Amino asitler, Peptidler

ve Proteinler
 Proteinler, tüm hücrelerde en çok bulunan biyolojik makromoleküllerdir.
 Tek bir hücrede bile binlerce farklı çeşitte ve büyüklükte bulunmaktadırlar.
 Proteinler, standart 20 amino asitlerin karakteristik doğrusal diziler halinde
kovalent bağlanmasıyla oluşurlar.
 Amino Asitlerde Ortak Yapısal
Özellikler
 Moleküllerinde amino (-NH2) ve karboksil grubu(-
COOH) bulunan bileşiklere amino asit denir.
 Amino asitlerin yapısında bir karbonunun 4 valansına 4
farklı grup bağlanmıştır.
Proteinlerdeki bütün AA’ler α-aminoasittir. Yani hem
amino hem de karboksilik asit grubu α-karbona bağlıdır.
 α karbon olarak adlandırma, karbon zinciri halinde ifade
edilen bir organik molekülde fonksiyonel grup bir numarayı
alır ve sırasıyla diğer karbonlar α, β, γ diye isimlendirilir.
 AA’ler birbirlerinden, polarite, büyüklük, çözünürlük gibi
faktörlere etki eden R grupları ile ayrılırlar
 Amino asitler
 Proteinler, AA’lerin su kaybetmiş polimerleridir.
 Her bir AA kalıntısı (residue) yanındakine özel bir tip
kovalent bağ ile bağlanmaktadır.
Proteinler özel yöntemlerle hidrolizlenerek yapısal
AA’lerine parçalanabilirler.
Amino asitler
 Proteinler sentezlendikten sonra, bazı AA kalıntıları modifiye olabilmekte, ayrıca
proteinlerde bulunmayan AA yapıları canlılarda bulunmaktadır. 20 orijinal protein
amino asitine standart AA denmektedir.
 Standart AA ler 3 harfli kısaltmalar ve tek harfli sembollerle gösterilmektedir.
Amino Asitlerde Kiralite
 Glisin dışındaki tüm AA’lerde α-karbon atomu kiral merkezdir ve AA’ler
enantiyomerler olarak bulunabilirler.
 Optikçe aktiftirler.
Amino Asitlerin Sınıflandırılması
R gruplarının özelliklerine göre;
 Polar olmayan, alifatik (hidrofobik)
 Aromatik
 Polar, yüksüz
 Negatif ve pozitif yüklü
R grubu: Polar olmayan, Alifatik
R grubu: Polar olmayan, Alifatik
 R-grupları fizyolojik pH da iyonlaşmaz.
 Proton alış-verişi yapmaz.
 Hidrojen ve iyonik bağların yapısına katılmaz.
 Sadece Van der Walls etkileşiminde bulunur.
 Proteinlerin iç kısmında yerleşir, hidrofobik etkileşimle üç boyutlu yapıların
oluşumunu sağlar.
 Glisin en küçük amino asittir, optikçe aktif değil, asimetrik karbon yoktur.
 Alanin’in en önemli görevi dolaşımda amonyak taşımaktır.
 Valin, Lösin ve İzolösin esansiyel amino asitlerdir.
 Metiyonin, yan zincirde kükürde bağlı metil grubu taşır.
Organizma tarafından sentezlenemeyen ve besinlerle birlikte dışarıdan alınmaları
gerekli olan amino asitlere esansiyel amino asitler denir.
R grubu: Aromatik
R grubu: Aromatik
 Fenilalanin, esansiyel amino asittir, hidrofobik fenil
halkası bulunur.
 Triptofan, esansiyel amino asittir, indol halkası
bulunur. Melatonin ve seratonin sentezinde kullanılır.
 Tirozin, fenil halkası taşır(polar-nötraldir),
fenilalaninden sentezlenir.
Triptofan, tirozin ve fenilalanindeki aromatik halkalar
bunların UV ışığını spesifik bir dalgaboyunda
absorplamalarını sağlar. Pekçok proteinin UV aktif olma
sebebi bu gruplardır.
R grubu: Polar, yüksüz
R grubu: Polar, yüksüz
 Fizyolojik pH da yan zincirlerin yükü 0 dır.
 Suda kolay çözünebilirler.
 Serin, glikoproteinlerdeki O-glikozid bağda yer alır. Enzimlerin aktif merkezinde
bulunur.
 Sistein, metiyoninden sentezlenir. Enzimlerin aktif merkezinde bulunur. İki sistein
disülfit (-S-S-) bağı ile birleşerek sistin oluşturur.
 Disülfit bağı, proteinlerin sekonder ve quaterner yapısı için gereklidir.
R grubu: Pozitif yüklü
R grubu: Pozitif yüklü
 Lisin, arjinin, histidin
 Fizyolojik pH da iyonize ve pozitif yüklüdürler.
R grubu: Negatif yüklü
R grubu: Negatif yüklü
 Dikarboksilik asitlerdir,
 Fizyolojik pH’da iyonize ve negatif yüklüdürler (aspartat, glutamat)
Standart Dışı Amino Asitler
 Proteinler, standart amino asit kalıntılarının modifikasyonuyla oluşan standart dışı
kalıntılar da içerebilmektedir.
 5-hidroksilizin keratin yapısında, γ-karboksiglutamat da pıhtılaşma proteinlerinde
bulunur
Amino Asitlerin Amfoterik Özelliği
 Suda çözündüklerinde zwitteriyon oluştururlar. Dipolar maddelerdir, yani farklı
lokasyonlarında karşıt yükleri bulunduran moleküllerdir
Bu moleküller sudaki kararlı halleriyle hem asit yani proton vericisi olarak,

