oProkaryotlar

oÖkaryotlar
oVirüsler

Dr. Behice ZEREN

Moleküler Biyolog
ORCID ID: 0000-0003-1163-9793
Sistron :Bir tek polipeptidi kodlayan genetik birimdir.

Polisistronik RNA ‘lar üzerinde birden fazla kodlama bölgesi ORF(sistron) bulunur.

Ökaryotlarda bir protein molekülünün her alt ünitesi veya her bir polipeptit zinciri için ayrı ayrı

mRNA’lar transkribe edilir.

Prokaryotlarda ise bir protein molekülünün tüm alt üniteleri veya tüm polipeptit zincirler için bir tek

mRNA transkribe edilir.

Yani ökaryotlarda bir mRNA, bir polipeptit içindir.

Prokaryotlarda ise bir mRNA, birçok polipeptit içindir.

Bu sebepten prokaryotlarda polisistronik mRNA yapısı bulunurken ,ökaryotlarda monosistronik

mRNA yapısı bulunur.

 CANLILAR

•PROTİSTALAR
•ARKELER •MANTARLAR ökaryotlar
prokaryotlar •BİTKİLER
•BAKTERİLER
•HAYVANLAR
NOT:Arkeler ne ökaryotlara ne de prokaryotlara dahil

edilemediği için canlılar artık yeni sistemde 3 grup altında

sınıflandırılıyor.

1-Arkebakteriler

2-Öbakteriler

3-Ökaryotlar
Mikroorganizma   yunanca mikrós(küçük) + organismós (canlı )

Çıplak gözle görülemeyecek kadar küçük mikroskobik canlılardır.

Mikroorganizmaların çoğu  tek hücreli olsa da, bu hepsine genellenemez çünkü bazı

çok hücreliler mikroskobik olurken bazı tek hücreliler(protist) makroskobiktir.
Mikroorganizmalar genel olarak 4 büyük grup altında toplanabilir.

1-Ökaryotikler
Algler
Protozoalar
Mantarlar (küfler + mayalar )

2-Prokaryotikler
Bakteriler
Siyanobakteriler

3-Arkebakteriler

4-Virüsler

NOT; Virüsler , mikrobiyolojinin çalışma alanında olmasına rağmen, cansız sayıldıklarından

genellikle mikroorganizma olarak kabul edilmezler.
Eu:gerçek karyon :çekirdek
Ökaryotik hücreye ösit denir.Tek hücreli yada çok hücreli olabilirler.

Ökaryotik organizmalar zarla çevrili çekirdeğe sahiptirler.

Çekirdek, çekirdek zarı ile sitoplazmadan ayrılır.
Çekirdek =çekirdek plazması (karyoplazma)+kromozomlar +çekirdekçikten(nukleolus) oluşur.

Ökaryotlarda hücresel faaliyetlerinin çoğunun mitokondri , kloroplast , golgi kompleksi ve

endoplazmik retikulum gibi zarla çevrili organellerde yürütülür.
Pro: ilkel karyon :çekirdek

Prokaryotik hücreye prosit denir.

•Bunların gerçek çekirdekleri ve çekirdek membranları yoktur.

•Çekirdek eşdeğeri bir yapı taşırlar .

•Membranla çevrili organelleri yoktur.

Prokaryotlarda genetik materyal hücrenin nükleoid olarak bilinen bir

bölgesinde yoğunlaşmış olarak bulunur.

Prokaryot ve ökaryot hücre tipinin ortak özellikleri

* Benzer yapıda hücre zarı

*Benzer yapıda ribozomlar

*Benzer yapıda proteazomlar (protein sindiren yapılar)

* Ortak metabolik yollar (ör: glikoliz)

*Genetik bilginin DNA aracılığıyla kodlanması ve aktarılması

* Benzer transkripsiyon ve translasyon mekanizmaları

* Benzer fotosentez mekanizmaları

* Benzer zar proteini sentezleme ve hücre zarına yerleştirme mekanizması

 Prokaryot Ökaryot

• İlkeldir . • Komplekstir .

