31)MİK/04.

06
BAKTERİYOFAJLAR
Amaç ve hedefler
 Amaç; bakteriyofajların tıbbi önemini algılamak,
 Hedefler; Bakteriyofajların
 Türlerini,
 Replikasyonlarını,
 Klinik önemlerini,

 Deneysel olarak gösterilebilme yollarını

sayabilmeli,
 Bakteriyofajlar
 Bakteri virüsleri olarak da bilinen bakteriyofajlar,
bakterilerin zorunlu parazitleri olup, yalnızca canlı
bakteri hücreleri içinde çoğalabilirler.

 Bakterilerle olan ilişkileri sonucunda çoğu zaman

bakterilerin parçalanarak erimesine yol açarlar.
 Çevrede her yerde bulunurlar ve dünyadaki en bol
bulunan biyolojik ajan olarak tanınırlar. 
 Boyut, morfoloji ve genomik organizasyon
bakımından oldukça çeşitlidirler.
 Bakteriyofajlar keşfedilen ilk virüs tipi olup,
moleküler biyolojinin temel keşiflerinin çoğunun bir
parçasıdır. 
 Örneğin, DNA'nın, genetik bilgiyi ileten molekül, gen
düzenlemenin temel mekanizmaları ve genetik kodun
isimlendirilmesi bakteriyofajlar kullanılarak keşfedilmiştir.
 Bakteriyofajlar genellikle belirli tür veya belirli tip
bakterilere karşı özgül ilişki gösterirler.

 Yani bir bakteriyofaj tipi yalnızca kendisine uygun

olan bakteri türünü enfekte edebilir.

 Bunun yanında bir tür bakteri, birden çok fajın

üremesi için konak vazifesi görebilir.
Yapısal Özellikleri
 Çeşitli tipte ve görünümde
fajlar bulunmakta olup,
kompleks bir fajda baş,
boyun, kuyruk ve kuyruk
fibrilleri bulunmaktadır.

 Baş kısmı yaklaşık 80x110

nm boyutlarındadır,

 Baş kısmının ortasında

nükleik asitten oluşmuş bir
faj genomu vardır.
 Nükleik asit tipi fajların
çoğunda DNA, az bir
kısmında ise RNA'dan
oluşmaktadır.

 Nükleik asitler virüslerde

olduğu gibi tek veya çift  Nükleik asit ve
iplikcikli olabilirler. kapsitten oluşan bu
yapıya nükleokapsid adı
 Nükleik asidin etrafında verilir.
ise yine virüslerde olduğu
gibi kapsit adı verilen
protein bir kılıf bulunur.
Yapısal Özellikleri
 Fajlarda baş kısmını kuyruk
kısmına bağlayan kısa bir boyun
kısmı bulunur.

 Kuyruk yapısı bakteriyofaj

tiplerine göre farklılıklar
gösterir.

 Bazı faj türlerinde hiç kuyruk

bulunmazken, yani yalnızca baş
kısmından oluşurken, bazılarında
çok kısa ve basit yapılar şeklinde,
bazılarında ise oldukça kompleks
görünümde olabilirler.
 Kompleks bir fajın kuyruğunun
yüzeyinde kasılabilir örtü ve
kuyruğun alt kısmında ise taban
organeline bağlı olarak bulunan
kuyruk fibrilleri yer alır.
 Kuyruk kılıfının kasılması
sayesinde genetik madde
kuyruk içerisinden
bakteriye aktarılır.

 Kuyruk yaklaşık 25x110 nm

boyutlarındadır.

 Kuyruk kısmı bakteriyofajlarda

yapışma veya adsorbsiyon
organeli olarak görev yapar.

 Genetik maddenin bakteriye

transferinde bir kanal ya da
köprü vazifesi görür.
 Kompleks bir fajın şematik görünümü

 Fajlar hareketli değildir ve hedeflerine ulaşmak

için Brownian bir harekete bağlıdır.
Elektron mikroskopta bakteriyofaj görüntüleri
 Fajların Sınıflandırılması
 Elektron mikroskopla yapılan çalışmalarda
bakteriyofajların morfolojik yapıları hakkında ayrıntılı
bilgiler elde edilmiştir.

 Bakteriyofajlar morfolojik ve diğer karakterleri göz

önüne alınarak çeşitli şekillerde sınıflandırılabilir.

