Podstawy metabolizmu

METABOLIZM to całokształt przemian

chemicznych zachodzących w żywej
komórce.
 W procesach anabolicznych i katabolicznych następuje
zmiana poziomu energetycznego substratów i produktów.
Poziom energetyczny
 Stopień utlenienia
Dinukleotyd flawinoadeninowy (FAD – forma utleniona, FADH2 – forma
zredukowana) – organiczny związek chemiczny złożony z mononukleotydu flawinowego
(FMN) (pochodnej ryboflawiny) i adenozynomonofosforanu (AMP), koenzym
oksydoreduktaz pełniący funkcję przenośnika elektronów i protonów (kationó
wodorowych). Przenosi dwa protony i dwa elektrony, w efekcie czego utleniona forma
FAD przechodzi odwracalnie w formę zredukowaną FADH2.
Dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy (NADH - forma zredukowana, NAD+ - forma
utleniona) – organiczny związek chemiczny, nukleotyd pełniący istotną rolę w procesach
oddychania komórkowego. Różne pochodne tego związku są akceptorami elektronów
i protonów w procesach utleniania komórkowego. Pełnią też rolę koenzymów
oksydoreduktaz.
Dinukleotyd nikotynoamidoadeninowy nie występuje w zasadzie w organizmach żywych
w stanie wolnym, lecz występuje w postaci jonów (NAD + i NADP+) oraz w formie
zredukowanej (NADH i NADPH).
Cząsteczka NADP+ różni się od NAD+ obecnością reszty fosforanowej przy węglu 2'
rybozy nukleotydu adeninowego.
NADP+ jest także akceptorem protonu i elektronów w reakcjach redukcji, w ten sposób
powstaje NADPH wytwarzany przez reduktazę ferredoksyna-NADP + w fazie jasnej
fotosyntezy. Powstały NADPH wykorzystywany jest do syntezy cukrów w cyklu
Calvina.
NADPH wytwarzany jest także w szlaku metabolicznym określanym jako szla
pentozofosforanowy. Jest on następnie zużytkowywany w różnych reakcjach redukcji,
głównie w przebiegu biosyntezy kwasów tłuszczowych i cholesterolu.

NAD+ – forma utleniona dinukleotydu

NADP+ – kation fosforanowy dinukleotydu
NADH – forma zredukowana NAD+
NADPH – forma zredukowana NADP+
 FOSFORYLACJA to proces polegający na
przyłączeniu reszty fosforanowej do związku
chemicznego.
kinaza

glukoza + ATP glukozo-1-fosforan + ADP

Powstawanie ATP odbywa się również

w procesach fosforylacji i przebiega według
schematu:
ADP + Pi + energia ATP
Synteza ATP pod wpływem energii
dostarczanej przez fotony światła to proces
FOSFORYLACJI FOTOSYNTETYCZNEJ
(fotofosforylacji).
chlorofil

ADP + Pi + energia świetlna ATP

przenośniki elektronów
Schemat fazy jasnej fotosyntezy
 Synteza ATP kosztem energii wyzwalanej
w czasie przenoszenia atomów wodoru na
tlen cząsteczkowy to FOSFORYLACJA
OKSYDACYJNA.
3 ADP + 3 Pi + NADH2 + ½ O2 3 ATP + NAD + H2O

2 ADP + 2 Pi + FADH2 + ½ O2 2 ATP + FAD + H2O

Fosforylacja oksydacyjna u eukariotów zachodzi dzięki łańcuchowi transportu elektronów
w mitochondriach. NADH i bursztynia wytworzone w cyklu kwasu cytrynowego są
utleniane wytwarzając energię niezbędną do syntezy ATP.
Synteza ATP z ADP i fosforanu
nieorganicznego (Pi) przy udziale energii
wydzielającej się w wyniku wewnętrznej
reorganizacji cząsteczki związku
organicznego, której poziom energetyczny
spada, nazywa się FOSFORYLACJĄ
SUBSTRATOWĄ.
enzymy

