PROTEİNLER

• Canlı organizmanın en önemli yapı

maddelerindendir. Canlıların büyümeleri,
üremeleri,kalıtımla bir nesilden diğer nesile
taşınması proteinler aracılığı ile olmaktadır.
Proteinle büyük moleküllü maddelerdir. Dayanıksız
olup molekül ağırlıkları yüksektir. Proteinler
yüzlerce amino asidlerin peptid bağları ile birbirine
bağlanmasından meydana gelir.Proteinler asidler,
alkaliler,ve özel enzimlerle hidroliz edilirse çeşitli
amino asidlerin karışımı elde edilir.
• Proteinler hücrede en sık karşılaşılan organik
moleküller olup hücrenin kuru kütlesinin en az
%50’sini oluştururlar.
• Bütün biolojik işlemlerde hayati önem
kazanırlar.
• Proteinlerin biyolojik fonksiyonları:
• Hormonların bir kısmı
• Taşıma ve depolama
• Enzimatik katalizleme
• Mekanik hareket
• Mekanik destek
• Bağışıklık
• Sinir uyarılarının üretimi ve iletimi
• Büyüme ve farklılaşmanın kontrolü
• Prot(o): Ben bir numarayım
• %50-55 C,
• %20-25 O,
• %15-17 N, (N oranı hemen hemen daima
sabit, ortalama %16)
• % 5-7 H,
• %0.4-2.5 S içerirler
• Proteinler büyük moleküllü,
• Dayanıksız maddeler
• Isı, ışık, asid ve bazla bozunurlar
• Amino asidlerin peptid bağları ile bağlanması ile
PROTEİNLER oluşur.
• Proteinlerin yapısına giren 22 farklı amino asid var.
• Proteinlerin içerisinde farklı sayıda ve farklı dizide
bulunan amino asidler, farklı yapıda olan ve farklı
fonksiyona sahip binlerce farklı proteinin
oluşumuna neden olur.
• Birincil yapı (Primer)
• İkincil yapı (Sekonder)
• Üçüncül yapı(Tersiyer)
• Dördüncül yapı (Kuaterner )

• 1930 ve 1940’lı yıllarda Linus Pauling ve

Robert Corey polipeptid zincirinin yapısını X
ışınları ile tayin etmişlerdir.
• Birincil yapı (Primer)
Belirli amino asidlerin, belirli sayıda ve belirli
bir diziliş sırasına göre peptid bağlarıyla
birleşmelerinden oluşur. Bu suretle oluşan peptid
zincirinin bir ucunda serbest amino grubu, diğer
ucunda serbest karboksil grubu bulunur.
O O
+
C N C N
H H
• İkincil yapı (Sekonder)
• Bir polipeptid zinciri içindeki peptid bağlarının N-H ve
C=O grupları arasında (molekül içi) veya birkaç
polipeptid molekülünün peptid bağlarının karşılıklı N-H
ve C=O grupları arasında (moleküller arası) hidrojen
bağlarının teşekkülü sonucunda meydana gelen
konformasyon proteinin ikincil yapısını teşkil eder.
• Peptid bağının -N-H grubunun ortaklanmamış
elektron çiftleri ile -C=O grubu arasındaki mezomeri
dolayısıyla karbon-azot bağı kısmen çift bağ özelliği
gösterir:
• Bu sebeple peptid grubu bir düzlem üzerinde bulunur ve
polipeptid zinciri bu çift bağın etrafında serbestçe dönemez.
Halbuki bir amino asidin C-2 (-karbon) atomu ile karbonil
karbonu ve C-2 atomu ile azot atomu arasındaki bağlar tam
anlamı ile tek bağlar olduğu için, polipeptid zinciri C-2 atomu
etrafından peptid grubunun bulunduğu düzlemin her iki
tarafına, serbestçe dönebilir. Sonuç olarak, bazıları
diğerlerinden daha sabit çeşitli polipeptid konformasyonları
mümkün olur. Bunlar arasında en dayanıklı konformasyonlar
polipeptid zincirindeki -N-H ve -C=O gruplarına hidrojen
bağları ile bağlı olanlardır.
• İkincil yapıyı hidrojen bağları oluşturur. Hidrojen bağları;
hidrojen atomu ile elektronegatif atomlar olan azot ve oksijen
arasında meydana gelir.
• Hidrojen bağları, protein molekülünde aşağıdaki gruplar
arasında oluşur.
1- Peptid bağlarındaki C=O.............H-N grupları arasında

