Nukleové kyseliny

C2132 Úvod do bioinformatiky – seminář

Jaro 2022
Mgr. Josef Houser, Ph.D.
 Úkol 1 – Nukleové báze
• Rozlišujeme nukleové báze dvojího typu: pyrimidinové a purinové.

pyrimidin purin

Cytosin 3 H-vazby Guanin 3 H-vazby

Thymin 2 Adenin 2
Uracil 2

Více k chemii nukleových bazí např. viz C3050 Organická chemie II

 Úkol 1 – Nukleové báze
A) B) C)

D) E) F)
 Úkol 2 – Levo- a Pravotočivost
• Šroubovice je chirální objekt u kterého můžeme rozlišit levo- a pravotočivost.

Pravotočivá Levotočivá

http://mdg.vsb.cz/jdolezal/StudOpory/Geometrie/Krivky/Sroubovice/Sroubovice.html
Skluzavka v zoo Jihlava
 Úkol 2 – Levo- a Pravotočivost

Čebínka Ostrá horka Mokrá-Horákov Fajtův kopec

 Úkol 2 – Levo- a Pravotočivost
A) B)

C) D)
 Úkol 3 – Komplementární sekvence
• Komplementární řetězec DNA se páruje s druhým řetězcem.
• Sekvenci každého vlákna však VŽDY zapisujeme od 5’ konce.

ATGC

1 5’ - A T G C - 3’

2 3’ - T A C G - 5’

3 5’ - G C A T - 3’

4 GCAT
 Úkol 3 – Komplementární sekvence
• Která sekvence je komplementární k sekvenci zadané?

ATGCGCA TACGAG ?

1) AUGCGCA
2) TACGCGT GAGTCT ?

3) TGCGCAT
4) GTATACG AATATT ?
 Úkol 4 – Překlad DNA sekvence do
proteinu
• DNA sekvence obsahuje vždy tři přímé a tři reverzní čtecí rámce.
Přímé Reverzní
+1 +2 +3 +4 +5 ... +1 +2 +3 +4 +5 ...
A T G T C G C A T G C C G G C A T G C G A C A T

+1 A T G T C G C A T G C C G G C A T G C G A C A T
Met Ser His Ala Gly Met Arg His

+2 A T G T C G C A T G C C G G C A T G C G A C A T
Cys Arg Met Ala Cys Asp

+3 A T G T C G C A T G C C G G C A T G C G A C A T
Val Ala Cys His Ala Thr
 Úkol 4 – Překlad DNA sekvence do
proteinu
• Přeložte následující sekvenci ve všech šesti čtecích rámcích.

CGCTTTGTTTTCCAGAA
 Úkol 5 – Databáze NDB
• Databáze NDB je dostupná online:
http://ndbserver.rutgers.edu/
Hledání podle parametrů Přímé hledání podle ID
 Úkol 5 – Databáze NDB
• V databázi NDB vyhledejte záznam s přístupovým kódem DDF031.

1) O jakou strukturu se jedná?

2) Co je to daunomycin a k čemu se používá?

3) Jakou metodou byla struktura získána?

 Úkol 6 – Genomové databáze
• Podívejme se na genomové zdroje dostupné na NCBI:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/
Textové vyhledávání

Genomové zdroje podle typu

 Úkol 6 – Genomové databáze
• Je v databázi dostupný genom mamuta?

?
 K zamyšlení a k diskusi
• Jak by vypadala kodonová tabulka, pokud by DNA měla jiný počet bází (2, 3, 6)?

• DNA a Island
https://www.cbc.ca/news/business/kissing-cousins-icelandic-app-warns-if-your-date-is-a-relative-1.1390256

"Bump the app before you bump in bed."

https://www.irishtimes.com/culture/unease-as-iceland-sells-its-entire-dna-1.1257452

Tahle země není pro GDPR…

https://www.seattletimes.com/nation-world/iceland-faces-a-dna-dilemma-whether-to-notify-people-carrying-cancer-genes/

…a další morální dilemata…