wysokoenergetyczny substrat + Pi + ADP

niskoenergetyczny produkt + ATP
Schemat glikolizy
Cykl Krebsa
 Biokatalizatory – katalizatory wytwarzane przez
żywe organizmy, regulujące przebieg procesów
biochemicznych, tzn. wpływające na ich
przyspieszenie bądź zwolnienie, a także decydujące
o rodzaju przemian, jakim może ulec substancja
wyjściowa.
Do biokatalizatorów zalicza się m.in:
• witaminy
• enzymy
• własności autokatalityczne wykazuje także RNA
(rybozymy).
Wiele enzymów potrzebuje dodatkowych
składników do uaktywnienia czy osiągnięcia
pełnej aktywności. Takie niebiałkowe,
dodatkowe składniki enzymów, nazywane są
kofaktorami.
Enzym bez swojego kofaktora, czyli sam jego
białkowy składnik, to apoenzym, natomiast
wraz z kofaktorem, katalitycznie aktywny
enzym nazywany jest holoenzymem (sam
termin enzym domyślnie oznacza właśnie jego
kompletną, aktywną cząsteczkę, czyli
holoenzym).
• Kofaktory można podzielić na dwie szerokie grupy. Pierwszą
z nich stanowią grupy prostetyczne, czyli kofaktory silnie,
często kowalencyjnie związane przez enzym przez cały czas
jego istnienia. Zwykle są to cząsteczki nieorganiczne i jony
metali (np. kompleksy żelazo-siarkowe, jony cynku – Zn2+,
enzymy z metalami jako grupami prostetycznymi zwane są
metaloenzymami), ale także małe cząsteczki organiczne (np.
flawiny i hem). Z kolei koenzymy to małe, niebiałkowe
cząsteczki organiczne, wiążące się z enzymami tylko na czas
reakcji, i przenoszące grupy chemiczne pomiędzy
poszczególnymi reakcjami. Koenzymy mogą być traktowane
jako kosubstraty, ponieważ są wiązane i uwalniane z
enzymów jak substraty i produkty oraz biorą bezpośredni
udział w reakcji.
• Niektóre źródła nazwę kofaktor przypisują cząsteczkom
nieorganicznym, podczas gdy organicznie zwane są
koenzymami.
Model klucza i zamka
Idea indukowanego dopasowania
enzymu i substratu
Mechanizm katalizowanej reakcji z udziałem jednego substratu.
E - enzym, S - substrat, P - produkt, k1 i k2 - stałe szybkości
reakcji przebiegających w prawą stronę, k-1 i k-2 - stałe
szybkości reakcji zachodzących w lewą stronę. W założeniach
modelu kinetyki Michaelis-Menten zakłada się, że produkt (P)
nie może ulec powrotnemu przekształceniu w wyjściowy
substrat, w reakcji ze stałą szybkości k-2
Enzymy charakteryzują się następującymi cechami:

- obniżają energię aktywacji katalizowanych reakcji chemicznych (oznacza

to, że ilość energii potrzebnej do przebiegu dowolnej reakcji jest mniejsza od
ilości energii wykorzystywanej w danej reakcji bez użycia enzymów);
- nie zmieniają się w wyniku reakcji, a przez to mogą wielokrotnie działać na
kolejne porcje tych samych substratów;
- wykazują specyficzność substratową, tzn. działają na ściśle określone
substraty;
- nie mają wpływu na równowagę reakcji chemicznych;
- wykazują dużą aktywność katalityczną, ponieważ przyspieszają reakcje
chemiczne nawet 1000 krotnie;
- warunkują dużą skuteczność przebiegu reakcji, nadają kierunek
reakcjom.
Szybkość reakcji enzymatycznej jest ściśle
uzależniona od stężenia zarówno enzymu, jak
i substratu. Nie są to jednak jedyne czynniki
determinujące przebieg reakcji. Na katalityczne
działanie enzymów mają również wpływ: pH,
temperatura reakcji, w niektórych przypadkach
potencjał redukcyjno - oksydacyjny
środowiska, w którym zachodzi reakcja,
obecność rozmaitych związków (koenzymów,
aktywatorów, inhibitorów), a także siła jonowa
i stała dielektryczna środowiska.
Krzywa wysycenia dla reakcji enzymatycznej ukazująca zależność szybkości
reakcji (V) od stężenia substratu ([S])
Wzrost temperatury zwiększa szybkość reakcji
enzymatycznych, ale tylko w pewnym zakresie. Ponieważ
enzym jest substancją białkową, wzrost temperatury powyżej
temperatury optymalnej dla jego działania powoduje
stopniową denaturację i zanik zdolności katalitycznych. Dla
większości enzymów optymalna temperatura jest bliska 40°C.
Znane są jednak przykłady enzymów, których optymalna
temperatura jest zarówno wyraźnie wyższa, jak i niższa niż
40°C. Nadmierny wzrost temperatury zwiększa
prawdopodobieństwo zrywania licznych słabych wiązań
stabilizujących strukturę przestrzenną białka, w tym strukturę
centrum katalitycznego. Dla większości enzymów zmiany
denaturacyjne zachodzą bardzo intensywnie powyżej 45-50°C,
jednakże są i takie, które wykazują znaczną odporność na
inaktywujące działanie podwyższonej temperatury – cechuje
je wysoka termostabilność. Termostabilność enzymu określa
się, podając najwyższą temperaturę, w której nie dochodzi
jeszcze do termicznej inaktywacji enzymu.
Zależność aktywności enzymów od temperatury. Gwałtowny
spadek aktywności po przekroczeniu temperatury optymalnej
związany jest z denaturacją struktury enzymów.
Do utrzymania aktywności katalitycznej enzymy wymagają
odpowiedniego pH środowiska. Dla większości enzymów optymalne jest
pH 5,5 – 7,4. Znane są jednak enzymy, które działają najlepiej w
środowisku kwaśnym (np. pepsyna w pH 1,5 – 2,7; fosfataza kwaśna pH 4
- 6) lub zasadowym ( trypsyna, chymotrypsyna – pH 7 – 9; fosfataza
zasadowa pH 8 - 9 ). Dla jeszcze innych enzymów najkorzystniejsze jest
środowisko bliskie obojętnego (dehydrogenaza mleczanowa pH 7,2;
kinaza pirogronianowa pH 7,4).
Uwzględniając odczyn środowiska wewnątrzkomórkowego, należy
zauważyć, iż w organizmie nie wszystkie enzymy działają przy
optymalnym pH. Zależność aktywności enzymów od pH środowiska jest
więc jednym z istotnych czynników regulujących szybkość reakcji.
Niewielkie zmiany pH nie dezaktywują enzymu, ale obniżają szybkość
reakcji, ponieważ wpływając na stopień jonizacji enzymu
i substratu, zmieniają warunki tworzenia się kompleksu enzym - substrat.
Środowisko silnie kwaśne i silnie zasadowe z reguły działa denaturująco,
niszcząc nieodwracalnie wiązania stabilizujące cząsteczkę enzymu
i zmieniają jonizację reszt aminokwasowych w łańcuchu polipeptydowym
białka
Enzymy mogą podlegać zarówno inhibicji, jak i aktywacji
przez różne specyficzne cząsteczki lub jony. Ma to
szczególnie istotne znaczenie dla kontroli fizjologicznej ich
działania w układach biologicznych. W ten sam sposób działa
wiele leków i czynników toksycznych.