 Bunlardan en önemlileri Bradley ve Ackermann

sınıflandırmasıdır.
Bradley Sınıflandırılması
 Bu sınıflamaya göre fajlar baş ve kuyruk
özelliklerine göre 6 grup altında toplanırlar.
A tipi faj : Kasılabilen kılıflı, kuyruklu fajlar.
B tipi faj : Uzun kuyruklu, kılıfsız fajlar.
C tipi faj : Kısa kuyruklu, kılıfsız fajlar.
D tipi faj : Kuyruksuz, büyük kapsomerli fajlar.
E tipi faj : Kuyruksuz, küçük kapsomerli fajlar.
F tipi faj : Başsız, ipliksi ya da filamentöz fajlar.
A Tipi Faj
 Tam kompleks fajlar bu grupta yer alır.

 Bunlarda baş, kuyruk, etrafında kasılabilir kılıf,

kuyruk tabanı, kuyruk fibrilleri gibi organeller
bulunur.

 Baş kısmında çift iplikçikli DNA molekülü yer alır.

B Tipi Faj
 Bu fajlarda uzun kuyruğu vardır etrafında
kasılabilir kılıf bulunmaz,
 Baş kısmı içinde çift iplikçikli DNA molekülü
vardır.
 Kuyruğun distal ucunda taban organeli, iğne,
fibril gibi organeller bulunmaz,
C Tipi Faj
 Baş kısmı tip A ve tip B’ye benzer,

 Bunlarda kasılabilir kılıfı olmayan kısa kuyruk

bulunur,

 Baş kısmında çift iplikçikli DNA molekülü bulunur,

 Kısa olan kuyruğun distal olan ucunda taban organeli,

iğne ve fibril bulunmaz.
D Tipi Faj

 Bu gruptaki fajlar kuyruksuz olup ikozahedral

simetri yapısı gösterirler.

 Kapsidlerinde bulunan kapsomerler büyüktür.

 Kendileri ise çok küçük olup (25 nm), tek iplikçikli

çembersel DNA molekülüne sahiptir.
E Tipi Faj

 Bu gruptaki fajlar morfolojik olarak tip D’ye benzerler

 İkozahedral simetri yapısı gösterirler.

 Kapsidlerinde bulunan kapsomerler küçük boyuttadır.

 Yapısındaki nükleik asit RNA olup, tek iplikçikli, linear

yapıdadır.
F Tipi Faj

 İpliksi yapıda fajlar olup, baş ve kuyruk gibi

organelleri bulunmaz.

 Tek iplikçikli lineer DNA içerir.

Ackermann Sınıflandırması
 Bu sınıflandırmada morfolojik karakterleri yanında
diğer bazı özellikler de dikkate alınır.

 Buna göre fajlar 4 temel gruba ayrılır:

 1. Kuyruklu fajlar
 2. Kübik simetrili fajlar
 3. Flamentöz fajlar
 4. Pleomorfik fajlar
Fajların Serolojik Özellikleri
 Fajlar antijenik yapıda olup, antifaj serumlar tarafından
nötralize edilirler,

 Fajların bu karakterleri ile konak bakterinin antijenik özellikleri

arasında bir ilişki yoktur.

 Fajlar yapı özellikleri nedeniyle antijenik yönden birbirinden

farklıdırlar. Buna rağmen bazı fajlar arasında çapraz
reaksiyonlar olabilir,

 Bir faj yapısında antijenik farklı moleküller bulunabilir. Genelikle

baş ve kuyruk proteinleri farklı antijenik molekül içerirler.

 Bunlar fajın farklı bölgelerine yönelik hazırlanan antiserumlar ile

birleşirler.
 Çoğalmaları
 Bakteriyofajlar konak bakteri yönünden oldukça
seçicidirler.
 Her fajın içinde çoğalabileceği spesifik bir bakteri
konağı bulunur.

 Bakteriyofajların da virüslerde olduğu gibi çoğalma

safhaları bulunur. Bunlar;

 Adsorbsiyon,
 Penetrasyon,
 Bakteri içinde gelişme dönemi,
 Olgun fajların meydana gelmesi,
 Fajların serbest kalması safhalarıdır.
 Adsorbsiyon
 Bu dönem fajın bakteri
yüzeyine tutunduğu yani,
bakteri içine girmek için
yapıştığı dönemdir.

 Bir bakteri yaklaşık 300 kadar

fajı yüzeyine adsorbe edebilir.

