Enzimlerin Yapısı ve Adlandırılması

Dr. Behice ZEREN

Moleküler Biyolog
ORCID ID: 0000-0003-1163-9793
Enzimler doğal olarak canlılar tarafından sentezlenen protein yapısında ya

da bir kısmı protein olan spesifik biyokatalizörlerdir.

Protein yapısına istisna olarak bazı RNA tipleri de enzim özelliği gösterir.

Bunlar, fosfodiester bağlarının yıkımı ve sentezi esnasında enzim gibi

davranabilirler. Katalitik etkiye sahip bu RNA tiplerine ribozim denir.

Canlı sistemde metabolizmayı oluşturan tüm biyokimyasal reaksiyonların

neredeyse tamamında görev yapan bu kompleks organik moleküller ilgili

reaksiyonların hızını ve özgüllüğünü düzenler. Bununla birlikte enzimler

sadece canlı hücrelerde aktivite göstermezler. Bunlardan bazıları hücreden

ayrılabilir ve fonksiyonlarına in vitro devam edebilir.

Enzimin etki ettiği bileşiğe substrat denir.

Reaksiyon sonunda meydana gelen maddeye ise ürün denir.

Çoğu enzim etki ettiği substrattan çok daha büyüktür.

Enzimin sadece ufak bir bölgesi (3-4 amino asit) kataliz ile doğrudan ilişkilidir.

Bu bölge aktif merkez olarak adlandırılır. Oluk/yarık şeklindedir.

Aktif merkezde bağlanma bölgesi ve katalitik aktivite bölgesi vardır.

Aktif Merkez

Bağlanma bölgesi Katalitik aktivite bölgesi

Primer yapıda farklı sıradaki aminoasitler katlanma, bükülme ve kırılmalar sonucu bir araya gelerek aktif
bölgeyi oluşturur.Aktif bölge hem polar hem de nonpolar aminoasitler içerebilir.

En çok serin, sistein, histidin, lizin, aspartat, glutamat içerir.

Bağlanma bölgesi substratın bağlandığı bölgedir.

Katalitik aktivite bölgesi substratın dönüşüme uğratıldığı bölgedir.

Çoğu enzimin katalitik aktivite bölgesinde serin, sistein, histidin, lizin, tirozin bulunur.

Yani aktif merkez, substratın buraya doğru bağlanmasını sağlayacak ve katalitik süreçte görev

yapacak aminoasit yan zincirlerinden oluşur.

Aktif merkez reaksiyon mekanizmasını değiştirerek reaksiyonun aktivasyon enerjisini azaltır.

Bağlanmada etkin olan kuvvetler hidrojen bağları, hidrofobik etkileşimler, iyonik

etkileşimler ve geçici kovalent bağlardır.

Ürün, genelde aktif merkezde kararlı değildir ve oradan salınır, bunun sonucunda
enzim başlangıçtaki hâline geri döner.
Enzimlerin kimyasal katalizörlerden en büyük farkı özgül (spesifik) olmalarıdır.

Enzimlerin reaksiyon ve substrat spesifikliği olmak üzere iki önemli özgüllükleri bulunmaktadır.

Enzim reaksiyon spesifikliği, substratın birçok değişim reaksiyonu mümkün iken, enzimin

substratı bu yollardan sadece birine göre katalize etmesidir.

Enzimlerin substrat spesifikliği, bir ortamda bulunan ve yapıları birbirine çok benzeyen

çeşitli substratlardan yalnız biriyle reaksiyon vermeleridir. Substrat spesifikliğinin enzimin

protein kısmı tarafından gerçekleştirildiği kabul edilmektedir.

Enzimler kimyasal açıdan protein ana yapısındadır. Bazı enzimler aktivite için, protein yapıyı

oluşturan amino asit rezidülerinden başka komponente ihtiyaç duymaz. Bazı enzimler ise bu

protein yapıya protein olmayan organik/inorganik moleküller bağlanarak proteid yapıyı

oluşturur.

*Enzimin sadece proteinden oluşmuş inaktif kısmına apoprotein /apoenzim denir.

