4

ENZYMEN
Wat zijn enzymen?
Typische eigenschappen van enzymen als katalysten:
katalytische sterkte, specificiteit en regeling

Katalytische sterkte:
enzymen verhogen de reactie-
snelheid met een factor 1011 of hoger
Typische eigenschappen van enzymen als katalysten:
katalytische sterkte, specificiteit en regeling
Typische eigenschappen van enzymen als katalysten:
katalytische sterkte, specificiteit en regeling

Allosterische regeling
Fosforylatie
Proteolyse
G-proteinen
Genexpressie
Compartimentalisatie
Isozymen
Multienzyme complexen
Proteïne-proteïne interactie
 Nomenclatuur van enzymen

ATP + D-glucose  ADP + D-glucose-6-fosfaat

ATP:glucose fosfotransferase

EC 2.7.1.1
2: klassenaam  transferase
7: subklasse  fosfotransferase
1: fosfotransferase met OH groep als acceptor
1: D-glucose is fosforylgroep acceptor

Hexokinase
 Opbouw van enzymen

Enzymen hebben voor werking vaak een bijkomende chemische component nodig
= cofactor
Kan zijn: metaalion of organische molecule
coenzyme

Cofactor kan noncovalent of covalent gebonden zijn

Prosthetische groep

Compleet katalytisch werkzaam enzyme = holoenzyme

Eiwitdeel = apoenzyme Cofactor(en)

Cofactoren zijn vaak afgeleid van vitaminen of zijn sporenelementen

 COFACTOREN en PROSTHETISCHE GROEPEN E9

Biotine: cofactor, coenzyme, prosthetische groep : cofactor, coenzyme

*

* * *
* *
* *
*
Coenzyme Vitamine bron Metabole rol N of P

ATP - Transfer van fosforyl of nucleotidyl groepen N

S-Adenosylmethionine - Transfer van methylgroepen N
Uridine difosfaat glucose - Transfer van glycoslygroepen N
+ + -
NAD en NADP Niacine Transfer van hydride ionen (:H ) in redox- N
reacties
FMN en FAD Riboflavin (vit B2) Transfer van 1 of 2 e- in redoxreacties P
Coenzyme A (CoA) Pantotheenzuur (vit Transfer van acylgroepen N
B3)
Thiamine pyrofosfaat Thiamine (vit B1) Transfer van tweekoolstof fragmenten die P
(TPP) een carbonylgroep bevatten (bv aldehyden)
Pyridoxalfosfaat (PLP) Pyridoxine (vit B6) Transfer van aminogroepen van en naar P
aminozuren
Biotine Biotine ATP-afhankelijke carboxylatie van P
susbtraten of carboxyl-tranfer tussen
substraten
Tetrahydrofolaat Foliumzuur Transfer van 1-koolstof groepen, vooral N
formyl en hydroxymethyl groepen. Voorziet
bijvoor-beeld de methylgroep voor thymine
in DNA
Adenosylcobalamine Cobalamine (Vit B12) Transfer van H atomen en alkylgroepen P
Lipoamide - Oxidatie van een hydroxyalkylgroep van P
TPP gevolgd door transfer als een
acylgroep
Retinal Vitamine A Zicht P
Vitamine K Vitamine K Carboxylatie van bepaalde glutamaat P
residus
Ubiquinone (Coenzym Q) - Lipide oplosbar elektroncarrier N
Groepstransfer
coenzymes
 Redox
coenzymen
2. Hoe enzymen werken
 Thermodynamische beschouwingen
4Enzymen beïnvloeden de reactiesnelhied, niet de ligging van het evenwicht

 Mechanistische beschouwingen
4Zwakke E-S interacties worden geoptimaliseerd in de transitie toestand
4Bindingsenergie draagt bij tot specificiteit en katalyse

4Herschikking van bindingen met behulp van specifieke katalytische groepen

iAlgemene zuur-base katalyse
iCovalente katalyse
iMetaal-ion katalyse
iElectrostatische katalyse
Enzymen werken via het verlagen van de activatie-energie
voor reacties.
 Het optimaal binden van een enzym aan het reagens in
transitietoestand draagt op zichzelf al sterk bij tot katalyse
De bindingsenergie draagt bij tot specificiteit en katalyse
 De bindingsenergie draagt bij tot specificiteit en katalyse

Fysische en thermodynamische obstakels dragen bij tot G‡

GB helpt om deze obstakels te overwinnen
Bindingsenergie draagt bij tot het overwinnen van allerlei
obstakels die een reactie belemmeren.
Hoe helpt GB om de obstakels die dragen bij tot G‡ te overwinnen?

