariota su kontinuirani – sadrže samo kodirajuće sekvence
ATACCGATGAAACAGGACCACACCTTACGCCGAAATTTAGCCCAGCTAGACATT
Kod prokariota introni ne postoje ili ima vrlo mali broj introna, pa su njihovi geni neprekinuti nizovi
kodirajućih nukleotida.
Genom i gen
Geni eukariota su diskontinuirani (mozaični, modularni) – sadrže kodirajuće– EGZONI i nekodirajuće
sekvence - INTRONI
5’ kraj 3’ kraj
E1 I1 E2 I2 E3 I3 E4 I4
E1 E2 E3 E4
E1 E2 E3
E1 E2 E4
Kombinacijom 4 egzona može da nastane 11 različitih polipeptida
Najveći gen u genomu čoveka je gen koji kodira mišićni protein distrofin; distrofin je
veliki protein (sadrži 3685 aminokiselina) pa je i gen koji ga kodira ogroman. Introni
kojih ima 79 u njemu zauzimaju više od 99% ukupne dužine a egzoni ostalih 1%.
Genomika
Kvasac Vinska mušica
4% 17%
96% 83%
Sisari
8%
92%
Broj gena koji sadrži introne raste sa

evolutivnom složenošću organizama
REGULACIJA AKTIVNOSTI GENA
Regulacija aktivnosti gena
 Sve ćelije jednog višećelijskog organizma sadrže iste gene.
 Različiti geni u različitim ćelijama aktivni.
 Različiti geni aktivni u različitim periodima ontogeneze.

Ova oblast molekularne biologije se bavi mehanizmima koji regulišu tj. upravljaju
procesima koji dovode do aktivnosti gena.
To je i najteži deo molekularne biologije jer su ti mehanizmi kontrole i regulacije
izuzetno složeni.
Ekspresija gena = sinteza funkcionalnog produkta

Krajnji cilj ekspresije ili aktivnosti gena jeste stvaranje njegovog funkcionalnog
produkta, odnosno, funkcionalnog proteina.

U svakoj ćeliji jednog organizma postoje geni koji moraju uvek biti
aktivni – to su oni geni čiji su produkti esencijalni za život jedne ćelije,
tj. koji su neophodni svakoj ćeliji u svakom trenutku housekeeping geni.
• aktivni geni u skoro svim ćelijama:

proteini citoskeleta, histoni, nehistonski
proteini hromatina, proteini retikuluma
ribozomalni proteini, enzimi glavnih
metaboličkih puteva
Medjutim, veliki broj proteina je potreban samo u specifičnom trenutku

ili pod specifičnim okolnostima i zato aktivnost gena koji kodiraju takve
gene mora biti regulisana i uskladjena sa potrebama.

Laktoza prisutna u podlozi
Laktoza
Laktoza vezana za
represor Represorni protein
RNK polimeraza
Transkripcija
iRNK
Translacija
Enzim koji razlaže laktozu je

prisutan

Bakterijska ćelija
Hromozom Laktozni operon
Skrukturni geni
Promotor Operator
DNK
Bez laktoze u podlozi
RNK polimeraza
DNK
Represorni protein
Transkripcija
iRNK

Kod eukariota postoji veći broj nivoa na kojima se može vršiti regulacija genske aktivnosti, i to su :
1. kondenzacija hromatina
2. transkripcija
kondenzacija
hromatina
3. obrada pre-iRNK
4. transport u citoplazmu
regulacija
5. degradacija iRNK transkripcije
6. translacija
7. posttranslaciona obrada obrada primarnog

transkripta
8. degradacija proteina

4. transport u citoplazmu
5. degradacija iRNK
6. translacija
transport zrele
7. posttranslaciona obrada iR.N.K. u citoplazmu
proteina i degradacija
iR.N.K.
8. degradacija proteina
kontrola
translacije
posttranslaciona
obrada proteina
degradacija proteina

1. REGULACIJA NIVOA KONDENZACIJE HROMATINA

Struktura hromatina igra važnu ulogu u regulaciji ekspresije eukariotskih gena. Nivoi organizacije
hromatina , kao što su nukleozomalno vlakno i hromatinsko vlakno, ne ometaju transkripciju ali svi viši
nivoi ‘’pakovanja’’ hromatina je sprečavaju.
Kondezovani hromatin
Nekondezovani hromatin
Transkripciono aktivniji regioni

hromatina imaju manje kondezovanu
strukturu koja omogućuje pristup
R.N.K. polimerazi i drugim
regulatornim molekulima.