• DNA sirküler yapıda ve protein kılıfı yok. • DNA lineer yapıda ve protein kılıfı var .

• DNA nükleoid bölgesindedir. • DNA nükleustadır.

• Zarla çevrili organel yok . • Zarla çevrili organel var.

• Kromozom sayısı = 1 • Kromozom sayısı >1

• Kamçıda mikrotübüller yok . • Kamçıda mikrotübüller var.

• Basit bölünme görülür.(fission bölünme) • Mitoz ve mayoz görülür.

• Solunumda mezozom kullanılır. • Solunumda mitokondri kullanılır.

• Hücreye şekil veren hücre iskeleti yok . • Hücre iskeleti var. (Mikrofilamentler, ara filamentler ve
mikrotübüller)
 Prokaryot Ökaryot

• Hücre büyüklüğü 0,2u-10u arasındadır. • Hücre büyüklüğü 0,5u-8cm arasındadır.

• DNA ,RNA ve protein sentezi aynı • DNA ve RNA sentezi çekirdektedir.protein sentezi

kompartmandadır. sitoplazmadadır.

• Endospor bazılarında vardır. • Endospor yoktur.

• Gaz vokuolleri bazılarında vardır. • Gaz vokuolleri yoktur.

• Genellikle anaerobiktirler. • Genellikle aerobiktirler.

• Mycoplasma hariç bütün prokaryotlarda • Bitki , alg,mantarda hücre duvarı

hücre duvarı vardır. bulunurken,hayvanlarda hücre duvarı bulunmaz.

 Prokaryot Ökaryot

• Hücre zarı çift tabakalı fosfolipittir. • Çift tabakalı fosfolipit ve steroldür.

• Hücre duvarında peptidoglukan var. • Hücre duvarında peptidoglukan yok.

• Ribozom küçüktür.Büyük alt birim 50S + • Ribozom büyüktür.Büyük alt birim 60S +
küçük alt birim 30S =70S küçük alt birim 40S = 80S

• Ribozomun küçük alt biriminde 25- • Ribozomun küçük alt biriminde 30-
30çeşit protein vardır.Büyük alt 40çeşit protein vardır.Büyük alt
biriminde 35-40 çeşit protein bulunur. biriminde 40-50 çeşit protein bulunur.

• Endositoz ve fagositoz yeteneği yoktur. • Endositoz ve fagositoz yeteneği vardır .

(Hücre zarıyla kesecikler oluşturup sıvı ve
katı maddeleri hücre içine alabilirler.)
Nükleoid , genetik materyal ve buna bağlı proteinlerden oluşur.

Örneğin , E.coli deki bu proteinler izole edildiğinde bunların HU ,H1 , P proteinleri

olduğu görülmüştür.DNA bu proteinlere bağlanınca nükleoid içinde katlanmalar olur

ve domain loop adı verilen yapılar oluşur.

Ökaryotlarda paketleme daha komplekstir.Paketleme histon ve nonhiston proteinleri

ile olur. Ayrıca bu olayda MAR(matrix attachment region) ve SAR(scaffold

attachment region) denilen yapıların içindeki proteinlerde görevlidir.

Prokaryotlarda transkripsiyon ve translasyon aynı anda yapılabilir.

Genetik materyal zarla çevrili olmadığından transkripsiyonda sitoplazmada

yapılır.Dolayısıyla transkripsiyonla üretilen mRNA hemen ribozoma bağlanıp

translasyona başlayabilir.

Ökaryotlarda translasyon ve transkripsiyon aynı anda olmaz.

Çekirdekte transkripsiyonla üretilen mRNA önce çekirdekten çıkarak sitoplazmaya

geçer ve sonra ribozoma bağlanıp translasyonu başlatır.

