• U oktobru 1991. SR Bosna i Hercegovina izglasava
suverenost da bi potom uslijedio i referendum za nezavisnost u februaru 1992. Srpsko stanovništvo uglavnom je bojkotovalo referendum. Odmah po proglašavanju nezavisnosti i međunarodnog priznanja zemlje u aprilu 1992, izbija rat u Republici Bosni i Hercegovini. Republika Bosna i Hercegovina primljena je u Ujedinjene nacije 22. maja 1992. Već 1991. hrvatski predsjednik Franjo Tuđman sklapa dogovor o podjeli Bosne i Hercegovine sa srbijanskim predsjednikom Miloševićem na sastanku u Karađorđevu. O podjeli Bosne i Hercegovine danas postoji mnogo dokumentacije, a izdvajaju se Tuđmanovi stenogrami, ali i svjedočenja Stjepana Mesića, nekadašnjeg predsjednika Predsjedništva SFRJ, Ante Markovića, nekadašnjeg premijera SFRJ, i mnogih drugih svjedoka vremena. • Rat traje do 1995, a u njemu stradaju Bošnjaci, Srbi i Hrvati, a nad Bošnjacima Srebrenice počinjen je i genocid. • Sva tri naroda u zemlji rat doživljavaju na različite načine, vidjevši u njemu ugrožavanje vlastitih nacionalnih interesa, tako da se u srpskim medijima koristi izraz "Otadžbinski", a u hrvatskim "Domovinski rat". • Početkom 1992. vraća se i historijsko ime Bošnjak kao ime nacije, koje zamjenjuje dotadašnju vjersku oznaku "Musliman". Intervencijom međunarodnih vojnih snaga rat je završen, a Bosna i Hercegovina očuvala je svoj državnopravni i historijski kontinuitet. Dejtonski sporazum
• U američkom gradu Daytonu 21. novembra 1995. sve zaraćene strane potpisuju
mirovni sporazum, čime je neslužbeno završen rat. • Konačni sporazum potpisan je u Parizu 14. decembra 1995. Dejtonski sporazum potvrdio je Bosnu i Hercegovinu kao samostalnu i suverenu državu u Evropi. • Prema ugovoru Bosna i Hercegovina sastoji se iz dvije administrativne jedinice: Federacije Bosne i Hercegovine i Republike Srpske, te Brčko distrikta, koji ima poseban status i ne pripada nijednom entitetu. • Reintegracija države i njena obnova odvija se sporo i otežano zbog međusobnog nepovjerenja i neprevladanih posljedica rata. • Međunarodne snage pod komandom NATO-a u decembru 2004. zamijenile su snage Evropske unije i partnerskih zemalja (European Union Force – EUFOR). • Na općim izborima održanima početkom 2000-ih (2002, 2006, 2010, 2014) uglavnom su pobjeđivale stranke desnog centra, uz povremene uspjehe socijaldemokratskih stranaka u Federaciji BiH. • Nastojanja HDZ-a BiH za uvođenjem samouprave na područjima većinski naseljenim Hrvatima bila su 2001. spriječena smjenom Ante Jelavića, hrvatskog člana Predsjedništva BiH. U Republici Srpskoj nastavljeno je političko suprotstavljanje jačanju državnosti BiH.
• Zaključno sa 2020. Bosna i Hercegovina je kandidat za članicu NATO-a, te
potencijalni kandidat za pristupanje Evropskoj Uniji nakon što je Evropska komisija odgovorila pozitivno na upitnik 29. maja 2019. Slobodan Milošević, Alija Izetbegović i Franjo Tuđman parafiraju Dejtonski mirovni sporazum u vojnoj zračnoj luci Right-Paterson 21. novembra 1995.