Regulacija ekspresije gena

(aktivnosti gena)

S. Branković – 2017
Regulacija ekspresije gena
(aktivnosti gena)

S. Branković - 2013
Ekspresija gena
 Ekspresija gena

•Funkcionalni produkt

Polipeptid Molekul RNK

Regulacija genske aktivnosti

Mehanizam regulacije
• Eukarioti- Pozitivan - stimulisanjem
• Prokarioti- Negativan –inhibiranjem
»Kontrola
• Prokariote – proces transkripcije, operon
• Eukariote –složeni mehanizam i više nivoa
 • Regulacija Genske aktivnosti PROKARIOTA
OPERON

Regulatory Promotor Operator Laktoza - strukturni geni

gene

DNK

mRNK

RNK polimeraza
Protein Aktivni ne može da se veže za
represor promotor

OPERON ISKLJUČEN (laktoza odsutna )

RNK polimeraza
transkripcija strukturrnih gena

DNK
RNK polimeraza
vezana za promotor
mRNK

Protein

Inaktivan
Laktoza represor Enzimi za razgradnju laktoze

OPERON UKLJUČEN ( lnaktivan laktozni represor )

lac operon stvara enzime koji razlažu laktozu samo kada je ona prisutna
Regulacija genske aktivnosti (sinteze proteina)
kod eukariota
Regulacija genske aktivnosti je ujedno i regulacija
biosinteze proteina
• Sve telesne ćelije:

– isti genetički materijal

– razlika u sintezi
specifičnih proteina

tj. genskoj aktivnosti

 Regulacija genske aktivnosti
Ekspresija
(sinteze gena
proteina) kod –
eukariota

housekeeping geni
housekeeping geni • aktivni u svim
aktivni u svim ćelijama ćelijama:
Proteini citoskeleta,
histoni, nehistonski
Geni koji se uključuju i isključuju po proteini hromatina,
potrebi određenim regulatronim proteini retikuluma
mehanizmima ribozomalni proteini,
enzimi glavnih
metaboličkih puteva
 • Životni ciklus Haploidni gameti (n = 23)

čoveka
Jajna ćelija

Spermatozoidi
MEJOZA FERTILIZACIJA

Iz oplođene jajne
ćelije mitotskim Diploidni
deobama nastaje zigot
(2n = 46)
novi organizam u Multicelularni
diploidni adulti
kome su ćelije (2n = 46)
diferencirane, dakle
specijalizovane za
određene funkcije Mitoza i razviće

Homo sapiens
Zigot – prva ćelija novog organizma

Do diferencijacije dolazi zbog selektivne

upotrebe gena, što znači da su različiti geni
aktivni u različitim stadijumima razvitka.

Sva jedra eukariotskih organizama

sadrže sve potrebne gene za razvitak novog
organizma – to nazivamo totipotentnost

Totipotentni, multipotentni i unipotentni

Diferencijacija ćelija se događa bez

promena u genetičkom materijalu.
Regulacija genske aktivnosti (sinteze proteina)
kod eukariota

• Kloniranje organizama
• metod:
– prenošenje jedra telesne ćelije
davaoca u oocitu bez jedra

• kloniranje vodozemaca:
– 1970-ih godina
• Rani eksperimenti sa transplantacijom jedra
kod žabe

Punoglavaca (larva žabef) Jajna ćelija žabe

Nukleus

UV
Intestinalna ćelija
Nukleus

Transplantacija
Nukleus
nukleusa
razoren

Punoglavac
(8 ćelijski
Embrion)

– Kloniranje punoglavaca
 Regulacija genske aktivnosti (sinteze
proteina) kod eukariota

Ovca Doli (1996.)

i njen “otac” Ian Wilmut,
Edinburg, Škotska
• Prvi klon kod sisara ovca
Dolly, nastala 1997

– Dolly očigledan
dokaz razvojnog
potencijala jedra
ćelije
Regulacija genske aktivnosti (sinteze proteina)
kod eukariota

• Sve telesne ćelije:

– isti genetički materijal

– razlika u sintezi
specifičnih proteina
tj.
genskoj aktivnosti

kada? gde?
 Regulacija genske ekspresije –
sinteze proteina kod eukariuota
Regulacija genske ekspresije kod eukariota
zavisna je od organizacije genoma

Tokom razvića organizma geni se aktiviraju i inaktiviraju

zavisno od toga da li je njihov produkt potreban ćeliji ili
nije

3 % gena aktivno u
jednoj diferenciranoj kada?
gde?
celiji
 Sinteza proteina:
transkripcija i translacija