Prokaryotlarda trankripsiyon için tek çeşit RNA polimeraz bulunurken,

ökaryotlarda 3 çeşit RNA polimeraz bulunur.

Prokaryotlarda polisistronik mRNA yapısı bulunurken ,ökaryotlarda

monosistronik mRNA yapısı bulunur.

Sistron :Bir tek polipeptidi kodlayan genetik birimdir.
Polisistronik RNA ‘lar üzerinde birden fazla kodlama bölgesi ORF(sistron) bulunur.
Prokaryotların ribozomlarının küçük alt biriminde 16S rRNA bulunurken büyük alt

birimlerinde 23S rRNA bulunur.

Ökaryotların ribozomlarının küçük alt biriminde 18S rRNA bulunurken büyük alt

birimlerinde 28S - 5S - 5,8S rRNA bulunur.

Ayrıca;

Ökaryotlarda mayoz bölünme ve döllenme gerektiren eşeyli üreme görülür.

Ökaryotlar diploiddir.

Diploid: Her hücrede bir genin iki kopya halinde bulunmasıdır.

BAKTERİLER

Prokaryotik hücre yapısına sahiptirler.

Suda , toprakta , hayvanlar / bitkiler üzerinde parazit /saprofit olarak yaşarlar.

Gelişmiş enzim sistemleri vardır.

İkiye bölünerek çoğalırlar.(binary fission)

Devamlı olarak DNA replikasyonu olur ve bölünürler.

Konjugasyonla genetik madde alışverişi yapabilirler.

Hücre zarlarının katlanmasıyla oluşan mezozomları vardır bu yapı oksijenli solunum yapanlarda

mitokondrinin görevini üstlenmiştir .Çünkü oksijenli solunum enzimleri mezozomda bulunur.

Mezozom ayrıca hücre bölünmesinde de görevlidir çünkü hücre bölünmesi sırasında DNA

buraya bağlanır .

Ayrıca septum oluşumunda da görevlidir.

Basiller kötüleşen çevre şartlarında canlı kalabilmeyi sağlayan endospor yapısını

oluşturabilirler.Bu yapı fiziksel , kimyasal , mekanik etmenlere çok dirençlidir.Çünkü

geçirgenliği çok azdır.

Hücre zarının üzerinde peptidoglukan içeren hücre duvarına sahiptirler.

Hücre duvarlarındaki mürein tabakları NAMA(N-asetilmuramikasit) ve NAGA(N-

asetilglikozamin) ‘dan oluşur

Bakteride hücre duvarının dışında ayrıca kapsül bulunur.

Sadece patojenlerde vardır.

Bakterinin hastalık yapma şiddetini arttırır.

Kapsül
Bakteriyi virüs , penisilin , fagositoz, deterjan vb. korur.

Bakterinin içindeki suyunu kaybetmesini engeller.

Bakteriler 4 ayrı şekilde sınıflandırılır.
1)Şekline göre
*kok (yuvarlak)
*basillus(çomak)

*sarmal(spiral)
*pleomorfik form

2)Gr boyamasına göre

*Gr+ (mor)
*Gr- (pembe)

3)Beslenmesine göre
*hetetrof(saprofit+parazit)

*ototrof (fototrof+kemotrof)

4)Solunumlarına göre
*aerob
*anaerob
*fakültetif aerob
ARKELER

Boyları 0,1-15 um arasındadır.

Bakteriler gibi arkelerde çekirdeği olmayan tek hücreli canlılardır.

Bakteriler gibi kok ,spiral, çubuk şeklide olabilirler.Bunun dışında çok farklı şekilde

olanları da vardır.

Arkeler doğada ilk oksijensiz , bol kükürtlü ve sıcaklığın yüksek olduğu yerlerden izole

edilmişlerdir.Bu da yaşamın başladığı ilk yeryüzü koşullarına benzediği için arkelere eski

bakteriler denilmiştir.Fakat daha sonra hemen her habitatta arkelere rastlanmıştır.