*Enzimlerin aktivite gösterebilmesi için gerekli olan, protein yapıda olmayan genellikle metal

iyonlarından (Fe2+, Mg2+, Mn2+, Zn2+ ) oluşan yan gruplarına kofaktör denir.

*Enzimlerin aktivite gösterebilmesi için gereksinim duyduğu kompleks organik moleküllere ise

koenzim denir.

*Enzimin tüm koenzim,kofaktörleri içeren katalitik açıdan aktif haline ise holoenzim denir.
Kofaktör terimi inorganik ve organik molekülleri içeren daha genel bir

ifadedir.Koenzim ise özellikle organik molekülleri ifade eden kofaktör çeşitidir.

Yani kofaktör bazı enzimler için bir veya daha fazla inorganik iyon; bazı enzimler

için ise koenzim denilen bir organik veya metalloorganik kompleks bir moleküldür. En

önemli koenzim grubu vitaminlerdir. (Örneğin niacin , riboflavin gibi diğer suda

çözünen vitaminlerdir.)
Apoenzim ve kofaktör tek başına etkin değildir.

Holoenzim katalitik açıdan etkindir.

NOT:Bir koenzim yada kofaktör birden çok apoenzimle çalışabilir.

Koenzim enzime çok sıkı bağlanmış olabildiği gibi çok gevşek olarak da bağlanmış olabilir.

Koenzimlerin enzim proteinine çok sıkı bir şekilde, kovalent olarak bağlı olup enzim

proteininden ayrılmayanlarına prostetik grup denir.

Prostetik grup ve apoenzim birlikteliğine de holoenzim (aktif enzim) denir.

Koenzimlerin enzim proteinine çok gevşek bir şekilde nonkovalent olarak bağlı olup enzim

proteininden ayrılabilenleri kosubstrat olarak adlandırılırlar.

Koenzimler, fonksiyonlarına göre genellikle üç grupta incelenebilirler;

1)Hidrojen ve elektron transfer eden koenzimler

*Yapısında nikotinamid içerenler

Nikotinamid adenin dinükleotid (okside şekli NAD +, redüe şekli NADH) ve nikotinamid adenin dinükleotid fosfat (okside şekli

NADP+, redüe şekli NADPH)

*Yapısında flavin içerenler

Flavin adenin dinükleotid (okside şekli FAD, redüe şekli FADH 2) ve flavin mononükleotid (okside şekli FMN, redüe şekli

FMNH2)

*Koenzim Q, Demir porfirinler (sitokromlarda), Demir-kükürt proteinleri, -Lipoik asit

2)Fonksiyonel grup transfer eden koenzimler

Piridoksal-5-fosfat (PLP), tiyamin pirofosfat (TPP), koenzim A (CoASH), -lipoik asit, biotin (vitamin H), tetrahidrofolat (H 4-folat) ve

koenzim B12 (5'-deoksiadenozil kobalamin)

3)Liyaz, izomeraz ve ligazların koenzimleri

*Enzimlerin primer yapısı protein zincirindeki aminoasit diziliş sırasını ifade eder.

Doğal proteinlerin yapısına 20 amino asit katılır.Bunlar birbirine kovalent olarak peptid

bağlarıyla bağlanır.Ayrıca primer yapının oluşumunda peptid bağlarındaki mezomeri ve C=O

grubu oksijeni ile NH-grubu hidrojeni arasında meydana gelen hidrojen köprü bağları önemli bir

yer tutar.
*Enzimlerin sekonder yapısı bir protein zincirindeki amino asitlerin R- grupları

dikkate alınmaksızın zincirin uzaydaki konformasyonunu ifade eder. Sekonder

yapının oluşumu büyük ölçüde protein zincirinin primer yapısı tarafından belirlenir.

Bir proteinin dolayısıyla bir enzimin sekonder yapısı α-heliks ve β-katlanmış yaprak

yapısı olmak üzere iki ana gruptan oluşabilmektedir.

Sekonder yapının oluşumunda özellikle hidrojen bağları görev alır.

α-heliks yapı oluşumunda hidrojen bağları görev alır.

β-katlanmış yaprak yapısının oluşumunda hidrojen ve peptid bağları görev alır.