Większość enzymów wymaga dla zachowania swojej

aktywności aktywatorów. Aktywatorami nazywamy związki
niskocząsteczkowe, których obecność w miejscu katalizy
enzymatycznej przyspiesza przebieg reakcji. Aktywatorami
enzymów mogą być jony metali (np. Mn 2+ Mg 2+ Zn 2+ Ca 2+
rzadziej Co 2+ Cu 2+ Ni 2+ ), czy aniony współdziałające
z białkami (np. Cl-). Jon metalu może być zlokalizowany
w katalitycznym centrum enzymu (bierze wówczas
bezpośredni udział w reakcji) lub też w innym fragmencie
molekuły (stabilizuje wtedy jej aktywną konformację).
Substancje hamujące działanie enzymów to
inhibitory reakcji enzymatycznych. Inhibicja
enzymu może zachodzić pod wpływem
małych cząsteczek lub jonów, zarówno
nieodwracalnie jak i odwracalnie.
W inhibicji nieodwracalnej inhibitor wiąże się
kowalencyjnie z enzymem tak silnie, że jego
dysocjacja jest niemożliwa. W inhibicji
odwracalnej szybko osiągany jest stan
równowagi w układzie enzym - inhibitor.
 Podstawowe typy odwracalnej inhibicji, to:
• Inhibicja kompetycyjna, kiedy inhibitor jest
podobny do substratu i wiąże się w miejscu
aktywnym enzymu, blokując wiązanie substratu.
Inhibitor współzawodniczy z enzymem o centrum
aktywne.
• Inhibicja niekompetycyjna, kiedy inhibitor wiąże
się z cząsteczka enzymu w innym miejscu niż
centrum aktywne enzymu. Następuje wtedy zmiana
konformacji enzymu, która pociąga za sobą zmianę
konformacji centrum aktywnego.
 Niespecyficznymi inhibitorami enzymów są jony
metali ciężkich (Cu, Pb, Hg, Ag). Wiążą się one
łatwo i w sposób nieodwracalny ze wszystkimi
białkami, powodując rozległe zmiany ich
konformacji, prowadzące do denaturacji, której
często towarzyszy wypadanie białka w postaci osadu.
Szczególnie podatne na wiązanie jonów metali
ciężkich są grupy sulfhydrylowe (-SH); metal może
się również wbudować w mostek disiarczkowy.
 PRZEMIANY METABOLICZNE