Arkeler 5 ayrı grupta incelenir.

1-Metanojenler(metan üretirler)

2-Sülfat indirgeyiciler(kükürt,sülfat ,sülfit ,tiyosülfatı indirgeyerek anaerobik sülfat solunumu yapar)

3-Ekstrem halofilikler

4-Hücre duvarı olmayanlar

5-Ekstrem termofilik ve sülfür metabolize edenler

Peptidoglukan içermeyen hücre duvarına sahiptirler.

Hücre duvarları cinse göre pseudomürein + protein +glikoz + galaktozamin vb. içerir.

Ayrıca arkelerin hücre duvarı S tabakası denilen yüzey –katman proteinleri ile çevrilidir.

Fiziksel ve kimyasal koruma sağlar yani dışarıdan gelen moleküllere karşı bariyerdir.

Pseudomürein NAG(N-asetil-D-glukozamin) ve NAT(N-asetil-L-talozaminoüronikasit) oluşur.

Gr boyamada Gr(-) ve Gr(+) olabilirler.

Pseudomürein tabakası içermeyenler Gr(-) boyanır.

Pseudomürein tabakası içerenler Gr(+) boyanırlar.

Bütün canlılardaki hücre zarı fosfolipitten oluşur .Yağ asiti ve gliserol ester bağıyla

bağlanmıştır.

Arkelerde ise yağ asiti yerine izoprenoit zincir vardır. İzoprenoit zincirle gliserol eter bağıyla

bağlanır.

Arkeal transkripsiyon ökaryottakine benzerken ; arkeal translasyon daha çok

prokaryottakine benzer.

NOT:Eter bağları oksidasyona , yüksek sıcaklığa ve basınca estere göre daha dayanıklıdır.

Ayrıca izoprenoit zincirdeki metil grupları 5 halkalı bir yapı oluşturur. Bu iki olay sebebiyle

arkeler daha dayanıklıdır.

SİYANOBAKTERİLER (mavi-yeşil bakteriler)

Gerçek zarla çevrili çekirdekleri olmadığı için bakteri , fotosentetik oldukları için alg

olarak sınıflandırılırlar.

Tek tek hücreler / koloniler halinde yaşarlar.

Kamçıları yoktur. Hücre duvarları vardır.

Hepsinde mavi renkli fikosiyanin pigmenti ve yeşil renkli klorofil-a pigmenti bulunur.

Bu canlılar evrimsel açıdan büyük öneme sahiptir çünkü onların dünya üzerinde ilk oksijen

oluşturan fototroflar olduğu düşünülüyor.

Bazıları fotosentez yanında azot fiksasyonuda yapar .

Azot fiksasyonunu heterokist adı verilen özel yapıların içinde oksijensiz ortamda

gerçekleştirirler.
MANTARLAR

Çok hücreli /tek hücreli olabilen ökaryotik canlılardır.

Klorofil ve kloroplast bulundurmazlar bu yüzden fotosentez yapamazlar.

Absorbsiyonla beslenirler.

Sporla ürerler.

Hücre çeperi bulunması bakımından bitki hücresine benzerler.

Hetetrof olması ve depo karbonhidratının glikojen olması sebebiyle hayvan hücresine

benzerler.
Mantarlar görünüm bakımından iki çeşit yapı gösterirler.

Bazı mantarlar ipliğimsi görünüme sahiptir. Küf mantarı

Bazı mantarlar ise maya kokusunda ve krem kıvamındadır. Maya mantarı

Küf mantarlarının oluşturdukları ipliksi yapılara hif denir.

Hif yığınlarına miselyum adı verilir.

Miselyumlar , spor yapar. (Sporlar yıllarca canlılıklarını koruyabilirler.)