Obstakel 1:
Entropie daling
bij substraat-
orientatie

Bij binding van S aan E wordt - S‡ wel positiever,

maar H‡ wordt lager (negatiever). Gevolg: G‡cat daalt
Hoe helpt GB om de obstakels die bijdragen tot G‡ te overwinnen?

Obstakel 2: Solvatie

Enzymsubstraat interacties vervangen de meeste of alle

waterstofbruggen tussen S en water
Hoe helpt GB om de obstakels die dragen bij tot G‡ te overwinnen?

Obstakel 3: Verbuiging van substraten

Bindingsenergie van zwakke interacties die enkel in de

transitietoestand worden gevormd helpt thermodynamisch
te compenseren voor distorties of verbuigingen
Hoe helpt GB om de obstakels die dragen bij tot G‡ te overwinnen?

Obstakel 4: Behoefte aan een optimale positionering van

functionele katalytische groepen op het enzym

Induced fit
De aminozuurzijketens in de actieve site zijn van cruciaal belang
voor verschillende katalytische mechanismen

Zij helpen bij het herschikken van bindingen

Werking van enzymen door herschikking van bindingen

Algemene zuur-base katalyse

Covalente katalyse
Metaalion katalyse
Elektrostatische katalyse
Algemene vs specifieke zuur-base katalyse
Algemene zuur-base katalyse
Algemene zuur-base katalyse
Algemene zuur-base katalyse
Covalente katalyse
H
O
A
–
B

2
A
+
B

H
O
A
–
B+
X
: A
–
X+
B

2
A
+
X:
+B
Covalente katalyse
Metaalion katalyse

Carboxypeptidase A
3. Enzyme kinetika

 Factoren die de gekatalyzeerde reactiesnelheid beïnvloeden

4Substraat concentratie
4Temperatuur
4pH

 De Michaelis-Menten vergelijking
 Nut van de kinetische parameters
 Units -turnover number -Kcat/Km
 Multisubstraat reacties
 Inhibitie van enzymen
4Competitieve inhibitie
4Niet-competitieve inhibitie
4On-competitieve inhibitie
4Irreversibele inhibitie
4‘Suicide’ substraten
 6. Factoren die de gecatalyseerde reactiesnelheid
beinvloeden

Substraat-conc Temperatuur pH

E23
De Michaelis-Menten vergelijking
Alternatieve grafische voorstellingen van de
Michaelis-Menten vergelijking

Michaelis-Menten Lineweaver-Burke
E26
 Betekenis van de kinetische parameters

Km = maat voor de affiniteit van een enzym voor zijn substraat

Vmax = de maximale reactiesnelheid die een bepaalde hoeveelheid

enzym kan bewerkstelligen voor een reactie wanneer het enzym
volledig gesatureerd is met substraat

kcat = k2 = Vmax/[Et] = turnover getal = aantal substraat moleculen

die per tijdseenheid door 1 enzym molecule wordt omgezet wanneer
het enzym volledig is gesatureerd met substraat.

Kcat/Km is een maat voor de katalytische efficientie

 E29
De 3 belangrijke vormen van inhibitie

Competitief Non-competitief On-competitief

- I bindt enkel aan E - I bindt aan E en ES - I bindt enkel ES

- Km stijgt - Km onveranderd - Km en Vmax dalen

Vmax onveranderd - Vmax daalt - ratio Km/Vmax = Cte

- S en I zijn - S en I zijn NIET - S binding creert of

onderling exclusief onderling exclusief ontmaskert een
maar EIS is inactief I-bindingsplaats
Competitieve inhibitie
Competitieve inhibitie: effect op de curves
Non-competitieve inhibitie
Non-competitieve inhibitie: verschuiving van de curves
On-competitieve inhibitie
4. Regeling van enzym activiteit

 Allosterische regeling
 Regeling door fosforylatie
 Regeling door proteolyse
 Regeling door G-proteïnen
 Regeling door genexpressie te beïnvloeden
 Regeling door compartimentalizatie
 Regeling door variatie in isovorm expressie naargelang orgaan
 Regeling via de vorming van multienzym complexen
 Allosterische regeling -- 1

Negatieve feedback door allostere regeling

Aspartaat transcarbamoylase
 Allosterische regeling -- 2

Positieve feedback door allostere regeling

ADP-gevoelige enzymen in glycolyse en Krebscyclus

Regeling door fosforylatie

Fosforylatie regelt:
- conformatie
- intracellulaire lokalisatie
- interactie met andere eiwitten
- stabiliteit (al of niet afbreken)
- katalyse
- interactie met DNA
Regeling door proteolyse

Voorbeelden:
- bloedstolling
- spijsvertering
- caspasen in apoptosis
 Regeling door G-proteinen

