GMM

Pivot Phase2
 GMM
Pivot Phase2
Avec les contrôles positifs et négatifs
Pf13 (cutpoint = 3,529631) PfCSP (cutpoint = 3,414136)

PfGLURP (cutpoint = 3,621141) PfAMA1 (cutpoint = 3,829903)

HBc (cutpoint = 2,459559) HIV (cutpoint = 3,181274)
PvDBP (cutpoint = 2,966677) PvEBP (cutpoint = 2,766078)
DENV1 (cutpoint = 2,68086) DENV2 (cutpoint = 2,636099) DENV3 (cutpoint = 2,389937)

DENV4 (cutpoint = 2,917498) DENV2ENV (cutpoint = 2,650368)

SEA (cutpoint = 3,146096) MEA (cutpoint = 2,297325)

HLyE (cutpoint = 2,415167)

 GMM
Pivot Phase2
Sans les contrôles positifs et négatifs
Sans les échantillons avec concentration négative BF
 Pf13 non corr (cutpoint = 3,540843) Pf13 corr (cutpoint = 1,961356)
Positivity 51% Positivity 61%

PfGLURP non corr (cutpoint = 3,658285) PfGLURP corr (cutpoint = 2,293078)

Positivity 63% Positivity 62%
PfAMA1 non corr (cutpoint = 3,875882) PfAMA1 corr (cutpoint = 2,522999)
Positivity 78% Positivity 78%

PfCSP non corr (cutpoint = 3,45062) PfCSP corr (cutpoint = 2,055186)

Positivity 40% Positivity 41%
DENV1 non corr (cutpoint = 2,719706) DENV1 corr (cutpoint = 1,403631)
Positivity 40% Positivity 33%

DENV2 non corr (cutpoint = 2,714888) DENV2 corr (cutpoint = 1,335278)

Positivity 40% Positivity 41%
DENV3 non corr (cutpoint = 2,465154) DENV3 corr (cutpoint = 1,079312)
Positivity 25% Positivity 29%

DENV4 non corr (cutpoint = 3,11798) DENV4 corr (cutpoint = 1,784468)

Positivity 49% Positivity 40%
DENV2ENV non corr (cutpoint = 2,630234) DENV2ENV corr (cutpoint = 1,193069)
Positivity 61% Positivity 64%

HLyE non corr (cutpoint = 2,673045) HLyE corr (cutpoint = 2,253722)

Positivity 99% Positivity 35%
PvEBP non corr (cutpoint = 2,891594) PvEBP corr (cutpoint = 1,485892)
Positivity 27% Positivity 32%

PvDBP non corr (cutpoint = 3,048838) PvDBP corr (cutpoint = 1,761942)

Positivity 43% Positivity 35%
HIV non corr (cutpoint = 3,745289) HIV corr (cutpoint = 2,54305)
Positivity 70% Positivity 33%

HBc non corr(cutpoint = 3,705291) HBc corr (cutpoint = 2,062654)

Positivity 44% Positivity 68%
SEA non corr (cutpoint = 3,058874) SEA corr (cutpoint = 1,859837)
Positivity 61% Positivity 44%

MEA non corr (cutpoint = 3,032599) MEA corr (cutpoint = 2,006592)

Positivity 73% Positivity 50%
 Résultats obtenus pour les 6636 échantillons testés
Résultats corrigés Bradford Résultats non corrigés Bradford
Pf13 PfGLURP PfAMA1 PfCSP PvDBP PvEBP HLyE DENV1 DENV2 DENV3 DENV4 DENV2 HBc HIV MEA SEA
ENV
61% 62% 78% 41% 35% 32% 34% 33% 41% 28% 40% 64% 68% 33% 50% 44%
50% 63% 78% 40% 43% 27% 99% 40% 40% 24% 48% 61% 44% 70% 73% 61%

Results Pivot2
120%

100%

80%

60%

40%

20%

0%
13 P A1 P P P yE V1 V2 V3 V4 V c V EA A
Pf UR CS DB EB HL N N N N EN HB HI SE
GL A M Pf Pv Pv DE DE DE DE V2
M
Pf Pf N
DE

Corrigés BF Non corrigés BF

Facteurs influençant le batch-effect
• Changement de lot de réactif
• Deux manipulateurs différents
• Nombre de congélation/décongélation des échantillons et de réactifs
• Pesée imprécise des réactifs ou pipetage imprécis
• Variation du temps, de la température et de la durée
Pourquoi utiliser un tampon de saturation
• Pour éviter la liaison non spécifique des anticorps de détection et d’autres réactifs
• Le blocage est essentiel pour réduire le bruit de fond et améliorer la spécificité de
l’analyse
• Tampon utilisé généralement contenant des protéines qui saturent les sites de
liaison et empêchent les interactions non spécifiques
• Ex: BSA
• Etape à ajouter après la distribution des billes et l’ajout des échantillons à tester

