Prokaryotlarda Transkripsiyonel

Düzenlenmenin Prensipleri

Dr. Behice ZEREN

Moleküler Biyolog
ORCID ID: 0000-0003-1163-9793
Transkripsiyon

DNA’da saklanan genetik bilginin bir RNA molekülü (mRNA,tRNA,rRNA) olarak kopyalanması/yazılmasıdır.

Translasyon

Transkripsiyonla RNA’ya kopyalanan genetik bilgilerin bir protein molekülüne çevrilmesi/okunmasıdır.

Gen İfadesi (Gen Ekspresyonu)

Genetik bilginin fenotipe yansımasıdır.

Transkripsiyon ve translasyon olaylarının toplamıdır.

İşlevsel protein/RNA ürünü kodlayan DNA dizilerine gen denir.

oluşumuna gen ifadesi denir.
 Eski polimer 3’ 5’ doğrultusunda okunur.
Transkripsiyonda RNA sentezi 5’ 3’
Yeni polimer 5’ 3’ doğrultusunda oluşur.
doğrultusunda ilerler.

DNA’daki bilginin RNA olarak yazılmış haline transkript denir.

Ribozomların protein sentez yapmak için okuduğu RNA molekülüne mRNA denir.

Prokaryotlarda transkript ve mRNA aynı moleküldür (Ökaryotlarda transkript bazı işlemlerden geçerek olgun

mRNA‘yı oluşturur.).

Transkripsiyonda da hata kontrol mekanizmaları vardır. Fakat bunlar DNA replikasyonunda

gerçekleşenden daha az sayıda olup, etkinliği de daha azdır. Dolayısıyla transkripsiyon DNA

replikasyonu kadar aslına sadık değildir.

Promotor: Genlerin ifadesini kontrol eden DNA dizileri içerir. Bir genin transkripsiyonunun

başlandığı noktanın hemen yukarısındaki bölgedir.

Yukarı-aşağı terimleri transkripsiyon yönüne bağlı olarak kullanılır.

Transkripsiyon yönü aşağı, transkripsiyon yönünün tersi yukarı olarak ifade edilir.

Prokaryotik transkripsiyonda bütün genler tek bir RNA polimeraz tarafından okunur.

Bir prokaryot olan E.coli’nin RNA polimerazı en çok ökaryotik RNA polimeraz II ile benzerlik gösterir.

oProkaryot RNA polimerazı 4 alt birim (α2-β-β’-ω) oluşur.

oHangi genin transkribe olacağı RNA polimeraza bağlı olan sigma alt biriminin türüne bağlıdır.

RNA polimerazın doğru promotora bağlanmasını sağlar.

Protein yapısındadır.
Birkaç çeşidi vardır.
RNA polimeraza yardımcı olan çeşitli kofaktör proteinler vardır. Bunlar;genel transkripsiyon faktörleri ve

transkripsiyon faktörleridir.

*Genel transkripsiyon faktörleri:Tüm promotorlardan yapılan transkripsiyonda rol oynarlar.Ayrıca hata

kontrolü ve DNA tamirinde de görev alırlar.

*Transkripsiyon faktörleri:RNA polimerazın belli genleri ifade edip-etmeyeceğini belirlerler. Promotora

bağlanan bazı transkripsiyon faktörleri RNA polimerazla etkileşerek onun çalışmasını engeller/uyarır.

Represör:Genin ifadesini engelleyici transkripsiyon faktörlerine denir.

Aktivatör:Genin ifadesini kolaylaştıran trankripsiyon faktörlerine denir.

Bu şekilde bir genin farklı metabolik şartlarda uygun düzeyde ifadesi sağlanır.
Transkripsiyon üç aşamada olur(Başlama-Uzama-Sonlanma ).

Başlama
Prokaryot promotorlarında 2 önemli DNA dizisi vardır.

*Transkripsiyonun başlama noktasından 10 nükleotit yukarıda (-10 konumunda) olan TATAAT dizisidir.
*Transkripsiyonun başlama noktasından 35 nükleotit yukarıda (-35 konumunda) olan TTGACA dizisidir.

1. Prokaryotlarda RNA polimeraz DNA’ya bağlanır.

2. RNA polimeraz promotor bulana kadar DNA üzerinde ilerler.

3. Sigma -35 dizisini tanıyıp RNA polimerazın daha sıkı bağlanmasını sağlar. .

4. Sigma ayrılır.

5. A-T baz çiftleri G-C baz çiftlerinden daha zayıf olduğu için -10 dizisinde DNA zincirleri birbirinden

ayrılır.