2- Serbest karboksil karbonili...................... serbest karboksil hidroksili

(glutamik) (aspartik asid)
3- Serbest hidroksil ..................................... serbest karboksil karbonili
(serin) (aspartik asid)
(tirozin) (glutamik asid)
4- Serbest hidroksil ................................... imidazol azotu
(tirozin) (histidin)
 α- helezon yapısı
• Bir polipeptid zincirindeki -N-H ve –C=O
grupları arasında hidrojen bağlarının meydana
gelmesi (molekül içi hidrojen bağları) sonucunda
bu polipeptid zinciri düşey bir eksen etrafında
helezon şeklinde kıvrılır. Bu yapıya, ikincil
yapının -helezon konformasyonu denir.
• α–Helezon konformasyonu (molekül içi hidrojen
bağları), 3.6 kalıntıda bir α–heliks oluşur.
• - konformasyon (kırmalı tabaka yapısı)
• Birkaç polipeptid zinciri aralarındaki hidrojen
bağlarının oluşmasıyla bir araya gelirler. Eğer
amino asidlerindeki - karbon atomlarındaki R
grupları aynı yönde ise polipeptid zincirleri
paralel olarak dizilir. R grupları zıt yönde ise
polipeptid zincirleri antiparalel olarak dizilir.
 Üçüncül yapı (Tersiyer):
• Helezonlaşmış ve bükülmüş polipeptid zincirinin kendi üzerine yumak
tarzında katlanmasıyla meydana gelir. Bu şekilde katlanmış proteinler
globuler proteinlerdir.

• Üçüncül yapıyı oluşturan bağlar:

• Hidrojen bağları
• İyon bağları
• Van der Waals çekmeleri
• Kovalan bağlar (disülfür bağları). Bu bağlar amino asidlerin “R” grupları
arasında yani - NH2 ve -COOH grupları dışındaki gruplar arasında oluşur.
Bu bağlarda oluşan üçüncül yapı sonucunda :
• 1) Globuler (yumak şeklinde)
• 2) Fibriler (lifsel) proteinler meydana gelir.
 Dördüncül yapı (Kuartenler):

• Üçüncül yapıları bulunan proteinlerin,

protomer denilen alt birimlerinin hidrojen
bağları, van der Waals çekmeleri, iyon bağları
ile polimerize olmalarıyla dördüncül yapı
oluşur.
 PEPTİDLER

• İki amino asidden birinin amino, diğerinin

karboksil grubundan su ayrılması sonucu iki
amino asidin birleşmesiyle dipeptid oluşur. Bu
şekilde peptidler ve zincir uzadıkça proteinler
oluşur. Proteinlerdeki HN-C=O bağına peptid
bağı denir.
• Her peptid zincirinin bir ucunda serbest amino
grubu vardır, bu gruba N-terminal (uç) grubu
denir. Her peptid zincirinin diğer ucunda
serbest karboksil grubu bulunur, bu gruba da
C-terminal (uç) grubu denir.
• N-TERMİNAL C TERMİNAL
Serbest amino grubu Serbest karboksil

• Peptidlerin isimlendirilmesi peptid bağına

karboksil grubundan bağlanan amino asidin son
hecesi yerine -il eki getirilerek yapılır. 3 amino
asidden oluşan bir tripeptid (alanin,glisin,tirozin)
• Alanil glisil tirozin şeklinde isimlendirilir.