xMAPCookbook.Ed5
Manip pour le test de saturation des billes
• Sélection de 93 échantillons distribués dans les résultats MFI
• 2 tampons de saturation testés:
- BSA 2%
- sérum de mouton 2% (récupéré à l’UEM)
• 3 dilutions des DBS à tester:
- dilution à 1/2
- dilution à 1/10
- dilution à 1/100
• Tampon de lavage: PBS-BSA1%-Tween0,05%
• Ajouter le tampon de saturation aux billes, incuber 1 heure, et l’échantillon à tester
(50µl)
Test de saturation des billes
• Sélection des échantillons à tester avec les résultats obtenus avec
DENV2ENV où on obtient 2 gaussiennes bien distinctes
• Suivant le résultat de GMM, 5 groupes ont été créés:
Groupe1 <1,7
Groupe2 1,7 à 2
Groupe3 2 à 2,2
Groupe4 3 à 3,2
Groupe5 3,2 à 3,6
Groupe6 > 3,6

• 15 échantillons de chaque groupe ont été utilisés pour la manipulation

Résultats du test de saturation
HIV
10000

8000

6000

MFI
4000

2000

1 / 2 /10 00 1/2 /10 00 u r é

a t t 1 1/1 A 1 1/1 at
o o a a t BS SA A n s
G G o B BS N o
G
1/100 Résultats du test de saturation

DENV2ENV GOAT (cutpoint = 1,560729) DENV2ENV BSA (cutpoint = 1,674195) DENV2ENV (cutpoint = 2,533509)
Positivity 53% Positivity 54% Positivity 51%

HIV GOAT (cutpoint = 1,894506) HIV BSA (cutpoint = 2,263565) HIV(cutpoint = 3,279614)
Positivity 93% Positivity 94% Positivity 89%
1/100 Résultats du test de saturation avec correction BF

DENV2ENV (cutpoint = 1,125386)

DENV2ENV GOAT (cutpoint = 0,2382659) DENV2ENV BSA (cutpoint = 0,3352019) Positivity 51%
Positivity 51% Positivity 55%

HIV GOAT (cutpoint = 0,992512) HIV BSA (cutpoint = 1,65301) HIV (cutpoint = 2,175883)
Positivity 50% Positivity 42% Positivity 69%
1/10 Résultats du test de saturation

DENV2ENV GOAT (cutpoint = 1,911389) DENV2ENV BSA (cutpoint = 2,134569) DENV2ENV (cutpoint = 2,533509)
Positivity 53% Positivity 55% Positivity 51%

HIV GOAT (cutpoint = 2,630466) HIV BSA (cutpoint = 3,328478) HIV (cutpoint = 3,279614)
Positivity 49% Positivity 48% Positivity 89%
1/10 Résultats du test de saturation avec correction BF

DENV2ENV (cutpoint = 1,125386)

DENV2ENV GOAT (cutpoint = 0,4932723) DENV2ENV BSA (cutpoint = 0,7287247) Positivity 51%
Positivity 59% Positivity 62%

HIV GOAT (cutpoint = 1,187475) HIV BSA (cutpoint = 2,276371) HIV (cutpoint = 2,175883)
Positivity 60% Positivity 13% Positivity 69%
1/2 Résultats du test de saturation

DENV2ENV GOAT (cutpoint =2,352881) DENV2ENV BSA (cutpoint =2,628746) DENV2ENV (cutpoint =2,533509)
Positivity 55% Positivity 57% Positivity 51%

HIV GOAT (cutpoint = 2,445825) HIV BSA (cutpoint = 2,220607) HIV(cutpoint = 3,279608)
Positivity 94% Positivity 95% Positivity 89%
1/2 Résultats du test de saturation avec correction BF

DENV2ENV GOAT (cutpoint = 0,9092442) DENV2ENV BSA (cutpoint = 1,034509) DENV2ENV (cutpoint = 1,125386)
Positivity 59% Positivity 69% Positivity 51%

HIV GOAT (cutpoint = 1,461559) HIV BSA (cutpoint = 1,69602) HIV (cutpoint = 2,175883)
Positivity 57% Positivity 78% Positivity 69%
 Résultats du test de saturation
HIV Denv2Env
100 100
Positivity (%)

Positivity (%)
50 50

0 0
 Positivity (%)

S
0
50
100

G
1/
2
IV IV
A AT A
G
2

B O BS O A
0

G
BS O
0

A
1
HIV

T AH TH
0
H H HIV HIV IV IV
1
1/ 1/1 1/1 /10 /10 HI
0 V

BS
G AD Positivity (%)
O
AT EN
0
50
100

BS D V2E
G A EN N
V
O DE V2E 1
AT N
V N /2
BS D 2E V 1
A EN N V /2
O DE V2E 1
AT N N /10
V
D 2E V 1
EN N /
V2 V 10
EN 1/1
V 00
D
Denv2Env
Résultats du test de saturation avec correction BF

EN 1/1
V2 00
EN
V