6. RNA polimeraz uygun noktadan itibaren RNA sentezine başlar.

Promotora bağlanan düzenleyici proteinler RNA polimerazın DNA’ya bağlanmasına engel olarak ya da
bağlanmasını kolaylaştırarak transkripsiyonun seviyesini düzenlerler.
Uzama

Uzayan RNA zincirinin 3’ ucuna ribonükleotitler eklenir.Yani, gelen

ribonükleotidin 5’ fosfat grubu ile RNA zincirindeki 3’ hidroksil grubu

arasında fosfodiester bağı oluşur.Sentez sırasında geçici bir DNA-

RNA ikilisi oluşur daha sonra RNA DNA’dan ayrışır.

Sonlanma

RNA polimeraz bir sonlanma sinyaline rastlayınca RNA sentezi sona

erer.Prokaryotik genlerde 2 tip sonlanma vardır (Rho adlı sonlanma

proteinine bağlı/ Rho adlı sonlanma proteininden bağımsız).

Rho sonlanma proteini:ATP’ye bağımlı helikaz

Rho sonlanma proteininden bağımsız sonlanma

Sık G/C nükleotitli bir bölgeyi sık A/T nükleotitli bir bölge izler. Sık G/C’li kısmın

transkripsiyonundan sonra oradaki nükleotitler firkete görünümlü bir şekil alır.Bu

olay RNA polimerazı yavaşlatır.Bunu izleyen sık A/T nükleotitli kısımda ise RNA

polimeraz duraklar ve DNA‘dan kopar.

Rho sonlanma proteinine bağlı sonlanma

DNA’da sık C’li bir bölge olur.Tanskripsiyon sırasında Rho proteini uzayan RNA’ya

bağlanır ve onun üzerinden RNA polimeraza doğru ilerler. Polimeraz sık C nükleotitli

bir bölgeye geldiğinde duraklar. Böylece Rho proteini polimeraza yetişir ve yeni

sentezlenmiş RNA’yı ondan koparır.

GENETİK İFADENİN DÜZENLENMESİ

Gen ifadesi organizmanın gereksinimine ve hücrenin organizasyonuna bağlı olarak düzenlenir.

Gen ifadesinin, herhangi bir adımı değiştirilip-ayarlanabilir.

Gelişiminin /hayat döngüsünün herhangi bir zamanında bir hücrede ifade edilen gen ürünlerinin miktar ve

ifade zamanları geri döndürülebilen mekanizmalarla kontrol edilir.

Gen ifadesinin düzenlenmesi, hücrenin ihtiyacı olduğunda proteinlerin sentezlenmesine izin vererek bir

canlının değişkenliğini ve uyumunu arttırdığı için; tüm canlılar (virüs, prokaryot, ökaryot) için gereklidir.
Prokaryotlarda düzenlenme genellikle transkripsiyonel düzeyde olur.

Transkripsiyon düzeyinde kontrol, nitel kontroldür.

Bir protein sentezlendikten sonra, yeniden gerekene kadar bu proteinin sentezi kısıtlanır/durdurulur.

Fakat bu sırada diğer proteinler sentezlenir.

Prokaryotlarda mRNA yarı ömrü kısadır. Bu sebepten protein azalması gerektiğinde genin transkripsiyonu

kapatılır yani mRNA yapılmaz.

DNA Modifikasyonu

DNA metilasyonu, prokaryotlarda gen ifadesinin baskılanmasını sağlayan bir mekanizmadır.

DNA metiltransferaz enzimi ile S-adenosil-metionin’den bir metil grubu sitozine transfer olur.

Böylece Sitozin 5-metilsitozin haline gelir.

Örneğin;Metil grubu taşımayan housekeeping genleri bütün hücreler için normal yaşamsal
fonksiyonların yerine gelmesi sağlayan genlerdir.Bu sebeple bütün hücrelerde sabit düzeyde ve
sürekli olarak ifade edilirler.

•Genleri inaktif hale getirir.

•Metillenmiş haldeyken transkripsiyon faktörleri DNA’ya bağlanamaz.

•DNA metilasyonu sitozin –CH3

DNA paketlenmesi transkripsiyon düzeyini belirleyen etkenlerdendir.

*Süpercoil DNA histon proteinlerinin fosforilasyon /metilasyon mekanizmaları ile form değiştirilebilir.

Bu değişiklikler ifade düzeyini geçici(fosforilasyonla) /daha kalıcı(metilasyonla) olacak şekilde düzenler.