Hem de baz yani proton alıcısı olarak davranabilirler yani amfoterik özellik
gösterirler.
Amino Asitlerin Diprotik Asit Özelliği
Çözeltinin pH sına bağlı olarak aşamalı şekilde önce daha kuvvetli olan karboksilik
asit grubundan (pKa~2,3) ardından da amonyum grubundan (pKa~9,6) proton
kaybederler.
Amino Asitlerin Karakteristik Titrasyon Eğrileri
 Peptid
 İki AA molekülü, peptit bağı denilen bir amit
bağıyla kovalent bağlanarak dipeptit oluşturur.
 Karboksillerden hidroksil, aminodan hidrojen
ayrılır, amitte karbonil tarafı 1. AA, azotla
başlayan taraf ikinci amino aside aittir.
 Su çıkışı olduğundan kondenzasyon tepkimesi,
çok kararlı yapılar, yarı ömürleri 7 yıldır
 Polipeptitteki AA birimleri çoğunlukla AA
kalıntısı olarak adlandırılır, ayrılan gruplardan
dolayı normal halleri dışında bir yapıdalar
Peptid
 Bir peptitte serbest α-amino grubunu içeren amino asit kalıntısı N terminal kalıntı.
 Diğer uçtaki serbest α-karboksil grubunu içeren kalıntı da C-terminal kalıntı olarak
adlandırılır.
Peptid
 Bir peptitte serbest α-amino grubu ve
serbest α-karboksil serbest amino asit gibi
iyonize olur.
 Uçlar dışındaki α-amino ve α-karboksil
grupları peptit bağı oluşumuna katıldıkları
için asit-baz davranışına katkıda
bulunmazlar.
 Ancak zincirde iyonlaşabilen R grup
taşıyan kalıntılar varsa toplam peptidin asit
baz davranışına uçlardaki amino ve
karboksile ek olarak katkıda bulunurlar.
Peptid
Bazı proteinler tek polipeptit zincirden oluşurken bazıları nonkovalent birleşmiş
polipeptitlerden oluşur.
Örneğin, Titin kasların elastisiyetinden sorumlu olan mikrobiyopolimer.
 Prostetik Gruplar
 Proteinler AA or modifiye AA dışında grup
içerir mi?
 Pekçok protein sadece aminoasit kalıntıları
içerirler (basit protein) Ör:Ribonukleaz A
 Bazı proteinler AA’lere ek kalıcı gruplar
içerirler ve bunlara konjuge proteinler denir.
 Aminoasit olmayan kısma prostetik grup
denir ve bu grubun kimyasal yapısına göre
sınıflandırılır.
•Lipoproteinler, lipit
•Glikoproteinler, şeker
•Metalloproteinler, özgül metal
Protein Yapısının Düzeyleri
Tam bir protein molekülü birbirini tamamlayan dört alt yapı gösterir:
a) Primer Yapı
b) Sekonder Yapı
c) Tersiyer Yapı
d) Kuvarterner Yapı
Primer Yapı
Belirli sayıda amino asidin, belli diziliş sırası ile sıralanarak meydana getirdikleri
zincir şeklindeki yapıyı ifade eder.

Sekonder Yapı
 α-Heliks: Peptid zincirinin bir eksen etrafında helezon şeklinde kıvrılmasıyla
meydana gelir.
 β-Heliks: İki veya daha fazla sayıda polipeptid zincirinin H bağları ile birbirine
birleşmesiyle meydana gelen yapıdır.
Tersiyer Yapı
Heliks yapıların, —S—S—köprüleri ile katlanarak globüler ve elipsoidal hale
geçmesidir.