 Aktif üreme döneminde olan

çoğu bakteriler fajları daha
fazla düzeyde adsorbe
ederken, bazı fajlar
bakterilerin üremelerinin
durma döneminde daha
etkilidirler.
 Adsorbsiyon
 Kuyruklu fajlar kuyruklarındaki fibriller, kuyruk iğneleri ve kuyruk
tabanı ile adsorbe olurlar.

 Kuyruksuz olanlar veya ipliksi fajlar bakteriye direkt temasla

adsorbe olurlar.

 Bakteri yüzeyindeki faj reseptör bölgeleri kendi fajı ile antijenik

ilişkiye sahip olduğundan ancak kendisine bu yönden homolog olan
fajları adsorbe edebilirler.
 Bakteri yüzeyinde bulunan pilus, teikoik asit, flagella, lipoprotein,
protein, lipopolisakkarit molekülleri ve hücre duvarının diğer bazı
bölgeleri faj adsorbsiyon noktaları ya da reseptörleridir.

 Adsorbsiyonun ilk basamağında bakteri yüzeyi ile faj arasındaki

ilişki geriye dönüşümlüdür.

 Adsorbsiyondan sonra zaman geçtikçe bu bağlanma kuvvetlenerek

geriye dönüşümsüz hale gelir.
 Adsorbsiyon
 Bazı bakterilerin yüzeyel
yapıları mukoid tabaka ile
örtülü olabilir (kapsül gibi).

 Bu mukoid tabaka ve
kapsül yapıları genellikle
faj adsorbsiyonuna engel
olurlar.
 Bazı fajlarda bulunan
depolimerizan enzimler
kapsülü ayrıştırabilir ve
adsorbsiyonu
kolaylaştırabilirler.
 Yüzeylerinde özel
reseptörleri olmayan
veya bu reseptörleri
sentezlemeyen mutant
bakteriler spesifik
fajlara karşı
dirençlidirler.
 Penetrasyon
 Adsorbsiyondan kısa bir süre sonra faj nukleer materyali hücre
içine enjekte edilir.

 Bakteri yüzeyine adsorbe olan fajların nukleer materyali çeşitli

şekillerde bakteri hücresi içine enjekte edilirler.
 Kasılabilir kılıflı kuyruklu fajlarda kuyruk etrafındaki kılıf
kasılarak kuyruk kısmının hücre duvarına girmesini sağlar.

 Bu sayede nukleik asitlerini sitoplazmaya enjekte ederler.

 Kapsid içindeki genetik materyal kuyruk içindeki kanaldan
geçerek periplazmik boşluğa gelir ve buradan kısa süre
sonra stoplazmaya geçer.
 Açılan delik bakteri tarafından hemen tamir edilir.
 Kapsid ve kuyruk dışarıda kalır, içeri giremez.
 Bakteri İçinde Gelişme Dönemi
 Bu dönem fajı oluşturacak çeşitli yapıtaşlarının sentezlendiği
dönemdir.

 Bu dönemde baş, kuyruk ve diğer faj yapıları oluşur. Yani tam

olarak faj yapısı meydana gelir.

 Latent dönem olarak da adlandırılan bu dönem fajların genetik

materyallerinin bakteri sitoplazmasına girmesinden olgun fajların
oluşumuna kadar geçen süreyi içine alır.

 Bu dönemde ilk önce faja ait yapıtaşları ayrı ayrı sentezlenir.

 Faja ait nükleik asit kısmı replike olur.

 Daha sonra ayrı ayrı sentezlenen bu yapı taşları bir araya gelerek
olgun faj partiküllerini meydana getirir.
 Bakteri içerisinde oluşan fajların
serbest hale geçmesi
 Bakteri içerisinde bol miktarda gelişen ve olgunlaşan
fajlar belirli bir sayıya ulaştıktan sonra bakterilerden
çıkarak serbest hale gelirler.

 Serbest hale geçen fajlar, yeni bakterileri enfekte

ederek hayat sikluslarını devam ettirirler.

 Bakteriyofajların serbest hale gelmesi

bakteriyofajların enfeksiyon tiplerine göre farklılık
gösterir.
Faj Enfeksiyon Tipleri
 Fajlar duyarlı bakterilerde genellikle 2
tür enfeksiyona neden olurlar.
1 – Litik enfeksiyon
2 – Nonlitik enfeksiyon
 Persistent enfeksiyon
 Lizojenik enfeksiyon
Litik Enfeksiyon
 Bu tür çoğalma sonucunda bakteri hücreleri genellikle parçalanarak
erirler.
 Yani lizise uğrayarak ölürler.

