Seminaris Biologia Molecular

de Sistemes
Grau de Biotecnologia
Grau de Bioquímica
Doble Grau Biotec-Bioquímica
Doble Grau Ingeniería Informàtica-Biotec
Curs 2020-2001

Núria Canela
nuria.canela@urv.cat
Centre for Omic Sciences (COS) - Reus
 Seminari 2:
Obtenció de dades per treballar
 1. ANÀLISI DE L’EXPRESSIÓ GÈNICA D’UN SISTEMA BIOLÒGIC

Pas 1. ESCOLLIR UN SISTEMA BIOLÒGIC A ESTUDIAR EN UN CONTEXT DETERMINAT

(PATOLOGIA)
Seminari 2

1. Selecció d’una ruta metabòlica (Pex: lipogènesis)

2. Selecció d’un sistema biològic on estudiar la ruta metabòlica
Pex: lipogènesis hepàtica en NAFLD
3. Búsqueda a PubMed Biosystems Via metabòlica Identificació dels gens
implicats i esquema de la via
Pas 2. OBTENIR DADES D’EXPRESSIÓ GÈNICA REALS D’UN EXPERIMENT
1. Búsqueda a GEODataSets de la ruta metabòlica (pex. lipogènesis) i escollir
un DataSet (experiment o conjunt de dades).
2. Obtenció de l’expressió gènica de la teva selecció de gens en aquest sistema
biològic.
Pas 3. ANÀLISIS ESTADÍSTIC DE LES DADES (amb SPSS)
Seminari 3

Comparació de mitjanes entre grups experimentals (ANOVA o T test)

Pas 4. PRESENTACIÓ DELS RESULTATS: Taula, barras i diagrama de caixa

3
Selecció d’una ruta metabòlica

Patologia Ruta Teixit

Arachidonic acid Fetge

Alzheimer
metabolism

Glucagon signaling Sistema circulatori

Parkinson
pathway

Glutamatergic Ronyó
Diabetes
synapse
Fetge gras Non-alcoholic
fatty liver disease Lipogènesis Cervell
(NAFLD)

Càncer Glucòlisis Teixit adipos

Arteriosclerosis B-oxidació Pàncreas

4
PAS 1. ESCOLLIR UN SISTEMA BIOLÒGIC A ESTUDIAR EN UN CONTEXT DETERMINAT
(PATOLOGIA)

1.1 y 1.2. Selecció d’una ruta metabòlica en un sistema biològic

Patologia Sistema biològic Teixit

Cancer Glycolysis Breast

Comprovar en las bases de dades (NCBI-Pubmed) que existeixen estudis científics realitzats

5
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=cancer+glycolysis+breast
1.3. Anar a BioSystems i buscar descripció del Biosistema

(Diagrama via i breu descripció)

6
Diagrama via

7
 8
http://www.kegg.jp/pathway/ko05230
Seleccionar 15-20 gens implicats a la via

9
 Buscar la informació dels gens seleccionats implicats a la via

Crear un arxiu Excel amb:

1. Ruta i descripció
2. Mapa de la ruta
3. Taula de 20 gens ( Codi oficial, Símbol oficial, Nom complert oficial i Summary
10
de cada gen seleccionat)
 PAS 2: OBTENIR DADES D’EXPRESSIÓ GÈNICA REALS D’UN EXPERIMENT

2. 1. Búsqueda A GEODataSets de la ruta metabòlica (pex. Glucòlisis en càncer) i escollir

un DataSet (experiment o conjunt de dades).

11
Descripció de l’experiment seleccionat

12
Descripció de l’experiment seleccionat

13
Descripció de l’experiment seleccionat

14
2.2. Obtenció de l'expressió gènica dels teus gens en aquest sistema biològic.

15
2.2. Obtenció de l’expressió gènica dels gens seleccionats en aquest sistema biològic.

16
Crear un archiu Excel amb les expressions de 15-20 gens implicats en el Biosistema
seleccionat

Crear una variable grup sustituint a Codi: 1 = (Wild type); 2 = (Knock out)
17