Kod genetyczny – czym jest ? Kod genetyczny – reguła, według której informacja genetyczna, zawarta w sekwencji nukleotydów kwasu nukleinowego (DNA lub RNA), w komórkach wszystkich organizmów może ulegać „tłumaczeniu” na kolejność aminokwasów w ich białkach w procesie biosyntezy białek (a konkretnie transkrypcji i translacji). Cechy kody genetycznego Trójkowy – trzy leżące obok siebie nukleotydy tworzą podstawową jednostkę informacyjną (triplet, inaczej kodon). Niezachodzący – kodony nie zachodzą na siebie. Bezprzecinkowy – każdy nukleotyd w obrębie sekwencji kodujących wchodzi w skład jakiegoś kodonu, więc pomiędzy kodonami nie ma zasad bez znaczenia dla translacji. Zdegenerowany – różne kodony (różniące się na ogół tylko trzecim nukleotydem) mogą kodować ten sam aminokwas Jednoznaczny – danej trójce nukleotydów w DNA lub RNA odpowiada zawsze tylko jeden aminokwas. Kolinearny – kolejność ułożenia aminokwasów w białku jest wiernym odzwierciedleniem ułożenia odpowiednich kodonów na matrycowym RNA (mRNA). Uniwersalny – powyższe zasady są przestrzegane dość dokładnie przez układy biosyntezy białek u wszystkich organizmów, jakkolwiek zdarzają się niewielkie odstępstwa od tej prawidłowości wśród wirusów, bakterii, pierwotniaków, grzybów i w mitochondriach Czym jest biosynteza białka ? Biosynteza jak sama nazwa mówi jest procesem prowadzącym do wytworzenia cząsteczek białka. Proces ten zachodzi we wszystkich żywych komórkach, a także jest możliwy do przeprowadzenia in vitro. Biosynteza białka może być rozumiana jako pełny proces w którym informacja zapisana w sekwencji DNA jest w procesie transkrypcji przepisywana na cząsteczki RNA, a powstałe w ten sposób cząsteczki RNA są wykorzystywane przez rybosomy jako źródło informacji potrzebnej do syntezy białka w procesie translacji.. Etapy biosyntezy Etap I to transkrypcja odpowiedniego odcinka DNA, która polega na syntezie RNA na matrycy określonego odcinka DNA przy udziale polimerazy RNA. RNA powstały w wyniku transkrypcji, zawierający informacje dla syntezy białek, zwany jest mRNA. Przenosi on transkrybowaną informację genetyczną z jądra do cytoplazmy. Tutaj dochodzi do modyfikacji mRNA. Etap II to translacja Znajdujące się w cytoplazmie aminokwasy są przenoszone na rybosomy za pomocą tRNA. Cząsteczki tRNA z doczepionymi aminokwasami przedostają się do rybosomów i kolejno dopasowują się, na zasadzie komplementarności, swoimi antykodonami do odpowiednich kodonów mRNA. Translacja zaczyna się od kodonu startowego, zapewniającego dalsze odczytywanie mRNA we właściwej kolejności - najczęściej jest to kodon AUG lub GUG, a kończy się kodonem symbolizującym ostatni aminokwas) Schemat Budowa i przykład procaryota – E.Coli Dwa typy biosyntezy - procaryota proces transkrypcji oraz translacji zachodzą w cytoplazmie komórki. U organizmów tych nie występuje proces splicingu, tak więc mRNA powstające w wyniku transkrypcji może być natychmiast wykorzystane przez rybosomy w procesie translacji. Rybosomy Procaryota zaczynają zwykle translację nici mRNA, która jeszcze nie została do końca zsyntetyzowana – trwa jeszcze proces transkrypcji. Tak więc u organizmów prokariotycznych procesy transkrypcji i translacji nie są rozdzielone w czasie ani przestrzeni. Biosynteza - Eucaryota U organizmów eukariotycznych proces transkrypcji odbywa się w jądrze komórkowym. Powstałe cząsteczki RNA są nazywane pre-mRNA. Pre-mRNA jest zwykle poddawane procesowi splicingu. Do cząsteczek RNA dołączana jest tak zwana czapeczka (czyli nukleozyd 7- metyloguanozyna), struktura ta jest konieczna do rozpoczęcia translacji. Białkiem bezpośrednio odpowiedzialnym za rozpoznanie kapu (czapeczki) jest czynnik inicjujący translację EIF-4E. Powstałe cząsteczki mRNA są eksportowane do cytoplazmy komórki. W cytoplazmie mRNA jest używany przez rybosomy, jako matryca w procesie translacji. Biosynteza kolagenu 1. Synteza na retikulum śródplazmatycznym szorstkim Pierwsze łańcuchy alfa-kolagenu mają postać preprokolagenu. Przedrostek "pre" w tej nomenklaturze odnosi się do peptydowych sekwencji sygnałowych, które kierują translacją mRNA alfa-łańcucha na RE. 2. Potranslacyjna obróbka wewnątrz RE Następuje usuniecie peptydu sygnałowego (przez enzym peptydazę sygnałową). Zmienia to preprokolagenową postać łańcuchów alfa w strukturę prokolagenu. Następnym etapem jest hydroksylacja reszt proliny i lizyny. Potrzebne do tego są trzy enzymy: Hydroksylaza lizyny ,Prolilo-4-hydroksylaza Prolilo-3-hydroksylaza .Opisane reakcje wymagają jonów Fe2+ , kwasu askorbinowego, tlenu i alfa- ketoglutaranu Oprócz reakcji hydroksylacji, utworzenie stabilnej potrójnen helisy wymaga glikozylacji.Dalej następuje tworzenie wiązań disiarczkowych miedzy- i wewnątrzłańcuchowych w celu prawidłowego dopasowania do siebie łańcuchów alfa przed uformowaniem potrójnej helisy. Po uformowaniu superhelisy prokolagen jest transportowany do aparatu Golgiego, gdzie zachodzi ostateczna O-glikozylacja, po czym cząsteczki prokolagenu są pakowane do pęcherzyków transportowych i transportowane poza komórkę. 