Heterohromatin je kondenzovan (spiralni

navoji DNK su zbijeni) pa je zbog toga
Jedarova
opna tamnije obojen i lako se uočava u jedru.
Euhromatin je difuzan (rasplinut – manje
Jedarce
su zbijeni navoji DNK) pa je usled toga
svetlije obojen.
Ćelije koje intenzivno sintetišu neki
protein imaju malo heterohromatina, a
dosta euhromatina – njihova jedra su
Euhromatin
nekondezovani
svetlija, jer je
hromatin HETEROHROMATIN NAJVEĆIM
DELOM NEAKTIVAN U
TRANSKRIPCIJI, DOK JE
Heterohromatin EUHROMATIN AKTIVAN.
kondezovani
hromatin

Faktori koji utiču na ekspresiju gena a pri tom nisu odredjeni sekvencom nukleotida na DNK (što znači da
nisu genetski faktori), nazivaju se EPIGENETSKI FAKTORI.
Najvažniji epigenetski faktori su metilacija DNK i acetilacija histona.
Metilacija DNK povećava stepen kondenzovanosti hromatina i samim tim smanjuje transkripcijsku
aktivnost. Demetilacija DNK dovodi do dekondenzacije hromatina i čini regione transkripcijski aktivnim.
Acetilacija histona dovodi do dekondezacija i povećanja transkripcijske aktivnosti a deacetilacija histona

ima suprotan efekat.
TRANSKRIPCIONO TRANSKRIPCIONO
AKTIVNI REGIONI NEAKTIVNI REGIONI
DNK metilacija deacetilacija
DNK demetilacija acetilacija

Acetilacija histona
Bez Acetilacije
Kondezovani
nukleozomski paketi
Acetilacija
D.N.K. Dostupna za
transkripciju

2. REGULACIJA NA NIVOU TRANSKRIPCIJE
Predstavlja najvažniji nivo regulacije genske aktivnosti i on se odnosi na to da li će se neki gen uopšte
transkribovati ili ne.
Kontrola transkripcije kod eukariota podrazumeva kako kontrolu početka, tako i kontrolu brzine odvijanja
transkripcije.
Osnovna regulatorna sekvenca svakog gena je njegov PROMOTOR, a za promotor se vezuju

regulatorni proteini koji se nazivaju OPŠTI TRANSKRIPCIONI FAKTORI.
Bez opštih transkripcionih faktora nema transkripcije kod eukariota jer bez njihove pomoći enzim
RNK polimeraza, koji vrši transkripciju, ne ume da prepozna promotor i da se za njega veže.
To znači da promotor i opšti transkripcioni faktori zajedno odredjuju da li će se neki gen uopšte
transkribovati ili ne.

TRANSKRIPTAZA
(RNK POLIMERAZA
II)
OPŠTI TRANSKRIPCIONI FAKTORI

(proteini)
PROMOTOR

Promotor
Pojačivač
Transkriptaza
Stimulatorski nizovi nukleotida u DNK (enhenseri – pojačivači) predstavljaju DNK sekvence koje nakon
vezivanja regulatornih proteina dovode do naglog porasta aktivnosti gena.
Ovi nizovi nukleotida mogu se nalaziti blizu operona ili na hiljade baznih parova (do 50 000) uzvodno ili
nizvodno od gena čiju aktivnost povećavaju.
Mogu pojačati stopu transkripcije i do 200 puta.
Utišivači imaju suprotan efekat od pojačivača, smanjuju stopu transkripcije.

