“Omsætning” i betydning: nedbrydning

af noget der lige er blevet dannet

Turn-over af cellulære
proteiner
Side 753-758 i lærebogens 9. udgave (afsnit 23.2)
Side 703-707 I lærebogens 10. udgave (afsnit 23.2)

Appendix B til forelæsning 14

Biokemi 1 2020 (og efterfølgende år)
Niels Agerbirk
2023: indsat sidetal fra 10. udgave.

Indtalt power-point.
Start ved at trykke på full screen-ikonet.
Du kan pause afspilningen med pauseknappen på dit tastatur.
Du kan bladre frem og tilbage med piletaster.
UBIQUITIN – ”DØDSMÆRKNING” AF CELLULÆRE PROTEINER
Bindingssted, Black spot /
nyt ubiquitin det sorte tegn
molekyle

8,5 kDa, i alt 76

aminosyrerester

10. udg. s. 703

9. udg.
Binding til protein der skal nedbrydes
(Protein der skal nedbrydes) s.753-754
UBIQUITIN – ”DØDSMÆRKNING” AF CELLULÆRE PROTEINER

Antal slags i typisk celle

E1: Ubiquitin-aktiverende enzym E1: et stk eller få
E2: Ubiquitin-konjugerende protein E2: en hel del
E3: Ubiquitin-protein ligase E3: mange hundrede!
10. udg. s. 704 9. udg. s.754
UBIQUITIN – ”DØDSMÆRKNING” AF CELLULÆRE PROTEINER
Fokus på højenergibindinger
Der forbruges 2 stk.
høj-energibindinger Der dannes 1 stk.
(efter hydrolyse af høj-energibinding… 1 stk. høj-
uorganisk pyrophosphat, energibinding
forkortet PPi) veksles til en
anden slags

(..til AMPs phosphat-gruppe, dvs. en

Her hydrolyseres mixed syre anhydrid binding)
endelig den sidste
høj-energibinding 
Dannet: (iso)peptidbinding.
Pris: 2 højenergibindinger i ATP

E1: Ubiquitin-aktiverende enzym

E2: Ubiquitin-konjugerende protein
E3: Ubiquitin-protein ligase 10. udg. s.704 9. udg. s.754
Hvad afgør ubiquitin-mærkning?

Tilsyneladende et
simpelt signal…

Også interne motiver,

f.eks. -PEST-
(-Pro-Glu-Ser-Thr-)

10. udg. s. 705 9. udg. s.755

 GENBRUG
af intakt
ubiquitin (!)

GENBRUG
intracellulært
eller i andre organer 10. udg. s. 706 9. udg. s.757
 Hvilke proteiner mærkes med
ubiquitin før nedbrydning?

1. Proteiner i cellen
2. Proteiner i føden
3. Proteiner i blodet

“Det sorte tegn”

 Hvordan bindes ubiquitin til
proteiner?
1. Med ester-binding
2. Med amid-binding Epsilon-
aminogruppen
3. Med diverse non- ε

kovalente δ
γ

bindinger β

alfa-aminogruppen