3. Obróbka pozakomórkowa Podczas sekrecji prokolagenu, N- i C- końcowe propeptydy są usuwane przez peptydazy prokolagenowe z utworzeniem tropokolagenu. Nowo utworzona cząsteczka tropokolagenu sama agreguje, tworząc włókienka. Każdy tropokolagen asocjuje równolegle, otoczony w koło czterema innymi tropokolagenami, tworząc kolagenowe włókienko, które razem tworzą włókna kolagenu. 4. Dojrzewanie Wewnątrz- i międzycząsteczkowe usieciowanie tropokolagenu tworzy się z czasem, co powoduje powolne dojrzewanie kolagenu. Pomiędzy aldehydami powoli tworzy się również kowalencyjne aldonowe poprzeczne usieciowanie, które nadaje dojrzałemu kolagenowi część jego siły rozciągania. Tworzy się ono powoli, ale w sposób ciągły podczas całego życia, w wyniku czego kolagen zaczyna tracić część swojej elastyczności. Jest to uboczny efekt starzenia. Uproszczony schemat syntezy Biosynteza elastyny Elastyna Cząsteczki elastyny są wydzielane przez fibroblasty do przestrzeni pozakomórkowej. Nieusieciowana (niedojrzała) forma elastyny to tropoelastyna. Łańcuchy polipeptydowe elastyny łączą się ze sobą za pomocą wiązań pomiędzy resztami lizyny (katalizuje oksydaza lizylowa) w sąsiadujących cząsteczkach elastyny w elastyczną sieć. Biosynteza keratyny Keratyny są białkami hydrofobowymi, o wysokiej odporności na czynniki fizyczne i chemiczne. Białka keratynowe cechują się wysoką zawartością aminokwasów siarkowych: cysteina (17%) metionina (0,5%) Cytokeratyny stanowią największą i najbardziej zróżnicowaną grupę filamentów pośrednich, wchodzącą w skład cytoszkieletu komórkowego. Keratyna Podjednostki keratyn zbudowane są według wspólnego planu. Wyróżnia się w nich alfa-helisową domenę centralną oraz globularne domeny N- i C- terminalne. Domena centralna, mająca wysoce konserwatywny charakter, składa się z 310-315 reszt aminokwasowych. Domeny N- i C-terminalne cytokeratyn liczą od 15 do 30 reszt. Podjednostki keratyn asocjując w struktury wyższego rzędu tworzą kolejno: dimery, protofilamenty, protofibryle, a w końcu filamenty pośrednie. W przeciwieństwie do cytokeratyn, keratyny "twarde" są strukturami dwufazowymi, w których włókna keratyny są zatopione w bezpostaciowej macierzy zbudowanej z białek o dużej zawartości siarki. Budowa keratyny Regulacja ekspresji genu Gen to odcinek DNA, który podlega transkrypcji. Składa się z sekwencji nietranskrybowanej, regulatorowej – promotora oraz sekwencji nukleotydów podlegającej transkrypcji. Wymienia się 3 rodzaje genów: geny kodujące mRNA, geny kodujące tRNA i geny kodujące rRNA. Zakodowane w mRNA białka ulegają syntezie w procesie translacji, a następnie biorą udział w kształtowaniu cech fenotypowych organizmu. Komórki eukariotyczne posiadają geny zlokalizowane w chromosomach. Znajdują się w jądrze komórkowym, a także w cząsteczkach nagiego DNA w mitochondriach i plastydach. Komórki prokariotyczne mają geny zlokalizowane na genoforze i plazmidach. Porównanie ekspresji genowej Procaryota Eucaryota
sekwencja regulatorowa 2) Transkrypcja i translacja są 2) nie ma rozdzielenia czasowego i rozdzielone w czasie i przestrzeni przestrzennego między transkrypcją i translacją 3) Brak promotorów; jeden promotor obsługuje jeden gen; każdy gen 3) Geny zebrane w operony; jeden regulowany indywidualnie promotor obsługuje wiele genów Ekspresja Eucaryota W komórkach eukariotycznych funkcjonują tzw. geny podzielone. Posiadają one fragmenty kodujące – egzony, a pomiędzy nimi są fragmenty niekodujące – introny. Po transkrypcji introny ulegają wycięciu, czyli splicingowi. Geny w komórkach prokariotycznych nie uległy podzieleniu.
Komórki eukariotyczne posiadają także operony. Są to zespoły genów
obsługiwane przez jeden promotor. Dlatego w wyniki transkrypcji powstają transkrypty wielogenowe. Dzięki temu syntetyzowane jest kilka rodzajów białek z udziałem jednego promotora. W komórkach eukariotycznych powstają jednogenowe transkrypty, ponieważ każdy gen ma swój własny promotor. Zatem syntetyzowany jest tylko jeden określony rodzaj białka. Najważniejsza kontrola ekspresji genu ma miejsce na poziomie transkrypcji (inicjacja!). W komórkach eukariotycznych sposobem regulacji ekspresji genów jest występowanie specjalnych białek, które mogą hamować lub pobudzać proces transkrypcji genów (silencery lub enhancery). Ekspresja Procaryota - Operony Bibliografia Biochemia Harpera - Autorzy: Robert Murray, Daryl Granner, Victor Rodwell Podstawy biochemii – Jerzy Kączkowski www.wikipedia.pl www.biologia.net.pl