Olgunlaşan sporlar, uygun çevre koşullarında kendi türlerine özel mantarlar oluştururlar.
A. Maya hücreleri
B. Hif çeşitleri
C. Klamidospor
D. Artrospor
E. Zigospor
F. Penisilyum
G. Makrokonidi
H. Askospor
VİRÜSLER

Genellikle 100 nm civarında büyüklüğe sahiptirler.

Latince virus (zehir) sözcüğünden türemiştir.

Virüs sınıflandırmasında cins ve tür isimlendirilmesi kullanılmaz.

Zorunlu hücre içi parazitlerdir. Yani hücre dışında yaşayamazlar.

Genellikle konakçı hücrenin ölümüne neden olurlar

Ribozomları yoktur.
Hücre zarı yoktur.
Metabolik ve biyosentetik enzimleri yoktur. Virüsler canlı ile
Çekirdek, organel ve sitoplazmaları yoktur. cansız sınırında
Enerjilerini konak hücreden alırlar. kabul edilirler.

DNA ve ya RNA’ya sahiptirler. İkisi aynı anda bulunmaz.

Virüslerde yapı moleküllerinin yapılmasını yöneten genetik bilgi vardır ancak bu
moleküllerin sentez mekanizmasını konak hücre sağlar .
Virüsün nükleik asiti (DNA /RNA)virüsün ortasında kendi üzerine katlanmış olarak durur.

Nükleik asiti çevreleyen bir protein kılıf(kapsid) vardır .

Bu nükleik asiti nüklezlardan ve dış etmenlerden korur.

KAPSİD
Virüse şeklini verir.

Virüsün özgül hücre reseptörüne yapışmasını sağlar.

Kapsidi oluşturan protein yapısındaki alt ünitelere kapsomer denir.

Bazı virüsler nükleik asit ve kapsidden oluşur.

Bazı virüsler de bu yapıya ek olarak en üst katmanda zarf bulunur.

konaktan gelen lipitler + virüsten gelen proteinler

Bakteriyofaj
Bakteri hücrelerini enfekte eden virüslerdir.

Baş + boyun + kuyruktan oluşur.

Genellikle fajlar bakteri türüne özgüdür ama bir bakteri türü bir çok faja konak olabilir.
İki türlü enfeksiyon şekli vardır.

Litik döngü

1. Adsorpsiyon:Virüs konağa yapışır.

2. Penetrasyon:Virüs DNA’sı hücre sitoplazmasına geçer.

3. Virüs proteinleri sentezlenir.

4. Virüs DNA’sı kopyalanır.

5. Virüs proteinleri kılıf yapımında kullanılır.

6. Virüs DNA ‘sı kapsid içine paketlenir.

7. Kuyruk fibrilleri ve diğer kısımları kılıfa eklenir.

8. Konak hücre parçalanır.

Bazı virüsler ise hücreyi parçalamak yerine, ekzositoz adı verilen yolla, hücre zarından geçerek

dışarı salınırlar, bu arada hücre zarının bir kısmını da viral örtü olarak alırlar.
Lisojenik döngü

Hücre parçalanmaz, viral genom konak DNA’sı ile bütünleşir.

Beraber çoğalırlar ve virüs hücrenin yavrularına aktarılır.

Konağın bir parçası haline gelen virüs uzun bir süre öyle kalabilir, ama uygun şartlarda tekrar

aktif hale gelip litik döngüye girebilir.

Protozoalar

En ilkel ökaryotik organizma grubudur.

Genellikle tek hücre halinde yaşamakla birlikte koloni halinde yaşayanları da vardır.

•Kamçılılar
•Silliler
•Kökayaklılar
olarak sınıflandırılırlar.
•Sporlular
•Cıvık mantarlar
• Algler

Fotosentez /absorbsiyon/ fagositoz la beslenebilirler.

Eşeyli / eşeysiz çoğalabilirler. 

Bazıları hareketsizken ; bazıları kamçı / siller /yalancı ayaklarla hareket eder.

Çok hücreli(metazoa) mikroorganizmalar

Nematotlar Rotiferler

Crustacea