*Enzimlerin tersiyer yapısı üç boyutlu yapısının oluşumunda son derece etkilidir. Bir

enzimin tersiyer yapısı, o enzimin protein zincirinde yer alan aminoasitlerin R-

gruplarının da dikkate alınarak uzaydaki konumunun belirlenmesidir.

Bu konumu protein zincirindeki hidrojen köprü bağları, disülfit köprüleri, iyonik

ilişkiler ve hidrofobik etkileşimler belirlemektedir.

*Birden fazla alt birimden oluşan enzimlerde kuarterner yapı görülür.

Bilindiği gibi pek çok enzim alt birim olarak ifade edilen birden çok

polipeptid zincirinden meydana gelir. Bu polipeptid zincirleri arasındaki ilişki

ve toplam molekülün uzaydaki konformasyonu enzimin kuarterner yapısını

oluşturur.
Enzimlerin katalitik aktiviteleri, doğal protein konformasyonlarının

bütünlüğüne bağlıdır; bir enzim denatüre edilirse veya alt ünitelerine

ayrıştırılırsa katalitik aktivitesi genellikle kaybolur; bir enzim amino asit

komponentlerine yıkılırsa katalitik aktivitesi daima bozulur. Bu nedenle;

enzim proteinlerinin primer, sekonder, tersiyer ve kuarterner yapıları,

katalitik aktiviteleri için esastır.

Enzimlerin adlandırılması
1)Klasik adlandırma(Geleneksel adlandırma)

Enzimler, etki ettiği moleküllerin isimlerinin sonuna “ –ase=az ” eki getirilerek ya

da katalizlediği tepkimenin çeşidine göre isimlendirilirler.

•Üreaz Üre hidrolizi

•Amilaz Nişasta(amilon) hidrolizi

•Lipaz Yağ(lipos) hidrolizi

•DNA Polimeraz DNA oluşturmak üzere nükleotidlerin polimerleşmesi

Bazı enzimler ise işlevi ve substratından bağımsız olarak isimlendirilmiştir.

Örn; Pepsin , tripsin , pityalin

Enzim aktif ise substratın yada kotalizlediği tepkimenin sonuna “-az” eki getirilir.

Örnek: Maltaz

Enzim aktif değil ise “-jen” eki getirilir.

Örnek: Tripsinojen, pepsinojen

Hücre dışında görev yapan bazı enzimler, bulundukları yere zarar vermemeleri için aktif olamayan

öncül moleküller şeklinde sentez edilirler. Bu moleküllere proenzim veya zimojen adı verilmektedir.

Zimojen aktivasyonu bir veya birkaç peptid bağının koparılması ile olur.

Örnek: Pankreasta sentezlenen tripsinojen (inaktif) etki gösterdiği barsaklara salgılandığında peptid

bağları kırılır ve aktif şekle dönüşür.

Tripsinojen Tripsin
(İnaktif) (Aktif)
2) Sistematik adlandırma
Dünyanın birçok yerinde enzimlerle ilgili çalışmalar yapan araştırmacıların aynı enzime farklı
adlar vermelerinden ötürü isimlendirmede bir karışıklık olmaktaydı. Ayrıca birçok enzimin
katalizlediği reaksiyonlarla ilgili herhangi bir bilgi içermemesi de bu karışıklığı arttırmaktaydı.
Bu gibi nedenlerden dolayı düzenlemenin yapılması amacı ile 1956 yılında Uluslararası Enzim
Komisyonu kurulmuş ve ilk raporunu 1961 yılında yayınlamıştır.Ayrıca 1977 ile 1984 yıllarında
bir takım gerekli düzenlemeleri yaparak raporu tekrar yenilenmiştir.

Enzim komisyonu enzimleri adlandırılmasında üç temel ilkeyi benimsemiştir.

*Enzimlerin isimleri –az son ekini alır(Örn;üreaz).Birden fazla enzimden oluşan enzim sistemleri ise –az

sistemi eki alır(Örn;yağ asidi sentaz multienzim sistemi).

*Enzimler katalizledikleri reaksiyona göre adlandırılır ve sınıflandırılırlar.Aynı fonksiyonu gösteren farklı

kaynaklardan elde edilen enzimler genellikle aynı adı alır.