 Litik enfeksiyonlarda konak bakterinin erimesi ve fajların serbest

hale geçmesinde faj genomunda kodlanan spesifik litik enzimlerin
önemli fonksiyonları vardır.

 Bu enzim sayesinde fajlar belirli bir sayıya ulaştıktan sonra hücre

duvarını eriterek serbest hale gelirler.
 Her bir litik siklusta yaklaşık 300-400 yeni faj oluşur.
Nonlitik enfeksiyon
 Nonlitik enfeksiyonlarda bakterilerde lizis meydana gelmez.
 Bu tür çoğalma sonucunda bakteri canlılığını kaybetmez.
 Yani bakteri içinde faj çoğalması bakterinin canlılığını ve
çoğalmasını etkilemez.
 Bu yüzden bu tür fajlara bakterilerin yaşamlarını etkilemediği
için temperate ya da ılımlı faj adı verilir.

 Bakterilerde hiçbir değişiklik olmaz ve bakteriler normal

yaşamlarına devam ederler.
 Nonlitik enfesiyonlar 2 şekilde oluşur
1 – Persisten Enfeksiyon
2 - Lizojenik Enfeksiyon
Persisten Enfeksiyon
 Konak bakteri sitoplazmasında bulunan faj bağımsız replikasyona
uğramaz.

 Faj DNA’sı stoplazmada epizom olarak kalır ve bakterinin her

bölünmesinde faj da replike olarak yavru bakteriye aktarılır.

 Bu şekilde faj bakteri içerisinden çıkmaksızın nesilden nesile

aktarılarak canlılığını sürdürür.

 İçinde bulundukları bakterilere zararları bulunmaz.

Lizojenik Enfesiyon
 Bazı fajlar bakteri içine girdikten sonra faj DNA’sı bakteri
DNA’sı ile entegre hale gelir

 Bu şekilde DNA'sı ile bütünleşmiş faj taşıyan bakteriye

lizojen bakteri adı verilir.
 Bu olaya lizojeni, bağlanan faja da profaj adı verilir.

 Lizojenik bakteriler de diğer bakteriler gibi çoğalırlar ve

hayati fonksiyonlarını devam ettirirler.
 Böylece bir lizojenik bakteriden iki yavru lizojenik bakteri
meydana gelir.

 Profaj litik faja dönüşebilir.

 Transdüksiyon

 Bir bakteriyofaj aracılığıyla, bir bakteriden diğerine

genetik madde aktarılması olayıdır.

 Transdüksiyon olayında, alıcı bakteri (bakteriyofajın girdiği

bakteri) verici bakterinin (bakteriyofajın ayrıldığı bakteri)
bazı özelliklerini kazanmış olur.
 Klinik önemi
 1. Birçok yüksek oranda patojenik bakteriyel toksin, bakteriyofaj
genomları tarafından kodlanır,
 Konakçı bakterinin, yalnızca toksin kodlayan faj tarafından
lisojenize edildiğinde patojenik olması gerekir.
 Faj kodlu toksinleri olmadan, bu bakteri türleri ya daha az
patojeniktir ya da hiç patojenik değildir. 

 2. Bakteriyofajlar, antimikrobiyal direnç genlerini içerebilen

yatay gen transferi için vektörlerdir.
 Ayrıca, bu kullanım şu anda test aşamasında olmasına rağmen, klinik etki için
genleri spesifik suşlara sokmak için tasarlanmaktadır.
 Lizojen bakteriyofajla kodlanan
ekzotoksinler
 1. Difteri toksini; patojen olmayan
Corynebacterium diphtheriae lizojenik değişim
sonucu toksin üretir hale gelebilir.
 2. Shiga toksin
 3. Eritrojenik toksin (Streptococcus
pyogenes)
 4. Botulizm toksini
 5. Toksik şok sendromu toksini
 6. Kolera toksini
Bakteriyofajların Bulundukları
Yerler ve İzolasyonları
 Bakteriyofajlara genellikle bakterilerin bulunduğu her
yerde rastlanır,

 Bu nedenle sindirim sisteminde, dışkıda, lağım

sularında, derelerde, göllerde, gübreli topraklarda ve
deniz sularında bolca rastlanır.
 Buralardan kolaylıkla izole edilebilirler.