Pojačivači
specifični
transkripcioni
faktori.
specifični
transkripcioni
faktori.
Rnk
specifični polimeraza
transkripcioni II
faktori.
Za pojačivače i utišivače se vezuju regulatorni proteini koji se nazivaju specifični transkripcioni faktori.
Pojačivači ili utišivači i za njih vezani specifični transkripcioni faktori, zajedno mogu da utiču na nivo
transkripcije, tj. da ga povećavaju ili smanjuju.

DNK
Kada se specifični transkripcioni faktori

1 Pojačivač Promotor Gen
vežu za, na primer, pojačivač, dolazi do
savijanja molekula DNK usled čega taj
pojačivač dolazi u blizinu promotora Specifični
gena na koji deluje. Tada će pojačivač transkripcioni
početi da ‘’privlači’’ u tu regiju opšte faktori
transkripcione faktore a kada se njihov Opšti transkripcioni
nivo poveća, oni će se češće vezivati za Opšti transkripcioni faktori
promotor tog gena i tako će se povećati faktori
nivo njegove transkripcije.
Ako se radi o utišivačima, efekat će biti
2
suprotan, tj. doći će do smanjenja nivoa
Transkriptaza
opštih transkripcionih faktora u tom
regionu a samim tim će se smanjiti i nivo
transkripcije gena koji je meta
delovanja ovog regulacionog mehanizma.
3
Početak transkripcije

4. transport u citoplazmu 5. degradacija iRNK
I nakon formiranja zrele iRNK, postoje mogućnosti regulacije genske aktivnosti.
Zrela iRNK mora da napusti jedro i ode u citoplazmu gde jedino može biti translatovana. Ako
nešto spreči njen prelazak u citoplazmu, ona neće moći da se prevede u polipeptid.
Važno je i koliko dugo iRNK ostaje živa u citoplazmi (jer što duže živi, više će puta moći da se
translatuje i tako će dati više svog produkta).
Prema tome, sve što može da utiče na dužinu života iRNK u citoplazmi, uticaće i na to koliko će
se produkta te iRNK dobiti.

6. translacija
Sinteza hemoglobina u eritrocitima kontrolisana je količinom neproteinskog dela hemoglobina (hem).
U odsustvu hema nema ni translacije proteinskog dela hemoglobina (globina).
Na ovaj način eritrociti usklađuju translaciju trenutnim potrebama ćelije.
Fosforilacija proteina koji Neaktivan protein i

Bez hema Enzim započinje sintezu globinskih translacija prekinuta
lanaca
Aktivan protein koji

Deaktivacija Translacija i sinteza
Hem prisutan započinje sintezu globinskih
enzima globinskih lanaca
lanaca

7,8. posttranslaciona obrada proteina i degradacija proteina

Osnovni ciljevi post-translacionih modifikacija:
a) stvaranje funkcionalno aktivnog proteina
b) usmeravanje sintetisanog proteina na njegovo mesto delovanja
Proteolitičko razlaganje
1) uklanjanje metionina
2) ograničena proteoliza, obrada neaktivnih proteina tzv. proproteina
( tripsinogen tripsin , himotripsinogen himotripsin )
3) Obrada poliproteina (jedan polipeptidni lanac koji sadrži više proteina,
proopiomelanokortin-obradom nastaje najmanje 8 različitih polipeptidnih hormona)
Kovalentne modifikacije – više od 150 različitih modifikacija amino-kis. u sastavu

proteina
1.fosforilacija – katalizuje je proteinske kinaze koja sa ATP_a fosfatnu grupu prenose na
serinske, tirozinske i treoninske ostatke u proteinu. Fosforilacija može stimulisati ili
smanjiti biološku aktivnost proteina.
2. glikozilacija
3. acetilacija

Regulacija Aktivnosti Gena

Uploaded by

Document Information

Copyright

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Regulacija Aktivnosti Gena

Uploaded by

Copyright:

Genom i gen

Genomika oblast mol.biologije koja se bavi

Mitohondrijalni genom 0,01%

 1995. objavljena sekvenca prvog bakterijskog genoma (H. influenzae)

 1996 sekvenciran genom kvasca.