DNK

RNK

G* AAAAAA obrada

translacija
Regulacija genske aktivnosti (sinteze proteina)
kod eukariota

• na nivou molekula DNK

• na nivou transkripcije
• na nivou post-transkripcione obrade
• na nivou translacije
• na nivou post-translacijske obrade
Regulacija genske aktivnosti (sinteze proteina)
kod eukariota

• na nivou molekula DNK

• na nivou transkripcije
• na nivou post-transkripcione obrade
• na nivou translacije
• na nivou post-translacijske obrade
Regulacija genske aktivnosti na nivou molekula
DNK
• hemijske modifikacije
– DNK
– histona
• amplifikacija (umnožavanje)
• eliminacija (gubitak)
• preraspodela
• pozicioni efekat
• heterohromatinizacija
Regulacija genske aktivnosti na nivou molekula
DNK
• hemijske modifikacije
– DNK
– histona
• amplifikacija (umnožavanje)
• eliminacija (gubitak)
• preraspodela
• pozicioni efekat
• heterohromatinizacija
GENSKA REGULACIJA KOD EUKARIOTA

Pakovanje DNK
kod eukariotskih
hromozoma
pomaže regulaciju
ekspresije gena kod
eukariota
 Hemijske modifikacije
DNK i histona

• histoni vrše nespecifičnu inaktivaciju DNK

DNK histon H1

histonsko jezgro

nukleozom
 Hipometilacija gena povezan
ipermetilacija citozina povezana je s aktivnošću gena
je sa supresijom gena
• modifikacije DNK: • modifikacije histona:

METILACIJA ACETILACIJA
CITOZINA
CH3
FOSFORILACIJA
5metil-C
METILACIJA

inaktivacija aktivacija
gena gena
Oko 80% DNK sisara je metilirano, odnosno 5% citozinskih baza
• Geni koji su uvek aktivni nisu metilirani
 Hemijske modifikacije
DNK i histona
• Modifikacije DNK • DNK
– Demetilacija/ aktivacija – Metilacija| inaktivacija
• Histoni • Histoni
– acetilacija – deacetilacija

genetički aktivni genetički neaktivni regioni

regioni
DNK metil-
transferaza deacetilaza

demetilaza acetilaza

Modifikacija hromatina i aktivnost gena može se povezati sa stupnjem

metilacije. Metilacija ne sprečava replikaciju
Metilacija – 3 fenomena aktivnosti gena

CpG ostrva-
p p p p
segmenti DNK dužine 1-2 kb
u kojima dominiraju CpG C G C G C
G C G C G
p p p p
– retki van genetički
aktivnih regiona Nekoliko procenata
– metilirani u neaktivnim citozinskih ostataka je metilirano
genima kod većine eukariotskih
– demetilirani u genima sa organizama, naročito u CG
tkivno specifičnom sekvencama
aktivnošću
 TF RNK pol

Activacija
transkripcije
Nemetilisana CpG
ostrva

TF RNK pol

CH3 CH3 CH3 Represija

transkripcije

Metilisana CpG ostrva

 Kontrola razvica organizma
S
tS ADULT
Telesne
et ćelije
p
e
ep Spermatoz.
en De novo metilacija u
n telesnim ćelijama
m
m
ee
tt
i Jajna ćel.
ll
a Placenta,
a De novo metilacija Demetilacija u žum kesa
c
ci u gametogenezi ranoj
ij embriogenezi De novo metilacija u
trofoblastu
je
e
Primord.
germ. ćel. Primord.
blastocista germ. ćel.

fertilizacija

Razvojni period
Održavanje nekog uzorka metilacije iz jedne
generacije ćelija u drugu rezultat je aktivnosti enzima
metilaze
Genomski imprinting - otisak
Aktivnost alela
• u odredjenom tkivu/
razvojnom periodu
zavisi od RODITELJSKOG POREKLA

? ?
metilacija DNK

XX u gametogenezi
 Genomski imprinting - otisak

RETKA POJAVA U
GENOMU ČOVEKA !!!
 #6o
 #7m
 # 11 o
 #14 om
 #15 om
Genomski imprinting - otisak