Kuaterner Yapı
Primer, sekonder ve tersiyer yapılı tabakaların birleşmesi ile oluşur.
Benzer özelliklere sahip alt üniteler, salkımlar, topluluklar yaparak dördüncü yapıyı
oluşturur.
Proteinlerin Saflaştırılması ve Ayırma Yöntemleri
 Bir proteinin özellikleri ve aktiviteleri belirlenmeden önce saf bir preparat
gereklidir.
 Hücrelerin binlerce farklı türde protein içerdiği göz önüne alındığında, bir protein
nasıl saflaştırılabilir?
 Proteinleri ayırma yöntemleri, boyut, yük ve bağlanma özellikleri dahil olmak
üzere bir proteinden diğerine değişen özelliklerden yararlanır.
Çözünürlük Farklarına Göre
 Proteinleri ayırmada kullanılan yöntemlerden biri
çözünürlük farklarından yararlanarak
fraksiyonlarına ayırmaktır.
 Salting out, yani tuzlayarak çöktürmede
(NH4)2SO4 sıklıkla kullanılır.
 Su proteinleri hidrate etmek yerine tuzu hidrate
eder ve bazı proteinler çökerken bazıları çözünür
kalabilir ve böylece ilk ayrım gerçekleşir.
 Bunun ardından uygulanacak diyaliz işlemiyle
proteinler çözücüde istenmeyen tuzlardan ve
bileşiklerden temizlenebilir.
 Kolon Kromatografisi
 Proteinlere ayırmada kullanılan en güçlü teknik kolon
kromatografisidir.
 Bu teknik proteinleri yük, büyüklük, bağlanma
afinitesi ve diğer bazı özelliklerine göre ayırır.
 Mobil ve Kalıcı Faz
 Proteinler kolonda ilerlerken kalıcı fazdaki matriks
materyaliyle farklı etkileşimlere göre farklı derecelerde
yavaşlar
Böylece protein bandının tamamı kolondan ilerlerken
genişler
Genel olarak uzun kolon ayırımı kolaylaştırır, uzun
kolon uzun süre etkileşim farkları, ayırım kolaylığı
 İyon Değiştirme Kromatografisi

 İyon değiştirme kromatografisi, belirli bir

pH'ta proteinlerin net elektrik yüklerinin işareti
ve büyüklüğündeki farklılıklardan yararlanır.
Proteinler, iyon değiştiricilere iyonik
etkileşimle tersinir olarak bağlanır. Bağlanan
proteinler ya tampon çözeltinin iyonik gücü
kademeli olarak arttırılarak ya da tampon
çözeltinin pH'ı değiştirilerek protein yüzeyindeki
grupların yükü yok edilir. Bu şekilde kolondan
ayrı ayrı elue edilebilirler.
Boyut Ayırma Kromatografisi (Jel-filtrasyon)
Boyut Ayırma Kromatografisi, proteinleri
tanecik boyutlarına yani molekül büyüklüklerine
göre ayrıştıran bir kromatografik yöntemdir.
 Ayırma işlemi, kolonda bulunan porlu jel
matriks ve çözücü arasında meydana gelir.
Kolona uygulanan örnek molekülleri, porların
boyutundan çok büyükse, matriks tarafından
tutulmaz ve kolonu ilk olarak terk eder. Küçük
moleküller ise matriks porlarına girer ve burada
tutulur.
 Afinite Kromatografisi
Afinite kromatografisi, proteinin belirli bir liganda
olan ilgisine göre ayırmanın gerçekleştirildiği
yöntemdir. Yani, belirli bir kaynaktan elde edilecek
maddeye karşı biyolojik afinite (ilgi) gösteren dolgu
maddesi kullanılarak uygulanan bir tür adsorpsiyon
kromatografisidir.
 Kolona doldurulan dolgu maddesine (matrikse)
saflaştırılması istenen proteine spesifik olan
(örneğin, protein bir enzimse substratı veya
kofaktörü) bir fonksiyonel grup (biyospesifik
ligand) kovalan olarak bağlanır. Kolondan içinden
ayrılması istenen proteini de içeren karışım
geçirildiğinde, protein spesifik ligandına bağlanarak
kolona adsorbe olur. Bundan sonra karışımda
bulunan ve kolona bağlanmayan diğer maddeler,
uygun elüantlar geçirilerek kolondan uzaklaştırılır.
 Elektroforez
 Proteinlerin elektrik alandaki göçlerini esas alır ve aynı
zamanda ayrışıp görüntülenmesini sağlar.
 Proteinler hem bazik (-NH2) hem asidik gruplar (-
COOH) içerdikleri için amfoter maddelerdir, izoelektrik
noktaları vardır. Bu noktada eşit negatif ve pozitif yük
taşırlar. Elektroforez, proteinlerin amfoter özelliklerine
dayanılarak uygulanan bir yöntemdir.
 Proteinlerin izoelektrik noktaları dışındaki bir pH’da
elektrik alanında göç etmelerine elektroforez denir.
Elektroforez, protein karışımında bulunan tüm
proteinlerin izoelektrik noktalarının üzerindeki bir pH’da
yapılırsa tüm proteinler negatif yük taşıdıklarından anoda
göç eder, ancak göçme hızları farklıdır, çünkü negatif yükü
en fazla olanlar en önde, negatif yükü en az olanlar en
arkada göç eder.