*Histonların asetilasyonu da transkripsiyondaki düzenlenme mekanizmasıdır.

Histoneacetyltransferase enzimleri (HATs) histonları asetiller.

Yani DNA’yı histon kompleksinden ayırarak transkripsiyona izin verir.

DNA paketlenmesi gen ekspresyonunu etkiler çünkü;

Fiziksel olarak gizlenen genlere erişilebilirlik etkilenir (RNA polimeraz’ın ilgili gene erişimi engellenir.)

DNA metilasyonu ve histon asetilasyonu genellikle birlikte çalışır.

DNA metilasyonu –CH 3 grupları sitozine eklenir.

(transkripsiyon engellenir.)

Histon asetilasyonu -COCH 3 grupları histonlara eklenir.

(transkripsiyona izin verilir.)

Transkripsiyon faktörleri de DNA-histon etkileşimini bozarak RNA polimeraz’ın çalışmasını sağlar.

Transkripsiyon seviyesinde düzenleme
Bu aşama transkripsiyonun ne zaman olacağı ve ne kadar RNA molekülü yapılacağının
kontrolüdür.

Spesifite faktörleri
RNA polimerazın promotora bağlanma affinitesini değiştiren (azaltan /artıran) proteinlerdir.
(örn; sigma faktör)
Repressörler
RNA polimerazın promotor bölgeye ulaşmasını engellerler.
Repressörler, DNA’da spesifik bölgelere bağlanırlar.

Prokaryotlarda bu bölgeler operatör denir ve genelde promotor bölgeye yakındır.

Repressör’ün DNA’ya bağlanması bir proteinle/efektörle olur.

Efektör:Repressöre bağlanarak konformasyonel değişikliğe sebep olan küçük bir

proteindir.

Bir repressör proteinin transkripsiyonu bloke etmesine negatif regülasyon denir.

Aktivatörler

RNA polimeraz -promotor etkileşimini arttırırlar.

RNA polimeraz aktivitesinin artmasına pozitif regülasyon denir.

Bazal Faktörler

RNA polimeraz enzimine bağlanan ve transkripsiyonu başlatan proteinlerdir.

Örn; Transkripsiyon faktörleri

Gen regülasyonu verdiği cevaba göre 2 ye ayrılır.

1)İNDÜKLENEBİLİR SİSTEMLER

Hücre bir genin ürününü yalnızca ihtiyacı olduğunda oluşturur.

(Örn;DNA hasar enzimlerini kodlayan genlerin DNA hasarında miktarlarının artması gibi)

2)BASKILANABİLİR SİSTEMLER

Hücre genin ürünü üretir, ancak ürüne ihtiyacı yoksa üretimi durdurur.

NOT:

Housekeeping genler: Bir tür veya organizmanın her hücresi için her zaman sabit düzeylerde

eksprese olan genlerdir ( Örn; sitrik asid döngüsü genleri).

İNDÜKLENEBİLİR GENLER- OPERON MODELİ

Gen ifadesinin transkripsiyon düzeyinde düzenlenmesi için operon modeli tanımlanmıştır.

Operon kromozom üzerinde birbiriyle çok sıkı ilişkide bulunan gen topluluğudur.

Prokaryotlarda genler operon adı verilen bölgelerde bulunur.

Transkripsiyon bu bölgelerde gerçekleşir.

Operon, tek promotorun kontrolü altında bulunan bir sistemdir.

Çok sayıda genin ifadesini düzenler.

Bir polisistronik mRNA ve onun düzenleyici elementlerinden meydana gelir.

(Bu sebepten sadece prokaryotlarda operon vardır.)

Bir operonun bileşenleri şunlardır;

Promotor
Üzerinde RNA polimeraz bağlanma bölgesi ve cAMP+reseptör
bağlanma bölgesi olmak üzere iki bölge içerir.

Represör
Operatöre bağlanarak transkripsiyonu baskılayan proteindir.

Operatör (kontrol bölgesi)

Yapısal genlerin fonksiyonunu denetlerler.

Kodlayıcı sekanslar
mRNA’yı oluştururlar.

Terminatör
RNA polimerazın
transkripsiyonunun durmasına sebep olan DNA dizisidir.
İNDÜKLENEBİLİR SİSTEM-LAKTOZ OPERONU
En iyi bilinen ve incelenen operon laktoz operonudur.

Lac operonu başlıca 3(z-y-a) genden oluşur.

Lac operonunda bulunan genlerle E.coli, ortamda glikoz olmadığında , laktozdan enerji

elde etmek için 3 enzim sentezler.