*Birbiriden farklı tipte birden çok reaksiyon adımı katalizleyen enzimler adlandırılırken katalizlenen ilk

reaksiyon adımı esas alınır.

Sistemetik isim = substrat adı + katalizlenen reaksiyon tipi + -az eki

Enzim komisyonu raporuna göre enzimler katalizledikleri reaksiyona göre 6 ana gruba

ayrılmaktadır ve kod numaraları ile tanımlanmaktadırlar. EC ön eki ile başlayan kod numaraları

noktalarla birbirinden ayrılmış 4 temel rakamla ifade edilmektedir.

NOT: 1961 yılından 2018 yılına kadar enzimler 6 sınıf ayrılmış, fakat 2018 yılında sınıf sayısı

7’ye yükseltilmiştir. EC 7.x.x.x grubu Translokazlar olarak isimlendirilmiştir.

İlk rakam enzimin altı sınıftan hangisine ait olduğunu

İkinci rakam enzimin alt sınıfını (Subclass)

Üçüncü rakam enzimin ikinci alt grubunu (Sub-Subclass)

Dördüncü rakam enzimin sub-subclass içindeki seri numarasını ifade eder.

Sistematik İsimlendirme:

ATP + D-Glukoz ADP + D-Glukoz-6-Fosfat

Önerilen isim: Hekzokinaz

Enzim kodu: EC 2.7.1.1

Sistematik isim: ATP: glukoz fosfotransferaz

EC 2.7.1.1
İlk numara: Reaksiyon tipini açıklar (Ana sınıf)

Transferaz sınıfı
İkinci numara: Alt sınıf

Fosfotransferaz
Üçüncü numara:Alt alt sınıf
(OH)Hidroksil grubunun alıcı olduğu fosfotransferaz

Dördüncü numara:Enzim için spesifiktir. Enzimin listeye girdiği seri numarasıdır. Ayrıca fosfat
grubunun D-glukoza aktarıldığını açıklar.
1.OKSİDOREDÜKTAZLAR
Oksidasyon (yükseltgenme) ve redüksiyon (indirgenme)
reaksiyonlarını katalizleyen enzimlerdir. Dehidrogenaz ve
oksidazlar, substrat olarak, hidrojen ve elektron
vericileri kullanırlar.

AYÜK + BİND AİND + BYÜK

oksido-redüksiyon
1.1 CH-OH grubuna etki eder.
1.2 C-O grubuna etki eder.
1.3 C-CH grubuna etki eder.
1.4 C-NH2 grubuna etki eder.
1.5 CH-NH grubuna etki eder.

1.1.1.1 Alkol dehidrojenaz

1.1.1.27 Laktat dehidrojenaz

1.1.3.4 Glukoz oksidaz

1.6.4.2 Glutatyon redüktaz

1.11.1.6 Katalaz
Bir molekülden H+kopararak, o molekülün yükseltgenmesini; bir başka
moleküle H+’i aktararak o molekülün indirgenmesini katalizlerler.

Örnek: LDH
(Laktat Dehidrogenaz)
CH3 CH COO‫ ־‬+ NAD+ CH3 C COO‫ ־‬+ NADH +H+

OH O

Piruvat
Laktat
2.TRANSFERAZLAR
Molekülden H+ dışında, başka grupları (C, N, P taşıyan grupları) aktaran
enzimlerdir.

AB + C A + BC

Örnek:
Serin hidroksimetil
transferaz
CH2 CH COO + THF
‫־‬
CH2 COO‫ ־‬+ THF CH2

OH NH3 NH3

Serin Glisin

Yani fonksiyonel grupların bir molekülden

diğerine transferini katalize ederler.
2.1 C gruplarını transfer eder.
2.2 Karbonil gruplarını transfer eder.
2.3 Açil gruplarını transfer eder.
2.4 Glikozil gruplarını transfer eder.
2.5 N- içeren grupları transfer eder.
2.6 Fosfat gruplarını transfer eder.
2.7 S içeren grupları transfer eder.

