Podsystem operacyjny są to dwa podsystemy: obronny i ochronny.
Podsystem obronny państwa służy do zapobiegania zagrożeń militarno-politycznych. Potencjał obronny tego podsystemu obejmuje siły zbrojne, służby specjalne oraz rozwój dyplomacji. Służba zagraniczna, czyli dyplomacja dba o bezpieczeństwo, demokrację i rozwój Rzeczypospolitej na arenie światowej. Siły Zbrojne Rzeczypospolitej Polskiej (SZRP) ją na celu ochronę militarną Polski i kontrolowanie nienaruszalności jej granic. Służba Wywiadu Wojskowego (SWW) jest to służba specjalna, której zadaniem jest obrona państwa przed zagrożeniami zewnętrznymi, dba także o bezpieczeństwo jednostek bojowych nadzorowanych przez Ministra Obrony Narodowej. Inną służbą specjalną jest Służba Kontrwywiadu Wojskowego (SKW) działa ona na terytorium Polski i chroni ją wewnętrznie. Jej działania obejmują przeciwdziałanie szpiegostwu i korupcji, która mogłaby osłabić polskie jednostki bojowe. Dba także o cyberbezpieczeństwo SZRP. Podsystem ochronny Podsystemy ochronne państwa i ludności są przeznaczone o zwalczania zagrożeń zewnętrznych i wewnętrznych niemilitarnych. Potencjał ochronny stanowią służby i instytucje, których zadaniem jest obrona bezpieczeństwa cywilnego. Wymiar sprawiedliwości zapewnia bezpieczeństwo społeczności i obywatela. Dzięki jego działaniom możliwe jest stabilne funkcjonowanie państwa. Z wymiarem sprawiedliwości współdziałają organy ochrony prawnej, prokuratura i Służba Więzienna. Prokuratura prawnie nadzoruje obywateli oraz zajmuje się ściganiem przestępstw. Służba więzienna zajmuje się przestępcami. Dzięki służbie więziennej przestępcy są izolowani od społeczeństwa i nie mają na nie negatywnego wpływu. Przy pomocy wymiaru sprawiedliwości pomaga w chwytaniu sprawców. Jej zadaniem jest także resocjalizacja skazanych. Agencja Bezpieczeństwa Wewnętrznego (ABW) ma za zadanie przedwcześnie rozpoznawać zagrożenia i je neutralizować. Działa na rzecz suwerenności, niepodległości i nienaruszalności terytorium.