Bu genler aynı zamanda polisistronik mRNA’yı meydana getirir.

Bu mRNA beta galaktosidaz, beta galaktosid permeaz , beta galaktosid asetil transferaz

enzimlerini şifreler.
y geni
Ürünü beta galaktosid permeaz( laktozun hücreye alınmasını sağlar.)

z geni
Ürünü beta galaktosidaz (laktozu glukoz ve galaktoza / allolaktoza katabolize eder.)

a geni
Ürünü beta galaktosid asetil transferaz( hücrede bulunabilecek diğer galaktosid şekerleri
asetiller yani laktoz metabolizması sonucu açığa çıkan atıkları uzaklaştırır.)

Hepsi aynı promotorun kontolündedir.

Promoter bölge
Promotor bölge bir DNA segmentidir.

Gen ifadesini kontrol eden dizilerin bulunduğu bölgedir.

RNA polimeraz enziminin bağlandığı ve transkripsiyonun başlatıldığı bölgedir.

DNA’dan RNA sentezlenmesinde görevli enzim

Operatör
Represör proteinin bağlandığı bölgedir.

Regülatör gen
Bakteri DNA ‘sında genlerin çalışmasını düzenleyen ve kontrol eden genler vardır.
E.coli’de laktoz metabolizması için Lac operonunda regülatör gen (i geni ) bulunur.
Bu gen 4 alt üniteden oluşur ve represör proteini şifreler.

Bu protein operatöre bağlanabilir.

LacI geni Lac repressör proteinini kodlar .

Operatör bölgeye bağlanır.

Repressör protein, allosterik (şekil değiştirebilen) bir proteindir .

Represörde indüktörün bağlanacağı bir bölge vardır.

Bağlanma olduğunda, indüktör allaktoz , represör proteinin bağlanma özelliklerini

değiştirir.Böylece represör operatöre bağlanamaz ve operatör serbest kalır.

Indüktör

Represörün her alt ünitesinde indüktör için bağlanma bölgesi vardır.

Lac operonu için doğal indüktör olan laktoz hücreye ulaştıktan sonra bazı değişimlere uğrayarak

represöre bağlanır.Buna karşın yapay bir indüktör isopropylthiogalactosid(IPTG) fazla

değişikliğe uğramadan represöre bağlanabilir.

IPTG yani indüktör represöre bağlanırsa, represör konformasyonal olarak bazı

değişiklikler geçirir bu yüzden operatöre bağlanamaz. Promotora bağlı olan polimeraz

serbest kalır ve ilerleyerek genleri transkribe eder.Yani Lac operonunun transkripsiyonu

indüklenmiş olur.

Eğer ortamda indüktör yoksa represör operatöre bağlanır.Polimeraz serbest olmadığı

için transkripsiyon olmaz.

Lac operonu negatif düzenleme ile kontrol edilir.
Laktoz olmadığı zaman sistem kapatılır.
Ortamda laktoz varsa sistem açılır.
Sistem pozitif feedback ile yönetilir.

Hücrede laktoz oldukça allolaktoz isomerizasyonu gerçekleşir.

İndüktörler(allolaktoz) represörlere bağlanır.

Tüm represörler operatöre bağlanmadan tutulduğundan transkripsiyon devam eder.

Hücrede laktoz konsantrasyonu düştükçe indüktör (allolaktoz) repressörleri bırakır.

Repressör protein operatorü kapatır ve 3 enzim geninin transkripsiyonu durur.

Katabolik represyon (Glukoz etkisi) Lac operonunun glikoz için pozitif düzenlemesi

Laktozun tek başına C kaynağı olduğu durumlarda pozitif kontrol gözlenir.

Glukoz laktoza göre daha çok tercih edilen bir şekerdir.

Glukoz varsa hücre glukozu kullanır.Glukoz yoksa ve laktoz varsa hücre laktozu kullanır .

Glukoz konsantrasyonu düşükse Lac operonu sadece bu durumlarda

yüksek oranda transkribe edilir.
Laktoz varsa
Normalde , Lac operonunun RNA polimeraza karşı ilgisi azdır.

Lac promotörüne yakın bir başka bölge vardır (Cap site).

Bu bölge katabolik aktivatör proteine (CAP) karşı ilgiye sahiptir.

CAP proteini Cap site’ye bağlandığında sadece RNA polimeraz Lac operonu için yüksek ilgiye

sahip olur ve çok hızlı transkripsiyon gözlenir.