? ?
metilacija DNK
A
B XX A
B u gametogenezi

A
A* A B*
A B B* A
B* B*

A*
zigot A*
B B
A* A
B B* A*
B
 Genomski imprinting - otisak
Region hromozoma br .15 podleže genomskom imprintingu
Aktivni su ili majčini ili očevi aleli

majčin alel

del. 15q

Angelmanov sindrom
Genomski imprinting - otisak

očev alel

del. 15q

Prader-Willi-jev sindrom
 Genomski imprinting - otisak

majčin alel očev alel

del. 15q

Angelmanov sindrom Prader-Willi-jev sindrom

Regulacija genske aktivnosti na
nivou molekula DNK
 hemijske modifikacije
 DNK
 histona
 amplifikacija (umnožavanje)
 eliminacija (gubitak)
 preraspodela
 pozicioni efekat
 heterohromatinizacija
 Amplifikacija – umnožavanje
segmenata DNK

• oocita vodozemaca
(Xenopus laevis)
– amplifikacija rDNK amplifikacija gena gde se
stvara veliki broj kopija gena
za rRNK čime se povećava
stvaranje ribozoma koji će se
koristiti u ranoj embriogenezi
Regulacija genske aktivnosti na
nivou molekula DNK
 hemijske modifikacije
 DNK
 histona
 amplifikacija (umnožavanje)
 eliminacija (gubitak)
 preraspodela
 pozicioni efekat
 heterohromatinizacija
 Eliminacija – gubitak
segmenata DNK
gubitak genetskog
• kod nižih vrsta materijala kao
– Valjkasti crvi (C. Ellegans) mehanizam genske
fragmentacija hromozoma u telesnim ćel. regulacije zapažen
je kod Protozoa,
valjkastih crva i
insekata

germinativna ćel.=2n
telesne ćel. <2n
Regulacija genske aktivnosti na
nivou molekula DNK
 hemijske modifikacije
 DNK
 histona
 amplifikacija (umnožavanje)
 eliminacija (gubitak)
 preraspodela
 pozicioni efekat
 heterohromatinizacija
 Preraspodela u okviru
gena / subgena
• Geni za Ig – preraspodela specifičnih regiona tokom
diferencijacije B limfocita

V1 V2 V3 V4... J1 J2 J3... C CC

DNK

RNK
antitelo

protein
Regulacija genske aktivnosti na
nivou molekula DNK
 hemijske modifikacije
 DNK
 histona
 amplifikacija (umnožavanje)
 eliminacija (gubitak)
 preraspodela
 pozicioni efekat
 heterohromatinizacija
 Pozicioni efekat

• promena pozicije (mesta) gena

promena aktivnosti
rearanžmani genetičkog materijala- mogu
dovesti do pozicionog efekta odnosno do
Burkitov limfom: promene aktivnosti gena usled premeštanja
u deo sa drugačijom konformacijom
hromatina (premeštanjem gena iz
euhromatinskog u heterohromatinski region
postiže smanjenje ekspresije, i obratno)
t(8/14)

myc Ig
Ig aktivacija
myc protonkogena
#8 #14
Regulacija genske aktivnosti na
nivou molekula DNK
 hemijske modifikacije
 DNK
 histona
 amplifikacija (umnožavanje)
 eliminacija (gubitak)
 preraspodela
 pozicioni efekat
 heterohromatinizacija
 Karakteristike hromatina

Euhromatin Heterohromatin
aktivan neaktivan
konzistencija rastresit kondenzovan
replikacija ranije kasnije
veze sa H1 slabe čvrste
nukleaza
DA NE
senzitivna mesta

metilirani C NE DA

CpG ostrva DA NE
 Heterohromatinizacija

• inaktivacija X - Barovo telo

XIST RNK +
metilacija DNK
Regulacija genske aktivnosti
(sinteze proteina) kod eukariota

 na nivou molekula DNK

 na nivou transkripcije
 na nivou post-transkripcione obrade
 na nivou translacije
 na nivou post-translacijske obrade
 Kontrola
transkripcije
• Faza INICIJACIJE !!!

prokariote eukariote
 Inicijacija
transkripcije

• elementi DNK • transkripcioni faktori

(cis – elementi): (trans-faktori):
– promotor – Opšti-
• TATA blok
– Specifični-
• GC blok
– inducibilni
– pojačivači (enhancers)
• utišivači (silencers)
– REs (response elements)
– Insulatori
 Inicijacija
transkripcije