SZLAK METABOLICZNY CYKL METABOLICZNY

 Cykle metaboliczne to wieloetapowe,

ciągle przebiegające, cykliczne przemiany,
podczas których poszczególne metabolity
pośrednie odtwarzają się nieustannie, a
wprowadzone do cyklu substraty ulegają
nieodwracalnym zmianom.
Główne klasy enzymów:
1. HYDROLAZY- katalizują rozkład związków organicznych bardziej złożonych do prostszych z
wykorzystaniem cząsteczki wody:
a. Proteazy (enzymy proteolityczne)- katalizują rozkład wiązań peptydowych:
i. Endopeptydazy- „tną” łańcuch w środku- trypsyna, pepsyna, chymotrypsyna
ii. Egzopeptydazy- „tną” łańcuch na końcach uwalniając aminokwasy – karboksypeptydazy i
aminopeptydazy
b. Enzymy amylolityczne - katalizują rozkład wiązań w cukrowcach: amylazy, sacharaza, maltaza, laktaza
c. Lipazy (enzymy lipolityczne) - katalizują rozszczepienie wiązań estrowych w tłuszczowcach
d. Nukleazy- trawią kwasy nukleinowe:
i. Endonukleazy
ii. Egzonukleazy: rybonukleazy, deoksyrybonukleazy
2. OKSYDOREDUKTAZY- katalizują procesy utlenienia i redukcji
3. TRANSFERAZY- katalizują przenoszenie grup funkcujnych np. aminotransferazy przenoszą grupę
aminową
4. LIAZY- katalizują reakcje eliminacji z utworzeniem podwójnego wiązania,
5. LIGAZY- katalizują tworzenie wiązań: C-O, C-N, C-C, z jednoczesnym rozszczepieniem ATP
6. IZOMERAZY- katalizują przekształcenia wewnątrz cząsteczki danego związku
 Istnieje kilka głównych sposobów kontroli aktywności enzymów w układach biologicznych:
• Sama produkcja enzymu na etapach translacji, jak i wcześniejszej transkrypcji, podlega ścisłej kontroli i
może być zwiększana (uruchamiana) lub zmniejszana (zatrzymana) przez komórkę w odpowiedzi na
zmiany w środowisku zewnętrznym komórki, tak samo jak kontrolowana jest w ten sposób produkcja
każdego innego białka.
• Sortowanie i rozdzielanie enzymów do docelowych kompartmentów (także poza komórkę) i utrzymywanie
ich tam, jest sposobem na kontrolę ich aktywności w przestrzeni. Enzymy działają wtedy na szlakach
metabolicznych umiejscowionych w różnych przedziałach komórkowych, nie interferują z innymi
szlakami, a ich aktywność może być także szybko zmieniona poprzez globalną zmianę charakterystyki
środowiska kompartmentu w którym się znajdują (np. obniżenie pH w lizosomie). Różne kompleksy
enzymatyczne zawarte w różnych przedziałach komórkowych, a co za tym idzie podział syntezy na etapy,
jak również oddzielenie syntezy od rozkładu, umożliwia dokładną kontrolę szlaku metabolicznego na
każdym etapie przez różne czynniki.
• Aktywność enzymów może być regulowana przez specjalne cząsteczki - inhibitory (patrz: Inhibicja)
i aktywatory. Jest to najbardziej bezpośredni sposób modulacji ich aktywności.
• Enzymy mogą być regulowane poprzez ich modyfikacje potranslacyjne. Modyfikacje takie mogą
obejmować kowalencyjne zmiany struktury cząsteczki, np. dodawanie dodatkowych grup funkcyjnych:
fosforylacja, mirystylacja czy glikozylacja. Przykładowo związanie insuliny z odpowiednim receptorem
uwalnia kaskadę fosforylacji wielu enzymów i w rezultacie syntezę glikogenu. Innym przykładem
potranslacyjnych modyfikacji enzymów jest modyfikacja łańcucha polipeptydowego enzymu poprzez jego
skracanie, przycinanie. Przykładowo chymotrypsyna, proteolityczny enzym trawienny, produkowany w
trzustce w formie nieaktywnej, jako chymotrypsynogen, jest transportowany w tej formie do żołądka. Tam
następuje jego aktywacja poprzez skrócenie łańcucha polipeptydowego i uwolnienie aktywnej cząsteczki
dojrzałego enzymu. Produkcja enzymu w formie proenzymu zabezpiecza trzustkę i inne tkanki, zanim
dotrze do jelita, przed strawieniem. Ten typ nieaktywnego prekursora enzymu zwany jest jako zymogen.
Czasami taka modyfikacja jest wieloetapowa, mówi się wtedy o preproenzymach. Przycinanie proenzymu
do formy aktywnej zachodzi z udziałem innych enzymów lub czasami sam enzym jest w stanie
katalizować reakcję aktywacji swoich form proenzymatycznych.
• Niektóre enzymy mogą stać się aktywne (nieaktywne), gdy znajdą się w innym środowisku, np. po
przeniesieniu ze środowiska cytoplazmy o właściwościach redukujących do środowiska przestrzeni
peryplazmatycznej o właściwościach utleniających, z wysokiego pH do niskiego pH, itp. Przykładem może
być hemaglutynina - glikoproteina o właściwościach antygenowych - na powierzchni wirusów grypy, która
zmienia konformację, gdy znajdzie się w kwaśnym środowisku pęcherzyka komórkowego gospodarza,
powodując aktywację wirusa.