 1997. Sekvencirana E. coli.

 1998. Sekvenciran C. elegans.

 Mart 2000. Celera objavljuje sekvencu D. melanogaster.

 Maj 2000. HGP objavljuje sekvencu hromozoma 21.

 Decembar 2000. Sekvencirana A. thaliana.

16. februar 2001. Celera

Veličina genoma nije proporcionalna stepenu složenosti organizama

Genomika Komparativni eukariotski genomi

Homo sapiens 3,200 30,000 2001

Mus musculus 2,600 30,000 2002

Fugu rubripens 365 33,700 2002

Gallus gallus 1,000 20 – 23,000 2004

Genomika Komparativni eukariotski genomi

Drosophila melanogaster 137 13,600 2000

Anopheles gambiae 278 46,000 – 56,000 2002

Scbizosaccaromyces pombe 13,8 4,824 2002

Saccharomyces cerevisiae 12,7 5,805 1997

Genomika Komparativni eukariotski genomi

Arabidopsis thaliana 125 25,498 2000

Oryza sativa 430 41,000 2002

Plasmodium falciparum 23 5,300 2002

Kvasac Vinska mušica

Broj gena koji sadrži introne raste sa

1 Geni koji kodiraju pojedine polipeptide – prepisivanjem nastaje iRNK

2 Geni čijim prepisivanjem nastaje rRNK i tRNK

3 NEKODIRAJUĆE SEKVENCE DNK ( ranije smeće DNK)

GENOM je organizovan tako da u njemu postoje :

1. PONOVLJENE (REPETITIVNE) sekvence koje se ponavljaju više puta u jednom

1a. MNOGOSTRUKO PONOVLJENE SEKVENCE

1b.SREDNJE (INTERMEDIJARNO) PONOVLJENE SEKVENCE

1a.MNOGOSTRUKO PONOVLJENE SEKVENCE javljaju se u hiljadama i milionima puta

 Predstavljaju nekodirajući deo genoma

1b. SREDNJE (INTERMEDIJARNO) PONOVLJENE SEKVENCE

Predstavljaju sekvence koje su ponovljene umereni broj puta

1.UZASTOPNO PONOVLJENI GENI

3. POKRETNI GENETIČKI ELEMENTI

UZASTOPNO PONOVLJENI GENI

Geni za rRNK ( 350 kopija )

1310 kopija gena za tRNK

Sastoje se od članova koji imaju sličnu strukturu a koji su nastali duplikacijama

POKRETNI GENETIČKI ELEMENTI

su nizovi nukleotida koji menjaju mesto u genomu

Geni koji su prisutni samo jednom u okviru jednog haploidnog seta

U humanom genomu geni koji kodiraju većinu polipeptida su

U genomima višećelijskih organizama, jedinstvene sekvence čine 25

Geni prokariota su kontinuirani – sadrže samo kodirajuće sekvence

Kombinacijom 4 egzona može da nastane 11 različitih polipeptida

Kvasac Vinska mušica

Broj gena koji sadrži introne raste sa

 Sve ćelije jednog višećelijskog organizma sadrže iste gene.

 Različiti geni u različitim ćelijama aktivni.

 Različiti geni aktivni u različitim periodima ontogeneze.

Regulacija aktivnosti gena

Ekspresija gena = sinteza funkcionalnog produkta

Regulacija aktivnosti gena

• aktivni geni u skoro svim ćelijama:

Medjutim, veliki broj proteina je potreban samo u specifičnom trenutku

Regulacija aktivnosti gena

Laktoza prisutna u podlozi

Enzim koji razlaže laktozu je

Regulacija aktivnosti gena

Bez laktoze u podlozi