opšti TF +
RNK pol II
preinicijacioni
kompleks - PIK

promotor

početak
transkripcije
 Inicijacija
transkripcije

opšti TF +
RNK pol II
preinicijacioni
kompleks - PIK

promotor

početak
transkripcije
 Inicijacija
transkripcije

opšti TF +
RNK pol II
preinicijacioni
kompleks - PIK

promotor

početak
transkripcije
 Inicijacija
transkripcije

opšti TF +
RNK pol II
preinicijacioni
kompleks - PIK

promotor

početak
transkripcije
 Inicijacija
transkripcije

opšti TF +
RNK pol II
preinicijacioni
kompleks - PIK

promotor

početak
transkripcije
 Inicijacija
transkripcije

şpecifični
specifični TF TF

pojačivač

pojačivač specifični TF
+ PIK

početak
transkripcije
 Inicijacija
transkripcije

specifični TF-za određeni tip ćelije i

za određeni deo životnog icklusa
şpecifični
specifični TF TF

pojačivač promotor

pojačivač specifični TF
+ PIK

početak
transkripcije
 Inicijacija
transkripcije

şpecifični
specifični TF TF

pojačivač promotor

pojačivač specifični TF
+ PIK

početak
transkripcije
 Inicijacija
transkripcije
• Rubenstein-Taybi-jev sindrom
– mutacija u genu za
KOAKTIVATOR
 Hox geni i Hox proteini

Hox geni kod različitih vrsta

 Inicijacija transkripcije

receptor steroidni
hormon
Regulatorni proteini, aktivirani
inducibilni delovanjem nekog hormona
faktori
gen1 gen1

gen2 gen2
REs
gen3 gen3
 Inicijacija transkripcije

receptor steroidni
hormon
inducibilni
faktori
gen1 gen1

gen2 gen2
REs
gen3 gen3
 Inicijacija transkripcije

receptor steroidni
hormon
inducibilni
faktori
gen1 gen1

gen2 gen2
REs
gen3 gen3
 Inicijacija transkripcije

receptor steroidni
hormon
inducibilni
faktori
gen1 gen1

gen2 gen2
REs
gen3 gen3
 Insulatori-

Ograničavaju delovanje pojačivača i prigušivača

No transcription
 Transkripcioni faktori

• Regulatorni proteini
– domen vezivanja za DNK
– specifičan domen

zavojnica-petlja- “cinkovi leucinski

zavojnica prsti” rajsferšlus
 HTH (helix-turn-helix) zavojnica – žleb - zavojnica

Funkcionišu kao monomeri

Helix-loop-helix- zavojnica –petlja – zavojnica

Funkcionišu kao dimeri u paru

 Zinc finger – Cinkovi prsti

Preko ovih regiona se uspostavlja veza sa DNK

Leucin zipper - Leucinski rajsferšlus
 Kontrola transkripcije

• korišćenje različitih promotora

– specifični za tkivo/razvojni period

gen za distrofin
Regulacija genske aktivnosti
(sinteze proteina) kod eukariota

 na nivou molekula DNK

 na nivou transkripcije
 na nivou post-transkripcione obrade
 na nivou translacije
 na nivou post-translacijske obrade
 Post-transkripciona obrada
primarnog prepisa iRNK

• alternativno (različito)
– povezivanje egzona i iskrajanje introna
– vezivanje poli-A repa
– 4 introna i 5 egzona gen za kalcitonin

gen za 1 2 3 4 5 5a
kalcitonin

i RNK

G* AAAAAA G* AAAAAA
obrada
Kalcitonin CRP
štitna žl. polipeptid
nervno tk.
 Dejstvo hormona
na stabilizaciju RNK
• Prolaktin sinteza kazeina

– 3x transkripcija

– 20x poluživot iRNK

 RNK editovanje

• Naknadna modifikacija zrele iRNK

– modifikacija baza – promena kodona!
– vrlo retko!!!

C U
*

A Inozin (kao G)
*
Regulacija genske aktivnosti
(sinteze proteina) kod eukariota

 na nivou molekula DNK

 na nivou transkripcije
 na nivou post-transkripcione obrade
 na nivou translacije
 na nivou post-translacijske obrade
 Kontrola translacije

• Uloga UTR regiona na iRNK za koju se vezuju

regulatorni proteini, koji kontrolisu intenzitet
translacije
 Kontrola translacije

• Uloga UTR regiona na iRNK

Zigot u ranim stadijumima brazdanja:

•koristi RNK sintetisane u periodu oogeneze,
koje se aktiviraju produženjem poli-A repa!
Regulacija genske aktivnosti
(sinteze proteina) kod eukariota

 na nivou molekula DNK

 na nivou transkripcije
 na nivou post-transkripcione obrade
 na nivou translacije
 na nivou post-translacijske obrade
 Post-translacijska obrada

• Modifikacija polipeptida posle translacije

Pre-pro-insulin

Pro-insulin
- 23 ak

lanac C

Insulin
lanac B lanac A