2.2.1.1 Transketolaz
2.2.1.2 Transaldolaz
2.6.1.1 Aspartat transaminaz
2.6.1.2 Alanin transaminaz
2.7.1.1 Heksokinaz
2.7.3.2 Kreatin kinaz
3.HİDROLAZLAR
Değişik bağların hidrolizini sağlayan enzimlerdir. Bağlara su
ekleyerek koparılmalarını katalizlerler.

AB + H2O AOH + BH

Örnek: Üreaz
NH2 C NH2 + H2O CO2 + 2NH3

O
Üre
3.1 Esterleri hidrolizler.
3.2 Glikozid bağlarını hidrolizler.
3.4 Peptid bağlarını hidrolizler.
3.5 Diğer C-N bağlarını hidrolizler.
3.6 Asit anhidritleri hidrolizler.

3.1.1.3 Triaçilgliserol lipaz

3.1.1.13 Kolesterol esteraz
3.1.1.34 Lipoprotein lipaz
3.1.3.1 Alkalen fosfataz
3.1.27.5 Pankreatik ribonükleaz
3.2.1.1 -Amilaz
3.4.21.4 Tripsin
4.LİYAZLAR
C-C, C-O, C-N ve C-S bağlarını yükseltgeme (oksidasyon) ve
hidroliz dışında bir mekanizma ile kıran enzimlerdir.

AB A + B

Örnek:
Piruvat dekarboksilaz
CH3 C COO- CH3 CH + CO2

O O
Asetaldehid
Piruvat

Yani çift bağ a katılma / çift bağ oluşum

reaksiyonlarını katalizlerler.
4.1 C-C liyazlar
4.2 C-O liyazlar
4.3 C-N liyazlar

4.1.1.1 Pirüvat dekarboksilaz

4.1.3.7 Sitrat sentaz
4.3.2.1 Arjininosüksinat liyaz
4.6.1.1 Adenilat siklaz
5.İZOMERAZLAR
Optik ve geometrik izomerlerin rasemizasyonunu katalizleyen
Enzimlerdir.İzomerleşme reaksiyonlarını katalizlerler.
Yani molekül-içi düzenleme yaparlar.

ABC ACB

CH3 Metilmalonil CoA mutaz

-
OOC CH C CoA -
OOC CH2 CH2 C CoA
O
O

Metil malonil CoA Süksinil CoA

5.1 Rasemerazlar
5.3 İntramoleküler oksidoredüktazlar
5.4 İntramoleküler transferazlar

5.3.1.1 Triozfosfat izomeraz

5.3.1.9 Glukoz-6-fosfat izomeraz
5.4.2.2 Fosfoglukomutaz
5.99.1.2 DNA topoizomeraz
6.LİGAZLAR
Yüksek enerjili fosfatların enerjisini kullanarak, karbon ile C,O,S,N
arasında bağ oluşumunu katalizleyen enzimlerdir. Enerjice zengin bir bağın
hidrolizi ile iki molekülün birbirine bağlanmasını katalizlerler.

A + B + ATP AB + ADP + Pİ

Piruvat karboksilaz
CH3 C COO- + CO2 HOOC CH2 C COO-
O O
ATP ADP +Pİ
Piruvat Oksalasetat
6.1 C-O bağını oluşturanlar
6.2 C-S bağını oluşturanlar
6.3 C-N bağını oluşturanlar
6.4 C-C bağını oluşturanlar

6.1.1.n (amino asit)-tRNA ligaz

6.3.4.5 Arjininosüksinat sentaz
6.4.1.1 Pirüvat karboksilaz
6.5.1.1 DNA ligaz
EC 7. Translokazlar

Bu enzimler iyon ve moleküllerin membranlar arasındaki

hareketini sağlamaktadır. Asıl işlevleri olan iyon ve
moleküllerin hareketini sağladıkları reaksiyon sırasında ATP
hidrolizini gerçekleştirmektedir. Bu sebeple ATPaz (EC
3.6.3) alt-altsınıfında yer almış olan bu enzimlerin 2018
yılından itibaren ''EC 7. Translokazlar'‘ olarak yeni bir sınıfın
altında toplanması gerektiğine karar verilmiştir.
Teşekkürler…