 Diğer bir faj kaynağı ise profaj taşıyan lizojenik

bakterilerdir.

 Faj izolasyonu için özellikle dışkı ve dışkı içeren

sıvılar çok uygundur.
 Dışkıdan Faj İzolasyonu
 Dışkıdan bir miktar alınarak sıvı besiyerine ekilir ve homojenize edilir.

 Kültür sıvısı santrifüj edildikten sonra üst sıvı alınarak 0.2 um çapındaki
filtrelerden süzülür.

 Bakteriler bu filtreyi geçemez, fajlar ise geçerler.

 Fajın varlığı katı besiyeri üzerinde üretilen çeşitli bakteri kültürleri

üzerine süzülen bu sıvıdan damlatılarak tespit edilir.

 Filtrat damlatılan yerlerde erime olması faj varlığını gösterir.

Faj Üremesinin Gözlenmesi

 Faj üremesinin gözlenmesi üremekte

olan bakteri kültürleri üzerine faj
içeren sıvıdan ekimler yapılarak
olmaktadır.
 Bu da iki şekilde yapılabilmektedir.
1 – Sıvı besiyerinde faj üremesinin gözlenmesi
2 – Katı besiyerinde faj üremesinin gözlenmesi
Sıvı besiyerinde Faj Üremesinin
Gözlenmesi
 Sıvı besiyerine önce bilinen bakteriden ekilir.
 37 oC'de 4-5 saat inkübe etmek suretiyle bakterinin bir miktar üremesi
sağlanır.
 Hafif bir bulanıklık elde edildiğinde, bu bakteri kültürü üzerine,
bakteriye özgül faj içeren solüsyondan belirli bir miktar ekilir ve
karıştırılır.
 37 oC'de 8-10 saat inkübe edilir.
 Bu süre sonunda faj üremesine bağlı olarak bakteriler lizise uğrarlar.
 Buna bağlı olarak da normalde bulanık olan kültürün görünümü
berraklaşır.
Katı Besiyerinde Faj Üremesinin
Gözlenmesi
 Bu amaçla katı besiyeri üzerine tüm yüzeyi kaplayacak şekilde
bilinen bakteri süspansiyonundan ekilir.
 4 - 5 saat süreyle 37 0C'de inkübe edilir.
 Bu süre içinde ekilen bakteriler üremeye başlarlar.
 Daha sonra besiyeri üzerine belli bir miktar faj solüsyonundan
damlatılır ve bütün yüzeye yayılır.
 37 oC'de bir gece inkübe edilir.
 İnkübasyon sonunda faj ekilen bölgelerde, bakteri erimesine bağlı
olarak yuvarlak plakların oluştuğu görülür.
 Bunlara faj plakları adı verilir.
 Her bir faj düştüğü alandaki bakterileri eriterek plak oluştururlar.
 Eğer çok sayıda faj düşmüşse, faj üremesine bağlı olarak tüm
alanlarda bakteri erimesi gözlenir.
 Bu durumda faj plakları gözlenemez.
 Faj plakları 10-15 mm büyüklüğünde olabileceği gibi, gözle zor
görülecek kadar küçük de olabilirler
Bakteriyofajların Kullanım Yerleri

 Bakteriyofajlar en yaygın olarak bakterilerin tip tayininde

kullanılır. Bu ise epidemiyolojik araştırmalarda önemlidir.

 Bakteriyofajlar ancak belirli tür bakterilere ve bu türler

içindeki belirli suşlara etki ederler.

 Bu şekilde eldeki bilinen fajları mevcut bakterilerle

deneyerek, bakterileri tiplendirmek mümkündür.
 Antibiyotikler geliştirilmeden önce
Salmonella, Shigella, E. coli, Vibrio cholera
ve Stafilokok enfeksiyonlarında fajlar
tedavi maksadıyla kullanılmakta idi.
 Günümüzde de benzer çalışmalar vardır,
 Günümüzde fajlardan genellikle rekombinant DNA
teknolojisinde yararlanılmaktadır.
 Rekombinant DNA teknolojisinde genellikle fajlar aracı
(vektör) bir molekül olarak kullanılmaktadır.
 Bazı önemli genetik bilgiler fajlara entegre edilerek duyarlı
bakteriye verilirler.
 Bu sayede bakterilere istenilen genlerin ekspresyonu sağlanmış
olur (örneğin aşı çalışmalarında).