Monomere G proteinen
- slechts 1 subunit
- vb: Ras activeert het Raf kinase

Heterotrimere G proteinen
- drie subunits  en 
- zowel  als de  dimeer kunnen andere enzymen activeren
- vb: Gactiveert het adenylaat cyclase dat cAMP maakt
Het ras eiwit bevat een moleculaire ‘switch’
Een puntmutatie in ras zorgt ervoor dat het proteine continu de
stroomafwaarts gelegen kinase pathways stimuleert
Ras-GTP stimuleert effectors betrokken in de stimulatie
van celgroei.
 Genexpressie

In bacterien:
enzymen voor de afbraak van bepaalde voedingsmoleculen
worden vaak pas geinduceerd als die molecule in de omgeving opduikt
bv inductie van -galactosidase door lactose

Bij de mens:
- vele geneesmiddelen induceren in de lever enzymen die dit geneesmiddel
afbreken of omzetten naar een meer werkzame vorm
- tijdens de celcyclus worden cycline afhankelijke kinasen cyclisch
geactiveerd door de synthese van de regelende cycline subunits
Verschillende weefsels brengen verschillende isoenzymvormen
tot expressie

Op deze manier past een weefsel de kinetische parameters van een

enzym aan aan haar metabole behoeften
Vorming van multienzym complexen

Het pyruvaat dehydrogenase complex

Enkele serumenzymen die vaak worden gemeten ter ondersteuning
van de diagnostiek.

SERUM ENZYME BELANGRIJKSTE DIAGNOSTISCH GEBRUIK

Aminotransferasen:
- Aspartaat aminotransferase (AST of SGOT) Hart infarct
- Alanine aminotransferase (ALT or SGPT) Virale hepatitis

Amylase Acute pancreatitis

Ceruloplasmin Hepatolenticulaire degeneratie

Creatine kinase Spierziekten en hart infarct

-glutamyl transpeptidase Verschillende leverziekten

Lactaat dehydrogenase (isozymes) Hart infarct

Lipase Acute pancreatitis

Zure fosfatase Gemetastaseerde prostaatkanker

Alkalische fosfatase Verschillende beenderziekten

Obstructieve leverziekten
Enzymen als detectoren van moleculen
Enzymen als doelwitten voor geneesmiddelen
Enzymen die zelf therapeutisch gebruikt worden
 Pathofysiologie

Mutaties
•Kanker
•Erfelijke ziekten

Activering of remming door lichaamsvereemde stoffen

Toxische enzymen
Hoe werkt aspirine? (1)
Hoe werkt aspirine? (2)
Hoe werkt aspirine? (3)
Hoe kunnen enzymen worden gebruikt voor de behandeling van
hartinfarct? (1)
Hoe kunnen enzymen worden gebruikt voor de behandeling van
hartinfarct? (2)

Monocyten migratie Vorming van ‘foam cells’

Vorming van ‘fatty streaks’ Vorming van fibreuze plaques

Hoe kunnen enzymen worden gebruikt voor de behandeling van
hartinfarct? (3)

Cardio.bayer.com
Hoe kunnen enzymen worden gebruikt voor de behandeling van
hartinfarct? (4)

http://www.fda.gov/fdac/features/1999/attack.html
Hoe kunnen enzymen worden gebruikt voor de behandeling van
hartinfarct? (5)
 Hoe werkt penicilline? (1)

http://www.pbs.org/wgbh/aso/databank/entries/dm28pe.html
chem.pdx.edu/~wamserc/ C334F99/1notes.htm
Hoe werkt penicilline? (2)
Hoe werkt penicilline? (3)
Hoe werkt penicilline? (4)
 Hoe werkt penicilline? (5)

web.chem.ucla.edu/~harding/ 140_w00_e3_key.html
Hoe kunnen enzymen gebruikt worden bij
de behandeling van kanker?
 Hoe werken anti-HIV geneesmiddelen? (1)

HIV heeft een levenscyclus met verschillende zwakke plekken

 Hoe werken anti-HIV geneesmiddelen? (2)

The HIV virus moet ‘rijpen’ door proteolytische splitsing van eiwitten
 Hoe werken anti-HIV geneesmiddelen? (3)

De 3D-structuur van het HIV protease is gekend

 Hoe werken anti-HIV geneesmiddelen? (4)

Indinavir (Crixivan) is een inhibitor van het HIV-protease

 Hoe werken anti-HIV geneesmiddelen? (5)

HIV-protease inhibitoren verhinderen de vorming van

‘rijpe’ viruspartikels
 Hoe werken anti-HIV geneesmiddelen? (6)

Dankzij de gekende kristalstructuur kan men via de computer

zoeken naar inhibitoren die goed in de katalytische site passen
 Hoe werken anti-HIV geneesmiddelen? (7)

Verschillende HIV-protease inhibitoren werden op deze wijze

verbeterd