Hücrede glukoz konsantrasyonu düşükse , cAMP konsantrasyonu yüksektir.(açlık sinyali)

CAP- cAMP ile bir kompleks oluşturur.

CAP-cAMP kompleksi cap site’a bağlanır.

Lac operonunun RNA polimeraza ilgisi yüksektir.

Hücrede glukoz konsantrasyonu yüksekse, cAMP konsantrasyonu düşüktür.

Bu durumda CAP ile kompleks yapmak için az sayıda cAMP vardır.

Lac operonunun RNA polimeraza ilgisi azdır.

BASKILANABİLİR GENLER-TRİPTOFAN OPERONU

Normal şartlar altında, hücre sürekli triptofana ihtiyaç duyar.

Çünkü triptofan birçok hücresel ürünün öncülüdür.

Trp operonu ~7kb uzunluğunda bir bölgeye yayılmıştır.

Trp aminoasitinin sentezi için gerekli olan 5 geni içerir (trpA-E).

Normalde trp operatorü serbesttir ve RNA polimeraz için sürekli uygundur.

Yapısal genler (trpA-E kodlayıcı genler)

trpA-E kodlayıcı genleri ve operatör bölge arasına lider bölge geni (trpL) vardır.

Lider bölge geni içindeyse attenuator bölge (att) vardır.

Regülatör gen (TrpR =represör gen )

Promotor bölgesindedir.

Operatör

Repressörün bağlandığı bölgedir.

Co-Represör

Triptofandır.
Represyon ile düzenlenim, negatif kontroldür.

Örneğin; E.coli-triptofan operon sisteminde, triptofan sentezinin aşırı olduğu hallere sentezin

durdurulması için, regülatör genden aporepressör sentezlenir.

Aporepressör, tek başına operatöre bağlanmak için aktif değildir.

Kendisine triptofan bağlanınca aktif olur.
Böylece operatöre ilgisi yüksek olan repressöre dönüşür.

Oluşan repressörün operatöre bağlanmasıyla da triptofan sentezi durur.

Trp operon regülasyonu 2 şekilde olur.

1. Repressor/operator ilişkisi

2. Sentezine başlanmış olan transkriptin terminasyonu (attenüasyon)

Repressor/operator ilişkisi

Hücrede trp varsa,

Trp’nın bir kısmı Trp regülatör genin ürünü regülatör protein (R)’e bağlanır ve onu aktive eder .

Regülatör protein-trp kompleksi trp operatorüne karşı yüksek affiniteye sahiptir.

Bu represör operatöre bağlanır ve transkripsiyon durur.

Hücrede Trp konsantrasyonu çok azaldığında;

Trp, regulatör proteinden ayrılır.

Regülatör operatore karşı olan ilgisini kaybeder ve ondan ayrılır.

RNA polimeraz yeniden operonla ilişki kurar, 5 genin kodladığı enzimler transkribe olur.
Sentezine başlanmış olan transkriptin terminasyonu (attenüasyon)

Bu düzenleme translasyon seviyesindedir.Trp operonu azaltıcıyla (attenuator) kontrol edilir.

Lider bölge (trpL) trpA-E kodlayıcı genleri ve operatör arasına yerleşmiştir.

trpL geni içinde ise attenuator dizi (att) yer alır.

Bu attenuator bölgenin bir kısmı küçük bir polipeptid kodlar.

Bu polipeptid iki bitişik triptofan içerir.

Hücredeki triptofan miktarıyla doğrudan ilişkili olarak ribozom attenuator bölgenin translasyonunu sağlar.
Ribozom attenuator bölgeyi translasyona uğratırken ikiz trp bölgesine ulaşır, iki durumdan biri gerçekleşir:

1)Ortamda trp miktarı fazlaysa ve hızlı translasyona yetecek tRNAtrp varsa,

ribozom bölge 1-2’yi kendiliğinden örter. 3-4 bölgeleri ise loop yapar.

Loop 3-4 translasyona uğramaz. Translasyon durur.

Yani triptofan seviyesi yüksekse RNA polimeraz transkripsiyonunu trpE bölgesine gelmeden sonlandırır.
2) Ortamdaki trptofan yetersizse;

ribozom tRNAtrp‘yı beklerken bir gecikme olur ve bu arada 2-3 bölgeler loop yapar. 3-4. bölge ile loop

yapamaz ve RNA polimeraz 4. bölgenin ve ilerisindeki genlerin transkripsiyonunu gerçekleştirir .

Yani triptofan seviyesi düşükse RNA polimeraz transkripsiyonunu sonlandırmaz, triptofan genlerini de
transkribe eder.